Рецепты Skill
Выберите рецепт по его исходному материалу и решению, которое вам нужно принять. Сохраните процедуру в Skill, фактические файлы в проекте и результаты проверки в разговоре.
| Исследовательская ситуация | Начнем с | Skills и инструменты | Доставляемая и приемочная проверка | Маршрут и предпосылки |
|---|---|---|---|---|
| Решите, готова ли загруженная таблица подсчета RNA-seq к анализу. | Сырая графовая матрица и присоединение к источнику | Обычный rnaseq-count-qc; Python/R Notebook | Структурный отчет, метрики выборки, оригинальные идентификаторы и неизмененный хэш ввода | Локальный пример Notebook; Совместимость Python/R |
| Согласование двух реализаций образца QC | Python и R CSV выходы | Notebook; Требования rnaseq-count-qc | Присоединяйтесь к полным идентификаторам выборки и сравните все показатели; Пример GSE60450 соответствует значениям 48 | Локальный пример Notebook; Совместимость Python/R |
| Проверяйте результат, прежде чем делиться им. | Полная таблица QC и явные инварианты | RNA-seq QC Рецензент Specialist | Отдельные детские транскрипты и 12 на выборочные суммы; Отличить встроенные доказательства от доступа к оригинальным файлам | Пример с встроенным столом; Запуск Specialist и Python |
| Подготовьте список для чтения нового вопроса | Целенаправленный вопрос и семя DOI/PMID | Литературный обзор; Литература/Коннекторы данных | Полученные идентификаторы, обоснование включения и нерешенные пробелы в полнотекстовом тексте | Пример коллекции PRISMA; Рабочая литература Connector |
| Проект исследовательского досье для определенной популяции | Численность населения, индикация и объем вопросов | Досье индикации; Источники исследований | Датированные доказательства, возобновленные файлы Waypoint и неподтвержденные претензии с пометкой | Адаптивный метод; подготавливать перечисленные входные данные и зависимости, характерные для конкретного метода |
| Превратить исследовательскую карту в цифру отчета | Проверенные данные и конкретная претензия | Фигурный стиль | Открытое изображение с единицами, ярлыками образцов, подписью и отслеживаемостью данных | Адаптивный метод; подготавливать перечисленные входные данные и зависимости, характерные для конкретного метода |
| Создайте многопанельную цифру результата | Претензионные и неизменяемые версии данных | Фигурный композитор + Фигурный стиль | Наброски групп, собранные изображения и результаты обзора; Обсуждение Main Agent | Адаптивный метод; подготавливать перечисленные входные данные и зависимости, характерные для конкретного метода |
| Проверьте, поддерживает ли фигурная колода рукопись | Рукописи, подписи, полная упорядоченная колода | Бумажный рассказчик | - аргументация фигуры и пробелы в доказательствах; Не сфабрикованы новые эксперименты | Адаптивный метод; подготавливать перечисленные входные данные и зависимости, характерные для конкретного метода |
| Найти причину ошибки в недостающем пакете | Точная ошибка и выбранное время выполнения | Окружающая среда и пакеты | Инспекция инсталляции версии, управляемая установка, где это возможно, испытание импорта перезапущенного ядра | Адаптивный метод; подготавливать перечисленные входные данные и зависимости, характерные для конкретного метода |
| Подготовьте удаленную среду для повторной работы | Существующие требования к хосту и пакету SSH/Slurm | Настройка вычислительной среды + удаленные вычисления | Названа окружающая среда и проведены исследования/проверка доказательств; Настройка хоста принадлежит пользователю / администратору | Удаленные вычисления для Direct SSH; Slurm требует бухгалтерского учета |
| Сравните предсказания белковой структуры | Действительные последовательности/сложное определение | AlphaFold2, Boltz, Chai-1, ESMFold2 или OpenFold3 | Структура плюс доверие и входная корреспонденция; Требуются сконфигурированные веса/GPU | Адаптивный метод; подготавливать перечисленные входные данные и зависимости, характерные для конкретного метода |
| Перепроектировать костяк с фиксированными остатками | PDB, сетевые картографические и проектные ограничения | ProteinMPNN / LigandMPNN / SolubleMPNN | Последовательность-цепочка картирования и проверки ограничений; Поддержка ЦП зависит от метода | Малый пример ProteinMPNN CLI; Другие методы нуждаются в собственной установке |
| Интеграция одноклеточных партий | AnnData, пакетные этикетки и оригинальные подсчеты | scvi-инструменты или scGPT | Моделирование выводов, проверенных на идентификаторы ячейки/гена; Это не относится непосредственно к объемным подсчетам. | Адаптивный метод; подготавливать перечисленные входные данные и зависимости, характерные для конкретного метода |
Воспроизводите местный рецепт RNA-seq
Практический пример Запустите и проверьте RNA-seq Count QC
- Используйте настоящий Входные данные GSE60450 и образец QC.
- Создание или импорт rnaseq-count-qc.
- Отправьте ограниченный запрос с помощью Пример вызова Skill.
- Откройте сгенерированный отчет о валидации. Сравните ожидаемые гены 27,179 и столбцы выборки 12 с наблюдаемыми значениями, а не с кепкой строки предварительного просмотра.
- Если требуется второе мнение, используйте Делегировать и проверять и проверьте фактическую расшифровку ребенка.
Дайте рецепту четкую отделку
Полезный запрос называет источник, требуемый метод, выходные файлы и проверки приемки. Например:
Используйте существующий образец GSE60450-QC CSV, чтобы сделать отчетную цифру со стилем рисунка. Держите полные идентификаторы образцов в таблице компаньонов, пометьте необработанные единицы подсчета, сохраните источник, сохраните новую фигуру и снова откройте ее, чтобы проверить все этикетки. Сообщите о любой недоступной зависимости перед изменением метода.
Ссылка на осуществление: manifest.json, SKILL.md.
Для поддержки длительной работы следуйте Справочные задачи и доставка результатов. Проверьте фактический запуск и сохраненные результаты после доставки. Окружающая среда и пакеты, настройка вычислительной среды и удаленные вычисления (SSH) остаются включенными, но их время выполнения, сеть и требования к хосту по-прежнему применяются.