Директория Skill

Приложение предоставляет 23 в комплекте с Skills. Этот каталог группирует их по работе, которую они поддерживают. Записи описывают отгруженный способ; Они не утверждают, что каждая внешняя модель, зависимость или услуга установлена.

Для методов, распространяемых через приложение, используйте Руководство по установке маркетплейс. Справочник ниже поможет вам выбрать метод исследования; Это не живой инвентарь рыночных версий.

Проверить готовность перед выбором метода

1. Откройте Skill в настройках и прочитайте его полные требования и уведомления третьих лиц.
2. Сравните тип ввода с вашими фактическими данными. Массовая таблица RNA-seq не является одноклеточным объектом AnnData; Молекулярный рисунок не является результатом стыковки.
3. Проверьте выбранное время выполнения и пакеты. Для удаленной работы выберите удобный вычислительный хост и проверьте его среду перед отправкой.
4. Запросите один ограниченный запуск, проверьте фактический вывод и сохраните ссылки на ввод/версию, прежде чем увеличивать масштаб.

Два дополнительных явных элемента, самосознание и создание навыков, являются внутренними рамками. Они не являются входами в каталоги, ориентированными на пользователя. Личные или импортные Skills, включая rnaseq-count-qc, отделены от 23.

Включены три приложения Environment Skills и Customize Stay; См. Правила активации. Используйте Связанный манифест для идентификации отгруженных методов и Дистанционные вычисления для настройки хоста и доставки результатов.

Просмотр по исследовательской задаче

Белковая структура

Навык	Ввод	Зависимости и исполнение	Результат проверки
Альфа-Фолд2 · alphafold2	Протеин FASTA; мономер или комплекс	ColabFold, вес модели, GPU; опциональная государственная услуга MSA	Прогнозируемые структуры и показатели доверия
Болтц · boltz	Спецификация белка/ДНК/РНК/лиганда	Пакет Boltz, весы, GPU; Доступ к МСА по запросу	Сложная структура и уверенность; необязательный выход аффинности
Chai-1 · chai1	Многофункциональный FASTA	Чай-лаборатория, вес, GPU	Всеатомный комплекс и уверенность
ESMFold2 · esmfold2	Последовательности или сложные входы	Biohub эсм пакет, весы, CUDA; Отличие от справедливого	структурные прогнозы; ESMC-представления, если они запрашиваются
OpenFold3 · openfold3	Спецификация белка/нуклеиновой кислоты/лиганда	OpenFold3, вес/доступ, CUDA и сконфигурированные ядра	Сложные структуры и баллы

Белковый дизайн

Навык	Ввод	Зависимости и исполнение	Результат проверки
Диффдок · diffdock	Цель PDB плюс лиганд SMILES/SDF	Репозиторий DiffDock, весы и GPU	ранжированные лигандовые позы; Позировать уверенность - это не аффинити
БелокMPNN · proteinmpnn	Хвост PDB, сконструированные/фиксированные цепи и остатки	Репозиторий, контрольно-пропускные пункты, факел/нумпи; Маленькие рабочие места поддерживают CPU	Разработанные последовательности и баллы
LigandMPNN · ligandmpnn	Хребет плюс лиганд/металл/нуклеиново-кислотный контекст	Репозиторий и Python-зависимости; Маленькие рабочие места поддерживают CPU	Последовательности и резьбовые структуры
Растворимый MPNN · solublempnn	Белковый костяк	Репозиторий и растворимые контрольные точки ProteinMPNN; CPU возможный	Последовательности под растворимой моделью a prior

Последовательность и клетки

Навык	Ввод	Зависимости и исполнение	Результат проверки
ESM-2 · fair-esm2	Белковые последовательности	Справедливость и весы; Интерфейс использует GPU	Встраивание, лоджиты или контактные прогнозы
Борзой · borzoi	Окна ДНК с заявленным геномом/координатами	Борзой-пираха, весы и CUDA	Предсказанные геномные дорожки или справочные/альтернативные дельты
Evo 2 · evo2	ДНК-последовательности или префиксы	Evo 2 весы, совместимый CUDA и достаточная память	Вероятности последовательности, встраивание или генерируемая ДНК
ГГПТ · scgpt	Одноклеточные AnnData с отображением генной лексики	пакет scGPT, контрольно-пропускной пункт и GPU	Встраивание ячеек или выходы аннотации
инструменты для галочки · scvi-tools	Одноклеточные подсчеты и метаданные пакета/метки	scvi-tools/scanpy/anndata; Комплексный учебный рабочий процесс ожидает GPU	Скрытое представление, перенос этикеток или сравнения на основе моделей

Доказательства и письменность

Навык	Ввод	Зависимости и исполнение	Результат проверки
Литературный обзор · literature-review	Вопросы исследования, идентификаторы или документы	поиск источника; Открытый ключ для операций OpenAlex	Проверенный синтез доказательств и цитаты
Указательное досье · indication-dossier	Индикация, оформленная как популяция пациентов	Инструменты исследования и доступ к источникам	Возобновляемые направления исследований и досье

Среда

Навык	Ввод	Зависимости и исполнение	Результат проверки
Окружающая среда и пакеты · env-management	Отсутствующий пакет или версия вопроса	Выберите время выполнения Python/R и разрешенный источник пакета	Проверка пакетов, управляемая установка и проверка импорта
Настройка вычислительной среды · compute-env-setup	Названа среда на хосте SSH/Slurm	Настроенная активация хоста и пользователя/администратора	Инструкции по установке и запись валидации
Дистанционные вычисления (SSH) · remote-compute-ssh	Рабочая нагрузка и подходящий вычислительный хост	SSH учетные данные, хост, планировщик, когда это применимо	Представленные работы, собранные результаты и опубликованные артефакты

автор

Навык	Ввод	Зависимости и исполнение	Результат проверки
Настройка · customize	Запрошенное изменение Skill или Specialist	Рабочий агент; нативные операции по кастомизации	Сохраненный пакет или роль с проверкой считывания
Фигурный стиль · figure-style	Актуальные данные и одна окончательная цифра	Функция Notebook и зависимость от графиков	Проверенный сюжет с разборчивыми этикетками и верными данными
Фигурный композитор · figure-composer	Одно утверждение и неизменные ссылки на передачу данных	Main Агент, делегирование, планирование и обзор	Многопанельная фигура и итерации обзора
Бумажный рассказчик · paper-narrative	Рукопись/абстракт, подписи и упорядоченная колода фигур	Основанные версии артефактов и инструменты обзора	Бумажный бриф и упорядоченный аргумент фигуры

Ссылка на осуществление: manifest.json.