Примерные данные и ожидаемые результаты
Используйте эти общедоступные файлы для воспроизведения примеров документации. Описание источника, контрольная сумма оригинального файла и базовый уровень выборки-QC находятся здесь; Индивидуальные руководства по функциям ссылаются на них вместо повторения истории набора данных.
Исходный и входной контракты
Серия рекордов GEO поставляет оригинальный GSE60450_Lactation-GenewiseCounts.txt.gz. Результаты анализа рабочего процесса RNA-seq предоставляет методологический контекст для этого набора данных. Наш пример останавливается на описательном преданализе QC. Он не воспроизводит полный анализ этой статьи.
| Недвижимость | Проверенная стоимость |
|---|---|
| Декомпрессированный файл | GSE60450_Lactation-GenewiseCounts.txt |
| Размер | 1,340,161 байты |
| Генные ряды | 27,179 |
| колонны | EntrezGeneID, Length и 12 столбцы выборочного счета |
| SHA-256 | 128d2411f3169de0cac9963c30152bb5c9a3083ac80fd25651b97cf4b7304691 |
| Дублирующие идентификаторы генов / недостающие записи / недействительные подсчеты | 0 / 0 / 0 |
Скачать неизмененный декомпрессированный вход или Оригинальный сжатый файл. Инструмент метаданных Omics Archives приложения может возвращать дополнительные URL-адреса; Он не загружает таблицы подсчета автоматически. Этот источник был загружен отдельно и загружен через файлы Attach.
Базовый уровень выборки КК
| Образец | Полный сырой счет | Гены нулевого счета | Обнаруженные гены | Среди обнаруженных среди |
|---|---|---|---|---|
| MCL1-DG | 23,227,641 | 8664 | 18515 | 237 |
| MCL1-DH | 21,777,891 | 8792 | 18387 | 223 |
| MCL1-DI | 24,100,765 | 8646 | 18533 | 213 |
| MCL1-DJ | 22,665,371 | 8706 | 18473 | 194 |
| MCL1-DK | 21,529,331 | 9082 | 18097 | 188 |
| MCL1-DL | 20,015,386 | 9169 | 18010 | 190.0 |
| MCL1-LA | 20,392,113 | 9247 | 17932 | 257.0 |
| MCL1-LB | 21,708,152 | 8828 | 18351 | 252 |
| MCL1-LC | 22,241,607 | 9803 | 17376 | 191.0 |
| MCL1-LD | 21,988,240 | 9904 | 17275 | 176 |
| MCL1-LE | 24,723,827 | 10478 | 16701 | 138 |
| MCL1-LF | 24,657,293 | 10434 | 16745 | 135 |
Компактные метки отображаются на полные идентификаторы образца в CSV. Четыре числовые метрики были независимо проверены для этого входа. Это описательные необработанные чеки; Они не подтверждают нисходящий статистический дизайн.
Сохраненные примеры результатов
| Скачать | Содержание |
|---|---|
| QC CSV | Двенадцать строк, точное отображение столбцов и четыре метрики |
| Рисунок | Сырой объем выборки |
| Доклад о методах | Методы, целостность источника и независимая метрическая проверка |
| Notebook ZIP | Неизменный родной .ipynb экспорт |
Выберите другой пример
| Задача | Ввод или ссылка | Инструкции |
|---|---|---|
| Первый сохраненный результат | двенадцатирядный QC CSV выше | Первый проект |
| Пересчет полной матрицы | Первоначальная матрица подсчета генов выше | Рабочий процесс по качеству данных |
| Организуйте коллекцию литературы | Проверенный список чтения PRISMA Ссылки на издательство | Основной список чтения |
| Попробуйте небольшой обратный расчет сворачивания | Убиквитин человека 1UBQ | Научные инструменты |
Методы отчета и Notebook сохраняют записанные пути вычислений и объем доказательств. Подготовьте свое собственное местоположение ввода и зависимости перед повторным запуском.