Notebook и доказательства казни

Используйте Notebook для проверки исполняемого кода, запуска команды в текущем ядре и отслеживания фоновой работы. Для сохраненного файла откройте Provenance, чтобы проверить исполнение и доказательства, связанные с этой версией файла.

Перед запуском Python или R, Включите совместимое время выполнения. Для полного анализа данных используйте рабочий процесс с публичными данными.

Платформа

macOSWindowsLinux

Ваш выбор хранится в разных главах.

Открыть сеанс Notebook

1. Откройте проект и разговор, содержащий расчет, который вы хотите проверить. Если вы только начинаете, попросите агента выполнить небольшой расчет в Сессия Notebook.
2. Выберите Open notebook или используйте меню View notebook.
3. Выберите вкладку Notebook, когда активен предварительный просмотр файла.
4. Используйте Agent для выбора владельца исполнения, а Python / R / Баш для выбора языка.
5. Откройте пронумерованный прогон и прочитайте его выход и состояние завершения. копируемая активность с пометкой code shown содержит отображаемый код; Проверить оригинальную производственную сессию на предмет ее исполнения.

Контроль	Меры	Результат
Агент	Выберите Main или детский агент	Отображает записи владельца; Агенты могут иметь отдельные ядра
Язык	Выберите доступный язык	Изменяет записи и консоль; Установка отсутствующих языков в Runtimes
Номерной пробег	Выберите записанное исполнение	Открывает свой код, выход и статус
Скопировать в буфер обмена	Копии выбранного кода	Сохраняет внешние пути и зависимости, как написано
Скрытый выход / Show output	Коллапс или расширение производства	Изменяет вид без повторного кодирования
Запуск кода в этом ядре...	Введите и отправьте код	Исполнители в выбранном живом ядре
Обсуждение Close/Collapse	Вернуться к разговору	Хранит записанную историю казни

Проверяйте Входные данные / Inputs при наличии. Сопоставьте отображаемый файл и версию с вашим запросом. Если ссылка недоступна, повторно откройте или прикрепите предполагаемый ввод через приложение перед повторным использованием.

Работа в живом ядре

Проверь себя в живом ядре

Выберите Python, нажмите Запуск кода в этом ядре... и введите следующую автономную команду. Для этого не требуется набор данных, сторонний пакет или переменные из более раннего разговора:

import sys
print("Python:", sys.version.split()[0])
print("Executable:", sys.executable)

Нажмите Входить для выполнения; Используйте Сдвиг + вход для новой линии. Откажитесь от открытого меню автозаполнения с Побег перед отправкой. Подтвердите номер Python - ты и информацию о переводчике на выходе. Исполняемый файл должен принадлежать выбранному вами времени выполнения.

Для R выберите R и отправьте:

cat(R.version.string, "\n")
cat("R home:", R.home(), "\n")

Проверьте запись R и его выход. Python и R имеют отдельные переменные. NameError или object not found обычно означает, что названный объект не был создан в этом ядре. Проверьте свой код перед повторным использованием команды из другого сеанса.

Для проверки работы переводчика и сохранения результатов откройте Python и R Runtimes и выберите Windows в верхней части страницы.

Проверить живые переменные

1. Выберите Inspect variables после выполнения, которое создает переменные.
2. Читайте Name, Type, Size / Shape и Preview.
3. Введите имя из собственного кода в Filter variables. Для примера скриншота sha фильтрует перечисленные хеш-варианты; Выберите имя, которое существует в вашем ядре.
4. Используйте Refresh variables для чтения текущего пространства имен и Show private variables, если имя, которое вам нужно, скрыто.
5. Выберите Close, чтобы вернуться в Notebook.

Предварительный просмотр может сократить значение; Распечатайте необходимое поле в консоли, чтобы полностью осмотреть его. Variable tracking is limited означает, что график зависимости неполный. Для отслеживаемого результата несвежий указывает на изменение зависимости; unknown означает, что отношения не могут быть установлены. Перезагрузка затронутого кода перед использованием устаревшего результата.

Продолжить после изменения ядра

Изменение или восстановление времени выполнения может остановить его ядро. Сохраненные файлы и записи исполнения остаются отдельными от переменных в памяти. После изменения запустите проверку интерпретатора выше, воссоздайте требуемые переменные, повторив их код создания и снова откройте сохраненные файлы, которые вам нужны.

Используйте Среды выполнения для отмены установки и переустановки. Восстановление рабочего времени, нормальный перезапуск ядра и восстановление фоновой работы - это разные операции; Проверяйте статус соответствующей операции, а не предполагайте, что они восстанавливают идентичное состояние.

Проверить тот же ген в R

Практический пример Проверьте количество генов GSE60450 в R

1. Установить и включить R.
2. Прикрепите Оригинальная матрица. Если вы сравниваете результат Python, приложите этот CSV к тому же разговору.
3. Запросить выполнение Session Notebook → R и требования ввода/вывода в рабочий процесс качества данных. Укажите сохранение полных идентификаторов и отдельного выходного файла.
4. Если появляется Change notebook runtime?, подтвердите Язык: R и предполагаемый интерпретатор. Проверьте окружение по следующему запросу Run R code?.
5. Откройте Notebook → R, прочитайте запись исполнения, затем откройте сохраненный CSV, фигуру и отчет.

Сравните показатели по полному идентификатору выборки с использованием Общий базовый уровень. Храните исходный источник и записывайте, какие показатели включают или исключают нулевые числа. Raw-count QC готовит данные для отдельно разработанного статистического анализа.

Сохраните результат R и его доказательства вместе.

Откройте сохраненный CSV Provenance → Execution Log → Download notebook. Сохраняйте экспорт наряду с его вкладом и результатами. Экспорт для одной версии файла может опустить более поздние команды ручной консоли.

Опись пакета Runtimes описывает установленную среду; Provenance описывает доказательства окружающей среды, захваченные для конкретного файла. Прочтите уведомления partial или кэшированные уведомления, а не сравнивайте количество пакетов, как если бы они были одним и тем же списком.

Справочные задачи и доставка результатов

Запросите выполнение фона, когда поддерживаемые Python, R, постоянные задачи REPL или оболочки должны продолжаться, пока вы работаете в другом месте. Включите в запрос входные данные, выходные данные и состояние остановки.

1. После входа откройте запись разговора Background tasks. Он группирует локальные пробеги и удаленные вычислительные работы; Беседа без задач может не показать этого.
2. Прочитайте идентичность задачи, окружающую среду, статус и прошедшее время.
3. Выберите Open, чтобы проверить соответствующий запуск Notebook или вычислить работу.
4. Чтобы остановить задачу, выберите ее Cancel-контроль и дождитесь, пока статус будет урегулирован. Проверяйте файлы, которые уже были сохранены до их использования или удаления.
5. После завершения проверьте доставленное сообщение о результате и откройте сохраненные выходы.
6. После прерывания или перезагрузки приложения проверьте существующую задачу и любое сообщение о восстановлении, прежде чем отправлять другую копию.

Состояние	Что проверить
Бег / Running	Избранное окружение и прогресс; Работа с оболочкой может подождать слота для исполнения
Отмена / Cancelled	Является ли отмена все еще обрабатывается или решено
Завершено	Результат выхода и сохраненные выходные файлы
Неудачный / Timed Out / Interrupted	Первая ошибка, сохраненный выход и предложенные действия по восстановлению
Результат недоступен	Существующие записи о работе и детали восстановления

Закрытие списка задач оставляет задачу запущенной. Завершение вычисления и доставка его итогового сообщения являются отдельными этапами. Дистанционные рабочие места также нуждаются в условиях хоста и планировщика в Дистанционные вычисления.

Проверить улики одной сохраненной версии

Откройте сохраненный файл и выберите File actions → Provenance или Открыть Provenance в расширенном предварительном просмотре. Сначала подтвердите выбранную версию файла.

Вкладка или управление	Используйте его для проверки
Код	Захваченный код производителя, ссылки на входные данные, копирование / загрузка и генерация сценария
Журнал выполнения	Записи исполнения заморожены для выбранной версии
Сообщения	Захваченные запросы и решения, связанные с результатом
Среда	Интерпретатор, информация о пакете и статус захвата; смотреть Восстановительные условия.
Воспроизводимость	Захваченные входы, повторные проверки, сравнения выходов и записи проверки.
Обзорная статья	Обзор, связанный с этой точной версией файла
Предыдущая / Следующая версия Артефакта	Доказательства для другой сохраненной версии; Недоступно, когда не существует
Закрыть сведения о происхождении	Вернуться в Превью

этикетка	Значение и последующие действия
ограниченный	Сохраненные доказательства охватывают ограниченный объем. Сохраните этот объем с экспортированным кодом и результатами.
частичный	Некоторая информация об окружающей среде отсутствует или неподтверждена. Запись необходимых зависимостей перед повторным использованием.
Для этой версии нет проверки	Эта версия файла не имеет соответствующего обзора. Использовать Рецензент Чтобы понять разговор и обзор артефактов.
Кэшированная среда	Инвентарь был повторно использован. Проверьте фактический интерпретатор / пакеты, когда изменения окружающей среды имеют значение.

Редактирование отчета создает другую версию файла; Он не повторяет вычисления, которые произвели отдельный CSV. Смотрите Файлы и версии.

Чтобы проверить обзор, выберите Review для требуемой версии, расширьте его проверки и используйте Go to transcript для проверки цитируемой деятельности. No issues found применяется к этим проверкам и этой версии; Он не заполняет отсутствующие доказательства казни или окружающей среды. Если обзор был прерван, откройте его запись Review error и выберите Re-run review. После завершения вернитесь на вкладку Review и подтвердите новый результат. Неудавшаяся попытка может остаться заметной в разговоре.

Воспроизводимость

Чтобы повторить полученный результат, сравнить результаты и сохранить запись проверки, следуйте Руководство по воспроизводимости. Эта глава охватывает выполнение Notebook, проверку происхождения и экспорт кода.

Экспорт и повторное использование кода

Выберите экспорт, который соответствует вашей цели:

Цель	Вступление	Содержание
Прочитайте записанный код производителя	Code → Captured producer block → Download	Захваченный источник с его оригинальными путями и зависимостями
Храните записанные ячейки Notebook	Execution Log → Download notebook	Экспорт Notebook для выбранного результата/версии
Подготовьте портативный скрипт	Code → Generate script	Модельная реконструкция для проверки и испытания

Создайте автономный сценарий

1. Откройте предполагаемую версию Provenance → Code. Проверьте Inputs и Execution Log.
2. Выберите совместимую модель по умолчанию в Settings → Model → Main model. Эта вспомогательная функция использует ту политику, которая может отличаться от выбора модели разговора.
3. Выберите Generate script и дождитесь окончания Generating….
4. Прочитайте этикетку Реконструкция, сгенерированная LLM. Проверяйте пути ввода, зависимости и места вывода перед выбором Download script.
5. В системе сохраняют диалог, выбирают отдельный каталог, проверяют имя файла .py и подтверждают Save. Откройте сохраненный файл, чтобы подтвердить, что он содержит отображаемый код.
6. Предоставьте входные данные, используя точные имена файлов, ожидаемые скриптом, подготовьте его зависимости, а затем запустите его за пределами приложения. Сравните выходные поля и контрольную сумму входа с сохраненным результатом. Завершенная загрузка сама по себе не проверяет расчет.

Практический пример Перезагрузите экспортированный чек RNA-seq за пределами приложения

Для примера, загружаемого с возможностью запуска, сохраните сценарий, Входной вход CSV и Ожидаемый JSON в одну папку. В этой папке запустите python3 GSE60450-portable-check.py. Сценарий использует стандартную библиотеку Python. Переименуйте ожидаемый JSON в expected.json перед запуском: сценарий пишет GSE60450-portable-check.json. Сравните сгенерированный файл с expected.json, прежде чем адаптировать скрипт к новым данным.

Скачать код, когда генерация скриптов недоступна

Если приложение возвращает Реконструкция кода Artifact недоступна при аутентификации подписки Codex., используйте совместимого провайдера для этой вспомогательной операции или загрузите захваченный код производителя. Эта ошибка касается реконструкции сценария, а не обычного выполнения Codex Notebook.

Для РЕЗУЛЬТАЦИЯ_БЕЗОПАСНОСТЬ проверьте недостающие входы или доказательства выполнения. Загрузка захваченного кода сохраняет доступный код; Он не может восстановить шаги, которые никогда не были захвачены.

Экспорт и повторное использование Notebook

Выберите Provenance → Execution Log → Download notebook, выберите местоположение и сохраните. Откройте экспорт и проверьте его язык, ячейки и выходы.

Перед внешним повтором подготовьте входные файлы, записанные зависимости и каталог записываемого вывода. Замените пути, управляемые приложением, только в рабочей копии, сохраняя оригинальный экспорт нетронутым. Экспорт не объединяет учетные данные или полную среду применения. Примеры экспорта можно найти в Примеры данных.

Толкование ошибок и предупреждений

симптом	Следующее действие
Недостающая переменная	Перезапуск кода, который определяет его на выбранном языке/ядре
Недостающий пакет	Проверьте пакеты Runtime и следуйте Среды выполнения
Вводная версия недоступна	Откройте или прикрепите намеченный текущий ввод; Установить его личность с помощью приложения
Ошибка / доступ запрещен	Проверить запрашиваемый файл и объем разрешения; Сообщать о постоянных сбоях доступа с использованием устранение неполадок
Ошибка сети/установщика	Следуйте за мной Сеть использование имени хоста и полной ошибки
Предупреждение с завершенным пробегом	Прочитайте, на что влияет предупреждение, а затем проверьте сохраненный результат, прежде чем решить, следует ли повторно использовать его.

При сообщении о проблеме сохраняйте первую неисправную строку, выбранное время выполнения, идентификатор файла и состояние задачи. Связь сохранила выход к его фактическому производству.