Die Anwendung bietet 23 gebündelt Skills. Dieses Verzeichnis gruppiert sie nach der Arbeit, die sie unterstützen. Angaben zur versandten Methode; Sie behaupten nicht, dass jedes externe Modell, jede Abhängigkeit oder jeder Dienst installiert ist.
Für Methoden, die über die App verteilt werden, verwenden Sie das Marktplatz-Installationsleitfaden. Das unten stehende Verzeichnis hilft Ihnen bei der Auswahl einer Forschungsmethode; Es ist kein Live-Inventar von Marktplatzversionen.
Prüfung der Bereitschaft, bevor eine Methode ausgewählt wird
- Öffnen Sie den Skill in den Einstellungen und lesen Sie die vollständigen Anforderungen und Hinweise von Drittanbietern.
- Vergleichen Sie den Eingabetyp mit Ihren tatsächlichen Daten. Eine Bulk-RNA-seq-Tabelle ist kein Einzelzellen-AnnData-Objekt; eine molekulare Zeichnung ist kein Andockergebnis.
- Überprüfen Sie die ausgewählte Laufzeit und die Pakete. Wählen Sie für Remote-Arbeiten einen verwendbaren Compute-Host aus und inspizieren Sie dessen Umgebung, bevor Sie einreichen.
- Fordern Sie einen begrenzten Durchlauf an, prüfen Sie die tatsächliche Ausgabe und behalten Sie die Eingabe- / Versionsreferenzen bei, bevor Sie hochskalieren.
Zwei zusätzliche manifeste Einträge, Selbst-Bewusstsein und Skill-Creator, sind interne Rahmenressourcen. Es handelt sich nicht um benutzerseitige Verzeichniseinträge. Persönliche oder importierte Skills, einschließlich rnaseq-count-qc, sind getrennt von der Anzahl von 23.
Die drei Environment-Anwendungen Skills und Customize bleiben aktiviert; siehe Aktivierungsregeln. Verwenden Sie gebündeltes Manifest, um versendete Methoden zu identifizieren, und Remote Compute für die Einrichtung des Hosts und die Auslieferung der Ergebnisse.
Durchsuchen nach Forschungsaufgabe
Proteinstruktur
| Fähigkeit | Eingabe | Abhängigkeiten und Ausführung | Inspizierung der Produktion |
|---|
AlphaFold2 · alphafold2 | Protein FASTA; Monomer oder Komplex | ColabFold, Modellgewichte, GPU; optionaler öffentlicher MSA-Dienst | Voraussichtliche Strukturen und Konfidenzwerte |
Bolz · boltz | Protein/DNA/RNA/Ligandkomplex-Spezifikation | Boltzpackung, Gewichte, GPU; MSA-Zugang, wenn beantragt | Komplexe Struktur und Vertrauen; Optionaler Affinitätsausgang |
Chai-1 · chai1 | FASTA mit mehreren Unternehmen | Chai-Labor, Gewichte, GPU | All-Atom-Komplex und Vertrauen |
ESMFold2 · esmfold2 | Sequenzen oder komplexe Eingaben | Biohub esm Paket, Gewichte, CUDA; Unterschied zu Fair-ESM | Strukturvorhersagen; ESMC-Vertretung, sofern beantragt |
OpenFold3 · openfold3 | Spezifikation Protein/Nukleinsäure/Liganden | OpenFold3, weights/access, CUDA und konfigurierte Kernel | Komplexe Strukturen und Partituren |
Proteindesign
| Fähigkeit | Eingabe | Abhängigkeiten und Ausführung | Inspizierung der Produktion |
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DiffDock · diffdock | Ziel-PDB plus Ligand SMILES/SDF | DiffDock-Repository, Gewichte und GPU | Rangligandenposen; Pose-Vertrauen ist keine Affinität |
ProteinMPNN · proteinmpnn | Rückgrat-PDB, konstruiert/feste Ketten und Rückstände | Lager, Kontrollpunkte, Fackel/Zahl; Small Jobs unterstützen CPU | Entworfene Sequenzen und Scores |
LigandMPNN · ligandmpnn | Rückgrat plus Ligand/Metall/Nukleinsäurekontext | Repository und Python Abhängigkeiten; Small Jobs unterstützen CPU | Sequenzen und Gewindestrukturen |
LöslicheMPNN · solublempnn | Proteinrückgrat | ProteinMPNN-Repository und lösliche Kontrollpunkte; CPU möglich | Sequenzen unter dem löslichen Modell vor |
Sequenz und Zellen
| Fähigkeit | Eingabe | Abhängigkeiten und Ausführung | Inspizierung der Produktion |
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ESM-2 · fair-esm2 | Proteinsequenzen | fair-esm und Gewichte; gebündeltes Verfahren verwendet GPU | Einbettungen, Logits oder Kontaktvorhersagen |
Borzoi · borzoi | DNA-Fenster mit angegebenen Genom/Koordinaten | Borzoi-Pytorch, Gewichte und CUDA | Voraussichtliche genomische Spuren oder Referenz-/Alternat-Deltas |
Evo 2 · evo2 | DNA-Sequenzen oder Präfixe | Evo 2 Gewichte, kompatibles CUDA und ausreichend Speicher | Sequenzwahrscheinlichkeiten, Einbettungen oder erzeugte DNA |
scGPT · scgpt | Einzelzell-AnnData mit Gen-Vokabular-Mapping | scGPT-Paket, Checkpoint und GPU | Zelleinbettungen oder Annotationsausgänge |
scvi-tools · scvi-tools | Anzahl der Einzelzellen und Batch-/Label-Metadaten | scvi-tools/scanpy/anndata; Gebündelter Trainingsworkflow erwartet GPU | Latente Darstellung, Label-Transfer oder modellbasierte Vergleiche |
Nachweise und Schriftstücke
| Fähigkeit | Eingabe | Abhängigkeiten und Ausführung | Inspizierung der Produktion |
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Literaturrecherche · literature-review | Forschungsfrage, Identifikatoren oder Papiere | Quellenabruf; OpenAlex-Schlüssel für OpenAlex-Operationen | Verifizierte Evidenzsynthese und Zitate |
Angabendossier · indication-dossier | Eine Indikation als Patientenpopulation eingerahmt | Forschungswerkzeuge und Source Access | Resumable Research Waypoints und ein Dossier |
Umgebung
| Fähigkeit | Eingabe | Abhängigkeiten und Ausführung | Inspizierung der Produktion |
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Umwelt & Pakete · env-management | Fehlende Paket- oder Versionsfrage | Ausgewählte Python/R Laufzeit und erlaubte Paketquelle | Paketinspektion, verwaltete Installation und Importkontrolle |
Einrichtung einer Comput-Umgebung · compute-env-setup | Benannte Umgebung auf einem SSH/Slurm-Host | Konfigurierte Host- und Benutzer-/Admin-verwaltete Aktivierung | Einrichtungsanweisungen und Validierungsprotokoll |
Remote Compute (SSH) · remote-compute-ssh | Ein Workload und ein berechtigter Compute Host | SSH-Zugangsdaten, Host, gegebenenfalls Scheduler | Eingereichte Arbeit, geerntete Ergebnisse und veröffentlichte Artefakte |
Autorisierung
| Fähigkeit | Eingabe | Abhängigkeiten und Ausführung | Inspizierung der Produktion |
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Anpassen · customize | Eine angeforderte Skill oder Specialist Änderung | Arbeitsbeauftragte; Native Customization Operationen | Gespeichertes Paket oder Rolle mit Read-Back-Verifizierung |
Figurenstil · figure-style | Tatsächliche Daten und eine endgültige Zahl | Notebook Funktion und Plot Abhängigkeiten | Besichtigte Fläche mit lesbaren Etiketten und zuverlässigen Daten |
Bildkomponist · figure-composer | Ein Anspruch und unveränderliche Datenversionsreferenzen | Main Agent, Delegation, Plot und Review | Multi-Panel Figur und Review Iterationen |
Paper Narrative · paper-narrative | Manuskript/Abstract, Bildunterschriften und geordnetes Figurendeck | Geerdete Artefaktversionen und Review-Tools | Paper Brief und ein geordnetes Zahlenargument |
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