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Skillディレクトリ

アプリケーションは 23はSkillsを束ねました を提供します。 このディレクトリは、彼らがサポートする作業によってそれらをグループ化します。 配送方法の説明 外部モデル、依存性、またはサービスがインストールされていることを主張しません。

アプリを通じて配布される方法については、マーケットプレースインストールガイド を使用します。 以下のディレクトリは、研究方法を選ぶのに役立ちます。 マーケットプレースバージョンのライブ在庫ではありません。

方法を選択する前に、読みやすさをチェックする​

  1. 設定でSkillを開き、完全な要件とサードパーティの通知をお読みください。
  2. 実際のデータで入力タイプを比較します。 バルクRNA-seqテーブルは単一セルAnnDataオブジェクトではありません。 分子図はドッキング結果ではありません。
  3. 選択したランタイムとパッケージを調べます。 リモートワークでは、使用可能な Compute Host を選択し、送信する前に環境を検査します。
  4. 1つの境界線の実行を要求し、実際の出力を点検し、スケーリングする前に入出力/バージョンの参照を保って下さい。

2つの追加のマニフェストエントリ、自己認識とスキルクレエーターは、内部フレームワークリソースです。 user-facing ディレクトリエントリではありません。 rnaseq-count-qc を含む個人または輸入 Skills は、23 のカウントとは別です。

3つの環境アプリケーションSkillsとカスタマイズ可能な滞在; 活性化ルール を参照してください。 バンドルマニフェスト を使用して、ホストのセットアップと結果の配信のために、出荷されたメソッドと 遠隔計算 を識別します。

研究タスクでブラウズする​

タンパク質構造​

スキル入力依存関係と実行点検への出力
アルファフォールド2 · alphafold2蛋白質FASTA; モノマーまたは複合体ColabFold、モデル重量、GPU; 任意公衆MSAサービス予測された構造と自信スコア
ボルツ · boltzProtein/DNA/RNA/ligandの複雑な指定ボルツのパッケージ、重量、GPU; 要求されるMSAのアクセス複雑な構造と自信; 任意類縁の出力
チャイ1 · chai1マルチエンティティティファスタchai-lab, 体重, GPUオールアトムの複雑さと自信
ESMフォールド2 · esmfold2シーケンスまたは複雑な入力バイオハブのesmのパッケージ、重量、CUDA; フェア・エスムとは構造予測; 要求されるESMCの表現
オープンフォールド3 · openfold3タンパク質/核酸/リガンド仕様OpenFold3、重量/アクセス、CUDA、および構成されたカーネル複雑な構造とスコア

蛋白質の設計​

スキル入力依存関係と実行点検への出力
ディフドック · diffdockターゲット PDB とリガンド SMILES/SDFDiffDockリポジトリ、重量、GPUランク付きリガンドポーズ; 偽りの自信は肯定的ではありません
プロテインMPNN · proteinmpnnバックボーン PDB、設計/修正されたチェーンおよび残余リポジトリ、チェックポイント、トーチ/数字; 小さなジョブがCPUをサポート設計されているシーケンスとスコア
リガンドMPNN · ligandmpnnバックボーンとリガンド/金属/核酸コンテキストリポジトリとPythonの依存関係; 小さなジョブがCPUをサポートシーケンスとネジ構造
SolubleMPNNの特長 · solublempnn蛋白質のバックボーンProteinMPNN リポジトリと溶性チェックポイント; CPU 対応溶性モデル前のシーケンス

シーケンスと細胞​

スキル入力依存関係と実行点検への出力
ESM-2の特長 · fair-esm2タンパク質シーケンス公正なエスムと重量; バンドルされたプロシージャはGPUを使用します埋め込み、ログイン、または連絡先の予測
ボルソイ · borzoiゲノム/座標を記述したDNAの窓borzoi-pytorch、重量およびCUDA予測されたゲノムトラックまたは参照/代替デルタ
エボ2 · evo2DNAシーケンスまたはプレフィックスEvo 2 の重量、多用性がある CUDA および十分な記憶配列の尤度、埋め込むか、または生成されたDNA
スキャプラー · scgpt遺伝子の語彙マッピングによる単一セルAnnDatascGPTパッケージ、チェックポイント、GPUセル埋め込みまたはアノテーション出力
スキャビツール · scvi-tools単一セルカウントとバッチ/ラベルメタデータscvi-tools/scanpy/anndata; 束ねられた訓練のワークフローはGPUを期待しますラテント表現、ラベル転送、モデルベースの比較

証拠と文章​

スキル入力依存関係と実行点検への出力
文献レビュー · literature-review研究の質問、識別子または論文源の検索; OpenAlex 操作用の OpenAlex キー検証された証拠の統合と引用
徴候のDossier · indication-dossier患者集団としての適応リサーチツールとソースアクセス再開可能な研究のウェイポイントとドシエ

環境​

スキル入力依存関係と実行点検への出力
環境・パッケージ · env-managementパッケージやバージョンの問題の欠如Python/R のランタイムおよび許可されたパッケージのソースの選択パッケージの点検、管理された取付けおよび輸入の点検
コンピューティング環境設定 · compute-env-setupSSH/Slurm ホスト上の名前付き環境ホストおよびユーザー/admin管理された活発化を構成しましたセットアップ手順と検証レコード
リモートコンピューティング(SSH) · remote-compute-sshワークロードと資格のある Compute HostSSH認証、ホスト、スケジューラ適用時提出された仕事、収穫された結果および公表されたアーティファクト

投稿ナビゲーション​

スキル入力依存関係と実行点検への出力
カスタマイズ · customize要求されるSkillかSpecialistの変更働く代理店; ネイティブのカスタマイズ操作保存されたパッケージまたは読み戻り検証によるロール
図スタイル · figure-style実際のデータと1つの最終図Notebook機能と依存関係のプロット著名なラベルと忠実なデータでプロットを検査
図コンポーザー · figure-composer1つのクレームと不変なデータバージョンリファレンスMain 代理店、委任、プロットおよび検討マルチパネル図とレビュー反復
ペーパー ナレーション · paper-narrative原稿/抄録、キャプション、図鑑デッキグラウンドアーティファクトバージョンとレビューツールペーパーブリーフと注文された図引数

実装参照: マニフェスト.json.

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