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Skill 目录

应用提供 23 个内置 Skill。本页按工作类型分类；条目描述随应用提供的方法，不表示所有外部模型、依赖和服务已经安装。

安装应用分发的方法，见市场安装说明。下方目录用于选择科研方法，不是市场版本的实时清单。

选择前检查可用条件​

  1. 在 Settings 打开 Skill，阅读完整要求及第三方服务说明。
  2. 对照真实输入类型。bulk RNA-seq 表不是单细胞 AnnData，分子绘图也不是对接结果。
  3. 检查所选运行环境和包。远程任务应先选择可用 Compute Host，核对环境后提交。
  4. 先运行小范围任务，检查实际输出并保留输入版本，再扩大规模。

manifest 还有 self-awareness、skill-creator 两个内部资源，不作为用户目录条目。Personal 或 Imported 包（包括 rnaseq-count-qc）不计入这 23 个。

实现依据: manifest.json。

Environment 分组的三个应用 Skills 及 Customize 始终启用，见启用规则。随应用提供的方法见内置清单，主机设置和结果送达见远程计算。

按研究任务查找​

蛋白结构​

Skill输入依赖与执行条件应检查的输出
AlphaFold2 · alphafold2蛋白 FASTA，单体或复合物ColabFold、权重、GPU；可调用公共 MSA 服务预测结构与置信度
Boltz · boltz蛋白、DNA、RNA、配体复合物定义Boltz 包、权重、GPU；按任务使用 MSA复合物结构、置信度及可选亲和力输出
Chai-1 · chai1多实体 FASTAchai-lab、权重、GPU全原子复合物与置信度
ESMFold2 · esmfold2序列或复合物输入Biohub esm、权重、CUDA；不同于 fair-esm结构预测，或按任务生成 ESMC 表征
OpenFold3 · openfold3蛋白、核酸、配体定义OpenFold3、权重访问、CUDA 与相应内核复合物结构与评分

蛋白设计与对接​

Skill输入依赖与执行条件应检查的输出
DiffDock · diffdock靶标 PDB 与配体 SMILES/SDFDiffDock 仓库、权重和 GPU排序后的配体姿势；姿势置信度不等于亲和力
ProteinMPNN · proteinmpnn骨架 PDB、设计或固定的链与残基仓库、权重、torch/numpy；小任务支持 CPU设计序列与评分
LigandMPNN · ligandmpnn骨架及配体、金属或核酸上下文仓库与 Python 依赖；小任务支持 CPU序列与回填结构
SolubleMPNN · solublempnn蛋白骨架ProteinMPNN 与可溶模型权重；可使用 CPU可溶模型先验下的序列

序列与细胞​

Skill输入依赖与执行条件应检查的输出
ESM-2 · fair-esm2蛋白序列fair-esm 与权重；内置流程使用 GPU嵌入、概率输出或接触预测
Borzoi · borzoi明确基因组与坐标的 DNA 窗口borzoi-pytorch、权重与 CUDA基因组轨道预测或参考/变异差值
Evo 2 · evo2DNA 序列或前缀Evo 2 权重、兼容 CUDA 和足够内存序列似然、嵌入或生成 DNA
scGPT · scgpt带基因词表映射的单细胞 AnnDatascGPT、权重与 GPU细胞嵌入或注释结果
scvi-tools · scvi-tools单细胞计数与批次、标签元数据scvi-tools/scanpy/anndata；内置训练流程要求 GPU潜在表征、标签迁移或模型比较

证据与写作​

Skill输入依赖与执行条件应检查的输出
Literature Review · literature-review问题、文献 ID 或论文来源检索；OpenAlex 操作需要其密钥可追溯的证据综合与引用
Indication Dossier · indication-dossier以患者群体定义的适应证研究工具和来源访问可继续的阶段文件及研究报告

环境与计算​

Skill输入依赖与执行条件应检查的输出
Environment & Packages · env-management缺包或版本问题选定 Python/R 及可访问的包源包检查、托管安装和导入验证
Compute Environment Setup · compute-env-setupSSH/Slurm 主机上的命名环境已配置主机，用户或管理员管理激活文件环境准备指引与验证记录
Remote Compute (SSH) · remote-compute-ssh工作负载和可用 Compute HostSSH 凭据、主机和适用的调度器任务提交、结果收集与发布

资源与图表创作​

Skill输入依赖与执行条件应检查的输出
Customize · customizeSkill 或 Specialist 修改需求可用 Agent 及原生资源操作保存后可重新读取的包或角色
Figure Style · figure-style真实数据及一张最终图Notebook 函数与绘图库检查过数据与标签的图
Figure Composer · figure-composer一条主张与不可变数据版本引用Main Agent、委派、绘图与复核多面板图及复核记录
Paper Narrative · paper-narrative稿件或摘要、图注及完整图组可追溯文件版本与复核工具论文简报与图组论证顺序

按具体方法准备依赖、权重和计算资源。小型 ProteinMPNN CLI 示例见科学工具，GPU 条件见远程计算；这些示例不覆盖全部蛋白预测或训练方法。

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