directorio Skill

La aplicación proporciona 23 incluido Skills. Este directorio los agrupa por el trabajo que apoyan. Las entradas describen el método enviado; no reclaman que se instale todo modelo externo, dependencia o servicio.

Para los métodos distribuidos a través de la aplicación, utilice el guía de instalación de marketplace. El directorio de abajo le ayuda a elegir un método de investigación; no es un inventario en vivo de versiones de mercado.

Comprueba la preparación antes de seleccionar un método

1. Abra el Skill en Ajustes y lea sus requisitos completos y avisos de terceros.
2. Compare el tipo de entrada con sus datos reales. Una tabla RNA-seq de granel no es un objeto AnnData de una sola célula; un dibujo molecular no es un resultado de atraque.
3. Inspeccione el tiempo de ejecución seleccionado y los paquetes. Para el trabajo a distancia, seleccione un anfitrión de computación utilizable e inspeccione su entorno antes de enviar.
4. Solicite una carrera atada, inspeccione la salida real, y retenga las referencias de entrada/versión antes de escalar.

Dos entradas de manifiesto adicionales, conciencia de sí mismo y creación de aptitudes, son recursos del marco interno. No son entradas de directorios de cara al usuario. Skills personal o importado, incluyendo rnaseq-count-qc, están separados del conteo de 23.

Las tres aplicaciones para el medio ambiente Skills y personaliza la estancia habilitada; ver reglas de activación. Utilice el paquete de manifiesto para identificar los métodos enviados y Computación remota para la configuración de host y la entrega de resultados.

Buscar por tarea de investigación

Estructura de proteínas

Habilidad	Entrada	Dependencias y ejecución	Producto para inspeccionar
AlphaFold2 · alphafold2	Protein FASTA; monómero o complejo	ColabFold, pesos modelo, GPU; servicio público opcional MSA	Estructuras predecidas y puntajes de confianza
Boltz · boltz	Proteína/DNA/RNA/ligand complex specification	Boltz paquete, pesos, GPU; Acceso a los servicios de asistencia judicial recíproca cuando se solicite	Estructura compleja y confianza; salida opcional de afinidad
Chai-1 · chai1	FASTA multi-entidad	chai-lab, pesos, GPU	Complejo de todos los atomos y confianza
ESMFold2 · esmfold2	Secuencias o insumos complejos	Paquete de biohub esm, pesos, CUDA; diferenciado de la feria	b) Predicciones de la estructura; Representaciones de la CESMC cuando se solicita
OpenFold3 · openfold3	Proteína/ácido-ácido-ligand especificación	OpenFold3, pesos/access, CUDA y núcleos configurados	Estructuras y puntajes complejos

Diseño de proteínas

Habilidad	Entrada	Dependencias y ejecución	Producto para inspeccionar
DiffDock · diffdock	Objetivo PDB más ligand SMILES/SDF	Repositorio DiffDock, pesos y GPU	Posiciones de ligando en posición; la confianza pose no es afinidad
ProteinMP · proteinmpnn	PDB, cadenas y residuos diseñados/fijados	Repositorio, puestos de control, antorcha/numpy; pequeños trabajos de apoyo CPU	Secuencias y partituras diseñadas
LigandMPNN · ligandmpnn	Espina dorsal más ligand/metal/nucleic-acid context	f) Las dependencias de repositorio y Python; pequeños trabajos de apoyo CPU	Secuencias y estructuras roscadas
SolubleMPNN · solublempnn	Espina dorsal de proteínas	Repositorio ProteinMPNN y puestos de control solubles; CPU posible	Secuencias bajo el modelo soluble anterior

Secuencia y células

Habilidad	Entrada	Dependencias y ejecución	Producto para inspeccionar
ESM-2 · fair-esm2	Secuencias de proteínas	de la equidad y de los pesos; procedimiento enganado utiliza GPU	Embeddings, logits o predicciones de contacto
Borzoi · borzoi	Ventanas de ADN con genoma declarado/coordinados	borzoi-pytorch, pesos y CUDA	Temas genómicos predecidos o referencia/alternate deltas
Evo 2 · evo2	secuencias de ADN o prefijos	Pesos Evo 2, CUDA compatible y suficiente memoria	Prefieres de secuencia, incrustaciones o ADN generado
scGPT · scgpt	AnnData de una célula con mapeo de vocabulario gen	scGPT package, checkpoint and GPU	Incrustaciones de células o salidas de anotación
Scvi-tools · scvi-tools	Conteos de células individuales y metadatos de lotes y etiqueta	scvi-tools/scanpy/anndata; flujo de trabajo de entrenamiento combinado espera GPU	Representación latente, transferencia de etiquetas o comparaciones basadas en modelos

Evidencia y escritura

Habilidad	Entrada	Dependencias y ejecución	Producto para inspeccionar
Revisión de la literatura · literature-review	Pregunta de investigación, identificadores o papeles	Retrieval de la fuente; llave OpenAlex para operaciones OpenAlex	Síntesis y citas de pruebas verificadas
Indicación Dossier · indication-dossier	Una indicación enmarcada como una población paciente	Herramientas de investigación y acceso a fuentes	Puntos de investigación resumibles y un dossier

Entorno

Habilidad	Entrada	Dependencias y ejecución	Producto para inspeccionar
Medio ambiente & Paquetes · env-management	Falta de paquete o pregunta de versión	Tiempo de ejecución seleccionado Python/R y fuente de paquete permitido	Inspección de paquetes, instalación gestionada y control de importación
Compute Environment Setup · compute-env-setup	Ambiente en un host SSH/Slurm	Activación configurada del host y gestionado por el usuario/admin	Instrucciones de configuración y registro de validación
Computación remota (SSH) · remote-compute-ssh	Un volumen de trabajo y un anfitrión de comisión elegible	SSH credenciales, host, agendador cuando sea aplicable	Trabajo presentado, resultados cosechados y artefactos publicados

Autorización

Habilidad	Entrada	Dependencias y ejecución	Producto para inspeccionar
Personalizar · customize	Un cambio solicitado Skill o Specialist	Funcionario de trabajo; operaciones de personalización nativa	Paquete o papel guardados con verificación de retorno
Estilo de la figura · figure-style	Datos reales y una cifra final	Función Notebook y dependencias de trama	Parcela inspeccionada con etiquetas legibles y datos fieles
Gráfico Compositor · figure-composer	Una reclamación y referencias de la conversión de datos inmutables	Main Agente, delegación, trama y revisión	Figura multipanel y iteraciones de revisión
Paper Narrative · paper-narrative	Manuscrito/abstract, capciones y cubierta de figuras ordenadas	Versiones de artefactos terrestres y herramientas de revisión	Paper brief and an ordered figure argument

Referencia de implementación: manifest.json.