Répertoire Skill

L'application fournit 23 groupé Skills. Ce répertoire les regroupe par le travail qu'ils supportent. Les entrées décrivent la méthode expédiée; ils ne prétendent pas que chaque modèle, dépendance ou service externe est installé.

Pour les méthodes distribuées via l'application, utilisez le Guide d'installation du marché. Le répertoire ci-dessous vous aide à choisir une méthode de recherche; il n'est pas un inventaire en direct des versions du marché.

Vérifier l'état de préparation avant de sélectionner une méthode

1. Ouvrez le Skill dans Paramètres et lisez ses exigences complètes et les avis de tiers.
2. Comparez le type d'entrée avec vos données réelles. Une table en vrac RNA-seq n'est pas un objet AnnData à cellule unique; un dessin moléculaire n'est pas un résultat d'arrimage.
3. Inspectez le temps d'exécution et les paquets sélectionnés. Pour le travail à distance, sélectionnez un serveur de calcul utilisable et inspectez son environnement avant de soumettre.
4. Demander une exécution limitée, inspecter la sortie réelle et conserver les références d'entrée/version avant d'augmenter l'échelle.

Deux autres entrées manifestes, la conscience de soi et la création de compétences, sont des ressources du cadre interne. Ils ne sont pas des entrées de répertoire orientées vers l'utilisateur. Les Skills personnels ou importés, y compris rnaseq-count-qc, sont séparés du nombre de 23.

L'application Environnement Skills et Personnaliser le séjour activé; Voir règles d'activation. Utilisez le manifeste groupé pour identifier les méthodes expédiées et Calcul à distance pour la configuration de l'hôte et la livraison des résultats.

L'innovation par tâche de recherche

Structure protéique

Compétence	Entrée	Dépendances et exécution	Produit à inspecter
AlphaFold2 · alphafold2	Protéines FASTA; monomère ou complexe	ColabFold, poids du modèle, GPU; service public optionnel MSA	Structures prévues et scores de confiance
Boltz · boltz	Caractéristiques du complexe protéique/ADN/ARN/ligand	Boîte à boltz, poids, GPU; Accès MSA sur demande	Structure complexe et confiance; sortie d'affinité optionnelle
Chai-1 · chai1	FASTA à entités multiples	poids, poids, GPU	Complexe tout-atome et confiance
ESMFold2 · esmfold2	Séquences ou entrées complexes	Paquet Biohub esm, poids, CUDA; distinct du fair-esm	les prévisions de structure; Représentations de l'ESMC sur demande
OuvrirFold3 · openfold3	Caractéristiques des protéines/acides nucléiques/ligands	OpenFold3, poids/accès, CUDA et noyaux configurés	Structures et scores complexes

Conception des protéines

Compétence	Entrée	Dépendances et exécution	Produit à inspecter
DiffDock · diffdock	Cible PDB plus ligand SMILES/SDF	DiffDock dépôt, poids et GPU	poses de ligand classé; poser la confiance n'est pas l'affinité
ProtéinesMPN · proteinmpnn	PDB à os, chaînes et résidus conçus/fixés	Dépôt, points de contrôle, torche/numpy; petits emplois soutien CPU	Séquences et partitions conçues
LigandMPNN · ligandmpnn	Contexte de ligand/métal/acide nucléique	Dépendances du dépôt et de la Python; petits emplois soutien CPU	Séquences et structures filetées
SolubleMPNN · solublempnn	Obstacles protéiques	dépôt de protéinesMPNN et points de contrôle solubles; CPU possible	Séquences selon le modèle soluble précédent

Séquence et cellules

Compétence	Entrée	Dépendances et exécution	Produit à inspecter
ESM-2 · fair-esm2	Séquences protéiques	fair-esm et poids; La procédure groupée utilise GPU	Embeddings, logits ou prévisions de contact
Borzoï · borzoi	Fenêtres d'ADN avec génome/coordonnées indiqués	borzoi-pytorch, poids et CUDA	Voies génomiques ou deltas de référence/alternats prévus
Evo 2 · evo2	Séquences ou préfixes d'ADN	Poids Evo 2, CUDA compatible et mémoire suffisante	Risques de séquence, d'intégration ou d'ADN généré
SPGPT · scgpt	AnnData monocellulaire avec cartographie du vocabulaire génétique	paquet scGPT, point de contrôle et GPU	Extrants d'intégration de cellules ou d'annotation
scvi-outils · scvi-tools	Nombre de cellules uniques et métadonnées par lots/étiquettes	scvi-tools/scanpy/anndata; flux de travail de formation groupé attend GPU	Représentation latente, transfert d'étiquettes ou comparaison fondée sur le modèle

Preuves et écriture

Compétence	Entrée	Dépendances et exécution	Produit à inspecter
Revue de littérature · literature-review	Questions, identifiants ou documents de recherche	la récupération des sources; Clé OpenAlex pour OpenAlex	Synthèse des preuves vérifiées et citations
Dossier d'indication · indication-dossier	Une indication encadrée comme une population de patients	Outils de recherche et accès aux sources	Points de repère et dossier de recherche récupérables

Environnement

Compétence	Entrée	Dépendances et exécution	Produit à inspecter
Environnement & Packages · env-management	Question concernant le paquet ou la version manquants	Durée d'exécution de Python/R sélectionnée et source de paquet autorisée	Inspection du colis, installation gérée et contrôle des importations
Configuration de l'environnement de calcul · compute-env-setup	Environnement nommé sur un hôte SSH/Slurm	Configuration de l'hôte et activation gérée par l'utilisateur/l'administrateur	Instructions de configuration et enregistrement de validation
Calcul à distance (SSH) · remote-compute-ssh	Une charge de travail et un hôte de calcul admissible	Identification SSH, hôte, planificateur, le cas échéant	Travail soumis, résultats récoltés et artefacts publiés

Auteurs

Compétence	Entrée	Dépendances et exécution	Produit à inspecter
Personnaliser · customize	Un changement demandé Skill ou Specialist	Agent de travail; Opérations de personnalisation native	Paquet ou rôle sauvegardé avec vérification de lecture
Style de la figure · figure-style	Données réelles et un chiffre final	Fonction Notebook et dépendances de tracé	Emplacement inspecté avec des étiquettes lisibles et des données fidèles
Figure Compositeur · figure-composer	Une revendication et des références immuables de version de données	Main Agent, délégation, tracé et examen	Chiffres à plusieurs panneaux et itérations d'examen
Exposé des motifs · paper-narrative	Manuscrit/abstraction, sous-titres et jeu de figures ordonné	Versions d'artefacts au sol et outils d'examen	Un mémoire papier et un argument de figure ordonné

Référence de mise en œuvre: manifeste.json.