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Skill 目錄

應用提供 23 個內建 Skill。本頁按工作型別分類；條目描述隨應用提供的方法，不表示所有外部模型、依賴和服務已經安裝。

安裝應用分發的方法，見市場安裝說明。下方目錄用於選擇科研方法，不是市場版本的實時清單。

選擇前檢查可用條件​

  1. 在 Settings 開啟 Skill，閱讀完整要求及第三方服務說明。
  2. 對照真實輸入型別。bulk RNA-seq 表不是單細胞 AnnData，分子繪圖也不是對接結果。
  3. 檢查所選執行環境和包。遠端任務應先選擇可用 Compute Host，核對環境後提交。
  4. 先執行小範圍任務，檢查實際輸出並保留輸入版本，再擴大規模。

manifest 還有 self-awareness、skill-creator 兩個內部資源，不作為使用者目錄條目。Personal 或 Imported 包（包括 rnaseq-count-qc）不計入這 23 個。

實現依據: manifest.json。

Environment 分組的三個應用 Skills 及 Customize 始終啟用，見啟用規則。隨應用提供的方法見內建清單，主機設定和結果送達見遠端計算。

按研究任務查詢​

蛋白結構​

Skill輸入依賴與執行條件應檢查的輸出
AlphaFold2 · alphafold2蛋白 FASTA，單體或複合物ColabFold、權重、GPU；可呼叫公共 MSA 服務預測結構與置信度
Boltz · boltz蛋白、DNA、RNA、配體複合物定義Boltz 包、權重、GPU；按任務使用 MSA複合物結構、置信度及可選親和力輸出
Chai-1 · chai1多實體 FASTAchai-lab、權重、GPU全原子複合物與置信度
ESMFold2 · esmfold2序列或複合物輸入Biohub esm、權重、CUDA；不同於 fair-esm結構預測，或按任務生成 ESMC 表徵
OpenFold3 · openfold3蛋白、核酸、配體定義OpenFold3、權重訪問、CUDA 與相應核心複合物結構與評分

蛋白設計與對接​

Skill輸入依賴與執行條件應檢查的輸出
DiffDock · diffdock靶標 PDB 與配體 SMILES/SDFDiffDock 倉庫、權重和 GPU排序後的配體姿勢；姿勢置信度不等於親和力
ProteinMPNN · proteinmpnn骨架 PDB、設計或固定的鏈與殘基倉庫、權重、torch/numpy；小任務支援 CPU設計序列與評分
LigandMPNN · ligandmpnn骨架及配體、金屬或核酸上下文倉庫與 Python 依賴；小任務支援 CPU序列與回填結構
SolubleMPNN · solublempnn蛋白骨架ProteinMPNN 與可溶模型權重；可使用 CPU可溶模型先驗下的序列

序列與細胞​

Skill輸入依賴與執行條件應檢查的輸出
ESM-2 · fair-esm2蛋白序列fair-esm 與權重；內建流程使用 GPU嵌入、機率輸出或接觸預測
Borzoi · borzoi明確基因組與座標的 DNA 視窗borzoi-pytorch、權重與 CUDA基因組軌道預測或參考/變異差值
Evo 2 · evo2DNA 序列或字首Evo 2 權重、相容 CUDA 和足夠記憶體序列似然、嵌入或生成 DNA
scGPT · scgpt帶基因詞表對映的單細胞 AnnDatascGPT、權重與 GPU細胞嵌入或註釋結果
scvi-tools · scvi-tools單細胞計數與批次、標籤後設資料scvi-tools/scanpy/anndata；內建訓練流程要求 GPU潛在表徵、標籤遷移或模型比較

證據與寫作​

Skill輸入依賴與執行條件應檢查的輸出
Literature Review · literature-review問題、文獻 ID 或論文來源檢索；OpenAlex 操作需要其金鑰可追溯的證據綜合與引用
Indication Dossier · indication-dossier以患者群體定義的適應證研究工具和來源訪問可繼續的階段檔案及研究報告

環境與計算​

Skill輸入依賴與執行條件應檢查的輸出
Environment & Packages · env-management缺包或版本問題選定 Python/R 及可訪問的包源包檢查、託管安裝和匯入驗證
Compute Environment Setup · compute-env-setupSSH/Slurm 主機上的命名環境已配置主機，使用者或管理員管理啟用檔案環境準備指引與驗證記錄
Remote Compute (SSH) · remote-compute-ssh工作負載和可用 Compute HostSSH 憑據、主機和適用的排程器任務提交、結果收集與釋出

資源與圖表創作​

Skill輸入依賴與執行條件應檢查的輸出
Customize · customizeSkill 或 Specialist 修改需求可用 Agent 及原生資源操作儲存後可重新讀取的包或角色
Figure Style · figure-style真實資料及一張最終圖Notebook 函式與繪相簿檢查過資料與標籤的圖
Figure Composer · figure-composer一條主張與不可變資料版本引用Main Agent、委派、繪圖與複核多面板圖及複核記錄
Paper Narrative · paper-narrative稿件或摘要、圖注及完整圖組可追溯檔案版本與複核工具論文簡報與圖組論證順序

按具體方法準備依賴、權重和計算資源。小型 ProteinMPNN CLI 示例見科學工具，GPU 條件見遠端計算；這些示例不覆蓋全部蛋白預測或訓練方法。

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