Étendre une analyse avec un Specialist installé
Exemple pratique Étendre une courbe de concentration de théophylline avec des paramètres d'exposition observés
Utilisez Pharmacométrie PK/PD Conception Specialist pour vérifier les données de concentration-temps, dessiner les profils, puis calculer les paramètres d'exposition. Les livrables sont une table de douze sujets, un graphique de concentration, un script R et un rapport de méthodes. Cet exemple décrit les données de recherche publique; il ne recommande ni traitement ni administration.
L'entrée est l'observation publique de R Ensemble de données Théoph: 132 de douze sujets. Le temps est en heures, la concentration en mg/L, le poids en kg et la dose en mg/kg. Les calculs utilisent la base R, sans paquets supplémentaires ou identifiants de base de données.
1. Installer et sélectionner le Specialist
- Ouvrez Settings → Specialists → Browse Marketplace. Trouvez Pharmacométrie PK/PD Conception Specialist, inspectez ses capacités et installez-les. Cet exemple utilise le paquet 1.0.0 dans Open-Science 0.30.1.
- Dans Settings → Runtimes, confirmez que R est Ready et activé. L'exécution enregistrée a utilisé R 4.4.3.
- Ouvrez une nouvelle conversation dans votre projet de recherche. Choisissez un modèle disponible, puis Agent controls → Specialist → pharmacometrics-pkpd-designer. L'exécution enregistrée a utilisé Abonnement Codex / gpt-5.6-sol.
- Au début de chaque message d'analyse, tapez
/pkpd, puis sélectionnez Modélisation de pkpd dans les suggestions. Confirmez qu'il devient une puce Skill avant de coller l'invite.
Sélection du rôle seul renvoyé Unknown skill dans cette version. La sélection explicite du Skill a permis la chargeuse réelle. Cette étape est requise pour la configuration enregistrée; cet exemple n'établit pas le chargement automatique de tous les Specialist liés Skills.
2. Vérifiez les données et dessinez les courbes de concentration
Avec le Skill sélectionné, envoyez :
Use the public R dataset datasets::Theoph in the enabled R Notebook.
Use base R only. Check rows, subjects, observations per subject,
missing values, duplicate subject-time records and the documented units.
Keep all observed time-zero concentrations unchanged.
Save theoph-input.csv, theoph-concentration-time.png and theoph-data-check.md.
Plot all 12 subjects with labelled axes and a legend.
Execute the code, reopen the saved files and report the actual checks.
Stop after this descriptive baseline. Do not calculate NCA metrics yet.
Do not install packages or delegate. Keep everything in English.
Inspectez le code lorsque Run R code? apparaît, puis approuvez le calcul. Ouvrez Notebook pour voir la sortie d'exécution. L'entrée enregistrée a Lignes 132, sujets 12 et observations 11 par sujet, sans valeurs manquantes ni enregistrements de temps-matière en double.
Ouvrez le CSV généré et tracez. Les sujets 1, 7 et 10 ont des concentrations non nulles au moment zéro; Ils sont conservés. Le facteur objet de l'ensemble de données est commandé par concentration maximale, de sorte que son ordre affiché n'a pas besoin d'être numérique.
L’aperçu CSV affiche les 100 premières lignes ; le fichier enregistré contient les 132 observations.
Fichiers de référence : entrée CSV, diagramme de concentration, vérification des données.
3. Ajouter les paramètres d'exposition
Téléchargez le référence officielle de Skill NCA et ajoutez-le via + → Attach files. Il s'agit d'une référence inchangée du paquet installé. Dans la configuration enregistrée, Notebook pouvait lire la pièce jointe à la conversation, mais ne pouvait pas lire la référence dans le répertoire d'installation Skill.
Sélectionnez à nouveau /pkpd-modeling dans la même conversation, puis envoyez :
Read the attached nca-conventions.md from the official Skill package.
Extend the baseline using the same theoph-input.csv and base R Notebook.
For each subject calculate observed Cmax (mg/L), earliest observed Tmax (h),
linear-trapezoidal AUC from time zero to the last observation (mg*h/L),
and the actual last-observation time (h).
Retain all observed time-zero values. Preserve the input hash.
Save theoph-nca-summary.csv, theoph-nca.R and theoph-nca-report.md.
The standalone script must read the CSV. Execute it, reread all 12 rows,
and compare its results with a separate Notebook calculation.
Explain the method, units, differing observation windows and limitations.
Register the three saved outputs as project files.
Do not estimate AUC to infinity, half-life, clearance or dosing advice.
Do not install packages, change permissions or delegate. Use English.
Approuver le fichier lit et le calcul de R après les avoir inspectés. Si un fichier à l'appui est manquant, joignez le fichier réel avant de continuer. Une charge Skill échouée ou une erreur dans Notebook n'est pas une analyse terminée.
4. Ouvrir et vérifier les résultats
Ouvrez theoph-nca-summary.csv à partir des fichiers générés. Il devrait y avoir une rangée pour chacun des douze sujets. Vérifiez les unités et le temps de dernière observation ainsi que les valeurs métriques.
| Sujet | Cmax (mg/L) | Tmax (h) | ASC0–dernier (mg·h/L) | Dernière observation (h) |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 10.5 | 1.12 | 148.92305 | 24.37 |
| 2 | 8.33 | 1.92 | 91.52680 | 24.30 |
Ouvrez theoph-nca-report.md et theoph-nca.R ensemble. Le rapport doit correspondre au script exécuté : trier les observations de chaque sujet par le temps, prendre le maximum observé et son plus tôt temps, puis somme (C1 + C2) × (t2 - t1) / 2 sur les observations adjacentes. Les deux premières lignes ci-dessus offrent une comparaison rapide; vérifier les douze rangées avant d'accepter un rediffusion.
Ce sont des mesures observées. Les derniers temps d'échantillonnage diffèrent d'un sujet à l'autre, et la règle trapézoïdale linéaire est une approximation explicite. Les résultats ne permettent pas d'établir l'exposition à l'infini, un modèle pharmacocinétique adapté ou une incertitude de mesure.
Téléchargez les enregistrements résumé CSV, Script R et rapport sur les méthodes. Conservez l'entrée et le script ensemble lors du redémarrage en dehors de l'application.