예제 데이터 및 예상 결과
문서 예제를 재현하기 위해 이러한 공공 파일을 사용합니다. 소스 설명, 원본 파일 체크섬 및 샘플-QC 기본 라이브 여기에; dataset 역사를 반복하는 대신 그들에 개인 기능 가이드 링크.
소스 및 입력 계약
GEO 시리즈 기록은 원래 GSE60450_Lactation-GenewiseCounts.txt.gz을 공급합니다. RNA-seq 분석 워크플로우 게시은 이 데이터셋에 대한 방법론적 맥락을 제공합니다. 우리의 예는 descriptive pre-analysis QC에 멈추습니다; 그것은 종이의 완전한 분석을 재현하지 않습니다.
| 회사 정보 | 인증된 값 |
|---|---|
| Decompressed 파일 | GSE60450_자산-GenewiseCounts.txt |
| 크기 | 1,340,161 바이트 |
| Gene 행 | 27,179 |
| 제품정보 | EntrezGeneID, 길이 및 12 샘플 카운트 열 |
| SHA-256의 경우 | 128d2411f3169de0cac9963c30152bb5c9a3083ac80fd25651b97cf4b7304691 |
| 중복 유전자 ID / 누락 된 수 항목 / 잘못된 수 | 0 / 0 / 0 |
unchanged decompressed 입력을 다운로드 또는 원래 압축 파일. 앱의 Omics Archives 메타데이터 도구는 보충 URL을 반환 할 수 있습니다; 그것은 자동으로 카운트 테이블을 다운로드하지 않습니다. 이 소스는 별도로 다운로드하고 첨부 파일을 통해 업로드되었습니다.
표본 QC 기준
| 제품 설명 | 총 원수 | Zero-count 유전자 | 검출된 유전자 | 검색 중 Median |
|---|---|---|---|---|
| 모델: MCL1-DG | 23,227,641 | 8664 | 18515 | 237 |
| 모델: MCL1-DH | 21,777,891 | 8792 | 18387 | 223 |
| 모형: MCL1-DI | 24,100,765 | 8646 | 18533 | 213 |
| 모델: MCL1-DJ | 22,665,371 | 8706 | 18473 | 194 |
| 모델: MCL1-DK | 21,529,331 | 9082 | 18097 | 188 |
| 모델: MCL1-DL | 20,015,386 | 9169 | 18010 | 190.0 |
| MCL1-LA의 특징 | 20,392,113 | 9247 | 17932 | 257.0 |
| 모델 번호: MCL1-LB | 21,708,152 | 8828 | 18351 | 252 |
| 모형: MCL1-LC | 22,241,607 | 9803 | 17376 | 191.0 |
| 모형: MCL1-LD | 21,988,240 | 9904 | 17275 | 176 |
| MCL1-LE의 특징 | 24,723,827 | 10478 | 16701 | 138 |
| 모델 번호: MCL1-LF | 24,657,293 | 10434 | 16745 | 135 |
CSV의 완벽한 샘플 식별자에 대한 컴팩트 라벨지도. 4개의 숫자 미터는 자주적으로 이 입력을 위해 검사되었습니다. 이것은 원시적 인 검사입니다; 그들은 다운스트림 통계적 디자인을 유효하지 않습니다.
저장된 예 출력
| 다운로드 | 이름 * |
|---|---|
| 모델 번호: CSV | 열 매핑, 정확한 열 매핑 및 4 미터 |
| 그림 | 익지않는 표본 표 합계 |
| 방법 보고서 | 방법, 소스 무결성 및 독립적 인 미터 검사 |
| Notebook 지퍼 | Unchanged 기본 .ipynb 회사연혁 |
다른 예제를 선택하십시오.
| 작업 | 입력 또는 참고 | 지침 |
|---|---|---|
| 첫 번째 저장된 결과 | 위 12 줄 QC CSV | 첫 번째 프로젝트 |
| 전체 matrix를 Recalculate | Original gene-count matrix 위 | Data-quality 워크플로우 |
| 문학 수집 구성 | PRISMA 읽기 목록 확인 출판사 링크 | 핵심 읽기 명부 |
| 작은 역대 계산을 시도 | 인간적인 ubiquitin 1UBQ | 과학 도구 |
방법 보고서 및 Notebook은 기록 된 계산의 경로와 증거 범위를 유지합니다. 외부 rerun의 앞에 당신의 자신의 입력 위치 및 종속을 준비하십시오.