Datos de ejemplo y resultados esperados
Utilice estos archivos públicos para reproducir los ejemplos de documentación. La descripción de la fuente, el archivo original y la base de referencia de muestreo-QC viven aquí; guías de características individuales se unen a ellos en lugar de repetir la historia de conjunto de datos.
Contrato de fuentes e insumos
El GEO serie récord suministra el GSE60450_Lactation-GenewiseCounts.txt.gz. El publicado RNA-seq análisis flujo de trabajo proporciona un contexto metodológico para este conjunto de datos. Nuestro ejemplo se detiene en el QC preanálisis descriptivo; no reproduce el análisis completo de ese papel.
| Propiedad | Valor verificado |
|---|---|
| Archivo descomprimido | GSE60450_Lactation-GenewiseCounts.txt |
| Tamaño | bytes 1,340,161 |
| filas de genes | 27,179 |
| Columnas | EntrezGeneID, Longitud y columnas de cuenta de muestra 12 |
| SHA-256 | 128d2411f3169de0cac9963c30152bb5c9a3083ac80fd25651b97cf4b7304691 |
| IDs de genes duplicados / entradas de cuenta perdidas / cuenta inválida | 0 / 0 / 0 |
Descarga la entrada descomprimida sin cambios o el archivo comprimido original. La herramienta de metadatos Omics Archives de la aplicación puede devolver URLs suplementarias; no descarga tablas de cuenta automáticamente. Esta fuente fue descargada por separado y subida a través de archivos Attach.
Base de referencia de muestreo-QC
| Muestra | Conteos brutos totales | Génes de cuenta cero | genes detectados | Mediana entre detectada |
|---|---|---|---|---|
| MCL1-DG | 23,227,641 | 8664 | 18515 | 237 |
| MCL1-DH | 21,777,891 | 8792 | 18387 | 223 |
| MCL1-DI | 24,100,765 | 8646 | 18533 | 213 |
| MCL1-DJ | 22,665,371 | 8706 | 18473 | 194 |
| MCL1-DK | 21,529,331 | 9082 | 18097 | 188 |
| MCL1-DL | 20,015,386 | 9169 | 18010 | 190.0 |
| MCL1-LA | 20,392,113 | 9247 | 17932 | 257.0 |
| MCL1-LB | 21,708,152 | 8828 | 18351 | 252 |
| MCL1-LC | 22,241,607 | 9803 | 17376 | 191.0 |
| MCL1-LD | 21,988,240 | 9904 | 17275 | 176 |
| MCL1-LE | 24,723,827 | 10478 | 16701 | 138 |
| MCL1-LF | 24,657,293 | 10434 | 16745 | 135 |
Las etiquetas compactas mapean a los identificadores de muestra completos en el CSV. Las cuatro métricas numéricas fueron revisadas independientemente para esta entrada. Estos son cheques descriptivos de venta libre; no validan un diseño estadístico aguas abajo.
Productos de ejemplo guardados
| Descargar | Índice |
|---|---|
| QC CSV | Doce filas, cartografía exacta de columna y cuatro métricas |
| Figura | Totales de la cuenta de muestra cruda |
| Informe sobre los métodos | Métodos, integridad de la fuente y control métrico independiente |
| Notebook ZIP | Inalterable nativo .ipynb Exportación |
Elija otro ejemplo
| Tarea | Entrada o referencia | Instrucciones |
|---|---|---|
| Primer resultado ahorrado | El QC de doce brazos CSV de arriba | Primer proyecto |
| Recalcular una matriz completa | Matriz original de la cuenta de genes arriba | Flujo de trabajo de calidad de los datos |
| Organizar una colección de literatura | Lista de lectura PRISMA verificada con enlaces de editor | Lista básica de lectura |
| Pruebe un pequeño cálculo del andar inverso | ubiquitina humana 1UBQ | Instrumentos científicos |
Los métodos reportan y Notebook conservan las trayectorias y el alcance de evidencia de la computación registrada. Prepare su propia ubicación de entrada y dependencias antes de una repetición externa.