メインコンテンツまでスキップ

データと期待される結果の例

これらのパブリックファイルを使用して、ドキュメントの例を再現します。 ソースの説明、元のファイルチェックサムとサンプルQCベースラインがここに住んでいます。 データセット履歴を繰り返す代わりに、個々の機能がリンクを誘導します。

ソースと入力契約​

GEOシリーズレコードは、元のGSE60450_Lactation-GenewiseCounts.txt.gzを供給します。 RNA-seq分析ワークフローを公開は、このデータセットのメソッド論的コンテキストを提供します。 私達の例は記述的な事前分析QCで止めます; 紙の完全な解析を再現しない。

プロパティ検証された値
解凍したファイルGSE60450_Lactation-GenewiseCounts.txt の使い方
サイズ1,340,161バイト
Gene 行27,179
コラムEntrezGeneID、長さ、12サンプルカウントカラム
SHA-256の特長128d2411f3169de0cac9963c30152bb5c9a3083ac80fd25651b97cf4b7304691
遺伝子IDの重複/欠落した数エントリ/無効数0 / 0 / 0

変更されていない非圧縮入力をダウンロードまたは元の圧縮されたファイル。 アプリの Omics アーカイブメタデータ ツールは、補足 URL を返すことができます。 カウントテーブルを自動的にダウンロードしません。 このソースは別々にダウンロードされ、添付ファイルを介してアップロードされました。

サンプルQCのベースライン​

サンプル総生計数ゼロカウント遺伝子検出された遺伝子検出された間媒体
MCL1-DGの特長23,227,641866418515237
MCL1-DHの特長21,777,891879218387223
MCL1-DIの特長24,100,765864618533213
MCL1-DJの特長22,665,371870618473194
MCL1-DKの特長21,529,331908218097188
MCL1-DLの特長20,015,386916918010190.0
MCL1-LAの特長20,392,113924717932257.0
MCL1-LBの特長21,708,152882818351252
MCL1-LCの特長22,241,607980317376191.0
MCL1-LDの特長21,988,240990417275176
MCL1-LEの特長24,723,8271047816701138
MCL1-LFの特長24,657,2931043416745135

コンパクトなラベルは、CSV で完全なサンプル識別子にマップします。 この入力では、4つの数値メトリックが独立してチェックされていました。 これらは記述的な未加工計算の点検です; ダウンストリーム統計設計を検証しません。

保存された例出力​

ダウンロードコンテンツ
QC CSVの特長十行列、正確な列マッピングと4つのメトリック
図未加工サンプル計算の合計
方法報告方法、ソースの整合性および独立したメトリックチェック
Notebook ZIPの特長未変更のネイティブ .ipynb 輸出入

別の例を選択​

タスク入力または参照指示
最初の保存結果上記12列QC CSVファーストプロジェクト
フルマトリクスを再計算する上記の元の遺伝子計算行列データ品質ワークフロー
文献コレクションを整理するチェックされたPRISMA読書リスト 出版社のリンクコア読書リスト
小さな逆折計算を試すヒトウビキチン 1UBQ科学ツール

メソッドレポートとNotebookは、記録された計算のパスと証拠のスコープを保持します。 外部の実行前に、独自の入力場所と依存関係を用意します。

に最終更新