建立 Skill 與支援檔案
使用公開示例輸入，把重複執行的 RNA-seq 檢查整理為可複用方法。該方法檢查原始計數，不執行差異表達檢驗。
本頁兩條路線使用各自獨立的包名：
| 建立路線 | 儲存的 Skill ID | 新會話複用 |
|---|---|---|
| 已完成對話中的 Save as skill | rnaseq-descriptive-qc | 選擇釋出後的同名 Personal Skill |
| 下方手動包路線 | rnaseq-count-qc | 選擇手動建立、ID 完全一致的 Skill |
任選一條路線完成釋出、搜尋和複用，後續呼叫自己實際儲存的名稱。兩個 ID 不是別名；若修改包名，後續請求也應使用儲存後的新名稱。
選擇建立入口
| 你現在有什麼 | 使用入口 | 接下來會發生什麼 |
|---|---|---|
| 已完成的對話中有值得複用的操作流程 | 對話 + → Save as skill | 代理提煉當前分支，透過 Customize / Skill Creator 整理為可複用的包 |
| 想透過對話描述一個新方法 | 設定 Add skill → Chat with agent，或 Customize | 與代理協作起草方法，檢查後再發布 |
| 已有完整說明和支援檔案 | 設定 Add skill → Write from scratch | 使用下方編輯器直接填寫 |
| 已有 Skill 包或倉庫 | Upload skills / Import from GitHub / Import installed skills | 檢查並匯入已有資源，見管理 Skills |
Save as skill：把已完成的對話整理成方法
適合在一套流程已經實際跑通後使用，例如檢查 RNA-seq 原始計數矩陣、保留識別符號、計算樣本指標並重新開啟結果。Save as skill 讀取的是當前對話分支，包括目標、使用的工具、關鍵步驟和使用者修正，要求代理提煉可複用的方法，而非逐字儲存聊天記錄。如果當前分支沒有已經明確、值得重複執行的流程，代理可以說明原因並停止，不建立 Skill。
- 開啟相應對話，切換到包含目標流程的分支。
- 等待當前回覆和子代理任務完成。處理未完成的授權、被中斷的輪次或會話錯誤；分支最後必須是一條已完成的 Agent 回覆。
- 開啟輸入框旁的 + 菜单 → Save as skill。按鈕不可用時，懸停檢視具體原因。
- 執行期間選單顯示 Saving as skill…。它會在對話中啟動模型輔助整理，不會直接開啟手工 Name/Description 編輯器，也不是點選後立即匯出 ZIP。
- 檢查代理提出的名稱、觸發描述、步驟、支援檔案和校驗結果。如果出現澄清問題或操作授權，按實際內容處理。Customize 始終啟用，當前角色仍需具備相應能力訪問範圍。
- 審閱草稿，再確認釋出。移除固定研究路徑、臨時 ID、金鑰及沒有證據的結論，保留可複用的輸入要求和檢查規則。替換已有 Personal Skill 必須另行明確決定。
- 釋出後進入 Settings → Skills，搜尋實際返回的名稱，檢查 Files、已儲存的 SKILL.md 及 Main Agent 可用性。需要核對完整包時再匯出。
- 用新請求測試儲存後的 Skill。儲存成功不等於已驗證第二份資料，也不等於下一次呼叫必然成功。
儲存研究方法
案例演示 把 RNA-seq 方法儲存為 Skill
在新會話完成 GSE60450 QC 後，點選 + → Save as skill，要求建立獨立的 rnaseq-descriptive-qc，保留已有包。應用原生流程建立了只含一個 SKILL.md 的草稿，校驗結果無錯誤、無警告。
檢查名稱、觸發條件、輸入要求、指標定義與停止條件，再確認釋出到 Personal Skills。釋出後透過 Settings → Skills → Search skills 搜尋名稱，開啟說明，核對 Availability 與 Files。該示例的檔案可下載為 SKILL.md。
按鈕為什麼不可用
提示顯示的是當前首先遇到的阻斷條件，處理後可能出現下一個條件。Wait for the current agent activity to finish. 不只表示正在執行：會話處於非空閒狀態（包括錯誤狀態）也可能出現它，因此不一定靠等待就能恢復。先檢查對話中的報錯橫幅和待處理互動。若回覆中斷，使用應用提供的恢復操作處理當前輪次，完成後再儲存方法。
| 完整英文提示 | 應檢查或處理的內容 |
|---|---|
| Open a conversation before saving it as a Skill. | 先開啟包含目標流程的對話 |
| The Customize Skill is unavailable to the active Specialist. | 檢查當前角色的能力訪問範圍。Customize 保持全域啟用，這條提示針對當前 Specialist |
| Wait for conversation history to finish loading. | 等待當前分支歷史載入完成 |
| Close Side chat before saving this conversation as a Skill. | 先保留有用建議；確認關閉 Side Chat 會停止它並刪除其儲存的對話，再回到 Main |
| Wait for all subagents to finish. | 檢查尚未結束的子任務及其授權請求 |
| Save as skill is running. | 檢視已啟動的建立過程，不重複發起 |
| Resolve the current Session operation first. | 先處理恢復、歷史重放/上下文重置、修正迴圈或上下文壓縮 |
| Wait for the current agent activity to finish. | 檢查執行中任務、待處理互動，以及非空閒或錯誤狀態 |
| Resolve the conversation branch synchronization error first. | 先解決介面顯示的分支同步錯誤 |
| Conversation branch history is unavailable. | 重新開啟實際可用的目標分支；若仍無法載入，保留具體錯誤 |
| Wait for a completed Agent response. | 分支必須以已完成的代理回覆結尾，空分支或最後只有使用者訊息都不滿足 |
恢復與待完成的會話操作仍可能阻止動作，應按當前提示處理，避免反覆發起新的建立請求。可用條件與服務認證是不同層面。如果流程已啟動，但模型請求失敗，應按實際模型/服務錯誤處理，見故障排除。
Write from scratch：使用編輯器建立
已有方法說明和支援檔案時，使用 Write from scratch 填寫併發布 Skill。以下步驟以 rnaseq-count-qc 為例。
準備包檔案
示例 建立 rnaseq-count-qc 方法包
下載實際使用的 SKILL.md、sample-metric-schema.md，或應用匯出的 ZIP。
rnaseq-count-qc/
SKILL.md
references/
sample-metric-schema.md
參考檔案定義樣本指標及解釋範圍。研究資料保留在專案裡；Skill 儲存複用規則，避免把私人資料放進可分享的包。
填寫欄位併發布
- 開啟 Settings → Skills → Add skill → Write from scratch。
- 將完整 SKILL.md 貼上到 Skill body，YAML 後設資料會填入 Name 與 Description。
- 確認名稱為
rnaseq-count-qc，檢查正文；名稱透過校驗不代表分析方法正確。 - 展開 Advanced settings → Add reference files，選擇
sample-metric-schema.md，編輯器會將其放入references/。 - 檢查參考檔案數量與包大小，點選 Publish。
- 搜尋新的 Personal 條目，重新開啟指令、可用性與檔案，再匯出檢查兩個包條目。
| 欄位或按鈕 | 填寫和檢查方式 |
|---|---|
| Name | 使用可識別的方法 ID；為空時提示 Name is required. |
| Description | 說明何時選擇此方法，不能只寫研究領域 |
| Write / Upload | 直接輸入正文，或選擇檔案作為正文來源 |
| Skill body | 寫明輸入、檢查、輸出和停止條件 |
| Advanced settings | 展開支援檔案和容量資訊 |
| Add reference files | 新增結構定義、示例或指令碼；正文引用路徑必須與包一致 |
| 移除參考檔案 | 刪除草稿中的資源後，檢查正文是否仍引用該路徑 |
| Cancel / Back to skills | 離開編輯器；放棄草稿使用 Cancel |
| Publish / Saving… | 建立 Personal 包；等待完成後檢查已儲存條目 |
編輯器在 128 MB 包預算內最多允許 16,383 個參考檔案。匯入還需透過歸檔校驗，詳見管理 Skills。
讓指令可以驗收
示例要求保留完整基因和樣本 ID，將 EntrezGeneID、Length 與計數分開，拒絕畸形行與缺失值，比較前後雜湊，並規定四個樣本指標和獨立輸出檔案。這樣才能發現錯誤或遺漏。
明確停止條件：原始檔不可讀或計數缺失時，應報告問題，而不是修改資料或偷偷更換分析方法。
驗證與複用 Skill
手動建立 rnaseq-count-qc 後，使用 Skills 中的提示詞。開啟報告和 Notebook 記錄，按示例資料核對輸入、維度、指標定義與輸出。
修改時從 Personal 條目的 Actions → Edit 進入，儲存後發起新請求，與原結果比較。修改或禁用不會撤回當前執行輪次已經讀取的指令。
也可以使用 Add skill → Chat with agent 或 Customize 協助起草。仍須檢查擬儲存內容並重新開啟包；對話中描述了一個 Skill，不代表已經儲存。
在新會話中複用已釋出 Skill
- 新建會話，附加原始公開 GSE60450 計數矩陣。
- 指定使用 rnaseq-descriptive-qc，要求計算四項逐樣本指標、保持輸入不變，並生成 CSV 與簡短報告。
- 檢查 Notebook 執行，開啟兩個生成檔案，對照原始輸入核驗結果，不只依賴完成訊息。
重新開啟新 CSV 與報告，按完整樣本標識與公共基準比較，並檢查輸入雜湊。用於其他研究時，需要針對該研究的輸入與實驗設計重新核對。
實現依據: SkillEditor.tsx, host-skills-service.ts。
Save as skill 實現依據: availability, conversation distillation, Skill Creator.