Skills
Skill 為 Agent 提供可重複使用的方法，包括適用條件、輸入要求、操作步驟和結果檢查。Open-Science 會在需要時載入這些指引。安裝 Skill 不會同時安裝指引中提到的科學軟體。
可以透過 Skill 市場尋找更多方法，使用前檢查輸入和依賴。
選擇合適的能力
| 需要完成的事情 | 使用什麼 | 例子 |
|---|---|---|
| 獲取資料或執行程式碼 | 工具 | 查詢 GEO 後設資料、執行 Python |
| 按固定方法組織操作 | Skill | 校驗原始基因計數矩陣 |
| 使用帶獨立指令和能力範圍的角色 | Specialist | 單獨檢查樣本 QC 表 |
查詢並檢查 Skill
- 開啟 Settings → Skills。
- 在 Search skills 搜尋名稱或描述。建立示例後可輸入
rnaseq-count-qc。 - 使用 Filter skills by source、Filter Skills by agent 和 Filter by Tag 縮小範圍。
- 開啟結果，閱讀描述、指令、Files、許可證和 Availability。顯示名稱可能與包 ID 不同。
- 返回列表檢視 Used by。這裡表示哪些 Agent 可以使用，並非已完成執行次數。
| 控制元件 | 實際作用 |
|---|---|
| Featured / Imported / Personal 分組標題 | 展開來源分組。分別為應用內建、匯入和本地建立 |
| Main Agent 開關 / 行開關 | 改變可由使用者控制的 Skill 的可用性；應用必需 Skill 保持啟用，包檔案保留 |
| Used by | 檢視 Main Agent 與 Specialist 的可用性；Specialist 的分配在其編輯器修改 |
| Manage Tags / 移除標籤 | 整理資源，不改變執行權限 |
| Add skill | 透過對話建立、直接編寫、本地上傳、GitHub 匯入或掃描已安裝目錄 |
| 對話 + → Save as skill | 從已完成的當前分支提煉可複用方法，見建立步驟與不可用原因 |
| Manage | 批次管理 Personal 和 Imported 包 |
| Conversation imports → Skill packages | 允許 Agent 識別附件中的 ZIP/.skill 並請求匯入批准；僅上傳附件不會安裝 |
為什麼有些開關不能關閉
Environment & Packages、Compute Environment Setup、Remote Compute (SSH)、Customize 支撐核心功能，保持啟用。其開關選中且不可操作，懸停或聚焦提示可讀到 This built-in Skill supports core application features and is always enabled.
啟用規則不會自動安裝依賴、提供憑據或授權操作。Specialist 分配是獨立範圍，應檢查 Used by 和角色能力列表。
公開目錄仍有 23 個內建 Skills，內部支援 Skill 不作為額外方法供選擇。必需開關實現。
下圖展示 Customize 的原因提示。關閉其他可選方法時，這些必需 Skill 仍保持啟用。
在對話中使用
示例 請求 rnaseq-count-qc 執行檢查
同時說明輸入、Skill、交付物和約束。例如：
Use the rnaseq-count-qc Skill on the attached GSE60450 raw-count matrix. Keep EntrezGeneID and Length as metadata. Validate dimensions and nonnegative integer counts, preserve the original sample IDs, and save a separate methods report with before/after input SHA-256. Use the existing Python Notebook.
出現授權請求時，檢查完整指令與操作。執行後重新開啟報告和 Notebook 記錄，按示例資料核對。後續 Specialist 檢查是另一項操作；僅在提示詞中提及角色不代表已發生委派。
指令與 Notebook 函式的區別
示例 rnaseq-count-qc 只有指令和一個參考檔案，沒有註冊 Notebook 函式。Agent 閱讀方法後編寫普通 Python 或 R。
部分內建 Skill 提供核心函式，其指引會列出函式名和對應 kernelSkillIds。不要把所有已安裝 Skill ID 都填入該欄位。載入 Skill 也不會自動授予檔案、網路或工具權限。
找不到 Skill 時，依次檢查來源篩選、啟用狀態和 Agent 分配。指令已載入但計算失敗時，參見科學工具檢查執行環境或輸入，而不是反覆重新安裝 Skill。
實現依據: SkillsPanel.tsx, SkillDetailView.tsx。