Referencia de operación Connector

Busque nombres de operación exactos, campos obligatorios, predeterminados y llamadas de ejemplo. Para elegir una fuente de datos, comience con el catálogo de bases de datos. Ampliar la familia Connector que usted tiene la intención de llamar; disponibilidad y credenciales deben configurarse por separado.

Donde el ejemplo llama a correr

El objeto host es suministrado por el entorno de ejecución de agente de Open-Science. El JavaScript a continuación es un fragmento de llamada del lado del agente, no un programa independiente Node.js y no un método en el cliente de la tarea pública SDK. Pídale al agente que cargue las instrucciones Connector pertinentes y utilice la operación de emparejamiento. Un marco puede exponer un puente Python en lugar de esta forma JavaScript.

En primer lugar, active el Connector en Ajustes → Conectores, configure cualquier credenciales necesarias, y conceda acceso al Specialist seleccionado si es aplicable. La llamada sigue la política de permiso de la conversación. Las integraciones de Public Node.js pueden gestionar la configuración de Connector con el Task SDK, pero no pueden obtener este host importando a ese cliente.

Lea un resultado antes de las llamadas en cadena

Ejemplo Pass devolvió ID de PubMed a una búsqueda de metadatos

Por ejemplo, pregunte: Use PubMed para buscar la guía de presentación de informes PRISMA; devolver el número total del partido y cinco PMIDs. La operación search_articles devuelve un total y una página de identificadores. Alimenta a los que regresaron PMIDs a get_article_metadata para obtener títulos, autores y enlaces DOI. Una página vacía, un resultado truncado y un error de autenticación necesitan un manejo diferente.

Información devuelta	Úsalo para
Conteo total de coincidencias y filas devueltas	Destinguir una pequeña página del conjunto de resultados completos
truncated, records_truncated o banderas de integridad específicas para la familia	Decidir si hacer página, estrechar la consulta o recuperar el resto
not_found, missing, not_processed	Identificar los insumos no resueltos y reingresar sólo los elementos apropiados
DOI, adhesión, URL fuente y lanzamiento/construido	Retener la identidad y la fuente necesarias para las consultas posteriores
Estado de texto completo o nota de licencia	Decide si se recuperó el texto y se puede reutilizar

Los nombres de campo de retorno difieren por operación. Las descripciones y esquemas descargables a continuación especifican cada contrato; la tabla no es una respuesta universal JSON. Utilice la lista de la familia de la mano derecha para saltar, y luego ampliar los parámetros de esa familia. La búsqueda de un nombre de operación también abre su grupo que contiene.

Lea las fallas separadamente de los resultados vacíos. En v0.30.2, CellGuide marcador/fuente/fuente/tissue solicita fallas de captura superficial en lugar de tratarlas como evidencia vacía; un archivo de datos opcional ausente todavía puede estar vacío. Las consultas de relación OLS rechazan la paginación incompleta y las respuestas inválidas. Un error de servicio no es evidencia de que un tipo de célula no tiene marcadores o un término de ontología no tiene términos relacionados.

Contribuciones de las operaciones

Ampliar un conector a la vez. Los campos obligatorios están marcados necesarios; esta referencia y descarga utilizar el Open-Science v1.0.5 Schema. Un anidado input.required la lista es autorizada; un legado de alto nivel required la lista puede estar ausente. Consultar registro completo descargable para los esquemas JSON anidados, descripciones de rendimiento completo y ejemplos de llamadas al lado del agente. No pase un genérico id cuando una herramienta espera accessions, cids, rs_id u otro campo específico del espacio de nombres.

Química

Mostrar operaciones y parámetros

pubchem_search_compounds

Resolver un identificador químico (nombre, SMILES, InChIKey, o CID) a PubChem CIDs, opcionalmente con propiedades computadas centrales para los éxitos superiores.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
namespace	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "name"; enum: ["name", "smiles", "inchikey", "cid"]
max_cids	entero	facultativa; predeterminado: 25; mínimo: 1; máximo: 100
with_properties	booleano	facultativa; default: true

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_search_compounds", {"query": "aspirin", "max_cids": 25})

pubchem_get_compounds

Registros completos de propiedad computarizada para un lote de PubChem CIDs, con listas opcionales de sinónimos tapados.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
cids	matriz de enteros	obligatorio; minItems: 1; maxItems: 50
include_synonyms	booleano	facultativa; default: false
max_synonyms	entero	facultativa; predeterminado: 30

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_compounds", {"cids": [2244, 2519], "include_synonyms": false})

pubchem_similarity_search

2D Tanimoto similarity search over all of PubChem for a query SMILES (synchronous fastsimilarity_2d route, no job polling).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
smiles	cadena de texto	obligatorio
threshold	entero	facultativa; predeterminado: 90; mínimo: 1; máximo: 100
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 50; mínimo: 1; máximo: 200
with_properties	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_similarity_search", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "threshold": 90})

pubchem_get_bioassay_summary

Resumen de la actividad de bioassayo para un compuesto PubChem - que los ensayos lo probaron, contra qué objetivos, con qué resultado y potencia.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
cid	entero	obligatorio
active_only	booleano	facultativa; default: false
max_rows	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_bioassay_summary", {"cid": 2244, "active_only": true})

pubchem_get_safety

Clasificación de seguridad GHS para un compuesto PubChem (PUG-View 'GHS Classification' epígrafe), agregados entre las fuentes de presentación de informes.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
cid	entero	obligatorio

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_safety", {"cid": 702})

chebi_search

Búsqueda de texto completo sobre entidades ChEBI (nombres, sinónimos, fórmulas, InChIKeys).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
term	cadena de texto	obligatorio
max_results	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_search", {"term": "caffeine", "max_results": 20})

chebi_get_entity

Registro completo de la entidad ChEBI: nombres, estructura, datos químicos, roles y referencias cruzadas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
chebi_id	cadena de texto	obligatorio
max_synonyms	entero	facultativa; predeterminado: 30
max_xrefs	entero	facultativa; predeterminado: 50

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_entity", {"chebi_id": "CHEBI:27732"})

chebi_get_ontology

Relaciones ontológicas de una entidad ChEBI — lo que ES (extrocedente: es un / tiene papel / ácido conjugado...) y lo que apunta a AT it (incoming: children/derivatives).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
chebi_id	cadena de texto	obligatorio
relation_type	cadena de texto	opcional
max_relations	entero	facultativa; predeterminado: 100

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_ontology", {"chebi_id": "CHEBI:27732", "relation_type": "has role"})

rhea_search_reactions

Buscar Reacciones maestras de Ñandú por texto de ecuación, participante ChEBI id, o número EC (tipo de consulta auto-detectado).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
limit	entero	facultativa; predeterminado: 50; mínimo: 1; máximo: 500

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_search_reactions", {"query": "caffeine", "limit": 50})

rhea_get_reaction

Registro completo para una reacción de Ñandú: ecuación, participantes con ids ChEBI y estoichiometría, enlaces EC, dirección familiar y literatura.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
rhea_id	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_get_reaction", {"rhea_id": "10280"})

bindingdb_ligands_by_target

Afinidades de unión aseguradas (Ki/Kd/IC50/EC50) de todos los ligandos BindingDB contra un objetivo de proteínas, por adhesión UniProt.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
uniprot	cadena de texto	obligatorio
affinity_cutoff_nm	número	facultativa; predeterminado: 10000
max_rows	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_ligands_by_target", {"uniprot": "P00533", "affinity_cutoff_nm": 100})

bindingdb_targets_by_compound

Metas de proteína con afinidades medidas para compuestos 2D-similar a una consulta SMILES — " ¿Qué se une esta molécula (o sus análogos cercanos)?".

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
smiles	cadena de texto	obligatorio
similarity	número	facultativa; predeterminado: 0.85; mínimo: 0.5; máximo: 1
max_rows	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_targets_by_compound", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "similarity": 0.85})

lipidmaps_get_compound

Busque la clasificación de lípidos y los detalles compuestos en LIPID MAPS por un LMID exacto o PubChem CID. Resolver nombres con PubChem primero. Devuelve identificadores de la estructura nativa y cartografías de bases de datos disponibles; los campos perdidos permanecen desconocidos. Un LMID puede describir una estructura genérica o incompletamente especificada, no una molécula única identificada experimentalmente. Preserve todos los partidos devueltos en lugar de seleccionar el primero. No nombre, fórmula, abreviatura, búsqueda masiva o masiva. Datos: LIPID MAPS, CC BY 4.0; retener atribución y registrar enlaces.

Field	Type	Requirement and constraints
id_type	string	required; enum: ["lm_id", "pubchem_cid"]
identifier	string	required; MaxLength: 15

const result = await host.mcp("chemistry", "lipidmaps_get_compound", {"id_type": "lm_id", "identifier": "LMFA01010001"})

unichem_map_compound

Map one exact full InChIKey or ChEMBL ID to PubChem, ChEMBL and ChEBI identifiers using UniChem. Resolver nombres con PubChem primero. Preserva distintas estructuras y reportes de filtrado y truncación. El mapeo refleja asignaciones indexadas UniChem, no registros de fuentes actuales verificados o equivalencia biológica. No nombre, similitud, conectividad, sal-componente o búsqueda por lotes.

Field	Type	Requirement and constraints
id_type	string	required; enum: ["inchikey", "chembl"]
identifier	string	required; max Longitud: 27

const result = await host.mcp("chemistry", "unichem_map_compound", {"id_type": "chembl", "identifier": "CHEMBL1089"})

Gráfico de literatura

Mostrar operaciones y parámetros

openalex_search_works

Buscar OpenAlex obras académicas (todas las disciplinas, ~250M registros) con filtros de año/tipo/OA/venue. Args: consulta (texto libre sobre título+abstract+fulltext; opcional si se establece un filtro), year_from, year_to (años inclusivos), work_type (artículo/review/preprint/book-chapter/dataset/disertation), open_access_only, lugar (S-id, openalex.org URL, ISSN, o un nombre claro resuelto a las fuentes principales a las que se ha llegado — en venue_resolved; pasar una identificación exacta para saltar la resolución), ordenar (relanzamiento por defecto / cited_by_count / publication_date), max_records (predeterminado 50, techo duro 500; páginas de 200), include_abstracts (reconstruido del índice invertido, pero SOLAMENTE para las licencias verificadas-abiertas - cc-by/cc-by-sa/cc0/public-domain; otros obtienen abstract=null + abstract_policy nota + abstract_license; añade vracs). Devuelve {query, filtros, de tipo, api_total, n_records_returned, records_truncated, records}; cada registro es la forma de trabajo magra (openalex_id, doi, pmid, title, publication_year/date, type, language, is_retracted, autores[...], source{...}, biblio, cited_by_count, fwci, referenced_works_count, open_access{...}, best_oa_pdf_url, primary_topic, palabras clave).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	opcional
year_from	entero	opcional
year_to	entero	opcional
work_type	cadena de texto	opcional
open_access_only	booleano	opcional
venue	cadena de texto	opcional
sort	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "relevance"; enum: ["relevance", "cited_by_count", "publication_date"]
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 50
include_abstracts	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_works", {"query": "CRISPR base editing", "year_from": 2020, "open_access_only": true, "sort": "cited_by_count", "max_records": 25})

openalex_get_work

Obtenga un trabajo de OpenAlex en su totalidad — metadatos, abstractos (reconstruidos del índice invertido, con licencia como en openalex_search_works), ubicaciones de OA, referenced_works (salientes W-ids — hidratados con openalex_references) y counts_by_year. Args: work_id (W-id, openalex.org URL, DOI, o doi.org URL). Las revisiones DOI resuelven mediante el filtro reclamante; cuando varias obras comparten un DOI el más recitado es seleccionado y doi_claimants + doi_resolution_note están incluidos. No se fundan para los IDs/DOIs desconocidos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
work_id	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_work", {"work_id": "W2741809807"})

openalex_citations

La lista funciona que CITE un trabajo dado (recibiendo citas) a través de OpenAlex's gráfico de citación. Args: work_id (W-id/URL/DOI — DOIs cost one extra resolution request), sort (cited_by_count default / publication_date / relevance), max_records (default 50, techo 500), include_abstracts. Devuelve {work_id, api_total (el verdadero recuento de citas), n_records_returned, records_truncated, records} (Registros de trabajo).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
work_id	cadena de texto	obligatorio
sort	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "cited_by_count"; enum: ["cited_by_count", "publication_date", "relevance"]
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 50
include_abstracts	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("literature", "openalex_citations", {"work_id": "W2741809807", "sort": "cited_by_count", "max_records": 50})

openalex_references

Enumerar las obras de un determinado trabajo CITES (referencias salientes), hidratado a metadatos completos en orden de lista de referencia. Args: work_id (W-id/URL/DOI), max_records (predeterminado 100, techo 500; hidratación batido 50/request). Retorno {work_id, n_referencias, n_records_returned, records_truncated, references_not_hydrated (IDs OpenAlex no tiene registro para — nunca cayó en silencio), reference_ids (ALL W-ids salientes), records}.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
work_id	cadena de texto	obligatorio
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 100

const result = await host.mcp("literature", "openalex_references", {"work_id": "W2741809807", "max_records": 100})

openalex_search_authors

Buscar Perfiles de autor OpenAlex por nombre. Args: consulta (pantallas con el nombre de la pantalla + alternativas; esperar homónimos — check affiliations/topics/ORCID), max_records (predeterminado 25, techo 500). Returns {query, api_total, n_records_returned, records_truncated, records}; cada registro {author_id, nombre, orcid, works_count, cited_by_count, h_index, i10_index, afiliaciones[{institution, years}], last_known_institutions, top_topics}. Use author_id con openalex_get_author.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 25

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_authors", {"query": "Jennifer Doudna", "max_records": 25})

openalex_get_author

Traiga un perfil de autor OpenAlex más sus obras de primera clase. Args: author_id (A-id, openalex.org URL, o ORCID; CAVEAT: OpenAlex's El puntero ORCID puede resolver a un duplicado escaso — prefiera el A-id de openalex_search_authors), works_sample (predeterminado 10, max 200; 0 salta la solicitud extra). Devuelve el registro del autor más counts_by_year, top_works_total (conteo total de obras) y top_works (informes de trabajo por citas).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
author_id	cadena de texto	obligatorio
works_sample	entero	facultativa; predeterminado: 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_author", {"author_id": "A5023888391", "works_sample": 10})

openalex_venue_info

Busque revistas/repositorios ('sources') en OpenAlex — estado de OA, listado DOAJ, APC, métricas de citación. Args: local (exacto S-id, openalex.org URL, o ISSN para un solo registro; cualquier otra cosa es una búsqueda de nombre), max_records (predeterminado 10, techo 500; nombre-búsqueda solamente). Devoluciones: exacta -> un registro de origen + counts_by_year; nombre búsqueda -> {query, api_total, n_records_returned, records_truncated, records}. Fuente: {source_id, display_name, tipo, issn_l, issn, host_organization, country_code, homepage_url, is_oa, is_in_doaj, is_core, apc_usd, works_count, cited_by_count, h_index, two_year_mean_citedness, first/last_publication_year, top_topics}.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
venue	cadena de texto	obligatorio
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_venue_info", {"venue": "Nature", "max_records": 10})

arxiv_search

Preimpresos de búsqueda arXiv (física, matemáticas, CS, estadísticas, q-bio, ...) a través del Atom API oficial. Args: query (arXiv query string; términos simples buscar todos los campos, campo prefijos ti:/au:/abs: y booleanos y/OR/ANDNOT trabajo; opcional si se establece la categoría o un rango de fecha), categoría (código ARXiv AND-ed, por ejemplo. q-bio.GN, cs.LG, stat.ML), date_from / date_to (fecha de admisión YYY-MM-DD, inclusive), comenzar (con compensación de paging basado en 0; el API pasa ~3s entre las solicitudes — página cortés), max_results (predeterminado 25, max 100 por llamada), sort_by (predeterminado de la relación / presentadoFecha / últimoUpdatedDate), sort_order (descendiente por defecto / ascendente). Devuelve {search_query (la consulta exacta enviada), api_total (conteo total de partidos de ZXiv's), start_index, n_records_returned, records_truncated, sort_by, sort_order, records}; cada registro {arxiv_id, versión, id_versioned, título, abstract, autores, publicado, actualizado, primary_category, categorías, doi, journal_ref, comentario, abs_url, pdf_url}. doi/journal_ref sólo aparece después de la publicación de la revista. Las consultas malformadas generan un error (arXiv's HTTP-200 se detecta un alimento de error, nunca devuelto como datos).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	opcional
category	cadena de texto	opcional
date_from	cadena de texto	opcional
date_to	cadena de texto	opcional
start	entero	facultativa; predeterminado: 0
max_results	entero	facultativa; predeterminado: 25
sort_by	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "relevance"; enum: ["relevance", "submittedDate", "lastUpdatedDate"]
sort_order	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "descending"; enum: ["descending", "ascending"]

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_search", {"query": "ti:transformer", "category": "cs.LG", "max_results": 10})

arxiv_get_papers

Metadatos de papel arXiv de lote (incl. abstracts) por ID — una solicitud de hasta 100. Args: arxiv_ids (hasta 100 IDs en cualquier forma común — 2103.14030, versionado 2103.14030v2, antiguo estilo q-bio/0601001, arXiv: prefijo, o URL abs/pdf; IDs no versionados se resuelven a la última versión). Devuelve {n_requested, n_found, duplicates (inputs that resolved to an already-returned paper), not_found (unknown AND malformed IDs — arXiv silently salta desconocidos y rechaza lotes enteros sobre los malformados; esta herramienta no hace ninguno), records} — registros en el pedido solicitado, la misma forma que los registros arxiv_search. Los papeles retirados todavía devuelven metadatos (ver comentario para notas de retiro).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
arxiv_ids	matriz de cadenas	obligatorio

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_get_papers", {"arxiv_ids": ["2103.14030", "1706.03762v5"]})

crossref_get_work

Recuperar metadatos descriptos por el editor para un Crossref DOI. Un DOI desnudo, doi: prefijo o doi.org URL se acepta. No se requiere llave API. Si el DOI pertenece a otra agencia de registro, utilice el servicio de coincidencia; a Crossref 404 no prueba que el DOI sea inválido. Compruebe el DOI devuelto, título y source_url.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
doi	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_work", {"doi": "10.1038/nature12968"})

crossref_get_updates

Leer corrección depositada, retracción y otras relaciones de actualización. updated_by apunta a notificaciones que actualizan este trabajo; update_to apunta a las obras actualizadas por este DOI. Dirección de relación preservar y etiquetas de origen. Los arrays vacíos no establecen confiabilidad o prueban que no existe retracción.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
doi	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_updates", {"doi": "10.1038/nature12968"})

datacite_search_records

Buscar datos públicos DataCite dataset/software DOI metadatos. Consulta de suministros, related_doi o ambos; query utiliza la sintaxis de la consulta DataCite. Mantenga los mismos filtros y page_size cuando siga next_page. La recuperación de número de página se limita a los primeros registros 10,000: estrechar la consulta si es necesario. Compruebe related_identifiers, derechos y URL de aterrizaje; metadatos no garantiza datos descargables o el permiso de reutilización.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 2000
related_doi	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 2048
resource_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "dataset"; enum: ["dataset", "software"]
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 10000

const result = await host.mcp("literature", "datacite_search_records", {"query": "climate", "resource_type": "dataset", "page_size": 5})

datacite_get_record

Recuperar un registro de DataCite DOI público, incluyendo títulos, creadores, tipo de recurso, derechos, identificadores relacionados y versión disponible. Acepta un DOI desnudo, doi: prefijo o doi.org URL. Revise el identificador y la dirección de relación antes de usar un conjunto de datos o un paquete de software conectado.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
doi	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "datacite_get_record", {"doi": "10.14454/qdd3-ps68"})

PubMed

Mostrar operaciones y parámetros

search_articles

Búsqueda PubMed (biomedical & literatura de ciencias de la vida a través de la investigación NCBI) para artículos que coincidan con una consulta. Devuelve la cuenta total del partido más una página de PMIDs. Admite etiquetas de campo PubMed ([Title], [Author], [Journal], [MeSH Terms], ...), operadores booleanos, filtración de fecha y ordenar. PubMed no indexa la física / CS / matemáticas / papeles de química pura.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
max_results	entero	facultativa; predeterminado: 20
retstart	entero	facultativa; predeterminado: 0
sort	cadena de texto	facultativa; enum: ["relevance", "pub_date", "author", "journal_name", "title"]
date_from	cadena de texto	opcional
date_to	cadena de texto	opcional
datetype	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "pdat"; enum: ["pdat", "edat", "mdat"]

const result = await host.mcp("pubmed", "search_articles", {"query": "CRISPR gene editing", "max_results": 10})

get_article_metadata

Recuperar metadatos detallados de PubMed por PMID (bulk, via efetch): identificadores (pmid/pmc/doi), título, abstracto, revista, autores con afiliaciones, fecha de publicación, términos de MeSH, tipos de artículo, idioma y citación. En cada uso, cite PubMed e incluya los DOIs (identifiers.doi) de artículo devuelto como enlaces.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pmids	['string', 'array']	obligatorio

const result = await host.mcp("pubmed", "get_article_metadata", {"pmids": ["35486828", "33264437"]})

find_related_articles

Encuentre contenido relacionado PubMed para una o más fuente PMIDs vía NCBI elink. pubmed_pubmed (predeterminado) devuelve artículos similares clasificados por semejanza de títulos/abstracts/MeSH (no citas de NOT); pubmed_pmc devuelve los enlaces de PMC de texto completo; pubmed_gene/pubmed_protein/pubmed_nucleotide devuelve registros de secuencia/gene vinculados.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pmids	['string', 'array']	obligatorio
link_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "pubmed_pubmed"; enum: ["pubmed_pubmed", "pubmed_pmc", "pubmed_nucleotide", "pubmed_protein", "pubmed_gene"]
max_results	entero	opcional

const result = await host.mcp("pubmed", "find_related_articles", {"pmids": ["35486828"], "link_type": "pubmed_pubmed"})

lookup_article_by_citation

Resolver citas bibliográficas a PMIDs a través de Ecitmatch NCBI. Cada cita suministra algunos de {journal, año, volumen, first_page, autor, key}; proporcionar 2-3+ campos para el ajuste confiable. Use cuando tenga una lista de referencia y necesite PMIDs.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
citations	matriz de objetos	obligatorio

const result = await host.mcp("pubmed", "lookup_article_by_citation", {"citations": [{"journal": "Science", "year": 1987, "volume": "235", "first_page": "182", "author": "Palmenberg AC"}]})

convert_article_ids

Convertir entre PMID, PMCID y DOI a través del convertidor NCBI/PMC ID. ids de entrada homogénea por llamada (configurar id_type para que coincida). Comúnmente utilizado para comprobar si un PMID tiene un PMCID (es decir, texto completo en PMC) antes de llamar a get_full_text_article.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
ids	['string', 'array']	obligatorio
id_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "pmid"; enum: ["pmid", "pmcid", "doi"]

const result = await host.mcp("pubmed", "convert_article_ids", {"ids": ["PMC9046468"], "id_type": "pmcid"})

get_full_text_article

Recuperar texto completo de acceso abierto de PubMed Central a través de Europa PMC por PMC id ("PMC12345" o " 12345"). Devuelve texto de sección estructurado más la licencia; cuando el texto completo no está disponible, la razón se reporta explícitamente (fulltext_status). Sólo los artículos de OA-subset tienen un texto completo retrávido. En todos los usos, cite PubMed e incluya el artículo devuelto DOIs como enlaces.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pmc_ids	['string', 'array']	obligatorio

const result = await host.mcp("pubmed", "get_full_text_article", {"pmc_ids": ["PMC9046468"]})

get_copyright_status

Informe de copyright y estado de licencia por PMID combinando PubMed CopyrightInformation, el convertidor de identificación PMC (PMID -> PMCID/DOI), y el PMC <permissions> bloque (tipo de licencia, URL de licencia ALI, declaración de copyright/año). Use to check open-access reuse rights before reproducing content.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pmids	['string', 'array']	obligatorio

const result = await host.mcp("pubmed", "get_copyright_status", {"pmids": ["35891187", "34375400"]})

get_pubtator_annotations

Export PubTator 3 BioC JSON entity and relation annotations for published PubMed articles (title/abstract). Mantiene texto de pasaje, compensaciones, identificaciones normalizadas y relaciones. No presenta texto crudo.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pmids	array	necesarios; minItems: 1; maxItems: 10

const result = await host.mcp("pubmed", "get_pubtator_annotations", {"pmids": ["29355051"]})

search_pubtator

Busque una página de PubTator 3 publicaciones por texto, IDs de entidad o relaciones (por ejemplo, relaciones:ANY sometida@CHEMICAL Doxorubicin eterna@DISEASE Neoplasmas). Las relaciones automatizadas son evidencia de investigación, no conclusiones clínicas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	string	necesarios; minLength: 1; maxLength: 1000
page	integer	optional; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("pubmed", "search_pubtator", {"query": "relations:ANY|@CHEMICAL_Doxorubicin|@DISEASE_Neoplasms", "page": 1})

Genes & Ontologies

Mostrar operaciones y parámetros

query_genes

Resolver identificadores/symbols de genes a través de mygene.info (batched, up to 1000 términos/request). Utilice esto para mapear símbolos de genes a Ensembl gene IDs, IDs de Entrez, nombres y cualquier otro campo mygene.info — o el revés (conectar scopes al espacio de nombres de sus términos de entrada, por ejemplo. "entrezgene", "ensembl.gene", "symbol,alias"). Args: términos (títulos de consulta, por ejemplo. ["TP53","BRCA1"]; no se admiten los términos que contengan comas); alcances (espacios de nombres de identificadores separados por el sistema para que coincidan con los términos contra); campos (campos de mygene separados para el consumo, o "all"); especie (nombre común "human"/"mouse" o NCBI taxid). Devoluciones {n_input, n_records, not_found, records}. Un término que coincide con varios genes produce varios registros (cada uno lleva su query). Los registros se ordenan deterministamente (orden de entrada, luego _id).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
terms	matriz de cadenas	obligatorio
scopes	cadena de texto	opcional
fields	cadena de texto	facultativa; default: "symbol,name,taxid,entrezgene,ensembl.gene"
species	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("genes", "query_genes", {"terms": ["TP53", "BRCA1"], "scopes": "symbol,alias", "fields": "symbol,name,entrezgene,ensembl.gene", "species": "human"})

list_ontologies

Lista de ontologías en el Servicio de Vigilancia de Ontología EBI (OLS4). Con ontology_ids (por ejemplo. ["efo","cl","chebi","go","mondo"]): embrague registros de metadatos estructurados para sólo esas ontologías; IDs desconocidas se reportan en not_found. Sin: el catálogo completo OLS4 (~250 ontologies, paginado completamente y contado-verificado). Devoluciones: {registros:[{ontology_id, título, versión, estado, num_terms, ...}], not_found:[...]} para una lista de identificación, o {records:[...], total_elements, complete} para el catálogo completo.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
ontology_ids	matriz de cadenas	opcional

const result = await host.mcp("genes", "list_ontologies", {"ontology_ids": ["efo", "go", "mondo"]})

search_ontology_terms

Buscar términos de ontología por etiqueta/sinónimo a través de una o más ontologías OLS4. Usos típicos: encontrar un ID de EFO para un nombre de enfermedad (ontologías=["efo"]), términos de ontología celular para un tipo de célula (["cl"]), términos de ChEBI para un químico (["chebi"]), términos de GO por nombre (["go"]) — o buscar todas las ontologías a la vez. Args: consulta (marca de plazo, sinónimo o identificador); ontologías (identes menores para restringir a; Ninguna búsqueda de toda ontología); exacta (total partido de la cadena); include_obsolete (default False); max_results (tratado por la relevancia de la OLS). Devuelve {query, total_found, n_retorno, truncado, términos:[{curie, iri, label, short_form, ontología, descripción, tipo, is_defining_ontology}]}.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
ontologies	matriz de cadenas	opcional
exact	booleano	facultativa; default: false
include_obsolete	booleano	facultativa; default: false
max_results	entero	facultativa; predeterminado: 20

const result = await host.mcp("genes", "search_ontology_terms", {"query": "asthma", "ontologies": ["efo"], "max_results": 20})

get_ontology_term

Traiga un término de ontología 's detalles, o su conjunto completo de plazos relacionados. Con relation=None: registro a largo plazo (marca, sinónimos, descripción, bandera obsoleta, padres directos). Con una relación: el conjunto completo de términos relacionados, por ejemplo. relación="hierarchicalChildren" para niños directos incl. part_of etc., "descendants"/"hierarchicalDescendants" para todo el subárbol, "ancestors"/"hierarchicalAncestors", "parents", "children". La recuperación se cuenta con el total de API's. Args: ontología (bajo, por ejemplo. "efo","go","cl","chebi"); term_id (CURIE "EFO:0000305"/"GO:0006281" o IRI completo); (Ninguno o uno de los enumerados); include_parents (incluye referencias directas de los padres cuando la relación es Ninguno). Devoluciones: relación=None {curie, iri, label, ontology, short_form, sinónimos, descripción, is_obsolete, has_children, parents}; {root, relación, total_elements, term_count, términos:[...]}.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
ontology	cadena de texto	obligatorio
term_id	cadena de texto	obligatorio
relation	cadena de texto	facultativa; enum: ["padres", "niños", "antepasados", "descendientes descendientes", "jerárquicaParents", "jerárquica", "jerárquica", "jerárquicaDescendants"]
include_parents	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("genes", "get_ontology_term", {"ontology": "go", "term_id": "GO:0006281", "relation": "children"})

get_go_annotations

Retrieve GO anotaciones para un producto de genes UniProt de QuickGO (completo, contado-verificado). Args: uniprot_accession (p. ej. "P04637", prefijo opcional); (omit para todos los aspectos, o uno de biological_process/molecular_function/cellular_component); (None/all, a preset "experimental_manual"=manually-assigned experimental evidence, "automatic_iea"=electronic/IEA, or an explicit ECO code like "ECO:0000314"; Los códigos de evidencia GO de tres letras como IDA/IEA NO son aceptados — QuickGO ignora silenciosamente la voz, filtro debe usar códigos ECO); taxon_id (impuesto NCBI opcional, por ejemplo. 9606); include_term_names (hidrar cada registro con el nombre del término GO/aspect/obsolete a través de una búsqueda de ontología batido); max_records (capítulo en los registros; conjunto completo todavía recuperado y resumido; truncated marca la tapa). Devoluciones {gene_product, total_annotations, n_records, completos, truncados, distinct_go_ids (entre TODAS las anotaciones), registros:[{go_id, go_aspect, calificador, go_evidence, eco_id, referencia, assigned_by, fecha, ...}]}.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
uniprot_accession	cadena de texto	obligatorio
aspect	cadena de texto	facultativa; enum: ["biological_process", "molecular_function", "cellular_component"]
evidence	cadena de texto	opcional
taxon_id	entero	opcional
include_term_names	booleano	facultativa; default: false
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 200

const result = await host.mcp("genes", "get_go_annotations", {"uniprot_accession": "P04637", "aspect": "molecular_function", "evidence": "experimental_manual"})

search_uniprot_entries

Descubra las entradas activas de proteína UniProtKB por nombre gen exacto (incluyendo sinónimos), frase de nombre de proteína y/o organism_id exacto (ID de taxonomía de la CNBI, no descendientes). Se requiere al menos uno de estos filtros; Los filtros suministrados se combinan con AND. Opcional revisado=true selecciona Swiss-Prot, falsos selecciona TrEMBL; Omitirlo incluye ambos. No hay organismo o predeterminado revisado. El texto utiliza la frase tokenizada UniProt que coincide, no la sintaxis de subestring arbitrarios que coincida o la consulta cruda; citas, barras, comodines y personajes de control son rechazados. Devuelve una página encuadernada en el orden de adhesión, no un conjunto completo de proteínas. Para la siguiente página, pase next_cursor como cursor con filtros idénticos y page_size. Los cursos son opacos, no offsets o instantáneas duraderas; reiniciar si UniProt rechaza un cursor en estadio.

Proporcione al menos un filtro de búsqueda listado; consultar el esquema descargable para reglas de combinación completas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene	cadena de texto	facultativa; MinLength: 1; MaxLength: 200; patrón: "^(?=[\\s\\S]*\\S)[^\"\\\\*?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"
protein_name	cadena de texto	facultativa; MinLength: 1; MaxLength: 200; patrón: "^(?=[\\s\\S]*\\S)[^\"\\\\*?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"
organism_id	entero	facultativa; mínimo: 1; máximo: 2147483647
reviewed	booleano	opcional
page_size	entero	facultativa; por defecto: 25; mínimo: 1; máximo: 500
cursor	cadena de texto	facultativa; MinLength: 1; MaxLength: 4096; patrón: "^[^\\s\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"

const result = await host.mcp("genes", "search_uniprot_entries", {"gene": "TP53", "organism_id": 9606, "reviewed": true, "page_size": 25})

get_uniprot_entries

Obtenga registros UniProtKB para una lista de adhesiones primarias o secundarias (primicia de las OR-queries). los alias no resueltos utilizan un retroceso directo por acesión. Tres modos: fields dado → la recuperación tabular de token-lean de sólo esos campos UniProt (por ejemplo. ["accession", "id", "protein_name", "gene_names", "organism_name", "length", "sequence"]); format es ignorado. format="fasta" → por-accession FASTA secuencias. formato="txt" → por-accessión texto completo UniProt de archivo plano (anotación completa); puede ser muy grande - preferir fields). Args: accessions (e.g. ["P04637","P38398"]); formato ("fasta"/"txt", ignorado cuando fields dado); campos (optional UniProt REST nombres de campo para modo tabular). Devoluciones: campo modo {accessions, campos, n_records, registros:[{<column>:value}]}; fasta/txt modo {accessions, formato, n_found, desaparecidos, registros:{accession:text}} — missing lista adhesiones UniProt no devolvió ningún registro.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accessions	matriz de cadenas	obligatorio
format	cadena de texto	facultativa; enum: ["fasta", "txt"]
fields	matriz de cadenas	opcional

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {"accessions": ["P04637", "P38398"], "fields": ["accession", "id", "protein_name", "gene_names", "organism_name", "length"]})

submit_uniprot_id_mapping

Presentar a identificadores 100,000 para el mapeo UniProt por lotes. from_db/to_db son los nombres exactos de la base de datos UniProt API (por ejemplo. Gene_Name, GeneID, Ensembl, RefSeq_Protein, UniProtKB_AC-ID - título UniProtKB; UniProtKB_AC-ID - confiar Ensembl o GeneID). Los pares válidos son definidos por https://rest.uniprot.org/configure/idmapping/fields; los pares sin soporte fallan en el río arriba. taxon_id es opcional sólo para Gene_Name; especifiquelo para desambiguar especies. Las identificaciones deben ser cuerdas individuales sin espacio blanco o separadores; casos y versiones se conservan, se presentan duplicados exactos una vez. Pasa las adhesiones de search_uniprot_entries como ids con from_db=UniProtKB_AC-ID. Envia un POST, nunca se canta automáticamente ni encuestas. Guardar job_id, luego utilizar get_uniprot_id_mapping_status y get_uniprot_id_mapping_results. UniProt expira los resultados después de hasta los días 7; cancelación o cierre de aplicaciones detiene las solicitudes locales, no el trabajo remoto. No se proporciona ningún caché de trabajo local o cancelación remota/deleción API. Si la comunicación pierde su respuesta, puede existir un trabajo; no vuelvas a presentar ciegamente.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
from_db	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 100; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_-]*$"
to_db	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 100; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_-]*$"
ids	matriz de cadenas	obligatorio; minItems: 1; maxItems: 100000
taxon_id	entero	facultativa; mínimo: 1; máximo: 2147483647

const result = await host.mcp("genes", "submit_uniprot_id_mapping", {"from_db":"Gene_Name","to_db":"UniProtKB","ids":["TP53","BRCA1"],"taxon_id":9606})

get_uniprot_id_mapping_status

Revise un trabajo de mapeo de ID de UniProt existente una vez. NEW/RUNNING significa encuestar esta herramienta más tarde (al menos 3 segundos aparte); FINISHED significa buscar todas las páginas con get_uniprot_id_mapping_results. ERROR de corriente se normaliza a FAILED, una falla de trabajo terminal, no identificaciones sin igual. Los fallos de trabajo HTTP 400/500 se leen sin retries automáticos; otros fallos HTTP (incluyendo empleos desconocidos/expirados) propagan. No presenta un nuevo trabajo o encuesta automáticamente.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
job_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 100; patrón: "^[A-Za-z0-9_-]+$"

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_id_mapping_status", {"job_id":"ecuuh9h0Md"})

get_uniprot_id_mapping_results

Traiga una página de pares compactos de identificación UniProt para un trabajo terminado. Repita con next_cursor y job_id/page_size idénticos hasta has_more=false; Los cursores son opacos, no offsets o instantáneas duraderas. Cada una de / a fila se mantiene, incluyendo mapas de una a la mano. Combina pares de todas las páginas antes de interpretar la multiplicidad; una fuente puede abarcar páginas. Recopilar la unión de failed_ids reportada a través de páginas; nunca infiere IDs inigualables de ausencia en una página. Los ID de destino UniProtKB pueden pasarse a get_uniprot_entries para anotaciones o secuencias.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
job_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 100; patrón: "^[A-Za-z0-9_-]+$"
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 500
cursor	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 4096; patrón: "^[^\\u0000-\u001f\u007f]+$"

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_id_mapping_results", {"job_id":"ecuuh9h0Md","page_size":100})

map_reactome_pathways

Mapa de símbolos gen o adhesiones UniProt a las vías Reactome (AnalysisService token workflow). Args: identificadores (símbolos de género si id_type="symbol", UniProt adhesiones si "uniprot"; no duplicados); id_type ("symbol"/"uniprot"); especie (predeterminado "Homo sapiens"); recurso (AnálisisServicio vista de la molécula de fuente "TOTAL" por defecto; "UNIPROT" - restringir las cartografías a nivel de proteínas; include_disease (por defecto de servicio True); compacto (True → por identificador caminos de bajo nivel sólo {stId, nombre,species} + versión de la versión de la versión de la versión de reanimación; Falso → resultado determinista completo: conjuntos de ruta completa por identificador con estadísticas de entidad/reacción (p-valores, FDR, encontrado/total) y resumen de lotes incl. identifiers_not_found). Devoluciones: {tool compacto, reactome_version, id_type, especie, n_input, genes:{identifier:{found, n_lowlevel_pathways, pathways}}}; completa agrega estadísticas por vía informática y batch_summary. Mapas identificadores a caminos en las especies solicitadas, sin proyectarlos a humanos. Use un nombre científico compatible, como Homo sapiens o Mus musculus; el esquema descargable lista todos los nombres soportados. Las especies vacías, no apoyadas o desajustadas son errores. found y n_found indican el reconocimiento de identificador, no la membresía de la ruta: un identificador reconocido puede tener cero caminos. El modo compacto contiene sólo vías de bajo nivel.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
identifiers	matriz de cadenas	obligatorio
id_type	cadena de texto	obligatorio; enum: ["symbol", "uniprot"]
species	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "Homo sapiens"
resource	cadena de texto	facultativa; default: "TOTAL"
include_disease	booleano	facultativa; default: true
compact	booleano	facultativa; default: true

const result = await host.mcp("genes", "map_reactome_pathways", {"identifiers": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "id_type": "symbol"})

list_enrichment_sources

Lista el g: Fuentes de enriquecimiento de los perfiles y sus versiones actuales de datos para un organismo. Las fuentes son dependientes de organismos e incluyen espacios de nombres como GO:BP, GO:MF, GO:CC, KEGG, Reactome y WikiPathways cuando esté disponible. g:Profiler almacena metadatos de consulta limitados para el funcionamiento del servicio; esta búsqueda de sólo lectura no presenta una lista de genes.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
organism	cadena de texto	obligatorio; MinLength: 1; MaxLength: 64; patrón: "^[a-z][a-z0-9_]*$"

const result = await host.mcp("genes", "list_enrichment_sources", {"organism": "hsapiens"})

enrich_gene_set

Ejecutar g:Enriquecimiento de la GOST para un gen que se encuentra en GO, Reactome, KEGG, WikiPathways y otras fuentes apoyadas por el organismo. Soporta un organismo explícito, antecedentes estadísticos personalizados, pruebas de infrarrepresentación y g:Resolución de prueba múltiple de perfiles. Los identificadores no incluidos, ambiguos y duplicados se devuelven en metadatos en lugar de ser descartados silenciosamente.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
genes	matriz de cadenas	obligatorio; minItems: 1; maxItems: 5000
organism	cadena de texto	obligatorio; MinLength: 1; MaxLength: 64; patrón: "^[a-z][a-z0-9_]*$"
sources	matriz de cadenas	facultativa; maxItems: 100
background_genes	matriz de cadenas	facultativa; minItems: 1; maxItems: 20000
domain_scope	cadena de texto	facultativa; enum: ["annotated", "known", "custom", "custom_annotated"]
correction_method	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "g_SCS"; enum: ["g_SCS", "bonferroni", "fdr"]
user_threshold	número	facultativa; máximo: 1; exclusivoMinimum: 0
all_results	booleano	facultativa; default: false
ordered	booleano	facultativa; default: false
measure_underrepresentation	booleano	facultativa; default: false
no_iea	booleano	facultativa; default: false
no_evidences	booleano	facultativa; default: false
numeric_ns	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 64

const result = await host.mcp("genes", "enrich_gene_set", {"genes": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "organism": "hsapiens", "sources": ["GO:BP", "REAC"], "correction_method": "fdr"})

list_enrichr_libraries

Enumere las actuales bibliotecas de serie Enrichr y sus estadísticas de cobertura para un despliegue de Enrichr. El despliegue humano abarca las bibliotecas humanas y del ratón; otros organismos apoyados utilizan sus despliegues dedicados. Use esto antes de enrich_gene_set_enrichr para seleccionar las bibliotecas para el análisis de tipo de transcripción, perturbación, fármaco, enfermedad, tejido o tipo celular.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
organism	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "human"; enum: ["human", "fly", "yeast", "worm", "fish"]

const result = await host.mcp("genes", "list_enrichr_libraries", {"organism": "human"})

enrich_gene_set_enrichr

Ejecute el enriquecimiento Enrichr para símbolos gen o identificadores aceptados por las bibliotecas Enrichr. Esto complementa g:Profiler con transcripciones-factor, perturbación, fármaco, enfermedad, tejido y bibliotecas de tipo celular. Un fondo personalizado utiliza el Speedrichr API y actualmente es compatible sólo para el despliegue humano. Enrichr no reporta identificadores no marcados, por lo que mapping_status es siempre not_reported_by_enrichr. Las listas de genes se envían al servicio externo Enrichr; Las subidas son efectos secundarios externos temporales y no se reenrollan automáticamente si una solicitud de biblioteca posterior falla.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
genes	matriz de cadenas	obligatorio; minItems: 1; maxItems: 5000
libraries	matriz de cadenas	obligatorio; minItems: 1; maxItems: 10
background_genes	matriz de cadenas	facultativa; minItems: 1; maxItems: 20000
organism	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "human"; enum: ["human", "fly", "yeast", "worm", "fish"]
description	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 200
max_results	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 500

const result = await host.mcp("genes", "enrich_gene_set_enrichr", {"genes": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "libraries": ["ChEA_2022", "LINCS_L1000_Chem_Pert_up"]})

get_hgnc_gene

Obtenga la nomenclatura del gen humano por el símbolo HGNC exacto. Retiene el estado aprobado o retirado, nombres, alias, referencias cruzadas y fechas de modificación.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
symbol	string	necesarios; minLength: 1; maxLength: 100

const result = await host.mcp("genes", "get_hgnc_gene", {"symbol": "BRCA1"})

resolve_hgnc_alias

Resolver un símbolo exacto de alias del gen humano a través de HGNC. Devuelve cada gen que coincide; nunca elige silenciosamente entre alias ambiguos. Use get_hgnc_gene para símbolos aprobados.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
symbol	string	necesarios; minLength: 1; maxLength: 100

const result = await host.mcp("genes", "resolve_hgnc_alias", {"symbol": "P53"})

get_hgnc_service_info

Lea metadatos oficiales de servicio HGNC REST, campos de búsqueda y campos almacenados. Las acciones solicitan la admisión con las revisiones HGNC existentes; no se requiere llave.

No hay campos de entrada; pase un objeto vacío.

const result = await host.mcp("genes", "get_hgnc_service_info", {})

query_hgnc_field

Busque o busque un campo HGNC documentado, incluyendo símbolos históricos y identificadores externos. Búsqueda devuelve identificadores indexados; etch devuelve los registros almacenados. Preserve ambiguous matchs and approved/withdrawn status instead of silently selecting one gene.

Field	Type	Requirement and constraints
mode	string	optional; default: "fetch"; enum: ["fetch", "search"]
field	string	required; enum: ["symbol", "alias_symbol", "prev_symbol", "name", "hgnc_id", "entrez_id", "ensembl_gene_id"]
value	string	required; minLength: 1; maxLength: 300
max_rows	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("genes", "query_hgnc_field", {"field": "entrez_id", "value": "7157", "mode": "fetch"})

list_hgnc_files

Listar objetos oficiales de bolsillo público HGNC, tamaños, metadatos de identidad/checksum y ficha de página. Esto sólo descubre las URL de descarga; no descarga archivos o crea el estado local. ETag no es un checksum SHA256.

Field	Type	Requirement and constraints
prefix	string	optional; default: "hgnc/tsv/tsv/"; maxLength: 200; pattern: "^hgnc/[A-Za-z0-9_./-]*$"
cursor	string	optional; default: ""; maxLength: 4096
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("genes", "list_hgnc_files", {"prefix": "hgnc/tsv/tsv/", "limit": 5})

Genomes

Mostrar operaciones y parámetros

blast_submit

Presentar una secuencia de nucleótidos o proteínas al servicio público NCBI BLAST para la búsqueda de similitud asincrónica. Establecer molecule_type explícitamente porque una proteína hecha sólo de A/C/G/T es de otra manera ambiguo. Devuelve un RID y la estimación del servidor; Llame a blast_status no más a menudo que una vez por minuto, luego blast_results después de READY. La secuencia se envía a NCBI y no se encaje localmente; a perdido la respuesta de envío eleva blast_submission_unknown y no debe ser retriado automáticamente. Espacio todas las solicitudes BLAST por lo menos 10 segundos y todas las solicitudes para el mismo RID por al menos 60 segundos. Mantenga el RID para reanudar después de reiniciar. NCBI generalmente mantiene los resultados para las horas 36; Esto no es una garantía de eliminación. Cancelación, salida de la aplicación y desinstalación sólo paran las solicitudes locales; este API no tiene ninguna operación de cancelación remota documentada / deleite. No se añade ningún registro de empleo o caché de resultados; La persistencia normal de la conversación y el libro de notas puede retener entradas y salidas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
sequence	cadena de texto	obligatorio; MinLength: 1; MaxLength: 100000
molecule_type	cadena de texto	obligatorio; enum: ["nucleotide", "protein"]
database	cadena de texto	facultativa; enum: ["nt", "core_nt", "refseq_rna", "nr", "refseq_protein", "swissprot"]
evalue	número	facultativa; exclusivoMinimum: 0; máximo: 1000
hitlist_size	entero	facultativa; mínimo: 1; máximo: 100
megablast	booleano	opcional

const result = await host.mcp("genomes", "blast_submit", {"sequence": "ATGCGTACGTAGCTAG", "molecule_type": "nucleotide", "database": "nt"})

blast_status

Revise un NCBI BLAST RID una vez. Esta es una única petición SearchInfo y nunca encuestas o esperas; respeto NCBI guía para esperar al menos 60 segundos entre cheques. Retornace el WAITING, READY, FAILED, o UNKNOWN (RID desconocido o vencido). Espacio todas las solicitudes BLAST por lo menos 10 segundos y solicitudes de la misma RD, incluyendo recuperación de resultados, por lo menos 60 segundos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
rid	cadena de texto	obligatorio; MinLength: 1; MaxLength: 128

const result = await host.mcp("genomes", "blast_status", {"rid": "AYEFB4DT014"})

blast_results

Obtenga resultados consolidados para un NCBI BLAST RID. Hace una petición y regresa listo=falso cuando el trabajo todavía está esperando; elegir json2, xml2, texto, o salida tabular después de los informes blast_status READY. Los resultados están capped en 2 MiB y devueltos literales. tabular significa NCBI Texto + ALIGNMENT_VIEW=Tabular, que puede incluir comentarios HTML, etiquetas PRE y encabezados de reporte; no es puro TSV o CSV. Espere al menos 60 segundos después de la última solicitud para este RID, incluyendo blast_status. No hay registros automáticos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
rid	cadena de texto	obligatorio; MinLength: 1; MaxLength: 128
format	cadena de texto	facultativa; enum: ["json2", "xml2", "text", "tabular"]

const result = await host.mcp("genomes", "blast_results", {"rid": "AYEFB4DT014", "format": "json2"})

ensembl_lookup

Busque genes, transcripciones o proteínas por ID estable, o genes por símbolo. query acepta IDs ENS (se admiten versiones), FlyBase/WormBase/yeast IDs, o símbolos como BRAF. query_type: auto (default) intenta primero la identificación, y luego simboliza sólo en ausencia explícita a menos que la entrada sea un ID de ENS/LRG canónico; id utiliza sólo la búsqueda de identificación; símbolo utiliza sólo la búsqueda del símbolo sin la normalización de la versión. las especies se aplican solamente a la búsqueda de símbolos (predeterminado homo_sapiens) y no se infiere. Ampliar incluye transcripciones, exones y traducciones (por defecto falso). Las solicitudes inválidas y los fallos de servicio generan errores.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
query_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "auto"; enum: ["auto", "id", "symbol"]
species	cadena de texto	facultativa; por defecto: "homo_sapiens"
expand	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_lookup", {"query": "BRAF", "query_type": "symbol"})

ensembl_xrefs

Referencias transversales externas de un ID estable ensembl —el puente de los IDs ensembl gene/transcript a HGNC, NCBI (EntrezGene), UniProt, OMIM, RefSeq, Expression Atlas y otros. Args: stable_id (ENSG.../ENST..., versionado aceptado); external_db (filtro de nombre de base de datos de corriente avanzada opcional, por ejemplo. HGNC, EntrezGene, Uniprot_gn, MIM_GENE, RefSeq_mRNA; omit para todos). Devoluciones {stable_id, external_db, n_xrefs, xrefs} — la lista COMPLETE (nunca truncada), clasificada por (dbname, primary_id); cada fila {dbname, db_display_name, primary_id, display_id, descripción, sinónimos, info_type}. IDs desconocidas devuelven n_xrefs:0.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
stable_id	cadena de texto	obligatorio
external_db	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_xrefs", {"stable_id": "ENSG00000157764", "external_db": "HGNC"})

ensembl_vep_variant

Ensembl VEP anota consecuencias de variantes y resume los resultados por transcrito de mayor a menor gravedad. Sin hgvs_notation, variant_id tiene prioridad y se ignoran region, allele y allele_orientation. HGVS no puede combinarse con ninguno de ellos. hgvs_notation admite HGVS genómico, codificante o proteico (p. ej., ENST00000366667:c.803C>T). Las versiones de referencia se transmiten sin cambios ni validación. Se usa el ensamblaje actual de la especie en rest.ensembl.org, sin selección de ensamblaje ni liftover; assembly_name informa del ensamblaje resuelto. Las consultas HGVS incluyen hgvs=1 y transcript_version=1; transcript_id conserva su versión y se mantienen hgvsc/hgvsp si existen. version_validation es unchecked. input_reference_annotations procede de toda la lista de transcritos, independientemente de max_consequences. matched significa igualdad de referencia excluyendo el sufijo de versión, no validación sintáctica ni coincidencia de versión; unknown indica que no existe anotación comparable. Los alelos HGVS conservan la orientación original, incluida la hebra negativa, sin normalización regional. allele no filtra resultados por ID. region usa coordenadas inclusivas desde 1 en el ensamblaje actual (GRCh38 humano; p. ej., 7:140753336-140753336): SNV start=end; inserción start=end+1. Admite :1/:-1; las coordenadas siempre pertenecen al genoma de referencia. allele admite A/C/G/T, - para deleción e INS/DUP/DEL/TDUP. allele_orientation=forward es el valor predeterminado y usa la hebra positiva de referencia. region interpreta el alelo en la hebra regional e invierte/complementa secuencias negativas; los alelos simbólicos en regiones negativas requieren forward. Las solicitudes y resultados regionales siempre tienen orientación positiva. Un gen negativo no requiere entrada negativa. species es homo_sapiens por defecto. max_consequences limita las filas (25 por defecto), ordenadas HIGH>MODERATE>LOW>MODIFIER; n_transcript_consequences indica el total y transcript_consequences_truncated señala el recorte. Los resultados incluyen coordenadas, alelos, genes, consecuencias en transcritos, regiones reguladoras y motivos, y variantes colocalizadas. Se conserva variant_allele. n_transcripts cuenta ID de transcritos distintos no vacíos por gen; worst_impact considera todos los alelos recibidos. Los errores HGVS y rsID desconocidos conservan el motivo de la fuente.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
variant_id	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above
hgvs_notation	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above; minLength: 1
region	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above
allele	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above
allele_orientation	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above; default: "forward"; enum: ["forward", "region"]
species	string	optional; default: "homo_sapiens"
max_consequences	entero	facultativa; predeterminado: 25

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_vep_variant", {"variant_id": "rs7412", "max_consequences": 25})

ensembl_homology

Ortodologías o paralogues de un gen de Ensembl Compara (condenadas filas — no alineaciones/secuencias). Args: gene_symbol (resolvado a un ID estable en species primero; pasar exactamente uno de gene_symbol/gene_id); gene_id (ENSG...); homology_type (orthologues default/paralogues/projections); target_species (restricto a una especie); target_taxon (NCBI taxon subtree, por ejemplo. Primados 9443; combinable con target_species, OR semantics); especie (especies de origen, homo_sapiens predeterminado); max_homologies (caída de la tapa de la médula predeterminada 200; n_total lleva el recuento completo, homologies_truncated marca la tapa). Devoluciones {gene_id, gene_symbol, especie, homology_type, target_species, target_taxon, n_total, homologies_truncated, homologies}; filas clasificadas por (species,id) {type, especie, id, protein_id, taxonomy_level, method_link_type}. Quirk: la ruta /homology/symbol se detiene — esta herramienta siempre resuelve símbolos y consultas por ID estable.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_symbol	cadena de texto	opcional
gene_id	cadena de texto	opcional
homology_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "orthologues"; enum: ["orthologues", "paralogues", "projections"]
target_species	cadena de texto	opcional
target_taxon	entero	opcional
species	cadena de texto	facultativa; por defecto: "homo_sapiens"
max_homologies	entero	facultativa; predeterminado: 200

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_homology", {"gene_symbol": "BRAF", "target_species": "mus_musculus"})

ensembl_sequence

Secuencia de captura de Ensembl — por ID estable (gene/transcript/proteína) o por región genómica. Pase EITHER stable_id O región. Args: stable_id (ENSG.../ENST.../ENSP..., versionado aceptado); región (1-based inclusive cromo:start..end or chrom:start-end, GRCh38 for human, max 10Mb); especies (para la ruta de la región, homo_sapiens predeterminado; ignorándose para los IDs estables); seq_type (Ruta I: por defecto genómico/cdna/cds/proteína; ignorado para regiones que siempre devuelven la genómica). Esta herramienta devuelve una secuencia: para las solicitudes de cdna/cds/proteína de nivel gen que se resuelven a múltiples secuencias, especifique un ID estable de transcripción/proteína en su lugar; max_bytes (payload guard default 400000 — secuencias más grandes han omitido seq; longitud/sha256/metadatos devueltos siempre; volver a llamar con max_bytes más grande para texto completo). Retorno {found, query, seq_type, id, descripción, molécula, longitud, sha256, seq} — longitud en la unidad implícita por molécula (bases para dna, residuos para proteínas); seq sustituido por seq_omitted cuando capped; encontrado:falso con campos nulos solamente cuando Ensembl informa explícitamente el ID estable solicitado como no se encuentra; peticiones de secuencia múltiple, tipos de secuencia incompatibles y otros fallos de corriente aumentan los errores.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
stable_id	cadena de texto	opcional
region	cadena de texto	opcional
species	cadena de texto	facultativa; por defecto: "homo_sapiens"
seq_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "genomic"; enum: ["genomic", "cdna", "cds", "protein"]
max_bytes	entero	facultativa; predeterminado: 400000

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_sequence", {"stable_id": "ENSP00000288602", "seq_type": "protein"})

ensembl_overlap_region

Lista Las características de conjunto superponen una región genómica — genes, transcripciones, características regulatorias (enhancers/promoters), repeticiones, variantes, bandas de karyotype. Args: region (1-based inclusive chrom:start-end GRCh38, por ejemplo. 7:140719327-140925199; arriba rechaza los lapsos > 5Mb - división más grande); (por defecto/transcript/exon/cds/regulatory/motif/repeat/variation/structural_variation/band/simple/misc); especies (predeterminado homo_sapiens); max_features (caída de la tapa de la médula predeterminada 500; n_total lleva el recuento completo de solapamiento, features_truncated marca la tapa). Retorno {region, especie, característica, n_total, features_truncated, características} ordenados por (start,id). La forma de fila varía — genes {id, external_name, biotipo, descripción, inicio, final, cadena, canonical_transcript, ...}; regulación {id, descripción, inicio, final, extended_start/end, ...}. Las regiones vacías regresan n_total:0.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
region	cadena de texto	obligatorio
feature	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "gene"; [Enum]"gene", "transcripción", "exon", "cds", "reglamentación reglamentaria", "motivo", "repetición", "Variación", "structural_variation", "banda", "simple", "misc"]
species	cadena de texto	facultativa; por defecto: "homo_sapiens"
max_features	entero	facultativa; predeterminado: 500

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_overlap_region", {"region": "7:140719327-140925199", "feature": "gene"})

ncbi_resolve_taxon

Resolver una especie o nombre taxón a los identificadores de taxonomía NCBI. Acepta un nombre científico/común o numérico TaxID; devuelve cada partido de arriba así que los nombres ambiguos no se asignan silenciosamente al primer resultado.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 200
max_matches	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_resolve_taxon", {"query": "human"})

ncbi_get_assembly_info

Devuelve la identidad exacta del genoma NCBI para una adhesión a GCF/GCA versionada, incluyendo taxón, nombre de montaje, sinónimo UCSC, status, y empareja la adhesión RefSeq/GenBank. Las adhesiones sin versiones son rechazadas para evitar errores de reproducibilidad y compatibilidad de especies.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
assembly_accession	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^GC[AF]_[0-9]{9}\\.[0-9]+$"

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_get_assembly_info", {"assembly_accession": "GCF_000001405.40"})

ncbi_get_sequence_aliases

Lista nombres de secuencia y alias exactos UCSC/RefSeq/GenBank para un montaje NCBI versionado. Resolver opcionalmente un nombre de secuencia; Las etiquetas de cromosoma compartido ambiguo se conservan como múltiples partidos en lugar de elegir un andamio alt o deslocalizado. Los resultados son un prefijo consolidado controlado por max_sequences (predeterminado 200); utilizar una tapa más grande cuando se necesita el informe de montaje completo.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
assembly_accession	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^GC[AF]_[0-9]{9}\\.[0-9]+$"
sequence	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 200
max_sequences	entero	facultativa; predeterminado: 200; mínimo: 1; máximo: 5000

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_get_sequence_aliases", {"assembly_accession": "GCF_000001405.40", "sequence": "chr1"})

ucsc_list_tracks

Listar las pistas de datos disponibles en un montaje de UCSC Genome Browser (sólo las pistas de hoja - las que se pueden consultar), opcionalmente filtrado. Args: genoma (hg38 default/hg19/mm39/danRer11/... ~220 assemblies); filter_text (por ejemplo, subestring insensible en caso de nombre/short/long label. phyloP, TFBS, ClinVar; omitir para listar todo - hg38 tiene ~24k hojas, casi siempre quieres un filtro); max_tracks (caída de la tapa de la médula predeterminada 200; n_total lleva el recuento completo del partido, tracks_truncated marca la tapa). Devuelve {genome, filter_text, n_total, tracks_truncated, tracks} ordenados por nombre de la pista; cada fila {track, short_label, long_label, tipo, grupo, parent}. Use track con ucsc_track_data. Quirk: primera llamada por genoma descarga el listado completo de ~17MB y lo engancha para el proceso.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
genome	cadena de texto	facultativa; default: "hg38"
filter_text	cadena de texto	opcional
max_tracks	entero	facultativa; predeterminado: 200

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_list_tracks", {"genome": "hg38", "filter_text": "phyloP", "max_tracks": 50})

ucsc_track_data

Obtenga filas crudas de cualquier UCSC Genome Browser track en una región — la escotilla de escape genérica detrás de ucsc_conservation / ucsc_tfbs_clusters ( pistas de género, ClinVar, GWAS catálogo, islas CpG, repeticiones, ...). Args: Track (name from ucsc_list_tracks, e.g. knownGene, cpgIslandExt, clinvarMain); cromo (prefijado por el cromo, chr7/chrX — UCSC requiere el prefijo); inicio (con base en 0 medio abierto; un inicio basado en Ensembl 1 es start-1 aquí); final (exclusivo); genoma (por defecto hg38); max_rows (API maxItemsOutput, predeterminado 1000; truncado refleja el API's propio maxItemsLimit flag). Retorno {genome, pista, cromo, inicio, final, track_type, items_returned, truncado, hileras} — filas en forma de corriente (BED-como {chrom, chromStart, chromEnd, nombre, puntuación, ...}; wiggle {start, end, value}). Aumentan las pistas desconocidas. Quirk: para algunas pistas enormes las tapas API salen y puntos en los datosDownloadUrl — se hace eco cuando está presente. Las coordenadas deben ser enteros seguros no negativos, con end > start. Los valores inválidos son rechazados, no redondeados o pegados a otro lacus.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
track	cadena de texto	obligatorio
chrom	cadena de texto	obligatorio
start	entero	obligatorio; mínimo: 0; máximo: 9007199254740991
end	entero	obligatorio; mínimo: 0; máximo: 9007199254740991
genome	cadena de texto	facultativa; default: "hg38"
max_rows	entero	facultativa; predeterminado: 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_track_data", {"track": "cpgIslandExt", "chrom": "chr7", "start": 140700000, "end": 140800000, "genome": "hg38"})

ucsc_conservation

Resumen de conservación evolutivo para una región de las pistas de UCSC phyloP / phastCons (puntos de base sobre alineamientos multiespecie). Args: cromado (prefijo de chr); inicio (con base en 0 medio abierto); final (exclusivo); lapso en el 100000 bp - división más grande); genoma (por defecto hg38); (opcional); predeterminados: hg19 phyloP100wayAll, hg38 phyloP100way, mm10 phyloP60wayAll, mm39 phyloP35way; otros genomas conservan el retroceso de phyloP100way, que puede no existir — especifique una pista de puntuación de ucsc_list_tracks cuando sea necesario; positivo=conservado, negativo=rápido-evolución; alternativas hg38 phastCons100way, phyloP30way, phastCons30way, phyloP447way, phyloP470way; hg19 phastCons100way); include_values (también retorno por base {start,end,value} las filas capped en max_values, values_truncated marca la tapa; falsedad por defecto = sumario solamente); max_values (por defecto de la tapa de la base 2000). Devoluciones {genome, track, chrom, start, end, span_bp, n_bases_covered, coverage_fraction, mean, min, max} (+valores, values_truncated cuando se solicita). Estatas ponderadas por el lapso de base de cada fila, cortadas a la ventana; bases descubiertas inferiores coverage_fraction, no cero-señadas. Aumentan las vías no puntuadas; también se eleva una lista de filas con tregua.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
chrom	cadena de texto	obligatorio
start	entero	obligatorio; mínimo: 0; máximo: 9007199254740991
end	entero	obligatorio; mínimo: 0; máximo: 9007199254740991
genome	cadena de texto	facultativa; default: "hg38"
track	cadena de texto	opcional
include_values	booleano	facultativa; default: false
max_values	entero	facultativa; predeterminado: 2000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_conservation", {"chrom": "chr7", "start": 140753330, "end": 140753380, "track": "phyloP100way"})

ucsc_tfbs_clusters

Grupos de sitios vinculantes de factor de transcripción ENCODE que superponen una región (grupos máximos de CHIP-seq en cientos de tipos de celdas) - que TFs se unen donde. Args: cromado (prefijo de chr); inicio (con base en 0 medio abierto); final (exclusivo); genome (hg38 default track encRegTfbsClustered ENCODE 3, or hg19 wgEncodeRegTfbsClusteredV3; - otras asambleas; max_rows (API maxItemsOutput default 1000; truncado refleja maxItemsLimit). Retorno {genome, pista, cromo, inicio, final, items_returned, truncado, n_factores, factores, clusters} — clusters ordenados por (chromStart,name) {name (Firma de la FTF, por ejemplo. CTCF), cromo, cromoStart, cromoEnd, puntaje (0-1000), sourceCount (experimentos de apoyo)}; factores es la lista de TF distinta. Score>=~600 y alta fuenteCount ~ robusto vinculante. Las coordenadas deben ser enteros seguros no negativos, con end > start. Los valores inválidos son rechazados, no redondeados o pegados a otro lacus.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
chrom	cadena de texto	obligatorio
start	entero	obligatorio; mínimo: 0; máximo: 9007199254740991
end	entero	obligatorio; mínimo: 0; máximo: 9007199254740991
genome	cadena de texto	facultativa; default: "hg38"
max_rows	entero	facultativa; predeterminado: 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_tfbs_clusters", {"chrom": "chr7", "start": 140699000, "end": 140760000, "genome": "hg38"})

ucsc_chrom_sizes

Nombres cromosomas/contig y tamaños de una asamblea UCSC — para validar coordenadas y regiones iterantes. Args: genome (default hg38); filter_text (subestring insensible en el nombre, por ejemplo. chr1; omit for all - hg38 tiene secuencias 711, principalmente alt/random/unplaced; los cromosomas primarios son los primeros); max_chroms (caída de la tapa de la médula predeterminada 100; n_total lleva el recuento completo post-filtro, chroms_truncated marca la tapa). Retorno {genome, filter_text, chrom_count (en todo el cuerpo desde el API), n_total, chroms_truncated, cromosomas:[{name, size_bp}]} ordenados por tamaño descendiendo.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
genome	cadena de texto	facultativa; default: "hg38"
filter_text	cadena de texto	opcional
max_chroms	entero	facultativa; predeterminado: 100

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_chrom_sizes", {"genome": "hg38", "filter_text": "chr1", "max_chroms": 25})

clustalo_submit

Presentar tres o más secuencias de proteínas, ADN o ARN a EMBL-EBI Job Dispatcher Clustal Omega para alineación de secuencia múltiple asincrónica. La entrada debe ser un nombre único de los registros de FASTA; el servicio acepta en la mayoría de las secuencias 4000 o 4 MiB. Devuelve un job_id; mantenerlo y llamar a clustalo_status antes de clustalo_results. El conector solicita clustal_num por defecto, una alineación de los componentes con números de posición, adecuado para inspeccionar los sitios conservados y el análisis evolutivo aguas abajo. EMBL-EBI solicita un correo electrónico de contacto válido. Establecer un correo electrónico de contacto en Ajustes → Privacidad → Compartir correo electrónico de contacto con los servicios de datos de investigación. Una respuesta perdida puede representar un trabajo remoto aceptado; no vuelvas a presentar automáticamente. EMBL-EBI almacena resultados para un período limitado controlado por el proveedor (documentado hasta una semana); no es una garantía de eliminación de propiedad de la aplicación. Mantenga el job_id para reanudar después de reiniciar. Este conector no añade registro de empleo, caché de resultado o reposición automática, y cancelación/app salida sólo paran las solicitudes locales. La secuencia se envía a EMBL-EBI, y el host puede retener entradas de herramientas y volver contenido de alineación en conversación o persistencia Notebook. Respetar la guía de uso justo de EMBL-EBI: presentar no más que los trabajos de 30 en un lote y esperar a procesar/resultar antes de presentar más; este conector no hace que se trituran las llamadas. Véase https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/docs/webservices/ para el contrato oficial API.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
sequence	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 4194304
stype	cadena de texto	obligatorio; enum: ["protein", "dna", "rna"]
outfmt	cadena de texto	facultativa; enum: ["clustal_num"]
title	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 200
dealign	booleano	opcional
order	cadena de texto	facultativa; enum: ["aligned", "input"]

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_submit", {"sequence": ">human\nMKT\n>mouse\nMRT\n>rat\nMRT\n", "stype": "protein"})

clustalo_status

Revise un trabajo de EMBL-EBI Clustal Omega una vez. Esta es una única solicitud de estado y nunca encuestas o esperas; Llámalo de nuevo después de al menos 10 segundos hasta FINISHED, ERROR, FAILURE o NOT_FOUND. Mantenga el job_id cuando vuelva a reanudarse después de un reinicio.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
job_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 128

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_status", {"job_id":"clustalo-I20240923-000000-0000-0000000-p1m"})

clustalo_results

Traiga un archivo de alineación de Clustal Omega clustal_num con destino a un trabajo FINISHED. Pasar el mismo desvío devuelto por clustalo_submit; esta herramienta hace una solicitud de resultado y devuelve el contenido de alineación más una sugerencia de nombre de archivo. Si el proveedor todavía informa QUEUED o RUNNING, regresa listo:falso con un indicio de reingreso; Los fallos del proveedor son errores y retienen el job_id para el diagnóstico. Los resultados están capped en 8 MiB y se devuelven verbatim para que el callador pueda guardar el contenido como un archivo de alineación para la inspección del sitio conservada o el análisis filogenético aguas abajo. No hay registros automáticos. EMBL-EBI almacena resultados para un período limitado controlado por el proveedor (documentado hasta una semana); no es una garantía de eliminación de propiedad de la aplicación. Mantenga el job_id para reanudar después de reiniciar. Este conector no añade registro de empleo, caché de resultado o reposición automática, y cancelación/app salida sólo paran las solicitudes locales. La secuencia se envía a EMBL-EBI, y el host puede retener entradas de herramientas y volver contenido de alineación en conversación o persistencia Notebook. Respetar la guía de uso justo de EMBL-EBI: presentar no más que los trabajos de 30 en un lote y esperar a procesar/resultar antes de presentar más; este conector no hace que se trituran las llamadas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
job_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 128
outfmt	cadena de texto	obligatorio; enum: ["clustal_num"]

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_results", {"job_id":"clustalo-I20240923-000000-0000-0000000-p1m", "outfmt":"clustal_num"})

ensembl_ld_pairwise

Enlaces de consulta de desquilibrio (r2 y D′) entre dos IDs variantes, como el catálogo GWAS rsIDs, en una población explícitamente seleccionada. La persona que llama debe suministrar el nombre de la población total en population_name (por ejemplo. 1000GENOMES:phase_3:KHV); esta herramienta no descubre poblaciones ni inferir ancestro. especie predeterminada a homo_sapiens. Retorna las identidades variantes y numeric r2/d_prime sin importancia o inferencia de causalidad. El LD alto no establece la causalidad. Los resultados vacíos significan que no se devuelven datos LD, no LD cero; IDs/poblaciones inválidas y fallos de servicio siguen siendo errores. Los metadatos de referencia incluyen la población, panel conocido, URL de consulta y tiempo de recuperación; ensamblaje / liberación son nulas porque el punto final LD no los informa.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
variant_id1	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; patrón: "\S"
variant_id2	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; patrón: "\S"
population_name	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; patrón: "\S"
species	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "homo_sapiens"; minLength: 1; patrón: "\S"

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_ld_pairwise", {"variant_id1": "rs6792369", "variant_id2": "rs1042779", "population_name": "1000GENOMES:phase_3:KHV"})

ensembl_ld_proxies

Encontrar variantes cercanas en LD con una variante ID (por ejemplo. a GWAS rsID) en un population_name requerido, como 1000GENOMES:phase_3:KHV. especie predeterminada a homo_sapiens. min_r2 predeterminado a 0.8; min_d_prime predeterminado a 0; ambos son umbrales inclusivos en [0,1]. window_size es la anchura total de la ventana Ensembl centrada en kb (integer 1–500, 500, aproximadamente 250 kb en cada lado por defecto); max_records caps de salida (integer 1–1000, predeterminado 100) y no limita el tamaño de la computación o descarga de arriba. Los resultados se clasifican por r2 descendiendo, luego d_prime descendiendo y variante ID, antes de capping. Las coordenadas/anotaciones son atributos de arriba. Informar a la población y reference_data con resultados. El LD alto no establece la causalidad o equivalencia funcional. Los resultados vacíos significan que no se devuelven los datos de calificación, no cero LD. Los errores siguen siendo errores; ensamblaje/liberación no se reportan por este punto final y permanecen nulos. La persona que llama debe suministrar el nombre de la población total; esta herramienta no descubre poblaciones ni inferir ancestro.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
variant_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; patrón: "\S"
population_name	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; patrón: "\S"
species	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "homo_sapiens"; minLength: 1; patrón: "\S"
min_r2	número	facultativa; predeterminado: 0.8; mínimo: 0; máximo: 1
min_d_prime	número	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1
window_size	entero	facultativa; predeterminado: 500; mínimo: 1; máximo: 500
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_ld_proxies", {"variant_id": "rs1042779", "population_name": "1000GENOMES:phase_3:KHV", "min_r2": 0.8, "window_size": 500, "max_records": 100})

Variantes

Mostrar operaciones y parámetros

gnomAD coordinar reglas: registra el pin de conjunto de datos con el montaje de referencia. Las consultas de genes/región de corta duración utilizan GRCh37 para r2.1/ExAC y GRCh38 para r3/r4; las consultas de genes estructural-variantes usan gnomad_sv_r2_1 (GRCh37) o gnomad_sv_r4 (GRCh38); cambiar el pin no convierte las coordenadas de entrada. gene_constraint y el espejo GnomAD ClinVar usan un look de genes GRCh38 fijo y no aceptan un argumento de conjunto de datos. Las consultas mitocondriales también utilizan una revisión fija de los padres GRCh38; suministrar un gen o ambas regiones ordenadas límites, nunca ambos modos. Los límites de la región deben ser enteros desde 1 a 999,999,999. El límite de diferencia de un millón de pesos se aplica a region_variants; no es un límite mitocondrial separado. Mantenga IDs de variables estructurales específicas para la liberación con su conjunto de datos SV original.

get_variant

Busque una variante corta de gnomAD por ID y devuelva frecuencias generales de exoma/genoma. variant_id es chrom-pos-ref-alt en la construcción de referencia del conjunto de datos (GRCh38 para r3/r4, GRCh37 para r2.1/ExAC), por ejemplo. 19-44908822-C-T (APOE rs7412); use search_variants para resolver un RsID primero. Establece include_populations: true cuando se necesitan conteos/frecuencias específicas para una variante individual. Retener el conjunto de datos, el alelo cuenta y filtros de calidad al interpretar frecuencias; la raridad por sí sola no establece patogenicidad ni un criterio de ACMG.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
variant_id	cadena de texto	obligatorio
dataset	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "gnomad_r4"; [Enum]"gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]
include_populations	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("variants", "get_variant", {"variant_id": "19-44908822-C-T", "dataset": "gnomad_r4"})

search_variants

GnomAD de búsqueda para IDs variantes que coincidan con una cadena de consulta (un rsID como rs7412, una ID de variante o un prefijo). Utilice esto para resolver los RsIDs a los IDs chrom-pos-ref-alt para get_variant.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
dataset	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "gnomad_r4"; [Enum]"gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "search_variants", {"query": "rs7412", "dataset": "gnomad_r4"})

gene_variants

Lista TODAS las variantes cortas de gnomAD en un gen. Los límites genéticos y las coordenadas variantes utilizan el conjunto de datos de referencia (GRCh37 para r2.1/ExAC, GRCh38 para r3/r4). La lista completa puede contener miles de filas para genes grandes. Pase exactamente uno de gene_symbol (símbolo HGNC, por ejemplo. APOE) o gene_id (Ensembl gene ID, por ejemplo. ENSG00000130203).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_symbol	cadena de texto	opcional
gene_id	cadena de texto	opcional
dataset	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "gnomad_r4"; [Enum]"gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "gene_variants", {"gene_symbol": "APOE", "dataset": "gnomad_r4"})

gene_constraint

gnomAD gene limitt metrics: pLI, observado/expected LoF-missense-synonymous cuenta con oe ratios + 90% CI bounds, y por clase z-scores. Usar para juzgar un gen's intolerance to loss-of-function >= 0.9 o oe_lof_upper (LOEUF) < 0.6 ~ LoF-intolerant). Pase exactamente uno de gene_symbol (por ejemplo. TP53) o gene_id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_symbol	cadena de texto	opcional
gene_id	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("variants", "gene_constraint", {"gene_symbol": "TP53"})

region_variants

Lista TODAS las variantes cortas de gnomAD en una región genómica (max 1 Mb) dividieron regiones más grandes en ventanas consecutivas. chrom acepta 1-22, X, Y, un prefijo chr opcional y una maleta inferior x/y; start/stop son 1 integrados y stop - start debe ser <= 1,000,000. El conjunto de datos determina la construcción de referencia de las coordenadas (GRCh37 para r2.1/ExAC, GRCh38 para r3/r4); Las coordenadas de entrada ya deben utilizar esa construcción, sin remontaje automático.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
chrom	cadena de texto	obligatorio
start	entero	obligatorio; mínimo: 1; máximo: 999999999
stop	entero	obligatorio; mínimo: 1; máximo: 999999999
dataset	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "gnomad_r4"; [Enum]"gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "region_variants", {"chrom": "1", "start": 55039475, "stop": 55064852, "dataset": "gnomad_r4"})

liftover_variant

Mapa una variante ID entre las obras de referencia (GRCh37 <-> GRCh38) utilizando la mesa de elevación gnomAD's. variant_id es chrom-pos-ref-alt en source_build. La ruta es direccional: un GRCh38 ID aprobado con source_build=GRCh37 devuelve cero resultados, no un error.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
variant_id	cadena de texto	obligatorio
source_build	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "GRCh37"; enum: ["GRCh37", "GRCh38"]

const result = await host.mcp("variants", "liftover_variant", {"variant_id": "1-55516888-G-GA", "source_build": "GRCh37"})

clinvar_variants

Lista ClinVar variantes en un gen como reflejado por gnomAD, con significado clínico, estado de revisión y estrellas de oro. Los pines de salida gnomAD's instantánea ClinVar vía clinvar_release_date. Pase exactamente uno de gene_symbol (por ejemplo. BRCA1) o gene_id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_symbol	cadena de texto	opcional
gene_id	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variants", {"gene_symbol": "BRCA1"})

structural_variants

Lista de variantes estructurales gnomAD (deleciones, duplicaciones, inserciones, inversiones, CNVs...) superponen un gen. Pase exactamente uno de gene_symbol (por ejemplo. TP53) o gene_id. dataset es un pin SV — gnomad_sv_r4 (por defecto, GRCh38) o gnomad_sv_r2_1 (GRCh37); Las identificaciones de SV son específicas para la liberación.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_symbol	cadena de texto	opcional
gene_id	cadena de texto	opcional
dataset	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "gnomad_sv_r4"; enum: ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "structural_variants", {"gene_symbol": "TP53", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

get_structural_variant

Busque una variante estructural de gnomAD por su ID SV específico de liberación (por ejemplo. DEL_CHR17_599B1512 en gnomad_sv_r4). Los IDs NO llevan a través de las versiones — dataset (gnomad_sv_r4 predeterminado, o gnomad_sv_r2_1) debe coincidir con la liberación de la ID vino.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
sv_id	cadena de texto	obligatorio
dataset	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "gnomad_sv_r4"; enum: ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "get_structural_variant", {"sv_id": "DEL_CHR17_A5250EA9", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

mitochondrial_variants

Lista de las variantes mitocondriales gnomAD con recuentos heteroplasmáticos (ac_het, ac_hom, max_heteroplasmy) para un gen mitocondrial O una ventana de coordenadas chrM. El teléfono mitocondrial sólo está disponible a través de los pines de conjunto de datos GRCh38 gnomAD r3/r4: use dataset gnomad_r3 o gnomad_r4. Pase un gen (gene_symbol como MT-TL1, o gene_id) O una región (region_start + region_stop), no ambos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_symbol	cadena de texto	opcional
gene_id	cadena de texto	opcional
region_start	entero	facultativa; mínimo: 1; máximo: 999999999
region_stop	entero	facultativa; mínimo: 1; máximo: 999999999
dataset	cadena de texto	facultativa; por defecto: "gnomad_r4"; enum: ["gnomad_r4", "gnomad_r3"]

const result = await host.mcp("variants", "mitochondrial_variants", {"gene_symbol": "MT-TL1", "dataset": "gnomad_r4"})

clinvar_search

Buscar ClinVar directamente (en vivo NCBI, no gnomAD's instantánea) y volver a coincidir con los registros de variaciones con significado clínico, estado de revisión y estrellas de oro. Requiere un correo electrónico de contacto (Ajustes → Credenciales → Acceso a la literatura → Contacto email) por NCBI E-utilities política de uso. Args: consulta (una consulta ClinVar Entrez – texto libre como "TP53 R175H" o una cadena HGVS funciona, y los términos de campo componen con AND/OR/NOT, por ejemplo. BRCA1[gene], patógeno[CLIN_SIG], síndrome de "Lynch"[dis], single_nucleotide_variant[Tipo de variación]; un rsID también funciona, pero clinvar_variant_by_rsid devuelve los registros más completos), max_records (página 1-200, por defecto 50). El partido TOTAL siempre se reporta; cuando total > max_records la lista es un prefijo tapado (ClinVar relevancia/recurso de la tendencia) y truncado es cierto. NCBI E-utilities intermitentemente devuelve HTTP 500 bajo carga — reingresar una vez unos segundos más tarde si esa superficie.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_search", {"query": "BRCA1 pathogenic[CLIN_SIG]", "max_records": 50})

clinvar_get_records

Obtenga registros completos de ClinVar para un lote de adhesiones VCV/RCV o ID de variación desnuda. Requiere un correo electrónico de contacto (Ajustes → Credenciales → Acceso a la literatura → Contacto email) por NCBI E-utilities política de uso. Args: adhesiones (hasta los identificadores 50, formas mixtas aceptadas — VCV000045122 (versión VCV000045122.3 ok; resuelto localmente, libre), RCV000019428 (cada RCV cuesta una investigación extra), o un ID de variación ClinVar (45122). rsIDs son rechazados — use clinvar_variant_by_rsid. Un RCV (un par de condiciones variantes) se resuelve a su registro de variación VCV padre. Nunca silenciosamente deja caer una entrada.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accessions	['string', 'array']	obligatorio

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_get_records", {"accessions": ["VCV000045122", "RCV000019428", "45123"]})

clinvar_variant_by_rsid

Todos los registros de variaciones de ClinVar que hacen referencia a un dbSNP rsID, con clasificaciones completas (un rsID puede mapear a varios VCVs, uno por alelo alternativo, por ejemplo. rs121913529 cubre KRAS G12D/G12V/G12A). Requiere un correo electrónico de contacto (Ajustes → Credenciales → Acceso a la literatura → Contacto email) por NCBI E-utilities política de uso. Args: rsid (dbSNP reference SNP ID, por ejemplo. rs7412; case-insensible, debe coincidir con rs<digits>), max_records (cap 1-200, por defecto 50). total siempre lleva el verdadero recuento de partido y banderas truncadas un listado de capped; total == 0 significa que ClinVar no tiene registro para el rsID.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
rsid	cadena de texto	obligatorio
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variant_by_rsid", {"rsid": "rs121913529", "max_records": 50})

dbsnp_get_rsids

Registros Canónicos dbSNP RefSNP para un lote de rsIDs: GRCh38+GRCh37 colocaciones, alelos, contexto genético, frecuencias de alelo per-estudio, y referencias cruzadas ClinVar. Requiere un correo electrónico de contacto (Ajustes → Credenciales → Acceso a la literatura → Contacto email) por NCBI E-utilities usage policy; sin uno la herramienta devuelve {error: 'contact_email_required', message}. Args: rsids (hasta 20 rs<digits>, caso-insensible) — cada uno cuesta una solicitud de servicios de varianza NCBI, por lo que los lotes grandes toman ~1 s por rsID. Devuelve {n_requested, records, not_found (rs numbers dbSNP does't know), not_processed (rsIDs saltados cuando el presupuesto de la pared se agotó — re-request just those)}. Cada registro: {rsid, status, create_date, last_update_date, last_update_build_id, n_citations, citations_pmids (capped at 20; citations_truncated marca la tapa), variant_type, mane_select_ids, colocaciones, aleles}. estado de 'live', 'merged' (la grabación en su lugar lleva merged_into — re-query those rsIDs) o 'no_data' (retirada o no apoyada). colocaciones dan coordenadas cromosómicas basadas en 1 con ref/altes por montaje (GRCh38 primero, is_primary verdadero). Cada entrada alt-allele: {alelo, ref, spdi (0- interbase con base), hgvs, frecuencias: [{estudio, study_version, allele_count, total_count, af}] (ALFA, 1000Genomes, TOPMED, gnomAD ...), clinvar:{rcv_accession, clinical_significances, review_status, last_evaluated_date, disease_names}[ ], genes: [{símbolo, gene_id, nombre, orientación, consecuencias (según términos de la OS), mane_select- Sí.{transcript_hgvs, protein_spdi}]}]}.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
rsids	matriz de cadenas	obligatorio

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_get_rsids", {"rsids": ["rs7412", "rs429358"]})

dbsnp_search_by_region

Lista dbSNP rsIDs en una ventana genómica (indice de posición de la investigación db=snp - NCBI Variation Services no tiene punto final de la región). Requiere un correo electrónico de contacto (Ajustes → Credenciales → Acceso a la literatura → Contacto email) por NCBI E-utilities usage policy; sin uno la herramienta devuelve {error: 'contact_email_required', message}. Args: cromo (1-22, X, Y o MT; 'chr' prefijo tolerado), inicio (inclusivo basado en 1), parada (inclusiva; el lapso en 1 Mb: dividir las regiones más grandes en ventanas consecutivas; regiones densas tienen muchos miles de rsIDs por kb, así que mantenga las ventanas pequeñas o levanten max_rsids), montaje (que índice posicional — 'GRCh38' default -> [CPOS], o 'GRCh37' -> [CPOS_GRCH37]; coordenadas deben estar en el montaje elegido), max_rsids (listing cap 1-1000, predeterminado 200). Devuelve {chrom, start, stop, assembly, term (la exacta consulta Entrez utilizada), total (el cuenta de API's), n_retorno, truncado, rsids}. truncado es cierto cuando total > n_retorno - la lista es entonces un prefijo en el orden predeterminado de Entrez (número de rs descendente), nunca una truncación silenciosa. Alimentar rsIDs (<= 20 a la vez) a dbsnp_get_rsids para registros completos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
chrom	cadena de texto	obligatorio
start	entero	obligatorio
stop	entero	obligatorio
assembly	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "GRCh38"; enum: ["GRCh38", "GRCh37"]
max_rsids	entero	facultativa; predeterminado: 200

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_search_by_region", {"chrom": "19", "start": 44905000, "stop": 44910000, "assembly": "GRCh38"})

mavedb_search_score_sets

Buscar en público MaveDB múltiples ensayos de efecto variante (MAVE) puntuación conjuntos por texto, como un símbolo gen, proteína o ensayo. No se requiere llave API ni email de contacto. Devuelve una página con el total de corriente arriba cuando se conoce; las puntuaciones funcionales son específicas para el ensayo y no son clasificaciones clínicas o frecuencias poblacionales.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
text	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 1000; patrón: "\S"
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000000
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_search_score_sets", {"text":"BRCA1","limit":20})

mavedb_get_score_set

Recuperar una puntuación MaveDB publicada por URN, incluyendo objetivos, metadatos de ensayo, licencia, publicaciones y relaciones de experimento. Incluye las URLs de descarga completas oficiales CSV y los URLs de descarga de los mapas para su descarga manual por el usuario; no busque estas URLs con HTTP crudo para pasar host.mcp. Lea los métodos de ensayo y calibración de puntuación antes de interpretar los efectos funcionales.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
urn	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0)-[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_score_set", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1"})

mavedb_download_scores

Descargue una página CSV de las puntuaciones de la variante MaveDB (fichas predeterminadas 1000, máximo 10000). Utiliza el inicio/limit, no compensado. Devuelve el texto original de CSV, incluyendo todas las columnas de puntuación y los valores de NA, para guardar con API de archivos Notebook; esta herramienta no escribe un archivo local. También devuelve la URL de descarga oficial no programada para descargar manualmente por el usuario; no busque estas URLs con HTTP crudo para pasar host.mcp. Use numVariants de mavedb_get_score_set para planificar páginas; a página no es el conjunto de datos completo.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
urn	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0)-[1-9][0-9]*$"
start	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000000
limit	entero	facultativa; predeterminado: 1000; mínimo: 1; máximo: 10000

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_download_scores", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1","start":0,"limit":1000})

mavedb_get_mapped_variants

Recuperar los mapas de variantes MaveDB existentes para un conjunto de puntuación publicado, incluyendo GA4GH VRS preMapped/postMapped objetos, identificadores de secuencia de referencia, versión VRS y errores de mapeo. Esto lee mapas ya computados por MaveDB; no presenta variantes ni realiza remontes. El punto final de arriba es inpaginado y se aplica el límite de respuesta de 64 MiB compartido. Para conjuntos de datos más grandes, ofrezca la URL oficial de mavedb_get_score_set para la descarga manual por el usuario; no busque estas URLs con HTTP crudo para pasar host.mcp. HTTP 404 puede significar que no existen registros de asignación, no sólo que el conjunto de puntuación URN no está disponible. Los registros devueltos pueden incluir cartografías fallidas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
urn	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0)-[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_mapped_variants", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1"})

mavedb_get_experiment

Recuperar un experimento MaveDB público por experimento URN (sin el sufijo de marcado), incluyendo métodos, publicaciones, conjunto de experimentos y puntuaciónSetUrns. Soporta el experimento especial de metaanálisis de 0, así como experimentos indizados en letras. No se requiere autenticación.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
urn	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0)$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_experiment", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a"})

mavedb_get_experiment_score_sets

Enumere la puntuación visible para un lector público de un experimento MaveDB. Los filtros de extremo de arriba hacia arriba por cadenas de visibilidad y supersesión, por lo que no es una versión completa historia. Devuelve la lista seleccionada sin paginación. HTTP 404 puede significar que no hay conjuntos de puntuación asociados disponibles, no sólo que el experimento URN no está disponible. Utilice el conjunto de puntuación devuelto URNs para recuperar puntajes funcionales o asignaciones.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
urn	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0)$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_experiment_score_sets", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a"})

clinvar_get_submissions

Obtenga pruebas individuales de presentación SCV de ClinVar VCV XML oficial. Requiere el mismo correo electrónico de contacto que clinvar_search. Adhesión de paso: una adhesión VCV (optional .version is honoured) o un ID de variación positivo. La entrada no versionada recupera el último VCV. RCV, SCV y rsIDs no son aceptados. Las devoluciones presentaron clasificaciones separadamente para germline, impacto clínico somático y oncogenicidad, condiciones, presentter, fecha de evaluación, métodos de aserción, comentarios de clasificación pública, evidencia observada y citas cuando se proporciona. Los campos de origen perdidos permanecen nulos/vacíos. Compare las presentaciones dentro del mismo tipo y condición de clasificación; esta herramienta no infiere conflictos. max_submissions establece el tamaño de la página (1-200, 200) predeterminado; offset defaults to 0. Para páginas posteriores, pase los argumentos devueltos next_page, que marcan la versión VCV; offset √ 0 requiere una versión VCV. Cada página vuelve a crear el XML completo; no hay caché de resultado. Los registros incluidos contienen referencias indirectas en lugar de pruebas directas de SCV. Los SCV Duplicados conservan la versión más alta presente en la instantánea solicitada.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio
max_submissions	entero	facultativa; predeterminado: 200; mínimo: 1; máximo: 200
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_get_submissions", {"accession":"VCV000045122"})

Estudios clínicos

Mostrar operaciones y parámetros

search_trials

Búsqueda de PREMIOS sobre ClinicalTrials.gov. Filtro por condición, intervención, patrocinador, ubicación, estado (por ejemplo. ["RECRUITING"]), fase (["PHASE1".."PHASE4"]) y study_type. condición/intervención/patrocinador/ubicación acepta sintaxis de la consulta Essie (boolean AND/OR/NOT, " frases citadas", agrupación, sinónimos automáticos). Página con page_token; set count_total para el conteo total del partido. advanced_query fusiona una expresión de Essie cruda en filtro.avanzado.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
condition	cadena de texto	opcional
intervention	cadena de texto	opcional
sponsor	cadena de texto	opcional
location	cadena de texto	opcional
status	matriz de cadenas	opcional
phase	matriz de cadenas	opcional
study_type	cadena de texto	facultativa; enum: ["INTERVENTIONAL", "OBSERVATIONAL", "EXPANDED_ACCESS"]
advanced_query	cadena de texto	opcional
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 10; mínimo: 1; máximo: 1000
page_token	cadena de texto	opcional
count_total	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_trials", {"condition": "lung cancer", "status": ["RECRUITING"], "phase": ["PHASE3"], "count_total": true, "page_size": 10})

get_trial_details

Obtenga detalles completos para un ensayo por NCT id (formato "NCT" + dígitos 8; un número es prefijado, insensible en caso). Devuelve criterios de elegibilidad completos, diseño de estudio, primario/secundario/otros puntos finales, todos los lugares, patrocinador y colaboradores, fechas, inscripción y un enlace de resultados.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
nct_id	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("clinical-trials", "get_trial_details", {"nct_id": "NCT03661411"})

search_by_sponsor

Buscar juicios patrocinados por una empresa u organización (concuerda con el nombre parcial, por ejemplo. "Pfizer" partidos "Pfizer Inc"). Opcionalmente estrecha por condición, fase y estado. Establecer count_total para el número total de ensayos por el patrocinador. Página con page_token.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
sponsor_name	cadena de texto	obligatorio
condition	cadena de texto	opcional
phase	matriz de cadenas	opcional
status	matriz de cadenas	opcional
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 10; mínimo: 1; máximo: 1000
page_token	cadena de texto	opcional
count_total	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_sponsor", {"sponsor_name": "Pfizer", "phase": ["PHASE3"], "count_total": true})

search_investigators

Encontrar investigadores principales y sitios de investigación por condición, institución, ubicación o investigator_name. Filtros de instituciones en la instalación del sitio y tiene precedencia sobre la ubicación; investigator_name busca en generalNombre oficial y responsableInvestigatorFullName. Devuelve los contactos del sitio (nombres, roles, afiliaciones, instalaciones, ciudades) con sus ids de ensayo de NCT. page_size supera cuántos ensayos se escanean.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
condition	cadena de texto	opcional
institution	cadena de texto	opcional
location	cadena de texto	opcional
investigator_name	cadena de texto	opcional
status	matriz de cadenas	opcional
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_investigators", {"condition": "Alzheimer", "institution": "Mayo Clinic", "page_size": 20})

analyze_endpoints

Analizar las medidas primarias/secundarias/otros resultados (puntos finales). Proporcionar SOLO nct_id (modo single-trial) O afección (modo agregado entre los ensayos); si ambos se dan, nct_id tiene precedencia. El modo Aggregate puede ser reducido por fase y start_date_after (YYYY-MM-DD) y escanea hasta ensayos page_size. Devuelve las listas de puntos finales más los nombres de medida más comunes en los ensayos analizados.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
nct_id	cadena de texto	opcional
condition	cadena de texto	opcional
phase	matriz de cadenas	opcional
start_date_after	cadena de texto	opcional
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 50; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "analyze_endpoints", {"nct_id": "NCT03661411"})

search_by_eligibility

Concordancia entre el paciente y el juicio. DEFALITOS PARA RECIBAR juicios a menos que se establezca el estado. Suministrar min_age o max_age para una edad de paciente ("65 Años", "6 Meses"); ambos plazos de edad de juicio son revisados. Si ambos son suministrados, el juicio debe admitir todo el intervalo de edad del paciente. Los límites de edad de los juicios no están restringidos. sexo MALE/FEMALE incluye ensayos de todo tipo; TODO o sexo omitido no aplica ningún filtro sexual. eligibility_keywords busca el texto de los criterios de inclusión/exclusión (por ejemplo. "HbA1c не 8", "BRCA mutation", "ECOG 0-1"). Al menos una de las condiciones, eligibility_keywords, min_age, max_age o sexo es necesario. Página con page_token.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
condition	cadena de texto	opcional
eligibility_keywords	cadena de texto	opcional
min_age	cadena de texto	opcional
max_age	cadena de texto	opcional
sex	cadena de texto	facultativa; enum: ["ALL", "MALE", "FEMALE"]
status	matriz de cadenas	opcional
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 10; mínimo: 1; máximo: 1000
page_token	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_eligibility", {"condition": "diabetes", "min_age": "65 Years", "sex": "FEMALE"})

get_trial_results

Lea los resultados de prueba publicados por NCT id (insensible en caso; sin 8 dígitos aceptados). Devuelve mediciones efectivas de resultados, conteos y denominadores específicos de grupos, unidades, análisis estadísticos, flujo de participantes, características de referencia, eventos adversos y advertencias de los resultadosSección. Los campos anidados conservan los nombres oficiales de API camelCase y jerarquía. Resolver groupId/groupIds solamente contra los grupos en el mismo módulo o resultado; no se unen a ellos para protocolo de armas u otros módulos. Los datos perdidos no significan cero eventos o ningún efecto de tratamiento.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
nct_id	string	necesarios

const result = await host.mcp("clinical-trials", "get_trial_results", {"nct_id": "NCT04280705"})

Genómica clínica

Mostrar operaciones y parámetros

clingen_gene_validity

Comisariaciones de validez de la enfermedad de ClinGen (cuán fuerte es la evidencia de que la variación en un gen causa una enfermedad: Relación de enfermedad definida/trong/Moderado/Limited/Disputed/Refuted/No Known Disease Relationship). Omit gene para enumerar todas las curaciones 3,600+.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_gene_validity", {"gene": "BRCA2"})

clingen_dosage_sensitivity

Comisariaciones de sensibilidad de dosificación ClinGen: afirmaciones de haploinsufficiencia y triplosensibilidad para genes (y opcionalmente ISCA genomic/CNV). Un símbolo de gen o un filtro de identificación de la región ISCA exactamente; Omitir para la mesa completa.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene	cadena de texto	opcional
include_regions	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_dosage_sensitivity", {"gene": "TP53"})

clingen_actionability

Comisariaciones ClinGen de accionamiento clínico: para trastornos asociados con un gen, ya sea la intervención temprana en portadores pre-sintomáticos es accionable (intervención/salida pares con severidad, probabilidad, eficacia, puntajes del componente de naturaleza de intervención y la puntuación total). El filtro genético coincide con cualquier miembro de temas de varios genes.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene	cadena de texto	opcional
context	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "both"; enum: ["adult", "pediatric", "both"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_actionability", {"gene": "BRCA1", "context": "adult"})

clingen_variant_classifications

ClinGen Evidence Repository (ERepo) expert-panel variante pathogenicity Ratings (VCEP interpretations under ACMG criteria). Proporcione EXACTAMENTE UNO de gen (símbolo HGNC), caid (ClinGen canonical allele id, por ejemplo. CA114360), o hgvs (por ejemplo, NM_000277.2:c.1222C>T). Retrieval completo (matchLimit=none).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene	cadena de texto	opcional
caid	cadena de texto	opcional
hgvs	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_variant_classifications", {"gene": "BRCA1"})

civic_search_genes

Encontrar los registros genéticos de CIViC por símbolo de Entrez exacto (por ejemplo. "BRAF"). Completamente paginado, contado-verificado. Utilice el gen CIViC devuelto con civic_gene_variants.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
entrez_symbol	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_genes", {"entrez_symbol": "BRAF"})

civic_gene_variants

Todas las variantes de un gen CIViC (por gen id CIViC), completamente paginado, completa incluso para genes con cientos de variantes. Clasificado por variante id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_id	entero	obligatorio

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_gene_variants", {"gene_id": 5})

civic_get_variant

Una variante de CIViC por su variante id de CIViC (alias, tipos de variantes, ligaduras de función/gene, coordenadas para variantes de genes). Devoluciones encontradas=falsas si no existen.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
variant_id	entero	obligatorio

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_variant", {"variant_id": 12})

civic_search_variants

Buscar variantes de CIViC por subestring nombre (por ejemplo. "V600"), opcionalmente accedido a un gen CIViC id. Fully paginated; ordenados por la variante id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
name	cadena de texto	obligatorio
gene_id	entero	opcional

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_variants", {"name": "V600", "gene_id": 5})

civic_get_evidence_item

Un elemento de evidencia CIViC por id: significación clínica de un perfil molecular en un contexto de enfermedad/terapia (nivel de incidencia A-E, tipo, dirección, significado, calificación, enfermedad, terapias, fuente). Devoluciones encontradas=falsas si no existen.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
evidence_id	entero	obligatorio

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_evidence_item", {"evidence_id": 1409})

civic_search_evidence

Buscar elementos de prueba CIViC por cualquier combinación de filtros; completamente paginado, contado-verificado, clasificado por evidencia ascendente id. Los filtros de enum toman valores de grafQL de CIViC verbatim (evidence_level "A".."E"; evidence_type PREDICTIVE habitPROGNOSTICODIAGNOSTICO:PREDISPOSING sometidaONCOGENIC,FUNCTIONAL; evidence_direction SUPPORTS habitDOES_NOT_SUPPORT; status ACCEPTED foreverSUBMITTED permanecerREJECTED foreverALL). Proporcionar al menos un filtro — ningún filtro recorre todo el cuerpo de 10k+.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
disease_name	cadena de texto	opcional
therapy_name	cadena de texto	opcional
evidence_level	cadena de texto	opcional
evidence_type	cadena de texto	opcional
evidence_direction	cadena de texto	opcional
significance	cadena de texto	opcional
variant_origin	cadena de texto	opcional
evidence_rating	entero	opcional
status	cadena de texto	opcional
molecular_profile_name	cadena de texto	opcional
molecular_profile_id	entero	opcional
variant_id	entero	opcional
disease_id	entero	opcional
therapy_id	entero	opcional
phenotype_id	entero	opcional
source_id	entero	opcional
assertion_id	entero	opcional

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_evidence", {"disease_name": "melanoma", "evidence_level": "A"})

civic_get_assertion

Una afirmación del CIViC por id: una reclamación sumaria comprobada por expertos (AMP/ASCO/CAP tier, ACMG/ClinGen codes, banderas de pruebas compañeras de la FDA) agregando evidencia para un perfil molecular en un contexto de enfermedad/terapia. Devoluciones encontradas=falsas si no existen.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
assertion_id	entero	obligatorio

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_assertion", {"assertion_id": 7})

civic_search_assertions

Buscar afirmaciones de CIViC por cualquier combinación de filtros; completamente paginado, contado-verificado, ordenados por aserción ascendente id. assertion_type PREDICTIVE habitPROGNOSTICODIAGNOSTICO:PREDISPOSING sometidaONCOGENIC; assertion_direction SUPPORTS habitDOES_NOT_SUPPORT; amp_level, por ejemplo. TIER_I_LEVEL_A; status ACCEPTED foreverSUBMITTED permanecerREJECTED foreverALL. No hay filtros que pasen por el cuerpo completo.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
disease_name	cadena de texto	opcional
therapy_name	cadena de texto	opcional
assertion_type	cadena de texto	opcional
assertion_direction	cadena de texto	opcional
significance	cadena de texto	opcional
amp_level	cadena de texto	opcional
status	cadena de texto	opcional
molecular_profile_name	cadena de texto	opcional
molecular_profile_id	entero	opcional
variant_id	entero	opcional
variant_name	cadena de texto	opcional
disease_id	entero	opcional
therapy_id	entero	opcional
phenotype_id	entero	opcional
evidence_id	entero	opcional
summary	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_assertions", {"disease_name": "melanoma"})

civic_get_molecular_profile

Un perfil molecular CIViC por id (combinación variable que evidencia/aserciones se adjuntan a), incl. nombre, puntuación y variantes de componentes. Devoluciones encontradas=falsas si no existen.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
mp_id	entero	obligatorio

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_molecular_profile", {"mp_id": 12})

civic_search_molecular_profiles

Buscar perfiles moleculares CIViC por subestring de nombre (por ejemplo. "BRAF V600E"). Fully paginated; ordenados por id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
name	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_molecular_profiles", {"name": "BRAF V600E"})

civic_search_diseases

Buscar registros de enfermedad de CIViC por subestring de nombre (por ejemplo. "melanoma"). Devuelve DOIDs + nombres de pantalla; completamente paginado; ordenados por id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
name	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_diseases", {"name": "melanoma"})

civic_search_therapies

Buscar registros de terapia CIViC por subestring de nombre (por ejemplo. "vemurafenib"). Devoluciones de los ids NCIt + nombres; completamente paginado; ordenados por id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
name	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_therapies", {"name": "vemurafenib"})

open_targets_graphql

Ejecute una consulta arbitraria de GraphQL contra la Plataforma Open Targets API (objetivos, enfermedades, drogas, puntuaciones de asociación de destino-disease, evidencia, viabilidad, seguridad, medicamentos conocidos). Las consultas de introspección trabajan para el descubrimiento del esquema. Note knownDrugs was renamed to drugAndClinicalCandidates upstream.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
variables	objeto	opcional

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_graphql", {"query": "query($id: String!){ target(ensemblId: $id){ approvedSymbol associatedDiseases{ count } } }", "variables": {"id": "ENSG00000157764"}})

open_targets_disease_drugs

Medicamentos conocidos/investigativos para una enfermedad ( Plataforma de objetivos abiertos) — envuelve la enfermedad.drugAndClinicalCandidates. efo_id es una enfermedad ontología id (EFO/MONDO/etc., por ejemplo. "MONDO_0004992").

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
efo_id	cadena de texto	obligatorio
size	entero	facultativa; predeterminado: 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_drugs", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

open_targets_disease_targets

Principales objetivos asociados para una enfermedad, clasificados por Open Targets puntuación general de asociación — envuelve Disease.associatedTargets. efo_id es una enfermedad ontología id (EFO/MONDO/etc.).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
efo_id	cadena de texto	obligatorio
size	entero	facultativa; predeterminado: 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_targets", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

open_targets_drug

Detalles de fármacos por ChEMBL id (Open Targets Platform) — nombre, tipo, estadio clínico máximo y mecanismos de acción (target + tipo de acción). chembl_id, por ejemplo. "CHEMBL1201583".

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
chembl_id	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_drug", {"chembl_id": "CHEMBL1201583"})

clinpgx_search_chemicals

Resuelva registros de fármacos o sustancias químicas de ClinPGx mediante el ID de acceso o el nombre de ClinPGx antes de consultar anotaciones farmacogenómicas.

Proporcione al menos uno de: accessionId / name.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accessionId	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
name	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
view	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_chemicals", {"name": "warfarin", "view": "max"})

clinpgx_search_genes

Resuelva registros de genes de ClinPGx mediante el ID de acceso de ClinPGx o el símbolo HGNC antes de consultar anotaciones farmacogenómicas.

Proporcione al menos uno de: accessionId / symbol.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accessionId	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
symbol	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
view	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_genes", {"symbol": "VKORC1", "view": "max"})

clinpgx_search_summary_annotations

Buscar anotaciones clínicas de ClinPGx que vinculen un fármaco, un gen y una variante. Filtrar por nivel de evidencia 1A, 1B, 2A, 2B, 3 o 4 y conservar el registro original.

Proporcionar al menos uno de: relatedChemicals.accessionId / relatedChemicals.name / location.genes.symbol / location.fingerprint / id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
relatedChemicals.accessionId	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
relatedChemicals.name	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
location.genes.symbol	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
location.fingerprint	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
view	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "base"; enum: ["min", "base", "max"]
levelOfEvidence.term	cadena de texto	facultativa; enum: [" 1A", " 1B", " 2A", " 2B", " 3", " 4"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_summary_annotations", {"relatedChemicals.name": "warfarin", "location.genes.symbol": "VKORC1", "levelOfEvidence.term": "1A", "view": "max"})

clinpgx_get_summary_annotation

Recupere una anotación clínica de ClinPGx mediante su ID numérico de registro de ClinPGx, incluidos el fármaco, el gen, la variante, el fenotipo y el nivel de evidencia relacionados.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
id	número	obligatorio; mínimo: 1
view	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_summary_annotation", {"id": 655385012, "view": "max"})

clinpgx_search_variant_annotations

Busque anotaciones de variantes de ClinPGx por símbolo génico o huella de variante (normalmente un rsID).

Proporcione al menos uno de: location.genes.symbol / location.fingerprint.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
location.genes.symbol	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
location.fingerprint	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
view	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_variant_annotations", {"location.fingerprint": "rs1799853", "view": "max"})

clinpgx_search_guideline_annotations

Busque anotaciones de guías de dosificación farmacogenómica de ClinPGx procedentes de CPIC, DPWG o PharmGKB/PRO.

Proporcionar al menos uno de: source / relatedChemicals.accessionId / relatedGenes.accessionId.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
source	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; enum: ["cpic", "dpwg", "pro"]
relatedChemicals.accessionId	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
relatedGenes.accessionId	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
view	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_guideline_annotations", {"source": "cpic", "relatedGenes.accessionId": "PA267", "view": "max"})

clinpgx_search_drug_labels

Busque etiquetas farmacogenómicas regulatorias de fármacos de ClinPGx procedentes de FDA, EMA, PMDA o Health Canada.

Proporcionar al menos uno de: source / relatedChemicals.accessionId / relatedChemicals.name / relatedGenes.accessionId / relatedGenes.symbol.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
source	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; enum: ["fda", "ema", "pmda", "hcsc"]
relatedChemicals.accessionId	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
relatedChemicals.name	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
relatedGenes.accessionId	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
relatedGenes.symbol	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
view	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_drug_labels", {"source": "fda", "relatedChemicals.name": "clopidogrel", "view": "max"})

clinpgx_search_variants

Resuelva variantes farmacogenómicas de ClinPGx mediante un rsID de dbSNP u otro símbolo de variante.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
symbol	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; patrón: "\S"
view	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_variants", {"symbol": "rs1799853", "view": "max"})

clinpgx_get_variant_frequency

Recupere las frecuencias poblacionales de variantes notificadas por ClinPGx para una huella de variante, como un rsID.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
fp	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; patrón: "\S"

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_variant_frequency", {"fp": "rs1799853"})

clinpgx_get_drug_gene_variant

Consulte una conexión por pares de ClinPGx entre dos objetos (p. ej., un fármaco y un gen) mediante el informe de conexiones compartido; proporcione un identificador para cada objeto. Use las anotaciones de resumen para una anotación clínica de fármaco-gen-variante.

Para este grupo proporciona al menos uno de: object1Id / object1Name / object1Type.

Para este grupo proporciona al menos uno de: object2Id / object2Name / object2Type.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
object1Id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
object1Name	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
object1Type	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
object2Id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
object2Name	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
object2Type	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; patrón: "\S"
view	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_drug_gene_variant", {"object1Name": "warfarin", "object1Type": "chemical", "object2Name": "VKORC1", "object2Type": "gene", "view": "max"})

get_dgidb_gene_drugs

Query DGIdb interacciones entre fármacos y genes por nombre gen. Un registro coincidente por página, con fuentes de interacción completas, versiones de fuentes, licencias, tipos, atributos y evidencia de publicación. Los nombres pueden coincidir con múltiples registros; seguir siguiente cursor explícitamente.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
name	string	necesarios; minLength: 1; maxLength: 200
after	string	optional; minLength: 1; maxLength: 500

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "get_dgidb_gene_drugs", {"name": "BRAF"})

get_dgidb_drug_genes

Query DGIdb interacciones entre medicamentos y genes por nombre de drogas. Un registro coincidente por página, con fuentes de interacción completas, versiones de fuentes, licencias, tipos, atributos y evidencia de publicación. Los nombres pueden coincidir con múltiples registros; seguir siguiente cursor explícitamente.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
name	string	necesarios; minLength: 1; maxLength: 200
after	string	optional; minLength: 1; maxLength: 500

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "get_dgidb_drug_genes", {"name": "IMATINIB"})

Estructuras & Interacciones

Mostrar operaciones y parámetros

emdb_get_entries

Obtenga registros de metadatos estructurados para las entradas de mapas 3D de EMDB cryo-EM. Acepta adhesiones como 'EMD-1234', 'emd-1234' o ' 1234'. Cada registro lleva título, método de determinación de la estructura (singleParticle / helical / tomography / subtomogramAveraging / electronCrystallography), resolución en Angstrom (null para entradas sin resolución reportada, por ejemplo. tomogramas crudos) y el método de resolución, fechas de deposición/release, nombres de muestra y macromolécula/supramolécula, IDs de modelo PDB (lista vacía cuando no hay modelo), cita primaria (period, año, primer autor, DOI, PMID), dimensiones de mapa y tamaño de voxel, y estado. Las entradas obsoletas reportan las adhesiones is_obsolete=true más superseded_by. Las adhesiones desconocidas vuelven como {"emdb_id", "error": "not_found"} - nunca se cayó en silencio. - Metadatos únicamente; los volúmenes de mapa nunca se descargan.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
emdb_ids	matriz de cadenas	obligatorio

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entries", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "emd-3061", "1234"]})

emdb_search_entries

Buscar EMDB con una consulta de estilo Solr; retrieval completo de filas compactas. Ejemplos de consulta: 'title:"apoferritin" Y resolución:[0 TO 1.5]', 'structure_determination_method:"singleParticle"', 'current_status:"REL" Y release_date:[2024-01-01T00:00:00Z A *]'. Args: query (Solr query string); max_rows (capítulo de flecha, 1000) predeterminado. Devuelve num_found_released (el API's cuenta de entrada libre de la ruta faceta - verdad terrestre), rows_retrieved, rows_by_status (REL vs OBS - la ruta de búsqueda devuelve entradas obsoletas también pero no se cuentan como liberados), released_complete (verdadera si cada partido liberado fue recuperado; falsos medios max_rows truncó el barrido o los conteos discrepan), y registros: filas compactas por entrada (emdb_id, título, resolución, structure_determination_method, current_status, release_date, fitted_pdbs) ordenados por adhesión EMD.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
max_rows	entero	facultativa; predeterminado: 1000

const result = await host.mcp("structures", "emdb_search_entries", {"query": "title:\"apoferritin\" AND resolution:[0 TO 1.5]", "max_rows": 500})

emdb_get_entry_section

Obtenga una sección de metadatos detallados para las entradas de EMDB. Secciones: 'publications' — cita primaria con lista completa de autores ordenados, citas auxiliares, referencias externas (PMID/DOI/ISSN/CSD); 'map' — archivo, formato, tipo de datos, dimensiones, espaciamiento voxel, origen, orden del eje, celda, estadísticas de voxel, niveles de contorno, simetría; 'sample' — registros per-macromoléculas (tipo, peso molecular, copias, número EC, organismo fuente + NCBI taxid, secuencia de refs) y registros per-supramoléculas; 'imaging' — microscopio, voltaje, fuente de electrones, detector, dosis, modos de imagen, rango de desfocus, aumento, Cs, criogen, rejilla/buffer/vitrification conditions (un registro por sesión de microscopía — las entradas pueden llevar varios). Args: emdb_ids (lista de adhesión, cualquiera de EMD-1234/emd-1234/1234); sección (una de las publicaciones/mapa/sample/imaging). Se informa de adhesiones desconocidas con "error": "not_found". Use emdb_get_entries primero cuando sólo necesite el registro de encabezado.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
emdb_ids	matriz de cadenas	obligatorio
section	cadena de texto	obligatorio; enum: ["publications", "map", "sample", "imaging"]

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entry_section", {"emdb_ids": ["EMD-11638"], "section": "imaging"})

emdb_get_validation

Obtenga métricas numéricas de validación-análisis para entradas de EMDB. Por entrada (desde la ruta EMDB /análisis): Q-score, inclusión de átomos, niveles de contorno recomendados/predecidos/rawmap, volúmenes de modelo/masca, relación modelo-mapa, métricas de superficie, donde el oleoducto de validación los ha computado. available_blocks lista cada bloque el servicio de validación devuelto; escasas cargas de pago (tomogramas, entradas libres de modelos o históricas) producen nulas explícitas. Las entradas sin informe de análisis de validación has_validation_analysis=false — nunca se dejaron en silencio.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
emdb_ids	matriz de cadenas	obligatorio

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_validation", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "EMD-3061"]})

complexportal_get_complexes

Trae registros Complejo Comisario comisariados por la adhesión CPX. Cada registro: complejo AC, recomendado/sistemáticos nombres + sinónimos, especies y taxis, lista de participantes con stoichiometría (mínimo copias), rol biológico e tipo de interacción, evidencia Código ECO, Anotaciones GO y referencias cruzadas — la descripción manualmente curada de un complejo macromolecular estable. Los registros vuelven en orden de entrada; Las adhesiones desconocidas se enumeran en not_found en lugar de retirarse en silencio. Para la interacción binaria pruebas (que se une a quién en qué experimento) utilizar las herramientas intact_*.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
complex_acs	matriz de cadenas	obligatorio

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_get_complexes", {"complex_acs": ["CPX-2158", "CPX-2419"]})

complexportal_search_by_participant

Buscar Portal Complejo para complejos que contienen una molécula. accession es un participante en la adhesión — UniProt (por ejemplo. 'P04637'), ChEBI o RNAcentral. Con participants_only=true (default) la búsqueda está clasificada en campo (pxref:<accession>) por lo que sólo se devuelven complejos que realmente contienen la molécula como participante curado; con falso la simple adhesión es igualado como texto libre también (descripciones, nombres), que sobre-reporta pero puede captar menciones. Todas las páginas de resultados se recuperan y el recuento de filas se verifica contra el total de servicio reportado (total_reported == total_retrieved, o la llamada falla en voz alta). Los éxitos son registros compactos (complex_ac, nombre, especie, interactors) ordenados por la adhesión compleja; buscar detalles completos con complexportal_get_complexes.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio
participants_only	booleano	facultativa; default: true

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_search_by_participant", {"accession": "P69905", "participants_only": true})

intact_fetch_interactions

Recuperar TODAS las interacciones binarias de IntAct que coincidan con una consulta, MI-score filtrado. query es una adhesión UniProt (por ejemplo, 'P04637'), símbolo de gen, texto libre, o cualquier consulta de IntAct Solr. Retrieval es un barrido con paginas completas verificado contra el total reportado por el servidor (n_records == total_elements, o la llamada FAILS LOUDLY — truncation silenciosa es imposible). min_mi_score/max_mi_score filtro lado del servidor en la cuenta de confianza IntAct MI (0.45 es un piso común de confianza media); Filtros interactor_species por nombre de especie o taxid (por ejemplo. ["Homo sapiens"] o [" 9606"]). Los registros son delgados y estructurados: par de interactores (IntAct ACs, identificadores de bases de datos, nombres de moléculas, especie/taxids), tipo de interacción, método de detección (+MI id), roles experimentales, organismo anfitrión, puntuación MI, PubMed id, primer autor, base de datos fuente — ordenados por la puntuación DESCENDING MI. Listas de salida en la mayoría de los registros max_records_returned (records_truncated=true cuando el barrido completo verificado era mayor; n_records siempre reporta el verdadero total). Grandes consultas (por ejemplo. Las interacciones CFTR ~10k) tardan un tiempo, estrechas con min_mi_score o especies cuando sea posible.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
min_mi_score	número	facultativa; predeterminado: 0
max_mi_score	número	facultativa; predeterminado: 1
interactor_species	matriz de cadenas	opcional
max_records_returned	entero	facultativa; predeterminado: 500

const result = await host.mcp("structures", "intact_fetch_interactions", {"query": "P04637", "min_mi_score": 0.45, "interactor_species": ["Homo sapiens"], "max_records_returned": 200})

intact_get_interactor

Resolver una molécula a su registro de interacción de IntAct(s). query es una adhesión UniProt, símbolo de gen o Interaccionador IntAct AC (por ejemplo. 'EBI-7090529'). Devuelve TODOS los registros de interacción coincidentes con un n_matches explícito: una adhesión UniProt puede resolver a la proteína canónica más los interactores de cadena/isoform, y esta herramienta nunca elige silenciosamente uno. Cada registro: interactor_ac, preferred_identifier, nombre, especie, taxid, interactor_type, y el interaction_count visto por IntAct (útil para dimensionar un barrido intact_fetch_interactions).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interactor", {"query": "P04637"})

intact_get_interaction_details

Detalles completos curados para la interacción de UNA IntAct AC (por ejemplo. 'EBI-15635490'). Devuelve tipo de interacción, organismo anfitrión, método de detección, publicación, referencias cruzadas, anotaciones, parámetros cinéticos/afinidad y confianzas, más registros por participante (identificador, especie, papel biológico y experimental, métodos de detección de participantes) a menos que include_participants=falso. Obtenga la interacción de ACs de los registros intact_fetch_interactions (el campo interaction_ac). Los ACs desconocidos regresan { interaction_ac, error: 'not_found' }.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
interaction_ac	cadena de texto	obligatorio
include_participants	booleano	facultativa; default: true

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interaction_details", {"interaction_ac": "EBI-15635490", "include_participants": true})

intact_build_network

Construir una red de interacción IntAct-1 en profundidad alrededor de las proteínas de semillas. seed_accessions son adhesiones UniProt. Paso 1: un barrido de interacción completo con el contador MI-score lleno por semilla. Paso 2: los socios de cada filo de semilla más las semillas forman el conjunto de nodos. Paso 3: los bordes socio-partner son sólo descubiertas por preguntar a los socios mismos, por lo que hasta los socios max_interactors_expanded se preguntan (la mayoría de los conectados primero, los lazos por identificador) y los bordes con BOTH endpoints dentro del conjunto de nodos se mantienen. El bloque de expansión reporta exactamente qué socios fueron / no se expandieron (expansion.complete=false significa que pueden existir más bordes socio-partner). Salida: nodos, bordes (con puntaje MI, método de detección, PubMed id), estadísticas de barrido por semilla. Mantenga las semillas pocas y min_mi_score >= 0.45 — cada expansión es un barrido completo con paginas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
seed_accessions	matriz de cadenas	obligatorio
min_mi_score	número	facultativa; predeterminado: 0.45
max_interactors_expanded	entero	facultativa; predeterminado: 25
interactor_species	matriz de cadenas	opcional

const result = await host.mcp("structures", "intact_build_network", {"seed_accessions": ["P04637", "Q00987"], "min_mi_score": 0.45, "max_interactors_expanded": 25})

pdb_search_structures

Buscar entradas de RCSB PDB por filtros de atributo; en la página, tapado + marcado. Todos los filtros Y juntos; al menos uno es requerido. text es una consulta de relevancia de texto completo ('p53 dominio de unión de ADN'); organism es un nombre de línea de organización fuente exacta ('Homo sapiens' — partidos en cualquier nivel de linaje, por lo que 'Eukaryota' - También funciona; taxonomy_id un taxi NCBI (9606); uniprot_accession encuentra entradas cuyas entidades de polímeros mapean a ese UniProt ('P04637' -> cada estructura p53); experimental_method es el vocabulario PDB ('X-RAY DIFFRACTION', 'ELECTRON MICROSCOPY', 'SOLUTION NMR', ... — error de valores desconocidos, insensible en caso de la lista completa); max_resolution_angstrom mantiene entradas en o por debajo de esa resolución; ligand_comp_id requiere un componente de no polímero consolidado por id de química ('ZN', 'ATP', 'HEM'). include_computed_models=true añade modelos de estructura computarizada (por ejemplo. AlphaFold) a los resultados experimentales por defecto. Devuelve total_count (el API's cuenta con el total del partido — verdad terrestre), n_retrieved, truncated (true iff total_count > n_retrieved; max_rows, 1..1000, retrieval de gorras), y registros [{pdb_id, score}] en orden de relevancia. Identificadores solamente — cadena a pdb_get_structures para metadatos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
text	cadena de texto	opcional
organism	cadena de texto	opcional
taxonomy_id	entero	opcional
uniprot_accession	cadena de texto	opcional
experimental_method	cadena de texto	opcional
max_resolution_angstrom	número	opcional
ligand_comp_id	cadena de texto	opcional
include_computed_models	booleano	facultativa; default: false
max_rows	entero	facultativa; predeterminado: 100

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_structures", {"uniprot_accession": "P04637", "experimental_method": "X-RAY DIFFRACTION", "max_rows": 50})

pdb_get_structures

Ingrese resúmenes de nivel de entrada para entradas de PDB (batch, max 25 ids). Acepta los ids de 4-character PDB en cualquier caso (' 1tup' == ' 1TUP'; duplicados son des duplicados). Cada registro: título, métodos experimentales, resolución en Angstrom (null para métodos sin uno, por ejemplo. NMR), metodología de determinación (experimental vs computacional), fecha y estado de depósito/release/revision, peso molecular (kDa), conteos de montaje y entidad (proteína/DNA/RNA polímero + no polímero), ids de ligand química-comp, listas de id de entidad polímero/no polímero (inputaciones para pdb_get_entities / pdb_get_ligands), y la cita primaria (título, revista, año, autores, PubMed id, DOI). Los ids desconocidos regresan como {"pdb_id", "error": "not_found"} - nunca se cayó en silencio. - Metadatos únicamente; los archivos de coordenadas nunca se descargan.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pdb_ids	matriz de cadenas	obligatorio

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {"pdb_ids": ["1TUP", "1tup", "6XYZ"]})

pdb_get_entities

Detalles de la entidad polímero para una entrada de PDB, incl. Cartografías UniProt. Con entity_ids=null cada entidad polímero de la entrada es capturada, capped en 25 con truncated=true y n_polymer_entities reportando la entrada's cuenta verdadera (grandes asambleas como ribosomas llevan 50+ — obtener la lista completa de id de pdb_get_structures' polymer_entity_ids y página con subconjuntos explícitos como [" 26", " 27"]); con un subconjunto entity_ids explícito, el total de entrada no se recoge, por lo que n_polymer_entities es null; una lista entity_ids explícita más grande que los errores 25. Cada registro: descripción, tipo polímero (Proteína / ADN / ARN), longitud de secuencia, cuenta de mutación, copias depositadas, ids de cadena (asym + autor), organismos de origen con taxis, adhesiones UniProt con cobertura de secuencia por unidad (SIFTS) y regiones alineadas UniProt (coordinas de referencia-seq de laentidad). Los ids de entidad desconocida se enumeran en not_found; una entrada desconocida errores id. include_sequences=true añade la secuencia canónica de una sola carta por entidad; si las secuencias combinadas superan el max_bytes (predeterminado 400000) se omiten y sequences_omitted explica por qué — los metadatos siempre sobreviven.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pdb_id	cadena de texto	obligatorio
entity_ids	matriz de cadenas	opcional
include_sequences	booleano	facultativa; default: false
max_bytes	entero	facultativa; predeterminado: 400000

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_entities", {"pdb_id": "1TUP", "include_sequences": true})

pdb_get_ligands

Libra ligandos (compuestos no polímeros) de una entrada de PDB, con química. Camina la entrada's entidades no polímeros y resuelve cada componente químico: por ligand — entidad id, chem-comp id ('ZN', 'ATP'), descripción, cuenta de copia depositada, ids de cadena de autor y un bloque chem_comp (nombre, fórmula, peso de fórmula, carga formal, tipo de componente, InChIKey, estéreo SMILES). Las aguas no son entidades no polímeros en el modelo de datos del PDB y nunca aparecen. Las entradas sin ligandos retornan ligandos: []. n_nopolymer_entities es la entrada's cuenta verdadera; truncated=true cuando supera max_ligands (convocado a 1..25, que ata el presupuesto de solicitud) — nunca se redujo en silencio. Entidades/componentes de los datos API ya no sirve son reportados en línea con "error": "not_found" (Resultados parciales, no una llamada abortada). Errores de entrada id desconocidos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pdb_id	cadena de texto	obligatorio
max_ligands	entero	facultativa; predeterminado: 25

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_ligands", {"pdb_id": "1TUP"})

alphafold_get_prediction

AlphaFold DB metadatos de estructura predicha para una adhesión UniProt. Devuelve has_model, n_models y registros por modelo. Una única adhesión puede llevar varios modelos (canónico + isoformas como 'P04637-9', y proveedores comunitarios más allá de la tubería de Google DeepMind monomer — provider_id / tool_used identificarlos). Cada modelo: entrada id, Anotación UniProt (id, descripción, gen, organismo, taxid, banderas revisadas), coordenadas de secuencia y longitud, pLDDT global (global_plddt, 0-100) más la fracción de residuos por contenedor de confianza pLDDT (very_low < 50, bajo 50-70, confiado 70-90, very_high > 90), información de la versión modelo y fecha de creación, y descarga URLs (coordenadas de cif/bcif/pdb, PAE JSON + imagen, pLDDT per-residue JSONMSA, AlphaMissense CSV donde esté disponible) — URLs solamente, las cargas de pago nunca se descargan; Tráelos si es necesario. Las accesiones sin una predicción devuelven has_model=falso (no un error); Los identificadores malformados devuelven un campo error explícito. include_sequence=true añade la secuencia del modelo (proteína de una sola carta).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
uniprot_accession	cadena de texto	obligatorio
include_sequence	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_get_prediction", {"uniprot_accession": "P04637"})

alphafold_check_coverage

Batch AlphaFold Control de cobertura de DB (accesiones UniProt únicas de 40). Las entradas y los duplicados se despojan antes de que se aplique la tapa del lote, y se revelan: n_requested == n_unique + n_blank_skipped + n_duplicate_skipped siempre se reconcilia. Un registro compacto por adhesión única, en orden de entrada: has_model, n_models, y el modelo primario (primero listado)'s model_entity_id, latest_version, global_plddt y sequence_length. Adhesiones sin informe de predicción has_model=false; Los malformados llevan un campo error explícito — nunca se dejaron en silencio. Usar para recortar qué proteínas de un conjunto tienen estructuras predecibles utilizables antes de extraer registros completos con alphafold_get_prediction.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
uniprot_accessions	matriz de cadenas	obligatorio

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_check_coverage", {"uniprot_accessions": ["P04637", "P38398", "Q9Y6K9"]})

pdb_search_sequence

Encuentre las entidades experimentales de proteína PDB de una secuencia de proteínas sin explotar (25..10000 aminoácidos, FASTA cruda o de una sola grabación; espacio blanco y maletín aceptado). La similitud de secuencias utiliza RCSB MMseqs2 identidad secuencial: identity_cutoff es una fracción 0..1, no un porcentaje; evalue_cutoff es el valor máximo de E. min_query_coverage (0..1) filtra cada alineación localmente utilizando (query_end - query_beg + 1) / longitud de secuencia de entrada; a hit necesita una alineación que satisfaga el corte, y sólo se devuelven alineaciones clasificatorias. Esto es cobertura de secuencia, no solución experimentalmente cobertura de residuos. Escáneos en la mayoría de los golpes max_candidates (predeterminados 100, max 1000) en orden de relevancia, luego regresa a la mayoría de las entidades max_rows (predeterminado 10, max 25) con ID de cadena y métricas de partido. total_count es el filtrado de cobertura total de BEFORE de arriba; n_matched cuenta las entidades clasificatorias sólo entre los candidatos escaneados. truncado significa que quedan más candidatos o registros de calificación. Aumente el max_candidates para examinar los golpes de baja jerarquía. Los ID de cadena enumeran todas las copias depositadas de la entidad concurrente: asym_ids son identificaciones de etiquetas, auth_asym_ids son IDs de autor. Los metadatos 404 mantienen el partido con metadata_error=not_found y los IDs de cadena nula. La puntuación de relevancia no es la identidad de secuencia. Estructuras experimentales solamente; cadena a pdb_get_structures para metadatos de entrada. No se descargan archivos de coordenadas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
sequence	cadena de texto	obligatorio; minLength: 25; maxLength: 50000
identity_cutoff	número	facultativa; predeterminado: 0.3; mínimo: 0; máximo: 1
evalue_cutoff	número	facultativa; predeterminado: 0.1; exclusivoMinimum: 0
min_query_coverage	número	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1
max_candidates	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 1000
max_rows	entero	facultativa; predeterminado: 10; mínimo: 1; máximo: 25

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_sequence", {"sequence": "MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQV", "identity_cutoff": 0.9, "min_query_coverage": 0.8, "max_rows": 10})

omnipath_query_regulation

Consulta dirigida, firmada regulación de proteínas humanas de OmniPath. Proveer una adhesión humana canónica UniProt (resolver nombres con el conector Genes primero). Los nodos de pareja pueden ser proteínas o COMPLEX nativo: identificadores; nunca se expanden complejos en bordes pares inferidos. aguas arriba devuelve fuentes que regulan el objetivo buscado; downstream devuelve objetivos regulados por la fuente preguntada. Tanto la estimulación como la inhibición pueden ser verdaderas: preservar pruebas conflictivas y banderas de consenso separadas. Utiliza el conjunto de datos omnipath y el filtro de licencia comercial upstream; los términos de recursos originales todavía se aplican. Las relaciones y citas agregan múltiples fuentes y contextos biológicos, no prueba causal específica del tejido. Los resultados utilizan el orden de arriba, no el ranking de confianza; los resultados limitados no son la red completa. Sin paginación o descarga a granel.

Field	Type	Requirement and constraints
accession	string	required; pattern: "^(?:[OPQ][0-9][A-Z0-9]{3}[0-9]|[A-NR-Z][0-9](?:[A-Z][A-Z0-9]{2}[0-9]){1,2})$"
direction	string	required; enum: ["upstream", "downstream"]
limit	integer	optional; default: 10; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("structures", "omnipath_query_regulation", {"accession": "P00533", "direction": "upstream", "limit": 10})

pdb_search_structure_similarity

Encontrar cadenas experimentales de proteínas PDB similares en 3D a una cadena PDB depositada usando la búsqueda de embedding de estructura RCSB con emparejamiento global, predicho TM-score 0.8 y 10.000 candidatos. Suministrar un ID de PDB de cuatro caracteres y label asym id (RCSB/mmCIF chain ID, no el ID de cadena del autor; disponible desde pdb get entities). Devuelve los identificadores de cadena de rango superior y puntuaciones aguas arriba; la cadena de consulta puede aparecer entre golpes. No hay subida de coordenadas, alineación estructural, RMSD o TM-score computado localmente.

Field	Type	Requirement and constraints
pdb_id	string	required; pattern: "^[1-9][A-Za-z0-9]{3}$"
label_asym_id	string	required; minLength: 1; maxLength: 16; pattern: "^[A-Za-z0-9]+$"
max_rows	integer	optional; default: 10; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_structure_similarity", {"pdb_id": "1CLL", "label_asym_id": "A", "max_rows": 10})

pdbe_get_validation

Obtenga puntuaciones de calidad PDBe y estadísticas de validación clave para una entrada PDB experimental. Incluye el método experimental. métricas preserve null y disponibilidad de datos experimentales desconocidos; métricas faltantes no son cero o evidencia de mala calidad. Las puntuaciones son resúmenes preliminares, no un ranking universal a través de métodos experimentales. No existen modelos previstos ni informes sobre residuos.

Field	Type	Requirement and constraints
pdb_id	string	required; maxLength: 4; pattern: "^[1-9][A-Za-z0-9]{3}$"

const result = await host.mcp("structures", "pdbe_get_validation", {"pdb_id": "1cbs"})

ChEMBL

Mostrar operaciones y parámetros

compound_search

Buscar compuestos químicos ChEMBL por nombre (por defecto), ChEMBL id o estructura molecular. Por nombre: caso-insensible juego de subestring sinónimo (caídas de vuelta a un partido de nombre preferido). Por chembl_id: búsqueda de registro directo. Por sonrisas: búsqueda de la similitud de Tanimoto cuando se establece similarity_threshold, de lo contrario una búsqueda de subestructura (los paseos de construcción son capped y revelan walk_truncated/upstream_total). Filtros max_phase opcionales por etapa clínica. Pase por lo menos uno de nombre, chembl_id, o sonríe. Use drug_search en lugar de buscar por indicación terapéutica.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
name	cadena de texto	opcional
chembl_id	cadena de texto	opcional
smiles	cadena de texto	opcional
similarity_threshold	entero	facultativa; mínimo: 70; máximo: 100
max_phase	entero	facultativa; enum: [0, 1, 2, 3, 4]
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("chembl", "compound_search", {"name": "aspirin", "limit": 5})

drug_search

Buscar medicamentos aprobados y candidatos clínicos por indicación terapéutica ( termino EFO, partido parcial). Se une a las filas drug_indication a las moléculas madre distintas, luego a los registros de moléculas y advertencias de retiro/caja negra. only_approved restringe a la fase 4. Los post-filters opcionales molecule_chembl_id, drug_name (subestring de nombre preferido), y max_phase (>=) estrechan el conjunto unido. Utilice compound_search para buscar nombre/id/estructura.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
indication	cadena de texto	obligatorio
drug_name	cadena de texto	opcional
molecule_chembl_id	cadena de texto	opcional
max_phase	entero	facultativa; enum: [0, 1, 2, 3, 4]
only_approved	booleano	facultativa; default: false
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("chembl", "drug_search", {"indication": "hypertension", "only_approved": true, "limit": 10})

get_admet

Retrieve ChEMBL calcula propiedades moleculares para la evaluación de la semejanza de drogas / ADMET de una molécula (ALogP, peso molecular, PSA, HBA/HBD, enlaces rotativos, anillos aromáticos, átomos pesados, violaciones del estado de 5, paso del Estado de 3, QED, fórmula molecular). Estos son computados de la estructura, no de las mediciones experimentales.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
molecule_chembl_id	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("chembl", "get_admet", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

get_bioactivity

Recuperar las mediciones de bioactividad ChEMBL (IC50, Ki, Kd, EC50, ...) para interacciones de compuesto-objetivo. Filtro por molecule_chembl_id, target_chembl_id, y/o assay_chembl_id, activity_type (standard_type), un suelo pChEMBL (min_pchembl), un rango standard_value (min_value/max_value), y unidad (standard_units). Devuelve una página ordenada por activity_id con un resumen de la página-local más-potente. Pase next_offset como offset con los mismos filtros para continuar más allá de los registros 1,000; Para cuando has_more es falso. Utilice get_assay para inspeccionar el contexto experimental antes de comparar las mediciones.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
molecule_chembl_id	cadena de texto	opcional
target_chembl_id	cadena de texto	opcional
assay_chembl_id	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; patrón: "^CHEMBL[0-9]+$"
activity_type	cadena de texto	facultativa; enum: ["IC50", "EC50", "Ki", "Kd", "AC50", "GI50", "ED50", "Potency"]
min_pchembl	número	facultativa; mínimo: 0; máximo: 14
min_value	número	opcional
max_value	número	opcional
unit	cadena de texto	facultativa; enum: ["nM", "uM", "mM", "pM", "M"]
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 1000
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 9007199254740991

const result = await host.mcp("chembl", "get_bioactivity", {"molecule_chembl_id":"CHEMBL25","activity_type":"IC50","limit":10})

get_mechanism

Recuperar los registros del mecanismo de acción de ChEMBL para medicamentos aprobados y candidatos clínicos. Filtro por molecule_chembl_id, target_chembl_id, y/o action_type. Cuando una molécula id no produce nada, se retriese contra la molécula padre para que los ids de forma sal resuelvan. Devuelve una página ordenada por mec_id con un resumen tipo acción.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
molecule_chembl_id	cadena de texto	opcional
target_chembl_id	cadena de texto	opcional
action_type	cadena de texto	facultativa; enum: ["INHIBITOR", "AGONIST", "ANTAGONISTA", "BLOCKER", "MODULATOR", "OPENER", "ACTIVAR", "POSITIVE ALLOSTERIC MODULATOR", "NEGATIVE ALLOSTERIC MODULATOR", "PARTIAL AGONIST", "INVERSE AGONIST"]
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("chembl", "get_mechanism", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

target_search

Buscar objetivos biológicos ChEMBL (proteínas, complejos, familias, organismos). Filtro por target_chembl_id, gene_symbol (exacto componente-synonym match), target_name (preferido nombre subestring), organismo (substring), y/o target_type. Cada resultado lleva sus componentes con adhesiones UniProt, un gene_symbol y listas de referencias cruzadas atadas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
target_name	cadena de texto	opcional
gene_symbol	cadena de texto	opcional
target_chembl_id	cadena de texto	opcional
organism	cadena de texto	opcional
target_type	cadena de texto	facultativa; [Enum]"SINGLE PROTEIN", "PROTEIN COMPLEX", "PROTEIN FAMILY", "ORGANISM", "TISSUE", "CELL-LINE", "NUCLEIC-ACID", "SUBCELLULAR"]
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("chembl", "target_search", {"gene_symbol": "EGFR", "organism": "Homo sapiens", "limit": 5})

get_assay

Recuperar un ensayo ChEMBL por assay_chembl_id de un registro de bioactividad. Devuelve la descripción experimental, el tipo de ensayo y el formato, el organismo, el contexto celular/tissue, los parámetros de ensayo, el objetivo asignado y la confianza de asignación de objetivos. La confianza describe la asignación de objetivos, no la calidad de medición; comparar las condiciones de ensayo antes de combinar los valores IC50/Ki. Utilice get_bioactivity con el mismo assay_chembl_id para recuperar sus mediciones.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
assay_chembl_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; patrón: "^CHEMBL[0-9]+$"

const result = await host.mcp("chembl", "get_assay", {"assay_chembl_id":"CHEMBL1217643"})

biorxiv

Mostrar operaciones y parámetros

get_categories

Listar todas las categorías de asignaturas de biorxiv 27 y sus slugs compatibles con API (por ejemplo. "cancer biology" -> "cancer_biology"). Utilice antes de search_preprints para descubrir valores de categoría válidos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
—	objeto	No hay campos; pasar un objeto vacío.

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_categories", {})

search_preprints

Buscar preimpresión bioRxiv/medRxiv por fecha y (opcionalmente) categoría. Use exactamente ONE método de búsqueda: date_from+date_to, recent_days (últimos días N), o recent_count (N más reciente dentro de una ventana 90-día); con ninguno, los últimos días de 60. No hay búsqueda de palabras clave/texto. paginas de cursor. Devuelve DOI, título, autores, fecha, categoría, versión, y una vista previa abstracta 200-char.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
server	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "biorxiv"; enum: ["biorxiv", "medrxiv"]
category	cadena de texto	facultativa; [Enum]"comportamiento animal y cognición", "bioquímica", "biomotora", "bioinformática", "biofísica", "biología del cáncer", "biología celular", "ensayos clínicos", "biología del desarrollo", "ecología", "epidemiología", "biología evolucionaria", "genética", "genómica", "inmunología", "microbiología", "Biología molecular", "neurociencia", "paleontología", "patología", "farmacología y toxicología", "fisiología", "planta biología", "la comunicación científica y la educación", "biología sintética", "sistemas de biología", "zoología"]
date_from	cadena de texto	opcional
date_to	cadena de texto	opcional
recent_days	entero	facultativa; mínimo: 1
recent_count	entero	facultativa; mínimo: 1
limit	entero	facultativa; predeterminado: 10; mínimo: 1; máximo: 100
cursor	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_preprints", {"recent_days": 30, "category": "neuroscience", "limit": 20})

get_preprint

Obtenga metadatos completos para un preimpresión por DOI (bare " 10.1101/..." o una URL https://doi.org/ completa). Usa la última versión. Título, autores, autor correspondiente + institución, resumen completo, categoría, licencia, versión, JATS XML, financiación, revista publicada DOI (si está vinculada), PDF y URLs web, y cuenta de versión. Las huellas no son revisadas por pares.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
doi	cadena de texto	obligatorio
server	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "biorxiv"; enum: ["biorxiv", "medrxiv"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_preprint", {"doi": "10.1101/339747"})

search_published_preprints

Buscar preimpresiones que fueron publicadas posteriormente en revistas revisadas por pares (preprint -> enlaces de artículos de revistas). Mismo ONE-OF métodos de búsqueda como search_preprints (date_from+date_to / recent_days / recent_count). include_details=false devuelve un resumen compacto. editor filtros por revista DOI prefix (por ejemplo. "10.1038" para la Naturaleza) a través de la ruta bioRxiv-only /publisher.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
server	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "biorxiv"; enum: ["biorxiv", "medrxiv"]
publisher	cadena de texto	opcional
include_details	booleano	facultativa; default: true
date_from	cadena de texto	opcional
date_to	cadena de texto	opcional
recent_days	entero	facultativa; mínimo: 1
recent_count	entero	facultativa; mínimo: 1
limit	entero	facultativa; predeterminado: 10; mínimo: 1; máximo: 100
cursor	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_published_preprints", {"publisher": "10.1038", "date_from": "2024-01-01", "date_to": "2024-01-05", "limit": 10})

search_by_funder

Busque preimpresión reconociendo un financiador, identificado por ROR id (9-char, por ejemplo. " 021nxhr62" para el NIH; una URL completa https://ror.org/ también se acepta). Requiere una date_from explícita + date_to; metadatos financiadores comienza 2025-04-10. Filtro de categoría opcional. paginas de cursor. La misma forma compacta de resultado que search_preprints.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
funder_ror_id	cadena de texto	obligatorio
date_from	cadena de texto	obligatorio
date_to	cadena de texto	obligatorio
server	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "biorxiv"; enum: ["biorxiv", "medrxiv"]
category	cadena de texto	facultativa; [Enum]"comportamiento animal y cognición", "bioquímica", "biomotora", "bioinformática", "biofísica", "biología del cáncer", "biología celular", "ensayos clínicos", "biología del desarrollo", "ecología", "epidemiología", "biología evolucionaria", "genética", "genómica", "inmunología", "microbiología", "Biología molecular", "neurociencia", "paleontología", "patología", "farmacología y toxicología", "fisiología", "planta biología", "la comunicación científica y la educación", "biología sintética", "sistemas de biología", "zoología"]
limit	entero	facultativa; predeterminado: 10; mínimo: 1; máximo: 100
cursor	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_by_funder", {"funder_ror_id": "021nxhr62", "date_from": "2025-04-10", "date_to": "2025-05-10", "limit": 10})

get_content_statistics

bioRxiv estadística de la presentación sobre toda la historia — nuevos vs revisó los recuentos de papel por período, con totales acumulativos en funcionamiento. intervalo es "monthly" (por defecto) o "yearly".

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
interval	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "monthly"; enum: ["monthly", "yearly"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_content_statistics", {"interval": "yearly"})

get_usage_statistics

bioRxiv uso/informática estadística sobre toda la historia — opiniones abstractas, vistas de texto completo, y descargas PDF por período, con totales acumulados en ejecución. intervalo es "monthly" (por defecto) o "yearly".

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
interval	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "monthly"; enum: ["monthly", "yearly"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_usage_statistics", {"interval": "yearly"})

Fiscalización de drogas

Mostrar operaciones y parámetros

search_drug_applications

Busque las aplicaciones de Drugs@FDA (NDA/ANDA/BLA) por cualquier combinación de filtros de frases exactas (marca, genérico, active_ingredient, patrocinador, marketing_status, dosage_form, ruta, pharm_class). query genérico y pharm_class el bloque de openfda armonizado (absentimiento en aplicaciones antiguas, tan silenciosamente saltado allí). Una búsqueda amplia devuelve el primer max_records con el verdadero total y truncado=true; a página más allá de ~26,000 records, narrow with submission_date_from/to.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
brand	cadena de texto	opcional
generic	cadena de texto	opcional
active_ingredient	cadena de texto	opcional
sponsor	cadena de texto	opcional
marketing_status	cadena de texto	facultativa; enum: ["Prescription", "Over-the-counter", "Discontinued", "None (Aprobación Tentativa)"]
dosage_form	cadena de texto	opcional
route	cadena de texto	opcional
pharm_class	cadena de texto	opcional
pharm_class_type	cadena de texto	facultativa; enum: ["epc", "moa", "cs", "pe"]
search_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "and"; enum: ["and", "or"]
submission_date_from	cadena de texto	opcional
submission_date_to	cadena de texto	opcional
raw_search	cadena de texto	opcional
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 50

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_applications", {"generic": "ATORVASTATIN CALCIUM", "marketing_status": "Prescription", "max_records": 25})

get_drug_application

Traiga una solicitud de medicamentos@FDA por su número (por ejemplo: "NDA020702", "ANDA076543", "BLA125514"). Devuelve el registro completo —patrocinador, productos (marca, ingredientes activos + fortalezas, forma de dosificación, ruta, estado de marketing, código TE), historia de las presentaciones completas, y campos de openfda armonizados cuando está presente.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
application_number	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_application", {"application_number": "NDA020702"})

count_drug_applications

El cubo Aggregate Drugs@FDA cuenta sobre un campo, opcionalmente reducido por los mismos filtros que search_drug_applications. count_field acepta nombres amistosos (sponsor_name, application_number, dosage_form, ruta, marketing_status, te_code, pharm_class_epc/moa/cs/pe) o una ruta de campo de openFDA cruda (apéndice .exactate para campos analizados).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
count_field	cadena de texto	obligatorio
brand	cadena de texto	opcional
generic	cadena de texto	opcional
active_ingredient	cadena de texto	opcional
sponsor	cadena de texto	opcional
marketing_status	cadena de texto	opcional
dosage_form	cadena de texto	opcional
route	cadena de texto	opcional
pharm_class	cadena de texto	opcional
pharm_class_type	cadena de texto	facultativa; enum: ["epc", "moa", "cs", "pe"]
search_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "and"; enum: ["and", "or"]
submission_date_from	cadena de texto	opcional
submission_date_to	cadena de texto	opcional
raw_search	cadena de texto	opcional
max_buckets	entero	facultativa; predeterminado: 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "count_drug_applications", {"count_field": "marketing_status"})

get_drug_statistics

Estadísticas de Corpus-level Drugs@FDA en una sola llamada — aplicaciones totales, división de marketing-status, formas de dosis y rutas (con cargos distintos), y patrocinadores principales por cuenta de aplicaciones.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
—	objeto	No hay campos; pasar un objeto vacío.

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_statistics", {})

list_pharmacologic_classes

Aumentar las clases farmacológicas con los recuentos de sus aplicaciones, contados sobre el openfda armonizado.pharm_class_<type> bloque. Los condes reflejan únicamente las aplicaciones que llevan ese bloque.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
class_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "epc"; enum: ["epc", "moa", "cs", "pe"]
max_buckets	entero	facultativa; predeterminado: 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "list_pharmacologic_classes", {"class_type": "epc", "max_buckets": 50})

get_generic_equivalents

Encontrar equivalentes genéricos de un medicamento de marca: resolver la marca a sus aplicaciones de referencia, extraer el conjunto exacto de nombres activos-ingredientes, luego devolver cada aplicación de Drugs@FDA con un producto cuyo conjunto activo-ingrediente coincide (incluyendo los códigos TE y el estado de marketing).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
brand	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_generic_equivalents", {"brand": "Lipitor"})

search_drug_labels

Recuperar etiquetas de productos de la FDA (SPL) por ingrediente/nombre/rute con extracción de sección específica. Filtros (active_ingredient, generic_name, brand_name, ruta, product_type) alcanzaron el bloque de etiquetas de openfda; se establece exactamente a la consulta de las variantes no analizadas.exacto. Pase secciones para extraer secciones de etiquetas de openFDA crudas en lugar del registro estructurado predeterminado. raw_search es mutuamente excluyente con los filtros mapeados.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
active_ingredient	cadena de texto	opcional
generic_name	cadena de texto	opcional
brand_name	cadena de texto	opcional
route	cadena de texto	opcional
product_type	cadena de texto	facultativa; enum: ["HUMAN PRESCRIPTION DRUG", "HUMAN OTC DRUG"]
exact	booleano	facultativa; default: false
raw_search	cadena de texto	opcional
sections	matriz de cadenas	opcional
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 25

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_labels", {"brand_name": "Tylenol", "max_records": 5})

search_drug_adverse_events

Búsqueda Los informes de FAERS por reportado drug_name (producto médico), marca armonizada/generic/ingredient, reacción, seriedad (1=serious, 2=non-serious), país o fecha de recepción inicial/latest. Las fechas siempre limitan otros filtros; raw_search reemplaza los filtros mapeados pero conserva las fechas. Los informes pueden enumerar múltiples fármacos y reacciones y no establecer causalidad o incidencia. Los resultados están en el 26000; filtros estrechos para cohortes más grandes.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
drug_name	cadena de texto	opcional
brand_name	cadena de texto	opcional
generic_name	cadena de texto	opcional
ingredient	cadena de texto	opcional
reaction	cadena de texto	opcional
country	cadena de texto	opcional
serious	cadena de texto	opcional
received_date_from	cadena de texto	opcional
received_date_to	cadena de texto	opcional
receipt_date_from	cadena de texto	opcional
receipt_date_to	cadena de texto	opcional
search_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "and"; enum: ["and", "or"]
raw_search	cadena de texto	opcional
sort	cadena de texto	opcional
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 25; mínimo: 1; máximo: 26000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_adverse_events", {"drug_name": "LIPITOR", "reaction": "headache", "max_records": 10})

count_drug_adverse_events

Agregar informes de FAERS coincidentes por reacción, droga, resultado, país o fecha de recepción. Las cuentas reflejan informes, no incidencia o causalidad; cubos multivalorados superponen y su suma no es un informe único total. Fecha campos de retorno tiempo/cuenta en lugar de término/cuenta. raw_search retiene las restricciones de fecha.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
count_field	cadena de texto	obligatorio
drug_name	cadena de texto	opcional
brand_name	cadena de texto	opcional
generic_name	cadena de texto	opcional
ingredient	cadena de texto	opcional
reaction	cadena de texto	opcional
country	cadena de texto	opcional
serious	cadena de texto	opcional
received_date_from	cadena de texto	opcional
received_date_to	cadena de texto	opcional
receipt_date_from	cadena de texto	opcional
receipt_date_to	cadena de texto	opcional
search_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "and"; enum: ["and", "or"]
raw_search	cadena de texto	opcional
max_buckets	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "count_drug_adverse_events", {"count_field": "reaction", "drug_name": "LIPITOR"})

search_drug_recalls

Buscar informes de la FDA sobre drogas (recuerdos del producto) de openFDA por empresa, producto, razón de recordar, clasificación, estado, ubicación, o fecha de informe.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
recalling_firm	cadena de texto	opcional
product_description	cadena de texto	opcional
reason_for_recall	cadena de texto	opcional
status	cadena de texto	opcional
classification	cadena de texto	opcional
city	cadena de texto	opcional
state	cadena de texto	opcional
country	cadena de texto	opcional
report_date_from	cadena de texto	opcional
report_date_to	cadena de texto	opcional
search_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "and"; enum: ["and", "or"]
raw_search	cadena de texto	opcional
sort	cadena de texto	opcional
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 25; mínimo: 1; máximo: 26000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_recalls", {"reason_for_recall": "contamination", "max_records": 10})

list_faers_bulk_files

Lea el manifiesto oficial de la partición JSON de vracs y fármacos abiertosFDA. Los archivos permanecen en sus URL oficiales; no se crea ninguna descarga de archivos, trabajo local o base de datos de análisis. Los informes no son estimaciones de incidencia.

Field	Type	Requirement and constraints
offset	integer	optional; default: 0; minimum: 0; maximum: 100000
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 200

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "list_faers_bulk_files", {"offset": 0, "limit": 5})

Genética Humana

Mostrar operaciones y parámetros

gwas_associations_for_variant

GWAS Catalog associations reported for one variety (rsID), most significant first. Args: rs_id (dbSNP rsID, por ejemplo. rs7412 APOE o rs699 AGT; debe ser el catálogo's actual rsID — IDs fusionados/retirados pueden devolver cero filas en lugar de un error); max_records (capítulo de salida 500 predeterminado; las variantes de rasgo pueden llevar a las asociaciones 1000+; filas son surtidos por p-valor ascendente, por lo que un resultado capped es el prefijo de alta señal. Retorno {rs_id, api_total, devuelto, truncado, asociaciones}. api_total es el catálogo's propio total; banderas truncadas una embrague capped. Cada fila de asociación: {association_id, p_value, pvalue_mantissa, pvalue_exponent, pvalue_description, or_value, beta, ci_lower, ci_upper, rango, risk_frequency, snp_effect_alleles, rs_ids, ubicaciones, mapped_genes, efo_traits- [{efo_id, efo_trait}], bg_efo_traits, reported_trait, multi_snp_haplotype, snp_interaction, study_accession_id, pubmed_id, first_author}. or_value y beta son mutuamente excluyentes por fila (binario vs cuantitativo); p_valor de 0.0 significa p < ~1e-308 (use mantissa/exponent).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
rs_id	cadena de texto	obligatorio
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_variant", {"rs_id": "rs7412", "max_records": 100})

gwas_associations_for_gene

GWAS Catálogo asociaciones cuyas variantes son MAPPED a un gen (catalog's Ensembl pipeline mapping, no autor-reportado), el primero más significativo. Args: gene_symbol (símbolo HGNC, partido exacto, por ejemplo. PCSK9, APOE; caso sensible al fondo - pasar la maleta canónica superior; las variantes intergénicas mapa a los genes flanqueados, por lo que las filas pueden sentarse fuera del cuerpo gen); max_records (cap default 500; filas servidor surtido por p-valor ascendente). Retorno {gene_symbol, api_total, devuelto, truncado, asociaciones} con la misma forma de fila que gwas_associations_for_variant. Un símbolo inexistente devuelve api_total=0, no un error.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_symbol	cadena de texto	obligatorio
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_records": 100})

gwas_associations_for_trait

GWAS Catálogo asociaciones anotadas a un rasgo EFO, el primero más significativo. Args: efo_id (un término de la ontología de forma corta como se utiliza en el catálogo, por ejemplo. MONDO_0005010, EFO_0004340, HP_0003124; el catálogo migraba muchos EFOs históricos a MONDO/HP - resolver los ids actuales con gwas_search_traits primero; pasar exactamente uno de efo_id/efo_trait); efo_trait (exacto rasgo alternativo LABEL); max_records (cap default 500; filas p-valor ascendente). Devoluciones {efo_id vidasefo_trait, api_total, retornados, truncados, asociaciones} con la misma forma de fila que gwas_associations_for_variant. Un id/label desconocido devuelve api_total=0, no un error.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
efo_id	cadena de texto	opcional
efo_trait	cadena de texto	opcional
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_trait", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 100})

gwas_search_traits

Buscar GWAS Catálogo EFO características anotaciones por etiqueta subestring - el punto de entrada para resolver una enfermedad/notipo nombre a los ids ontología que gwas_associations_for_trait / gwas_search_studies tomar. Args: consulta (subestring insensible de la etiqueta de rasgo, por ejemplo. "coronary" coincide con el trastorno coronario MONDO_0005010, etc.; el catálogo mezcla EFO, MONDO, HP y OBA ids — don't asumir un prefijo EFO_); max_records (cap default 500). Vuelta {query, api_total, regresó, truncado, efo_traits}; cada fila {efo_id, efo_trait, uri} ordenados por etiqueta. Cuenta-verificado contra el catálogo's propio total cuando no capped.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_traits", {"query": "coronary", "max_records": 50})

gwas_search_studies

Buscar GWAS Catálogo estudios por anotación o publicación de rasgos. Args: efo_id (forma corta de la ontología, por ejemplo. MONDO_0005010, resolver por gwas_search_traits; los filtros se combinan Y — generalmente pasan uno); efo_trait (exacto de la etiqueta de rasgo alternativo); pubmed_id (PubMed ID of the study's publication, e.g. 38714703); max_records (cap default 500). Vuelta {filters, api_total, regresó, truncado, estudios}; cada fila de estudio {accession_id, disease_trait, efo_traits, bg_efo_traits, pubmed_id, initial_sample_size, replication_sample_size, discovery_ancestry, replication_ancestry, genotyping_technologies, plataformas, cohorte, full_summary_stats_available, imputed, gxe, gxg}. Cuenta-verificado contra el total del catálogo cuando no capped. Al menos se requiere un filtro (el catálogo no filtrado es ~90k estudios).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
efo_id	cadena de texto	opcional
efo_trait	cadena de texto	opcional
pubmed_id	cadena de texto	opcional
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_studies", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 50})

gwas_get_study

Traiga un estudio del catálogo GWAS por su adhesión al GCST. Args: accession_id (reunión de estudios, por ejemplo. GCST90841394; listado en cada fila de asociación como study_accession_id y en resultados de búsqueda de estudio). Retorno {found, accession_id, estudio} donde el estudio es la misma forma de fila que gwas_search_studies (null cuando se desconoce la adhesión).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession_id	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_study", {"accession_id": "GCST90841394"})

gwas_get_variant

Tráigase un registro de variantes del catálogo de GWAS (posición, genes mapeados, consecuencia) por rsID — más ligero que tirar de sus asociaciones. Args: rs_id (dbSNP rsID, por ejemplo. rs7412). Devoluciones {found, rs_id, variante}; la variante es {rs_id, fusionado, functional_class, most_severe_consequence, alelos (por ejemplo. "C/T (en adelante)"), mapped_genes, localizaciones:[{chromosome, position, region}], last_update_date} — posiciones GRCh38 — o null cuando el rsID no está en el catálogo. merged=1 significa que el rsID fue fusionado en otro registro de arriba.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
rs_id	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_variant", {"rs_id": "rs7412"})

eqtl_list_datasets

Lista eQTL Catálogo conjuntos de datos (un conjunto de datos = un estudio x tejido/celular tipo x método de cuantificación). Args: study_label (nombre de estudio exacto, por ejemplo. GTEx, Alasoo_2018, BLUEPRINT); tissue_label (exacto tejido/marca tipo celular, por ejemplo. hepática, macrófago, LCL — minúscula en el catálogo); quant_method (ge=gene expression, exon, tx, txrev, microarray, leafcutter, aptamer=plasma protein; para los eQTLs convencionales de nivel genético utilizan ge); max_records (cap default 1000; el catálogo completo sin filtrar es conjuntos de datos ~760). Devuelve {filters, devueltos, truncados, datasets} ordenados por número de dataset_id; cada {dataset_id (QTD...), study_id (QTS...), study_label, sample_group, tissue_id, tissue_label, condition_label, quant_method, sample_size}. El API no publica ningún recuento total; truncated=false demuestra que el listado está completo.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
study_label	cadena de texto	opcional
tissue_label	cadena de texto	opcional
quant_method	cadena de texto	opcional
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_list_datasets", {"study_label": "Alasoo_2018", "quant_method": "ge"})

eqtl_associations

Líneas de asociación Molecular-QTL de un conjunto de datos eQTL Catalogue, filtrados por gen, variante o región. Args: dataset_id (Acceso al QTD desde eqtl_list_datasets, por ejemplo. QTD000266); gene_id (inversionado ensembl gene ID, por ejemplo. ENSG00000130203 APOE; al menos uno de los gene_id/rsid/variant/pos es necesario); rsid (dbSNP rsID); variante (eQTL Catálogo de cadenas de cadenas chr19_44908822_C_T, cap. prefijo subrayado GRCh38); pos (cromosoma de ventana genómica:start-end GRCh38 no chr prefix, por ejemplo. 19:44900000-44920000); nlog10p_min (planta de significación: sólo filas con -log10(p) >= esto, aplicadas en aguas arriba); max_records (capítulo predeterminado 1000 = una página). Retorno {dataset_id, filtros, devueltos, truncados, asociaciones}; cada fila {molecular_trait_id, gene_id, variante, rsid, cromosoma, posición, ref, alt, tipo, beta, se, pvalue, nlog10p, maf, ac, an, r2, median_tpm}. Las filas cubren SOLAMENTE la ventana de cis el conjunto de datos probado (±1 Mb de cada gen); vacío significa "not probado / no presente". No se publica un recuento total: truncated=false demuestra el agotamiento, truncated=true significa que la gorra fue golpeada.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
dataset_id	cadena de texto	obligatorio
gene_id	cadena de texto	opcional
rsid	cadena de texto	opcional
variant	cadena de texto	opcional
pos	cadena de texto	opcional
nlog10p_min	número	opcional
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_associations", {"dataset_id": "QTD000266", "gene_id": "ENSG00000130203", "nlog10p_min": 2})

phewas_instances

Enumerar los portales PheWeb PheWAS públicos que este servidor puede consultar, con genoma de construcción y registro de capacidades. Devoluciones {instances:{key:{label, base_url, genome_build, capabilities, notes}}}. capacidades nombre los puntos finales cada instancia expone: variante (phewas_variant), gen (phewas_finngen_gene), fenotipos (phewas_list_phenotypes), autocompleto (phewas_search_phenotypes). NOTA de la división de la construcción: FinnGen R12 variante IDs son GRCh38; BioBank Japón (pheweb.jp) es GRCh37/hg19 — coordenadas de remontaje antes del cruce.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
—	objeto	No hay campos; pasar un objeto vacío.

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_instances", {})

phewas_variant

PheWAS para una variante: sus estadísticas de asociación contra cada fenotipo en un portal biobanco PheWeb, el primero más significativo. Args: instance (finngen FinnGen R12 GRCh38, or bbj BioBank Japan GRCh37; coords variantes DEBE estar en la instancia's construir); variante (crom-pos-ref-alt, :/_ separadores y prefijo de chr tolerado, por ejemplo. 19-44908822-C-T APOE rs7412 GRCh38/finngen o 1-55505647-G-T PCSK9 rs11591147 GRCh37/bbj); max_phenos (cap default 200; FinnGen regresa ~2470 filas; ordenados por p-valor ascendiendo antes de capping). Vuelta {instance, genome_build, variante, variant_meta, total, devuelto, truncado, fenotipos}; variant_meta {chrom, pos, ref, alt, rsids, nearest_genes, gnomad (FinnGen only)}. Cada fila de fenotipo {phenocode, phenostring, category, pval, mlogp, beta, sebeta, af intimidadmaf, maf_case, maf_control, n_cases, n_controls, n_samples} (campos inéditos nulos; Las filas BBJ tienen af, las filas FinnGen tienen maf triplets + mlogp). Las variantes desconocidas plantean un error no encontrado.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
instance	cadena de texto	obligatorio; enum: ["finngen", "bbj"]
variant	cadena de texto	obligatorio
max_phenos	entero	facultativa; predeterminado: 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_variant", {"instance": "finngen", "variant": "19-44908822-C-T", "max_phenos": 50})

phewas_finngen_gene

PheWAS de nivel genético de FinnGen R12: para cada endpoint de enfermedad, la variante mejor asociada en la región del gen, la primera más significativa. Args: gene_symbol (símbolo HGNC, por ejemplo. PCSK9, APOE; símbolos desconocidos plantean un error no encontrado); max_phenos (cap default 200; FinnGen tiene Puntos finales 2470, una fila cada uno; ordenados por p-valor ascendiendo antes de capping). Devoluciones {instance:"finngen", genome_build:"GRCh38", gene_symbol, total, devuelto, truncado, fenotipos}; cada fila es la forma de fila phewas_variant más variante:{chrom, pos, ref, alt, varid, rsids} — la variante superior para ese punto final en esta región de gene's (región != cuerpo gen; PheWeb pads gene boundaries). La mayoría de las filas son resultados nulos (pval1) — la variante de BEST per-endpoint sigue siendo reportada; Filtro por pval usted mismo para éxitos significativos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_symbol	cadena de texto	obligatorio
max_phenos	entero	facultativa; predeterminado: 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_finngen_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_phenos": 50})

phewas_list_phenotypes

Fenotipo completo (punto final de la enfermedad) de una instancia PheWeb, con casos/control cuenta. Args: instance (currently only finngen exposes this endpoint; BBJ no utiliza allí phewas_search_phenotypes; max_records (capítulo predeterminado 3000 > FinnGen's ~2470 endpoints, por lo que el valor predeterminado devuelve el catálogo completo). Devuelve {instance, total, returned, truncated, fenotypes} ordenados por fenocode; cada fila {phenocode (por ejemplo. "T2D"), phenostring, category, num_cases, num_controls, num_gw_significant (count of genome-wide-significant loci for that endpoint)}.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
instance	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "finngen"; enum: ["finngen"]
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 3000

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_list_phenotypes", {"instance": "finngen", "max_records": 3000})

phewas_search_phenotypes

Busque un ejemplo PheWeb's fenotipos (y entidades) por nombre, el punto de entrada para resolver un nombre de enfermedad a un fenocode. Args: consulta (query de fenotipo de texto libre, por ejemplo. "diabetes", "asthma"; coincide con los nombres/códigos de fenotipo; algunos casos también coinciden con los nombres de los genes y los rsID; instancia (finngen default or bbj - ambos exponen autocompleto); max_records (cap default 500; Las respuestas autocompletas son listas cortas, rara vez capped). Devuelve {instance, query, total, returned, truncated, match}; cada partido {display, fenocode, url}. Use el fenocode con filas phewas_list_phenotypes o el sitio web de instancia; Las cadenas de visualización BBJ incrustan el código entre paréntesis.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
instance	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "finngen"; enum: ["finngen", "bbj"]
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_search_phenotypes", {"query": "diabetes", "instance": "finngen"})

gwas_get_summary_statistics

Inspeccione el paquete completo GWAS Catalog summary-statistics para una adhesión GCST sin descargar los archivos de datos potencialmente enormes. Devoluciones encontradas=falsas cuando la adhesión no tiene directorio FTP; de lo contrario devuelve el directorio HTTPS FTP, los listados de archivos originales y armonizados, los registros parsed -meta.yaml, las asambleas genomas y las referencias de armonización declaradas por esos registros, y las actuales definiciones de columna estándar GWAS-SSF. Las definiciones de columna describen el estándar, no un encabezado observado de un archivo de datos comprimido. Utilice las URLs de archivo devueltos para descargar un conjunto de datos completo seleccionado. Args: accession_id (GCST Adhesión, por ejemplo. GCST90000123); metadata_file (optional exact YAML filename to limit metadata parsing and both reference summaries; el listado del archivo sigue completo). El directorio FTP se deriva del cubo de la adhesión de mil estudios; malformado YAML o un directorio existente inalcanzable sigue siendo un error de corriente.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession_id	cadena de texto	obligatorio
metadata_file	cadena de texto	facultativa; MinLength: 1

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_summary_statistics", {"accession_id": "GCST90000123"})

Expresión

Mostrar operaciones y parámetros

gtex_tissue_sites

Listar todos los sitios de tejidos con metadatos para una liberación GTEx enfilada (54 en gtex_v8): cuenta de muestras, cuenta de eGene/sGene, códigos de color y ids de ontología UBERON.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
dataset_id	cadena de texto	facultativa; por defecto: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_tissue_sites", {"dataset_id": "gtex_v8"})

gtex_dataset_info

Enumerar todos los datos de GTEx con metadatos: datasetId, GENCODE version, genome build, dbSNP build, and sample/subject/tissue counts.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
dataset_id	cadena de texto	opcional
organization_name	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("expression", "gtex_dataset_info", {})

gtex_sample_info

Metadatos de muestra y donantes para una versión GTEx enfilada, opcionalmente filtrada por tissue_site_detail_id, data_type (por ejemplo. RNASEQ, WGS), o subject_id. Pagina y cuenta-verificado; una llamada sin filtrar coincide con decenas de miles de muestras, así que filtrar o establecer max_samples.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
tissue_site_detail_id	cadena de texto	opcional
data_type	cadena de texto	opcional
subject_id	cadena de texto	opcional
max_samples	entero	opcional
dataset_id	cadena de texto	facultativa; por defecto: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_sample_info", {"tissue_site_detail_id": "Liver", "data_type": "RNASEQ", "max_samples": 100})

gtex_resolve_genes

Resolver símbolos de genes o ids de ensembl no versionados a ids GENCODE versionados para una liberación encendida, por ejemplo. GAPDH -> ENSG00000111640.14. Alimenta a los ids a la expresión / herramientas de eQTL.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
genes	matriz de cadenas	obligatorio
dataset_id	cadena de texto	facultativa; por defecto: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_resolve_genes", {"genes": ["GAPDH", "BRCA2"]})

gtex_median_expression

Expresión mediana del gen (TPM) para uno o más GENCODE VERSIONADOS ids a través de los tejidos (tejidos omitidos para todos). Pagina y cuenta-verificado sobre (geno, tejido) filas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gencode_ids	matriz de cadenas	obligatorio
tissue_site_detail_ids	matriz de cadenas	opcional
dataset_id	cadena de texto	facultativa; por defecto: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_median_expression", {"gencode_ids": ["ENSG00000111640.14"]})

gtex_expression_summary

Summarizar la expresión de un gen a través de TODOS los tejidos clasificados por TPM mediana descendente. Acepta un símbolo o Ensembl id y auto-resolves a un GENCODE versionado id primero.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene	cadena de texto	obligatorio
dataset_id	cadena de texto	facultativa; por defecto: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_expression_summary", {"gene": "GAPDH"})

gtex_gene_expression

Expresión a nivel de muestra (no agregado) arrays TPM para un id GENCODE VERSIONED, por tejido (tejidos omitidos para todos). Devuelve la matriz de TPM por muestreo completo y n_samples para cada tejido.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gencode_id	cadena de texto	obligatorio
tissue_site_detail_ids	matriz de cadenas	opcional
dataset_id	cadena de texto	facultativa; por defecto: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_gene_expression", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "tissue_site_detail_ids": ["Whole_Blood"]})

gtex_top_expressed_genes

Los genes de Top-n por mediana TPM en un tejido, utilizando la clasificación API-side. filter_mt_gene (default true) deja caer genes mitocondriales del ranking.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
tissue_site_detail_id	cadena de texto	obligatorio
n	entero	facultativa; predeterminado: 100
filter_mt_gene	booleano	facultativa; default: true
dataset_id	cadena de texto	facultativa; por defecto: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_top_expressed_genes", {"tissue_site_detail_id": "Whole_Blood", "n": 20})

gtex_eqtl_genes

Todos los eGenes (genes con ≥1 cis-eQTL significativo) para un tejido. Camina página por página y cuenta-verificado (por ejemplo. Pancreas gtex_v8 = 9,660). max_genes caps cuántas filas se devuelven.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
tissue_site_detail_id	cadena de texto	obligatorio
max_genes	entero	opcional
dataset_id	cadena de texto	facultativa; por defecto: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_eqtl_genes", {"tissue_site_detail_id": "Pancreas", "max_genes": 100})

gtex_single_tissue_eqtls

Asociaciones de cis-eQTL significativas para un gen y/o una variante (precomputada). Proporcionar gencode_id y/o variant_id; tissue_site_detail_id opcionalmente se estrecha. Paged and count-verified.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gencode_id	cadena de texto	opcional
variant_id	cadena de texto	opcional
tissue_site_detail_id	cadena de texto	opcional
max_results	entero	opcional
dataset_id	cadena de texto	facultativa; por defecto: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_single_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

gtex_multi_tissue_eqtls

Metaanálisis de cis-eQTL (METASOFT) para un id GENCODE VERSIONADO. variant_id opcionalmente se estrecha a una variante. Devuelve filas por-variantes con m-valores per-tissue, NES, p-valores, y SEs.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gencode_id	cadena de texto	obligatorio
variant_id	cadena de texto	opcional
dataset_id	cadena de texto	facultativa; por defecto: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_multi_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

gtex_calculate_eqtl

Calcular un eQTL en la mosca para cualquier par de genes variables en un tejido, incluyendo pares no significativos. Devuelve el valor p, NES, t-statistic, MAF y los arrays de genotipo/expresión por muestreo.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gencode_id	cadena de texto	obligatorio
variant_id	cadena de texto	obligatorio
tissue_site_detail_id	cadena de texto	obligatorio
dataset_id	cadena de texto	facultativa; por defecto: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_calculate_eqtl", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "variant_id": "chr12_6452899_G_A_b38", "tissue_site_detail_id": "Whole_Blood"})

bgee_species

Lista de especies disponibles en el atlas de expresión de tipo salvaje sano Bgee, o recuperar una especie por su id de taxonomía NCBI. El taxon_id devuelto identifica esa especie, incluso cuando su genoma de referencia pertenece a otra especie. Una solicitud de lista devuelve has_expression_data: null porque no carga metadatos de fuente de datos. Consultar un species_id específico para comprobar la disponibilidad; metadatos desaparecidos también sigue siendo null, no false.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
species_id	entero	facultativa; mínimo: 1; máximo: 2147483647

const result = await host.mcp("expression", "bgee_species", {})

bgee_expression_calls

Retrieve Bgee presentes/absent expresiones llamadas y puntajes de expresión normalizados para un gen en una especie, preservando la entidad anatómica y el contexto de tipo celular. Los resultados son llamadas de base de tipo salvaje saludable y se pueden cubrir con max_calls. Los tipos de células desaparecidas o no especificadas son devueltos como nulos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_id	cadena de texto	obligatorio
species_id	entero	obligatorio; mínimo: 1; máximo: 2147483647
max_calls	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 500
expression_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "EXPRESSED"; enum: ["EXPRESSED", "NOT_EXPRESSED"]

const result = await host.mcp("expression", "bgee_expression_calls", {"gene_id": "ENSG00000130208", "species_id": 9606, "max_calls": 50})

bgee_sparql_expression

Ejecute una consulta de Bgee SPARQL encuadernada para un gen, una especie NCBI y una entidad tisular/anatómica. Los tres filtros son necesarios; la consulta generada incluye un LIMIT duro y la llamada tiene su propio tiempo fuera.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 128
species_id	entero	obligatorio; mínimo: 1; máximo: 2147483647
tissue	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 128
limit	entero	facultativa; predeterminado: 25; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("expression", "bgee_sparql_expression", {"gene": "APOC1", "species_id": 9606, "tissue": "liver", "limit": 25})

bgee_download_links

Construir enlaces oficiales de descarga Bgee para una especie: llamadas presentes/absente resumidos o directorios de valor de expresión procesado. Esto solo devuelve URLs y nunca descarga los archivos grandes.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
species	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 128
file_kind	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "calls_simple"; enum: ["calls_simple", "calls_advanced", "processed_rna_seq", "processed_affymetrix", "processed_sc_full_length", "processed_sc_droplet_based"]
all_conditions	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("expression", "bgee_download_links", {"species": "Homo_sapiens", "file_kind": "calls_simple"})

Anotación de proteínas

Mostrar operaciones y parámetros

get_domain_architecture

Completa arquitectura de dominio InterPro para una o más proteínas UniProt (todas las entradas iguales, firmas miembro-DB, coordenadas de fragmentos), con paginación verificada contra el conteo API.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accessions	matriz de cadenas	obligatorio

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_domain_architecture", {"accessions": ["P04637"]})

search_interpro_entries

Búsqueda de palabras clave sobre las entradas InterPro o base de datos de miembros (Pfam, SMART, PROSITE, PANTHER, CDD), paseo completo del cursor verificado contra el conteo API.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	opcional
entry_type	cadena de texto	opcional
source_db	cadena de texto	facultativa; default: "interpro"
go_term	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_interpro_entries", {"query": "kinase", "source_db": "pfam"})

get_interpro_entry

Registro de detalle para una entrada InterPro (IPRxxxxxxxx) o familia Pfam (PFxxxxxxx) — ruta elegida por prefijo de adhesión.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_interpro_entry", {"accession": "IPR000719"})

search_pfam_clans

Búsqueda de palabras clave sobre los clanes de Pfam (InterPro sets, adhesiones CLxxxxx).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_pfam_clans", {"query": "kinase"})

get_pfam_clan

Pfam clan detalle incluyendo la lista completa de miembros-familia clasificada.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
clan_accession	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_clan", {"clan_accession": "CL0016"})

get_pfam_family_proteins

Proteínas miembros de una familia Pfam (conteo completo o cuenta solamente). Use count_only para familias muy grandes.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pfam_accession	cadena de texto	obligatorio
reviewed_only	booleano	facultativa; default: false
tax_id	entero	opcional
count_only	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteins", {"pfam_accession": "PF00069", "count_only": true})

get_pfam_family_proteomes

Proteomas que contienen miembros de una familia Pfam. count_only predetermina la verdad — la paginación del cursor de proteome aguas arriba es defectuosa para paseos profundos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pfam_accession	cadena de texto	obligatorio
count_only	booleano	facultativa; default: true

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteomes", {"pfam_accession": "PF00069"})

get_protein_atlas_gene

Human Protein Atlas per-gene record (release 25.x): tissue/subcellular/pathology/blood/brain expression and antibody info. Acepta un ID de gen Ensembl o un símbolo de gen.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene	cadena de texto	obligatorio
full	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_protein_atlas_gene", {"gene": "TP53"})

search_protein_atlas

Búsqueda masiva seleccionada por columna sobre el Atlas de Proteína Humana (search_download).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
columns	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "g,gs,eg,gd,up,chr,chrp,scl"

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_protein_atlas", {"query": "kinase"})

map_string_ids

Mapa de símbolos/alias a identificadores de proteínas de STRING (v12.0). Cada símbolo de entrada se mapea o se enumera en sin editar — los dos particiones de la entrada.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
symbols	matriz de cadenas	obligatorio
species	entero	facultativa; predeterminado: 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "map_string_ids", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"]})

get_string_network

Red de interacción de proteína-proteína para una lista de genes (v12.0) en un umbral de confianza. Mapas símbolos primero (no incluido reportado), luego recupera nodos, bordes, sumario y procedencia. Una única entrada mapeada solicita a los vecinos de interacción 10, que coinciden con la STRING; múltiples entradas mapeadas no se expanden.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
symbols	matriz de cadenas	obligatorio
species	entero	facultativa; predeterminado: 9606
required_score	entero	facultativa; predeterminado: 700

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_network", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"], "required_score": 700})

get_string_similarity_scores

Smith-Waterman protein similarity bitscores entre un conjunto de genes (STRING /homology). Pasaje: los pares ausentes de los datos de STRING' no están listados (absence significa no semejanza registrada, no cero).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
symbols	matriz de cadenas	obligatorio
species	entero	facultativa; predeterminado: 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_similarity_scores", {"symbols": ["TP53", "MDM2", "MDM4"]})

get_string_best_similarity_hits

La mejor homología golpeada por proteína de entrada en una especie objetivo (STRING /homology_best). target_species=null pide el mejor golpe en todas las especies.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
symbols	matriz de cadenas	obligatorio
species	entero	facultativa; predeterminado: 9606
target_species	entero	opcional

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_best_similarity_hits", {"symbols": ["TP53"], "target_species": 10090})

get_string_ppi_enrichment

Enriquecimiento de interacción proteína-proteína STRING para una lista de genes (v12.0). Prueba si las proteínas mapeadas tienen más interacciones de lo esperado de la distribución de fondo STRING, con un conjunto de antecedentes opcional de ID de proteína STRING.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
symbols	matriz de cadenas	obligatorio
species	entero	facultativa; predeterminado: 9606
required_score	entero	facultativa; predeterminado: 400
background_string_ids	matriz de cadenas	opcional

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_ppi_enrichment", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"], "required_score": 700})

Modelos de cáncer

Mostrar operaciones y parámetros

cbioportal_list_studies

List cBioPortal cancer studies, opcionalmente filtrado por una palabra clave de texto libre (nombre/descripción/tipo de cáncer) y/o un id de tipo de cáncer exacto; devuelve el estudio id, nombre, tipo de cáncer, genoma de referencia, citación y los recuentos de muestras de tipo per-data.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
keyword	cadena de texto	opcional
cancer_type_id	cadena de texto	opcional
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 500

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_list_studies", {"keyword": "glioma"})

cbioportal_get_study

Obtenga un estudio de cáncer de cBioPortal por id: metadatos, conteos de muestras de tipo data, verdaderos conteos de muestras/pacientes (de las colecciones de estudio, no del campo de visualización), y sus perfiles moleculares.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
study_id	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_study", {"study_id": "msk_impact_2017"})

cbioportal_mutations_in_gene

Todas las mutaciones de un gen (símbolo de la OVH) en un estudio cBioPortal, con agregados de recurrencia: mutaciones totales, conteo de muestreo mutado, distribuciones tipo mutación y cambio de proteínas, y los cambios de proteína más recurrentes.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_symbol	cadena de texto	obligatorio
study_id	cadena de texto	obligatorio
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutations_in_gene", {"gene_symbol": "IDH1", "study_id": "difg_msk_2023"})

cbioportal_mutation_frequency

Frecuencia de mutación de un gen a través de varios estudios cBioPortal (1-12): muestras mutadas únicas divididas por muestras perfiladas para ese gen en el perfil de mutación seleccionado y lista de muestras, contando con paneles genéticos específicos; ocupó el lugar más frecuente primero.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_symbol	cadena de texto	obligatorio
study_ids	matriz de cadenas	obligatorio; minItems: 1; maxItems: 12

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutation_frequency", {"gene_symbol": "KRAS", "study_ids": ["msk_impact_2017", "difg_msk_2023"]})

cbioportal_cna_in_gene

Discreta las alteraciones del número de copia de un gen en un estudio cBioPortal, filtrado por tipo de evento (deleción profunda / amplificación por defecto), con la distribución completa de alteración por muestreo.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_symbol	cadena de texto	obligatorio
study_id	cadena de texto	obligatorio
event_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "HOMDEL_AND_AMP"; enum: ["HOMDEL_AND_AMP", "HOMDEL", "AMP", "GAIN", "HETLOSS", "DIPLOID", "ALL"]
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_cna_in_gene", {"gene_symbol": "CDKN2A", "study_id": "msk_impact_2017"})

cbioportal_clinical_attributes

Atributos clínicos definidos en un estudio cBioPortal (campos de pacientes y niveles de muestra), destacando los puntos finales de supervivencia y si existen datos de supervivencia general.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
study_id	cadena de texto	obligatorio
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 200

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_clinical_attributes", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018"})

cbioportal_get_samples

Lista muestras cBioPortal en un estudio con muestras detalladas y identificadores de pacientes. Opcional sample_ids restringe las filas devueltas; max_records capta la respuesta preservando el verdadero recuento de estudio.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
study_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; patrón: "\S"
sample_ids	matriz de cadenas	facultativa; minItems: 1; maxItems: 1000
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 500; mínimo: 1; máximo: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_samples", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "max_records": 100})

cbioportal_get_patients

Listar pacientes cBioPortal en un estudio con identificadores detallados. Opcional patient_ids restringe las filas devueltas; max_records capta la respuesta preservando el verdadero recuento de estudio.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
study_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; patrón: "\S"
patient_ids	matriz de cadenas	facultativa; minItems: 1; maxItems: 1000
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 500; mínimo: 1; máximo: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_patients", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "max_records": 100})

cbioportal_get_clinical_data

Obtenga los valores de datos clínicos cBioPortal para el nivel de coincidencia patient_ids o sample_ids, opcionalmente restringido a attribute_ids. Los valores clínicos siguen siendo cadenas, incluyendo marcadores de valor perdido.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
study_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; patrón: "\S"
level	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "SAMPLE"; enum: ["SAMPLE", "PATIENT"]
attribute_ids	matriz de cadenas	facultativa; maxItems: 1000
sample_ids	matriz de cadenas	facultativa; minItems: 1; maxItems: 1000
patient_ids	matriz de cadenas	facultativa; minItems: 1; maxItems: 1000
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 1000; mínimo: 1; máximo: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_clinical_data", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "level": "PATIENT", "attribute_ids": ["AGE"], "patient_ids": ["TCGA-A1-A0SB"]})

cbioportal_get_molecular_data

Obtenga valores numéricos de ARN o expresión de proteínas de un perfil molecular de estudio explícito. Descubra los perfiles con cbioportal_get_study; elegir la medición/normalización deliberadamente. Suministro gene_symbol o entrez_gene_ids y exactamente uno de sample_ids o sample_list_id. Las filas perdidas no son cero expresión.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
study_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; patrón: "\S"
molecular_profile_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; patrón: "\S"
gene_symbol	cadena de texto	opcional
entrez_gene_ids	matriz de enteros	facultativa; maxItems: 1000
sample_ids	matriz de cadenas	facultativa; minItems: 1; maxItems: 1000
sample_list_id	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; patrón: "\S"
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 1000; mínimo: 1; máximo: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_molecular_data", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "molecular_profile_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018_rna_seq_v2_mrna", "gene_symbol": "ESR1", "sample_list_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018_all"})

depmap_search_models

Buscar modelos de cáncer DepMap/CCLE por subestring o ACH ModelID exacto y devolver la identidad seleccionada, linaje, enfermedad y metadatos RRID. Los nombres pueden coincidir con varios modelos: conservar sus modelos distintos. No hay descarga completa del catálogo del modelo.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 2; maxLength: 100; pattern: "\S"
limit	integer	optional; default: 10; minimum: 1; maximum: 20

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_search_models", {"query": "A549"})

depmap_gene_dependency

Obtenga un perfil de efectos genéticos de DepMap Chronos, opcionalmente restringido a ModelIDs. Devuelve los efectos más fuertes primero, ligados a 50 modelos. Las puntuaciones perdidas son desconocidas, no cero; los efectos genéticos negativos no son probabilidades de dependencia. Incluye la versión actual de conjunto de datos y anotaciones modelo; ninguna descarga de matriz completa.

Field	Type	Requirement and constraints
gene	string	required; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
model_ids	array	opcional; minItems: 1; maxItems: 20
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_gene_dependency", {"gene": "KRAS", "model_ids": ["ACH-000681"]})

depmap_drug_response

Obtenga el perfil AUC de la pantalla secundaria DepMap PRISM de un compuesto, opcionalmente restringido a ModelIDs. Acepta un ID de compuesto DPC exacto o nombre de compuesto completo (concordancia exacta insensible en caso, sin sustitución borrosa). Devuelve el AUC más bajo primero, ligado a 50 modelos. AUC no es IC50 o viabilidad; los valores perdidos permanecen nulos. Reporta la liberación del PRISM separada de los metadatos modelo.

Field	Type	Requirement and constraints
compound	string	required; minLength: 2; maxLength: 100; pattern: "\S"
model_ids	array	opcional; minItems: 1; maxItems: 20
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_drug_response", {"compound": "trametinib", "model_ids": ["ACH-000681"]})

depmap_gene_expression

Obtenga un símbolo de gen exacto perfil de expresión DepMap/CCLE RNA en log2(TPM+1), opcionalmente restringido a ModelIDs. Devuelve la máxima expresión primero, en la mayoría de 50 modelos, con metadatos de liberación y modelo. Esto no es datos brutos de TPM o z-score. Utilice depmap search models para resolver los nombres de las líneas celulares a ModelIDs; sin descarga de matriz completa.

Field	Type	Requirement and constraints
gene	string	required; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
model_ids	array	opcional; minItems: 1; maxItems: 20
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_gene_expression", {"gene": "KRAS", "model_ids": ["ACH-000681"]})

depmap_copy_number

Obtenga un símbolo de gen exacto en el perfil actual DepMap/CCLE WGS gen copy-number relativo al modelo ploidy, opcionalmente restringido a ModelIDs. Devuelve el número de copia relativa más alto primero, en la mayoría de 50 modelos, con metadatos de liberación y modelo. Los valores no son copias absolutas, valores de log2 o llamadas discretas de amplificación/deleción. Utilice depmap search models para resolver los nombres de las líneas celulares a ModelIDs.

Field	Type	Requirement and constraints
gene	string	required; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
model_ids	array	opcional; minItems: 1; maxItems: 20
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_copy_number", {"gene": "MYC", "model_ids": ["ACH-000681"]})

ARN

Mostrar operaciones y parámetros

get_family

Los metadatos de familia Rfam para una adhesión (RF00005) o id familiar (tRNA) - ambos resuelven. Grabación aplanada más el JSON completo en "raw".

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
family	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("rna", "get_family", {"family": "RF00005"})

get_seed_alignment

Alineación de semillas de una familia Rfam en Estocolmo (por defecto, con línea de estructura secundaria de consenso) o FASTA acoplado.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
family	cadena de texto	obligatorio
fmt	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "stockholm"; enum: ["stockholm", "fasta"]
max_bytes	entero	facultativa; predeterminado: 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_seed_alignment", {"family": "RF00162", "fmt": "stockholm"})

get_covariance_model

Modelo de covariancia infernal (archón MC) de una familia Rfam, utilizable directamente con cmsearch/cmscan, además de campos de cabecera pareados.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
family	cadena de texto	obligatorio
max_bytes	entero	facultativa; predeterminado: 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_covariance_model", {"family": "RF00162"})

get_tree

Árbol filogenético de una familia Rfam (NHX/Newick text).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
family	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("rna", "get_tree", {"family": "RF00162"})

get_sequence_regions

Todos los éxitos de registro completo de una familia Rfam a través de bases de datos de secuencias ( TSV arreglado). Chequee num_full vía get_family primero — rfam.org 403s esta ruta para familias muy grandes (por ejemplo. RF00005).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
family	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("rna", "get_sequence_regions", {"family": "RF00162"})

get_structure_mapping

Cartografías de la estructura del PDB de una familia Rfam, determinísticamente clasificadas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
family	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("rna", "get_structure_mapping", {"family": "RF00162"})

accession_to_id

Convertir una adhesión Rfam a su id familiar (por ejemplo, RF00005 -> "tRNA").

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("rna", "accession_to_id", {"accession": "RF00005"})

id_to_accession

Convertir una familia Rfam id en su adhesión (por ejemplo, "tRNA" -> RF00005).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
family_id	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("rna", "id_to_accession", {"family_id": "tRNA"})

search_sequence

Busque una secuencia de ARN a través del punto final oficial de lote Rfam. Mantener la identidad laboral devuelta mientras espera; una respuesta inacabada no es un resultado cero-hit. Inspeccione los fósforos completados e información de origen. Después de una respuesta fallida, diagnosticar o reanudar el trabajo existente en lugar de presentarlo repetidamente.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
sequence	cadena de texto	obligatorio
max_wait_s	número	facultativa; predeterminado: 300
poll_interval_s	número	facultativa; predeterminado: 5

const result = await host.mcp("rna", "search_sequence", {"sequence": "GGUUCCGGGAAGGCAGCAGGUGGAAACCUGCCA"})

get_rnacentral_record

Obtenga un registro de secuencias RNAcentral por adhesión URS usando API v1. Retiene secuencia, MD5, estado de actividad, organismos y metadatos tipo ARN.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
urs	string	necesarios

const result = await host.mcp("rna", "get_rnacentral_record", {"urs": "URS0000000001"})

get_rnacentral_xrefs

Map an RNAcentral URS accession to one page of expert-database identifiers. Retiene la base de datos fuente, taxonomía, versión de adhesión, actividad y fechas de primera/última vista; sin traversal de página automática.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
urs	string	necesarios
page	integer	optional; default: 1; minimum: 1; maximum: 100000
page_size	integer	optional; default: 10; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("rna", "get_rnacentral_xrefs", {"urs": "URS0000000001", "page": 1, "page_size": 10})

Archivos de Omics

Mostrar operaciones y parámetros

ena_query_runs

Descubra las carreras de secuenciación pública por NCBI tax_id (incluyendo taxa descendente), library_strategy y/o una palabra clave en los títulos de estudio, experimento o muestra y las descripciones de ejecución. Los filtros suministrados se combinan con AND; al menos uno es requerido. Taxonomía describe el organismo secuenciado, no el anfitrión de una muestra de microbioma. La palabra clave es una subestring literal, no la sintaxis de la consulta ENA; dobles citas, barras de respaldo, comodines y personajes de control son rechazados. Incluye registros de metagenome públicos. Devuelve metadatos atados solamente, no un cohorte completo cuando se truncaron. Filtros estrechos para recuperar un conjunto más pequeño; llamadas repetidas no son paginación. Para las adhesiones conocidas del INSDC usan ena_search_runs.

Proporcione al menos un filtro de búsqueda listado; consultar el esquema descargable para reglas de combinación completas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
tax_id	entero	facultativa; mínimo: 1; máximo: 2147483647
library_strategy	cadena de texto	facultativa; enum: ["AMPLICON", "ATAC-seq", "Bisulfite-Seq", "CLONE", "CLONEEND", "CTS", "ChIA-PET", "ChIP-Seq", "ChM-Seq", "DNase-Hypersensitivity", "EST", "FAIRE-seq", "FINISHING", "FL-cDNA", "GBS", "Hi-C", "MBD-Seq", "MNase-Seq", "MRE-Seq", "MeDIP-Seq", "NOMe-Seq", "OTHER", "POOLCLONE", "RAD-Seq", "RIP-Seq", "RNA-Seq", "Ribo-Seq", "SELEX", "Synthetic-Long-Read", "Targeted-Capture", "Tethered Chromatin Conformation Capture", "Tn-Seq", "VALIDATION", "WCS", "WGA", "WGS", "WXS", "miRNA-Seq", "ncRNA-Seq", "snRNA-seq", "ssRNA-seq"]
keyword	cadena de texto	facultativa; MinLength: 1; MaxLength: 200; patrón: "^(?=[\\s\\S]*\\S)[^\"\\\\*?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"
limit	entero	facultativa; por defecto: 100; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_query_runs", {"tax_id": 6239, "library_strategy": "RNA-Seq", "keyword": "transcriptome", "limit": 20})

ena_get_submitted_files

Lista de archivos originales enviados para una carrera ERR/SRR/DRR, incluyendo BAM, CRAM o FASTQ presentados cuando ENA los expone. Devuelve ubicaciones FTP, formatos presentados, tamaños de byte y sumas de comprobación MD5 como metadatos solamente. No descarga, convierte formatos, recupera genomas de referencia o verifica los chequesums. Estos son archivos enviados, no el FASTQ generado por archivos devuelto por ena_get_run_files y no una lista de contenedores SRA generados por archivos. Un CRAM puede requerir su referencia coincidente para el análisis.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
run_accession	cadena de texto	obligatorio; MinLength: 1; MaxLength: 64

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_get_submitted_files", {"run_accession": "ERR10015065"})

ena_search_runs

Encuentra carreras de secuenciación pública asociadas con un estudio, experimento, muestra o corre de ENA/INSDC. Acepta los identificadores de PRJ/ERP/SRP/DRP, ERX/SRX/DRX, SAM/ERS/SRS/DRS y ERR/SRR/DRR; GEO GSE/GSM, ArrayExpress E-MTAB y MGnify MGYS identifiers need their linked INSDC accession first. Búsqueda de acceso sólo, no búsqueda de palabras clave. Devuelve los metadatos de organismos y bibliotecas sin buscar archivos de datos. El resultado está recortado en las carreras 1000; un resultado truncado no es una cohorte completa, y las llamadas repetidas no son paginación porque ENA no proporciona compensación o continuación token. Use una muestra más estrecha o experimenta adhesión cuando se requiera cobertura completa.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 64
limit	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_search_runs", {"accession": "PRJNA123835", "limit": 100})

ena_get_run_files

Obtenga URL de descarga de FASTQ generadas por archivos, tamaños byte y sumas de comprobación MD5 de corriente para una carrera ERR/SRR/DRR. Devuelve un inventario de archivos solamente; no descarga o verificación de cheques. Retiene cada archivo en orden de informe, incluyendo archivos no pagados o de larga lectura; library_layout=PAIRED no implica exactamente dos archivos. file_index es sólo posicional y no es un identificador R1/R2 o mate. Algunas carreras (incluyendo algunas presentaciones de formato único/native) no tienen FASTQ generado por archivos. Los archivos BAM/CRAM/SRA presentados están fuera de esta herramienta.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
run_accession	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 64

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_get_run_files", {"run_accession": "SRR037073"})

arrayexpress_search_experiments

Buscar ArrayExpress funcional-genomics experiments (BioStudies) con total, totalRetrieval de Hists-verified; Filtros (queria, organismo, study_type, tecnología, rango de fecha de lanzamiento, facetas extra) se combinan con AND.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	opcional
organism	cadena de texto	opcional
study_type	cadena de texto	opcional
technology	cadena de texto	opcional
released_after	cadena de texto	opcional
released_before	cadena de texto	opcional
extra_facets	objeto	opcional
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_search_experiments", {"organism": "Homo sapiens", "study_type": "ChIP-seq", "max_records": 50})

arrayexpress_get_experiment

Trate de un experimento ArrayExpress (BioStudies) como un registro analista aplanado — tipo de estudio, organismos, conteos de ensayo/sample, diseños/factores, autores, publicaciones, protocolos, diseños de arrays y resumen de archivos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment", {"accession": "E-MTAB-5061"})

arrayexpress_get_experiment_files

Listar todos los archivos de un experimento ArrayExpress (nombre, tamaño, tipo, formato, descripción) con URLs de descarga, más el recuento de archivos /info endpoint llevado junto para la comparación.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_files", {"accession": "E-MTAB-5061"})

arrayexpress_get_experiment_samples

Obtenga filas de relación del primer archivo SDRF ordenados por ruta para un experimento de ArrayExpress, preservando cada relación muestra/ensayo/archivo en ese archivo (cabezadores MAGE-TAB entristecidos, repite #2/#3). Cuenta con identificadores de muestra/fuente distintos, no réplicas biológicas independientes, utilizando el Nombre de muestra en preferencia al Nombre de Fuente. Experimentos sin retorno de SDRF {"error":"no_sdrf"}.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio
max_rows_returned	entero	facultativa; predeterminado: 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_samples", {"accession": "E-MTAB-5061", "max_rows_returned": 200})

geo_search_series

Buscar NCBI GEO DataSets (db=gds) y registros de nivel de serie de retorno (docs esummarios entrimados). term es la sintaxis completa de E-utilities; añadir gse[ETYP] para restringir a la serie.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
term	cadena de texto	obligatorio
retmax	entero	facultativa; predeterminado: 500

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_search_series", {"term": "asthma AND gse[ETYP]", "retmax": 20})

geo_get_series

Obtenga metadatos estructurados para la serie GEO ( adhesiones de GSE) con muestras incluidas: título de serie/sumario/diseño, plataformas, muestras con características y información de biblioteca, y URLs de archivo complementario. Las tablas de datos nunca se descargan. Utilice geo_get_matrix_files junto a descubrir los archivos de cuenta de serie Matrix y RNA-seq generados por NCBI, luego geo_preflight_matrix para comprobar los datos descomprimidos contra estas muestras.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accessions	matriz de cadenas	obligatorio

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_get_series", {"accessions": ["GSE131907"]})

metabolights_list_studies

Listar todos los públicos MetaboLights estudio adhesión (numerically ordenados) con los API's propio cuenta reportado. No hay búsqueda del estudio lado del servidor — filtrar a los candidatos seleccionados por título/descriptor en su lugar.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
—	objeto	No hay campos; pasar un objeto vacío.

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_list_studies", {})

metabolights_get_studies

Obtenga metadatos estructurados para los estudios de MetaboLights (MTBLSxxxx) de la carga útil de ISA perseguida: título, estado, años, organismos, ensayos, factores, descriptores, conteo de muestras, protocolos; opcional mesa por muestreo con teclas de columna únicas que preservan el orden de columna ISA y las asociaciones. Las adhesiones no conocidas/privadas van en not_found.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accessions	matriz de cadenas	obligatorio
include_samples	booleano	facultativa; default: false
max_sample_rows_returned	entero	facultativa; predeterminado: 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_studies", {"accessions": ["MTBLS1"], "include_samples": false})

metabolights_get_study_files

Completo inventario de archivos para un estudio público de MetaboLights — la carpeta de estudio de nivel superior (ISA-Tab, MAF, entradas de carpetas) y, por defecto, la carpeta de datos FILES recursivo.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio
include_data_files	booleano	facultativa; default: true

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_study_files", {"accession": "MTBLS1"})

metabolights_search_data_files

Búsqueda de brillo sobre un estudio de MetaboLights's carpeta de datos brutos (Árbol FILES). pattern es un glob de nombre de archivo (por ejemplo. '.mzML', '.raw'); omitirlo para listar cada archivo de datos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio
pattern	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_search_data_files", {"accession": "MTBLS1", "pattern": "*.zip"})

mgnify_search_studies

Buscar MGnify metagenomics studies by free text OR biome lineage (provide justamente uno). Lista completa está paginado a la terminación y conteo-verificado contra el API.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	opcional
biome_lineage	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_search_studies", {"query": "coral"})

mgnify_get_studies

Obtenga registros estructurados para los estudios MGnify ( adhesiones de MGYS). Con include_analyses, cada estudio también lleva su lista completa de análisis más descomposición por tubería/por experiencia. Faltan adhesiones desconocidas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accessions	matriz de cadenas	obligatorio
include_analyses	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_studies", {"accessions": ["MGYS00000410"], "include_analyses": false})

mgnify_get_study_analyses

Lista TODOS los análisis de un estudio MGnify (paginación completa y verificada) — un registro por análisis de MGYA con la versión de oleoducto, tipo de experimento, estado, y accesiones de ejecución/asambly/sample.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_study_analyses", {"accession": "MGYS00000410"})

pride_get_project_files

Lista una página de archivos públicos de proyecto PRIDE para una adhesión PXD o PRD, incluyendo la categoría de archivo, tamaño byte, checksum y descargas de sitios (FTP, HTTP o Aspera). Metadatos solamente: no descarga archivos o verifica los chequesums. Las páginas están basadas en cero; Mantenga page_size sin cambios y siga next_page hasta que esté nulo. La orden es suministrada por PRIDE, no una instantánea. Una lista vacía no establece si existe o es público un proyecto.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
project_accession	cadena de texto	obligatorio; MaxLength: 32; patrón: "^(?:PXD|PRD)[0-9]{6,}$"
page	entero	facultativa; por defecto: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000
page_size	entero	facultativa; por defecto: 100; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_get_project_files", {"project_accession": "PXD000001", "page": 0, "page_size": 100})

pride_search_projects

Buscar proyectos de proteomics del archivo PRIDE (completo, retroceso verificado por api_total); filtros (palabra, organismo, instrumento, enfermedad, extra_filters) se combinan con AND. Clasificado por la adhesión ASC — un paseo atado es un prefijo estable.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
keyword	cadena de texto	opcional
organism	cadena de texto	opcional
instrument	cadena de texto	opcional
disease	cadena de texto	opcional
extra_filters	objeto	opcional
max_records_returned	entero	facultativa; predeterminado: 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_projects", {"keyword": "phosphoproteome", "organism": "Homo sapiens (human)", "max_records_returned": 50})

pride_get_projects

Obtenga metadatos completos para los proyectos de PRIDE mediante la adhesión (por ejemplo, PXD010154) — la misma forma de registro normalizada que pride_search_projects, por lo que los dos son directamente comparables. Las adhesiones desconocidas van en not_found.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accessions	matriz de cadenas	obligatorio

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_get_projects", {"accessions": ["PXD010154"]})

pride_search_project_proteins

Listar filas de evidencia de proteínas para un proyecto de afinidad-proteomics PRIDE (páginado al agotamiento). NOTA: sólo se sirven proyectos afinidad-proteomicos aquí; para proyectos clásicos MS (PXD) usan pride_find_projects_for_protein en su lugar.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
project_accession	cadena de texto	obligatorio
keyword	cadena de texto	opcional

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_project_proteins", {"project_accession": "PXD010154"})

pride_find_projects_for_protein

Buscar proyectos de PRIDE que contengan una proteína (dirección de arquivo MS). protein_accession es una adhesión UniProt (por ejemplo, P04637). Alimentar las adhesiones de los proyectos devueltos a pride_get_projects para metadatos completos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
protein_accession	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_find_projects_for_protein", {"protein_accession": "P04637"})

mgnify_get_analysis_files

Listar metadatos de resultados para un análisis MGnify utilizando API v2: tipo de archivo, categoría, tamaño byte cuando se reporta, y URL de descarga de corriente. No se descargan bytes de archivos. Los tamaños perdidos o las URL permanecen nulas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio; maxLength: 32; patrón: "^MGYA[0-9]{ 8,}$"

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_analysis_files", {"accession": "MGYA00639970"})

workbench_search_compounds

Busque compuestos Metabolomics Workbench por número de registro, fórmula, InChIKey, o una referencia cruzada PubChem, HMDB, KEGG, ChEBI, LIPID MAPS o MetaCyc. Devoluciones disponibles SMILES, identificadores de estructura, fórmula, masa exacta y referencias cruzadas. Los nombres compuestos no son una aportación compatible; resolver nombres con PubChem primero.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
field	cadena de texto	obligatorio; [Enum]"regno", "fórmula", "inchi_key", "lm_id", "pubchem_cid", "hmdb_id", "kegg_id", "chebi_id", "metacyc_id"]
query	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 200
limit	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_search_compounds", {"field": "pubchem_cid", "query": "5793"})

workbench_search_studies

Buscar resúmenes públicos de estudio Metabolomics Workbench por un subestring de título o instituto. Devuelve IDs de estudio y especies disponibles, conteos de muestras, tipos de análisis y metadatos de licencia. Use workbench_get_study para las muestras de un estudio seleccionado, factores experimentales, análisis o anotaciones metabolitas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
field	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "study_title"; enum: ["study_title", "institute"]
query	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 200
limit	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_search_studies", {"query": "Diabetes", "limit": 20})

workbench_get_study

Recuperar un estudio Metabolomics Workbench público (ST seguido de seis dígitos). Seleccione un resumen para el registro de estudio; factores para muestras, fuentes de muestra y variables experimentales; análisis de instrumentos y metadatos experimentales; metabolitos para anotaciones metabolitas medidas y referencias cruzadas. Preserva campos de arriba y texto factorial. No descarga archivos crudos o matrices de medición.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
study_id	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^ST[0-9]{ 6}$"
section	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "summary"; enum: ["summary", "factores", "analysis", "metabolites"]
limit	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_get_study", {"study_id": "ST000001", "section": "factors"})

geo_get_matrix_files

Descubra los archivos de matriz de serie y los números brutos RNA-seq generados por NCBI, FPKM/TPM y archivos de anotación de genes para un GSE de los avisos de NCBI en vivo. Devuelve URLs anunciadas, no descargadas matrices o contenidos de archivos verificados. Comience con geo_get_series para metadatos de muestra. Ofrezca la URL oficial para la descarga manual por el usuario, luego utilice geo_preflight_matrix en texto descomprimido localmente. No desvíes host.mcp con HTTP crudo. Los listados perdidos o fallidos no prueban la ausencia de datos; también inspeccionar los archivos complementarios de la serie.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^GSE[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_get_matrix_files", {"accession":"GSE164073"})

geo_preflight_matrix

Preflight descomprimido TSV o Serie Matrix texto (hasta 8 MiB) sin acceso a red o sistema de archivos. Muestras de suministro de geo_get_series (accessión, título, platform_id) para mapas de columnas por GSM, nunca por posición. Sólo el TSV simple admite el título exacto único que coincide; Las columnas en forma de GSM nunca vuelven a los títulos. Matriz serie requiere exactamente uno!Sample_geo_accession header que contiene las adhesiones GSM válidas que coinciden con el recuento y el orden de la columna de muestra, y nunca vuelve a coincidir con el título. Para archivos más grandes usen completo:falso y realizar validación completa en el entorno de análisis. Para las vistas sencillas del TSV, pase el encabezado de la mesa más las filas de vista previa completas. Para las previsiones de la serie Matrix, también preservar los metadatos anteriores, incluyendo !Sample_geo_accession y cualquier encabezado !Sample_platform_id, y !series_matrix_table_begin; no se somete sólo la mesa o fabricar !series_matrix_table_end. Establecer completo: confiar sólo cuando el texto contiene todo el archivo. Para el TSV simple, la integridad es declarada por el callador, no verificada de forma independiente. Una vista previa no puede establecer dimensiones totales. No maneja el mercado de Matrix escaso, archivos, campos HDF5 o TSV multilínea. Orden de columna Preserve sample_mapping al preparar la matriz de análisis.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
text	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 8388608
complete	booleano	facultativa; default: false
matrix_kind	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "unknown"; enum: ["series_matrix", "raw_counts", "normalized_counts", "unknown"]
samples	matriz de objetos	facultativa; maxItems: 10000

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_preflight_matrix", {"text":"GeneID\tGSM5000001\n1\t12\n","complete":false,"matrix_kind":"raw_counts","samples":[{"accession":"GSM5000001"}]})

CellGuide

Mostrar operaciones y parámetros

get_cell_type_info

CellGuide (CELLxGENE) información de tipo celular por Cell Ontology id o nombre: nombre, sinónimos, descripción de ontología y descripción curada/GPT.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
cell_type	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_type_info", {"cell_type": "acinar cell"})

search_cell_types

Buscar CellGuide tipos de celdas por texto libre sobre nombre y sinónimos (el CDN no tiene punto final de búsqueda, por lo que celltype_metadata.json es filtrado lado cliente).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
limit	entero	facultativa; predeterminado: 25

const result = await host.mcp("cellguide", "search_cell_types", {"query": "T cell", "limit": 25})

get_marker_genes

Los genes de marcadores CellGuide para un tipo de célula (id o nombre): computacional (data-derived, marcado) o canónico (literatura-curada).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
cell_type	cadena de texto	obligatorio
marker_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "computational"; enum: ["computational", "canonical"]
limit	entero	facultativa; predeterminado: 25

const result = await host.mcp("cellguide", "get_marker_genes", {"cell_type": "CL:0000084", "marker_type": "computational", "limit": 25})

get_source_data

CellGuide datasets de origen y publicaciones que contribuyen a un tipo de célula (id o nombre): nombre de colección/url, publicación, y los tejidos/diseas/organismos cada cubierta.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
cell_type	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("cellguide", "get_source_data", {"cell_type": "CL:0000622"})

get_cell_tissues

Tejidos anatómicos donde se observa un tipo de célula (id o nombre) agregado (deduplicado) a través de las colecciones de fuentes de CellGuide.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
cell_type	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_tissues", {"cell_type": "T cell"})

Reglamento

Mostrar operaciones y parámetros

encode_search_experiments

Búsqueda ENCODE experimentos funcional-genomics (ChIP-seq, ATAC-seq, ...). Filtros: assay_title (por ejemplo. "TF ChIP-seq"), objetivo (etiqueta de proteínas, por ejemplo. "CTCF"), organismo (nombre científico), estado (predeterminado "released"), date_released_before ( fecha de ISO — una ventana cerrada), más filtros de campo de portal arbitrarios a través de extra_filters. El conjunto de resultados completos se llama y cuenta-verificado; accessions lista cada partido, en la mayoría de los resúmenes de fila max_rows son devueltos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
assay_title	cadena de texto	opcional
target	cadena de texto	opcional
organism	cadena de texto	opcional
status	cadena de texto	facultativa; default: "released"
date_released_before	cadena de texto	opcional
extra_filters	objeto	opcional
max_rows	entero	facultativa; predeterminado: 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_experiments", {"target": "CTCF", "assay_title": "TF ChIP-seq", "max_rows": 50})

encode_search_biosamples

Buscar biosamplos ENCODE (líneas de células, tejidos, células primarias). Filtros: term_name ( termino de ontología, por ejemplo. "K562"), clasificación ("cell line", "tissue", ...), organismo (nombre científico), estado (predeterminado "released"), date_created_before (fecha de ISO), más filtros de campo portal arbitrarios a través de extra_filters. Completo, contado-verificado: accessions es la lista completa del partido, en la mayoría de los resúmenes de fila max_rows son devueltos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
term_name	cadena de texto	opcional
classification	cadena de texto	opcional
organism	cadena de texto	opcional
status	cadena de texto	facultativa; default: "released"
date_created_before	cadena de texto	opcional
extra_filters	objeto	opcional
max_rows	entero	facultativa; predeterminado: 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_biosamples", {"term_name": "K562", "classification": "cell line", "max_rows": 25})

encode_list_files

Listar archivos de datos ENCODE por formato / ensayo / biosample. Filtros: file_format ("fastq", "bam", "bigWig", "bed", ...), assay_term_name (el término ontológico, por ejemplo. "ChIP-seq" — NO la pantalla assay_title como "TF ChIP-seq", que no coincide con nada; pase títulos a través de extra_filters={"assay_title": ...}), biosample_term_name (por ejemplo. "K562"), status (default "released"), date_created_before, más filtros de campo de portal arbitrarios a través de extra_filters. Las consultas de archivos coinciden con millones de filas sin filtrar — siempre combinan varios filtros. Completa + cont-verificado; en la mayoría de los resúmenes de fila max_rows devueltos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
file_format	cadena de texto	opcional
assay_term_name	cadena de texto	opcional
biosample_term_name	cadena de texto	opcional
status	cadena de texto	facultativa; default: "released"
date_created_before	cadena de texto	opcional
extra_filters	objeto	opcional
max_rows	entero	facultativa; predeterminado: 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_list_files", {"file_format": "bed", "assay_term_name": "ChIP-seq", "biosample_term_name": "K562", "extra_filters": {"output_type": "peaks", "assembly": "GRCh38"}, "max_rows": 50})

encode_get_experiment

Obtenga un experimento ENCODE mediante la adhesión (por ejemplo, "ENCSR000AKP"). Devuelve un registro de campo estable: ensayo, objetivo, biosample ontology + resumen, descripción, laboratorio, proyecto de premio, fechas de lanzamiento/submisión, asambleas, repeticiones, tipo de reproducción, dbxrefs, DOI y uuid. Se excluyen los campos de portales volátiles (auditos, análisis, estado interno).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_experiment", {"accession": "ENCSR000AKP"})

encode_get_file

Obtenga un archivo ENCODE por adhesión (por ejemplo, "ENCFF002JUR"). Devuelve un registro de campo estable: formato, tipo de salida/categoría, ensayo, montaje, conjunto de datos de padres, réplicas biológicas, tamaño de archivo, md5sums, tipo de ejecución, longitud de lectura, laboratorio, fecha de creación, descarga href y uuid.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_file", {"accession": "ENCFF002JUR"})

encode_get_biosample

Obtenga un biosamplo ENCODE por adhesión (por ejemplo, "ENCBS013JZP"). Devuelve un registro de campo estable: término ontología + clasificación, organismo, resumen/descripción, fuente, donante, tratamientos, modificaciones genéticas, etapa de vida, edad, sexo, laboratorio, fecha de creación, estado y uuid.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_biosample", {"accession": "ENCBS013JZP"})

jaspar_get_matrix

Obtenga un perfil de unión JASPAR TF por matriz VERSIONED id (por ejemplo. "MA0002.2"). Devuelve el registro completo: matriz de frecuencia de posición (pfm), nombre TF/clase/familia, especie, tipo de datos, referencias de literatura (pubmed/medline), secuencia URL del logotipo. Requiere un id versionado ("MA0002.2", no "MA0002") — use jaspar_matrix_versions para enumerar versiones. Las matrices modificadas son inmutables, por lo que los resultados son reproducibles.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
matrix_id	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_get_matrix", {"matrix_id": "MA0002.2"})

jaspar_matrix_versions

Listar todas las versiones de una matriz base JASPAR id (por ejemplo. "MA0002"). Devuelve todas las versiones publicadas con su matrix_id, nombre, colección y URL — cuenta-verificado. Usar para fijar una versión exacta antes de jaspar_get_matrix, o para rastrear cómo un perfil cambió a través de versiones. Se acepta y reduce a su base un id ("MA0002.2").

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
base_id	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_matrix_versions", {"base_id": "MA0002"})

jaspar_list_matrices

Búsqueda/lista JASPAR Perfiles de unión TF (el catálogo completo de perfil). Filtros (todos opcionales): colección ("CORE", "UNVALIDATED"), tax_group ("vertebrados", "plants", ...), tax_id (impuestonomía id, por ejemplo. 9606 para el ser humano: así es como se filtra por las especies; enumerar ids con jaspar_list_species), nombre (exacto nombre TF, por ejemplo. "FOXA1"), búsqueda (texto libre), versión="latest" (restricto a las últimas versiones solamente). El catálogo completo filtrado es paginado y contador; en la mayoría de las filas sumarias max_rows se devuelven.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
collection	cadena de texto	opcional
tax_group	cadena de texto	opcional
tax_id	entero	opcional
name	cadena de texto	opcional
search	cadena de texto	opcional
version	cadena de texto	opcional
max_rows	entero	facultativa; predeterminado: 1000

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_matrices", {"tax_id": 9606, "collection": "CORE", "version": "latest", "max_rows": 200})

jaspar_list_species

Listar todas las especies con perfiles JASPAR (NCBI tax_id + nombre); cuenta-verificado lista completa. Utilice los valores de tax_id para filtrar jaspar_list_matrices (por ejemplo. 9606 = Homo sapiens, 10090 = Mus musculus).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
—	objeto	No hay campos; pasar un objeto vacío.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_species", {})

jaspar_list_taxa

Listar todos los grupos taxonómicos JASPAR (vertebrados, plantas, hongos, insectos, ...); cuenta-verificado lista completa. Utilice los nombres de los grupos como el filtro tax_group de jaspar_list_matrices.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
—	objeto	No hay campos; pasar un objeto vacío.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_taxa", {})

jaspar_list_collections

Listar todas las colecciones JASPAR (CORE, UNVALIDATED, ...); cuenta-verificado lista completa. Utilice los nombres de la colección como el filtro de la colección de jaspar_list_matrices (CORE = perfiles curados, no redundantes).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
—	objeto	No hay campos; pasar un objeto vacío.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_collections", {})

jaspar_list_releases

List all JASPAR database releases (year, release number, active flag); cuenta-verificado lista completa. Grabar la versión activa al seleccionar motivos para la reproducibilidad, o comprobar la historia de la liberación antes de comparar los resultados en las versiones JASPAR.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
—	objeto	No hay campos; pasar un objeto vacío.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_releases", {})

unibind_search_tfbs

Buscar conjuntos de datos UniBind ChIP-seq con predicciones de TFBS de alta confianza (unibind.uio.no, 2021 versión; interacciones TF-DNA directas de conjuntos de datos ~10k a través de especies 9). Cada conjunto de datos es uno (experimento, tipo celular, TF) triple. Filtros (todos opcionales, y combinados, exactos a menos que se note): tf_name (símbolo de género, por ejemplo. "CTCF"), cell_line (verbose UniBind title - preferir search para fuzzy matching), especie (nombre científico), colección ("Robust" = mejor modelo / alta confianza, o "Permisive"), jaspar_id (versión, por ejemplo. "MA0139.1"), búsqueda (texto libre). total es la cuenta exacta API's; en la mayoría de las filas max_rows se devuelven (un prefijo estable).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
tf_name	cadena de texto	opcional
cell_line	cadena de texto	opcional
species	cadena de texto	opcional
collection	cadena de texto	facultativa; enum: ["Robust", "Permisive"]
jaspar_id	cadena de texto	opcional
search	cadena de texto	opcional
max_rows	entero	facultativa; predeterminado: 200

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_search_tfbs", {"tf_name": "CTCF", "collection": "Robust", "max_rows": 50})

unibind_get_dataset

Obtenga un conjunto de datos UniBind's detalle: TFBS cuenta por modelo + URLs de archivo. tf_id es la clave de conjunto de datos "<identifier>.<cell_line>.<TF>" como devuelto por unibind_search_tfbs (por ejemplo, "ENCSR000AUE.A549_lung_carcinoma.CTCF"). Devuelve el nombre TF, identificadores de origen (ENCODE/GEO/GTRD), líneas celulares, condiciones biológicas, ids de matriz JASPAR, cuenta de pico ChIP-seq, y una fila por modelo de predicción TFBS (DAMO/PWM/...) con total_tfbs, puntuación/desviamiento umbrales, valor de p ajustado CentriMo y URL de descarga directa BED/FASTA — use esas URLs (no un MCP llamada) para recuperar la lista completa del sitio.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
tf_id	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_get_dataset", {"tf_id": "ENCSR000AUE.A549_lung_carcinoma.CTCF"})

unibind_tfbs_in_region

Los sitios de unión TF superponen una región genómica (UniBind 2021 mapas), servidos a través del hub UCSCApi contra los centros de pista pública registrados de UniBind's (UniBind's propio REST API no tiene punto final de la región). Las coordenadas son media-abierto basado en 0. genoma: UCSC assembly — Robust hub: hg38, mm10, ce11, dm6, danRer11, sacCer3, rn6, araTha1; El permisivo añade la cuchara (no hg19 — ascensor primero). cromo: con "chr" prefijo. start/end: intervalo, end-start <= 1,000,000 bp. HONEST-CAP: en la mayoría de los productos 20,000 se escanean por llamada; region_scan_complete=falso significa que la región tiene más sitios que escaneados (cerrar la ventana) y, con el set tf_name, los partidos pueden estar desaparecidos. n_matching cuenta los sitios escaneados que pasan el filtro; devuelto / truncado describir la tapa max_sites.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
genome	cadena de texto	obligatorio
chrom	cadena de texto	obligatorio
start	entero	obligatorio
end	entero	obligatorio
tf_name	cadena de texto	opcional
collection	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "Robust"; enum: ["Robust", "Permisive"]
max_sites	entero	facultativa; predeterminado: 2000

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_tfbs_in_region", {"genome": "hg38", "chrom": "chr1", "start": 1000000, "end": 1010000, "collection": "Robust"})

Recursos de investigación

Mostrar operaciones y parámetros

search_grants

Search Grants.gov oportunidades de financiación a través de la búsqueda2 API (completo, retrieval de cuenta-verificado). Se requiere por lo menos un criterio (palabra clave, opportunity_number, aln/CFDA, agencias, eligibilities, funding_categories, o funding_instruments). opportunity_statuses predeterminado a ["forecasted","posted"] (accesos actuales); añadir "closed"/"archived" para los históricos. agencias toma códigos como ["HHS-NIH11"] (NIH), ["HHS-FDA"], ["NSF"]. Establecer count_only para el conteo de éxito + facetas; max_records caps devuelto los registros (la caminata todavía recupera el conjunto completo y las banderas truncadas).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
keyword	cadena de texto	opcional
opportunity_number	cadena de texto	opcional
aln	cadena de texto	opcional
agencies	matriz de cadenas	opcional
opportunity_statuses	matriz de cadenas	opcional
eligibilities	matriz de cadenas	opcional
funding_categories	matriz de cadenas	opcional
funding_instruments	matriz de cadenas	opcional
count_only	booleano	facultativa; default: false
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 100
include_facets	booleano	facultativa; default: true

const result = await host.mcp("research-resources", "search_grants", {"keyword": "cancer", "agencies": ["HHS-NIH11"], "max_records": 25})

search_antibodies

Búsqueda de texto completo del Registro Anticuerpo (antibodyregistry.org, ~3.2M records). Token-based matching against antibody name/target/catalog text ("TP53" "p53" son diferentes consultas). Con la página omitida, todas las páginas se caminan hasta max_records o la tapa de profundidad anónima (más allá de la compensación 500 necesitan autenticación aguas arriba, insignia como anonymous_limit_hit — nunca se cayó silenciosamente). Pase una página basada en 1 para una recuperación de una página (página*page_size debe permanecer <= 500).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio
page	entero	opcional
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 100
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 500

const result = await host.mcp("research-resources", "search_antibodies", {"query": "CD4", "max_records": 100})

get_antibody

Obtenga registros de detalles del Registro Anticuerpo(s) para una adhesión al Anticuerpo / RRID. Acepta un número de llanura (" 3643095"), "AB_3643095", o "RRID:AB_3643095". La ruta ascendente es valorada por listas (una adhesión puede mapear varios registros curados, por ejemplo. duplicados multi-vendor). Un id inexistente produce record_count 0, no un error.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
antibody_id	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody", {"antibody_id": "RRID:AB_3643095"})

find_antibodies_by_catalog

Encontrar anticuerpos por número de catálogo de proveedores (exacto, caso-insensible). Se implementó como una búsqueda de texto completo más el lado del cliente exactamente igualando en el número de catálogo (o sus alternativas enumeradas), porque la ruta de la columna-filtro río arriba devuelve HTTP 500 para cada clave. Pase un nombre de vendedor opcional (exacto, insensible en caso) para reducir aún más los partidos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
catalog_number	cadena de texto	obligatorio
vendor	cadena de texto	opcional
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 100

const result = await host.mcp("research-resources", "find_antibodies_by_catalog", {"catalog_number": "ab32572"})

get_antibody_registry_stats

Estadísticas del Registro del Anticuerpo: cuenta total de anticuerpos y fecha de última actualización. Devuelve la carga útil de arriba /api/datainfo.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
—	objeto	No hay campos; pasar un objeto vacío.

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody_registry_stats", {})

BioMart

Mostrar operaciones y parámetros

list_marts

Lista disponible Ensembl BioMart marts (databases). BioMart organiza datos como MART -> DATASET -> ATTRIBUTES/FILTERS; un nombre de marta alimenta list_datasets.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
—	objeto	No hay campos; pasar un objeto vacío.

const result = await host.mcp("biomart", "list_marts", {})

list_datasets

Lista los conjuntos de datos disponibles en una marta determinada (por ejemplo. hsapiens_gene_ensembl para genes humanos). Un nombre de conjunto de datos alimenta las herramientas de atributo/filtro/query.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
mart	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("biomart", "list_datasets", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL"})

list_common_attributes

Lista los atributos comúnmente utilizados para un conjunto de datos (un subconjunto de alta señal curado). Utilice esto antes de list_all_attributes para seleccionar atributos para get_data. mart es aceptado para la paridad de firma pero ignorado; las llaves de la consulta de dataset.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
mart	cadena de texto	obligatorio
dataset	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("biomart", "list_common_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

list_all_attributes

Lista todos los atributos disponibles para un conjunto de datos, menos homologs y sondas de microarray (que son voluminosas y raramente necesarias). Puede ser grande; Prefiera list_common_attributes primero. mart es aceptado para la paridad de firma pero ignorado; las llaves de la consulta de dataset.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
mart	cadena de texto	obligatorio
dataset	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("biomart", "list_all_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

list_filters

Lista los filtros disponibles para un conjunto de datos. Los filtros estrechan una consulta get_data (por ejemplo. chromosome_name, biotipo) y se transmiten a get_data como un dict de filtros. mart es aceptado para la paridad de firma pero ignorado; las llaves de la consulta de dataset.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
mart	cadena de texto	obligatorio
dataset	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("biomart", "list_filters", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

get_data

Ejecutar una consulta BioMart: recuperar los atributos solicitados para un conjunto de datos, opcionalmente reducido por filtros. Esta es la principal herramienta de recuperación de datos. mart es aceptado para la paridad de firma pero ignorado; las llaves de la consulta de dataset.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
mart	cadena de texto	obligatorio
dataset	cadena de texto	obligatorio
attributes	matriz de cadenas	obligatorio
filters	objeto	opcional

const result = await host.mcp("biomart", "get_data", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "attributes": ["ensembl_gene_id", "external_gene_name", "chromosome_name"], "filters": {"chromosome_name": "Y", "biotype": "protein_coding"}})

get_translation

Traducir un identificador único de un tipo de atributo a otro (por ejemplo,. un símbolo HGNC a un ID gen Ensembl) dentro de un conjunto de datos. mart es aceptado para la paridad de firma pero ignorado; las llaves de la consulta de dataset.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
mart	cadena de texto	obligatorio
dataset	cadena de texto	obligatorio
from_attr	cadena de texto	obligatorio
to_attr	cadena de texto	obligatorio
target	cadena de texto	obligatorio

const result = await host.mcp("biomart", "get_translation", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "target": "TP53"})

batch_translate

Traducir muchos identificadores de un tipo de atributo a otro en una sola consulta — más eficiente que las llamadas repetidas get_translation. mart es aceptado para la paridad de firma pero ignorado; las llaves de la consulta de dataset.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
mart	cadena de texto	obligatorio
dataset	cadena de texto	obligatorio
from_attr	cadena de texto	obligatorio
to_attr	cadena de texto	obligatorio
targets	matriz de cadenas	obligatorio

const result = await host.mcp("biomart", "batch_translate", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "targets": ["TP53", "BRCA1", "BRCA2"]})

ZINC

Mostrar operaciones y parámetros

zinc_search_by_id

Busque compuestos de compra en ZINC22/ZINC20 por identificador ZINC — respuestas "qué es este compuesto y quién lo vende". Batched: pasar a los ids 100 en una llamada en lugar de muchas llamadas de un solo id. Async upstream (submit + poll); puede tomar hasta timeout_s segundos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
zinc_ids	['string', 'array']	obligatorio
max_results	entero	facultativa; predeterminado: 50
timeout_s	número	facultativa; predeterminado: 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_id", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

zinc_search_by_smiles

Buscar ZINC22's espacio químico depurable por estructura — respuestas " lo que los compuestos de compra parecen este SMILES". Esta es la herramienta de captura exacta y la herramienta de descubrimiento analógico (similaridad): CartBlanche22 expone un punto final de búsqueda de estructura cuyo parámetro dist abarca exactamente a través de diversos, por lo que no hay deliberadamente ninguna herramienta de búsqueda de similitud separada. La consulta ZINC más lenta — aumentar dist gradualmente en lugar de comenzar suelto.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
smiles	cadena de texto	obligatorio
dist	entero	facultativa; predeterminado: 0
adist	entero	opcional
max_results	entero	facultativa; predeterminado: 50
timeout_s	número	facultativa; predeterminado: 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_smiles", {"smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O", "dist": 2})

zinc_search_by_supplier

Resolver números de catálogo de proveedores a compuestos ZINC — respuestas "que sustancia ZINC es este código de proveedor, y lo que's su estructura". Batched: hasta códigos de proveedor 100 por llamada. Async upstream (submit + poll).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
supplier_codes	['string', 'array']	obligatorio
max_results	entero	facultativa; predeterminado: 50
timeout_s	número	facultativa; predeterminado: 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_supplier", {"supplier_codes": ["MCULE-2311834287"]})

zinc_random_sample

Dibujar una muestra aleatoria de compuestos purificables de ZINC22 — para la construcción de cubiertas de detección, bases de datos de propiedades o conjuntos de decoy. count doble como esta herramienta's max_results; El re-calado dibuja una muestra fresca. Async upstream (submit + poll).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
count	entero	facultativa; predeterminado: 50
subset	cadena de texto	opcional
timeout_s	número	facultativa; predeterminado: 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_random_sample", {"count": 25, "subset": "lead-like"})

zinc_get_3d

Localice estructuras 3D listas para compuestos ZINC. ZINC22 naves conformadores 3D pregenerados (DOCK .db2.gz, .mol2.gz, .sdf.gz) en su repositorio de archivos, organizado por tranche — esta herramienta resuelve cada id a su tranche y devuelve las ubicaciones de repositorio para descargar para prep de acoplamiento (DOCK6, AutoDock Vina, etc.). Max 50 ids por llamada (3D retrieval es un trabajo por compuesto). Async upstream (submit + poll).

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
zinc_ids	['string', 'array']	obligatorio
timeout_s	número	facultativa; predeterminado: 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_get_3d", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

Registros de respuesta por ejemplo

El ejemplo de los registros de respuesta incluye entradas exactas, extractos de respuesta capped y resultados de per-operación. Distinguir un registro devuelto, un partido vacío y una solicitud fallida. Los resultados pueden ser metadatos, esquemas o identificadores; verifique los campos fuente y las banderas de integridad antes de utilizarlos en su investigación.

GDC

Mostrar operaciones y parámetros

gdc_list_projects

List GDC cancer projects and their case/file summaries. Los filtros son explícitos y atados; esto es el descubrimiento de metadatos, no una operación de descarga de datos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
project_ids	cadena / array	opcional
disease_type	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 200
primary_site	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 200
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 10000
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_list_projects", {"project_ids": "TCGA-BRCA", "page_size": 5})

gdc_list_cases

Lista de casos de GDC (donantes del muestreo) con metadatos de proyectos, enfermedades y bioespeciemen (samples y aliquots). Los resultados identifican casos y no exponen o descargan datos controlados.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
project_ids	cadena / array	opcional
submitter_ids	cadena / array	opcional
case_ids	cadena / array	opcional
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 10000
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_list_cases", {"project_ids": ["TCGA-BRCA"], "page_size": 5})

gdc_search_files

Busque el inventario de archivos GDC por proyecto, caso UUID, tipo de muestra y tipo de flujo de trabajo de análisis (OR dentro de cada filtro, Y a través de filtros), y etiqueta explícitamente cada archivo como acceso abierto o controlado. El descubrimiento de metadatos no otorga acceso a la descarga; los archivos controlados requieren una autorización GDC adecuada.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
project_ids	cadena / array	opcional
case_ids	string / array	opcional
sample_types	string / array	opcional
workflow_types	string / array	opcional
access	string	optional; default: "all"; enum: ["all", "open", "controlled"]
data_category	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 200
data_type	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 200
data_format	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 50
file_name	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 500
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 10000
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_search_files", {"project_ids": ["TCGA-BRCA"], "sample_types": "Primary Tumor", "workflow_types": "STAR - Counts", "access": "open", "page_size": 10})

gdc_get_file

Recuperar metadatos para un archivo GDC UUID, incluyendo su clasificación de acceso abierto/controlado. Esto no realiza ninguna descarga de archivos y no afirma que un archivo listado es descargable para el usuario actual.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
file_id	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [1-5[ ]0-9a-fA-F]{ 3}-[89abAB][0-9a-fA-F]{ 3}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_get_file", {"file_id": "cb92f61d-041c-4424-a3e9-891b7545f351"})

gdc_get_manifest

Crear un manifiesto de la herramienta de transferencia de datos GDC para un archivo 100 UUIDs. El manifiesto devuelto es sólo un inventario; no descarga archivos o desvíe la autorización de acceso controlado.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
file_ids	matriz de cadenas	obligatorio; minItems: 1; maxItems: 100; únicos: verdadero

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_get_manifest", {"file_ids": ["cb92f61d-041c-4424-a3e9-891b7545f351"]})

Zenodo

Mostrar operaciones y parámetros

search_records

Búsqueda pública de Zenodo registros (datasets, software y publicaciones) usando la sintaxis de la búsqueda de Zenodo, por ejemplo. título: "clima" o doi:"10.5281/zenodo.8435696". Pinta una página, hasta los registros 25, sin autenticación. Por defecto sólo la versión más reciente está lista; all_versions incluye versiones anteriores. Para la siguiente página, mantenga la consulta, page_size, ordenar y all_versions sin cambios. La ventana de búsqueda se limita a los resultados de 10,000: (página - 1) * page_size debe ser inferior a 10,000; la página final puede ser parcial. Si pagination_limited es cierto, estrecha la consulta. Los metadatos públicos no implican acceso a archivos abiertos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 1000; patrón: "\S"
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 10000
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 10; mínimo: 1; máximo: 25
sort	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "bestmatch"; enum: ["bestmatch", "mostrecent"]
all_versions	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("zenodo", "search_records", {"query": "title:climate", "page_size": 5})

get_record

Recuperar metadatos públicos de Zenodo y el inventario de archivos expuestos por el punto final récord. Pase un ID de registro decimal, no un DOI o URL. Un ID de concepto puede resolver su versión más reciente; requested_record_id, record_id y concept_record_id siguen siendo distintos. Utilice el record_id de la versión devuelta para la búsqueda reproducible. description_html está arriba HTML, no se sanitizó. Los enlaces de archivos y los cheques son metadatos solamente: no se realiza ninguna descarga, verificación de cheques o sonda de acceso. Los registros restringidos o embargados pueden tener metadatos públicos sin archivos accesibles; una lista de archivos vacía no establece que el depósito no tiene archivos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
record_id	cadena de texto	obligatorio; maxLength: 20; patrón: "^[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("zenodo", "get_record", {"record_id": "8435696"})

HMMER

Mostrar operaciones y parámetros

search

Presentar una búsqueda asincrónica EMBL-EBI HMMER3. programa selecciona phmmer (secuencia de proteínas contra una base de datos de secuencia), hmmscan (secuencia de proteínas contra perfiles de Pfam), hmmsearch (profile HMM/alignment contra una base de datos de secuencias), o jackhmmer (búsqueda remota-homolog iterativa). entrada es la secuencia FASTA, perfil HMM, o texto de alineación aceptado por ese programa. La base de datos es el nombre de la base de datos del proveedor. Los umbrales opcionales utilizan los nombres de parámetro HMMER (incE/incdomE, E/domE, incT/incdomT, T/domT); Las iteraciones controlan las rondas de jackhmmer. La presentación no está terminada: retenga el job_id devuelto y la encuesta con el estado. El servicio puede aceptar un trabajo incluso si se pierde la respuesta; Nunca automáticamente volver a presentar una comunicación incierta.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
program	cadena de texto	obligatorio; enum: ["phmmer", "hmmscan", "hmmsearch", "jackhmmer"]
database	cadena de texto	obligatorio; [Enum]"refprot", "uniprot", "swissprot", "pdb", "rp15", "rp35", "rp55", "rp75", "pfam"]
input	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 200000
incE	número	facultativa; exclusivoMinimum: 0; máximo: 10
incdomE	número	facultativa; exclusivoMinimum: 0; máximo: 10
incT	número	facultativa; exclusivoMinimum: 0
incdomT	número	facultativa; exclusivoMinimum: 0
E	número	facultativa; exclusivoMinimum: 0; máximo: 10
domE	número	facultativa; exclusivoMinimum: 0; máximo: 10
T	número	facultativa; exclusivoMinimum: 0
domT	número	facultativa; exclusivoMinimum: 0
popen	número	facultativa; mínimo: 0
pextend	número	facultativa; mínimo: 0
mx	cadena de texto	facultativa; enum: ["BLOSUM45", "BLOSUM62", "BLOSUM90", "PAM30", "PAM70"]
iterations	entero	facultativa; mínimo: 1; máximo: 9

const result = await host.mcp("hmmer", "search", {"program":"hmmscan","database":"pfam","input":">query\nMKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDK"})

status

Revise un trabajo de HMMER una vez, sin encuestar o volver a presentar. SUCCESS significa que los resultados están disponibles; PENDING/RUNNING significa esperar antes de comprobar de nuevo; ERROR/FAILURE/NOT_FOUND son los resultados finales y nunca significan cero éxitos. Mantenga el job_id exacto.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
job_id	cadena de texto	obligatorio; maxLength: 36; patrón: "^[A-Fa-f0-9]{ 8}- [A-Fa-f0-9]{ 4}- [A-Fa-f0-9]{ 4}- [A-Fa-f0-9]{ 4}- [A-Fa-f0-9]{ 12}$"

const result = await host.mcp("hmmer", "status", {"job_id":"8ebb1d5f-4457-4da8-808c-f811105c3654"})

results

Recuperar un resultado de trabajo HMMER una vez. Comprueba el estado del proveedor primero y no devuelve ninguna carga útil de resultados mientras el trabajo está pendiente o fallado. En SUCCESS, recupera todas las páginas de resultados, incluyendo anotaciones de dominio; Los registros de iteración de jackhmmer se devuelven en la forma de matriz del proveedor. Preserve el resultado en un artefacto Notebook porque la retención del proveedor es finita; una lista de coincidencias vacías es un resultado de cero-hit completado, distinto de un trabajo pendiente o fallido.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
job_id	cadena de texto	obligatorio; maxLength: 36; patrón: "^[A-Fa-f0-9]{ 8}- [A-Fa-f0-9]{ 4}- [A-Fa-f0-9]{ 4}- [A-Fa-f0-9]{ 4}- [A-Fa-f0-9]{ 12}$"

const result = await host.mcp("hmmer", "results", {"job_id":"8ebb1d5f-4457-4da8-808c-f811105c3654"})

InterProScan

Mostrar operaciones y parámetros

status

Revise un trabajo de InterProScan una vez, sin reintentar o encuestar. Espera al menos segundos 10 entre cheques. FINISHED significa que los resultados pueden ser recuperados; ERROR/FAILURE son fracasos laborales, NOT_FOUND significa desconocido o expirado, nunca un resultado de cero-hit. Mantenga el job_id exacto; esta herramienta nunca vuelve a presentar.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
job_id	cadena de texto	obligatorio; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9_-]{ 0,199}$"

const result = await host.mcp("interproscan", "status", {"job_id":"iprscan5-R20260922-123456-0123-12345678-p1m"})

results

Recuperar el informe completo de InterProScan TSV para un trabajo, encajeado en 2 MiB (los informes sobre el tamaño fallan, nunca se tocan). Comprueba el estado una vez primero, luego sembra TSV sólo para FINISHED. No hay retries, sondeo o remisión. Preserve el informe en un artefacto Notebook rápidamente porque los resultados del proveedor expiran. TSV contiene una fila por partido de firma; las coordenadas son 1-basadas inclusivas y las puntuaciones son específicas para la aplicación. Las columnas opcionales tienen anotaciones InterPro, GO y pathway. Un TSV vacío después de FINISHED significa que no hay coincidencias reportadas, no evidencia que la proteína carece de función.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
job_id	cadena de texto	obligatorio; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9_-]{ 0,199}$"

const result = await host.mcp("interproscan", "results", {"job_id":"iprscan5-R20260922-123456-0123-12345678-p1m"})

submit

Presentar una o más secuencias de proteínas a EMBL-EBI InterProScan para dominio asincrónico y anotación familiar. Acepta secuencia de proteínas crudas o entrada FASTA con la mayoría de los registros 1,000, un límite local de residuos 10,000 por registro y un límite de pedido codificado 4 MiB. Devuelve un job_id inmediatamente y nunca encuestas. Mantenga el job_id, luego llame al estado y se obtiene después de esperar al menos 10 segundos entre los cheques de estado. Una respuesta perdida puede representar un trabajo aceptado; no vuelvas a presentar automáticamente. Se requiere un email de contacto válido. Establecer un correo electrónico de contacto en Ajustes → Credenciales → Acceso a la literatura. Este correo electrónico se envía a EMBL-EBI cuando se envía un trabajo. Mantenga el job_id exacto para reanudar después de reiniciar. Este conector no añade registro de empleo, caché de resultados o encuesta de fondo. Cancelación, salida de la aplicación y desinstalación sólo paran las solicitudes locales; este conector no puede cancelar o eliminar trabajos remotos. La caducidad del resultado es controlada por EMBL-EBI. Las secuencias y el correo electrónico de contacto se envían a EMBL-EBI; Las entradas y salidas de las herramientas pueden ser retenidas en conversación o persistencia Notebook. Presentar no más que los trabajos de 30 en un lote y esperar a procesar/resultar antes de presentar más; no se aplica el agitamiento cruzado. La herramienta de resultados existente devuelve a la mayoría de 2 MiB de TSV y rechaza informes más amplios.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
sequence	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 4194304
title	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 200

const result = await host.mcp("interproscan", "submit", {"sequence":">query\nMKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDK"})

Pathway Commons

Mostrar operaciones y parámetros

pathway_commons_search

Busque el modelo Pathway Commons BioPAX por gene/proteína/pauta palabra clave o consulta de Lucene. Los resultados incluyen la clase BioPAX, URI, bases de datos de fuentes, organismos y metadatos de vías. Utilice la URI devuelta como entrada para gráficos o consultas de exportación.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
q	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 512
type	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 64
organism	matriz de cadenas	facultativa; maxItems: 20
datasource	matriz de cadenas	facultativa; maxItems: 20
page	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 10000

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_search", {"q": "TP53", "type": "ProteinReference", "organism": ["9606"]})

pathway_commons_top_pathways

Encontrar caminos de alto nivel en Pathway Commons que coincidan con una palabra clave o la consulta de Lucene, opcionalmente restringido a una especie o fuente como Reactome.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
q	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 512
organism	matriz de cadenas	facultativa; maxItems: 20
datasource	matriz de cadenas	facultativa; maxItems: 20

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_top_pathways", {"q": "insulin", "datasource": ["reactome"], "organism": ["9606"]})

pathway_commons_graph

Ejecute una consulta gráfica Pathway Commons BioPAX para un vecindario de genes, caminos entre conjuntos de genes, caminos dirigidos de fuentes a objetivos, o un flujo corriente corriente corriente corriente arriba/abajo. Los resultados del SIF se normalizan a medida que los registros de interacción, los resultados del TXT incluyen registros de filo y nodo, y las exportaciones de GSEA/BioPAX/SBGN siguen disponibles como texto.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
source	matriz de cadenas	obligatorio; minItems: 1; maxItems: 100
target	matriz de cadenas	facultativa; minItems: 1; maxItems: 100
kind	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "NEIGHBORHOOD"; enum: ["NEIGHBORHOOD", "PATHSBETWEEN", "PATHSFROMTO", "COMMONSTREAM"]
format	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "SIF"; enum: ["BIOPAX", "SIF", "TXT", "GSEA", "SBGN", "JSONLD"]
limit	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 10
direction	cadena de texto	facultativa; enum: ["UPSTREAM", "DOWNSTREAM", "BOTHSTREAM", "UNDIRECTED"]
limit_type	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "NORMAL"; enum: ["NORMAL", "SHORTEST_PLUS_K"]
pattern	matriz de cadenas	facultativa; maxItems: 14
organism	matriz de cadenas	facultativa; maxItems: 20
datasource	matriz de cadenas	facultativa; maxItems: 20
subpathways	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_graph", {"kind": "NEIGHBORHOOD", "source": ["TP53"], "format": "SIF", "pattern": ["INTERACTS_WITH"]})

pathway_commons_export

Traiga un submodelo BioPAX para uno o más IDs/URIs de Pathway Commons y exporte como BioPAX, GSEA GMT, JSON-LD, SIF, TXT o SBGN. Utilice un URI devuelto por búsqueda/top_pathways para la exportación de vías precisas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
uri	matriz de cadenas	obligatorio; minItems: 1; maxItems: 100
format	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "BIOPAX"; enum: ["BIOPAX", "SIF", "TXT", "GSEA", "SBGN", "JSONLD"]
pattern	matriz de cadenas	facultativa; maxItems: 14
subpathways	booleano	facultativa; default: false

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_export", {"uri": ["R-HSA-201451"], "format": "GSEA"})

Alliance Genome Resources

Mostrar operaciones y parámetros

alliance_get_gene

Recuperar un resumen modelo-organismo o gen humano de la Alianza de Recursos Genomas, incluyendo símbolo, especies, sinopsis, ubicación genómica y referencias cruzadas.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 200

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene", {"gene_id": "MGI:97490"})

alliance_search_genes

Buscar genes de la Alianza en bases de datos humanos y modelo-organismo por símbolo, nombre o identificador.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 200
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_search_genes", {"query": "pax6", "limit": 10})

alliance_get_gene_orthologs

Recuperar ortologs de especies cruzadas para un gen de la Alianza, con métodos de secuenciación y predicción de la ortología.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 200
stringency	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "stringent"; enum: ["stringent", "moderate", "all"]
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_orthologs", {"gene_id": "HGNC:8620", "stringency": "stringent"})

alliance_get_gene_disease_models

Recuperar asociaciones de enfermedades y modelos de enfermedad de organización modelo que involucran un gen de Alianza.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 200
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_disease_models", {"gene_id": "MGI:97490"})

alliance_get_gene_phenotypes

Recuperar anotaciones fenotipos para un gen a través de los organismos modelo de la Alianza.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 200
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_phenotypes", {"gene_id": "HGNC:6081", "limit": 20})

alliance_get_gene_alleles

Recuperar alelos y variantes asociadas con un gen de la Alianza, incluyendo las banderas de enfermedad y fenotipo.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 200
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_alleles", {"gene_id": "MGI:97490"})

alliance_get_gene_expression

Recuperar anotaciones de expresión para un gen de la Alianza, incluyendo etapa de desarrollo, ubicación anatómica, proveedor y evidencia.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 200
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_expression", {"gene_id": "ZFIN:ZDB-GENE-990415-8"})

alliance_get_disease_genes

Recuperar genes asociados con un término de ontología de enfermedades a través de datos humanos y modelo-organismo de la Alianza.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
disease_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 200
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_disease_genes", {"disease_id": "DOID:162", "limit": 20})

CELLxGENE Discover

Mostrar operaciones y parámetros

list_collections

Lista de colecciones públicas CELLxGENE Discover; opcional de la búsqueda de subestring en caso insensible sobre el nombre, descripción y DOI. Filtrar y paginar son cliente-side sobre la respuesta API completa, realizada en cada llamada; los resultados pueden cambiar entre las llamadas. Guardar los IDs de versión para la reproducibilidad.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 500; patrón: "\S"
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 1000000
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 25; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_collections", {"query":"liver","page_size":10})

get_collection

Recuperar los últimos metadatos de colección pública por collection_id canónico, con una página de resúmenes de conjunto de datos. Filtrar y paginar son cliente-side sobre la respuesta API completa, realizada en cada llamada; los resultados pueden cambiar entre las llamadas. Guardar los IDs de versión para la reproducibilidad.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
collection_id	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 1000000
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 25; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_collection", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6"})

list_datasets

Lista de conjuntos de datos públicos. query coincide con el título, el nombre de la colección o DOI por subestring insensible caso. organismo, tejido, enfermedad, ensayo y cell_type coinciden con un identificador o etiqueta de ontología exacta (insensible por caso); Los filtros son ANDed. schema_version selecciona las últimas versiones de colección publicadas que coinciden con un esquema principal/minor/patch y puede devolver conjuntos de datos históricos. Utilice el dataset_version_id de cada resultado con get_dataset_version o list_dataset_files para retener esa publicación; IDs canónicas se resuelven a la versión actual. Filtrar y paginar son cliente-side sobre la respuesta API completa, realizada en cada llamada; los resultados pueden cambiar entre las llamadas. Guardar los IDs de versión para la reproducibilidad.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 500; patrón: "\S"
collection_id	cadena de texto	facultativa; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"
organism	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 500; patrón: "\S"
tissue	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 500; patrón: "\S"
disease	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 500; patrón: "\S"
assay	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 500; patrón: "\S"
cell_type	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 500; patrón: "\S"
schema_version	cadena de texto	facultativa; patrón: "^\d+(\\d+){ 0,2}$"
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 1000000
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 25; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_datasets", {"organism":"NCBITaxon:9606","tissue":"liver","page_size":10})

get_dataset

Recuperar metadatos de conjunto de datos públicos completos, anotaciones de ontología, citación, activos y ID de versión usando collection_id canónico y dataset_id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
collection_id	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"
dataset_id	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_dataset", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6","dataset_id":"0bbf93aa-2d3a-420f-95a1-26fe384024cb"})

list_collection_versions

Lista de versiones publicadas de una colección canónica, más reciente primero, reteniendo IDs de versión y conteos de conjuntos de datos. Filtrar y paginar son cliente-side sobre la respuesta API completa, realizada en cada llamada; los resultados pueden cambiar entre las llamadas. Guardar los IDs de versión para la reproducibilidad.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
collection_id	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 1000000
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 25; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_collection_versions", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6"})

get_collection_version

Recuperar un collection_version_id publicado específico y una página de sus versiones de conjunto de datos; no se resuelve a la última colección. Filtrar y paginar son cliente-side sobre la respuesta API completa, realizada en cada llamada; los resultados pueden cambiar entre las llamadas. Guardar los IDs de versión para la reproducibilidad.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
collection_version_id	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 1000000
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 25; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_collection_version", {"collection_version_id":"46ac9732-ff1c-4f87-86d7-0488d15aecd3"})

list_dataset_versions

Lista de versiones publicadas de un dataset_id canónico, más reciente primero, con versión de esquema y fechas de publicación. Filtrar y paginar son cliente-side sobre la respuesta API completa, realizada en cada llamada; los resultados pueden cambiar entre las llamadas. Guardar los IDs de versión para la reproducibilidad.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
dataset_id	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"
page	entero	facultativa; predeterminado: 1; mínimo: 1; máximo: 1000000
page_size	entero	facultativa; predeterminado: 25; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_dataset_versions", {"dataset_id":"0bbf93aa-2d3a-420f-95a1-26fe384024cb"})

get_dataset_version

Recuperar metadatos completos y activos de archivo para un dataset_version_id publicado específico. Este ID es distinto del dataset_id canónico.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
dataset_version_id	cadena de texto	obligatorio; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_dataset_version", {"dataset_version_id":"8e0fcb64-735c-4fcb-a74b-12a3518683d1"})

list_dataset_files

Devuelve un inventario de descarga de activos de conjunto de datos públicos. Proporcione dataset_version_id para una publicación fija, o collection_id y dataset_id para la versión actual. Después de list_datasets con un filtro schema_version, pase el dataset_version_id devuelto para preservar la publicación seleccionada. Devuelve los activos H5AD/RDS/ATAC proporcionados por API cuando esté disponible; no descarga binaria, carga manifiesto o consulta de expresión Census.

Proporcionar exactamente un grupo de entrada: dataset_version_id / collection_id + dataset_id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
collection_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"
dataset_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"
dataset_version_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_dataset_files", {"dataset_version_id":"8e0fcb64-735c-4fcb-a74b-12a3518683d1"})

IEDB

Mostrar operaciones y parámetros

search_epitopes

Buscar epítopos IEDB con epitopo, host, fuente de antígeno, MHC y filtros de evidencia. Los filtros agregados pueden coincidir con diferentes experimentos en el mismo registro; use assay searches to enforce co-occurrence in one experiment. Se requiere al menos un filtro biológico o de evidencia; El límite y el offset por sí solo no son filtros. Observaciones de base, no predicciones. Mantenga los resultados negativos y faltantes distintos. La elución de ligando MHC no es una medición de afinidad vinculante; interpretar response_measured, método y unidades juntos. Los antígenos parientes son proteínas representativas y pueden no coincidir exactamente con el antígeno curado o la secuencia de epitopo. Use cross_references.parent_uniprot_accessions o curated_uniprot_accessions con host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); use cross_references.pdb_ids con host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Estas son referencias transversales explícitas, no cartografías secuenciadas. Cargue cada conexión de habilidad antes de llamarlo. Usar antigen_iri o uniprot_accession, no ambos.

Proporcionar al menos uno de: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
epitope_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
reference_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
antigen_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
uniprot_accession	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[A-Z0-9]{ 6}(?: [A-Z0-9]{ 4}¿Qué?1-9[ ]0-9¿Por qué?"
mhc_allele	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
mhc_class	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
assay_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
pdb_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\s\S])"
sequence	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 1000; patrón: "^[A-Za-z]+(?![\s\s\s\s\s])"
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_epitopes", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_antigens

Busque antígenos IEDB con epitope, host, fuente de antígeno, MHC y filtros de evidencia. Los filtros agregados pueden coincidir con diferentes experimentos en el mismo registro; use assay searches to enforce co-occurrence in one experiment. Se requiere al menos un filtro biológico o de evidencia; El límite y el offset por sí solo no son filtros. Observaciones de base, no predicciones. Mantenga los resultados negativos y faltantes distintos. La elución de ligando MHC no es una medición de afinidad vinculante; interpretar response_measured, método y unidades juntos. Los antígenos parientes son proteínas representativas y pueden no coincidir exactamente con el antígeno curado o la secuencia de epitopo. Use cross_references.parent_uniprot_accessions o curated_uniprot_accessions con host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); use cross_references.pdb_ids con host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Estas son referencias transversales explícitas, no cartografías secuenciadas. Cargue cada conexión de habilidad antes de llamarlo. Usar antigen_iri o uniprot_accession, no ambos.

Proporcionar al menos uno de: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / antigen_name.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
epitope_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
reference_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
antigen_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
uniprot_accession	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[A-Z0-9]{ 6}(?: [A-Z0-9]{ 4}¿Qué?1-9[ ]0-9¿Por qué?"
mhc_allele	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
mhc_class	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
assay_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
pdb_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\s\S])"
antigen_name	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_antigens", {"uniprot_accession": "P01012", "limit": 20})

search_tcell_assays

Buscar experimentos de células IEDB T con anfitriona, antígeno fuente, MHC y filtros de resultados. Incluye mediciones tcell_export, unidades, desigualdades, métodos, recuentos de temas y ubicaciones de publicaciones. Se requiere al menos un filtro biológico o de evidencia; El límite y el offset por sí solo no son filtros. Observaciones de base, no predicciones. Mantenga los resultados negativos y faltantes distintos. La elución de ligando MHC no es una medición de afinidad vinculante; interpretar response_measured, método y unidades juntos. Los antígenos parientes son proteínas representativas y pueden no coincidir exactamente con el antígeno curado o la secuencia de epitopo. Use cross_references.parent_uniprot_accessions o curated_uniprot_accessions con host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); use cross_references.pdb_ids con host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Estas son referencias transversales explícitas, no cartografías secuenciadas. Cargue cada conexión de habilidad antes de llamarlo. Usar antigen_iri o uniprot_accession, no ambos.

Proporcionar al menos uno de: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / assay_id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
epitope_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
reference_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
antigen_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
uniprot_accession	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[A-Z0-9]{ 6}(?: [A-Z0-9]{ 4}¿Qué?1-9[ ]0-9¿Por qué?"
mhc_allele	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
mhc_class	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
assay_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
pdb_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\s\S])"
sequence	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 1000; patrón: "^[A-Za-z]+(?![\s\s\s\s\s])"
assay_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_tcell_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_bcell_assays

Buscar experimentos de células IEDB B con anfitriones, antígenos fuente, MHC y filtros de resultados. Incluye mediciones bcell_export, unidades, desigualdades, métodos, recuentos de temas y ubicaciones de publicaciones. Se requiere al menos un filtro biológico o de evidencia; El límite y el offset por sí solo no son filtros. Observaciones de base, no predicciones. Mantenga los resultados negativos y faltantes distintos. La elución de ligando MHC no es una medición de afinidad vinculante; interpretar response_measured, método y unidades juntos. Los antígenos parientes son proteínas representativas y pueden no coincidir exactamente con el antígeno curado o la secuencia de epitopo. Use cross_references.parent_uniprot_accessions o curated_uniprot_accessions con host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); use cross_references.pdb_ids con host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Estas son referencias transversales explícitas, no cartografías secuenciadas. Cargue cada conexión de habilidad antes de llamarlo. Usar antigen_iri o uniprot_accession, no ambos.

Proporcionar al menos uno de: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / assay_id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
epitope_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
reference_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
antigen_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
uniprot_accession	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[A-Z0-9]{ 6}(?: [A-Z0-9]{ 4}¿Qué?1-9[ ]0-9¿Por qué?"
mhc_allele	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
mhc_class	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
assay_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
pdb_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\s\S])"
sequence	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 1000; patrón: "^[A-Za-z]+(?![\s\s\s\s\s])"
assay_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_bcell_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_mhc_assays

Buscar experimentos de unión IEDB MHC y elución de ligando con anfitriones, antígeno fuente, MHC y filtros de resultado. Incluye mediciones mhc_export, unidades, desigualdades, métodos, recuentos de temas y ubicaciones de publicaciones. Se requiere al menos un filtro biológico o de evidencia; El límite y el offset por sí solo no son filtros. Observaciones de base, no predicciones. Mantenga los resultados negativos y faltantes distintos. La elución de ligando MHC no es una medición de afinidad vinculante; interpretar response_measured, método y unidades juntos. Los antígenos parientes son proteínas representativas y pueden no coincidir exactamente con el antígeno curado o la secuencia de epitopo. Use cross_references.parent_uniprot_accessions o curated_uniprot_accessions con host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); use cross_references.pdb_ids con host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Estas son referencias transversales explícitas, no cartografías secuenciadas. Cargue cada conexión de habilidad antes de llamarlo. Usar antigen_iri o uniprot_accession, no ambos.

Proporcionar al menos uno de: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / assay_id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
epitope_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
reference_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
antigen_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
uniprot_accession	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[A-Z0-9]{ 6}(?: [A-Z0-9]{ 4}¿Qué?1-9[ ]0-9¿Por qué?"
mhc_allele	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
mhc_class	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
assay_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
pdb_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\s\S])"
sequence	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 1000; patrón: "^[A-Za-z]+(?![\s\s\s\s\s])"
assay_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_mhc_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_references

Buscar referencias IEDB con epitope, host, fuente de antígeno, MHC y filtros de evidencia. Los filtros agregados pueden coincidir con diferentes experimentos en el mismo registro; use assay searches to enforce co-occurrence in one experiment. Se requiere al menos un filtro biológico o de evidencia; El límite y el offset por sí solo no son filtros. Observaciones de base, no predicciones. Mantenga los resultados negativos y faltantes distintos. La elución de ligando MHC no es una medición de afinidad vinculante; interpretar response_measured, método y unidades juntos. Los antígenos parientes son proteínas representativas y pueden no coincidir exactamente con el antígeno curado o la secuencia de epitopo. Use cross_references.parent_uniprot_accessions o curated_uniprot_accessions con host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); use cross_references.pdb_ids con host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Estas son referencias transversales explícitas, no cartografías secuenciadas. Cargue cada conexión de habilidad antes de llamarlo. Usar antigen_iri o uniprot_accession, no ambos.

Proporcionar al menos uno de: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / pubmed_id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
epitope_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
reference_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
antigen_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
uniprot_accession	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[A-Z0-9]{ 6}(?: [A-Z0-9]{ 4}¿Qué?1-9[ ]0-9¿Por qué?"
mhc_allele	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
mhc_class	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
assay_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
pdb_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\s\S])"
pubmed_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 12; patrón: "^[1-9][0-9]*(?![\s\\s\S])"
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_references", {"reference_id": 1023094, "limit": 20})

search_tcrs

Buscar grupos de receptores IEDB TCR por epitope, receptor CDR3, host, antígeno, MHC y evidencia de literatura. El filtro de secuencia coincide con el epitope linear_sequences; chain1_cdr3 y chain2_cdr3 coinciden con las secuencias del receptor CDR3. Incluye registros tcr_export con cadenas, anotaciones de genes curadas/calculadas y ensayos y referencias ligadas. Los filtros seleccionan grupos de receptores; Los registros de exportación incrustados no se filtran individualmente por estos criterios. Los filtros agregados de host y de resultado pueden coincidir con diferentes experimentos en el mismo grupo. Las exportaciones de receptores no contienen campos de resultados anfitriones o cualitativos. Para la co-occurrencia de nivel de experimento, siga el assay__iedb_ids vinculado y consulta search_tcell_assays, search_bcell_assays o search_mhc_assays con los filtros assay_id correspondientes y experimentales. Se requiere al menos un filtro biológico o de evidencia; El límite y el offset por sí solo no son filtros. Observaciones de base, no predicciones. Mantenga los resultados negativos y faltantes distintos. La elución de ligando MHC no es una medición de afinidad vinculante; interpretar response_measured, método y unidades juntos. Los antígenos parientes son proteínas representativas y pueden no coincidir exactamente con el antígeno curado o la secuencia de epitopo. Use cross_references.parent_uniprot_accessions o curated_uniprot_accessions con host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); use cross_references.pdb_ids con host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Estas son referencias transversales explícitas, no cartografías secuenciadas. Cargue cada conexión de habilidad antes de llamarlo.

Proporcionar al menos uno de: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / receptor_group_id / chain1_cdr3 / chain2_cdr3.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
epitope_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
reference_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
antigen_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
uniprot_accession	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[A-Z0-9]{ 6}(?: [A-Z0-9]{ 4}¿Qué?1-9[ ]0-9¿Por qué?"
mhc_allele	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
mhc_class	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
assay_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
pdb_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\s\S])"
sequence	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 1000; patrón: "^[A-Za-z]+(?![\s\s\s\s\s])"
receptor_group_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
chain1_cdr3	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 1000; patrón: "^[A-Za-z]+(?![\s\s\s\s\s])"
chain2_cdr3	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 1000; patrón: "^[A-Za-z]+(?![\s\s\s\s\s])"
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_tcrs", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_bcrs

Buscar grupos de receptores IEDB BCR por epitope, receptor CDR3, host, antígeno, MHC y evidencia de literatura. El filtro de secuencia coincide con el epitope linear_sequences; chain1_cdr3 y chain2_cdr3 coinciden con las secuencias del receptor CDR3. Incluye registros bcr_export con cadenas, anotaciones de genes curadas/calculadas y ensayos y referencias ligadas. Los filtros seleccionan grupos de receptores; Los registros de exportación incrustados no se filtran individualmente por estos criterios. Los filtros agregados de host y de resultado pueden coincidir con diferentes experimentos en el mismo grupo. Las exportaciones de receptores no contienen campos de resultados anfitriones o cualitativos. Para la co-occurrencia de nivel de experimento, siga el assay__iedb_ids vinculado y consulta search_tcell_assays, search_bcell_assays o search_mhc_assays con los filtros assay_id correspondientes y experimentales. Se requiere al menos un filtro biológico o de evidencia; El límite y el offset por sí solo no son filtros. Observaciones de base, no predicciones. Mantenga los resultados negativos y faltantes distintos. La elución de ligando MHC no es una medición de afinidad vinculante; interpretar response_measured, método y unidades juntos. Los antígenos parientes son proteínas representativas y pueden no coincidir exactamente con el antígeno curado o la secuencia de epitopo. Use cross_references.parent_uniprot_accessions o curated_uniprot_accessions con host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); use cross_references.pdb_ids con host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Estas son referencias transversales explícitas, no cartografías secuenciadas. Cargue cada conexión de habilidad antes de llamarlo.

Proporcionar al menos uno de: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / receptor_group_id / chain1_cdr3 / chain2_cdr3.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
epitope_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
reference_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
antigen_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
uniprot_accession	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[A-Z0-9]{ 6}(?: [A-Z0-9]{ 4}¿Qué?1-9[ ]0-9¿Por qué?"
mhc_allele	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
mhc_class	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; minLength: 1; maxLength: 300; patrón: "\S"
assay_iri	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9._:-](?!"
pdb_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; patrón: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\s\S])"
sequence	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 1000; patrón: "^[A-Za-z]+(?![\s\s\s\s\s])"
receptor_group_id	entero	sujeto a las condiciones anteriores; mínimo: 1; máximo: 9007199254740991
chain1_cdr3	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 1000; patrón: "^[A-Za-z]+(?![\s\s\s\s\s])"
chain2_cdr3	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 1000; patrón: "^[A-Za-z]+(?![\s\s\s\s\s])"
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_bcrs", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

Monarch Initiative

Mostrar operaciones y parámetros

monarch_get_disease_phenotypes

Recuperar evidencias de asociación de enfermedades-fenotipos usando CURIAS canónicas monarcas, con relación/categoría, fuentes primarias y agregadoras, publicaciones, códigos de evidencia, negación, frecuencia, aparición y contexto de enfermedad cuando se suministra. Los IDs y alias de la base de datos de origen no se convierten automáticamente a los ID canónicos de Monarch y pueden no devolver ningún partido. Un total cero significa que no hay coincidencia para el identificador y filtros suministrados, no ausencia de evidencia fenotipo. El identificador directo es el predeterminado; directo no significa probado experimentalmente. Inspeccione knowledge_level y agent_type para asociaciones inferidas. La falta de pruebas no es evidencia negativa. Use Genes & Ontologies for OLS term search and Alliance for model-organism records.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
disease_id	cadena de texto	obligatorio; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]*:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.[\s\s\s\s\s])"
phenotype_id	cadena de texto	facultativa; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]*:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.[\s\s\s\s\s])"
primary_knowledge_source	cadena de texto	facultativa; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]*:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.[\s\s\s\s\s])"
direct	booleano	facultativa; default: true
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000

const result = await host.mcp("monarch", "monarch_get_disease_phenotypes", {"disease_id": "MONDO:0007947", "limit": 20})

monarch_get_gene_phenotypes

Recuperar evidencia de asociación gene-fenotipo usando las CURIAS canónicas Monarca, con relación/categoría, fuentes primarias y agregadoras, publicaciones, códigos de evidencia, negación, frecuencia, aparición y contexto de enfermedad cuando se suministra. Los IDs y alias de la base de datos de origen no se convierten automáticamente a los ID canónicos de Monarch y pueden no devolver ningún partido. Un total cero significa que no hay coincidencia para el identificador y filtros suministrados, no ausencia de evidencia fenotipo. El identificador directo es el predeterminado; directo no significa probado experimentalmente. Inspeccione knowledge_level y agent_type para asociaciones inferidas. La falta de pruebas no es evidencia negativa. Use Genes & Ontologies for OLS term search and Alliance for model-organism records.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
gene_id	cadena de texto	obligatorio; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]*:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.[\s\s\s\s\s])"
phenotype_id	cadena de texto	facultativa; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]*:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.[\s\s\s\s\s])"
primary_knowledge_source	cadena de texto	facultativa; maxLength: 200; patrón: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]*:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.[\s\s\s\s\s])"
direct	booleano	facultativa; default: true
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000

const result = await host.mcp("monarch", "monarch_get_gene_phenotypes", {"gene_id": "HGNC:3603", "limit": 20})

Cellosaurus

Mostrar operaciones y parámetros

search_cell_lines

Búsqueda Cellosaurus recomendó nombres y sinónimos usando una frase literal (no sintaxis de Solr crudo). Devuelve a los candidatos, no un partido de identidad inequívoco. Utilice get_cell_line con la adhesión CVCL seleccionada para el origen, las enfermedades y los mapas externos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 200; patrón: "\S"
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000

const result = await host.mcp("cellosaurus", "search_cell_lines", {"query": "HeLa", "limit": 20})

get_cell_line

Resolver una adhesión de CVCL Cellosaurus o identificador RRID:CVCL. Recuperar la identidad, las especies, el origen del tejido/celular, establecer laboratorios, enfermedades de donantes/edad/sex, líneas de células madre, registros curados de contaminación/identificación y cautela, registros de la ICLAC y mapas externos de bases de datos. Las anotaciones perdidas no establecen la calidad de la muestra.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
accession	cadena de texto	obligatorio; minLength: 9; maxLength: 40; patrón: "^\s*(?:[Rr][Rr][Ii][Dd]:)?[Cc][Vv][Cc][Ll]_[A-Za-z0-9]{ 4}\s*$"

const result = await host.mcp("cellosaurus", "get_cell_line", {"accession": "RRID:CVCL_1906"})

get_cell_line_rdf

Retrieve RDF for one Cellosaurus accession from the official dereferencing service. El texto devuelto RDF permanece en el resultado de la solicitud; no hay ninguna tienda de archivos propiedad de conectores o descarga ontología.

Field	Type	Requirement and constraints
accession	string	required; pattern: "^CVCL_[A-Z0-9]{4}$"
format	string	optional; default: "ttl"; enum: ["ttl", "rdf", "jsonld"]

const result = await host.mcp("cellosaurus", "get_cell_line_rdf", {"accession": "CVCL_0030", "format": "ttl"})

query_knowledge_graph

Ejecutar un SELECT SPARQL de Cellosaurus ligado contra el gráfico oficial local. Sólo se admiten consultas PREFIX/SELECT sin SERVICIO, DESDE o actualizaciones; la consulta suministrada está anida y limitada, nunca ampliada en cero resultados.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 12000
max_rows	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellosaurus", "query_knowledge_graph", {"query": "SELECT ?s WHERE { ?s a <http://www.w3.org/2002/07/owl#Class> }", "max_rows": 2})

search_str_similarity

Compare un perfil STR de línea celular explícitamente suministrado con el servicio oficial CLASTR. Los alelos Marker son enviados arriba. La similitud depende de las opciones de loci y puntuación; no certifica la identidad de la muestra ni la ausencia de contaminación.

Field	Type	Requirement and constraints
markers	object	required
species	string	optional; default: "human"; enum: ["human", "mouse", "dog"]
algorithm	integer	optional; default: 1; enum: [1, 2, 3]
scoring_mode	integer	optional; default: 1; enum: [1, 2, 3]
score_filter	integer	optional; default: 70; minimum: 0; maximum: 100
min_markers	integer	optional; default: 8; minimum: 1; maximum: 50
max_results	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellosaurus", "search_str_similarity", {"markers": {"D5S818": "12,13"}, "min_markers": 1, "max_results": 2})

list_cellosaurus_files

Descubra los enlaces oficiales Cellosaurus data-file. Ninguna ontología, archivo o conjunto de datos se descarga o persiste automáticamente.

No hay campos de entrada; pase un objeto vacío.

const result = await host.mcp("cellosaurus", "list_cellosaurus_files", {})

PDC

Mostrar operaciones y parámetros

pdc_search_studies

Buscar identificadores de estudio PDC y nombres de versiones en el catálogo de estudio público. La combinación de palabras clave es la combinación de subestring local insensible en caso, no la enfermedad / filtración clínica. Sin una palabra clave, navega por el catálogo. Todas las versiones se conservan.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
query	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 200; patrón: "\S"
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_search_studies", {"query":"CCRCC", "limit":5})

pdc_get_study

Recuperar metadatos de estudio PDC, tipo de ensayo, casos/aliciones, categorías de archivos y versiones disponibles. pdc_study_id selecciona la última versión; study_id es el UUID de una versión específica. Utilice un study_id devuelto para pinchar llamadas posteriores. Los ID de referencia externa pertenecen al recurso mencionado; no asumen PDC y GDC UUIDs son intercambiables.

Proporcionar exactamente uno de pdc_study_id / study_id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pdc_study_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 9; patrón: "^PDC[0-9]{ 6}$"
study_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 36; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_get_study", {"pdc_study_id":"PDC000127"})

pdc_list_biospecimens

Mapa PDC estudia aliquots a muestras y casos, preservando IDs de remitente, banderas de piscina y referencias externas para la investigación multiomics CPTAC. Cada hilera es una asociación aliquot, no un paciente único. Use pagination_mode: río arriba para atravesar más allá de la tapa de la asociación 1000 del modo local; Incorporación de los offsets y límites. pdc_study_id selecciona la última versión; study_id es el UUID de una versión específica. Utilice un study_id devuelto para pinchar llamadas posteriores. Los ID de referencia externa pertenecen al recurso mencionado; no asumen PDC y GDC UUIDs son intercambiables.

Proporcionar exactamente uno de pdc_study_id / study_id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pdc_study_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 9; patrón: "^PDC[0-9]{ 6}$"
study_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 36; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
pagination_mode	cadena de texto	facultativa; predeterminado: "local"; enum: ["local", "upstream"]

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_biospecimens", {"pdc_study_id":"PDC000127", "pagination_mode":"upstream", "limit":5})

pdc_list_files

Descubra archivos de estudio PDC, incluyendo informes cuantitativos (data_category: Protein Assembly) y suplementos de publicación. Los filtros se transmiten al API oficial. Devuelve las rutas de metadatos y almacenamiento, no archiva contenidos o descarga URLs. pdc_study_id selecciona la última versión; study_id es el UUID de una versión específica. Utilice un study_id devuelto para pinchar llamadas posteriores. Los ID de referencia externa pertenecen al recurso mencionado; no asumen PDC y GDC UUIDs son intercambiables.

Proporcionar exactamente uno de pdc_study_id / study_id.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pdc_study_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 9; patrón: "^PDC[0-9]{ 6}$"
study_id	cadena de texto	sujeto a las condiciones anteriores; maxLength: 36; patrón: "^0-9a-fA-F]{ 8}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 4}- [0-9a-fA-F]{ 12}$"
offset	entero	facultativa; predeterminado: 0; mínimo: 0; máximo: 1000000
limit	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 100
data_category	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 200; patrón: "\S"
file_type	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 200; patrón: "\S"
file_format	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 200; patrón: "\S"
file_name	cadena de texto	facultativa; minLength: 1; maxLength: 500; patrón: "\S"

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_files", {"pdc_study_id":"PDC000127", "data_category":"Protein Assembly", "limit":10})

pdc_list_clinical

Obtiene metadatos demográficos y diagnósticos públicos de casos PDC, con identificadores de muestras disponibles y referencias externas identificadas para enlazar con GDC. Conserva tipos, valores null e indicadores de ocultación de la fuente. pdc_study_id selecciona la última versión; study_id es el UUID de una versión concreta. Reutilice el study_id devuelto para fijar los siguientes llamados a esa versión. Los identificadores externos pertenecen al recurso indicado; los UUID de PDC y GDC no son intercambiables.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
pdc_study_id	string	provide exactly one of these two identifiers; maxLength: 9
study_id	string	provide exactly one of these two identifiers; maxLength: 36
offset	integer	optional; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_clinical", {"pdc_study_id": "PDC000127", "limit": 10})

ENCORI

Mostrar operaciones y parámetros

query_mirna_targets

Query oficial miRNA dirija pruebas. Use mirna=all para miRNA sin restricciones; preservar cell_type exactamente. programa es una lista separada de PITA, RNA22, miRmap, DIANA-microT, miRanda, PicTar o TargetScan, nunca todos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
assembly	cadena de texto	obligatorio; enum: ["hg38", "mm10"]
gene_type	cadena de texto	obligatorio; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene", "circRNA", "sncRNA"]
mirna	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
clip_exp_num	entero	obligatorio; mínimo: 0; máximo: 999
degra_exp_num	entero	obligatorio; mínimo: 0; máximo: 999
pancancer_num	entero	obligatorio; mínimo: 0; máximo: 32
program_num	entero	obligatorio; mínimo: 1; máximo: 7
program	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
target	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
cell_type	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 200
output_dir	['string', 'null']	facultativa; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_mirna_targets", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","mirna":"all","clip_exp_num":1,"degra_exp_num":0,"pancancer_num":0,"program_num":1,"program":"TargetScan","target":"PDCD4","cell_type":"HeLa","max_records":2})

query_rna_rna_interactions

Consultar interacciones oficiales de ARN-RNA. Use cell_type=all sólo cuando no esté restringido; no sustituya otra base de datos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
assembly	cadena de texto	obligatorio; enum: ["hg38", "mm10"]
gene_type	cadena de texto	obligatorio; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene", "sncRNA", "miRNA"]
rna	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
inter_num	entero	obligatorio; mínimo: 1; máximo: 999
exp_num	entero	obligatorio; mínimo: 1; máximo: 999
cell_type	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 200
output_dir	['string', 'null']	facultativa; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rna_rna_interactions", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","rna":"TP53","inter_num":1,"exp_num":1,"cell_type":"all","max_records":2})

query_rbp_targets

Consultar pruebas oficiales de RBP. Use rbp=all para todos los RBPs; preservar cell_type y distinguir cero filas del fallo de solicitud.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
assembly	cadena de texto	obligatorio; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
gene_type	cadena de texto	obligatorio; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene", "circRNA", "sncRNA"]
rbp	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
clip_exp_num	entero	obligatorio; mínimo: 1; máximo: 999
pancancer_num	entero	obligatorio; mínimo: 0; máximo: 32
target	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
cell_type	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 200
output_dir	['string', 'null']	facultativa; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rbp_targets", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","rbp":"all","clip_exp_num":1,"pancancer_num":0,"target":"TP53","cell_type":"HeLa","max_records":2})

query_cerna_network

Query official ceRNA networks. Use familia=todos cuando no estén restringidos. Preserve official P values and FDR; Nunca infiere nombres familiares desaparecidos de los condes.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
assembly	cadena de texto	obligatorio; enum: ["hg38", "mm10"]
gene_type	cadena de texto	obligatorio; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene"]
cerna	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
mirna_num	entero	obligatorio; mínimo: 1; máximo: 999
family	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
pval	número	obligatorio; mínimo: 0; máximo: 0.01
fdr	número	obligatorio; mínimo: 0; máximo: 0.01
pancancer_num	entero	obligatorio; mínimo: 0; máximo: 32
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 200
output_dir	['string', 'null']	facultativa; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_cerna_network", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","cerna":"MYC","mirna_num":1,"family":"all","pval":0.01,"fdr":0.01,"pancancer_num":0,"max_records":2})

query_rbp_disease

Pruebas oficiales de enfermedad de RBP. Tejido presto, enfermedad y filtros de destino sin ampliar las consultas de cero resultados.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
assembly	cadena de texto	obligatorio; enum: ["hg38"]
rbp	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
tissue	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
disease	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
target	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 256; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 200
output_dir	['string', 'null']	facultativa; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rbp_disease", {"assembly":"hg38","rbp":"all","tissue":"breast","disease":"carcinoma","target":"MYC","max_records":2})

scan_rbp_motifs

Buscar en la clasificación oficial de motivos RBP. Preserve el orden y las puntuaciones. QueryMotif e IdentifiedMotif son campos independientes; no se realiza ningún complemento inverso o se infiere.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
assembly	cadena de texto	obligatorio; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
length	cadena de texto	obligatorio; enum: ["short", "long"]
motif	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 64; patrón: "^[ACGTUNRYKMSWBDHVacgtunrykmswbdhv]+$"
rank_limit	entero	obligatorio; mínimo: 1; máximo: 100
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 20; mínimo: 1; máximo: 200
output_dir	['string', 'null']	facultativa; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "scan_rbp_motifs", {"assembly":"hg38","length":"short","motif":"UGCAUG","rank_limit":10,"max_records":2})

get_binding_sites

Recuperar los sitios de enlace oficiales BED por dataset_id. Eliminar sólo los prefijos SQL conocidos de los registros analizados; retener exactamente los bytes crudos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
assembly	cadena de texto	obligatorio; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
dataset_id	cadena de texto	obligatorio; minLength: 1; maxLength: 64; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 100; mínimo: 1; máximo: 1000
output_dir	['string', 'null']	facultativa; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "get_binding_sites", {"assembly":"hg38","dataset_id":"SBDH2131","max_records":2})

get_reference_tables

Listar nombres de tabla exactos de la referencia oficial en línea ZIP, o leer un table_name exacto como reference_data/degradome_ref.txt. Señala el ZIP de nuevo en cada llamada.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
table_name	['string', 'null']	facultativa; minLength: 1; maxLength: 512; patrón: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000] [^\\n\\u0000]$"
max_records	entero	facultativa; predeterminado: 50; mínimo: 1; máximo: 500
output_dir	['string', 'null']	facultativa; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "get_reference_tables", {"table_name":"reference_data/degradome_ref.txt","max_records":2})

list_bulk_datasets

Enumerar los nombres de archivo oficiales de conjunto de datos de volumen 24 documentados. Por defecto HEAD sondas de disponibilidad y tamaños de byte, sin descargar datos. La disponibilidad y el tamaño no comprobados son nulos.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
assembly	['string', 'null']	facultativa; enum: ["hg38", "mm10", null]
data_type	['string', 'null']	facultativa; enum: ["miRNA_mRNA", "miRNA_lncRNA", "miRNA_pseudogene", "miRNA_sncRNA", "miRNA_circRNA", "RNA_RNA", "RBP_mRNA", "RBP_lncRNA", "RBP_pseudogene", "RBP_sncRNA", "RBP_circRNA", "RBP_caRNA", null]
check_availability	booleano	facultativa; default: true

const result = await host.mcp("encori", "list_bulk_datasets", {"assembly":"hg38","data_type":"miRNA_mRNA"})

download_bulk_dataset

Sólo cuando el usuario solicita una descarga, transmita un archivo de vracs oficial a destination_dir en el equipo que ejecuta el caller. Nunca sobreescribir un archivo existente. Los archivos interrumpidos .part reanudan el mismo nombre de archivo/directorio sólo después de la validación de la gama HTTP. Validar el tamaño y la integridad gzip antes de la publicación.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
filename	cadena de texto	obligatorio; enum: ["hg38.miRNA_mRNA.tar.gz", "hg38.miRNA_lncRNA.tar.gz", "hg38.miRNA_pseudogene.tar.gz", "hg38.miRNA_sncRNA.tar.gz", "hg38.miRNA_circRNA.tar.gz", "hg38.RNA_RNA.tar.gz", "hg38.RBP_mRNA.tar.gz", "hg38.RBP_lncRNA.tar.gz", "hg38.RBP_pseudogene.tar.gz", "hg38.RBP_sncRNA.tar.gz", "hg38.RBP_circRNA.tar.gz", "hg38.RBP_caRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_mRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_lncRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_pseudogene.tar.gz", "mm10.miRNA_sncRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_circRNA.tar.gz", "mm10.RNA_RNA.tar.gz", "mm10.RBP_mRNA.tar.gz", "mm10.RBP_lncRNA.tar.gz", "mm10.RBP_pseudogene.tar.gz", "mm10.RBP_sncRNA.tar.gz", "mm10.RBP_circRNA.tar.gz", "mm10.RBP_caRNA.tar.gz"]
destination_dir	['string', 'null']	facultativa; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "download_bulk_dataset", {"filename":"hg38.miRNA_sncRNA.tar.gz","destination_dir":"/absolute/path/to/output"})

Orphadata

get_disease_genes

Retrieve Orphadata rare-disease gene associations by ORPHAcode, including association type/status, validation sources and gene database mappings.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
orphacode	integer	necesarios; minimum: 1; maximum: 2147483647

const result = await host.mcp("orphadata", "get_disease_genes", {"orphacode": 166024})

get_disease_phenotypes

Retrieve Orphadata rare-disease HPO fenotipos y categorías de frecuencia por ORPHAcode. Mantiene criterios de diagnóstico y metadatos de validación; las categorías de frecuencia no son probabilidades específicas para el paciente.

Campo	Tipo	Requisitos y limitaciones
orphacode	integer	necesarios; minimum: 1; maximum: 2147483647

const result = await host.mcp("orphadata", "get_disease_phenotypes", {"orphacode": 58})

TCIA

Mostrar operaciones y parámetros

search_collections

Buscar colecciones públicas de TCIA por palabra clave, una página a la vez. Incluye cáncer, modalidad, DOI y requisitos de descarga. Collection Manager y NBIA tienen una cobertura diferente. Descargar enlaces puede ser Data Retriever manifiestos, no imágenes. No descarga DICOM ni accede a datos restringidos.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
page	integer	optional; minimum: 1; maximum: 1000
page_size	integer	optional; minimum: 1; maximum: 20

const result = await host.mcp("tcia", "search_collections", {"query": "LIDC-IDRI", "page_size": 5})

get_collection

Encontrar una colección TCIA por título corto exacto devuelto por search collections. Busca hasta 20 candidatos y verifica la identidad: el filtro upstream incluye=id no es confiable. Un resultado nulo con lookup complete=false significa refinar la apariencia, no la ausencia. Devuelve los requisitos de licencia y descargador; no descarga archivos.

Field	Type	Requirement and constraints
short_title	string	required; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("tcia", "get_collection", {"short_title": "4D-Lung"})

get_series

Recuperar metadatos públicos NBIA para una serie DICOM exactaInstanceUID: collection, subject/study identity, modality, image count, byte size and license. Utilice un UID existente de TCIA; ninguna enumeración amplia o descarga de imágenes. Este punto final no cubre cada colección TCIA.

Field	Type	Requirement and constraints
series_uid	string	required; maxLength: 64; pattern: "^[0-9]+(?:\.[0-9]+)+$"

const result = await host.mcp("tcia", "get_series", {"series_uid": "1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6834.5010.189721824525842725510380467695"})

KEGG

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search_entries

Buscar KEGG pathway, KO, compuesto o nombres de reacción. Devuelve una lista tapada, no la paginación lado servidor; estrecha la consulta cuando se trunca. Public KEGG API es sólo para uso académico elegible; uso no académico y prestación de servicios requieren licencias apropiadas. Habilitar este conector no otorga una licencia.

Field	Type	Requirement and constraints
database	string	required; enum: ["pathway", "ko", "compound", "reaction"]
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
limit	integer	optional; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("kegg", "search_entries", {"database": "pathway", "query": "glycolysis"})

get_entry

Lea una vía KEGG, KO, compuesto o resumen de reacción. Devuelve campos de archivo plano seleccionados con truncación explícita; excluye GENES a granel, secuencias e imágenes de ruta. HTTP 404 no es un registro vacío. Public KEGG API es sólo para uso académico elegible; uso no académico y prestación de servicios requieren licencias apropiadas. Habilitar este conector no otorga una licencia.

Field	Type	Requirement and constraints
id	string	required; pattern: "^(?:[KCR][0-9]{5}|(?:map|[a-z]{3,4})[0-9]{5})$"

const result = await host.mcp("kegg", "get_entry", {"id": "hsa00010"})

map_gene

Mapa un gen KEGG calificado por organismo a caminos o adhesiones UniProt. Preserva los partidos únicos a muchos; no hay elección automática de una proteína canónica. Los resultados son capped sin paginación del lado del servidor. Public KEGG API es sólo para uso académico elegible; uso no académico y prestación de servicios requieren licencias apropiadas. Habilitar este conector no otorga una licencia.

Field	Type	Requirement and constraints
gene	string	required; maxLength: 80; pattern: "^[a-z][a-z0-9]{1,4}:[A-Za-z0-9_.-]+$"
target	string	required; enum: ["pathway", "uniprot"]
limit	integer	optional; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("kegg", "map_gene", {"gene": "hsa:7157", "target": "uniprot"})

RxNorm / RxNav

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resolve_name

Resolver un nombre de droga a RxNorm RxCUIs activos. Exact matching es el predeterminado; normalizado matching puede ignorar sales y orden de palabra. Retiene todos los partidos ambiguos y no establece equivalencia clínica.

Field	Type	Requirement and constraints
name	string	required; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
search	integer	optional; enum: [0, 1, 2]

const result = await host.mcp("rxnorm", "resolve_name", {"name": "aspirin"})

get_concept

Recuperar propiedades activas de concepto RxNorm por RxCUI: nombre, sinónimo, tipo de término, lenguaje y bandera de supresión. Un registro ausente no es prueba de que un identificador nunca existió.

Field	Type	Requirement and constraints
rxcui	string	required; pattern: "^[0-9]{1,12}$"

const result = await host.mcp("rxnorm", "get_concept", {"rxcui": "1191"})

DailyMed

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search_labels

Búsqueda DailyMed SPL etiqueta identidades, títulos, versiones y fechas de publicación por nombre de droga, opcionalmente reducido a un RxCUI. Retrieves una página de metadatos; presencia de etiquetas no establece la aprobación de la FDA.

Field	Type	Requirement and constraints
drug_name	string	required; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
rxcui	string	optional; pattern: "^[0-9]{1,12}$"
page	integer	optional; default: 1; minimum: 1; maximum: 100000
page_size	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("dailymed", "search_labels", {"drug_name": "aspirin", "page_size": 5})

get_label_history

Recuperar una página de la versión de DailyMed SPL para un ID SET exacto, preservando la identidad de la etiqueta, el título y las fechas de publicación. No descarga contenido histórico de etiquetas.

Field	Type	Requirement and constraints
setid	string	required; pattern: "^[a-fA-F0-9]{8}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{12}$"
page	integer	optional; default: 1; minimum: 1; maximum: 100000
page_size	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("dailymed", "get_label_history", {"setid": "9aa7140c-012c-4ea6-866d-4732e915dab6"})

BioSamples

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search_samples

Búsqueda pública EMBL-EBI BioSamples metadatos, una página de cursor a la vez. Retiene características, términos de ontología, referencias externas y fechas de liberación/actualización. Utilice el siguiente cursor devuelto con consulta sin cambios y page size; sin traversal automático.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
page_size	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
cursor	string	optional; minLength: 1; maxLength: 2048; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("biosamples", "search_samples", {"query": "leukaemia", "page_size": 5})

get_sample

Recuperar un registro público de BioSamples por adhesión, con curaciones aplicadas predeterminadas, características, términos de ontología, relaciones, referencias externas y fechas de procedencia. Los recursos y archivos vinculados no se recogen.

Field	Type	Requirement and constraints
accession	string	required; pattern: "^SAM[END][A-Z]?[0-9]{1,15}$"

const result = await host.mcp("biosamples", "get_sample", {"accession": "SAMD00023550"})

WikiPathways

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search_pathways

Encontrar WikiPathways por nombre insensible o subestring identificador WP, opcionalmente restringido a un nombre exacto de especie científica. Filtra la lista oficial actualPathways JSON instantánea localmente; esto no es búsqueda de texto completo o gen.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
species	string	optional; minLength: 1; maxLength: 100; pattern: "\S"
offset	integer	optional; default: 0; minimum: 0; maximum: 100000
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("wikipathways", "search_pathways", {"query": "glycolysis", "species": "Homo sapiens"})

get_pathway

Recuperar un registro de metadatos de WikiPathways por identificador WP de la instantánea actual getPathwayInfo JSON. Conserva especies, revisión, autores, descripción de fuentes y citas. No recupera gráficos de ruta, mapas de genes o revisiones históricas.

Field	Type	Requirement and constraints
id	string	required; pattern: "^WP[0-9]{1,10}$"

const result = await host.mcp("wikipathways", "get_pathway", {"id": "WP534"})

Europe PMC

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search_europepmc

Buscar Europa PMC usando directamente Boolean, sintaxis de campo y fecha. Devuelve los registros básicos incluyendo los resúmenes disponibles reales y un cursor de paginación explícita. Público: no se requiere clave NCBI ni email de contacto para este método. Una URL de texto completo no se recupera texto completo; siga los identificadores de PMC utilizando las herramientas de texto completo existentes.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 12000
page_size	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
cursor	string	optional; default: "*"; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("europepmc", "search_europepmc", {"query": "TP53 AND liver fibrosis", "page_size": 5})

Research Datasets

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get_dataset_access

Lea los requisitos de acceso oficial y los puntos de entrada para NHANES, CHARLS, CHNS, SEER, MIMIC, eICU, FAERS o GBD. Esto es una guía declarada, no un cheque de cuenta, aprobación o una consulta de la base de datos fuente. Revise los términos oficiales actuales antes de la adquisición.

Field	Type	Requirement and constraints
dataset	string	required; enum: ["nhanes", "charls", "chns", "seer", "mimic", "eicu", "faers", "gbd"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "get_dataset_access", {"dataset": "seer"})

list_nhanes_files

Descubra los archivos oficiales públicos NHANES XPT para un ciclo de encuesta/componente. Devuelve archivos y enlaces de documentación coincidentes sin descargar archivos. Rechaza una página de cambio / desafío en lugar de tratarla como un conjunto de datos vacío.

Field	Type	Requirement and constraints
cycle_begin_year	integer	required; minimum: 1999; maximum: 2100
component	string	optional; default: "Demographics"; enum: ["Demographics", "Dietary", "Examination", "Laboratory", "Questionnaire"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "list_nhanes_files", {"cycle_begin_year": 2017, "component": "Demographics"})

list_physionet_demo_files

Lista de archivos en la demostración pública oficial MIMIC-IV 2.2 o eICU 2.0. Admite ubicaciones demo fijas solamente; esto nunca probe proyectos credencializados, acepta URLs arbitrarias o envía credenciales de cuenta.

Field	Type	Requirement and constraints
dataset	string	required; enum: ["mimic", "eicu"]
directory	string	optional; default: "root"; enum: ["root", "hosp", "icu"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "list_physionet_demo_files", {"dataset": "mimic", "directory": "hosp"})

ChEA3

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rank_transcription_factors

Presentar una lista de genes-símbolos públicos a la API oficial de enriquecimiento ChEA3. Devuelve cada ranking de biblioteca por separado; las filas y las puntuaciones son evidencia de hipótesis, no validación causal. La solicitud se presenta una vez y no identifica todos los genes de entrada reconocidos.

Field	Type	Requirement and constraints
genes	array	required; minItems: 1; maxItems: 2000
query_name	string	optional; default: "query"; minLength: 1; maxLength: 100
top_n	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("chea3", "rank_transcription_factors", {"genes": ["FOXM1", "SMAD9", "MYC", "SMAD3", "STAT1", "STAT3"], "top_n": 5})

list_gmt_libraries

Descubra los enlaces oficiales de archivo ChEA3 GMT de su página de descarga. Las bibliotecas primarias, adicionales y de referencia pueden diferir; una biblioteca descargable no es automáticamente la biblioteca utilizada por un resultado en línea. No se descargan archivos por este método.

No hay campos de entrada; pase un objeto vacío.

const result = await host.mcp("chea3", "list_gmt_libraries", {})

bioDBnet

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list_input_types

Llame a la operación oficial de bioDBnet getinputs REST. Descubra los nombres de nodos soportados antes de la conversión. Preserve entradas no incluidas y múltiples salidas; la ausencia no es prueba de que no existe una asignación biológica.

No hay campos de entrada; pase un objeto vacío.

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_input_types", {})

list_output_types

Llame a la operación oficial de bioDBnet getoutputsforinput REST. Descubra los nombres de nodos soportados antes de la conversión. Preserve entradas no incluidas y múltiples salidas; la ausencia no es prueba de que no existe una asignación biológica.

Field	Type	Requirement and constraints
input_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_output_types", {"input_type": "genesymbol"})

convert_ids

Llame a la operación oficial de bioDBnet db2db REST. Descubra los nombres de nodos soportados antes de la conversión. Preserve entradas no incluidas y múltiples salidas; la ausencia no es prueba de que no existe una asignación biológica.

Field	Type	Requirement and constraints
input_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
values	array	required; minItems: 1; maxItems: 200
outputs	array	required; minItems: 1; maxItems: 20
taxon_id	integer	optional; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "convert_ids", {"input_type": "genesymbol", "values": ["TP53"], "outputs": ["geneid"], "taxon_id": 9606})

recognize_ids

Llame a la operación oficial de bioDBnet dbfind REST. Descubra los nombres de nodos soportados antes de la conversión. Preserve entradas no incluidas y múltiples salidas; la ausencia no es prueba de que no existe una asignación biológica.

Field	Type	Requirement and constraints
values	array	required; minItems: 1; maxItems: 200
output_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
taxon_id	integer	optional; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "recognize_ids", {"values": ["TP53"], "output_type": "geneid"})

map_orthologs

Llame a la operación oficial de bioDBnet dbortho REST. Descubra los nombres de nodos soportados antes de la conversión. Preserve entradas no incluidas y múltiples salidas; la ausencia no es prueba de que no existe una asignación biológica.

Field	Type	Requirement and constraints
input_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
values	array	required; minItems: 1; maxItems: 200
input_taxon	integer	optional; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000
output_taxon	integer	optional; default: 10090; minimum: 1; maximum: 100000000
output_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"

const result = await host.mcp("biodbnet", "map_orthologs", {"input_type": "genesymbol", "values": ["TP53"], "output_type": "genesymbol", "input_taxon": 9606, "output_taxon": 10090})

list_pathways

Llame a la operación oficial de bioDBnet getpathways REST. Descubra los nombres de nodos soportados antes de la conversión. Preserve entradas no incluidas y múltiples salidas; la ausencia no es prueba de que no existe una asignación biológica.

Field	Type	Requirement and constraints
taxon_id	integer	optional; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_pathways", {"taxon_id": 9606})

CTD

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list_ctd_reports

Regrese un subconjunto mantenido de los puntos de entrada oficiales del informe público de CTD y los términos de fuente. Este catálogo estático no verifica disponibilidad en vivo o proporciona consultas web de CTD. Utilice la página oficial para obtener archivos; detenga si se requiere verificación humana.

No hay campos de entrada; pase un objeto vacío.

const result = await host.mcp("ctd", "list_ctd_reports", {})