Référence de fonctionnement Connector

Recherchez les noms exacts de l'opération, les champs requis, les par défaut et les exemples d'appels. Pour choisir une source de données, commencez par le catalogue de bases de données. Expandez la famille Connector que vous avez l'intention d'appeler; La disponibilité et les références doivent être configurées séparément.

Où les appels par exemple s'exécutent

L'objet host est fourni par l'environnement d'exécution de l'agent Open-Science. Le JavaScript ci-dessous est un fragment d'appel côté agent, pas un programme standalone Node.js et pas une méthode sur le client public Tâche SDK. Demandez à l'agent de charger les instructions pertinentes de Connector et d'utiliser l'opération correspondante. Un framework peut exposer un pont Python au lieu de ce formulaire JavaScript.

Activez d'abord le Connector dans Paramètres → Connecteurs, configurez n'importe quel les pouvoirs requis et accordez l'accès au Specialist sélectionné, le cas échéant. L'appel suit toujours la politique de permission de la conversation. Les intégrations publiques Node.js peuvent gérer les paramètres Connector avec le Tâche SDK, mais ne peuvent pas obtenir ce host en important ce client.

Lire un résultat avant d'enchaîner les appels

Exemple Pass renvoyé PubMed IDs à une recherche de métadonnées

Par exemple, demandez : Utiliser PubMed pour rechercher les directives de rapport PRISMA; retourner le nombre total de correspondances et cinq PMIDs. L'opération search_articles renvoie un total et une page d'identifiants. Nourrir ceux qui ont renvoyé PMIDs à get_article_metadata pour obtenir des titres, des auteurs et des liens DOI. Une page vide, un résultat tronqué et une erreur d'authentification nécessitent une manipulation différente.

Renseignements retournés	Utilisez-le pour
Nombre total de correspondances et lignes retournées	Distinguer une petite page à partir du jeu de résultats complet
truncated, records_truncated ou des drapeaux d'exhaustivité propres à la famille	Décidez de pager, de restreindre la requête ou de récupérer le reste
not_found, missing, not_processed	Identifier les intrants non résolus et ne réessayer que les éléments appropriés
DOI, adhésion, URL source et publication/construction	Conserver l'identité et la source nécessaires pour les requêtes ultérieures
État du texte intégral ou note de licence	Décider si le texte a été récupéré et peut être réutilisé

Les noms de champs de retour diffèrent selon l'opération. Les descriptions et les schémas téléchargeables ci-dessous précisent chaque contrat; la table n'est pas une réponse universelle JSON. Utilisez la liste de la famille de droite pour sauter, puis élargir les paramètres de cette famille. La recherche d'un nom d'opération ouvre également son groupe contenant.

Lire les échecs séparément des résultats vides. Dans v0.30.2, CellGuide marqueur/source/matières demande des défaillances de la surface au lieu de les traiter comme des preuves vides; un fichier de données optionnel absent peut toujours être vide. Les requêtes relatives aux relations avec l'OLS rejettent la pagination incomplète et les réponses non valides. Une erreur de service n'est pas une preuve qu'un type de cellule n'a pas de marqueurs ou qu'un terme d'ontologie n'a pas de termes connexes.

Entrées d'exploitation

Étendre un connecteur à la fois. Les champs obligatoires sont marqués requis; cette référence et téléchargement utilisent l'Open-Science v1.0.5 schéma. Un nid input.required liste fait autorité; un héritage de haut niveau required liste peut être absente. Consultez la Registre téléchargeable complet pour les schémas JSON imbriqués, les descriptions complètes des retours et les exemples d'appels côté agent. Ne passez pas un générique id quand un outil attend accessions, cids, rs_id ou un autre champ spécifique à l'espace de noms.

Chimie

Afficher les opérations et les paramètres

pubchem_search_compounds

Résoudre un identificateur chimique (nom, SMILES, InChICey ou CID) aux CID de PubChem, en option avec les propriétés calculées du noyau pour les hits supérieurs.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
namespace	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "name"; enum: ["name", "smiles", "inchikey", "cid"]
max_cids	entier	facultatif; par défaut : 25; minimum: 1; maximum: 100
with_properties	booléen	facultatif; par défaut : true

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_search_compounds", {"query": "aspirin", "max_cids": 25})

pubchem_get_compounds

Complet des enregistrements de propriété pour un lot de CID PubChem, avec des listes de synonymes plafonnés en option.

Champ	Type	Besoins et contraintes
cids	tableau d’entiers	requis; minItems: 1; maxItems: 50
include_synonyms	booléen	facultatif; par défaut : false
max_synonyms	entier	facultatif; par défaut : 30

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_compounds", {"cids": [2244, 2519], "include_synonyms": false})

pubchem_similarity_search

Recherche de similarité 2D Tanimoto sur l'ensemble de PubChem pour une requête SMILES (chemin fastsimilarity_2d synchrone, pas de sondage d'emploi).

Champ	Type	Besoins et contraintes
smiles	chaîne de caractères	requis
threshold	entier	facultatif; par défaut : 90; minimum: 1; maximum: 100
max_records	entier	facultatif; par défaut : 50; minimum: 1; maximum: 200
with_properties	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_similarity_search", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "threshold": 90})

pubchem_get_bioassay_summary

Résumé de l'activité d'essai biologique d'un composé de PubChem, qui l'a testé, par rapport à quelles cibles, avec quel résultat et quelle puissance.

Champ	Type	Besoins et contraintes
cid	entier	requis
active_only	booléen	facultatif; par défaut : false
max_rows	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_bioassay_summary", {"cid": 2244, "active_only": true})

pubchem_get_safety

Classification de sécurité SGH pour un composé PubChem (PUG-View 'GHS Classification' , agrégées entre les sources de déclaration.

Champ	Type	Besoins et contraintes
cid	entier	requis

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_safety", {"cid": 702})

chebi_search

Recherche en texte intégral sur les entités de ChEBI (noms, synonymes, formules, InChIKeys).

Champ	Type	Besoins et contraintes
term	chaîne de caractères	requis
max_results	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_search", {"term": "caffeine", "max_results": 20})

chebi_get_entity

Registre complet de l'entité ChEBI : noms, structure, données chimiques, rôles et références croisées.

Champ	Type	Besoins et contraintes
chebi_id	chaîne de caractères	requis
max_synonyms	entier	facultatif; par défaut : 30
max_xrefs	entier	facultatif; par défaut : 50

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_entity", {"chebi_id": "CHEBI:27732"})

chebi_get_ontology

Les relations d'ontologie d'une entité ChEBI — ce qu'elle est (en cours: est un / a un rôle / conjugué acide...) et quels points AT elle (en venant: enfants / dérivés).

Champ	Type	Besoins et contraintes
chebi_id	chaîne de caractères	requis
relation_type	chaîne de caractères	facultatif
max_relations	entier	facultatif; par défaut : 100

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_ontology", {"chebi_id": "CHEBI:27732", "relation_type": "has role"})

rhea_search_reactions

Rechercher Rhea maitre réactions par texte d'équation, participant ChEBI id, ou numéro EC (query type auto-détected).

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
limit	entier	facultatif; par défaut : 50; minimum: 1; maximum: 500

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_search_reactions", {"query": "caffeine", "limit": 50})

rhea_get_reaction

Record complet pour une réaction Rhea: équation, participants avec les ids ChEBI et stœchiométrie, liens EC, direction famille et littérature.

Champ	Type	Besoins et contraintes
rhea_id	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_get_reaction", {"rhea_id": "10280"})

bindingdb_ligands_by_target

affinités de liaison mesurées (Ki/Kd/IC50/EC50) de tous les ligands BD contraignants par rapport à une cible protéique, par adhésion UniProt.

Champ	Type	Besoins et contraintes
uniprot	chaîne de caractères	requis
affinity_cutoff_nm	nombre	facultatif; par défaut : 10000
max_rows	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_ligands_by_target", {"uniprot": "P00533", "affinity_cutoff_nm": 100})

bindingdb_targets_by_compound

Des cibles protéiques avec des affinités mesurées pour des composés 2D-similaires à une requête SMILES — "Qu'est-ce que cette molécule (ou ses analogues proches) se lie ?".

Champ	Type	Besoins et contraintes
smiles	chaîne de caractères	requis
similarity	nombre	facultatif; par défaut : 0.85; minimum: 0.5; maximum: 1
max_rows	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_targets_by_compound", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "similarity": 0.85})

lipidmaps_get_compound

Recherchez la classification des lipides et les détails des composés dans les MAP LIPID par un CID LMID ou PubChem exact. Résoudre les noms avec PubChem d'abord. Retourne les identifiants de structure native et les cartes de base de données disponibles; les champs manquants demeurent inconnus. Un DIML peut décrire une structure générique ou incomplète, et non une molécule identifiée expérimentalement unique. Préserver tous les matchs retournés plutôt que de sélectionner le premier. Aucun nom, formule, abréviation, masse ou recherche en vrac. Données : LIPID MAPS, CC BY 4.0; conserver les liens d'attribution et d'enregistrement.

Field	Type	Requirement and constraints
id_type	string	required; enum: ["lm_id", "pubchem_cid"]
identifier	string	required; longueur max: 15

const result = await host.mcp("chemistry", "lipidmaps_get_compound", {"id_type": "lm_id", "identifier": "LMFA01010001"})

unichem_map_compound

Cartez exactement un identifiant InChICey ou ChEMBL pour PubChem, ChEMBL et ChEBI en utilisant UniChem. Résoudre les noms avec PubChem d'abord. Préserve des structures et des rapports distincts assortis de filtrage et de troncation. La cartographie reflète les affectations indexées d'UniChem, non vérifiées, ni l'équivalence biologique. Aucun nom, similarité, connectivité, composant sel ou recherche par lots.

Field	Type	Requirement and constraints
id_type	string	required; enum: ["inchikey", "chembl"]
identifier	string	required; longueur max: 27

const result = await host.mcp("chemistry", "unichem_map_compound", {"id_type": "chembl", "identifier": "CHEMBL1089"})

Graphique de littérature

Afficher les opérations et les paramètres

openalex_search_works

Rechercher des oeuvres savantes OpenAlex (toutes disciplines, ~250M notices) avec des filtres année/type/AO/venu. Args: requête (texte libre sur title+abstract+fulltext); optionnel si un filtre est défini), year_from, year_to (années incluses), work_type (article/review/preprint/book-chapter/dataset/dissertation), open_access_only, lieu (S-id, openalex.org URL, ISSN, ou un nom clair résolu à la première source touchée — surface dans venue_resolved; passer un ID exact pour sauter la résolution), trier (pertinence par défaut / cited_by_count / publication_date), max_records (par défaut 50, plafond dur 500; pages de 200), include_abstracts (reconstruite à partir de l'index inversé, mais SEULEMENT pour les licences ouvertes vérifiées — cc-by/cc-by-sa/cc0/domaine public; d'autres obtiennent abstract=null + abstract_policy note + abstract_license; additionne en vrac). Retourne {query, filtres, trier, api_total, n_records_returned, records_truncated, records}; chaque enregistrement est la forme de travail maigre (openalex_id, doi, pmid, title, publication_year/date, type, language, is_retracted, auteurs[...], source{...}, biblio, cited_by_count, fwci, referenced_works_count, open_access{...}, best_oa_pdf_url, primary_topic, mots-clés).

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	facultatif
year_from	entier	facultatif
year_to	entier	facultatif
work_type	chaîne de caractères	facultatif
open_access_only	booléen	facultatif
venue	chaîne de caractères	facultatif
sort	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "relevante"; enum: ["repertinence", "cited_by_count", "publication_date"]
max_records	entier	facultatif; par défaut : 50
include_abstracts	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_works", {"query": "CRISPR base editing", "year_from": 2020, "open_access_only": true, "sort": "cited_by_count", "max_records": 25})

openalex_get_work

Obtenez un travail OpenAlex en entier — métadonnées, résumé (reconstruits à partir de l'index inversé, sous licence comme dans openalex_search_works), emplacements OA, referenced_works (W-ids sortants — hydratez avec openalex_references) et counts_by_year. Args : work_id (W-id, openalex.org URL, nus DOI ou URL doi.org). Les recherches DOI se résolvent via le filtre demandeur; lorsque plusieurs œuvres partagent un DOI le plus cité est sélectionné et doi_claimants + doi_resolution_note inclus. Il n'est pas trouvé pour les ID/DOI inconnus.

Champ	Type	Besoins et contraintes
work_id	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_work", {"work_id": "W2741809807"})

openalex_citations

Liste des œuvres qui CITE une oeuvre donnée (citations entrantes) via OpenAlex's citation graph. Args: work_id (W-id/URL/DOI — DOI coûte une demande de résolution supplémentaire), tri (cited_by_count par défaut / publication_date / pertinence), max_records (50, plafond 500), include_abstracts. Retourne {work_id, api_total (le vrai nombre de citations), n_records_returned, records_truncated, records} (les relevés de travail)

Champ	Type	Besoins et contraintes
work_id	chaîne de caractères	requis
sort	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "cited_by_count"; enum: ["cited_by_count", "publication_date", "pertinence"]
max_records	entier	facultatif; par défaut : 50
include_abstracts	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("literature", "openalex_citations", {"work_id": "W2741809807", "sort": "cited_by_count", "max_records": 50})

openalex_references

Énumérez les travaux d'une œuvre donnée CITES (références sortantes), hydratée à métadonnées complètes dans l'ordre des listes de références. Args: work_id (W-id/URL/DOI), max_records (par défaut 100, plafond 500; hydratation par lot de 50/requête). Retourne {work_id, n_references, n_records_returned, records_truncated, references_not_hydrated (IDs OpenAlex n'a pas d'enregistrement pour — jamais supprimé silencieusement), reference_ids (ALL exiting W-ids), records}.

Champ	Type	Besoins et contraintes
work_id	chaîne de caractères	requis
max_records	entier	facultatif; par défaut : 100

const result = await host.mcp("literature", "openalex_references", {"work_id": "W2741809807", "max_records": 100})

openalex_search_authors

Rechercher les profils d'auteurs OpenAlex par nom. Args : requête (affiche le nom de l'appareil + les alternatives ; s'attendre à des homonymes — vérifier les affiliations/topiques/ORCID), max_records (par défaut 25, plafond 500). Retourne {query, api_total, n_records_returned, records_truncated, records}; chaque enregistrement {author_id, nom, orcide, works_count, cited_by_count, h_index, i10_index, affiliations[{institution, années}], last_known_institutions, top_topics}. Utilisez author_id avec openalex_get_author.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
max_records	entier	facultatif; par défaut : 25

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_authors", {"query": "Jennifer Doudna", "max_records": 25})

openalex_get_author

Obtenez un profil d'auteur d'OpenAlex plus leurs œuvres les plus citées. Args : author_id (A-id, openalex.org URL ou ORCID; CAVEAT: Le pointeur ORCID OpenAlex's peut être résolu en un duplicata clairsemé — préférant l'id A de openalex_search_authors), works_sample (par défaut 10, max 200; 0 saute la requête supplémentaire). Retourne l'enregistrement de l'auteur plus counts_by_year, top_works_total (nombre total d'oeuvres réelles) et top_works (enregistrements de travaux leans par citations).

Champ	Type	Besoins et contraintes
author_id	chaîne de caractères	requis
works_sample	entier	facultatif; par défaut : 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_author", {"author_id": "A5023888391", "works_sample": 10})

openalex_venue_info

Rechercher des revues/répertoires ('sources') dans OpenAlex — statut OA, liste DOAJ, APC, paramètres de citation. Args: lieu (exact S-id, openalex.org URL, ou ISSN pour un seul enregistrement; autre chose est une recherche de nom), max_records (par défaut 10, plafond 500; recherche de nom seulement). Retours : exact -> un enregistrement source + counts_by_year; Recherche de nom -> {query, api_total, n_records_returned, records_truncated, records}. Enregistrement source: {source_id, display_name, type, issn_l, issn, host_organization, country_code, homepage_url, is_oa, is_in_doaj, is_core, apc_usd, works_count, cited_by_count, h_index, two_year_mean_citedness, premier/last_publication_year, top_topics}.

Champ	Type	Besoins et contraintes
venue	chaîne de caractères	requis
max_records	entier	facultatif; par défaut : 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_venue_info", {"venue": "Nature", "max_records": 10})

arxiv_search

Rechercher les préimpressions arXiv (physique, mathématiques, CS, statistiques, q-bio, ...) via l'Atom officiel API. Args: requête (chaîne de requêtes arXiv); les termes simples recherchent tous les champs, préfixes de champ ti:/au:/abs: and booleans AND/OU/ANDNOT work; facultatif si la catégorie ou une plage de dates est définie), catégorie (code ArXiv ET-ed in, p.ex. q-bio.GN, cs.LG, stat.ML), date_from / date_to (date de soumission AAAA-MM-JJ, inclusivement), début (compensation de la recherche par téléappel en 0; les rythmes API ~3s entre les requêtes — page poliment), max_results (par défaut 25, max 100 par appel), sort_by (pertinence par défaut / soumisDate / lastMise à jourDate), sort_order (décroissant par défaut / ascendant). Retourne {search_query (la requête exacte envoyée), api_total (nombre total de correspondances d'arXiv', start_index, n_records_returned, records_truncated, sort_by, sort_order, records}; chaque enregistrement {arxiv_id, version, id_versioned, titre, résumé, auteurs, publié, mis à jour, primary_category, catégories, doi, journal_ref, commentaire, abs_url, pdf_url}. doi/journal_ref n'apparaissent qu'après la publication de la revue. Les requêtes déformées soulèvent une erreur (le flux d'erreur d'arXiv's HTTP-200 est détecté, jamais retourné comme données).

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	facultatif
category	chaîne de caractères	facultatif
date_from	chaîne de caractères	facultatif
date_to	chaîne de caractères	facultatif
start	entier	facultatif; par défaut : 0
max_results	entier	facultatif; par défaut : 25
sort_by	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "relevante"; enum: ["repertinence", "soumisDate", "dernièremise à jourDate"]
sort_order	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "descending"; enum: ["descending", "ascending"]

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_search", {"query": "ti:transformer", "category": "cs.LG", "max_results": 10})

arxiv_get_papers

Métadonnées papier arXiv (incl. abstracts) par ID — une demande rapide pour des papiers jusqu'à 100. Args: arxiv_ids (jusqu'à 100 IDs sous n'importe quelle forme commune — 2103.14030, version 2103.14030v2, ancien style q-bio/0601001, arXiv:-préfixé, ou URL abs/pdf; les ID non-versions se résolvent à la dernière version). Retourne {n_requested, n_found, duplicatas (intrants qui ont résolu sur un papier déjà retourné), not_found (identifiants malformés ET inconnus — arXiv saute silencieusement les inconnus et rejette les lots entiers sur les malformés; cet outil ne fait aucun), records} — les enregistrements dans l'ordre demandé, de la même forme que les enregistrements arxiv_search. Les documents retirés retournent toujours les métadonnées (cochez les commentaires pour les notes de retrait).

Champ	Type	Besoins et contraintes
arxiv_ids	tableau de chaînes	requis

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_get_papers", {"arxiv_ids": ["2103.14030", "1706.03762v5"]})

crossref_get_work

Récupérer les métadonnées déposées par l'éditeur pour un Crossref DOI. Une URL nue DOI, doi: prefix ou doi.org est acceptée. Aucune clé API n'est requise. Si le DOI appartient à une autre agence d'enregistrement, utilisez le service correspondant; a Crossref 404 ne prouve pas que le DOI est invalide. Vérifiez le retour de DOI, titre et source_url.

Champ	Type	Besoins et contraintes
doi	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_work", {"doi": "10.1038/nature12968"})

crossref_get_updates

Lire la correction déposée, la rétractation et d'autres relations de mise à jour. updated_by indique les avis de mise à jour de ce travail; update_to pointe pour fonctionner mis à jour par ce DOI. Préserver la direction de la relation et les étiquettes des sources. Les tableaux vides n'établissent pas la fiabilité ni ne prouvent qu'il n'y a pas de rétractation.

Champ	Type	Besoins et contraintes
doi	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_updates", {"doi": "10.1038/nature12968"})

datacite_search_records

Recherche publique DataCite dataset/software DOI métadonnées. Demande d'approvisionnement, related_doi ou les deux; requête utilise la syntaxe de requête DataCite. Conserver les mêmes filtres et page_size lorsque vous suivez next_page. L'extraction du nombre de pages est limitée aux premiers enregistrements 10,000 : rétrécissez la requête si nécessaire. Vérifiez related_identifiers, droits et URL d'atterrissage; Les métadonnées ne garantissent pas le téléchargement de données ni la permission de réutilisation.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 2000
related_doi	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 2048
resource_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "dataset"; enum: ["dataset", "software"]
page_size	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("literature", "datacite_search_records", {"query": "climate", "resource_type": "dataset", "page_size": 5})

datacite_get_record

Récupérer un enregistrement public DataCite DOI, y compris les titres, les créateurs, le type de ressource, les droits, les identifiants connexes et la version disponible. Accepte une URL nue de DOI, doi: prefix ou doi.org. Vérifiez l'identifiant et la direction de la relation avant d'utiliser un ensemble de données ou un logiciel lié.

Champ	Type	Besoins et contraintes
doi	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 2048

const result = await host.mcp("literature", "datacite_get_record", {"doi": "10.14454/qdd3-ps68"})

PubMed

Afficher les opérations et les paramètres

search_articles

Recherche PubMed (biomédical & littérature sur les sciences de la vie par l'intermédiaire de la recherche en ligne de l'ICNE) pour les articles correspondant à une requête. Renvoie le nombre total de correspondances plus une page de PMIDs. Supporte les balises de champ PubMed ([Titre], [Auteur], [Journal], [Modalités MeSH], ...), les opérateurs booléens, le filtrage de date et le tri. PubMed n'indexe pas la physique / CS / maths / papiers de chimie pure.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
max_results	entier	facultatif; par défaut : 20
retstart	entier	facultatif; par défaut : 0
sort	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["repertinence", "pub_date", "author", "journal_name", "title"]
date_from	chaîne de caractères	facultatif
date_to	chaîne de caractères	facultatif
datetype	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "pdat"; enum: ["pdat", "edat", "mdat"]

const result = await host.mcp("pubmed", "search_articles", {"query": "CRISPR gene editing", "max_results": 10})

get_article_metadata

Récupérer des métadonnées détaillées d'articles de PubMed par PMID (bulk, via efetch): identifiants (pmid/pmc/doi), titre, résumé, journal, auteurs avec affiliations, date de publication, termes MeSH, types d'articles, langue et citation. Pour chaque utilisation, citer PubMed et inclure l'article retourné DOI (identificateurs.doi) comme liens.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pmids	['string', 'array']	requis

const result = await host.mcp("pubmed", "get_article_metadata", {"pmids": ["35486828", "33264437"]})

find_related_articles

Trouvez le contenu PubMed associé pour une ou plusieurs sources PMIDs via NCBI elink. pubmed_pubmed (par défaut) renvoie des articles similaires classés par similitude de titres/abstractions/MeSH (citations de NOT); pubmed_pmc retourne les liens PMC en texte intégral; pubmed_gene/pubmed_protein/pubmed_nucleotide renvoie les enregistrements de séquence/genre liés.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pmids	['string', 'array']	requis
link_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "pubmed_pubmed"; enum: ["pubmed_pubmed", "pubmed_pmc", "pubmed_nucleotide", "pubmed_protein", "pubmed_gene"]
max_results	entier	facultatif

const result = await host.mcp("pubmed", "find_related_articles", {"pmids": ["35486828"], "link_type": "pubmed_pubmed"})

lookup_article_by_citation

Résoudre les citations bibliographiques de PMIDs par l'intermédiaire de l'ecitmatch de la BCNI. Chaque citation fournit une partie de {journal, année, volume, first_page, auteur, key}; fournir des champs 2-3+ pour une correspondance fiable. Utilisez lorsque vous avez une liste de références et avez besoin de PMIDs.

Champ	Type	Besoins et contraintes
citations	tableau d’objets	requis

const result = await host.mcp("pubmed", "lookup_article_by_citation", {"citations": [{"journal": "Science", "year": 1987, "volume": "235", "first_page": "182", "author": "Palmenberg AC"}]})

convert_article_ids

Convertir entre PMID, PMCID et DOI via le convertisseur d'ID NCI/PMC. ids d'entrée homogènes par appel (set id_type à correspondre). Généralement utilisé pour vérifier si un PMID a un PMCID (c.-à-d. texte complet dans PMC) avant d'appeler get_full_text_article.

Champ	Type	Besoins et contraintes
ids	['string', 'array']	requis
id_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "pmid"; enum: ["pmid", "pmcid", "doi"]

const result = await host.mcp("pubmed", "convert_article_ids", {"ids": ["PMC9046468"], "id_type": "pmcid"})

get_full_text_article

Récupérer le texte complet en libre accès depuis PubMed Central via Europe PMC par PMC id ("PMC12345" ou " 12345"). Retourne le texte structuré de la section plus la licence; lorsque le texte complet n'est pas disponible, la raison est indiquée explicitement (fulltext_status). Seuls les articles sous-subset OA ont récupéré le texte intégral. Sur chaque utilisation, citer PubMed et inclure l'article retourné DOI comme liens.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pmc_ids	['string', 'array']	requis

const result = await host.mcp("pubmed", "get_full_text_article", {"pmc_ids": ["PMC9046468"]})

get_copyright_status

Signaler le droit d'auteur et le statut de licence par PMID en combinant PubMed CopyrightInformation, le convertisseur d'ID PMC (PMID -> PMCID/DOI) et les autorisations de PMC <> block (type de licence, URL de licence ALI, déclaration de copyright/année). Utiliser pour vérifier les droits de réutilisation en libre accès avant de reproduire du contenu.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pmids	['string', 'array']	requis

const result = await host.mcp("pubmed", "get_copyright_status", {"pmids": ["35891187", "34375400"]})

get_pubtator_annotations

Export PubTator 3 BioC JSON entité et relation annotations pour les articles publiés PubMed (titre/résumé). Garde le texte de passage, les décalages, les identifiants normalisés et les relations. Ne soumet pas de texte brut.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pmids	array	requis; minItems: 1; maxItems: 10

const result = await host.mcp("pubmed", "get_pubtator_annotations", {"pmids": ["29355051"]})

search_pubtator

Recherche d'une page de publications PubTator 3 par texte, identifiants d'entités ou relations (par exemple relations:ANY=@CHEMICAL Doxorubicin=@DISEASE Neoplasmes). Les relations automatisées sont des preuves de recherche et non des conclusions cliniques.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	string	requis; minLength: 1; maxLength: 1000
page	integer	optional; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("pubmed", "search_pubtator", {"query": "relations:ANY|@CHEMICAL_Doxorubicin|@DISEASE_Neoplasms", "page": 1})

Genes & Ontologies

Afficher les opérations et les paramètres

query_genes

Résoudre les identificateurs/symboles de gènes via mygene.info (chiffré, jusqu'à 1000 termes/demande). Utilisez ceci pour cartographier les symboles de gènes pour les ID de gènes d'Ensembl, les ID d'Entrez, les noms et tout autre champ mygene.info — ou l'inverse (cochez scopes dans l'espace de noms de vos termes d'entrée, par exemple. "entrezgene", "ensembl.gene", "symbol,alias"). Args : termes (termes de requête, p.ex. ["TP53","BRCA1"]; les termes contenant des virgules ne sont pas pris en charge); scopes (espaces de noms d'identificateurs séparés par des virgules pour correspondre aux termes); les champs (champs de mygene séparés par des commes à retourner, ou "all"); espèce (nom usuel "human"/"souris" ou NCBI a fait l'objet d'un taxi). Retourne {n_input, n_records, not_found, records}. Un terme correspondant à plusieurs gènes donne plusieurs enregistrements (chaque gène porte son query). Les enregistrements sont commandés de façon déterministe (ordre d'entrée, puis _id).

Champ	Type	Besoins et contraintes
terms	tableau de chaînes	requis
scopes	chaîne de caractères	facultatif
fields	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "symbol,name,taxid,entrezgene,ensembl.gene"
species	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("genes", "query_genes", {"terms": ["TP53", "BRCA1"], "scopes": "symbol,alias", "fields": "symbol,name,entrezgene,ensembl.gene", "species": "human"})

list_ontologies

Liste des ontologies du Service de recherche en ontologie de l'EBI (OLS4). Avec ontology_ids (par exemple ["efo","cl","chebi","go","mondo"]): récupérer des enregistrements de métadonnées structurées pour ces ontologies seulement; des ID inconnus sont signalés dans not_found. Sans : le catalogue complet OLS4 (~250 ontologies, paginées entièrement et vérifiées en nombre). Retourne : {enregistrements :[{ontology_id, titre, version, état, num_terms, ...}], not_found:[...]} pour une liste d'ID, ou des enregistrements {:[...], total_elements, complet} pour le catalogue complet.

Champ	Type	Besoins et contraintes
ontology_ids	tableau de chaînes	facultatif

const result = await host.mcp("genes", "list_ontologies", {"ontology_ids": ["efo", "go", "mondo"]})

search_ontology_terms

Rechercher les termes de l'ontologie par étiquette/synonyme dans une ou plusieurs ontologies OLS4. Utilisations typiques : trouver un ID EFO pour un nom de maladie (ontologies=["efo"]), des termes Cell Ontology pour un type de cellule (["cl"]), des termes ChEBI pour un produit chimique (["chebi"]), des termes GO par nom (["go"]) ou rechercher toutes les ontologies en même temps. Args : requête (étiquette de terme, synonyme ou identifiant); les études de cas (identifications en minuscules à limiter; Aucun ne fouille toutes les ontologies); exact (coup de corde entière); include_obsolete (faux par défaut); max_results (classé selon la pertinence de l'OLS). Retourne {query, total_found, n_returned, tronqué, termes:[{curie, iri, label, short_form, ontology, description, type, is_defining_ontology}]}.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
ontologies	tableau de chaînes	facultatif
exact	booléen	facultatif; par défaut : false
include_obsolete	booléen	facultatif; par défaut : false
max_results	entier	facultatif; par défaut : 20

const result = await host.mcp("genes", "search_ontology_terms", {"query": "asthma", "ontologies": ["efo"], "max_results": 20})

get_ontology_term

Obtenez un terme d'ontologie's détails, ou son ensemble complet de termes connexes. Avec relation=None : enregistrement à terme complet (étiquette, synonymes, description, drapeau obsolète, parents directs). Avec une relation: l'ensemble COMPLETE, entièrement paginé de termes connexes — par exemple: relation="hiérarchiqueEnfants" pour les enfants directs, y compris: part_of etc., "descendants"/"hiérarchiquesDescendants" pour l'ensemble du sous-arbre, "ancestors"/"hiérarchiqueAncestors", "parents", "children". La récupération est vérifiée en nombre par rapport au total des API'. Arguments: ontologie (case inférieure, p.ex. "efo","go","cl","chebi"); term_id (CURIE "EFO:0000305"/"GO:0006281" ou IRI complet); relation (aucun ou l'un des éléments énumérés); include_parents (comprend les réfs parents directs lorsque la relation n'est pas nulle). Retourne: relation=Aucune {curie, iri, étiquette, ontology, short_form, synonymes, description, is_obsolete, has_children, parents}; Sinon {root, relation, total_elements, term_count, termes:[...]}.

Champ	Type	Besoins et contraintes
ontology	chaîne de caractères	requis
term_id	chaîne de caractères	requis
relation	chaîne de caractères	facultatif; Enum: ["parents", "children", "ancesters", "descendants", "hiérarchiqueParents", "hiérarchiqueEnfants", "hiérarchiqueAncestors", "hiérarchiqueDescendants"]
include_parents	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("genes", "get_ontology_term", {"ontology": "go", "term_id": "GO:0006281", "relation": "children"})

get_go_annotations

Récupérer les annotations GO d'un produit génique UniProt de QuickGO (complet, vérifié en nombre). Args: uniprot_accession (par exemple "P04637", préfixe facultatif); l'aspect (comit pour tous les aspects, ou l'un des aspects de biological_process/molecular_function/cellular_component); des preuves (aucune/toute, un préréglage "experimental_manual"=des preuves expérimentales attribuées manuellement, "automatic_iea"=électronique/IEA, ou un code ECO explicite comme "ECO:0000314"; les codes de preuve GO à trois lettres comme IDA/IEA ne sont pas acceptés — QuickGO ignore silencieusement goEvidence, le filtre doit utiliser les codes ECO); taxon_id (fiscal optionnel BCNI, par exemple 9606); include_term_names (hydratez chaque enregistrement avec le nom/l'aspect/l'obsolète du terme GO par une recherche d'ontologie en série); max_records (cap sur les enregistrements); l'ensemble complet est toujours récupéré et résumé; truncated affiche le capuchon). Retourne {gene_product, total_annotations, n_records, complet, tronqué, distinct_go_ids (à travers TOUTES les annotations), records:[{go_id, go_aspect, qualificatif, go_evidence, eco_id, référence, assigned_by, date, ...}]}.

Champ	Type	Besoins et contraintes
uniprot_accession	chaîne de caractères	requis
aspect	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["biological_process", "molecular_function", "cellular_component"]
evidence	chaîne de caractères	facultatif
taxon_id	entier	facultatif
include_term_names	booléen	facultatif; par défaut : false
max_records	entier	facultatif; par défaut : 200

const result = await host.mcp("genes", "get_go_annotations", {"uniprot_accession": "P04637", "aspect": "molecular_function", "evidence": "experimental_manual"})

search_uniprot_entries

Découvrez les entrées actives de protéines UniProtKB par nom de gène exact (y compris les synonymes), expression de nom de protéine et/ou exact organism_id (identifiant taxonomique NCBI, pas descendant). Au moins un de ces filtres est requis; Les filtres fournis sont combinés avec ET. Optional review=true sélectionne Swiss-Prot, false sélectionne TrEMBL; l'omettre comprend les deux. Aucun organisme ni aucun organisme par défaut examiné. Le texte utilise des phrases jumelées UniProt, et non des sous-chaînes arbitraires ou une syntaxe de requête brute; les citations, les contre-slashs, les wildcards et les caractères de contrôle sont rejetés. Retourne une page limitée dans l'ordre d'adhésion, pas un ensemble complet de protéines. Pour la page suivante, passez next_cursor comme curseur avec des filtres identiques et page_size. Les curseurs sont opaques, non pas des décalages ni des instantanés durables; redémarrer si UniProt rejette un curseur oblique.

Fournir au moins un filtre de recherche répertorié; Consultez le schéma téléchargeable pour obtenir des règles complètes de combinaison.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene	chaîne de caractères	facultatif; durée minimale: 1; Longueur max.: 200; modèle: "^(?=[\\s\\S]*\\S)[^\"\\\\*?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"
protein_name	chaîne de caractères	facultatif; durée minimale: 1; Longueur max.: 200; modèle: "^(?=[\\s\\S]*\\S)[^\"\\\\*?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"
organism_id	entier	facultatif; minimum: 1; maximum: 2147483647
reviewed	booléen	facultatif
page_size	entier	facultatif; par défaut  : 25; minimum: 1; maximum: 500
cursor	chaîne de caractères	facultatif; durée minimale: 1; Longueur max.: 4096; modèle: "^[^\\s\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"

const result = await host.mcp("genes", "search_uniprot_entries", {"gene": "TP53", "organism_id": 9606, "reviewed": true, "page_size": 25})

get_uniprot_entries

Renseignez UniProtKB pour obtenir une liste d'adhésions primaires ou secondaires (demandes d'entrées en bourse d'abord; Les alias non résolus utilisent un recul direct par adhésion). Trois modes : fields donné → récupération tabulaire token-lean de ces champs UniProt (par exemple : ["adhésion", "id", "protein_name", "gene_names", "organism_name", "longueur", "séquence"]; format est ignoré. format « fasta » → séquences FASTA par adhésion. format="txt" → texte complet du fichier plat UniProt par adhésion (annotation complète; peuvent être très grandes — préfèrent fields). Arguments: adhésions (par exemple ["P04637", "P38398"]); format ("fasta"/"txt", ignoré lorsque fields est donné); champs (noms de champs UniProt REST en option pour le mode tabulaire). Retourne : fields mode { accessions, fields, n_records, records:[{<column>:value}]}; fasta/txt mode {adhésions, format, n_found, manquant, enregistrements:{adhésion:text}} — missing listes accessions UniProt n'a retourné aucun document pour.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accessions	tableau de chaînes	requis
format	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["fasta", "txt"]
fields	tableau de chaînes	facultatif

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {"accessions": ["P04637", "P38398"], "fields": ["accession", "id", "protein_name", "gene_names", "organism_name", "length"]})

submit_uniprot_id_mapping

Soumettre jusqu'à 100,000 des identifiants pour la cartographie d'UniProt par lots. from_db/to_db sont des noms exacts de base de données UniProt API (par exemple : Gene_Name, GeneID, Ensembl, RefSeq_Protein, UniProtKB_AC-ID -> UniProtKB; UniProtKB_AC-ID -> Ensembler ou GeneID). Les paires valides sont définies par https://rest.uniprot.org/configure/idmapping/fields; Les paires non soutenues échouent en amont. taxon_id est facultatif uniquement pour Gene_Name; Précisez-le pour désambiguer les espèces. Les identifiants doivent être des chaînes individuelles sans espace blanc ou séparateurs; cas et versions sont conservés, des duplicatas exacts soumis une fois. Passez les adhésions de search_uniprot_entries comme ids avec from_db=UniProtKB_AC-ID. Envoie un POST, jamais automatiquement des relevés ou des sondages. Enregistrer job_id, puis utiliser get_uniprot_id_mapping_status et get_uniprot_id_mapping_results. UniProt expire les résultats après jusqu'à 7 jours; l'annulation ou l'arrêt de l'application arrête les demandes locales, pas la tâche distante. Aucun cache de travail local ou annulation/suppression à distance API n'est fourni. Si la soumission perd sa réponse, un emploi peut exister; ne pas soumettre aveuglément.

Champ	Type	Besoins et contraintes
from_db	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 100; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_-]*$"
to_db	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 100; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_-]*$"
ids	tableau de chaînes	requis; minItems: 1; maxItems: 100000
taxon_id	entier	facultatif; minimum: 1; maximum: 2147483647

const result = await host.mcp("genes", "submit_uniprot_id_mapping", {"from_db":"Gene_Name","to_db":"UniProtKB","ids":["TP53","BRCA1"],"taxon_id":9606})

get_uniprot_id_mapping_status

Vérifiez une fois un travail de mappage UniProt ID existant. NEW/RUNNING signifie que cet outil est utilisé plus tard (au moins 3 secondes d'intervalle); FINIS signifie récupérer toutes les pages avec get_uniprot_id_mapping_results. L'ERREUR en amont est normalisé à FAILED, un échec d'emploi terminal, et non des ID non appariés. HTTP Les pannes de travail 400/500 sont lues sans corrections automatiques; d'autres défaillances de HTTP (y compris des emplois inconnus/expirés) se propagent. Ne soumet pas de nouveau travail ou de sondage automatique.

Champ	Type	Besoins et contraintes
job_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 100; modèle: "^[A-Za-z0-9_-]+$"

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_id_mapping_status", {"job_id":"ecuuh9h0Md"})

get_uniprot_id_mapping_results

Saisissez une page de paires compactes de cartes UniProt ID pour un travail terminé. Répéter avec next_cursor et job_id/page_size identiques jusqu'à has_more=false; Les curseurs sont opaques, pas les décalages ou les instantanés durables. Toutes les lignes sont conservées, y compris les cartes d'un à plusieurs. Fusionner les paires de pages de toutes les pages avant d'interpréter la multiplicité; une source peut s'étendre sur des pages. Recueillir l'union de failed_ids rapportée à travers les pages; jamais déduire des ID non appariés de l'absence sur une page. Les identifiants de cible UniProtKB peuvent être passés à get_uniprot_entries pour des annotations ou des séquences.

Champ	Type	Besoins et contraintes
job_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 100; modèle: "^[A-Za-z0-9_-]+$"
page_size	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 500
cursor	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 4096; modèle: "^[^\s\u0000-\u001f\u007f]+$"

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_id_mapping_results", {"job_id":"ecuuh9h0Md","page_size":100})

map_reactome_pathways

Les symboles de gènes Map ou les adhésions UniProt aux voies de réactome (processus d'analyse du service). Args: identifiants (symboles de gènes si id_type="symbol", adhésions UniProt si "uniprot"; pas de duplicata); id_type ("symbol"/"uniprot"); espèces (par défaut "Homo sapiens"); ressource (AnalyseService molécule-ressources vue "TOTAL" par défaut; "UNIPROT" restreint les cartes des niveaux de protéines; include_disease (par défaut de service Vrai); compact (Vrai → parcours de bas niveau par identifiant seulement {stId,nom,espèces} + version de sortie de réactome; Faux → résultat déterministe complet : ensemble de voies complètes par identifiant avec des statistiques d'entité/réaction (valeurs p, FDR, trouvé/total) et résumé de lots incl. identifiers_not_found). Retourne: compact {tool, reactome_version, id_type, species, n_input, genes:{identificateur:{found, n_lowlevel_pathways, pathways}}}; complète ajoute les statistiques par voie et batch_summary. Cartes identifiant les voies dans l'espèce demandée, sans les projeter à l'humain. Utiliser un nom scientifique pris en charge, comme Homo sapiens ou Mus musculus; le schéma téléchargeable liste tous les noms supportés. Les espèces vides, non soutenues ou mal appariées sont des erreurs. found et n_found indiquent la reconnaissance des identifiants, et non l'adhésion à la voie : un identifiant reconnu peut avoir zéro chemin. Le mode compact ne contient que des voies de bas niveau.

Champ	Type	Besoins et contraintes
identifiers	tableau de chaînes	requis
id_type	chaîne de caractères	requis; enum: ["symbol", "uniprot"]
species	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "Homo sapiens"
resource	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "TOTAL"
include_disease	booléen	facultatif; par défaut : true
compact	booléen	facultatif; par défaut : true

const result = await host.mcp("genes", "map_reactome_pathways", {"identifiers": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "id_type": "symbol"})

list_enrichment_sources

Énumérez les sources d'enrichissement g:Profiler et leurs versions de données actuelles pour un organisme. Les sources sont dépendantes de l'organisme et comprennent des espaces de noms tels que GO:BP, GO:MF, GO:CC, KEGG, Reactome et WikiPathways lorsque disponibles. g:Profiler stocke des métadonnées de requête limitées pour le fonctionnement du service; cette recherche en lecture seule ne soumet pas de liste de gènes.

Champ	Type	Besoins et contraintes
organism	chaîne de caractères	requis; durée minimale: 1; Longueur max.: 64; modèle: "^[a-z][a-z0-9_]*$"

const result = await host.mcp("genes", "list_enrichment_sources", {"organism": "hsapiens"})

enrich_gene_set

Exécuter g:Profiler g:GOSt enrichissement pour un ensemble de gènes à travers GO, Reactome, KEGG, WikiPathways, et d'autres sources soutenues par l'organisme. Supporte un organisme explicite, un contexte statistique personnalisé, des tests sous-représentatifs, et g:Profiler correction multi-tests. Les identifiants non maquillés, ambigus et dupliqués sont retournés dans les métadonnées au lieu d'être rejetés silencieusement.

Champ	Type	Besoins et contraintes
genes	tableau de chaînes	requis; minItems: 1; maxItems: 5000
organism	chaîne de caractères	requis; durée minimale: 1; Longueur max.: 64; modèle: "^[a-z][a-z0-9_]*$"
sources	tableau de chaînes	facultatif; maxItems: 100
background_genes	tableau de chaînes	facultatif; minItems: 1; maxItems: 20000
domain_scope	chaîne de caractères	facultatif; enum: [" annoté", "connu", "custom", "custom_annotated"]
correction_method	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "g_SCS"; enum: ["g_SCS", "bonferroni", "fdr"]
user_threshold	nombre	facultatif; maximum: 1; Exclusivité Minimum: 0
all_results	booléen	facultatif; par défaut : false
ordered	booléen	facultatif; par défaut : false
measure_underrepresentation	booléen	facultatif; par défaut : false
no_iea	booléen	facultatif; par défaut : false
no_evidences	booléen	facultatif; par défaut : false
numeric_ns	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 64

const result = await host.mcp("genes", "enrich_gene_set", {"genes": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "organism": "hsapiens", "sources": ["GO:BP", "REAC"], "correction_method": "fdr"})

list_enrichr_libraries

Énumérez les bibliothèques de gènes Enrichr actuelles et leurs statistiques de couverture pour un déploiement de Enrichr. Le déploiement humain couvre les bibliothèques humaines et les bibliothèques de souris; d'autres organismes soutenus utilisent leurs déploiements dédiés. Utilisez ceci avant enrich_gene_set_enrichr pour sélectionner les bibliothèques pour la transcription-facteur, perturbation, médicament, maladie, tissu ou analyse de type cellulaire.

Champ	Type	Besoins et contraintes
organism	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "human"; enum: ["human", "fly", "yeast", "worm", "fish"]

const result = await host.mcp("genes", "list_enrichr_libraries", {"organism": "human"})

enrich_gene_set_enrichr

Exécutez l'enrichissement Enrichr pour les symboles de gènes ou les identifiants acceptés par les bibliothèques Enrichr sélectionnées. Ceci complète g:Profiler avec transcription-facteur, perturbation, médicament, maladie, tissu, et les bibliothèques de type cellulaire. Un arrière-plan personnalisé utilise le Speedrichr API et n'est actuellement pris en charge que pour le déploiement humain. Enrichr ne signale pas d'identificateurs non maquillés, donc mapping_status est toujours not_reported_by_enrichr. Les listes de gènes sont soumises au service externe Enrichr; Les téléchargements sont des effets secondaires externes temporaires et ne sont pas automatiquement retournés si une requête ultérieure de bibliothèque échoue.

Champ	Type	Besoins et contraintes
genes	tableau de chaînes	requis; minItems: 1; maxItems: 5000
libraries	tableau de chaînes	requis; minItems: 1; maxItems: 10
background_genes	tableau de chaînes	facultatif; minItems: 1; maxItems: 20000
organism	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "human"; enum: ["human", "fly", "yeast", "worm", "fish"]
description	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 200
max_results	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 500

const result = await host.mcp("genes", "enrich_gene_set_enrichr", {"genes": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "libraries": ["ChEA_2022", "LINCS_L1000_Chem_Pert_up"]})

get_hgnc_gene

Récupérer la nomenclature des gènes humains par le symbole exact HGNC. Conserve le statut approuvé/retiré, les noms, alias, références croisées et les dates de modification.

Champ	Type	Besoins et contraintes
symbol	string	requis; minLength: 1; maxLength: 100

const result = await host.mcp("genes", "get_hgnc_gene", {"symbol": "BRCA1"})

resolve_hgnc_alias

Résoudre un symbole exact d'alias du gène humain par l'intermédiaire du HGNC. Retourne chaque gène correspondant ; ne choisit jamais silencieusement parmi les alias ambigus. Utilisez get_hgnc_gene pour les symboles approuvés.

Champ	Type	Besoins et contraintes
symbol	string	requis; minLength: 1; maxLength: 100

const result = await host.mcp("genes", "resolve_hgnc_alias", {"symbol": "P53"})

get_hgnc_service_info

Lisez les métadonnées officielles du service HGNC REST, les champs consultables et les champs stockés. Partager demande l'admission avec les recherches HGNC existantes; aucune clé n'est nécessaire.

Pas de champs d'entrée; passez un objet vide.

const result = await host.mcp("genes", "get_hgnc_service_info", {})

query_hgnc_field

Saisissez ou recherchez un champ HGNC documenté, y compris des symboles historiques et des identifiants externes. Recherche de retours identificateurs indexés; récupérer les retours enregistrés. Préserver les correspondances ambiguës et le statut approuvé/retiré au lieu de choisir silencieusement un gène.

Field	Type	Requirement and constraints
mode	string	optional; default: "fetch"; enum: ["fetch", "search"]
field	string	required; enum: ["symbol", "alias_symbol", "prev_symbol", "name", "hgnc_id", "entrez_id", "ensembl_gene_id"]
value	string	required; minLength: 1; maxLength: 300
max_rows	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("genes", "query_hgnc_field", {"field": "entrez_id", "value": "7157", "mode": "fetch"})

list_hgnc_files

Lister les objets, les tailles, les métadonnées d'identité/de vérification et les jetons de page officiels de HGNC. Ceci ne découvre que les URLs de téléchargement; il ne télécharge pas les fichiers ou crée l'état local. ETag n'est pas un bilan SHA256.

Field	Type	Requirement and constraints
prefix	string	optional; default: "hgnc/tsv/tsv/"; maxLength: 200; pattern: "^hgnc/[A-Za-z0-9_./-]*$"
cursor	string	optional; default: ""; maxLength: 4096
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("genes", "list_hgnc_files", {"prefix": "hgnc/tsv/tsv/", "limit": 5})

Génomes

Afficher les opérations et les paramètres

blast_submit

Soumettre une séquence de nucléotides ou de protéines au service public NCBI BLAST pour une recherche de similarité asynchrone. Définissez molecule_type explicitement parce qu'une protéine faite uniquement de A/C/G/T est autrement ambiguë. Retourne un RID et l'estimation du serveur; appeler blast_status pas plus d'une fois par minute, puis blast_results après READY. La séquence est envoyée à la BCNI et n'est pas mise en cache localement; une réponse de soumission perdue soulève blast_submission_unknown et ne doit pas être réévaluée automatiquement. Espacez toutes les demandes BLAST d'au moins 10 secondes et toutes les demandes pour le même RID d'au moins 60 secondes. Gardez le RID à reprendre après le redémarrage. NCBI conserve généralement les résultats pour 36 heures; ce n'est pas une garantie de suppression. Annulation, sortie de l'application et désinstaller arrêter les requêtes locales seulement; ce API n'a pas d'opération distante documentée d'annulation/delete. Aucun registre de travail ou cache de résultats n'est ajouté; la conversation normale/permanence du carnet de notes peut conserver les entrées et les sorties.

Champ	Type	Besoins et contraintes
sequence	chaîne de caractères	requis; durée minimale: 1; Longueur max.: 100000
molecule_type	chaîne de caractères	requis; Numéro: ["nucleotide", "protein"]
database	chaîne de caractères	facultatif; Numéro: ["nt", "core_nt", "refseq_rna", "nr", "refseq_protein", "swissprot"]
evalue	nombre	facultatif; exclusiveMinimum: 0; maximum: 1000
hitlist_size	entier	facultatif; minimum: 1; maximum: 100
megablast	booléen	facultatif

const result = await host.mcp("genomes", "blast_submit", {"sequence": "ATGCGTACGTAGCTAG", "molecule_type": "nucleotide", "database": "nt"})

blast_status

Vérifiez une fois le RID BLAST de la BCNI. Il s'agit d'une seule demande de SearchInfo et jamais de sondages ou d'attentes; respecter les instructions de la NCBI d'attendre au moins 60 secondes entre les vérifications. Retourne WAITING, PRÊT, FAILED ou INNOVÉ (RID inconnu ou expiré). Espacez toutes les requêtes BLAST d'au moins 10 secondes et les requêtes même-RID, y compris la récupération des résultats, d'au moins 60 secondes.

Champ	Type	Besoins et contraintes
rid	chaîne de caractères	requis; durée minimale: 1; Longueur max.: 128

const result = await host.mcp("genomes", "blast_status", {"rid": "AYEFB4DT014"})

blast_results

Obtenez des résultats limités pour un RID BLAST de la NCI. Il fait une demande et retourne pret=false lorsque le travail est toujours en attente; choisissez json2, xml2, texte ou sortie tabulaire après les rapports blast_status READY. Les résultats sont plafonnés à 2 MiB et renvoyés in extenso. tabulaire signifie NCBI Text + ALIGNMENT_VIEW=Tabulaire, qui peut inclure les commentaires HTML, les balises PRE et les en-têtes de rapport; il n'est pas pur TSV ou CSV. Attendez au moins 60 secondes après la dernière demande pour ce RID, y compris blast_status. Pas de relevés automatiques.

Champ	Type	Besoins et contraintes
rid	chaîne de caractères	requis; durée minimale: 1; Longueur max.: 128
format	chaîne de caractères	facultatif; Numéro: ["json2", "xml2", "text", "tabular"]

const result = await host.mcp("genomes", "blast_results", {"rid": "AYEFB4DT014", "format": "json2"})

ensembl_lookup

Regardez les gènes, les transcriptions ou les protéines par ID stable, ou les gènes par symbole. requête accepte les ID ENS (version autorisée), FlyBase/WormBase/yeast IDs, ou des symboles tels que BRAF. query_type: auto (default) essaie l'ID d'abord, puis le symbole seulement en absence explicite à moins que l'entrée soit un ID canonique ENS/LRG; id n'utilise que la recherche d'ID; symbole utilise uniquement la recherche de symbole sans normalisation de version. s'applique uniquement à la recherche de symboles (homo_sapiens par défaut) et n'est pas déduit. expansion comprend les transcriptions, exons et traductions (par défaut false). Les demandes non valides et les pannes de service soulèvent des erreurs.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
query_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "auto"; enum: ["auto", "id", "symbol"]
species	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "homo_sapiens"
expand	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_lookup", {"query": "BRAF", "query_type": "symbol"})

ensembl_xrefs

Références croisées externes d'un ID stable d'Ensembl — le pont entre les ID gènes/transcripts d'Ensembl et HGNC, BCNI (EntrezGene), UniProt, OMIM, RefSeq, Expression Atlas et autres. Args: stable_id (ENSG.../ENST..., version acceptée); external_db (fichier en amont de la base de données, par exemple) HGNC, EntrezGene, Uniprot_gn, MIM_GENE, RefSeq_mRNA; omit pour tous). Retourne {stable_id, external_db, n_xrefs, xrefs} — la liste COMPLETE (jamais tronquée), triée par (dbname, primary_id); chaque ligne {dbname, db_display_name, primary_id, display_id, description, synonymes, info_type}. Les ID inconnus retournent n_xrefs:0.

Champ	Type	Besoins et contraintes
stable_id	chaîne de caractères	requis
external_db	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_xrefs", {"stable_id": "ENSG00000157764", "external_db": "HGNC"})

ensembl_vep_variant

Ensembl VEP annote les conséquences des variants et résume les résultats par transcrit, des plus sévères aux moins sévères. Sans hgvs_notation, variant_id est prioritaire et region, allele et allele_orientation sont ignorés. HGVS ne peut être combiné à aucun de ces paramètres. hgvs_notation accepte les notations génomiques, codantes et protéiques (ex. ENST00000366667:c.803C>T). Les versions de référence sont transmises sans modification et sans validation. L’assemblage courant de l’espèce sur rest.ensembl.org est utilisé ; aucun choix d’assemblage ni liftover. assembly_name indique l’assemblage résolu. Les requêtes HGVS utilisent hgvs=1 et transcript_version=1 ; transcript_id inclut sa version, hgvsc/hgvsp sont conservés si disponibles. version_validation vaut unchecked. input_reference_annotations conserve les annotations de la liste complète de transcrits, indépendamment de max_consequences. matched signifie uniquement une identité de référence hors suffixe de version, sans validation de syntaxe ou de version ; unknown signifie qu’aucune annotation comparable n’existe. Les allèles HGVS gardent l’orientation de la source, y compris le brin négatif, sans normalisation régionale. allele ne filtre pas la recherche par ID. region utilise des coordonnées inclusives à partir de 1 sur l’assemblage courant (GRCh38 chez l’humain ; ex. 7:140753336-140753336), avec start=end pour un SNV et start=end+1 pour une insertion. Les suffixes :1/:-1 sont acceptés, toujours dans les coordonnées du génome de référence. allele accepte A/C/G/T, - pour une délétion et INS/DUP/DEL/TDUP. Par défaut, allele_orientation=forward interprète l’allèle sur le brin de référence positif. Le mode region suit le brin régional et prend le complément inverse des séquences sur le brin négatif ; les allèles symboliques d’une région négative exigent forward. Les requêtes et résultats régionaux sont toujours orientés positivement. Un gène sur le brin négatif n’exige pas une entrée négative. species vaut homo_sapiens par défaut. max_consequences limite les lignes (25 par défaut), triées HIGH>MODERATE>LOW>MODIFIER ; n_transcript_consequences donne le total et transcript_consequences_truncated indique la limitation. Les résultats conservent coordonnées, allèles, gènes, conséquences sur les transcrits, régions régulatrices et motifs, et variants colocalisés. variant_allele est conservé. n_transcripts compte les ID de transcrits distincts non vides par gène ; worst_impact porte sur tous les allèles renvoyés. Les erreurs HGVS et rsID inconnus conservent le motif fourni par la source.

Champ	Type	Besoins et contraintes
variant_id	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above
hgvs_notation	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above; minLength: 1
region	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above
allele	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above
allele_orientation	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above; default: "forward"; enum: ["forward", "region"]
species	string	optional; default: "homo_sapiens"
max_consequences	entier	facultatif; par défaut : 25

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_vep_variant", {"variant_id": "rs7412", "max_consequences": 25})

ensembl_homology

Orthologues ou paralogues d'un gène d'Ensembl Compara (lignes condensées — pas d'alignements/séquences). Args : gene_symbol (résolvé à un ID stable dans species en premier ; passer exactement un de gene_symbol/gene_id); gene_id (ENSG...); homology_type (orthologues par défaut/paralogues/projections); target_species (limité à une espèce); target_taxon (sous-arbre du taxon de la NCBI, p.ex. Primates de 9443; combinable avec target_species, OU sémantique); espèces (espèces sources, homo_sapiens par défaut); max_homologies (par défaut du plafond de ligne 200; n_total porte le nombre complet, homologies_truncated affiche le capuchon). Retourne {gene_id, gene_symbol, species, homology_type, target_species, target_taxon, n_total, homologies_truncated, homologies}; lignes triées par (espèces, id) type {, espèce, id, protein_id, taxonomy_level, method_link_type}. Quirk: la route /homologie/symbole s'arrête — cet outil résout toujours les symboles lui-même et les requêtes par ID stable.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_symbol	chaîne de caractères	facultatif
gene_id	chaîne de caractères	facultatif
homology_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "orthologues"; enum: ["orthologues", "paralogues", "projections"]
target_species	chaîne de caractères	facultatif
target_taxon	entier	facultatif
species	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "homo_sapiens"
max_homologies	entier	facultatif; par défaut : 200

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_homology", {"gene_symbol": "BRAF", "target_species": "mus_musculus"})

ensembl_sequence

Retirez la séquence d'Ensembl — par ID stable (genre/transcript/protéine) ou par région génomique. Passez la région EITHER stable_id OU. Args: stable_id (ENSG.../ENST.../ENSP..., version acceptée); région (1-basé chrom:start..end ou chrom:start-end, GRCh38 pour l'humain, max 10Mb); espèces (pour l'itinéraire régional, homo_sapiens par défaut; ignorés pour les identifiants stables); seq_type (route de l'ID: par défaut génomique/cdna/cds/protéine); Les régions qui retournent toujours dans la génomique sont ignorées). Cet outil renvoie une séquence : pour les requêtes de cdna/cds/protéines au niveau du gène qui se résolvent à plusieurs séquences, spécifiez plutôt un ID transcript/protéine stable; max_bytes (par défaut, 400000 de la fonction de garde de charge — les séquences plus grandes ont omis seq; longueur/sha256/métadonnées toujours retournées; re-appeler avec max_bytes plus grand pour le texte intégral). Retourne {found, requête, seq_type, id, description, molécule, longueur, sha256, seq} — longueur de l'unité implicite par molécule (bases pour l'ADN, résidus pour les protéines); après remplacé par seq_omitted lorsqu'il est plafonné; found:false avec des champs nuls seulement lorsque Ensembl signale explicitement l'ID stable demandé comme non trouvé; Les requêtes à séquences multiples, les types de séquences incompatibles et d'autres défaillances en amont soulèvent des erreurs.

Champ	Type	Besoins et contraintes
stable_id	chaîne de caractères	facultatif
region	chaîne de caractères	facultatif
species	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "homo_sapiens"
seq_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "genomic"; enum: ["genomic", "cdna", "cds", "protéine"]
max_bytes	entier	facultatif; par défaut : 400000

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_sequence", {"stable_id": "ENSP00000288602", "seq_type": "protein"})

ensembl_overlap_region

Liste Les caractéristiques d'Ensembl chevauchent une région génomique — gènes, transcriptions, caractéristiques réglementaires (enhancers/promoteurs), répétitions, variantes, bandes de caryotypes. Args: région (1-basé chrom inclusive:start-end GRCh38, p.ex. 7:140719327-140925199; les rejets en amont s'étendent sur la bande > 5Mb — fractionnement plus large); caractéristique (genre par défaut/transcript/exon/cds/regulatory/motif/repeat/variation/structural_variation/band/simple/misc); espèces (par défaut homo_sapiens); max_features (par défaut du plafond de ligne 500; n_total porte le nombre complet de chevauchements, features_truncated affiche le capuchon). Retourner {region, especes, feature, n_total, features_truncated, features} trié par (départ,id). La forme de la ligne varie — gènes {id, external_name, biotype, description, début, fin, brin, canonical_transcript, ...}; règlement {id, description, début, fin, extended_start/end, ...}. Les régions vides retournent n_total:0.

Champ	Type	Besoins et contraintes
region	chaîne de caractères	requis
feature	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "gene"; enum: ["gene", "transcript", "exon", "cds", "regulatory", "motif", "repeat", "variation", "structural_variation", "band", "simple", "misc"]
species	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "homo_sapiens"
max_features	entier	facultatif; par défaut : 500

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_overlap_region", {"region": "7:140719327-140925199", "feature": "gene"})

ncbi_resolve_taxon

Résoudre un nom d'espèce ou de taxon aux identificateurs de taxonomie de la BCNI. Accepte un nom scientifique/commun ou un ID fiscal numérique; retourne chaque match en amont de sorte que les noms ambigus ne sont pas assignés silencieusement au premier résultat.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 200
max_matches	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_resolve_taxon", {"query": "human"})

ncbi_get_assembly_info

Retourner l'identité exacte de l'assemblage du génome de l'ICNE pour une adhésion versionnée au FAG/ACG, y compris le taxon, le nom de l'assemblage, le synonyme UCSC, le statut et l'adhésion à RefSeq/GenBank. Les accessions sans version sont rejetées pour éviter les erreurs de reproductibilité et de compatibilité entre espèces.

Champ	Type	Besoins et contraintes
assembly_accession	chaîne de caractères	requis; modèle: "^GC[AF]_[0-9]{9}\\.[0-9]+$"

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_get_assembly_info", {"assembly_accession": "GCF_000001405.40"})

ncbi_get_sequence_aliases

Lister les noms de séquences et les alias exacts UCSC/RefSeq/GenBank pour une seule version de l'ensemble NCI. Résoudre en option un nom de séquence; Les étiquettes ambiguës partagées des chromosomes sont conservées comme des allumettes multiples au lieu de choisir un échafaudage alte ou non localisé. Les résultats sont un préfixe limité contrôlé par max_sequences (par défaut 200); utiliser un plafond plus grand lorsque le rapport d'assemblage complet est nécessaire.

Champ	Type	Besoins et contraintes
assembly_accession	chaîne de caractères	requis; modèle: "^GC[AF]_[0-9]{9}\\.[0-9]+$"
sequence	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 200
max_sequences	entier	facultatif; par défaut : 200; minimum: 1; maximum: 5000

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_get_sequence_aliases", {"assembly_accession": "GCF_000001405.40", "sequence": "chr1"})

ucsc_list_tracks

List data tracks disponibles dans un UCSC Genome Browser (leaf tracks seulement — les requêtes), en option filtré. Arguments: génome (hg38 par défaut/hg19/mm39/danRer11/... - les assemblages 220; filter_text (sous-chaîne insensible au cas par rapport au nom/à l'étiquette courte/longue, p.ex. phyloP, TFBS, ClinVar; omit pour lister tout — hg38 a ~24k feuilles de pistes, vous voulez presque toujours un filtre); max_tracks (par défaut du plafond de ligne 200; n_total porte le nombre complet de correspondances, tracks_truncated affiche le capuchon). Retourne {genome, filter_text, n_total, tracks_truncated, tracks} triées par nom de piste; chaque ligne {track, short_label, long_label, type, groupe, parent}. Utilisez track avec ucsc_track_data. Quirk: premier appel par génome télécharge la liste complète ~17MB et la cache pour le processus.

Champ	Type	Besoins et contraintes
genome	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "hg38"
filter_text	chaîne de caractères	facultatif
max_tracks	entier	facultatif; par défaut : 200

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_list_tracks", {"genome": "hg38", "filter_text": "phyloP", "max_tracks": 50})

ucsc_track_data

Récupère les lignes brutes de n'importe quelle piste du Navigateur Génome UCSC dans une région — l'écoutille d'échappement générique derrière ucsc_conservation / ucsc_tfbs_clusters (pistes de gènes, ClinVar, catalogue GWAS, îles CpG, répétitions, ...). Args: piste (nom de ucsc_list_tracks, p.ex. gene, cpgIslandExt, clinvarMain); chrom (chr-préfixed, chr7/chrX — UCSC exige le préfixe); démarrage (à moitié ouvert en 0); un démarrage basé sur Ensembl 1 est start-1 ici); fin (exclusive); génome (par défaut hg38); max_rows (API maxItemsOutput, par défaut 1000; tronqué reflète le API's propriétaire maxItemsLimit flag). Retourne {genome, track, chrom, start, end, track_type, items_returned, tronqué, rows} — lignes en amont ({chrom, chromStart, chromEnd, nom, score, ...} de type BED; wiggle {start, fin, value}). Des traces inconnues s'élèvent. Quirk : pour certaines pistes énormes, les caps API sortent lui-même et pointent à dataDownloadUrl — fait écho lorsque présent. Les coordonnées doivent être des entiers non négatifs sûrs, avec end > start. Les valeurs non valides sont rejetées, et non arrondies ou serrées à un autre lieu.

Champ	Type	Besoins et contraintes
track	chaîne de caractères	requis
chrom	chaîne de caractères	requis
start	entier	requis; minimum: 0; maximum: 9007199254740991
end	entier	requis; minimum: 0; maximum: 9007199254740991
genome	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "hg38"
max_rows	entier	facultatif; par défaut : 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_track_data", {"track": "cpgIslandExt", "chrom": "chr7", "start": 140700000, "end": 140800000, "genome": "hg38"})

ucsc_conservation

Sommaire de conservation évolutionnaire pour une région à partir des pistes phyloP / phastCons de l'UCSC (scores de base sur des alignements multi-espèces). Arguments: chrom (préfixés en chr); démarrage (à moitié ouvert en 0); fin (exclusive; l'échelle est plafonnée à 100000 bp — fractionnement plus large); génome (par défaut hg38); piste (facultative); par défaut: hg19 phyloP100wayAll, hg38 phyloP100way, mm10 phyloP60wayAll, mm39 phyloP35way; d'autres génomes conservent le retour phyloP100way, qui peut ne pas exister — spécifiez une piste de score de ucsc_list_tracks au besoin; positif=conservé, négatif=évolution rapide; les solutions de rechange hg38 phastCons100way, phyloP30way, phastCons30way, phyloP447way, phyloP470way; hg19 PhastCons100way); include_values (également retour par base) {start,end,value} les lignes captées à max_values, values_truncated datent du capuchon; false par défaut = résumé seulement); max_values (par défaut de la limite de base 2000). Retourne {genome, track, chrom, start, end, span_bp, n_bases_covered, coverage_fraction, mean, min, max} (+valeurs, values_truncated sur demande). Statistiques pondérées par la portée de base de chaque ligne, attachées à la fenêtre; bases découvertes inférieures à coverage_fraction, pas à zéro. Les pistes non-score augmentent; une liste de lignes en amont-tronquées soulève également.

Champ	Type	Besoins et contraintes
chrom	chaîne de caractères	requis
start	entier	requis; minimum: 0; maximum: 9007199254740991
end	entier	requis; minimum: 0; maximum: 9007199254740991
genome	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "hg38"
track	chaîne de caractères	facultatif
include_values	booléen	facultatif; par défaut : false
max_values	entier	facultatif; par défaut : 2000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_conservation", {"chrom": "chr7", "start": 140753330, "end": 140753380, "track": "phyloP100way"})

ucsc_tfbs_clusters

Les grappes de sites de liaison des facteurs de transcription ENCODE chevauchent une région (les grappes de pointe de type ChIP-seq sur des centaines de types cellulaires) — où les FT se lient. Arguments: chrom (préfixés en chr); démarrage (à moitié ouvert en 0); fin (exclusive); génome (hg38 piste par défaut encRegTfbsClustered ENCODE 3, ou hg19 wgEncodeRegTfbsClusteredV3; d'autres assemblées se lèvent); max_rows (API maxItemsOutput par défaut 1000; tronqué reflète maxItemsLimit). Retourne {genome, track, chrom, start, end, items_returned, tronqué, n_factors, facteurs, clusters} — groupes triés par (chromStart, nom) {nom (symbole FT par exemple CTCF), chrom, chromStart, chromEnd, score (0-1000), sourceCount (support d'expériences)}; les facteurs sont la liste distincte des FT. Score>=~600 et haute sourceCount ~ fixation robuste. Les coordonnées doivent être des entiers non négatifs sûrs, avec end > start. Les valeurs non valides sont rejetées, et non arrondies ou serrées à un autre lieu.

Champ	Type	Besoins et contraintes
chrom	chaîne de caractères	requis
start	entier	requis; minimum: 0; maximum: 9007199254740991
end	entier	requis; minimum: 0; maximum: 9007199254740991
genome	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "hg38"
max_rows	entier	facultatif; par défaut : 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_tfbs_clusters", {"chrom": "chr7", "start": 140699000, "end": 140760000, "genome": "hg38"})

ucsc_chrom_sizes

Noms et dimensions des chromosomes et des contigs d'un assemblage UCSC — pour valider les coordonnées et les régions itératrices. Arguments: génome (par défaut hg38); filter_text (sous-chaîne insensible à la casse sur le nom, p.ex. chr1; omit pour tous — hg38 a des séquences 711, principalement alt/random/non-placed; les chromosomes primaires trient d'abord); max_chroms (par défaut du plafond de ligne 100; n_total porte le nombre complet de post-filtre, chroms_truncated affiche le capuchon). Retourne {genome, filter_text, chrom_count (ensemble large à partir de API), n_total, chroms_truncated, chromosomes:[{name, size_bp}]} triées par taille descendante.

Champ	Type	Besoins et contraintes
genome	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "hg38"
filter_text	chaîne de caractères	facultatif
max_chroms	entier	facultatif; par défaut : 100

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_chrom_sizes", {"genome": "hg38", "filter_text": "chr1", "max_chroms": 25})

clustalo_submit

Soumettre trois séquences ou plus de protéines, d'ADN ou d'ARN à EMBL-EBI Job Dispatcher Clustal Omega pour un alignement asynchrone de plusieurs séquences. Les entrées doivent être nommées uniquement dans les dossiers de l'ETCAF; le service accepte au maximum les séquences 4000 ou 4 MiB. Retourne un job_id; gardez-le et appelez clustalo_status avant clustalo_results. Le connecteur demande clustal_num par défaut, un alignement Clustal avec les numéros de position, adapté pour l'inspection des sites conservés et l'analyse évolutive en aval. EMBL-EBI demande un courriel de contact valide. Définir un e-mail de contact dans Paramètres → Confidentialité → Partager un e-mail de contact avec les services de données de recherche. Une réponse de soumission perdue peut représenter un emploi à distance accepté; ne pas soumettre de nouveau automatiquement. EMBL-EBI stocke les résultats pour une période limitée contrôlée par le fournisseur (documentée jusqu'à une semaine); ce n'est pas une garantie de suppression de propriété de l'application. Gardez le job_id à reprendre après le redémarrage. Ce connecteur n'ajoute aucun registre de travail, cache de résultat ou présentation automatique, et l'annulation/sortie de l'application ne stoppe que les requêtes locales. La séquence est envoyée à EMBL-EBI, et l'hôte peut conserver les entrées d'outil et renvoyer le contenu d'alignement dans la conversation ou la persistance de Notebook. Respecter les directives EMBL-EBI concernant l'utilisation équitable: ne pas soumettre plus de 30 emplois dans un lot et attendre le traitement/résultats avant de soumettre plus; ce connecteur ne fait pas appliquer le throttling croisé. Voir https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/docs/webservices/ pour le contrat officiel API.

Champ	Type	Besoins et contraintes
sequence	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 4194304
stype	chaîne de caractères	requis; enum: ["protéine", "dna", "rna"]
outfmt	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["clustal_num"]
title	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 200
dealign	booléen	facultatif
order	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["aligné", "input"]

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_submit", {"sequence": ">human\nMKT\n>mouse\nMRT\n>rat\nMRT\n", "stype": "protein"})

clustalo_status

Vérifie un boulot d'EMBL-EBI Clustal Omega une fois. Il s'agit d'une demande de statut unique et ne fait jamais de sondages ou d'attentes; appelez-le après au moins 10 secondes jusqu'à FINISHED, ERROR, FAILURE ou NO_FOUND. Gardez le job_id lors de la reprise après un redémarrage.

Champ	Type	Besoins et contraintes
job_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 128

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_status", {"job_id":"clustalo-I20240923-000000-0000-0000000-p1m"})

clustalo_results

Obtenez un fichier d'alignement Clustal Omega clustal_num limité pour un travail FINISÉ. Passer le même outfmt retourné par clustalo_submit; cet outil fait une requête de résultat et retourne le contenu d'alignement plus une suggestion de nom de fichier. Si le fournisseur déclare toujours QUEUED ou RUNNING, il retourne ready:false avec un indice de réessayer; Les défaillances du fournisseur sont des erreurs et conservent le job_id pour le diagnostic. Les résultats sont plafonnés à 8 MiB et renvoyés mot à mot afin que l'appelant puisse enregistrer le contenu comme un fichier d'alignement pour l'inspection du site conservé ou l'analyse phylogénétique en aval. Pas de relevés automatiques. EMBL-EBI stocke les résultats pour une période limitée contrôlée par le fournisseur (documentée jusqu'à une semaine); ce n'est pas une garantie de suppression de propriété de l'application. Gardez le job_id à reprendre après le redémarrage. Ce connecteur n'ajoute aucun registre de travail, cache de résultat ou présentation automatique, et l'annulation/sortie de l'application ne stoppe que les requêtes locales. La séquence est envoyée à EMBL-EBI, et l'hôte peut conserver les entrées d'outil et renvoyer le contenu d'alignement dans la conversation ou la persistance de Notebook. Respecter les directives EMBL-EBI concernant l'utilisation équitable: ne pas soumettre plus de 30 emplois dans un lot et attendre le traitement/résultats avant de soumettre plus; ce connecteur ne fait pas appliquer le throttling croisé.

Champ	Type	Besoins et contraintes
job_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 128
outfmt	chaîne de caractères	requis; enum: ["clustal_num"]

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_results", {"job_id":"clustalo-I20240923-000000-0000-0000000-p1m", "outfmt":"clustal_num"})

ensembl_ld_pairwise

Interroger le déséquilibre des liens (r2 et D′) entre deux ID de variante, tels que les RsID de catalogue GWAS, dans une population explicitement sélectionnée. L'appelant doit fournir le nom complet de la population en population_name (p. ex. 1000genomes:phase_3:KHV); cet outil ne découvre pas les populations ni l'ascendance. espèces par défaut à homo_sapiens. Retourne les identités des variantes en amont et le r2/d_prime numérique sans inférence de signification ou de causalité. Le taux élevé de LD n'établit pas la causalité. Les résultats vides signifient qu'aucune donnée LD n'est retournée, et non pas zéro LD; Les ID/populations invalides et les pannes de service demeurent des erreurs. Les métadonnées de référence comprennent la population, le panneau connu, l'URL de la requête et le temps de récupération; Assemblage/release sont nuls parce que le paramètre LD ne les signale pas.

Champ	Type	Besoins et contraintes
variant_id1	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; modèle: "\S"
variant_id2	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; modèle: "\S"
population_name	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; modèle: "\S"
species	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "homo_sapiens"; Longueur min: 1; modèle: "\S"

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_ld_pairwise", {"variant_id1": "rs6792369", "variant_id2": "rs1042779", "population_name": "1000GENOMES:phase_3:KHV"})

ensembl_ld_proxies

Trouver des variantes voisines dans LD avec un ID de variante (par exemple: a GWAS rsID) dans un population_name requis tel que 1000GENOMES:phase_3:KHV. espèces par défaut à homo_sapiens. min_r2 par défaut sur 0.8; min_d_prime par défaut sur 0; les deux sont des seuils inclusifs dans [0,1]. window_size est la largeur totale de la fenêtre Ensembl centrée en kb (entier 1–500, par défaut 500, environ 250 kb de chaque côté à la valeur par défaut); max_records caps output (entier 1–1000, par défaut 100) et ne limite pas la taille du calcul ou du téléchargement en amont. Les résultats sont triés par r2 descendant, puis d_prime descendant et la variante ID, avant le décapage. Les coordonnées/annotations sont des attributs en amont. Signaler la population et reference_data avec les résultats. Le niveau élevé de LD n'établit pas la causalité ni l'équivalence fonctionnelle. Les résultats vides signifient qu'aucune donnée admissible n'a été retournée, et non pas LD. Les erreurs restent des erreurs; l'assemblage/la libération ne sont pas signalés par ce paramètre et restent nuls. L'appelant doit fournir le nom complet de la population; cet outil ne découvre pas les populations ni l'ascendance.

Champ	Type	Besoins et contraintes
variant_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; modèle: "\S"
population_name	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; modèle: "\S"
species	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "homo_sapiens"; Longueur min: 1; modèle: "\S"
min_r2	nombre	facultatif; par défaut : 0.8; minimum: 0; maximum: 1
min_d_prime	nombre	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1
window_size	entier	facultatif; par défaut : 500; minimum: 1; maximum: 500
max_records	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_ld_proxies", {"variant_id": "rs1042779", "population_name": "1000GENOMES:phase_3:KHV", "min_r2": 0.8, "window_size": 500, "max_records": 100})

Variantes

Afficher les opérations et les paramètres

règles de coordonnées gnomAD: enregistre la broche du jeu de données avec l'ensemble de référence. Les requêtes de gènes/régions à courte variable utilisent GRCh37 pour r2.1/ExAC et GRCh38 pour r3/r4; les requêtes de gènes structuraux-variants utilisent gnomad_sv_r2_1 (GRCh37) ou gnomad_sv_r4 (GRCh38); changer la broche ne convertit pas les coordonnées d'entrée. gene_constraint et le miroir gnomAD ClinVar utilisent une recherche de gène GRCh38 fixe et n'acceptent pas d'argument d'ensemble de données. Les requêtes mitochondriales utilisent également une recherche de parent GRCh38 fixe; fournir soit un gène, soit les limites des régions ordonnées, jamais les deux modes. Les limites régionales doivent être des entiers de 1 à 999,999,999. La limite de la différence de base d'un million s'applique à region_variants; Ce n'est pas une limite mitochondriale séparée. Conservez les identifiants structuraux-variants spécifiques à la libération avec leur ensemble de données SV original.

get_variant

Recherchez une variante courte de gnomAD par ID et retournez les fréquences globales d'exome/genome. variant_id est chrom-pos-ref-alt sur la compilation de référence de l'ensemble de données (GRCh38 pour r3/r4, GRCh37 pour r2.1/ExAC), par exemple. 19-44908822-C-T (APOE rs7412); Utilisez search_variants pour résoudre un rsID en premier. Définissez include_populations: true lorsque des nombres/fréquencies spécifiques à l'ascendance sont nécessaires pour une variante individuelle. Conserver l'ensemble de données, le nombre d'allèles et les filtres de qualité lors de l'interprétation des fréquences; La rareté seule n'établit ni pathogénicité ni critère ACMG.

Champ	Type	Besoins et contraintes
variant_id	chaîne de caractères	requis
dataset	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "gnomad_r4"; enum: ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]
include_populations	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("variants", "get_variant", {"variant_id": "19-44908822-C-T", "dataset": "gnomad_r4"})

search_variants

Recherche de gnomAD pour les ID de variante correspondant à une chaîne de requête (un rsID comme rs7412, un ID de variante, ou un préfixe). Utilisez ceci pour résoudre les IDs rs vers chrom-pos-ref-alt IDs pour get_variant.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
dataset	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "gnomad_r4"; enum: ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "search_variants", {"query": "rs7412", "dataset": "gnomad_r4"})

gene_variants

Liste ALL gnomAD variants courts dans un gène. Les limites des gènes et les coordonnées des variantes utilisent la compilation de référence de l'ensemble de données (GRCh37 pour r2.1/ExAC, GRCh38 pour r3/r4). La liste complète peut contenir des milliers de lignes pour les grands gènes. Passer exactement un de gene_symbol (symbole HGNC, p.ex. APOE) ou gene_id (ID génétique de l'assemblage, p.ex. ENSG00000130203).

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_symbol	chaîne de caractères	facultatif
gene_id	chaîne de caractères	facultatif
dataset	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "gnomad_r4"; enum: ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "gene_variants", {"gene_symbol": "APOE", "dataset": "gnomad_r4"})

gene_constraint

métrique de la contrainte du gène gnomAD : pLI, nombres observés/prévus de LoF-missense-synonymes avec rapports oe + limites d'IC 90%, et par classe z-scores. Utilisation pour juger une intolérance de gène's à la perte de fonction (pLI >= 0.9 ou oe_lof_upper (LOEUF) < 0.6 ~ LoF-intolérant). Passez exactement un de gene_symbol (par exemple TP53) ou gene_id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_symbol	chaîne de caractères	facultatif
gene_id	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("variants", "gene_constraint", {"gene_symbol": "TP53"})

region_variants

Liste ALL gnomAD variants courts dans une région génomique (max 1 Mb — diviser les régions plus grandes en fenêtres consécutives). chrom accepte 1-22, X, Y, un préfixe en option chr et un minuscule x/y; start/stop sont basés sur 1 inclusivement et stop - start doit être <= 1,000,000. L'ensemble de données détermine la construction de référence des coordonnées (GRCh37 pour r2.1/ExAC, GRCh38 pour r3/r4); les coordonnées d'entrée doivent déjà utiliser ce build, sans ascenseur automatique.

Champ	Type	Besoins et contraintes
chrom	chaîne de caractères	requis
start	entier	requis; minimum: 1; maximum: 999999999
stop	entier	requis; minimum: 1; maximum: 999999999
dataset	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "gnomad_r4"; enum: ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "region_variants", {"chrom": "1", "start": 55039475, "stop": 55064852, "dataset": "gnomad_r4"})

liftover_variant

Carter une variante ID entre les constructions de référence (GRCh37 <-> GRCh38) utilisant la table de levage gnomAD's. variant_id est chrom-pos-ref-alt sur source_build. L'itinéraire est directionnel : un ID GRCh38 passé avec source_build=GRCh37 renvoie zéro résultat, pas une erreur.

Champ	Type	Besoins et contraintes
variant_id	chaîne de caractères	requis
source_build	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "GRCh37"; enum: ["GRCh37", "GRCh38"]

const result = await host.mcp("variants", "liftover_variant", {"variant_id": "1-55516888-G-GA", "source_build": "GRCh37"})

clinvar_variants

List ClinVar variants dans un gène comme miroir par le gnomAD, avec la signification clinique, le statut d'examen et les étoiles d'or. Les pins de sortie gnomAD's ClinVar snapshot via clinvar_release_date. Passez exactement un de gene_symbol (par exemple BRCA1) ou gene_id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_symbol	chaîne de caractères	facultatif
gene_id	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variants", {"gene_symbol": "BRCA1"})

structural_variants

Lister les variantes structurales du gnomAD (suppressions, duplications, insertions, inversions, CNV...) qui chevauchent un gène. Passez exactement un de gene_symbol (par exemple TP53) ou gene_id. dataset est une broche SV — gnomad_sv_r4 (par défaut GRCh38) ou gnomad_sv_r2_1 (GRCh37); Les identifiants SV sont spécifiques aux versions.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_symbol	chaîne de caractères	facultatif
gene_id	chaîne de caractères	facultatif
dataset	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "gnomad_sv_r4"; enum: ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "structural_variants", {"gene_symbol": "TP53", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

get_structural_variant

Recherchez une variante structurelle de gnomAD par son identifiant SV spécifique à la libération (p. ex. DEL_CHR17_599B1512 dans gnomad_sv_r4). Les ID ne portent PAS les versions — dataset (gnomad_sv_r4 par défaut, ou gnomad_sv_r2_1) doit correspondre à la version de l'ID.

Champ	Type	Besoins et contraintes
sv_id	chaîne de caractères	requis
dataset	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "gnomad_sv_r4"; enum: ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "get_structural_variant", {"sv_id": "DEL_CHR17_A5250EA9", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

mitochondrial_variants

Énumérer les variantes mitochondriales de gnomAD avec des comptes hétéroplasmiques (ac_het, ac_hom, max_heteroplasmy) pour un gène mitochondrial OU pour une fenêtre de coordonnées chrM. Le callet mitochondrial n'est disponible que par l'intermédiaire des broches de données GRCh38 gnomAD r3/r4 : utilisez le jeu de données gnomad_r3 ou gnomad_r4. Passez un gène (gene_symbol comme MT-TL1, ou gene_id) OU une région (region_start + region_stop), pas les deux.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_symbol	chaîne de caractères	facultatif
gene_id	chaîne de caractères	facultatif
region_start	entier	facultatif; minimum: 1; maximum: 999999999
region_stop	entier	facultatif; minimum: 1; maximum: 999999999
dataset	chaîne de caractères	facultatif; par défaut  : "gnomad_r4"; Numéro: ["gnomad_r4", "gnomad_r3"]

const result = await host.mcp("variants", "mitochondrial_variants", {"gene_symbol": "MT-TL1", "dataset": "gnomad_r4"})

clinvar_search

Rechercher directement ClinVar (en direct NCI, pas snapshot de gnomAD's) et retourner les enregistrements de variation correspondant avec la signification clinique, le statut de l'examen et les étoiles d'or. Nécessite un courriel de contact (Paramètres → Pouvoirs → Accès à la littérature → Contact email) par politique d'utilisation des services électroniques de la BCNI. Args: requête (une requête ClinVar Entrez — texte libre comme "TP53 R175H" ou une chaîne HGVS fonctionne, et les termes fielded composent avec AND/OR/NOT, p.ex. BRCA1[gene], pathogène[CLIN_SIG], syndrome de "Lynch"[dis], single_nucleotide_variant[Type de variation]; un rsID fonctionne également mais clinvar_variant_by_rsid renvoie des enregistrements plus complets), max_records (chapeau de page 1-200, par défaut 50). La correspondance TOTAL est toujours signalée; lorsque > total max_records la liste est un préfixe plafonné (ClinVar pertinence / ordre de précision) et tronqué est vrai. Les utilities E de la NCBI retournent par intermittence HTTP 500 sous charge — réessayez une fois quelques secondes plus tard si cette surface est en place.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
max_records	entier	facultatif; par défaut : 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_search", {"query": "BRCA1 pathogenic[CLIN_SIG]", "max_records": 50})

clinvar_get_records

Récupérer des enregistrements ClinVar complets pour un lot d'adhésions VCV/RCV ou des ID de variation nue. Nécessite un courriel de contact (Paramètres → Pouvoirs → Accès à la littérature → Contact email) par politique d'utilisation des services électroniques de la BCNI. Args: adhésions (jusqu'à 50 identificateurs, formulaires mixtes acceptés — VCV000045122 (version VCV000045122.3 ok; résolu localement, gratuitement), RCV000019428 (chaque RCV coûte une recherche supplémentaire), ou un ID nu de variation ClinVar (45122). Les ID rs sont rejetés — utiliser clinvar_variant_by_rsid. Un VRC (une paire de variables-conditions) résout son enregistrement de variation VCV parent. N'abandonne jamais silencieusement une entrée.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accessions	['string', 'array']	requis

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_get_records", {"accessions": ["VCV000045122", "RCV000019428", "45123"]})

clinvar_variant_by_rsid

Tous les enregistrements de variation ClinVar qui font référence à un rsID dbSNP, avec des classifications complètes (un rsID peut cartographier plusieurs VCV — un par allèle alternatif, par exemple. rs121913529 couvre KRAS G12D/G12V/G12A). Nécessite un courriel de contact (Paramètres → Pouvoirs → Accès à la littérature → Contact email) par politique d'utilisation des services électroniques de la BCNI. Args: rsid (dbSNP référence SNP ID, p.ex. rs7412; cas insensible, doit correspondre à rs<digits>), max_records (cap 1-200, par défaut 50). le total porte toujours le nombre de matchs réels et les drapeaux tronqués une liste plafonnée; total == 0 signifie que ClinVar n'a pas d'enregistrement pour le rsID.

Champ	Type	Besoins et contraintes
rsid	chaîne de caractères	requis
max_records	entier	facultatif; par défaut : 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variant_by_rsid", {"rsid": "rs121913529", "max_records": 50})

dbsnp_get_rsids

Canonique dbSNP RefSNP enregistre un lot de rsID : placements GRCh38+GRCh37, allèles, contexte génétique, fréquences des allèles par étude et références croisées ClinVar. Nécessite un courriel de contact (Paramètres → Pouvoirs → Accès à la littérature → Contact email) par politique d'utilisation des services électroniques de la BCNI; sans un, l'outil retourne {error: 'contact_email_required', message}. Args: rsids (jusqu'à 20 rs<digets>, insensible à la casse) — chaque demande de services de variation NCI à un rythme donné, si gros lots prennent ~1 s par rsID. Retourne {n_requested, records, not_found (numéros ders dbSNP does't know), not_processed (desrsID ont sauté lorsque le budget de l'horloge murale s'est épuisé — re-request just them)}. Chaque enregistrement: {rsid, status, create_date, last_update_date, last_update_build_id, n_citations, citations_pmids (entaché à 20; citations_truncated affiche le capuchon), variant_type, mane_select_ids, emplacements, allèles}. statut est 'live', 'merged' (l'enregistrement porte à la place merged_into — re-demander ces rsIDs) ou 'no_data' (retiré/non pris en charge). Les emplacements donnent des coordonnées chromosomiques basées sur 1 avec des réf/alts par assemblage (GRCh38 d'abord, is_primary true). Chaque entrée alt-allèle: {allele, ref, spdi (0-based interbase), hgvs, fréquences: [{study, study_version, allele_count, total_count, af}] (ALFA, 1000Genomes, TOPMED, gnomAD...), clinvar: [{rcv_accession, clinical_significances, review_status, last_evaluated_date, disease_names}], gènes: [{symbol, gene_id, nom, orientation, conséquences (termes SO), mane_select: [{transcript_hgvs, protein_spdi}]}]}.

Champ	Type	Besoins et contraintes
rsids	tableau de chaînes	requis

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_get_rsids", {"rsids": ["rs7412", "rs429358"]})

dbsnp_search_by_region

List dbSNP rsIDs in a genomic window (esearch db=snp positional index — NCBI Variation Services n'a pas de paramètre régional). Nécessite un courriel de contact (Paramètres → Pouvoirs → Accès à la littérature → Contact email) par politique d'utilisation des services électroniques de la BCNI; sans un, l'outil retourne {error: 'contact_email_required', message}. Args: chrom (1-22, X, Y ou MT; 'chr' préfixe toléré), démarrage (1 inclus), arrêt (inclus; calibrée à 1 Mb — diviser les grandes régions en fenêtres consécutives; les régions denses détiennent plusieurs milliers de rsID par kb, ainsi garder les fenêtres petites ou élever max_rsids), assemblage (qui index positionnel — 'GRCh38' par défaut -> [CPOS], ou 'GRCh37' -> [CPOS_GRCH37]; les coordonnées doivent être sur l'ensemble choisi), max_rsids (liste du capuchon 1-1000, 200 par défaut). Retourne {chrom, start, stop, Assemblage, terme (la requête exacte d'Entrez utilisée), total (le compte propre de API'), n_returned, tronqué, rsids}. tronqué est vrai lorsque > total n_returned — la liste est alors un préfixe dans l'ordre par défaut d'Entrez (décroissant le numéro rs), jamais une troncation silencieuse. Nourrissez des rsIDs (<= 20 à la fois) à dbsnp_get_rsids pour les enregistrements complets.

Champ	Type	Besoins et contraintes
chrom	chaîne de caractères	requis
start	entier	requis
stop	entier	requis
assembly	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "GRCh38"; enum: ["GRCh38", "GRCh37"]
max_rsids	entier	facultatif; par défaut : 200

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_search_by_region", {"chrom": "19", "start": 44905000, "stop": 44910000, "assembly": "GRCh38"})

mavedb_search_score_sets

Recherche publique Essais multiplexés MaveDB d'effet de variante (MAVE) par texte, tels qu'un symbole de gène, une protéine ou un test. Aucune clé API ou courriel de contact n'est requis. Renvoie une page avec le total en amont quand elle est connue; Les scores fonctionnels sont propres à chaque essai et ne sont pas des classifications cliniques ou des fréquences de population.

Champ	Type	Besoins et contraintes
text	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 1000; modèle: "\S"
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000000
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_search_score_sets", {"text":"BRCA1","limit":20})

mavedb_get_score_set

Récupérer un score MaveDB publié défini par URN, y compris des cibles, des métadonnées de test, une licence, des publications et des relations d'expérience. Inclut les URLs de téléchargement officielles complètes de CSV et des variables cartographiques pour téléchargement manuel par l'utilisateur; ne pas récupérer ces URLs avec HTTP brut pour contourner host.mcp. Lire les méthodes d'essai et l'étalonnage des scores avant d'interpréter les effets fonctionnels.

Champ	Type	Besoins et contraintes
urn	chaîne de caractères	requis; modèle : "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0)-[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_score_set", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1"})

mavedb_download_scores

Télécharger une page CSV des scores de la variante MaveDB (lignes 1000 par défaut, maximum 10000). Utilise start/limit, pas offset. Renvoie le texte original de CSV, y compris toutes les colonnes de partition et les valeurs NA, pour enregistrer avec les API de fichiers Notebook; cet outil n'écrit pas de fichier local. retourne également l'URL de téléchargement officielle non-paginé pour téléchargement manuel par l'utilisateur; ne pas récupérer ces URLs avec HTTP brut pour contourner host.mcp. Utiliser numVariants de mavedb_get_score_set pour planifier les pages; une page n'est pas l'ensemble de données complet.

Champ	Type	Besoins et contraintes
urn	chaîne de caractères	requis; modèle : "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0)-[1-9][0-9]*$"
start	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000000
limit	entier	facultatif; par défaut : 1000; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_download_scores", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1","start":0,"limit":1000})

mavedb_get_mapped_variants

Récupérer les données existantes MaveDB des cartes de variante pour un ensemble de scores publié, y compris GA4GH VRS objets prémapés/postMapés, identifiants de séquence de référence, VRS les erreurs de version et de mapping. Ceci lit les mappages déjà calculés par MaveDB; il ne soumet pas de variantes ou ne procède pas à un soulèvement. Le paramètre en amont n'est pas pagé et la limite de réponse partagée 64 MiB s'applique. Pour les ensembles de données plus grands, offrez l'URL officielle de mavedb_get_score_set pour téléchargement manuel par l'utilisateur; ne pas récupérer ces URLs avec HTTP brut pour contourner host.mcp. HTTP 404 peut signifier qu'il n'y a pas d'enregistrements de mappage, et non seulement que le jeu de scores URN n'est pas disponible. Les enregistrements retournés peuvent comprendre des cartes erronées.

Champ	Type	Besoins et contraintes
urn	chaîne de caractères	requis; modèle : "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0)-[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_mapped_variants", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1"})

mavedb_get_experiment

Récupérer une expérience publique MaveDB par expérience URN (sans suffixe de score), y compris les méthodes, publications, jeu d'expériences et scoreSetUrns. Supporte l'expérience spéciale de méta-analyse -0 ainsi que les expériences indexées par lettres. Aucune authentification n'est requise.

Champ	Type	Besoins et contraintes
urn	chaîne de caractères	requis; modèle: "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0)$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_experiment", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a"})

mavedb_get_experiment_score_sets

Énumérez les ensembles de scores visibles pour un lecteur public d'une expérience MaveDB. Les filtres en amont par visibilité et chaînes de sursession, donc ce n'est pas un historique complet de la version. Il retourne la liste sélectionnée sans pagination. HTTP 404 peut signifier qu'aucun ensemble de scores associé n'est disponible, non seulement que l'expérience URN n'est pas disponible. Utilisez le jeu de scores retournés URNs pour récupérer des scores ou des mappages fonctionnels.

Champ	Type	Besoins et contraintes
urn	chaîne de caractères	requis; modèle: "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0)$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_experiment_score_sets", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a"})

clinvar_get_submissions

Renseignez-vous auprès de SCV pour obtenir des preuves de présentation de ClinVar VCV XML. Nécessite le même courriel de contact que clinvar_search. Adhésion de passe : une adhésion de VCV (en option, la version .version est honorée) ou une identification de variation positive. L'entrée non-versionnée récupère la dernière VCV. RCV, SCV et rsID ne sont pas acceptés. Retourner les classifications soumises séparément pour la germinité, l'impact clinique somatique et l'oncogénicité, les conditions, les conditions, les conditions de présentation, la date d'évaluation, les méthodes d'affirmation, les commentaires du public sur la classification, les preuves observées et les citations, le cas échéant. Les champs sources manquants restent nuls/vides. Comparer les présentations dans le même type de classification et dans le même état; cet outil n'inférera pas les conflits. max_submissions définit la taille de la page (1-200, par défaut 200); décalage par défaut vers 0. Pour les pages ultérieures, passez les arguments next_page retournés, qui pincent la version VCV; offset > 0 nécessite une version VCV. Chaque page re-fetchs le XML complet; il n'y a pas de cache de résultat. Les documents inclus contiennent des références indirectes plutôt que des preuves directes de SCV. Les VCS dupliqués conservent la version la plus élevée présente dans l'instantané demandé.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis
max_submissions	entier	facultatif; par défaut : 200; minimum: 1; maximum: 200
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_get_submissions", {"accession":"VCV000045122"})

Essais cliniques

Afficher les opérations et les paramètres

search_trials

Recherche PRIMAIRE sur ClinicalTrials.gov. Filtrer par condition, intervention, promoteur, emplacement, statut (p. ex. ["RECRUITING"]), phase (["PHASE1".."PHASE4"]) et study_type. condition/intervention/parrain/localisation accepter la syntaxe de requête Essie (boolean AND/OR/NOT, "quoted phrases", groupement, synonymes automatiques). Page avec page_token; définissez count_total pour le nombre total de correspondances. advanced_query fusionne une expression brute d'Essie dans filter.advanced.

Champ	Type	Besoins et contraintes
condition	chaîne de caractères	facultatif
intervention	chaîne de caractères	facultatif
sponsor	chaîne de caractères	facultatif
location	chaîne de caractères	facultatif
status	tableau de chaînes	facultatif
phase	tableau de chaînes	facultatif
study_type	chaîne de caractères	facultatif; Enum: ["INTERVENTIONAL", "OBSERVATIONAL", "EXPANDED_ACCESS"]
advanced_query	chaîne de caractères	facultatif
page_size	entier	facultatif; par défaut : 10; minimum: 1; maximum: 1000
page_token	chaîne de caractères	facultatif
count_total	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_trials", {"condition": "lung cancer", "status": ["RECRUITING"], "phase": ["PHASE3"], "count_total": true, "page_size": 10})

get_trial_details

Obtenez des détails complets pour un essai par NCT id (format "NCT" + chiffres 8; un nombre nu est préfixé, insensible à la casse). Retourne les critères d'admissibilité complets, la conception de l'étude, les critères primaires, secondaires et autres, tous les emplacements, le promoteur et les collaborateurs, les dates, l'inscription et un lien de résultats.

Champ	Type	Besoins et contraintes
nct_id	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("clinical-trials", "get_trial_details", {"nct_id": "NCT03661411"})

search_by_sponsor

Trouver des essais parrainés par une entreprise ou une organisation (comparaison de nom partiel, p. ex. "Pfizer" correspond à "Pfizer Inc"). Facultativement étroit par état, phase et statut. Définissez count_total pour le nombre total d'essais par le promoteur. Page avec page_token.

Champ	Type	Besoins et contraintes
sponsor_name	chaîne de caractères	requis
condition	chaîne de caractères	facultatif
phase	tableau de chaînes	facultatif
status	tableau de chaînes	facultatif
page_size	entier	facultatif; par défaut : 10; minimum: 1; maximum: 1000
page_token	chaîne de caractères	facultatif
count_total	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_sponsor", {"sponsor_name": "Pfizer", "phase": ["PHASE3"], "count_total": true})

search_investigators

Trouver les chercheurs principaux et les sites de recherche par état, institution, emplacement ou investigator_name. les filtres de l'établissement sur le site et ont priorité sur l'emplacement; investigator_name recherche GlobalOfficialName et ResponsablePartyInvestigatorFullName. Retourne les contacts du site (noms, rôles, affiliations, installations, villes) avec leurs ids NCT d'essai. page_size capte le nombre d'essais scannés.

Champ	Type	Besoins et contraintes
condition	chaîne de caractères	facultatif
institution	chaîne de caractères	facultatif
location	chaîne de caractères	facultatif
investigator_name	chaîne de caractères	facultatif
status	tableau de chaînes	facultatif
page_size	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_investigators", {"condition": "Alzheimer", "institution": "Mayo Clinic", "page_size": 20})

analyze_endpoints

Analyser les mesures des résultats primaires/secondaires/autres (points de fin). Fournir UNIQUEMENT nct_id (mode à essai unique) OU condition (mode global pour tous les essais); si les deux sont donnés, nct_id a priorité. Le mode agrégé peut être réduit par phase et start_date_after (AAA-MM-JJ) et scanne jusqu'à des essais page_size. Renvoie les listes de paramètres ainsi que les noms de mesures les plus courants dans les essais analysés.

Champ	Type	Besoins et contraintes
nct_id	chaîne de caractères	facultatif
condition	chaîne de caractères	facultatif
phase	tableau de chaînes	facultatif
start_date_after	chaîne de caractères	facultatif
page_size	entier	facultatif; par défaut : 50; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "analyze_endpoints", {"nct_id": "NCT03661411"})

search_by_eligibility

Appariement patient-procès. DÉFAUTS DE RECRUTIR les essais à moins que le statut ne soit établi. Fournir soit min_age ou max_age pour un âge de patient ("65 Years", "6 Months"); Les limites d'âge des essais sont vérifiées. Si les deux sont fournis, l'essai doit admettre tout l'intervalle d'âge du patient. Les limites de l'âge du procès sont illimitées. sexe MALE/FEMALE comprend les essais tout-venu; Le sexe total ou omis n'applique aucun filtre sexuel. eligibility_keywords recherche le texte des critères d'inclusion/d'exclusion (par exemple "HbA1c > 8", " mutation BRCA", "ECOG 0-1"). Au moins une condition, eligibility_keywords, min_age, max_age ou sexe est requise. Page avec page_token.

Champ	Type	Besoins et contraintes
condition	chaîne de caractères	facultatif
eligibility_keywords	chaîne de caractères	facultatif
min_age	chaîne de caractères	facultatif
max_age	chaîne de caractères	facultatif
sex	chaîne de caractères	facultatif; Enum: ["ALL", "MALE", "FEMALE"]
status	tableau de chaînes	facultatif
page_size	entier	facultatif; par défaut : 10; minimum: 1; maximum: 1000
page_token	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_eligibility", {"condition": "diabetes", "min_age": "65 Years", "sex": "FEMALE"})

get_trial_results

Lire les résultats d'essai affichés par NCT id (insensible à l'affaire; nu 8 chiffres acceptés). Retourne les mesures réelles des résultats, les dénombrements et les dénominateurs propres au groupe, les unités, les analyses statistiques, le débit des participants, les caractéristiques de base, les événements indésirables et les mises en garde découlant des résultatsSection. Les champs nichés conservent les noms et la hiérarchie officiels de l'API camelCase. Résoudre le groupeId/groupeIds seulement contre les groupes dans le même module ou le même résultat; ne les joignez pas au protocole des armes ou d'autres modules. Les données manquantes ne signifient pas qu'il y a zéro événement ou aucun effet thérapeutique.

Champ	Type	Besoins et contraintes
nct_id	string	requis

const result = await host.mcp("clinical-trials", "get_trial_results", {"nct_id": "NCT04280705"})

Génomique clinique

Afficher les opérations et les paramètres

clingen_gene_validity

ClinGen curations de validité de la maladie génique (comment la preuve est forte que la variation d'un gène provoque une maladie: Définitif/Strong/Moderate/Limited/Disputed/Refuted/No Connown Disease Relation). Omit le gène pour lister toutes les curations 3,600+.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_gene_validity", {"gene": "BRCA2"})

clingen_dosage_sensitivity

ClinGen dosage curations: haplo-insuffisance et triplosensitivité assertions pour les gènes (et éventuellement les régions génomiques ISCA/CNV). Un symbole génétique ou un identifiant de région ISCA filtre exactement; omit pour la table complète.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene	chaîne de caractères	facultatif
include_regions	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_dosage_sensitivity", {"gene": "TP53"})

clingen_actionability

ClinGen clinGen actionability curations: pour les troubles associés à un gène, si l'intervention précoce chez les porteurs pré-symptomatiques est actionnable (couples intervention/résultat avec gravité, probabilité, efficacité, scores de la composante nature d'intervention et score total). Le filtre Gene correspond à n'importe quel membre des sujets multi-genre.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene	chaîne de caractères	facultatif
context	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "botth"; enum: ["adulte", "pédiatric", "both"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_actionability", {"gene": "BRCA1", "context": "adult"})

clingen_variant_classifications

ClinGen Repository Evidence Repository (ERepo) classifications de la pathogénicité des variantes du panel d'experts (interprétations du VCEP selon les critères ACMG). Fournir EXACTEMENT UN gène (symbole HGNC), caid (allèle canonique ClinGen id, p.ex. CA114360), ou hgvs (par exemple NM_000277.2:c.1222C>T). Extraction complète (matchLimit=none).

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene	chaîne de caractères	facultatif
caid	chaîne de caractères	facultatif
hgvs	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_variant_classifications", {"gene": "BRCA1"})

civic_search_genes

Trouvez les enregistrements de gènes CIViC par le symbole exact d'Entrez (p. ex. "BRAF") . Entièrement paginé, vérifié au compte. Utilisez l'identifiant du gène CIViC retourné avec civic_gene_variants.

Champ	Type	Besoins et contraintes
entrez_symbol	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_genes", {"entrez_symbol": "BRAF"})

civic_gene_variants

Toutes les variantes d'un gène CIViC (par le gène id de CIViC), entièrement paginées, sont complètes même pour les gènes contenant des centaines de variantes. Trié par variante id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_id	entier	requis

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_gene_variants", {"gene_id": 5})

civic_get_variant

Une variante de CIViC par son id de variante de CIViC (aliases, types de variantes, liaison entre caractéristiques et gènes, coordonnées pour les variantes de gènes). Retourne found=false si absent.

Champ	Type	Besoins et contraintes
variant_id	entier	requis

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_variant", {"variant_id": 12})

civic_search_variants

Recherche de variantes de CIViC par sous-chaîne de noms (par exemple : "V600"), éventuellement inclu dans un id de gène CIViC. Entièrement paginés; trié par variante id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
name	chaîne de caractères	requis
gene_id	entier	facultatif

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_variants", {"name": "V600", "gene_id": 5})

civic_get_evidence_item

Un élément de preuve du CIVIC par id : la signification clinique d'un profil moléculaire dans un contexte de maladie/thérapie (niveau de preuve A-E, type, direction, signification, cote, maladie, thérapies, source). Retourne found=false si absent.

Champ	Type	Besoins et contraintes
evidence_id	entier	requis

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_evidence_item", {"evidence_id": 1409})

civic_search_evidence

Rechercher les éléments de preuve de la CIViC par toute combinaison de filtres; entièrement paginé, vérifié en nombre, trié par des preuves ascendantes id. Les filtres enum prennent les valeurs enum de CIVic GraphQL (evidence_level "A".."E"; evidence_type PRÉDICTIF ,PROGNOSTIC ,DIAGNOSTIC ,PRÉDISPOSING ,ONCOGENIC ,FUNCTIONNEL ; evidence_direction SUPPORTS DOES_NOT_SUPPORT; statut ACCEPTÉ , SUBMITÉ , REJETÉ ,ALL). Fournir au moins un filtre — aucun filtre ne marche sur l'ensemble du corpus de 10k+.

Champ	Type	Besoins et contraintes
disease_name	chaîne de caractères	facultatif
therapy_name	chaîne de caractères	facultatif
evidence_level	chaîne de caractères	facultatif
evidence_type	chaîne de caractères	facultatif
evidence_direction	chaîne de caractères	facultatif
significance	chaîne de caractères	facultatif
variant_origin	chaîne de caractères	facultatif
evidence_rating	entier	facultatif
status	chaîne de caractères	facultatif
molecular_profile_name	chaîne de caractères	facultatif
molecular_profile_id	entier	facultatif
variant_id	entier	facultatif
disease_id	entier	facultatif
therapy_id	entier	facultatif
phenotype_id	entier	facultatif
source_id	entier	facultatif
assertion_id	entier	facultatif

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_evidence", {"disease_name": "melanoma", "evidence_level": "A"})

civic_get_assertion

Une affirmation du CIVIC par id : une allégation sommaire curée par des experts (niveau de l'AMP/ASCO/CAP, codes ACMG/ClinGen, drapeaux d'essai de la FDA) qui regroupe les preuves d'un profil moléculaire dans un contexte de maladie/thérapie. Retourne found=false si absent.

Champ	Type	Besoins et contraintes
assertion_id	entier	requis

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_assertion", {"assertion_id": 7})

civic_search_assertions

Rechercher les assertions de CIViC par toute combinaison de filtres; entièrement paginé, vérifié en nombre, trié par id d'affirmation ascendante. assertion_type PRÉDICTIF ,PROGNOSTIC ,DIAGNOSTIC ,PRÉDISPOSING ,ONCOGENIC ; assertion_direction SUPPORTS DOES_NOT_SUPPORT; amp_level p.ex. TRE_I_LEVEL_A; statut ACCEPTÉS SUBMETTÉS RÉJETÉS À TOUS. Aucun filtre ne marche sur tout le corpus.

Champ	Type	Besoins et contraintes
disease_name	chaîne de caractères	facultatif
therapy_name	chaîne de caractères	facultatif
assertion_type	chaîne de caractères	facultatif
assertion_direction	chaîne de caractères	facultatif
significance	chaîne de caractères	facultatif
amp_level	chaîne de caractères	facultatif
status	chaîne de caractères	facultatif
molecular_profile_name	chaîne de caractères	facultatif
molecular_profile_id	entier	facultatif
variant_id	entier	facultatif
variant_name	chaîne de caractères	facultatif
disease_id	entier	facultatif
therapy_id	entier	facultatif
phenotype_id	entier	facultatif
evidence_id	entier	facultatif
summary	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_assertions", {"disease_name": "melanoma"})

civic_get_molecular_profile

Un profil moléculaire du CIViC par id (combinaison variable à laquelle s'attachent les preuves/affirmations), y compris : les variantes de nom, de score et de composant parsés. Retourne found=false si absent.

Champ	Type	Besoins et contraintes
mp_id	entier	requis

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_molecular_profile", {"mp_id": 12})

civic_search_molecular_profiles

Recherche de profils moléculaires CIViC par sous-chaîne de noms (p. ex. "BRAF V600E"). Entièrement paginés; trié par id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
name	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_molecular_profiles", {"name": "BRAF V600E"})

civic_search_diseases

Recherche dans les dossiers de maladies de la CIViC par sous-chaîne de noms (p. ex. "melanoma"). Retourne DOIDs + noms d'affichage; entièrement paginés; trié par id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
name	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_diseases", {"name": "melanoma"})

civic_search_therapies

Recherche dans les dossiers de thérapie par CIViC par sous-chaîne nominative (p. ex. "vemurafenib"). Retourne les ids NCIt + noms; entièrement paginés; trié par id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
name	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_therapies", {"name": "vemurafenib"})

open_targets_graphql

Exécutez une requête arbitraire de GraphQL contre la plateforme Open Targets API (cibles, maladies, médicaments, scores d'association cible-maladie, preuves, tractabilité, sécurité, médicaments connus). Les requêtes d'introspection fonctionnent pour la découverte du schéma. Note connueDrugs a été rebaptisé drogueAndClinicalCandidats en amont.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
variables	objet	facultatif

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_graphql", {"query": "query($id: String!){ target(ensemblId: $id){ approvedSymbol associatedDiseases{ count } } }", "variables": {"id": "ENSG00000157764"}})

open_targets_disease_drugs

Médicaments connus/d'investigation pour une maladie (plate-forme ouverte de cibles) — enveloppe Maladie.drogueEtClinicalCandidats. efo_id est un id de l'ontologie de la maladie (EFO/MONDO/etc., p.ex. "MONDO_0004992").

Champ	Type	Besoins et contraintes
efo_id	chaîne de caractères	requis
size	entier	facultatif; par défaut : 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_drugs", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

open_targets_disease_targets

Les cibles associées les plus élevées pour une maladie, classées par Open Targets score d'association global — wraps Disease.associatedTargets. efo_id est un id d'ontologie de la maladie (EFO/MONDO/etc.).

Champ	Type	Besoins et contraintes
efo_id	chaîne de caractères	requis
size	entier	facultatif; par défaut : 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_targets", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

open_targets_drug

Détails du médicament par ChEMBL id (Open Targets Platform) – nom, type, stade clinique maximal et mécanismes d'action (cible + type d'action). chembl_id p.ex. "CHEMBL1201583".

Champ	Type	Besoins et contraintes
chembl_id	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_drug", {"chembl_id": "CHEMBL1201583"})

clinpgx_search_chemicals

Résoudre les enregistrements de médicaments ou de substances chimiques ClinPGx par identifiant d’accès ClinPGx ou par nom avant d’interroger les annotations pharmacogénomiques.

Fournissez au moins un des produits suivants: accessionId / name.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accessionId	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
name	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
view	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_chemicals", {"name": "warfarin", "view": "max"})

clinpgx_search_genes

Résoudre les enregistrements de gènes ClinPGx par identifiant d’accès ClinPGx ou par symbole HGNC avant d’interroger les annotations pharmacogénomiques.

Fournissez au moins un des produits suivants: accessionId / symbol.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accessionId	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
symbol	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
view	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_genes", {"symbol": "VKORC1", "view": "max"})

clinpgx_search_summary_annotations

Rechercher les annotations cliniques ClinPGx reliant un médicament, un gène et un variant. Filtrer par niveau de preuve 1A, 1B, 2A, 2B, 3 ou 4 et conserver la source originale.

Fournissez au moins l'un des produits suivants : relatedChemicals.accessionId / relatedChemicals.name / location.genes.symbol / location.fingerprint / id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
relatedChemicals.accessionId	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
relatedChemicals.name	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
location.genes.symbol	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
location.fingerprint	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
view	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "base"; enum: ["min", "base", "max"]
levelOfEvidence.term	chaîne de caractères	facultatif; enum: [" 1A", " 1B", " 2A", " 2B", " 3", " 4"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_summary_annotations", {"relatedChemicals.name": "warfarin", "location.genes.symbol": "VKORC1", "levelOfEvidence.term": "1A", "view": "max"})

clinpgx_get_summary_annotation

Récupérer une annotation clinique ClinPGx à l’aide de son identifiant numérique d’enregistrement ClinPGx, avec le médicament, le gène, le variant, le phénotype et le niveau de preuve associés.

Champ	Type	Besoins et contraintes
id	nombre	requis; minimum: 1
view	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_summary_annotation", {"id": 655385012, "view": "max"})

clinpgx_search_variant_annotations

Rechercher les annotations de variants ClinPGx par symbole de gène ou empreinte du variant (généralement un rsID).

Fournissez au moins un des produits suivants: location.genes.symbol / location.fingerprint.

Champ	Type	Besoins et contraintes
location.genes.symbol	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
location.fingerprint	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
view	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_variant_annotations", {"location.fingerprint": "rs1799853", "view": "max"})

clinpgx_search_guideline_annotations

Rechercher les annotations de recommandations de dosage pharmacogénomique ClinPGx provenant de CPIC, DPWG ou PharmGKB/PRO.

Fournissez au moins un des produits suivants : source / relatedChemicals.accessionId / relatedGenes.accessionId.

Champ	Type	Besoins et contraintes
source	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; enum: ["cpic", "dpwg", "pro"]
relatedChemicals.accessionId	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
relatedGenes.accessionId	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
view	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_guideline_annotations", {"source": "cpic", "relatedGenes.accessionId": "PA267", "view": "max"})

clinpgx_search_drug_labels

Rechercher les libellés réglementaires pharmacogénomiques de médicaments ClinPGx provenant de la FDA, de l’EMA, de la PMDA ou de Health Canada.

Fournissez au moins l'un des produits suivants : source / relatedChemicals.accessionId / relatedChemicals.name / relatedGenes.accessionId / relatedGenes.symbol.

Champ	Type	Besoins et contraintes
source	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; enum: ["fda", "ema", "pmda", "hcsc"]
relatedChemicals.accessionId	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
relatedChemicals.name	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
relatedGenes.accessionId	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
relatedGenes.symbol	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
view	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_drug_labels", {"source": "fda", "relatedChemicals.name": "clopidogrel", "view": "max"})

clinpgx_search_variants

Résoudre les variants pharmacogénomiques ClinPGx par rsID dbSNP ou par un autre symbole de variant.

Champ	Type	Besoins et contraintes
symbol	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; modèle: "\S"
view	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_variants", {"symbol": "rs1799853", "view": "max"})

clinpgx_get_variant_frequency

Récupérer les fréquences de variants dans les populations rapportées par ClinPGx pour une empreinte de variant telle qu’un rsID.

Champ	Type	Besoins et contraintes
fp	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; modèle: "\S"

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_variant_frequency", {"fp": "rs1799853"})

clinpgx_get_drug_gene_variant

Interroger une connexion ClinPGx entre deux objets (par exemple, un médicament et un gène) à l’aide du rapport de connexions partagé ; fournir un identifiant pour chaque objet. Utiliser les annotations de synthèse pour une annotation clinique médicament-gène-variant.

Pour ce groupe, fournir au moins l'un des éléments suivants: object1Id / object1Name / object1Type.

Pour ce groupe, fournir au moins l'un des éléments suivants: object2Id / object2Name / object2Type.

Champ	Type	Besoins et contraintes
object1Id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
object1Name	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
object1Type	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
object2Id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
object2Name	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
object2Type	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; modèle: "\S"
view	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_drug_gene_variant", {"object1Name": "warfarin", "object1Type": "chemical", "object2Name": "VKORC1", "object2Type": "gene", "view": "max"})

get_dgidb_gene_drugs

Interactions DGIdb-médicaments par nom de gène. Un enregistrement correspondant par page, avec toutes les sources d'interaction, versions sources, licences, types, attributs et preuves de publication. Les noms peuvent correspondre à plusieurs enregistrements; suivez next_cursor explicitement.

Champ	Type	Besoins et contraintes
name	string	requis; minLength: 1; maxLength: 200
after	string	optional; minLength: 1; maxLength: 500

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "get_dgidb_gene_drugs", {"name": "BRAF"})

get_dgidb_drug_genes

Interactions entre les médicaments et les gènes par nom de médicament. Un enregistrement correspondant par page, avec toutes les sources d'interaction, versions sources, licences, types, attributs et preuves de publication. Les noms peuvent correspondre à plusieurs enregistrements; suivez next_cursor explicitement.

Champ	Type	Besoins et contraintes
name	string	requis; minLength: 1; maxLength: 200
after	string	optional; minLength: 1; maxLength: 500

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "get_dgidb_drug_genes", {"name": "IMATINIB"})

Structures & Interactions

Afficher les opérations et les paramètres

emdb_get_entries

Récupérer des enregistrements de métadonnées structurées pour les entrées de cartes 3D de cryo-EM EMDB. Accepte les adhésions comme 'EMD-1234', 'emd-1234' ou ' 1234'. Chaque enregistrement porte le titre, la méthode de détermination de la structure (singleParticle / hélical / tomographie / sous-tomogrammeA moyenne / électroniqueCrystallographie), la résolution dans Angstrom (null pour les entrées sans résolution rapportée, p.ex. tomogrammes bruts) et la méthode de résolution, les dates de dépôt/délivrance, les noms d'échantillons et de macromolécules/supramolécules, les ID de modèles PDB (liste vide lorsqu'aucun modèle n'est monté), la citation principale (journal, année, premier auteur, DOI, PMID), les dimensions de la carte et la taille du voxel, et l'état. Les entrées obsolètes rapportent les adhésions is_obsolete=true plus superseded_by. Les accessions inconnues reviennent sous le nom de {"emdb_id", "error": "not_found"} — ne jamais tomber silencieusement. Métadonnées seulement; les volumes de cartes ne sont jamais téléchargés.

Champ	Type	Besoins et contraintes
emdb_ids	tableau de chaînes	requis

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entries", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "emd-3061", "1234"]})

emdb_search_entries

Rechercher EMDB avec une requête de type Solr; récupération complète en page des lignes compactes. Exemples de requêtes: 'title:"apoferritin" AND resolution:[0 to 1.5]', 'structure_determination_method:"singleParticle"', 'current_status:"REL" ET release_date:[2024-01-01T00:00:00Z À *]'. Args : requête (chaîne de requêtes Solr); max_rows (cap de ligne, par défaut 1000). Retourne num_found_released (le nombre d'entrées des API' propres de la voie facet — ground truth), rows_retrieved, rows_by_status (REL vs OBS — la route de recherche retourne aussi les entrées obsolètes mais elles ne sont PAS comptées comme publiées), released_complete (véritable iff chaque match libéré a été récupéré; false signifie max_rows tronqué le balayage ou les nombres en désaccord), et enregistre : lignes compactes par entrée (emdb_id, titre, résolution, structure_determination_method, current_status, release_date, fitted_pdbs) triées par adhésion EMD.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
max_rows	entier	facultatif; par défaut : 1000

const result = await host.mcp("structures", "emdb_search_entries", {"query": "title:\"apoferritin\" AND resolution:[0 TO 1.5]", "max_rows": 500})

emdb_get_entry_section

Saisissez une section de métadonnées détaillée pour les entrées de la BDEM. Sections: 'publications' — citation principale avec liste d'auteurs ordonnée complète, citations auxiliaires, références externes (PMID/DOI/ISSN/CSD); 'map' — fichier, format, type de données, dimensions, espacement voxel, origine, ordre d'axe, cellule, statistiques voxel, niveaux de contour, symétrie; 'sample' — les enregistrements par macromolécule (type, poids moléculaire, copies, numéro CE, organisme source + NCBI en circulation, séquences croisées) et les enregistrements par supramoléculecule; 'imagerie' — microscope, tension, source d'électrons, détecteur, dose, modes d'imagerie, champ de déconcentration, grossissement, Cs, cryogène, conditions grille/buffer/vitrification (un enregistrement par session de microscopie — les entrées peuvent porter plusieurs). Args: emdb_ids (liste d'adhésion, n'importe lequel des EMD-1234/emd-1234/1234); (une des publications/carte/échantillon/imagerie). Des accessions inconnues sont signalées avec "error": "not_found". Utilisez emdb_get_entries d'abord lorsque vous avez seulement besoin de l'enregistrement principal.

Champ	Type	Besoins et contraintes
emdb_ids	tableau de chaînes	requis
section	chaîne de caractères	requis; enum: ["publications", "map", "sample", "imaging"]

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entry_section", {"emdb_ids": ["EMD-11638"], "section": "imaging"})

emdb_get_validation

Renseignez-vous sur les paramètres de validation numérique et d'analyse pour les entrées EMDB. Par entrée (à partir de la route d'analyse/EMDB): Q-score, inclusion d'atomes, niveaux de contour recommandés/prédictés/rawmap, volumes modélisés/masques, rapport modél-map, mesures de surface — où le pipeline de validation les a calculés. available_blocks liste chaque bloc du service de validation retourné; Les charges utiles limitées (tomogrammes, entrées sans modèle ou historiques) donnent des valeurs nulles explicites. Entrées sans rapport d'analyse de validation has_validation_analysis=false — jamais laissé tomber silencieusement.

Champ	Type	Besoins et contraintes
emdb_ids	tableau de chaînes	requis

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_validation", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "EMD-3061"]})

complexportal_get_complexes

Renseignez-vous sur les dossiers du Portail complexe par adhésion au CPX. Chaque enregistrement: complexe AC, noms recommandés/systématiques + synonymes, espèces et taxides, liste des participants avec stœchiométrie (copies min/max), rôle biologique et type d'interactivité, preuve du code ECO, annotations GO, et références croisées — la description curée manuellement d'un complexe macromoléculaire stable. Les dossiers reviennent dans l'ordre des entrées; Les accessions inconnues sont listées dans not_found plutôt que silencieusement abandonnées. Pour l'interaction binaire preuve (qui lie qui dans quelle expérience) utilise plutôt les outils intacts_*.

Champ	Type	Besoins et contraintes
complex_acs	tableau de chaînes	requis

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_get_complexes", {"complex_acs": ["CPX-2158", "CPX-2419"]})

complexportal_search_by_participant

Portail complexe de recherche pour les complexes contenant une molécule. accession est une adhésion de participant — UniProt (par exemple: 'P04637'), ChEBI ou RNAcentral. Avec participants_only=true (par défaut), la recherche est qualifiée de champ (pxref:< accession>) de sorte que seuls les complexes qui contiennent réellement la molécule comme participant curé sont retournés; avec faux, l'adhésion nue est également jumelée comme texte libre (descriptions, noms), qui sur-rapporte mais peut attraper des mentions. Toutes les pages de résultats sont récupérées et le nombre de lignes est vérifié par rapport au total déclaré par le service (total_reported == total_retrieved, ou l'appel échoue fort). Les hits sont des enregistrements compacts (complex_ac, nom, espèce, interagissants) triés par adhésion complexe; récupérer tous les détails avec complexportal_get_complexes.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis
participants_only	booléen	facultatif; par défaut : true

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_search_by_participant", {"accession": "P69905", "participants_only": true})

intact_fetch_interactions

Récupérer TOUTES les interactions binaires IntAct correspondant à une requête, MI-score filtré. query est une adhésion UniProt (par exemple 'P04637'), symbole de gène, texte libre, ou toute requête IntAct Solr. Retrieval est un balayage paginé complet vérifié par rapport au total déclaré par le serveur (n_records == total_elements, ou l'appel FAILS LOUDLY — la troncation silencieuse est impossible). min_mi_score/max_mi_score côté serveur du score de confiance IntAct MI (0.45 est un plancher de confiance moyenne commun); Filtres interactor_species par nom d'espèce ou par taxi (p. ex. ["Homo sapiens"] ou [" 9606"]). Les enregistrements sont minces et structurés: paire d'interacteurs (AC IntAct, identifiants de base de données, noms de molécules, espèces/taxides), type d'interaction, méthode de détection (+MI id), rôles expérimentaux, organisme hôte, score MI, PubMed id, premier auteur, base de données source — trié par score DESCENDING MI. Listes de sortie au plus des enregistrements max_records_returned (records_truncated=true lorsque le balayage vérifié était plus grand; n_records rapporte toujours le vrai total). Grandes requêtes (par exemple: Les interactions CFTR ~10k) prennent un certain temps — étroite avec min_mi_score ou des espèces lorsque c'est possible.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
min_mi_score	nombre	facultatif; par défaut : 0
max_mi_score	nombre	facultatif; par défaut : 1
interactor_species	tableau de chaînes	facultatif
max_records_returned	entier	facultatif; par défaut : 500

const result = await host.mcp("structures", "intact_fetch_interactions", {"query": "P04637", "min_mi_score": 0.45, "interactor_species": ["Homo sapiens"], "max_records_returned": 200})

intact_get_interactor

Résoudre une molécule à ses enregistrements interactifs IntAct. query est une adhésion UniProt, un symbole de gène ou un interactif IntAct AC (p. ex. 'EBI-7090529') . Retourne TOUS les enregistrements d'interactions correspondants avec un n_matches explicite — une adhésion UniProt peut se résoudre à la protéine canonique plus les interactions chaîne/isoforme, et cet outil n'en choisit jamais silencieusement. Chaque enregistrement : interactor_ac, preferred_identifier, nom, espèce, taxid, interactor_type, et le interaction_count vu par IntAct (utile pour tailler un balayage intact_fetch_interactions).

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interactor", {"query": "P04637"})

intact_get_interaction_details

Détails complets pour l'interaction ONE IntAct AC (p. ex. 'EBI-15635490') . Retourne le type d'interaction, l'organisme hôte, la méthode de détection, la publication, les références croisées, les annotations, les paramètres cinétiques/affinités et les confidences, ainsi que les enregistrements par participant (identificateur, espèce, rôle biologique et expérimental, méthodes de détection des participants) à moins que include_participants=false. Obtenez des AC d'interaction à partir des enregistrements intact_fetch_interactions (le champ interaction_ac). ACs inconnus retournent { interaction_ac, erreur: 'not_found' }.

Champ	Type	Besoins et contraintes
interaction_ac	chaîne de caractères	requis
include_participants	booléen	facultatif; par défaut : true

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interaction_details", {"interaction_ac": "EBI-15635490", "include_participants": true})

intact_build_network

Construire un réseau d'interaction de profondeur-1 IntAct autour des protéines de graines. seed_accessions sont des adhésions UniProt. Étape 1 : balayage d'interaction MI-score-filtré complet et vérifié par comptage par graine. Étape 2: les partenaires de chaque bord de graine et les graines forment le jeu de nœuds. Étape 3: les bords partenaires ne sont découvrables qu'en interrogeant les partenaires eux-mêmes, de sorte que jusqu'à max_interactors_expanded partenaires sont interrogés (la plupart connectées d'abord, les liens par identifiant) et les bords avec les deux paramètres à l'intérieur du nœud sont conservés. Le bloc d'expansion indique exactement quels partenaires n'ont pas été ou n'ont pas été élargis (l'expansion.complete=false signifie qu'il peut y avoir plus de bords partenaires-partenaires). Sortie: noeuds, bords (avec score MI, méthode de détection, PubMed id), statistiques de balayage par grain. Garder quelques graines et min_mi_score >= 0.45 – chaque expansion est un balayage paginé complet.

Champ	Type	Besoins et contraintes
seed_accessions	tableau de chaînes	requis
min_mi_score	nombre	facultatif; par défaut : 0.45
max_interactors_expanded	entier	facultatif; par défaut : 25
interactor_species	tableau de chaînes	facultatif

const result = await host.mcp("structures", "intact_build_network", {"seed_accessions": ["P04637", "Q00987"], "min_mi_score": 0.45, "max_interactors_expanded": 25})

pdb_search_structures

Rechercher les entrées de l'APB RCSB par filtres d'attributs; paged, plafonné + signalé. Tous les filtres ET ensemble; au moins un est nécessaire. text est une requête de pertinence texte complet ('p53 domaine de liaison ADN'); organism est un nom de lignée source-organisme exact ('Homo sapiens' — correspond à n'importe quel niveau de lignée, donc 'Eukaryota' fonctionne aussi); taxonomy_id une BCNI a fait l'objet d'un taxi (9606); uniprot_accession trouve des entrées dont les entités polymère s'inscrivent dans cette UniProt ('P04637' -> chaque structure p53; experimental_method est le vocabulaire PDB ('X-RAY DIFFRACTION', 'ELECTRON MICROSCOPY', 'SOLUTION NMR', ... — erreur de valeurs inconnues et insensibles à la situation avec la liste complète; max_resolution_angstrom conserve les entrées à la résolution ou en dessous; ligand_comp_id nécessite un composant non polymère lié par la chim-comp id ('ZN', 'ATP', 'HEM'). include_computed_models=true ajoute des modèles de structure calculés (p. ex. AlphaFold) aux résultats expérimentaux par défaut seulement. Retourne total_count (le total de correspondance des API's — ground truth), n_retrieved, tronqué (true iff total_count > _retraité; max_rows, 1..1000, récupération de caps), et enregistrements [{pdb_id, score}] dans l'ordre de pertinence. Identificateurs uniquement — chaîne à pdb_get_structures pour les métadonnées.

Champ	Type	Besoins et contraintes
text	chaîne de caractères	facultatif
organism	chaîne de caractères	facultatif
taxonomy_id	entier	facultatif
uniprot_accession	chaîne de caractères	facultatif
experimental_method	chaîne de caractères	facultatif
max_resolution_angstrom	nombre	facultatif
ligand_comp_id	chaîne de caractères	facultatif
include_computed_models	booléen	facultatif; par défaut : false
max_rows	entier	facultatif; par défaut : 100

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_structures", {"uniprot_accession": "P04637", "experimental_method": "X-RAY DIFFRACTION", "max_rows": 50})

pdb_get_structures

Récupère les résumés d'entrée de niveau pour les entrées PDB (batch, max 25 ids). Accepte en tout cas les id PDB de caractère 4 (' 1tup' == ' 1TUP'; les duplicata sont doublonnés). Chaque enregistrement: titre, méthodes expérimentales, résolution en Angstrom (null pour les méthodes sans un, par exemple. RMN), méthode de détermination (expérimentale vs calculale), dates et statut de dépôt/libération/révision, poids moléculaire (kDa), nombre d'entités et de assemblage (protéines/ADN/polymère ARN + nonpolymère), ligand lié ids chim-comp, listes d'entités polymère/non polymère (inputs for pdb_get_entities / pdb_get_ligands), et citation principale (titre, journal, année, auteurs, PubMed id, DOI). Les ids inconnus reviennent sous la forme de {"pdb_id", "error": "not_found"} — ne jamais tomber silencieusement. Métadonnées seulement; les fichiers de coordination ne sont jamais téléchargés.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pdb_ids	tableau de chaînes	requis

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {"pdb_ids": ["1TUP", "1tup", "6XYZ"]})

pdb_get_entities

Détails de l'entité polymère pour une entrée PDB, y compris Les cartes UniProt. Avec entity_ids=null chaque entité polymère de l'entrée est récupérée, captée à 25 avec tronqué=true et n_polymère_entities signalant le nombre vrai d'entry's (de grands assemblages comme les ribosomes portent 50+ — obtenez la liste complète d'id de pdb_get_structures' polymer_entity_ids et page avec des sous-ensembles explicites comme [" 26", " 27"]); avec un sous-ensemble entity_ids explicite, le total d'entrée n'est pas récupéré, donc n_polymère_entities est nul; une liste explicite de entity_ids plus grande que les erreurs 25. Chaque enregistrement : description, type de polymère (protéine / ADN / ARN), longueur de séquence, nombre de mutations, copies déposées, ids en chaîne (asym + auteur), organismes sources avec taxides, accessions UniProt avec couverture de séquence par entité (SIFTS) et régions alignées UniProt (coordonnées d'entity-seq vs référence-seq). Les identifiants d'entités inconnues sont listés dans not_found; une erreur d'identification d'entrée inconnue. include_sequences=true ajoute la séquence canonique d'une lettre par entité; Si les séquences combinées dépassent max_bytes (par défaut 400000), elles sont omises et sequences_omitted explique pourquoi — les métadonnées survivent toujours.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pdb_id	chaîne de caractères	requis
entity_ids	tableau de chaînes	facultatif
include_sequences	booléen	facultatif; par défaut : false
max_bytes	entier	facultatif; par défaut : 400000

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_entities", {"pdb_id": "1TUP", "include_sequences": true})

pdb_get_ligands

Ligands coniques (composants non polymères) d'une seule entrée PDB, avec chimie. Déplace les entités non-polymères 's d'entrée et résout chaque composant chimique: par ligand — entity id, chem-comp id ('ZN', 'ATP'), description, nombre de copies déposées, ids de chaîne d'auteur, et un bloc chem_comp (nom, formule, poids de la formule, charge formelle, type de composant, InChICey, SMILES stéréo). Les eaux ne sont pas des entités non polymères dans le modèle de données de l'APB et n'apparaissent jamais. Entrées sans ligands retour ligands: []. n_nonpolymère_entities est le nombre vrai d'entry's; tronqué=true lorsqu'il dépasse max_ligands (clamé à 1..25, qui limite le budget de la demande) — jamais silencieusement abandonné. Entités/composantes les données API ne sont plus utilisées sont déclarées en ligne avec "error": "not_found" (résultats partiels, pas un appel avorté). Erreurs d'identification d'entrée inconnues.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pdb_id	chaîne de caractères	requis
max_ligands	entier	facultatif; par défaut : 25

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_ligands", {"pdb_id": "1TUP"})

alphafold_get_prediction

AlphaFold DB a prédit des métadonnées de structure pour une adhésion UniProt. Retourne les enregistrements has_model, n_models et par modèle. Une seule adhésion peut porter plusieurs modèles (canoniques + isoformes comme 'P04637-9', et les fournisseurs communautaires au-delà du pipeline monomère Google DeepMind — provider_id / tool_used les identifient). Chaque modèle : entry id, UniProt annotation (id, description, gène, organisme, taxid, revised flags), sequence coordinates and length, global pLDDT (global_plddt, 0-100) plus la fraction de résidus par bac de confiance pLDDT (very_low < 50, low 50-70, confiance 70-90, very_high > 90), model version info et date de création, et télécharger les URLs (coordonnées Cif/bcif/pdb, PAE JSON + image, per-residue pLDDT JSON, MSA, AlphaMissense CSV si disponible) — URLs seulement, payloads ne sont jamais téléchargés; Allez les chercher vous-même si nécessaire. Adhésions sans retour de prédiction has_model=false (pas une erreur); les identifiants mal formés retournent un champ error explicite. include_sequence=true ajoute la séquence du modèle (protéine une lettre).

Champ	Type	Besoins et contraintes
uniprot_accession	chaîne de caractères	requis
include_sequence	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_get_prediction", {"uniprot_accession": "P04637"})

alphafold_check_coverage

Contrôle de couverture AlphaFold DB par lots (max. 40 adhésions UniProt uniques). Les entrées vierges et les duplicata sont dépouillées avant l'application du plafond du lot, et divulguées : n_requested == n_unique + n_blank_skipped + n_duplicate_skipped se réconcilie toujours. Un enregistrement compact par adhésion unique, en ordre d'entrée : has_model, n_models, et le modèle primaire (première liste) 's model_entity_id, latest_version, global_plddt et sequence_length. Adhésions sans rapport de prédiction has_model=false; Les malformés portent un champ error explicite — jamais laissé tomber silencieusement. Utilisez pour trier les protéines d'un ensemble qui ont des structures prédites utilisables avant de tirer des enregistrements complets avec alphafold_get_prediction.

Champ	Type	Besoins et contraintes
uniprot_accessions	tableau de chaînes	requis

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_check_coverage", {"uniprot_accessions": ["P04637", "P38398", "Q9Y6K9"]})

pdb_search_sequence

Trouver des entités protéiques expérimentales de PDB à partir d'une séquence protéique non tamponnée (25..10000 acides aminés, FASTA crus ou mono-enregistrement; espace blanc et minuscule accepté). La similarité des séquences utilise l'identité de la séquence RCSB MMseqs2 : identity_cutoff est une fraction 0..1, pas un pourcentage; evalue_cutoff est la valeur E maximale. min_query_coverage (0..1) filtre chaque alignement localement en utilisant (query_end - query_beg + 1) / longueur de la séquence d'entrée; un hit nécessite un alignement satisfaisant à la limite, et seuls les alignements admissibles sont retournés. Il s'agit d'une couverture séquentielle, non d'une couverture de résidus résolue expérimentalement. Scanne au plus max_candidates (par défaut 100, max 1000) en amont dans l'ordre de pertinence, puis retourne au plus max_rows (par défaut 10, max 25) entités avec des identifiants de chaîne et des métriques de correspondance. total_count est le filtrage total en amont de la couverture AVANT; n_matched compte les entités admissibles seulement parmi les candidats scannés. tronqué signifie qu'il reste plus de candidats ou de dossiers de qualification en amont. Augmenter max_candidates pour examiner les résultats moins bien classés. Les identifiants chaîne listent toutes les copies déposées de l'entité correspondante : asym_ids sont des identifiants d'étiquette, auth_asym_ids sont des identifiants d'auteur. Les métadonnées 404 conservent la correspondance avec metadata_error=not_found et les ID de chaîne nulle. La note de pertinence n'est pas l'identité de la séquence. Structures expérimentales seulement; chaîne à pdb_get_structures pour les métadonnées d'entrée. Aucun fichier de coordonnées n'est téléchargé.

Champ	Type	Besoins et contraintes
sequence	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 25; Longueur max: 50000
identity_cutoff	nombre	facultatif; par défaut : 0.3; minimum: 0; maximum: 1
evalue_cutoff	nombre	facultatif; par défaut : 0.1; Exclusivité Minimum: 0
min_query_coverage	nombre	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1
max_candidates	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 1000
max_rows	entier	facultatif; par défaut : 10; minimum: 1; maximum: 25

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_sequence", {"sequence": "MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQV", "identity_cutoff": 0.9, "min_query_coverage": 0.8, "max_rows": 10})

omnipath_query_regulation

Demande de renseignements, règlement de protéines humaines signé de OmniPath. Fournir une adhésion humaine canonique UniProt (résoudre les noms avec le connecteur Genes d'abord). Les noeuds partenaires peuvent être des protéines ou des COMPLEX natifs : identificateurs ; ne jamais étendre des complexes dans des bords appariés inférés. La stimulation et l'inhibition peuvent être vraies : préserver les preuves contradictoires et séparer les drapeaux de consensus. Utilise l'ensemble de données omnipath et le filtre de licence commerciale en amont; les termes de ressources originaux s'appliquent toujours. Les relations et les citations regroupent des sources multiples et des contextes biologiques, et non des preuves causales propres aux tissus. Les résultats utilisent l'ordre en amont, pas le classement de confiance; les résultats limités ne sont pas le réseau complet. Pas de pagination ou de téléchargement en vrac.

Field	Type	Requirement and constraints
accession	string	required; pattern: "^(?:[OPQ][0-9][A-Z0-9]{3}[0-9]|[A-NR-Z][0-9](?:[A-Z][A-Z0-9]{2}[0-9]){1,2})$"
direction	string	required; enum: ["upstream", "downstream"]
limit	integer	optional; default: 10; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("structures", "omnipath_query_regulation", {"accession": "P00533", "direction": "upstream", "limit": 10})

pdb_search_structure_similarity

Trouver des chaînes de protéines PDB expérimentales semblables en 3D à une chaîne de PDB déposée en utilisant la recherche d'intégration en fonction de la structure RCSB avec correspondance mondiale, prévision TM-score 0,8 et 10 000 candidats. Fournissez un ID PDB à quatre caractères et label asym id (RCSB/mmCIF chain ID, pas l'identifiant de chaîne auteur; disponible à partir de pdb get entities). Retourne les identifiants de chaîne classés en haut et les scores en amont; la chaîne de requête peut apparaître parmi les succès. Aucun chargement de coordonnées, alignement structurel, RMSD ou TM-score calculé localement.

Field	Type	Requirement and constraints
pdb_id	string	required; pattern: "^[1-9][A-Za-z0-9]{3}$"
label_asym_id	string	required; minLength: 1; maxLength: 16; pattern: "^[A-Za-z0-9]+$"
max_rows	integer	optional; default: 10; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_structure_similarity", {"pdb_id": "1CLL", "label_asym_id": "A", "max_rows": 10})

pdbe_get_validation

Obtenez des scores de qualité et des statistiques clés de validation pour une entrée PDB expérimentale. Comprend la méthode expérimentale. Préserver les mesures nulles et la disponibilité inconnue des données expérimentales; les mesures manquantes ne sont pas nulles ni de mauvaise qualité. Les scores sont des résumés en amont, et non un classement universel entre les méthodes expérimentales. Aucun modèle prévu ni rapport sur les niveaux de résidus.

Field	Type	Requirement and constraints
pdb_id	string	required; maxLength: 4; pattern: "^[1-9][A-Za-z0-9]{3}$"

const result = await host.mcp("structures", "pdbe_get_validation", {"pdb_id": "1cbs"})

CEMBL

Afficher les opérations et les paramètres

compound_search

Rechercher les composés chimiques ChEMBL par nom (par défaut), ChEMBL id ou structure moléculaire. Par nom : sous-chaîne de synonymes insensibles à la casse (revient à une correspondance de nom préféré). Par chembl_id : recherche directe d'enregistrement. Par les sourires : Recherche de similarité Tanimoto lorsque similarity_threshold est défini, sinon une recherche de sous-structure (les marches de structure sont plafonnées et révèlent walk_truncated/upstream_total). Filtres max_phase optionnels par stade clinique. Passez au moins un nom, chembl_id, ou des sourires. Utilisez plutôt drug_search lors de la recherche par indication thérapeutique.

Champ	Type	Besoins et contraintes
name	chaîne de caractères	facultatif
chembl_id	chaîne de caractères	facultatif
smiles	chaîne de caractères	facultatif
similarity_threshold	entier	facultatif; minimum: 70; maximum: 100
max_phase	entier	facultatif; enum: [0, 1, 2, 3, 4]
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("chembl", "compound_search", {"name": "aspirin", "limit": 5})

drug_search

Rechercher les médicaments approuvés et les candidats cliniques par indication thérapeutique (terme de l'OEN, correspondance partielle). Joindre les lignes drug_indication à des molécules mères distinctes, puis aux enregistrements de molécules et aux avertissements de retrait/boîte noire. only_approved se limite à la phase 4. Les post-filtres optionnels molecule_chembl_id, drug_name (sous-chaîne de nom préféré) et max_phase (>=) rétrécissent l'ensemble joint. Utilisez compound_search pour les recherches de nom/id/structure.

Champ	Type	Besoins et contraintes
indication	chaîne de caractères	requis
drug_name	chaîne de caractères	facultatif
molecule_chembl_id	chaîne de caractères	facultatif
max_phase	entier	facultatif; enum: [0, 1, 2, 3, 4]
only_approved	booléen	facultatif; par défaut : false
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("chembl", "drug_search", {"indication": "hypertension", "only_approved": true, "limit": 10})

get_admet

Récupérer les propriétés moléculaires calculées par ChEMBL pour l'évaluation de la ressemblance médicamenteuse / ADMET d'une molécule (ALogP, poids moléculaire, PSA, HBA/HBD, liaisons rotatives, cycles aromatiques, atomes lourds, violations de la règle de 5, passage de la règle de 3, QED, formule moléculaire). Ils sont calculés à partir de la structure, et non de mesures expérimentales.

Champ	Type	Besoins et contraintes
molecule_chembl_id	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("chembl", "get_admet", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

get_bioactivity

Récupérer les mesures de bioactivité ChEMBL (IC50, Ki, Kd, EC50, ...) pour les interactions entre les cibles composées. Filtrer par molecule_chembl_id, target_chembl_id et/ou assay_chembl_id, activity_type (standard_type), un plancher pChEMBL (min_pchembl), une gamme standard_value (min_value/max_value), et une unité (standard_units). Retourne une page commandée par activity_id avec un résumé de page-local le plus puissant. Passer next_offset comme offset avec les mêmes filtres pour continuer au-delà des enregistrements 1,000; Arrêtez quand has_more est faux. Utilisez get_assay pour inspecter le contexte expérimental avant de comparer les mesures.

Champ	Type	Besoins et contraintes
molecule_chembl_id	chaîne de caractères	facultatif
target_chembl_id	chaîne de caractères	facultatif
assay_chembl_id	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; modèle: "^CHEMBL[0-9]+$"
activity_type	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["IC50", "EC50", "Ki", "Kd", "AC50", "GI50", "ED50", "Potency"]
min_pchembl	nombre	facultatif; minimum: 0; maximum: 14
min_value	nombre	facultatif
max_value	nombre	facultatif
unit	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["nM", "uM", "mM", "pM", "M"]
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 1000
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 9007199254740991

const result = await host.mcp("chembl", "get_bioactivity", {"molecule_chembl_id":"CHEMBL25","activity_type":"IC50","limit":10})

get_mechanism

Récupérer les registres du mécanisme d'action de la LLEMCH pour les médicaments approuvés et les candidats cliniques. Filtrer par molecule_chembl_id, target_chembl_id et/ou action_type. Lorsqu'un id de molécule ne produit rien, se rétracte contre la molécule mère de sorte que les ids de forme saline se résolvent. Retourne une page commandée par mec_id avec un résumé de type action.

Champ	Type	Besoins et contraintes
molecule_chembl_id	chaîne de caractères	facultatif
target_chembl_id	chaîne de caractères	facultatif
action_type	chaîne de caractères	facultatif; énième: ["INTHIBITEUR", "AGONISTE", "ANTAGONISME", "BLOCKER", "MODULATEUR", "OUVERTURE", "ACTIVATEUR", "MODULATEUR ALLOSTERIQUE POSITIF", "MODULATEUR ALLOSTÉRIC NÉGATIF", "AGONISTE PARTICULIER", "AGONISTE INVERSE"C'est pas vrai.
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("chembl", "get_mechanism", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

target_search

Rechercher les cibles biologiques de ChEMBL (protéines, complexes, familles, organismes). Filtrer par target_chembl_id, gene_symbol (composante exacte-synonyme), target_name (sous-chaîne de noms), organisme (sous-chaîne) et/ou target_type. Chaque résultat porte ses composants avec des adhésions UniProt, un gene_symbol et des listes de références croisées délimitées.

Champ	Type	Besoins et contraintes
target_name	chaîne de caractères	facultatif
gene_symbol	chaîne de caractères	facultatif
target_chembl_id	chaîne de caractères	facultatif
organism	chaîne de caractères	facultatif
target_type	chaîne de caractères	facultatif; Enum: ["SINGLE PROTEIN", "PROTEIN COMPLEX", "PROTEIN FAMILY", "ORGANISM", "TISSUE", "CELL-LINE", "NUCLEIC-ACID", "SUBCELLULAR"]
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("chembl", "target_search", {"gene_symbol": "EGFR", "organism": "Homo sapiens", "limit": 5})

get_assay

Récupérer un essai ChEMBL par assay_chembl_id à partir d'un enregistrement de bioactivité. Retourne la description expérimentale, le type et le format de l'essai, l'organisme, le contexte cellulaire/tissus, les paramètres de l'essai, la confiance de la cible et de la cible-attribution. La confiance décrit l'affectation de la cible, et non la qualité de la mesure; comparer les conditions d'essai avant de combiner les valeurs IC50/Ki. Utilisez get_bioactivity avec le même assay_chembl_id pour récupérer ses mesures.

Champ	Type	Besoins et contraintes
assay_chembl_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; modèle: "^CHEMBL[0-9]+$"

const result = await host.mcp("chembl", "get_assay", {"assay_chembl_id":"CHEMBL1217643"})

bioRxiv

Afficher les opérations et les paramètres

get_categories

Énumérez toutes les catégories de sujets bioRxiv 27 et leurs limaces compatibles API (p. ex. "biologie du cancer" -> "cancer_biology"). Utilisez avant search_preprints pour découvrir les valeurs de catégorie valides.

Champ	Type	Besoins et contraintes
—	objet	Pas de champs; passer un objet vide.

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_categories", {})

search_preprints

Recherche bioRxiv/medRxiv préimpressions par date et (facultativement) catégorie. Utilisez exactement une méthode de recherche : date_from+date_to, recent_days (derniers jours N) ou recent_count (N le plus récent dans une fenêtre 90-jour); avec aucun, les derniers 60 jours. Il n'y a pas de recherche de mots-clés/texte. Le curseur pagine. Retourne DOI, le titre, les auteurs, la date, la catégorie, la version et un aperçu abstrait 200-char.

Champ	Type	Besoins et contraintes
server	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "biorxiv"; enum: ["biorxiv", "medrxiv"]
category	chaîne de caractères	facultatif; énième: ["comportement animal et cognition", "biochimie", "bioingénierie", "bioinformatique", "biophysique", "biologie du cancer", "biologie cellulaire", "essais cliniques", "biologie du développement", "écologie", "épidémiologie", "biologie évolutive", "génétique", "génomique", "immunologie", "microbiologie", "biologie moléculaire", "neurosciences", "paléontologie", "pathologie", "pharmacologie et toxicologie", "physiologie", "biologie végétale", "communication scientifique et éducation", "biologie synthétique", "biologie des systèmes", "zoologie"C'est pas vrai.
date_from	chaîne de caractères	facultatif
date_to	chaîne de caractères	facultatif
recent_days	entier	facultatif; minimum: 1
recent_count	entier	facultatif; minimum: 1
limit	entier	facultatif; par défaut : 10; minimum: 1; maximum: 100
cursor	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_preprints", {"recent_days": 30, "category": "neuroscience", "limit": 20})

get_preprint

Obtenez des métadonnées complètes pour une préimpression par DOI (bare " 10.1101/..." ou une URL complète de https://doi.org/). Utilise la dernière version. Retourne le titre, les auteurs, l'auteur + institution correspondant, l'abstrait complet, la catégorie, la licence, la version, JATS XML, le financement, la revue publiée DOI (si liée), PDF et les URL Web, et le nombre de versions. Les préimpressions ne sont PAS examinées par les pairs.

Champ	Type	Besoins et contraintes
doi	chaîne de caractères	requis
server	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "biorxiv"; enum: ["biorxiv", "medrxiv"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_preprint", {"doi": "10.1101/339747"})

search_published_preprints

Trouvez les préimpressions publiées par la suite dans des revues évaluées par des pairs (préimpression -> des liens d'articles de journaux). Mêmes méthodes de recherche que search_preprints (date_from+date_to / recent_days / recent_count). include_details=false retourne un résumé compact. filtres de l'éditeur par préfixe de la revue DOI (par exemple "10.1038" pour la Nature) via la route bioRxiv-only /publister.

Champ	Type	Besoins et contraintes
server	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "biorxiv"; enum: ["biorxiv", "medrxiv"]
publisher	chaîne de caractères	facultatif
include_details	booléen	facultatif; par défaut : true
date_from	chaîne de caractères	facultatif
date_to	chaîne de caractères	facultatif
recent_days	entier	facultatif; minimum: 1
recent_count	entier	facultatif; minimum: 1
limit	entier	facultatif; par défaut : 10; minimum: 1; maximum: 100
cursor	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_published_preprints", {"publisher": "10.1038", "date_from": "2024-01-01", "date_to": "2024-01-05", "limit": 10})

search_by_funder

Trouver des préimpressions reconnaissant un bailleur de fonds, identifiés par ROR id (9-char, p.ex. " 021nxhr62" pour les NIH; une URL https://ror.org/ complète est également acceptée). Nécessite un date_from + date_to explicite; Les métadonnées de financement commencent 2025-04-10. Filtre de catégorie optionnel. Le curseur pagine. Même forme de résultat compacte que search_preprints.

Champ	Type	Besoins et contraintes
funder_ror_id	chaîne de caractères	requis
date_from	chaîne de caractères	requis
date_to	chaîne de caractères	requis
server	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "biorxiv"; enum: ["biorxiv", "medrxiv"]
category	chaîne de caractères	facultatif; énième: ["comportement animal et cognition", "biochimie", "bioingénierie", "bioinformatique", "biophysique", "biologie du cancer", "biologie cellulaire", "essais cliniques", "biologie du développement", "écologie", "épidémiologie", "biologie évolutive", "génétique", "génomique", "immunologie", "microbiologie", "biologie moléculaire", "neurosciences", "paléontologie", "pathologie", "pharmacologie et toxicologie", "physiologie", "biologie végétale", "communication scientifique et éducation", "biologie synthétique", "biologie des systèmes", "zoologie"C'est pas vrai.
limit	entier	facultatif; par défaut : 10; minimum: 1; maximum: 100
cursor	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_by_funder", {"funder_ror_id": "021nxhr62", "date_from": "2025-04-10", "date_to": "2025-05-10", "limit": 10})

get_content_statistics

les statistiques sur les présentations de bioRxiv pour toutes les années — nouveaux chiffres par rapport aux chiffres révisés par période, avec des totaux cumulatifs en cours. intervalle est "mensuelle" (par défaut) ou "anly".

Champ	Type	Besoins et contraintes
interval	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "mensuel"; enum: ["mensuel", "anly"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_content_statistics", {"interval": "yearly"})

get_usage_statistics

Statistiques d'utilisation/engagement bioRxiv sur toute l'histoire — vues abstraites, vues en texte intégral et téléchargements PDF par période, avec des totaux cumulatifs en cours d'exécution. intervalle est "mensuelle" (par défaut) ou "anly".

Champ	Type	Besoins et contraintes
interval	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "mensuel"; enum: ["mensuel", "anly"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_usage_statistics", {"interval": "yearly"})

Réglementation des médicaments

Afficher les opérations et les paramètres

search_drug_applications

Recherche de médicaments@applications FDA (NDA/ANDA/BLA) par toute combinaison de filtres à phrases exactes (marque, générique, active_ingredient, sponsor, marketing_status, dosage_form, route, pharm_class). générique et pharm_class requête le bloc openfda harmonisé (absent sur les anciennes applications, si silencieusement sauté là). Une recherche générale renvoie le premier max_records avec le vrai total et tronqué=true; à la page au-delà des enregistrements ~26,000, étroite avec submission_date_from/to.

Champ	Type	Besoins et contraintes
brand	chaîne de caractères	facultatif
generic	chaîne de caractères	facultatif
active_ingredient	chaîne de caractères	facultatif
sponsor	chaîne de caractères	facultatif
marketing_status	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["Prescription", "Over-the-counter", "Discontinuer", "Aucune (approbation provisoire)"]
dosage_form	chaîne de caractères	facultatif
route	chaîne de caractères	facultatif
pharm_class	chaîne de caractères	facultatif
pharm_class_type	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["epc", "moa", "cs", "pe"]
search_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: " et "; enum: ["et", "ou"]
submission_date_from	chaîne de caractères	facultatif
submission_date_to	chaîne de caractères	facultatif
raw_search	chaîne de caractères	facultatif
max_records	entier	facultatif; par défaut : 50

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_applications", {"generic": "ATORVASTATIN CALCIUM", "marketing_status": "Prescription", "max_records": 25})

get_drug_application

Remplir une demande de drogue@ADF par son numéro (p. ex. "NDA020702", "ANDA076543", "BLA125514"). Retourne le dossier complet — sponsor, produits (marque, ingrédients actifs + dosages, forme posologique, itinéraire, statut de commercialisation, code TE), l'historique complet des présentations et les champs ouverts harmonisés lorsque présents.

Champ	Type	Besoins et contraintes
application_number	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_application", {"application_number": "NDA020702"})

count_drug_applications

Aggregate Drugs@FDA compte sur un seul champ, éventuellement restreint par les mêmes filtres que search_drug_applications. count_field accepte les noms amicaux (sponsor_name, application_number, dosage_form, route, marketing_status, te_code, pharm_class_epc/moa/cs/pe) ou un chemin de champ brut openFDA (Append .exact vous-même pour les champs analysés).

Champ	Type	Besoins et contraintes
count_field	chaîne de caractères	requis
brand	chaîne de caractères	facultatif
generic	chaîne de caractères	facultatif
active_ingredient	chaîne de caractères	facultatif
sponsor	chaîne de caractères	facultatif
marketing_status	chaîne de caractères	facultatif
dosage_form	chaîne de caractères	facultatif
route	chaîne de caractères	facultatif
pharm_class	chaîne de caractères	facultatif
pharm_class_type	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["epc", "moa", "cs", "pe"]
search_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: " et "; enum: ["et", "ou"]
submission_date_from	chaîne de caractères	facultatif
submission_date_to	chaîne de caractères	facultatif
raw_search	chaîne de caractères	facultatif
max_buckets	entier	facultatif; par défaut : 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "count_drug_applications", {"count_field": "marketing_status"})

get_drug_statistics

Statistiques sur les médicaments de niveau Corpus@FDA en un seul appel — demandes totales, répartition du statut marketing, formes et voies posologiques supérieures (avec nombres distincts) et principaux commanditaires par nombre de demandes.

Champ	Type	Besoins et contraintes
—	objet	Pas de champs; passer un objet vide.

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_statistics", {})

list_pharmacologic_classes

Énumérer les classes pharmacologiques avec leurs nombres d'applications, comptées sur l'openfda harmonisée.pharm_class_<type> Bloc. Les chiffres ne reflètent que les applications portant ce bloc.

Champ	Type	Besoins et contraintes
class_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "epc"; enum: ["epc", "moa", "cs", "pe"]
max_buckets	entier	facultatif; par défaut : 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "list_pharmacologic_classes", {"class_type": "epc", "max_buckets": 50})

get_generic_equivalents

Trouver des équivalents génériques d'un médicament de marque : résoudre la marque à sa ou ses applications de référence, extraire le ou les ensembles de noms actifs-ingrédients exacts, puis retourner chaque application Drugs@FDA avec un produit dont l'ensemble actif-ingrédient correspond (y compris les codes TE et le statut de commercialisation).

Champ	Type	Besoins et contraintes
brand	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_generic_equivalents", {"brand": "Lipitor"})

search_drug_labels

Récupérer les étiquettes de produits pharmaceutiques (LSP) de la FDA par ingrédient, nom ou voie d'extraction ciblée. Les filtres (active_ingredient, generic_name, brand_name, route, product_type) ont touché le bloc d'étiquettes openfda; set exact pour interroger les variantes .exact non analysées. Passer des sections pour extraire les sections d'étiquettes ouvertes brutes FDA au lieu de l'enregistrement structuré par défaut. raw_search est mutuellement exclusif avec les filtres mappés.

Champ	Type	Besoins et contraintes
active_ingredient	chaîne de caractères	facultatif
generic_name	chaîne de caractères	facultatif
brand_name	chaîne de caractères	facultatif
route	chaîne de caractères	facultatif
product_type	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["HUMAN PRESCRIPTION DRUG", "HUMAN OTC DRUG"]
exact	booléen	facultatif; par défaut : false
raw_search	chaîne de caractères	facultatif
sections	tableau de chaînes	facultatif
max_records	entier	facultatif; par défaut : 25

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_labels", {"brand_name": "Tylenol", "max_records": 5})

search_drug_adverse_events

Recherche des rapports FAERS par drug_name (produit médicamenteux), marque/générique/ingrédient harmonisé, réaction, gravité (1=sérieux, 2=non grave), date de réception initiale/dernière. Les dates limitent toujours les autres filtres; raw_search remplace les filtres cartographiés mais conserve les dates. Les rapports peuvent énumérer plusieurs médicaments et réactions et ne pas établir de lien de causalité ou d'incidence. Les résultats sont plafonnés à 26000; filtres étroits pour les cohortes plus grandes.

Champ	Type	Besoins et contraintes
drug_name	chaîne de caractères	facultatif
brand_name	chaîne de caractères	facultatif
generic_name	chaîne de caractères	facultatif
ingredient	chaîne de caractères	facultatif
reaction	chaîne de caractères	facultatif
country	chaîne de caractères	facultatif
serious	chaîne de caractères	facultatif
received_date_from	chaîne de caractères	facultatif
received_date_to	chaîne de caractères	facultatif
receipt_date_from	chaîne de caractères	facultatif
receipt_date_to	chaîne de caractères	facultatif
search_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: " et "; enum: ["et", "ou"]
raw_search	chaîne de caractères	facultatif
sort	chaîne de caractères	facultatif
max_records	entier	facultatif; par défaut : 25; minimum: 1; maximum: 26000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_adverse_events", {"drug_name": "LIPITOR", "reaction": "headache", "max_records": 10})

count_drug_adverse_events

Rapport de FAERS par réaction, médicament, résultat, pays ou date de réception. Les dénombrements reflètent les rapports, et non l'incidence ou le lien de causalité; Les seaux à plusieurs valeurs se chevauchent et leur somme n'est pas un total de rapports unique. Les champs Date retournent l'heure/compte au lieu de terme/compte. raw_search conserve les contraintes de date.

Champ	Type	Besoins et contraintes
count_field	chaîne de caractères	requis
drug_name	chaîne de caractères	facultatif
brand_name	chaîne de caractères	facultatif
generic_name	chaîne de caractères	facultatif
ingredient	chaîne de caractères	facultatif
reaction	chaîne de caractères	facultatif
country	chaîne de caractères	facultatif
serious	chaîne de caractères	facultatif
received_date_from	chaîne de caractères	facultatif
received_date_to	chaîne de caractères	facultatif
receipt_date_from	chaîne de caractères	facultatif
receipt_date_to	chaîne de caractères	facultatif
search_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: " et "; enum: ["et", "ou"]
raw_search	chaîne de caractères	facultatif
max_buckets	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "count_drug_adverse_events", {"count_field": "reaction", "drug_name": "LIPITOR"})

search_drug_recalls

Rechercher les rapports d'application de la loi de la FDA (rappel de produit) de openFDA par entreprise, produit, raison de rappel, classification, statut, emplacement ou date de rapport.

Champ	Type	Besoins et contraintes
recalling_firm	chaîne de caractères	facultatif
product_description	chaîne de caractères	facultatif
reason_for_recall	chaîne de caractères	facultatif
status	chaîne de caractères	facultatif
classification	chaîne de caractères	facultatif
city	chaîne de caractères	facultatif
state	chaîne de caractères	facultatif
country	chaîne de caractères	facultatif
report_date_from	chaîne de caractères	facultatif
report_date_to	chaîne de caractères	facultatif
search_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: " et "; enum: ["et", "ou"]
raw_search	chaîne de caractères	facultatif
sort	chaîne de caractères	facultatif
max_records	entier	facultatif; par défaut : 25; minimum: 1; maximum: 26000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_recalls", {"reason_for_recall": "contamination", "max_records": 10})

list_faers_bulk_files

Lisez le manifeste officiel de partition JSON ouvert sur le médicament et l'événement. Les fichiers restent à leur URL officielle; aucun téléchargement de fichier, travail local ou base de données d'analyse n'est créé. Les rapports ne sont pas des estimations de l'incidence.

Field	Type	Requirement and constraints
offset	integer	optional; default: 0; minimum: 0; maximum: 100000
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 200

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "list_faers_bulk_files", {"offset": 0, "limit": 5})

Génétique humaine

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gwas_associations_for_variant

Les associations de catalogues GWAS ont fait état d'une variante (rID), la plus importante d'abord. Args: rs_id (dbSNP rsID par exemple rs7412 APOE ou rs699 AGT; doit être le catalog's courant rsID — les ID fusionnés/retirés peuvent renvoyer des lignes zéro plutôt qu'une erreur); max_records (par défaut du bouchon de sortie 500; les variantes trait-hub peuvent contenir des associations 1000+; les lignes sont triées par le serveur par l'ascension de la valeur p, de sorte qu'un résultat plafonné est le préfixe de signe supérieur). Retourne {rs_id, api_total, retourné, tronqué, associations}. api_total est le total du catalogue's; Drapeaux tronqués, une prise captée. Chaque ligne d'association: {association_id, p_value, pvalue_mantissa, pvalue_exponent, pvalue_description, or_value, beta, ci_lower, ci_upper, range, risk_frequency, snp_effect_alleles, rs_ids, emplacements, mapped_genes, efo_traits:[{efo_id, efo_trait}], bg_efo_traits, reported_trait, multi_snp_haplotype, snp_interaction, study_accession_id, pubmed_id, first_author}. or_value et bêta sont mutuellement exclusifs par rangée (binaire vs quantitative); p_valeur de 0.0 signifie p < ~1e-308 (utiliser mantissa/exposant).

Champ	Type	Besoins et contraintes
rs_id	chaîne de caractères	requis
max_records	entier	facultatif; par défaut : 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_variant", {"rs_id": "rs7412", "max_records": 100})

gwas_associations_for_gene

Les associations de catalogues GWAS dont les variantes sont MAPPED à un gène (catalog's Ensembl pipeline mapping, pas l'auteur-déclaré), les plus significatives d'abord. Args : gene_symbol (symbole HGNC, correspondance exacte, par exemple PCSK9, APOE; en amont sensible à la casse—passe le haut-cas canonique; les variantes intergéniques cartent les gènes flanquants, de sorte que les rangées peuvent s'asseoir en dehors du corps génique); max_records (cap par défaut 500; lignes serveur triées par valeur de p ascendante). Retourne {gene_symbol, api_total, retourné, tronqué, associations} avec la même forme de rangée que gwas_associations_for_variant. Un symbole inexistant renvoie api_total=0, pas une erreur.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_symbol	chaîne de caractères	requis
max_records	entier	facultatif; par défaut : 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_records": 100})

gwas_associations_for_trait

Les associations de catalogues GWAS ont annoté un trait EFO, le plus important d'abord. Args : efo_id (formulaire court à terme en ontologie tel qu'utilisé par le catalogue, p.ex. MONDO_0005010, EFO_0004340, HP_0003124; le catalogue a migré plusieurs ids EFO historiques vers MONDO/HP — résoudre les ids actuels avec gwas_search_traits en premier; passer exactement un de efo_id/efo_trait); efo_trait (autre solution de rechange pour le LABEL de caractères exacts); max_records (cap par défaut 500; les lignes p-valeur ascendante). Retours {efo_id-efo_trait, api_total, retournés, tronqués, associations} avec la même forme de rangée que gwas_associations_for_variant. Un id/label inconnu renvoie api_total=0, pas une erreur.

Champ	Type	Besoins et contraintes
efo_id	chaîne de caractères	facultatif
efo_trait	chaîne de caractères	facultatif
max_records	entier	facultatif; par défaut : 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_trait", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 100})

gwas_search_traits

Rechercher le catalogue GWAS EFO caractères annotations par sous-chaîne d'étiquettes — le point d'entrée pour résoudre un nom de maladie/phénotype aux ids d'ontologie que gwas_associations_for_trait / gwas_search_studies prennent. Args: requête (sous-chaîne insensible à la casse de l'étiquette de caractère, par exemple "coronaire" correspond au trouble coronarien de l'artère MONDO_0005010 etc.; le catalogue mélange les ids EFO, MONDO, HP et OBA — don't suppose un préfixe EFO_; max_records (cap par défaut 500). Retourne {query, api_total, retourné, tronqué, efo_traits}; chaque ligne {efo_id, efo_trait, uri} triées par étiquette. Count-vérifié par rapport au catalog's propre total quand il n'est pas plafonné.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
max_records	entier	facultatif; par défaut : 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_traits", {"query": "coronary", "max_records": 50})

gwas_search_studies

Recherche GWAS Catalogue études par caractère annotation ou publication. Args: efo_id (ontologie forme courte, p.ex. MONDO_0005010, résoudre via gwas_search_traits; les filtres combinent ET — généralement passent un); efo_trait (alternative à l'étiquette de caractère exacte); pubmed_id (PubMed ID de la publication de l'étude', p.ex. 38714703); max_records (cap par défaut 500). Retourne {filters, api_total, retourné, tronqué, études}; chaque ligne de l'étude {accession_id, disease_trait, efo_traits, bg_efo_traits, pubmed_id, initial_sample_size, replication_sample_size, discovery_ancestry, replication_ancestry, genotyping_technologies, plates-formes, cohorte, full_summary_stats_available, imputé, gxe, gxg}. Compte-vérifié par rapport au total du catalogue lorsqu'il n'est pas plafonné. Au moins un filtre est requis (le catalogue non filtré est ~90k études).

Champ	Type	Besoins et contraintes
efo_id	chaîne de caractères	facultatif
efo_trait	chaîne de caractères	facultatif
pubmed_id	chaîne de caractères	facultatif
max_records	entier	facultatif; par défaut : 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_studies", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 50})

gwas_get_study

Obtenez une étude du catalogue GWAS par son adhésion GCST. Args: accession_id (adhésion à l'étude, p.ex. GCST90841394; liste dans chaque ligne d'association comme study_accession_id et dans les résultats de recherche d'étude). Retourne {found, accession_id, study} où l'étude est de la même forme de rangée que gwas_search_studies (null quand l'adhésion est inconnue).

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession_id	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_study", {"accession_id": "GCST90841394"})

gwas_get_variant

Obtenez un enregistrement de variante du catalogue GWAS (position, gènes cartographiés, conséquence) par rsID – plus léger que de tirer ses associations. Args: rs_id (dbSNP rsID par exemple La Commission a décidé de ne pas modifier le règlement (CEE) n° 1408/71 du Conseil. Retourne {found, rs_id, variante}; variante est {rs_id, fusionné, functional_class, most_severe_consequence, allèles (par exemple "C/T (avant)"), mapped_genes, emplacements:[{chromosome, position, région}], last_update_date} — position GRCh38 — ou nul lorsque le rsID n'est pas dans le catalogue. fusion = 1 signifie que le rsID a été fusionné dans un autre enregistrement en amont.

Champ	Type	Besoins et contraintes
rs_id	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_variant", {"rs_id": "rs7412"})

eqtl_list_datasets

Lister les ensembles de données du catalogue eQTL (un ensemble de données = une étude x type de tissu/cellule x méthode de quantification). Args : study_label (nom exact de l'étude, p.ex. GTEx, Alasoo_2018, BLUEPRINT); tissue_label (étiquette exacte de type tissulaire/cellule, p.ex. foie, macrophage, LCL — minuscule dans le catalogue); quant_method (expression du gène, exon, tx, txrev, microarray, coupe-feuilles, aptamer=protéine plasma; pour les eQTL classiques au niveau des gènes, utiliser ge; max_records (cap par défaut 1000; le catalogue complet non filtré est ~760 datasets). Retourne les filtres {, retourné, tronqué, ensembles de données} triés par dataset_id; chaque {dataset_id (QTD...), study_id (QTS...), study_label, sample_group, tissue_id, tissue_label, condition_label, quant_method, sample_size}. Le API ne publie pas de nombre total; tronqué=false prouve que la liste est complète.

Champ	Type	Besoins et contraintes
study_label	chaîne de caractères	facultatif
tissue_label	chaîne de caractères	facultatif
quant_method	chaîne de caractères	facultatif
max_records	entier	facultatif; par défaut : 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_list_datasets", {"study_label": "Alasoo_2018", "quant_method": "ge"})

eqtl_associations

Les lignes d'association moléculaire-QTL d'un ensemble de données du catalogue eQTL, filtrées par un gène, une variante ou une région. Args: dataset_id (adhésion QTD de eqtl_list_datasets, par exemple - QTD000266; gene_id (identifiant de gène d'Ensembl non-versionné, p.ex. ENSG00000130203 APOE; au moins un de gene_id/rsid/variant/pos est requis); rsid (dbSNP rsID); variante (eQTL Catalogue chaîne de la variante chr19_44908822_C_T, soulignement préfixé GRCh38); pos (chromosome de fenêtre génomique:start-end GRCh38 pas de préfixe chr, p.ex. 19:44900000-44920000); nlog10p_min (significance du plancher : seulement les lignes avec -log10(p) >= ceci, appliqué en amont); max_records (cap par défaut 1000 = une page). Retourne {dataset_id, filtres, retournés, tronqués, associations}; chaque ligne {molecular_trait_id, gene_id, variante, rsid, chromosome, position, ref, alt, type, bêta, se, pvalue, nlog10p, maf, ac, an, r2, median_tpm}. Les lignes couvrent uniquement la fenêtre cis de l'ensemble de données testé (±1 Mb de chaque gène); vide signifie "non testé / non présent". Aucun nombre total n'est publié: tronqué=false prouve l'épuisement, tronqué=true signifie que le bouchon a été touché.

Champ	Type	Besoins et contraintes
dataset_id	chaîne de caractères	requis
gene_id	chaîne de caractères	facultatif
rsid	chaîne de caractères	facultatif
variant	chaîne de caractères	facultatif
pos	chaîne de caractères	facultatif
nlog10p_min	nombre	facultatif
max_records	entier	facultatif; par défaut : 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_associations", {"dataset_id": "QTD000266", "gene_id": "ENSG00000130203", "nlog10p_min": 2})

phewas_instances

Énumérez les portails publics PheWeb PheWAS que ce serveur peut interroger, avec un registre de création de génomes et de capacités. Retourne les rubriques {:{key:{label, base_url, genome_build, capacités, notes}}}. les capacités nomment les paramètres de chaque instance expose: variante (phewas_variant), gène (phewas_finngen_gene), phénotypes (phewas_list_phenotypes), autocomplet (phewas_search_phenotypes). NOTER la division de construction: les ID de variante du FinnGen R12 sont GRCh38; BioBank Japan (pheweb.jp) est GRCh37/hg19 — coordonnées de levage avant la saisie croisée.

Champ	Type	Besoins et contraintes
—	objet	Pas de champs; passer un objet vide.

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_instances", {})

phewas_variant

PheWAS pour une variante: ses statistiques d'association par rapport à chaque phénotype dans un portail PheWeb de biobanque, le plus significatif d'abord. Args: exemple (fingen FinnGen R12 GRCh38, ou bbj BioBank Japan GRCh37; les coords de variante DOIVENT être sur la compilation instance's); Variante (chrom-pos-ref-alt, séparateurs :/_ et préfixe chr toléré, par exemple 19-44908822-C-T APOE rs7412 GRCh38/finngen ou 1-55505647-G-T PCSK9 rs11591147 GRCh37/bbj); max_phenos (cap par défaut 200; FinnGen retourne ~2470 lignes; triées par la valeur p ascendante avant le plafonnement). Retourne {instance, genome_build, variante, variant_meta, total, retourné, tronqué, phénotypes}; variant_meta {chrom, pos, ref, alt, rsids, nearest_genes, gnomad (FinnGen seulement)}. Chaque ligne de phénotype {phénocode, phénostring, catégorie, pval, mlogp, beta, sebeta, af=maf, maf_case, maf_control, n_cases, n_controls, n_samples} (champs non publiés null; Les lignes BBJ ont af, les lignes FinnGen ont maf triplets + mlogp). Les variantes inconnues soulèvent une erreur non trouvée.

Champ	Type	Besoins et contraintes
instance	chaîne de caractères	requis; enum: ["finngen", "bbj"]
variant	chaîne de caractères	requis
max_phenos	entier	facultatif; par défaut : 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_variant", {"instance": "finngen", "variant": "19-44908822-C-T", "max_phenos": 50})

phewas_finngen_gene

PheWAS de niveau génétique du FinnGen R12: pour chaque paramètre de la maladie, la variante la plus associée dans la région génique, la plus significative en premier. Arguments: gene_symbol (symbole HGNC par exemple PCSK9, APOE; des symboles inconnus soulèvent une erreur non trouvée); max_phenos (cap par défaut 200; FinnGen a les paramètres 2470, une ligne chacun; triées par la valeur p ascendante avant le plafonnement). Retourne {instance:"finngen", genome_build:"GRCh38", gene_symbol, total, retourné, tronqué, phénotypes}; chaque ligne est la forme de ligne phewas_variant plus la variante:{chrom, pos, ref, alt, varad, rsids} — la variante supérieure de ce paramètre dans cette région du gène 's (région != organisme génique; Les limites du gène PheWeb pads). La plupart des lignes sont des résultats nuls (pval1) — la variante BEST par point de référence est toujours signalée; filtrez par pval vous-même pour les coups significatifs.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_symbol	chaîne de caractères	requis
max_phenos	entier	facultatif; par défaut : 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_finngen_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_phenos": 50})

phewas_list_phenotypes

Catalogue complet du phénotype (critère de la maladie) d'une instance PheWeb, avec nombre de cas/témoins. Args: instance (actuellement seul Finngen expose ce paramètre); BBJ n'utilise pas phewas_search_phenotypes là-bas); max_records (cap par défaut 3000 > FinnGen's ~2470 endpoints, de sorte que la valeur par défaut retourne le catalogue complet). Retourne {installation, total, retourné, tronqué, phénotypes} trié par phénocode; chaque ligne {phénocode (par exemple: "T2D"), phénostring, catégorie, num_cases, num_controls, num_gw_significant (compte des loci significatifs à l'échelle du génome pour ce paramètre)}.

Champ	Type	Besoins et contraintes
instance	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "finngen"; enum: ["finngen"]
max_records	entier	facultatif; par défaut : 3000

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_list_phenotypes", {"instance": "finngen", "max_records": 3000})

phewas_search_phenotypes

Recherche par nom d'une instance PheWeb's phénotypes (et entités) – le point d'entrée pour résoudre un nom de maladie à un phénocode. Args : requête (recherche de phénotype en texte libre, par exemple) "diabetes", "asthma"; correspond aux noms/codes de phénotype; certains cas correspondent également aux noms de gènes et aux ID rs); instance (par défaut de finngen ou bbj — les deux exposent autocomplet); max_records (cap par défaut 500; Les réponses autocomplètes sont des listes courtes, rarement plafonnées). Retourne {installation, requête, total, retourné, tronqué, matches}; chaque match {affichage, phénocode, url}. Utiliser le phénocode avec les lignes phewas_list_phenotypes ou le site web de l'instance; Les chaînes d'affichage BBJ intègrent le code entre parenthèses.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
instance	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "finngen"; enum: ["finngen", "bbj"]
max_records	entier	facultatif; par défaut : 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_search_phenotypes", {"query": "diabetes", "instance": "finngen"})

gwas_get_summary_statistics

Inspectez le paquet complet de statistiques sommaires du catalogue GWAS pour une adhésion GCST sans télécharger les fichiers de données potentiellement énormes. Retourne found=false lorsque l'adhésion n'a pas de répertoire FTP; Sinon, retourne le répertoire FTP HTTPS, les listes de fichiers originales et harmonisées, les enregistrements parsed -meta.yaml, les assemblages de génomes et les références d'harmonisation déclarées par ces enregistrements, et les définitions de colonnes standard GWAS-SSF actuelles. Les définitions des colonnes décrivent la norme, et non un en-tête observé à partir d'un fichier de données compressé. Utilisez les URL du fichier retourné pour télécharger un ensemble de données complet sélectionné. Args: accession_id (adhésion GCST, p.ex. GCST90000123); metadata_file (facultatif nom exact de fichier YAML pour limiter l'analyse des métadonnées et les deux résumés de référence); la liste des fichiers reste complète). Le répertoire FTP est dérivé du seau de mille études d'adhésion; YAML mal formé ou un répertoire existant illisible reste une erreur en amont.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession_id	chaîne de caractères	requis
metadata_file	chaîne de caractères	facultatif; minLongueur: 1

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_summary_statistics", {"accession_id": "GCST90000123"})

Expression

Afficher les opérations et les paramètres

gtex_tissue_sites

Lister tous les sites de tissus avec des métadonnées pour une version GTEx sur support (54 dans gtex_v8) : nombres d'échantillons, nombres eGene/sGene, codes de couleurs et ids d'ontologie UBERON.

Champ	Type	Besoins et contraintes
dataset_id	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_tissue_sites", {"dataset_id": "gtex_v8"})

gtex_dataset_info

Lister toutes les sorties de données GTEx avec métadonnées : datasetId, version GENCODE, compilation de génomes, compilation de dbSNP et dénombrement d'échantillons/subject/tissues.

Champ	Type	Besoins et contraintes
dataset_id	chaîne de caractères	facultatif
organization_name	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("expression", "gtex_dataset_info", {})

gtex_sample_info

Des métadonnées d'échantillon et de donneur pour une version GTEx pincée, filtrée en option par tissue_site_detail_id, data_type (par exemple : RNASEQ, WGS), ou subject_id. Paged et vérifié par comptage; Un appel non filtré correspond à des dizaines de milliers d'échantillons, donc filtrez ou définissez max_samples.

Champ	Type	Besoins et contraintes
tissue_site_detail_id	chaîne de caractères	facultatif
data_type	chaîne de caractères	facultatif
subject_id	chaîne de caractères	facultatif
max_samples	entier	facultatif
dataset_id	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_sample_info", {"tissue_site_detail_id": "Liver", "data_type": "RNASEQ", "max_samples": 100})

gtex_resolve_genes

Résoudre les symboles du gène ou les ids d'Ensembl non-versionnés aux ids de GENCODE en version pour une libération par épingle, p.ex. GAPDH -> ENSG00000111640.14. Fournissez les ids à l'expression / outils eQTL.

Champ	Type	Besoins et contraintes
genes	tableau de chaînes	requis
dataset_id	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_resolve_genes", {"genes": ["GAPDH", "BRCA2"]})

gtex_median_expression

Expression génique médiane (MTP) pour un ou plusieurs ids de GENCODE VERSIONNEL à travers les tissus (tissus d'omit pour tous). Paged et compte-vérifié sur les rangées (genre, tissu).

Champ	Type	Besoins et contraintes
gencode_ids	tableau de chaînes	requis
tissue_site_detail_ids	tableau de chaînes	facultatif
dataset_id	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_median_expression", {"gencode_ids": ["ENSG00000111640.14"]})

gtex_expression_summary

Résumé de l'expression d'un gène dans TOUS les tissus classés par MPT médiane descendante. Accepte un symbole ou Ensembl id et le restitue automatiquement à un GENCODE id versionné d'abord.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene	chaîne de caractères	requis
dataset_id	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_expression_summary", {"gene": "GAPDH"})

gtex_gene_expression

Echantillon-niveau (non agrégé) expression TPM tableaux pour un VERSIOND GENCODE id, par tissu ( tissus d'omit pour tous). Renvoie le tableau TPM complet par échantillon et n_samples pour chaque tissu.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gencode_id	chaîne de caractères	requis
tissue_site_detail_ids	tableau de chaînes	facultatif
dataset_id	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_gene_expression", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "tissue_site_detail_ids": ["Whole_Blood"]})

gtex_top_expressed_genes

Les gènes top-n par TPM médian dans un tissu, en utilisant le classement côté API. filter_mt_gene (par défaut true) fait tomber les gènes mitochondriaux du classement.

Champ	Type	Besoins et contraintes
tissue_site_detail_id	chaîne de caractères	requis
n	entier	facultatif; par défaut : 100
filter_mt_gene	booléen	facultatif; par défaut : true
dataset_id	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_top_expressed_genes", {"tissue_site_detail_id": "Whole_Blood", "n": 20})

gtex_eqtl_genes

Tous les eGenes (gens avec ≥1 cis-eQTL significatif) pour un tissu. Page par page et compte vérifié à pied (p. ex. Pancreas gtex_v8 = 9,660). max_genes caps combien de lignes sont retournées.

Champ	Type	Besoins et contraintes
tissue_site_detail_id	chaîne de caractères	requis
max_genes	entier	facultatif
dataset_id	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_eqtl_genes", {"tissue_site_detail_id": "Pancreas", "max_genes": 100})

gtex_single_tissue_eqtls

Associations significatives cis-eQTL à un seul tissu pour un gène et/ou une variante (précalculée). Fournir gencode_id et/ou variant_id; tissue_site_detail_id rétrécit en option. Paged et compte-vérifié.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gencode_id	chaîne de caractères	facultatif
variant_id	chaîne de caractères	facultatif
tissue_site_detail_id	chaîne de caractères	facultatif
max_results	entier	facultatif
dataset_id	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_single_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

gtex_multi_tissue_eqtls

Méta-analyse multitâches cis-eQTL (METASOFT) pour une id GENCODE VERSIONNÉ. variant_id se rétrécit en option à une variante. Retourne les lignes par variable avec les valeurs m, NES, p-values et SE par tissu.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gencode_id	chaîne de caractères	requis
variant_id	chaîne de caractères	facultatif
dataset_id	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_multi_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

gtex_calculate_eqtl

Calculer un eQTL à la mouche pour toute paire de variables génétiques dans un seul tissu, y compris les paires non significatives. Retourne les tableaux p-value, NES, t-statistic, MAF et par exemple génotype/expression.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gencode_id	chaîne de caractères	requis
variant_id	chaîne de caractères	requis
tissue_site_detail_id	chaîne de caractères	requis
dataset_id	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_calculate_eqtl", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "variant_id": "chr12_6452899_G_A_b38", "tissue_site_detail_id": "Whole_Blood"})

bgee_species

Lister les espèces disponibles dans l'atlas d'expression de type sauvage sain Bgee, ou récupérer une espèce par son id taxonomie de la BCNI. Le taxon_id retourné identifie cette espèce, même lorsque son génome de référence appartient à une autre espèce. Une requête de liste retourne has_expression_data: null parce qu'elle ne charge pas les métadonnées source de données. Interroger un species_id spécifique pour vérifier la disponibilité; Les métadonnées manquantes restent également null, et non false.

Champ	Type	Besoins et contraintes
species_id	entier	facultatif; minimum: 1; maximum: 2147483647

const result = await host.mcp("expression", "bgee_species", {})

bgee_expression_calls

Récupérer les appels d'expression présents/absents Bgee et les scores d'expression normalisés pour un gène d'une espèce, en préservant l'entité anatomique et le contexte de type cellulaire. Les résultats sont des appels de base sains de type sauvage et peuvent être plafonnés avec max_calls. Les types de cellules manquants ou non spécifiés sont renvoyés comme null.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_id	chaîne de caractères	requis
species_id	entier	requis; minimum: 1; maximum: 2147483647
max_calls	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 500
expression_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "EXPRESSED"; enum: ["EXPRESSED", "NOT_EXPRESSED"]

const result = await host.mcp("expression", "bgee_expression_calls", {"gene_id": "ENSG00000130208", "species_id": 9606, "max_calls": 50})

bgee_sparql_expression

Exécutez une requête limitée Bgee SPARQL pour un gène, une espèce de NEPI et une entité tissulaire/anatomique. Les trois filtres sont requis; la requête générée comprend un LIMIT dur et l'appel a son propre timeout.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 128
species_id	entier	requis; minimum: 1; maximum: 2147483647
tissue	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 128
limit	entier	facultatif; par défaut : 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("expression", "bgee_sparql_expression", {"gene": "APOC1", "species_id": 9606, "tissue": "liver", "limit": 25})

bgee_download_links

Construisez des liens de téléchargement officiels Bgee pour une espèce : résumés des appels présents/absents ou des répertoires de valeurs d'expression traitées. Cela retourne uniquement les URLs et ne télécharge jamais les grands fichiers.

Champ	Type	Besoins et contraintes
species	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 128
file_kind	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "calls_simple"; enum: ["calls_simple", "calls_advanced", "processed_rna_seq", "processed_affymetrix", "processed_sc_full_length", "processed_sc_droplet_based"]
all_conditions	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("expression", "bgee_download_links", {"species": "Homo_sapiens", "file_kind": "calls_simple"})

Annotation des protéines

Afficher les opérations et les paramètres

get_domain_architecture

Architecture complète du domaine InterPro pour une ou plusieurs protéines UniProt (toutes les entrées correspondantes, signatures membres-DB, coordonnées fragmentaires), avec pagination vérifiée par rapport au nombre API.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accessions	tableau de chaînes	requis

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_domain_architecture", {"accessions": ["P04637"]})

search_interpro_entries

Recherche de mots clés sur les entrées InterPro ou de la base de données des membres (Pfam, SMART, PROSITE, PANTHER, CDD), marche complète du curseur vérifié par le nombre API.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	facultatif
entry_type	chaîne de caractères	facultatif
source_db	chaîne de caractères	facultatif; par défaut : "interpro"
go_term	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_interpro_entries", {"query": "kinase", "source_db": "pfam"})

get_interpro_entry

Compte rendu détaillé d'une entrée InterPro (IPRxxxxx) ou famille Pfam (PFxxxxx) – itinéraire choisi par préfixe d'adhésion.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_interpro_entry", {"accession": "IPR000719"})

search_pfam_clans

Recherche de mots clés sur les clans Pfam (ensembles InterPro, accessions CLxxxx).

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_pfam_clans", {"query": "kinase"})

get_pfam_clan

Détails du clan Pfam, y compris la liste complète des membres et familles triés.

Champ	Type	Besoins et contraintes
clan_accession	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_clan", {"clan_accession": "CL0016"})

get_pfam_family_proteins

Protéines membres d'une famille de Pfam (protéines complètes vérifiées en fonction du nombre ou du nombre seulement). Utilisez count_only pour de très grandes familles.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pfam_accession	chaîne de caractères	requis
reviewed_only	booléen	facultatif; par défaut : false
tax_id	entier	facultatif
count_only	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteins", {"pfam_accession": "PF00069", "count_only": true})

get_pfam_family_proteomes

Protéomes contenant des membres d'une famille Pfam. count_only par défaut true — la pagination du curseur de protéome en amont est défectueuse pour les promenades profondes.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pfam_accession	chaîne de caractères	requis
count_only	booléen	facultatif; par défaut : true

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteomes", {"pfam_accession": "PF00069"})

get_protein_atlas_gene

Atlas des protéines humaines par gène (libérer 25.x): tissu/subcellulaire/pathologie/expression du sang/cerveau et information sur les anticorps. Accepte un ID de gène Ensembl ou un symbole de gène.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene	chaîne de caractères	requis
full	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_protein_atlas_gene", {"gene": "TP53"})

search_protein_atlas

Recherche en vrac sélectionnée en colonne sur l'Atlas des protéines humaines (search_download).

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
columns	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "g,gs,eg,gd,up,chr,chrp,scl"

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_protein_atlas", {"query": "kinase"})

map_string_ids

Carte des symboles/aliases des gènes pour les identificateurs de protéines STRING (v12.0). Chaque symbole d'entrée est soit cartographié, soit répertorié dans non macpé — les deux partitions l'entrée.

Champ	Type	Besoins et contraintes
symbols	tableau de chaînes	requis
species	entier	facultatif; par défaut : 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "map_string_ids", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"]})

get_string_network

Réseau d'interaction protéine-protéine STRING pour une liste de gènes (v12.0) à un seuil de confiance. Les symboles des cartes d'abord (non maquillé rapporté), puis récupère les nœuds, les bords, le résumé et la provenance. Une seule requête d'entrée cartographiée 10 est une interaction de voisins, correspondant à STRING; plusieurs entrées cartographiées ne sont pas développées.

Champ	Type	Besoins et contraintes
symbols	tableau de chaînes	requis
species	entier	facultatif; par défaut : 9606
required_score	entier	facultatif; par défaut : 700

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_network", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"], "required_score": 700})

get_string_similarity_scores

La similarité entre les protéines de Smith-Waterman se situe dans un ensemble de gènes (STRING/homology). Sparse: les paires absentes des données STRING's ne sont pas listées (absence signifie pas de similarité enregistrée, pas zéro).

Champ	Type	Besoins et contraintes
symbols	tableau de chaînes	requis
species	entier	facultatif; par défaut : 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_similarity_scores", {"symbols": ["TP53", "MDM2", "MDM4"]})

get_string_best_similarity_hits

Meilleure homologie par protéine d'entrée chez une espèce cible (STRING /homology_best). target_species=null demande le meilleur résultat pour toutes les espèces.

Champ	Type	Besoins et contraintes
symbols	tableau de chaînes	requis
species	entier	facultatif; par défaut : 9606
target_species	entier	facultatif

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_best_similarity_hits", {"symbols": ["TP53"], "target_species": 10090})

get_string_ppi_enrichment

L'enrichissement en interaction protéine-protéine STRING pour une liste de gènes (v12.0). Teste si les protéines cartographiées ont plus d'interactions que prévu à partir de la distribution de fond STRING, avec un ensemble optionnel d'ID de base de protéine STRING.

Champ	Type	Besoins et contraintes
symbols	tableau de chaînes	requis
species	entier	facultatif; par défaut : 9606
required_score	entier	facultatif; par défaut : 400
background_string_ids	tableau de chaînes	facultatif

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_ppi_enrichment", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"], "required_score": 700})

Modèles de cancer

Afficher les opérations et les paramètres

cbioportal_list_studies

Lister les études sur le cancer de cBioPortal, éventuellement filtrées par un mot-clé en texte libre (nom/description/type de cancer) et/ou un id exact de type cancer; renvoie l'identifiant de l'étude, le nom, le type de cancer, le génome de référence, la citation et le nombre d'échantillons par type de données.

Champ	Type	Besoins et contraintes
keyword	chaîne de caractères	facultatif
cancer_type_id	chaîne de caractères	facultatif
max_records	entier	facultatif; par défaut : 500

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_list_studies", {"keyword": "glioma"})

cbioportal_get_study

Obtenez une étude cBioPortal sur le cancer par id : métadonnées, nombres d'échantillons par type de données, nombres d'échantillons/patients réels (d'après les collections de l'étude, pas le champ d'affichage) et ses profils moléculaires.

Champ	Type	Besoins et contraintes
study_id	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_study", {"study_id": "msk_impact_2017"})

cbioportal_mutations_in_gene

Toutes les mutations d'un gène (symbole HUGO) dans une étude cBioPortal, avec des agrégats de récurrence: mutations totales, nombre d'échantillons mutés, distributions de type mutation et de changement de protéines, et les changements protéiques les plus récurrents.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_symbol	chaîne de caractères	requis
study_id	chaîne de caractères	requis
max_records	entier	facultatif; par défaut : 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutations_in_gene", {"gene_symbol": "IDH1", "study_id": "difg_msk_2023"})

cbioportal_mutation_frequency

Fréquence de mutation d'un gène dans plusieurs études cBioPortal (1–12) : échantillons mutés uniques divisés par des échantillons profilés pour ce gène dans le profil de mutation et la liste d'échantillons sélectionnés, en tenant compte des panels de gènes ciblés; classé le plus souvent en premier.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_symbol	chaîne de caractères	requis
study_ids	tableau de chaînes	requis; minItems: 1; maxItems: 12

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutation_frequency", {"gene_symbol": "KRAS", "study_ids": ["msk_impact_2017", "difg_msk_2023"]})

cbioportal_cna_in_gene

Des modifications discrètes du nombre de copies d'un gène dans une étude cBioPortal, filtrées par type d'événement (effacement profond / amplification par défaut), avec la distribution complète des modifications par échantillon.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_symbol	chaîne de caractères	requis
study_id	chaîne de caractères	requis
event_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "HOMDEL_AND_AMP"; enum: ["HOMDEL_AND_AMP", "HOMDEL", "AMP", "GAIN", "HETLOSS", "DIPLOID", "ALL"]
max_records	entier	facultatif; par défaut : 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_cna_in_gene", {"gene_symbol": "CDKN2A", "study_id": "msk_impact_2017"})

cbioportal_clinical_attributes

Attributs cliniques définis dans une étude cBioPortal (champs de patients et d'échantillons), mettant en évidence les paramètres de survie et indiquant si les données globales de survie sont présentes.

Champ	Type	Besoins et contraintes
study_id	chaîne de caractères	requis
max_records	entier	facultatif; par défaut : 200

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_clinical_attributes", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018"})

cbioportal_get_samples

Énumérer les échantillons cBioPortal dans une étude avec des identificateurs détaillés d'échantillon et de patient. En option, sample_ids limite les lignes retournées; max_records capte la réponse tout en préservant le nombre d'études vraies.

Champ	Type	Besoins et contraintes
study_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; modèle: "\S"
sample_ids	tableau de chaînes	facultatif; minItems: 1; maxItems: 1000
max_records	entier	facultatif; par défaut : 500; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_samples", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "max_records": 100})

cbioportal_get_patients

Lister les patients cBioPortal dans une étude avec des identifiants détaillés. En option, patient_ids limite les lignes retournées; max_records capte la réponse tout en préservant le nombre d'études vraies.

Champ	Type	Besoins et contraintes
study_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; modèle: "\S"
patient_ids	tableau de chaînes	facultatif; minItems: 1; maxItems: 1000
max_records	entier	facultatif; par défaut : 500; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_patients", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "max_records": 100})

cbioportal_get_clinical_data

Obtenez des valeurs de données cliniques cBioPortal pour le niveau d'appariement explicite patient_ids ou sample_ids, éventuellement limité à attribute_ids. Les valeurs cliniques restent des chaînes, y compris des marqueurs de valeur manquante.

Champ	Type	Besoins et contraintes
study_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; modèle: "\S"
level	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "SAMPLE"; enum: ["SAMPLE", "PATIENT"]
attribute_ids	tableau de chaînes	facultatif; maxItems: 1000
sample_ids	tableau de chaînes	facultatif; minItems: 1; maxItems: 1000
patient_ids	tableau de chaînes	facultatif; minItems: 1; maxItems: 1000
max_records	entier	facultatif; par défaut : 1000; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_clinical_data", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "level": "PATIENT", "attribute_ids": ["AGE"], "patient_ids": ["TCGA-A1-A0SB"]})

cbioportal_get_molecular_data

Renseignez les valeurs numériques d'ARNm ou d'expression des protéines à partir d'un profil moléculaire d'étude explicite. Découvrez les profils avec cbioportal_get_study; choisir délibérément la mesure/normalisation. Fournir gene_symbol ou entrez_gene_ids et exactement un de sample_ids ou sample_list_id. Les lignes manquantes ne sont pas des expressions nulles.

Champ	Type	Besoins et contraintes
study_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; modèle: "\S"
molecular_profile_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; modèle: "\S"
gene_symbol	chaîne de caractères	facultatif
entrez_gene_ids	tableau d’entiers	facultatif; maxItems: 1000
sample_ids	tableau de chaînes	facultatif; minItems: 1; maxItems: 1000
sample_list_id	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; modèle: "\S"
max_records	entier	facultatif; par défaut : 1000; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_molecular_data", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "molecular_profile_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018_rna_seq_v2_mrna", "gene_symbol": "ESR1", "sample_list_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018_all"})

depmap_search_models

Rechercher les modèles de cancer de DepMap/CCLE par nom sous-chaîne ou ACH ModelID exact et retourner les métadonnées sélectionnées d'identité, de lignée, de maladie et de RIID. Les noms peuvent correspondre à plusieurs modèles : conservez leurs ModelIDs distincts. Aucun téléchargement complet du catalogue du modèle.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 2; maxLength: 100; pattern: "\S"
limit	integer	optional; default: 10; minimum: 1; maximum: 20

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_search_models", {"query": "A549"})

depmap_gene_dependency

Obtenez un symbole de gène exact de DepMap Chronos profil de gène-effet, éventuellement limité aux ModelIDs. Retourne les effets les plus forts en premier, limité à 50 modèles. Les scores manquants sont inconnus, pas nuls; les effets géniques négatifs ne sont pas des probabilités de dépendance. Comprend la version actuelle de l'ensemble de données et les annotations de modèle; aucun téléchargement complet de matrice.

Field	Type	Requirement and constraints
gene	string	required; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
model_ids	tableau	en option; minItems: 1; maxItems: 20
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_gene_dependency", {"gene": "KRAS", "model_ids": ["ACH-000681"]})

depmap_drug_response

Obtenir un composé DepMap PRISM profil d'ASC de l'écran secondaire, éventuellement limité aux ModelIDs. Accepte un numéro d'identification exact du composé DPC ou un nom complet du composé (comparaison exacte insensible aux cas, aucune substitution floue). Retourne d'abord l'ASC la plus basse, limitée à 50 modèles. L'ASC n'est ni IC50 ni viabilité; les valeurs manquantes restent nulles. Rapporte la publication PRISM séparément des métadonnées du modèle.

Field	Type	Requirement and constraints
compound	string	required; minLength: 2; maxLength: 100; pattern: "\S"
model_ids	tableau	en option; minItems: 1; maxItems: 20
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_drug_response", {"compound": "trametinib", "model_ids": ["ACH-000681"]})

depmap_gene_expression

Obtenez un symbole de gène exact pour le profil d'expression actuel de l'ARN DepMap/CCLE dans log2(TPM+1), en option limité aux ModelIDs. Retourne d'abord l'expression la plus élevée, au plus 50 modèles, avec des métadonnées de version et de modèle. Il ne s'agit pas de données brutes TPM ou z-score. Utilisez depmap search models pour résoudre les noms de ligne de cellules vers ModelIDs; aucun téléchargement complet de matrice.

Field	Type	Requirement and constraints
gene	string	required; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
model_ids	tableau	en option; minItems: 1; maxItems: 20
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_gene_expression", {"gene": "KRAS", "model_ids": ["ACH-000681"]})

depmap_copy_number

Obtenez un symbole de gène exact pour le profil actuel du gène de DepMap/CCLE WGS par rapport à la ploïdie du modèle, éventuellement limité aux ModelID. Renvoie le numéro de copie relatif le plus élevé en premier, au plus 50 modèles, avec des métadonnées de sortie et de modèle. Les valeurs ne sont pas des copies absolues, des valeurs log2 ou des appels d'amplification/suppression discrets. Utilisez depmap search models pour résoudre les noms de lignes cellulaires vers ModelIDs.

Field	Type	Requirement and constraints
gene	string	required; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
model_ids	tableau	en option; minItems: 1; maxItems: 20
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_copy_number", {"gene": "MYC", "model_ids": ["ACH-000681"]})

ARN

Afficher les opérations et les paramètres

get_family

Métadonnées de la famille Rfam pour une adhésion (RF00005) ou id de la famille (tRNA) — les deux résoudre. Enregistrement aplati plus le JSON en amont complet dans "raw".

Champ	Type	Besoins et contraintes
family	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("rna", "get_family", {"family": "RF00005"})

get_seed_alignment

Alignement des semences d'une famille de Rfam à Stockholm (par défaut, avec une ligne de structure secondaire consensuelle) ou FASTA aligné.

Champ	Type	Besoins et contraintes
family	chaîne de caractères	requis
fmt	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "stockholm"; enum: ["stockholm", "fasta"]
max_bytes	entier	facultatif; par défaut : 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_seed_alignment", {"family": "RF00162", "fmt": "stockholm"})

get_covariance_model

Modèle de covariance infernale (fichier CM) d'une famille Rfam, utilisable directement avec cmsearch/cmscan, plus champs d'en-tête parsed.

Champ	Type	Besoins et contraintes
family	chaîne de caractères	requis
max_bytes	entier	facultatif; par défaut : 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_covariance_model", {"family": "RF00162"})

get_tree

Arbre phylogénétique des graines d'une famille Rfam (texte NHX/Newick).

Champ	Type	Besoins et contraintes
family	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("rna", "get_tree", {"family": "RF00162"})

get_sequence_regions

Tous les hits complets d'une famille Rfam à travers les bases de données séquentielles (parsed TSV). Vérifiez d'abord num_full via get_family — rfam.org 403s cette route pour de très grandes familles (par exemple: RF00005).

Champ	Type	Besoins et contraintes
family	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("rna", "get_sequence_regions", {"family": "RF00162"})

get_structure_mapping

Cartographie des structures au niveau des résidus de la PDB d'une famille de Rfam, triée de façon déterministe.

Champ	Type	Besoins et contraintes
family	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("rna", "get_structure_mapping", {"family": "RF00162"})

accession_to_id

Conversion d'une adhésion Rfam à son identité familiale (p. ex. Règlement (CE) no 798/2008 du Parlement européen et du Conseil du 21 décembre 2008 relatif à l'application de l'article 107, paragraphe 2, du traité sur le fonctionnement de l'Union européenne (JO L 347 du 31.12.2008, p. 1).> "tRNA").

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("rna", "accession_to_id", {"accession": "RF00005"})

id_to_accession

Convertissez un id de famille Rfam à son adhésion (par exemple "tRNA" -> RF00005).

Champ	Type	Besoins et contraintes
family_id	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("rna", "id_to_accession", {"family_id": "tRNA"})

search_sequence

Effectuez une recherche dans une séquence d'ARN par l'intermédiaire du paramètre officiel du lot Rfam. conserver l'identité de travail retournée en attendant; une réponse inachevée n'est pas un résultat nul. Inspecter les allumettes et les sources d'information. Après une réponse ratée, diagnostiquez ou recommencez le travail existant plutôt que de le soumettre à plusieurs reprises.

Champ	Type	Besoins et contraintes
sequence	chaîne de caractères	requis
max_wait_s	nombre	facultatif; par défaut : 300
poll_interval_s	nombre	facultatif; par défaut : 5

const result = await host.mcp("rna", "search_sequence", {"sequence": "GGUUCCGGGAAGGCAGCAGGUGGAAACCUGCCA"})

get_rnacentral_record

Récupération d'un enregistrement de séquence RNAcentral par adhésion URS en utilisant API v1. Conserve la séquence, MD5, l'état d'activité, l'organisme et les métadonnées de type ARN.

Champ	Type	Besoins et contraintes
urs	string	requis

const result = await host.mcp("rna", "get_rnacentral_record", {"urs": "URS0000000001"})

get_rnacentral_xrefs

Cartographier une adhésion de l'URS central RNA à une page d'identificateurs de base de données d'experts. Conserve la base de données source, la taxonomie, la version d'adhésion, l'activité et les dates du premier ou du dernier aperçu; aucune page traversant automatiquement.

Champ	Type	Besoins et contraintes
urs	string	requis
page	integer	optional; default: 1; minimum: 1; maximum: 100000
page_size	integer	optional; default: 10; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("rna", "get_rnacentral_xrefs", {"urs": "URS0000000001", "page": 1, "page_size": 10})

Archives Omics

Afficher les opérations et les paramètres

ena_query_runs

Découvrez les séquençages publics par NPCI tax_id (y compris les taxons descendants), library_strategy et/ou un mot-clé dans les titres d'étude, d'expérience ou d'échantillon et les descriptions des parcours. Les filtres fournis sont combinés avec ET; au moins un est nécessaire. La taxonomie décrit l'organisme séquencé, et non l'hôte d'un échantillon de microbiome. Keyword est une sous-chaîne littérale, et non une syntaxe de requête ENA; les guillemets doubles, les contre-slashs, les wildcards et les caractères de contrôle sont rejetés. Inclut les dossiers publics des métagénomes. Renvoie uniquement les métadonnées limitées, et non une cohorte complète lorsqu'elle est tronquée. Filtres étroits pour récupérer un ensemble plus petit; Les appels répétés ne sont pas des paginations. Pour les accessions connues de l'INSDC, utilisez ena_search_runs.

Fournir au moins un filtre de recherche répertorié; Consultez le schéma téléchargeable pour obtenir des règles complètes de combinaison.

Champ	Type	Besoins et contraintes
tax_id	entier	facultatif; minimum: 1; maximum: 2147483647
library_strategy	chaîne de caractères	facultatif; Numéro: ["AMPLICON", "ATAC-seq", "Bisulfite-Seq", "CLONE", "CLONEEND", "CTS", "ChIA-PET", "ChIP-Seq", "ChM-Seq", "DNase-Hypersensitivity", "EST", "FAIRE-seq", "FINISHING", "FL-cDNA", "GBS", "Hi-C", "MBD-Seq", "MNase-Seq", "MRE-Seq", "MeDIP-Seq", "NOMe-Seq", "OTHER", "POOLCLONE", "RAD-Seq", "RIP-Seq", "RNA-Seq", "Ribo-Seq", "SELEX", "Synthetic-Long-Read", "Targeted-Capture", "Tethered Chromatin Conformation Capture", "Tn-Seq", "VALIDATION", "WCS", "WGA", "WGS", "WXS", "miRNA-Seq", "ncRNA-Seq", "snRNA-seq", "ssRNA-seq"]
keyword	chaîne de caractères	facultatif; durée minimale: 1; Longueur max.: 200; modèle: "^(?=[\\s\\S]*\\S)[^\"\\\\*?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"
limit	entier	facultatif; par défaut  : 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_query_runs", {"tax_id": 6239, "library_strategy": "RNA-Seq", "keyword": "transcriptome", "limit": 20})

ena_get_submitted_files

Énumérez les fichiers originaux soumis pour une opération ERR/SRR/DRR, y compris les fichiers BAM, CRAM ou FASTQ soumis lorsque ENA les expose. Retourne les emplacements FTP, les formats soumis, les tailles d'octets et les comptes de contrôle MD5 en tant que métadonnées seulement. Ne télécharge pas, ne convertit pas les formats, ne récupère pas les génomes de référence ou ne vérifie pas les bilans. Ces fichiers sont soumis, et non FASTQ est retourné par ena_get_run_files et non une liste de conteneurs SRA générés par les archives. Un CRAM peut exiger qu'il soit assorti de références pour l'analyse.

Champ	Type	Besoins et contraintes
run_accession	chaîne de caractères	requis; durée minimale: 1; Longueur max.: 64

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_get_submitted_files", {"run_accession": "ERR10015065"})

ena_search_runs

Trouver des séances publiques de séquençage associées à une étude ENA/INSDC, à une expérience, à un échantillon ou à un essai d'adhésion. Accepte les identificateurs PRJ/ERP/SRP/DRP, ERX/SRX/DRX, SAM/ERS/SRS/DRS et ERR/SRR/DRR; Les identifiants GEO GSE/GSM, ArrayExpress E-MTAB et MGnify MGYS ont besoin d'abord de leur adhésion INSDC liée. La recherche d'adhésion seulement, pas la recherche de mots clés. Retourne les métadonnées de l'organisme et de la bibliothèque sans récupérer les fichiers de données. Le résultat est plafonné à des exécutions 1000; un résultat tronqué n'est pas une cohorte complète, et les appels répétés ne sont pas paginants parce que l'ENA ne fournit aucun jeton de compensation ou de continuation. Utilisez un échantillon plus étroit ou une adhésion à l'expérience lorsque la couverture complète est requise.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 64
limit	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_search_runs", {"accession": "PRJNA123835", "limit": 100})

ena_get_run_files

Obtenez les URL de téléchargement FASTQ générées par les archives, les tailles d'octets et les montants de contrôle MD5 en amont pour une exécution ERR/SRR/DRR. Renvoie un stock de fichiers seulement; aucun téléchargement ou vérification de bilan. Conserve chaque fichier en ordre de rapport, y compris les fichiers non appariés ou à lecture longue; library_layout=PAIRED n'implique pas exactement deux fichiers. file_index n'est qu'une position et n'est pas un identificateur R1/R2 ou un identificateur de partenaire. Certaines opérations (y compris certaines soumissions à un seul cellule/format natif) n'ont pas de FASTQ généré par les archives. Les fichiers BAM/CRAM/SRA soumis sont en dehors de cet outil.

Champ	Type	Besoins et contraintes
run_accession	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 64

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_get_run_files", {"run_accession": "SRR037073"})

arrayexpress_search_experiments

Recherche ArrayExpérimentations fonctionnelles-génomiques (BioStudies) avec récupération complète et totale de Hits; les filtres (pression, organisme, study_type, technologie, gamme de dates de libération, facettes supplémentaires) se combinent avec ET.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	facultatif
organism	chaîne de caractères	facultatif
study_type	chaîne de caractères	facultatif
technology	chaîne de caractères	facultatif
released_after	chaîne de caractères	facultatif
released_before	chaîne de caractères	facultatif
extra_facets	objet	facultatif
max_records	entier	facultatif; par défaut : 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_search_experiments", {"organism": "Homo sapiens", "study_type": "ChIP-seq", "max_records": 50})

arrayexpress_get_experiment

Obtenez une expérience ArrayExpress (BioStudies) comme un dossier d'analyste aplati — type d'étude, organismes, nombre d'essais/échantillons, conceptions/facteurs, auteurs, publications, protocoles, conceptions de tableaux et résumé de fichiers.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment", {"accession": "E-MTAB-5061"})

arrayexpress_get_experiment_files

Lister tous les fichiers d'une expérience ArrayExpress (nom, taille, type, format, description) avec les URL de téléchargement, ainsi que le nombre de fichiers /info pour fins de comparaison.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_files", {"accession": "E-MTAB-5061"})

arrayexpress_get_experiment_samples

Retirez les lignes de relation du premier fichier SDRF trié par chemin pour une expérience ArrayExpress, en préservant chaque relation échantillon/essai/fichier dans ce fichier (en-têtes MAGE-TAB triés, répètes suffixés #2/#3). Compter des identificateurs d'échantillon/de source distincts, et non des répliques biologiques indépendantes, en utilisant le nom de l'échantillon de préférence au nom de la source. Expériences sans retour SDRF {"error":"no_sdrf"}.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis
max_rows_returned	entier	facultatif; par défaut : 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_samples", {"accession": "E-MTAB-5061", "max_rows_returned": 200})

geo_search_series

Rechercher les ensembles de données GEO de la BCN (db=gds) et les enregistrements de la série de retour (documents sommaires trimés). term est la syntaxe complète des utilitaires E; ajouter gse[ETYP] pour limiter les séries.

Champ	Type	Besoins et contraintes
term	chaîne de caractères	requis
retmax	entier	facultatif; par défaut : 500

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_search_series", {"term": "asthma AND gse[ETYP]", "retmax": 20})

geo_get_series

Obtenez des métadonnées structurées pour la série GEO (adhésions GSE) avec des échantillons inclus — titre de la série/résumé/design, plates-formes, échantillons avec des caractéristiques et des informations de bibliothèque, et URL de fichiers supplémentaires. Les tables de données ne sont jamais téléchargées. Utilisez geo_get_matrix_files à côté pour découvrir les fichiers de comptage RNA-seq générés par Série Matrix et NPCI, puis geo_preflight_matrix pour vérifier les données décompressées sur ces échantillons.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accessions	tableau de chaînes	requis

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_get_series", {"accessions": ["GSE131907"]})

metabolights_list_studies

Énumérez toutes les accessions publiques à l'étude MetaboLights (numériquement triées) avec le compte de API's. Il n'y a pas de recherche d'étude côté serveur — filtre récupéré les candidats par titre/descripteur à la place.

Champ	Type	Besoins et contraintes
—	objet	Pas de champs; passer un objet vide.

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_list_studies", {})

metabolights_get_studies

Remplir des métadonnées structurées pour les études de MetaboLights (MTBLSxxx) à partir de la charge utile de l'ISA analysée — titre, état, années, organismes, analyses, facteurs, descripteurs, nombre d'échantillons, protocoles; tableau optionnel par échantillon avec des touches de colonne uniques préservant l'ordre des colonnes ISA et les associations. Les adhésions inconnues/privées vont en not_found.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accessions	tableau de chaînes	requis
include_samples	booléen	facultatif; par défaut : false
max_sample_rows_returned	entier	facultatif; par défaut : 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_studies", {"accessions": ["MTBLS1"], "include_samples": false})

metabolights_get_study_files

Compléter l'inventaire des fichiers pour une étude publique de MetaboLights — le dossier d'étude de haut niveau (ISA-Tab, MAF, entrées de dossiers) et, par défaut, le dossier de données FILS récursifs.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis
include_data_files	booléen	facultatif; par défaut : true

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_study_files", {"accession": "MTBLS1"})

metabolights_search_data_files

Recherche Glob sur une étude MetaboLights's dossier de données brutes (arborescence FILS). pattern est un nom de fichier glob (par exemple: '.mzML', '.raw'); omettez-le pour lister chaque fichier de données.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis
pattern	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_search_data_files", {"accession": "MTBLS1", "pattern": "*.zip"})

mgnify_search_studies

Trouvez les études de métagénomique MGnify par texte libre OU ligne biome (fournir exactement une). La liste complète est paginée jusqu'à la fin et le nombre est vérifié par rapport au API.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	facultatif
biome_lineage	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_search_studies", {"query": "coral"})

mgnify_get_studies

Récupérer des dossiers structurés pour les études de MGnify (adhésions de MGYS). Avec include_analyses, chaque étude porte également sa liste complète d'analyses plus les ventilations par pipeline/par experiment. Les adhésions inconnues sont portées disparues.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accessions	tableau de chaînes	requis
include_analyses	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_studies", {"accessions": ["MGYS00000410"], "include_analyses": false})

mgnify_get_study_analyses

Lister TOUTES les analyses d'une étude MGnify (pagination complète, vérifiée par comptage) — un enregistrement par analyse MGYA avec version de pipeline, type d'expérience, état, et run/assemblement/sample accessions.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_study_analyses", {"accession": "MGYS00000410"})

pride_get_project_files

Lister une page de fichiers publics de projets PRIDE pour une adhésion PXD ou PRD, y compris la catégorie de fichiers, la taille des octets, le somme de contrôle en amont et les lieux de téléchargement (FTP, HTTP ou Aspera). Métadonnées seulement : ne télécharge pas de fichiers ou ne vérifie pas les comptes de vérification. Les pages sont basées sur zéro; garder page_size inchangé et suivre next_page jusqu'à null. La commande est fournie par PRIDE, pas par un instantané. Une liste vide n'établit pas si un projet existe ou est public.

Champ	Type	Besoins et contraintes
project_accession	chaîne de caractères	requis; Longueur max.: 32; modèle: "^(?:PXD|PRD)[0-9]{6,}$"
page	entier	facultatif; par défaut  : 0; minimum: 0; maximum: 1000000
page_size	entier	facultatif; par défaut  : 100; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_get_project_files", {"project_accession": "PXD000001", "page": 0, "page_size": 100})

pride_search_projects

Rechercher les projets de protéomique des archives PRIDE (récupération complète et vérifiée par api_total); les filtres (mot clé, organisme, instrument, maladie, extra_filters) se combinent avec ET. Trié par adhésion ASC — une promenade délimitée est un préfixe stable.

Champ	Type	Besoins et contraintes
keyword	chaîne de caractères	facultatif
organism	chaîne de caractères	facultatif
instrument	chaîne de caractères	facultatif
disease	chaîne de caractères	facultatif
extra_filters	objet	facultatif
max_records_returned	entier	facultatif; par défaut : 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_projects", {"keyword": "phosphoproteome", "organism": "Homo sapiens (human)", "max_records_returned": 50})

pride_get_projects

Récupérer des métadonnées complètes pour les projets PRIDE par adhésion (par exemple : PXD010154) — la même forme d'enregistrement normalisée que pride_search_projects, de sorte que les deux sont directement comparables. Les accessions inconnues vont dans not_found.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accessions	tableau de chaînes	requis

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_get_projects", {"accessions": ["PXD010154"]})

pride_search_project_proteins

Énumérer les lignes de preuve de protéines pour un projet PRIDE affinitaire-protéomique (paged to épuisement). NOTE: seuls les projets d'affinité-protéomique sont servis ici; Pour les projets MS (PXD) classiques, utilisez plutôt pride_find_projects_for_protein.

Champ	Type	Besoins et contraintes
project_accession	chaîne de caractères	requis
keyword	chaîne de caractères	facultatif

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_project_proteins", {"project_accession": "PXD010154"})

pride_find_projects_for_protein

Trouver des projets PRIDE contenant une protéine (direction MS-archive). protein_accession est une adhésion UniProt (par exemple P04637). Nourrir les accessions de projet retournées à pride_get_projects pour les métadonnées complètes.

Champ	Type	Besoins et contraintes
protein_accession	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_find_projects_for_protein", {"protein_accession": "P04637"})

mgnify_get_analysis_files

Énumérez les métadonnées de fichier résultat pour une analyse MGnify en utilisant API v2 : type de fichier, catégorie, taille de l'octet lorsqu'il est signalé, et URL de téléchargement en amont. Aucun octets de fichier n'est téléchargé. Les tailles ou URL manquantes restent nulles.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis; Longueur max: 32; modèle: "^MGYA[0-9]{ 8,}$"

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_analysis_files", {"accession": "MGYA00639970"})

workbench_search_compounds

Rechercher les composés Metabolomics Workbench par numéro de registre, formule, InChICey, ou un PubChem, HMDB, KEGG, ChEBI, LIPID MAPS ou MetaCyc renvoi. Retours disponibles SMILS, identifiants de structure, formule, masse exacte et références croisées. Les noms composés ne sont pas une entrée prise en charge; résoudre les noms avec PubChem d'abord.

Champ	Type	Besoins et contraintes
field	chaîne de caractères	requis; enum: ["regno", "formula", "inchi_key", "lm_id", "pubchem_cid", "hmdb_id", "kegg_id", "chebi_id", "metacyc_id"]
query	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 200
limit	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_search_compounds", {"field": "pubchem_cid", "query": "5793"})

workbench_search_studies

Recherche publique de résumés d'études Metabolomics Workbench par une sous-chaîne de titres ou un institut. Retourne les ID de l'étude et les espèces disponibles, le dénombrement des échantillons, les types d'analyse et les métadonnées de licence. Utilisez workbench_get_study pour une étude sélectionnée, des échantillons, des facteurs expérimentaux, des analyses ou des annotations de métabolites.

Champ	Type	Besoins et contraintes
field	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "study_title"; enum: ["study_title", "institut"]
query	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 200
limit	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_search_studies", {"query": "Diabetes", "limit": 20})

workbench_get_study

Récupérer une étude publique Metabolomics Workbench (ST suivie de six chiffres). Choisir un résumé pour le dossier d'étude; les facteurs pour les échantillons, les sources d'échantillons et les variables expérimentales; l'analyse des instruments et des métadonnées expérimentales; métabolites pour les annotations et les références croisées de métabolites mesurées. Préserve les champs en amont et le texte des facteurs. Ne télécharge pas les fichiers bruts ou les matrices de mesure.

Champ	Type	Besoins et contraintes
study_id	chaîne de caractères	requis; modèle: "^ST[0-9]{ 6}$"
section	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "summary"; enum: ["résumé", "facteurs", "analyse", "métabolites"]
limit	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_get_study", {"study_id": "ST000001", "section": "factors"})

geo_get_matrix_files

Découvrez les fichiers de série Matrix et les comptes bruts RNA-seq générés par NCBI, FPKM/TPM et les fichiers d'annotation de gènes pour un GSE à partir de listes NCBI en direct. Retourne les URL annoncées, pas les matrices téléchargées ou le contenu du fichier vérifié. Commencez par geo_get_series pour les métadonnées de l'échantillon. Offrez l'URL officielle pour le téléchargement manuel par l'utilisateur, puis utilisez geo_preflight_matrix sur le texte décompressé lu localement. Ne pas contourner host.mcp avec HTTP brut. Les listes manquantes ou en échec ne prouvent pas l'absence de données; Inspectez également les fichiers supplémentaires de la série.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis; modèle: "^GSE[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_get_matrix_files", {"accession":"GSE164073"})

geo_preflight_matrix

Prévol décompressé TSV dense ou série Matrice texte (jusqu'à 8 MiB) sans accès réseau ou système de fichiers. Fournir des échantillons de geo_get_series (adhésion, titre, platform_id) pour cartographier les colonnes par GSM, jamais par position. Seul TSV simple prend en charge l'appariement de titre exact unique; Les colonnes en forme de GSM ne reviennent jamais aux titres. Série Matrix nécessite exactement un en-tête !Sample_geo_accession contenant des adhésions GSM valides correspondant au nombre et à l'ordre de colonnes de l'échantillon, et ne revient jamais à la correspondance de titres. Pour les fichiers plus grands, utilisez complet:false et effectuez la validation complète dans l'environnement d'analyse. Pour les prévisualisations TSV simples, passez l'en-tête de la table plus les lignes complètes d'aperçu. Pour les prévisualisations de la série Matrix, conservez également les métadonnées précédentes, y compris !Sample_geo_accession et n'importe quel en-tête !Sample_platform_id, et !series_matrix_table_begin; ne soumettez pas seulement le tableau ou la fabrication !series_matrix_table_end. Définir complet:true seulement lorsque le texte contient le fichier entier. Pour le TSV simple, l'exhaustivité est déclarée par l'appelant, et non vérifiée de façon indépendante. Un aperçu ne peut pas établir les dimensions totales. Ne gère pas les champs Matrix Market, archives, HDF5 ou multilignes TSV. Préserver l'ordre de colonne sample_mapping lors de la préparation de la matrice d'analyse.

Champ	Type	Besoins et contraintes
text	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 8388608
complete	booléen	facultatif; par défaut : false
matrix_kind	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "unknown"; enum: ["series_matrix", "raw_counts", "normalized_counts", "unknown"]
samples	tableau d’objets	facultatif; maxItems: 10000

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_preflight_matrix", {"text":"GeneID\tGSM5000001\n1\t12\n","complete":false,"matrix_kind":"raw_counts","samples":[{"accession":"GSM5000001"}]})

Guide des cellules

Afficher les opérations et les paramètres

get_cell_type_info

CellGuide (CELLxGENE) information de type cellulaire par id ou nom de Cell Ontology : nom, synonymes, description de l'ontologie, et description curated/GPT.

Champ	Type	Besoins et contraintes
cell_type	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_type_info", {"cell_type": "acinar cell"})

search_cell_types

Rechercher les types de cellules CellGuide par texte libre sur le nom et les synonymes (le CDN n'a pas de point d'arrêt de recherche, donc celltype_metadata.json est filtré côté client).

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
limit	entier	facultatif; par défaut : 25

const result = await host.mcp("cellguide", "search_cell_types", {"query": "T cell", "limit": 25})

get_marker_genes

gènes marqueurs CellGuide pour un type de cellule (id ou nom) : calcul (dérivé de données, marqué) ou canonique (littérature-curée).

Champ	Type	Besoins et contraintes
cell_type	chaîne de caractères	requis
marker_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "compputational"; enum: ["compputational", "canonical"]
limit	entier	facultatif; par défaut : 25

const result = await host.mcp("cellguide", "get_marker_genes", {"cell_type": "CL:0000084", "marker_type": "computational", "limit": 25})

get_source_data

Ensembles de données et publications de source CellGuide contribuant à un type de cellule (id ou nom) : nom/url de la collection, publication, et les tissus/maladies/organismes couverts.

Champ	Type	Besoins et contraintes
cell_type	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("cellguide", "get_source_data", {"cell_type": "CL:0000622"})

get_cell_tissues

Tissus anatomiques où un type de cellule (id ou nom) est observé, agrégé (dédoublement) dans les collections sources de CellGuide.

Champ	Type	Besoins et contraintes
cell_type	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_tissues", {"cell_type": "T cell"})

Règlement

Afficher les opérations et les paramètres

encode_search_experiments

Rechercher les expériences de génomique fonctionnelle ENCODE (ChIP-seq, ATAC-seq, ...). Filtres: assay_title (par exemple "TF ChIP-seq"), cible (étiquette protéique, p.ex. "CTCF"), organisme (nom scientifique), statut (par défaut "released"), date_released_before (date ISO — une fenêtre fermée), plus filtres de champ portail arbitraires via extra_filters. Le jeu de résultats complet est paged et count-vérified; accessions liste chaque match, au plus les résumés de lignes max_rows sont retournés.

Champ	Type	Besoins et contraintes
assay_title	chaîne de caractères	facultatif
target	chaîne de caractères	facultatif
organism	chaîne de caractères	facultatif
status	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "released"
date_released_before	chaîne de caractères	facultatif
extra_filters	objet	facultatif
max_rows	entier	facultatif; par défaut : 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_experiments", {"target": "CTCF", "assay_title": "TF ChIP-seq", "max_rows": 50})

encode_search_biosamples

Rechercher les bioéchantillons ENCODE (lignes cellulaires, tissus, cellules primaires). Filtres: term_name (terme d'ontologie, p.ex. "K562"), classement ("cell line", "tissue", ...), organisme (nom scientifique), statut (par défaut "released"), date_created_before (date ISO), plus filtres de champ portail arbitraires via extra_filters. Complète, count-vérified: accessions est la liste complète des correspondances, au plus les résumés de lignes max_rows sont retournés.

Champ	Type	Besoins et contraintes
term_name	chaîne de caractères	facultatif
classification	chaîne de caractères	facultatif
organism	chaîne de caractères	facultatif
status	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "released"
date_created_before	chaîne de caractères	facultatif
extra_filters	objet	facultatif
max_rows	entier	facultatif; par défaut : 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_biosamples", {"term_name": "K562", "classification": "cell line", "max_rows": 25})

encode_list_files

Lister les fichiers de données ENCODE par format / test / bioéchantillon. Filtres: file_format ("fastq", "bam", "bigWig", "bed", ...), assay_term_name (terme d'ontologie par exemple "ChIP-seq" — PAS l'affichage assay_title comme "TF ChIP-seq", qui ne correspond à rien; passer les titres via extra_filters={"assay_title": ...}), biosample_term_name (par exemple "K562"), statut (par défaut "released"), date_created_before, plus filtres de champ portail arbitraires via extra_filters. Les requêtes de fichiers correspondent à des millions de lignes non filtrées — combinent toujours plusieurs filtres. Complète + vérification du nombre; au plus les résumés de lignes max_rows retournés.

Champ	Type	Besoins et contraintes
file_format	chaîne de caractères	facultatif
assay_term_name	chaîne de caractères	facultatif
biosample_term_name	chaîne de caractères	facultatif
status	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "released"
date_created_before	chaîne de caractères	facultatif
extra_filters	objet	facultatif
max_rows	entier	facultatif; par défaut : 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_list_files", {"file_format": "bed", "assay_term_name": "ChIP-seq", "biosample_term_name": "K562", "extra_filters": {"output_type": "peaks", "assembly": "GRCh38"}, "max_rows": 50})

encode_get_experiment

Obtenir une expérience ENCODE par adhésion (par exemple "ENCSR000AKP"). Retourne un enregistrement de champ stable : test, cible, bioéchantillon ontology + résumé, description, laboratoire, projet de bourse, dates de libération/soumission, assemblages, nombres de répliques, type de réplication, dbxrefs, DOI et uuid. Les champs portails volatils (audits, analyses, statut interne) sont exclus.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_experiment", {"accession": "ENCSR000AKP"})

encode_get_file

Obtenez un fichier ENCODE par adhésion (p. ex. "ENCFF002JUR"). Retourne un enregistrement de champ stable: format, type/catégorie de sortie, essai, assemblage, jeu de données parent, reproductions biologiques, taille de fichier, md5sums, type d'exécution, longueur de lecture, laboratoire, date de création, téléchargement href et uuid.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_file", {"accession": "ENCFF002JUR"})

encode_get_biosample

Obtenez un bioéchantillon ENCODE par adhésion (par exemple: "ENCBS013JZP"). Retourne un enregistrement de champ stable : terme en ontologie + classification, organisme, résumé/description, source, donneur, traitements, modifications génétiques, stade de vie, âge, sexe, laboratoire, date de création, statut et uuid.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_biosample", {"accession": "ENCBS013JZP"})

jaspar_get_matrix

Obtenez un profil de liaison JASPAR TF par id de matrice VERSIONED (par exemple : "MA0002.2"). Retourne l'enregistrement complet : matrice de fréquence de position (pfm), nom/classe/famille TF, espèce, type de données, références bibliographiques (pubmed/medline), URL du logo de la séquence. Nécessite un id en version ("MA0002.2", pas "MA0002") — utiliser jaspar_matrix_versions pour énumérer les versions. Les matrices en version sont immuables, donc les résultats sont reproductibles.

Champ	Type	Besoins et contraintes
matrix_id	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_get_matrix", {"matrix_id": "MA0002.2"})

jaspar_matrix_versions

Lister toutes les versions d'un id de matrice de base JASPAR (par exemple "MA0002"). Renvoie chaque version publiée avec son matrix_id, son nom, sa collection et son URL — count-vérified. Utilisez pour épingler une version exacte avant jaspar_get_matrix, ou pour suivre comment un profil a changé dans les versions. Un id versionné ("MA0002.2") est accepté et réduit à sa base.

Champ	Type	Besoins et contraintes
base_id	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_matrix_versions", {"base_id": "MA0002"})

jaspar_list_matrices

Rechercher/lister les profils de reliure JASPAR TF (le catalogue complet du profil). Filtres (tous optionnels): collecte ("CORE", "NON VALIDÉ"), tax_group ("vertébrés", "végétaux", ...), tax_id (NCBI taxonomy id, p.ex. 9606 pour les humains — c'est ainsi que vous filtrez par espèces; énumérer les ids avec jaspar_list_species), nom (nom TF exact, p.ex. "FOXA1"), recherche (texte libre), version="latest" (se limiter aux versions les plus récentes seulement). Le catalogue complet filtré est paginé et vérifié au compte; au plus les lignes de résumé max_rows sont retournées.

Champ	Type	Besoins et contraintes
collection	chaîne de caractères	facultatif
tax_group	chaîne de caractères	facultatif
tax_id	entier	facultatif
name	chaîne de caractères	facultatif
search	chaîne de caractères	facultatif
version	chaîne de caractères	facultatif
max_rows	entier	facultatif; par défaut : 1000

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_matrices", {"tax_id": 9606, "collection": "CORE", "version": "latest", "max_rows": 200})

jaspar_list_species

Énumérer toutes les espèces avec des profils JASPAR (NCBI tax_id + nom); La liste complète est vérifiée. Utilisez les valeurs tax_id pour filtrer jaspar_list_matrices (p. ex. 9606 = Homo sapiens, 10090 = Mus musculus).

Champ	Type	Besoins et contraintes
—	objet	Pas de champs; passer un objet vide.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_species", {})

jaspar_list_taxa

Lister tous les groupes taxonomiques JASPAR (vertébrés, plantes, champignons, insectes, ...); La liste complète est vérifiée. Utilisez les noms de groupe comme filtre tax_group de jaspar_list_matrices.

Champ	Type	Besoins et contraintes
—	objet	Pas de champs; passer un objet vide.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_taxa", {})

jaspar_list_collections

Lister toutes les collections JASPAR (CORE, UNVALIDATED, ...); La liste complète est vérifiée. Utilisez les noms de collection comme filtre de collecte de jaspar_list_matrices (CORE = profils curés, non redondants).

Champ	Type	Besoins et contraintes
—	objet	Pas de champs; passer un objet vide.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_collections", {})

jaspar_list_releases

Lister toutes les versions de la base de données JASPAR (année, numéro de sortie, drapeau actif); La liste complète est vérifiée. Enregistrez la version active lors de la sélection des motifs pour la reproductibilité, ou vérifiez l'historique de la version avant de comparer les résultats des versions JASPAR.

Champ	Type	Besoins et contraintes
—	objet	Pas de champs; passer un objet vide.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_releases", {})

unibind_search_tfbs

Rechercher les ensembles de données UniBind ChIP-seq avec des prévisions TFBS de haute confiance (unibind.uio.no, sortie 2021; des interactions directes avec l'ADN-TF à partir d'ensembles de données ~10k pour les espèces 9). Chaque ensemble de données est triple (expérience, type de cellule, TF). Filtres (tous optionnels, combinés avec ET, à moins d'indication contraire): tf_name (symbole du gène, p.ex. "CTCF"), cell_line (titre UniBind verbeux — préférence search pour l'appariement flou), espèce (nom scientifique), collection ("Robust" = meilleur modèle / haute confiance, ou "Permissive"), jaspar_id (version, p.ex. "MA0139.1"), recherche (texte libre). total est le nombre exact de API's; au plus les lignes max_rows sont retournées (un préfixe stable).

Champ	Type	Besoins et contraintes
tf_name	chaîne de caractères	facultatif
cell_line	chaîne de caractères	facultatif
species	chaîne de caractères	facultatif
collection	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["Robust", "Permissive"]
jaspar_id	chaîne de caractères	facultatif
search	chaîne de caractères	facultatif
max_rows	entier	facultatif; par défaut : 200

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_search_tfbs", {"tf_name": "CTCF", "collection": "Robust", "max_rows": 50})

unibind_get_dataset

Obtenez un ensemble de données UniBind's detail: par modèle TFBS compte + URLs de fichiers. tf_id est la clé de l'ensemble de données "<identificateur>.<cell_line>.<TF>" tel que retourné par unibind_search_tfbs (par exemple "ENCSR000AUE.A549_lung_carcinome.CTCF") . Retourne le nom du TF, les identifiants source (ENCODE/GEO/GTRD), les lignes cellulaires, les conditions biologiques, les ids de matrice JASPAR, le nombre de pics ChIP-seq et une ligne par modèle de prédiction TFBS (DAMO/PWM/...) avec total_tfbs, les seuils de score/distance, la valeur de CentriMo ajustée et les URL de téléchargement BED/FASTA directes — utilisez ces URLs (pas un appel MCP) pour récupérer la liste complète du site.

Champ	Type	Besoins et contraintes
tf_id	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_get_dataset", {"tf_id": "ENCSR000AUE.A549_lung_carcinoma.CTCF"})

unibind_tfbs_in_region

Les sites de liaison TF chevauchant une région génomique (cartes UniBind 2021), desservis par le hubApi de l'UCSC contre les hubs de voie publique enregistrés par UniBind's (les propres REST API de l'UniBind's n'ont pas de point final de la région). Les coordonnées sont basées sur 0 à moitié ouvertes. génome: assemblage UCSC — moyeu robuste: hg38, mm10, ce11, dm6, danRer11, sacCer3, rn6, araTha1; Ajouts permissifs spo2 (pas de hg19 — levez d'abord). chrom: avec "chr" Préfixe. start/end: intervalle, fin-start <= 1,000,000 bp. HONEST-CAP: au plus les éléments 20,000 sont scannés par appel; region_scan_complete=false signifie que la région a plus de sites qu'on n'a scanné (flèche la fenêtre) et, avec tf_name set, les correspondances peuvent être manquantes. n_matching compte les sites scannés passant le filtre; retourné/tronqué décrire le bouchon max_sites.

Champ	Type	Besoins et contraintes
genome	chaîne de caractères	requis
chrom	chaîne de caractères	requis
start	entier	requis
end	entier	requis
tf_name	chaîne de caractères	facultatif
collection	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "Robust"; enum: ["Robust", "Permissive"]
max_sites	entier	facultatif; par défaut : 2000

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_tfbs_in_region", {"genome": "hg38", "chrom": "chr1", "start": 1000000, "end": 1010000, "collection": "Robust"})

Ressources de recherche

Afficher les opérations et les paramètres

search_grants

Possibilités de financement de Search Grants.gov via la recherche2 API (extraction complète et vérifiée au compte). Au moins un critère est requis (mot clé, opportunity_number, aln/CFDA, agences, éligibilités, funding_categories ou funding_instruments). opportunity_statuses par défaut pour ["prévu","posted"] (procédures actuelles); ajouter "fermé"/"archivé" pour les historiques. les agences prennent des codes comme ["HHS-NIH11"] (NIH), ["HHS-FDA"], ["NSF"]. Définissez count_only pour juste le nombre de succès + facettes; Les bouchons max_records ont retourné les enregistrements (la marche récupère toujours l'ensemble complet et les drapeaux tronqués).

Champ	Type	Besoins et contraintes
keyword	chaîne de caractères	facultatif
opportunity_number	chaîne de caractères	facultatif
aln	chaîne de caractères	facultatif
agencies	tableau de chaînes	facultatif
opportunity_statuses	tableau de chaînes	facultatif
eligibilities	tableau de chaînes	facultatif
funding_categories	tableau de chaînes	facultatif
funding_instruments	tableau de chaînes	facultatif
count_only	booléen	facultatif; par défaut : false
max_records	entier	facultatif; par défaut : 100
include_facets	booléen	facultatif; par défaut : true

const result = await host.mcp("research-resources", "search_grants", {"keyword": "cancer", "agencies": ["HHS-NIH11"], "max_records": 25})

search_antibodies

Recherche en texte intégral dans le Registre des anticorps (antibodyregistry.org, ~3.2M records). Correspondance basée sur les jetons avec le nom d'anticorps/cible/texte catalogique ("TP53" et "p53" sont des requêtes différentes). Avec la page omise, toutes les pages sont montées jusqu'à max_records ou le plafond de profondeur anonyme (les lignes au-delà de 500 offset ont besoin d'authentification en amont, marqués comme anonymous_limit_hit — jamais laissé tomber silencieusement). Passez une page 1 pour la recherche d'une seule page (page*page_size doit rester <= 500).

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis
page	entier	facultatif
page_size	entier	facultatif; par défaut : 100
max_records	entier	facultatif; par défaut : 500

const result = await host.mcp("research-resources", "search_antibodies", {"query": "CD4", "max_records": 100})

get_antibody

Renseignez-vous sur les dossiers détaillés du Registre des anticorps pour une adhésion d'anticorps/RID. Accepte un nombre simple (" 3643095"), "AB_3643095" ou "RRID:AB_3643095". La route en amont est évaluée par une liste (une adhésion peut se faire à plusieurs enregistrements curés, p. ex. des duplicata multi-vendor). Un id inexistant donne record_count 0, pas une erreur.

Champ	Type	Besoins et contraintes
antibody_id	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody", {"antibody_id": "RRID:AB_3643095"})

find_antibodies_by_catalog

Trouvez les anticorps par numéro de catalogue du fournisseur (exacte, insensible à la casse). Implémenté comme une recherche en texte intégral plus une correspondance exacte côté client sur le numéro de catalogue (ou ses alternatives énumérées), parce que la route en amont colonne-filtre renvoie HTTP 500 pour chaque clé. Passez un nom de vendeur optionnel (exacte, insensible à la casse) pour réduire davantage les correspondances.

Champ	Type	Besoins et contraintes
catalog_number	chaîne de caractères	requis
vendor	chaîne de caractères	facultatif
page_size	entier	facultatif; par défaut : 100

const result = await host.mcp("research-resources", "find_antibodies_by_catalog", {"catalog_number": "ab32572"})

get_antibody_registry_stats

Statistiques du registre des anticorps: nombre total d'anticorps et date de dernière mise à jour. Renvoie la charge utile en amont /api/datainfo.

Champ	Type	Besoins et contraintes
—	objet	Pas de champs; passer un objet vide.

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody_registry_stats", {})

BioMart

Afficher les opérations et les paramètres

list_marts

Liste disponible Ensembl BioMart mart (bases de données). BioMart organise les données comme MART -> DONNEES -> ATTRIBUTES/FILEURS; un nom de mart alimente list_datasets.

Champ	Type	Besoins et contraintes
—	objet	Pas de champs; passer un objet vide.

const result = await host.mcp("biomart", "list_marts", {})

list_datasets

Énumérer les ensembles de données disponibles dans une mart donnée (p. ex. hsapiens_gene_ensembl pour les gènes humains). Un nom d'ensemble de données alimente les outils attribut/filtre/query.

Champ	Type	Besoins et contraintes
mart	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("biomart", "list_datasets", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL"})

list_common_attributes

Énumérez les attributs couramment utilisés pour un ensemble de données (sous-ensemble de signaux élevés curés). Utilisez ceci avant list_all_attributes pour choisir les attributs pour get_data. mart est accepté pour la parité de signature mais ignoré; les touches de requête hors dataset.

Champ	Type	Besoins et contraintes
mart	chaîne de caractères	requis
dataset	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("biomart", "list_common_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

list_all_attributes

Énumérez tous les attributs disponibles pour un ensemble de données, moins les homologues et les sondes de microarray (qui sont volumineux et rarement nécessaires). Peut être grand; préférence list_common_attributes d'abord. mart est accepté pour la parité de signature mais ignoré; les touches de requête hors dataset.

Champ	Type	Besoins et contraintes
mart	chaîne de caractères	requis
dataset	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("biomart", "list_all_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

list_filters

Énumérez les filtres disponibles pour un ensemble de données. Filtres rétrécissent une requête get_data (par exemple: chromosome_name, biotype) et sont passés à get_data comme un dict filtres. mart est accepté pour la parité de signature mais ignoré; les touches de requête hors dataset.

Champ	Type	Besoins et contraintes
mart	chaîne de caractères	requis
dataset	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("biomart", "list_filters", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

get_data

Exécuter une requête BioMart : récupérer les attributs demandés pour un ensemble de données, éventuellement restreint par des filtres. C'est le principal outil de récupération de données. mart est accepté pour la parité de signature mais ignoré; les touches de requête hors dataset.

Champ	Type	Besoins et contraintes
mart	chaîne de caractères	requis
dataset	chaîne de caractères	requis
attributes	tableau de chaînes	requis
filters	objet	facultatif

const result = await host.mcp("biomart", "get_data", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "attributes": ["ensembl_gene_id", "external_gene_name", "chromosome_name"], "filters": {"chromosome_name": "Y", "biotype": "protein_coding"}})

get_translation

Traduire un seul identifiant d'un type d'attribut à un autre (p. ex. un symbole HGNC d'un ID génétique d'Ensembl) dans un ensemble de données. mart est accepté pour la parité de signature mais ignoré; les touches de requête hors dataset.

Champ	Type	Besoins et contraintes
mart	chaîne de caractères	requis
dataset	chaîne de caractères	requis
from_attr	chaîne de caractères	requis
to_attr	chaîne de caractères	requis
target	chaîne de caractères	requis

const result = await host.mcp("biomart", "get_translation", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "target": "TP53"})

batch_translate

Traduire de nombreux identifiants d'un type d'attribut à un autre en une seule requête, plus efficace que les appels get_translation répétés. mart est accepté pour la parité de signature mais ignoré; les touches de requête hors dataset.

Champ	Type	Besoins et contraintes
mart	chaîne de caractères	requis
dataset	chaîne de caractères	requis
from_attr	chaîne de caractères	requis
to_attr	chaîne de caractères	requis
targets	tableau de chaînes	requis

const result = await host.mcp("biomart", "batch_translate", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "targets": ["TP53", "BRCA1", "BRCA2"]})

ZINC

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zinc_search_by_id

Rechercher les composés purchasables dans ZINC22/ZINC20 par l'identificateur ZINC — répond " quel est ce composé et qui le vend". Batched: passez à 100 ids dans un seul appel plutôt que de nombreux appels à un seul id. Async en amont (soumettre + sondage); peut prendre jusqu'à timeout_s secondes.

Champ	Type	Besoins et contraintes
zinc_ids	['string', 'array']	requis
max_results	entier	facultatif; par défaut : 50
timeout_s	nombre	facultatif; par défaut : 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_id", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

zinc_search_by_smiles

Recherche ZINC22's espace chimique purchasable par structure — répond "ce que les composés purchasables ressemblent à ce SMILES". Il s'agit des deux outils exacts et analogiques (similarity) : CartBlanche22 expose un paramètre structure-recherche dont le paramètre dist s'étend exactement à travers divers, donc il n'y a délibérément pas d'outil de recherche distinct. La requête ZINC la plus lente — élèvez progressivement dist plutôt que de commencer à se détendre.

Champ	Type	Besoins et contraintes
smiles	chaîne de caractères	requis
dist	entier	facultatif; par défaut : 0
adist	entier	facultatif
max_results	entier	facultatif; par défaut : 50
timeout_s	nombre	facultatif; par défaut : 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_smiles", {"smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O", "dist": 2})

zinc_search_by_supplier

Résoudre les numéros de catalogue des fournisseurs aux composés ZINC — répond " quelle substance ZINC est ce code fournisseur, et ce que ' est sa structure". Emballé: jusqu'à 100 code fournisseur par appel. Async en amont (soumettre + sondage).

Champ	Type	Besoins et contraintes
supplier_codes	['string', 'array']	requis
max_results	entier	facultatif; par défaut : 50
timeout_s	nombre	facultatif; par défaut : 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_supplier", {"supplier_codes": ["MCULE-2311834287"]})

zinc_random_sample

Tirez un échantillon aléatoire de composés purchasables de ZINC22 — pour les ponts de contrôle de bâtiments, les bases de propriétés ou les ensembles de leurres. count double comme cet outil's max_results; Le rappel d'un échantillon frais. Async en amont (soumettre + sondage).

Champ	Type	Besoins et contraintes
count	entier	facultatif; par défaut : 50
subset	chaîne de caractères	facultatif
timeout_s	nombre	facultatif; par défaut : 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_random_sample", {"count": 25, "subset": "lead-like"})

zinc_get_3d

Localiser les structures 3D prêtes à l'amarrage pour les composés ZINC. ZINC22 expédie des conformers 3D pré-générés (DOCK .db2.gz, .mol2.gz, .sdf.gz) dans son dépôt de fichiers, organisés par tranche — cet outil résout chaque id à sa tranche et retourne les emplacements de dépôt à télécharger à partir de pour le prép d'arrimage (DOCK6, AutoDock Vina, etc.). Max 50 ids par appel (3D récupération est un travail par composé). Async en amont (soumettre + sondage).

Champ	Type	Besoins et contraintes
zinc_ids	['string', 'array']	requis
timeout_s	nombre	facultatif; par défaut : 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_get_3d", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

Exemple d'enregistrement des réponses

Le exemples d'enregistrements de réponses comprend des entrées exactes, des extraits de réponse plafonnés et des résultats par opération. Distinguer un enregistrement retourné, une correspondance vide et une requête ratée. Les résultats peuvent être des métadonnées, des schémas ou des identifiants; Vérifiez les champs sources et les drapeaux d'exhaustivité avant de les utiliser dans votre recherche.

GDC

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gdc_list_projects

Énumérer les projets de cancer de la GDC et leurs résumés de cas/dossiers. Les filtres sont explicites et limités; c'est la découverte de métadonnées, pas une opération de téléchargement de données.

Champ	Type	Besoins et contraintes
project_ids	chaîne / tableau	facultatif
disease_type	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 200
primary_site	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 200
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 10000
page_size	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_list_projects", {"project_ids": "TCGA-BRCA", "page_size": 5})

gdc_list_cases

Lister les cas de CPG (donateurs d'échantillons) avec des métadonnées de projet, de maladie et de biospécimen (échantillons et aliquotes). Les résultats permettent d'identifier les cas et de ne pas exposer ou télécharger les données contrôlées.

Champ	Type	Besoins et contraintes
project_ids	chaîne / tableau	facultatif
submitter_ids	chaîne / tableau	facultatif
case_ids	chaîne / tableau	facultatif
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 10000
page_size	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_list_cases", {"project_ids": ["TCGA-BRCA"], "page_size": 5})

gdc_search_files

Recherche dans l'inventaire des fichiers GDC par projet, cas UUID, type d'échantillon et type de flux de travail d'analyse (OU dans chaque filtre, ET à travers les filtres), et étiquette explicitement chaque fichier comme accès ouvert ou contrôlé. La découverte de métadonnées n'accorde pas d'accès au téléchargement; les fichiers contrôlés nécessitent une autorisation GDC appropriée.

Champ	Type	Besoins et contraintes
project_ids	chaîne / tableau	facultatif
case_ids	string / array	facultatif
sample_types	string / array	facultatif
workflow_types	string / array	facultatif
access	string	optional; default: "all"; enum: ["all", "open", "controlled"]
data_category	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 200
data_type	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 200
data_format	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 50
file_name	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 500
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 10000
page_size	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_search_files", {"project_ids": ["TCGA-BRCA"], "sample_types": "Primary Tumor", "workflow_types": "STAR - Counts", "access": "open", "page_size": 10})

gdc_get_file

Récupérer des métadonnées pour un fichier GDC UUID, y compris sa classification d'accès ouverte/contrôlée. Cela ne fait aucun téléchargement de fichier et ne prétend pas qu'un fichier listé est téléchargeable pour l'utilisateur actuel.

Champ	Type	Besoins et contraintes
file_id	chaîne de caractères	requis; modèle : "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[1-5][0-9a-fA-F]{ 3}-[89abAB][0-9a-fA-F]{ 3}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_get_file", {"file_id": "cb92f61d-041c-4424-a3e9-891b7545f351"})

gdc_get_manifest

Créez un manifeste d'outil de transfert de données GDC pour des UUIDs de fichiers 100. Le manifeste retourné n'est qu'un inventaire; il ne télécharge pas les fichiers ou ne contourne pas l'autorisation d'accès contrôlé.

Champ	Type	Besoins et contraintes
file_ids	tableau de chaînes	requis; minItems: 1; maxItems: 100; items uniques : true

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_get_manifest", {"file_ids": ["cb92f61d-041c-4424-a3e9-891b7545f351"]})

Zenodo

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search_records

Recherche publique des enregistrements Zenodo (datasets, logiciels et publications) en utilisant la syntaxe Zenodo de la chaîne de requête, p.ex. titre:"climat" ou doi:"10.5281/zenodo.8435696". Fetache une page, jusqu'à 25 enregistrements, sans authentification. Par défaut, seule la dernière version est répertoriée; all_versions inclut les anciennes versions. Pour la page suivante, gardez la requête, page_size, trier et all_versions inchangés. La fenêtre de recherche est limitée aux résultats 10,000 : (page - 1) * page_size doit être inférieur à 10,000 ; la page finale peut être partielle. Si pagination_limited est vrai, rétrécissez la requête. Les métadonnées publiques n'impliquent pas un accès ouvert aux fichiers.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 1000; modèle: "\S"
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 10000
page_size	entier	facultatif; par défaut : 10; minimum: 1; maximum: 25
sort	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "bestmatch"; enum: ["bestmatch", "mostrecent"]
all_versions	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("zenodo", "search_records", {"query": "title:climate", "page_size": 5})

get_record

Récupérer les métadonnées publiques Zenodo et l'inventaire des fichiers exposés par le paramètre d'enregistrement. Passez un ID d'enregistrement décimal, pas un DOI ou une URL. Un concept ID peut être résolu dans sa version la plus récente; requested_record_id, record_id et concept_record_id restent distincts. Utilisez le record_id spécifique à la version retournée pour une recherche reproductible. description_html est en amont de HTML, non désinfecté. Les liens de fichier et les comptes de contrôle ne sont que des métadonnées : aucun téléchargement, aucune vérification de compte de contrôle ou une sonde d'accès n'est effectuée. Les enregistrements restreints ou sous embargo peuvent avoir des métadonnées publiques sans fichiers accessibles; une liste de fichiers vide n'établit pas que le dépôt n'a pas de fichiers.

Champ	Type	Besoins et contraintes
record_id	chaîne de caractères	requis; Longueur max: 20; modèle: "^[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("zenodo", "get_record", {"record_id": "8435696"})

HMMER

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search

Soumettre une recherche asynchrone EMBL-EBI HMMER3. programme sélectionne phmer (protéine séquence contre une base de données de séquence), hhmscan (protéine séquence contre des profils de Pfam), hhmmsearch (profil HMM/alignement contre une base de données de séquence), ou jackhmer (termatique recherche à distance-homologie). entrée est la séquence FASTA, le profil HMM, ou le texte d'alignement accepté par ce programme. base de données est le nom de la base de données du fournisseur. les seuils facultatifs utilisent les noms de paramètres HMMER (y compris E/incdomE, E/domE, incT/incdomT, T/domT); les itérations contrôlent les rounds. La soumission n'est pas terminée : conserver le job_id retourné et effectuer un sondage avec statut. Le service peut accepter un emploi même si la réponse est perdue; ne jamais soumettre automatiquement une soumission incertaine.

Champ	Type	Besoins et contraintes
program	chaîne de caractères	requis; Enum: ["phmmer", "hmmscan", "hmmsearch", "jackhmer"]
database	chaîne de caractères	requis; enum: ["refprot", "uniprot", "swissprot", "pdb", "rp15", "rp35", "rp55", "rp75", "pfam"]
input	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 200000
incE	nombre	facultatif; Exclusivité Minimum: 0; maximum: 10
incdomE	nombre	facultatif; Exclusivité Minimum: 0; maximum: 10
incT	nombre	facultatif; Exclusivité Minimum: 0
incdomT	nombre	facultatif; Exclusivité Minimum: 0
E	nombre	facultatif; Exclusivité Minimum: 0; maximum: 10
domE	nombre	facultatif; Exclusivité Minimum: 0; maximum: 10
T	nombre	facultatif; Exclusivité Minimum: 0
domT	nombre	facultatif; Exclusivité Minimum: 0
popen	nombre	facultatif; minimum: 0
pextend	nombre	facultatif; minimum: 0
mx	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["BLOSUM45", "BLOSUM62", "BLOSUM90", "PAM30", "PAM70"]
iterations	entier	facultatif; minimum: 1; maximum: 9

const result = await host.mcp("hmmer", "search", {"program":"hmmscan","database":"pfam","input":">query\nMKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDK"})

status

Vérifiez un emploi HMMER une fois, sans voter ou de nouveau soumettre. SUCCÈS signifie que les résultats sont disponibles; PENDANCE/RONDE signifie attendre avant de vérifier à nouveau; ERROR/FAILURE/NOT_FOUND sont des résultats terminaux et ne signifient jamais zéro hits. Gardez le job_id exact.

Champ	Type	Besoins et contraintes
job_id	chaîne de caractères	requis; Longueur max: 36; modèle: "^[A-Fa-f0-9]{ 8}-[A-Fa-f0-9]{ 4}-[A-Fa-f0-9]{ 4}-[A-Fa-f0-9]{ 4}-[A-Fa-f0-9]{ 12}$"

const result = await host.mcp("hmmer", "status", {"job_id":"8ebb1d5f-4457-4da8-808c-f811105c3654"})

results

Récupérer un résultat de travail HMMER une fois. Vérifier d'abord l'état du fournisseur et ne retourne pas de charge utile pendant que le travail est en attente ou échoué. Sur SUCCESS, récupère toutes les pages de résultats, y compris les annotations de domaine; Les enregistrements d'itération jackhmer sont retournés dans la forme du tableau du fournisseur. Préserver le résultat dans un artefact Notebook parce que la rétention du fournisseur est finie; une liste de correspondance vide est un résultat de zéro hit complété, distinct d'un travail en attente ou échoué.

Champ	Type	Besoins et contraintes
job_id	chaîne de caractères	requis; Longueur max: 36; modèle: "^[A-Fa-f0-9]{ 8}-[A-Fa-f0-9]{ 4}-[A-Fa-f0-9]{ 4}-[A-Fa-f0-9]{ 4}-[A-Fa-f0-9]{ 12}$"

const result = await host.mcp("hmmer", "results", {"job_id":"8ebb1d5f-4457-4da8-808c-f811105c3654"})

InterProScan

Afficher les opérations et les paramètres

status

Vérifiez un emploi d'InterProScan une fois, sans réessayer ou voter. Attendez au moins 10 secondes entre les vérifications. Les résultats obtenus peuvent être récupérés; ERREUR/FAILURE sont des échecs d'emploi, NO_FOUND signifie inconnu ou expiré, jamais un résultat nul-hit. Conserver le job_id exact; cet outil ne se présente jamais à nouveau.

Champ	Type	Besoins et contraintes
job_id	chaîne de caractères	requis; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9_-]{ 0,199}$"

const result = await host.mcp("interproscan", "status", {"job_id":"iprscan5-R20260922-123456-0123-12345678-p1m"})

results

Récupérer le rapport complet de TSV InterProScan pour un emploi, plafonné à 2 MiB (les rapports surdimensionnés échouent, ne tronquent jamais). Vérifie l'état une première fois, puis récupère TSV seulement pour FINISHED. Pas de rappels, de sondages ou de présentation de nouveau. Préservez le rapport dans un artefact Notebook rapidement parce que les résultats du fournisseur expirent. TSV contient une ligne par signature; les coordonnées sont basées sur 1 inclusivement et les scores sont spécifiques à l'application. Les colonnes optionnelles contiennent les annotations InterPro, GO et chemin. Un TSV vide après FINISHED signifie qu'il n'y a pas de correspondances signalées, pas de preuve que la protéine manque de fonction.

Champ	Type	Besoins et contraintes
job_id	chaîne de caractères	requis; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9_-]{ 0,199}$"

const result = await host.mcp("interproscan", "results", {"job_id":"iprscan5-R20260922-123456-0123-12345678-p1m"})

submit

Soumettre une ou plusieurs séquences de protéines à EMBL-EBI InterProScan pour l'annotation asynchrone du domaine et de la famille. Accepte la séquence de protéines brutes ou l'entrée FASTA avec au plus des enregistrements 1,000, une limite locale de résidus 10,000 par enregistrement et une limite de corps de requête encodée 4 MiB. Retourne un job_id immédiatement et ne vote jamais. Gardez le job_id, puis appelez le statut et vous-même après avoir attendu au moins 10 secondes entre les vérifications d'état. Une réponse perdue peut représenter un emploi accepté; ne pas soumettre de nouveau automatiquement. Un courriel de contact valide est requis. Définir un courriel de contact dans Paramètres → Pouvoirs → Accès à la littérature. Ce courriel est envoyé à EMBL-EBI lors de la soumission d'un emploi. Gardez le job_id exact à reprendre après le redémarrage. Ce connecteur n'ajoute pas de registre de travail, de cache de résultat ou de sondage de fond. Annulation, sortie de l'application et désinstaller arrêter les requêtes locales seulement; ce connecteur ne peut pas annuler ou supprimer des tâches distantes. L'expiration du résultat est contrôlée par EMBL-EBI. Les séquences et les courriels de contact sont envoyés à EMBL-EBI; Les entrées et sorties d'outil peuvent être conservées dans la conversation ou la persistance de Notebook. Ne pas soumettre plus de 30 emplois dans un lot et attendre le traitement / résultats avant de soumettre plus; Le throttling croisé n'est pas imposé. L'outil de résultats existant retourne à la plupart des 2 MiB de TSV et rejette les rapports plus importants.

Champ	Type	Besoins et contraintes
sequence	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 4194304
title	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 200

const result = await host.mcp("interproscan", "submit", {"sequence":">query\nMKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDK"})

Pathway Commons

Afficher les opérations et les paramètres

pathway_commons_search

Recherche dans le modèle Pathway Commons BioPAX par mot clé gène/protéine/chemin ou requête Lucene. Les résultats comprennent la classe BioPAX, l'URI, les bases de données sources, les organismes et les métadonnées de cheminement. Utilisez l'URI retourné comme entrée dans les requêtes graphiques ou d'exportation.

Champ	Type	Besoins et contraintes
q	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 512
type	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 64
organism	tableau de chaînes	facultatif; maxItems: 20
datasource	tableau de chaînes	facultatif; maxItems: 20
page	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 10000

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_search", {"q": "TP53", "type": "ProteinReference", "organism": ["9606"]})

pathway_commons_top_pathways

Trouver des voies de premier niveau en Pathway Commons correspondant à un mot-clé ou une requête Lucene, éventuellement limitée à une espèce ou une source telle que Reactome.

Champ	Type	Besoins et contraintes
q	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 512
organism	tableau de chaînes	facultatif; maxItems: 20
datasource	tableau de chaînes	facultatif; maxItems: 20

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_top_pathways", {"q": "insulin", "datasource": ["reactome"], "organism": ["9606"]})

pathway_commons_graph

Exécutez une requête de graphes BioPAX Pathway Commons pour un voisinage de gènes, des chemins entre des ensembles de gènes, des chemins dirigés de sources à cibles, ou un flux commun en amont/en aval. Les résultats du FIS sont normalisés à mesure que les enregistrements d'interaction, les résultats du TXT comprennent les enregistrements de bord et de noeud, et les exportations de GSEA/BioPAX/SBGN restent disponibles sous forme de texte.

Champ	Type	Besoins et contraintes
source	tableau de chaînes	requis; minItems: 1; maxItems: 100
target	tableau de chaînes	facultatif; minItems: 1; maxItems: 100
kind	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "NEIGHBORHOOD"; énième: ["NÉGOCIATION", "PATHSBETWEEN", "PATHSFROMTO", "COMMUNIQUE"C'est pas vrai.
format	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "SIF"; énième: ["BIOPAX", "SIF", "TXT", "GSEA", "SBGN", "JSONLD"C'est pas vrai.
limit	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 10
direction	chaîne de caractères	facultatif; enum: ["UPSTREAM", "DOWNSTREAM", "BOTHSTREAM", "UNDIRECTED"]
limit_type	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "NORMAL"; enum: ["NORMAL", "SHORTEST_PLUS_K"]
pattern	tableau de chaînes	facultatif; maxItems: 14
organism	tableau de chaînes	facultatif; maxItems: 20
datasource	tableau de chaînes	facultatif; maxItems: 20
subpathways	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_graph", {"kind": "NEIGHBORHOOD", "source": ["TP53"], "format": "SIF", "pattern": ["INTERACTS_WITH"]})

pathway_commons_export

Obtenez un sous-modèle BioPAX pour un ou plusieurs ID/URI Pathway Commons et exportez-le sous la forme de BioPAX, GSEA GMT, JSON-LD, SIF, TXT ou SBGN. Utilisez un URI retourné par search/top_pathways pour une exportation de chemin précise.

Champ	Type	Besoins et contraintes
uri	tableau de chaînes	requis; minItems: 1; maxItems: 100
format	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "BIOPAX"; énième: ["BIOPAX", "SIF", "TXT", "GSEA", "SBGN", "JSONLD"C'est pas vrai.
pattern	tableau de chaînes	facultatif; maxItems: 14
subpathways	booléen	facultatif; par défaut : false

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_export", {"uri": ["R-HSA-201451"], "format": "GSEA"})

Alliance Genome Resources

Afficher les opérations et les paramètres

alliance_get_gene

Récupérer un modèle-organisme ou un résumé des gènes humains de l'Alliance des ressources génomiques, y compris les symboles, les espèces, les synopsis, l'emplacement génomique et les références croisées.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 200

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene", {"gene_id": "MGI:97490"})

alliance_search_genes

Rechercher les gènes de l'Alliance dans les bases de données humaines et modèles-organismes par symbole, nom ou identificateur.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 200
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_search_genes", {"query": "pax6", "limit": 10})

alliance_get_gene_orthologs

Récupérer des orthologues transspécifiques pour un gène Alliance, avec des méthodes de rigueur orthologique et de prédiction.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 200
stringency	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "stringent"; enum: ["stringent", "moderate", "all"]
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_orthologs", {"gene_id": "HGNC:8620", "stringency": "stringent"})

alliance_get_gene_disease_models

Récupérer les associations de maladies et les modèles de maladies modèles-organismes impliquant un gène de l'Alliance.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 200
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_disease_models", {"gene_id": "MGI:97490"})

alliance_get_gene_phenotypes

Récupérer les annotations de phénotype pour un gène à travers les organismes modèles de l'Alliance.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 200
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_phenotypes", {"gene_id": "HGNC:6081", "limit": 20})

alliance_get_gene_alleles

Récupérer les allèles et les variantes associés à un gène de l'Alliance, y compris les drapeaux de la maladie et du phénotype.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 200
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_alleles", {"gene_id": "MGI:97490"})

alliance_get_gene_expression

Récupérer les annotations d'expression pour un gène de l'Alliance, y compris le stade de développement, l'emplacement anatomique, le fournisseur et les preuves.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 200
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_expression", {"gene_id": "ZFIN:ZDB-GENE-990415-8"})

alliance_get_disease_genes

Récupérer les gènes associés à un terme de maladie en ontologie dans les données de l'Alliance sur les organismes humains et modèles.

Champ	Type	Besoins et contraintes
disease_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 200
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_disease_genes", {"disease_id": "DOID:162", "limit": 20})

CELLxGENE Discover

Afficher les opérations et les paramètres

list_collections

Liste des collections publiques CELLxGENE Discover; requête optionnelle de sous-chaîne insensible à la casse sur nom, description et DOI. Filtrage et pagination sont côté client sur la réponse complète API, récupérée sur chaque appel; les résultats peuvent changer entre les appels. Enregistrer les identifiants de version pour la reproductibilité.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 500; modèle: "\S"
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 1000000
page_size	entier	facultatif; par défaut : 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_collections", {"query":"liver","page_size":10})

get_collection

Récupérer les dernières métadonnées de la collection publique par le canonique collection_id, avec une page de résumés des ensembles de données. Filtrage et pagination sont côté client sur la réponse complète API, récupérée sur chaque appel; les résultats peuvent changer entre les appels. Enregistrer les identifiants de version pour la reproductibilité.

Champ	Type	Besoins et contraintes
collection_id	chaîne de caractères	requis; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 1000000
page_size	entier	facultatif; par défaut : 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_collection", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6"})

list_datasets

Énumérer les ensembles de données publics. requête correspond au titre, au nom de la collection ou au DOI par sous-chaîne insensible à la casse. organisme, tissu, maladie, dosage et cell_type correspondent à une identification ou une étiquette d'ontologie exacte (insensible au cas d'espèce); les filtres sont ETD. schema_version sélectionne les dernières versions de collection publiées correspondant à un schéma majeur/mineur/patch et peut retourner des ensembles de données historiques. Utiliser dataset_version_id de chaque résultat avec get_dataset_version ou list_dataset_files pour conserver cette publication; les ID canoniques se résolvent dans la version actuelle. Filtrage et pagination sont côté client sur la réponse complète API, récupérée sur chaque appel; les résultats peuvent changer entre les appels. Enregistrer les identifiants de version pour la reproductibilité.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 500; modèle: "\S"
collection_id	chaîne de caractères	facultatif; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
organism	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 500; modèle: "\S"
tissue	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 500; modèle: "\S"
disease	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 500; modèle: "\S"
assay	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 500; modèle: "\S"
cell_type	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 500; modèle: "\S"
schema_version	chaîne de caractères	facultatif; modèle: "^\d+(\.\d+){ 0,2}$"
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 1000000
page_size	entier	facultatif; par défaut : 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_datasets", {"organism":"NCBITaxon:9606","tissue":"liver","page_size":10})

get_dataset

Récupérer toutes les métadonnées publiques actuelles des ensembles de données, les annotations d'ontologie, les citations, les actifs et l'ID de version en utilisant les canoniques collection_id et dataset_id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
collection_id	chaîne de caractères	requis; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
dataset_id	chaîne de caractères	requis; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_dataset", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6","dataset_id":"0bbf93aa-2d3a-420f-95a1-26fe384024cb"})

list_collection_versions

Lister les versions publiées d'une collection canonique, les plus récentes d'abord, en conservant les ID de version et le nombre de séries de données. Filtrage et pagination sont côté client sur la réponse complète API, récupérée sur chaque appel; les résultats peuvent changer entre les appels. Enregistrer les identifiants de version pour la reproductibilité.

Champ	Type	Besoins et contraintes
collection_id	chaîne de caractères	requis; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 1000000
page_size	entier	facultatif; par défaut : 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_collection_versions", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6"})

get_collection_version

Récupérer un collection_version_id spécifique publié et une page de ses versions dataset; ne se résout pas à la dernière collection. Filtrage et pagination sont côté client sur la réponse complète API, récupérée sur chaque appel; les résultats peuvent changer entre les appels. Enregistrer les identifiants de version pour la reproductibilité.

Champ	Type	Besoins et contraintes
collection_version_id	chaîne de caractères	requis; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 1000000
page_size	entier	facultatif; par défaut : 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_collection_version", {"collection_version_id":"46ac9732-ff1c-4f87-86d7-0488d15aecd3"})

list_dataset_versions

Lister les versions publiées d'un dataset_id canonique, les plus récents, avec la version schéma et les dates de publication. Filtrage et pagination sont côté client sur la réponse complète API, récupérée sur chaque appel; les résultats peuvent changer entre les appels. Enregistrer les identifiants de version pour la reproductibilité.

Champ	Type	Besoins et contraintes
dataset_id	chaîne de caractères	requis; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
page	entier	facultatif; par défaut : 1; minimum: 1; maximum: 1000000
page_size	entier	facultatif; par défaut : 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_dataset_versions", {"dataset_id":"0bbf93aa-2d3a-420f-95a1-26fe384024cb"})

get_dataset_version

Récupérer les métadonnées complètes et les actifs de fichiers pour un dataset_version_id spécifique publié. Cet ID est distinct du canonique dataset_id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
dataset_version_id	chaîne de caractères	requis; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_dataset_version", {"dataset_version_id":"8e0fcb64-735c-4fcb-a74b-12a3518683d1"})

list_dataset_files

Retourner un inventaire de téléchargement à partir des données publiques. Fournissez soit dataset_version_id pour une publication fixe, soit collection_id et dataset_id pour la version actuelle. Après list_datasets avec un filtre schema_version, passez le dataset_version_id retourné pour préserver la publication sélectionnée. Rend les actifs H5AD/RDS/ATAC fournis par API lorsqu'ils sont disponibles; pas de téléchargement binaire, de téléchargement de manifeste ou de requête d'expression du recensement.

Fournissez exactement un groupe d'entrée : dataset_version_id / collection_id + dataset_id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
collection_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
dataset_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
dataset_version_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_dataset_files", {"dataset_version_id":"8e0fcb64-735c-4fcb-a74b-12a3518683d1"})

IEDB

Afficher les opérations et les paramètres

search_epitopes

Rechercher les épitopes IEDB avec les filtres épitopes, hôtes, sources d'antigènes, MHC et preuves. Les filtres agrégés peuvent correspondre à différentes expériences dans le même enregistrement; utiliser des recherches d'analyse pour imposer la co-occurrence dans une expérience. Au moins un filtre biologique ou de preuve est nécessaire; limite et offset ne sont pas des filtres. Observations de la base de données, pas prédictions. Garder les résultats négatifs et manquants distincts. L ' élution de ligand par le MHC n ' est pas une mesure de l ' affinité de liaison; interpréter response_measured, méthode et unités ensemble. Les antigènes parent sont des protéines représentatives et peuvent ne pas correspondre exactement à la séquence d'antigène ou d'épitope curés. Utiliser cross_references.parent_uniprot_accessions ou curated_uniprot_accessions avec host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); utiliser cross_references.pdb_ids avec host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Il s'agit de renvois en amont explicites, et non de mappages dérivés de séquences. Chargez chaque compétence de connecteur correspondant avant de l'appeler. Utilisez soit antigen_iri ou uniprot_accession, pas les deux.

Fournissez au moins l'un des produits suivants : epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence.

Champ	Type	Besoins et contraintes
epitope_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
reference_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
antigen_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
uniprot_accession	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle : "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
mhc_allele	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
mhc_class	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
assay_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
pdb_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\S])"
sequence	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 1000; modèle: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_epitopes", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_antigens

Rechercher les antigènes IEDB avec les filtres épitope, hôte, source d'antigène, MHC et preuves. Les filtres agrégés peuvent correspondre à différentes expériences dans le même enregistrement; utiliser des recherches d'analyse pour imposer la co-occurrence dans une expérience. Au moins un filtre biologique ou de preuve est nécessaire; limite et offset ne sont pas des filtres. Observations de la base de données, pas prédictions. Garder les résultats négatifs et manquants distincts. L ' élution de ligand par le MHC n ' est pas une mesure de l ' affinité de liaison; interpréter response_measured, méthode et unités ensemble. Les antigènes parent sont des protéines représentatives et peuvent ne pas correspondre exactement à la séquence d'antigène ou d'épitope curés. Utiliser cross_references.parent_uniprot_accessions ou curated_uniprot_accessions avec host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); utiliser cross_references.pdb_ids avec host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Il s'agit de renvois en amont explicites, et non de mappages dérivés de séquences. Chargez chaque compétence de connecteur correspondant avant de l'appeler. Utilisez soit antigen_iri ou uniprot_accession, pas les deux.

Fournissez au moins l'un des produits suivants : epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / antigen_name.

Champ	Type	Besoins et contraintes
epitope_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
reference_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
antigen_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
uniprot_accession	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle : "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
mhc_allele	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
mhc_class	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
assay_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
pdb_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\S])"
antigen_name	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_antigens", {"uniprot_accession": "P01012", "limit": 20})

search_tcell_assays

Rechercher des expériences de cellules T IEDB avec des filtres hôte, antigène source, MHC et résultats. Comprend les mesures tcell_export, les unités, les inégalités, les méthodes, le dénombrement des sujets et les lieux de publication. Au moins un filtre biologique ou de preuve est nécessaire; limite et offset ne sont pas des filtres. Observations de la base de données, pas prédictions. Garder les résultats négatifs et manquants distincts. L ' élution de ligand par le MHC n ' est pas une mesure de l ' affinité de liaison; interpréter response_measured, méthode et unités ensemble. Les antigènes parent sont des protéines représentatives et peuvent ne pas correspondre exactement à la séquence d'antigène ou d'épitope curés. Utiliser cross_references.parent_uniprot_accessions ou curated_uniprot_accessions avec host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); utiliser cross_references.pdb_ids avec host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Il s'agit de renvois en amont explicites, et non de mappages dérivés de séquences. Chargez chaque compétence de connecteur correspondant avant de l'appeler. Utilisez soit antigen_iri ou uniprot_accession, pas les deux.

Fournir au moins l'un des produits suivants: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / assay_id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
epitope_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
reference_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
antigen_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
uniprot_accession	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle : "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
mhc_allele	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
mhc_class	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
assay_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
pdb_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\S])"
sequence	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 1000; modèle: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
assay_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_tcell_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_bcell_assays

Rechercher des expériences de cellules IEDB B avec des filtres hôte, antigène source, MHC et résultats. Comprend les mesures bcell_export, les unités, les inégalités, les méthodes, le dénombrement des sujets et les lieux de publication. Au moins un filtre biologique ou de preuve est nécessaire; limite et offset ne sont pas des filtres. Observations de la base de données, pas prédictions. Garder les résultats négatifs et manquants distincts. L ' élution de ligand par le MHC n ' est pas une mesure de l ' affinité de liaison; interpréter response_measured, méthode et unités ensemble. Les antigènes parent sont des protéines représentatives et peuvent ne pas correspondre exactement à la séquence d'antigène ou d'épitope curés. Utiliser cross_references.parent_uniprot_accessions ou curated_uniprot_accessions avec host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); utiliser cross_references.pdb_ids avec host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Il s'agit de renvois en amont explicites, et non de mappages dérivés de séquences. Chargez chaque compétence de connecteur correspondant avant de l'appeler. Utilisez soit antigen_iri ou uniprot_accession, pas les deux.

Fournir au moins l'un des produits suivants: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / assay_id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
epitope_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
reference_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
antigen_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
uniprot_accession	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle : "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
mhc_allele	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
mhc_class	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
assay_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
pdb_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\S])"
sequence	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 1000; modèle: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
assay_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_bcell_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_mhc_assays

Recherche IEDB MHC liaison et ligand élution expériences avec hôte, antigène source, MHC et filtres de résultat. Comprend les mesures mhc_export, les unités, les inégalités, les méthodes, le dénombrement des sujets et les lieux de publication. Au moins un filtre biologique ou de preuve est nécessaire; limite et offset ne sont pas des filtres. Observations de la base de données, pas prédictions. Garder les résultats négatifs et manquants distincts. L ' élution de ligand par le MHC n ' est pas une mesure de l ' affinité de liaison; interpréter response_measured, méthode et unités ensemble. Les antigènes parent sont des protéines représentatives et peuvent ne pas correspondre exactement à la séquence d'antigène ou d'épitope curés. Utiliser cross_references.parent_uniprot_accessions ou curated_uniprot_accessions avec host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); utiliser cross_references.pdb_ids avec host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Il s'agit de renvois en amont explicites, et non de mappages dérivés de séquences. Chargez chaque compétence de connecteur correspondant avant de l'appeler. Utilisez soit antigen_iri ou uniprot_accession, pas les deux.

Fournir au moins l'un des produits suivants: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / assay_id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
epitope_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
reference_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
antigen_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
uniprot_accession	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle : "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
mhc_allele	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
mhc_class	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
assay_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
pdb_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\S])"
sequence	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 1000; modèle: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
assay_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_mhc_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_references

Rechercher les références IEDB avec les filtres épitope, hôte, source d'antigène, MHC et preuves. Les filtres agrégés peuvent correspondre à différentes expériences dans le même enregistrement; utiliser des recherches d'analyse pour imposer la co-occurrence dans une expérience. Au moins un filtre biologique ou de preuve est nécessaire; limite et offset ne sont pas des filtres. Observations de la base de données, pas prédictions. Garder les résultats négatifs et manquants distincts. L ' élution de ligand par le MHC n ' est pas une mesure de l ' affinité de liaison; interpréter response_measured, méthode et unités ensemble. Les antigènes parent sont des protéines représentatives et peuvent ne pas correspondre exactement à la séquence d'antigène ou d'épitope curés. Utiliser cross_references.parent_uniprot_accessions ou curated_uniprot_accessions avec host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); utiliser cross_references.pdb_ids avec host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Il s'agit de renvois en amont explicites, et non de mappages dérivés de séquences. Chargez chaque compétence de connecteur correspondant avant de l'appeler. Utilisez soit antigen_iri ou uniprot_accession, pas les deux.

Fournissez au moins l'un des produits suivants : epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / pubmed_id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
epitope_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
reference_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
antigen_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
uniprot_accession	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle : "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
mhc_allele	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
mhc_class	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
assay_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
pdb_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\S])"
pubmed_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 12; modèle: "^[1-9][0-9]*(?![\s\S])"
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_references", {"reference_id": 1023094, "limit": 20})

search_tcrs

Rechercher les groupes de récepteurs IEDB TCR par épitope, récepteur CDR3, hôte, antigène, MHC et la littérature. Le filtre de séquence correspond à l'épitope linear_sequences; Les séquences chain1_cdr3 et chain2_cdr3 correspondent aux séquences CDR3. Comprend les enregistrements tcr_export avec des chaînes, des annotations de gènes curés/calculés et des essais et références liés. Les filtres sélectionnent les groupes de récepteurs; Les documents d'exportation intégrés ne sont pas filtrés individuellement par ces critères. Les filtres d'hôte et de résultat agrégés peuvent correspondre à différentes expériences dans le même groupe. Les exportations de récepteurs ne contiennent pas de champs de résultats d'accueil ou qualitatifs. Pour la co-occurrence au niveau expérimental, suivez le assay__iedb_ids et la requête search_tcell_assays, search_bcell_assays ou search_mhc_assays avec les filtres assay_id et expérimentaux correspondants. Au moins un filtre biologique ou de preuve est nécessaire; limite et offset ne sont pas des filtres. Observations de la base de données, pas prédictions. Garder les résultats négatifs et manquants distincts. L ' élution de ligand par le MHC n ' est pas une mesure de l ' affinité de liaison; interpréter response_measured, méthode et unités ensemble. Les antigènes parent sont des protéines représentatives et peuvent ne pas correspondre exactement à la séquence d'antigène ou d'épitope curés. Utiliser cross_references.parent_uniprot_accessions ou curated_uniprot_accessions avec host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); utiliser cross_references.pdb_ids avec host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Il s'agit de renvois en amont explicites, et non de mappages dérivés de séquences. Chargez chaque compétence de connecteur correspondant avant de l'appeler.

Fournir au moins l'un des produits suivants : epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / receptor_group_id / chain1_cdr3 / chain2_cdr3.

Champ	Type	Besoins et contraintes
epitope_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
reference_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
antigen_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
uniprot_accession	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle : "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
mhc_allele	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
mhc_class	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
assay_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
pdb_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\S])"
sequence	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 1000; modèle: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
receptor_group_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
chain1_cdr3	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 1000; modèle: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
chain2_cdr3	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 1000; modèle: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_tcrs", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_bcrs

Rechercher les groupes de récepteurs IEDB BCR par épitope, récepteur CDR3, hôte, antigène, MHC et la littérature. Le filtre de séquence correspond à l'épitope linear_sequences; Les séquences chain1_cdr3 et chain2_cdr3 correspondent aux séquences CDR3. Comprend les enregistrements bcr_export avec des chaînes, des annotations de gènes curés/calculés et des essais et références liés. Les filtres sélectionnent les groupes de récepteurs; Les documents d'exportation intégrés ne sont pas filtrés individuellement par ces critères. Les filtres d'hôte et de résultat agrégés peuvent correspondre à différentes expériences dans le même groupe. Les exportations de récepteurs ne contiennent pas de champs de résultats d'accueil ou qualitatifs. Pour la co-occurrence au niveau expérimental, suivez le assay__iedb_ids et la requête search_tcell_assays, search_bcell_assays ou search_mhc_assays avec les filtres assay_id et expérimentaux correspondants. Au moins un filtre biologique ou de preuve est nécessaire; limite et offset ne sont pas des filtres. Observations de la base de données, pas prédictions. Garder les résultats négatifs et manquants distincts. L ' élution de ligand par le MHC n ' est pas une mesure de l ' affinité de liaison; interpréter response_measured, méthode et unités ensemble. Les antigènes parent sont des protéines représentatives et peuvent ne pas correspondre exactement à la séquence d'antigène ou d'épitope curés. Utiliser cross_references.parent_uniprot_accessions ou curated_uniprot_accessions avec host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); utiliser cross_references.pdb_ids avec host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Il s'agit de renvois en amont explicites, et non de mappages dérivés de séquences. Chargez chaque compétence de connecteur correspondant avant de l'appeler.

Fournir au moins l'un des produits suivants : epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / receptor_group_id / chain1_cdr3 / chain2_cdr3.

Champ	Type	Besoins et contraintes
epitope_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
reference_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
host_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
source_taxonomy_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
antigen_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
uniprot_accession	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle : "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
mhc_allele	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
mhc_class	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur min: 1; Longueur max: 300; modèle: "\S"
assay_iri	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_][A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
pdb_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; modèle: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\s\S])"
sequence	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 1000; modèle: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
receptor_group_id	entier	sous réserve des conditions ci-dessus; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
chain1_cdr3	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 1000; modèle: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
chain2_cdr3	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 1000; modèle: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_bcrs", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

Monarch Initiative

Afficher les opérations et les paramètres

monarch_get_disease_phenotypes

Récupérer les données probantes d'associations entre la maladie et le phénotype à l'aide de CURIES canoniques monarques, avec les sources de relation/catégorie, les sources primaires et agrégées, les publications, les codes de preuve, la négation, la fréquence, l'apparition et le contexte de la maladie lorsqu'elles sont fournies. Les identifiants de base de données source et les alias ne sont pas automatiquement convertis en identifiants canoniques Monarch et peuvent ne pas renvoyer de correspondances. Un total zéro signifie qu'il n'y a pas de correspondance entre l'identificateur et les filtres fournis et non pas l'absence de preuves phénotypiques. L'identification directe correspond à la valeur par défaut; direct ne signifie pas expérimentalement prouvé. Inspecter knowledge_level et agent_type pour les associations inférées. Les preuves manquantes ne sont pas des preuves négatives. Utilisez Genes & Ontologies pour la recherche de termes OLS et Alliance pour les enregistrements d'organismes modèles.

Champ	Type	Besoins et contraintes
disease_id	chaîne de caractères	requis; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]*:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-]*(?![\s\S])"
phenotype_id	chaîne de caractères	facultatif; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]*:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-]*(?![\s\S])"
primary_knowledge_source	chaîne de caractères	facultatif; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]*:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-]*(?![\s\S])"
direct	booléen	facultatif; par défaut : true
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("monarch", "monarch_get_disease_phenotypes", {"disease_id": "MONDO:0007947", "limit": 20})

monarch_get_gene_phenotypes

Récupérer les preuves d'association gènes-phénotypes en utilisant les CURIES canoniques monarques, avec relation/catégorie, sources primaires et agrégées, publications, codes de preuves, négation, fréquence, apparition et contexte de maladie lorsqu'elles sont fournies. Les identifiants de base de données source et les alias ne sont pas automatiquement convertis en identifiants canoniques Monarch et peuvent ne pas renvoyer de correspondances. Un total zéro signifie qu'il n'y a pas de correspondance entre l'identificateur et les filtres fournis et non pas l'absence de preuves phénotypiques. L'identification directe correspond à la valeur par défaut; direct ne signifie pas expérimentalement prouvé. Inspecter knowledge_level et agent_type pour les associations inférées. Les preuves manquantes ne sont pas des preuves négatives. Utilisez Genes & Ontologies pour la recherche de termes OLS et Alliance pour les enregistrements d'organismes modèles.

Champ	Type	Besoins et contraintes
gene_id	chaîne de caractères	requis; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]*:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-]*(?![\s\S])"
phenotype_id	chaîne de caractères	facultatif; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]*:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-]*(?![\s\S])"
primary_knowledge_source	chaîne de caractères	facultatif; Longueur max: 200; modèle: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]*:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-]*(?![\s\S])"
direct	booléen	facultatif; par défaut : true
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("monarch", "monarch_get_gene_phenotypes", {"gene_id": "HGNC:3603", "limit": 20})

Cellosaurus

Afficher les opérations et les paramètres

search_cell_lines

Rechercher les noms et synonymes recommandés par Cellosaurus en utilisant une phrase littérale (pas la syntaxe Solr brute). Retourne les candidats, pas une correspondance d'identité sans ambiguïté. Utilisez get_cell_line avec l'adhésion de CVCL sélectionnée pour l'origine, les maladies et les cartes externes.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 200; modèle: "\S"
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("cellosaurus", "search_cell_lines", {"query": "HeLa", "limit": 20})

get_cell_line

Résoudre une adhésion à la CLCV Cellosaurus ou un identifiant RID:CVCL. Récupérer l'identité, l'espèce, l'origine tissulaire/cellulaire, établir le laboratoire, la maladie/âge/sexe du donneur, les lignées cellulaires parentales, les dossiers de contamination/d'identification erronée et de mise en garde curés, les enregistrements de l'ICLAC et les cartes de bases de données externes. Les annotations manquantes n'établissent pas la qualité de l'échantillon.

Champ	Type	Besoins et contraintes
accession	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 9; Longueur max: 40; modèle: "^\s*(?:[Rr][Rr][Ii][Dd]:)?[Cc][Vv][Cc][Ll]_[A-Za-z0-9]{ 4}\s*$"

const result = await host.mcp("cellosaurus", "get_cell_line", {"accession": "RRID:CVCL_1906"})

get_cell_line_rdf

Récupérer RDF pour une adhésion de Cellosaurus du service officiel de référence. Le texte RDF retourné reste dans le résultat de la requête; il n'y a pas de magasin de fichiers appartenant au connecteur ou de téléchargement d'ontologie.

Field	Type	Requirement and constraints
accession	string	required; pattern: "^CVCL_[A-Z0-9]{4}$"
format	string	optional; default: "ttl"; enum: ["ttl", "rdf", "jsonld"]

const result = await host.mcp("cellosaurus", "get_cell_line_rdf", {"accession": "CVCL_0030", "format": "ttl"})

query_knowledge_graph

Lancez un Cellosaurus SPARQL SELECT limité contre le graphique officiel local. Seules les requêtes PREFIX/SELECT sans SERVICE, FROM ou updates sont prises en charge ; la requête fournie est imbriquée et limitée, jamais élargie sur zéro résultat.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 12000
max_rows	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellosaurus", "query_knowledge_graph", {"query": "SELECT ?s WHERE { ?s a <http://www.w3.org/2002/07/owl#Class> }", "max_rows": 2})

search_str_similarity

Comparer un profil STR de ligne cellulaire fourni explicitement avec le service officiel CLASTR. Des allèles de marquage sont envoyés en amont. La similitude dépend des loci et des options de notation; elle ne certifie pas l'identité de l'échantillon ou l'absence de contamination.

Field	Type	Requirement and constraints
markers	object	required
species	string	optional; default: "human"; enum: ["human", "mouse", "dog"]
algorithm	integer	optional; default: 1; enum: [1, 2, 3]
scoring_mode	integer	optional; default: 1; enum: [1, 2, 3]
score_filter	integer	optional; default: 70; minimum: 0; maximum: 100
min_markers	integer	optional; default: 8; minimum: 1; maximum: 50
max_results	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellosaurus", "search_str_similarity", {"markers": {"D5S818": "12,13"}, "min_markers": 1, "max_results": 2})

list_cellosaurus_files

Découvrez les liens officiels des fichiers de données Cellosaurus. Aucun ontologie, fichier ou jeu de données n'est téléchargé ou maintenu automatiquement.

Pas de champs d'entrée; passez un objet vide.

const result = await host.mcp("cellosaurus", "list_cellosaurus_files", {})

PDC

Afficher les opérations et les paramètres

pdc_search_studies

Rechercher les identifiants d'étude PDC et les noms de versions dans le catalogue public d'étude. La correspondance par mots clés est une correspondance locale insensible aux cas, et non un filtrage par maladie/clinique. Sans mot-clé, consultez le catalogue. Toutes les versions sont conservées.

Champ	Type	Besoins et contraintes
query	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 200; modèle: "\S"
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_search_studies", {"query":"CCRCC", "limit":5})

pdc_get_study

Récupérer les métadonnées de l'étude PDC, le type d'essai, le nombre de cas/aliquotes, les catégories de fichiers et les versions disponibles. pdc_study_id sélectionne la dernière version; study_id est l'UUID d'une version spécifique. Utilisez un study_id retourné pour épingler les appels suivants. Les ID de référence externes appartiennent à la ressource nommée; ne supposez pas que les UUID PDC et GDC sont interchangeables.

Fournissez exactement un de pdc_study_id / study_id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pdc_study_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 9; modèle: "^PDC[0-9]{ 6}$"
study_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 36; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_get_study", {"pdc_study_id":"PDC000127"})

pdc_list_biospecimens

Carte PDC étudier les aliquotes d'échantillons et de cas, en préservant les ID des auteurs, les drapeaux de pool et les références externes pour la recherche multi-omique CPTAC. Chaque rangée est une association aliquot, pas un patient unique. Utiliser pagination_mode: en amont pour traverser au-delà du plafond en amont de l'association 1000 du mode local; en amont des cas de compensation et de comptage des limites. pdc_study_id sélectionne la dernière version; study_id est l'UUID d'une version spécifique. Utilisez un study_id retourné pour épingler les appels suivants. Les ID de référence externes appartiennent à la ressource nommée; ne supposez pas que les UUID PDC et GDC sont interchangeables.

Fournissez exactement un de pdc_study_id / study_id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pdc_study_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 9; modèle: "^PDC[0-9]{ 6}$"
study_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 36; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
pagination_mode	chaîne de caractères	facultatif; par défaut: "local"; enum: ["local", "upstream"]

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_biospecimens", {"pdc_study_id":"PDC000127", "pagination_mode":"upstream", "limit":5})

pdc_list_files

Découvrez les dossiers d'étude PDC, y compris les rapports quantitatifs (data_category: Protein Assembly) et les suppléments de publication. Les filtres sont transmis au API officiel. Retourne les métadonnées et les chemins de stockage, pas le contenu des fichiers ni les URLs de téléchargement. pdc_study_id sélectionne la dernière version; study_id est l'UUID d'une version spécifique. Utilisez un study_id retourné pour épingler les appels suivants. Les ID de référence externes appartiennent à la ressource nommée; ne supposez pas que les UUID PDC et GDC sont interchangeables.

Fournissez exactement un de pdc_study_id / study_id.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pdc_study_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 9; modèle: "^PDC[0-9]{ 6}$"
study_id	chaîne de caractères	sous réserve des conditions ci-dessus; Longueur max: 36; modèle: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
offset	entier	facultatif; par défaut : 0; minimum: 0; maximum: 1000000
limit	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 100
data_category	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 200; modèle: "\S"
file_type	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 200; modèle: "\S"
file_format	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 200; modèle: "\S"
file_name	chaîne de caractères	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 500; modèle: "\S"

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_files", {"pdc_study_id":"PDC000127", "data_category":"Protein Assembly", "limit":10})

pdc_list_clinical

Récupère les données démographiques et diagnostiques publiques des cas PDC, les identifiants d’échantillons disponibles et les références externes nommées pour les liens vers GDC. Conserve les types, valeurs null et indicateurs de masquage de la source. pdc_study_id sélectionne la dernière version ; study_id est l’UUID d’une version précise. Réutilisez le study_id renvoyé pour fixer la version des appels suivants. Les identifiants externes appartiennent à la ressource nommée : les UUID PDC et GDC ne sont pas interchangeables.

Champ	Type	Besoins et contraintes
pdc_study_id	string	provide exactly one of these two identifiers; maxLength: 9
study_id	string	provide exactly one of these two identifiers; maxLength: 36
offset	integer	optional; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_clinical", {"pdc_study_id": "PDC000127", "limit": 10})

ENCORI

Afficher les opérations et les paramètres

query_mirna_targets

Interroger les preuves officielles de miRNA. Utiliser Mirna=all pour l'ARNi sans restriction; préserver cell_type exactement. programme est une liste de virgules séparées de PITA, RNA22, miRmap, DIANA-microT, miRanda, PicTar ou TargetScan, jamais tous.

Champ	Type	Besoins et contraintes
assembly	chaîne de caractères	requis; enum: ["hg38", "mm10"]
gene_type	chaîne de caractères	requis; enum: ["mRNA", "lcRNA", "pseudogene", "cercRNA", "sncRNA"]
mirna	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
clip_exp_num	entier	requis; minimum: 0; maximum: 999
degra_exp_num	entier	requis; minimum: 0; maximum: 999
pancancer_num	entier	requis; minimum: 0; maximum: 32
program_num	entier	requis; minimum: 1; maximum: 7
program	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
target	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
cell_type	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
max_records	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 200
output_dir	['string', 'null']	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_mirna_targets", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","mirna":"all","clip_exp_num":1,"degra_exp_num":0,"pancancer_num":0,"program_num":1,"program":"TargetScan","target":"PDCD4","cell_type":"HeLa","max_records":2})

query_rna_rna_interactions

Interactions officielles de l'ARN-ARN. Utiliser cell_type=all uniquement lorsque sans restriction; ne remplacez pas une autre base de données.

Champ	Type	Besoins et contraintes
assembly	chaîne de caractères	requis; enum: ["hg38", "mm10"]
gene_type	chaîne de caractères	requis; enum: ["mRNA", "lcRNA", "pseudogene", "sncRNA", "miRNA"]
rna	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
inter_num	entier	requis; minimum: 1; maximum: 999
exp_num	entier	requis; minimum: 1; maximum: 999
cell_type	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
max_records	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 200
output_dir	['string', 'null']	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rna_rna_interactions", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","rna":"TP53","inter_num":1,"exp_num":1,"cell_type":"all","max_records":2})

query_rbp_targets

Interroger les preuves officielles du RBP. Utiliser rbp=all pour tous les RBP; préserver cell_type et distinguer les lignes zéro de l'échec de la requête.

Champ	Type	Besoins et contraintes
assembly	chaîne de caractères	requis; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
gene_type	chaîne de caractères	requis; enum: ["mRNA", "lcRNA", "pseudogene", "cercRNA", "sncRNA"]
rbp	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
clip_exp_num	entier	requis; minimum: 1; maximum: 999
pancancer_num	entier	requis; minimum: 0; maximum: 32
target	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
cell_type	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
max_records	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 200
output_dir	['string', 'null']	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rbp_targets", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","rbp":"all","clip_exp_num":1,"pancancer_num":0,"target":"TP53","cell_type":"HeLa","max_records":2})

query_cerna_network

Interroger les réseaux officiels de l'ARNc. Utilisez la famille=tout quand elle est libre. Préserver les valeurs officielles P et FDR; jamais déduire les noms de famille manquants des comptes.

Champ	Type	Besoins et contraintes
assembly	chaîne de caractères	requis; enum: ["hg38", "mm10"]
gene_type	chaîne de caractères	requis; enum: ["mRNA", "lcRNA", "pseudogene"]
cerna	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
mirna_num	entier	requis; minimum: 1; maximum: 999
family	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
pval	nombre	requis; minimum: 0; maximum: 0.01
fdr	nombre	requis; minimum: 0; maximum: 0.01
pancancer_num	entier	requis; minimum: 0; maximum: 32
max_records	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 200
output_dir	['string', 'null']	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_cerna_network", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","cerna":"MYC","mirna_num":1,"family":"all","pval":0.01,"fdr":0.01,"pancancer_num":0,"max_records":2})

query_rbp_disease

Interroger les preuves officielles de la maladie. Préserver les tissus, les maladies et les filtres cibles sans élargir les requêtes sans résultat.

Champ	Type	Besoins et contraintes
assembly	chaîne de caractères	requis; enum: ["hg38"]
rbp	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
tissue	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
disease	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
target	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 256; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
max_records	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 200
output_dir	['string', 'null']	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rbp_disease", {"assembly":"hg38","rbp":"all","tissue":"breast","disease":"carcinoma","target":"MYC","max_records":2})

scan_rbp_motifs

Recherchez les classements officiels des motifs RBP. Préservez l'ordre et les scores. QueryMotif et IdentifiedMotif sont des champs indépendants; aucun complément inverse n'est effectué ou inféré.

Champ	Type	Besoins et contraintes
assembly	chaîne de caractères	requis; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
length	chaîne de caractères	requis; enum: ["short", "long"]
motif	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 64; modèle: "^[ACGTUNRYKMSWBDHVacgtunrykmswbdhv]+$"
rank_limit	entier	requis; minimum: 1; maximum: 100
max_records	entier	facultatif; par défaut : 20; minimum: 1; maximum: 200
output_dir	['string', 'null']	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 4096

const result = await host.mcp("encori", "scan_rbp_motifs", {"assembly":"hg38","length":"short","motif":"UGCAUG","rank_limit":10,"max_records":2})

get_binding_sites

Récupérer les sites officiels de liaison BED par dataset_id. Enlever uniquement les préfixes SQL connus des enregistrements parsés; conserver les octets bruts exacts.

Champ	Type	Besoins et contraintes
assembly	chaîne de caractères	requis; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
dataset_id	chaîne de caractères	requis; Longueur min: 1; Longueur max: 64; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
max_records	entier	facultatif; par défaut : 100; minimum: 1; maximum: 1000
output_dir	['string', 'null']	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 4096

const result = await host.mcp("encori", "get_binding_sites", {"assembly":"hg38","dataset_id":"SBDH2131","max_records":2})

get_reference_tables

Énumérez les noms exacts des tables de la référence officielle en ligne ZIP, ou lisez un table_name exact tel que reference_data/degradome_ref.txt. Fetches le ZIP à nouveau sur chaque appel.

Champ	Type	Besoins et contraintes
table_name	['string', 'null']	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 512; modèle: "^[^\r\n\u0000][^\s\\u0000][^\r\n\u0000]$"
max_records	entier	facultatif; par défaut : 50; minimum: 1; maximum: 500
output_dir	['string', 'null']	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 4096

const result = await host.mcp("encori", "get_reference_tables", {"table_name":"reference_data/degradome_ref.txt","max_records":2})

list_bulk_datasets

Énumérez les noms de fichiers de données en vrac officiels documentés 24. Par défaut HEAD sonde la disponibilité et les tailles d'octets, sans télécharger les données. La disponibilité et la taille non vérifiées sont nulles.

Champ	Type	Besoins et contraintes
assembly	['string', 'null']	facultatif; enum: ["hg38", "mm10", null]
data_type	['string', 'null']	facultatif; énième: ["mRNA_mRNA", "L'ARNM_lncRNA", "miRNA_pseudogene", "MIRNA_sncRNA", "ARN_circRNA", "ARN_ARN", "RBP_mRNA", "RBP_lncRNA", "RBP_pseudogene", "RBP_sncRNA", "RBP_circuitARN", "RBP_caRNA", null]
check_availability	booléen	facultatif; par défaut : true

const result = await host.mcp("encori", "list_bulk_datasets", {"assembly":"hg38","data_type":"miRNA_mRNA"})

download_bulk_dataset

Seulement lorsque l'utilisateur demande un téléchargement, stream un fichier en vrac officiel vers destination_dir sur l'ordinateur qui exécute l'appelant. Ne jamais écraser un fichier existant. Les fichiers .part interrompus reprennent sur le même nom de fichier/répertoire seulement après l'identité et la validation de la plage HTTP. Valider la taille et l'intégrité du gzip avant publication.

Champ	Type	Besoins et contraintes
filename	chaîne de caractères	requis; énième: ["Les résultats de l'analyse sont présentés dans le tableau ci-dessous.", "Le nombre de personnes qui ont participé à l'enquête a augmenté de 2 % par rapport à l'année précédente.", "hg38.miRNA_pseudogene.tar.gz", "ARN_sncRNA.tar.gz", "Les données relatives à l'utilisation de l'énergie nucléaire dans le cadre de l'évaluation de l'utilisation de l'énergie nucléaire dans le cadre de l'évaluation de l'utilisation de l'énergie nucléaire et de l'utilisation de l'énergie nucléaire dans le cadre de l'évaluation de l'énergie nucléaire sont présentées dans le tableau ci-dessous.", "ARN_ARN.tar.gz", "hg38.RBP_mRNA.tar.gz", "Le présent règlement entre en vigueur le vingtième jour suivant celui de sa publication au Journal officiel de l'Union européenne.", "hg38.RBP_pseudogene.tar.gz", "hg38.RBP_sncRNA.tar.gz", "hg38.RBP_circRNA.tar.gz", "hg38.RBP_caRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_mRNA.tar.gz", "Les résultats de l'analyse sont présentés dans le tableau ci-dessous.", "mm10.miRNA_pseudogene.tar.gz", "mm10.miRNA_sncRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_circRNA.tar.gz", "ARN_ARN.tar.gz", "mm10.RBP_mRNA.tar.gz", "ARN_lncRNA.tar.gz", "mm10.RBP_pseudogene.tar.gz", "mm10.RBP_sncRNA.tar.gz", "mm10.RBP_circRNA.tar.gz", "mm10.RBP_caRNA.tar.gz"C'est pas vrai.
destination_dir	['string', 'null']	facultatif; Longueur min: 1; Longueur max: 4096

const result = await host.mcp("encori", "download_bulk_dataset", {"filename":"hg38.miRNA_sncRNA.tar.gz","destination_dir":"/absolute/path/to/output"})

Orphadata

get_disease_genes

Récupérer les associations de gènes Orphadata pour maladies rares par ORPHAcode, y compris le type/status d'association, les sources de validation et les cartes de bases de données de gènes.

Champ	Type	Besoins et contraintes
orphacode	integer	requis; minimum: 1; maximum: 2147483647

const result = await host.mcp("orphadata", "get_disease_genes", {"orphacode": 166024})

get_disease_phenotypes

Récupérer les phénotypes et les catégories de fréquence des maladies rares d'Orphadata par ORPHAcode. Conserve les critères de diagnostic et les métadonnées de validation; les catégories de fréquence ne sont pas des probabilités propres au patient.

Champ	Type	Besoins et contraintes
orphacode	integer	requis; minimum: 1; maximum: 2147483647

const result = await host.mcp("orphadata", "get_disease_phenotypes", {"orphacode": 58})

TCIA

Afficher les opérations et paramètres

search_collections

Rechercher les collections publiques de l'IAC par mot-clé, une page à la fois. Comprend le cancer, les modalités, les DOI et les exigences de téléchargement. Le gestionnaire de la collecte et la NBIA ont une couverture différente. Les liens de téléchargement peuvent être des manifestes Data Retriever, et non des images. Ne télécharge pas DICOM ou n'accède pas aux données restreintes.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
page	integer	optional; minimum: 1; maximum: 1000
page_size	integer	optional; minimum: 1; maximum: 20

const result = await host.mcp("tcia", "search_collections", {"query": "LIDC-IDRI", "page_size": 5})

get_collection

Trouvez une collection TCIA par titre court exact retourné par search collections. Recherche jusqu'à 20 candidats et vérification de l'identité : le filtre en amont include=id n'est pas fiable. Un résultat nul avec lookup complete=false signifie affiner la recherche, pas l'absence. Retourne les exigences de licence et de téléchargement; ne télécharge pas les fichiers.

Field	Type	Requirement and constraints
short_title	string	required; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("tcia", "get_collection", {"short_title": "4D-Lung"})

get_series

Récupérer des métadonnées publiques NBIA pour une série DICOM exacteInstanceUID: collection, sujet/identité d'étude, modalité, nombre d'images, taille d'octets et licence. Utiliser un UID existant de TCIA; pas de dénombrement ou de téléchargement d'images. Ce critère d'évaluation ne couvre pas toutes les collectes de l'IAC.

Field	Type	Requirement and constraints
series_uid	string	required; maxLength: 64; pattern: "^[0-9]+(?:\.[0-9]+)+$"

const result = await host.mcp("tcia", "get_series", {"series_uid": "1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6834.5010.189721824525842725510380467695"})

KEGG

Afficher les opérations et paramètres

search_entries

Rechercher les noms de la voie KEGG, KO, composé ou réaction. Retourne une liste captée, et non pas une pagination côté serveur; rétrécit la requête lorsque tronquée. L'API KEGG publique est réservée à l'usage académique admissible; l'utilisation non universitaire et la prestation de services nécessitent une licence appropriée. Permettre ce connecteur n'accorde pas de licence.

Field	Type	Requirement and constraints
database	string	required; enum: ["pathway", "ko", "compound", "reaction"]
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
limit	integer	optional; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("kegg", "search_entries", {"database": "pathway", "query": "glycolysis"})

get_entry

Lire une voie KEGG, KO, composé ou résumé de la réaction. Retourne les champs flatfile sélectionnés avec troncation explicite; exclut les images GENES, séquences et chemins en vrac. HTTP 404 n'est pas un enregistrement vide. L'API KEGG publique est réservée à l'usage académique admissible; l'utilisation non universitaire et la prestation de services nécessitent une licence appropriée. Permettre ce connecteur n'accorde pas de licence.

Field	Type	Requirement and constraints
id	string	required; pattern: "^(?:[KCR][0-9]{5}|(?:map|[a-z]{3,4})[0-9]{5})$"

const result = await host.mcp("kegg", "get_entry", {"id": "hsa00010"})

map_gene

Carter un gène KEGG qualifié d'organisme sur les voies ou les accessions UniProt. Préserve des allumettes de un à plusieurs; aucun choix automatique d'une protéine canonique. Les résultats sont plafonnés sans pagination côté serveur. L'API KEGG publique est réservée à l'usage académique admissible; l'utilisation non universitaire et la prestation de services nécessitent une licence appropriée. Permettre ce connecteur n'accorde pas de licence.

Field	Type	Requirement and constraints
gene	string	required; maxLength: 80; pattern: "^[a-z][a-z0-9]{1,4}:[A-Za-z0-9_.-]+$"
target	string	required; enum: ["pathway", "uniprot"]
limit	integer	optional; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("kegg", "map_gene", {"gene": "hsa:7157", "target": "uniprot"})

RxNorm / RxNav

Afficher les opérations et paramètres

resolve_name

Résoudre un nom de médicament à RxNorm RxCUI actifs. La correspondance exacte est la valeur par défaut; la correspondance normalisée peut ignorer les sels et l'ordre des mots. Conserve toutes les correspondances ambiguës et n'établit pas d'équivalence clinique.

Field	Type	Requirement and constraints
name	string	required; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
search	integer	optional; enum: [0, 1, 2]

const result = await host.mcp("rxnorm", "resolve_name", {"name": "aspirin"})

get_concept

Récupérer les propriétés du concept RxNorm actif par RxCUI : nom, synonyme, type de terme, langue et drapeau de suppression. Un enregistrement absent n'est pas la preuve qu'un identifiant n'a jamais existé.

Field	Type	Requirement and constraints
rxcui	string	required; pattern: "^[0-9]{1,12}$"

const result = await host.mcp("rxnorm", "get_concept", {"rxcui": "1191"})

DailyMed

Afficher les opérations et paramètres

search_labels

Recherche d'identités, de titres, de versions et de dates de publication de l'étiquette DailyMed SPL par nom de médicament, éventuellement limité à un RxCUI. Récupérer une page de métadonnées; la présence de l'étiquette n'établit pas l'approbation de la FDA.

Field	Type	Requirement and constraints
drug_name	string	required; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
rxcui	string	optional; pattern: "^[0-9]{1,12}$"
page	integer	optional; default: 1; minimum: 1; maximum: 100000
page_size	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("dailymed", "search_labels", {"drug_name": "aspirin", "page_size": 5})

get_label_history

Récupérer une page de l'historique de la version de DailyMed SPL pour un ID SET exact, en conservant l'identité de l'étiquette, le titre et les dates de publication. Ne télécharge pas le contenu historique de l'étiquette.

Field	Type	Requirement and constraints
setid	string	required; pattern: "^[a-fA-F0-9]{8}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{12}$"
page	integer	optional; default: 1; minimum: 1; maximum: 100000
page_size	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("dailymed", "get_label_history", {"setid": "9aa7140c-012c-4ea6-866d-4732e915dab6"})

BioSamples

Afficher les opérations et paramètres

search_samples

Recherche publique EMBL-EBI BioSamples métadonnées, une page de curseur à la fois. Conserve les caractéristiques, les termes en ontologie, les références externes et les dates de diffusion/mise à jour. Utilisez le next cursor retourné avec requête inchangée et page size; pas de traversée automatique.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
page_size	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
cursor	string	optional; minLength: 1; maxLength: 2048; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("biosamples", "search_samples", {"query": "leukaemia", "page_size": 5})

get_sample

Récupérer un enregistrement public BioSamples par adhésion, avec des curations appliquées par défaut, des caractéristiques, des termes d'ontologie, des relations, des références externes et des dates de provenance. Les ressources et les fichiers liés ne sont pas récupérés.

Field	Type	Requirement and constraints
accession	string	required; pattern: "^SAM[END][A-Z]?[0-9]{1,15}$"

const result = await host.mcp("biosamples", "get_sample", {"accession": "SAMD00023550"})

WikiPathways

Afficher les opérations et paramètres

search_pathways

Trouvez WikiPathways par nom insensible à la casse ou sous-chaîne d'identificateur WP, éventuellement limité à un nom d'espèce scientifique exact. Filtre la liste officielle actuellePathways JSON snapshot localement; ce n'est pas une recherche en texte intégral ou en gènes.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
species	string	optional; minLength: 1; maxLength: 100; pattern: "\S"
offset	integer	optional; default: 0; minimum: 0; maximum: 100000
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("wikipathways", "search_pathways", {"query": "glycolysis", "species": "Homo sapiens"})

get_pathway

Récupérer un enregistrement de métadonnées WikiPathways par identifiant WP à partir de l'instantané actuel getPathwayInfo JSON. Préserve les espèces, la révision, les auteurs, la description de la source et les citations. Ne récupère pas les graphiques de voie, les cartes génétiques ou les révisions historiques.

Field	Type	Requirement and constraints
id	string	required; pattern: "^WP[0-9]{1,10}$"

const result = await host.mcp("wikipathways", "get_pathway", {"id": "WP534"})

Europe PMC

Afficher les opérations et paramètres

search_europepmc

Rechercher en Europe PMC directement en utilisant la syntaxe booléenne, champ et date. Retourne les enregistrements de base, y compris les résumés disponibles réels et un curseur de pagination explicite. Public : aucune clé de l'INNE ou courriel de contact n'est requis pour cette méthode. Une URL en texte intégral n'est pas récupérée; suivez les identifiants PMC à l'aide des outils en texte intégral existants.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 12000
page_size	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
cursor	string	optional; default: "*"; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("europepmc", "search_europepmc", {"query": "TP53 AND liver fibrosis", "page_size": 5})

Research Datasets

Afficher les opérations et paramètres

get_dataset_access

Lisez les exigences d'accès et les points d'entrée officiels pour NHANES, CHARLS, CHNS, SEER, MIMIC, eICU, FAERS ou GBD. Ce n'est pas une vérification de compte, une approbation ou une requête de la base de données source. Revérifier les conditions officielles actuelles avant l'acquisition.

Field	Type	Requirement and constraints
dataset	string	required; enum: ["nhanes", "charls", "chns", "seer", "mimic", "eicu", "faers", "gbd"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "get_dataset_access", {"dataset": "seer"})

list_nhanes_files

Découvrez les fichiers officiels publics NHANES XPT pour un cycle/composante d'enquête. Retourne les liens de documentation sans télécharger de fichiers. Rejete une page modifiée/défi plutôt que de la traiter comme un ensemble de données vide.

Field	Type	Requirement and constraints
cycle_begin_year	integer	required; minimum: 1999; maximum: 2100
component	string	optional; default: "Demographics"; enum: ["Demographics", "Dietary", "Examination", "Laboratory", "Questionnaire"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "list_nhanes_files", {"cycle_begin_year": 2017, "component": "Demographics"})

list_physionet_demo_files

Lister les fichiers dans la démo publique officielle MIMIC-IV 2.2 ou eICU 2.0. Supporte uniquement les emplacements de démo fixes ; cela ne sonne jamais les projets reconnus, accepte les URL arbitraires ou envoie les identifiants de compte.

Field	Type	Requirement and constraints
dataset	string	required; enum: ["mimic", "eicu"]
directory	string	optional; default: "root"; enum: ["root", "hosp", "icu"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "list_physionet_demo_files", {"dataset": "mimic", "directory": "hosp"})

ChEA3

Afficher les opérations et paramètres

rank_transcription_factors

Soumettre une liste publique des gènes-symboles à l'API officielle d'enrichissement ChEA3. Renvoie chaque classement de bibliothèque séparément; les classements et les scores sont des preuves d'hypothèses, et non une validation causale. La demande est soumise une fois et n'identifie pas tous les gènes d'entrée reconnus.

Field	Type	Requirement and constraints
genes	tableau	required; minItems: 1; maxItems: 2000
query_name	string	optional; default: "query"; minLength: 1; maxLength: 100
top_n	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("chea3", "rank_transcription_factors", {"genes": ["FOXM1", "SMAD9", "MYC", "SMAD3", "STAT1", "STAT3"], "top_n": 5})

list_gmt_libraries

Découvrez les liens officiels du fichier ChEA3 GMT depuis sa page de téléchargement. Les bibliothèques primaires, supplémentaires et de benchmarking peuvent différer; une bibliothèque téléchargeable n'est pas automatiquement la bibliothèque utilisée par un résultat en ligne. Aucun fichier n'est téléchargé par cette méthode.

Pas de champs d'entrée; passez un objet vide.

const result = await host.mcp("chea3", "list_gmt_libraries", {})

bioDBnet

Afficher les opérations et paramètres

list_input_types

Appelez l'opération REST officielle de bioDBnet. Découvrez les noms de nœuds pris en charge avant la conversion. Préserver les intrants non maquillés et les sorties multiples; l'absence n'est pas la preuve qu'il n'existe aucune cartographie biologique.

Pas de champs d'entrée; passez un objet vide.

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_input_types", {})

list_output_types

Appelez le bioDBnet officiel des sorties pour l'opération REST. Découvrez les noms de nœuds pris en charge avant la conversion. Préserver les intrants non maquillés et les sorties multiples; l'absence n'est pas la preuve qu'il n'existe aucune cartographie biologique.

Field	Type	Requirement and constraints
input_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_output_types", {"input_type": "genesymbol"})

convert_ids

Appelez l'opération officielle de bioDBnet db2db REST. Découvrez les noms de nœuds pris en charge avant la conversion. Préserver les intrants non maquillés et les sorties multiples; l'absence n'est pas la preuve qu'il n'existe aucune cartographie biologique.

Field	Type	Requirement and constraints
input_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
values	tableau	required; minItems: 1; maxItems: 200
outputs	tableau	required; minItems: 1; maxItems: 20
taxon_id	integer	optional; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "convert_ids", {"input_type": "genesymbol", "values": ["TP53"], "outputs": ["geneid"], "taxon_id": 9606})

recognize_ids

Appeler l'opération officielle de bioDBnet dbfind REST. Découvrez les noms de nœuds pris en charge avant la conversion. Préserver les intrants non maquillés et les sorties multiples; l'absence n'est pas la preuve qu'il n'existe aucune cartographie biologique.

Field	Type	Requirement and constraints
values	tableau	required; minItems: 1; maxItems: 200
output_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
taxon_id	integer	optional; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "recognize_ids", {"values": ["TP53"], "output_type": "geneid"})

map_orthologs

Appelez l'opération officielle bioDBnet dbortho REST. Découvrez les noms de nœuds pris en charge avant la conversion. Préserver les intrants non maquillés et les sorties multiples; l'absence n'est pas la preuve qu'il n'existe aucune cartographie biologique.

Field	Type	Requirement and constraints
input_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
values	tableau	required; minItems: 1; maxItems: 200
input_taxon	integer	optional; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000
output_taxon	integer	optional; default: 10090; minimum: 1; maximum: 100000000
output_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"

const result = await host.mcp("biodbnet", "map_orthologs", {"input_type": "genesymbol", "values": ["TP53"], "output_type": "genesymbol", "input_taxon": 9606, "output_taxon": 10090})

list_pathways

Appelez le bioDBnet officiel getpathways REST opération. Découvrez les noms de nœuds pris en charge avant la conversion. Préserver les intrants non maquillés et les sorties multiples; l'absence n'est pas la preuve qu'il n'existe aucune cartographie biologique.

Field	Type	Requirement and constraints
taxon_id	integer	optional; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_pathways", {"taxon_id": 9606})

CTD

Afficher les opérations et paramètres

list_ctd_reports

Retourner un sous-ensemble tenu des points d'entrée officiels des rapports publics CTD et des termes source. Ce catalogue statique ne vérifie pas la disponibilité en direct ni ne fournit des requêtes web CTD. Utilisez la page officielle pour obtenir des fichiers; arrêtez si une vérification humaine est nécessaire.

Pas de champs d'entrée; passez un objet vide.

const result = await host.mcp("ctd", "list_ctd_reports", {})