Операционный справочник Connector

Посмотрите точные названия операций, требуемые поля, по умолчанию и вызовы примеров. Чтобы выбрать источник данных, начните с каталог баз данных. Расширьте семейство Connector, которое вы собираетесь вызвать. Доступность и учетные данные должны быть настроены отдельно.

Где выполняется вызов примера

Объект host поставляется в среде выполнения агентов Open-Science. JavaScript ниже - это Фрагмент вызова на стороне агента, а не отдельная программа Node.js и не метод на общедоступном клиенте Task SDK. Попросите агента загрузить соответствующие инструкции Connector и использовать операцию сопоставления. Фреймворк может отображать мост Python вместо этой формы JavaScript.

Сначала включите Connector в Настройки → Коннекторы, настройте любой требуемые полномочия и предоставьте доступ к выбранному Specialist, если применимо. Звонок по-прежнему следует политике разрешения разговора. Интеграция с публичным Node.js может управлять настройками Connector с помощью Задание SDK, но не может получить этот host, импортируя этот клиент.

Прочитайте результат перед цепочкой вызовов

Пример Pass вернул PubMed ID в поиск метаданных

Например, задайте вопрос: Используйте PubMed для поиска руководства по отчетности PRISMA; Верните общий счет матча и пять PMIDs. Операция search_articles возвращает общее количество и страницу идентификаторов. Кормите тех, кто вернул PMIDs в get_article_metadata, чтобы получить заголовки, авторов и ссылки DOI. Пустая страница, усеченный результат и ошибка аутентификации требуют различной обработки.

Вернутая информация	Используйте его для
Общее количество матчей и возвращенные ряды	Отличить небольшую страницу от полного набора результатов
truncated, records_truncated Флаги полноты для конкретной семьи	Решите, нужно ли перелистывать страницу, сузить запрос или восстановить остальные.
not_found, missing, not_processed	Определить неразрешенные входные данные и повторно использовать только соответствующие элементы
DOI, присоединение, URL-адрес источника и выпуск / сборка	Сохранить личность и источник, необходимые для последующих запросов.
Полнотекстовый статус или лицензионная записка	Решите, был ли текст извлечен и может ли быть использован повторно.

Названия поля возврата различаются по операциям. Описание и загружаемые схемы ниже указывают каждый контракт; Таблица не является универсальным ответом JSON. Используйте правый список семьи, чтобы прыгать, а затем расширить параметры этой семьи. Поиск названия операции также открывает ее содержащую группу.

Прочтите неудачи отдельно от пустых результатов. В v0.30.2 маркер/источник/тканевой запрос CellGuide запрашивает поверхностные сбои вместо того, чтобы рассматривать их как пустые доказательства; Отсутствующий дополнительный файл данных может быть пустым. Запросы OLS отклоняют неполную пагинацию и недействительные ответы. Ошибка в обслуживании не является доказательством того, что тип клетки не имеет маркеров или термин онтологии не имеет связанных терминов.

Эксплуатационные материалы

Расширяйте один коннектор за раз. Требуемые поля отмечены необходимый; эта ссылка и скачать использовать Open-Science v1.0.5 схема. Вложенный input.required Список авторитетный; наследие высшего уровня required Список может отсутствовать. Проконсультируйтесь Полный загружаемый реестр для вложенных схем JSON, полных описаний возврата и примеров вызова на стороне агента. Не пропустите дженерик id Когда инструмент ожидает accessions, cids, rs_id или иное поле пространства имен.

химия

Показать операции и параметры

pubchem_search_compounds

Решите химический идентификатор (название, SMILES, InChIKey или CID) в PubChem CID, необязательно с основными вычислительными свойствами для верхних попаданий.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
namespace	строка	факультативный; по умолчанию: "name"; enum: ["name", "smiles", "inchikey", "cid"]
max_cids	целое число	факультативный; по умолчанию: 25; Минимум: 1; Максимум: 100
with_properties	логическое значение	факультативный; Дефолт: правда

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_search_compounds", {"query": "aspirin", "max_cids": 25})

pubchem_get_compounds

Полные записи компьютерной собственности для партии PubChem CIDs с дополнительными списками синонимов с каплями.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
cids	массив целых чисел	обязательно; Мини-элементы: 1; maxItems: 50
include_synonyms	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
max_synonyms	целое число	факультативный; По умолчанию: 30

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_compounds", {"cids": [2244, 2519], "include_synonyms": false})

pubchem_similarity_search

2D Tanimoto поиск сходства по всему PubChem для запроса SMILES (синхронный маршрут fastsimilarity_2d, без опроса о работе).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
smiles	строка	обязательно
threshold	целое число	факультативный; по умолчанию: 90; Минимум: 1; Максимум: 100
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 50; Минимум: 1; Максимум: 200
with_properties	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_similarity_search", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "threshold": 90})

pubchem_get_bioassay_summary

Резюме активности биоанализа для одного соединения PubChem - какие анализы проверили его, против каких целей, с каким результатом и потенцией.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
cid	целое число	обязательно
active_only	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
max_rows	целое число	факультативный; по умолчанию: 100; Минимум: 1; Максимум: 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_bioassay_summary", {"cid": 2244, "active_only": true})

pubchem_get_safety

Классификация безопасности GHS для одного соединения PubChem (PUG-View 'GHS Classification') заголовки), агрегированные по источникам отчетности.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
cid	целое число	обязательно

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_safety", {"cid": 702})

chebi_search

Полнотекстовый поиск по объектам ChEBI (имена, синонимы, формулы, InChIKeys).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
term	строка	обязательно
max_results	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 100
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_search", {"term": "caffeine", "max_results": 20})

chebi_get_entity

Полная запись сущности ChEBI: имена, структура, химические данные, роли и перекрестные ссылки.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
chebi_id	строка	обязательно
max_synonyms	целое число	факультативный; По умолчанию: 30
max_xrefs	целое число	факультативный; По умолчанию: 50

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_entity", {"chebi_id": "CHEBI:27732"})

chebi_get_ontology

Онтологические отношения субъекта ЧЕБИ — что это такое (внешний: есть / имеет роль / сопряженная кислота ...) и какие моменты в нем (входящий: дети / производные).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
chebi_id	строка	обязательно
relation_type	строка	необязательный
max_relations	целое число	факультативный; По умолчанию: 100

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_ontology", {"chebi_id": "CHEBI:27732", "relation_type": "has role"})

rhea_search_reactions

Поиск реакции мастера Реи по тексту уравнения, участнику ChEBI id или номеру EC (автообнаруженный тип запроса).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
limit	целое число	факультативный; по умолчанию: 50; Минимум: 1; Максимум: 500

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_search_reactions", {"query": "caffeine", "limit": 50})

rhea_get_reaction

Полная запись для одной Реи реакции: уравнение, участники с ids ChEBI и стехиометрия, EC ссылки, направление семьи и литературы.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
rhea_id	строка	обязательно

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_get_reaction", {"rhea_id": "10280"})

bindingdb_ligands_by_target

Измеренное сродство связывания (Ki/Kd/IC50/EC50) всех лигандов BindingDB против одной белковой мишени, путем присоединения UniProt.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
uniprot	строка	обязательно
affinity_cutoff_nm	число	факультативный; По умолчанию: 10000
max_rows	целое число	факультативный; по умолчанию: 100; Минимум: 1; Максимум: 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_ligands_by_target", {"uniprot": "P00533", "affinity_cutoff_nm": 100})

bindingdb_targets_by_compound

Белковые мишени с измеренным сродством к соединениям 2D-подобны запросу SMILES — " Что связывает эта молекула (или ее близкие аналоги)?".

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
smiles	строка	обязательно
similarity	число	факультативный; по умолчанию: 0.85; Минимум: 0.5; Максимум: 1
max_rows	целое число	факультативный; по умолчанию: 100; Минимум: 1; Максимум: 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_targets_by_compound", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "similarity": 0.85})

lipidmaps_get_compound

Рассмотрите классификацию липидов и детали соединений в LIPID MAPS по одному точному LMID или PubChem CID. Сначала определите имена с PubChem. Возвращает собственные идентификаторы структуры и доступные отображения баз данных; отсутствующие поля остаются неизвестными. LMID может описывать общую или неполностью определенную структуру, а не уникальную экспериментально идентифицированную молекулу. Сохраните все возвращенные матчи, а не выберите первый. Нет названия, формулы, аббревиатуры, массового или объемного поиска. Данные: LIPID MAPS, CC BY 4.0; сохраняйте ссылки атрибуции и записи.

Field	Type	Requirement and constraints
id_type	string	required; enum: ["lm_id", "pubchem_cid"]
identifier	string	required; максимальная длина: 15

const result = await host.mcp("chemistry", "lipidmaps_get_compound", {"id_type": "lm_id", "identifier": "LMFA01010001"})

unichem_map_compound

Сопоставьте один точный полный идентификатор InChIKey или ChEMBL с идентификаторами PubChem, ChEMBL и ChEBI с использованием UniChem. Сначала определите имена с PubChem. Сохраняет различные согласованные структуры и сообщает о фильтрации и усечении. Картирование отражает проиндексированные задания UniChem, а не проверенные текущие исходные записи или биологическую эквивалентность. Никакого имени, сходства, подключения, солевого компонента или пакетного поиска.

Field	Type	Requirement and constraints
id_type	string	required; enum: ["inchikey", "chembl"]
identifier	string	required; максимальная длина: 27

const result = await host.mcp("chemistry", "unichem_map_compound", {"id_type": "chembl", "identifier": "CHEMBL1089"})

График литературы

Показать операции и параметры

openalex_search_works

Поиск научных работ OpenAlex (все дисциплины, ~250M записей) с год/тип/ОА/проспект фильтров. Args: запрос (бесплатный текст по title+abstract+fulltext); необязательно, если установлен фильтр, year_from, year_to (включительные годы), work_type (статья / обзор / препринт / глава книги / набор данных / диссертация), open_access_only, место проведения (S-id, URL openalex.org, ISSN или простое имя, разрешенное для попадания в верхние источники - всплыло в venue_resolved; сдать точный ID для пропуска разрешения), сортировать (релевантность по умолчанию / cited_by_count / publication_date), max_records (по умолчанию 50, жесткий потолок 500); страницы 200), include_abstracts (реконструированы из перевернутого индекса, но ТОЛЬКО для верифицированных открытых лицензий — cc-by/cc-by-sa/cc0/public-domain; другие получают абстрактное = нуль + примечание abstract_policy + abstract_license; Добавляет объем. Возвращает {-запрос, фильтры, сортировку, api_total, n_records_returned, records_truncated, records}; Каждая запись представляет собой форму бережливой работы (openalex_id, doi, pmid, title, publication_year/date, type, language, is_retracted, authors[...], source{...}, biblio, cited_by_count, fwci, referenced_works_count, open_access{...}, best_oa_pdf_url, primary_topic, ключевые слова).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	необязательный
year_from	целое число	необязательный
year_to	целое число	необязательный
work_type	строка	необязательный
open_access_only	логическое значение	необязательный
venue	строка	необязательный
sort	строка	факультативный; по умолчанию: "relevance"; enum: ["relevance", "cited_by_count", "publication_date"]
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 50
include_abstracts	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_works", {"query": "CRISPR base editing", "year_from": 2020, "open_access_only": true, "sort": "cited_by_count", "max_records": 25})

openalex_get_work

Принесите один OpenAlex работает в полном объеме — метаданные, абстрактные (реконструированные из перевернутого индекса, лицензионные, как в openalex_search_works), местоположения OA, referenced_works (выход W-ids — гидрат с openalex_references) и counts_by_year. Args: work_id (W-id, openalex.org URL, голый DOI или doi.org URL). Поиски DOI разрешаются через фильтр истца; Когда несколько работ разделяют один DOI, выбирают наиболее цитируемый и включают doi_claimants + doi_resolution_note. Не найдено для неизвестных идентификаторов/DOI.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
work_id	строка	обязательно

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_work", {"work_id": "W2741809807"})

openalex_citations

Список работ, которые CITE заданной работы (входящие цитаты) через OpenAlex's график цитирования. Арги: work_id (W-id/URL/DOI — DOI стоит один дополнительный запрос разрешения), сорт (cited_by_count по умолчанию / publication_date / релевантность), max_records (по умолчанию 50, потолок 500), include_abstracts. Возвращает {work_id, api_total (настоящее количество ссылок), n_records_returned, records_truncated, records} (Бережливая трудовая книжка).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
work_id	строка	обязательно
sort	строка	факультативный; по умолчанию: "cited_by_count"; enum: ["cited_by_count", "publication_date", "relevance"]
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 50
include_abstracts	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный

const result = await host.mcp("literature", "openalex_citations", {"work_id": "W2741809807", "sort": "cited_by_count", "max_records": 50})

openalex_references

Перечислить работы заданной работы СИТЕС (уходящие ссылки), гидратированные на полные метаданные в порядке справки-списка. Args: work_id (W-id/URL/DOI), max_records (по умолчанию 100, потолок 500); гидратация 50/request. Возвращает {work_id, n_references, n_records_returned, records_truncated, references_not_hydrated (IDs OpenAlex не имеет рекорда — никогда молча не падал), reference_ids (ALL outgoing W-ids), records}.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
work_id	строка	обязательно
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 100

const result = await host.mcp("literature", "openalex_references", {"work_id": "W2741809807", "max_records": 100})

openalex_search_authors

Найдите профили авторов OpenAlex по имени. Args: запрос (соответствует отображаемому имени + альтернативам); ждите омонимов — check affiliations/topics/ORCID), max_records (по умолчанию 25, потолок 500). Возвращает {query, api_total, n_records_returned, records_truncated, records}; Каждый из них записывает {author_id, имя, orcid, works_count, cited_by_count, h_index, i10_index, аффилиации [{institution, years}], last_known_institutions, top_topics}. Используйте author_id с openalex_get_author.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 25

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_authors", {"query": "Jennifer Doudna", "max_records": 25})

openalex_get_author

Возьмите один профиль автора OpenAlex плюс их цитируемые работы. Args: author_id (A-id, openalex.org URL или ORCID); CAVEAT: ORCID-указатель OpenAlex's может разрешаться на разреженный дубликат — предпочтительнее A-id от openalex_search_authors, works_sample (по умолчанию 10, max 200); 0 пропускает дополнительный запрос. Возвращает авторскую запись плюс counts_by_year, top_works_total (истинное общее количество работ) и top_works (записи бережливой работы по цитируемости).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
author_id	строка	обязательно
works_sample	целое число	факультативный; По умолчанию: 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_author", {"author_id": "A5023888391", "works_sample": 10})

openalex_venue_info

Ищите журналы / репозитории ('sources') в OpenAlex — статус OA, листинг DOAJ, APC, показатели цитирования. Args: Место проведения (точный S-id, URL openalex.org или ISSN для одной записи); все остальное - поиск по имени), max_records (по умолчанию 10, потолок 500; Только поиск по именам. Возврат: точно -> один источник записи + counts_by_year; Поиск по имени - > {query, api_total, n_records_returned, records_truncated, records}. Источник записи: {source_id, display_name, тип, issn_l, issn, host_organization, country_code, homepage_url, is_oa, is_in_doaj, is_core, apc_usd, works_count, cited_by_count, h_index, two_year_mean_citedness, first/last_publication_year, top_topics}.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
venue	строка	обязательно
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_venue_info", {"venue": "Nature", "max_records": 10})

arxiv_search

Поиск препринтов arXiv (физика, математика, CS, статистика, q-bio, ...) через официальный Atom API. Args: query (arXiv query string); простые термины для поиска по всем полям, приставки поля ti:/au:/abs: и booleans AND/OR/ANDNOT работают; необязательно, если установлена категория или диапазон дат), категория (arXiv код AND-ed in, например. q-bio.GN, cs.LG, stat.ML), date_from/date_to (дата подачи YYYY-MM-DD, включительно), старт (смещение подкачки на основе 0; API шагает ~3s между запросами — страница вежливо, max_results (по умолчанию 25, максимум 100 за вызов), sort_by (релевантность по умолчанию / поданная дата / последняя обновленная дата), sort_order (спускающийся по умолчанию / восходящий). Возвращает {search_query (точный отправленный запрос), api_total (общее количество совпадений вarXiv'), start_index, n_records_returned, records_truncated, sort_by, sort_order, records}; каждая запись {arxiv_id, версия, id_versioned, заголовок, реферат, авторы, опубликованные, обновленные, primary_category, категории, doi, journal_ref, комментарий, abs_url, pdf_url}. doi/journal_ref появляется только после публикации в журнале. Неправильные запросы вызывают ошибку (подача ошибок arXiv's HTTP-200 обнаруживается, никогда не возвращается в качестве данных).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	необязательный
category	строка	необязательный
date_from	строка	необязательный
date_to	строка	необязательный
start	целое число	факультативный; По умолчанию: 0
max_results	целое число	факультативный; По умолчанию: 25
sort_by	строка	факультативный; по умолчанию: "relevance"; ["relevance", "submittedDate", "lastUpdatedDate"]
sort_order	строка	факультативный; по умолчанию: "descending"; enum: ["descending", "ascending"]

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_search", {"query": "ti:transformer", "category": "cs.LG", "max_results": 10})

arxiv_get_papers

Бумажные метаданные arXiv (в т.ч. Абстракции) по ID — один шаг запроса до документов 100. Args: arxiv_ids (до идентификаторов 100 в любой общей форме — 2103.14030, версия 2103.14030v2, старомодный q-bio/0601001, arXiv:-prefixed, или URL-адреса abs/pdf); Неверсированные идентификаторы разрешаются в последней версии. Возвращает {n_requested, n_found, дубликаты (вводы, которые разрешаются на уже возвращенную бумагу), not_found (неизвестные и искаженные идентификаторы — arXiv молча пропускает неизвестные и отклоняет целые партии по несоответствующим); Этот инструмент не имеет ни того, ни другого, — записывает }. — записи в запрашиваемом порядке, такой же формы, как и записи arxiv_search. Отозванные документы по-прежнему возвращают метаданные (проверьте комментарий для заметок об отзыве).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
arxiv_ids	массив строк	обязательно

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_get_papers", {"arxiv_ids": ["2103.14030", "1706.03762v5"]})

crossref_get_work

Получите метаданные, депонированные издателем, для Crossref DOI. Принимается голый DOI, doi: префикс или URL doi.org. Ключ API не требуется. Если DOI принадлежит другому регистрационному агентству, воспользуйтесь услугой сопоставления. a Crossref 404 не доказывает, что DOI является недействительным. Проверить возврат DOI, title и source_url.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
doi	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_work", {"doi": "10.1038/nature12968"})

crossref_get_updates

Прочитайте внесенные исправления, опровержение и другие отношения обновления. updated_by указывает на уведомления, обновляющие эту работу; update_to указывает на работы, обновленные этим DOI. Сохраняйте направление отношений и ярлыки источников. Пустые массивы не устанавливают надежность или не доказывают, что опровержения не существует.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
doi	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_updates", {"doi": "10.1038/nature12968"})

datacite_search_records

Поиск общедоступных метаданных DataCite/software DOI. Запрос на поставку, related_doi или и то, и другое; В запросе используется синтаксис запроса DataCite. Сохраняйте те же фильтры и page_size при следовании за next_page. Поиск по номеру страницы ограничен первыми записями 10,000: при необходимости сузьте запрос. Проверьте related_identifiers, права и URL-адреса посадки; Метаданные не гарантируют загружаемые данные или разрешение на повторное использование.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	факультативный; Длина: 1; Длина: 2000
related_doi	строка	факультативный; Длина: 1; Длина: 2048
resource_type	строка	факультативный; по умолчанию: "dataset"; enum: ["dataset", "software"]
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 100
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("literature", "datacite_search_records", {"query": "climate", "resource_type": "dataset", "page_size": 5})

datacite_get_record

Восстановите одну общедоступную запись DataCite DOI, включая заголовки, создателей, тип ресурса, права, связанные идентификаторы и доступную версию. Принимает голый DOI, doi: префикс или doi.org URL. Проверьте идентификатор и направление связи перед использованием связанного набора данных или программного пакета.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
doi	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 2048

const result = await host.mcp("literature", "datacite_get_record", {"doi": "10.14454/qdd3-ps68"})

PubMed

Показать операции и параметры

search_articles

Search PubMed (биомедийный &) Life-sciences literature via NCBI esearch) для статей, соответствующих запросу. Возвращает общее количество матчей плюс страницу PMIDs. Поддерживает полевые теги PubMed ([Title], [Author], [Journal], [MeSH Terms], ...), булевы операторы, фильтрацию даты и сортировку. PubMed не индексирует статьи по физике / CS / математике / чистой химии.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
max_results	целое число	факультативный; По умолчанию: 20
retstart	целое число	факультативный; По умолчанию: 0
sort	строка	факультативный; enum: ["relevance", "pub_date", "author", "journal_name", "title"]
date_from	строка	необязательный
date_to	строка	необязательный
datetype	строка	факультативный; по умолчанию: "pdat"; enum: ["pdat", "edat", "mdat"]

const result = await host.mcp("pubmed", "search_articles", {"query": "CRISPR gene editing", "max_results": 10})

get_article_metadata

Получите подробные метаданные статьи из PubMed by PMID (насыпь, через efetch): идентификаторы (pmid/pmc/doi), заголовок, реферат, журнал, авторы с принадлежностью, дата публикации, термины MeSH, типы статей, язык и цитирование. При каждом использовании цитируйте PubMed и включите в качестве ссылок возвращенную статью DOIs (identifiers.doi).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
pmids	['string', 'array']	обязательно

const result = await host.mcp("pubmed", "get_article_metadata", {"pmids": ["35486828", "33264437"]})

find_related_articles

Найдите соответствующий контент PubMed для одного или нескольких источников PMIDs через NCBI elink. pubmed_pubmed (по умолчанию) возвращает похожие статьи, ранжированные по взвешенному в словах подобию заголовков / абстракций / MeSH (не цитаты); pubmed_pmc возвращает полнотекстовые PMC-ссылки pubmed_gene/pubmed_protein/pubmed_nucleotide возвращают связанные записи последовательности/гена.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
pmids	['string', 'array']	обязательно
link_type	строка	факультативный; по умолчанию: "pubmed_pubmed"; enum: ["pubmed_pubmed", "pubmed_pmc", "pubmed_nucleotide", "pubmed_protein", "pubmed_gene"]
max_results	целое число	необязательный

const result = await host.mcp("pubmed", "find_related_articles", {"pmids": ["35486828"], "link_type": "pubmed_pubmed"})

lookup_article_by_citation

Разрешите библиографические ссылки на PMIDs через NCBI ecitmatch. Каждое цитирование содержит некоторые из {journal, год, объем, first_page, автор, key}; Обеспечить поля 2-3+ для надежного сопоставления. Используйте, когда у вас есть список ссылок и вам нужен PMIDs.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
citations	массив объектов	обязательно

const result = await host.mcp("pubmed", "lookup_article_by_citation", {"citations": [{"journal": "Science", "year": 1987, "volume": "235", "first_page": "182", "author": "Palmenberg AC"}]})

convert_article_ids

Преобразование между PMID, PMCID и DOI через преобразователь NCBI/PMC ID. Однородные идентификаторы ввода для вызова (набор id_type для соответствия). Обычно используется для проверки того, имеет ли PMID PMCID (т.е. Полный текст в PMC) перед вызовом get_full_text_article.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
ids	['string', 'array']	обязательно
id_type	строка	факультативный; по умолчанию: "pmid"; enum: ["pmid", "pmcid", "doi"]

const result = await host.mcp("pubmed", "convert_article_ids", {"ids": ["PMC9046468"], "id_type": "pmcid"})

get_full_text_article

Полный текст с открытым доступом от PubMed Central через Europe PMC by PMC id ("PMC12345") " 12345". возвращает структурированный текст раздела плюс лицензию; Когда полный текст недоступен, причина сообщается явно (fulltext_status). Полный текст доступен только в статьях OA-подмножества. При каждом использовании цитируйте PubMed и включите в качестве ссылок возвращенные статьи DOI.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
pmc_ids	['string', 'array']	обязательно

const result = await host.mcp("pubmed", "get_full_text_article", {"pmc_ids": ["PMC9046468"]})

get_copyright_status

Отчет об авторском праве и статусе лицензии на PMID путем объединения PubMed CopyrightInformation, PMC ID Converter (PMID ->) PMCID/DOI и PMC <permissions> блок (тип лицензии, URL-адрес лицензии ALI, заявление об авторских правах / год). Проверяйте права повторного использования открытого доступа перед воспроизведением контента.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
pmids	['string', 'array']	обязательно

const result = await host.mcp("pubmed", "get_copyright_status", {"pmids": ["35891187", "34375400"]})

get_pubtator_annotations

Export PubTator 3 BioC JSON entity and relation annotations for published PubMed articles (title/abstract). Сохраняет текст прохода, смещения, нормализованные идентификаторы и отношения. Не представляет сырой текст.

поле	Тип	Требования и ограничения
pmids	array	необходимый; minItems: 1; maxItems: 10

const result = await host.mcp("pubmed", "get_pubtator_annotations", {"pmids": ["29355051"]})

search_pubtator

Поиск по одной странице публикаций PubTator 3 по тексту, идентификаторам сущности или отношениям (например, отношения: ЛЮБОЙ | @ CHEMICAL Doxorubicin | @DISEASE Neoplasms). Автоматизированные отношения являются научными доказательствами, а не клиническими выводами.

поле	Тип	Требования и ограничения
query	string	необходимый; minLength: 1; maxLength: 1000
page	integer	optional; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("pubmed", "search_pubtator", {"query": "relations:ANY|@CHEMICAL_Doxorubicin|@DISEASE_Neoplasms", "page": 1})

Гены & онтологии

Показать операции и параметры

query_genes

Решите идентификаторы/символы генов через mygene.info (с пакетом, вплоть до терминов/запросов 1000). Используйте это для отображения символов генов в идентификаторах генов Ensembl, идентификаторах Entrez, именах и любом другом поле mygene.info - или наоборот (настройте scopes на пространство имен ваших вводимых терминов, например). "entrezgene", "ensembl.gene", "symbol,alias". Args: terms (условия запросов, например). ["TP53","BRCA1"]; термины, содержащие запятые, не поддерживаются; области (разделенные по запятой пространства имен идентификаторов для сопоставления терминов с); поля (отдельные поля мигена для возврата, или "all"); вид (общее название "human"/"mouse") или NCBI такси. Возвращает {n_input, n_records, not_found, records}. Термин, совпадающий с несколькими генами, дает несколько записей (каждый несет свой query). Записи детерминировано упорядочены (входной порядок, затем _id).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
terms	массив строк	обязательно
scopes	строка	необязательный
fields	строка	факультативный; по умолчанию: "symbol,name,taxid,entrezgene,ensembl.gene"
species	строка	необязательный

const result = await host.mcp("genes", "query_genes", {"terms": ["TP53", "BRCA1"], "scopes": "symbol,alias", "fields": "symbol,name,entrezgene,ensembl.gene", "species": "human"})

list_ontologies

Список онтологий в EBI Ontology Lookup Service (OLS4) С ontology_ids (например). ["efo","cl","chebi","go","mondo"]): получить структурированные записи метаданных только для этих онтологий; В not_found указаны неизвестные идентификаторы. Без: полный каталог OLS4 (онтологии ~250, с полным и подсчитанным началом). Возврат: {records: [{ontology_id, название, версия, статус, num_terms, ...}], not_found: [...]} для списка ID или записей {: [...], total_elements, complete} Для полного каталога.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
ontology_ids	массив строк	необязательный

const result = await host.mcp("genes", "list_ontologies", {"ontology_ids": ["efo", "go", "mondo"]})

search_ontology_terms

Поиск терминов онтологии по ярлыку / синониму в одной или нескольких онтологиях OLS4. Типичные применения: найти идентификатор EFO для названия болезни (онтологии = ["efo"]), термины онтологии клеток для типа клеток (["cl"]), термины ChEBI для химического вещества (["chebi"]), термины GO по имени (["go"]) — или искать все онтологии сразу. Args: запрос (термин-лейбл, синоним или идентификатор); онтологии (нижние идентификаторы для ограничения); Не нужно искать каждую онтологию. точный (полный матч); include_obsolete (ложный по умолчанию); max_results (рейтинг по релевантности OLS). Возвращает {query, total_found, n_returned, truncated, terms:[{curie, iri, label, short_form, онтология, описание, тип, is_defining_ontology}]}.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
ontologies	массив строк	необязательный
exact	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
include_obsolete	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
max_results	целое число	факультативный; По умолчанию: 20

const result = await host.mcp("genes", "search_ontology_terms", {"query": "asthma", "ontologies": ["efo"], "max_results": 20})

get_ontology_term

Возьмите одну онтологическую деталь 's или ее полный набор связанных терминов. С relation=None: полная запись термина (маркировка, синонимы, описание, устаревший флаг, прямые родители). С отношением: полный набор связанных терминов, например. Отношение = "hierarchicalChildren" Для прямых детей в т.ч. part_of и т.д., "descendants"/"hierarchicalDescendants" для всего поддеревья, "ancestors"/"hierarchicalAncestors", "parents", "children". Retrieval подсчитывается по отношению к собственному общему количеству API'. Args: онтология (нижняя часть, например). "efo", "go", "cl", "chebi"; term_id (CURIE "EFO: 0000305"/"GO: 0006281") Полный IRI; (ни одного из перечисленных); include_parents (включает прямые родительские права, когда отношения отсутствуют). Возврат: отношение=None {curie, iri, этикетка, онтология, short_form, синонимы, описание, is_obsolete, has_children, parents}; в противном случае {root, отношение, total_elements, term_count, термины: [...]}.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
ontology	строка	обязательно
term_id	строка	обязательно
relation	строка	факультативный; enum: ["parents", "children", "ancestors", "descendants", "hierarchicalParents", "hierarchicalChildren", "hierarchicalAncestors", "hierarchicalDescendants"]
include_parents	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный

const result = await host.mcp("genes", "get_ontology_term", {"ontology": "go", "term_id": "GO:0006281", "relation": "children"})

get_go_annotations

Аннотации Retrieve GO для генного продукта UniProt от QuickGO (полный, проверенный подсчетом). Args: uniprot_accession (например. "P04637", префикс необязательный; аспект (не для всех аспектов, или один из biological_process/molecular_function/cellular_component); (Никакие/все, предварительно установленные экспериментальные доказательства "experimental_manual"=ручно назначенные, "automatic_iea"=электронные/IEA, или явный код ECO, такой как "ECO: 0000314"); Трехбуквенные коды доказательств GO, такие как IDA / IEA, НЕ принимаются — QuickGO молча игнорирует goEvidence, фильтр должен использовать коды ECO; taxon_id (факультативный таксон NCBI, например). 9606); include_term_names (гидратировать каждую запись с помощью GO-терминала / аспекта / устаревающего с помощью одного пакетного онтологического поиска); max_records (колпачок по записям); полный комплект, все еще извлеченный и обобщенный; truncated флаги шапки. Возвращает {gene_product, total_annotations, n_records, полные, усеченные, distinct_go_ids (по всем аннотациям), записи: [{go_id, go_aspect, квалификатор, go_evidence, eco_id, ссылка, assigned_by, дата, ...}]}.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
uniprot_accession	строка	обязательно
aspect	строка	факультативный; enum: ["biological_process", "molecular_function", "cellular_component"]
evidence	строка	необязательный
taxon_id	целое число	необязательный
include_term_names	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 200

const result = await host.mcp("genes", "get_go_annotations", {"uniprot_accession": "P04637", "aspect": "molecular_function", "evidence": "experimental_manual"})

search_uniprot_entries

Откройте для себя активные записи белка UniProtKB по точному названию гена (включая синонимы), фразе белкового имени и / или точному organism_id (идентификатор таксономии NCBI, а не потомков). Требуется хотя бы один из этих фильтров. Поставляемые фильтры сочетаются с И. Optional review=true selects Swiss-Prot, false selects TrEMBL; Опускание включает в себя оба. Никакого организма или пересмотренного по умолчанию. Текст использует токенизированный синтаксис фразы UniProt, а не произвольное подстрочное соответствие или синтаксис необработанного запроса; Цитаты, обратные удары, wildcards и контрольные символы отвергаются. Возвращает одну ограниченную страницу в порядке присоединения, а не полный набор белков. На следующей странице перейдите next_cursor в виде курсора с идентичными фильтрами и page_size. Курсоры непрозрачны, не смещены и не долговечны; Перезагрузка, если UniProt отклонит устаревший курсор.

Поставить хотя бы один поисковый фильтр; Проконсультируйтесь с загружаемой схемой для полного набора правил.

Полное поле	Тип	Тип
gene	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 200; шаблон: "^(?=[\\s\\S]*\\S)[^\"\\\\*?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"
protein_name	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 200; шаблон: "^(?=[\\s\\S]*\\S)[^\"\\\\*?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"
organism_id	целое число	факультативный; минимум: 1; максимум: 2147483647
reviewed	логическое значение	строка
page_size	целое число	необязательный 25; минимум: 1; максимум: 500
cursor	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 4096; шаблон: "^[^\\s\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"

const result = await host.mcp("genes", "search_uniprot_entries", {"gene": "TP53", "organism_id": 9606, "reviewed": true, "page_size": 25})

get_uniprot_entries

Получить записи UniProtKB для списка первичных или вторичных присоединений (первым помечены OR-запросы); Неразрешенные псевдонимы используют прямой резервный вход. Три режима: fields, заданный → токен-чистый табличный поиск только тех полей UniProt (например). ["присоединение", "id", "protein_name", "gene_names", "organism_name", "длина", "последовательность"]); format игнорируется. Формат = «фаста» → последовательности FASTA за вход. формат = «txt» → полный текст UniProt с плоским файлом (полная аннотация); Они могут быть очень большими, предпочитая fields. Арги: присоединения (например. ["P04637", "P38398"]); формат («fasta»/«txt», игнорируется при задании fields); поля (необязательные имена полей UniProt REST для табличного режима). Возврат: режим полей {access, поля, n_records, записи:[{<column>:value}]}; Fasta/txt-режим {accesces, формат, n_found, missing, records: {access:text}} — missing списков присоединений UniProt не вернул ни одной записи.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accessions	массив строк	обязательно
format	строка	факультативный; enum: ["fasta", "txt"]
fields	массив строк	необязательный

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {"accessions": ["P04637", "P38398"], "fields": ["accession", "id", "protein_name", "gene_names", "organism_name", "length"]})

submit_uniprot_id_mapping

Отправляйте до идентификаторов 100,000 для картирования пакетных идентификаторов UniProt. from_db/to_db - это точные имена баз данных UniProt API (например, Gene_Name, GeneID, Ensembl, RefSeq_Protein, UniProtKB_AC-ID -> UniProtKB; UniProtKB_AC-ID -> Ensembl или GeneID. Действительные пары определяются https://rest.uniprot.org/configure/idmapping/fields; Неподдерживаемые пары выходят из строя. taxon_id является опциональным только для Gene_Name. Укажите его для разбора видов. Идентификаторы должны быть отдельными строками без белого пространства или разделителей. Случай и версии сохранены, точные дубликаты представлены один раз. Перейдите из search_uniprot_entries в качестве идентификаторов с from_db=UniProtKB_AC-ID. Отправляет один POST, никогда автоматически не перезагружает и не проводит опросы. Сохраните job_id, затем используйте get_uniprot_id_mapping_status и get_uniprot_id_mapping_results. У UniProt истекает срок действия результатов через 7 дней; Отмена или отключение приложения останавливает локальные запросы, а не удаленную работу. Не предоставляется локальный кэш-память или удаленная отмена / удаление API. Если подчинение теряет свой ответ, работа может существовать. Не возвращайтесь вслепую.

Полное поле	Тип	Тип
from_db	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 100; модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_-]*$"
to_db	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 100; модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_-]*$"
ids	массив строк	обязательно; Мини-элементы: 1; maxItems: 100000
taxon_id	целое число	факультативный; Минимум: 1; Максимум: 2147483647

const result = await host.mcp("genes", "submit_uniprot_id_mapping", {"from_db":"Gene_Name","to_db":"UniProtKB","ids":["TP53","BRCA1"],"taxon_id":9606})

get_uniprot_id_mapping_status

Проверьте существующую карту UniProt ID. NEW/RUNNING означает опрос этого инструмента позже (с интервалом не менее 3 секунд); FINISHED означает, что вы можете получить все страницы с get_uniprot_id_mapping_results. Upstream ERROR нормализуется как FAILED, терминальный сбой в работе, а не непревзойденные идентификаторы. HTTP 400/500 сбои в работе считываются без автоматических повторных попыток; Другие неудачи HTTP (включая неизвестные / просроченные рабочие места) распространяются. Не представляет новую работу или автоматический опрос.

Полное поле	Тип	Тип
job_id	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 100; модель: "^[A-Za-z0-9_-]+$"

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_id_mapping_status", {"job_id":"ecuuh9h0Md"})

get_uniprot_id_mapping_results

Возьмите одну страницу компактных картографических пар UniProt ID для готовой работы. Повторять с next_cursor и идентичными job_id/page_size до has_more=ложно; Курсоры непрозрачны, не смещены и не долговечны. Сохраняется каждая строка от / до, включая отображения от одного до многих. Слияние пар на всех страницах перед интерпретацией множественности; Источник может охватывать страницы. Собрать объединение failed_ids, представленное на разных страницах; Никогда не делайте вывод о непревзойденных идентификаторах из отсутствия на странице. Идентификаторы целей UniProtKB могут быть переданы get_uniprot_entries для аннотаций или последовательностей.

Полное поле	Тип	Тип
job_id	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 100; модель: "^[A-Za-z0-9_-]+$"
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 100; Минимум: 1; Максимум: 500
cursor	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 4096; шаблон: "^[^\\u0000-\u001f\\u007f]+$"

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_id_mapping_results", {"job_id":"ecuuh9h0Md","page_size":100})

map_reactome_pathways

Символы гена карты или присоединения UniProt к траекториям Reactome (токеновый рабочий процесс AnalysisService). Args: идентификаторы (символы генов, если id_type="symbol", присоединения UniProt, если "uniprot"); Никаких дубликатов; id_type ("symbol"/"uniprot"); вид (по умолчанию "Homo sapiens"); ресурс (АнализСервисМолекулярно-ресурсный вид "TOTAL") дефолт; "UNIPRO" ограничивает картирование уровня белка; include_disease (служебный по умолчанию True); компактные (True → per-identifier низкоуровневые дорожки только {stId,name,species}) + версия с реакционным высвобождением; Ложный → полный детерминированный результат: наборы полных путей для каждого идентификатора со статистикой сущности/реакции (p-значения, FDR, найденные/общие) и сводка пакетов в т.ч. identifiers_not_found). Возврат: компактные {tool, reactome_version, id_type, виды, n_input, гены: {identifier: {found, n_lowlevel_pathways, Pathways}}}; Полный список добавлений статистики проезда и batch_summary. Идентификаторы карт для путей в запрашиваемых видах, не проецируя их на человека. Использовать поддерживаемое научное название, такое как Homo sapiens или Mus musculus; Скачиваемая схема перечисляет все поддерживаемые имена. Пустые, неподдерживаемые или несоответствующие виды являются ошибками. found и n_found указывают на распознавание идентификаторов, а не на членство в пути: распознанный идентификатор может иметь нулевые пути. Компактный режим содержит только низкоуровневые пути.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
identifiers	массив строк	обязательно
id_type	строка	обязательно; enum: ["symbol", "uniprot"]
species	строка	факультативный; По умолчанию: "Homo sapiens"
resource	строка	факультативный; По умолчанию: "TOTAL"
include_disease	логическое значение	факультативный; Дефолт: правда
compact	логическое значение	факультативный; Дефолт: правда

const result = await host.mcp("genes", "map_reactome_pathways", {"identifiers": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "id_type": "symbol"})

list_enrichment_sources

Перечислите источники обогащения профилера и их текущие версии данных для одного организма. Источники зависят от организма и включают пространства имен, такие как GO:BP, GO:MF, GO:CC, KEGG, Reactome и WikiPathways, когда они доступны. g:Профильер хранит ограниченные метаданные запроса для работы службы; Этот поиск только для чтения не представляет список генов.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
organism	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 64; шаблон: "^[a-z][a-z0-9_]*$"

const result = await host.mcp("genes", "list_enrichment_sources", {"organism": "hsapiens"})

enrich_gene_set

Запустите g:Profiler g:GOSt обогащение для набора генов в GO, Reactome, KEGG, WikiPathways и других источниках, поддерживаемых организмом. Поддерживает явный организм, пользовательский статистический фон, тестирование на недостаточную представленность и коррекцию многократного тестирования g:Profiler. Неоформленные, двусмысленные и дублирующие идентификаторы возвращаются в метаданных, а не отбрасываются.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
genes	массив строк	обязательно; Мини-элементы: 1; maxItems: 5000
organism	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 64; шаблон: "^[a-z][a-z0-9_]*$"
sources	массив строк	факультативный; maxItems: 100
background_genes	массив строк	факультативный; Мини-элементы: 1; maxItems: 20000
domain_scope	строка	факультативный; enum: ["annotated", "known", "custom", "custom_annotated"]
correction_method	строка	факультативный; по умолчанию: "g_SCS"; enum: ["g_SCS", "bonferroni", "fdr"]
user_threshold	число	факультативный; максимум: 1; Минимум: 0
all_results	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
ordered	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
measure_underrepresentation	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
no_iea	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
no_evidences	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
numeric_ns	строка	факультативный; Длина: 1; Длина: 64

const result = await host.mcp("genes", "enrich_gene_set", {"genes": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "organism": "hsapiens", "sources": ["GO:BP", "REAC"], "correction_method": "fdr"})

list_enrichr_libraries

Перечислите текущие библиотеки набора генов Enrichr и их статистику охвата для одного поддерживаемого развертывания Enrichr. Развертывание человека охватывает библиотеки человека и мыши. Другие поддерживаемые организмы используют свои выделенные развертывания. Используйте это перед enrich_gene_set_enrichr для выбора библиотек для анализа транскрипционного фактора, возмущения, лекарственного средства, болезни, ткани или клеточного типа.

Полное поле	Тип	Тип
organism	строка	факультативный; по умолчанию: "human"; enum: ["human", "fly", "yeast", "worm", "fish"]

const result = await host.mcp("genes", "list_enrichr_libraries", {"organism": "human"})

enrich_gene_set_enrichr

Запустите обогащение Enrichr для символов или идентификаторов генов, принятых выбранными библиотеками Enrichr. Это дополняет g:Профилер с транскрипционным фактором, возмущением, лекарственными препаратами, болезнями, тканями и библиотеками клеточного типа. Настраиваемый фон использует Speedrichr API и в настоящее время поддерживается только для развертывания человеком. Enrichr не сообщает о неснятых идентификаторах, поэтому mapping_status всегда является not_reported_by_enrichr. Списки генов подаются на внешний сервис Enrichr; Загрузки являются временными внешними побочными эффектами и не откатываются автоматически, если более поздний запрос библиотеки не выполняется.

Полное поле	Тип	Тип
genes	массив строк	обязательно; Мини-элементы: 1; maxItems: 5000
libraries	массив строк	обязательно; Мини-элементы: 1; maxItems: 10
background_genes	массив строк	факультативный; Мини-элементы: 1; maxItems: 20000
organism	строка	факультативный; по умолчанию: "human"; enum: ["human", "fly", "yeast", "worm", "fish"]
description	строка	; шаблон: "^GC[AF]_[0-9]{ 9}\.[0-9]+$"
max_results	целое число	факультативный; по умолчанию: 100; Минимум: 1; Максимум: 500

const result = await host.mcp("genes", "enrich_gene_set_enrichr", {"genes": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "libraries": ["ChEA_2022", "LINCS_L1000_Chem_Pert_up"]})

get_hgnc_gene

Получите номенклатуру человеческого гена по точному символу HGNC. Сохраняет утвержденный/отозванный статус, имена, псевдонимы, перекрестные ссылки и даты внесения изменений.

поле	Тип	Требования и ограничения
symbol	string	необходимый; minLength: 1; maxLength: 100

const result = await host.mcp("genes", "get_hgnc_gene", {"symbol": "BRCA1"})

resolve_hgnc_alias

Решите точный символ псевдонима человеческого гена через HGNC. Возвращает каждый соответствующий ген; никогда молча не выбирает среди неоднозначных псевдонимов. Используйте get_hgnc_gene для утвержденных символов.

поле	Тип	Требования и ограничения
symbol	string	необходимый; minLength: 1; maxLength: 100

const result = await host.mcp("genes", "resolve_hgnc_alias", {"symbol": "P53"})

get_hgnc_service_info

Читайте официальные метаданные службы HGNC REST, поля поиска и сохраненные поля. Акции запрашивают допуск к существующим поискам HGNC; ключ не требуется.

Нет входных полей; пропустите пустой объект.

const result = await host.mcp("genes", "get_hgnc_service_info", {})

query_hgnc_field

Поиск по документированному полю HGNC, включая исторические символы и внешние идентификаторы. Поиск возвращает проиндексированные идентификаторы; возвращает сохраненные записи. Сохраняйте неоднозначные совпадения и утвержденный/отозванный статус вместо того, чтобы молча выбирать один ген.

Field	Type	Requirement and constraints
mode	string	optional; default: "fetch"; enum: ["fetch", "search"]
field	string	required; enum: ["symbol", "alias_symbol", "prev_symbol", "name", "hgnc_id", "entrez_id", "ensembl_gene_id"]
value	string	required; minLength: 1; maxLength: 300
max_rows	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("genes", "query_hgnc_field", {"field": "entrez_id", "value": "7157", "mode": "fetch"})

list_hgnc_files

Перечислите официальные объекты HGNC, размеры, метаданные идентификации / контрольной суммы и маркер страницы. Это обнаруживает только загрузочные URL-адреса; он не загружает файлы или не создает локальное состояние. ETag не является контрольной суммой SHA256.

Field	Type	Requirement and constraints
prefix	string	optional; default: "hgnc/tsv/tsv/"; maxLength: 200; pattern: "^hgnc/[A-Za-z0-9_./-]*$"
cursor	string	optional; default: ""; maxLength: 4096
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("genes", "list_hgnc_files", {"prefix": "hgnc/tsv/tsv/", "limit": 5})

геномы

Показать операции и параметры

blast_submit

Отправьте одну нуклеотидную или белковую последовательность в общедоступную службу NCBI BLAST для поиска асинхронного сходства. Установите molecule_type явно, потому что белок, сделанный только из A/C/G/T, в противном случае неоднозначен. возвращает RID и оценку сервера; Звоните blast_status не чаще одного раза в минуту, затем blast_results после READY. Последовательность отправляется в NCBI и не кэшируется локально; Потерянный ответ на запрос повышает blast_submission_unknown и не должен быть восстановлен автоматически. Проведите все запросы BLAST, по крайней мере, на 10 секунды, и все запросы на один и тот же RID, по крайней мере, на 60 секунды. Сохраните RID для возобновления после перезапуска. NCBI обычно сохраняет результаты в течение часов 36. Это не является гарантией удаления. Отмена, выход приложения и удаление только локальных запросов; API не имеет задокументированной операции удаленной отмены/удаления. не добавляется реестр вакансий или кэш результатов; Нормальная настойчивость разговора/ноутбука может сохранять входные и выходные данные.

Полное поле	Тип	Тип
sequence	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 100000
molecule_type	строка	обязательнострока ["nucleotide", "protein"]
database	строка	факультативный; ЭНУМ: ["nt", "core_nt", "refseq_rna", "nr", "refseq_protein", "swissprot"]
evalue	число	факультативный; Эксклюзивный минимум: 0; максимум: 1000
hitlist_size	целое число	факультативный; минимум: 1; максимум: 100
megablast	логическое значение	строка

const result = await host.mcp("genomes", "blast_submit", {"sequence": "ATGCGTACGTAGCTAG", "molecule_type": "nucleotide", "database": "nt"})

blast_status

Один раз проверь NCBI BLAST RID. Это единственный запрос SearchInfo и никогда не проводит опросы и не ждет. Уважайте руководство NCBI, чтобы подождать, по крайней мере 60 секунды между проверками. Возвращается ожидающим, готовым, несостоявшимся или неизвестным (неизвестный или просроченный рейс). Пропускайте все запросы BLAST по крайней мере на 10 секунды и запросы на тот же RID, включая поиск результатов, по крайней мере на 60 секунды.

Полное поле	Тип	Тип
rid	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 128

const result = await host.mcp("genomes", "blast_status", {"rid": "AYEFB4DT014"})

blast_results

Получите ограниченные результаты для NCBI BLAST RID. Он делает один запрос и возвращает готовый = ложный, когда работа все еще ждет; Выберите json2, xml2, текстовый или табличный выход после blast_status. Результаты ограничены 2 MiB и возвращены дословно. Таблица означает NCBI Text + ALIGNMENT_VIEW=Tabular, который может включать в себя комментарии HTML, теги PRE и заголовки отчетов; Это не просто TSV или CSV. Подождите, по крайней мере, 60 секунды после последнего запроса на этот RID, включая blast_status. Никаких автоматических повторов.

Полное поле	Тип	Тип
rid	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 128
format	строка	факультативный; ЭНУМ: ["json2", "xml2", "text", "tabular"]

const result = await host.mcp("genomes", "blast_results", {"rid": "AYEFB4DT014", "format": "json2"})

ensembl_lookup

Ищите гены, транскрипты или белки по стабильному идентификатору или гены по символу. Запрос принимает идентификаторы ENS (разрешенные версии), идентификаторы FlyBase / WormBase / дрожжей или символы, такие как BRAF. query_type: авто (по умолчанию) сначала пробует ID, затем символ только при явном отсутствии, если вход не является каноническим ENS/LRG ID; id использует только ID-поиск; Символ использует только поиск символов без нормализации версии. Вид относится только к поиску символов (по умолчанию homo_sapiens) и не выводится. Расширение включает в себя транскрипты, экзоны и переводы (по умолчанию ложные). Недействительные запросы и сбои в обслуживании вызывают ошибки.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
query_type	строка	факультативный; по умолчанию: "auto"; enum: ["auto", "id", "symbol"]
species	строка	факультативный; По умолчанию: "homo_sapiens"
expand	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_lookup", {"query": "BRAF", "query_type": "symbol"})

ensembl_xrefs

Внешние перекрестные ссылки стабильного идентификатора Ensembl — мост от идентификаторов гена/транскрипта Ensembl к HGNC, NCBI (EntrezGene), UniProt, OMIM, RefSeq, Expression Atlas и другим. Args: stable_id (ENSG.../ENST..., версия принята); external_db (необязательно точный фильтр имени базы данных, например). HGNC, EntrezGene, Uniprot_gn, MIM_GENE, RefSeq_mRNA; Опущено для всех. Возвращает {stable_id, external_db, n_xrefs, xrefs} — список COMPLETE (никогда не усеченный), отсортированный по (dbname, primary_id); каждый ряд {dbname, db_display_name, primary_id, display_id, описание, синонимы, info_type}. Неизвестные идентификаторы возвращают n_xrefs:0.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
stable_id	строка	обязательно
external_db	строка	необязательный

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_xrefs", {"stable_id": "ENSG00000157764", "external_db": "HGNC"})

ensembl_vep_variant

Ensembl VEP аннотирует последствия вариантов и суммирует результаты по транскриптам в порядке тяжести. Без hgvs_notation приоритет имеет variant_id, а region, allele и allele_orientation игнорируются. HGVS нельзя сочетать с этими параметрами. hgvs_notation принимает геномную, кодирующую или белковую запись HGVS (например ENST00000366667:c.803C>T). Версии референсных последовательностей передаются без изменения и проверки. Используется текущая сборка вида на rest.ensembl.org, без выбора сборки и liftover; assembly_name сообщает разрешенную сборку. Запросы HGVS включают hgvs=1 и transcript_version=1: transcript_id содержит версию, доступные hgvsc/hgvsp сохраняются. version_validation имеет значение unchecked. input_reference_annotations берутся из полного списка транскриптов независимо от max_consequences. matched означает совпадение идентичности референса без суффикса версии, а не проверку синтаксиса или версии; unknown — отсутствие сопоставимой аннотации. Аллели HGVS сохраняют исходную ориентацию, в том числе отрицательную цепь, без нормализации региона. allele не фильтрует поиск по ID. region использует включительные координаты с 1 в текущей сборке (GRCh38 человека; например 7:140753336-140753336): SNV start=end, вставка start=end+1. Допускаются суффиксы :1/:-1, но координаты всегда относятся к референсному геному. allele принимает A/C/G/T, - для делеции и INS/DUP/DEL/TDUP. По умолчанию allele_orientation=forward означает положительную референсную цепь. Режим region использует цепь региона и обратно комплементарно преобразует отрицательные последовательности; символические аллели отрицательного региона требуют forward. Запросы и результаты регионов всегда имеют положительную ориентацию. Ген на отрицательной цепи не требует отрицательного ввода. species по умолчанию homo_sapiens. max_consequences ограничивает строки (по умолчанию 25), упорядоченные HIGH>MODERATE>LOW>MODIFIER; n_transcript_consequences показывает общее число, transcript_consequences_truncated — усечение. Результаты содержат координаты, аллели, гены, последствия для транскриптов, регуляторных участков и мотивов, а также совпадающие по положению варианты. variant_allele сохраняется. n_transcripts считает уникальные непустые ID транскриптов на ген; worst_impact учитывает все полученные аллели. Ошибки HGVS и неизвестные rsID сохраняют причину от исходного сервиса.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
variant_id	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above
hgvs_notation	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above; minLength: 1
region	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above
allele	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above
allele_orientation	string	mode-dependent; see exclusion and strand rules above; default: "forward"; enum: ["forward", "region"]
species	string	optional; default: "homo_sapiens"
max_consequences	целое число	факультативный; По умолчанию: 25

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_vep_variant", {"variant_id": "rs7412", "max_consequences": 25})

ensembl_homology

Ортологи или паралоги гена от Ensembl Compara (сжатые строки — никаких выравниваний/последовательности). Args: gene_symbol (разрешено сначала для стабильного идентификатора в species); Пройти точно один из gene_symbol/gene_id; gene_id (ENSG) homology_type (ортологи по умолчанию/паралоги/проекции); target_species (ограничение на один вид); target_taxon (NCBI taxon subtree, например). 9443 Приматы; Сочетание с target_species, или семантикой; видов (источник видов, по умолчанию homo_sapiens); max_homologies (по умолчанию 200); n_total несет полный счет, homologies_truncated флаги шапки. Возвращает {gene_id, gene_symbol, виды, homology_type, target_species, target_taxon, n_total, homologies_truncated, гомологии }; строки, отсортированные по (видам,id) {type, видам, id, protein_id, taxonomy_level, method_link_type}. Quirk: маршрут /homology/symbol stalls — этот инструмент всегда решает сами символы и запросы с помощью стабильного идентификатора.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene_symbol	строка	необязательный
gene_id	строка	необязательный
homology_type	строка	факультативный; по умолчанию: "orthologues"; enum: ["orthologues", "paralogues", "projections"]
target_species	строка	необязательный
target_taxon	целое число	необязательный
species	строка	факультативный; По умолчанию: "homo_sapiens"
max_homologies	целое число	факультативный; По умолчанию: 200

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_homology", {"gene_symbol": "BRAF", "target_species": "mus_musculus"})

ensembl_sequence

Приведем последовательность из Ensembl — по стабильному идентификатору (ген/транскрипт/белок) или по геномной области. Передайте EITHER stable_id или регион. Args: stable_id (ENSG.../ENST.../ENSP..., версия принята); регион (включающий хром на основе 1:start..end или chrom:start-end, GRCh38 для человека, максимум 10Mb); виды (для маршрута региона, по умолчанию homo_sapiens); - проигнорированы для стабильных идентификаторов; seq_type (маршрут ID: геномный дефолт/cdna/cds/белок); Игнорировались регионы, которые всегда возвращаются геномными. Этот инструмент возвращает одну последовательность: для запросов cdna/cds/белка на уровне генов, которые разрешаются для нескольких последовательностей, вместо этого укажите стабильный идентификатор транскрипта/белка; max_bytes (защита полезной нагрузки по умолчанию 400000 — более крупные последовательности seq опущены); длина/ша256/метадата всегда возвращается; Повторный вызов с большим max_bytes для полного текста. Возвращает {found, запрос, seq_type, идентификатор, описание, молекулу, длину, sha256, seq} длина в единице, подразумеваемой молекулой (основы для ДНК, остатки для белка); сек, заменяемый seq_omitted, когда он ограничен; найдено: ложно с нулевыми полями только тогда, когда Ensembl явно сообщает о запрашиваемом стабильном идентификаторе, как не найдено; Запросы множественных последовательностей, несовместимые типы последовательностей и другие ошибки восходящего потока вызывают ошибки.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
stable_id	строка	необязательный
region	строка	необязательный
species	строка	факультативный; По умолчанию: "homo_sapiens"
seq_type	строка	факультативный; по умолчанию: "genomic"; enum: ["genomic", "cdna", "cds", "protein"]
max_bytes	целое число	факультативный; По умолчанию: 400000

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_sequence", {"stable_id": "ENSP00000288602", "seq_type": "protein"})

ensembl_overlap_region

Функции List Ensembl перекрывают геномную область — гены, транскрипты, регуляторные особенности (энхансеры/промоторы), повторы, варианты, кариотипные полосы. Args: region (1-based inclusive chrom:start-end GRCh38, например). 7:140719327-140925199; upstream отбраковывает пролеты > 5Mb — делится больше; функция (ген по умолчанию/транскрипт/эксон/cds/регулятор/мотив/повтор/вариация/structural_variation/диапазон/простой/миск); разновидностей (по умолчанию homo_sapiens); max_features (по умолчанию 500); n_total несет полное количество перекрытий, features_truncated флаги шапки. Возвращает { регион, вид, особенность, n_total, features_truncated, особенности } (Пуск, начало, начало). Форма рядов варьируется — гены {id, external_name, биотип, описание, начало, конец, нить, canonical_transcript, ...}; регуляторный {id, описание, начало, конец, extended_start/конец, ...}. Пустые области возвращают n_total:0.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
region	строка	обязательно
feature	строка	факультативный; по умолчанию: "gene"; enum: ["gene", "transcript", "exon", "cds", "regulatory", "motif", "repeat", "variation", "structural_variation", "band", "simple", "misc"]
species	строка	факультативный; По умолчанию: "homo_sapiens"
max_features	целое число	факультативный; По умолчанию: 500

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_overlap_region", {"region": "7:140719327-140925199", "feature": "gene"})

ncbi_resolve_taxon

Разрешить название вида или таксона для идентификаторов таксономии NCBI. Принимает научное/общее название или номер TaxID; возвращает каждый матч вверх по течению, поэтому двусмысленные имена не присваиваются молча первому результату.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 200
max_matches	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 100

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_resolve_taxon", {"query": "human"})

ncbi_get_assembly_info

Верните точную идентификацию сборки генома NCBI для версии присоединения GCF / GCA, включая таксон, имя сборки, синоним UCSC, статус и сопряженное присоединение RefSeq / GenBank. Присоединение без версий отклоняется для предотвращения ошибок воспроизводимости и совместимости видов.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
assembly_accession	строка	обязательно; шаблон: "^GC[AF]_[0-9]{9}\\.[0-9]+$"

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_get_assembly_info", {"assembly_accession": "GCF_000001405.40"})

ncbi_get_sequence_aliases

Перечислите названия последовательностей и точные псевдонимы UCSC/RefSeq/GenBank для одной версии сборки NCBI. - необязательное решение одного имени последовательности; Неоднозначные общие хромосомные метки сохраняются в виде нескольких совпадений вместо выбора альтернативного или нелокализованного каркаса. Результаты представляют собой ограниченный префикс, управляемый max_sequences (по умолчанию 200); Используйте большую крышку, когда требуется полный отчет о сборке.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
assembly_accession	строка	обязательно; шаблон: "^GC[AF]_[0-9]{9}\\.[0-9]+$"
sequence	строка	факультативный; Длина: 1; Длина: 200
max_sequences	целое число	факультативный; по умолчанию: 200; Минимум: 1; Максимум: 5000

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_get_sequence_aliases", {"assembly_accession": "GCF_000001405.40", "sequence": "chr1"})

ucsc_list_tracks

Перечислите треки данных, доступные в сборке UCSC Genome Browser (только листовые треки — запрашиваемые), необязательно отфильтрованные. Арги: геном (hg38 default/hg19/mm39/danRer11/...) - сборки 220; filter_text (бесчувствительная к регистру подстрока над именем/короткой/длинной этикеткой, например). phyloP, TFBS, ClinVar; не перечислять все - hg38 имеет ~24k листовых дорожек, вам почти всегда нужен фильтр; max_tracks (по умолчанию 200); n_total несет полный счет матча, tracks_truncated флаги шапки. Возвращает {genome, filter_text, n_total, tracks_truncated, треки } сортировка по названию трассы; каждый ряд {track, short_label, long_label, тип, группа, родитель }. Используйте track с ucsc_track_data. Quirk: первый вызов на геном загружает полный список ~17MB и кэширует его для процесса.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
genome	строка	факультативный; По умолчанию: "hg38"
filter_text	строка	необязательный
max_tracks	целое число	факультативный; По умолчанию: 200

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_list_tracks", {"genome": "hg38", "filter_text": "phyloP", "max_tracks": 50})

ucsc_track_data

Принесите сырые строки любого трека UCSC Genome Browser в регионе — общий аварийный люк за ucsc_conservation / ucsc_tfbs_clusters (генные треки, ClinVar, каталог GWAS, CpG Islands, повторы, ...). Args: track (название ucsc_list_tracks, например). известныйGene, cpgIslandExt, clinvarMain; хром (chr-prefixed, chr7/chrX — UCSC требует приставки); Старт (полуоткрытый на основе 0); Старт на основе Ensembl 1 - start-1 здесь; конечный (исключительный); геном (по умолчанию hg38); max_rows (API maxItemsOutput, 1000 по умолчанию); Усеченный флаг отражает собственный флаг maxItemsLimit API's. Возвращает {genome, трек, хром, начало, конец, track_type, items_returned, усеченный, ряды } — строки в форме вверх по течению (BED-подобные {chrom, chromStart, chromEnd, имя, счет, ...}); wiggle {start, end, value}). Неизвестные трассы поднимаются. Quirk: для некоторых огромных треков API сам выводит кэпы и указывает на dataDownloadUrl — эхом отражаясь, когда присутствует. Координаты должны быть неотрицательными целыми числами с end > start. Недействительные значения отвергаются, не округляются и не зажимаются в другой локус.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
track	строка	обязательно
chrom	строка	обязательно
start	целое число	обязательно; Минимум: 0; Максимум: 9007199254740991
end	целое число	обязательно; Минимум: 0; Максимум: 9007199254740991
genome	строка	факультативный; По умолчанию: "hg38"
max_rows	целое число	факультативный; По умолчанию: 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_track_data", {"track": "cpgIslandExt", "chrom": "chr7", "start": 140700000, "end": 140800000, "genome": "hg38"})

ucsc_conservation

Эволюционное резюме сохранения для региона из треков UCSC phyloP / phastCons (базовые оценки по многовидовым выравниваниям). Args: chrom (chr-prefixed); старт (полуоткрытый на основе 0); конечный (исключительный); пролет, ограниченный на 100000 bp — раздвоение больше; геном (по умолчанию hg38); трек (необязательно); по умолчанию: hg19 phyloP100wayAll, hg38 phyloP100way, mm10 phyloP60wayAll, mm39 phyloP35way; другие геномы сохраняют запасной вариант phyloP100way, которого может не существовать — при необходимости укажите трек оценки от ucsc_list_tracks; положительный = сохраненный, отрицательный = быстро развивающийся; альтернативные варианты hg38 phastCons100way, phyloP30way, phastCons30way, phyloP447way, phyloP470way; hg19phastCons100way; include_values (также возврат на базу) {start,end,value} строки, ограниченные max_values, values_truncated флаги шапки; По умолчанию false = summary only; max_values (по умолчанию 2000). Возвращение {genome, track, chrom, start, end, span_bp, n_bases_covered, coverage_fraction, mean, min, max} (+ значения, values_truncated по запросу). Статистика, взвешенная по базовому пролету каждого ряда, прикреплена к окну; Необнаруженные базы ниже coverage_fraction, не нулевые. Непрофильные трассы поднимают; Также поднимается укороченный вверх по течению список строк.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
chrom	строка	обязательно
start	целое число	обязательно; Минимум: 0; Максимум: 9007199254740991
end	целое число	обязательно; Минимум: 0; Максимум: 9007199254740991
genome	строка	факультативный; По умолчанию: "hg38"
track	строка	необязательный
include_values	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
max_values	целое число	факультативный; По умолчанию: 2000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_conservation", {"chrom": "chr7", "start": 140753330, "end": 140753380, "track": "phyloP100way"})

ucsc_tfbs_clusters

Кластеры сайтов связывания с транскрипционным фактором ENCODE, перекрывающие область (кластеры пиков ChIP-seq в сотнях типов клеток), которые TF связываются где. Args: chrom (chr-prefixed); старт (полуоткрытый на основе 0); конечный (исключительный); геном (hg38 по умолчанию трек encRegTfbsClustered ENCODE 3, или hg19 wgEncodeRegTfbsClusteredV3); другие сборки поднимают; max_rows (API maxItemsOutput по умолчанию 1000); Усеченный отражает maxItemsLimit. Возвращает {genome, трек, хром, начало, конец, items_returned, усеченный, n_факторы, факторы, кластеры } - кластеры, отсортированные по (chromStart,name) {name (символ TF, например). CTCF), chrom, chromStart, chromEnd, score (0-1000), sourceCount (поддерживающие эксперименты)}; Факторами является отдельный список TF. Score>=~600 и high sourceCount ~ прочная привязка. Координаты должны быть неотрицательными целыми числами с end > start. Недействительные значения отвергаются, не округляются и не зажимаются в другой локус.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
chrom	строка	обязательно
start	целое число	обязательно; Минимум: 0; Максимум: 9007199254740991
end	целое число	обязательно; Минимум: 0; Максимум: 9007199254740991
genome	строка	факультативный; По умолчанию: "hg38"
max_rows	целое число	факультативный; По умолчанию: 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_tfbs_clusters", {"chrom": "chr7", "start": 140699000, "end": 140760000, "genome": "hg38"})

ucsc_chrom_sizes

Хромосома/контиговые названия и размеры сборки UCSC — для проверки координат и итерации областей. Args: геном (по умолчанию hg38); filter_text (бесчувствительная к регистру подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная. chr1; hg38 имеет последовательности 711, в основном alt/random/unplaced; первичные хромосомы сортировать первыми; max_chroms (по умолчанию 100); n_total несет полный счет после фильтра, chroms_truncated флаги колпачок. Возвращает {genome, filter_text, chrom_count (в масштабе всей сборки от API), n_total, chroms_truncated, хромосомы: [{name, size_bp}] } Сортировка по размеру нисходящая.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
genome	строка	факультативный; По умолчанию: "hg38"
filter_text	строка	необязательный
max_chroms	целое число	факультативный; По умолчанию: 100

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_chrom_sizes", {"genome": "hg38", "filter_text": "chr1", "max_chroms": 25})

clustalo_submit

Подать три или более последовательностей белка, ДНК или РНК в EMBL-EBI Job Dispatcher Clustal Omega для асинхронного выравнивания нескольких последовательностей. Ввод данных должен быть однозначно назван записями FASTA; Сервис принимает максимум последовательностей 4000 или 4 MiB. возвращает job_id; Сохраните его и позвоните clustalo_status до clustalo_results. Разъем запрашивает clustal_num по умолчанию, выравнивание Clustal с номерами позиций, подходящее для проверки сохраненных участков и последующего эволюционного анализа. EMBL-EBI запрашивает действительное контактное письмо. Установите контактное электронное письмо в настройках → Конфиденциальность → Поделитесь контактным электронным письмом с службами данных исследований. Потерянный ответ может представлять собой принятую удаленную работу. Не возвращайте автоматически. EMBL-EBI хранит результаты в течение ограниченного периода, контролируемого провайдером (документировано до одной недели); Это не гарантия удаления, принадлежащая приложению. job_id возобновляется после перезапуска. Этот разъем не добавляет реестр вакансий, кэш результатов или автоматическую повторную отправку, а отмена / выход приложения только останавливает локальные запросы. Последовательность отправляется в EMBL-EBI, и хост может сохранять входные данные инструмента и возвращать содержимое выравнивания в разговоре или настойчивости Notebook. Уважайте руководство по справедливому использованию EMBL-EBI: подавайте не более заданий 30 в пакете и ожидайте обработки / результатов, прежде чем отправлять больше; Этот разъем не обеспечивает перекрестного вызова дросселирования. https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/docs/webservices/ для официального контракта API.

Полное поле	Тип	Тип
sequence	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 4194304
stype	строка	обязательно; enum: ["protein", "dna", "rna"]
outfmt	строка	факультативный; ["clustal_num"]
title	строка	; шаблон: "^GC[AF]_[0-9]{ 9}\.[0-9]+$"
dealign	логическое значение	строка
order	строка	факультативный; enum: ["aligned", "input"]

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_submit", {"sequence": ">human\nMKT\n>mouse\nMRT\n>rat\nMRT\n", "stype": "protein"})

clustalo_status

Один раз проверьте работу EMBL-EBI Clustal Omega. Это единый запрос о статусе и никогда не проводит опросы и не ждет. Позвоните ему снова, по крайней мере, через 10 секунды, пока не закончите, не ошибетесь, не ошибетесь или не найдете. Храните job_id при возобновлении после перезапуска.

Полное поле	Тип	Тип
job_id	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 128

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_status", {"job_id":"clustalo-I20240923-000000-0000-0000000-p1m"})

clustalo_results

Принесите один ограниченный файл выравнивания Clustal Omega clustal_num для завершения работы. Пройти тот же Outfmt, возвращенный clustalo_submit; Этот инструмент делает один запрос результата и возвращает содержимое выравнивания плюс предложение имени файла. Если провайдер по-прежнему сообщает QUEUED или RUNNING, он возвращается готовым: ложным с подсказкой о повторной проверке; Сбои провайдера являются ошибками и сохраняют job_id для диагностики. Результаты ограничены 8 MiB и возвращаются дословно, поэтому абонент может сохранить контент в виде файла выравнивания для проверки на консервативном месте или последующего филогенетического анализа. Никаких автоматических повторов. EMBL-EBI хранит результаты в течение ограниченного периода, контролируемого провайдером (документировано до одной недели); Это не гарантия удаления, принадлежащая приложению. job_id возобновляется после перезапуска. Этот разъем не добавляет реестр вакансий, кэш результатов или автоматическую повторную отправку, а отмена / выход приложения только останавливает локальные запросы. Последовательность отправляется в EMBL-EBI, и хост может сохранять входные данные инструмента и возвращать содержимое выравнивания в разговоре или настойчивости Notebook. Уважайте руководство по справедливому использованию EMBL-EBI: подавайте не более заданий 30 в пакете и ожидайте обработки / результатов, прежде чем отправлять больше; Этот разъем не обеспечивает перекрестного вызова дросселирования.

Полное поле	Тип	Тип
job_id	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 128
outfmt	строка	обязательно; ["clustal_num"]

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_results", {"job_id":"clustalo-I20240923-000000-0000-0000000-p1m", "outfmt":"clustal_num"})

ensembl_ld_pairwise

Несбалансированность запроса (r2 и D') между двумя вариантами идентификаторов, такими как rsID каталога GWAS, в явно выбранной популяции. Абонент должен предоставить полное имя населения в population_name (например, 1000GENOMES:phase_3:KHV Этот инструмент не обнаруживает популяций или выводит родословную. Разновидности по умолчанию homo_sapiens. Возвращает идентичности вариантов выше по течению и числовой r2/d_prime без значения или причинно-следственного вывода. Высокий LD не устанавливает причинно-следственную связь. Пустые результаты означают отсутствие возврата данных LD, а не нулевой LD; Недействительные идентификаторы/населения и сбои в обслуживании остаются ошибками. Справочные метаданные включают в себя население, известную панель, URL-адрес запроса и время поиска; Сборка/выпуск недействительны, так как конечная точка LD не сообщает о них.

Полное поле	Тип	Тип
variant_id1	строка	обязательно; Длина: 1; Модель: "\S"
variant_id2	строка	обязательно; Длина: 1; Модель: "\S"
population_name	строка	обязательно; Длина: 1; Модель: "\S"
species	строка	факультативный; по умолчанию: "homo_sapiens"; Длина: 1; Модель: "\S"

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_ld_pairwise", {"variant_id1": "rs6792369", "variant_id2": "rs1042779", "population_name": "1000GENOMES:phase_3:KHV"})

ensembl_ld_proxies

Найдите близлежащие варианты в LD с идентификатором варианта (например, ). a GWAS rsID) в требуемом population_name, таком как 1000GENOMES:phase_3:KHV. Разновидности по умолчанию homo_sapiens. min_r2 по умолчанию 0.8; min_d_prime по умолчанию 0; Оба являются пороговыми значениями в [0,1]. window_size - общая ширина центрированного окна Ensembl в kb (целое число 1-500, 500 по умолчанию, примерно 250 kb с каждой стороны по умолчанию); max_records ограничивает выход (целое число 1-1000, 100) и не ограничивает объем вычислений или загрузки. Результаты сортируются по r2 нисходящей, затем d_prime нисходящей и варианту ID, перед кэпированием. Координаты/аннотации являются атрибутами восходящего потока. Отчёт населения и reference_data с результатами. Высокий LD не устанавливает причинно-следственную связь или функциональную эквивалентность. Пустые результаты означают отсутствие возвращаемых квалификационных данных, а не нулевой LD. Ошибки остаются ошибками; Сборка/выпуск не сообщаются этой конечной точкой и остаются недействительными. Абонент должен предоставить полное имя населения; Этот инструмент не обнаруживает популяций или выводит родословную.

Полное поле	Тип	Тип
variant_id	строка	обязательно; Длина: 1; Модель: "\S"
population_name	строка	обязательно; Длина: 1; Модель: "\S"
species	строка	факультативный; по умолчанию: "homo_sapiens"; Длина: 1; Модель: "\S"
min_r2	число	факультативный; по умолчанию: 0.8; Минимум: 0; Максимум: 1
min_d_prime	число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1
window_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 500; Минимум: 1; Максимум: 500
max_records	целое число	целое число

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_ld_proxies", {"variant_id": "rs1042779", "population_name": "1000GENOMES:phase_3:KHV", "min_r2": 0.8, "window_size": 500, "max_records": 100})

Варианты

Показать операции и параметры

Правила координации gnomAD: записывает штифт набора данных с помощью эталонной сборки. Коротковариантные генные/региональные запросы используют GRCh37 для r2.1/ExAC и GRCh38 для r3/r4; Структурно-вариантные генные запросы используют gnomad_sv_r2_1 (GRCh37) или gnomad_sv_r4 (GRCh38); Изменение штифта не преобразует входные координаты. gene_constraint и зеркало GnomAD ClinVar используют фиксированный поиск гена GRCh38 и не принимают аргумент набора данных. Митохондриальные запросы также используют фиксированный родительский поиск GRCh38. Поставляет либо ген, либо обе упорядоченные границы области, никогда оба режима. Границы областей должны быть целыми числами от 1 до 999,999,999. Разница в один миллион базисных разниц распространяется на region_variants. Это не отдельный митохондриальный предел. Сохраняйте идентификаторы структурно-вариантных идентификаторов с их исходным набором данных SV.

get_variant

Посмотрите на один короткий вариант gnomAD по ID и верните общие частоты экзома / генома. variant_id - это chrom-pos-ref-alt в справочной сборке набора данных (GRCh38 для r3/r4, GRCh37 для r2.1/ExAC), например. 19-44908822-C-T (APOE rs7412); Сначала используйте search_variants для разрешения rsID. Установите include_populations: true, когда для индивидуального варианта требуются специфические для предков подсчеты / частоты. Сохранение набора данных, подсчета аллелей и фильтров качества при интерпретации частот; Редкость сама по себе не устанавливает патогенность или критерий ACMG.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
variant_id	строка	обязательно
dataset	строка	факультативный; по умолчанию: "gnomad_r4"; Перечислим: ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "эксцентричный"]
include_populations	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный

const result = await host.mcp("variants", "get_variant", {"variant_id": "19-44908822-C-T", "dataset": "gnomad_r4"})

search_variants

Поиск gnomAD для идентификаторов вариантов, соответствующих строке запроса (rsID, такой как rs7412, идентификатор варианта или префикс). Используйте это для разрешения идентификаторов rsID для chrom-pos-ref-alt для get_variant.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
dataset	строка	факультативный; по умолчанию: "gnomad_r4"; Перечислим: ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "эксцентричный"]

const result = await host.mcp("variants", "search_variants", {"query": "rs7412", "dataset": "gnomad_r4"})

gene_variants

Перечислите все короткие варианты гномады в гене. Границы генов и координаты вариантов используют сборку эталонных наборов данных (GRCh37 для r2.1/ExAC, GRCh38 для r3/r4). Полный список может содержать тысячи строк для больших генов. Передайте точно один из gene_symbol (символ HGNC, например). APOE) или gene_id (Ensembl gene ID, например. ENSG00000130203).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene_symbol	строка	необязательный
gene_id	строка	необязательный
dataset	строка	факультативный; по умолчанию: "gnomad_r4"; Перечислим: ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "эксцентричный"]

const result = await host.mcp("variants", "gene_variants", {"gene_symbol": "APOE", "dataset": "gnomad_r4"})

gene_constraint

метрики ограничения гена gnomAD: pLI, наблюдаемые/ожидаемые LoF-missense-синонимы с соотношениями oe + 90% CI и z-баллами класса. Использовать для оценки непереносимости гена ' к потере функции (pLI >= 0.9 или oe_lof_upper (LOEUF) <) 0.6 - LoF-нетерпимость. Пройдите ровно один из gene_symbol (например). TP53) или gene_id.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene_symbol	строка	необязательный
gene_id	строка	необязательный

const result = await host.mcp("variants", "gene_constraint", {"gene_symbol": "TP53"})

region_variants

Перечислите все короткие варианты гномады в геномной области (макс 1 Mb — разделение больших областей на последовательные окна). chrom принимает 1-22, X, Y, дополнительный префикс chr и строчную версию x/y; start/stop - это 1 на основе включительно, а stop - start должен быть < = 1,000,000. Набор данных определяет исходную сборку координат (GRCh37 для r2.1/ExAC, GRCh38 для r3/r4); Координаты ввода уже должны использовать эту сборку без автоматического подъема.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
chrom	строка	обязательно
start	целое число	обязательно; Минимум: 1; Максимум: 999999999
stop	целое число	обязательно; Минимум: 1; Максимум: 999999999
dataset	строка	факультативный; по умолчанию: "gnomad_r4"; Перечислим: ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "эксцентричный"]

const result = await host.mcp("variants", "region_variants", {"chrom": "1", "start": 55039475, "stop": 55064852, "dataset": "gnomad_r4"})

liftover_variant

Карта варианта ID между сборками ссылок (GRCh37 <->) GRCh38) с использованием подъемного стола gnomAD's. variant_id - это chrom-pos-ref-alt на source_build. Маршрут является направленным: идентификатор GRCh38, пройденный с source_build=GRCh37, возвращает нулевые результаты, а не ошибку.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
variant_id	строка	обязательно
source_build	строка	факультативный; по умолчанию: "GRCh37"; enum: ["GRCh37", "GRCh38"]

const result = await host.mcp("variants", "liftover_variant", {"variant_id": "1-55516888-G-GA", "source_build": "GRCh37"})

clinvar_variants

Перечислите варианты ClinVar в гене, отраженном гномадом, с клинической значимостью, статусом обзора и золотыми звездами. Выходные штифты gnomAD's ClinVar снимут с помощью clinvar_release_date. Пройдите ровно один из gene_symbol (например). BRCA1) или gene_id.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene_symbol	строка	необязательный
gene_id	строка	необязательный

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variants", {"gene_symbol": "BRCA1"})

structural_variants

Перечислите структурные варианты гномады (делеции, дупликации, вставки, инверсии, CNV...), перекрывающие ген. Пройдите ровно один из gene_symbol (например). TP53) или gene_id. dataset — SV-пин — gnomad_sv_r4 (по умолчанию, GRCh38) или gnomad_sv_r2_1 (GRCh37); Идентификаторы SV являются специфичными для релиза.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene_symbol	строка	необязательный
gene_id	строка	необязательный
dataset	строка	факультативный; по умолчанию: "gnomad_sv_r4"; enum: ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "structural_variants", {"gene_symbol": "TP53", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

get_structural_variant

Посмотрите на один структурный вариант гномады по его SV ID, специфичному для выпуска (например). DEL_CHR17_599B1512 в gnomad_sv_r4. Идентификаторы не переносят релизы — dataset (по умолчанию gnomad_sv_r4 или gnomad_sv_r2_1) должен соответствовать выпуску, из которого был получен идентификатор.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
sv_id	строка	обязательно
dataset	строка	факультативный; по умолчанию: "gnomad_sv_r4"; enum: ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "get_structural_variant", {"sv_id": "DEL_CHR17_A5250EA9", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

mitochondrial_variants

Перечислите варианты митохондрий gnomAD с гетероплазматически-осознанными числами (ac_het, ac_hom, max_heteroplasmy) для митохондриального гена или окна координат chrM. Митохондриальный набор вызовов доступен только через GRCh38 gnomAD r3/r4 контакты набора данных: используйте набор данных gnomad_r3 или gnomad_r4. Передайте ген (gene_symbol, как MT-TL1, или gene_id) или область (region_start + region_stop), а не оба.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene_symbol	строка	необязательный
gene_id	строка	необязательный
region_start	целое число	факультативный; минимум: 1; максимум: 999999999
region_stop	целое число	факультативный; минимум: 1; максимум: 999999999
dataset	строка	необязательный "gnomad_r4"строка ["gnomad_r4", "gnomad_r3"]

const result = await host.mcp("variants", "mitochondrial_variants", {"gene_symbol": "MT-TL1", "dataset": "gnomad_r4"})

clinvar_search

Найдите ClinVar напрямую (живой NCBI, а не снимок gnomAD's) и верните соответствующие записи вариаций с клинической значимостью, статусом обзора и золотыми звездами. Требуется контактная электронная почта (Настройки → Удостоверения → Доступ к литературе → Контактная электронная почта) в соответствии с политикой использования электронных услуг NCBI. Args: запрос (запрос ClinVar Entrez — бесплатный текст, такой как "TP53 R175H") или строка HGVS работает, и полевые термины составляют AND/OR/NOT, например. BRCA1[ген], патогенный[CLIN_SIG], синдром "Lynch"[dis], single_nucleotide_variant[Тип вариации]; rsID также работает, но clinvar_variant_by_rsid возвращает более полные записи), max_records (контакт страницы 1-200, 50). Об итогах матча всегда сообщается; когда > max_records - это префикс с заглавной буквой (ClinVar relevance/recency order) и усеченный. NCBI E-utilities периодически возвращает HTTP 500 под нагрузкой — повторите один раз через несколько секунд, если это произойдет.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_search", {"query": "BRCA1 pathogenic[CLIN_SIG]", "max_records": 50})

clinvar_get_records

Принесите полные записи ClinVar для пакета присоединений VCV / RCV или идентификаторов с голыми вариациями. Требуется контактная электронная почта (Настройки → Удостоверения → Доступ к литературе → Контактная электронная почта) в соответствии с политикой использования электронных услуг NCBI. Args: присоединения (до идентификаторов 50, принятых смешанных форм — VCV000045122 (версия VCV000045122.3 ok); RCV000019428 (каждый RCV стоит одного дополнительного поиска) или просто идентификатор вариации ClinVar (45122). rsID отклоняются — используйте clinvar_variant_by_rsid. RCV (одна пара вариант-условие) разрешает свою родительскую запись вариации VCV. Никогда не опускайте вход молча.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accessions	['string', 'array']	обязательно

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_get_records", {"accessions": ["VCV000045122", "RCV000019428", "45123"]})

clinvar_variant_by_rsid

Все записи вариаций ClinVar, которые ссылаются на dbSNP rsID, с полными классификациями (rsID может отображаться на несколько VCV — один на альтернативную аллель, например). rs121913529 охватывает KRAS G12D/G12V/G12A. Требуется контактная электронная почта (Настройки → Удостоверения → Доступ к литературе → Контактная электронная почта) в соответствии с политикой использования электронных услуг NCBI. Args: rsid (dbSNP reference SNP ID, например). rs7412; rs<digits>, max_records (кап 1-200, по умолчанию 50). Total всегда несет в себе истинное количество матчей и усеченные флаги с ограниченным списком; 0 означает, что ClinVar не имеет записи для rsID.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
rsid	строка	обязательно
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variant_by_rsid", {"rsid": "rs121913529", "max_records": 50})

dbsnp_get_rsids

Канонические записи dbSNP RefSNP для партии rsID: размещения GRCh38 + GRCh37, аллели, контекст генов, частоты аллелей для каждого исследования и перекрестные ссылки ClinVar. Требуется контактная электронная почта (Настройки → Удостоверения → Доступ к литературе → Контактная электронная почта) в соответствии с политикой использования электронных услуг NCBI; Без одного инструмента возвращается {error: 'contact_email_required', message}. Args: rsids (до 20 rs<digits>, case-insensitive) — каждый запрос NCBI Variation Services обходится в один темп, поэтому большие партии берут ~1s за rsID. Возвращает {n_requested, записи, not_found (rs numbers dbSNP doesn't know), not_processed (rsIDs пропущены, когда бюджет на настенные часы закончился — повторно запросите только эти) }. Каждая запись: {rsid, статус, create_date, last_update_date, last_update_build_id, n_citations, citations_pmids (зарегистрирована на 20); citations_truncated флаги шапка), variant_type, mane_select_ids, размещения, аллели }. Статус: 'live', 'merged' (запись вместо этого несет merged_into — повторный запрос этих rsID) или 'no_data' (отозвано/неподдерживаемо). Расположения дают хромосомные координаты на основе 1 с ref/alts на сборку (GRCh38, is_primary истинно). Каждая запись alt-allele: {allele, ref, spdi (интербаза на основе 0), hgvs, частоты: [{study, study_version, allele_count, total_count, af}] (ALFA, 1000Genomes, TOPMED, gnomAD...), clinvar: [{rcv_accession, clinical_significances, review_status, last_evaluated_date, disease_names}], гены: [{symbol, gene_id, имя, ориентация, последствия (термины SO), mane_select: [{transcript_hgvs, protein_spdi}] }] }.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
rsids	массив строк	обязательно

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_get_rsids", {"rsids": ["rs7412", "rs429358"]})

dbsnp_search_by_region

Перечислите dbSNP rsIDs в геномном окне (поисковый позиционный индекс db=snp — NCBI Variation Services не имеет конечной точки региона). Требуется контактная электронная почта (Настройки → Удостоверения → Доступ к литературе → Контактная электронная почта) в соответствии с политикой использования электронных услуг NCBI; Без одного инструмента возвращается {error: 'contact_email_required', message}. Арги: хром (1-22, X, Y или MT); 'chr' префикс допустимый, стартовый (1-based inclusive), стоп (включительно); пролет, ограниченный 1 Mb, — разделять большие области на последовательные окна; Плотные области содержат много тысяч rsID на кб, поэтому сохраняют окна маленькими или поднимают max_rsids, сборка (показатель позиционирования — 'GRCh38') По умолчанию - > [CPOS] или 'GRCh37' -> [CPOS_GRCH37]; Координаты должны быть на выбранной сборке), max_rsids (кап-кап 1-1000, по умолчанию 200). Возвращает {chrom, запуск, остановку, сборку, термин (точный используемый запрос Entrez), общий (собственный счет API'), n_возврат, усечение, rsids}. Усеченное верно, когда общее значение > n_returned — список затем является префиксом в порядке по умолчанию Entrez (снижается число rs), никогда не является молчаливым усечением. Кормите rsID (< = 20 за раз) до dbsnp_get_rsids для полных записей.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
chrom	строка	обязательно
start	целое число	обязательно
stop	целое число	обязательно
assembly	строка	факультативный; по умолчанию: "GRCh38"; enum: ["GRCh38", "GRCh37"]
max_rsids	целое число	факультативный; По умолчанию: 200

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_search_by_region", {"chrom": "19", "start": 44905000, "stop": 44910000, "assembly": "GRCh38"})

mavedb_search_score_sets

Поиск общедоступных мультиплексированных анализов MaveDB с вариантным эффектом (MAVE) по тексту, таким как символ гена, белок или анализ. Ключ API или контактная электронная почта не требуются. Возвращает одну страницу с общим объемом выше по течению, когда известно; Функциональные оценки являются специфическими для анализа и не являются клиническими классификациями или частотами населения.

Полное поле	Тип	Тип
text	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 1000; Модель: "\S"
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000000
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_search_score_sets", {"text":"BRCA1","limit":20})

mavedb_get_score_set

Получите опубликованный рейтинг MaveDB, установленный URN, включая цели, метаданные анализа, лицензии, публикации и экспериментальные отношения. Включает в себя официальные полные CSV и отображаемые варианты URL-адресов загрузки для ручной загрузки пользователем; Не извлекайте эти URL-адреса с исходным HTTP, чтобы обойти host.mcp. Прочитайте методы анализа и калибровку баллов перед интерпретацией функциональных эффектов.

Полное поле	Тип	Тип
urn	строка	обязательно; шаблон: "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0)-[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_score_set", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1"})

mavedb_download_scores

Загрузите страницу CSV с вариантом MaveDB (по умолчанию 1000 строки, максимум 10000). Использует старт/лимит, а не зачет. возвращает исходный текст CSV, включая все столбцы оценок и значения NA, для сохранения с помощью файловых API Notebook; Этот инструмент не записывает локальный файл. Также возвращает незагруженный официальный URL-адрес загрузки для ручной загрузки пользователем; Не извлекайте эти URL-адреса с исходным HTTP, чтобы обойти host.mcp. Используйте numVariants от mavedb_get_score_set для планирования страниц. Страница не является полным набором данных.

Полное поле	Тип	Тип
urn	строка	обязательно; шаблон: "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0)-[1-9][0-9]*$"
start	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000000
limit	целое число	факультативный; по умолчанию: 1000; Минимум: 1; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_download_scores", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1","start":0,"limit":1000})

mavedb_get_mapped_variants

Восстановление существующих вариантов отображения MaveDB для опубликованного набора баллов, включая объекты GA4GH VRS, идентификаторы ссылочной последовательности, версию VRS и ошибки отображения. Это считывает отображения, уже вычисленные MaveDB; Он не подает варианты или не выполняет подъем. Конечная точка верхнего потока не запускается, и применяется общий предел отклика 64 MiB. Для больших наборов данных, предложите официальный URL от mavedb_get_score_set для ручной загрузки пользователем; Не извлекайте эти URL-адреса с исходным HTTP, чтобы обойти host.mcp. HTTP 404 может означать отсутствие картографических записей, а не только отсутствие набора URN. Возвращенные записи могут включать несостоявшиеся отображения.

Полное поле	Тип	Тип
urn	строка	обязательно; шаблон: "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0)-[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_mapped_variants", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1"})

mavedb_get_experiment

Проведите публичный эксперимент MaveDB экспериментом URN (без суффикса набора баллов), включая методы, публикации, набор экспериментов и оценку. Поддерживает специальный эксперимент мета-анализа -0, а также эксперименты с индексированием букв. Аутентификация не требуется.

Полное поле	Тип	Тип
urn	строка	обязательно; шаблон: "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0]$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_experiment", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a"})

mavedb_get_experiment_score_sets

Перечислите наборы баллов, видимые для публичного читателя эксперимента MaveDB. Фильтры конечных точек верхнего потока по видимости и суперсессионным цепочкам, поэтому это не полная история версий. Он возвращает выбранный список без пагинации. HTTP 404 может означать, что не существует наборов баллов, а эксперимент URN недоступен. Используйте возвращенный набор URN для получения функциональных оценок или карт.

Полное поле	Тип	Тип
urn	строка	обязательно; шаблон: "^urn:mavedb:[0-9]{ 8}-(?:[a-z]+| 0]$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_experiment_score_sets", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a"})

clinvar_get_submissions

Получите индивидуальные доказательства SCV от официального ClinVar VCV XML. Требуется такая же контактная электронная почта, как и clinvar_search. Присоединение к пропуску: присоединение VCV (факультативная .версия почетна) или идентификатор положительной вариации. Неверный ввод извлекает последний VCV. RCV, SCV и rsID не принимаются. Возврат представленных классификаций отдельно для зародышевой линии, соматического клинического воздействия и онкогенности, условий, отправителя, даты оценки, методов утверждения, замечаний публичной классификации, наблюдаемых доказательств и цитат, где предусмотрено. Исчезнувшие поля остаются пустыми. Сравнение представлений в рамках одного и того же типа классификации и условия; Этот инструмент не выявляет конфликтов. max_submissions устанавливает размер страницы (1-200, 200); Компенсация по умолчанию 0. Для более поздних страниц передайте возвращенные аргументы next_page, которые закрепляют версию VCV; Для смещения > 0 требуется версия VCV. Каждая страница перезаписывает полный XML; Нет никакого кэша результата. Включенные записи содержат косвенные ссылки, а не прямые доказательства SCV. Дублирующие SCV сохраняют самую высокую версию, присутствующую в запрашиваемом снимке.

Полное поле	Тип	Тип
accession	строка	обязательно
max_submissions	целое число	факультативный; по умолчанию: 200; Минимум: 1; Максимум: 200
offset	целое число	целое число

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_get_submissions", {"accession":"VCV000045122"})

Клинические испытания

Показать операции и параметры

search_trials

Предварительный поиск по ClinicalTrials.gov. Фильтр по состоянию, вмешательству, спонсору, местоположению, статусу (например). ["RECRUITING"]), фаза (["PHASE1".."PHASE4"]) и study_type. условие/вмешательство/спонсор/местоположение принимают синтаксис запроса Essie (булевый AND/OR/NOT, "quoted phrases", группирование, автоматические синонимы). Страница с page_token; count_total для общего количества матчей. advanced_query объединяет необработанное выражение Essie в filter.advanced.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
condition	строка	необязательный
intervention	строка	необязательный
sponsor	строка	необязательный
location	строка	необязательный
status	массив строк	необязательный
phase	массив строк	необязательный
study_type	строка	факультативный; ["INTERVENTIONAL", "OBSERVATIONAL", "EXPANDED_ACCESS"]
advanced_query	строка	необязательный
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 10; Минимум: 1; Максимум: 1000
page_token	строка	необязательный
count_total	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_trials", {"condition": "lung cancer", "status": ["RECRUITING"], "phase": ["PHASE3"], "count_total": true, "page_size": 10})

get_trial_details

Получите подробную информацию для одного испытания по идентификатору NCT (формат "NCT") + Цифры 8; голое число является префиксным, нечувствительным к случаю. Возвращает полные критерии приемлемости, дизайн исследования, первичные / вторичные / другие конечные точки, все местоположения, спонсоров и сотрудников, даты, регистрацию и ссылку на результаты.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
nct_id	строка	обязательно

const result = await host.mcp("clinical-trials", "get_trial_details", {"nct_id": "NCT03661411"})

search_by_sponsor

Найти испытания, спонсируемые компанией или организацией (частичное совпадение имен, например). "Pfizer" Об этом сообщает "Pfizer Inc". Необязательно узкий по состоянию, фазе и статусу. Установите count_total для общего количества испытаний спонсором. Страница с page_token.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
sponsor_name	строка	обязательно
condition	строка	необязательный
phase	массив строк	необязательный
status	массив строк	необязательный
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 10; Минимум: 1; Максимум: 1000
page_token	строка	необязательный
count_total	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_sponsor", {"sponsor_name": "Pfizer", "phase": ["PHASE3"], "count_total": true})

search_investigators

Найдите основных исследователей и исследовательские сайты по состоянию, учреждению, местоположению или investigator_name. учреждение фильтрует объект на объекте и имеет приоритет над местоположением; investigator_name выполняет поиск по адресу: GeneralOfficialName и ResponsiblePartyInvestigatorFullName. Возвращает контакты сайта (имена, роли, принадлежности, объекты, города) с их тестовыми идентификаторами NCT. page_size показывает, сколько испытаний сканируется.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
condition	строка	необязательный
institution	строка	необязательный
location	строка	необязательный
investigator_name	строка	необязательный
status	массив строк	необязательный
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_investigators", {"condition": "Alzheimer", "institution": "Mayo Clinic", "page_size": 20})

analyze_endpoints

Анализ первичных/вторичных/других показателей результатов (конечных точек). Обеспечить ТОЛЬКО nct_id (режим с одним испытанием) ИЛИ условие (совокупный режим в испытаниях); Если обе версии даны, то nct_id имеет преимущество. Совокупный режим может быть сужен по фазе и start_date_after (YYYY-MM-DD) и сканирует до испытаний page_size. Возвращает списки конечных точек плюс наиболее распространенные имена измерений в анализируемых испытаниях.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
nct_id	строка	необязательный
condition	строка	необязательный
phase	массив строк	необязательный
start_date_after	строка	необязательный
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 50; Минимум: 1; Максимум: 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "analyze_endpoints", {"nct_id": "NCT03661411"})

search_by_eligibility

Совпадение пациентов. Неправильно проводить судебные разбирательства, если статус не установлен. Поставка min_age или max_age для одного возраста пациента (65 Годы, 6 Месяцы) Проверяются обе возрастные границы. Если оба поставляются, исследование должно учитывать весь возрастной интервал пациента. Пропущенные возрастные ограничения не ограничены. секс-мужчина / женщина включает в себя все-прибывшие испытания; Все или опущенный секс не имеет полового фильтра. eligibility_keywords выполняет поиск по тексту критериев включения/исключения (например, по запросу «включение/исключение»). "HbA1c > 8", "BRCA мутация", "ECOG 0-1"). Требуется хотя бы одно из состояний, eligibility_keywords, min_age, max_age или пол. Страница с page_token.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
condition	строка	необязательный
eligibility_keywords	строка	необязательный
min_age	строка	необязательный
max_age	строка	необязательный
sex	строка	факультативный; ["ALL", "MALE", "FEMALE"]
status	массив строк	необязательный
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 10; Минимум: 1; Максимум: 1000
page_token	строка	необязательный

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_eligibility", {"condition": "diabetes", "min_age": "65 Years", "sex": "FEMALE"})

get_trial_results

Читайте опубликованные результаты испытаний по идентификатору NCT (случай-нечувствительный; голые 8 цифр приняты). Возвращает фактические измерения результатов, подсчеты и знаменатели, единицы, статистический анализ, поток участников, исходные характеристики, неблагоприятные события и оговорки отчетности из результатов Раздел. Нестационарные поля сохраняют официальные названия и иерархию верблюжьих кейсов API. Решайте групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групповые/групп Отсутствие данных не означает нулевых событий или отсутствия эффекта лечения.

поле	Тип	Требования и ограничения
nct_id	string	необходимый

const result = await host.mcp("clinical-trials", "get_trial_results", {"nct_id": "NCT04280705"})

Клиническая геномика

Показать операции и параметры

clingen_gene_validity

Курации достоверности генной болезни ClinGen (насколько убедительны доказательства того, что вариация в гене вызывает заболевание: окончательная / сильная / сильная / умеренная / ограниченная / спорная / опровергнутая / неизвестная связь с болезнью). Перечислите все гены 3,600+.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene	строка	необязательный

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_gene_validity", {"gene": "BRCA2"})

clingen_dosage_sensitivity

Курации чувствительности дозировки ClinGen: утверждения о гаплоиновости и триплочувствительности для генов (и необязательно геномные / CNV области ISCA). Символ гена или ISCA регион id фильтрует точно; Опустить для полного стола.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene	строка	необязательный
include_regions	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_dosage_sensitivity", {"gene": "TP53"})

clingen_actionability

Клинические экшн-курации ClinGen: для расстройств, связанных с геном, является ли раннее вмешательство в пресимптоматических носителях действенным (пары вмешательства / результата с тяжестью, вероятностью, эффективностью, оценкой компонентов характера вмешательства и общей оценкой). Фильтр генов соответствует любому члену многогенной тематики.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene	строка	необязательный
context	строка	факультативный; по умолчанию: "both"; enum: ["adult", "pediatric", "both"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_actionability", {"gene": "BRCA1", "context": "adult"})

clingen_variant_classifications

ClinGen Evidence Repository (ERepo) - экспертно-панельная классификация патогенности (интерпретация VCEP по критериям ACMG). Предоставить ТАКЖЕ ОДИН из генов (символ HGNC), caid (ClinGen canonical allele id, например). CA114360), или hgvs (например. NM_000277.2:c.1222C>T. Полный поиск (matchLimit=none).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene	строка	необязательный
caid	строка	необязательный
hgvs	строка	необязательный

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_variant_classifications", {"gene": "BRCA1"})

civic_search_genes

Найдите записи генов CIViC по точному символу Entrez (например, CIViC). "BRAF". Полностью начато, проверено. Используйте возвращенный идентификатор гена CIViC с civic_gene_variants.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
entrez_symbol	строка	обязательно

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_genes", {"entrez_symbol": "BRAF"})

civic_gene_variants

Все варианты одного гена CIViC (по CIViC gene id), полностью пагинированные — завершены даже для генов с сотнями вариантов. Сортирован по варианту id.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene_id	целое число	обязательно

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_gene_variants", {"gene_id": 5})

civic_get_variant

Один вариант CIViC по его варианту CIViC id (поблизости, типы вариантов, связь признаков/генов, координаты для вариантов генов). Возврат найден = ложный, если отсутствует.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
variant_id	целое число	обязательно

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_variant", {"variant_id": 12})

civic_search_variants

Поиск вариантов CIViC по подстрокам имен (например). "V600"), необязательно применённый к гену CIViC. Полностью расшифровано; Отсортирован по варианту id.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
name	строка	обязательно
gene_id	целое число	необязательный

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_variants", {"name": "V600", "gene_id": 5})

civic_get_evidence_item

Один элемент доказательства CIViC по идентификатору: клиническая значимость молекулярного профиля в контексте заболевания / терапии (уровень доказательств A-E, тип, направление, значение, рейтинг, болезнь, терапия, источник). Возврат найден = ложный, если отсутствует.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
evidence_id	целое число	обязательно

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_evidence_item", {"evidence_id": 1409})

civic_search_evidence

Поиск элементов доказательств CIViC по любой комбинации фильтров; Полностью сложенный, подсчитанный, отсортированный по восходящему идентификатору доказательств. Фильтры Enum принимают значения CIViC GraphQL enum дословно (evidence_level "A".."E"); evidence_type PREDICTIVE |PROGNOSTIC |DIAGNOSTIC |PREDISPOSING |ONCOGENIC |FUNCTIONAL; evidence_direction ПОСТАНОВКИ |DOES_NOT_SUPPORT СОГЛАШЕННЫЙ СОГЛАШЕННЫЙ ВСЕМ. Обеспечить хотя бы один фильтр — никакие фильтры не проходят по всему корпусу 10k+.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
disease_name	строка	необязательный
therapy_name	строка	необязательный
evidence_level	строка	необязательный
evidence_type	строка	необязательный
evidence_direction	строка	необязательный
significance	строка	необязательный
variant_origin	строка	необязательный
evidence_rating	целое число	необязательный
status	строка	необязательный
molecular_profile_name	строка	необязательный
molecular_profile_id	целое число	необязательный
variant_id	целое число	необязательный
disease_id	целое число	необязательный
therapy_id	целое число	необязательный
phenotype_id	целое число	необязательный
source_id	целое число	необязательный
assertion_id	целое число	необязательный

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_evidence", {"disease_name": "melanoma", "evidence_level": "A"})

civic_get_assertion

Одно из утверждений CIViC по id: обобщенное заявление, составленное экспертами (уровень AMP/ASCO/CAP, коды ACMG/ClinGen, флаги сопутствующих испытаний FDA), объединяющее доказательства молекулярного профиля в контексте заболевания/терапии. Возврат найден = ложный, если отсутствует.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
assertion_id	целое число	обязательно

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_assertion", {"assertion_id": 7})

civic_search_assertions

Поиск утверждений CIViC по любой комбинации фильтров; Полностью сложенный, подсчитанный, отсортированный по восходящему утверждению id. assertion_type PREDICTIVE |PROGNOSTIC |DIAGNOSTIC |PREDISPOSING |ONCOGENIC; assertion_direction ПОСТАНОВКИ |DOES_NOT_SUPPORT amp_level например. TIER_I_LEVEL_A СОГЛАШЕННЫЙ СОГЛАШЕННЫЙ ВСЕМ. Никакие фильтры не проходят по всему корпусу.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
disease_name	строка	необязательный
therapy_name	строка	необязательный
assertion_type	строка	необязательный
assertion_direction	строка	необязательный
significance	строка	необязательный
amp_level	строка	необязательный
status	строка	необязательный
molecular_profile_name	строка	необязательный
molecular_profile_id	целое число	необязательный
variant_id	целое число	необязательный
variant_name	строка	необязательный
disease_id	целое число	необязательный
therapy_id	целое число	необязательный
phenotype_id	целое число	необязательный
evidence_id	целое число	необязательный
summary	строка	необязательный

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_assertions", {"disease_name": "melanoma"})

civic_get_molecular_profile

Один молекулярный профиль CIViC по идентификатору (вариантная комбинация, к которой прикрепляются доказательства / утверждения), в т.ч. Разобранные имена, счет и варианты компонентов. Возврат найден = ложный, если отсутствует.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
mp_id	целое число	обязательно

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_molecular_profile", {"mp_id": 12})

civic_search_molecular_profiles

Поиск молекулярных профилей CIViC по подстрокам имен (например, CIViC). "BRAF V600E". Полностью расшифровано; Сортировку по Ид.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
name	строка	обязательно

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_molecular_profiles", {"name": "BRAF V600E"})

civic_search_diseases

Поиск записей о болезни CIViC по названию подстроки (например). "melanoma". Возвращает DOID + отображаемые имена; полностью разбитый; Сортировку по Ид.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
name	строка	обязательно

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_diseases", {"name": "melanoma"})

civic_search_therapies

Поиск записей о терапии CIViC по названию подстроки (например). "vemurafenib". Возвращает идентификаторы NCIt + имена; полностью разбитый; Сортировку по Ид.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
name	строка	обязательно

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_therapies", {"name": "vemurafenib"})

open_targets_graphql

Запустите произвольный запрос GraphQL против Open Targets Platform API (цели, болезни, лекарства, оценки ассоциации с целевыми заболеваниями, доказательства, тягучесть, безопасность, известные лекарства). Запросы интроспекции работают для обнаружения схемы. Отметим, что известный препарат был переименован в DrugAndClinicalCandidates upstream.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
variables	объект	необязательный

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_graphql", {"query": "query($id: String!){ target(ensemblId: $id){ approvedSymbol associatedDiseases{ count } } }", "variables": {"id": "ENSG00000157764"}})

open_targets_disease_drugs

Известные/исследовательские препараты от болезни (Open Targets Platform) — обертывает Disease.drugAndClinicalCandidates. efo_id является онтологическим идентификатором заболевания (EFO/MONDO/etc., например). "MONDO_0004992".

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
efo_id	строка	обязательно
size	целое число	факультативный; По умолчанию: 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_drugs", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

open_targets_disease_targets

Топ ассоциированных целей для болезни, ранжированных по Open Targets общий балл ассоциации — обертывает цели, связанные с болезнью. efo_id является онтологическим идентификатором заболевания (EFO / MONDO / и т. Д.).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
efo_id	строка	обязательно
size	целое число	факультативный; По умолчанию: 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_targets", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

open_targets_drug

Данные о препарате по методу ChEMBL id (Open Targets Platform) — название, тип, максимальная клиническая стадия и механизмы действия (цель + тип действия). chembl_id например. "CHEMBL1201583".

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
chembl_id	строка	обязательно

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_drug", {"chembl_id": "CHEMBL1201583"})

clinpgx_search_chemicals

Разрешите записи лекарств и химических веществ ClinPGx по идентификатору доступа ClinPGx или названию перед поиском фармакогеномных аннотаций.

Предоставьте по крайней мере один из: accessionId / name.

Полное поле	Тип	Тип
accessionId	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
name	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
view	строка	факультативный; по умолчанию: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_chemicals", {"name": "warfarin", "view": "max"})

clinpgx_search_genes

Разрешите записи генов ClinPGx по идентификатору доступа ClinPGx или символу HGNC перед поиском фармакогеномных аннотаций.

Предоставьте по крайней мере один из: accessionId / symbol.

Полное поле	Тип	Тип
accessionId	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
symbol	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
view	строка	факультативный; по умолчанию: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_genes", {"symbol": "VKORC1", "view": "max"})

clinpgx_search_summary_annotations

Поиск клинических аннотаций ClinPGx, связывающих препарат, ген и вариант. Фильтруйте по уровню доказательности 1A, 1B, 2A, 2B, 3 или 4 и сохраняйте исходную запись.

Предоставьте по крайней мере один из: relatedChemicals.accessionId / relatedChemicals.name / location.genes.symbol / location.fingerprint / id.

Полное поле	Тип	Тип
id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
relatedChemicals.accessionId	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
relatedChemicals.name	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
location.genes.symbol	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
location.fingerprint	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
view	строка	факультативный; по умолчанию: "base"; enum: ["min", "base", "max"]
levelOfEvidence.term	строка	факультативный; enum: [" 1A", " 1B", " 2A", " 2B", " 3", " 4"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_summary_annotations", {"relatedChemicals.name": "warfarin", "location.genes.symbol": "VKORC1", "levelOfEvidence.term": "1A", "view": "max"})

clinpgx_get_summary_annotation

Получите одну клиническую аннотацию ClinPGx по числовому идентификатору записи ClinPGx, включая связанное лекарство, ген, вариант, фенотип и уровень доказательности.

Полное поле	Тип	Тип
id	число	обязательно; Минимум: 1
view	строка	факультативный; по умолчанию: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_summary_annotation", {"id": 655385012, "view": "max"})

clinpgx_search_variant_annotations

Ищите аннотации вариантов ClinPGx по символу гена или отпечатку варианта (обычно rsID).

Предоставьте по крайней мере один из: location.genes.symbol / location.fingerprint.

Полное поле	Тип	Тип
location.genes.symbol	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
location.fingerprint	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
view	строка	факультативный; по умолчанию: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_variant_annotations", {"location.fingerprint": "rs1799853", "view": "max"})

clinpgx_search_guideline_annotations

Ищите аннотации фармакогеномных рекомендаций по дозированию ClinPGx от CPIC, DPWG или PharmGKB/PRO.

Предоставьте по крайней мере один из: source / relatedChemicals.accessionId / relatedGenes.accessionId.

Полное поле	Тип	Тип
source	строка	с учетом вышеперечисленных условий; enum: ["cpic", "dpwg", "pro"]
relatedChemicals.accessionId	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
relatedGenes.accessionId	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
view	строка	факультативный; по умолчанию: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_guideline_annotations", {"source": "cpic", "relatedGenes.accessionId": "PA267", "view": "max"})

clinpgx_search_drug_labels

Ищите регуляторные фармакогеномные аннотации лекарств ClinPGx от FDA, EMA, PMDA или Health Canada.

Предоставьте по крайней мере один из: source / relatedChemicals.accessionId / relatedChemicals.name / relatedGenes.accessionId / relatedGenes.symbol.

Полное поле	Тип	Тип
source	строка	с учетом вышеперечисленных условий; enum: ["fda", "ema", "pmda", "hcsc"]
relatedChemicals.accessionId	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
relatedChemicals.name	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
relatedGenes.accessionId	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
relatedGenes.symbol	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
view	строка	факультативный; по умолчанию: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_drug_labels", {"source": "fda", "relatedChemicals.name": "clopidogrel", "view": "max"})

clinpgx_search_variants

Разрешите фармакогеномные варианты ClinPGx по rsID dbSNP или другому символу варианта.

Полное поле	Тип	Тип
symbol	строка	обязательно; Длина: 1; Модель: "\S"
view	строка	факультативный; по умолчанию: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_variants", {"symbol": "rs1799853", "view": "max"})

clinpgx_get_variant_frequency

Получите популяционные частоты вариантов, представленные ClinPGx для отпечатка варианта, например rsID.

Полное поле	Тип	Тип
fp	строка	обязательно; Длина: 1; Модель: "\S"

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_variant_frequency", {"fp": "rs1799853"})

clinpgx_get_drug_gene_variant

Запросите парную связь ClinPGx между двумя объектами (например, лекарством и геном) с помощью общего отчёта о связях; укажите по одному идентификатору для каждого объекта. Для клинической аннотации лекарство–ген–вариант используйте сводные аннотации.

Для этой группы предоставляют по меньшей мере один из: object1Id/object1Name/object1Type.

Для этой группы предоставляют по меньшей мере один из: object2Id/object2Name/object2Type.

Полное поле	Тип	Тип
object1Id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
object1Name	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
object1Type	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
object2Id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
object2Name	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
object2Type	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Модель: "\S"
view	строка	факультативный; по умолчанию: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_drug_gene_variant", {"object1Name": "warfarin", "object1Type": "chemical", "object2Name": "VKORC1", "object2Type": "gene", "view": "max"})

get_dgidb_gene_drugs

Запрос DGIdb лекарственно-генных взаимодействий по имени гена. Одна соответствующая запись на странице с полными источниками взаимодействия, версиями источников, лицензиями, типами, атрибутами и доказательствами публикации. Имена могут совпадать с несколькими записями; следуйте за next_cursor явно.

поле	Тип	Требования и ограничения
name	string	необходимый; minLength: 1; maxLength: 200
after	string	optional; minLength: 1; maxLength: 500

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "get_dgidb_gene_drugs", {"name": "BRAF"})

get_dgidb_drug_genes

Запрос DGIdb лекарственно-генных взаимодействий по названию препарата. Одна соответствующая запись на странице с полными источниками взаимодействия, версиями источников, лицензиями, типами, атрибутами и доказательствами публикации. Имена могут совпадать с несколькими записями; следуйте за next_cursor явно.

поле	Тип	Требования и ограничения
name	string	необходимый; minLength: 1; maxLength: 200
after	string	optional; minLength: 1; maxLength: 500

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "get_dgidb_drug_genes", {"name": "IMATINIB"})

Структуры & Взаимодействие

Показать операции и параметры

emdb_get_entries

Получите структурированные записи метаданных для записей крио-EM 3D-карт EMDB. Принимает присоединения как 'EMD-1234', 'emd-1234' ' 1234'. Каждая запись несет название, метод определения структуры (singleParticle / helical / tomography / subtomogramAveraging / electronCrystallography), разрешение в Angstrom (нуль для записей без заявленного разрешения, например). сырые томограммы) и метод разрешения, даты осаждения/выпуска, имена образцов и макромолекул/супрамолекулов, установленные идентификаторы моделей PDB (пустый список, когда модель не установлена), первичное цитирование (журнал, год, первый автор, DOI, PMID), размеры карты и размер вокселя и статус. Устаревшие записи сообщают о is_obsolete=true плюс superseded_by присоединения. Неизвестные дополнения возвращаются как {"emdb_id", "error": "not_found"} Никогда не падала молча. только метаданные; Объемы карт никогда не загружаются.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
emdb_ids	массив строк	обязательно

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entries", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "emd-3061", "1234"]})

emdb_search_entries

Поиск EMDB с помощью запроса в стиле Solr; Полный поиск компактных рядов. Примеры запросов: 'title: "apoferritin" И разрешение: [0 TO 1.5]', 'structure_determination_method:"singleParticle"', 'current_status:"REL" И release_date: [2024-01-01T00:00:00Z TO *]'. Args: query (Solr query string); max_rows (row cap, по умолчанию 1000). Возвращает num_found_released (собственное количество выпущенных записей API' по фасеточному маршруту — наземная правда), rows_retrieved, rows_by_status (REL против OBS — маршрут поиска также возвращает устаревшие записи, но они НЕ учитываются как выпущенные), released_complete (правда, каждый выпущенный матч был извлечен); Ложные средства max_rows усечены подметанием или подсчеты не согласны), а записи: компактные строки для входа (emdb_id, заголовок, разрешение, structure_determination_method, current_status, release_date, fitted_pdbs), отсортированные по присоединению EMD.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
max_rows	целое число	факультативный; По умолчанию: 1000

const result = await host.mcp("structures", "emdb_search_entries", {"query": "title:\"apoferritin\" AND resolution:[0 TO 1.5]", "max_rows": 500})

emdb_get_entry_section

Получите один подробный раздел метаданных для записей EMDB. Разделы: ' Publications' первичное цитирование с полным упорядоченным списком авторов, вспомогательные цитирования, внешние ссылки (PMID/DOI/ISSN/CSD); 'map' — файл, формат, тип данных, размеры, интервалы вокселей, происхождение, порядок осей, ячейка, статистика вокселей, уровни контуров, симметрия; 'smple' — записи на макромолекулу (тип, молекулярная масса, копии, номер ЕС, исходный организм + NCBI рухнул, перекрестные ссылки последовательности) и записи на супрамолекулу; Изображение 'image' — микроскоп, напряжение, источник электронов, детектор, доза, режимы визуализации, диапазон дефокусировки, увеличение, Cs, криоген, условия сетки/буфера/витрификации (одна запись на сеанс микроскопии — записи могут нести несколько). Args: emdb_ids (список присоединения, любой из EMD-1234/emd-1234/1234); раздел (одна из публикаций/карта/образец/образец). Неизвестные присоединения сообщаются с "error": "not_found". Сначала используйте emdb_get_entries, когда вам нужна только запись заголовка.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
emdb_ids	массив строк	обязательно
section	строка	обязательно; enum: ["publications", "map", "sample", "imaging"]

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entry_section", {"emdb_ids": ["EMD-11638"], "section": "imaging"})

emdb_get_validation

Получите числовые метрики валидации-анализа для записей EMDB. На вход (по маршруту EMDB/анализа): Q-оценка, включение атома, рекомендуемые/предсказуемые/контурные уровни, объемы модели/маски, соотношение модели и карты, поверхностные метрики — где трубопровод валидации вычислил их. available_blocks перечислил каждый возвращенный блок. Разреженные полезные нагрузки (томограммы, без моделей или исторические записи) дают явные нули. Записи без отчета об анализе валидации has_validation_analysis=false — никогда молча не опускались.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
emdb_ids	массив строк	обязательно

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_validation", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "EMD-3061"]})

complexportal_get_complexes

Фетч курировал записи Комплексного портала по присоединению CPX. Каждая запись: сложный переменный ток, рекомендуемые/систематические имена + синонимы, виды и такси, список участников со стехиометрией (мин/максимальные копии), биологическая роль и тип интерактора, доказательство кода ЭКО, аннотации GO и перекрестные ссылки — вручную курируемое описание стабильного макромолекулярного комплекса. Записи возвращаются в порядке ввода; Неизвестные присоединения перечислены в not_found, а не молча сбрасываются. Для двоичного взаимодействия доказательства (кто связывает кого в каком эксперименте) используют интактные инструменты.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
complex_acs	массив строк	обязательно

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_get_complexes", {"complex_acs": ["CPX-2158", "CPX-2419"]})

complexportal_search_by_participant

Поисковый комплексный портал комплексов, содержащих молекулу. accession является участником присоединения — UniProt (например). 'P04637'), ChEBI, или РНК-центральный. При participants_only=true (по умолчанию) поиск квалифицируется полем (pxref: <accession>), поэтому возвращаются только комплексы, которые фактически содержат молекулу в качестве курируемого участника; с ложным голым присоединением также сопоставляется как свободный текст (описания, имена), который чрезмерно сообщает, но может уловить упоминания. Все страницы результатов извлекаются, и количество строк проверяется по отношению к общему количеству сообщений об услугах (total_reported == total_retrieved, или вызов громко выходит из строя). Хиты представляют собой компактные записи (complex_ac, имя, вид, интерактивные элементы), отсортированные по сложным присоединениям; Полная информация о complexportal_get_complexes.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession	строка	обязательно
participants_only	логическое значение	факультативный; Дефолт: правда

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_search_by_participant", {"accession": "P69905", "participants_only": true})

intact_fetch_interactions

Восстановление всех бинарных взаимодействий IntAct, соответствующих запросу, фильтруется MI-оценкой. query - это присоединение UniProt (например. 'P04637'), символ гена, свободный текст или любой запрос IntAct Solr. Retrieval - это полная пагинированная развертка, проверенная по отношению к общему количеству сообщений сервера (n_records == total_elements, или вызов FAILS LOUDLY - молчаливое усечение невозможно). min_mi_score/max_mi_score фильтр на стороне сервера на IntAct MI (0.45 является общим уровнем средней уверенности); Фильтры interactor_species по названию вида или такси (например). ["Homo sapiens"] или [" 9606"]. Записи тонкие и структурированные: пара интерактивных элементов (IntAct ACs, идентификаторы баз данных, названия молекул, виды / таксиды), тип взаимодействия, метод обнаружения (+MI id), экспериментальные роли, организм-хозяин, оценка MI, PubMed id, первый автор, база данных источников — отсортированная по оценке DESCENDING MI. Списки результатов в большинстве записей max_records_returned (records_truncated = правда, когда полный верифицированный охват был больше); n_records всегда сообщает об истинной сумме. Большие запросы (например). Взаимодействия CFTR ~ 10k занимают некоторое время — по возможности, сужаются с min_mi_score или видами.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
min_mi_score	число	факультативный; По умолчанию: 0
max_mi_score	число	факультативный; По умолчанию: 1
interactor_species	массив строк	необязательный
max_records_returned	целое число	факультативный; По умолчанию: 500

const result = await host.mcp("structures", "intact_fetch_interactions", {"query": "P04637", "min_mi_score": 0.45, "interactor_species": ["Homo sapiens"], "max_records_returned": 200})

intact_get_interactor

Решите молекулу в ее интерактивной записи (записях) IntAct. query - это UniProt присоединение, символ гена, или IntAct интерактивный AC (например). 'EBI-7090529'. Возвращает ВСЕ совпадающие записи взаимодействия с явным n_матчей — присоединение UniProt может разрешать канонические белковые и изоформные взаимодействия, и этот инструмент никогда молча не выбирает один. Каждая запись: interactor_ac, preferred_identifier, имя, вид, такси, interactor_type и interaction_count, замеченные IntAct (полезны для калибровки intact_fetch_interactions).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interactor", {"query": "P04637"})

intact_get_interaction_details

Полная подробная информация для взаимодействия ONE IntAct (например, AC). 'EBI-15635490'. Возвращает тип взаимодействия, организм-хозяин, метод обнаружения, публикацию, перекрестные ссылки, аннотации, параметры кинетики / аффинности и уверенности, а также записи на участника (идентификатор, вид, биологическая и экспериментальная роль, методы обнаружения участников), если include_participants не является ложным. Получите интерактивные переменные тока из записей intact_fetch_interactions (поле interaction_ac). Неизвестные AC возвращают { interaction_ac, ошибка: 'not_found' }.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
interaction_ac	строка	обязательно
include_participants	логическое значение	факультативный; Дефолт: правда

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interaction_details", {"interaction_ac": "EBI-15635490", "include_participants": true})

intact_build_network

Создайте сеть взаимодействия глубины-1 IntAct вокруг семенных белков. seed_accessions является частью UniProt. Шаг 1: полная, проверенная по счету MI-оценка-фильтрированная сетка взаимодействия на семя. Шаг 2: партнеры каждого семенного края плюс семена образуют набор узлов. Шаг 3: края партнера-партнера можно обнаружить только путем запроса самих партнеров, поэтому до партнеров max_interactors_expanded запрашиваются (наиболее связанные сначала, связи по идентификатору) и края с обоими конечными точками внутри набора узлов. Блок расширения сообщает, какие именно партнеры были / не были расширены (expansion.complete=false означает, что больше партнеров-партнеров может существовать). Выход: узлы, края (с баллом MI, методом обнаружения, PubMed id), статистика по семени. Держите семена небольшими, а min_mi_score > = 0.45 — каждое расширение представляет собой полный разветвленный разверток.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
seed_accessions	массив строк	обязательно
min_mi_score	число	факультативный; По умолчанию: 0.45
max_interactors_expanded	целое число	факультативный; По умолчанию: 25
interactor_species	массив строк	необязательный

const result = await host.mcp("structures", "intact_build_network", {"seed_accessions": ["P04637", "Q00987"], "min_mi_score": 0.45, "max_interactors_expanded": 25})

pdb_search_structures

Поиск записей RCSB PDB по фильтрам атрибутов; стр. стр., стр. + стр. все фильтры и вместе; Требуется хотя бы один. text - полнотекстовый запрос релевантности ('p53 ДНК-связывающий домен '); organism - это точное название линии родословных организмов ('Homo sapiens'). — матчи на любом уровне родословной, поэтому 'Eukaryota' тоже работает; taxonomy_id - такси NCBI (9606); uniprot_accession находит записи, полимерные сущности которых отображаются на этом UniProt ('P04637') -> каждая структура p53; experimental_method - это словарь PDB ('X-RAY DIFFRACTION', 'ELECTRON MICROSCOPY', 'SOLUTION NMR', ...) — нечувствительная к случаю, неизвестная ошибка значений с полным списком; max_resolution_angstrom сохраняет записи в этом разрешении или ниже; ligand_comp_id требует связанного неполимерного компонента по chem-comp id ('ZN', 'ATP', 'HEM'). include_computed_models=true добавляет вычисленные модели структуры (например, AlphaFold) только для экспериментальных результатов по умолчанию. Возвращает total_count (собственная сумма совпадений API' — грунтовая правда), n_retrieved, truncated (настоящий iff total_count >) n_retrieved; max_rows, 1..1000, Caps Retrieval и записи [{pdb_id, score}] в порядке релевантности. Идентификаторы — цепь к pdb_get_structures для метаданных.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
text	строка	необязательный
organism	строка	необязательный
taxonomy_id	целое число	необязательный
uniprot_accession	строка	необязательный
experimental_method	строка	необязательный
max_resolution_angstrom	число	необязательный
ligand_comp_id	строка	необязательный
include_computed_models	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
max_rows	целое число	факультативный; По умолчанию: 100

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_structures", {"uniprot_accession": "P04637", "experimental_method": "X-RAY DIFFRACTION", "max_rows": 50})

pdb_get_structures

Получите резюме начального уровня для записей PDB (пакет, max 25 ids). Принимает 4-символ PDB-ids в любом случае (' 1tup') == ' 1TUP'; дубликаты раздуваются. Каждая запись: название, экспериментальные методы, разрешение в Angstrom (нуль для методов без одного, например). ЯМР), методология определения (экспериментальная против вычислительной), даты и статус депонирования/выпуска/ревизии, молекулярная масса (кДа), количество сборки и количество сущностей (белок/ДНК/РНК полимер + неполимер), связанные лигандные хем-компонентные идентификаторы, списки сущностей полимера/неполимера (входные данные для pdb_get_entities/pdb_get_ligands) и первичное цитирование (титул, журнал, год, авторы, PubMed id, DOI). Неизвестные ids возвращаются как {"pdb_id", "error": "not_found"} Никогда не падала молча. только метаданные; Файлы координат никогда не загружаются.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
pdb_ids	массив строк	обязательно

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {"pdb_ids": ["1TUP", "1tup", "6XYZ"]})

pdb_get_entities

Детали полимерной сущности для одной записи PDB, в т.ч. Картографирование UniProt. С entity_ids=null каждый полимерный объект входа извлекается, ограниченный 25 с усеченным = истинное и n_polymer_entities, сообщающим истинное количество входа ' (большие сборки, такие как рибосомы, несут 50 + - получите полный список идентификаторов от pdb_get_structures') polymer_entity_ids и страница с явными подмножествами, такими как " 26", " 27"; с явным подмножеством entity_ids сумма входа не вычитается, поэтому n_polymer_entities является нулевым; Явный список entity_ids больше, чем ошибки 25. Каждая запись: описание, тип полимера (белок / ДНК / РНК), длина последовательности, количество мутаций, депонированные копии, идентификаторы цепи (асим + автор), организмы-источники с рулевыми устройствами, присоединения UniProt с покрытием последовательности каждой сущности (SIFTS) и области, выровненные UniProt (координаты entity-seq против reference-seq). Неизвестные идентификаторы объектов перечислены в not_found; Неизвестные ошибки входа. include_sequences=true добавляет каноническую однобуквенную последовательность на единицу; Если комбинированные последовательности превышают max_bytes (по умолчанию 400000), они опускаются, и sequences_omitted объясняет, почему — метаданные всегда выживают.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
pdb_id	строка	обязательно
entity_ids	массив строк	необязательный
include_sequences	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
max_bytes	целое число	факультативный; По умолчанию: 400000

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_entities", {"pdb_id": "1TUP", "include_sequences": true})

pdb_get_ligands

Связанные лиганды (неполимерные компоненты) одного входа PDB с химией. Ходит по неполимерным объектам входа ' и разрешает каждый химический компонент: на лиганд — идентификатор объекта, хем-комп ('ZN', 'ATP'), описание, количество депонированных копий, идентификаторы цепочки авторов и блок chem_comp (имя, формула, вес формулы, формальный заряд, тип компонента, InChIKey, стерео SMILES). Воды не являются неполимерными объектами в модели данных PDB и никогда не появляются. Въезды без лигандов возвращают лиганды: []. n_nonpolymer_entities - истинное число входа 's; truncated=true, когда он превышает max_ligands (зажимается до 1..25, что ограничивает бюджет запроса) — никогда молча не падает. Субъекты/компоненты данных, которые API больше не обслуживает, сообщаются в соответствии с "error": "not_found" (частичные результаты, а не прерванный звонок). Неизвестные ошибки входа.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
pdb_id	строка	обязательно
max_ligands	целое число	факультативный; По умолчанию: 25

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_ligands", {"pdb_id": "1TUP"})

alphafold_get_prediction

AlphaFold DB предсказывает структуру метаданных для одного присоединения UniProt. Возвращает записи has_model, n_models и per-model. Одно присоединение может нести несколько моделей (канонические + изоформы, такие как 'P04637-9', и поставщики сообщества за пределами мономерного конвейера Google DeepMind — provider_id / tool_used идентифицируют их). Каждая модель: идентификатор входа, аннотация UniProt (id, description, gene, organism, taxid, review flags), координаты и длина последовательности, глобальный pLDDT (global_plddt, 0-100) плюс доля остатков на доверительный бин pLDDT (very_low < 50, низкий 50-70, уверенный 70-90, very_high > 90), информация о версии модели и дата создания, а также URL-адреса загрузки (координаты PAE JSON + изображение, pLDDT JSON на остаточное состояние, MSA, AlphaMissense CSV, где это доступно) — только URL-адреса, полезная нагрузка никогда не загружается; Возьмите их сами, если это необходимо. Приступы без предсказания возвращают has_model=ложь (не ошибка); Неправильные идентификаторы возвращают явное поле error. include_sequence=true добавляет модельную последовательность (белок одной буквы).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
uniprot_accession	строка	обязательно
include_sequence	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_get_prediction", {"uniprot_accession": "P04637"})

alphafold_check_coverage

Проверка покрытия пакета AlphaFold DB (максимальное значение 40, уникальные присоединения UniProt). Записи и дубликаты снимаются до того, как применяется серийный колпачок, и раскрываются: n_requested == n_unique + n_blank_skipped + n_duplicate_skipped всегда примиряется. Одна компактная запись на уникальное присоединение, в порядке ввода: has_model, n_models и первичная (первая в списке) модель 's model_entity_id, latest_version, global_plddt и sequence_length. Приложения без отчета о прогнозе has_model = ложные; Неполноценные несут явное поле error — никогда не падают. Используйте для сортировки, какие белки набора имеют пригодные для использования прогнозируемые структуры, прежде чем тянуть полные записи с alphafold_get_prediction.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
uniprot_accessions	массив строк	обязательно

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_check_coverage", {"uniprot_accessions": ["P04637", "P38398", "Q9Y6K9"]})

pdb_search_sequence

Найти экспериментальные белковые сущности PDB из одной непрорезанной белковой последовательности (Аминокислоты 25..10000, сырые или однозаписные FASTA); Белое пространство и нижняя строчка приняты. Сходство последовательностей использует RCSB MMseqs2 идентичность последовательности: identity_cutoff является фракцией 0..1, а не процентом; evalue_cutoff - это максимальное значение E. min_query_coverage (0..1) фильтрует каждое выравнивание локально, используя (query_end - query_beg + 1) / длину входной последовательности; Для попадания требуется одно выравнивание, соответствующее отсечку, и возвращаются только квалификационные выравнивания. Это покрытие последовательности, а не покрытие остатков, разрешенное экспериментально. Сканирует максимум max_candidates (по умолчанию 100, max 1000) в порядке релевантности, затем возвращает максимум max_rows (по умолчанию 10, max 25) сущностей с идентификаторами цепочки и метриками соответствия. total_count - это фильтрация покрытия вверх по течению; n_matched рассчитывает квалификационные объекты только среди отсканированных кандидатов. Усеченный означает, что больше кандидатов или квалификационных записей остаются. Увеличьте max_candidates, чтобы изучить более низкие хиты. Цепные идентификаторы перечисляют все депонированные копии соответствующего объекта: asym_ids - идентификаторы этикеток, auth_asym_ids - идентификаторы авторов. Метаданные 404 сохраняют соответствие с metadata_error=not_found и идентификаторами нулевой цепи. Оценка релевантности не является идентификацией последовательности. только экспериментальные структуры; Цепочка pdb_get_structures для ввода метаданных. Файлы координат не загружаются.

Полное поле	Тип	Тип
sequence	строка	обязательно; Длина: 25; Длина: 50000
identity_cutoff	число	факультативный; по умолчанию: 0.3; Минимум: 0; Максимум: 1
evalue_cutoff	число	факультативный; по умолчанию: 0.1; Минимум: 0
min_query_coverage	число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1
max_candidates	целое число	целое число
max_rows	целое число	факультативный; по умолчанию: 10; Минимум: 1; Максимум: 25

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_sequence", {"sequence": "MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQV", "identity_cutoff": 0.9, "min_query_coverage": 0.8, "max_rows": 10})

omnipath_query_regulation

Запрос направлен, подписано регулирование человеческого белка от OmniPath. Обеспечить одно каноническое присоединение человека к UniProt (разрешить имена с помощью разъема Genes). Партнерскими узлами могут быть белки или нативные COMPLEX: идентификаторы; никогда не расширять комплексы в выведенные попарные края. источники возврата вверх по течению, регулирующие запрашиваемую цель; цели возврата вниз по течению, регулируемые запрашиваемым источником. И стимуляция, и торможение могут быть верными: сохранение противоречивых доказательств и отдельных флагов консенсуса. Использует набор данных omnipath и фильтр коммерческих лицензий; оригинальные условия ресурса все еще применяются. Отношения и цитаты объединяют несколько источников и биологических контекстов, а не тканеспецифическое причинное доказательство. Результаты используют порядок вверх по течению, а не рейтинг доверия; ограниченные результаты не являются полной сетью. Никакой пагинации или массовой загрузки.

Field	Type	Requirement and constraints
accession	string	required; pattern: "^(?:[OPQ][0-9][A-Z0-9]{3}[0-9]|[A-NR-Z][0-9](?:[A-Z][A-Z0-9]{2}[0-9]){1,2})$"
direction	string	required; enum: ["upstream", "downstream"]
limit	integer	optional; default: 10; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("structures", "omnipath_query_regulation", {"accession": "P00533", "direction": "upstream", "limit": 10})

pdb_search_structure_similarity

Найдите экспериментальные белковые цепи PDB, аналогичные в 3D одной депонированной цепочке PDB, используя поиск встраивания, основанный на структуре RCSB, с глобальным сопоставлением, прогнозируемым отсечением по шкале TM 0,8 и 10 000 кандидатов. Предоставьте четырехзначный идентификатор PDB и label asym id (RCSB/mmCIF chain ID, а не идентификатор авторской цепи; доступен из pdb get entities). Возвращает наиболее ранжированные идентификаторы цепей и оценки вверх по течению; цепочка запросов может появляться среди хитов. Нет загрузки координат, структурного выравнивания, RMSD или локально вычисленного TM-оценки.

Field	Type	Requirement and constraints
pdb_id	string	required; pattern: "^[1-9][A-Za-z0-9]{3}$"
label_asym_id	string	required; minLength: 1; maxLength: 16; pattern: "^[A-Za-z0-9]+$"
max_rows	integer	optional; default: 10; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_structure_similarity", {"pdb_id": "1CLL", "label_asym_id": "A", "max_rows": 10})

pdbe_get_validation

Получите оценки качества PDBe и ключевую статистику валидации для одной экспериментальной записи PDB. Включает экспериментальный метод. Сохраняйте нулевые показатели и неизвестную доступность экспериментальных данных; недостающие показатели не являются нулевыми или свидетельством низкого качества. Оценки - это резюме вверх по течению, а не универсальный рейтинг по экспериментальным методам. Никаких прогнозируемых моделей или отчетов об уровне остатков.

Field	Type	Requirement and constraints
pdb_id	string	required; maxLength: 4; pattern: "^[1-9][A-Za-z0-9]{3}$"

const result = await host.mcp("structures", "pdbe_get_validation", {"pdb_id": "1cbs"})

ЧЕМБЛ

Показать операции и параметры

compound_search

Поиск химических соединений ChEMBL по названию (по умолчанию), ChEMBL id или молекулярной структуре. По названию: случай-нечувствительный синоним подстрочный матч (возвращается к матчу с предпочтительным именем). chembl_id: прямой поиск записей. По улыбкам: поиск сходства Танимото, когда similarity_threshold установлен, иначе поиск подструктуры (прогулки по структуре ограничены и раскрывают walk_truncated / upstream_total). Факультативные фильтры max_phase по клинической стадии. Передайте хотя бы одно имя, chembl_id или улыбку. Вместо этого используйте drug_search при поиске по терапевтическим показаниям.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
name	строка	необязательный
chembl_id	строка	необязательный
smiles	строка	необязательный
similarity_threshold	целое число	факультативный; Минимум: 70; Максимум: 100
max_phase	целое число	факультативный; enum: [0, 1, 2, 3, 4]
limit	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 1000

const result = await host.mcp("chembl", "compound_search", {"name": "aspirin", "limit": 5})

drug_search

Поиск одобренных препаратов и клинических кандидатов по терапевтическому показанию (термин EFO, частичное совпадение). Присоединяйтесь к строкам drug_indication к отдельным родительским молекулам, а затем к записям молекул и предупреждениям об изъятии / черном ящике. only_approved ограничивается фазой 4. Опциональные пост-фильтры molecule_chembl_id, drug_name (предпочтительная подстрочная строка) и max_phase (>=) сужают объединенный набор. Используйте compound_search для поиска имен/ид/структур.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
indication	строка	обязательно
drug_name	строка	необязательный
molecule_chembl_id	строка	необязательный
max_phase	целое число	факультативный; enum: [0, 1, 2, 3, 4]
only_approved	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
limit	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 1000

const result = await host.mcp("chembl", "drug_search", {"indication": "hypertension", "only_approved": true, "limit": 10})

get_admet

Retrieve ChEMBL вычислил молекулярные свойства для оценки лекарственного сходства / ADMET одной молекулы (ALogP, молекулярная масса, PSA, HBA / HBD, вращающиеся связи, ароматические кольца, тяжелые атомы, нарушения Правила-5, Перевал Правила-3, QED, молекулярная формула). Они вычисляются по структуре, а не по экспериментальным измерениям.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
molecule_chembl_id	строка	обязательно

const result = await host.mcp("chembl", "get_admet", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

get_bioactivity

Измерения биоактивности Retrieve ChEMBL (IC50, Ki, Kd, EC50, ...) для взаимодействий соединения-мишени. Фильтр molecule_chembl_id, target_chembl_id и/или assay_chembl_id, activity_type (standard_type), пол pChEMBL (min_pchembl), диапазон standard_value (min_value/max_value) и блок (standard_units). Возвращает одну страницу, заказанную activity_id, с наиболее мощным резюме. Перейдите next_offset в качестве смещения с теми же фильтрами, чтобы продолжить работу за пределами записей 1,000; Остановитесь, когда has_more ложный. Используйте get_assay для проверки экспериментального контекста перед сравнением измерений.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
molecule_chembl_id	строка	необязательный
target_chembl_id	строка	необязательный
assay_chembl_id	строка	факультативный; Длина: 1; шаблон: "^CHEMBL[0-9]+$"
activity_type	строка	факультативный; enum: ["IC50", "EC50", "Ki", "Kd", "AC50", "GI50", "ED50", "Potency"]
min_pchembl	число	факультативный; Минимум: 0; Максимум: 14
min_value	число	необязательный
max_value	число	необязательный
unit	строка	факультативный; enum: ["nM", "uM", "mM", "pM", "M"]
limit	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 1000
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 9007199254740991

const result = await host.mcp("chembl", "get_bioactivity", {"molecule_chembl_id":"CHEMBL25","activity_type":"IC50","limit":10})

get_mechanism

Восстановление записей о механизме действия ChEMBL для одобренных лекарств и клинических кандидатов. Фильтр molecule_chembl_id, target_chembl_id и/или action_type. Когда молекула id ничего не дает, повторные попытки против родительской молекулы так солевой формы ids разрешаются. Возвращает одну страницу, заказанную mec_id, с резюме типа действия.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
molecule_chembl_id	строка	необязательный
target_chembl_id	строка	необязательный
action_type	строка	факультативный; enum: ["INHIBITOR", "AGONIST", "ANTAGONIST", "BLOCKER", "MODULATOR", "OPENER", "ACTIVATOR", "POSITIVE ALLOSTERIC MODULATOR", "NEGATIVE ALLOSTERIC MODULATOR", "PARTIAL AGONIST", "INVERSE AGONIST"]
limit	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 1000

const result = await host.mcp("chembl", "get_mechanism", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

target_search

Поиск биологических мишеней ChEMBL (белки, комплексы, семейства, организмы). Фильтр по target_chembl_id, gene_symbol (точный компонент-синоним соответствия), target_name (предпочтительно-название подстроки), организм (подстроки) и/или target_type. Каждый результат несет свои компоненты с присоединениями UniProt, gene_symbol и ограниченными перекрестными списками ссылок.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
target_name	строка	необязательный
gene_symbol	строка	необязательный
target_chembl_id	строка	необязательный
organism	строка	необязательный
target_type	строка	факультативный; enum: ["SINGLE PROTEIN", "PROTEIN COMPLEX", "PROTEIN FAMILY", "ORGANISM", "TISSUE", "CELL-LINE", "NUCLEIC-ACID", "SUBCELLULAR"]
limit	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 1000

const result = await host.mcp("chembl", "target_search", {"gene_symbol": "EGFR", "organism": "Homo sapiens", "limit": 5})

get_assay

Проанализируйте ChEMBL по assay_chembl_id из отчета о биоактивности. Возвращает экспериментальное описание, тип и формат анализа, организм, контекст клетки / ткани, параметры анализа, назначенную цель и уверенность в назначении цели. Доверие описывает целевое назначение, а не качество измерений; Сравните условия анализа перед объединением значений IC50/Ki. Используйте get_bioactivity с тем же assay_chembl_id, чтобы получить результаты измерений.

Полное поле	Тип	Тип
assay_chembl_id	строка	обязательно; Длина: 1; шаблон: "^CHEMBL[0-9]+$"

const result = await host.mcp("chembl", "get_assay", {"assay_chembl_id":"CHEMBL1217643"})

биологический

Показать операции и параметры

get_categories

Перечислите все категории субъектов 27 bioRxiv и их API-совместимые слизни (например). "cancer biology" -> "cancer_biology"). Используйте перед search_preprints, чтобы найти действительные значения категорий.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
—	объект	Нет полей; Передай пустой предмет.

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_categories", {})

search_preprints

Поиск препринтов bioRxiv/medRxiv по дате и (необязательно) категории. Используйте только один метод поиска: date_from + date_to, recent_days (последние N дней) или recent_count (последние N в окне 90 дня); В последние дни 60. Нет ключевого слова / текстового поиска. Курсорные пагинаты. Возвращает DOI, название, авторов, дату, категорию, версию и абстрактный предварительный просмотр 200-char.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
server	строка	факультативный; по умолчанию: "biorxiv"; enum: ["biorxiv", "medrxiv"]
category	строка	факультативный; Перечислим: ["Поведение и познание животных", "биохимия", "биоинженерия", "биоинформатика", "биофизика", "Раковая биология", "клеточная биология", "клинические испытания", "биология развития", "экология", "эпидемиология", "эволюционная биология", "генетика", "геномика", "иммунология", "микробиология", "молекулярная биология", "нейробиология", "палеонтология", "патология", "фармакология и токсикология", "физиология", "Биология растений", "научная коммуникация и образование", "Синтетическая биология", "системная биология", "зоология"]
date_from	строка	необязательный
date_to	строка	необязательный
recent_days	целое число	факультативный; Минимум: 1
recent_count	целое число	факультативный; Минимум: 1
limit	целое число	факультативный; по умолчанию: 10; Минимум: 1; Максимум: 100
cursor	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_preprints", {"recent_days": 30, "category": "neuroscience", "limit": 20})

get_preprint

Получите полные метаданные для одного препринта DOI (" 10.1101/...") Полный URL https://doi.org/. Использует последнюю версию. Возвращает название, авторов, соответствующего автора + учреждение, полный реферат, категорию, лицензию, версию, JATS XML, финансирование, опубликованный журнал DOI (если он связан), PDF и веб-адреса, а также количество версий. Препринты не рецензируются.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
doi	строка	обязательно
server	строка	факультативный; по умолчанию: "biorxiv"; enum: ["biorxiv", "medrxiv"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_preprint", {"doi": "10.1101/339747"})

search_published_preprints

Найдите препринты, которые были позже опубликованы в рецензируемых журналах (препринт - >) Ссылки на журнальные статьи. Те же методы поиска ONE-OF, что и search_preprints (date_from + date_to / recent_days / recent_count). include_details=false возвращает компактное резюме. Фильтры издателя по префиксу DOI журнала (например). "10.1038" Для природы) по маршруту bioRxiv-only/publisher.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
server	строка	факультативный; по умолчанию: "biorxiv"; enum: ["biorxiv", "medrxiv"]
publisher	строка	необязательный
include_details	логическое значение	факультативный; Дефолт: правда
date_from	строка	необязательный
date_to	строка	необязательный
recent_days	целое число	факультативный; Минимум: 1
recent_count	целое число	факультативный; Минимум: 1
limit	целое число	факультативный; по умолчанию: 10; Минимум: 1; Максимум: 100
cursor	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_published_preprints", {"publisher": "10.1038", "date_from": "2024-01-01", "date_to": "2024-01-05", "limit": 10})

search_by_funder

Найдите препринты, подтверждающие спонсора, идентифицированного ROR id (9-char, например). " 021nxhr62" для NIH; Также принимается полный URL https://ror.org/. Требуется явный date_from + date_to; Финансирование метаданных начинается с 2025-04-10. Факультативный фильтр категорий. Курсорные пагинаты. Такая же компактная форма результата, как и search_preprints.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
funder_ror_id	строка	обязательно
date_from	строка	обязательно
date_to	строка	обязательно
server	строка	факультативный; по умолчанию: "biorxiv"; enum: ["biorxiv", "medrxiv"]
category	строка	факультативный; Перечислим: ["Поведение и познание животных", "биохимия", "биоинженерия", "биоинформатика", "биофизика", "Раковая биология", "клеточная биология", "клинические испытания", "биология развития", "экология", "эпидемиология", "эволюционная биология", "генетика", "геномика", "иммунология", "микробиология", "молекулярная биология", "нейробиология", "палеонтология", "патология", "фармакология и токсикология", "физиология", "Биология растений", "научная коммуникация и образование", "Синтетическая биология", "системная биология", "зоология"]
limit	целое число	факультативный; по умолчанию: 10; Минимум: 1; Максимум: 100
cursor	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_by_funder", {"funder_ror_id": "021nxhr62", "date_from": "2025-04-10", "date_to": "2025-05-10", "limit": 10})

get_content_statistics

BioRxiv представляет статистические данные по всей истории — новые и пересмотренные подсчеты документов за период с текущими совокупными показателями. интервал "monthly" (по умолчанию) или "yearly".

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
interval	строка	факультативный; по умолчанию: "monthly"; (перенаправлено с «"monthly", "yearly"»)

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_content_statistics", {"interval": "yearly"})

get_usage_statistics

Статистика использования / взаимодействия bioRxiv по всей истории — абстрактные представления, полнотекстовые представления и загрузки PDF за период с использованием кумулятивных итогов. интервал "monthly" (по умолчанию) или "yearly".

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
interval	строка	факультативный; по умолчанию: "monthly"; (перенаправлено с «"monthly", "yearly"»)

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_usage_statistics", {"interval": "yearly"})

Регулирование наркотиков

Показать операции и параметры

search_drug_applications

Поиск приложений Drugs@FDA (NDA/ANDA/BLA) по любой комбинации фильтров с точной фразой (бренд, дженерик, active_ingredient, спонсор, marketing_status, dosage_form, маршрут, pharm_class). дженерик и pharm_class запрашивают гармонизированный блок openfda (отсутствует на старых приложениях, поэтому молча пропускают там). Широкий поиск возвращает первый max_records с истинной суммой и усеченной = истинной. на страницу, выходящую за пределы записей ~26,000, сужается с submission_date_from/to.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
brand	строка	необязательный
generic	строка	необязательный
active_ingredient	строка	необязательный
sponsor	строка	необязательный
marketing_status	строка	факультативный; enum: ["Prescription", "Over-the-counter", "Discontinued", "None (Tentative Approval)"]
dosage_form	строка	необязательный
route	строка	необязательный
pharm_class	строка	необязательный
pharm_class_type	строка	факультативный; enum: ["epc", "moa", "cs", "pe"]
search_type	строка	факультативный; по умолчанию: " и "; enum: ["and", "or"]
submission_date_from	строка	необязательный
submission_date_to	строка	необязательный
raw_search	строка	необязательный
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 50

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_applications", {"generic": "ATORVASTATIN CALCIUM", "marketing_status": "Prescription", "max_records": 25})

get_drug_application

Принесите одно заявление по номеру Drugs@FDA (например). "NDA020702", "ANDA076543", "BLA125514". Возвращает полную запись — спонсор, продукты (бренд, активные ингредиенты + сильные стороны, лекарственная форма, маршрут, маркетинговый статус, код TE), полную историю представлений и гармонизированные поля openfda при наличии.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
application_number	строка	обязательно

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_application", {"application_number": "NDA020702"})

count_drug_applications

Aggregate Drugs@FDA bucket рассчитывается по одному полю, необязательно суженному теми же фильтрами, что и search_drug_applications. count_field принимает дружественные имена (sponsor_name, application_number, dosage_form, маршрут, marketing_status, te_code, pharm_class_epc/moa/cs/pe) или необработанный путь поля openFDA (приложите .exact к анализируемым полям).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
count_field	строка	обязательно
brand	строка	необязательный
generic	строка	необязательный
active_ingredient	строка	необязательный
sponsor	строка	необязательный
marketing_status	строка	необязательный
dosage_form	строка	необязательный
route	строка	необязательный
pharm_class	строка	необязательный
pharm_class_type	строка	факультативный; enum: ["epc", "moa", "cs", "pe"]
search_type	строка	факультативный; по умолчанию: " и "; enum: ["and", "or"]
submission_date_from	строка	необязательный
submission_date_to	строка	необязательный
raw_search	строка	необязательный
max_buckets	целое число	факультативный; По умолчанию: 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "count_drug_applications", {"count_field": "marketing_status"})

get_drug_statistics

Статистика на уровне корпуса Drugs@FDA в одном звонке — общее количество заявок, распределение маркетингового статуса, лучшие лекарственные формы и маршруты (с различными подсчетами) и лучшие спонсоры по количеству заявок.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
—	объект	Нет полей; Передай пустой предмет.

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_statistics", {})

list_pharmacologic_classes

Перечислите фармакологические классы с их количеством применений, подсчитанным по гармонизированной openfda.pharm_class_<type> Блок. Подсчеты отражают только приложения, несущие этот блок.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
class_type	строка	факультативный; по умолчанию: "epc"; enum: ["epc", "moa", "cs", "pe"]
max_buckets	целое число	факультативный; По умолчанию: 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "list_pharmacologic_classes", {"class_type": "epc", "max_buckets": 50})

get_generic_equivalents

Найдите общие эквиваленты фирменного препарата: отведите бренд к его эталонному приложению (приложениям), выберите точный набор(ы) имен активных ингредиентов, а затем верните каждое приложение Drugs@FDA с продуктом, чей набор активных ингредиентов соответствует (включая коды TE и статус маркетинга).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
brand	строка	обязательно

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_generic_equivalents", {"brand": "Lipitor"})

search_drug_labels

Извлеките этикетки лекарственных препаратов FDA (SPL) по ингредиенту / названию / маршруту с помощью целенаправленной экстракции. Фильтры (active_ingredient, generic_name, brand_name, маршрут, product_type) попадают в блок ярлыков openfda; Установите точный запрос на неанализированные варианты. Перейдите разделы, чтобы извлечь необработанные разделы с открытой меткой FDA вместо структурированной записи по умолчанию. raw_search является взаимоисключающим с картографическими фильтрами.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
active_ingredient	строка	необязательный
generic_name	строка	необязательный
brand_name	строка	необязательный
route	строка	необязательный
product_type	строка	факультативный; ["HUMAN PRESCRIPTION DRUG", "HUMAN OTC DRUG"]
exact	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
raw_search	строка	необязательный
sections	массив строк	необязательный
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 25

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_labels", {"brand_name": "Tylenol", "max_records": 5})

search_drug_adverse_events

Поисковые отчеты FAERS по сообщенным drug_name (лекарственное средство), гармонизированным брендом / общим / ингредиентом, реакцией, серьезностью (1 = серьезно, 2 = несерьезно), страной или начальной / последней датой получения. Даты всегда ограничивают другие фильтры. raw_search заменяет картографические фильтры, но сохраняет даты. Отчеты могут перечислять несколько лекарств и реакций и не устанавливают причинно-следственную связь или заболеваемость. Результаты ограничены 26000; Узкие фильтры для больших когорт.

Полное поле	Тип	Тип
drug_name	строка	строка
brand_name	строка	строка
generic_name	строка	строка
ingredient	строка	строка
reaction	строка	строка
country	строка	строка
serious	строка	строка
received_date_from	строка	строка
received_date_to	строка	строка
receipt_date_from	строка	строка
receipt_date_to	строка	строка
search_type	строка	строка
raw_search	строка	строка
sort	строка	строка
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 25; Минимум: 1; Максимум: 26000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_adverse_events", {"drug_name": "LIPITOR", "reaction": "headache", "max_records": 10})

count_drug_adverse_events

Совокупные соответствующие отчеты FAERS по реакции, препарату, результату, стране или дате получения. Счета отражают отчеты, а не заболеваемость или причинно-следственные связи; Многозначные ведра перекрываются, и их сумма не является уникальной суммой отчета. Поля дат возвращают время/счет вместо термина/счета. raw_search сохраняет ограничения по дате.

Полное поле	Тип	Тип
count_field	строка	обязательно
drug_name	строка	строка
brand_name	строка	строка
generic_name	строка	строка
ingredient	строка	строка
reaction	строка	строка
country	строка	строка
serious	строка	строка
received_date_from	строка	строка
received_date_to	строка	строка
receipt_date_from	строка	строка
receipt_date_to	строка	строка
search_type	строка	строка
raw_search	строка	строка
max_buckets	целое число	целое число

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "count_drug_adverse_events", {"count_field": "reaction", "drug_name": "LIPITOR"})

search_drug_recalls

Поиск отчетов FDA о применении лекарственных средств (отзывы продуктов) от openFDA по фирме, продукту, причине отзыва, классификации, статусу, местоположению или дате отчета.

Полное поле	Тип	Тип
recalling_firm	строка	строка
product_description	строка	строка
reason_for_recall	строка	строка
status	строка	строка
classification	строка	строка
city	строка	строка
state	строка	строка
country	строка	строка
report_date_from	строка	строка
report_date_to	строка	строка
search_type	строка	строка
raw_search	строка	строка
sort	строка	строка
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 25; Минимум: 1; Максимум: 26000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_recalls", {"reason_for_recall": "contamination", "max_records": 10})

list_faers_bulk_files

Ознакомьтесь с официальным манифестом раздела препарата/события JSON. Файлы остаются на своих официальных URL-адресах; загрузка файлов, локальная работа или база данных анализа не создаются. Отчеты не являются оценками заболеваемости.

Field	Type	Requirement and constraints
offset	integer	optional; default: 0; minimum: 0; maximum: 100000
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 200

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "list_faers_bulk_files", {"offset": 0, "limit": 5})

Генетика человека

Показать операции и параметры

gwas_associations_for_variant

Ассоциации каталогов GWAS сообщили об одном варианте (rsID), наиболее важном из них. Args: rs_id (dbSNP rsID, например). rs7412 APOE или rs699 AGT; должен быть текущий rsID каталога 's — слитые/пенсионные идентификаторы могут возвращать нулевые строки, а не ошибку; max_records (по умолчанию 500); Варианты trait-hub могут нести ассоциации 1000+; Ряды сортируются сервером по восходящему p-значению, поэтому конечным результатом является префикс верхнего сигнала. Возвращает {rs_id, api_total, возвращает, усечен, ассоциации }. api_total - собственный каталог 's; Усеченные флаги в кепке. Каждый ряд ассоциаций: {association_id, p_value, pvalue_mantissa, pvalue_exponent, pvalue_description, or_value, бета, ci_lower, ci_upper, диапазон, risk_frequency, snp_effect_alleles, rs_ids, местоположения, mapped_genes, efo_traits: [{efo_id, efo_trait}], bg_efo_traits, reported_trait, multi_snp_haplotype, snp_interaction, study_accession_id, pubmed_id, first_author}. or_value и бета являются взаимоисключающими на строку (двоичный против количественного); p_значение 0.0 означает p < ~1e-308 (использовать мантиссу/экспонент).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
rs_id	строка	обязательно
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_variant", {"rs_id": "rs7412", "max_records": 100})

gwas_associations_for_gene

GWAS Каталог ассоциаций, варианты которых МАППИДЕН к гену (catalog's Ensembl трубопроводное отображение, не автор-сообщается), наиболее значительным первым. Args: gene_symbol (символ HGNC, точное совпадение, например). PCSK9, APOE; чувствительный к регистру вверх по течению — пропуск канонического верхнего регистра; межгенные варианты отображают фланкирующие гены, поэтому ряды могут находиться вне тела гена; max_records (по умолчанию 500); Серверные строки, сортируемые по восходящему p-значению. Возврат {gene_symbol, api_total, возврат, усечение, ассоциации } с той же формой строки, что и gwas_associations_for_variant. Несуществующий символ возвращает api_total=0, а не ошибку.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene_symbol	строка	обязательно
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_records": 100})

gwas_associations_for_trait

Связи каталога GWAS аннотированы к одной черте EFO, наиболее значимой первой. Args: efo_id (онтологический термин «короткая форма», используемый в каталоге, например). MONDO_0005010, EFO_0004340, HP_0003124; каталог перенес множество исторических идентификаторов EFO в MONDO/HP — сначала удалите текущие идентификаторы с помощью gwas_search_traits; Пройти точно один из efo_id/efo_trait; efo_trait (точная альтернатива LABEL); max_records (по умолчанию 500); Повышается p-значение. Возврат {efo_id | efo_trait, api_total, возврат, усечение, ассоциации } с той же формой строки, что и gwas_associations_for_variant. Неизвестный идентификатор / ярлык возвращает api_total = 0, а не ошибку.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
efo_id	строка	необязательный
efo_trait	строка	необязательный
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_trait", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 100})

gwas_search_traits

Поиск GWAS Каталог признаков EFO аннотации по ярлыку подстрочкой — точка входа для разрешения болезни/фенотипа имя онтологии идентификаторы, которые gwas_associations_for_trait / gwas_search_studies взять. Арг: запрос (бесчувствительная к регистру подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная подстрочная под "coronar" Соответствует ишемической болезни сердца MONDO_0005010 и др.; Каталог смешивает идентификаторы EFO, MONDO, HP и OBA — don't предполагает префикс EFO_; max_records (по умолчанию 500). Возвращает {query, api_total, возвращается, усечен, efo_traits}; каждый ряд {efo_id, efo_trait, uri} Отсортирован по этикетке. Подсчет проверенных по каталогу 's собственных сумм, когда не ограничен.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_traits", {"query": "coronary", "max_records": 50})

gwas_search_studies

Поиск по GWAS Каталог исследований по признакам аннотации или публикации. Args: efo_id (онтологическая короткая форма, например). MONDO_0005010, разрешение через gwas_search_traits; фильтры объединяются и — обычно проходят один; efo_trait (точная альтернатива этикетке); pubmed_id (PubMed ID публикации Study's, например). 38714703); max_records (по умолчанию 500). Возвращает {фильтры, api_total, возвращается, усечен, изучает }; каждый ряд исследования {accession_id, disease_trait, efo_traits, bg_efo_traits, pubmed_id, initial_sample_size, replication_sample_size, discovery_ancestry, replication_ancestry, genotyping_technologies, платформы, когорта, full_summary_stats_available, вмененный, gxe, gxg}. Подсчет верифицирован против общего количества каталогов, когда он не ограничен. Требуется по крайней мере один фильтр (нефильтрованный каталог - 90k исследований).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
efo_id	строка	необязательный
efo_trait	строка	необязательный
pubmed_id	строка	необязательный
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_studies", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 50})

gwas_get_study

Проведите одно исследование Каталога GWAS по его присоединению к GCST. Args: accession_id (присоединение к исследованию, например). GCST90841394; В каждой строке ассоциаций указаны study_accession_id и результаты поиска в исследовании. Возвращает {found, accession_id, study} где исследование имеет ту же форму строки, что и gwas_search_studies (нуль, когда присоединение неизвестно).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession_id	строка	обязательно

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_study", {"accession_id": "GCST90841394"})

gwas_get_variant

Получите одну запись варианта GWAS (положение, отображенные гены, следствие) с помощью rsID — легче, чем вытягивание его ассоциаций. Args: rs_id (dbSNP rsID, например). rs7412). Возвращает {found, rs_id, вариант }; вариант - {rs_id, слитый, functional_class, most_severe_consequence, аллели (например. "C/T (вперед)"), mapped_genes, местоположения: [{chromosome, позиция, регион}, last_update_date}] — позиции GRCh38 — или нулевые, когда rsID отсутствует в каталоге. merged=1 означает, что rsID был объединен в другой рекорд выше по течению.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
rs_id	строка	обязательно

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_variant", {"rs_id": "rs7412"})

eqtl_list_datasets

Перечислите наборы данных каталога eQTL (один набор данных = один метод количественного определения типа ткани / клетки x). Args: study_label (точное название исследования, например). GTEx, Alasoo_2018, BLUEPRINT; tissue_label (точная маркировка типа ткани/клетки, например). печень, макрофаг, LCL — строчная в каталоге; quant_method (ge = экспрессия генов, exon, tx, txrev, microarray, leafcutter, aptamer = белок плазмы); для обычных генно-уровня eQTL используют ge; max_records (по умолчанию 1000); Полный нефильтрованный каталог - наборы данных ~760. Возвращает {фильтры, возвращается, усечен, наборы данных } отсортирован по dataset_id; каждый {dataset_id (QTD...), study_id (QTS...), study_label, sample_group, tissue_id, tissue_label, condition_label, quant_method, sample_size}. API не публикует общее количество; truncated=false — доказательство того, что список завершен.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
study_label	строка	необязательный
tissue_label	строка	необязательный
quant_method	строка	необязательный
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_list_datasets", {"study_label": "Alasoo_2018", "quant_method": "ge"})

eqtl_associations

Молекулярно-QTL ассоциативные ряды из одного набора данных каталога eQTL, фильтруемого геном, вариантом или областью. Args: dataset_id (присоединение к QTD от eqtl_list_datasets, например). QTD000266); gene_id (unversioned Ensembl gene ID, например). ENSG00000130203 APOE; требуется, по меньшей мере, один из gene_id/rsid/variant/pos; rsid (dbSNP rsID); вариант (eQTL Catalogue вариант струны chr19_44908822_C_T, chr-префиксированный подчеркивающий GRCh38); pos (геномная оконная хромосома:старт-энд GRCh38 без приставки chr, например). 19:44900000-44920000); nlog10p_min (значение этажа: только строки с -log10(p) >= это, нанесенные вверх по течению); max_records (по умолчанию 1000 = одна страница). Возвращает {dataset_id, фильтры, возвращает, усечен, ассоциации }; каждая строка {molecular_trait_id, gene_id, вариант, rsid, хромосома, положение, ref, alt, тип, бета, se, pvalue, nlog10p, maf, ac, an, r2, median_tpm}. Ряды покрывают ТОЛЬКО цис-окно тестируемого набора данных (±1 Мб каждого гена); Пустое означает " не протестированный / не представленный ". Общее количество не публикуется: усеченное = ложное доказывает истощение, усеченное = истинное означает, что колпачок был поражен.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
dataset_id	строка	обязательно
gene_id	строка	необязательный
rsid	строка	необязательный
variant	строка	необязательный
pos	строка	необязательный
nlog10p_min	число	необязательный
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_associations", {"dataset_id": "QTD000266", "gene_id": "ENSG00000130203", "nlog10p_min": 2})

phewas_instances

Перечислите общедоступные порталы PheWeb PheWAS, которые этот сервер может запросить, с регистром построения генома и возможностей. Возвращает {instances:{key:{label, base_url, genome_build, возможности, отмечает }}}. Возможности называют конечные точки, которые каждый экземпляр раскрывает: вариант (phewas_variant), ген (phewas_finngen_gene), фенотипы (phewas_list_phenotypes), автозаполнение (phewas_search_phenotypes). Обратите внимание на разделение сборки: идентификаторы вариантов FinnGen R12 являются GRCh38; BioBank Japan (pheweb.jp) — GRCh37/hg19 — координаты подъема перед перекрестным запросом.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
—	объект	Нет полей; Передай пустой предмет.

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_instances", {})

phewas_variant

PheWAS для одного варианта: его статистика ассоциаций против каждого фенотипа на портале биобанка PheWeb. Args: example (finngen FinnGen R12 GRCh38, или bbj BioBank Japan GRCh37); Варианты кордов должны быть на сборке экземпляра 's; вариант (chrom-pos-ref-alt, :/_ сепараторы и префикс chr переносимые, например. 19-44908822-C-T APOE rs7412 GRCh38/finngen или 1-55505647-G-T PCSK9 rs11591147 GRCh37/bbj; max_phenos (по умолчанию 200); FinnGen возвращает строки ~2470; отсортирован по p-значению, восходящему до заглавия. Возвращает {instance, genome_build, вариант, variant_meta, суммарно, возвращается, усечен, фенотипы }; variant_meta {chrom, pos, ref, alt, rsids, nearest_genes, gnomad (только FinnGen) }. Каждый ряд фенотипа {phenocode, феностринг, категория, pval, mlogp, beta, sebeta, af |maf, maf_case, maf_control, n_cases, n_controls, n_amples} (неопубликованные поля не имеют силы); BBJ-ряды имеют af, FinnGen-ряды имеют maf-триплеты + mlogp. Неизвестные варианты вызывают необнаруженную ошибку.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
instance	строка	обязательно; enum: ["finngen", "bbj"]
variant	строка	обязательно
max_phenos	целое число	факультативный; По умолчанию: 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_variant", {"instance": "finngen", "variant": "19-44908822-C-T", "max_phenos": 50})

phewas_finngen_gene

PheWAS генного уровня от FinnGen R12: для каждой конечной точки заболевания наиболее значимым является наиболее ассоциированный вариант в генной области. Args: gene_symbol (символ HGNC, например). PCSK9, APOE; неизвестные символы вызывают необнаруженную ошибку; max_phenos (по умолчанию 200); Финнген имеет ~конечные точки 2470, по одному ряду; отсортирован по p-значению, восходящему до заглавия. Возвращает {instance: "finngen", genome_build: "GRCh38", gene_symbol, всего, возвращен, усечен, фенотипы }; Каждая строка представляет собой форму строки phewas_variant плюс вариант: {chrom, pos, ref, alt, varid, rsids} — верхний вариант для этой конечной точки в области гена ' (область! = тело гена); Границы генов PheWeb pads. Большинство строк - нулевые результаты (pval)~1) — по-прежнему сообщается о варианте BEST для конечных точек; Фильтруйте себя для значительных попаданий.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene_symbol	строка	обязательно
max_phenos	целое число	факультативный; По умолчанию: 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_finngen_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_phenos": 50})

phewas_list_phenotypes

Полный каталог фенотипа (конечной точки заболевания) экземпляра PheWeb с количеством случаев / контрольных показателей. Args: example (в настоящее время только Finngen раскрывает эту конечную точку); BBJ не использует phewas_search_phenotypes; max_records по умолчанию 3000 > FinnGen's ~2470 конечные точки, поэтому по умолчанию возвращает полный каталог. Возвращает {instance, Total, Returned, truncated, фенотипы } отсортирован по фенокоду; каждый ряд {phenocode (например, "T2D"), феностринг, категория, num_cases, num_controls, num_gw_significant (счет генома-всего-значимые локусы для этой конечной точки) }.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
instance	строка	факультативный; по умолчанию: "finngen"; ["finngen"]
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 3000

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_list_phenotypes", {"instance": "finngen", "max_records": 3000})

phewas_search_phenotypes

Ищите фенотипы PheWeb example's (и объекты) по имени — точка входа для разрешения названия болезни на фенокод. Args: query (free-text phenotype query, например). "diabetes", "asthma"; совпадения фенотипических имен/кодов; некоторые экземпляры также соответствуют именам генов и rsID; экземпляр (finngen default или bbj — оба обнажают автозаполнение); max_records (по умолчанию 500); Автозаполненные ответы — это короткие списки, редко ограниченные. Возвращает {instance, запрос, тотал, возвращается, усечен, соответствует }; каждый матч {, фенокод, url}. Используйте фенокод с строками phewas_list_phenotypes или веб-сайт экземпляра; BBJ строки отображения встраивают код в скобки.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
instance	строка	факультативный; по умолчанию: "finngen"; enum: ["finngen", "bbj"]
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_search_phenotypes", {"query": "diabetes", "instance": "finngen"})

gwas_get_summary_statistics

Осмотрите полный пакет сводной статистики каталога GWAS для одного присоединения к GCST без загрузки потенциально огромных файлов данных. Обнаруженные возвраты = ложные, если в присоединении нет каталога FTP; В противном случае возвращается каталог HTTPS FTP, оригинальные и гармонизированные списки файлов, парсированные записи -meta.yaml, геномные сборки и ссылки на гармонизацию, объявленные этими записями, а также текущие определения колонок стандарта GWAS-SSF. Определения столбца описывают стандарт, а не наблюдаемый заголовок из сжатого файла данных. Используйте возвращенные URL-адреса файлов для загрузки выбранного полного набора данных. Args: accession_id (присоединение GCST, например). GCST90000123; metadata_file (необязательное точное имя файла YAML для ограничения анализа метаданных и обоих справочных резюме); Список файлов остается полным. Каталог FTP получен из ведёрка для тысяч исследований присоединения; Неправильный YAML или нечитаемый существующий каталог остается ошибкой восходящего потока.

Полное поле	Тип	Тип
accession_id	строка	обязательно
metadata_file	строка	факультативный; Длина: 1

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_summary_statistics", {"accession_id": "GCST90000123"})

Выражение

Показать операции и параметры

gtex_tissue_sites

Перечислите все сайты тканей с метаданными для выделения GTEx (54 в gtex_v8): количество образцов, количество eGene / sGene, цветовые коды и идентификаторы онтологии UBERON.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
dataset_id	строка	факультативный; По умолчанию: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_tissue_sites", {"dataset_id": "gtex_v8"})

gtex_dataset_info

Перечислите все выпуски набора данных GTEx с метаданными: datasetId, версия GENCODE, сборка генома, сборка dbSNP и количество выборок / предметов / тканей.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
dataset_id	строка	необязательный
organization_name	строка	необязательный

const result = await host.mcp("expression", "gtex_dataset_info", {})

gtex_sample_info

Образец и метаданные донора для прикрепленного выпуска GTEx, необязательно отфильтрованного tissue_site_detail_id, data_type (например. RNASEQ, WGS или subject_id. Проверено и проверено; Нефильтрованный вызов соответствует десяткам тысяч образцов, поэтому фильтруйте или установите max_samples.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
tissue_site_detail_id	строка	необязательный
data_type	строка	необязательный
subject_id	строка	необязательный
max_samples	целое число	необязательный
dataset_id	строка	факультативный; По умолчанию: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_sample_info", {"tissue_site_detail_id": "Liver", "data_type": "RNASEQ", "max_samples": 100})

gtex_resolve_genes

Решите символы генов или неверсированные идентификаторы Ensembl на версии идентификаторов GENCODE для прикрепленного высвобождения, например. GAPDH - > ENSG00000111640.14. Кормите идентификаторы инструментами экспрессии / eQTL.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
genes	массив строк	обязательно
dataset_id	строка	факультативный; По умолчанию: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_resolve_genes", {"genes": ["GAPDH", "BRCA2"]})

gtex_median_expression

Медианная экспрессия гена (TPM) для одного или нескольких идентификаторов веризонированного генкода в тканях (опустить ткани для всех). Страницы и подсчитанные по строкам (ген, ткань).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gencode_ids	массив строк	обязательно
tissue_site_detail_ids	массив строк	необязательный
dataset_id	строка	факультативный; По умолчанию: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_median_expression", {"gencode_ids": ["ENSG00000111640.14"]})

gtex_expression_summary

Обобщить экспрессию гена во всех тканях, ранжированных по нисходящей медиане TPM. Принимает символ или Ensembl id и автоматически передает его в версию GENCODE id.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene	строка	обязательно
dataset_id	строка	факультативный; По умолчанию: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_expression_summary", {"gene": "GAPDH"})

gtex_gene_expression

Образцовые (не агрегированные) экспрессионные TPM-массивы для одного идентификатора ERSIONED GENCODE на ткань (без тканей для всех). Возвращает полный массив TPM на образец и n_образцы для каждой ткани.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gencode_id	строка	обязательно
tissue_site_detail_ids	массив строк	необязательный
dataset_id	строка	факультативный; По умолчанию: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_gene_expression", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "tissue_site_detail_ids": ["Whole_Blood"]})

gtex_top_expressed_genes

Топ-н гены по медиане TPM в одной ткани, используя API-сторону рейтинга. filter_mt_gene (по умолчанию истинный) роняет митохондриальные гены из рейтинга.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
tissue_site_detail_id	строка	обязательно
n	целое число	факультативный; По умолчанию: 100
filter_mt_gene	логическое значение	факультативный; Дефолт: правда
dataset_id	строка	факультативный; По умолчанию: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_top_expressed_genes", {"tissue_site_detail_id": "Whole_Blood", "n": 20})

gtex_eqtl_genes

Все eGenes (гены с ≥1 значительным цис-eQTL) для ткани. Ходил по страницам и подсчитывал (например). Поджелудочная железа gtex_v8 = 9,660. max_genes показывает, сколько строк возвращается.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
tissue_site_detail_id	строка	обязательно
max_genes	целое число	необязательный
dataset_id	строка	факультативный; По умолчанию: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_eqtl_genes", {"tissue_site_detail_id": "Pancreas", "max_genes": 100})

gtex_single_tissue_eqtls

Значимые однотканевые ассоциации цис-eQTL для гена и/или варианта (предвычисленные). Предоставлять gencode_id и/или variant_id; tissue_site_detail_id необязательно сужается. Проверено и проверено.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gencode_id	строка	необязательный
variant_id	строка	необязательный
tissue_site_detail_id	строка	необязательный
max_results	целое число	необязательный
dataset_id	строка	факультативный; По умолчанию: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_single_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

gtex_multi_tissue_eqtls

Многотканевый цис-eQTL-метаанализ (METASOFT) для идентификатора ERSIONED GENCODE variant_id необязательно сужается до одного варианта. Возвращает на переменные строки с m-значениями для каждой ткани, NES, p-значениями и SE.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gencode_id	строка	обязательно
variant_id	строка	необязательный
dataset_id	строка	факультативный; По умолчанию: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_multi_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

gtex_calculate_eqtl

Вычислите eQTL на лету для любой пары ген-варианта в одной ткани, включая незначимые пары. Возвращает p-значение, NES, t-статистику, MAF и матрицы генотипа/экспрессии на выборку.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gencode_id	строка	обязательно
variant_id	строка	обязательно
tissue_site_detail_id	строка	обязательно
dataset_id	строка	факультативный; По умолчанию: "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_calculate_eqtl", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "variant_id": "chr12_6452899_G_A_b38", "tissue_site_detail_id": "Whole_Blood"})

bgee_species

Перечислите виды, доступные в атласе экспрессии здорового дикого типа Bgee, или извлеките один вид по его идентификатору таксономии NCBI. Возвращенный taxon_id идентифицирует этот вид, даже если его референтный геном принадлежит другому виду. Запрос на список возвращает has_expression_data: null, потому что он не загружает метаданные источника данных. Запросить species_id для проверки доступности; Недостающие метаданные также остаются null, а не false.

Полное поле	Тип	Тип
species_id	целое число	факультативный; Минимум: 1; Максимум: 2147483647

const result = await host.mcp("expression", "bgee_species", {})

bgee_expression_calls

Восстановление Bgee присутствующей/отсутствующей экспрессии вызывает и нормализует показатели экспрессии одного гена у одного вида, сохраняя анатомическую сущность и контекст типа клетки. Результаты являются здоровыми исходными вызовами дикого типа и могут быть ограничены max_calls. Отсутствующие или неуточненные типы клеток возвращаются в качестве нулевых.

Полное поле	Тип	Тип
gene_id	строка	обязательно
species_id	целое число	обязательно; Минимум: 1; Максимум: 2147483647
max_calls	целое число	факультативный; по умолчанию: 100; Минимум: 1; Максимум: 500
expression_type	строка	факультативный; по умолчанию: "EXPRESSED"; ["EXPRESSED", "NOT_EXPRESSED"]

const result = await host.mcp("expression", "bgee_expression_calls", {"gene_id": "ENSG00000130208", "species_id": 9606, "max_calls": 50})

bgee_sparql_expression

Запустите ограниченный запрос Bgee SPARQL для одного гена, одного вида NCBI и одной ткани / анатомической сущности. Требуются все три фильтра. генерируемый запрос включает жесткий лимит и вызов имеет свой тайм-аут.

Полное поле	Тип	Тип
gene	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 128
species_id	целое число	обязательно; Минимум: 1; Максимум: 2147483647
tissue	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 128
limit	целое число	факультативный; по умолчанию: 25; Минимум: 1; Максимум: 100

const result = await host.mcp("expression", "bgee_sparql_expression", {"gene": "APOC1", "species_id": 9606, "tissue": "liver", "limit": 25})

bgee_download_links

Создайте официальные ссылки для загрузки Bgee для одного вида: обобщенные текущие / отсутствующие вызовы или обработанные каталоги значений выражения. Это возвращает только URL-адреса и никогда не загружает большие файлы.

Полное поле	Тип	Тип
species	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 128
file_kind	строка	факультативный; по умолчанию: "calls_simple"; enum: ["calls_simple", "calls_advanced", "processed_rna_seq", "processed_affymetrix", "processed_sc_full_length", "processed_sc_droplet_based"]
all_conditions	логическое значение	логическое значение

const result = await host.mcp("expression", "bgee_download_links", {"species": "Homo_sapiens", "file_kind": "calls_simple"})

Белковая аннотация

Показать операции и параметры

get_domain_architecture

Полная архитектура домена InterPro для одного или нескольких белков UniPro (все совпадающие записи, сигнатуры члена-DB, координаты фрагментов) с проверкой пагинации по счету API.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accessions	массив строк	обязательно

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_domain_architecture", {"accessions": ["P04637"]})

search_interpro_entries

Поиск по ключевым словам в InterPro или в базах данных участников (Pfam, SMART, PROSITE, PANTHER, CDD), полная прогулка курсора, проверенная по счету API.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	необязательный
entry_type	строка	необязательный
source_db	строка	факультативный; По умолчанию: "interpro"
go_term	строка	необязательный

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_interpro_entries", {"query": "kinase", "source_db": "pfam"})

get_interpro_entry

Детальная запись для входа InterPro (IPRxxxxxx) или семейства Pfam (PFxxxxx) — маршрут, выбранный приставкой присоединения.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession	строка	обязательно

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_interpro_entry", {"accession": "IPR000719"})

search_pfam_clans

Поиск ключевых слов по кланам Pfam (наборы InterPro, присоединения CLxxxx).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	необязательный

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_pfam_clans", {"query": "kinase"})

get_pfam_clan

Подробности клана Pfam, включая полный список членов семьи.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
clan_accession	строка	обязательно

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_clan", {"clan_accession": "CL0016"})

get_pfam_family_proteins

Белки-члены семейства Pfam (полная проверяемая прогулка или только подсчет). Используйте count_only для больших семей.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
pfam_accession	строка	обязательно
reviewed_only	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
tax_id	целое число	необязательный
count_only	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteins", {"pfam_accession": "PF00069", "count_only": true})

get_pfam_family_proteomes

Протеомы, содержащие членов семьи Пфам. count_only по умолчанию верный — верхняя пагинация курсора протеома дефектна для глубоких прогулок.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
pfam_accession	строка	обязательно
count_only	логическое значение	факультативный; Дефолт: правда

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteomes", {"pfam_accession": "PF00069"})

get_protein_atlas_gene

Запись Атласа белка человека на ген (релиз 25.x): ткань / субклеточная / патология / экспрессия крови / мозга и информация об антителах. Принимает идентификатор гена Ensembl или символ гена.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene	строка	обязательно
full	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_protein_atlas_gene", {"gene": "TP53"})

search_protein_atlas

Выбранный колонкой объемный поиск по Атласу белка человека (search_download).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
columns	строка	факультативный; по умолчанию: "g,gs,eg,gd,up,chr,chrp,scl"

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_protein_atlas", {"query": "kinase"})

map_string_ids

Сопоставление символов гена/помех с идентификаторами белка STRING (v12.0). Каждый входной символ либо отображается, либо указывается в некартированном виде — два раздела входа.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
symbols	массив строк	обязательно
species	целое число	факультативный; По умолчанию: 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "map_string_ids", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"]})

get_string_network

СТРОИТЕЛЬНАЯ сеть взаимодействия белка и белка для списка генов (v12.0) при пороге доверия. Сначала отображаются символы (без карты сообщается), затем извлекаются узлы, края, резюме и происхождение. Один отображаемый вход запрашивает взаимодействие 10 с соседями, совпадающее с STRING; Несколько отображенных входов не расширяются.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
symbols	массив строк	обязательно
species	целое число	факультативный; По умолчанию: 9606
required_score	целое число	факультативный; По умолчанию: 700

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_network", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"], "required_score": 700})

get_string_similarity_scores

Сходство белка Смита-Уотермана между набором генов (STRING / гомология). Разрыв: пары, отсутствующие в данных STRING's, не перечислены (отсутствие означает отсутствие зарегистрированного сходства, а не ноль).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
symbols	массив строк	обязательно
species	целое число	факультативный; По умолчанию: 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_similarity_scores", {"symbols": ["TP53", "MDM2", "MDM4"]})

get_string_best_similarity_hits

Лучшая гомология удара на входной белок у целевого вида (STRING / homology_best). target_species = нуль требует лучшего удара по всем видам.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
symbols	массив строк	обязательно
species	целое число	факультативный; По умолчанию: 9606
target_species	целое число	необязательный

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_best_similarity_hits", {"symbols": ["TP53"], "target_species": 10090})

get_string_ppi_enrichment

Обогащение взаимодействия белка и белка STRING для списка генов (v12.0). Тестирует, имеют ли отображаемые белки больше взаимодействий, чем ожидалось от фонового распределения STRING, с дополнительным фоновым набором идентификаторов белка STRING.

Полное поле	Тип	Тип
symbols	массив строк	обязательно
species	целое число	целое число
required_score	целое число	факультативный; По умолчанию: 400
background_string_ids	массив строк	строка

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_ppi_enrichment", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"], "required_score": 700})

Модели рака

Показать операции и параметры

cbioportal_list_studies

Перечислите исследования рака cBioPortal, необязательно отфильтрованные ключевым словом в свободном тексте (имя / описание / тип рака) и / или точный идентификатор типа рака; возвращает идентификатор исследования, имя, тип рака, справочный геном, цитирование и количество образцов на тип данных.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
keyword	строка	необязательный
cancer_type_id	строка	необязательный
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 500

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_list_studies", {"keyword": "glioma"})

cbioportal_get_study

Получите исследование рака cBioPortal по идентификатору: метаданные, количество образцов на тип данных, количество истинных образцов / пациентов (из коллекций исследования, а не поля отображения) и его молекулярные профили.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
study_id	строка	обязательно

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_study", {"study_id": "msk_impact_2017"})

cbioportal_mutations_in_gene

Все мутации одного гена (символ HUGO) в исследовании cBioPortal с рекуррентными агрегатами: общие мутации, количество мутированных образцов, распределение мутаций и изменений белка и наиболее повторяющиеся изменения белка.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene_symbol	строка	обязательно
study_id	строка	обязательно
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutations_in_gene", {"gene_symbol": "IDH1", "study_id": "difg_msk_2023"})

cbioportal_mutation_frequency

Частота мутации одного гена в нескольких исследованиях cBioPortal (1-12): уникальные мутированные образцы, разделенные на профилированные образцы для этого гена в выбранном профиле мутации и списке образцов, учитывающие целевые панели генов; На первом месте наиболее частые.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene_symbol	строка	обязательно
study_ids	массив строк	обязательно; Мини-элементы: 1; maxItems: 12

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutation_frequency", {"gene_symbol": "KRAS", "study_ids": ["msk_impact_2017", "difg_msk_2023"]})

cbioportal_cna_in_gene

Дискретные изменения копий одного гена в исследовании cBioPortal, отфильтрованные по типу события (глубокое удаление / усиление по умолчанию), с полным распределением изменений на образец.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
gene_symbol	строка	обязательно
study_id	строка	обязательно
event_type	строка	факультативный; по умолчанию: "HOMDEL_AND_AMP"; enum: ["HOMDEL_AND_AMP", "HOMDEL", "AMP", "GAIN", "HETLOSS", "DIPLOID", "ALL"]
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_cna_in_gene", {"gene_symbol": "CDKN2A", "study_id": "msk_impact_2017"})

cbioportal_clinical_attributes

Клинические атрибуты, определенные в исследовании cBioPortal (поля на уровне пациентов и выборки), подчеркивают конечные точки выживания и наличие данных о выживаемости в целом.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
study_id	строка	обязательно
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 200

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_clinical_attributes", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018"})

cbioportal_get_samples

Перечислите образцы cBioPortal в исследовании с подробным образцом и идентификаторами пациентов. Опциональный sample_ids ограничивает возвращаемые строки; max_records ограничивает ответ, сохраняя при этом истинное количество исследований.

Полное поле	Тип	Тип
study_id	строка	обязательно; Длина: 1; Модель: "\S"
sample_ids	массив строк	факультативный; Мини-элементы: 1; maxItems: 1000
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 500; Минимум: 1; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_samples", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "max_records": 100})

cbioportal_get_patients

Список пациентов cBioPortal в исследовании с подробными идентификаторами. Опциональный patient_ids ограничивает возвращаемые строки; max_records ограничивает ответ, сохраняя при этом истинное количество исследований.

Полное поле	Тип	Тип
study_id	строка	обязательно; Длина: 1; Модель: "\S"
patient_ids	массив строк	факультативный; Мини-элементы: 1; maxItems: 1000
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 500; Минимум: 1; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_patients", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "max_records": 100})

cbioportal_get_clinical_data

Приведите значения клинических данных cBioPortal для явного уровня соответствия patient_ids или sample_ids, необязательно ограниченного attribute_ids. Клинические значения остаются струнами, включая маркеры отсутствующего значения.

Полное поле	Тип	Тип
study_id	строка	обязательно; Длина: 1; Модель: "\S"
level	строка	факультативный; по умолчанию: "SAMPLE"; enum: ["SAMPLE", "PATIENT"]
attribute_ids	массив строк	факультативный; maxItems: 1000
sample_ids	массив строк	факультативный; Мини-элементы: 1; maxItems: 1000
patient_ids	массив строк	факультативный; Мини-элементы: 1; maxItems: 1000
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 1000; Минимум: 1; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_clinical_data", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "level": "PATIENT", "attribute_ids": ["AGE"], "patient_ids": ["TCGA-A1-A0SB"]})

cbioportal_get_molecular_data

Получите числовые значения мРНК или экспрессии белка из явного молекулярного профиля. Откройте профили с помощью cbioportal_get_study; Выберите измерение/нормализацию намеренно. Поставляйте gene_symbol или entrez_gene_ids и один из sample_ids или sample_list_id. Пропущенные строки не являются нулевым выражением.

Полное поле	Тип	Тип
study_id	строка	обязательно; Длина: 1; Модель: "\S"
molecular_profile_id	строка	обязательно; Длина: 1; Модель: "\S"
gene_symbol	строка	строка
entrez_gene_ids	массив целых чисел	факультативный; maxItems: 1000
sample_ids	массив строк	факультативный; Мини-элементы: 1; maxItems: 1000
sample_list_id	строка	факультативный; Длина: 1; Модель: "\S"
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 1000; Минимум: 1; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_molecular_data", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "molecular_profile_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018_rna_seq_v2_mrna", "gene_symbol": "ESR1", "sample_list_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018_all"})

depmap_search_models

Поиск моделей рака DepMap / CCLE по названию подстроки или точному ACH ModelID и возврат выбранной идентичности, линии, болезни и метаданных RRID. Имена могут соответствовать нескольким моделям: сохраняют свои отличительные идентификаторы. Полный каталог моделей не загружается.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 2; maxLength: 100; pattern: "\S"
limit	integer	optional; default: 10; minimum: 1; maximum: 20

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_search_models", {"query": "A549"})

depmap_gene_dependency

Получите профиль генного эффекта DepMap Chronos с одним точным символом гена, необязательно ограниченный ModelID. Сначала возвращает самые сильные эффекты, ограниченные 50 моделями. Недостающие оценки неизвестны, а не нулевые; отрицательные эффекты генов не являются вероятностями зависимости. Включает текущий выпуск набора данных и аннотации модели; нет полной загрузки матрицы.

Field	Type	Requirement and constraints
gene	string	required; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
model_ids	массив	необязательно; пункты 1; пункты 20
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_gene_dependency", {"gene": "KRAS", "model_ids": ["ACH-000681"]})

depmap_drug_response

Получите профиль AUC вторичного экрана DepMap PRISM одного соединения, необязательно ограниченный ModelID. Принимает точный идентификатор соединения DPC или полное название соединения (нечувствительное к делу точное совпадение, отсутствие нечеткой замены). Сначала возвращается самый низкий AUC, ограниченный 50 моделями. AUC не является IC50 или жизнеспособностью; недостающие значения остаются нулевыми. Сообщает о выпуске PRISM отдельно от метаданных модели.

Field	Type	Requirement and constraints
compound	string	required; minLength: 2; maxLength: 100; pattern: "\S"
model_ids	массив	необязательно; пункты 1; пункты 20
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_drug_response", {"compound": "trametinib", "model_ids": ["ACH-000681"]})

depmap_gene_expression

Получите текущий профиль экспрессии РНК одного точного символа гена DepMap/CCLE в log2(TPM+1), необязательно ограниченный ModelID. Возвращает наивысшую экспрессию, максимум 50 моделей, с выпуском и метаданными модели. Это не исходные данные TPM или z-оценки. Используйте depmap search models для определения имен линий сотовой связи для ModelID; не загружайте полную матрицу.

Field	Type	Requirement and constraints
gene	string	required; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
model_ids	массив	необязательно; пункты 1; пункты 20
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_gene_expression", {"gene": "KRAS", "model_ids": ["ACH-000681"]})

depmap_copy_number

Получите текущий профиль копирования гена DepMap/CCLE WGS одного точного символа гена по отношению к модели, необязательно ограниченный ModelID. Возвращает наивысший относительный номер копии, максимум 50 моделей, с выпуском и метаданными модели. Значения не являются абсолютными копиями, значениями log2 или дискретными вызовами усиления/удаления. Используйте depmap search models для определения имен линий сотовой связи для ModelID.

Field	Type	Requirement and constraints
gene	string	required; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
model_ids	массив	необязательно; пункты 1; пункты 20
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_copy_number", {"gene": "MYC", "model_ids": ["ACH-000681"]})

РНК

Показать операции и параметры

get_family

Метаданные семейства Rfam для присоединения (RF00005) или идентификатора семейства (tRNA) — оба разрешают. Сплюснутый рекорд плюс полный восходящий JSON в "raw".

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
family	строка	обязательно

const result = await host.mcp("rna", "get_family", {"family": "RF00005"})

get_seed_alignment

Выравнивание семян семейства Rfam в Стокгольме (по умолчанию, с согласованной линией вторичной структуры) или выравнивание пробелов FASTA.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
family	строка	обязательно
fmt	строка	факультативный; по умолчанию: "stockholm"; enum: ["stockholm", "fasta"]
max_bytes	целое число	факультативный; По умолчанию: 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_seed_alignment", {"family": "RF00162", "fmt": "stockholm"})

get_covariance_model

Адская ковариационная модель (CM-файл) семейства Rfam, используемая непосредственно с cmsearch/cmscan, а также с парсированными полями заголовка.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
family	строка	обязательно
max_bytes	целое число	факультативный; По умолчанию: 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_covariance_model", {"family": "RF00162"})

get_tree

Семя филогенетического дерева семейства Rfam (NHX/Newick text).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
family	строка	обязательно

const result = await host.mcp("rna", "get_tree", {"family": "RF00162"})

get_sequence_regions

Все полнорегиональные хиты семейства Rfam в базах данных последовательностей (с парсами TSV). Сначала проверьте num_full через get_family — rfam.org 403s этот маршрут для очень больших семей (например, для тех, кто живет в больших семьях). RF00005).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
family	строка	обязательно

const result = await host.mcp("rna", "get_sequence_regions", {"family": "RF00162"})

get_structure_mapping

Картографирование структуры на уровне остатков PDB семейства Rfam, детерминированное.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
family	строка	обязательно

const result = await host.mcp("rna", "get_structure_mapping", {"family": "RF00162"})

accession_to_id

Преобразовать присоединение Rfam к своему семейному идентификатору (например, RF00005 -> "tRNA".

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession	строка	обязательно

const result = await host.mcp("rna", "accession_to_id", {"accession": "RF00005"})

id_to_accession

Преобразовать идентификатор семейства Rfam в его присоединение (например). "tRNA" -> RF00005).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
family_id	строка	обязательно

const result = await host.mcp("rna", "id_to_accession", {"family_id": "tRNA"})

search_sequence

Поиск последовательности РНК через официальную конечную точку серии Rfam. сохранить вернувшуюся работу в ожидании; Незавершенный ответ не является результатом нулевого удара. Проверяйте завершенные матчи и исходную информацию. После неудачного ответа, диагностировать или возобновить существующую работу, а не представлять ее повторно.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
sequence	строка	обязательно
max_wait_s	число	факультативный; По умолчанию: 300
poll_interval_s	число	факультативный; По умолчанию: 5

const result = await host.mcp("rna", "search_sequence", {"sequence": "GGUUCCGGGAAGGCAGCAGGUGGAAACCUGCCA"})

get_rnacentral_record

Получите запись РНК-центральной последовательности путем присоединения URS с использованием API v1. Сохраняет последовательность, MD5, статус активности, метаданные организма и типа РНК.

поле	Тип	Требования и ограничения
urs	string	необходимый

const result = await host.mcp("rna", "get_rnacentral_record", {"urs": "URS0000000001"})

get_rnacentral_xrefs

Карта присоединения РНК-центрального URS к одной странице идентификаторов базы экспертных данных. Сохраняет исходную базу данных, таксономию, версию присоединения, активность и первые/последние даты; нет автоматического обхода страницы.

поле	Тип	Требования и ограничения
urs	string	необходимый
page	integer	optional; default: 1; minimum: 1; maximum: 100000
page_size	integer	optional; default: 10; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("rna", "get_rnacentral_xrefs", {"urs": "URS0000000001", "page": 1, "page_size": 10})

Архивы Omics

Показать операции и параметры

ena_query_runs

Откройте для себя публичные секвенирования, выполняемые NCBI tax_id (включая таксоны потомков), library_strategy и / или ключевое слово в названиях исследований, экспериментов или выборок и описаниях запуска. Поставляемые фильтры сочетаются с И; Требуется хотя бы один. Таксономия описывает секвенированный организм, а не хозяина образца микробиома. Ключевое слово - это буквальная подстрочная строка, а не синтаксис запросов ENA; Двойные цитаты, обратные удары, wildcards и контрольные символы отвергаются. Включает публичные записи метагенома. Возвращает только ограниченные метаданные, а не полную когорту при усечении. Узкие фильтры для извлечения меньшего набора; Повторяющиеся звонки не являются пагинацией. Для известных присоединений INSDC используют ena_search_runs.

Поставить хотя бы один поисковый фильтр; Проконсультируйтесь с загружаемой схемой для полного набора правил.

Полное поле	Тип	Тип
tax_id	целое число	факультативный; минимум: 1; максимум: 2147483647
library_strategy	строка	факультативный; ЭНУМ: ["AMPLICON", "ATAC-seq", "Bisulfite-Seq", "CLONE", "CLONEEND", "CTS", "ChIA-PET", "ChIP-Seq", "ChM-Seq", "DNase-Hypersensitivity", "EST", "FAIRE-seq", "FINISHING", "FL-cDNA", "GBS", "Hi-C", "MBD-Seq", "MNase-Seq", "MRE-Seq", "MeDIP-Seq", "NOMe-Seq", "OTHER", "POOLCLONE", "RAD-Seq", "RIP-Seq", "RNA-Seq", "Ribo-Seq", "SELEX", "Synthetic-Long-Read", "Targeted-Capture", "Tethered Chromatin Conformation Capture", "Tn-Seq", "VALIDATION", "WCS", "WGA", "WGS", "WXS", "miRNA-Seq", "ncRNA-Seq", "snRNA-seq", "ssRNA-seq"]
keyword	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 200; шаблон: "^(?=[\\s\\S]*\\S)[^\"\\\\*?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"
limit	целое число	необязательный 100; минимум: 1; максимум: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_query_runs", {"tax_id": 6239, "library_strategy": "RNA-Seq", "keyword": "transcriptome", "limit": 20})

ena_get_submitted_files

Перечислите оригинальные файлы, представленные для одного запуска ERR/SRR/DRR, включая представленные BAM, CRAM или FASTQ, когда ENA раскрывает их. Возвращает локации FTP, представленные форматы, размеры байтов и контрольные суммы MD5 только в виде метаданных. Не загружает, не преобразует форматы, не извлекает справочные геномы и не проверяет контрольные суммы. Эти файлы представляются, а не архивный FASTQ, возвращенный ena_get_run_files, и не список сгенерированных архивом SRA-контейнеров. CRAM может потребовать сопоставительной ссылки для анализа.

Полное поле	Тип	Тип
run_accession	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 64

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_get_submitted_files", {"run_accession": "ERR10015065"})

ena_search_runs

Найдите публичные секвенирующие прогоны, связанные с одним исследованием ENA/INSDC, экспериментом, образцом или запуском присоединения. Принимает PRJ/ERP/SRP/DRP, ERX/SRX/DRX, SAM/ERS/SRS/DRS и идентификаторы ERR/SRR/DRR; GEO GSE/GSM, ArrayExpress E-MTAB и MGnify MGYS идентификаторы нуждаются в их связанном присоединении INSDC. Только поиск присоединения, а не поиск по ключевым словам. Возвращает метаданные организма и библиотеки без извлечения файлов данных. Результат ограничивается забегами 1000; Усеченный результат не является полной когортой, и повторные вызовы не являются пагинацией, потому что ENA не предоставляет токен офсета или продолжения. Используйте более узкую выборку или присоединение к эксперименту, когда требуется полный охват.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 64
limit	целое число	факультативный; по умолчанию: 100; Минимум: 1; Максимум: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_search_runs", {"accession": "PRJNA123835", "limit": 100})

ena_get_run_files

Получите сгенерированные архивом URL-адреса загрузки FASTQ, размеры байтов и контрольные суммы MD5 для одного запуска ERR / SRR / DRR. возвращает только инвентарь файла; Нет скачивания или проверки контрольной суммы. Сохраняет каждый файл в порядке отчета, включая неспаренные или прочитанные файлы; library_layout=PAIRED не подразумевает ровно два файла. file_index является только позиционным и не является идентификатором R1/R2 или mate. Некоторые из них (в том числе одноклеточные/родные) не имеют архивного FASTQ. Представленные файлы BAM/CRAM/SRA находятся за пределами этого инструмента.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
run_accession	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 64

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_get_run_files", {"run_accession": "SRR037073"})

arrayexpress_search_experiments

Эксперименты по функциональной геномике Search ArrayExpress (BioStudies) с полным, тотальным поиском, проверенным Hits; Фильтры (запрос, организм, study_type, технология, диапазон даты выпуска, дополнительные грани) сочетаются с И.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	необязательный
organism	строка	необязательный
study_type	строка	необязательный
technology	строка	необязательный
released_after	строка	необязательный
released_before	строка	необязательный
extra_facets	объект	необязательный
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_search_experiments", {"organism": "Homo sapiens", "study_type": "ChIP-seq", "max_records": 50})

arrayexpress_get_experiment

Возьмите один эксперимент ArrayExpress (BioStudies) в качестве сплющенной аналитической записи - тип исследования, организмы, количество анализов / образцов, проекты / факторы, авторы, публикации, протоколы, проекты массивов и резюме файлов.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession	строка	обязательно

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment", {"accession": "E-MTAB-5061"})

arrayexpress_get_experiment_files

Перечислите каждый файл эксперимента ArrayExpress (имя, размер, тип, формат, описание) с URL-адресами загрузки, а также количество файлов /info-конечной точки, переносимое вместе для сравнения.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession	строка	обязательно

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_files", {"accession": "E-MTAB-5061"})

arrayexpress_get_experiment_samples

Выберите строки отношений из первого файла SDRF, отсортированные по пути для эксперимента ArrayExpress, сохраняя все отношения между образцом/анализом/файлом в этом файле (обрезанные заголовки MAGE-TAB, повторяют суффикс #2/#3). Подсчитывайте различные именованные идентификаторы выборки/источника, а не независимые биологические реплики, используя Имя выборки вместо Имени источника. Эксперименты без SDRF возвращают {"error":"no_sdrf"}.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession	строка	обязательно
max_rows_returned	целое число	факультативный; По умолчанию: 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_samples", {"accession": "E-MTAB-5061", "max_rows_returned": 200})

geo_search_series

Поиск по NCBI GEO DataSets (db=gds) и возврат записей на уровне серий (обрезанные краткие документы). term - полный синтаксис E-utilities; Добавить [ETYP], чтобы ограничить серию.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
term	строка	обязательно
retmax	целое число	факультативный; По умолчанию: 500

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_search_series", {"term": "asthma AND gse[ETYP]", "retmax": 20})

geo_get_series

Получите структурированные метаданные для серии GEO (присоединения GSE) с включенными выборками — заголовком / резюме / дизайном серии, платформами, образцами с характеристиками и информацией о библиотеке и дополнительными URL-адресами файлов. Таблицы данных никогда не загружаются. Используйте geo_get_matrix_files рядом с обнаружением файлов подсчета RNA-seq, генерируемых Series Matrix и NCBI, а затем geo_preflight_matrix для проверки декомпрессированных данных на эти образцы.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accessions	массив строк	обязательно

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_get_series", {"accessions": ["GSE131907"]})

metabolights_list_studies

Перечислите каждое публичное присоединение к исследованию MetaboLights (численно отсортированное) с собственным количеством отчетов API'. Нет поиска на стороне сервера — вместо этого фильтруйте выбранных кандидатов по названию / дескриптору.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
—	объект	Нет полей; Передай пустой предмет.

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_list_studies", {})

metabolights_get_studies

Получите структурированные метаданные для исследований MetaboLights (MTBLSxxx) из разобранной полезной нагрузки ISA — название, статус, годы, организмы, анализы, факторы, дескрипторы, количество образцов, протоколы; необязательная таблица для каждого образца с уникальными ключами столбцов, сохраняющими порядок столбцов ISA и ассоциации. Неизвестные/частные присоединения идут в not_found.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accessions	массив строк	обязательно
include_samples	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
max_sample_rows_returned	целое число	факультативный; По умолчанию: 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_studies", {"accessions": ["MTBLS1"], "include_samples": false})

metabolights_get_study_files

Полный инвентарь файлов для публичного исследования MetaboLights — папка исследования верхнего уровня (ISA-Tab, MAF, записи в папках) и, по умолчанию, рекурсивная папка данных FILES.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession	строка	обязательно
include_data_files	логическое значение	факультативный; Дефолт: правда

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_study_files", {"accession": "MTBLS1"})

metabolights_search_data_files

Поиск по глобусу через папку с необработанными данными MetaboLights study's (дерево FILES). pattern - это имя файла glob (например, glob). '.mzML', '.raw'); Опустить его, чтобы перечислить каждый файл данных.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession	строка	обязательно
pattern	строка	необязательный

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_search_data_files", {"accession": "MTBLS1", "pattern": "*.zip"})

mgnify_search_studies

Найти MGnify метагеномики исследования по свободному тексту или линии биома (обеспечить точно один). Полный список начинается до завершения и подсчитывается по API.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	необязательный
biome_lineage	строка	необязательный

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_search_studies", {"query": "coral"})

mgnify_get_studies

Получите структурированные записи для исследований MGnify (присоединения MGYS). С include_analyses каждое исследование также несет в себе полный анализ с перечнем плюс поточные / поэкспериментальные разбивки. Неизвестные присоединения исчезают.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accessions	массив строк	обязательно
include_analyses	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_studies", {"accessions": ["MGYS00000410"], "include_analyses": false})

mgnify_get_study_analyses

Перечислите ВСЕ анализы одного исследования MGnify (полная, проверенная по счету пагинация) - одна запись на анализ MGYA с версией конвейера, типом эксперимента, статусом и присоединениями для запуска / сборки / выборки.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession	строка	обязательно

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_study_analyses", {"accession": "MGYS00000410"})

pride_get_project_files

Перечислите одну страницу общедоступных файлов проекта PRIDE для доступа к PXD или PRD, включая категорию файлов, размер байта, контрольную сумму и места загрузки (FTP, HTTP или Aspera). Только метаданные: не загружает файлы и не проверяет контрольные суммы. Страницы имеют нулевую основу; Сохраняйте page_size неизменным и следуйте за next_page до нуля. Заказ предоставляется PRIDE, а не снимком. Пустой список не определяет, существует ли проект или является публичным.

Полное поле	Тип	Тип
project_accession	строка	обязательно; Максимальная длина: 32; шаблон: "^(?:PXD|PRD)[0-9]{6,}$"
page	целое число	необязательный 0; минимум: 0; максимум: 1000000
page_size	целое число	необязательный 100; минимум: 1; максимум: 100

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_get_project_files", {"project_accession": "PXD000001", "page": 0, "page_size": 100})

pride_search_projects

Поиск проектов протеомики архива PRIDE (полный, api_total-верифицированный поиск); Фильтры (ключевое слово, организм, инструмент, болезнь, extra_filters) сочетаются с AND. Сортированная по присоединению ASC — ограниченная прогулка является стабильным префиксом.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
keyword	строка	необязательный
organism	строка	необязательный
instrument	строка	необязательный
disease	строка	необязательный
extra_filters	объект	необязательный
max_records_returned	целое число	факультативный; По умолчанию: 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_projects", {"keyword": "phosphoproteome", "organism": "Homo sapiens (human)", "max_records_returned": 50})

pride_get_projects

Получить полные метаданные для проектов PRIDE путем присоединения (например, PXD010154) — такая же нормализованная форма записи, как и pride_search_projects, поэтому они прямо сопоставимы. Неизвестные дополнения идут в not_found.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accessions	массив строк	обязательно

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_get_projects", {"accessions": ["PXD010154"]})

pride_search_project_proteins

Перечислите строки доказательств белка для одного проекта аффинности-протеомики PRIDE (на странице до исчерпания). ПРИМЕЧАНИЕ: здесь обслуживаются только проекты аффинити-протеомики; В классических проектах MS (PXD) используется pride_find_projects_for_protein.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
project_accession	строка	обязательно
keyword	строка	необязательный

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_project_proteins", {"project_accession": "PXD010154"})

pride_find_projects_for_protein

Найдите проекты PRIDE, содержащие белок (MS-архивное направление). protein_accession - это присоединение UniProt (например. P04637). Кормите возвращенные дополнения к pride_get_projects для полных метаданных.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
protein_accession	строка	обязательно

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_find_projects_for_protein", {"protein_accession": "P04637"})

mgnify_get_analysis_files

Перечислите метаданные файла результата для одного анализа MGnify с использованием API v2: тип файла, категория, размер байта при сообщении и URL загрузки вверх по течению. Байты файлов не загружаются. Недостающие размеры или URL-адреса остаются недействительными.

Полное поле	Тип	Тип
accession	строка	обязательно; Максимальная длина: 32; шаблон: "^MGYA[0-9]{ 8,}$"

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_analysis_files", {"accession": "MGYA00639970"})

workbench_search_compounds

Ищите соединения Metabolomics Workbench по номеру реестра, формуле, InChIKey или перекрестной ссылке PubChem, HMDB, KEGG, ChEBI, LIPID MAPS или MetaCyc. Возвращает доступные SMILE, идентификаторы структуры, формулы, точную массу и перекрестные ссылки. Названия соединений не являются поддерживаемым входом; Сначала определите имена с помощью PubChem.

Полное поле	Тип	Тип
field	строка	обязательно; enum: ["regno", "formula", "inchi_key", "lm_id", "pubchem_cid", "hmdb_id", "kegg_id", "chebi_id", "metacyc_id"]
query	строка	обязательнострока
limit	целое число	целое число

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_search_compounds", {"field": "pubchem_cid", "query": "5793"})

workbench_search_studies

Поиск публичных резюме исследования Metabolomics Workbench по названию подстроки или института. Возвращает изучение идентификаторов и доступных видов, количества образцов, типов анализа и метаданных лицензии. Используйте workbench_get_study для выборки, экспериментальных факторов, анализов или аннотаций метаболитов.

Полное поле	Тип	Тип
field	строка	факультативный; по умолчанию: "study_title"; enum: ["study_title", "institute"]
query	строка	обязательнострока
limit	целое число	целое число

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_search_studies", {"query": "Diabetes", "limit": 20})

workbench_get_study

Проведите одно публичное исследование Metabolomics Workbench (ST, за которым следуют шесть цифр). Выберите резюме для отчета об исследовании; факторы для выборок, источники выборки и экспериментальные переменные; анализ инструментальных и экспериментальных метаданных; Метаболиты для измеренных аннотаций метаболитов и перекрестных ссылок. Сохраняет верхние поля и факторный текст. Не загружает необработанные файлы или измерительные матрицы.

Полное поле	Тип	Тип
study_id	строка	обязательно; шаблон: "^ST[0-9]{ 6}$"
section	строка	факультативный; по умолчанию: "summary"; enum: ["summary", "factors", "analysis", "metabolites"]
limit	целое число	целое число

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_get_study", {"study_id": "ST000001", "section": "factors"})

geo_get_matrix_files

Откройте файлы матрицы серии и NCBI-генерированные RNA-seq-сырые подсчеты, FPKM / TPM и файлы аннотации генов для одного GSE из живых списков NCBI. Возвращает рекламируемые URL-адреса, а не загруженные матрицы или проверенное содержимое файлов. Начните с geo_get_series для выборки метаданных. Предложите официальный URL-адрес для ручной загрузки пользователем, а затем используйте geo_preflight_matrix для локального чтения сжатого текста. Не обойдите host.mcp с помощью HTTP. Пропущенные или несостоявшиеся списки не доказывают отсутствие данных; Также проверьте дополнительные файлы серии.

Полное поле	Тип	Тип
accession	строка	обязательно; шаблон: "^GSE[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_get_matrix_files", {"accession":"GSE164073"})

geo_preflight_matrix

Предполетный сжатый плотный текст TSV или Series Matrix (до 8 MiB) без доступа к сети или файловой системе. Образцы поставок из geo_get_series (присоединение, название, platform_id) для отображения колонок по GSM, никогда по позиции. Только простой TSV поддерживает уникальное точное сопоставление названий. GSM-образные колонки никогда не возвращаются к заголовкам. Матрица серии требует ровно одного заголовка !Sample_geo_accession, содержащего действительные присоединения GSM, соответствующие количеству и порядку столбца выборки, и никогда не возвращается к сопоставлению заголовков. Для больших файлов используйте полное: ложное и выполняйте полную валидацию в среде анализа. Для простых предварительных просмотров TSV передайте заголовок таблицы плюс полные строки предварительного просмотра. Для предварительных просмотров Series Matrix также сохраняйте предыдущие метаданные, включая !Sample_geo_accession и любой заголовок !Sample_platform_id, и !series_matrix_table_begin; Не подавайте только таблицу или сфабрикуйте !series_matrix_table_end. Установите полное: истинно только тогда, когда текст содержит весь файл. Для простого TSV полнота объявлена абонентом, а не независимо проверена. Предварительный просмотр не может установить полные размеры. Не обрабатывает разреженные Matrix Market, архивы, HDF5 или многолинейные поля TSV. Сохранить порядок столбцов sample_mapping при подготовке матрицы анализа.

Полное поле	Тип	Тип
text	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 8388608
complete	логическое значение	логическое значение
matrix_kind	строка	факультативный; по умолчанию: "unknown"; enum: ["series_matrix", "raw_counts", "normalized_counts", "unknown"]
samples	массив объектов	факультативный; maxItems: 10000

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_preflight_matrix", {"text":"GeneID\tGSM5000001\n1\t12\n","complete":false,"matrix_kind":"raw_counts","samples":[{"accession":"GSM5000001"}]})

Клеточный гид

Показать операции и параметры

get_cell_type_info

CellGuide (CELLxGENE) информация клеточного типа по идентификатору или имени клеточной онтологии: имя, синонимы, описание онтологии и описание куратора / GPT.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
cell_type	строка	обязательно

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_type_info", {"cell_type": "acinar cell"})

search_cell_types

Поиск типов ячеек CellGuide по свободному тексту над именем и синонимами (у CDN нет конечной точки поиска, поэтому celltype_metadata.json фильтруется на стороне клиента).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
limit	целое число	факультативный; По умолчанию: 25

const result = await host.mcp("cellguide", "search_cell_types", {"query": "T cell", "limit": 25})

get_marker_genes

Гены маркеров CellGuide для типа клетки (идент или имя): вычислительные (данные, полученные, забитые) или канонические (литературно-курируемые).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
cell_type	строка	обязательно
marker_type	строка	факультативный; по умолчанию: "computational"; enum: ["computational", "canonical"]
limit	целое число	факультативный; По умолчанию: 25

const result = await host.mcp("cellguide", "get_marker_genes", {"cell_type": "CL:0000084", "marker_type": "computational", "limit": 25})

get_source_data

Наборы исходных данных и публикации CellGuide, способствующие типу клетки (id или name): название коллекции / URL, публикация и ткани / заболевания / микроорганизмы, которые охватываются.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
cell_type	строка	обязательно

const result = await host.mcp("cellguide", "get_source_data", {"cell_type": "CL:0000622"})

get_cell_tissues

Анатомические ткани, в которых наблюдается тип клетки (ид или название), агрегированные (дублированные) в коллекциях источников CellGuide.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
cell_type	строка	обязательно

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_tissues", {"cell_type": "T cell"})

Регламент

Показать операции и параметры

encode_search_experiments

Эксперименты по функциональной геномике ENCODE (ChIP-seq, ATAC-seq, ...). Фильтры: assay_title (например. "TF ChIP-seq"), целевая (метка белка, например. "CTCF", организм (научное название), статус (по умолчанию "released"), date_released_before (дата ISO — закрытое окно), плюс произвольные фильтры поля портала через extra_filters. Полный набор результатов оглашается и подсчитывается; accessions перечисляет каждый матч, в большинстве случаев возвращаются резюме строк max_rows.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
assay_title	строка	необязательный
target	строка	необязательный
organism	строка	необязательный
status	строка	факультативный; По умолчанию: "released"
date_released_before	строка	необязательный
extra_filters	объект	необязательный
max_rows	целое число	факультативный; По умолчанию: 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_experiments", {"target": "CTCF", "assay_title": "TF ChIP-seq", "max_rows": 50})

encode_search_biosamples

Поиск биосэмплов ENCODE (линии клеток, ткани, первичные клетки). Фильтры: term_name (онтологический термин, например). "K562"), классификация ("cell line", "tissue", ...), организм (научное название), статус (по умолчанию "released"), date_created_before (дата ISO), плюс произвольные фильтры поля портала через extra_filters. Полный, проверенный счетчик: accessions - полный список матчей, возвращается максимум резюме строк max_rows.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
term_name	строка	необязательный
classification	строка	необязательный
organism	строка	необязательный
status	строка	факультативный; По умолчанию: "released"
date_created_before	строка	необязательный
extra_filters	объект	необязательный
max_rows	целое число	факультативный; По умолчанию: 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_biosamples", {"term_name": "K562", "classification": "cell line", "max_rows": 25})

encode_list_files

Перечислите файлы данных ENCODE по формату / анализу / биообразцу. Фильтры: file_format ("fastq", "bam", "bigWig", "bed", ...), assay_term_name (онтологический термин, например). "ChIP-seq" — не отображает assay_title, как "TF ChIP-seq", который ничем не соответствует; передавать названия через extra_filters={"assay_title": ...}), biosample_term_name (например. "K562"), статус (по умолчанию "released"), date_created_before, плюс произвольные фильтры поля портала через extra_filters. Запросы файлов соответствуют миллионам строк, нефильтрованных, всегда сочетают несколько фильтров. Полный + подсчитанный; Вернется максимум резюме строк max_rows.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
file_format	строка	необязательный
assay_term_name	строка	необязательный
biosample_term_name	строка	необязательный
status	строка	факультативный; По умолчанию: "released"
date_created_before	строка	необязательный
extra_filters	объект	необязательный
max_rows	целое число	факультативный; По умолчанию: 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_list_files", {"file_format": "bed", "assay_term_name": "ChIP-seq", "biosample_term_name": "K562", "extra_filters": {"output_type": "peaks", "assembly": "GRCh38"}, "max_rows": 50})

encode_get_experiment

Получить один эксперимент ENCODE путем присоединения (например). "ENCSR000AKP". Возвращает запись стабильного поля: анализ, цель, онтология биообразца + резюме, описание, лаборатория, проект награды, даты выпуска / представления, сборки, подсчет реплик, тип репликации, dbxrefs, DOI и uuid. Нестабильные поля портала (аудиты, анализы, внутренний статус) исключаются.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession	строка	обязательно

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_experiment", {"accession": "ENCSR000AKP"})

encode_get_file

Получить один файл ENCODE путем присоединения (например, "ENCFF002JUR"). Возвращает запись стабильного поля: формат, тип вывода / категория, анализ, сборка, родительский набор данных, биологические реплики, размер файла, md5sums, тип запуска, длина чтения, лаборатория, дата создания, загрузка href и uuid.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession	строка	обязательно

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_file", {"accession": "ENCFF002JUR"})

encode_get_biosample

Получить один биообразец ENCODE путем присоединения (например). "ENCBS013JZP"). Возвращает стабильный полевой рекорд: онтологический термин + классификация, организм, резюме / описание, источник, донор, методы лечения, генетические модификации, этап жизни, возраст, пол, лаборатория, дата создания, статус и uuid.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
accession	строка	обязательно

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_biosample", {"accession": "ENCBS013JZP"})

jaspar_get_matrix

Получить один профиль связывания JASPAR TF с помощью идентификатора матрицы VERSIONED (например). "MA0002.2"). Возвращает полную запись: матрица частот положения (pfm), название / класс / семья TF, вид, тип данных, ссылки на литературу (pubmed /medline), URL логотипа последовательности. Требуется версия id ("MA0002.2", а не "MA0002") — используйте jaspar_matrix_versions для перечисления версий. Версии матриц неизменны, поэтому результаты воспроизводимы.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
matrix_id	строка	обязательно

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_get_matrix", {"matrix_id": "MA0002.2"})

jaspar_matrix_versions

Перечислите все версии базового идентификатора матрицы JASPAR (например). "MA0002". Возвращает каждую выпущенную версию с ее matrix_id, именем, коллекцией и URL-адресом. Используйте, чтобы точно определить версию до jaspar_get_matrix или отследить, как профиль изменился в разных версиях. Версия id ("MA0002.2") принимается и сводится к своей базе.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
base_id	строка	обязательно

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_matrix_versions", {"base_id": "MA0002"})

jaspar_list_matrices

Профили связывания JASPAR TF (полный каталог профилей). Фильтры (все опциональные): сбор ("CORE", "UNVALIDATED"), tax_group ("vertebrates", "plants", ...), tax_id (NCBI taxonomy id, например). 9606 для человека — это то, как вы фильтруете по видам; Перечислите идентификаторы с jaspar_list_species), имя (точное имя TF, например. "FOXA1"), поиск (бесплатный текст), версия = "latest" (ограничено только последними версиями). Полный фильтрованный каталог помечается и подсчитывается; Возвращается максимум сводных строк max_rows.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
collection	строка	необязательный
tax_group	строка	необязательный
tax_id	целое число	необязательный
name	строка	необязательный
search	строка	необязательный
version	строка	необязательный
max_rows	целое число	факультативный; По умолчанию: 1000

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_matrices", {"tax_id": 9606, "collection": "CORE", "version": "latest", "max_rows": 200})

jaspar_list_species

Перечислите все виды с профилями JASPAR (NCBI tax_id + название); Проверенный полный список. Используйте значения tax_id для фильтрации jaspar_list_matrices (например). 9606 = Homo sapiens, 10090 = Mus musculus.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
—	объект	Нет полей; Передай пустой предмет.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_species", {})

jaspar_list_taxa

Перечислите все таксономические группы JASPAR (позвоночники, растения, грибы, насекомые, ...); Проверенный полный список. Используйте имена групп в качестве фильтра tax_group для jaspar_list_matrices.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
—	объект	Нет полей; Передай пустой предмет.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_taxa", {})

jaspar_list_collections

Перечислите все коллекции JASPAR (CORE, UNVALIDATED, ...); Проверенный полный список. Используйте названия коллекций в качестве фильтра сбора jaspar_list_matrices (CORE = кураторские, неизбыточные профили).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
—	объект	Нет полей; Передай пустой предмет.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_collections", {})

jaspar_list_releases

Перечислите все выпуски баз данных JASPAR (год, номер выпуска, активный флаг); Проверенный полный список. Записывайте активный выпуск при выборе мотивов для воспроизводимости или проверяйте историю выпуска перед сравнением результатов по версиям JASPAR.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
—	объект	Нет полей; Передай пустой предмет.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_releases", {})

unibind_search_tfbs

Поиск наборов данных UniBind ChIP-seq с высоконадежными прогнозами TFBS (unibind.uio.no, выпуск 2021); Прямые взаимодействия TF-DNA из наборов данных ~10k по видам 9. Каждый набор данных составляет один (эксперимент, тип ячейки, TF) тройной. Фильтры (все необязательные, AND-комбинированные, точные, если не указано): tf_name (символ гена, например). "CTCF", cell_line (словесное название UniBind — предпочитают search для нечеткого сопоставления), виды (научное название), коллекция ("Robust") = лучшая модель/высокая степень достоверности, или "Permissive"), jaspar_id (версия, например. "MA0139.1"), поиск (бесплатный текст). total - это точное количество API'; вернётся максимум строк max_rows (стабильный префикс).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
tf_name	строка	необязательный
cell_line	строка	необязательный
species	строка	необязательный
collection	строка	факультативный; enum: ["Robust", "Permissive"]
jaspar_id	строка	необязательный
search	строка	необязательный
max_rows	целое число	факультативный; По умолчанию: 200

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_search_tfbs", {"tf_name": "CTCF", "collection": "Robust", "max_rows": 50})

unibind_get_dataset

Получите одну деталь набора данных UniBind 's: количество файлов TFBS + URL-адреса файлов для каждой модели. tf_id - это ключ набора данных "<identifier>.<cell_line>.<TF>" как возвращено unibind_search_tfbs (например, "ENCSR000AUE.A549_lung_carcinoma.CTCF"). Возвращает имя TF, идентификаторы источников (ENCODE/GEO/GTRD), линии ячеек, биологические условия, идентификаторы матриц JASPAR, количество пиков ChIP-seq и одну строку на модель прогнозирования TFBS (DAMO/PWM/...) с total_tfbs, пороги оценки/расстояния, скорректированное значение p-значения CentriMo и прямые URL-адреса загрузки BED/FASTA - используйте эти URL-адреса (не вызов MCP) для получения полного списка сайта.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
tf_id	строка	обязательно

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_get_dataset", {"tf_id": "ENCSR000AUE.A549_lung_carcinoma.CTCF"})

unibind_tfbs_in_region

Сайты связывания TF, перекрывающие геномную область (карты UniBind 2021), обслуживаемые через UCSC hubApi против зарегистрированных публичных трековых хабов UniBind' (собственные REST API UniBind' не имеют конечной точки региона). Координаты на основе 0 полуоткрыты. геном: сборка UCSC — прочный хаб: hg38, mm10, ce11, dm6, danRer11, sacCer3, rn6, araTha1; Разрешительно добавляется spo2 (без hg19 — подъемник первый). Хром с "chr" префикс. Старт/конец: интервал, конец-старт <= 1,000,000 bp. HONEST-CAP: в большинстве случаев 20,000 сканируется на один звонок; region_scan_complete = ложный означает, что в регионе больше сайтов, чем было отсканировано (узкое окно), и с набором tf_name совпадения могут отсутствовать. n_matching рассчитывает сканируемые сайты, проходящие через фильтр; Обратно/укорочено опишите кепку max_sites.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
genome	строка	обязательно
chrom	строка	обязательно
start	целое число	обязательно
end	целое число	обязательно
tf_name	строка	необязательный
collection	строка	факультативный; по умолчанию: "Robust"; enum: ["Robust", "Permissive"]
max_sites	целое число	факультативный; По умолчанию: 2000

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_tfbs_in_region", {"genome": "hg38", "chrom": "chr1", "start": 1000000, "end": 1010000, "collection": "Robust"})

Исследовательские ресурсы

Показать операции и параметры

search_grants

Поиск возможностей финансирования Grants.gov с помощью поиска 2 API (полный, проверенный подсчетом поиск). Требуется, по крайней мере, один критерий (ключевое слово, opportunity_number, aln/CFDA, агентства, элигибилити, funding_categories или funding_instruments). opportunity_statuses по умолчанию ["forecasted","posted"] (текущие возможности); "closed"/"archived" Для исторических. Агентства принимают коды, такие как ["HHS-NIH11"] (NIH), ["HHS-FDA"], ["NSF"]. Установите count_only только для количества ударов + граней; max_records caps возвращает записи (прогулка по-прежнему возвращает полный комплект и усеченные флаги).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
keyword	строка	необязательный
opportunity_number	строка	необязательный
aln	строка	необязательный
agencies	массив строк	необязательный
opportunity_statuses	массив строк	необязательный
eligibilities	массив строк	необязательный
funding_categories	массив строк	необязательный
funding_instruments	массив строк	необязательный
count_only	логическое значение	факультативный; Дефолт: ложный
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 100
include_facets	логическое значение	факультативный; Дефолт: правда

const result = await host.mcp("research-resources", "search_grants", {"keyword": "cancer", "agencies": ["HHS-NIH11"], "max_records": 25})

search_antibodies

Полнотекстовый поиск по реестру антител (antibodyregistry.org, ~3.2M records). Совпадение на основе маркеров с именем/целью/каталогом антитела ("TP53") "p53" Это разные запросы. С опущенной страницей все страницы переходят на max_records или анонимный кэп глубины (выводы за пределы смещения 500 нуждаются в аутентификации вверх по течению, помеченные как anonymous_limit_hit - никогда молча не падают). Перейдите страницу на основе 1 для одностраничного поиска (страница * page_size должна оставаться < = 500).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
query	строка	обязательно
page	целое число	необязательный
page_size	целое число	факультативный; По умолчанию: 100
max_records	целое число	факультативный; По умолчанию: 500

const result = await host.mcp("research-resources", "search_antibodies", {"query": "CD4", "max_records": 100})

get_antibody

Запись (записи) регистрации антител для одного присоединения к антителам / RRID. Принимает простое число (" 3643095"), "AB_3643095" или "RRID:AB_3643095". Маршрут вверх по течению оценивается по списку (присоединение может отображаться на нескольких курируемых записях, например). дубликаты мультивендоров. Несуществующий идентификатор дает record_count 0, а не ошибку.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
antibody_id	строка	обязательно

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody", {"antibody_id": "RRID:AB_3643095"})

find_antibodies_by_catalog

Найти антитела по номеру каталога поставщика (точный, казеинсенсивный). Внедряется в виде полнотекстового поиска плюс точное совпадение на стороне клиента по номеру каталога (или его перечисленным альтернативам), потому что маршрут колонки-фильтра вверх по течению возвращает HTTP 500 для каждого ключа. Передайте необязательное имя поставщика (точное, нечувствительное к делу), чтобы еще больше сузить спички.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
catalog_number	строка	обязательно
vendor	строка	необязательный
page_size	целое число	факультативный; По умолчанию: 100

const result = await host.mcp("research-resources", "find_antibodies_by_catalog", {"catalog_number": "ab32572"})

get_antibody_registry_stats

Статистика реестра антител: общее количество антител и дата последнего обновления. Возвращает полезную нагрузку upstream /api/datainfo.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
—	объект	Нет полей; Передай пустой предмет.

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody_registry_stats", {})

БиоМарт

Показать операции и параметры

list_marts

Список доступных ботов Ensembl BioMart (базы данных). BioMart организует данные как MART-> Датасет -> АТТРИБУТЫ/ФИЛЬТЕРЫ; Мартовское имя подпитывает list_datasets.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
—	объект	Нет полей; Передай пустой предмет.

const result = await host.mcp("biomart", "list_marts", {})

list_datasets

Перечислите наборы данных, доступные в данном марте (например,). hsapiens_gene_ensembl для человеческих генов. Имя набора данных подает инструменты атрибут/фильтр/запрос.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
mart	строка	обязательно

const result = await host.mcp("biomart", "list_datasets", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL"})

list_common_attributes

Перечислите часто используемые атрибуты для набора данных (курируемое подмножество с высоким сигналом). Используйте это перед list_all_attributes, чтобы выбрать атрибуты для get_data. mart принимается для паритета подписей, но игнорируется. Ключи запросов от dataset.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
mart	строка	обязательно
dataset	строка	обязательно

const result = await host.mcp("biomart", "list_common_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

list_all_attributes

Перечислите все атрибуты, доступные для набора данных, за вычетом гомологов и микрочипов (которые громоздки и редко требуются). может быть большим; Сначала предпочтите list_common_attributes. mart принимается для паритета подписей, но игнорируется. Ключи запросов от dataset.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
mart	строка	обязательно
dataset	строка	обязательно

const result = await host.mcp("biomart", "list_all_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

list_filters

Перечислите доступные фильтры для набора данных. Фильтры сужают запрос get_data (например). chromosome_name, биотип) и передаются в get_data в качестве фильтров диктовки. mart принимается для паритета подписей, но игнорируется. Ключи запросов от dataset.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
mart	строка	обязательно
dataset	строка	обязательно

const result = await host.mcp("biomart", "list_filters", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

get_data

Запустите запрос BioMart: извлеките запрошенные атрибуты для набора данных, необязательно суженного фильтрами. Это основной инструмент извлечения данных. mart принимается для паритета подписей, но игнорируется. Ключи запросов от dataset.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
mart	строка	обязательно
dataset	строка	обязательно
attributes	массив строк	обязательно
filters	объект	необязательный

const result = await host.mcp("biomart", "get_data", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "attributes": ["ensembl_gene_id", "external_gene_name", "chromosome_name"], "filters": {"chromosome_name": "Y", "biotype": "protein_coding"}})

get_translation

Перевести один идентификатор из одного типа атрибутов в другой (например, символ HGNC для идентификатора гена Ensembl в наборе данных. mart принимается для паритета подписей, но игнорируется. Ключи запросов от dataset.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
mart	строка	обязательно
dataset	строка	обязательно
from_attr	строка	обязательно
to_attr	строка	обязательно
target	строка	обязательно

const result = await host.mcp("biomart", "get_translation", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "target": "TP53"})

batch_translate

Переведите множество идентификаторов из одного типа атрибутов в другой в одном запросе — более эффективно, чем повторные вызовы get_translation. mart принимается для паритета подписей, но игнорируется. Ключи запросов от dataset.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
mart	строка	обязательно
dataset	строка	обязательно
from_attr	строка	обязательно
to_attr	строка	обязательно
targets	массив строк	обязательно

const result = await host.mcp("biomart", "batch_translate", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "targets": ["TP53", "BRCA1", "BRCA2"]})

Цинк

Показать операции и параметры

zinc_search_by_id

Ищите покупные соединения в ZINC22/ZINC20 по идентификатору ZINC — ответ ", что это за соединение и кто продает его ". Передача до 100 ids в одном вызове, а не во многих одиночных. Async upstream (представление + опрос); Это может занять до timeout_s секунд.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
zinc_ids	['string', 'array']	обязательно
max_results	целое число	факультативный; По умолчанию: 50
timeout_s	число	факультативный; По умолчанию: 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_id", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

zinc_search_by_smiles

Поиск по структуре покупаемого химического пространства ZINC22' отвечает на ", какие покупаемые соединения выглядят как этот SMILES". Это как инструмент точного соответствия, так и инструмент аналогового обнаружения (аналогичности): CartBlanche22 показывает одну конечную точку поиска структуры, чей параметр dist охватывает точное через разнообразное, поэтому преднамеренно нет отдельного инструмента поиска сходства. Самый медленный ZINC-запрос — постепенно поднимайте dist, а не начинайте терять.

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
smiles	строка	обязательно
dist	целое число	факультативный; По умолчанию: 0
adist	целое число	необязательный
max_results	целое число	факультативный; По умолчанию: 50
timeout_s	число	факультативный; По умолчанию: 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_smiles", {"smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O", "dist": 2})

zinc_search_by_supplier

Решите номера каталогов поставщиков для соединений ZINC — ответьте ", какое вещество ZINC является этим кодом поставщика, и что 's его структура ". С пакетом: до кодов поставщиков 100 за звонок. Async upstream (представление + опрос).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
supplier_codes	['string', 'array']	обязательно
max_results	целое число	факультативный; По умолчанию: 50
timeout_s	число	факультативный; По умолчанию: 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_supplier", {"supplier_codes": ["MCULE-2311834287"]})

zinc_random_sample

Нарисуйте случайную выборку покупных соединений из ZINC22 — для создания экранирующих колод, базовых линий свойств или наборов приманок. count удваивается как этот инструмент 's max_results; Повторный вызов рисует свежий образец. Async upstream (представление + опрос).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
count	целое число	факультативный; По умолчанию: 50
subset	строка	необязательный
timeout_s	число	факультативный; По умолчанию: 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_random_sample", {"count": 25, "subset": "lead-like"})

zinc_get_3d

Найдите готовые к стыковке 3D-структуры для соединений ZINC. ZINC22 отправляет предварительно сгенерированные 3D-конформеры (DOCK .db2.gz, .mol2.gz, .sdf.gz) в свой файловый репозиторий, организованный траншем — этот инструмент разрешает каждый идентификатор в свой транш и возвращает места репозитория для загрузки для предварительной стыковки (DOCK6, AutoDock Vina и т. Д.). Max 50 ids per call (3D retrieval — это перкомпонентная работа). Async upstream (представление + опрос).

Полное поле	Тип	Требования и ограничения
zinc_ids	['string', 'array']	обязательно
timeout_s	число	факультативный; По умолчанию: 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_get_3d", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

Примеры записей ответов

Примеры записей ответов включает в себя точные входы, выдержки с ограниченным ответом и результаты каждой операции. Отличить возвращенный рекорд, пустой матч и неудавшийся запрос. Результаты могут быть метаданными, схемами или идентификаторами; Проверьте исходные поля и флаги полноты, прежде чем использовать их в своих исследованиях.

ГДК

Цинк

gdc_list_projects

Перечислите проекты рака GDC и их резюме. Фильтры четкие и ограниченные; Это открытие метаданных, а не операция загрузки данных.

Полное поле	Тип	Тип
project_ids	струна/массив	строка
disease_type	строка	; шаблон: "^GC[AF]_[0-9]{ 9}\.[0-9]+$"
primary_site	строка	; шаблон: "^GC[AF]_[0-9]{ 9}\.[0-9]+$"
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 10000
page_size	целое число	; Длина: 1; Длина: 200

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_list_projects", {"project_ids": "TCGA-BRCA", "page_size": 5})

gdc_list_cases

Перечислите случаи ГДК (доноры образцов) с метаданными проекта, болезни и биопрепаратов (образцы и аликоты). Результаты идентифицируют случаи и не разоблачают и не загружают контролируемые данные.

Полное поле	Тип	Тип
project_ids	струна/массив	строка
submitter_ids	струна/массив	строка
case_ids	струна/массив	строка
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 10000
page_size	целое число	; Длина: 1; Длина: 200

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_list_cases", {"project_ids": ["TCGA-BRCA"], "page_size": 5})

gdc_search_files

Ищите инвентарь файлов GDC по проекту, UUID корпуса, типу выборки и типу рабочего процесса анализа (ИЛИ в каждом фильтре, И через фильтры) и явно помечайте каждый файл как открытый или контролируемый доступ. Обнаружение метаданных не предоставляет доступ к загрузке; контролируемые файлы требуют соответствующей авторизации GDC.

Полное поле	Тип	Тип
project_ids	струна/массив	строка
case_ids	string / array	необязательный
sample_types	string / array	необязательный
workflow_types	string / array	необязательный
access	string	optional; default: "all"; enum: ["all", "open", "controlled"]
data_category	строка	; шаблон: "^GC[AF]_[0-9]{ 9}\.[0-9]+$"
data_type	строка	; шаблон: "^GC[AF]_[0-9]{ 9}\.[0-9]+$"
data_format	строка	факультативный; Длина: 1; Длина: 50
file_name	строка	факультативный; Длина: 1; Длина: 500
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 10000
page_size	целое число	; Длина: 1; Длина: 200

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_search_files", {"project_ids": ["TCGA-BRCA"], "sample_types": "Primary Tumor", "workflow_types": "STAR - Counts", "access": "open", "page_size": 10})

gdc_get_file

Восстановление метаданных для одного файла GDC UUID, включая его открытую / контролируемую классификацию доступа. Это не выполняет загрузку файла и не утверждает, что указанный файл загружается для текущего пользователя.

Полное поле	Тип	Тип
file_id	строка	обязательно; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[1-5][0-9a-fA-F]{ 3}-[89abAB][0-9a-fA-F]{ 3}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_get_file", {"file_id": "cb92f61d-041c-4424-a3e9-891b7545f351"})

gdc_get_manifest

Создайте манифест GDC Data Transfer Tool для UUID файлов 100. Возвращенный манифест - это только инвентарь; Он не загружает файлы и не обходится без авторизации с контролируемым доступом.

Полное поле	Тип	Тип
file_ids	массив строк	обязательно; Мини-элементы: 1; maxItems: 100; Уникальные вещи: правда

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_get_manifest", {"file_ids": ["cb92f61d-041c-4424-a3e9-891b7545f351"]})

Зенодо

Цинк

search_records

Поиск публичных записей Zenodo (наборов данных, программного обеспечения и публикаций) с использованием синтаксиса строк запросов Zenodo, например. Название: "климат" или doi: "10.5281/zenodo.8435696". Вычитывает одну страницу, вплоть до записей 25, без аутентификации. По умолчанию указана только последняя версия; all_versions включает более старые версии. На следующей странице сохраняйте запросы, page_size, сортировку и all_versions без изменений. Окно поиска ограничено результатами 10,000: (страница - 1) * page_size должен быть меньше 10,000; Последняя страница может быть частичной. Если pagination_limited соответствует действительности, сузьте запрос. Публичные метаданные не подразумевают открытый доступ к файлам.

Полное поле	Тип	Тип
query	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 1000; Модель: "\S"
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 10000
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 10; Минимум: 1; Максимум: 25
sort	строка	факультативный; по умолчанию: "bestmatch"; enum: ["bestmatch", "mostrecent"]
all_versions	логическое значение	логическое значение

const result = await host.mcp("zenodo", "search_records", {"query": "title:climate", "page_size": 5})

get_record

Восстановление общедоступных метаданных Zenodo и инвентаризации файлов, представленных конечной точкой записи. Передайте десятичный идентификатор записи, а не DOI или URL. Идентификатор концепта может быть разрешен до последней версии; requested_record_id, record_id и concept_record_id отличаются друг от друга. Используйте возвращенную версию record_id для воспроизводимого поиска. description_html выше по течению HTML, не дезинфицирован. Файловые ссылки и контрольные суммы являются только метаданными: не загружается, проверка контрольной суммы или зонд доступа не выполняется. Ограниченные или запрещенные записи могут иметь общедоступные метаданные без доступных файлов. пустой список файлов не устанавливает, что на депозите нет файлов.

Полное поле	Тип	Тип
record_id	строка	обязательно; Максимальная длина: 20; шаблон: "^[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("zenodo", "get_record", {"record_id": "8435696"})

ГММЕР

Цинк

search

Отправьте один асинхронный поиск EMBL-EBI HMMER3. Программа выбирает phmmer (последовательность белка против базы данных последовательностей), hmmscan (последовательность белка против профилей Pfam), hmmsearch (профиль HMM / выравнивание против базы данных последовательностей) или jackhmmer (итеративный поиск удаленного гомолога). Ввод - это последовательность FASTA, профиль HMM или текст выравнивания, принятый этой программой. База данных - это имя базы данных провайдера. Факультативные пороги используют имена параметров HMMER (incE/incdomE, E/domE, incT/incdomT, T/domT); Итерации контролируют раунды джекммера. Представление не завершено: сохраните возвращенный job_id и опрос со статусом. Служба может принять работу, даже если ответ будет потерян. Никогда не возвращайте неопределенное представление автоматически.

Полное поле	Тип	Тип
program	строка	обязательно; enum: ["phmmer", "hmmscan", "hmmsearch", "jackhmmer"]
database	строка	обязательно; enum: ["refprot", "uniprot", "swissprot", "pdb", "rp15", "rp35", "rp55", "rp75", "pfam"]
input	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 200000
incE	число	факультативный; Минимум: 0; Максимум: 10
incdomE	число	факультативный; Минимум: 0; Максимум: 10
incT	число	факультативный; Минимум: 0
incdomT	число	факультативный; Минимум: 0
E	число	факультативный; Минимум: 0; Максимум: 10
domE	число	факультативный; Минимум: 0; Максимум: 10
T	число	факультативный; Минимум: 0
domT	число	факультативный; Минимум: 0
popen	число	факультативный; Минимум: 0
pextend	число	факультативный; Минимум: 0
mx	строка	факультативный; enum: ["BLOSUM45", "BLOSUM62", "BLOSUM90", "PAM30", "PAM70"]
iterations	целое число	факультативный; Минимум: 1; Максимум: 9

const result = await host.mcp("hmmer", "search", {"program":"hmmscan","database":"pfam","input":">query\nMKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDK"})

status

Проверяйте одну работу HMMER один раз, без опроса или повторной отправки. Успех означает, что результаты доступны; ПЕНДИНГ/РУННГ означает ожидание, прежде чем снова проверить; ERROR/FAILURE/NOT_FOUND — это конечные результаты, которые никогда не означают нулевых попаданий. Сохраните точный job_id.

Полное поле	Тип	Тип
job_id	строка	обязательно; Максимальная длина: 36; шаблон: "↑ A-Fa-f0-9]{ 8}- [А-Фа-Ф0]9]{ 4}- [А-Фа-Ф0]9]{ 4}- [А-Фа-Ф0]9]{ 4}- [А-Фа-Ф0]9]{ 12}$"

const result = await host.mcp("hmmer", "status", {"job_id":"8ebb1d5f-4457-4da8-808c-f811105c3654"})

results

Получить один результат работы HMMER один раз. Сначала проверяется статус поставщика и не возвращает полезную нагрузку, пока работа находится на рассмотрении или не выполнена. На SUCCESS извлекает все страницы результатов, включая аннотации домена; Записи итерации джекммера возвращаются в форме массива провайдера. Сохранить результат в артефакте Notebook, потому что удержание провайдера является конечным; Пустой список матчей - это завершенный результат с нулевым ударом, отличный от ожидающей или неудачной работы.

Полное поле	Тип	Тип
job_id	строка	обязательно; Максимальная длина: 36; шаблон: "↑ A-Fa-f0-9]{ 8}- [А-Фа-Ф0]9]{ 4}- [А-Фа-Ф0]9]{ 4}- [А-Фа-Ф0]9]{ 4}- [А-Фа-Ф0]9]{ 12}$"

const result = await host.mcp("hmmer", "results", {"job_id":"8ebb1d5f-4457-4da8-808c-f811105c3654"})

InterProScan

Цинк

status

Проверяйте одну работу InterProScan один раз, без повторного опроса. Подождите, по крайней мере, 10 секунды между проверками. Окончание означает, что результаты могут быть получены; Ошибка/неудача - это неудачи в работе, НЕОБЪЯВЛЕННЫЙ означает неизвестный или просроченный, никогда не имеющий нулевого результата. Храните точный job_id; Этот инструмент никогда не возвращается.

Полное поле	Тип	Тип
job_id	строка	обязательно; Максимальная длина: 200; шаблон: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9_-]{ 0,199}$"

const result = await host.mcp("interproscan", "status", {"job_id":"iprscan5-R20260922-123456-0123-12345678-p1m"})

results

Восстановите полный отчет InterProScan TSV для работы, ограниченный 2 MiB (негабаритные отчеты терпят неудачу, никогда не усечены). Проверяет статус один раз, а затем берет TSV только для завершения. Никаких повторных опросов, опросов или повторной подачи. Сохраняйте отчет в артефакте Notebook быстро, потому что результаты провайдера истекают. TSV содержит один ряд на матч подписи; Координаты основаны на 1, а баллы специфичны для приложений. Дополнительные столбцы содержат аннотации InterPro, GO и Pathway. Пустой TSV после Финиширования означает отсутствие зарегистрированных совпадений, а не доказательств того, что белок не имеет функции.

Полное поле	Тип	Тип
job_id	строка	обязательно; Максимальная длина: 200; шаблон: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9_-]{ 0,199}$"

const result = await host.mcp("interproscan", "results", {"job_id":"iprscan5-R20260922-123456-0123-12345678-p1m"})

submit

Отправьте одну или несколько последовательностей белка в EMBL-EBI InterProScan для асинхронной аннотации домена и семейства. Принимает исходную последовательность белка или вход FASTA с максимумом записей 1,000, локальным пределом остатков 10,000 на запись и закодированным 4 MiB пределом тела запроса. Возвращает job_id немедленно и никогда не проводит опросы. Держи. job_idЗатем позвоните по статусу и получите результаты самостоятельно, по крайней мере, после ожидания. 10 секунды между проверками статуса. Потерянный ответ может представлять собой принятую работу. Не возвращайте автоматически. Требуется действительное контактное электронное письмо. Установите контактное электронное письмо в Настройки → Удостоверения → Доступ к литературе. Это электронное письмо отправляется в EMBL-EBI при подаче заявки на работу. Держите точный job_id, чтобы возобновить после перезапуска. Этот разъем не добавляет реестр вакансий, кэш результатов или фоновый опрос. Отмена, выход приложения и удаление только локальных запросов; Этот разъем не может отменить или удалить удаленные рабочие места. Контролируется срок годности EMBL-EBI. Последовательности и контактное письмо отправляются в EMBL-EBI; Входные и выходные данные инструмента могут быть сохранены в разговоре или в настойчивости Notebook. Отправлять не более чем задания 30 в пакете и ждать обработки / результатов, прежде чем отправлять больше; Поперечное дросселирование не применяется. Существующий инструмент для получения результатов возвращает максимум 2 MiB TSV и отклоняет более крупные отчеты.

Полное поле	Тип	Тип
sequence	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 4194304
title	строка	; шаблон: "^GC[AF]_[0-9]{ 9}\.[0-9]+$"

const result = await host.mcp("interproscan", "submit", {"sequence":">query\nMKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDK"})

Pathway Commons

Цинк

pathway_commons_search

Ищите модель Pathway Commons BioPAX по ключевому слову ген / белок / путь или запросу Lucene. Результаты включают класс BioPAX, URI, исходные базы данных, метаданные организма и пути. Используйте возвращенный URI в качестве входа для графа или экспортных запросов.

Полное поле	Тип	Тип
q	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 512
type	строка	факультативный; Длина: 1; Длина: 64
organism	массив строк	факультативный; maxItems: 20
datasource	массив строк	факультативный; maxItems: 20
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_search", {"q": "TP53", "type": "ProteinReference", "organism": ["9606"]})

pathway_commons_top_pathways

Найдите пути верхнего уровня в Pathway Commons, соответствующие ключевому слову или запросу Lucene, необязательно ограниченному видом или источником, таким как Reactome.

Полное поле	Тип	Тип
q	строка	обязательно; Длина: 1; Длина: 512
organism	массив строк	факультативный; maxItems: 20
datasource	массив строк	факультативный; maxItems: 20

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_top_pathways", {"q": "insulin", "datasource": ["reactome"], "organism": ["9606"]})

pathway_commons_graph

Запустите запрос на график Pathway Commons BioPAX для соседства генов, путей между наборами генов, направленных путей от источников к целям или общего потока вверх / вниз по течению. Результаты SIF нормализуются как записи взаимодействия, результаты TXT включают в себя краевые и узловые записи, а экспорт GSEA/BioPAX/SBGN остается доступным в виде текста.

Полное поле	Тип	Тип
source	массив строк	обязательно; Мини-элементы: 1; maxItems: 100
target	массив строк	факультативный; Мини-элементы: 1; maxItems: 100
kind	строка	факультативный; по умолчанию: "NEIGHBORHOOD"; enum: ["NEIGHBORHOOD", "PATHSBETWEEN", "PATHSFROMTO", "COMMONSTREAM"]
format	строка	факультативный; по умолчанию: "SIF"; enum: ["BIOPAX", "SIF", "TXT", "GSEA", "SBGN", "JSONLD"]
limit	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 10
direction	строка	факультативный; ["UPSTREAM", "DOWNSTREAM", "BOTHSTREAM", "UNDIRECTED"]
limit_type	строка	факультативный; по умолчанию: "NORMAL"; ["NORMAL", "SHORTEST_PLUS_K"]
pattern	массив строк	факультативный; maxItems: 14
organism	массив строк	факультативный; maxItems: 20
datasource	массив строк	факультативный; maxItems: 20
subpathways	логическое значение	логическое значение

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_graph", {"kind": "NEIGHBORHOOD", "source": ["TP53"], "format": "SIF", "pattern": ["INTERACTS_WITH"]})

pathway_commons_export

Возьмите подмодель BioPAX для одного или нескольких идентификаторов Pathway Commons / URL и экспортируйте ее как BioPAX, GSEA GMT, JSON-LD, SIF, TXT или SBGN. Используйте URI, возвращенный поиском / top_pathways, для точного экспорта пути.

Полное поле	Тип	Тип
uri	массив строк	обязательно; Мини-элементы: 1; maxItems: 100
format	строка	факультативный; по умолчанию: "BIOPAX"; enum: ["BIOPAX", "SIF", "TXT", "GSEA", "SBGN", "JSONLD"]
pattern	массив строк	факультативный; maxItems: 14
subpathways	логическое значение	логическое значение

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_export", {"uri": ["R-HSA-201451"], "format": "GSEA"})

Alliance Genome Resources

Цинк

alliance_get_gene

Получите резюме модели-организма или гена человека из Альянса геномных ресурсов, включая символы, виды, синопсис, геномное местоположение и перекрестные ссылки.

Полное поле	Тип	Тип
gene_id	строка	обязательнострока

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene", {"gene_id": "MGI:97490"})

alliance_search_genes

Поиск генов Альянса по базам данных человека и модельных организмов по символам, именам или идентификаторам.

Полное поле	Тип	Тип
query	строка	обязательнострока
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_search_genes", {"query": "pax6", "limit": 10})

alliance_get_gene_orthologs

Восстанавливает кросс-видовые ортологи для гена Альянса, с ортологической строгостью и методами прогнозирования.

Полное поле	Тип	Тип
gene_id	строка	обязательнострока
stringency	строка	факультативный; по умолчанию: "stringent"; ["stringent", "moderate", "all"]
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_orthologs", {"gene_id": "HGNC:8620", "stringency": "stringent"})

alliance_get_gene_disease_models

Восстанавливают ассоциации заболеваний и модели заболеваний микроорганизмов с участием гена Альянса.

Полное поле	Тип	Тип
gene_id	строка	обязательнострока
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_disease_models", {"gene_id": "MGI:97490"})

alliance_get_gene_phenotypes

Ретривные аннотации фенотипа для гена в модельных организмах Альянса.

Полное поле	Тип	Тип
gene_id	строка	обязательнострока
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_phenotypes", {"gene_id": "HGNC:6081", "limit": 20})

alliance_get_gene_alleles

Восстанавливают аллели и варианты, связанные с геном Альянса, включая флаги болезни и фенотипа.

Полное поле	Тип	Тип
gene_id	строка	обязательнострока
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_alleles", {"gene_id": "MGI:97490"})

alliance_get_gene_expression

Аннотации экспрессии ретрива для гена Альянса, включая стадию развития, анатомическое местоположение, поставщика и доказательства.

Полное поле	Тип	Тип
gene_id	строка	обязательнострока
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_expression", {"gene_id": "ZFIN:ZDB-GENE-990415-8"})

alliance_get_disease_genes

Восстанавливать гены, связанные с термином онтологии болезни, в данных Альянса о человеке и модельных организмах.

Полное поле	Тип	Тип
disease_id	строка	обязательнострока
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_disease_genes", {"disease_id": "DOID:162", "limit": 20})

CELLxGENE Discover

Цинк

list_collections

Перечислите общедоступные коллекции CELLxGENE Discover; необязательный случайно-нечувствительный подстрочный запрос по имени, описанию и DOI. Фильтрация и пагинация являются клиентскими по отношению к полному ответу API, полученному при каждом вызове; Результаты могут меняться между звонками. Сохранить идентификаторы версий для воспроизводимости.

Полное поле	Тип	Тип
query	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 500; Модель: "\S"
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 1000000
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 25; Минимум: 1; Максимум: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_collections", {"query":"liver","page_size":10})

get_collection

Получите последние метаданные публичного сбора по каноническому collection_id, со страницей сводок набора данных. Фильтрация и пагинация являются клиентскими по отношению к полному ответу API, полученному при каждом вызове; Результаты могут меняться между звонками. Сохранить идентификаторы версий для воспроизводимости.

Полное поле	Тип	Тип
collection_id	строка	обязательно; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 1000000
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 25; Минимум: 1; Максимум: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_collection", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6"})

list_datasets

Перечислите общедоступные наборы данных. Запрос соответствует названию, названию коллекции или DOI по чувствительной к регистру подстрочке. организм, ткань, болезнь, анализ и cell_type соответствуют точному онтологическому идентификатору или этикетке (случай-нечувствительный); Фильтры ANDED. schema_version выбирает последние опубликованные версии сборника, соответствующие основной/незначительной/патч схеме, и может возвращать исторические наборы данных. Используйте dataset_version_id каждого результата с get_dataset_version или list_dataset_files, чтобы сохранить эту публикацию; Канонические идентификаторы разрешают текущую версию. Фильтрация и пагинация являются клиентскими по отношению к полному ответу API, полученному при каждом вызове; Результаты могут меняться между звонками. Сохранить идентификаторы версий для воспроизводимости.

Полное поле	Тип	Тип
query	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 500; Модель: "\S"
collection_id	строка	факультативный; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
organism	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 500; Модель: "\S"
tissue	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 500; Модель: "\S"
disease	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 500; Модель: "\S"
assay	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 500; Модель: "\S"
cell_type	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 500; Модель: "\S"
schema_version	строка	факультативный; шаблон: "^\d+(\\d+){ 0,2}$"
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 1000000
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 25; Минимум: 1; Максимум: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_datasets", {"organism":"NCBITaxon:9606","tissue":"liver","page_size":10})

get_dataset

Получите полные текущие метаданные набора данных, аннотации онтологии, цитирование, активы и идентификатор версии с использованием канонических collection_id и dataset_id.

Полное поле	Тип	Тип
collection_id	строка	обязательно; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
dataset_id	строка	обязательно; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_dataset", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6","dataset_id":"0bbf93aa-2d3a-420f-95a1-26fe384024cb"})

list_collection_versions

Список опубликованных версий канонического сборника, новейший первый, сохраняющий идентификаторы версий и количество наборов данных. Фильтрация и пагинация являются клиентскими по отношению к полному ответу API, полученному при каждом вызове; Результаты могут меняться между звонками. Сохранить идентификаторы версий для воспроизводимости.

Полное поле	Тип	Тип
collection_id	строка	обязательно; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 1000000
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 25; Минимум: 1; Максимум: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_collection_versions", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6"})

get_collection_version

Восстановление конкретной опубликованной версии collection_version_id и страницы ее версий набора данных; Не решается вопрос о последней коллекции. Фильтрация и пагинация являются клиентскими по отношению к полному ответу API, полученному при каждом вызове; Результаты могут меняться между звонками. Сохранить идентификаторы версий для воспроизводимости.

Полное поле	Тип	Тип
collection_version_id	строка	обязательно; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 1000000
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 25; Минимум: 1; Максимум: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_collection_version", {"collection_version_id":"46ac9732-ff1c-4f87-86d7-0488d15aecd3"})

list_dataset_versions

Список опубликованных версий канонического dataset_id, новейшего первого, со схемой версии и датами публикации. Фильтрация и пагинация являются клиентскими по отношению к полному ответу API, полученному при каждом вызове; Результаты могут меняться между звонками. Сохранить идентификаторы версий для воспроизводимости.

Полное поле	Тип	Тип
dataset_id	строка	обязательно; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
page	целое число	факультативный; по умолчанию: 1; Минимум: 1; Максимум: 1000000
page_size	целое число	факультативный; по умолчанию: 25; Минимум: 1; Максимум: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_dataset_versions", {"dataset_id":"0bbf93aa-2d3a-420f-95a1-26fe384024cb"})

get_dataset_version

Получите полные метаданные и файловые активы для конкретного опубликованного dataset_version_id. Этот идентификатор отличается от канонического dataset_id.

Полное поле	Тип	Тип
dataset_version_id	строка	обязательно; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_dataset_version", {"dataset_version_id":"8e0fcb64-735c-4fcb-a74b-12a3518683d1"})

list_dataset_files

Возврат инвентаря загрузки из общедоступных активов набора данных. Предоставьте либо dataset_version_id для фиксированной публикации, либо collection_id и dataset_id для текущей версии. После list_datasets с фильтром schema_version передайте возвращенный dataset_version_id, чтобы сохранить выбранную публикацию. возвращает активы H5AD/RDS/ATAC, предоставленные API, при их наличии; Нет двоичной загрузки, загрузки манифеста или запроса выражения переписи.

Предоставьте ровно одну входную группу: dataset_version_id / collection_id + dataset_id.

Полное поле	Тип	Тип
collection_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
dataset_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
dataset_version_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_dataset_files", {"dataset_version_id":"8e0fcb64-735c-4fcb-a74b-12a3518683d1"})

IEDB

Цинк

search_epitopes

Поиск эпитопов IEDB с эпитопом, хозяином, источником антигена, MHC и фильтрами доказательств. Агрегированные фильтры могут соответствовать различным экспериментам в одной и той же записи. Используйте поиски анализа для обеспечения совместного появления в одном эксперименте. Требуется, по крайней мере, один биологический или доказательный фильтр. Ограничение и смещение сами по себе не являются фильтрами. Наблюдения баз данных, а не прогнозы. Держите отрицательные и недостающие результаты отчетливыми. Элюция лиганда МНС не является измерением аффинности связывания; Интерпретировать response_measured, метод и единицы вместе. Родительские антигены представляют собой репрезентативные белки и могут не соответствовать точной последовательности курированного антигена или эпитопа. Использовать cross_references.parent_uniprot_accessions или curated_uniprot_accessions с host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); Использование cross_references.pdb_ids с host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Это явные перекрестные ссылки вверх по течению, а не последовательности-производные отображения. Загрузите каждый соответствующий навык разъема, прежде чем звонить. Используйте antigen_iri или uniprot_accession, а не оба.

Предоставьте по меньшей мере один из: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence.

Полное поле	Тип	Тип
epitope_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
reference_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
host_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
source_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
antigen_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
uniprot_accession	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\\\S])"
mhc_allele	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
mhc_class	строка	с учетом вышеперечисленных условий; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
assay_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
pdb_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\\\S])"
sequence	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 1000; шаблон: "^[A-Za-z]+(?![\\S])"
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_epitopes", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_antigens

Поиск антигенов IEDB с помощью эпитопа, хозяина, источника антигена, MHC и фильтров доказательств. Агрегированные фильтры могут соответствовать различным экспериментам в одной и той же записи. Используйте поиски анализа для обеспечения совместного появления в одном эксперименте. Требуется, по крайней мере, один биологический или доказательный фильтр. Ограничение и смещение сами по себе не являются фильтрами. Наблюдения баз данных, а не прогнозы. Держите отрицательные и недостающие результаты отчетливыми. Элюция лиганда МНС не является измерением аффинности связывания; Интерпретировать response_measured, метод и единицы вместе. Родительские антигены представляют собой репрезентативные белки и могут не соответствовать точной последовательности курированного антигена или эпитопа. Использовать cross_references.parent_uniprot_accessions или curated_uniprot_accessions с host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); Использование cross_references.pdb_ids с host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Это явные перекрестные ссылки вверх по течению, а не последовательности-производные отображения. Загрузите каждый соответствующий навык разъема, прежде чем звонить. Используйте antigen_iri или uniprot_accession, а не оба.

Предоставьте по меньшей мере один из: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / antigen_name.

Полное поле	Тип	Тип
epitope_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
reference_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
host_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
source_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
antigen_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
uniprot_accession	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\\\S])"
mhc_allele	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
mhc_class	строка	с учетом вышеперечисленных условий; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
assay_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
pdb_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\\\S])"
antigen_name	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_antigens", {"uniprot_accession": "P01012", "limit": 20})

search_tcell_assays

Поиск IEDB Т-клеток эксперименты с хозяином, источник антигена, МНС и результаты фильтров. Включает измерения tcell_export, единицы, неравенства, методы, подсчеты субъектов и места публикации. Требуется, по крайней мере, один биологический или доказательный фильтр. Ограничение и смещение сами по себе не являются фильтрами. Наблюдения баз данных, а не прогнозы. Держите отрицательные и недостающие результаты отчетливыми. Элюция лиганда МНС не является измерением аффинности связывания; Интерпретировать response_measured, метод и единицы вместе. Родительские антигены представляют собой репрезентативные белки и могут не соответствовать точной последовательности курированного антигена или эпитопа. Использовать cross_references.parent_uniprot_accessions или curated_uniprot_accessions с host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); Использование cross_references.pdb_ids с host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Это явные перекрестные ссылки вверх по течению, а не последовательности-производные отображения. Загрузите каждый соответствующий навык разъема, прежде чем звонить. Используйте antigen_iri или uniprot_accession, а не оба.

Предоставьте по меньшей мере один из: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / assay_id.

Полное поле	Тип	Тип
epitope_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
reference_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
host_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
source_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
antigen_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
uniprot_accession	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\\\S])"
mhc_allele	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
mhc_class	строка	с учетом вышеперечисленных условий; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
assay_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
pdb_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\\\S])"
sequence	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 1000; шаблон: "^[A-Za-z]+(?![\\S])"
assay_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_tcell_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_bcell_assays

Поиск IEDB B-клеточных экспериментов с хозяином, исходным антигеном, MHC и фильтрами результатов. Включает измерения bcell_export, единицы, неравенства, методы, подсчеты субъектов и места публикации. Требуется, по крайней мере, один биологический или доказательный фильтр. Ограничение и смещение сами по себе не являются фильтрами. Наблюдения баз данных, а не прогнозы. Держите отрицательные и недостающие результаты отчетливыми. Элюция лиганда МНС не является измерением аффинности связывания; Интерпретировать response_measured, метод и единицы вместе. Родительские антигены представляют собой репрезентативные белки и могут не соответствовать точной последовательности курированного антигена или эпитопа. Использовать cross_references.parent_uniprot_accessions или curated_uniprot_accessions с host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); Использование cross_references.pdb_ids с host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Это явные перекрестные ссылки вверх по течению, а не последовательности-производные отображения. Загрузите каждый соответствующий навык разъема, прежде чем звонить. Используйте antigen_iri или uniprot_accession, а не оба.

Предоставьте по меньшей мере один из: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / assay_id.

Полное поле	Тип	Тип
epitope_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
reference_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
host_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
source_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
antigen_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
uniprot_accession	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\\\S])"
mhc_allele	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
mhc_class	строка	с учетом вышеперечисленных условий; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
assay_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
pdb_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\\\S])"
sequence	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 1000; шаблон: "^[A-Za-z]+(?![\\S])"
assay_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_bcell_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_mhc_assays

Поиск IEDB MHC связывания и лиганд элюирования эксперименты с хозяином, источник антигена, MHC и результаты фильтров. Включает измерения mhc_export, единицы, неравенства, методы, подсчеты субъектов и места публикации. Требуется, по крайней мере, один биологический или доказательный фильтр. Ограничение и смещение сами по себе не являются фильтрами. Наблюдения баз данных, а не прогнозы. Держите отрицательные и недостающие результаты отчетливыми. Элюция лиганда МНС не является измерением аффинности связывания; Интерпретировать response_measured, метод и единицы вместе. Родительские антигены представляют собой репрезентативные белки и могут не соответствовать точной последовательности курированного антигена или эпитопа. Использовать cross_references.parent_uniprot_accessions или curated_uniprot_accessions с host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); Использование cross_references.pdb_ids с host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Это явные перекрестные ссылки вверх по течению, а не последовательности-производные отображения. Загрузите каждый соответствующий навык разъема, прежде чем звонить. Используйте antigen_iri или uniprot_accession, а не оба.

Предоставьте по меньшей мере один из: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / assay_id.

Полное поле	Тип	Тип
epitope_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
reference_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
host_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
source_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
antigen_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
uniprot_accession	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\\\S])"
mhc_allele	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
mhc_class	строка	с учетом вышеперечисленных условий; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
assay_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
pdb_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\\\S])"
sequence	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 1000; шаблон: "^[A-Za-z]+(?![\\S])"
assay_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_mhc_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_references

Поиск ссылок IEDB с эпитопом, хозяином, источником антигена, MHC и фильтрами доказательств. Агрегированные фильтры могут соответствовать различным экспериментам в одной и той же записи. Используйте поиски анализа для обеспечения совместного появления в одном эксперименте. Требуется, по крайней мере, один биологический или доказательный фильтр. Ограничение и смещение сами по себе не являются фильтрами. Наблюдения баз данных, а не прогнозы. Держите отрицательные и недостающие результаты отчетливыми. Элюция лиганда МНС не является измерением аффинности связывания; Интерпретировать response_measured, метод и единицы вместе. Родительские антигены представляют собой репрезентативные белки и могут не соответствовать точной последовательности курированного антигена или эпитопа. Использовать cross_references.parent_uniprot_accessions или curated_uniprot_accessions с host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); Использование cross_references.pdb_ids с host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Это явные перекрестные ссылки вверх по течению, а не последовательности-производные отображения. Загрузите каждый соответствующий навык разъема, прежде чем звонить. Используйте antigen_iri или uniprot_accession, а не оба.

Предоставьте по меньшей мере один из: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / pubmed_id.

Полное поле	Тип	Тип
epitope_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
reference_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
host_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
source_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
antigen_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
uniprot_accession	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\\\S])"
mhc_allele	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
mhc_class	строка	с учетом вышеперечисленных условий; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
assay_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
pdb_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\\\S])"
pubmed_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 12; шаблон: "^[1-9][0-9]*(?![\\S])"
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_references", {"reference_id": 1023094, "limit": 20})

search_tcrs

Поиск групп рецепторов IEDB TCR по эпитопу, рецептору CDR3, хозяину, антигену, MHC и литературным данным. Фильтр последовательности соответствует эпитопу linear_sequences; chain1_cdr3 и chain2_cdr3 соответствуют последовательностям CDR3 цепи рецепторов. Включает записи tcr_export с цепочками, кураторскими / расчетными аннотациями генов и связанными анализами и ссылками. Фильтры выбирают группы рецепторов; Встроенные экспортные записи не фильтруются по этим критериям. Агрегированные фильтры хозяина и результатов могут совпадать с различными экспериментами в одной группе. Экспорт рецепторов не содержит полей хозяина или качественных результатов. Для совместного появления на уровне эксперимента следуйте связанным assay__iedb_ids и запросу search_tcell_assays, search_bcell_assays или search_mhc_assays с соответствующими assay_id и экспериментальными фильтрами. Требуется, по крайней мере, один биологический или доказательный фильтр. Ограничение и смещение сами по себе не являются фильтрами. Наблюдения баз данных, а не прогнозы. Держите отрицательные и недостающие результаты отчетливыми. Элюция лиганда МНС не является измерением аффинности связывания; Интерпретировать response_measured, метод и единицы вместе. Родительские антигены представляют собой репрезентативные белки и могут не соответствовать точной последовательности курированного антигена или эпитопа. Использовать cross_references.parent_uniprot_accessions или curated_uniprot_accessions с host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); Использование cross_references.pdb_ids с host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Это явные перекрестные ссылки вверх по течению, а не последовательности-производные отображения. Загрузите каждый соответствующий навык разъема, прежде чем звонить.

Предоставить по меньшей мере один из: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / receptor_group_id / chain1_cdr3 / chain2_cdr3.

Полное поле	Тип	Тип
epitope_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
reference_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
host_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
source_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
antigen_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
uniprot_accession	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\\\S])"
mhc_allele	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
mhc_class	строка	с учетом вышеперечисленных условий; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
assay_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
pdb_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\\\S])"
sequence	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 1000; шаблон: "^[A-Za-z]+(?![\\S])"
receptor_group_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
chain1_cdr3	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 1000; шаблон: "^[A-Za-z]+(?![\\S])"
chain2_cdr3	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 1000; шаблон: "^[A-Za-z]+(?![\\S])"
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_tcrs", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

search_bcrs

Поиск групп рецепторов IEDB BCR по эпитопу, рецептору CDR3, хозяину, антигену, MHC и литературным данным. Фильтр последовательности соответствует эпитопу linear_sequences; chain1_cdr3 и chain2_cdr3 соответствуют последовательностям CDR3 цепи рецепторов. Включает записи bcr_export с цепочками, кураторскими / расчетными аннотациями генов и связанными анализами и ссылками. Фильтры выбирают группы рецепторов; Встроенные экспортные записи не фильтруются по этим критериям. Агрегированные фильтры хозяина и результатов могут совпадать с различными экспериментами в одной группе. Экспорт рецепторов не содержит полей хозяина или качественных результатов. Для совместного появления на уровне эксперимента следуйте связанным assay__iedb_ids и запросу search_tcell_assays, search_bcell_assays или search_mhc_assays с соответствующими assay_id и экспериментальными фильтрами. Требуется, по крайней мере, один биологический или доказательный фильтр. Ограничение и смещение сами по себе не являются фильтрами. Наблюдения баз данных, а не прогнозы. Держите отрицательные и недостающие результаты отчетливыми. Элюция лиганда МНС не является измерением аффинности связывания; Интерпретировать response_measured, метод и единицы вместе. Родительские антигены представляют собой репрезентативные белки и могут не соответствовать точной последовательности курированного антигена или эпитопа. Использовать cross_references.parent_uniprot_accessions или curated_uniprot_accessions с host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {accessions:[...]}); Использование cross_references.pdb_ids с host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {pdb_ids:[...]}). Это явные перекрестные ссылки вверх по течению, а не последовательности-производные отображения. Загрузите каждый соответствующий навык разъема, прежде чем звонить.

Предоставить по меньшей мере один из: epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence / receptor_group_id / chain1_cdr3 / chain2_cdr3.

Полное поле	Тип	Тип
epitope_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
reference_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
host_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
source_taxonomy_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
antigen_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
uniprot_accession	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[A-Z0-9]{ 6}(?:[A-Z0-9]{ 4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\\\S])"
mhc_allele	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
mhc_class	строка	с учетом вышеперечисленных условий; enum: ["I", "II"]
qualitative_measure	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Длина: 1; Максимальная длина: 300; Модель: "\S"
assay_iri	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 200; Модель: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\\S]) "
pdb_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; шаблон: "^[0-9][A-Za-z0-9]{ 3}(?![\\\S])"
sequence	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 1000; шаблон: "^[A-Za-z]+(?![\\S])"
receptor_group_id	целое число	с учетом вышеперечисленных условий; Минимум: 1; Максимум: 9007199254740991
chain1_cdr3	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 1000; шаблон: "^[A-Za-z]+(?![\\S])"
chain2_cdr3	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 1000; шаблон: "^[A-Za-z]+(?![\\S])"
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_bcrs", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

Monarch Initiative

Цинк

monarch_get_disease_phenotypes

Восстанавливать доказательства ассоциации болезни и фенотипа с использованием канонических CURIE Monarch, с источниками отношения / категории, первичными и агрегаторными источниками, публикациями, кодами доказательств, отрицанием, частотой, началом и контекстом заболевания при поставке. Идентификаторы исходных баз данных и псевдонимы автоматически не преобразуются в канонические идентификаторы Монарха и не могут возвращать совпадения. Нулевая сумма означает отсутствие совпадения для поставляемого идентификатора и фильтров, а не отсутствие доказательств фенотипа. Прямое сопоставление идентификаторов - это по умолчанию; Прямой не означает экспериментально доказанный. Проверяйте knowledge_level и agent_type на предполагаемые ассоциации. Недостающие доказательства не являются отрицательными. Используйте Genes & Ontologies для поиска терминов OLS и Alliance для записей о модельных организмах.

Полное поле	Тип	Тип
disease_id	строка	обязательно; Максимальная длина: 200; Схема: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9].-*: [A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9].:-]*(?![\\S])"
phenotype_id	строка	факультативный; Максимальная длина: 200; Схема: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9].-*: [A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9].:-]*(?![\\S])"
primary_knowledge_source	строка	факультативный; Максимальная длина: 200; Схема: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9].-*: [A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9].:-]*(?![\\S])"
direct	логическое значение	логическое значение
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000

const result = await host.mcp("monarch", "monarch_get_disease_phenotypes", {"disease_id": "MONDO:0007947", "limit": 20})

monarch_get_gene_phenotypes

Доказательства ретривной генно-фенотипной ассоциации с использованием канонических CURIE Monarch, с источниками отношения / категории, первичными и агрегаторными источниками, публикациями, кодами доказательств, отрицанием, частотой, началом и контекстом заболевания при поставке. Идентификаторы исходных баз данных и псевдонимы автоматически не преобразуются в канонические идентификаторы Монарха и не могут возвращать совпадения. Нулевая сумма означает отсутствие совпадения для поставляемого идентификатора и фильтров, а не отсутствие доказательств фенотипа. Прямое сопоставление идентификаторов - это по умолчанию; Прямой не означает экспериментально доказанный. Проверяйте knowledge_level и agent_type на предполагаемые ассоциации. Недостающие доказательства не являются отрицательными. Используйте Genes & Ontologies для поиска терминов OLS и Alliance для записей о модельных организмах.

Полное поле	Тип	Тип
gene_id	строка	обязательно; Максимальная длина: 200; Схема: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9].-*: [A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9].:-]*(?![\\S])"
phenotype_id	строка	факультативный; Максимальная длина: 200; Схема: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9].-*: [A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9].:-]*(?![\\S])"
primary_knowledge_source	строка	факультативный; Максимальная длина: 200; Схема: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9].-*: [A-Za-z0-9] [A-Za-z0-9].:-]*(?![\\S])"
direct	логическое значение	логическое значение
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000

const result = await host.mcp("monarch", "monarch_get_gene_phenotypes", {"gene_id": "HGNC:3603", "limit": 20})

Cellosaurus

Цинк

search_cell_lines

Поиск Cellosaurus рекомендует имена и синонимы с использованием буквальной фразы (не синтаксис Solr). Возвращает кандидатов, а не однозначное совпадение личности. Используйте get_cell_line с выбранным присоединением CVCL для определения происхождения, заболеваний и внешних карт.

Полное поле	Тип	Тип
query	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 200; Модель: "\S"
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000

const result = await host.mcp("cellosaurus", "search_cell_lines", {"query": "HeLa", "limit": 20})

get_cell_line

Решите Cellosaurus CVCL или RRID:CVCL идентификатор. Идентификацию ретрива, виды, происхождение ткани/клеточного типа, создание лаборатории, донорское заболевание/возраст/пол, линии родительских клеток, кураторские записи о загрязнении/неправильной идентификации и предостережения, регистрации ICLAC и картографирование внешних баз данных. Отсутствующие аннотации не определяют качество выборки.

Полное поле	Тип	Тип
accession	строка	обязательно; Длина: 9; Максимальная длина: 40; шаблон: "^\s*(?:[Rr][Rr][Ii][Dd]:)?[Cc][Vv][Cc][Ll]_[A-Za-z0-9]{ 4}\s*$"

const result = await host.mcp("cellosaurus", "get_cell_line", {"accession": "RRID:CVCL_1906"})

get_cell_line_rdf

Получить RDF для одного целлозавра из официальной службы отсрочки. Возвращенный текст RDF остается в результате запроса; нет никакого магазина файлов, принадлежащего коннектору, или загрузки онтологии.

Field	Type	Requirement and constraints
accession	string	required; pattern: "^CVCL_[A-Z0-9]{4}$"
format	string	optional; default: "ttl"; enum: ["ttl", "rdf", "jsonld"]

const result = await host.mcp("cellosaurus", "get_cell_line_rdf", {"accession": "CVCL_0030", "format": "ttl"})

query_knowledge_graph

Запустите ограниченный Cellosaurus SPARQL SELECT против местного официального графика. Поддерживаются только запросы PREFIX/SELECT без обслуживания, FROM или обновлений; поставляемый запрос вложен и ограничен, никогда не расширяется на нулевые результаты.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 12000
max_rows	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellosaurus", "query_knowledge_graph", {"query": "SELECT ?s WHERE { ?s a <http://www.w3.org/2002/07/owl#Class> }", "max_rows": 2})

search_str_similarity

Сравните явно предоставленный профиль сотовой линии STR с официальной службой CLASTR. Маркерные аллели отправляются вверх по течению. Сходство зависит от локусов и вариантов оценки; оно не удостоверяет идентичность образца или отсутствие загрязнения.

Field	Type	Requirement and constraints
markers	object	required
species	string	optional; default: "human"; enum: ["human", "mouse", "dog"]
algorithm	integer	optional; default: 1; enum: [1, 2, 3]
scoring_mode	integer	optional; default: 1; enum: [1, 2, 3]
score_filter	integer	optional; default: 70; minimum: 0; maximum: 100
min_markers	integer	optional; default: 8; minimum: 1; maximum: 50
max_results	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellosaurus", "search_str_similarity", {"markers": {"D5S818": "12,13"}, "min_markers": 1, "max_results": 2})

list_cellosaurus_files

Откройте официальные ссылки на файлы Cellosaurus. Никакая онтология, файл или набор данных не загружаются или не сохраняются автоматически.

Нет входных полей; пропустите пустой объект.

const result = await host.mcp("cellosaurus", "list_cellosaurus_files", {})

PDC

Цинк

pdc_search_studies

Поиск идентификаторов исследования PDC и названий версий в общедоступном каталоге исследования. Сопоставление ключевых слов - это нечувствительное к случаю локальное соответствие подстрок, а не болезнь / клиническая фильтрация. Без ключевого слова просмотрите каталог. Все версии сохранены.

Полное поле	Тип	Тип
query	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 200; Модель: "\S"
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_search_studies", {"query":"CCRCC", "limit":5})

pdc_get_study

Retrieve PDC изучает метаданные, тип анализа, количество случаев/аликвот, категории файлов и доступные версии. pdc_study_id выбирает последнюю версию study_id - это UUID конкретной версии. Используйте возвращенный study_id, чтобы закрепить последующие вызовы. Идентификаторы внешних ссылок принадлежат названному ресурсу; Не думайте, что PDC и GDC UUID взаимозаменяемы.

Предоставьте один из pdc_study_id / study_id.

Полное поле	Тип	Тип
pdc_study_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 9; шаблон: "^PDC[0-9]{ 6}$"
study_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 36; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_get_study", {"pdc_study_id":"PDC000127"})

pdc_list_biospecimens

Карта PDC исследует аликоты на образцы и случаи, сохраняя идентификаторы отправителя, флаги пула и внешние ссылки для многотомных исследований CPTAC. Каждый ряд — это аликвотная ассоциация, а не уникальный пациент. Используйте pagination_mode: вверх по течению для перехода за пределы верхнего предела 1000-ассоциации локального режима; Смещение вверх по течению и ограничение количества случаев. pdc_study_id выбирает последнюю версию study_id - это UUID конкретной версии. Используйте возвращенный study_id, чтобы закрепить последующие вызовы. Идентификаторы внешних ссылок принадлежат названному ресурсу; Не думайте, что PDC и GDC UUID взаимозаменяемы.

Предоставьте один из pdc_study_id / study_id.

Полное поле	Тип	Тип
pdc_study_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 9; шаблон: "^PDC[0-9]{ 6}$"
study_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 36; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
pagination_mode	строка	факультативный; по умолчанию: "local"; enum: ["local", "upstream"]

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_biospecimens", {"pdc_study_id":"PDC000127", "pagination_mode":"upstream", "limit":5})

pdc_list_files

Откройте файлы исследования PDC, включая количественные отчеты (data_category: сборка белка) и дополнения к публикациям. Фильтры передаются официальному API. Возвращает метаданные и пути хранения, а не содержимое файлов или URL-адреса загрузки. pdc_study_id выбирает последнюю версию study_id - это UUID конкретной версии. Используйте возвращенный study_id, чтобы закрепить последующие вызовы. Идентификаторы внешних ссылок принадлежат названному ресурсу; Не думайте, что PDC и GDC UUID взаимозаменяемы.

Предоставьте один из pdc_study_id / study_id.

Полное поле	Тип	Тип
pdc_study_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 9; шаблон: "^PDC[0-9]{ 6}$"
study_id	строка	с учетом вышеперечисленных условий; Максимальная длина: 36; шаблон: "^[0-9a-fA-F]{ 8}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 4}-[0-9a-fA-F]{ 12}$"
offset	целое число	факультативный; по умолчанию: 0; Минимум: 0; Максимум: 1000000
limit	целое число	; Длина: 1; Длина: 200
data_category	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 200; Модель: "\S"
file_type	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 200; Модель: "\S"
file_format	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 200; Модель: "\S"
file_name	строка	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 500; Модель: "\S"

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_files", {"pdc_study_id":"PDC000127", "data_category":"Protein Assembly", "limit":10})

pdc_list_clinical

Получает открытые демографические и диагностические метаданные случаев PDC, доступные ID образцов и именованные внешние ссылки для связи с GDC. Сохраняет исходные типы, null и признаки скрытия данных. pdc_study_id выбирает последнюю версию; study_id — UUID конкретной версии. Используйте возвращенный study_id, чтобы закрепить версию последующих запросов. Внешние ID относятся к указанному ресурсу; UUID PDC и GDC не взаимозаменяемы.

поле	Тип	Требования и ограничения
pdc_study_id	string	provide exactly one of these two identifiers; maxLength: 9
study_id	string	provide exactly one of these two identifiers; maxLength: 36
offset	integer	optional; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_clinical", {"pdc_study_id": "PDC000127", "limit": 10})

ENCORI

Цинк

query_mirna_targets

Запросить официальные доказательства миРНК-мишени. Используйте mirna = все для неограниченной миРНК; Храните cell_type точно. Программа представляет собой разделенный запятой список PITA, RNA22, miRmap, DIANA-microT, miRanda, PicTar или TargetScan, но не всех.

Полное поле	Тип	Тип
assembly	строка	обязательно; enum: ["hg38", "mm10"]
gene_type	строка	обязательно; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene", "circRNA", "sncRNA"]
mirna	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
clip_exp_num	целое число	обязательно; Минимум: 0; Максимум: 999
degra_exp_num	целое число	обязательно; Минимум: 0; Максимум: 999
pancancer_num	целое число	обязательно; Минимум: 0; Максимум: 32
program_num	целое число	обязательно; Минимум: 1; Максимум: 7
program	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
target	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
cell_type	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 200
output_dir	['струна', 'нуль']	факультативный; Длина: 1; Длина: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_mirna_targets", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","mirna":"all","clip_exp_num":1,"degra_exp_num":0,"pancancer_num":0,"program_num":1,"program":"TargetScan","target":"PDCD4","cell_type":"HeLa","max_records":2})

query_rna_rna_interactions

Запросить официальные взаимодействия РНК-РНК. Использовать cell_type только в неограниченном количестве; Не заменяйте другую базу данных.

Полное поле	Тип	Тип
assembly	строка	обязательно; enum: ["hg38", "mm10"]
gene_type	строка	обязательно; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene", "sncRNA", "miRNA"]
rna	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
inter_num	целое число	обязательно; Минимум: 1; Максимум: 999
exp_num	целое число	обязательно; Минимум: 1; Максимум: 999
cell_type	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 200
output_dir	['струна', 'нуль']	факультативный; Длина: 1; Длина: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rna_rna_interactions", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","rna":"TP53","inter_num":1,"exp_num":1,"cell_type":"all","max_records":2})

query_rbp_targets

Запросить официальные улики RBP. Используйте rbp = все для всех RBP. Сохранить cell_type и отличить нулевые строки от отказа запроса.

Полное поле	Тип	Тип
assembly	строка	обязательно; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
gene_type	строка	обязательно; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene", "circRNA", "sncRNA"]
rbp	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
clip_exp_num	целое число	обязательно; Минимум: 1; Максимум: 999
pancancer_num	целое число	обязательно; Минимум: 0; Максимум: 32
target	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
cell_type	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 200
output_dir	['струна', 'нуль']	факультативный; Длина: 1; Длина: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rbp_targets", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","rbp":"all","clip_exp_num":1,"pancancer_num":0,"target":"TP53","cell_type":"HeLa","max_records":2})

query_cerna_network

Запросить официальные сети ЦРНК. Используйте семейные отношения, когда они не ограничены. Сохранение официальных значений P и FDR; Никогда не вычисляйте отсутствующие фамилии из графов.

Полное поле	Тип	Тип
assembly	строка	обязательно; enum: ["hg38", "mm10"]
gene_type	строка	обязательно; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene"]
cerna	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
mirna_num	целое число	обязательно; Минимум: 1; Максимум: 999
family	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
pval	число	обязательно; Минимум: 0; Максимум: 0.01
fdr	число	обязательно; Минимум: 0; Максимум: 0.01
pancancer_num	целое число	обязательно; Минимум: 0; Максимум: 32
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 200
output_dir	['струна', 'нуль']	факультативный; Длина: 1; Длина: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_cerna_network", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","cerna":"MYC","mirna_num":1,"family":"all","pval":0.01,"fdr":0.01,"pancancer_num":0,"max_records":2})

query_rbp_disease

Запросить официальные данные о болезни RBP. Сохранить ткани, болезни и целевые фильтры без расширения запросов с нулевым результатом.

Полное поле	Тип	Тип
assembly	строка	обязательно; ["hg38"]
rbp	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
tissue	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
disease	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
target	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 256; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 200
output_dir	['струна', 'нуль']	факультативный; Длина: 1; Длина: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rbp_disease", {"assembly":"hg38","rbp":"all","tissue":"breast","disease":"carcinoma","target":"MYC","max_records":2})

scan_rbp_motifs

Поиск по официальному RBP-мотиву. Сохраняйте порядок и баллы. QueryMotif и IdentifiedMotif являются независимыми областями; Обратное дополнение не выполняется и не выводится.

Полное поле	Тип	Тип
assembly	строка	обязательно; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
length	строка	обязательно; enum: ["short", "long"]
motif	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 64; шаблон: "^[ACGTUNRYKMSWBDHVacgtunrykmswbdhv]+$"
rank_limit	целое число	обязательно; Минимум: 1; Максимум: 100
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 20; Минимум: 1; Максимум: 200
output_dir	['струна', 'нуль']	факультативный; Длина: 1; Длина: 4096

const result = await host.mcp("encori", "scan_rbp_motifs", {"assembly":"hg38","length":"short","motif":"UGCAUG","rank_limit":10,"max_records":2})

get_binding_sites

Восстановите официальные сайты связывания BED от dataset_id. Удалить только известные префиксы SQL из парсированных записей; Сохраните точные сырые байты.

Полное поле	Тип	Тип
assembly	строка	обязательно; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
dataset_id	строка	обязательно; Длина: 1; Максимальная длина: 64; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
max_records	целое число	целое число
output_dir	['струна', 'нуль']	факультативный; Длина: 1; Длина: 4096

const result = await host.mcp("encori", "get_binding_sites", {"assembly":"hg38","dataset_id":"SBDH2131","max_records":2})

get_reference_tables

Перечислите точные названия таблиц из официального онлайн-ссылки ZIP или прочитайте один точный table_name, такой как reference_data / degradome_ref.txt. Повторяйте ZIP каждый звонок.

Полное поле	Тип	Тип
table_name	['струна', 'нуль']	факультативный; Длина: 1; Максимальная длина: 512; шаблон: "^[^\r\n\u0000][^\\u0000][^\r\n\u0000]$"
max_records	целое число	факультативный; по умолчанию: 50; Минимум: 1; Максимум: 500
output_dir	['струна', 'нуль']	факультативный; Длина: 1; Длина: 4096

const result = await host.mcp("encori", "get_reference_tables", {"table_name":"reference_data/degradome_ref.txt","max_records":2})

list_bulk_datasets

Перечислите задокументированные 24 официальные имена наборов данных. По умолчанию HEAD проверяет доступность и размеры байтов, не скачивая данные. Неконтролируемая доступность и размер не имеют значения.

Полное поле	Тип	Тип
assembly	['струна', 'нуль']	факультативный; enum: ["hg38", "mm10", нуль]
data_type	['струна', 'нуль']	факультативный; enum: ["miRNA_mRNA", "miRNA_lncRNA", "miRNA_pseudogene", "miRNA_sncRNA", "miRNA_circRNA", "RNA_RNA", "RBP_mRNA", "RBP_lncRNA", "RBP_pseudogene", "RBP_sncRNA", "RBP_circRNA", "RBP_caRNA", нуль]
check_availability	логическое значение	логическое значение

const result = await host.mcp("encori", "list_bulk_datasets", {"assembly":"hg38","data_type":"miRNA_mRNA"})

download_bulk_dataset

Только когда пользователь запрашивает загрузку, переведите один официальный объемный файл в destination_dir на компьютере, на котором работает абонент. Никогда не перезаписывайте существующий файл. Прерванные файлы .part возобновляются на одном и том же имени файла / каталоге только после идентификации и проверки диапазона HTTP. Проверяйте размер и целостность gzip перед публикацией.

Полное поле	Тип	Тип
filename	строка	обязательно; Перечислим: ["hg38.miRNA_mRNA.tar.gz", "hg38.miRNA_lncRNA.tar.gz", "hg38.miRNA_pseudogene.tar.gz", "hg38.miRNA_sncRNA.tar.gz", "hg38.miRNA_circRNA.tar.gz", "hg38.RNA_RNA.tar.gz", "hg38.RBP_mRNA.tar.gz", "hg38.RBP_lncRNA.tar.gz", "hg38.RBP_pseudogene.tar.gz", "hg38.RBP_sncRNA.tar.gz", "hg38.RBP_circRNA.tar.gz", "hg38.RBP_caRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_mRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_lncRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_pseudogene.tar.gz", "mm10.miRNA_sncRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_circRNA.tar.gz", "mm10.RNA_RNA.tar.gz", "mm10.RBP_mRNA.tar.gz", "mm10.RBP_lncRNA.tar.gz", "mm10.RBP_pseudogene.tar.gz", "mm10.RBP_sncRNA.tar.gz", "mm10.RBP_circRNA.tar.gz", "mm10.RBP_caRNA.tar.gz"]
destination_dir	['струна', 'нуль']	факультативный; Длина: 1; Длина: 4096

const result = await host.mcp("encori", "download_bulk_dataset", {"filename":"hg38.miRNA_sncRNA.tar.gz","destination_dir":"/absolute/path/to/output"})

Orphadata

get_disease_genes

Восстановление ассоциаций генов редких заболеваний с помощью ORPHAcode, включая тип ассоциации / статус, источники проверки и отображения базы данных генов.

поле	Тип	Требования и ограничения
orphacode	integer	необходимый; minimum: 1; maximum: 2147483647

const result = await host.mcp("orphadata", "get_disease_genes", {"orphacode": 166024})

get_disease_phenotypes

Восстановление фенотипов HPO редких заболеваний орфадатами и частотных категорий ORPHAcode. Сохраняет диагностические критерии и валидацию метаданных; частотные категории не являются специфичными для пациента вероятностями.

поле	Тип	Требования и ограничения
orphacode	integer	необходимый; minimum: 1; maximum: 2147483647

const result = await host.mcp("orphadata", "get_disease_phenotypes", {"orphacode": 58})

TCIA

Показать операции и параметры

search_collections

Поиск общедоступных коллекций TCIA по ключевым словам, по одной странице за раз. Включает рак, модальность, DOI и требования к загрузке. Менеджер коллекций и NBIA имеют разное покрытие. Ссылки для загрузки могут быть манифестами Data Retriever, а не изображениями. Не загружает DICOM и не имеет доступа к ограниченным данным.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
page	integer	optional; minimum: 1; maximum: 1000
page_size	integer	optional; minimum: 1; maximum: 20

const result = await host.mcp("tcia", "search_collections", {"query": "LIDC-IDRI", "page_size": 5})

get_collection

Найдите одну коллекцию TCIA по точному названию, возвращенному Search collections. Обыскивает до 20 кандидатов и проверяет личность: фильтр upstream include=id ненадежен. Нулевой результат с lookup complete=false означает улучшение поиска, а не отсутствие. Возвращает лицензию и требования к загрузчику; не загружает файлы.

Field	Type	Requirement and constraints
short_title	string	required; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("tcia", "get_collection", {"short_title": "4D-Lung"})

get_series

Получите общедоступные метаданные NBIA для точной серии DICOM InstanceUID: сбор, идентификация предмета / исследования, модальность, количество изображений, размер байта и лицензия. Используйте существующий UID от TCIA; нет широкого перечня или загрузки изображений. Эта конечная точка не охватывает все коллекции TCIA.

Field	Type	Requirement and constraints
series_uid	string	required; maxLength: 64; pattern: "^[0-9]+(?:\.[0-9]+)+$"

const result = await host.mcp("tcia", "get_series", {"series_uid": "1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6834.5010.189721824525842725510380467695"})

KEGG

Показать операции и параметры

search_entries

Ищите пути KEGG, KO, соединения или названия реакций. Возвращает ограниченный список, а не пагинацию на стороне сервера; сужает запрос при усечении. Публичный API KEGG предназначен только для академического использования; неакадемическое использование и предоставление услуг требуют соответствующего лицензирования. Включение этого разъема не дает лицензии.

Field	Type	Requirement and constraints
database	string	required; enum: ["pathway", "ko", "compound", "reaction"]
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
limit	integer	optional; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("kegg", "search_entries", {"database": "pathway", "query": "glycolysis"})

get_entry

Прочитайте один путь KEGG, KO, соединение или резюме реакции. Возвращает выбранные плоские поля с явным усечением; исключает объемные гены, последовательности и изображения путей. HTTP 404 не является пустой записью. Публичный API KEGG предназначен только для академического использования; неакадемическое использование и предоставление услуг требуют соответствующего лицензирования. Включение этого разъема не дает лицензии.

Field	Type	Requirement and constraints
id	string	required; pattern: "^(?:[KCR][0-9]{5}|(?:map|[a-z]{3,4})[0-9]{5})$"

const result = await host.mcp("kegg", "get_entry", {"id": "hsa00010"})

map_gene

Сопоставьте один организм-квалифицированный ген KEGG с путями или присоединениями UniProt. Сохраняет спички один ко многим; нет автоматического выбора канонического белка. Результаты ограничены без пагинации на стороне сервера. Публичный API KEGG предназначен только для академического использования; неакадемическое использование и предоставление услуг требуют соответствующего лицензирования. Включение этого разъема не дает лицензии.

Field	Type	Requirement and constraints
gene	string	required; maxLength: 80; pattern: "^[a-z][a-z0-9]{1,4}:[A-Za-z0-9_.-]+$"
target	string	required; enum: ["pathway", "uniprot"]
limit	integer	optional; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("kegg", "map_gene", {"gene": "hsa:7157", "target": "uniprot"})

RxNorm / RxNav

Показать операции и параметры

resolve_name

Решите название препарата для активных RxNorm RxCUIs. Точное сопоставление является по умолчанию; нормализованное сопоставление может игнорировать соли и порядок слов. Сохраняет все неоднозначные совпадения и не устанавливает клиническую эквивалентность.

Field	Type	Requirement and constraints
name	string	required; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
search	integer	optional; enum: [0, 1, 2]

const result = await host.mcp("rxnorm", "resolve_name", {"name": "aspirin"})

get_concept

Восстановление активных концептуальных свойств RxNorm по RxCUI: имя, синоним, тип термина, язык и флаг подавления. Отсутствие записи не является доказательством того, что идентификатор никогда не существовал.

Field	Type	Requirement and constraints
rxcui	string	required; pattern: "^[0-9]{1,12}$"

const result = await host.mcp("rxnorm", "get_concept", {"rxcui": "1191"})

DailyMed

Показать операции и параметры

search_labels

Поиск идентификаторов этикеток DailyMed SPL, названий, версий и дат публикации по названию препарата, необязательно суженный до RxCUI. Получает одну страницу метаданных; наличие этикетки не устанавливает одобрения FDA.

Field	Type	Requirement and constraints
drug_name	string	required; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
rxcui	string	optional; pattern: "^[0-9]{1,12}$"
page	integer	optional; default: 1; minimum: 1; maximum: 100000
page_size	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("dailymed", "search_labels", {"drug_name": "aspirin", "page_size": 5})

get_label_history

Восстановите одну страницу истории версий DailyMed SPL для точного идентификатора SET, сохраняя идентификатор этикетки, название и даты публикации. Не загружает исторический контент этикетки.

Field	Type	Requirement and constraints
setid	string	required; pattern: "^[a-fA-F0-9]{8}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{12}$"
page	integer	optional; default: 1; minimum: 1; maximum: 100000
page_size	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("dailymed", "get_label_history", {"setid": "9aa7140c-012c-4ea6-866d-4732e915dab6"})

BioSamples

Показать операции и параметры

search_samples

Поиск общедоступных метаданных EMBL-EBI BioSamples, по одной странице курсора за раз. Сохраняет характеристики, онтологические термины, внешние ссылки и даты выпуска/обновления. Используйте возвращенный next cursor с неизмененным запросом и размером страницы; без автоматического обхода.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
page_size	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
cursor	string	optional; minLength: 1; maxLength: 2048; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("biosamples", "search_samples", {"query": "leukaemia", "page_size": 5})

get_sample

Восстановите общедоступную запись BioSamples путем присоединения, с по умолчанию применяемыми курациями, характеристиками, онтологическими терминами, отношениями, внешними ссылками и датами происхождения. Связанные ресурсы и файлы не извлекаются.

Field	Type	Requirement and constraints
accession	string	required; pattern: "^SAM[END][A-Z]?[0-9]{1,15}$"

const result = await host.mcp("biosamples", "get_sample", {"accession": "SAMD00023550"})

WikiPathways

Показать операции и параметры

search_pathways

Найти WikiPathways по нечувствительному к случаю имени или подстрочке идентификатора WP, необязательно ограниченному точным научным названием вида. Фильтрует текущий официальный список Pathways JSON на месте; это не полный текст или поиск генов.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
species	string	optional; minLength: 1; maxLength: 100; pattern: "\S"
offset	integer	optional; default: 0; minimum: 0; maximum: 100000
limit	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("wikipathways", "search_pathways", {"query": "glycolysis", "species": "Homo sapiens"})

get_pathway

Получите одну запись метаданных WikiPathways по идентификатору WP из текущего снимка getPathwayInfo JSON. Сохраняет виды, пересмотр, авторов, описание источников и цитаты. Не извлекает графики путей, генные карты или исторические изменения.

Field	Type	Requirement and constraints
id	string	required; pattern: "^WP[0-9]{1,10}$"

const result = await host.mcp("wikipathways", "get_pathway", {"id": "WP534"})

Europe PMC

Показать операции и параметры

search_europepmc

Поиск по Европе PMC напрямую с использованием булевого, полевого и синтаксиса даты. Возвращает основные записи, включая фактические доступные рефераты и явный курсор пагинации. Публично: для этого метода не требуется ключ NCBI или контактная электронная почта. URL-адрес с полным текстом не извлекается; следуйте за идентификаторами PMC, используя существующие инструменты с полным текстом.

Field	Type	Requirement and constraints
query	string	required; minLength: 1; maxLength: 12000
page_size	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
cursor	string	optional; default: "*"; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("europepmc", "search_europepmc", {"query": "TP53 AND liver fibrosis", "page_size": 5})

Research Datasets

Показать операции и параметры

get_dataset_access

Прочитайте официальные требования к доступу и точки входа для NHANES, CHARLS, CHNS, SEER, MIMIC, eICU, FAERS или GBD. Это заявленное руководство, а не проверка учетной записи, одобрение или запрос исходной базы данных. Перепроверить текущие официальные условия до приобретения.

Field	Type	Requirement and constraints
dataset	string	required; enum: ["nhanes", "charls", "chns", "seer", "mimic", "eicu", "faers", "gbd"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "get_dataset_access", {"dataset": "seer"})

list_nhanes_files

Откройте официальные общедоступные файлы NHANES XPT для одного цикла опроса / компонента. Возврат файлов и сопоставление ссылок на документацию без загрузки файлов. Отклоняет измененную страницу, а не рассматривает ее как пустой набор данных.

Field	Type	Requirement and constraints
cycle_begin_year	integer	required; minimum: 1999; maximum: 2100
component	string	optional; default: "Demographics"; enum: ["Demographics", "Dietary", "Examination", "Laboratory", "Questionnaire"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "list_nhanes_files", {"cycle_begin_year": 2017, "component": "Demographics"})

list_physionet_demo_files

Перечислите файлы в официальной публичной демонстрации MIMIC-IV 2.2 или eICU 2.0. Поддерживает только фиксированные демо-локации; это никогда не проверяет учетные данные проектов, принимает произвольные URL-адреса или отправляет учетные данные учетной записи.

Field	Type	Requirement and constraints
dataset	string	required; enum: ["mimic", "eicu"]
directory	string	optional; default: "root"; enum: ["root", "hosp", "icu"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "list_physionet_demo_files", {"dataset": "mimic", "directory": "hosp"})

ChEA3

Показать операции и параметры

rank_transcription_factors

Отправьте публичный список символов гена в официальный API обогащения ChEA3. Возвращает каждый рейтинг библиотеки отдельно; ранги и оценки являются доказательством гипотезы, а не причинной валидации. Запрос подается один раз и не идентифицирует все распознанные входные гены.

Field	Type	Requirement and constraints
genes	массив	required; minItems: 1; maxItems: 2000
query_name	string	optional; default: "query"; minLength: 1; maxLength: 100
top_n	integer	optional; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("chea3", "rank_transcription_factors", {"genes": ["FOXM1", "SMAD9", "MYC", "SMAD3", "STAT1", "STAT3"], "top_n": 5})

list_gmt_libraries

Откройте официальные ссылки на файлы ChEA3 GMT со страницы загрузки. Основные, дополнительные библиотеки и библиотеки бенчмаркинга могут отличаться; загружаемая библиотека не является автоматически библиотекой, используемой онлайн-результатом. Никакие файлы не загружаются этим методом.

Нет входных полей; пропустите пустой объект.

const result = await host.mcp("chea3", "list_gmt_libraries", {})

bioDBnet

Показать операции и параметры

list_input_types

Вызовите официальную операцию bioDBnet getinputs REST. Discover поддерживает имена узлов перед конверсией. Сохранение неосвоенных входов и множественных выходов; отсутствие не является доказательством отсутствия биологического картирования.

Нет входных полей; пропустите пустой объект.

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_input_types", {})

list_output_types

Вызовите официальную операцию bioDBnet getoutputsforinput REST. Discover поддерживает имена узлов перед конверсией. Сохранение неосвоенных входов и множественных выходов; отсутствие не является доказательством отсутствия биологического картирования.

Field	Type	Requirement and constraints
input_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_output_types", {"input_type": "genesymbol"})

convert_ids

Вызовите официальную операцию bioDBnet db2db REST. Discover поддерживает имена узлов перед конверсией. Сохранение неосвоенных входов и множественных выходов; отсутствие не является доказательством отсутствия биологического картирования.

Field	Type	Requirement and constraints
input_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
values	массив	required; пункты 1; пункты 200
outputs	массив	required; пункты 1; пункты 20
taxon_id	integer	optional; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "convert_ids", {"input_type": "genesymbol", "values": ["TP53"], "outputs": ["geneid"], "taxon_id": 9606})

recognize_ids

Вызовите официальную операцию bioDBnet dbfind REST. Discover поддерживает имена узлов перед конверсией. Сохранение неосвоенных входов и множественных выходов; отсутствие не является доказательством отсутствия биологического картирования.

Field	Type	Requirement and constraints
values	массив	required; пункты 1; пункты 200
output_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
taxon_id	integer	optional; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "recognize_ids", {"values": ["TP53"], "output_type": "geneid"})

map_orthologs

Вызовите официальную операцию bioDBnet dbortho REST. Discover поддерживает имена узлов перед конверсией. Сохранение неосвоенных входов и множественных выходов; отсутствие не является доказательством отсутствия биологического картирования.

Field	Type	Requirement and constraints
input_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
values	массив	required; пункты 1; пункты 200
input_taxon	integer	optional; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000
output_taxon	integer	optional; default: 10090; minimum: 1; maximum: 100000000
output_type	string	required; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"

const result = await host.mcp("biodbnet", "map_orthologs", {"input_type": "genesymbol", "values": ["TP53"], "output_type": "genesymbol", "input_taxon": 9606, "output_taxon": 10090})

list_pathways

Позвоните в официальную операцию bioDBnet getpathways REST Discover поддерживает имена узлов перед конверсией. Сохранение неосвоенных входов и множественных выходов; отсутствие не является доказательством отсутствия биологического картирования.

Field	Type	Requirement and constraints
taxon_id	integer	optional; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_pathways", {"taxon_id": 9606})

CTD

Показать операции и параметры

list_ctd_reports

Возврат поддерживаемого подмножества официальных точек входа в публичный отчет КТД и условий источника. Этот статический каталог не проверяет доступность в реальном времени и не предоставляет веб-запросы CTD. Используйте официальную страницу для получения файлов; остановитесь, если требуется проверка.

Нет входных полей; пропустите пустой объект.

const result = await host.mcp("ctd", "list_ctd_reports", {})