Bases de données scientifiques

L'application regroupe Connecteurs source de données 23, plus un Molecule Connector séparé hors ligne. Le registre complet a Opérations de l'outil 239 y compris les deux opérations de Molecule; le catalogue source de données ci-dessous couvre 237. Activez le Connector pertinent dans Paramètres, puis posez une question limitée avec le type d'identificateur correct.

Catalogue source de données

Choisissez par identifiant et question de recherche. La couverture par les sources diffère; consulter la référence de l'opération pour les champs exacts.

Connecteur	Sources	Opérations	Utilisez-le pour
Chimie · chemistry	PubChem, Chebi, Rhea, RelidingDB	12	Chimie des petites molécules via PubChem, ChEBI, Rhea et BindingDB.
Graphique Littérature · literature	OpenAlex, arXiv, Crossref, DataCite	13	Papiers, auteurs, citations, mises à jour DOI et enregistrements dataset/software.
PubMed · pubmed	PubMed, PMC, Europe PMC	7	Littérature biomédicale par l'intermédiaire de l'E-utilities NCBI, du PMC ID Converter et d'Europe PMC — recherche, métadonnées, articles connexes, recherche de citation, conversion d'ID, texte intégral et copyright.
Genes & Ontologies · genes	MyGene, UniProt, OLS, QuickGO, Reactome	7	L'identité des gènes/protéines et les termes ontologiques — mygene.info, UniProt, OLS4 ontologies, annotations GO, voies de réactome.
Génomes · genomes	Ensembl, UCSC	11	Annotation de génome, variantes, homologie, séquence et pistes de navigateur — Ensembl REST et le navigateur de génome UCSC.
Variantes · variants	gnomAD, ClinVar, dbSNP	15	Variantes génétiques humaines — fréquences/contraintes des populations de gnomAD, enregistrements/recherche ClinVar (PNEI directe), dbSNP, variantes structurales et mitochondriales.
Essais cliniques · clinical-trials	Essais cliniques.gov	6	Essais cliniques de ClinicalTrials.gov — recherche, détails, commanditaires, chercheurs, critères et admissibilité.
Génomique clinique · clinical-genomics	ClinGen, CIViC, Objectifs ouverts	20	Bases de connaissances en génomique clinique : ClinGenations, preuves cliniques du CIVIC et plate-forme Open Targets.
Structures et interactions · structures	PDB, AlphaFold, EMDB, Portail complexe, IntAct	16	Structures et interactions moléculaires — Structures PDB, prédictions AlphaFold, entrées EMDB cryo-EM, complexes de portails complexes, réseaux d'interactions IntAct.
ChEMBL · chembl	CEMBL	6	Composés bioactifs, médicaments, cibles, bioactivité et mécanismes via le ChEMBL REST API.
Produit intérieur brut biorxiv	Les résultats de l'analyse de la bioRxiv, medRxiv, ROR	7	préimpressions bioRxiv/medRxiv — recherche par date/catégorie, métadonnées par DOI, liens de publication de revues, listes de bailleurs de fonds et statistiques des plates-formes.
Réglementation des médicaments · drug-regulatory	ouvertFDA	7	Drugs@FDA applications, étiquettes et statistiques de corpus via openFDA.
Génétique humaine · human-genetics	Catalogue GWAS, Catalogue eQTL, PheWeb	14	Données probantes sur les associations génétiques humaines — Catalogue GWAS, catalogue eQTL et portails PheWeb PheWAS (FinnGen, BioBank Japan).
Expression · expression	GTEx	12	Expression des tissus humains et eQTLs via le portail GTEx.
Annotation protéique · protein-annotation	InterPro, Pfam, Atlas des protéines humaines, STRING	13	Architecture du domaine protéique, appartenance à la famille/clan, atlas d'expression et réseaux d'interaction via InterPro/Pfam, l'Atlas des protéines humaines et STRING.
Modèles de cancer · cancer-models	cBioPortal	6	L'étude de génomique du cancer enregistre par l'intermédiaire de cBioPortal REST API.
RNA · rna	Rfam	9	Données sur les familles d'ARN non codantes (métadonnées, alignements, modèles, structures) via Rfam.
Archives Omics · omics-archives	ArrayExpress, GEO, MetaboLights, MGnify, PRIDE	17	Archives de données Omics — expression (ArrayExpress, GEO), métabolomique (MetaboLights), métagénomique (MGnify) et protéomique (PRIDE).
Guide des cellules · cellguide	CELLxGENE	5	Identité de type cellulaire, gènes marqueurs, ensembles de données source et tissus via CELLxGENE CellGuide.
Règlement regulation	ENCODE, JASPAR, UniBind	16	Génomique fonctionnelle de régulation génétique — expériences ENCODE/biosamples/files, profils de liaison JASPAR TF et UniBind ChIP-seq TFBS.
Ressources de recherche · research-resources	Grants.gov, Registre des anticorps	5	Recherche de financement-opportunité (Grants.gov) et recherche de catalogue d'anticorps (Registre des anticorps).
BioMart · biomart	Ensembler BioMart	8	Ensembl BioMart requêtes d'attributs et traduction d'identificateurs.
ZINC · zinc	ZINC	5	ZINC22 espace chimique purchasable (CartBlanche22) — recherche composée par ZINC id, recherche exacte/similaire de SMILES, résolution de code fournisseur, échantillonnage aléatoire, emplacements de structure 3D pour l'arrimage.

Récupérer un document et vérifier son identité

1. Ouvrez Settings → Connectors, recherchez la source requise et confirmez la disponibilité de l'agent prévu.
2. Ouvrez ses détails. Lire Tools, entrées, exemple et exigences de tiers.
3. Fournir une requête/adhésion explicite et une limite de résultat. Conserver la question exacte lors de la création d'une collection de littérature ou d'un tableau de preuves.
4. Inspecter les identifiants retournés et les champs sources. Un résultat vide, un lot tronqué et une erreur sont des résultats différents.
5. Enregistrer les documents nécessaires dans le projet/bibliothèque délibérément. Une réponse à la recherche ne signifie pas automatiquement que tous les documents ont été ajoutés à la bibliothèque de littérature ou que des textes complets ont été téléchargés.

Commencez par un identificateur connu

Exemple pratique Résoudre l'identificateur du gène humain TP53

Activez Genes & Ontologies et demandez : Utilisez query_genes pour résoudre TP53 avec des scopes, symbols, species, symbols humains et champs,nom,entrezgene". Retourne la requête d'entrée et les enregistrements non appariés. Dans cet exemple, l'enregistrement TP53 humain identifie Entrez Gene 7157 et le nom protéine tumorale p53. Vérifiez les query et symbol de l'enregistrement avant d'utiliser l'ID mappé. Un symbole peut renvoyer plusieurs allumettes, ainsi conserver tous les résultats jusqu'à ce que vous ayez confirmé l'organisme prévu et enregistrer. Champs exacts.

Choisir une requête et inspecter le résultat

Exemple Enquêtes et réponses sur les bases de données Bounded

Le tableau enregistre ces exemples de réponses; Les résultats de la requête en direct peuvent différer.

Connector / outil	Entrée	Résultat observé
Archives d'Omics / geo_get_series	accessions: ["GSE60450"]	des métadonnées de séries/échantillons avec des échantillons 12; La récupération des métadonnées n'a pas recalculé les chiffres téléchargés.
Genes / query_genes	TP53; la portée des symboles; humains	Entrez Gene ID 7157, symbole TP53, nom protéine tumorale p53.
PubMed / search_articles	GSE60450, maximum 2	PMIDs 38059347 et 37306301. Ce sont des correspondances de requête, pas automatiquement la publication originale de l'ensemble de données.
Chimie / pubchem_search_compounds	Aspirine, CID maximal de 1	CID 2244, formule C9H8O4 et poids moléculaire 180.16.
Littérature / openalex_search_works	CRISPR base editing; à partir de 2020; accès libre; 2 maximum	Deux notices de travail avec des identifiants OpenAlex, des champs sources et des drapeaux d'exhaustivité.

Connectez OpenAlex et suivez les liens de citation

1. Ouvrez Settings → Connectors → Literature Graph → Manage credentials → OpenAlex.
2. Saisissez votre clé API, sélectionnez Validate, puis Save après validation.
3. Rechercher un sujet avec une petite limite max_records. Vérifiez n_records_returned et records_truncated avant de décrire le résultat comme terminé.
4. Utilisez un ID de travail retourné avec openalex_get_work. Utilisez openalex_citations pour les papiers citant ce travail et openalex_references pour les œuvres qu'il cite. Ce sont des directions opposées.
5. Pour les recherches d'auteur, confirmez l'établissement et l'ORCID avant de récupérer un profil d'auteur. Utilisez un identifiant source ou ISSN pour désambiguer un nom de journal.

Voir le Paramètres d'exploitation OpenAlex pour les filtres et les champs retournés.

Rechercher un DOI et ses dossiers de recherche connexes

Activez Graphique de littérature. Utilisez crossref_get_work pour les métadonnées de l'éditeur et crossref_get_updates pour les relations de correction/rétractation déposées. Utilisez datacite_search_records pour trouver les DOI dataset/software, puis datacite_get_record pour inspecter un enregistrement sélectionné. Ces quatre méthodes publiques ne nécessitent pas la clé OpenAlex. Vérifier l'identité DOI, la direction de la relation et les termes de réutilisation avant de télécharger ou de citer une ressource. Les champs exacts sont dans le Référence de l'opération.

La recherche de séquence Rfam utilise maintenant le paramètre de lot officiel. Si une installation plus ancienne retourne l'erreur retraitée, mettez à jour l'application et réessayez l'opération prévue. Un travail en attente n'est pas une recherche complète sans succès.

Gérer un enregistrement retourné, une correspondance vide ou une erreur

Inspectez l'état retourné avant d'utiliser un résultat. Utilisez le Référence de l'opération pour interpréter les champs et les drapeaux d'exhaustivité.

Résultat observé	Que faire ensuite
found: false, zéro enregistrement, enquêteurs vides ou correspondances avec les fournisseurs	Vérifiez l'identificateur, l'organisme, le champ de requête et les filtres. Préserver le résultat vide; ne le présente pas comme un enregistrement récupéré.
credential_required pour OpenAlex	Ouvrez le formulaire d'attestation demandé et liez votre propre clé avant de réessayer.
contact_email_required pour les requêtes de variantes directes de la BCNI	Ouvert Settings → Connectors → Manage credentials → Literature access, entrez Contact email et sélectionner Save. Réessayez la requête ratée. Une clé NPCI API est optionnelle. Vérifiez les identifiants retournés, les numéros de correspondance et les drapeaux de troncation; un résultat vide est distinct d'une erreur de connexion.
HTTP 410 d ' eQTL	Conserver l'URL source, le fonctionnement et la réponse, et vérifier la disponibilité du service avant de modifier les entrées scientifiques.
Demande Connector timed out après 30000ms	Réessayez une demande plus petite. Augmenter seulement le délai de sortie externe de Notebook ne modifie pas la date limite de Connector.
L'exécution de Notebook a été programmée après 60000ms	L'exécution s'est terminée sans résultat. - Réessayer les opérations individuellement; ne pas déduire que chaque service en amont a échoué.
page de maintenance de BioMart HTML; PRIDE Unexpected end of JSON input	La réponse structurée attendue n'était pas disponible. Réessayez plus tard et gardez le type de réponse/erreur pour un problème.
La tâche ZINC n'a pas été achevée à temps	Préserver l'URL de la tâche/du résultat retourné et vérifier cette tâche; à plusieurs reprises, la création de nouveaux emplois ne récupère pas son résultat.

Pour un rapport, joignez l'opération, entrée limitée, texte d'erreur et timestamp par Dépannage. Supprimer les identifiants et les données privées avant de partager.

Rechercher les paramètres d'exploitation

Utilisez le Référence de fonctionnement Connector pour les champs requis, les valeurs acceptées et les appels exacts. Choisissez une source ici d'abord; utiliser la référence lors de la préparation d'une opération spécifique.

Conservez la constitution du génome, l'organisme, les tissus, les unités et les versions d'adhésion avec les données retournées. Pour les significations et la récupération générales de HTTP, utilisez Dépannage. Les enregistrements de bases de données, les prévisions et les résumés générés sont différents types de données probantes; vérifier la source citée avant d'utiliser une demande de recherche.

Référence de mise en œuvre: ConnecteursPanel.tsx.

Source du catalogue: catalogue.ts, registre.ts.