Connecteurs et identifiants
Un Connector met les outils d'un service à la disposition d'un agent. Un Crédentiel fournit l'authentification lorsque ce service l'exige. L'installation d'un Skill ou l'attribution d'une balise ne connecte pas le service.
Dans la gestion des lots, examiner le nombre sélectionné dans la zone d'action inférieure avant d'appliquer une opération. Lisez les commentaires d'achèvement ou d'échec là-bas, puis vérifiez les éléments résultants. Sélectionner une entrée seule ne l'active pas, ne l'installe pas ou ne la supprime pas.
Utiliser un Connector intégré
Trouver des outils pour un projet d'expression génétique
Ouvrez Settings → Connectors, recherchez Archives Omics et ouvrez ses détails. Cette famille intégrée comprend des outils GEO, ArrayExpress, MetaboLights, MGnify et PRIDE. Élargir une rangée d'outils avant de la choisir.
geo_get_series retourne les métadonnées de la série GEO, les échantillons, les plates-formes et les URL de fichiers supplémentaires. Téléchargez le tableau de données requis à partir de la source retournée et joignez-le à votre projet avant de demander un calcul.
Assignez une balise telle que Transcriptomique à un Connector, puis trouvez-la sous Settings → Tags. Les étiquettes organisent les ressources sans modifier l'accès ou l'approbation des outils.
| État | Ce qu'il établit | Prochaine vérification |
|---|---|---|
| Inscrit dans le répertoire | L'application connaît une définition de Connector | Lire ses descriptions d'outils actuelles |
| Main seulement / En cours d'utilisation | Disponibilité des agents | Confirmer l'agent visé et l'obligation de capacité |
| Crédentiel sélectionné | Une liaison nommée existe | Tester l'authentification par rapport au service prévu |
| Politique en matière d'outils | Indique si les appels sont autorisés, demandés ou bloqués | Inspecter la préséance de l'autorisation |
| Résultat de l'outil réussi | Cet appel particulier est terminé | Valider les identifiants/données et la source retournés |
Commandes Connector intégrées
Utilisez Search connectors pour trouver PubMed sous Directory; la liste contient également les groupes Featured et Custom. Filtrage s'applique par groupe, donc un autre groupe peut dire Aucun connecteur ne correspond à votre recherche alors qu'un résultat correspondant reste visible ci-dessous.
Utilisez Filter connectors by group, Filter Connectors by agent et Filter by Tag avec recherche. Manage credentials ouvre les paramètres de contact-email/crédentiel partagés. Used by montre la disponibilité; Manage Tags organise un Connector. Le commutateur de disponibilité permet l'accès à Main Agent; L'accès Spécialiste est configuré sur chaque Spécialiste.
Activer ou désactiver plusieurs connecteurs
Ouvrez Settings → Connectors → Manage, filtrez la liste et sélectionnez les connecteurs prévus. Examinez le nombre sélectionné avant de les activer ou de les désactiver, puis vérifiez chaque état retourné. Ne conservez que les services nécessaires à votre travail. Les changements de disponibilité en vrac ne fournissent pas d'identifications, ne modifient pas les politiques d'approbation par outil ou n'accordent pas d'accès Specialist; Configurez-les séparément.
PubMed: disponibilité, outils et politique d'approbation
- Rechercher PubMed et ouvrir ses détails.
- Expand search_articles pour lire sa description. Il retourne un nombre et une page de PMIDs et prend en charge les balises de requête PubMed, les opérateurs booléens, les dates et le tri.
- Choisissez Require approval, Block ou Always allow pour l'accès que vous comptez autoriser. Exiger des écrans d'approbation Ask when no Session, Project, or Global permission applies.
- Activer PubMed et inspecter Used by. La disponibilité pour Main est indiquée comme Main only; disponibilité désactivée montre Not in use.
Les détails énumèrent search_articles, get_article_metadata, find_related_articles, lookup_article_by_citation, convert_article_ids, get_full_text_article et get_copyright_status. Choisissez Always allow, Require approval ou Block par outil. Examinez le commutateur Skip approvals séparé pour l'ensemble de Connector avant de l'activer. Ouvrir une description n'affiche que les instructions de l'outil.
Le répertoire place PubMed sous Directory, tandis que son détail affiche un badge Featured. Le placement dans un répertoire et les badges n'indiquent pas l'état de la connexion au compte.
Lancer une petite recherche de métadonnées GEO
Lancer une petite recherche de métadonnées GEO
Exemple pratique Rechercher des exemples de métadonnées GSE60450 dans GEO
- Revenez à la séance de recherche et confirmez un modèle de travail et la disponibilité des archives Omics.
- Demandez :
Use Omics Archives geo_get_series to retrieve GSE60450 metadata. Report the title, organism, sample count and source-identified sample characteristics. Do not download count tables or run a new expression analysis. - Inspecter la méthode Connector/Méthode demandée et les arguments avant de l'autoriser. L'outil s'attend à un tableau
accessions; un champ singulier deviné est incorrect. - Examiner le résultat réel. Pour cette adhésion, vérifiez les sous-populations de cellules luminales et basales retournées GSE60450, Musculus, Échantillons 12, et le titre -analyse -transcriptome des sous-populations de cellules luminales et basales dans la glande mammaire gravide par rapport à la glande mammaire gravide.
- Gardez les identifiants GSM retournés avec leurs caractéristiques. Ne pas déduire un mapping aux noms de colonnes MCL1 de la matrice à partir de la ressemblance seule.
L'intervalle d'échantillonnage retourné était de GSM1480291–GSM1480302, couvrant les populations luminales/basales et vierges, la grossesse de 18.5 jour et les stades de lactation de 2 jour. Ces métadonnées sont retournées, et non les étiquettes déduites des totaux de comptage. La table de réponse complète de douze rangées a été téléchargée sous la forme de geo-sample-metadata.csv. Il s'agit d'une exportation de table de conversation, séparée des artefacts de QC gérés.
Si le fichier d'instructions Connector ne peut pas être lu, conservez son erreur EPERM et vérifiez la session Connector et la session actuelle activée. Confirmer les champs d'opération dans Paramètres Connector avant de réessayer. Une requête de métadonnées valide renvoie des enregistrements structurés; il ne télécharge pas le tableau source sous-jacent ou n'effectue pas d'analyse.
Ajouter un connecteur : champs d'identité partagés
Add connector offre Local command, Remote server et Import configuration. Les deux premiers ouvrent un éditeur avec un sélecteur de type, et Advanced settings expose des champs supplémentaires. Les captures d'écran utilisent un paramètre illustratif; Connectez un serveur que vous avez l'intention d'utiliser.
| Champ | Objet |
|---|---|
| Type de connecteur | Commuter entre un processus local et un paramètre distant. |
| Nom d'affichage | Nom indiqué dans l'assurance-chômage. |
| Avancé → Nom Connector | Nom callable utilisé par host.mcp, les liaisons Specialist et les MCP Skill générés; généré à partir du nom de l'affichage si possible. |
| ID du connecteur | ID en option stable, généré dans la mesure du possible. Editable avant la création, immuable après. |
| Descriptif | Explication facultative des données/actions fournies. |
| Je fais confiance à ce connecteur | Reconnaissance de confiance requise avant d'ajouter un Connector personnalisé. Il ne valide pas le service ou ne rend pas son code sûr. |
| Annuler / Retourner aux connecteurs | Laissez le formulaire. Il ne sauve pas le projet. |
| Ajouter le connecteur / Ajouter et signer | Enregistrer la configuration valide et, pour OAuth, commencer à vous connecter. Le bouton reste désactivé pendant que les champs, les liens ou la confiance requis sont manquants. |
Commande locale
Command offre npx — Node package, uvx — Python (uv), node — script file, python3 — script file, docker — container et Other…. D'autres exposent Custom command pour un chemin absolu exécutable.
| Entrée avancée | Fonctionnement |
|---|---|
| Arguments | Un argument par ligne; les espaces et les lignes blanches sont conservés. Effacer le champ pour supprimer tous les arguments. Ne présumez pas qu'une commande shell séparée de l'espace est analysée en plusieurs arguments. |
| Nom de variable | Nommez une variable d'environnement, puis sélectionnez/créez son Credential. |
| Ajouter une variable / Supprimer une variable | Ajouter ou supprimer une liaison nommée. |
| Champs / Texte | Saisissez les noms comme lignes structurées ou une KEY= par ligne; Les valeurs secrètes vivent dans les lettres de créances. |
| Aperçu des commandes | Inspectez le lanceur montré après les fixations. |
Une entrée de lanceur ne prouve pas à elle seule que son exécutable ou son service est opérationnel. Utilisez l'invocation ci-dessous pour vérifier la commande locale importée.
Serveur distant
Saisissez le vrai Server URL fourni par l'opérateur du serveur. https://example.org/mcp dans ces captures d'écran est une adresse de domaine réservée illustrative, pas un paramètre MCP fonctionnant.
Advanced → Transport par défaut sur Streamable HTTP. Authentication offre None, OAuth (browser sign-in) et Static headers.
En-têtes statiques
L'éditeur actuel lie les lettres de créances nommées; Ce n'est pas une zone de texte à valeur secrète.
- Choisissez Static headers.
- Saisissez un Header name, comme
Authorization. - Sélectionnez ou créez le Credential correspondant. Le sélecteur est désactivé jusqu'à ce que l'en-tête ait un nom.
- Utilisez Add header pour une autre ligne ou Remove header pour jeter une ligne.
- Champs / Texte modifie la façon dont les noms sont entrés. Le mode texte prévoit un nom d'en-tête par ligne sous
Name:; Les valeurs de qualification sont gérées séparément.
Reliure OAuth
Choisissez un OAuth credential correspondant à l'URL de la ressource, au transport et à l'enregistrement. New credential ouvre le éditeur de justificatifs d'identité. Dans ce profil vide, le formulaire a signalé No OAuth credential matches this Connector's resource URL, transport, and registration. L'action finale change à Add and sign in.
Essais d'importation, d'exportation et de raccordement
Choisissez Add connector → Import configuration et sélectionnez un fichier JSON jusqu'à 256 KB. L'importateur accepte une configuration Open-Science Connector ou un fichier client MCP contenant mcpServers.
- Pour un fichier multi-serveurs, choisissez une entrée dans MCP server. Vous examinez et ajoutez un serveur à la fois. Vérifiez son nom, son ID, son transport et ses arguments de commande après avoir commuté les entrées.
- Lisez les diagnostics. Les chemins absolus peuvent nécessiter un changement sur un autre ordinateur; Les valeurs de qualification sont exclues de l'importation.
- Choisissez Use configuration pour ouvrir l'éditeur prérempli. Vérifiez chaque champ, liez les identifiants locaux requis et sélectionnez I trust this connector.
- Choisissez Add connector, inspectez l'état de connexion dans la liste, puis invoquez un petit outil en lecture seule.
Lorsqu'un serveur importé fait référence à une variable d'environnement comme QC_EXAMPLE_TOKEN, lier ce nom à un titre de créance stocké sur ce périphérique. Add reste indisponible jusqu'à ce que les fixations requises soient terminées. Après l'ajout, vérifiez Connected et exécutez l'outil prévu; une seule liaison sauvegardée ne valide pas l'authentification à distance.
Appelez get_dataset_summary, puis passez un identifiant complet retourné à get_sample_qc. Comparer la réponse avec la Niveau de référence de QC. Ce serveur retourne les valeurs de résumé enregistrées; il ne recalcule pas la matrice originale. L'implémentation du serveur est couverte par Créer un outil personnalisé.
Exportations et réimportations
Choisissez Actions → Export de la ligne, sélectionnez Open Science Connector ou MCP client config, inspectez l'aperçu et choisissez Save configuration.
Le fichier exporté réel a conservé le nom de la variable dans required_secrets.environment. Il ne contenait aucune valeur probante, aucune confiance ou permission locale. La réimportation nécessite la sélection des titres de compétence locaux et la confiance à nouveau.
Lorsque le même ID existe déjà, l'aperçu des rapports Un Connector personnalisé avec ID ... est déjà installé et Use configuration est indisponible. Utilisez Edit pour modifier une connexion existante; import n'est pas une opération d'écrasement.
Lors de la restauration d'une connexion exportée, inspectez les champs préremplis et liez à nouveau les identifiants nommés requis. Compléter la confiance et tester un appel limité avant de l'utiliser dans la recherche. L'importation n'écrase pas un Connector existant avec le même ID.
Pouvoirs : services et secrets réutilisables
Créez et gérez des secrets dans Pouvoirs de service, puis sélectionnez leurs noms dans les liaisons environnement, en-tête ou OAuth. Sur un nouvel appareil, restaure ces fixations et complète l'ouverture du service avant de tester la connexion. Les exportations contiennent des références de configuration, pas des secrets utilisables ou de confiance locale.
Recherche d'erreur HTTP
Pour les réponses 400, 401, 403, 404, 429 ou 5xx, utilisez le Table de dépannage HTTP. Conservez le service répondant et son message détaillé avec le code d'état.