Connector 操作参数参考

查询具体操作名、必填字段、默认值与调用示例。选择数据源请先看科学数据库目录，再展开需要调用的 Connector。参数正确不代表服务已连接或凭据已配置。

示例调用在哪里运行

host 由 Open-Science 的 Agent 执行环境提供。下方 JavaScript 是 Agent 侧调用片段，不是独立 Node.js 程序，也不是公共 Task SDK 客户端的方法。让 Agent 加载对应 Connector 说明并使用相应操作；某些框架会使用 Python 桥接，而不是这里的 JavaScript 形式。

先在 Settings → Connectors 启用连接，配置所需凭据；使用 Specialist 时还需分配该能力。调用仍遵循会话权限策略。公共 Node.js 集成可用 Task SDK 管理 Connector 配置，但导入该客户端不会得到这里的 host。

先读返回结果，再串联调用

示例 使用 PubMed 返回的 PMID 查询元数据

例如请求：用 PubMed 搜索 PRISMA 报告规范，返回匹配总数及五个 PMID。 search_articles 返回总数和一页标识，再将其中的 PMID 传给 get_article_metadata 获取标题、作者和 DOI 链接。空结果、截断结果与认证失败需要分别处理。

返回信息	用途
匹配总数与返回行数	区分一页数据与完整结果集
truncated、records_truncated 或各数据源的完整性标志	判断是否翻页、缩小条件或继续获取
not_found、missing、not_processed	找出未解决输入，只重试适当条目
DOI、登录号、来源 URL、数据发布或组装	保留下次查询需要的身份与来源
全文状态或许可说明	判断是否取得文本、是否允许复用

各操作返回字段不同，下方描述与可下载 schema 定义对应契约；此表不是统一 JSON 格式。可从右侧数据源目录跳转，再展开该类参数。搜索具体操作名也会展开其所在分组。

操作输入

每次展开一个 Connector。必填项标为 必填，限制和默认值来自应用结构定义。完整注册表下载提供嵌套 JSON、完整返回说明和准确 Agent 侧调用示例。工具要求 accessions、cids、rs_id 等专用字段时，不要统一改为 id。

化学

展开操作与参数

pubchem_search_compounds

将化合物名称、SMILES、InChIKey 或 CID 解析为 PubChem CID，可同时返回前几项结果的核心计算属性。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
namespace	字符串	可选; 默认值： "name"; 枚举： ["name", "smiles", "inchikey", "cid"]
max_cids	整数	可选; 默认值： 25; 最小值： 1; 最大值： 100
with_properties	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_search_compounds", {"query": "aspirin", "max_cids": 25})

pubchem_get_compounds

批量获取 PubChem CID 对应的完整计算属性，可附带有数量上限的同义词列表。

字段	类型	要求与约束
cids	整数数组	必填; 最少项数： 1; 最多项数： 50
include_synonyms	布尔值	可选; 默认值： false
max_synonyms	整数	可选; 默认值： 30

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_compounds", {"cids": [2244, 2519], "include_synonyms": false})

pubchem_similarity_search

根据 SMILES 在 PubChem 中进行二维 Tanimoto 相似性检索。使用同步 fastsimilarity_2d 接口，无需轮询任务。

字段	类型	要求与约束
smiles	字符串	必填
threshold	整数	可选; 默认值： 90; 最小值： 1; 最大值： 100
max_records	整数	可选; 默认值： 50; 最小值： 1; 最大值： 200
with_properties	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_similarity_search", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "threshold": 90})

pubchem_get_bioassay_summary

获取一个 PubChem 化合物的生物测定活动汇总，包括测定项目、靶标、结果与效力。

字段	类型	要求与约束
cid	整数	必填
active_only	布尔值	可选; 默认值： false
max_rows	整数	可选; 默认值： 100; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_bioassay_summary", {"cid": 2244, "active_only": true})

pubchem_get_safety

获取一个 PubChem 化合物的 GHS 安全分类，汇总 PUG-View 中各报告来源的信息。

字段	类型	要求与约束
cid	整数	必填

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_safety", {"cid": 702})

chebi_search

按名称、同义词、分子式或 InChIKey 全文检索 ChEBI 实体。

字段	类型	要求与约束
term	字符串	必填
max_results	整数	可选; 默认值： 20; 最小值： 1; 最大值： 100
page	整数	可选; 默认值： 1; 最小值： 1

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_search", {"term": "caffeine", "max_results": 20})

chebi_get_entity

获取 ChEBI 实体的名称、结构、化学数据、角色和交叉引用。

字段	类型	要求与约束
chebi_id	字符串	必填
max_synonyms	整数	可选; 默认值： 30
max_xrefs	整数	可选; 默认值： 50

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_entity", {"chebi_id": "CHEBI:27732"})

chebi_get_ontology

获取 ChEBI 实体的本体关系，包括指向父类、角色或共轭酸等关系，以及指向该实体的子类与衍生物关系。

字段	类型	要求与约束
chebi_id	字符串	必填
relation_type	字符串	可选
max_relations	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_ontology", {"chebi_id": "CHEBI:27732", "relation_type": "has role"})

rhea_search_reactions

按反应方程文本、参与物 ChEBI ID 或 EC 编号检索 Rhea 主反应，自动识别查询类型。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
limit	整数	可选; 默认值： 50; 最小值： 1; 最大值： 500

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_search_reactions", {"query": "caffeine", "limit": 50})

rhea_get_reaction

获取一个 Rhea 反应的方程、带化学计量的参与物、EC 关联、方向家族及文献。

字段	类型	要求与约束
rhea_id	字符串	必填

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_get_reaction", {"rhea_id": "10280"})

bindingdb_ligands_by_target

按 UniProt 登录号获取 BindingDB 中针对该蛋白靶标测得的配体亲和力，包括 Ki、Kd、IC50 和 EC50。

字段	类型	要求与约束
uniprot	字符串	必填
affinity_cutoff_nm	数值	可选; 默认值： 10000
max_rows	整数	可选; 默认值： 100; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_ligands_by_target", {"uniprot": "P00533", "affinity_cutoff_nm": 100})

bindingdb_targets_by_compound

查找与输入 SMILES 在二维结构上相似的化合物，以及这些化合物具有实测亲和力的蛋白靶标。

字段	类型	要求与约束
smiles	字符串	必填
similarity	数值	可选; 默认值： 0.85; 最小值： 0.5; 最大值： 1
max_rows	整数	可选; 默认值： 100; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_targets_by_compound", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "similarity": 0.85})

文献关系

展开操作与参数

openalex_search_works

检索 OpenAlex 学术成果，可按年份、类型、开放获取状态和发表来源筛选。query 可在已有其他筛选条件时省略；venue 接受来源 ID、URL、ISSN 或名称，名称解析结果见 venue_resolved。返回 api_total、n_records_returned、records_truncated 和 records。摘要仅在明确开放许可（cc-by、cc-by-sa、cc0、public-domain）下重建；其他记录的 abstract 为 null，并说明许可策略。记录包含标识、作者、来源、引用数、开放全文地址与主题。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	可选
year_from	整数	可选
year_to	整数	可选
work_type	字符串	可选
open_access_only	布尔值	可选
venue	字符串	可选
sort	字符串	可选; 默认值： "relevance"; 枚举： ["relevance", "cited_by_count", "publication_date"]
max_records	整数	可选; 默认值： 50
include_abstracts	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_works", {"query": "CRISPR base editing", "year_from": 2020, "open_access_only": true, "sort": "cited_by_count", "max_records": 25})

openalex_get_work

获取一个 OpenAlex 成果的完整元数据、按许可提供的摘要、开放获取位置、参考文献 ID 和逐年统计。work_id 支持 W-ID、URL 或 DOI。多个记录声明同一 DOI 时选择被引最多者，并返回 doi_claimants 和 doi_resolution_note；未知标识报未找到。

字段	类型	要求与约束
work_id	字符串	必填

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_work", {"work_id": "W2741809807"})

openalex_citations

获取引用某篇成果的入向文献。work_id 支持 W-ID、URL 或 DOI；DOI 需要额外解析。返回实际引用总数 api_total、返回数量、截断标志和精简成果记录。

字段	类型	要求与约束
work_id	字符串	必填
sort	字符串	可选; 默认值： "cited_by_count"; 枚举： ["cited_by_count", "publication_date", "relevance"]
max_records	整数	可选; 默认值： 50
include_abstracts	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("literature", "openalex_citations", {"work_id": "W2741809807", "sort": "cited_by_count", "max_records": 50})

openalex_references

获取某篇成果引用的出向文献，并按原参考文献顺序补齐元数据。返回完整 reference_ids、已补齐 records 和 references_not_hydrated；无法补齐的 ID 不会被静默丢弃。

字段	类型	要求与约束
work_id	字符串	必填
max_records	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("literature", "openalex_references", {"work_id": "W2741809807", "max_records": 100})

openalex_search_authors

按姓名检索 OpenAlex 作者，返回作者 ID、ORCID、所属机构、主题和被引指标。同名结果需要结合机构、主题和 ORCID 区分，再用 author_id 获取详情。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
max_records	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_authors", {"query": "Jennifer Doudna", "max_records": 25})

openalex_get_author

获取 OpenAlex 作者详情、逐年统计和高被引成果。author_id 支持 A-ID、URL 或 ORCID；ORCID 可能指向稀疏重复档案，优先使用作者搜索返回的 A-ID。works_sample 为 0 时不额外检索成果。

字段	类型	要求与约束
author_id	字符串	必填
works_sample	整数	可选; 默认值： 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_author", {"author_id": "A5023888391", "works_sample": 10})

openalex_venue_info

查询 OpenAlex 期刊或资料库的开放获取、DOAJ、APC 与引用指标。精确 S-ID、URL 或 ISSN 返回一个来源及逐年统计；名称查询返回带总数和截断标志的来源列表。

字段	类型	要求与约束
venue	字符串	必填
max_records	整数	可选; 默认值： 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_venue_info", {"venue": "Nature", "max_records": 10})

arxiv_search

通过 arXiv Atom API 检索预印本。query 支持 ti:、au:、abs:、布尔操作；分类和提交日期范围与查询组合。start 从 0 开始，日期包含边界。返回实际查询、总数、页偏移、截断标志及带版本、作者、摘要和链接的记录。分页请求需遵守服务节奏；错误订阅源会作为错误报告。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	可选
category	字符串	可选
date_from	字符串	可选
date_to	字符串	可选
start	整数	可选; 默认值： 0
max_results	整数	可选; 默认值： 25
sort_by	字符串	可选; 默认值： "relevance"; 枚举： ["relevance", "submittedDate", "lastUpdatedDate"]
sort_order	字符串	可选; 默认值： "descending"; 枚举： ["descending", "ascending"]

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_search", {"query": "ti:transformer", "category": "cs.LG", "max_results": 10})

arxiv_get_papers

批量获取最多 100 篇 arXiv 预印本元数据。接受新旧 ID、带版本 ID、arXiv 前缀及 abs/pdf URL；无版本 ID 解析到最新版。结果按请求顺序排列，并列出 duplicates、not_found。撤稿仍可能返回元数据，应查看 comment。

字段	类型	要求与约束
arxiv_ids	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_get_papers", {"arxiv_ids": ["2103.14030", "1706.03762v5"]})

crossref_get_work

查询 Crossref DOI 的出版方登记元数据，可输入裸 DOI、doi: 前缀或 doi.org 地址，无需 API key。DOI 属于其他注册机构时应改用相应服务；Crossref 返回 404 不代表 DOI 无效。核对返回的 DOI、标题和 source_url。

字段	类型	要求与限制
doi	string	必填; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_work", {"doi": "10.1038/nature12968"})

crossref_get_updates

读取登记的更正、撤稿及其他更新关系。updated_by 指向更新本文的通知，update_to 指向当前 DOI 所更新的作品。保留关系方向和来源标签；空列表不能证明论文可靠，也不能证明从未撤稿。

字段	类型	要求与限制
doi	string	必填; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_updates", {"doi": "10.1038/nature12968"})

datacite_search_records

搜索公开的 DataCite 数据集/软件 DOI 元数据。query、related_doi 至少提供一项，可同时提供；query 使用 DataCite 查询语法。按 next_page 翻页时保持筛选和 page_size 一致。页码检索最多覆盖前 10,000 条，需要时缩小查询。核对 related_identifiers、rights 和落地页，元数据不保证文件可下载或允许复用。

字段	类型	要求与限制
query	string	可选; minLength: 1; maxLength: 2000
related_doi	string	可选; minLength: 1; maxLength: 2048
resource_type	string	可选; default: "dataset"; enum: ["dataset", "software"]
page_size	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
page	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("literature", "datacite_search_records", {"query": "climate", "resource_type": "dataset", "page_size": 5})

datacite_get_record

查询一条公开 DataCite DOI 记录，包括标题、作者、资源类型、权利信息、关联标识符及可用版本。接受裸 DOI、doi: 前缀或 doi.org 地址。使用关联数据集或软件前，核对标识符和关系方向。

字段	类型	要求与限制
doi	string	必填; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "datacite_get_record", {"doi": "10.14454/qdd3-ps68"})

PubMed

展开操作与参数

search_articles

通过 NCBI esearch 检索 PubMed 生物医学与生命科学文献，返回匹配总数和一页 PMID。支持字段标签、布尔操作、日期和排序；不应将其当作覆盖所有学科的通用文献库。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
max_results	整数	可选; 默认值： 20
retstart	整数	可选; 默认值： 0
sort	字符串	可选; 枚举： ["relevance", "pub_date", "author", "journal_name", "title"]
date_from	字符串	可选
date_to	字符串	可选
datetype	字符串	可选; 默认值： "pdat"; 枚举： ["pdat", "edat", "mdat"]

const result = await host.mcp("pubmed", "search_articles", {"query": "CRISPR gene editing", "max_results": 10})

get_article_metadata

按 PMID 批量获取 PubMed 详细元数据，包括 DOI/PMCID、标题、摘要、期刊、作者与机构、日期、MeSH、类型、语言和引文。使用结果时注明 PubMed 来源，并链接返回的 DOI。

字段	类型	要求与约束
pmids	['字符串', '数组']	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "get_article_metadata", {"pmids": ["35486828", "33264437"]})

find_related_articles

通过 NCBI elink 获取 PMID 的相关内容。默认 pubmed_pubmed 是按标题、摘要和 MeSH 相似度排序的相似文献，并非引用关系；其他模式可取得 PMC 全文或基因、蛋白、核酸记录链接。

字段	类型	要求与约束
pmids	['字符串', '数组']	必填
link_type	字符串	可选; 默认值： "pubmed_pubmed"; 枚举： ["pubmed_pubmed", "pubmed_pmc", "pubmed_nucleotide", "pubmed_protein", "pubmed_gene"]
max_results	整数	可选

const result = await host.mcp("pubmed", "find_related_articles", {"pmids": ["35486828"], "link_type": "pubmed_pubmed"})

lookup_article_by_citation

通过 NCBI ecitmatch 将书目引文解析为 PMID。每条提供期刊、年份、卷、首页、作者或 key 等字段，至少两到三个有效字段有助于可靠匹配。

字段	类型	要求与约束
citations	对象数组	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "lookup_article_by_citation", {"citations": [{"journal": "Science", "year": 1987, "volume": "235", "first_page": "182", "author": "Palmenberg AC"}]})

convert_article_ids

通过 NCBI/PMC ID Converter 在 PMID、PMCID 与 DOI 之间转换。同次调用中的 ID 类型应一致，并与 id_type 匹配；可先确认是否存在 PMCID，再请求全文。

字段	类型	要求与约束
ids	['字符串', '数组']	必填
id_type	字符串	可选; 默认值： "pmid"; 枚举： ["pmid", "pmcid", "doi"]

const result = await host.mcp("pubmed", "convert_article_ids", {"ids": ["PMC9046468"], "id_type": "pmcid"})

get_full_text_article

通过 Europe PMC 获取 PMC 开放获取子集文章的结构化全文和许可。接受带或不带 PMC 前缀的 ID；不可获取时查看 fulltext_status。使用结果时注明来源并链接 DOI。

字段	类型	要求与约束
pmc_ids	['字符串', '数组']	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "get_full_text_article", {"pmc_ids": ["PMC9046468"]})

get_copyright_status

结合 PubMed 版权字段、PMC ID 转换和权限元数据，查询每个 PMID 的版权声明、许可类型、许可 URL 与年份，供内容复用前核对。

字段	类型	要求与约束
pmids	['字符串', '数组']	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "get_copyright_status", {"pmids": ["35891187", "34375400"]})

基因与本体

展开操作与参数

query_genes

通过 mygene.info 批量映射基因符号或标识，每次最多 1000 项。scopes 指定输入命名空间，fields 指定返回字段，species 指定物种；单个 term 不支持逗号。返回 not_found 与 records；多重匹配保留 query，并按输入顺序及 _id 排序。

字段	类型	要求与约束
terms	字符串数组	必填
scopes	字符串	可选
fields	字符串	可选; 默认值： "symbol,name,taxid,entrezgene,ensembl.gene"
species	字符串	可选

const result = await host.mcp("genes", "query_genes", {"terms": ["TP53", "BRCA1"], "scopes": "symbol,alias", "fields": "symbol,name,entrezgene,ensembl.gene", "species": "human"})

list_ontologies

列出 OLS4 本体。给出 ontology_ids 时获取对应元数据并列出 not_found；省略时完整分页获取目录，并核对总数。返回版本、状态、词条数等信息。

字段	类型	要求与约束
ontology_ids	字符串数组	可选

const result = await host.mcp("genes", "list_ontologies", {"ontology_ids": ["efo", "go", "mondo"]})

search_ontology_terms

按标签、同义词或标识搜索 OLS4 词条，可限制本体、精确匹配或是否包含废弃词条。返回总数、返回数、截断状态以及 CURIE、IRI、标签和说明。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
ontologies	字符串数组	可选
exact	布尔值	可选; 默认值： false
include_obsolete	布尔值	可选; 默认值： false
max_results	整数	可选; 默认值： 20

const result = await host.mcp("genes", "search_ontology_terms", {"query": "asthma", "ontologies": ["efo"], "max_results": 20})

get_ontology_term

获取本体词条详情或完整关联词条集合。relation 为空时返回标签、同义词、废弃状态和直接父类；指定 parents、children、ancestors、descendants 等关系时完整分页，并核对服务总数。ontology 使用小写 ID，term_id 支持 CURIE 或 IRI。

字段	类型	要求与约束
ontology	字符串	必填
term_id	字符串	必填
relation	字符串	可选; 枚举： ["parents", "children", "ancestors", "descendants", "hierarchicalParents", "hierarchicalChildren", "hierarchicalAncestors", "hierarchicalDescendants"]
include_parents	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("genes", "get_ontology_term", {"ontology": "go", "term_id": "GO:0006281", "relation": "children"})

get_go_annotations

从 QuickGO 获取 UniProt 基因产物的 GO 注释，并核对完整集合。可按功能类别、物种和证据筛选。证据须用预设或 ECO 编码，不能把 IDA/IEA 等三字母代码当作 ECO 参数。max_records 仅限制返回行；complete、truncated 和 total_annotations 说明覆盖范围。

字段	类型	要求与约束
uniprot_accession	字符串	必填
aspect	字符串	可选; 枚举： ["biological_process", "molecular_function", "cellular_component"]
evidence	字符串	可选
taxon_id	整数	可选
include_term_names	布尔值	可选; 默认值： false
max_records	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("genes", "get_go_annotations", {"uniprot_accession": "P04637", "aspect": "molecular_function", "evidence": "experimental_manual"})

get_uniprot_entries

批量获取 UniProtKB 记录。指定 fields 时返回选定字段的表格并忽略 format；否则 fasta 返回序列，txt 返回完整平面文本。missing 列出未找到的登录号。完整注释可能很大，通常先选择所需字段。

字段	类型	要求与约束
accessions	字符串数组	必填
format	字符串	可选; 枚举： ["fasta", "txt"]
fields	字符串数组	可选

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {"accessions": ["P04637", "P38398"], "fields": ["accession", "id", "protein_name", "gene_names", "organism_name", "length"]})

map_reactome_pathways

将基因符号或 UniProt 登录号映射到 Reactome 通路。id_type 与输入类型匹配，标识不得重复。compact 返回每项低层通路及 Reactome 发布信息；完整模式增加实体、反应统计和 identifiers_not_found。物种及分子资源视图应与研究输入一致。

字段	类型	要求与约束
identifiers	字符串数组	必填
id_type	字符串	必填; 枚举： ["symbol", "uniprot"]
species	字符串	可选; 默认值： "Homo sapiens"
resource	字符串	可选; 默认值： "TOTAL"
include_disease	布尔值	可选; 默认值： true
compact	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("genes", "map_reactome_pathways", {"identifiers": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "id_type": "symbol"})

基因组

展开操作与参数

ensembl_lookup

按 Ensembl 稳定 ID 或基因符号获取位置、生物类型、典型转录本等注释。符号查询使用 species，稳定 ID 查询忽略它；expand 可加入转录本、外显子和翻译树。未找到时 found 为 false、record 为 null。坐标为从 1 开始的闭区间。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
species	字符串	可选; 默认值： "homo_sapiens"
expand	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_lookup", {"query": "BRAF"})

ensembl_xrefs

获取 Ensembl 稳定 ID 到 HGNC、EntrezGene、UniProt、OMIM、RefSeq 等数据库的完整交叉引用。external_db 是精确数据库名筛选；结果按 dbname、primary_id 排序，未知 ID 返回 n_xrefs 为 0。

字段	类型	要求与约束
stable_id	字符串	必填
external_db	字符串	可选

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_xrefs", {"stable_id": "ENSG00000157764", "external_db": "HGNC"})

ensembl_vep_variant

用 Ensembl VEP 预测变异后果，variant_id 与 region 加 allele 两条输入路线二选一。区域使用对应组装、从 1 开始的闭区间；插入时 start 等于 end 加 1。按 HIGH、MODERATE、LOW、MODIFIER 排序后限制转录本结果，完整数量和截断标志单独返回。未知 rsID 返回上游错误。

字段	类型	要求与约束
variant_id	字符串	可选
region	字符串	可选
allele	字符串	可选
species	字符串	可选; 默认值： "homo_sapiens"
max_consequences	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_vep_variant", {"variant_id": "rs7412", "max_consequences": 25})

ensembl_homology

从 Ensembl Compara 查询直系同源、旁系同源或投影关系。gene_symbol 与 gene_id 二选一；符号先解析到稳定 ID。target_species 与 target_taxon 同时给出时为 OR 关系。返回精简记录、完整 n_total 和截断标志，不返回比对或序列。

字段	类型	要求与约束
gene_symbol	字符串	可选
gene_id	字符串	可选
homology_type	字符串	可选; 默认值： "orthologues"; 枚举： ["orthologues", "paralogues", "projections"]
target_species	字符串	可选
target_taxon	整数	可选
species	字符串	可选; 默认值： "homo_sapiens"
max_homologies	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_homology", {"gene_symbol": "BRAF", "target_species": "mus_musculus"})

ensembl_sequence

从 Ensembl 按稳定 ID 或基因组区域获取序列，两者二选一。区域是从 1 开始的闭区间，最长 10 Mb；ID 路线可选 genomic、cdna、cds 或适用的 protein。超过 max_bytes 时保留长度、哈希和元数据，省略 seq 并说明原因；需要全文时调整上限。

字段	类型	要求与约束
stable_id	字符串	可选
region	字符串	可选
species	字符串	可选; 默认值： "homo_sapiens"
seq_type	字符串	可选; 默认值： "genomic"; 枚举： ["genomic", "cdna", "cds", "protein"]
max_bytes	整数	可选; 默认值： 400000

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_sequence", {"stable_id": "ENSP00000288602", "seq_type": "protein"})

ensembl_overlap_region

列出与 Ensembl 区域重叠的基因、转录本、调控元件、重复或变异等特征。区域是从 1 开始的闭区间，超过 5 Mb 需拆分。返回完整 n_total、按起点和 ID 排序的特征及 features_truncated；空区域返回 0 项。

字段	类型	要求与约束
region	字符串	必填
feature	字符串	可选; 默认值： "gene"; 枚举： ["gene", "transcript", "exon", "cds", "regulatory", "motif", "repeat", "variation", "structural_variation", "band", "simple", "misc"]
species	字符串	可选; 默认值： "homo_sapiens"
max_features	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_overlap_region", {"region": "7:140719327-140925199", "feature": "gene"})

ucsc_list_tracks

列出 UCSC 指定组装的可查询叶级轨道，可按名称或标签进行不区分大小写的筛选。返回轨道名称、类型、所属组、完整匹配数及截断状态。首次访问某组装会加载并缓存完整目录，建议先用 filter_text 缩小结果。

字段	类型	要求与约束
genome	字符串	可选; 默认值： "hg38"
filter_text	字符串	可选
max_tracks	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_list_tracks", {"genome": "hg38", "filter_text": "phyloP", "max_tracks": 50})

ucsc_track_data

获取 UCSC 指定轨道在区域中的原始记录。chrom 须含 chr 前缀，start/end 使用从 0 开始的半开区间；Ensembl 起点需减 1。返回行结构取决于轨道，truncated 反映上游限制；若提供 dataDownloadUrl，可用它获取大规模数据。

字段	类型	要求与约束
track	字符串	必填
chrom	字符串	必填
start	整数	必填
end	整数	必填
genome	字符串	可选; 默认值： "hg38"
max_rows	整数	可选; 默认值： 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_track_data", {"track": "cpgIslandExt", "chrom": "chr7", "start": 140700000, "end": 140800000, "genome": "hg38"})

ucsc_conservation

汇总 UCSC phyloP 或 phastCons 区域保守性。坐标从 0 开始、右端不含，窗口最长 100000 bp；统计按覆盖碱基加权，未覆盖碱基不会当作零分。可附带受 max_values 限制的逐碱基值；上游截断会报错。

字段	类型	要求与约束
chrom	字符串	必填
start	整数	必填
end	整数	必填
genome	字符串	可选; 默认值： "hg38"
track	字符串	可选; 默认值： "phyloP100way"
include_values	布尔值	可选; 默认值： false
max_values	整数	可选; 默认值： 2000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_conservation", {"chrom": "chr7", "start": 140753330, "end": 140753380, "track": "phyloP100way"})

ucsc_tfbs_clusters

获取指定区域重叠的 ENCODE 转录因子结合位点聚类。支持 hg38 或 hg19 对应轨道；坐标从 0 开始、右端不含。返回因子集合、聚类位置、分数、支持实验数和截断状态，便于进一步检查支持证据。

字段	类型	要求与约束
chrom	字符串	必填
start	整数	必填
end	整数	必填
genome	字符串	可选; 默认值： "hg38"
max_rows	整数	可选; 默认值： 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_tfbs_clusters", {"chrom": "chr7", "start": 140699000, "end": 140760000, "genome": "hg38"})

ucsc_chrom_sizes

获取 UCSC 组装的染色体与 contig 名称、长度，可按名称筛选。返回组装总数、筛选后数量和截断标志；长度用于校验坐标，不能把备用或未定位序列误作主染色体。

字段	类型	要求与约束
genome	字符串	可选; 默认值： "hg38"
filter_text	字符串	可选
max_chroms	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_chrom_sizes", {"genome": "hg38", "filter_text": "chr1", "max_chroms": 25})

变异

展开操作与参数

get_variant

按 gnomAD 短变异 ID 查询群体频率。variant_id 使用 chrom-pos-ref-alt，坐标必须匹配 dataset 的参考组装。rsID 先通过 search_variants 解析。

字段	类型	要求与约束
variant_id	字符串	必填
dataset	字符串	可选; 默认值： "gnomad_r4"; 枚举： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "get_variant", {"variant_id": "19-44908822-C-T", "dataset": "gnomad_r4"})

search_variants

在 gnomAD 中按 rsID、变异 ID 或前缀搜索，返回可供 get_variant 使用的 chrom-pos-ref-alt 标识。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
dataset	字符串	可选; 默认值： "gnomad_r4"; 枚举： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "search_variants", {"query": "rs7412", "dataset": "gnomad_r4"})

gene_variants

列出一个基因在 gnomAD 中的全部短变异。gene_symbol 与 gene_id 必须二选一；大基因可能返回数千行。

字段	类型	要求与约束
gene_symbol	字符串	可选
gene_id	字符串	可选
dataset	字符串	可选; 默认值： "gnomad_r4"; 枚举： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "gene_variants", {"gene_symbol": "APOE", "dataset": "gnomad_r4"})

gene_constraint

获取 gnomAD 基因约束指标，包括 pLI、功能缺失/错义/同义变异的观测期望比、90% 置信区间和 z 分数。gene_symbol 与 gene_id 二选一；结合指标定义与数据集解释基因对变异的耐受性。

字段	类型	要求与约束
gene_symbol	字符串	可选
gene_id	字符串	可选

const result = await host.mcp("variants", "gene_constraint", {"gene_symbol": "TP53"})

region_variants

列出 gnomAD 区域内全部短变异。染色体不带 chr 前缀，start/stop 为从 1 开始的闭区间，stop-start 不超过 1000000；更大区域分窗查询。坐标组装由 dataset 决定。

字段	类型	要求与约束
chrom	字符串	必填
start	整数	必填
stop	整数	必填
dataset	字符串	可选; 默认值： "gnomad_r4"; 枚举： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "region_variants", {"chrom": "1", "start": 55039475, "stop": 55064852, "dataset": "gnomad_r4"})

liftover_variant

通过 gnomAD 映射表在 GRCh37 与 GRCh38 间转换变异 ID。source_build 必须匹配输入坐标；方向错误可能得到零结果，而非报错。

字段	类型	要求与约束
variant_id	字符串	必填
source_build	字符串	可选; 默认值： "GRCh37"; 枚举： ["GRCh37", "GRCh38"]

const result = await host.mcp("variants", "liftover_variant", {"variant_id": "1-55516888-G-GA", "source_build": "GRCh37"})

clinvar_variants

获取 gnomAD 镜像中的基因 ClinVar 变异，包含临床意义、审核状态和星级。clinvar_release_date 标识所用快照；gene_symbol 与 gene_id 二选一。

字段	类型	要求与约束
gene_symbol	字符串	可选
gene_id	字符串	可选

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variants", {"gene_symbol": "BRCA1"})

structural_variants

列出 gnomAD 中与基因重叠的结构变异。gene_symbol 与 gene_id 二选一；dataset 需选择对应的 SV 数据发布，且组装与变异 ID 均随发布变化。

字段	类型	要求与约束
gene_symbol	字符串	可选
gene_id	字符串	可选
dataset	字符串	可选; 默认值： "gnomad_sv_r4"; 枚举： ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "structural_variants", {"gene_symbol": "TP53", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

get_structural_variant

按发布专属 SV ID 查询 gnomAD 结构变异。dataset 必须与该 ID 的来源发布一致，不能跨发布直接复用 ID。

字段	类型	要求与约束
sv_id	字符串	必填
dataset	字符串	可选; 默认值： "gnomad_sv_r4"; 枚举： ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "get_structural_variant", {"sv_id": "DEL_CHR17_A5250EA9", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

mitochondrial_variants

查询 gnomAD 线粒体变异及异质性计数 ac_het、ac_hom、max_heteroplasmy。基因路线与 region_start 加 region_stop 路线二选一。

字段	类型	要求与约束
gene_symbol	字符串	可选
gene_id	字符串	可选
region_start	整数	可选
region_stop	整数	可选
dataset	字符串	可选; 默认值： "gnomad_r4"; 枚举： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "mitochondrial_variants", {"gene_symbol": "MT-TL1", "dataset": "gnomad_r4"})

NCBI 联系邮箱在 Settings → Credentials → Literature access → Contact email 中保存，下方 ClinVar/dbSNP 查询使用此配置。

clinvar_search

直接检索 NCBI ClinVar，返回变异、临床意义、审核状态和星级。须配置供科研数据服务使用的联系邮箱。query 支持 Entrez 字段与布尔语法；返回总数及截断标志。上游繁忙出现 HTTP 500 时，可稍后重试一次。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
max_records	整数	可选; 默认值： 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_search", {"query": "BRCA1 pathogenic[CLIN_SIG]", "max_records": 50})

clinvar_get_records

批量获取 ClinVar VCV、RCV 或裸 variation ID 的完整记录，最多 50 项，支持带版本 VCV。需要联系邮箱；RCV 会解析到父 VCV。rsID 应使用 clinvar_variant_by_rsid；未找到输入会明确列出。

字段	类型	要求与约束
accessions	['字符串', '数组']	必填

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_get_records", {"accessions": ["VCV000045122", "RCV000019428", "45123"]})

clinvar_variant_by_rsid

按 dbSNP rsID 获取所有关联的 ClinVar variation 记录。需要联系邮箱；一个 rsID 可能对应多个替代等位基因的 VCV。total 是实际匹配总数，truncated 标记截断；零结果表示未找到关联记录。

字段	类型	要求与约束
rsid	字符串	必填
max_records	整数	可选; 默认值： 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variant_by_rsid", {"rsid": "rs121913529", "max_records": 50})

dbsnp_get_rsids

批量获取 dbSNP RefSNP 记录，最多 20 个 rsID。需要联系邮箱，否则返回 contact_email_required。包含组装定位、等位基因、群体频率和 ClinVar 关联；not_found 与超时未处理的 not_processed 分开列出。merged 状态应继续查询 merged_into。定位为从 1 开始的坐标，SPDI 使用从 0 开始的碱基间坐标。

字段	类型	要求与约束
rsids	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_get_rsids", {"rsids": ["rs7412", "rs429358"]})

dbsnp_search_by_region

按区域查询 dbSNP rsID。需要联系邮箱；坐标从 1 开始且包含终点，最长 1 Mb，必须匹配 assembly。返回总数、返回数、截断状态及实际 Entrez 查询；取得 ID 后可每批最多 20 项调用 dbsnp_get_rsids。

字段	类型	要求与约束
chrom	字符串	必填
start	整数	必填
stop	整数	必填
assembly	字符串	可选; 默认值： "GRCh38"; 枚举： ["GRCh38", "GRCh37"]
max_rsids	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_search_by_region", {"chrom": "19", "start": 44905000, "stop": 44910000, "assembly": "GRCh38"})

临床试验

展开操作与参数

search_trials

检索 ClinicalTrials.gov，可按疾病、干预、申办方、地点、状态、阶段和研究类型筛选。文本字段支持 Essie 查询语法；page_token 用于翻页，count_total 请求总数，advanced_query 可补充高级表达式。

字段	类型	要求与约束
condition	字符串	可选
intervention	字符串	可选
sponsor	字符串	可选
location	字符串	可选
status	字符串数组	可选
phase	字符串数组	可选
study_type	字符串	可选; 枚举： ["INTERVENTIONAL", "OBSERVATIONAL", "EXPANDED_ACCESS"]
advanced_query	字符串	可选
page_size	整数	可选; 默认值： 10; 最小值： 1; 最大值： 1000
page_token	字符串	可选
count_total	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_trials", {"condition": "lung cancer", "status": ["RECRUITING"], "phase": ["PHASE3"], "count_total": true, "page_size": 10})

get_trial_details

按 NCT ID 获取临床试验的资格条件、研究设计、终点、地点、申办方、日期、入组人数和结果链接。ID 为 NCT 加八位数字，裸数字会补前缀。

字段	类型	要求与约束
nct_id	字符串	必填

const result = await host.mcp("clinical-trials", "get_trial_details", {"nct_id": "NCT03661411"})

search_by_sponsor

按申办公司或机构名称部分匹配试验，可进一步限制疾病、阶段和状态。用 page_token 翻页，count_total 获取匹配总数。

字段	类型	要求与约束
sponsor_name	字符串	必填
condition	字符串	可选
phase	字符串数组	可选
status	字符串数组	可选
page_size	整数	可选; 默认值： 10; 最小值： 1; 最大值： 1000
page_token	字符串	可选
count_total	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_sponsor", {"sponsor_name": "Pfizer", "phase": ["PHASE3"], "count_total": true})

search_investigators

按疾病、机构、地点或姓名查找研究者和研究中心。institution 优先于 location；返回联系人、角色、机构、地点及 NCT ID。page_size 限制扫描的试验数量。

字段	类型	要求与约束
condition	字符串	可选
institution	字符串	可选
location	字符串	可选
investigator_name	字符串	可选
status	字符串数组	可选
page_size	整数	可选; 默认值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_investigators", {"condition": "Alzheimer", "institution": "Mayo Clinic", "page_size": 20})

analyze_endpoints

分析主要、次要及其他终点。nct_id 对应单试验路线，condition 对应跨试验汇总；同时给出时优先 nct_id。汇总可限制阶段和起始日期，结果范围受 page_size 限制。

字段	类型	要求与约束
nct_id	字符串	可选
condition	字符串	可选
phase	字符串数组	可选
start_date_after	字符串	可选
page_size	整数	可选; 默认值： 50; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "analyze_endpoints", {"nct_id": "NCT03661411"})

search_by_eligibility

根据资格条件筛选试验，默认仅招募中。min_age/max_age 表示患者年龄，与试验允许范围匹配；sex 匹配接受相应性别的试验。至少提供一项疾病、资格关键词、年龄或性别条件，并用 page_token 翻页。匹配结果仍需研究团队核实资格。

字段	类型	要求与约束
condition	字符串	可选
eligibility_keywords	字符串	可选
min_age	字符串	可选
max_age	字符串	可选
sex	字符串	可选; 枚举： ["ALL", "MALE", "FEMALE"]
status	字符串数组	可选
page_size	整数	可选; 默认值： 10; 最小值： 1; 最大值： 1000
page_token	字符串	可选

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_eligibility", {"condition": "diabetes", "min_age": "65 Years", "sex": "FEMALE"})

临床基因组学

展开操作与参数

clingen_gene_validity

查询 ClinGen 基因与疾病关系有效性评估，涵盖 Definitive、Strong、Moderate、Limited、Disputed 等等级。省略 gene 时列出全部评估。

字段	类型	要求与约束
gene	字符串	可选

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_gene_validity", {"gene": "BRCA2"})

clingen_dosage_sensitivity

查询 ClinGen 剂量敏感性评估，包括单倍剂量不足和三倍剂量敏感性，可包含 ISCA 区域。基因符号或 ISCA ID 精确筛选；省略则返回全表。

字段	类型	要求与约束
gene	字符串	可选
include_regions	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_dosage_sensitivity", {"gene": "TP53"})

clingen_actionability

查询 ClinGen 临床可干预性评估，包括疾病、干预与结局，以及严重性、可能性、有效性和干预性质评分。基因筛选可匹配多基因主题中的任一成员。

字段	类型	要求与约束
gene	字符串	可选
context	字符串	可选; 默认值： "both"; 枚举： ["adult", "pediatric", "both"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_actionability", {"gene": "BRCA1", "context": "adult"})

clingen_variant_classifications

获取 ClinGen ERepo 专家组依据 ACMG 标准给出的变异分类。gene、caid、hgvs 必须且只能提供一项；完整获取匹配记录。

字段	类型	要求与约束
gene	字符串	可选
caid	字符串	可选
hgvs	字符串	可选

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_variant_classifications", {"gene": "BRCA1"})

civic_search_genes

按精确 Entrez 符号查找 CIViC 基因，完整分页并核对数量。返回的 CIViC gene ID 可用于 civic_gene_variants。

字段	类型	要求与约束
entrez_symbol	字符串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_genes", {"entrez_symbol": "BRAF"})

civic_gene_variants

按 CIViC gene ID 获取该基因全部变异，完整分页并按变异 ID 排序。

字段	类型	要求与约束
gene_id	整数	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_gene_variants", {"gene_id": 5})

civic_get_variant

按 CIViC variant ID 获取别名、类型、基因关联及适用的坐标；不存在时 found 为 false。

字段	类型	要求与约束
variant_id	整数	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_variant", {"variant_id": 12})

civic_search_variants

按名称子串检索 CIViC 变异，可限定 CIViC gene ID；完整分页并按变异 ID 排序。

字段	类型	要求与约束
name	字符串	必填
gene_id	整数	可选

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_variants", {"name": "V600", "gene_id": 5})

civic_get_evidence_item

获取一个 CIViC 证据条目，包含疾病/治疗背景、证据等级 A–E、类型、方向、临床意义、评分和来源；不存在时 found 为 false。

字段	类型	要求与约束
evidence_id	整数	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_evidence_item", {"evidence_id": 1409})

civic_search_evidence

按筛选条件检索 CIViC 证据，完整分页并核对数量。枚举值必须原样使用 GraphQL 定义，如 SUPPORTS、DOES_NOT_SUPPORT、ACCEPTED。至少给出一个条件，避免无条件遍历整个证据库。

字段	类型	要求与约束
disease_name	字符串	可选
therapy_name	字符串	可选
evidence_level	字符串	可选
evidence_type	字符串	可选
evidence_direction	字符串	可选
significance	字符串	可选
variant_origin	字符串	可选
evidence_rating	整数	可选
status	字符串	可选
molecular_profile_name	字符串	可选
molecular_profile_id	整数	可选
variant_id	整数	可选
disease_id	整数	可选
therapy_id	整数	可选
phenotype_id	整数	可选
source_id	整数	可选
assertion_id	整数	可选

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_evidence", {"disease_name": "melanoma", "evidence_level": "A"})

civic_get_assertion

获取一个 CIViC 专家断言，包含分子谱在疾病/治疗背景下的证据汇总、AMP/ASCO/CAP 分级、ACMG/ClinGen 代码及适用的伴随诊断标志；不存在时 found 为 false。

字段	类型	要求与约束
assertion_id	整数	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_assertion", {"assertion_id": 7})

civic_search_assertions

检索 CIViC 专家断言，支持类型、方向、等级和状态组合筛选；完整分页、核对数量并按 ID 排序。无筛选条件会遍历整个集合。

字段	类型	要求与约束
disease_name	字符串	可选
therapy_name	字符串	可选
assertion_type	字符串	可选
assertion_direction	字符串	可选
significance	字符串	可选
amp_level	字符串	可选
status	字符串	可选
molecular_profile_name	字符串	可选
molecular_profile_id	整数	可选
variant_id	整数	可选
variant_name	字符串	可选
disease_id	整数	可选
therapy_id	整数	可选
phenotype_id	整数	可选
evidence_id	整数	可选
summary	字符串	可选

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_assertions", {"disease_name": "melanoma"})

civic_get_molecular_profile

按 ID 获取 CIViC 分子谱，包括名称、评分和组成变异；证据与断言关联到该变异组合。不存在时 found 为 false。

字段	类型	要求与约束
mp_id	整数	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_molecular_profile", {"mp_id": 12})

civic_search_molecular_profiles

按名称子串检索 CIViC 分子谱，完整分页并按 ID 排序。

字段	类型	要求与约束
name	字符串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_molecular_profiles", {"name": "BRAF V600E"})

civic_search_diseases

按名称子串检索 CIViC 疾病，返回 DOID 与名称，完整分页并按 ID 排序。

字段	类型	要求与约束
name	字符串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_diseases", {"name": "melanoma"})

civic_search_therapies

按名称子串检索 CIViC 治疗，返回 NCIt ID 与名称，完整分页并按 ID 排序。

字段	类型	要求与约束
name	字符串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_therapies", {"name": "vemurafenib"})

open_targets_graphql

向 Open Targets Platform 提交 GraphQL 查询，可查询靶标、疾病、药物、关联、证据、可成药性与安全性。支持内省查询；上游 knownDrugs 字段已改名为 drugAndClinicalCandidates。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
variables	对象	可选

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_graphql", {"query": "query($id: String!){ target(ensemblId: $id){ approvedSymbol associatedDiseases{ count } } }", "variables": {"id": "ENSG00000157764"}})

open_targets_disease_drugs

按疾病本体 ID 获取 Open Targets 的已知或在研药物，封装 Disease.drugAndClinicalCandidates。efo_id 可为 EFO、MONDO 等 ID。

字段	类型	要求与约束
efo_id	字符串	必填
size	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_drugs", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

open_targets_disease_targets

按 Open Targets 综合关联分数，获取疾病关联排名靠前的靶标。efo_id 使用疾病本体 ID。

字段	类型	要求与约束
efo_id	字符串	必填
size	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_targets", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

open_targets_drug

按 ChEMBL ID 获取 Open Targets 药物详情，包括名称、类型、最高临床阶段及靶标/作用机制。

字段	类型	要求与约束
chembl_id	字符串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_drug", {"chembl_id": "CHEMBL1201583"})

结构与相互作用

展开操作与参数

emdb_get_entries

获取 EMDB 冷冻电镜条目元数据，接受 EMD-1234 或数字形式。包含方法、分辨率、日期、样本、拟合 PDB、引文及体素信息；未报告值为 null。废弃记录含 is_obsolete 和 superseded_by，未知 ID 明确报 not_found。仅取元数据，不下载密度图体数据。

字段	类型	要求与约束
emdb_ids	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entries", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "emd-3061", "1234"]})

emdb_search_entries

用 Solr 语法检索 EMDB，分页获取精简记录。num_found_released 为服务报告的已发布数量；搜索也可能包含 OBS 废弃记录。released_complete 说明是否取得全部发布匹配，受 max_rows 和数量一致性影响。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
max_rows	整数	可选; 默认值： 1000

const result = await host.mcp("structures", "emdb_search_entries", {"query": "title:\"apoferritin\" AND resolution:[0 TO 1.5]", "max_rows": 500})

emdb_get_entry_section

获取 EMDB 指定元数据章节：publications、map、sample 或 imaging。包括完整作者、密度图参数、分子组成或显微镜实验条件。未知条目明确返回 not_found；只需摘要时先用 emdb_get_entries。

字段	类型	要求与约束
emdb_ids	字符串数组	必填
section	字符串	必填; 枚举： ["publications", "map", "sample", "imaging"]

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entry_section", {"emdb_ids": ["EMD-11638"], "section": "imaging"})

emdb_get_validation

获取 EMDB 验证分析的数值指标，如 Q-score、原子包含率、等值面和模型/密度图比例。仅返回上游实际计算的项目；缺失值为 null，无分析时 has_validation_analysis 为 false。

字段	类型	要求与约束
emdb_ids	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_validation", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "EMD-3061"]})

complexportal_get_complexes

按 CPX 登录号获取 Complex Portal 人工整理的复合物，包含名称、物种、参与物、化学计量、角色、ECO/GO 和交叉引用。按输入顺序返回，未知 ID 列入 not_found。二元相互作用实验依据应查 IntAct。

字段	类型	要求与约束
complex_acs	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_get_complexes", {"complex_acs": ["CPX-2158", "CPX-2419"]})

complexportal_search_by_participant

按 UniProt、ChEBI 或 RNAcentral 参与物 ID 检索 Complex Portal。participants_only 为 true 时仅匹配已整理的实际参与物；false 也匹配自由文本。完整分页并核对数量，取得 ID 后用 complexportal_get_complexes 查详情。

字段	类型	要求与约束
accession	字符串	必填
participants_only	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_search_by_participant", {"accession": "P69905", "participants_only": true})

intact_fetch_interactions

获取匹配查询的 IntAct 二元相互作用，支持 UniProt、符号、自由文本或 Solr 语法，并可按 MI 分数与物种筛选。完整获取并核对总数后，max_records_returned 仅限制输出行；records_truncated 标明输出截断。记录包含互作双方、检测方法、实验角色、分数和文献。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
min_mi_score	数值	可选; 默认值： 0
max_mi_score	数值	可选; 默认值： 1
interactor_species	字符串数组	可选
max_records_returned	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("structures", "intact_fetch_interactions", {"query": "P04637", "min_mi_score": 0.45, "interactor_species": ["Homo sapiens"], "max_records_returned": 200})

intact_get_interactor

将分子解析为全部匹配的 IntAct interactor 记录。一个 UniProt 登录号可能对应标准蛋白、链或亚型，返回 n_matches，不自动只选一个。记录含标识、物种、类型和相互作用数量。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interactor", {"query": "P04637"})

intact_get_interaction_details

按 IntAct interaction AC 获取一条互作的完整整理信息，包括方法、文献、动力学/亲和力、可信度和参与物角色。可关闭参与物详情；未知 AC 返回 not_found。

字段	类型	要求与约束
interaction_ac	字符串	必填
include_participants	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interaction_details", {"interaction_ac": "EBI-15635490", "include_participants": true})

intact_build_network

围绕 UniProt 种子蛋白构建一层 IntAct 网络。先完整获取每个种子的互作，再在节点集合内扩展有限数量的伙伴；expansion.complete 为 false 时仍可能遗漏伙伴之间的边。返回节点、边和每个种子的获取统计。种子较多会增加完整分页请求量。

字段	类型	要求与约束
seed_accessions	字符串数组	必填
min_mi_score	数值	可选; 默认值： 0.45
max_interactors_expanded	整数	可选; 默认值： 25
interactor_species	字符串数组	可选

const result = await host.mcp("structures", "intact_build_network", {"seed_accessions": ["P04637", "Q00987"], "min_mi_score": 0.45, "max_interactors_expanded": 25})

pdb_search_structures

按属性组合检索 RCSB PDB，至少提供一个条件，各条件为 AND。默认只检索实验结构，可用 include_computed_models 纳入预测结构。返回 ID、相关性分数、总数和截断状态；需用 pdb_get_structures 获取元数据。

字段	类型	要求与约束
text	字符串	可选
organism	字符串	可选
taxonomy_id	整数	可选
uniprot_accession	字符串	可选
experimental_method	字符串	可选
max_resolution_angstrom	数值	可选
ligand_comp_id	字符串	可选
include_computed_models	布尔值	可选; 默认值： false
max_rows	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_structures", {"uniprot_accession": "P04637", "experimental_method": "X-RAY DIFFRACTION", "max_rows": 50})

pdb_get_structures

批量获取最多 25 个 PDB 条目的标题、方法、分辨率、日期、状态、实体/组装数量、配体与引文。ID 不区分大小写并去重；未知 ID 返回 not_found。仅返回元数据，不下载坐标文件。

字段	类型	要求与约束
pdb_ids	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {"pdb_ids": ["1TUP", "1tup", "6XYZ"]})

pdb_get_entities

获取 PDB 聚合物实体、链、序列长度、物种和 UniProt 映射。每次最多 25 个实体，大组装应从完整 ID 列表分批指定；明确子集时条目总数为 null。可加入序列，超出 max_bytes 时省略序列并说明原因，保留元数据。

字段	类型	要求与约束
pdb_id	字符串	必填
entity_ids	字符串数组	可选
include_sequences	布尔值	可选; 默认值： false
max_bytes	整数	可选; 默认值： 400000

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_entities", {"pdb_id": "1TUP", "include_sequences": true})

pdb_get_ligands

获取 PDB 条目的非聚合物配体及化学属性，不包括水。返回实际实体总数及截断标志，每次上限 25 个配体；部分缺失实体/组分单独标为 not_found，无配体时返回空列表。

字段	类型	要求与约束
pdb_id	字符串	必填
max_ligands	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_ligands", {"pdb_id": "1TUP"})

alphafold_get_prediction

按 UniProt 登录号获取 AlphaFold DB 预测结构元数据。一个登录号可有多个模型或提供方；检查 provider_id、tool_used、序列范围、模型版本、pLDDT 与置信区间比例。返回坐标、PAE、MSA 等可用下载 URL，不直接下载内容。无预测时 has_model 为 false。

字段	类型	要求与约束
uniprot_accession	字符串	必填
include_sequence	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_get_prediction", {"uniprot_accession": "P04637"})

alphafold_check_coverage

批量检查最多 40 个不同 UniProt 登录号的 AlphaFold DB 覆盖。空值和重复项单独计数，结果按输入顺序返回，每项包含是否有模型及首个模型摘要；无模型和标识错误分别报告。

字段	类型	要求与约束
uniprot_accessions	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_check_coverage", {"uniprot_accessions": ["P04637", "P38398", "Q9Y6K9"]})

ChEMBL

展开操作与参数

compound_search

按名称、ChEMBL ID 或 SMILES 检索化合物，至少提供一种输入。SMILES 配合 similarity_threshold 为相似性检索，否则为子结构检索；结构遍历受上限约束并标注截断。按适应证找药物应使用 drug_search。

字段	类型	要求与约束
name	字符串	可选
chembl_id	字符串	可选
smiles	字符串	可选
similarity_threshold	整数	可选; 最小值： 70; 最大值： 100
max_phase	整数	可选; 枚举： [0, 1, 2, 3, 4]
limit	整数	可选; 默认值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "compound_search", {"name": "aspirin", "limit": 5})

drug_search

按 EFO 适应证检索已批准药物或临床候选物，将适应证关联到母体分子及撤市/黑框警告。only_approved 限制为 phase 4；可再按分子 ID、药名和临床阶段筛选。

字段	类型	要求与约束
indication	字符串	必填
drug_name	字符串	可选
molecule_chembl_id	字符串	可选
max_phase	整数	可选; 枚举： [0, 1, 2, 3, 4]
only_approved	布尔值	可选; 默认值： false
limit	整数	可选; 默认值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "drug_search", {"indication": "hypertension", "only_approved": true, "limit": 10})

get_admet

获取 ChEMBL 结构计算属性用于类药性/ADMET 初筛，包括 ALogP、分子量、PSA、氢键供受体、旋转键、规则违反数和 QED。这些是计算属性，不是实验 ADMET 测量。

字段	类型	要求与约束
molecule_chembl_id	字符串	必填

const result = await host.mcp("chembl", "get_admet", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

get_bioactivity

检索 ChEMBL 化合物与靶标的生物活性测量，如 IC50、Ki、Kd、EC50。可按分子、靶标、类型、pChEMBL、数值范围和单位筛选；返回按 activity_id 排序的一页及效力摘要。

字段	类型	要求与约束
molecule_chembl_id	字符串	可选
target_chembl_id	字符串	可选
activity_type	字符串	可选; 枚举： ["IC50", "EC50", "Ki", "Kd", "AC50", "GI50", "ED50", "Potency"]
min_pchembl	数值	可选; 最小值： 0; 最大值： 14
min_value	数值	可选
max_value	数值	可选
unit	字符串	可选; 枚举： ["nM", "uM", "mM", "pM", "M"]
limit	整数	可选; 默认值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "get_bioactivity", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25", "activity_type": "IC50", "limit": 10})

get_mechanism

获取 ChEMBL 药物或临床候选物的作用机制。可按分子、靶标和 action_type 筛选；盐形式无结果时尝试母体分子。返回按 mec_id 排序的一页及作用类型汇总。

字段	类型	要求与约束
molecule_chembl_id	字符串	可选
target_chembl_id	字符串	可选
action_type	字符串	可选; 枚举： ["INHIBITOR", "AGONIST", "ANTAGONIST", "BLOCKER", "MODULATOR", "OPENER", "ACTIVATOR", "POSITIVE ALLOSTERIC MODULATOR", "NEGATIVE ALLOSTERIC MODULATOR", "PARTIAL AGONIST", "INVERSE AGONIST"]
limit	整数	可选; 默认值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "get_mechanism", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

target_search

检索 ChEMBL 生物靶标，包括蛋白、复合物、家族和物种。支持 ID、精确基因符号、名称、物种或类型筛选；结果包含组成部分的 UniProt ID 和有上限的交叉引用。

字段	类型	要求与约束
target_name	字符串	可选
gene_symbol	字符串	可选
target_chembl_id	字符串	可选
organism	字符串	可选
target_type	字符串	可选; 枚举： ["SINGLE PROTEIN", "PROTEIN COMPLEX", "PROTEIN FAMILY", "ORGANISM", "TISSUE", "CELL-LINE", "NUCLEIC-ACID", "SUBCELLULAR"]
limit	整数	可选; 默认值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "target_search", {"gene_symbol": "EGFR", "organism": "Homo sapiens", "limit": 5})

bioRxiv

展开操作与参数

get_categories

列出 bioRxiv 学科类别及 API 使用的 slug，例如 cancer biology 对应 cancer_biology。检索前用此操作确认合法类别。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_categories", {})

search_preprints

按日期和可选类别检索 bioRxiv/medRxiv 预印本。日期范围、recent_days、recent_count 三选一；都不提供时取最近 60 天。没有关键词检索；用 cursor 翻页。返回 DOI、标题、作者、日期、类别、版本和短摘要。

字段	类型	要求与约束
server	字符串	可选; 默认值： "biorxiv"; 枚举： ["biorxiv", "medrxiv"]
category	字符串	可选; 枚举： ["animal behavior and cognition", "biochemistry", "bioengineering", "bioinformatics", "biophysics", "cancer biology", "cell biology", "clinical trials", "developmental biology", "ecology", "epidemiology", "evolutionary biology", "genetics", "genomics", "immunology", "microbiology", "molecular biology", "neuroscience", "paleontology", "pathology", "pharmacology and toxicology", "physiology", "plant biology", "scientific communication and education", "synthetic biology", "systems biology", "zoology"]
date_from	字符串	可选
date_to	字符串	可选
recent_days	整数	可选; 最小值： 1
recent_count	整数	可选; 最小值： 1
limit	整数	可选; 默认值： 10; 最小值： 1; 最大值： 100
cursor	整数	可选; 默认值： 0; 最小值： 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_preprints", {"recent_days": 30, "category": "neuroscience", "limit": 20})

get_preprint

按 DOI 获取最新预印本的完整元数据，包括作者、机构、摘要、许可、版本、资助、JATS XML 及 PDF/网页链接；有期刊发表记录时提供期刊 DOI。预印本本身未经同行评审。

字段	类型	要求与约束
doi	字符串	可选
server	字符串	可选; 默认值： "biorxiv"; 枚举： ["biorxiv", "medrxiv"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_preprint", {"doi": "10.1101/339747"})

search_published_preprints

查找后续发表于同行评审期刊的预印本及关联 DOI。日期选择规则同 search_preprints；include_details 可控制详细程度。publisher 使用期刊 DOI 前缀筛选，仅用于 bioRxiv 的该路线。

字段	类型	要求与约束
server	字符串	可选; 默认值： "biorxiv"; 枚举： ["biorxiv", "medrxiv"]
publisher	字符串	可选
include_details	布尔值	可选; 默认值： true
date_from	字符串	可选
date_to	字符串	可选
recent_days	整数	可选; 最小值： 1
recent_count	整数	可选; 最小值： 1
limit	整数	可选; 默认值： 10; 最小值： 1; 最大值： 100
cursor	整数	可选; 默认值： 0; 最小值： 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_published_preprints", {"publisher": "10.1038", "date_from": "2024-01-01", "date_to": "2024-01-05", "limit": 10})

search_by_funder

按资助方 ROR ID 或 URL 查找预印本。必须给出明确日期范围；资助元数据自 2025-04-10 起提供。可限制类别并用 cursor 翻页。

字段	类型	要求与约束
funder_ror_id	字符串	可选
date_from	字符串	可选
date_to	字符串	可选
server	字符串	可选; 默认值： "biorxiv"; 枚举： ["biorxiv", "medrxiv"]
category	字符串	可选; 枚举： ["animal behavior and cognition", "biochemistry", "bioengineering", "bioinformatics", "biophysics", "cancer biology", "cell biology", "clinical trials", "developmental biology", "ecology", "epidemiology", "evolutionary biology", "genetics", "genomics", "immunology", "microbiology", "molecular biology", "neuroscience", "paleontology", "pathology", "pharmacology and toxicology", "physiology", "plant biology", "scientific communication and education", "synthetic biology", "systems biology", "zoology"]
limit	整数	可选; 默认值： 10; 最小值： 1; 最大值： 100
cursor	整数	可选; 默认值： 0; 最小值： 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_by_funder", {"funder_ror_id": "021nxhr62", "date_from": "2025-04-10", "date_to": "2025-05-10", "limit": 10})

get_content_statistics

按月或年获取 bioRxiv 历史投稿统计，包括新增、修订和累计数量。

字段	类型	要求与约束
interval	字符串	可选; 默认值： "monthly"; 枚举： ["monthly", "yearly"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_content_statistics", {"interval": "yearly"})

get_usage_statistics

按月或年获取 bioRxiv 摘要浏览、全文浏览、PDF 下载及累计使用统计。

字段	类型	要求与约束
interval	字符串	可选; 默认值： "monthly"; 枚举： ["monthly", "yearly"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_usage_statistics", {"interval": "yearly"})

药品监管

展开操作与参数

search_drug_applications

按品牌、通用名、成分、申办方、上市状态、剂型、途径或药理类别检索 Drugs@FDA 申请。generic 和 pharm_class 依赖旧记录可能缺少的 openfda 字段。返回实际总数和截断标志；大范围检索应按提交日期缩小窗口。

字段	类型	要求与约束
brand	字符串	可选
generic	字符串	可选
active_ingredient	字符串	可选
sponsor	字符串	可选
marketing_status	字符串	可选; 枚举： ["Prescription", "Over-the-counter", "Discontinued", "None (Tentative Approval)"]
dosage_form	字符串	可选
route	字符串	可选
pharm_class	字符串	可选
pharm_class_type	字符串	可选; 枚举： ["epc", "moa", "cs", "pe"]
search_type	字符串	可选; 默认值： "and"; 枚举： ["and", "or"]
submission_date_from	字符串	可选
submission_date_to	字符串	可选
raw_search	字符串	可选
max_records	整数	可选; 默认值： 50

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_applications", {"generic": "ATORVASTATIN CALCIUM", "marketing_status": "Prescription", "max_records": 25})

get_drug_application

按 NDA、ANDA 或 BLA 申请号获取 Drugs@FDA 完整记录，包括申办方、产品、成分/强度、剂型、给药途径、上市状态、TE code 和提交历史。

字段	类型	要求与约束
application_number	字符串	必填

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_application", {"application_number": "NDA020702"})

count_drug_applications

按一个字段汇总 Drugs@FDA 申请数量，可使用与检索相同的筛选条件。count_field 支持便捷名称或原始 openFDA 字段路径；分析型字段需要时自行添加 .exact。

字段	类型	要求与约束
count_field	字符串	必填
brand	字符串	可选
generic	字符串	可选
active_ingredient	字符串	可选
sponsor	字符串	可选
marketing_status	字符串	可选
dosage_form	字符串	可选
route	字符串	可选
pharm_class	字符串	可选
pharm_class_type	字符串	可选; 枚举： ["epc", "moa", "cs", "pe"]
search_type	字符串	可选; 默认值： "and"; 枚举： ["and", "or"]
submission_date_from	字符串	可选
submission_date_to	字符串	可选
raw_search	字符串	可选
max_buckets	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "count_drug_applications", {"count_field": "marketing_status"})

get_drug_statistics

获取 Drugs@FDA 全库统计，包括申请总数、上市状态、主要剂型/途径和申办方数量。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_statistics", {})

list_pharmacologic_classes

列出药理类别及申请数量。统计仅覆盖含对应 openfda.pharm_class 字段的记录。

字段	类型	要求与约束
class_type	字符串	可选; 默认值： "epc"; 枚举： ["epc", "moa", "cs", "pe"]
max_buckets	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "list_pharmacologic_classes", {"class_type": "epc", "max_buckets": 50})

get_generic_equivalents

根据品牌药的参考申请解析准确活性成分集合，再查找成分集合匹配的 Drugs@FDA 产品，返回 TE code 和上市状态供核对。

字段	类型	要求与约束
brand	字符串	必填

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_generic_equivalents", {"brand": "Lipitor"})

search_drug_labels

按成分、名称或给药途径获取 FDA SPL 药品标签，可选择标签章节。exact 使用精确字段；raw_search 与映射筛选条件互斥。返回内容用于核对来源标签。

字段	类型	要求与约束
active_ingredient	字符串	可选
generic_name	字符串	可选
brand_name	字符串	可选
route	字符串	可选
product_type	字符串	可选; 枚举： ["HUMAN PRESCRIPTION DRUG", "HUMAN OTC DRUG"]
exact	布尔值	可选; 默认值： false
raw_search	字符串	可选
sections	字符串数组	可选
max_records	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_labels", {"brand_name": "Tylenol", "max_records": 5})

人类遗传学

展开操作与参数

gwas_associations_for_variant

获取 GWAS Catalog 中一个 rsID 的关联，按 p 值从小到大返回。须使用当前 rsID，合并或退役 ID 可能零结果。api_total 为总数，truncated 标记上限；OR 与 beta 按结局类型分别提供。p_value 为 0 可能是浮点下溢，应读取尾数和指数。

字段	类型	要求与约束
rs_id	字符串	必填
max_records	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_variant", {"rs_id": "rs7412", "max_records": 100})

gwas_associations_for_gene

按基因符号获取 GWAS Catalog 映射到该基因的变异关联。映射来自目录的 Ensembl 流程，并非作者报告；基因间变异可能映射到侧翼基因。使用规范大写符号，结果按 p 值排序并标记截断。

字段	类型	要求与约束
gene_symbol	字符串	必填
max_records	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_records": 100})

gwas_associations_for_trait

按当前性状 ID 或精确标签获取 GWAS 关联，两者二选一。历史 EFO ID 可能已迁移到 MONDO/HP，先用 gwas_search_traits 解析。未知 ID/标签返回零结果。

字段	类型	要求与约束
efo_id	字符串	可选
efo_trait	字符串	可选
max_records	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_trait", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 100})

gwas_search_traits

按标签子串检索 GWAS 性状，返回名称、ID、URI、总数和截断状态。目录混合 EFO、MONDO、HP、OBA 等命名空间，不能假设所有 ID 都以 EFO 开头。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
max_records	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_traits", {"query": "coronary", "max_records": 50})

gwas_search_studies

按性状注释或 PubMed ID 检索 GWAS 研究，至少提供一个筛选条件，多个条件为 AND。返回研究 ID、样本规模、祖源、分型平台、队列及汇总统计可用性，并核对总数。

字段	类型	要求与约束
efo_id	字符串	可选
efo_trait	字符串	可选
pubmed_id	字符串	可选
max_records	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_studies", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 50})

gwas_get_study

按 GCST 登录号获取一个 GWAS 研究详情；未知 ID 时 found 为 false、study 为 null。

字段	类型	要求与约束
accession_id	字符串	必填

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_study", {"accession_id": "GCST90841394"})

gwas_get_variant

按 rsID 获取 GWAS Catalog 变异的位置、映射基因与后果，位置使用 GRCh38。merged 为 1 表示上游合并记录；未收录时 variant 为 null。

字段	类型	要求与约束
rs_id	字符串	必填

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_variant", {"rs_id": "rs7412"})

eqtl_list_datasets

列出 eQTL Catalogue 数据集，每项对应研究、组织/细胞类型及定量方法。可按精确研究名、组织标签或 quant_method 筛选。返回 QTD ID 及元数据；上游不提供总数，truncated 为 false 表示已遍历完毕。

字段	类型	要求与约束
study_label	字符串	可选
tissue_label	字符串	可选
quant_method	字符串	可选
max_records	整数	可选; 默认值： 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_list_datasets", {"study_label": "Alasoo_2018", "quant_method": "ge"})

eqtl_associations

查询一个 QTD 数据集的分子 QTL，至少指定 gene_id、rsid、variant 或 pos。使用 GRCh38；variant 含 chr 前缀和下划线，pos 区域不带 chr 前缀。仅覆盖数据集实际检验的 cis 窗口；空结果可表示未检验或未收录。检查 truncated 后再判断完整性。

字段	类型	要求与约束
dataset_id	字符串	必填
gene_id	字符串	可选
rsid	字符串	可选
variant	字符串	可选
pos	字符串	可选
nlog10p_min	数值	可选
max_records	整数	可选; 默认值： 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_associations", {"dataset_id": "QTD000266", "gene_id": "ENSG00000130203", "nlog10p_min": 2})

phewas_instances

列出可查询的 PheWeb 门户、参考组装和各自支持的接口。FinnGen 使用 GRCh38，BioBank Japan 使用 GRCh37/hg19；跨门户比较前先转换坐标。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_instances", {})

phewas_variant

获取一个变异在 PheWeb 生物库中的表型关联，按显著性排序。变异坐标必须匹配所选门户组装；返回总数、截断状态、变异元数据与效应/频率/样本数。上游未公布的字段为 null，未知变异报未找到。

字段	类型	要求与约束
instance	字符串	必填; 枚举： ["finngen", "bbj"]
variant	字符串	必填
max_phenos	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_variant", {"instance": "finngen", "variant": "19-44908822-C-T", "max_phenos": 50})

phewas_finngen_gene

获取 FinnGen 基因区域的 PheWAS：每个疾病终点选出区域内关联最强变异。该区域可超出基因边界；每个终点都有最优变异并不代表其显著，应按 p 值筛选。结果按显著性排序并标记截断。

字段	类型	要求与约束
gene_symbol	字符串	必填
max_phenos	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_finngen_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_phenos": 50})

phewas_list_phenotypes

获取 PheWeb 门户的表型目录及病例/对照数量。此接口目前支持 FinnGen；BBJ 应使用 phewas_search_phenotypes。检查返回数量与 truncated。

字段	类型	要求与约束
instance	字符串	可选; 默认值： "finngen"; 枚举： ["finngen"]
max_records	整数	可选; 默认值： 3000

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_list_phenotypes", {"instance": "finngen", "max_records": 3000})

phewas_search_phenotypes

按名称或代码检索 PheWeb 表型，也可能匹配基因或 rsID。支持 FinnGen 和 BBJ，返回 phenocode、显示名称及 URL；可用代码继续查看门户数据。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
instance	字符串	可选; 默认值： "finngen"; 枚举： ["finngen", "bbj"]
max_records	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_search_phenotypes", {"query": "diabetes", "instance": "finngen"})

表达

展开操作与参数

gtex_tissue_sites

获取指定 GTEx 数据发布的全部组织类型及样本数、eGene/sGene 数量、颜色和 UBERON ID。

字段	类型	要求与约束
dataset_id	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_tissue_sites", {"dataset_id": "gtex_v8"})

gtex_dataset_info

列出 GTEx 数据发布，包含 datasetId、GENCODE/组装/dbSNP 信息，以及样本、受试者和组织数量。

字段	类型	要求与约束
dataset_id	字符串	可选
organization_name	字符串	可选

const result = await host.mcp("expression", "gtex_dataset_info", {})

gtex_sample_info

获取固定 GTEx 数据发布的样本与供体元数据，可按组织、数据类型或受试者筛选。分页并核对总数；无筛选结果较大，建议限定条件或 max_samples。

字段	类型	要求与约束
tissue_site_detail_id	字符串	可选
data_type	字符串	可选
subject_id	字符串	可选
max_samples	整数	可选
dataset_id	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_sample_info", {"tissue_site_detail_id": "Liver", "data_type": "RNASEQ", "max_samples": 100})

gtex_resolve_genes

将基因符号或无版本 Ensembl ID 解析为该 GTEx 数据发布使用的带版本 GENCODE ID，供表达和 eQTL 操作使用。

字段	类型	要求与约束
genes	字符串数组	必填
dataset_id	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_resolve_genes", {"genes": ["GAPDH", "BRCA2"]})

gtex_median_expression

获取一个或多个带版本 GENCODE ID 在各组织的表达中位数 TPM；省略组织表示全部组织。按基因/组织行分页并核对数量。

字段	类型	要求与约束
gencode_ids	字符串数组	必填
tissue_site_detail_ids	字符串数组	可选
dataset_id	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_median_expression", {"gencode_ids": ["ENSG00000111640.14"]})

gtex_expression_summary

汇总一个基因在全部组织中的表达，按中位 TPM 降序排列。接受符号或 Ensembl ID，并先解析为带版本 GENCODE ID。

字段	类型	要求与约束
gene	字符串	必填
dataset_id	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_expression_summary", {"gene": "GAPDH"})

gtex_gene_expression

按带版本 GENCODE ID 获取各组织逐样本 TPM 数组及样本数，不是聚合表达值；省略组织表示全部组织。

字段	类型	要求与约束
gencode_id	字符串	必填
tissue_site_detail_ids	字符串数组	可选
dataset_id	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_gene_expression", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "tissue_site_detail_ids": ["Whole_Blood"]})

gtex_top_expressed_genes

获取一个组织按中位 TPM 排名前 n 的基因，排序由上游 API 完成；filter_mt_gene 默认排除线粒体基因。

字段	类型	要求与约束
tissue_site_detail_id	字符串	必填
n	整数	可选; 默认值： 100
filter_mt_gene	布尔值	可选; 默认值： true
dataset_id	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_top_expressed_genes", {"tissue_site_detail_id": "Whole_Blood", "n": 20})

gtex_eqtl_genes

获取一个组织全部 eGene，即至少有一个显著 cis-eQTL 的基因。完整分页并核对数量，max_genes 限制输出行数。

字段	类型	要求与约束
tissue_site_detail_id	字符串	必填
max_genes	整数	可选
dataset_id	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_eqtl_genes", {"tissue_site_detail_id": "Pancreas", "max_genes": 100})

gtex_single_tissue_eqtls

获取基因和/或变异的预计算显著单组织 cis-eQTL，可进一步限定组织；分页并核对数量。

字段	类型	要求与约束
gencode_id	字符串	可选
variant_id	字符串	可选
tissue_site_detail_id	字符串	可选
max_results	整数	可选
dataset_id	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_single_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

gtex_multi_tissue_eqtls

按带版本 GENCODE ID 获取 METASOFT 多组织 cis-eQTL 元分析，可限制变异。返回各变异的逐组织 m-value、NES、p 值和标准误。

字段	类型	要求与约束
gencode_id	字符串	必填
variant_id	字符串	可选
dataset_id	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_multi_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

gtex_calculate_eqtl

为某个组织中的基因/变异组合即时计算 eQTL，包括非显著组合。返回 p 值、NES、t 统计量、MAF 及逐样本基因型和表达数组。

字段	类型	要求与约束
gencode_id	字符串	必填
variant_id	字符串	必填
tissue_site_detail_id	字符串	必填
dataset_id	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_calculate_eqtl", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "variant_id": "chr12_6452899_G_A_b38", "tissue_site_detail_id": "Whole_Blood"})

蛋白注释

展开操作与参数

get_domain_architecture

获取 UniProt 蛋白的完整 InterPro 结构域架构，包括成员数据库签名和片段坐标；分页结果与服务数量核对。

字段	类型	要求与约束
accessions	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_domain_architecture", {"accessions": ["P04637"]})

search_interpro_entries

按关键词检索 InterPro 或 Pfam、SMART、PROSITE、PANTHER、CDD 等成员数据库条目，完整遍历游标并核对数量。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	可选
entry_type	字符串	可选
source_db	字符串	可选; 默认值： "interpro"
go_term	字符串	可选

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_interpro_entries", {"query": "kinase", "source_db": "pfam"})

get_interpro_entry

获取 InterPro IPR 或 Pfam PF 条目的详情，依据登录号前缀选择接口。

字段	类型	要求与约束
accession	字符串	必填

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_interpro_entry", {"accession": "IPR000719"})

search_pfam_clans

按关键词检索 Pfam clan，即登录号以 CL 开头的家族集合。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	可选

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_pfam_clans", {"query": "kinase"})

get_pfam_clan

获取 Pfam clan 详情及完整、已排序的成员家族列表。

字段	类型	要求与约束
clan_accession	字符串	必填

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_clan", {"clan_accession": "CL0016"})

get_pfam_family_proteins

获取 Pfam 家族的成员蛋白，支持完整分页核对或仅返回数量。大型家族优先使用 count_only。

字段	类型	要求与约束
pfam_accession	字符串	必填
reviewed_only	布尔值	可选; 默认值： false
tax_id	整数	可选
count_only	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteins", {"pfam_accession": "PF00069", "count_only": true})

get_pfam_family_proteomes

获取包含 Pfam 家族成员的蛋白质组。由于上游深层游标分页存在缺陷，count_only 默认开启。

字段	类型	要求与约束
pfam_accession	字符串	必填
count_only	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteomes", {"pfam_accession": "PF00069"})

get_protein_atlas_gene

按 Ensembl gene ID 或符号获取 Human Protein Atlas 基因记录，包括组织、亚细胞、病理、血液、脑表达和抗体信息。

字段	类型	要求与约束
gene	字符串	必填
full	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_protein_atlas_gene", {"gene": "TP53"})

search_protein_atlas

通过 Human Protein Atlas search_download 批量检索，并选择所需返回列。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
columns	字符串	可选; 默认值： "g,gs,eg,gd,up,chr,chrp,scl"

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_protein_atlas", {"query": "kinase"})

map_string_ids

将基因符号/别名映射为 STRING 蛋白 ID。每项输入均进入映射结果或 unmapped 列表，便于核对遗漏。

字段	类型	要求与约束
symbols	字符串数组	必填
species	整数	可选; 默认值： 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "map_string_ids", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"]})

get_string_network

按置信阈值获取基因集合的 STRING 蛋白互作网络。先映射符号并报告未匹配项，再返回节点、边、摘要和来源。

字段	类型	要求与约束
symbols	字符串数组	必填
species	整数	可选; 默认值： 9606
required_score	整数	可选; 默认值： 700

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_network", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"], "required_score": 700})

get_string_similarity_scores

获取基因集合中的 STRING Smith-Waterman 蛋白相似性 bitscore。结果是稀疏的；缺少一对记录表示未记录相似性，不等于分数为零。

字段	类型	要求与约束
symbols	字符串数组	必填
species	整数	可选; 默认值： 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_similarity_scores", {"symbols": ["TP53", "MDM2", "MDM4"]})

get_string_best_similarity_hits

为每个输入蛋白获取目标物种中的最佳同源命中；target_species 为 null 时在所有物种中查找最佳命中。

字段	类型	要求与约束
symbols	字符串数组	必填
species	整数	可选; 默认值： 9606
target_species	整数	可选

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_best_similarity_hits", {"symbols": ["TP53"], "target_species": 10090})

肿瘤模型

展开操作与参数

cbioportal_list_studies

列出 cBioPortal 肿瘤研究，可按关键词和/或精确癌种 ID 筛选。返回研究 ID、名称、癌种、参考组装、文献和各数据类型样本数。

字段	类型	要求与约束
keyword	字符串	可选
cancer_type_id	字符串	可选
max_records	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_list_studies", {"keyword": "glioma"})

cbioportal_get_study

按 ID 获取 cBioPortal 研究详情，包括各数据类型样本数、从集合读取的样本/患者数，以及分子谱。

字段	类型	要求与约束
study_id	字符串	必填

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_study", {"study_id": "msk_impact_2017"})

cbioportal_mutations_in_gene

按 HUGO 符号获取 cBioPortal 研究中某基因的全部突变及复发汇总，包括突变数量、突变样本数、类型与蛋白变化分布。

字段	类型	要求与约束
gene_symbol	字符串	必填
study_id	字符串	必填
max_records	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutations_in_gene", {"gene_symbol": "IDH1", "study_id": "difg_msk_2023"})

cbioportal_mutation_frequency

比较一个基因在 1–12 项 cBioPortal 研究中的突变频率。分母为各研究测序队列，按突变样本比例降序排列。

字段	类型	要求与约束
gene_symbol	字符串	必填
study_ids	字符串数组	必填; 最少项数： 1; 最多项数： 12

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutation_frequency", {"gene_symbol": "KRAS", "study_ids": ["msk_impact_2017", "difg_msk_2023"]})

cbioportal_cna_in_gene

获取 cBioPortal 研究中一个基因的离散拷贝数变化，默认筛选深度缺失与扩增，并返回完整逐样本变化分布。

字段	类型	要求与约束
gene_symbol	字符串	必填
study_id	字符串	必填
event_type	字符串	可选; 默认值： "HOMDEL_AND_AMP"; 枚举： ["HOMDEL_AND_AMP", "HOMDEL", "AMP", "GAIN", "HETLOSS", "DIPLOID", "ALL"]
max_records	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_cna_in_gene", {"gene_symbol": "CDKN2A", "study_id": "msk_impact_2017"})

cbioportal_clinical_attributes

列出 cBioPortal 研究的患者级和样本级临床属性，突出显示生存终点及总生存数据是否存在。

字段	类型	要求与约束
study_id	字符串	必填
max_records	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_clinical_attributes", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018"})

RNA

展开操作与参数

get_family

按 RF 登录号或家族名称获取 Rfam 元数据，返回扁平记录及 raw 中的完整上游 JSON。

字段	类型	要求与约束
family	字符串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_family", {"family": "RF00005"})

get_seed_alignment

获取 Rfam 种子比对，默认 Stockholm（含共识二级结构行），也可返回含 gap 的比对 FASTA。

字段	类型	要求与约束
family	字符串	必填
fmt	字符串	可选; 默认值： "stockholm"; 枚举： ["stockholm", "fasta"]
max_bytes	整数	可选; 默认值： 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_seed_alignment", {"family": "RF00162", "fmt": "stockholm"})

get_covariance_model

获取 Rfam 家族 Infernal 协方差模型 CM 文件及解析的头字段，可供 cmsearch/cmscan 使用。

字段	类型	要求与约束
family	字符串	必填
max_bytes	整数	可选; 默认值： 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_covariance_model", {"family": "RF00162"})

get_tree

获取 Rfam 家族种子系统发育树，格式为 NHX/Newick 文本。

字段	类型	要求与约束
family	字符串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_tree", {"family": "RF00162"})

get_sequence_regions

获取 Rfam 家族在序列数据库中的全部区域命中并解析 TSV。先检查 get_family 的 num_full；极大家族的该上游接口可能返回 403。

字段	类型	要求与约束
family	字符串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_sequence_regions", {"family": "RF00162"})

get_structure_mapping

获取 Rfam 家族到 PDB 的残基层级结构映射，并按确定顺序排序。

字段	类型	要求与约束
family	字符串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_structure_mapping", {"family": "RF00162"})

accession_to_id

将 Rfam 登录号转换为家族名称，例如 RF00005 转为 tRNA。

字段	类型	要求与约束
accession	字符串	必填

const result = await host.mcp("rna", "accession_to_id", {"accession": "RF00005"})

id_to_accession

将 Rfam 家族名称转换为登录号，例如 tRNA 转为 RF00005。

字段	类型	要求与约束
family_id	字符串	必填

const result = await host.mcp("rna", "id_to_accession", {"family_id": "tRNA"})

search_sequence

通过 Rfam 官方批量端点搜索 RNA 序列。等待期间保留返回的作业身份，尚未完成的响应不代表零匹配。完成后检查命中结果和来源信息；响应失败时先诊断或恢复已有作业，不要反复提交。

字段	类型	要求与约束
sequence	字符串	必填
max_wait_s	数值	可选; 默认值： 300
poll_interval_s	数值	可选; 默认值： 5

const result = await host.mcp("rna", "search_sequence", {"sequence": "GGUUCCGGGAAGGCAGCAGGUGGAAACCUGCCA"})

组学档案

展开操作与参数

arrayexpress_search_experiments

检索 ArrayExpress/BioStudies 功能基因组实验。关键词、物种、研究类型、技术、发布日期和额外分面组合为 AND；完整获取并按 totalHits 核对。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	可选
organism	字符串	可选
study_type	字符串	可选
technology	字符串	可选
released_after	字符串	可选
released_before	字符串	可选
extra_facets	对象	可选
max_records	整数	可选; 默认值： 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_search_experiments", {"organism": "Homo sapiens", "study_type": "ChIP-seq", "max_records": 50})

arrayexpress_get_experiment

获取一个 ArrayExpress 实验的整理元数据，包括类型、物种、样本/测定数量、设计、因子、作者、文献、方案、阵列和文件摘要。

字段	类型	要求与约束
accession	字符串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment", {"accession": "E-MTAB-5061"})

arrayexpress_get_experiment_files

列出一个 ArrayExpress 实验的全部文件、名称、大小、类型、格式、说明与下载 URL，并附带 /info 报告的文件数供对照。

字段	类型	要求与约束
accession	字符串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_files", {"accession": "E-MTAB-5061"})

arrayexpress_get_experiment_samples

获取 ArrayExpress 实验逐样本 SDRF 注释，保留 MAGE-TAB 原始表头，重复列添加序号。无 SDRF 时返回 error 为 no_sdrf。

字段	类型	要求与约束
accession	字符串	必填
max_rows_returned	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_samples", {"accession": "E-MTAB-5061", "max_rows_returned": 200})

geo_search_series

搜索 GEO DataSets 并返回系列级元数据。term 使用 E-utilities 语法，可加入 gse[ETYP] 限制为 Series。

字段	类型	要求与约束
term	字符串	必填
retmax	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_search_series", {"term": "asthma AND gse[ETYP]", "retmax": 20})

geo_get_series

按 GSE 登录号获取 GEO 系列结构化元数据，包括设计、平台、样本特征、建库信息和补充文件 URL。此操作不会下载数据表。

字段	类型	要求与约束
accessions	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_get_series", {"accessions": ["GSE131907"]})

metabolights_list_studies

列出全部公开 MetaboLights 登录号并按数字排序，附服务报告总数。上游没有研究搜索接口，应在候选元数据中筛选标题或描述。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_list_studies", {})

metabolights_get_studies

按 MTBLS 登录号获取 MetaboLights 的 ISA 元数据，包括标题、状态、年份、物种、测定、因子、样本数和方案；可附逐样本表。未知或私有项目列入 not_found。

字段	类型	要求与约束
accessions	字符串数组	必填
include_samples	布尔值	可选; 默认值： false
max_sample_rows_returned	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_studies", {"accessions": ["MTBLS1"], "include_samples": false})

metabolights_get_study_files

获取公开 MetaboLights 研究的完整文件清单，包括顶层 ISA-Tab、MAF、目录项，默认递归获取 FILES 数据目录。

字段	类型	要求与约束
accession	字符串	必填
include_data_files	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_study_files", {"accession": "MTBLS1"})

metabolights_search_data_files

在 MetaboLights 研究的 FILES 目录中按 glob 匹配原始数据文件，如 *.mzML；省略 pattern 时列出全部数据文件。

字段	类型	要求与约束
accession	字符串	必填
pattern	字符串	可选

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_search_data_files", {"accession": "MTBLS1", "pattern": "*.zip"})

mgnify_search_studies

按自由文本或 biome 谱系查找 MGnify 宏基因组研究，两种输入必须二选一。完整分页并核对服务数量。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	可选
biome_lineage	字符串	可选

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_search_studies", {"query": "coral"})

mgnify_get_studies

按 MGYS 登录号获取 MGnify 研究记录；include_analyses 可附完整分析列表及按流程/实验类型的汇总。未知 ID 列入 missing。

字段	类型	要求与约束
accessions	字符串数组	必填
include_analyses	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_studies", {"accessions": ["MGYS00000410"], "include_analyses": false})

mgnify_get_study_analyses

完整列出一个 MGnify 研究的全部 MGYA 分析，包含流程版本、实验类型、状态和 run/assembly/sample ID，并核对分页数量。

字段	类型	要求与约束
accession	字符串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_study_analyses", {"accession": "MGYS00000410"})

pride_search_projects

检索 PRIDE 蛋白质组项目。关键词、物种、仪器、疾病与额外条件组合为 AND；完整获取并核对 api_total，按登录号升序返回。

字段	类型	要求与约束
keyword	字符串	可选
organism	字符串	可选
instrument	字符串	可选
disease	字符串	可选
extra_filters	对象	可选
max_records_returned	整数	可选; 默认值： 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_projects", {"keyword": "phosphoproteome", "organism": "Homo sapiens (human)", "max_records_returned": 50})

pride_get_projects

按 PXD 等登录号获取 PRIDE 项目完整元数据，与搜索结果使用相同记录结构。未知 ID 列入 not_found。

字段	类型	要求与约束
accessions	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_get_projects", {"accessions": ["PXD010154"]})

pride_search_project_proteins

完整获取一个 PRIDE 亲和蛋白质组项目的蛋白证据行。此接口仅服务亲和蛋白质组；传统质谱 PXD 项目应使用 pride_find_projects_for_protein。

字段	类型	要求与约束
project_accession	字符串	必填
keyword	字符串	可选

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_project_proteins", {"project_accession": "PXD010154"})

pride_find_projects_for_protein

按 UniProt 登录号查找包含该蛋白的 PRIDE 质谱项目，再将返回的项目 ID 交给 pride_get_projects 获取详情。

字段	类型	要求与约束
protein_accession	字符串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_find_projects_for_protein", {"protein_accession": "P04637"})

CellGuide

展开操作与参数

get_cell_type_info

按 Cell Ontology ID 或名称获取 CellGuide 细胞类型详情，包含同义词、本体定义及人工/GPT 描述。解读描述时注意来源类型。

字段	类型	要求与约束
cell_type	字符串	必填

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_type_info", {"cell_type": "acinar cell"})

search_cell_types

按名称和同义词自由文本搜索 CellGuide 细胞类型；工具在下载的元数据目录中筛选。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
limit	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("cellguide", "search_cell_types", {"query": "T cell", "limit": 25})

get_marker_genes

获取 CellGuide 细胞类型的标记基因，可选择计算得到并带分数的标记，或文献整理的经典标记。

字段	类型	要求与约束
cell_type	字符串	必填
marker_type	字符串	可选; 默认值： "computational"; 枚举： ["computational", "canonical"]
limit	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("cellguide", "get_marker_genes", {"cell_type": "CL:0000084", "marker_type": "computational", "limit": 25})

get_source_data

获取 CellGuide 某细胞类型的来源数据集与文献，包括集合 URL 及其覆盖组织、疾病和物种。

字段	类型	要求与约束
cell_type	字符串	必填

const result = await host.mcp("cellguide", "get_source_data", {"cell_type": "CL:0000622"})

get_cell_tissues

汇总 CellGuide 来源集合中观察到某细胞类型的组织，并对组织去重。

字段	类型	要求与约束
cell_type	字符串	必填

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_tissues", {"cell_type": "T cell"})

调控

展开操作与参数

encode_search_experiments

检索 ENCODE 功能基因组实验，可按 assay_title、靶标、物种、状态、发布日期及额外门户字段筛选。完整分页核对；accessions 保留全部匹配 ID，摘要行受 max_rows 限制。

字段	类型	要求与约束
assay_title	字符串	可选
target	字符串	可选
organism	字符串	可选
status	字符串	可选; 默认值： "released"
date_released_before	字符串	可选
extra_filters	对象	可选
max_rows	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_experiments", {"target": "CTCF", "assay_title": "TF ChIP-seq", "max_rows": 50})

encode_search_biosamples

检索 ENCODE 细胞系、组织或原代细胞样本，可按本体名称、分类、物种、状态和创建日期筛选。完整核对匹配数；accessions 为完整列表，摘要行有上限。

字段	类型	要求与约束
term_name	字符串	可选
classification	字符串	可选
organism	字符串	可选
status	字符串	可选; 默认值： "released"
date_created_before	字符串	可选
extra_filters	对象	可选
max_rows	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_biosamples", {"term_name": "K562", "classification": "cell line", "max_rows": 25})

encode_list_files

按格式、测定和样本检索 ENCODE 文件。assay_term_name 使用本体名称（如 ChIP-seq），显示名称 TF ChIP-seq 应通过 extra_filters 的 assay_title 传递。无筛选结果极大，应组合多个条件；摘要行受 max_rows 限制。

字段	类型	要求与约束
file_format	字符串	可选
assay_term_name	字符串	可选
biosample_term_name	字符串	可选
status	字符串	可选; 默认值： "released"
date_created_before	字符串	可选
extra_filters	对象	可选
max_rows	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_list_files", {"file_format": "bed", "assay_term_name": "ChIP-seq", "biosample_term_name": "K562", "extra_filters": {"output_type": "peaks", "assembly": "GRCh38"}, "max_rows": 50})

encode_get_experiment

按 ENCSR 登录号获取 ENCODE 实验的稳定字段，包括测定、靶标、样本、实验室、项目、日期、组装、重复数和 DOI。易变门户审核/内部状态不在记录中。

字段	类型	要求与约束
accession	字符串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_experiment", {"accession": "ENCSR000AKP"})

encode_get_file

按 ENCFF 登录号获取 ENCODE 文件的格式、输出类型、测定、组装、数据集、重复、大小、MD5、读长和下载地址。

字段	类型	要求与约束
accession	字符串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_file", {"accession": "ENCFF002JUR"})

encode_get_biosample

按 ENCBS 登录号获取 ENCODE 生物样本的本体、分类、物种、供体、处理、遗传修饰、年龄、性别、实验室及状态等信息。

字段	类型	要求与约束
accession	字符串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_biosample", {"accession": "ENCBS013JZP"})

jaspar_get_matrix

按带版本的 JASPAR matrix ID 获取 TF 结合谱、PFM、分类、物种、文献和 logo URL。必须使用 MA0002.2 这样的完整版本 ID；先用 jaspar_matrix_versions 确认版本。

字段	类型	要求与约束
matrix_id	字符串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_get_matrix", {"matrix_id": "MA0002.2"})

jaspar_matrix_versions

列出 JASPAR 基础矩阵 ID 的全部版本，返回 matrix_id、名称、集合和 URL 并核对数量。带版本输入会归并到基础 ID，可据此固定后续查询版本。

字段	类型	要求与约束
base_id	字符串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_matrix_versions", {"base_id": "MA0002"})

jaspar_list_matrices

检索 JASPAR 结合谱，可按集合、分类群、NCBI tax_id、TF 名称或自由文本筛选，version=latest 可仅取最新版本。完整分页核对；摘要行受 max_rows 限制。

字段	类型	要求与约束
collection	字符串	可选
tax_group	字符串	可选
tax_id	整数	可选
name	字符串	可选
search	字符串	可选
version	字符串	可选
max_rows	整数	可选; 默认值： 1000

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_matrices", {"tax_id": 9606, "collection": "CORE", "version": "latest", "max_rows": 200})

jaspar_list_species

列出有 JASPAR 结合谱的全部物种与 NCBI tax_id，核对数量；tax_id 可供矩阵查询使用。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_species", {})

jaspar_list_taxa

列出 JASPAR 分类群，如 vertebrates、plants、fungi；名称可用于 tax_group 筛选。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_taxa", {})

jaspar_list_collections

列出 JASPAR 集合及名称，供 collection 筛选。CORE 表示整理后的非冗余结合谱。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_collections", {})

jaspar_list_releases

列出 JASPAR 数据发布的年份、编号和 active 标志。选择 motif 时记录所用发布，以便后续比较。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_releases", {})

unibind_search_tfbs

检索 UniBind ChIP-seq 高置信 TFBS 数据集，每项对应实验、细胞类型与 TF。条件组合为 AND，除 search 外主要为精确匹配；collection 区分 Robust 与 Permissive。total 是实际总数，max_rows 限制返回摘要。

字段	类型	要求与约束
tf_name	字符串	可选
cell_line	字符串	可选
species	字符串	可选
collection	字符串	可选; 枚举： ["Robust", "Permissive"]
jaspar_id	字符串	可选
search	字符串	可选
max_rows	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_search_tfbs", {"tf_name": "CTCF", "collection": "Robust", "max_rows": 50})

unibind_get_dataset

按搜索返回的 tf_id 获取 UniBind 数据集详情，包括来源、TF、条件、JASPAR ID、峰数及逐模型 TFBS 数量/阈值。完整结合位点通过返回的 BED/FASTA URL 下载，而非另一次 MCP 调用。

字段	类型	要求与约束
tf_id	字符串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_get_dataset", {"tf_id": "ENCSR000AUE.A549_lung_carcinoma.CTCF"})

unibind_tfbs_in_region

通过 UCSC hubApi 获取与区域重叠的 UniBind TFBS。使用支持的 UCSC 组装、chr 前缀及从 0 开始的半开区间；窗口不超过 1000000 bp。每次最多扫描 20000 项，region_scan_complete 为 false 时应缩小窗口，尤其不能将筛选后未命中解释为没有位点。

字段	类型	要求与约束
genome	字符串	必填
chrom	字符串	必填
start	整数	必填
end	整数	必填
tf_name	字符串	可选
collection	字符串	可选; 默认值： "Robust"; 枚举： ["Robust", "Permissive"]
max_sites	整数	可选; 默认值： 2000

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_tfbs_in_region", {"genome": "hg38", "chrom": "chr1", "start": 1000000, "end": 1010000, "collection": "Robust"})

科研资源

展开操作与参数

search_grants

检索 Grants.gov 资助机会，至少提供一个条件。默认状态为 forecasted 和 posted；历史机会需加入 closed/archived。count_only 只取数量与分面，max_records 限制输出行，完整获取与截断状态分别报告。

字段	类型	要求与约束
keyword	字符串	可选
opportunity_number	字符串	可选
aln	字符串	可选
agencies	字符串数组	可选
opportunity_statuses	字符串数组	可选
eligibilities	字符串数组	可选
funding_categories	字符串数组	可选
funding_instruments	字符串数组	可选
count_only	布尔值	可选; 默认值： false
max_records	整数	可选; 默认值： 100
include_facets	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("research-resources", "search_grants", {"keyword": "cancer", "agencies": ["HHS-NIH11"], "max_records": 25})

search_antibodies

全文检索 Antibody Registry，按抗体名称、靶标和目录文本进行词项匹配，TP53 与 p53 是不同查询。匿名访问深度受限，超出 offset 500 会标记 anonymous_limit_hit；指定页时从 1 开始并遵守该上限。

字段	类型	要求与约束
query	字符串	必填
page	整数	可选
page_size	整数	可选; 默认值： 100
max_records	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("research-resources", "search_antibodies", {"query": "CD4", "max_records": 100})

get_antibody

按数字、AB_ 或 RRID:AB_ 标识获取抗体详情。一个登录号可能对应多个整理记录；不存在时 record_count 为 0，不作为异常。

字段	类型	要求与约束
antibody_id	字符串	必填

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody", {"antibody_id": "RRID:AB_3643095"})

find_antibodies_by_catalog

按供应商目录号精确匹配抗体，不区分大小写；可加供应商名称缩小结果。工具使用全文候选加本地精确筛选，以处理上游列筛选接口错误。

字段	类型	要求与约束
catalog_number	字符串	必填
vendor	字符串	可选
page_size	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("research-resources", "find_antibodies_by_catalog", {"catalog_number": "ab32572"})

get_antibody_registry_stats

获取 Antibody Registry 抗体总数及最近更新日期，返回上游统计内容。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody_registry_stats", {})

BioMart

展开操作与参数

list_marts

列出 Ensembl BioMart 数据库。查询层级为 mart → dataset → attributes/filters，返回的 mart 名用于 list_datasets。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("biomart", "list_marts", {})

list_datasets

列出指定 mart 的数据集，返回名称可用于字段、筛选与数据查询。

字段	类型	要求与约束
mart	字符串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_datasets", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL"})

list_common_attributes

列出数据集常用字段的精选子集，建议在请求完整字段表前使用。mart 参数仅为签名兼容而保留，实际查询由 dataset 决定。

字段	类型	要求与约束
mart	字符串	必填
dataset	字符串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_common_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

list_all_attributes

列出数据集可用字段，排除体量较大的同源与芯片探针字段。结果可能很大，优先使用 list_common_attributes；mart 不参与实际查询。

字段	类型	要求与约束
mart	字符串	必填
dataset	字符串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_all_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

list_filters

列出数据集可用筛选字段，如染色体和 biotype，可作为 get_data 的 filters 字典。实际查询由 dataset 决定，mart 不参与。

字段	类型	要求与约束
mart	字符串	必填
dataset	字符串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_filters", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

get_data

执行 BioMart 数据查询，返回指定 attributes，可由 filters 限定范围。实际使用 dataset 定位数据，mart 参数不参与查询。

字段	类型	要求与约束
mart	字符串	必填
dataset	字符串	必填
attributes	字符串数组	必填
filters	对象	可选

const result = await host.mcp("biomart", "get_data", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "attributes": ["ensembl_gene_id", "external_gene_name", "chromosome_name"], "filters": {"chromosome_name": "Y", "biotype": "protein_coding"}})

get_translation

在一个 BioMart 数据集中，将单个标识从一种属性类型映射为另一种；实际查询由 dataset 决定，mart 不参与。

字段	类型	要求与约束
mart	字符串	必填
dataset	字符串	必填
from_attr	字符串	必填
to_attr	字符串	必填
target	字符串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "get_translation", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "target": "TP53"})

batch_translate

在同一次 BioMart 查询中批量映射多个标识，比逐次 get_translation 更高效。实际查询由 dataset 决定，mart 不参与。

字段	类型	要求与约束
mart	字符串	必填
dataset	字符串	必填
from_attr	字符串	必填
to_attr	字符串	必填
targets	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("biomart", "batch_translate", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "targets": ["TP53", "BRCA1", "BRCA2"]})

ZINC

展开操作与参数

zinc_search_by_id

批量按最多 100 个 ZINC ID 查询可购买化合物及供应来源。上游采用提交加轮询，耗时受 timeout_s 限制。

字段	类型	要求与约束
zinc_ids	['字符串', '数组']	必填
max_results	整数	可选; 默认值： 50
timeout_s	数值	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_id", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

zinc_search_by_smiles

按 SMILES 检索 ZINC22 可购买化学空间，dist 控制从精确到相似结构的范围；无需单独相似性工具。此查询较慢，建议逐步增大 dist。

字段	类型	要求与约束
smiles	字符串	必填
dist	整数	可选; 默认值： 0
adist	整数	可选
max_results	整数	可选; 默认值： 50
timeout_s	数值	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_smiles", {"smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O", "dist": 2})

zinc_search_by_supplier

批量将最多 100 个供应商目录号解析为 ZINC 化合物及结构。上游使用提交加轮询。

字段	类型	要求与约束
supplier_codes	['字符串', '数组']	必填
max_results	整数	可选; 默认值： 50
timeout_s	数值	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_supplier", {"supplier_codes": ["MCULE-2311834287"]})

zinc_random_sample

从 ZINC22 随机抽取可购买化合物，用于筛选集合、属性基线或诱饵集。count 同时为结果上限；再次调用会重新抽样。上游使用提交加轮询。

字段	类型	要求与约束
count	整数	可选; 默认值： 50
subset	字符串	可选
timeout_s	数值	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_random_sample", {"count": 25, "subset": "lead-like"})

zinc_get_3d

为 ZINC 化合物定位适合对接的预生成三维构象文件，如 db2.gz、mol2.gz、sdf.gz。按 tranche 返回下载位置，每次最多 50 个 ID；此操作解析地址，后续仍需下载并准备对接输入。

字段	类型	要求与约束
zinc_ids	['字符串', '数组']	必填
timeout_s	数值	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_get_3d", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

示例响应记录

示例响应记录提供准确输入、截短的响应片段和逐项状态。请区分返回记录、空匹配和请求失败。结果可能是元数据、结构说明或标识符；用于研究前，先核对来源字段与完整性标记。