Connector 操作参数参考

查询具体操作名、必填字段、默认值与调用示例。选择数据源请先看科学数据库目录，再展开需要调用的 Connector。参数正确不代表服务已连接或凭据已配置。

示例调用在哪里运行

host 由 Open-Science 的 Agent 执行环境提供。下方 JavaScript 是 Agent 侧调用片段，不是独立 Node.js 程序，也不是公共 Task SDK 客户端的方法。让 Agent 加载对应 Connector 说明并使用相应操作；某些框架会使用 Python 桥接，而不是这里的 JavaScript 形式。

先在 Settings → Connectors 启用连接，配置所需凭据；使用 Specialist 时还需分配该能力。调用仍遵循会话权限策略。公共 Node.js 集成可用 Task SDK 管理 Connector 配置，但导入该客户端不会得到这里的 host。

先读返回结果，再串联调用

示例使用 PubMed 返回的 PMID 查询元数据

例如请求：用 PubMed 搜索 PRISMA 报告规范，返回匹配总数及五个 PMID。 search_articles 返回总数和一页标识，再将其中的 PMID 传给 get_article_metadata 获取标题、作者和 DOI 链接。空结果、截断结果与认证失败需要分别处理。

返回信息	用途
匹配总数与返回行数	区分一页数据与完整结果集
`truncated`、`records_truncated` 或各数据源的完整性标志	判断是否翻页、缩小条件或继续获取
`not_found`、`missing`、`not_processed`	找出未解决输入，只重试适当条目
DOI、登录号、来源 URL、数据发布或组装	保留下次查询需要的身份与来源
全文状态或许可说明	判断是否取得文本、是否允许复用

各操作返回字段不同，下方描述与可下载 schema 定义对应契约；此表不是统一 JSON 格式。可从右侧数据源目录跳转，再展开该类参数。搜索具体操作名也会展开其所在分组。

**区分查询失败与空结果。**v0.30.2 中，CellGuide 的标记、来源和组织查询会报告获取失败，不再把它当作空证据；可选数据文件确实不存在时仍可能为空。OLS 关系查询会拒绝分页不完整或无效响应。服务错误不能证明某细胞类型没有标记，或某本体术语没有关联项。

操作输入

每次展开一个 Connector。必填项标为必填，本页与下载目录依据 Open-Science v1.0.5 的结构定义。以嵌套的 input.required 为准；旧式顶层 required 可能不存在。完整注册表下载提供嵌套 JSON、完整返回说明和准确 Agent 侧调用示例。工具要求 accessions、cids、rs_id 等专用字段时，不要统一改为 id。

化学

展开操作与参数

`pubchem_search_compounds`

将化合物名称、SMILES、InChIKey 或 CID 解析为 PubChem CID，可同时返回前几项结果的核心计算属性。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`namespace`	字符串	可选; 默认值： "name"; 枚举： ["name", "smiles", "inchikey", "cid"]
`max_cids`	整数	可选; 默认值： 25; 最小值： 1; 最大值： 100
`with_properties`	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_search_compounds", {"query": "aspirin", "max_cids": 25})

`pubchem_get_compounds`

批量获取 PubChem CID 对应的完整计算属性，可附带有数量上限的同义词列表。

字段	类型	要求与约束
`cids`	整数数组	必填; 最少项数： 1; 最多项数： 50
`include_synonyms`	布尔值	可选; 默认值： false
`max_synonyms`	整数	可选; 默认值： 30

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_compounds", {"cids": [2244, 2519], "include_synonyms": false})

`pubchem_similarity_search`

根据 SMILES 在 PubChem 中进行二维 Tanimoto 相似性检索。使用同步 fastsimilarity_2d 接口，无需轮询任务。

字段	类型	要求与约束
`smiles`	字符串	必填
`threshold`	整数	可选; 默认值： 90; 最小值： 1; 最大值： 100
`max_records`	整数	可选; 默认值： 50; 最小值： 1; 最大值： 200
`with_properties`	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_similarity_search", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "threshold": 90})

`pubchem_get_bioassay_summary`

获取一个 PubChem 化合物的生物测定活动汇总，包括测定项目、靶标、结果与效力。

字段	类型	要求与约束
`cid`	整数	必填
`active_only`	布尔值	可选; 默认值： false
`max_rows`	整数	可选; 默认值： 100; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_bioassay_summary", {"cid": 2244, "active_only": true})

`pubchem_get_safety`

获取一个 PubChem 化合物的 GHS 安全分类，汇总 PUG-View 中各报告来源的信息。

字段	类型	要求与约束
`cid`	整数	必填

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_safety", {"cid": 702})

`chebi_search`

按名称、同义词、分子式或 InChIKey 全文检索 ChEBI 实体。

字段	类型	要求与约束
`term`	字符串	必填
`max_results`	整数	可选; 默认值： 20; 最小值： 1; 最大值： 100
`page`	整数	可选; 默认值： 1; 最小值： 1

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_search", {"term": "caffeine", "max_results": 20})

`chebi_get_entity`

获取 ChEBI 实体的名称、结构、化学数据、角色和交叉引用。

字段	类型	要求与约束
`chebi_id`	字符串	必填
`max_synonyms`	整数	可选; 默认值： 30
`max_xrefs`	整数	可选; 默认值： 50

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_entity", {"chebi_id": "CHEBI:27732"})

`chebi_get_ontology`

获取 ChEBI 实体的本体关系，包括指向父类、角色或共轭酸等关系，以及指向该实体的子类与衍生物关系。

字段	类型	要求与约束
`chebi_id`	字符串	必填
`relation_type`	字符串	可选
`max_relations`	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_ontology", {"chebi_id": "CHEBI:27732", "relation_type": "has role"})

`rhea_search_reactions`

按反应方程文本、参与物 ChEBI ID 或 EC 编号检索 Rhea 主反应，自动识别查询类型。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`limit`	整数	可选; 默认值： 50; 最小值： 1; 最大值： 500

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_search_reactions", {"query": "caffeine", "limit": 50})

`rhea_get_reaction`

获取一个 Rhea 反应的方程、带化学计量的参与物、EC 关联、方向家族及文献。

字段	类型	要求与约束
`rhea_id`	字符串	必填

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_get_reaction", {"rhea_id": "10280"})

`bindingdb_ligands_by_target`

按 UniProt 登录号获取 BindingDB 中针对该蛋白靶标测得的配体亲和力，包括 Ki、Kd、IC50 和 EC50。

字段	类型	要求与约束
`uniprot`	字符串	必填
`affinity_cutoff_nm`	数值	可选; 默认值： 10000
`max_rows`	整数	可选; 默认值： 100; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_ligands_by_target", {"uniprot": "P00533", "affinity_cutoff_nm": 100})

`bindingdb_targets_by_compound`

查找与输入 SMILES 在二维结构上相似的化合物，以及这些化合物具有实测亲和力的蛋白靶标。

字段	类型	要求与约束
`smiles`	字符串	必填
`similarity`	数值	可选; 默认值： 0.85; 最小值： 0.5; 最大值： 1
`max_rows`	整数	可选; 默认值： 100; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_targets_by_compound", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "similarity": 0.85})

`lipidmaps_get_compound`

按精确 LMID 或 PubChem CID 查询 LIPID MAPS，名称须先通过 PubChem 解析。保留多个匹配、缺失字段及来源归属；不支持名称、质量或批量搜索。

字段	类型	必填性与限制
`id_type`	string	必填; enum: ["lm_id", "pubchem_cid"]
`identifier`	string	必填; maxLength: 15

const result = await host.mcp("chemistry", "lipidmaps_get_compound", {"id_type": "lm_id", "identifier": "LMFA01010001"})

`unichem_map_compound`

使用完整 InChIKey 或 ChEMBL ID，通过 UniChem 映射到 PubChem、ChEMBL 和 ChEBI。保留不同结构及截断信息；索引映射不代表当前来源记录已验证或生物学等效。

字段	类型	必填性与限制
`id_type`	string	必填; enum: ["inchikey", "chembl"]
`identifier`	string	必填; maxLength: 27

const result = await host.mcp("chemistry", "unichem_map_compound", {"id_type": "chembl", "identifier": "CHEMBL1089"})

文献关系

展开操作与参数

`openalex_search_works`

检索 OpenAlex 学术成果，可按年份、类型、开放获取状态和发表来源筛选。query 可在已有其他筛选条件时省略；venue 接受来源 ID、URL、ISSN 或名称，名称解析结果见 venue_resolved。返回 api_total、n_records_returned、records_truncated 和 records。摘要仅在明确开放许可（cc-by、cc-by-sa、cc0、public-domain）下重建；其他记录的 abstract 为 null，并说明许可策略。记录包含标识、作者、来源、引用数、开放全文地址与主题。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	可选
`year_from`	整数	可选
`year_to`	整数	可选
`work_type`	字符串	可选
`open_access_only`	布尔值	可选
`venue`	字符串	可选
`sort`	字符串	可选; 默认值： "relevance"; 枚举： ["relevance", "cited_by_count", "publication_date"]
`max_records`	整数	可选; 默认值： 50
`include_abstracts`	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_works", {"query": "CRISPR base editing", "year_from": 2020, "open_access_only": true, "sort": "cited_by_count", "max_records": 25})

`openalex_get_work`

获取一个 OpenAlex 成果的完整元数据、按许可提供的摘要、开放获取位置、参考文献 ID 和逐年统计。work_id 支持 W-ID、URL 或 DOI。多个记录声明同一 DOI 时选择被引最多者，并返回 doi_claimants 和 doi_resolution_note；未知标识报未找到。

字段	类型	要求与约束
`work_id`	字符串	必填

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_work", {"work_id": "W2741809807"})

`openalex_citations`

获取引用某篇成果的入向文献。work_id 支持 W-ID、URL 或 DOI；DOI 需要额外解析。返回实际引用总数 api_total、返回数量、截断标志和精简成果记录。

字段	类型	要求与约束
`work_id`	字符串	必填
`sort`	字符串	可选; 默认值： "cited_by_count"; 枚举： ["cited_by_count", "publication_date", "relevance"]
`max_records`	整数	可选; 默认值： 50
`include_abstracts`	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("literature", "openalex_citations", {"work_id": "W2741809807", "sort": "cited_by_count", "max_records": 50})

`openalex_references`

获取某篇成果引用的出向文献，并按原参考文献顺序补齐元数据。返回完整 reference_ids、已补齐 records 和 references_not_hydrated；无法补齐的 ID 不会被静默丢弃。

字段	类型	要求与约束
`work_id`	字符串	必填
`max_records`	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("literature", "openalex_references", {"work_id": "W2741809807", "max_records": 100})

`openalex_search_authors`

按姓名检索 OpenAlex 作者，返回作者 ID、ORCID、所属机构、主题和被引指标。同名结果需要结合机构、主题和 ORCID 区分，再用 author_id 获取详情。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`max_records`	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_authors", {"query": "Jennifer Doudna", "max_records": 25})

`openalex_get_author`

获取 OpenAlex 作者详情、逐年统计和高被引成果。author_id 支持 A-ID、URL 或 ORCID；ORCID 可能指向稀疏重复档案，优先使用作者搜索返回的 A-ID。works_sample 为 0 时不额外检索成果。

字段	类型	要求与约束
`author_id`	字符串	必填
`works_sample`	整数	可选; 默认值： 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_author", {"author_id": "A5023888391", "works_sample": 10})

`openalex_venue_info`

查询 OpenAlex 期刊或资料库的开放获取、DOAJ、APC 与引用指标。精确 S-ID、URL 或 ISSN 返回一个来源及逐年统计；名称查询返回带总数和截断标志的来源列表。

字段	类型	要求与约束
`venue`	字符串	必填
`max_records`	整数	可选; 默认值： 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_venue_info", {"venue": "Nature", "max_records": 10})

`arxiv_search`

通过 arXiv Atom API 检索预印本。query 支持 ti:、au:、abs:、布尔操作；分类和提交日期范围与查询组合。start 从 0 开始，日期包含边界。返回实际查询、总数、页偏移、截断标志及带版本、作者、摘要和链接的记录。分页请求需遵守服务节奏；错误订阅源会作为错误报告。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	可选
`category`	字符串	可选
`date_from`	字符串	可选
`date_to`	字符串	可选
`start`	整数	可选; 默认值： 0
`max_results`	整数	可选; 默认值： 25
`sort_by`	字符串	可选; 默认值： "relevance"; 枚举： ["relevance", "submittedDate", "lastUpdatedDate"]
`sort_order`	字符串	可选; 默认值： "descending"; 枚举： ["descending", "ascending"]

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_search", {"query": "ti:transformer", "category": "cs.LG", "max_results": 10})

`arxiv_get_papers`

批量获取最多 100 篇 arXiv 预印本元数据。接受新旧 ID、带版本 ID、arXiv 前缀及 abs/pdf URL；无版本 ID 解析到最新版。结果按请求顺序排列，并列出 duplicates、not_found。撤稿仍可能返回元数据，应查看 comment。

字段	类型	要求与约束
`arxiv_ids`	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_get_papers", {"arxiv_ids": ["2103.14030", "1706.03762v5"]})

`crossref_get_work`

查询 Crossref DOI 的出版方登记元数据，可输入裸 DOI、doi: 前缀或 doi.org 地址，无需 API key。DOI 属于其他注册机构时应改用相应服务；Crossref 返回 404 不代表 DOI 无效。核对返回的 DOI、标题和 source_url。

字段	类型	要求与限制
`doi`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_work", {"doi": "10.1038/nature12968"})

`crossref_get_updates`

读取登记的更正、撤稿及其他更新关系。updated_by 指向更新本文的通知，update_to 指向当前 DOI 所更新的作品。保留关系方向和来源标签；空列表不能证明论文可靠，也不能证明从未撤稿。

字段	类型	要求与限制
`doi`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_updates", {"doi": "10.1038/nature12968"})

`datacite_search_records`

搜索公开的 DataCite 数据集/软件 DOI 元数据。query、related_doi 至少提供一项，可同时提供；query 使用 DataCite 查询语法。按 next_page 翻页时保持筛选和 page_size 一致。页码检索最多覆盖前 10,000 条，需要时缩小查询。核对 related_identifiers、rights 和落地页，元数据不保证文件可下载或允许复用。

字段	类型	要求与限制
`query`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 2000
`related_doi`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 2048
`resource_type`	string	可选; default: "dataset"; enum: ["dataset", "software"]
`page_size`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("literature", "datacite_search_records", {"query": "climate", "resource_type": "dataset", "page_size": 5})

`datacite_get_record`

查询一条公开 DataCite DOI 记录，包括标题、作者、资源类型、权利信息、关联标识符及可用版本。接受裸 DOI、doi: 前缀或 doi.org 地址。使用关联数据集或软件前，核对标识符和关系方向。

字段	类型	要求与限制
`doi`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "datacite_get_record", {"doi": "10.14454/qdd3-ps68"})

PubMed

展开操作与参数

`search_articles`

通过 NCBI esearch 检索 PubMed 生物医学与生命科学文献，返回匹配总数和一页 PMID。支持字段标签、布尔操作、日期和排序；不应将其当作覆盖所有学科的通用文献库。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`max_results`	整数	可选; 默认值： 20
`retstart`	整数	可选; 默认值： 0
`sort`	字符串	可选; 枚举： ["relevance", "pub_date", "author", "journal_name", "title"]
`date_from`	字符串	可选
`date_to`	字符串	可选
`datetype`	字符串	可选; 默认值： "pdat"; 枚举： ["pdat", "edat", "mdat"]

const result = await host.mcp("pubmed", "search_articles", {"query": "CRISPR gene editing", "max_results": 10})

`get_article_metadata`

按 PMID 批量获取 PubMed 详细元数据，包括 DOI/PMCID、标题、摘要、期刊、作者与机构、日期、MeSH、类型、语言和引文。使用结果时注明 PubMed 来源，并链接返回的 DOI。

字段	类型	要求与约束
`pmids`	['字符串', '数组']	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "get_article_metadata", {"pmids": ["35486828", "33264437"]})

`find_related_articles`

通过 NCBI elink 获取 PMID 的相关内容。默认 pubmed_pubmed 是按标题、摘要和 MeSH 相似度排序的相似文献，并非引用关系；其他模式可取得 PMC 全文或基因、蛋白、核酸记录链接。

字段	类型	要求与约束
`pmids`	['字符串', '数组']	必填
`link_type`	字符串	可选; 默认值： "pubmed_pubmed"; 枚举： ["pubmed_pubmed", "pubmed_pmc", "pubmed_nucleotide", "pubmed_protein", "pubmed_gene"]
`max_results`	整数	可选

const result = await host.mcp("pubmed", "find_related_articles", {"pmids": ["35486828"], "link_type": "pubmed_pubmed"})

`lookup_article_by_citation`

通过 NCBI ecitmatch 将书目引文解析为 PMID。每条提供期刊、年份、卷、首页、作者或 key 等字段，至少两到三个有效字段有助于可靠匹配。

字段	类型	要求与约束
`citations`	对象数组	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "lookup_article_by_citation", {"citations": [{"journal": "Science", "year": 1987, "volume": "235", "first_page": "182", "author": "Palmenberg AC"}]})

`convert_article_ids`

通过 NCBI/PMC ID Converter 在 PMID、PMCID 与 DOI 之间转换。同次调用中的 ID 类型应一致，并与 id_type 匹配；可先确认是否存在 PMCID，再请求全文。

字段	类型	要求与约束
`ids`	['字符串', '数组']	必填
`id_type`	字符串	可选; 默认值： "pmid"; 枚举： ["pmid", "pmcid", "doi"]

const result = await host.mcp("pubmed", "convert_article_ids", {"ids": ["PMC9046468"], "id_type": "pmcid"})

`get_full_text_article`

通过 Europe PMC 获取 PMC 开放获取子集文章的结构化全文和许可。接受带或不带 PMC 前缀的 ID；不可获取时查看 fulltext_status。使用结果时注明来源并链接 DOI。

字段	类型	要求与约束
`pmc_ids`	['字符串', '数组']	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "get_full_text_article", {"pmc_ids": ["PMC9046468"]})

`get_copyright_status`

字段	类型	要求与约束
`pmids`	['字符串', '数组']	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "get_copyright_status", {"pmids": ["35891187", "34375400"]})

`get_pubtator_annotations`

获取已发表 PubMed 论文标题／摘要的 PubTator 3 BioC JSON 实体与关系标注。保留原文片段、偏移、规范化 ID 和关系；不接受原始文本提交。

字段	类型	要求与限制
`pmids`	array	必填; 最少项数: 1; 最多项数: 10

const result = await host.mcp("pubmed", "get_pubtator_annotations", {"pmids": ["29355051"]})

`search_pubtator`

按文本、实体 ID 或关系查询一页 PubTator 3 文献。自动提取关系用于研究线索，不是临床结论；需要回到原文核对。

字段	类型	要求与限制
`query`	string	必填; 最短长度: 1; 最长长度: 1000
`page`	integer	可选; 默认值: 1; 最小值: 1; 最大值: 10000

const result = await host.mcp("pubmed", "search_pubtator", {"query": "relations:ANY|@CHEMICAL_Doxorubicin|@DISEASE_Neoplasms", "page": 1})

基因与本体

展开操作与参数

`query_genes`

通过 mygene.info 批量映射基因符号或标识，每次最多 1000 项。scopes 指定输入命名空间，fields 指定返回字段，species 指定物种；单个 term 不支持逗号。返回 not_found 与 records；多重匹配保留 query，并按输入顺序及 _id 排序。

字段	类型	要求与约束
`terms`	字符串数组	必填
`scopes`	字符串	可选
`fields`	字符串	可选; 默认值： "symbol,name,taxid,entrezgene,ensembl.gene"
`species`	字符串	可选

const result = await host.mcp("genes", "query_genes", {"terms": ["TP53", "BRCA1"], "scopes": "symbol,alias", "fields": "symbol,name,entrezgene,ensembl.gene", "species": "human"})

`list_ontologies`

列出 OLS4 本体。给出 ontology_ids 时获取对应元数据并列出 not_found；省略时完整分页获取目录，并核对总数。返回版本、状态、词条数等信息。

字段	类型	要求与约束
`ontology_ids`	字符串数组	可选

const result = await host.mcp("genes", "list_ontologies", {"ontology_ids": ["efo", "go", "mondo"]})

`search_ontology_terms`

按标签、同义词或标识搜索 OLS4 词条，可限制本体、精确匹配或是否包含废弃词条。返回总数、返回数、截断状态以及 CURIE、IRI、标签和说明。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`ontologies`	字符串数组	可选
`exact`	布尔值	可选; 默认值： false
`include_obsolete`	布尔值	可选; 默认值： false
`max_results`	整数	可选; 默认值： 20

const result = await host.mcp("genes", "search_ontology_terms", {"query": "asthma", "ontologies": ["efo"], "max_results": 20})

`get_ontology_term`

获取本体词条详情或完整关联词条集合。relation 为空时返回标签、同义词、废弃状态和直接父类；指定 parents、children、ancestors、descendants 等关系时完整分页，并核对服务总数。ontology 使用小写 ID，term_id 支持 CURIE 或 IRI。

字段	类型	要求与约束
`ontology`	字符串	必填
`term_id`	字符串	必填
`relation`	字符串	可选; 枚举： ["parents", "children", "ancestors", "descendants", "hierarchicalParents", "hierarchicalChildren", "hierarchicalAncestors", "hierarchicalDescendants"]
`include_parents`	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("genes", "get_ontology_term", {"ontology": "go", "term_id": "GO:0006281", "relation": "children"})

`get_go_annotations`

从 QuickGO 获取 UniProt 基因产物的 GO 注释，并核对完整集合。可按功能类别、物种和证据筛选。证据须用预设或 ECO 编码，不能把 IDA/IEA 等三字母代码当作 ECO 参数。max_records 仅限制返回行；complete、truncated 和 total_annotations 说明覆盖范围。

字段	类型	要求与约束
`uniprot_accession`	字符串	必填
`aspect`	字符串	可选; 枚举： ["biological_process", "molecular_function", "cellular_component"]
`evidence`	字符串	可选
`taxon_id`	整数	可选
`include_term_names`	布尔值	可选; 默认值： false
`max_records`	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("genes", "get_go_annotations", {"uniprot_accession": "P04637", "aspect": "molecular_function", "evidence": "experimental_manual"})

`search_uniprot_entries`

按精确基因名（含同义名）、蛋白名称短语和／或精确 NCBI 物种 ID 检索活跃 UniProtKB 条目，组合条件按 AND 匹配。至少提供一个检索条件。reviewed 为 true 时只查 Swiss-Prot；不指定则包含已审阅与未审阅条目。返回一个按登录号排序的页面，不返回序列。继续分页时，传回 next_cursor，并保持筛选条件与 page_size 不变；游标不代表持久快照。按返回的 accession 调用 get_uniprot_entries 获取序列。

至少提供一个列出的检索条件；完整组合约束见下载的 schema。

字段	类型	必填与约束
`gene`	string	可选; minLength: `1`; maxLength: `200`; pattern: `"^(?=[\\s\\S]\\S)[^\"\\\\?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"`
`protein_name`	string	可选; minLength: `1`; maxLength: `200`; pattern: `"^(?=[\\s\\S]\\S)[^\"\\\\?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"`
`organism_id`	integer	可选; minimum: `1`; maximum: `2147483647`
`reviewed`	boolean	可选
`page_size`	integer	可选; default: `25`; minimum: `1`; maximum: `500`
`cursor`	string	可选; minLength: `1`; maxLength: `4096`; pattern: `"^[^\\s\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"`

const result = await host.mcp("genes", "search_uniprot_entries", {"gene": "TP53", "organism_id": 9606, "reviewed": true, "page_size": 25})

`get_uniprot_entries`

按 UniProt 登录号批量获取条目或序列，支持 JSON、FASTA 和 TXT。次级登录号会映射到当前主条目；检查输入映射及未找到项，不要将当前主登录号误当作另一个输入。

字段	类型	要求与约束
`accessions`	字符串数组	必填
`format`	字符串	可选; 枚举: ["fasta", "txt"]
`fields`	字符串数组	可选

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {"accessions": ["P04637", "P38398"], "fields": ["accession", "id", "protein_name", "gene_names", "organism_name", "length"]})

`submit_uniprot_id_mapping`

向 UniProt 提交最多 100000 个标识符的批量映射。from_db 与 to_db 必须是 UniProt API 支持的准确数据库名称，支持组合见其 configure/idmapping/fields。仅 from_db=Gene_Name 可指定 taxon_id，用于限定物种。每个 ID 独立成项，不含空白或分隔符；保留大小写和版本，精确重复项只提交一次。保存返回的 job_id，再查询状态和分页结果。此操作不自动重试或轮询；若提交响应丢失，远端任务可能已存在，不要盲目重提。结果最长保留约 7 天；关闭应用或取消本地请求不会取消远端任务。

字段	类型	必填与约束
`from_db`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 100; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_-]*$"
`to_db`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 100; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_-]*$"
`ids`	array of string	必填; minItems: 1; maxItems: 100000
`taxon_id`	integer	可选; minimum: 1; maximum: 2147483647

const result = await host.mcp("genes", "submit_uniprot_id_mapping", {"from_db":"Gene_Name","to_db":"UniProtKB","ids":["TP53","BRCA1"],"taxon_id":9606})

`get_uniprot_id_mapping_status`

查询一次已有 UniProt 映射任务。NEW／RUNNING 时至少间隔 3 秒再查询；FINISHED 后分页获取全部结果。上游 ERROR 规范化为 FAILED，表示任务失败，不等于标识符未匹配。保留 messages 中的错误，未知或过期任务的 HTTP 错误会向上传递。此操作不创建任务，也不自动轮询。

字段	类型	必填与约束
`job_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 100; pattern: "^[A-Za-z0-9_-]+$"

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_id_mapping_status", {"job_id":"ecuuh9h0Md"})

`get_uniprot_id_mapping_results`

获取已完成 UniProt 映射任务的一页 from/to 对。保持 job_id 和 page_size 不变，使用 next_cursor 继续，直到 has_more=false。一对多映射必须保留；同一输入的结果可能跨页，汇总全部页面后再判断。收集各页明确返回的 failed_ids，不要因某页没有输入项就推断其未匹配。total_results 是映射行数，不是成功输入 ID 数；one_to_many_in_page 仅反映当前页。

字段	类型	必填与约束
`job_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 100; pattern: "^[A-Za-z0-9_-]+$"
`page_size`	integer	可选; default: 100; minimum: 1; maximum: 500
`cursor`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 4096; pattern: "^[^\s\u0000-\u001f\u007f]+$"

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_id_mapping_results", {"job_id":"ecuuh9h0Md","page_size":100})

`map_reactome_pathways`

将基因符号或 UniProt 登录号映射到 Reactome 通路。id_type 与输入类型匹配，标识不得重复。compact 返回每项低层通路及 Reactome 发布信息；完整模式增加实体、反应统计和 identifiers_not_found。物种及分子资源视图应与研究输入一致。按请求的物种映射通路，不会把标识投影到人类。使用受支持的学名，例如 Homo sapiens 或 Mus musculus；完整名单见下载的结构定义。空值、不支持的物种或返回物种不匹配均会报错。found 和 n_found 表示标识被识别，不保证该物种中存在通路；识别成功也可能返回零条通路。compact 模式只返回低层通路。

字段	类型	要求与约束
`identifiers`	字符串数组	必填
`id_type`	字符串	必填; 枚举： ["symbol", "uniprot"]
`species`	字符串	可选; 默认值： "Homo sapiens"
`resource`	字符串	可选; 默认值： "TOTAL"
`include_disease`	布尔值	可选; 默认值： true
`compact`	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("genes", "map_reactome_pathways", {"identifiers": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "id_type": "symbol"})

`list_enrichment_sources`

查询指定物种可用的 g:Profiler 富集数据源及当前版本。物种使用明确代码，如 hsapiens；此操作不提交基因列表。g:Profiler 为服务运行保留有限查询元数据。

字段	类型	要求与约束
`organism`	string	必填; minLength: `1`; maxLength: `64`; pattern: `"^[a-z][a-z0-9_]*$"`

const result = await host.mcp("genes", "list_enrichment_sources", {"organism": "hsapiens"})

`enrich_gene_set`

对指定物种的基因集执行 g:Profiler 富集，支持 GO、Reactome 等可用来源、统计背景、欠代表检验和多重检验校正。结果保留未映射、歧义及重复标识，不能将它们静默丢弃。

字段	类型	要求与约束
`genes`	字符串数组	必填; 最少项数: 1; 最多项数: 5000
`organism`	string	必填; minLength: `1`; maxLength: `64`; pattern: `"^[a-z][a-z0-9_]*$"`
`sources`	字符串数组	可选; 最多项数: 100
`background_genes`	字符串数组	可选; 最少项数: 1; 最多项数: 20000
`domain_scope`	字符串	可选; 枚举: ["annotated", "known", "custom", "custom_annotated"]
`correction_method`	字符串	可选; 默认值: "g_SCS"; 枚举: ["g_SCS", "bonferroni", "fdr"]
`user_threshold`	数值	可选; 最大值: 1; 排除最小值: 0
`all_results`	布尔值	可选; 默认值: false
`ordered`	布尔值	可选; 默认值: false
`measure_underrepresentation`	布尔值	可选; 默认值: false
`no_iea`	布尔值	可选; 默认值: false
`no_evidences`	布尔值	可选; 默认值: false
`numeric_ns`	字符串	可选; 最短长度: 1; 最长长度: 64

const result = await host.mcp("genes", "enrich_gene_set", {"genes": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "organism": "hsapiens", "sources": ["GO:BP", "REAC"], "correction_method": "fdr"})

`list_enrichr_libraries`

列出指定生物体对应的 Enrichr 库及覆盖统计。human 部署同时提供人和小鼠相关库；其他支持的生物体使用各自部署。先列库再选择实际存在且适合物种的名称。

字段	类型	必填与约束
`organism`	string	可选; default: "human"; enum: ["human", "fly", "yeast", "worm", "fish"]

const result = await host.mcp("genes", "list_enrichr_libraries", {"organism": "human"})

`enrich_gene_set_enrichr`

使用选定的 Enrichr 库对基因符号或标识符做富集分析。自定义背景通过 Speedrichr，仅适用于 human 部署。Enrichr 不报告未映射标识符，mapping_status 为 not_reported_by_enrichr。基因列表会提交给外部服务；后续请求失败不会自动撤销此前上传。检查每个库的 n_total_results、n_results 与 truncated；max_results 默认 100、最高 500。

字段	类型	必填与约束
`genes`	array of string	必填; minItems: 1; maxItems: 5000
`libraries`	array of string	必填; minItems: 1; maxItems: 10
`background_genes`	array of string	可选; minItems: 1; maxItems: 20000
`organism`	string	可选; default: "human"; enum: ["human", "fly", "yeast", "worm", "fish"]
`description`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 200
`max_results`	integer	可选; default: 100; minimum: 1; maximum: 500

const result = await host.mcp("genes", "enrich_gene_set_enrichr", {"genes": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "libraries": ["ChEA_2022", "LINCS_L1000_Chem_Pert_up"]})

`get_hgnc_gene`

按精确的人类基因符号查询 HGNC 命名记录，保留批准／撤回状态、名称、别名、交叉引用和修改日期。

字段	类型	要求与限制
`symbol`	string	必填; 最短长度: 1; 最长长度: 100

const result = await host.mcp("genes", "get_hgnc_gene", {"symbol": "BRCA1"})

`resolve_hgnc_alias`

按精确的人类基因别名查询 HGNC，返回所有匹配项，不自动挑选歧义名称。已批准的符号使用 get_hgnc_gene 查询。

字段	类型	要求与限制
`symbol`	string	必填; 最短长度: 1; 最长长度: 100

const result = await host.mcp("genes", "resolve_hgnc_alias", {"symbol": "P53"})

`get_hgnc_service_info`

读取 HGNC 官方 REST 服务元数据、可检索字段和存储字段；与已有 HGNC 查询共用请求限制，不要求密钥。

无需输入字段；传入空对象。

const result = await host.mcp("genes", "get_hgnc_service_info", {})

`query_hgnc_field`

按已记录的 HGNC 字段取记录或检索，包括历史符号和外部标识。search 返回索引标识，fetch 返回存储记录；保留歧义和有效或撤回状态，不静默选定一个基因。

字段	类型	必填性与限制
`mode`	string	可选; default: "fetch"; enum: ["fetch", "search"]
`field`	string	必填; enum: ["symbol", "alias_symbol", "prev_symbol", "name", "hgnc_id", "entrez_id", "ensembl_gene_id"]
`value`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 300
`max_rows`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("genes", "query_hgnc_field", {"field": "entrez_id", "value": "7157", "mode": "fetch"})

`list_hgnc_files`

列出 HGNC 官方公开存储桶中的对象、大小、身份或校验信息及分页令牌。仅发现下载链接，不下载文件或创建本地状态；ETag 不是 SHA256 校验和。

字段	类型	必填性与限制
`prefix`	string	可选; default: "hgnc/tsv/tsv/"; maxLength: 200; pattern: "^hgnc/[A-Za-z0-9_./-]*$"
`cursor`	string	可选; default: ""; maxLength: 4096
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("genes", "list_hgnc_files", {"prefix": "hgnc/tsv/tsv/", "limit": 5})

基因组

展开操作与参数

`blast_submit`

向公共 NCBI BLAST 服务提交一条核酸或蛋白序列。必须明确 molecule_type；序列会发送给 NCBI。保存返回的 RID，至少等候 60 秒再查询状态；同一 RID 的请求至少间隔 60 秒，所有 BLAST 请求至少间隔 10 秒。提交回执丢失时会报告 blast_submission_unknown，不要自动重复提交。

字段	类型	必填与约束
`sequence`	string	必填; minLength: `1`; maxLength: `100000`
`molecule_type`	string	必填; enum: `["nucleotide", "protein"]`
`database`	string	可选; enum: `["nt", "core_nt", "refseq_rna", "nr", "refseq_protein", "swissprot"]`
`evalue`	number	可选; exclusiveMinimum: `0`; maximum: `1000`
`hitlist_size`	integer	可选; minimum: `1`; maximum: `100`
`megablast`	boolean	可选

const result = await host.mcp("genomes", "blast_submit", {"sequence": "ATGCGTACGTAGCTAG", "molecule_type": "nucleotide", "database": "nt"})

`blast_status`

查询 NCBI BLAST RID 的状态，保留 READY、WAITING、FAILED 或 UNKNOWN 状态及服务返回的重试间隔。READY 后再取结果；同一 RID 的请求至少间隔 60 秒，不要把 WAITING 当作提交失败后重新提交。

字段	类型	必填与约束
`rid`	string	必填; minLength: `1`; maxLength: `128`

const result = await host.mcp("genomes", "blast_status", {"rid": "AYEFB4DT014"})

`blast_results`

获取 BLAST RID 的有界报告，支持 json2、xml2、text 或 tabular，最多 2 MiB。等待 blast_status 返回 READY，并距同一 RID 上次请求至少 60 秒后再调用。仍在计算时返回 ready=false。tabular 是 NCBI 的文本表格报告，可能含 HTML 注释、PRE 标签及报告头，不是纯 TSV／CSV；保留原始响应后再解析。

字段	类型	必填与约束
`rid`	string	必填; minLength: `1`; maxLength: `128`
`format`	string	可选; enum: `["json2", "xml2", "text", "tabular"]`

const result = await host.mcp("genomes", "blast_results", {"rid": "AYEFB4DT014", "format": "json2"})

`ensembl_lookup`

按稳定标识或基因符号查询 Ensembl。query_type 可为 auto、id 或 symbol；auto 先查标识，仅在明确未找到且不是规范 ENS/LRG 标识时回退到符号。支持带版本 ENS、FlyBase、WormBase 和酵母标识。species 仅用于符号查询，默认 homo_sapiens，不会从符号推断；expand 可展开转录本、外显子和翻译。无效请求与服务失败会报错。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`query_type`	字符串	可选; 默认值: "auto"; 枚举: ["auto", "id", "symbol"]
`species`	字符串	可选; 默认值: "homo_sapiens"
`expand`	布尔值	可选; 默认值: false

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_lookup", {"query": "BRAF", "query_type": "symbol"})

`ensembl_xrefs`

获取 Ensembl 稳定 ID 到 HGNC、EntrezGene、UniProt、OMIM、RefSeq 等数据库的完整交叉引用。external_db 是精确数据库名筛选；结果按 dbname、primary_id 排序，未知 ID 返回 n_xrefs 为 0。

字段	类型	要求与约束
`stable_id`	字符串	必填
`external_db`	字符串	可选

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_xrefs", {"stable_id": "ENSG00000157764", "external_db": "HGNC"})

`ensembl_vep_variant`

使用 Ensembl VEP 查询变异后果。提供 hgvs_notation 时，不能同时传入 variant_id、region、allele 或 allele_orientation；支持基因组、编码和蛋白 HGVS，原样传递参考序列版本。否则 variant_id 优先于 region/allele，allele 不筛选 ID 查询结果。区域模式使用当前物种组装，人类为 GRCh38；坐标为 1-based 闭区间，插入为 start=end+1。allele_orientation 默认 forward，即使区域带 :-1，等位基因仍按参考正链解释；region 模式会反向互补负链序列等位基因，负链符号等位基因应使用 forward。HGVS 查询不提供组装选择或 liftover，也不验证输入参考版本：version_validation 为 unchecked。matched 仅比较去掉版本后缀的参考身份，不表示版本验证通过。保留 assembly_name、版本化 transcript_id、hgvsc/hgvsp 和 input_reference_annotations。max_consequences 限制逐转录本结果，检查完整计数与截断标志；预测后果不是临床致病性结论。

字段	类型	要求与限制
`variant_id`	string	按查询模式选择；见上文互斥与链方向规则
`hgvs_notation`	string	按查询模式选择；见上文互斥与链方向规则; 最短长度: 1
`region`	string	按查询模式选择；见上文互斥与链方向规则
`allele`	string	按查询模式选择；见上文互斥与链方向规则
`allele_orientation`	string	按查询模式选择；见上文互斥与链方向规则; 默认值: "forward"; 允许值: ["forward", "region"]
`species`	string	可选; 默认值: "homo_sapiens"
`max_consequences`	integer	可选; 默认值: 25

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_vep_variant", {"variant_id": "rs7412", "max_consequences": 25})

`ensembl_homology`

从 Ensembl Compara 查询直系同源、旁系同源或投影关系。gene_symbol 与 gene_id 二选一；符号先解析到稳定 ID。target_species 与 target_taxon 同时给出时为 OR 关系。返回精简记录、完整 n_total 和截断标志，不返回比对或序列。

字段	类型	要求与约束
`gene_symbol`	字符串	可选
`gene_id`	字符串	可选
`homology_type`	字符串	可选; 默认值： "orthologues"; 枚举： ["orthologues", "paralogues", "projections"]
`target_species`	字符串	可选
`target_taxon`	整数	可选
`species`	字符串	可选; 默认值： "homo_sapiens"
`max_homologies`	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_homology", {"gene_symbol": "BRAF", "target_species": "mus_musculus"})

`ensembl_sequence`

获取 Ensembl 标识对应的序列，保留请求类型和身份。CDS 或蛋白序列不支持的标识、无效请求和服务失败会报告错误，不能一概当作空序列或未找到。

字段	类型	要求与约束
`stable_id`	字符串	可选
`region`	字符串	可选
`species`	字符串	可选; 默认值: "homo_sapiens"
`seq_type`	字符串	可选; 默认值: "genomic"; 枚举: ["genomic", "cdna", "cds", "protein"]
`max_bytes`	整数	可选; 默认值: 400000

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_sequence", {"stable_id": "ENSP00000288602", "seq_type": "protein"})

`ensembl_overlap_region`

列出与 Ensembl 区域重叠的基因、转录本、调控元件、重复或变异等特征。区域是从 1 开始的闭区间，超过 5 Mb 需拆分。返回完整 n_total、按起点和 ID 排序的特征及 features_truncated；空区域返回 0 项。

字段	类型	要求与约束
`region`	字符串	必填
`feature`	字符串	可选; 默认值： "gene"; 枚举： ["gene", "transcript", "exon", "cds", "regulatory", "motif", "repeat", "variation", "structural_variation", "band", "simple", "misc"]
`species`	字符串	可选; 默认值： "homo_sapiens"
`max_features`	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_overlap_region", {"region": "7:140719327-140925199", "feature": "gene"})

`ncbi_resolve_taxon`

将物种名称、常用名或数字 TaxID 解析为 NCBI Taxonomy 标识；保留多个匹配及截断状态，不能自动将第一项当作唯一物种。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填; 最短长度: 1; 最长长度: 200
`max_matches`	整数	可选; 默认值: 20; 最小值: 1; 最大值: 100

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_resolve_taxon", {"query": "human"})

`ncbi_get_assembly_info`

核对带版本号的 GCF/GCA 组装身份，包括物种、组装名、UCSC 别名、状态与配对的 RefSeq/GenBank 登录号。拒绝无版本登录号；历史版本不会被默默替换成最新版。

字段	类型	要求与约束
`assembly_accession`	string	必填; pattern: `"^GC[AF]_[0-9]{9}\\.[0-9]+$"`

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_get_assembly_info", {"assembly_accession": "GCF_000001405.40"})

`ncbi_get_sequence_aliases`

查询指定版本组装的 UCSC、RefSeq 和 GenBank 序列别名，可限定一个序列名。共享染色体标签可能对应多条序列，应保留歧义；max_sequences 限制返回前缀，需检查 matches_truncated。

字段	类型	要求与约束
`assembly_accession`	string	必填; pattern: `"^GC[AF]_[0-9]{9}\\.[0-9]+$"`
`sequence`	字符串	可选; 最短长度: 1; 最长长度: 200
`max_sequences`	整数	可选; 默认值: 200; 最小值: 1; 最大值: 5000

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_get_sequence_aliases", {"assembly_accession": "GCF_000001405.40", "sequence": "chr1"})

`ucsc_list_tracks`

列出 UCSC 指定组装的可查询叶级轨道，可按名称或标签进行不区分大小写的筛选。返回轨道名称、类型、所属组、完整匹配数及截断状态。首次访问某组装会加载并缓存完整目录，建议先用 filter_text 缩小结果。

字段	类型	要求与约束
`genome`	字符串	可选; 默认值： "hg38"
`filter_text`	字符串	可选
`max_tracks`	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_list_tracks", {"genome": "hg38", "filter_text": "phyloP", "max_tracks": 50})

`ucsc_track_data`

获取 UCSC 指定轨道在区域中的原始记录。chrom 须含 chr 前缀，start/end 使用从 0 开始的半开区间；Ensembl 起点需减 1。返回行结构取决于轨道，truncated 反映上游限制；若提供 dataDownloadUrl，可用它获取大规模数据。坐标须为非负安全整数，并满足 end > start；无效值会报错，不会被取整或截到另一个位置。

字段	类型	要求与约束
`track`	字符串	必填
`chrom`	字符串	必填
`start`	整数	必填; 最小值： 0; 最大值： 9007199254740991
`end`	整数	必填; 最小值： 0; 最大值： 9007199254740991
`genome`	字符串	可选; 默认值： "hg38"
`max_rows`	整数	可选; 默认值： 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_track_data", {"track": "cpgIslandExt", "chrom": "chr7", "start": 140700000, "end": 140800000, "genome": "hg38"})

`ucsc_conservation`

读取 UCSC phyloP／phastCons 保守性轨道的区域统计。chrom 使用 chr 前缀，start/end 为从 0 开始的半开区间，跨度最多 100000 bp。默认 genome=hg38；默认轨道分别为 hg19: phyloP100wayAll、hg38: phyloP100way、mm10: phyloP60wayAll、mm39: phyloP35way。其他基因组保留 phyloP100way 回退，但轨道可能不存在，应先用 ucsc_list_tracks 核对。include_values 可返回受 max_values 限制的逐碱基数据。统计按覆盖的碱基跨度加权并裁剪到窗口；未覆盖位置降低 coverage_fraction，不作为零分处理。上游结果截断或非数值轨道会报错。

字段	类型	必填与约束
`chrom`	string	必填
`start`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 9007199254740991
`end`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 9007199254740991
`genome`	string	可选; default: "hg38"
`track`	string	可选
`include_values`	boolean	可选; default: false
`max_values`	integer	可选; default: 2000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_conservation", {"chrom": "chr7", "start": 140753330, "end": 140753380, "track": "phyloP100way"})

`ucsc_tfbs_clusters`

获取指定区域重叠的 ENCODE 转录因子结合位点聚类。支持 hg38 或 hg19 对应轨道；坐标从 0 开始、右端不含。返回因子集合、聚类位置、分数、支持实验数和截断状态，便于进一步检查支持证据。坐标须为非负安全整数，并满足 end > start；无效值会报错，不会被取整或截到另一个位置。

字段	类型	要求与约束
`chrom`	字符串	必填
`start`	整数	必填; 最小值： 0; 最大值： 9007199254740991
`end`	整数	必填; 最小值： 0; 最大值： 9007199254740991
`genome`	字符串	可选; 默认值： "hg38"
`max_rows`	整数	可选; 默认值： 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_tfbs_clusters", {"chrom": "chr7", "start": 140699000, "end": 140760000, "genome": "hg38"})

`ucsc_chrom_sizes`

获取 UCSC 组装的染色体与 contig 名称、长度，可按名称筛选。返回组装总数、筛选后数量和截断标志；长度用于校验坐标，不能把备用或未定位序列误作主染色体。

字段	类型	要求与约束
`genome`	字符串	可选; 默认值： "hg38"
`filter_text`	字符串	可选
`max_chroms`	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_chrom_sizes", {"genome": "hg38", "filter_text": "chr1", "max_chroms": 25})

`clustalo_submit`

向 EMBL-EBI Clustal Omega 提交至少三条蛋白质、DNA 或 RNA FASTA 序列，记录名称必须唯一；最多 4000 条或 4 MiB。返回 job_id 后保存并查询状态，再获取结果。默认 outfmt=clustal_num，包含位置编号。需在 Settings → Privacy → Share contact email with research data services 配置有效联系邮箱。序列会发送到 EMBL-EBI，输入和结果可能保存在会话或 Notebook 中。响应丢失不等于未提交，不要自动重提。结果保留期由提供方控制，文档说明最长约一周；应用退出仅停止本地请求，不取消远端任务。每批最多 30 个任务，等处理或获取结果后再提交下一批；连接器不跨调用限流。

字段	类型	必填与约束
`sequence`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 4194304
`stype`	string	必填; enum: ["protein", "dna", "rna"]
`outfmt`	string	可选; enum: ["clustal_num"]
`title`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 200
`dealign`	boolean	可选
`order`	string	可选; enum: ["aligned", "input"]

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_submit", {"sequence": ">human\nMKT\n>mouse\nMRT\n>rat\nMRT\n", "stype": "protein"})

`clustalo_status`

查询一次已有 Clustal Omega 任务，不自动轮询或等待。至少间隔 10 秒再查，直到 FINISHED、ERROR、FAILURE 或 NOT_FOUND。重启后保留原 job_id 继续查询。

字段	类型	必填与约束
`job_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 128

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_status", {"job_id":"clustalo-I20240923-000000-0000-0000000-p1m"})

`clustalo_results`

获取已完成任务的 clustal_num 原始比对文件，使用提交返回的相同 outfmt。返回比对内容与建议文件名，需由调用者保存。结果上限 8 MiB；QUEUED／RUNNING 时返回 ready:false 与重试提示，失败保留 job_id 供诊断，不自动重试或重提。结果可能在约一周内过期，应及时保存；应用退出不取消远端任务。

字段	类型	必填与约束
`job_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 128
`outfmt`	string	必填; enum: ["clustal_num"]

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_results", {"job_id":"clustalo-I20240923-000000-0000-0000000-p1m", "outfmt":"clustal_num"})

`ensembl_ld_pairwise`

在明确指定的人群中查询两个变异的连锁不平衡 r² 与 D′。必须提供完整 population_name，不会自动识别人群或祖源；species 默认 homo_sapiens。保留返回的变异标识符、人群、参考面板、查询 URL 和时间。该接口不报告参考基因组或 Ensembl 版本，对应字段为 null。空结果表示未返回数据，不能解释为零 LD；高 LD 不等于因果关系。

字段	类型	必填与约束
`variant_id1`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`variant_id2`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`population_name`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`species`	string	可选; default: "homo_sapiens"; minLength: 1; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_ld_pairwise", {"variant_id1": "rs6792369", "variant_id2": "rs1042779", "population_name": "1000GENOMES:phase_3:KHV"})

`ensembl_ld_proxies`

查询指定变异在人群中的邻近 LD 代理变异。population_name 必填；min_r2 默认 0.8，min_d_prime 默认 0，阈值均包含边界。window_size 是以变异为中心的窗口总宽度，单位 kb，默认 500，即两侧各约 250 kb。先按 r²、D′ 降序和变异 ID 排序，再按 max_records 限制输出；它不限制上游计算或下载量。n_proxies 为截断前满足条件的非自身记录数，坐标为 1-based inclusive。空结果不代表零 LD，高 LD 也不代表功能等价或因果。参考基因组及 Ensembl 版本未由接口提供，保留 null。

字段	类型	必填与约束
`variant_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`population_name`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`species`	string	可选; default: "homo_sapiens"; minLength: 1; pattern: "\S"
`min_r2`	number	可选; default: 0.8; minimum: 0; maximum: 1
`min_d_prime`	number	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1
`window_size`	integer	可选; default: 500; minimum: 1; maximum: 500
`max_records`	integer	可选; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_ld_proxies", {"variant_id": "rs1042779", "population_name": "1000GENOMES:phase_3:KHV", "min_r2": 0.8, "window_size": 500, "max_records": 100})

变异

展开操作与参数

gnomAD 坐标规则：同时记录数据集固定标识与参考组装。短变异的基因/区域查询中，r2.1/ExAC 使用 GRCh37，r3/r4 使用 GRCh38；结构变异的基因查询使用 gnomad_sv_r2_1（GRCh37）或 gnomad_sv_r4（GRCh38）；修改数据集不会转换输入坐标。gene_constraint 和 gnomAD 的 ClinVar 镜像固定使用 GRCh38 查询基因，不接收 dataset 参数。线粒体查询的父级定位也固定为 GRCh38；必须选择基因或成对且有序的区域边界，不能混用。区域边界须为 1—999,999,999 的整数。百万碱基差值上限属于 region_variants，不是另一个线粒体限制。结构变异 ID 必须与其所属的 SV 数据集配套。

`get_variant`

按 chrom-pos-ref-alt 查询 gnomAD 短变异。坐标必须对应数据集组装：r3/r4 为 GRCh38，r2.1/ExAC 为 GRCh37；rsID 先经 search_variants 解析。include_populations 为 true 时附加可用人群计数与频率。保留数据集、等位基因计数和质量过滤；罕见本身不能确定致病性。

字段	类型	要求与约束
`variant_id`	字符串	必填
`dataset`	字符串	可选; 默认值: "gnomad_r4"; 枚举: ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]
`include_populations`	布尔值	可选; 默认值: false

const result = await host.mcp("variants", "get_variant", {"variant_id": "19-44908822-C-T", "dataset": "gnomad_r4"})

`search_variants`

在 gnomAD 中按 rsID、变异 ID 或前缀搜索，返回可供 get_variant 使用的 chrom-pos-ref-alt 标识。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`dataset`	字符串	可选; 默认值： "gnomad_r4"; 枚举： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "search_variants", {"query": "rs7412", "dataset": "gnomad_r4"})

`gene_variants`

列出一个基因内的全部 gnomAD 短变异。基因边界与变异坐标使用所选数据集的参考组装：r2.1/ExAC 为 GRCh37，r3/r4 为 GRCh38。大基因可能返回数千行。gene_symbol（HGNC 符号，如 APOE）和 gene_id（Ensembl ID，如 ENSG00000130203）必须二选一。

字段	类型	要求与约束
`gene_symbol`	字符串	可选
`gene_id`	字符串	可选
`dataset`	字符串	可选; 默认值： "gnomad_r4"; 枚举： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "gene_variants", {"gene_symbol": "APOE", "dataset": "gnomad_r4"})

`gene_constraint`

获取 gnomAD 基因约束指标，包括 pLI、功能缺失/错义/同义变异的观测期望比、90% 置信区间和 z 分数。gene_symbol 与 gene_id 二选一；结合指标定义与数据集解释基因对变异的耐受性。

字段	类型	要求与约束
`gene_symbol`	字符串	可选
`gene_id`	字符串	可选

const result = await host.mcp("variants", "gene_constraint", {"gene_symbol": "TP53"})

`region_variants`

列出指定区域内的全部 gnomAD 短变异。chrom 接受 1—22、X、Y，也接受可选的 chr 前缀和小写 x/y。start/stop 为从 1 开始的闭区间整数，范围 1—999,999,999；必须满足 start ≤ stop 且 stop − start ≤ 1,000,000。r2.1/ExAC 使用 GRCh37，r3/r4 使用 GRCh38。输入坐标必须已采用相应组装；选择数据集不会自动进行 liftover。

字段	类型	要求与约束
`chrom`	字符串	必填
`start`	整数	必填; 最小值： 1; 最大值： 999999999
`stop`	整数	必填; 最小值： 1; 最大值： 999999999
`dataset`	字符串	可选; 默认值： "gnomad_r4"; 枚举： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "region_variants", {"chrom": "1", "start": 55039475, "stop": 55064852, "dataset": "gnomad_r4"})

`liftover_variant`

通过 gnomAD 映射表在 GRCh37 与 GRCh38 间转换变异 ID。source_build 必须匹配输入坐标；方向错误可能得到零结果，而非报错。

字段	类型	要求与约束
`variant_id`	字符串	必填
`source_build`	字符串	可选; 默认值： "GRCh37"; 枚举： ["GRCh37", "GRCh38"]

const result = await host.mcp("variants", "liftover_variant", {"variant_id": "1-55516888-G-GA", "source_build": "GRCh37"})

`clinvar_variants`

获取 gnomAD 镜像中的基因 ClinVar 变异，包含临床意义、审核状态和星级。clinvar_release_date 标识所用快照；gene_symbol 与 gene_id 二选一。

字段	类型	要求与约束
`gene_symbol`	字符串	可选
`gene_id`	字符串	可选

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variants", {"gene_symbol": "BRCA1"})

`structural_variants`

列出 gnomAD 中与基因重叠的结构变异。gene_symbol 与 gene_id 二选一；dataset 需选择对应的 SV 数据发布，且组装与变异 ID 均随发布变化。

字段	类型	要求与约束
`gene_symbol`	字符串	可选
`gene_id`	字符串	可选
`dataset`	字符串	可选; 默认值： "gnomad_sv_r4"; 枚举： ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "structural_variants", {"gene_symbol": "TP53", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

`get_structural_variant`

按发布专属 SV ID 查询 gnomAD 结构变异。dataset 必须与该 ID 的来源发布一致，不能跨发布直接复用 ID。

字段	类型	要求与约束
`sv_id`	字符串	必填
`dataset`	字符串	可选; 默认值： "gnomad_sv_r4"; 枚举： ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "get_structural_variant", {"sv_id": "DEL_CHR17_A5250EA9", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

`mitochondrial_variants`

按线粒体基因或 chrM 坐标区间查询 gnomAD 线粒体变异，保留异质性相关计数。只支持 GRCh38 的 gnomad_r3 和 gnomad_r4，不能使用 r2.1 或 ExAC。基因与区间二选一；未知基因返回 gene_id=null、原查询和空列表。

字段	类型	必填与约束
`gene_symbol`	string	可选
`gene_id`	string	可选
`region_start`	integer	可选; minimum: `1`; maximum: `999999999`
`region_stop`	integer	可选; minimum: `1`; maximum: `999999999`
`dataset`	string	可选; default: `"gnomad_r4"`; enum: `["gnomad_r4", "gnomad_r3"]`

const result = await host.mcp("variants", "mitochondrial_variants", {"gene_symbol": "MT-TL1", "dataset": "gnomad_r4"})

NCBI 联系邮箱在 Settings → Credentials → Literature access → Contact email 中保存，下方 ClinVar/dbSNP 查询使用此配置。

`clinvar_search`

直接检索 NCBI ClinVar，返回变异、临床意义、审核状态和星级。须配置供科研数据服务使用的联系邮箱。query 支持 Entrez 字段与布尔语法；返回总数及截断标志。上游繁忙出现 HTTP 500 时，可稍后重试一次。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`max_records`	整数	可选; 默认值： 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_search", {"query": "BRCA1 pathogenic[CLIN_SIG]", "max_records": 50})

`clinvar_get_records`

批量获取 ClinVar VCV、RCV 或裸 variation ID 的完整记录，最多 50 项，支持带版本 VCV。需要联系邮箱；RCV 会解析到父 VCV。rsID 应使用 clinvar_variant_by_rsid；未找到输入会明确列出。

字段	类型	要求与约束
`accessions`	['字符串', '数组']	必填

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_get_records", {"accessions": ["VCV000045122", "RCV000019428", "45123"]})

`clinvar_variant_by_rsid`

按 dbSNP rsID 获取所有关联的 ClinVar variation 记录。需要联系邮箱；一个 rsID 可能对应多个替代等位基因的 VCV。total 是实际匹配总数，truncated 标记截断；零结果表示未找到关联记录。

字段	类型	要求与约束
`rsid`	字符串	必填
`max_records`	整数	可选; 默认值： 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variant_by_rsid", {"rsid": "rs121913529", "max_records": 50})

`dbsnp_get_rsids`

批量获取 dbSNP RefSNP 记录，最多 20 个 rsID。需要联系邮箱，否则返回 contact_email_required。包含组装定位、等位基因、群体频率和 ClinVar 关联；not_found 与超时未处理的 not_processed 分开列出。merged 状态应继续查询 merged_into。定位为从 1 开始的坐标，SPDI 使用从 0 开始的碱基间坐标。

字段	类型	要求与约束
`rsids`	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_get_rsids", {"rsids": ["rs7412", "rs429358"]})

`dbsnp_search_by_region`

按区域查询 dbSNP rsID。需要联系邮箱；坐标从 1 开始且包含终点，最长 1 Mb，必须匹配 assembly。返回总数、返回数、截断状态及实际 Entrez 查询；取得 ID 后可每批最多 20 项调用 dbsnp_get_rsids。

字段	类型	要求与约束
`chrom`	字符串	必填
`start`	整数	必填
`stop`	整数	必填
`assembly`	字符串	可选; 默认值： "GRCh38"; 枚举： ["GRCh38", "GRCh37"]
`max_rsids`	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_search_by_region", {"chrom": "19", "start": 44905000, "stop": 44910000, "assembly": "GRCh38"})

`mavedb_search_score_sets`

按基因、蛋白或实验关键词搜索公开 MaveDB 变异效应实验分数集。无需 API key 或联系邮箱。返回一页及可用的上游总数；功能分数依赖实验，不是临床分类或群体频率。

字段	类型	必填与约束
`text`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 1000; pattern: "\S"
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000000
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_search_score_sets", {"text":"BRCA1","limit":20})

`mavedb_get_score_set`

按 URN 获取公开分数集的靶标、实验、许可、论文和关联实验信息，并提供完整 CSV 及变异映射的官方手动下载 URL。解释分数前阅读实验方法和校准信息。

字段	类型	必填与约束
`urn`	string	必填; pattern: "^urn:mavedb:[0-9]{8}-(?:[a-z]+\|0)-[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_score_set", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1"})

`mavedb_download_scores`

获取一页原始 CSV 分数文本（默认 1000 行，最多 10000 行），使用 start/limit，不使用 offset。保留全部分数列和 NA；需要另外保存成文件。按 numVariants 规划分页，一页不等于完整数据；也可使用返回的官方 URL 手动下载完整文件。

字段	类型	必填与约束
`urn`	string	必填; pattern: "^urn:mavedb:[0-9]{8}-(?:[a-z]+\|0)-[1-9][0-9]*$"
`start`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000000
`limit`	integer	可选; default: 1000; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_download_scores", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1","start":0,"limit":1000})

`mavedb_get_mapped_variants`

读取 MaveDB 已有的 GA4GH VRS 变异映射，包括参考序列、VRS 版本和失败记录；不会提交变异或执行 liftover。接口不分页，受共享的 64 MiB 响应限制；大型数据可从分数集详情取得官方 URL 手动下载。404 也可能表示没有映射记录。

字段	类型	必填与约束
`urn`	string	必填; pattern: "^urn:mavedb:[0-9]{8}-(?:[a-z]+\|0)-[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_mapped_variants", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1"})

`mavedb_get_experiment`

按不带分数集后缀的实验 URN 获取公开实验方法、论文、实验集合及 scoreSetUrns，支持 -0 元分析实验，无需认证。

字段	类型	必填与约束
`urn`	string	必填; pattern: "^urn:mavedb:[0-9]{8}-(?:[a-z]+\|0)$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_experiment", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a"})

`mavedb_get_experiment_score_sets`

列出公开实验中可见的分数集。上游会按可见性和替代关系筛选，这不是完整版本历史；结果不分页。404 也可能表示没有可用的关联分数集。

字段	类型	必填与约束
`urn`	string	必填; pattern: "^urn:mavedb:[0-9]{8}-(?:[a-z]+\|0)$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_experiment_score_sets", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a"})

`clinvar_get_submissions`

读取 ClinVar VCV 记录中的逐条 SCV 提交证据，需要已有 NCBI 联系邮箱，API key 可选。accession 接受可带版本号的 VCV 或正整数 Variation ID，不接受 RCV、SCV 或 rsID。首页未指定版本时解析最新版本；后续分页沿返回的 next_page 参数固定版本。保留提交者、条件、评估日期、断言方法、观测和引用，分别比较胚系、体细胞临床影响及致癌性分类，不能将不同类型或疾病的标签直接视为冲突。缺失字段保留 null 或空列表；间接 Included 记录不是该 VCV 的直接 SCV 证据，查询异常不代表不存在提交。

字段	类型	必填与约束
`accession`	string	必填
`max_submissions`	integer	可选; default: 200; minimum: 1; maximum: 200
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_get_submissions", {"accession":"VCV000045122"})

临床试验

展开操作与参数

`search_trials`

检索 ClinicalTrials.gov，可按疾病、干预、申办方、地点、状态、阶段和研究类型筛选。文本字段支持 Essie 查询语法；page_token 用于翻页，count_total 请求总数，advanced_query 可补充高级表达式。

字段	类型	要求与约束
`condition`	字符串	可选
`intervention`	字符串	可选
`sponsor`	字符串	可选
`location`	字符串	可选
`status`	字符串数组	可选
`phase`	字符串数组	可选
`study_type`	字符串	可选; 枚举： ["INTERVENTIONAL", "OBSERVATIONAL", "EXPANDED_ACCESS"]
`advanced_query`	字符串	可选
`page_size`	整数	可选; 默认值： 10; 最小值： 1; 最大值： 1000
`page_token`	字符串	可选
`count_total`	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_trials", {"condition": "lung cancer", "status": ["RECRUITING"], "phase": ["PHASE3"], "count_total": true, "page_size": 10})

`get_trial_details`

按 NCT ID 获取临床试验的资格条件、研究设计、终点、地点、申办方、日期、入组人数和结果链接。ID 为 NCT 加八位数字，裸数字会补前缀。

字段	类型	要求与约束
`nct_id`	字符串	必填

const result = await host.mcp("clinical-trials", "get_trial_details", {"nct_id": "NCT03661411"})

`search_by_sponsor`

按申办公司或机构名称部分匹配试验，可进一步限制疾病、阶段和状态。用 page_token 翻页，count_total 获取匹配总数。

字段	类型	要求与约束
`sponsor_name`	字符串	必填
`condition`	字符串	可选
`phase`	字符串数组	可选
`status`	字符串数组	可选
`page_size`	整数	可选; 默认值： 10; 最小值： 1; 最大值： 1000
`page_token`	字符串	可选
`count_total`	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_sponsor", {"sponsor_name": "Pfizer", "phase": ["PHASE3"], "count_total": true})

`search_investigators`

按疾病、机构、地点或姓名查找研究者和研究中心。institution 优先于 location；返回联系人、角色、机构、地点及 NCT ID。page_size 限制扫描的试验数量。

字段	类型	要求与约束
`condition`	字符串	可选
`institution`	字符串	可选
`location`	字符串	可选
`investigator_name`	字符串	可选
`status`	字符串数组	可选
`page_size`	整数	可选; 默认值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_investigators", {"condition": "Alzheimer", "institution": "Mayo Clinic", "page_size": 20})

`analyze_endpoints`

分析主要、次要及其他终点。nct_id 对应单试验路线，condition 对应跨试验汇总；同时给出时优先 nct_id。汇总可限制阶段和起始日期，结果范围受 page_size 限制。

字段	类型	要求与约束
`nct_id`	字符串	可选
`condition`	字符串	可选
`phase`	字符串数组	可选
`start_date_after`	字符串	可选
`page_size`	整数	可选; 默认值： 50; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "analyze_endpoints", {"nct_id": "NCT03661411"})

`search_by_eligibility`

按 ClinicalTrials.gov 纳入条件搜索临床试验，核对年龄边界与生物学性别筛选。返回记录需继续阅读原始纳入与排除条件，搜索匹配不能代替实际入组判断。

字段	类型	要求与约束
`condition`	字符串	可选
`eligibility_keywords`	字符串	可选
`min_age`	字符串	可选
`max_age`	字符串	可选
`sex`	字符串	可选; 枚举: ["ALL", "MALE", "FEMALE"]
`status`	字符串数组	可选
`page_size`	整数	可选; 默认值: 10; 最小值: 1; 最大值: 1000
`page_token`	字符串	可选

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_eligibility", {"condition": "diabetes", "min_age": "65 Years", "sex": "FEMALE"})

`get_trial_results`

按 NCT 标识符读取已经公布的试验结果。接受大小写不同的 NCT 或八位数字；保留结局测量、分组人数和分母、单位、统计分析、受试者流程、基线特征、不良事件及报告限制。嵌套字段保留官方 API 命名和层级。groupId/groupIds 只能与同一模块或结局中的分组关联，不能直接与方案组或其他模块拼接。缺失结果不等于零事件或无治疗效果。

字段	类型	要求与限制
`nct_id`	string	必填

const result = await host.mcp("clinical-trials", "get_trial_results", {"nct_id": "NCT04280705"})

临床基因组学

展开操作与参数

`clingen_gene_validity`

查询 ClinGen 基因与疾病关系有效性评估，涵盖 Definitive、Strong、Moderate、Limited、Disputed 等等级。省略 gene 时列出全部评估。

字段	类型	要求与约束
`gene`	字符串	可选

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_gene_validity", {"gene": "BRCA2"})

`clingen_dosage_sensitivity`

查询 ClinGen 剂量敏感性评估，包括单倍剂量不足和三倍剂量敏感性，可包含 ISCA 区域。基因符号或 ISCA ID 精确筛选；省略则返回全表。

字段	类型	要求与约束
`gene`	字符串	可选
`include_regions`	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_dosage_sensitivity", {"gene": "TP53"})

`clingen_actionability`

查询 ClinGen 临床可干预性评估，包括疾病、干预与结局，以及严重性、可能性、有效性和干预性质评分。基因筛选可匹配多基因主题中的任一成员。

字段	类型	要求与约束
`gene`	字符串	可选
`context`	字符串	可选; 默认值： "both"; 枚举： ["adult", "pediatric", "both"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_actionability", {"gene": "BRCA1", "context": "adult"})

`clingen_variant_classifications`

获取 ClinGen ERepo 专家组依据 ACMG 标准给出的变异分类。gene、caid、hgvs 必须且只能提供一项；完整获取匹配记录。

字段	类型	要求与约束
`gene`	字符串	可选
`caid`	字符串	可选
`hgvs`	字符串	可选

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_variant_classifications", {"gene": "BRCA1"})

`civic_search_genes`

按精确 Entrez 符号查找 CIViC 基因，完整分页并核对数量。返回的 CIViC gene ID 可用于 civic_gene_variants。

字段	类型	要求与约束
`entrez_symbol`	字符串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_genes", {"entrez_symbol": "BRAF"})

`civic_gene_variants`

按 CIViC gene ID 获取该基因全部变异，完整分页并按变异 ID 排序。

字段	类型	要求与约束
`gene_id`	整数	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_gene_variants", {"gene_id": 5})

`civic_get_variant`

按 CIViC variant ID 获取别名、类型、基因关联及适用的坐标；不存在时 found 为 false。

字段	类型	要求与约束
`variant_id`	整数	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_variant", {"variant_id": 12})

`civic_search_variants`

按名称子串检索 CIViC 变异，可限定 CIViC gene ID；完整分页并按变异 ID 排序。

字段	类型	要求与约束
`name`	字符串	必填
`gene_id`	整数	可选

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_variants", {"name": "V600", "gene_id": 5})

`civic_get_evidence_item`

获取一个 CIViC 证据条目，包含疾病/治疗背景、证据等级 A–E、类型、方向、临床意义、评分和来源；不存在时 found 为 false。

字段	类型	要求与约束
`evidence_id`	整数	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_evidence_item", {"evidence_id": 1409})

`civic_search_evidence`

按筛选条件检索 CIViC 证据，完整分页并核对数量。枚举值必须原样使用 GraphQL 定义，如 SUPPORTS、DOES_NOT_SUPPORT、ACCEPTED。至少给出一个条件，避免无条件遍历整个证据库。

字段	类型	要求与约束
`disease_name`	字符串	可选
`therapy_name`	字符串	可选
`evidence_level`	字符串	可选
`evidence_type`	字符串	可选
`evidence_direction`	字符串	可选
`significance`	字符串	可选
`variant_origin`	字符串	可选
`evidence_rating`	整数	可选
`status`	字符串	可选
`molecular_profile_name`	字符串	可选
`molecular_profile_id`	整数	可选
`variant_id`	整数	可选
`disease_id`	整数	可选
`therapy_id`	整数	可选
`phenotype_id`	整数	可选
`source_id`	整数	可选
`assertion_id`	整数	可选

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_evidence", {"disease_name": "melanoma", "evidence_level": "A"})

`civic_get_assertion`

获取一个 CIViC 专家断言，包含分子谱在疾病/治疗背景下的证据汇总、AMP/ASCO/CAP 分级、ACMG/ClinGen 代码及适用的伴随诊断标志；不存在时 found 为 false。

字段	类型	要求与约束
`assertion_id`	整数	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_assertion", {"assertion_id": 7})

`civic_search_assertions`

检索 CIViC 专家断言，支持类型、方向、等级和状态组合筛选；完整分页、核对数量并按 ID 排序。无筛选条件会遍历整个集合。

字段	类型	要求与约束
`disease_name`	字符串	可选
`therapy_name`	字符串	可选
`assertion_type`	字符串	可选
`assertion_direction`	字符串	可选
`significance`	字符串	可选
`amp_level`	字符串	可选
`status`	字符串	可选
`molecular_profile_name`	字符串	可选
`molecular_profile_id`	整数	可选
`variant_id`	整数	可选
`variant_name`	字符串	可选
`disease_id`	整数	可选
`therapy_id`	整数	可选
`phenotype_id`	整数	可选
`evidence_id`	整数	可选
`summary`	字符串	可选

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_assertions", {"disease_name": "melanoma"})

`civic_get_molecular_profile`

按 ID 获取 CIViC 分子谱，包括名称、评分和组成变异；证据与断言关联到该变异组合。不存在时 found 为 false。

字段	类型	要求与约束
`mp_id`	整数	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_molecular_profile", {"mp_id": 12})

`civic_search_molecular_profiles`

按名称子串检索 CIViC 分子谱，完整分页并按 ID 排序。

字段	类型	要求与约束
`name`	字符串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_molecular_profiles", {"name": "BRAF V600E"})

`civic_search_diseases`

按名称子串检索 CIViC 疾病，返回 DOID 与名称，完整分页并按 ID 排序。

字段	类型	要求与约束
`name`	字符串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_diseases", {"name": "melanoma"})

`civic_search_therapies`

按名称子串检索 CIViC 治疗，返回 NCIt ID 与名称，完整分页并按 ID 排序。

字段	类型	要求与约束
`name`	字符串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_therapies", {"name": "vemurafenib"})

`open_targets_graphql`

向 Open Targets Platform 提交 GraphQL 查询，可查询靶标、疾病、药物、关联、证据、可成药性与安全性。支持内省查询；上游 knownDrugs 字段已改名为 drugAndClinicalCandidates。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`variables`	对象	可选

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_graphql", {"query": "query($id: String!){ target(ensemblId: $id){ approvedSymbol associatedDiseases{ count } } }", "variables": {"id": "ENSG00000157764"}})

`open_targets_disease_drugs`

按疾病本体 ID 获取 Open Targets 的已知或在研药物，封装 Disease.drugAndClinicalCandidates。efo_id 可为 EFO、MONDO 等 ID。

字段	类型	要求与约束
`efo_id`	字符串	必填
`size`	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_drugs", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

`open_targets_disease_targets`

按 Open Targets 综合关联分数，获取疾病关联排名靠前的靶标。efo_id 使用疾病本体 ID。

字段	类型	要求与约束
`efo_id`	字符串	必填
`size`	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_targets", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

`open_targets_drug`

按 ChEMBL ID 获取 Open Targets 药物详情，包括名称、类型、最高临床阶段及靶标/作用机制。

字段	类型	要求与约束
`chembl_id`	字符串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_drug", {"chembl_id": "CHEMBL1201583"})

`clinpgx_search_chemicals`

按 ClinPGx accession ID 或名称解析药物／化学物质，再查询关联注释。

至少提供一组：accessionId / name.

字段	类型	必填与约束
`accessionId`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`name`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可选; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_chemicals", {"name": "warfarin", "view": "max"})

`clinpgx_search_genes`

按 ClinPGx accession ID 或 HGNC 符号解析基因记录。

至少提供一组：accessionId / symbol.

字段	类型	必填与约束
`accessionId`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`symbol`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可选; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_genes", {"symbol": "VKORC1", "view": "max"})

`clinpgx_search_summary_annotations`

查询药物、基因和变异关联的临床注释，可按返回的证据等级筛选。保留来源记录与等级，不能将数据库匹配直接当作个体用药建议。

至少提供一组：relatedChemicals.accessionId / relatedChemicals.name / location.genes.symbol / location.fingerprint / id.

字段	类型	必填与约束
`id`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`relatedChemicals.accessionId`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`relatedChemicals.name`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`location.genes.symbol`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`location.fingerprint`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可选; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]
`levelOfEvidence.term`	string	可选; enum: ["1A", "1B", "2A", "2B", "3", "4"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_summary_annotations", {"relatedChemicals.name": "warfarin", "location.genes.symbol": "VKORC1", "levelOfEvidence.term": "1A", "view": "max"})

`clinpgx_get_summary_annotation`

用数字记录 ID 获取一条 ClinPGx 临床注释，包含关联对象、表型与证据等级。

字段	类型	必填与约束
`id`	number	必填; minimum: 1
`view`	string	可选; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_summary_annotation", {"id": 655385012, "view": "max"})

`clinpgx_search_variant_annotations`

按基因符号或变异 fingerprint（常见为 rsID）查询变异注释。

至少提供一组：location.genes.symbol / location.fingerprint.

字段	类型	必填与约束
`location.genes.symbol`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`location.fingerprint`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可选; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_variant_annotations", {"location.fingerprint": "rs1799853", "view": "max"})

`clinpgx_search_guideline_annotations`

检索 ClinPGx 收录的 CPIC、DPWG 或 PharmGKB/PRO 药物基因组学指南注释。阅读原始指南的适用条件。

至少提供一组：source / relatedChemicals.accessionId / relatedGenes.accessionId.

字段	类型	必填与约束
`source`	string	按上方条件提供; enum: ["cpic", "dpwg", "pro"]
`relatedChemicals.accessionId`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`relatedGenes.accessionId`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可选; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_guideline_annotations", {"source": "cpic", "relatedGenes.accessionId": "PA267", "view": "max"})

`clinpgx_search_drug_labels`

检索 FDA、EMA、PMDA 或 Health Canada 的药物基因组学药品标签记录。

至少提供一组：source / relatedChemicals.accessionId / relatedChemicals.name / relatedGenes.accessionId / relatedGenes.symbol.

字段	类型	必填与约束
`source`	string	按上方条件提供; enum: ["fda", "ema", "pmda", "hcsc"]
`relatedChemicals.accessionId`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`relatedChemicals.name`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`relatedGenes.accessionId`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`relatedGenes.symbol`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可选; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_drug_labels", {"source": "fda", "relatedChemicals.name": "clopidogrel", "view": "max"})

`clinpgx_search_variants`

按 dbSNP rsID 或其他变异符号解析 ClinPGx 变异。

字段	类型	必填与约束
`symbol`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可选; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_variants", {"symbol": "rs1799853", "view": "max"})

`clinpgx_get_variant_frequency`

查询指定变异 fingerprint（例如 rsID）的族群频率；解释时保留族群与来源范围。

字段	类型	必填与约束
`fp`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_variant_frequency", {"fp": "rs1799853"})

`clinpgx_get_drug_gene_variant`

查询两个对象之间的 ClinPGx connection report，例如药物与基因；两侧分别提供一个标识信息。药物—基因—变异的临床注释应使用 summary annotation 操作。

本组至少提供一个：object1Id / object1Name / object1Type.

本组至少提供一个：object2Id / object2Name / object2Type.

字段	类型	必填与约束
`object1Id`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`object1Name`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`object1Type`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`object2Id`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`object2Name`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`object2Type`	string	按上方条件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可选; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_drug_gene_variant", {"object1Name": "warfarin", "object1Type": "chemical", "object2Name": "VKORC1", "object2Type": "gene", "view": "max"})

`get_dgidb_gene_drugs`

按基因名称查询 DGIdb 药物—基因相互作用。每页返回一个匹配记录，保留来源、版本、许可、相互作用类型、属性和文献证据。名称可能匹配多条记录；使用 next_cursor 继续，不能把相互作用记录当成用药建议。

字段	类型	要求与限制
`name`	string	必填; 最短长度: 1; 最长长度: 200
`after`	string	可选; 最短长度: 1; 最长长度: 500

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "get_dgidb_gene_drugs", {"name": "BRAF"})

`get_dgidb_drug_genes`

按药物名称查询 DGIdb 药物—基因相互作用。每页返回一个匹配记录，保留来源、版本、许可、类型、属性和文献证据。名称可能匹配多条记录；使用 next_cursor 继续。

字段	类型	要求与限制
`name`	string	必填; 最短长度: 1; 最长长度: 200
`after`	string	可选; 最短长度: 1; 最长长度: 500

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "get_dgidb_drug_genes", {"name": "IMATINIB"})

结构与相互作用

展开操作与参数

`emdb_get_entries`

获取 EMDB 冷冻电镜条目元数据，接受 EMD-1234 或数字形式。包含方法、分辨率、日期、样本、拟合 PDB、引文及体素信息；未报告值为 null。废弃记录含 is_obsolete 和 superseded_by，未知 ID 明确报 not_found。仅取元数据，不下载密度图体数据。

字段	类型	要求与约束
`emdb_ids`	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entries", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "emd-3061", "1234"]})

`emdb_search_entries`

用 Solr 语法检索 EMDB，分页获取精简记录。num_found_released 为服务报告的已发布数量；搜索也可能包含 OBS 废弃记录。released_complete 说明是否取得全部发布匹配，受 max_rows 和数量一致性影响。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`max_rows`	整数	可选; 默认值： 1000

const result = await host.mcp("structures", "emdb_search_entries", {"query": "title:\"apoferritin\" AND resolution:[0 TO 1.5]", "max_rows": 500})

`emdb_get_entry_section`

获取 EMDB 指定元数据章节：publications、map、sample 或 imaging。包括完整作者、密度图参数、分子组成或显微镜实验条件。未知条目明确返回 not_found；只需摘要时先用 emdb_get_entries。

字段	类型	要求与约束
`emdb_ids`	字符串数组	必填
`section`	字符串	必填; 枚举： ["publications", "map", "sample", "imaging"]

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entry_section", {"emdb_ids": ["EMD-11638"], "section": "imaging"})

`emdb_get_validation`

获取 EMDB 验证分析的数值指标，如 Q-score、原子包含率、等值面和模型/密度图比例。仅返回上游实际计算的项目；缺失值为 null，无分析时 has_validation_analysis 为 false。

字段	类型	要求与约束
`emdb_ids`	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_validation", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "EMD-3061"]})

`complexportal_get_complexes`

按 CPX 登录号获取 Complex Portal 人工整理的复合物，包含名称、物种、参与物、化学计量、角色、ECO/GO 和交叉引用。按输入顺序返回，未知 ID 列入 not_found。二元相互作用实验依据应查 IntAct。

字段	类型	要求与约束
`complex_acs`	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_get_complexes", {"complex_acs": ["CPX-2158", "CPX-2419"]})

`complexportal_search_by_participant`

按 UniProt、ChEBI 或 RNAcentral 参与物 ID 检索 Complex Portal。participants_only 为 true 时仅匹配已整理的实际参与物；false 也匹配自由文本。完整分页并核对数量，取得 ID 后用 complexportal_get_complexes 查详情。

字段	类型	要求与约束
`accession`	字符串	必填
`participants_only`	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_search_by_participant", {"accession": "P69905", "participants_only": true})

`intact_fetch_interactions`

获取匹配查询的 IntAct 二元相互作用，支持 UniProt、符号、自由文本或 Solr 语法，并可按 MI 分数与物种筛选。完整获取并核对总数后，max_records_returned 仅限制输出行；records_truncated 标明输出截断。记录包含互作双方、检测方法、实验角色、分数和文献。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`min_mi_score`	数值	可选; 默认值： 0
`max_mi_score`	数值	可选; 默认值： 1
`interactor_species`	字符串数组	可选
`max_records_returned`	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("structures", "intact_fetch_interactions", {"query": "P04637", "min_mi_score": 0.45, "interactor_species": ["Homo sapiens"], "max_records_returned": 200})

`intact_get_interactor`

将分子解析为全部匹配的 IntAct interactor 记录。一个 UniProt 登录号可能对应标准蛋白、链或亚型，返回 n_matches，不自动只选一个。记录含标识、物种、类型和相互作用数量。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interactor", {"query": "P04637"})

`intact_get_interaction_details`

按 IntAct interaction AC 获取一条互作的完整整理信息，包括方法、文献、动力学/亲和力、可信度和参与物角色。可关闭参与物详情；未知 AC 返回 not_found。

字段	类型	要求与约束
`interaction_ac`	字符串	必填
`include_participants`	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interaction_details", {"interaction_ac": "EBI-15635490", "include_participants": true})

`intact_build_network`

围绕 UniProt 种子蛋白构建一层 IntAct 网络。先完整获取每个种子的互作，再在节点集合内扩展有限数量的伙伴；expansion.complete 为 false 时仍可能遗漏伙伴之间的边。返回节点、边和每个种子的获取统计。种子较多会增加完整分页请求量。

字段	类型	要求与约束
`seed_accessions`	字符串数组	必填
`min_mi_score`	数值	可选; 默认值： 0.45
`max_interactors_expanded`	整数	可选; 默认值： 25
`interactor_species`	字符串数组	可选

const result = await host.mcp("structures", "intact_build_network", {"seed_accessions": ["P04637", "Q00987"], "min_mi_score": 0.45, "max_interactors_expanded": 25})

`pdb_search_structures`

按属性组合检索 RCSB PDB，至少提供一个条件，各条件为 AND。默认只检索实验结构，可用 include_computed_models 纳入预测结构。返回 ID、相关性分数、总数和截断状态；需用 pdb_get_structures 获取元数据。

字段	类型	要求与约束
`text`	字符串	可选
`organism`	字符串	可选
`taxonomy_id`	整数	可选
`uniprot_accession`	字符串	可选
`experimental_method`	字符串	可选
`max_resolution_angstrom`	数值	可选
`ligand_comp_id`	字符串	可选
`include_computed_models`	布尔值	可选; 默认值： false
`max_rows`	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_structures", {"uniprot_accession": "P04637", "experimental_method": "X-RAY DIFFRACTION", "max_rows": 50})

`pdb_get_structures`

批量获取最多 25 个 PDB 条目的标题、方法、分辨率、日期、状态、实体/组装数量、配体与引文。ID 不区分大小写并去重；未知 ID 返回 not_found。仅返回元数据，不下载坐标文件。

字段	类型	要求与约束
`pdb_ids`	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {"pdb_ids": ["1TUP", "1tup", "6XYZ"]})

`pdb_get_entities`

获取 PDB 聚合物实体、链、序列长度、物种和 UniProt 映射。每次最多 25 个实体，大组装应从完整 ID 列表分批指定；明确子集时条目总数为 null。可加入序列，超出 max_bytes 时省略序列并说明原因，保留元数据。

字段	类型	要求与约束
`pdb_id`	字符串	必填
`entity_ids`	字符串数组	可选
`include_sequences`	布尔值	可选; 默认值： false
`max_bytes`	整数	可选; 默认值： 400000

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_entities", {"pdb_id": "1TUP", "include_sequences": true})

`pdb_get_ligands`

获取 PDB 条目的非聚合物配体及化学属性，不包括水。返回实际实体总数及截断标志，每次上限 25 个配体；部分缺失实体/组分单独标为 not_found，无配体时返回空列表。

字段	类型	要求与约束
`pdb_id`	字符串	必填
`max_ligands`	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_ligands", {"pdb_id": "1TUP"})

`alphafold_get_prediction`

按 UniProt 登录号获取 AlphaFold DB 预测结构元数据。一个登录号可有多个模型或提供方；检查 provider_id、tool_used、序列范围、模型版本、pLDDT 与置信区间比例。返回坐标、PAE、MSA 等可用下载 URL，不直接下载内容。无预测时 has_model 为 false。

字段	类型	要求与约束
`uniprot_accession`	字符串	必填
`include_sequence`	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_get_prediction", {"uniprot_accession": "P04637"})

`alphafold_check_coverage`

批量检查最多 40 个不同 UniProt 登录号的 AlphaFold DB 覆盖。空值和重复项单独计数，结果按输入顺序返回，每项包含是否有模型及首个模型摘要；无模型和标识错误分别报告。

字段	类型	要求与约束
`uniprot_accessions`	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_check_coverage", {"uniprot_accessions": ["P04637", "P38398", "Q9Y6K9"]})

`pdb_search_sequence`

用蛋白质氨基酸序列检索 PDB 实验结构。identity_cutoff 与 min_query_coverage 均为 0–1 的比例，按 E-value 和查询序列覆盖率筛选；覆盖率不是结构中实际解析残基的覆盖率，保留聚合物实体及比对信息；相似序列命中不证明结构或功能相同。

字段	类型	必填与约束
`sequence`	string	必填; minLength: 25; maxLength: 50000
`identity_cutoff`	number	可选; default: 0.3; minimum: 0; maximum: 1
`evalue_cutoff`	number	可选; default: 0.1; exclusiveMinimum: 0
`min_query_coverage`	number	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1
`max_candidates`	integer	可选; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000
`max_rows`	integer	可选; default: 10; minimum: 1; maximum: 25

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_sequence", {"sequence": "MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQV", "identity_cutoff": 0.9, "min_query_coverage": 0.8, "max_rows": 10})

`omnipath_query_regulation`

按人类标准 UniProt accession 查询 OmniPath 上游或下游调控。保留方向、激活与抑制冲突及复合物身份；不把复合物推断成成对边。结果有上限，不代表完整网络或组织特异因果证据。

字段	类型	必填性与限制
`accession`	string	必填; pattern: "^(?:[OPQ][0-9][A-Z0-9]{3}[0-9]\|[A-NR-Z][0-9](?:[A-Z][A-Z0-9]{2}[0-9]){1,2})$"
`direction`	string	必填; enum: ["upstream", "downstream"]
`limit`	integer	可选; default: 10; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("structures", "omnipath_query_regulation", {"accession": "P00533", "direction": "upstream", "limit": 10})

`pdb_search_structure_similarity`

以已存档 PDB 蛋白链查找三维相似的实验结构链。使用 label_asym_id 而非作者链编号；返回上游分数，不进行坐标上传、结构比对或 RMSD 计算，结果可能包括查询链自身。

字段	类型	必填性与限制
`pdb_id`	string	必填; pattern: "^[1-9][A-Za-z0-9]{3}$"
`label_asym_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 16; pattern: "^[A-Za-z0-9]+$"
`max_rows`	integer	可选; default: 10; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_structure_similarity", {"pdb_id": "1CLL", "label_asym_id": "A", "max_rows": 10})

`pdbe_get_validation`

查询单个实验 PDB 条目的 PDBe 质量分数和验证统计，保留实验方法及空值；缺失不是零分，也不能跨实验方法直接排名。

字段	类型	必填性与限制
`pdb_id`	string	必填; maxLength: 4; pattern: "^[1-9][A-Za-z0-9]{3}$"

const result = await host.mcp("structures", "pdbe_get_validation", {"pdb_id": "1cbs"})

ChEMBL

展开操作与参数

`compound_search`

按名称、ChEMBL ID 或 SMILES 检索化合物，至少提供一种输入。SMILES 配合 similarity_threshold 为相似性检索，否则为子结构检索；结构遍历受上限约束并标注截断。按适应证找药物应使用 drug_search。

字段	类型	要求与约束
`name`	字符串	可选
`chembl_id`	字符串	可选
`smiles`	字符串	可选
`similarity_threshold`	整数	可选; 最小值： 70; 最大值： 100
`max_phase`	整数	可选; 枚举： [0, 1, 2, 3, 4]
`limit`	整数	可选; 默认值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "compound_search", {"name": "aspirin", "limit": 5})

`drug_search`

按 EFO 适应证检索已批准药物或临床候选物，将适应证关联到母体分子及撤市/黑框警告。only_approved 限制为 phase 4；可再按分子 ID、药名和临床阶段筛选。

字段	类型	要求与约束
`indication`	字符串	必填
`drug_name`	字符串	可选
`molecule_chembl_id`	字符串	可选
`max_phase`	整数	可选; 枚举： [0, 1, 2, 3, 4]
`only_approved`	布尔值	可选; 默认值： false
`limit`	整数	可选; 默认值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "drug_search", {"indication": "hypertension", "only_approved": true, "limit": 10})

`get_admet`

获取 ChEMBL 结构计算属性用于类药性/ADMET 初筛，包括 ALogP、分子量、PSA、氢键供受体、旋转键、规则违反数和 QED。这些是计算属性，不是实验 ADMET 测量。

字段	类型	要求与约束
`molecule_chembl_id`	字符串	必填

const result = await host.mcp("chembl", "get_admet", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

`get_bioactivity`

查询 ChEMBL 活性测量值，可按化合物、靶标、assay_chembl_id、活性类型、pChEMBL 下限、测量范围和单位过滤。每页按 activity_id 排序；保持过滤条件不变，用 next_offset 作为下一页 offset，直至 has_more 为 false，可读取超过 1000 条记录。summary 仅总结当前页，truncated 不是停止翻页依据；缺少上游总数时 total 的回退页数不是已验证总量。比较数值前用 get_assay 核对实验条件。

字段	类型	必填与约束
`molecule_chembl_id`	string	可选
`target_chembl_id`	string	可选
`assay_chembl_id`	string	可选; minLength: 1; pattern: "^CHEMBL[0-9]+$"
`activity_type`	string	可选; enum: ["IC50", "EC50", "Ki", "Kd", "AC50", "GI50", "ED50", "Potency"]
`min_pchembl`	number	可选; minimum: 0; maximum: 14
`min_value`	number	可选
`max_value`	number	可选
`unit`	string	可选; enum: ["nM", "uM", "mM", "pM", "M"]
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 1000
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 9007199254740991

const result = await host.mcp("chembl", "get_bioactivity", {"molecule_chembl_id":"CHEMBL25","activity_type":"IC50","limit":10})

`get_mechanism`

获取 ChEMBL 药物或临床候选物的作用机制。可按分子、靶标和 action_type 筛选；盐形式无结果时尝试母体分子。返回按 mec_id 排序的一页及作用类型汇总。

字段	类型	要求与约束
`molecule_chembl_id`	字符串	可选
`target_chembl_id`	字符串	可选
`action_type`	字符串	可选; 枚举： ["INHIBITOR", "AGONIST", "ANTAGONIST", "BLOCKER", "MODULATOR", "OPENER", "ACTIVATOR", "POSITIVE ALLOSTERIC MODULATOR", "NEGATIVE ALLOSTERIC MODULATOR", "PARTIAL AGONIST", "INVERSE AGONIST"]
`limit`	整数	可选; 默认值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "get_mechanism", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

`target_search`

检索 ChEMBL 生物靶标，包括蛋白、复合物、家族和物种。支持 ID、精确基因符号、名称、物种或类型筛选；结果包含组成部分的 UniProt ID 和有上限的交叉引用。

字段	类型	要求与约束
`target_name`	字符串	可选
`gene_symbol`	字符串	可选
`target_chembl_id`	字符串	可选
`organism`	字符串	可选
`target_type`	字符串	可选; 枚举： ["SINGLE PROTEIN", "PROTEIN COMPLEX", "PROTEIN FAMILY", "ORGANISM", "TISSUE", "CELL-LINE", "NUCLEIC-ACID", "SUBCELLULAR"]
`limit`	整数	可选; 默认值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "target_search", {"gene_symbol": "EGFR", "organism": "Homo sapiens", "limit": 5})

`get_assay`

按 assay_chembl_id 查询 ChEMBL 实验描述、类型与格式、物种、细胞／组织、实验参数、靶标与靶标归属置信度。confidence 描述靶标归属，不是测量质量；合并 IC50／Ki 前比较实验条件。用相同 assay_chembl_id 调用 get_bioactivity 获取测量值。只有有效空响应才表示 found:false，请求或响应异常不等于记录不存在。

字段	类型	必填与约束
`assay_chembl_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "^CHEMBL[0-9]+$"

const result = await host.mcp("chembl", "get_assay", {"assay_chembl_id":"CHEMBL1217643"})

bioRxiv

展开操作与参数

`get_categories`

列出 bioRxiv 学科类别及 API 使用的 slug，例如 cancer biology 对应 cancer_biology。检索前用此操作确认合法类别。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_categories", {})

`search_preprints`

按日期和可选类别检索 bioRxiv/medRxiv 预印本。日期范围、recent_days、recent_count 三选一；都不提供时取最近 60 天。没有关键词检索；用 cursor 翻页。返回 DOI、标题、作者、日期、类别、版本和短摘要。

字段	类型	要求与约束
`server`	字符串	可选; 默认值： "biorxiv"; 枚举： ["biorxiv", "medrxiv"]
`category`	字符串	可选; 枚举： ["animal behavior and cognition", "biochemistry", "bioengineering", "bioinformatics", "biophysics", "cancer biology", "cell biology", "clinical trials", "developmental biology", "ecology", "epidemiology", "evolutionary biology", "genetics", "genomics", "immunology", "microbiology", "molecular biology", "neuroscience", "paleontology", "pathology", "pharmacology and toxicology", "physiology", "plant biology", "scientific communication and education", "synthetic biology", "systems biology", "zoology"]
`date_from`	字符串	可选
`date_to`	字符串	可选
`recent_days`	整数	可选; 最小值： 1
`recent_count`	整数	可选; 最小值： 1
`limit`	整数	可选; 默认值： 10; 最小值： 1; 最大值： 100
`cursor`	整数	可选; 默认值： 0; 最小值： 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_preprints", {"recent_days": 30, "category": "neuroscience", "limit": 20})

`get_preprint`

按 DOI 获取最新预印本的完整元数据，包括作者、机构、摘要、许可、版本、资助、JATS XML 及 PDF/网页链接；有期刊发表记录时提供期刊 DOI。预印本本身未经同行评审。

字段	类型	要求与约束
`doi`	字符串	必填
`server`	字符串	可选; 默认值： "biorxiv"; 枚举： ["biorxiv", "medrxiv"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_preprint", {"doi": "10.1101/339747"})

`search_published_preprints`

查找后续发表于同行评审期刊的预印本及关联 DOI。日期选择规则同 search_preprints；include_details 可控制详细程度。publisher 使用期刊 DOI 前缀筛选，仅用于 bioRxiv 的该路线。

字段	类型	要求与约束
`server`	字符串	可选; 默认值： "biorxiv"; 枚举： ["biorxiv", "medrxiv"]
`publisher`	字符串	可选
`include_details`	布尔值	可选; 默认值： true
`date_from`	字符串	可选
`date_to`	字符串	可选
`recent_days`	整数	可选; 最小值： 1
`recent_count`	整数	可选; 最小值： 1
`limit`	整数	可选; 默认值： 10; 最小值： 1; 最大值： 100
`cursor`	整数	可选; 默认值： 0; 最小值： 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_published_preprints", {"publisher": "10.1038", "date_from": "2024-01-01", "date_to": "2024-01-05", "limit": 10})

`search_by_funder`

按资助方 ROR ID 或 URL 查找预印本。必须给出明确日期范围；资助元数据自 2025-04-10 起提供。可限制类别并用 cursor 翻页。

字段	类型	要求与约束
`funder_ror_id`	字符串	必填
`date_from`	字符串	必填
`date_to`	字符串	必填
`server`	字符串	可选; 默认值： "biorxiv"; 枚举： ["biorxiv", "medrxiv"]
`category`	字符串	可选; 枚举： ["animal behavior and cognition", "biochemistry", "bioengineering", "bioinformatics", "biophysics", "cancer biology", "cell biology", "clinical trials", "developmental biology", "ecology", "epidemiology", "evolutionary biology", "genetics", "genomics", "immunology", "microbiology", "molecular biology", "neuroscience", "paleontology", "pathology", "pharmacology and toxicology", "physiology", "plant biology", "scientific communication and education", "synthetic biology", "systems biology", "zoology"]
`limit`	整数	可选; 默认值： 10; 最小值： 1; 最大值： 100
`cursor`	整数	可选; 默认值： 0; 最小值： 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_by_funder", {"funder_ror_id": "021nxhr62", "date_from": "2025-04-10", "date_to": "2025-05-10", "limit": 10})

`get_content_statistics`

按月或年获取 bioRxiv 历史投稿统计，包括新增、修订和累计数量。

字段	类型	要求与约束
`interval`	字符串	可选; 默认值： "monthly"; 枚举： ["monthly", "yearly"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_content_statistics", {"interval": "yearly"})

`get_usage_statistics`

按月或年获取 bioRxiv 摘要浏览、全文浏览、PDF 下载及累计使用统计。

字段	类型	要求与约束
`interval`	字符串	可选; 默认值： "monthly"; 枚举： ["monthly", "yearly"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_usage_statistics", {"interval": "yearly"})

药品监管

展开操作与参数

`search_drug_applications`

按品牌、通用名、成分、申办方、上市状态、剂型、途径或药理类别检索 Drugs@FDA 申请。generic 和 pharm_class 依赖旧记录可能缺少的 openfda 字段。返回实际总数和截断标志；大范围检索应按提交日期缩小窗口。

字段	类型	要求与约束
`brand`	字符串	可选
`generic`	字符串	可选
`active_ingredient`	字符串	可选
`sponsor`	字符串	可选
`marketing_status`	字符串	可选; 枚举： ["Prescription", "Over-the-counter", "Discontinued", "None (Tentative Approval)"]
`dosage_form`	字符串	可选
`route`	字符串	可选
`pharm_class`	字符串	可选
`pharm_class_type`	字符串	可选; 枚举： ["epc", "moa", "cs", "pe"]
`search_type`	字符串	可选; 默认值： "and"; 枚举： ["and", "or"]
`submission_date_from`	字符串	可选
`submission_date_to`	字符串	可选
`raw_search`	字符串	可选
`max_records`	整数	可选; 默认值： 50

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_applications", {"generic": "ATORVASTATIN CALCIUM", "marketing_status": "Prescription", "max_records": 25})

`get_drug_application`

按 NDA、ANDA 或 BLA 申请号获取 Drugs@FDA 完整记录，包括申办方、产品、成分/强度、剂型、给药途径、上市状态、TE code 和提交历史。

字段	类型	要求与约束
`application_number`	字符串	必填

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_application", {"application_number": "NDA020702"})

`count_drug_applications`

按一个字段汇总 Drugs@FDA 申请数量，可使用与检索相同的筛选条件。count_field 支持便捷名称或原始 openFDA 字段路径；分析型字段需要时自行添加 .exact。

字段	类型	要求与约束
`count_field`	字符串	必填
`brand`	字符串	可选
`generic`	字符串	可选
`active_ingredient`	字符串	可选
`sponsor`	字符串	可选
`marketing_status`	字符串	可选
`dosage_form`	字符串	可选
`route`	字符串	可选
`pharm_class`	字符串	可选
`pharm_class_type`	字符串	可选; 枚举： ["epc", "moa", "cs", "pe"]
`search_type`	字符串	可选; 默认值： "and"; 枚举： ["and", "or"]
`submission_date_from`	字符串	可选
`submission_date_to`	字符串	可选
`raw_search`	字符串	可选
`max_buckets`	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "count_drug_applications", {"count_field": "marketing_status"})

`get_drug_statistics`

获取 Drugs@FDA 全库统计，包括申请总数、上市状态、主要剂型/途径和申办方数量。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_statistics", {})

`list_pharmacologic_classes`

列出药理类别及申请数量。统计仅覆盖含对应 openfda.pharm_class 字段的记录。

字段	类型	要求与约束
`class_type`	字符串	可选; 默认值： "epc"; 枚举： ["epc", "moa", "cs", "pe"]
`max_buckets`	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "list_pharmacologic_classes", {"class_type": "epc", "max_buckets": 50})

`get_generic_equivalents`

根据品牌药的参考申请解析准确活性成分集合，再查找成分集合匹配的 Drugs@FDA 产品，返回 TE code 和上市状态供核对。

字段	类型	要求与约束
`brand`	字符串	必填

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_generic_equivalents", {"brand": "Lipitor"})

`search_drug_labels`

按成分、名称或给药途径获取 FDA SPL 药品标签，可选择标签章节。exact 使用精确字段；raw_search 与映射筛选条件互斥。返回内容用于核对来源标签。

字段	类型	要求与约束
`active_ingredient`	字符串	可选
`generic_name`	字符串	可选
`brand_name`	字符串	可选
`route`	字符串	可选
`product_type`	字符串	可选; 枚举： ["HUMAN PRESCRIPTION DRUG", "HUMAN OTC DRUG"]
`exact`	布尔值	可选; 默认值： false
`raw_search`	字符串	可选
`sections`	字符串数组	可选
`max_records`	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_labels", {"brand_name": "Tylenol", "max_records": 5})

`search_drug_adverse_events`

按报告药品、品牌／通用名／成分、反应、严重程度（1 为严重、2 为非严重）、国家或收件日期查询 FAERS 报告。raw_search 替换映射过滤条件，但仍保留日期限制。每条报告可包含多种药品和反应，不能据此计算发生率或推断因果；最多返回 26000 条，较大查询应缩小范围。

字段	类型	必填与约束
`drug_name`	string	可选
`brand_name`	string	可选
`generic_name`	string	可选
`ingredient`	string	可选
`reaction`	string	可选
`country`	string	可选
`serious`	string	可选
`received_date_from`	string	可选
`received_date_to`	string	可选
`receipt_date_from`	string	可选
`receipt_date_to`	string	可选
`search_type`	string	可选; default: "and"; enum: ["and", "or"]
`raw_search`	string	可选
`sort`	string	可选
`max_records`	integer	可选; default: 25; minimum: 1; maximum: 26000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_adverse_events", {"drug_name": "LIPITOR", "reaction": "headache", "max_records": 10})

`count_drug_adverse_events`

按反应、药品、结局、国家或收件日期汇总 FAERS 报告。计数是报告数，不是发生率或因果证据；多值分组可能重叠，不能相加作为去重报告总数。日期字段返回 time/count，其余通常为 term/count；raw_search 保留日期限制。

字段	类型	必填与约束
`count_field`	string	必填
`drug_name`	string	可选
`brand_name`	string	可选
`generic_name`	string	可选
`ingredient`	string	可选
`reaction`	string	可选
`country`	string	可选
`serious`	string	可选
`received_date_from`	string	可选
`received_date_to`	string	可选
`receipt_date_from`	string	可选
`receipt_date_to`	string	可选
`search_type`	string	可选; default: "and"; enum: ["and", "or"]
`raw_search`	string	可选
`max_buckets`	integer	可选; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "count_drug_adverse_events", {"count_field": "reaction", "drug_name": "LIPITOR"})

`search_drug_recalls`

按召回企业、产品、原因、分类、状态、位置或报告日期查询 openFDA 药品执法／召回记录。

字段	类型	必填与约束
`recalling_firm`	string	可选
`product_description`	string	可选
`reason_for_recall`	string	可选
`status`	string	可选
`classification`	string	可选
`city`	string	可选
`state`	string	可选
`country`	string	可选
`report_date_from`	string	可选
`report_date_to`	string	可选
`search_type`	string	可选; default: "and"; enum: ["and", "or"]
`raw_search`	string	可选
`sort`	string	可选
`max_records`	integer	可选; default: 25; minimum: 1; maximum: 26000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_recalls", {"reason_for_recall": "contamination", "max_records": 10})

`list_faers_bulk_files`

读取 openFDA 官方 drug/event 批量 JSON 分区清单。文件保留在官方 URL，不下载、不创建本地任务或分析数据库；报告不是发生率估计。

字段	类型	必填性与限制
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 100000
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 200

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "list_faers_bulk_files", {"offset": 0, "limit": 5})

人类遗传学

展开操作与参数

`gwas_associations_for_variant`

获取 GWAS Catalog 中一个 rsID 的关联，按 p 值从小到大返回。须使用当前 rsID，合并或退役 ID 可能零结果。api_total 为总数，truncated 标记上限；OR 与 beta 按结局类型分别提供。p_value 为 0 可能是浮点下溢，应读取尾数和指数。

字段	类型	要求与约束
`rs_id`	字符串	必填
`max_records`	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_variant", {"rs_id": "rs7412", "max_records": 100})

`gwas_associations_for_gene`

按基因符号获取 GWAS Catalog 映射到该基因的变异关联。映射来自目录的 Ensembl 流程，并非作者报告；基因间变异可能映射到侧翼基因。使用规范大写符号，结果按 p 值排序并标记截断。

字段	类型	要求与约束
`gene_symbol`	字符串	必填
`max_records`	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_records": 100})

`gwas_associations_for_trait`

按当前性状 ID 或精确标签获取 GWAS 关联，两者二选一。历史 EFO ID 可能已迁移到 MONDO/HP，先用 gwas_search_traits 解析。未知 ID/标签返回零结果。

字段	类型	要求与约束
`efo_id`	字符串	可选
`efo_trait`	字符串	可选
`max_records`	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_trait", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 100})

`gwas_search_traits`

按标签子串检索 GWAS 性状，返回名称、ID、URI、总数和截断状态。目录混合 EFO、MONDO、HP、OBA 等命名空间，不能假设所有 ID 都以 EFO 开头。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`max_records`	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_traits", {"query": "coronary", "max_records": 50})

`gwas_search_studies`

按性状注释或 PubMed ID 检索 GWAS 研究，至少提供一个筛选条件，多个条件为 AND。返回研究 ID、样本规模、祖源、分型平台、队列及汇总统计可用性，并核对总数。

字段	类型	要求与约束
`efo_id`	字符串	可选
`efo_trait`	字符串	可选
`pubmed_id`	字符串	可选
`max_records`	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_studies", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 50})

`gwas_get_study`

按 GCST 登录号获取一个 GWAS 研究详情；未知 ID 时 found 为 false、study 为 null。

字段	类型	要求与约束
`accession_id`	字符串	必填

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_study", {"accession_id": "GCST90841394"})

`gwas_get_variant`

按 rsID 获取 GWAS Catalog 变异的位置、映射基因与后果，位置使用 GRCh38。merged 为 1 表示上游合并记录；未收录时 variant 为 null。

字段	类型	要求与约束
`rs_id`	字符串	必填

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_variant", {"rs_id": "rs7412"})

`eqtl_list_datasets`

列出 eQTL Catalogue 数据集，每项对应研究、组织/细胞类型及定量方法。可按精确研究名、组织标签或 quant_method 筛选。返回 QTD ID 及元数据；上游不提供总数，truncated 为 false 表示已遍历完毕。

字段	类型	要求与约束
`study_label`	字符串	可选
`tissue_label`	字符串	可选
`quant_method`	字符串	可选
`max_records`	整数	可选; 默认值： 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_list_datasets", {"study_label": "Alasoo_2018", "quant_method": "ge"})

`eqtl_associations`

查询一个 QTD 数据集的分子 QTL，至少指定 gene_id、rsid、variant 或 pos。使用 GRCh38；variant 含 chr 前缀和下划线，pos 区域不带 chr 前缀。仅覆盖数据集实际检验的 cis 窗口；空结果可表示未检验或未收录。检查 truncated 后再判断完整性。

字段	类型	要求与约束
`dataset_id`	字符串	必填
`gene_id`	字符串	可选
`rsid`	字符串	可选
`variant`	字符串	可选
`pos`	字符串	可选
`nlog10p_min`	数值	可选
`max_records`	整数	可选; 默认值： 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_associations", {"dataset_id": "QTD000266", "gene_id": "ENSG00000130203", "nlog10p_min": 2})

`phewas_instances`

列出可查询的 PheWeb 门户、参考组装和各自支持的接口。FinnGen 使用 GRCh38，BioBank Japan 使用 GRCh37/hg19；跨门户比较前先转换坐标。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_instances", {})

`phewas_variant`

获取一个变异在 PheWeb 生物库中的表型关联，按显著性排序。变异坐标必须匹配所选门户组装；返回总数、截断状态、变异元数据与效应/频率/样本数。上游未公布的字段为 null，未知变异报未找到。

字段	类型	要求与约束
`instance`	字符串	必填; 枚举： ["finngen", "bbj"]
`variant`	字符串	必填
`max_phenos`	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_variant", {"instance": "finngen", "variant": "19-44908822-C-T", "max_phenos": 50})

`phewas_finngen_gene`

获取 FinnGen 基因区域的 PheWAS：每个疾病终点选出区域内关联最强变异。该区域可超出基因边界；每个终点都有最优变异并不代表其显著，应按 p 值筛选。结果按显著性排序并标记截断。

字段	类型	要求与约束
`gene_symbol`	字符串	必填
`max_phenos`	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_finngen_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_phenos": 50})

`phewas_list_phenotypes`

获取 PheWeb 门户的表型目录及病例/对照数量。此接口目前支持 FinnGen；BBJ 应使用 phewas_search_phenotypes。检查返回数量与 truncated。

字段	类型	要求与约束
`instance`	字符串	可选; 默认值： "finngen"; 枚举： ["finngen"]
`max_records`	整数	可选; 默认值： 3000

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_list_phenotypes", {"instance": "finngen", "max_records": 3000})

`phewas_search_phenotypes`

按名称或代码检索 PheWeb 表型，也可能匹配基因或 rsID。支持 FinnGen 和 BBJ，返回 phenocode、显示名称及 URL；可用代码继续查看门户数据。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`instance`	字符串	可选; 默认值： "finngen"; 枚举： ["finngen", "bbj"]
`max_records`	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_search_phenotypes", {"query": "diabetes", "instance": "finngen"})

`gwas_get_summary_statistics`

按 GCST 编号查找 GWAS Catalog 完整汇总统计包的位置，不下载可能很大的数据文件。返回 original／harmonised 文件清单、解析后的 -meta.yaml、其中声明的参考基因组和协调化参考，以及 GWAS-SSF 标准列定义。标准定义不是压缩文件的实际表头。metadata_file 只限制解析哪份 YAML 及其参考信息，文件清单仍完整。found=false 仅表示没有对应 FTP 目录；既有目录不可读或 YAML 损坏属于错误。下载前核对文件版本、基因组与坐标，不能用显著关联列表替代完整汇总统计。

字段	类型	必填与约束
`accession_id`	string	必填
`metadata_file`	string	可选; minLength: 1

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_summary_statistics", {"accession_id": "GCST90000123"})

表达

展开操作与参数

`gtex_tissue_sites`

获取指定 GTEx 数据发布的全部组织类型及样本数、eGene/sGene 数量、颜色和 UBERON ID。

字段	类型	要求与约束
`dataset_id`	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_tissue_sites", {"dataset_id": "gtex_v8"})

`gtex_dataset_info`

列出 GTEx 数据发布，包含 datasetId、GENCODE/组装/dbSNP 信息，以及样本、受试者和组织数量。

字段	类型	要求与约束
`dataset_id`	字符串	可选
`organization_name`	字符串	可选

const result = await host.mcp("expression", "gtex_dataset_info", {})

`gtex_sample_info`

获取固定 GTEx 数据发布的样本与供体元数据，可按组织、数据类型或受试者筛选。分页并核对总数；无筛选结果较大，建议限定条件或 max_samples。

字段	类型	要求与约束
`tissue_site_detail_id`	字符串	可选
`data_type`	字符串	可选
`subject_id`	字符串	可选
`max_samples`	整数	可选
`dataset_id`	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_sample_info", {"tissue_site_detail_id": "Liver", "data_type": "RNASEQ", "max_samples": 100})

`gtex_resolve_genes`

将基因符号或无版本 Ensembl ID 解析为该 GTEx 数据发布使用的带版本 GENCODE ID，供表达和 eQTL 操作使用。

字段	类型	要求与约束
`genes`	字符串数组	必填
`dataset_id`	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_resolve_genes", {"genes": ["GAPDH", "BRCA2"]})

`gtex_median_expression`

获取一个或多个带版本 GENCODE ID 在各组织的表达中位数 TPM；省略组织表示全部组织。按基因/组织行分页并核对数量。

字段	类型	要求与约束
`gencode_ids`	字符串数组	必填
`tissue_site_detail_ids`	字符串数组	可选
`dataset_id`	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_median_expression", {"gencode_ids": ["ENSG00000111640.14"]})

`gtex_expression_summary`

汇总一个基因在全部组织中的表达，按中位 TPM 降序排列。接受符号或 Ensembl ID，并先解析为带版本 GENCODE ID。

字段	类型	要求与约束
`gene`	字符串	必填
`dataset_id`	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_expression_summary", {"gene": "GAPDH"})

`gtex_gene_expression`

按带版本 GENCODE ID 获取各组织逐样本 TPM 数组及样本数，不是聚合表达值；省略组织表示全部组织。

字段	类型	要求与约束
`gencode_id`	字符串	必填
`tissue_site_detail_ids`	字符串数组	可选
`dataset_id`	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_gene_expression", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "tissue_site_detail_ids": ["Whole_Blood"]})

`gtex_top_expressed_genes`

获取一个组织按中位 TPM 排名前 n 的基因，排序由上游 API 完成；filter_mt_gene 默认排除线粒体基因。

字段	类型	要求与约束
`tissue_site_detail_id`	字符串	必填
`n`	整数	可选; 默认值： 100
`filter_mt_gene`	布尔值	可选; 默认值： true
`dataset_id`	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_top_expressed_genes", {"tissue_site_detail_id": "Whole_Blood", "n": 20})

`gtex_eqtl_genes`

获取一个组织全部 eGene，即至少有一个显著 cis-eQTL 的基因。完整分页并核对数量，max_genes 限制输出行数。

字段	类型	要求与约束
`tissue_site_detail_id`	字符串	必填
`max_genes`	整数	可选
`dataset_id`	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_eqtl_genes", {"tissue_site_detail_id": "Pancreas", "max_genes": 100})

`gtex_single_tissue_eqtls`

获取基因和/或变异的预计算显著单组织 cis-eQTL，可进一步限定组织；分页并核对数量。

字段	类型	要求与约束
`gencode_id`	字符串	可选
`variant_id`	字符串	可选
`tissue_site_detail_id`	字符串	可选
`max_results`	整数	可选
`dataset_id`	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_single_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

`gtex_multi_tissue_eqtls`

按带版本 GENCODE ID 获取 METASOFT 多组织 cis-eQTL 元分析，可限制变异。返回各变异的逐组织 m-value、NES、p 值和标准误。

字段	类型	要求与约束
`gencode_id`	字符串	必填
`variant_id`	字符串	可选
`dataset_id`	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_multi_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

`gtex_calculate_eqtl`

为某个组织中的基因/变异组合即时计算 eQTL，包括非显著组合。返回 p 值、NES、t 统计量、MAF 及逐样本基因型和表达数组。

字段	类型	要求与约束
`gencode_id`	字符串	必填
`variant_id`	字符串	必填
`tissue_site_detail_id`	字符串	必填
`dataset_id`	字符串	可选; 默认值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_calculate_eqtl", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "variant_id": "chr12_6452899_G_A_b38", "tissue_site_detail_id": "Whole_Blood"})

`bgee_species`

列出 Bgee 健康野生型表达图谱中的物种，或用 NCBI taxonomy ID 查询一个物种。返回的 taxon_id 标识该物种，即使其参考基因组来自另一物种。列表查询不加载数据来源元数据，因此返回 has_expression_data: null。需要判断可用性时，用具体 species_id 查询；元数据缺失时仍保留 null，不能视为 false。

字段	类型	必填与约束
`species_id`	integer	可选; minimum: 1; maximum: 2147483647

const result = await host.mcp("expression", "bgee_species", {})

`bgee_expression_calls`

读取一个物种中某基因的 Bgee 表达状态和标准化评分，同时保留解剖结构与细胞类型背景。结果为健康野生型基线表达，可用 max_calls 限制数量；缺失或未指定的 cell_type_id、cell_type_name 返回 null，不代表阴性表达。

字段	类型	必填与约束
`gene_id`	string	必填
`species_id`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 2147483647
`max_calls`	integer	可选; default: 100; minimum: 1; maximum: 500
`expression_type`	string	可选; default: "EXPRESSED"; enum: ["EXPRESSED", "NOT_EXPRESSED"]

const result = await host.mcp("expression", "bgee_expression_calls", {"gene_id": "ENSG00000130208", "species_id": 9606, "max_calls": 50})

`bgee_sparql_expression`

针对一个基因、一个 NCBI 物种和一个组织／解剖实体运行有界 SPARQL 查询。三个过滤字段均必填，查询包含硬性 LIMIT，并有独立超时。

字段	类型	必填与约束
`gene`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 128
`species_id`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 2147483647
`tissue`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 128
`limit`	integer	可选; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("expression", "bgee_sparql_expression", {"gene": "APOC1", "species_id": 9606, "tissue": "liver", "limit": 25})

`bgee_download_links`

生成指定物种的官方表达判断或处理后表达值下载链接。仅返回 URL，不下载大型文件。

字段	类型	必填与约束
`species`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 128
`file_kind`	string	可选; default: "calls_simple"; enum: ["calls_simple", "calls_advanced", "processed_rna_seq", "processed_affymetrix", "processed_sc_full_length", "processed_sc_droplet_based"]
`all_conditions`	boolean	可选; default: false

const result = await host.mcp("expression", "bgee_download_links", {"species": "Homo_sapiens", "file_kind": "calls_simple"})

蛋白注释

展开操作与参数

`get_domain_architecture`

获取 UniProt 蛋白的完整 InterPro 结构域架构，包括成员数据库签名和片段坐标；分页结果与服务数量核对。

字段	类型	要求与约束
`accessions`	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_domain_architecture", {"accessions": ["P04637"]})

`search_interpro_entries`

按关键词检索 InterPro 或 Pfam、SMART、PROSITE、PANTHER、CDD 等成员数据库条目，完整遍历游标并核对数量。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	可选
`entry_type`	字符串	可选
`source_db`	字符串	可选; 默认值： "interpro"
`go_term`	字符串	可选

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_interpro_entries", {"query": "kinase", "source_db": "pfam"})

`get_interpro_entry`

获取 InterPro IPR 或 Pfam PF 条目的详情，依据登录号前缀选择接口。

字段	类型	要求与约束
`accession`	字符串	必填

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_interpro_entry", {"accession": "IPR000719"})

`search_pfam_clans`

按关键词检索 Pfam clan，即登录号以 CL 开头的家族集合。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	可选

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_pfam_clans", {"query": "kinase"})

`get_pfam_clan`

获取 Pfam clan 详情及完整、已排序的成员家族列表。

字段	类型	要求与约束
`clan_accession`	字符串	必填

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_clan", {"clan_accession": "CL0016"})

`get_pfam_family_proteins`

获取 Pfam 家族的成员蛋白，支持完整分页核对或仅返回数量。大型家族优先使用 count_only。

字段	类型	要求与约束
`pfam_accession`	字符串	必填
`reviewed_only`	布尔值	可选; 默认值： false
`tax_id`	整数	可选
`count_only`	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteins", {"pfam_accession": "PF00069", "count_only": true})

`get_pfam_family_proteomes`

获取包含 Pfam 家族成员的蛋白质组。由于上游深层游标分页存在缺陷，count_only 默认开启。

字段	类型	要求与约束
`pfam_accession`	字符串	必填
`count_only`	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteomes", {"pfam_accession": "PF00069"})

`get_protein_atlas_gene`

按 Ensembl gene ID 或符号获取 Human Protein Atlas 基因记录，包括组织、亚细胞、病理、血液、脑表达和抗体信息。

字段	类型	要求与约束
`gene`	字符串	必填
`full`	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_protein_atlas_gene", {"gene": "TP53"})

`search_protein_atlas`

通过 Human Protein Atlas search_download 批量检索，并选择所需返回列。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`columns`	字符串	可选; 默认值： "g,gs,eg,gd,up,chr,chrp,scl"

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_protein_atlas", {"query": "kinase"})

`map_string_ids`

将基因符号/别名映射为 STRING 蛋白 ID。每项输入均进入映射结果或 unmapped 列表，便于核对遗漏。

字段	类型	要求与约束
`symbols`	字符串数组	必填
`species`	整数	可选; 默认值： 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "map_string_ids", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"]})

`get_string_network`

按物种和置信阈值获取 STRING 蛋白相互作用网络。先映射输入符号并报告未映射项；单个映射输入请求 10 个邻居，多个映射输入不扩展。nodes 包含完整返回网络；只需输入节点时筛选 is_query，全部输入别名在 queries 中。n_nodes 不是输入数量。

字段	类型	要求与约束
`symbols`	字符串数组	必填
`species`	整数	可选; 默认值: 9606
`required_score`	整数	可选; 默认值: 700

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_network", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"], "required_score": 700})

`get_string_similarity_scores`

获取基因集合中的 STRING Smith-Waterman 蛋白相似性 bitscore。结果是稀疏的；缺少一对记录表示未记录相似性，不等于分数为零。

字段	类型	要求与约束
`symbols`	字符串数组	必填
`species`	整数	可选; 默认值： 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_similarity_scores", {"symbols": ["TP53", "MDM2", "MDM4"]})

`get_string_best_similarity_hits`

为每个输入蛋白获取目标物种中的最佳同源命中；target_species 为 null 时在所有物种中查找最佳命中。

字段	类型	要求与约束
`symbols`	字符串数组	必填
`species`	整数	可选; 默认值： 9606
`target_species`	整数	可选

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_best_similarity_hits", {"symbols": ["TP53"], "target_species": 10090})

`get_string_ppi_enrichment`

使用 STRING 12.0 检查映射后的蛋白是否比背景预期具有更多互作。可指定物种、0–1000 的最低互作分数及 STRING ID 背景。result 中的 p_value 是网络互作富集结果，不是 GO／通路富集的校正 P 值；没有输入成功映射时 result 为 null。

字段	类型	必填与约束
`symbols`	array of string	必填
`species`	integer	可选; default: 9606
`required_score`	integer	可选; default: 400
`background_string_ids`	array of string	可选

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_ppi_enrichment", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"], "required_score": 700})

肿瘤模型

展开操作与参数

`cbioportal_list_studies`

列出 cBioPortal 肿瘤研究，可按关键词和/或精确癌种 ID 筛选。返回研究 ID、名称、癌种、参考组装、文献和各数据类型样本数。

字段	类型	要求与约束
`keyword`	字符串	可选
`cancer_type_id`	字符串	可选
`max_records`	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_list_studies", {"keyword": "glioma"})

`cbioportal_get_study`

按 ID 获取 cBioPortal 研究详情，包括各数据类型样本数、从集合读取的样本/患者数，以及分子谱。

字段	类型	要求与约束
`study_id`	字符串	必填

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_study", {"study_id": "msk_impact_2017"})

`cbioportal_mutations_in_gene`

按 HUGO 符号获取 cBioPortal 研究中某基因的全部突变及复发汇总，包括突变数量、突变样本数、类型与蛋白变化分布。

字段	类型	要求与约束
`gene_symbol`	字符串	必填
`study_id`	字符串	必填
`max_records`	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutations_in_gene", {"gene_symbol": "IDH1", "study_id": "difg_msk_2023"})

`cbioportal_mutation_frequency`

查询 cBioPortal 基因突变频率。分母使用该基因确实完成相应分子检测的样本数，而不是研究中的所有样本；保留研究、分子数据集、样本与缺失信息后再比较频率。

字段	类型	要求与约束
`gene_symbol`	字符串	必填
`study_ids`	字符串数组	必填; 最少项数: 1; 最多项数: 12

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutation_frequency", {"gene_symbol": "KRAS", "study_ids": ["msk_impact_2017", "difg_msk_2023"]})

`cbioportal_cna_in_gene`

获取 cBioPortal 研究中一个基因的离散拷贝数变化，默认筛选深度缺失与扩增，并返回完整逐样本变化分布。

字段	类型	要求与约束
`gene_symbol`	字符串	必填
`study_id`	字符串	必填
`event_type`	字符串	可选; 默认值： "HOMDEL_AND_AMP"; 枚举： ["HOMDEL_AND_AMP", "HOMDEL", "AMP", "GAIN", "HETLOSS", "DIPLOID", "ALL"]
`max_records`	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_cna_in_gene", {"gene_symbol": "CDKN2A", "study_id": "msk_impact_2017"})

`cbioportal_clinical_attributes`

列出 cBioPortal 研究的患者级和样本级临床属性，突出显示生存终点及总生存数据是否存在。

字段	类型	要求与约束
`study_id`	字符串	必填
`max_records`	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_clinical_attributes", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018"})

`cbioportal_get_samples`

列出研究中的样本及患者标识符。sample_ids 可限定样本；max_records 截断返回行，同时保留真实研究计数。

字段	类型	必填与约束
`study_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`sample_ids`	array of string	可选; minItems: 1; maxItems: 1000
`max_records`	integer	可选; default: 500; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_samples", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "max_records": 100})

`cbioportal_get_patients`

列出研究中的患者标识符。patient_ids 可限定患者；max_records 截断返回行，同时保留真实研究计数。

字段	类型	必填与约束
`study_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`patient_ids`	array of string	可选; minItems: 1; maxItems: 1000
`max_records`	integer	可选; default: 500; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_patients", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "max_records": 100})

`cbioportal_get_clinical_data`

查询明确指定的样本或患者临床值：level 为 SAMPLE 时提供 sample_ids，为 PATIENT 时提供 patient_ids。attribute_ids 可限定属性；值保留字符串形式，包括缺失标记。

字段	类型	必填与约束
`study_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`level`	string	可选; default: "SAMPLE"; enum: ["SAMPLE", "PATIENT"]
`attribute_ids`	array of string	可选; maxItems: 1000
`sample_ids`	array of string	可选; minItems: 1; maxItems: 1000
`patient_ids`	array of string	可选; minItems: 1; maxItems: 1000
`max_records`	integer	可选; default: 1000; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_clinical_data", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "level": "PATIENT", "attribute_ids": ["AGE"], "patient_ids": ["TCGA-A1-A0SB"]})

`cbioportal_get_molecular_data`

从明确的 molecular profile 查询 mRNA 或蛋白表达数值。先用 cbioportal_get_study 查找 profile 并确认测量方式与归一化。提供 gene_symbol 或 entrez_gene_ids，并在 sample_ids 与 sample_list_id 中恰好选一个；缺失行不代表零表达。

字段	类型	必填与约束
`study_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`molecular_profile_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`gene_symbol`	string	可选
`entrez_gene_ids`	array of integer	可选; maxItems: 1000
`sample_ids`	array of string	可选; minItems: 1; maxItems: 1000
`sample_list_id`	string	可选; minLength: 1; pattern: "\S"
`max_records`	integer	可选; default: 1000; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_molecular_data", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "molecular_profile_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018_rna_seq_v2_mrna", "gene_symbol": "ESR1", "sample_list_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018_all"})

`depmap_search_models`

按名称子串或精确 ACH ModelID 查找 DepMap/CCLE 模型，保留不同 ModelID、谱系、疾病与 RRID；不下载完整目录。

字段	类型	必填性与限制
`query`	string	必填; minLength: 2; maxLength: 100; pattern: "\S"
`limit`	integer	可选; default: 10; minimum: 1; maximum: 20

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_search_models", {"query": "A549"})

`depmap_gene_dependency`

查询一个精确基因符号的 DepMap Chronos gene-effect，可限定 ModelID，最多返回 50 个模型。负值不是依赖概率，缺失不是零；保留数据发布版本。

字段	类型	必填性与限制
`gene`	string	必填; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
`model_ids`	array	可选; minItems: 1; maxItems: 20
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_gene_dependency", {"gene": "KRAS", "model_ids": ["ACH-000681"]})

`depmap_drug_response`

按精确 DPC 编号或完整化合物名称查询 PRISM 次级筛选 AUC，可限定 ModelID。最多 50 个模型；AUC 不是 IC50 或存活率，保留 PRISM 与模型元数据各自的版本。

字段	类型	必填性与限制
`compound`	string	必填; minLength: 2; maxLength: 100; pattern: "\S"
`model_ids`	array	可选; minItems: 1; maxItems: 20
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_drug_response", {"compound": "trametinib", "model_ids": ["ACH-000681"]})

`depmap_gene_expression`

按精确基因符号查询当前 DepMap/CCLE RNA 表达，量纲为 log2(TPM+1)，不是原始 TPM 或 z 分数。可限定 ModelID，最多 50 个模型，保留发布版本。

字段	类型	必填性与限制
`gene`	string	必填; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
`model_ids`	array	可选; minItems: 1; maxItems: 20
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_gene_expression", {"gene": "KRAS", "model_ids": ["ACH-000681"]})

`depmap_copy_number`

查询相对于模型倍性的 DepMap/CCLE WGS 基因拷贝数，最多 50 个模型。数值不是绝对拷贝数、log2 值或离散扩增/缺失判定；保留 ModelID 和发布版本。

字段	类型	必填性与限制
`gene`	string	必填; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
`model_ids`	array	可选; minItems: 1; maxItems: 20
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_copy_number", {"gene": "MYC", "model_ids": ["ACH-000681"]})

RNA

展开操作与参数

`get_family`

按 RF 登录号或家族名称获取 Rfam 元数据，返回扁平记录及 raw 中的完整上游 JSON。

字段	类型	要求与约束
`family`	字符串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_family", {"family": "RF00005"})

`get_seed_alignment`

获取 Rfam 种子比对，默认 Stockholm（含共识二级结构行），也可返回含 gap 的比对 FASTA。

字段	类型	要求与约束
`family`	字符串	必填
`fmt`	字符串	可选; 默认值： "stockholm"; 枚举： ["stockholm", "fasta"]
`max_bytes`	整数	可选; 默认值： 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_seed_alignment", {"family": "RF00162", "fmt": "stockholm"})

`get_covariance_model`

获取 Rfam 家族 Infernal 协方差模型 CM 文件及解析的头字段，可供 cmsearch/cmscan 使用。

字段	类型	要求与约束
`family`	字符串	必填
`max_bytes`	整数	可选; 默认值： 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_covariance_model", {"family": "RF00162"})

`get_tree`

获取 Rfam 家族种子系统发育树，格式为 NHX/Newick 文本。

字段	类型	要求与约束
`family`	字符串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_tree", {"family": "RF00162"})

`get_sequence_regions`

获取 Rfam 家族在序列数据库中的全部区域命中并解析 TSV。先检查 get_family 的 num_full；极大家族的该上游接口可能返回 403。

字段	类型	要求与约束
`family`	字符串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_sequence_regions", {"family": "RF00162"})

`get_structure_mapping`

获取 Rfam 家族到 PDB 的残基层级结构映射，并按确定顺序排序。

字段	类型	要求与约束
`family`	字符串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_structure_mapping", {"family": "RF00162"})

`accession_to_id`

将 Rfam 登录号转换为家族名称，例如 RF00005 转为 tRNA。

字段	类型	要求与约束
`accession`	字符串	必填

const result = await host.mcp("rna", "accession_to_id", {"accession": "RF00005"})

`id_to_accession`

将 Rfam 家族名称转换为登录号，例如 tRNA 转为 RF00005。

字段	类型	要求与约束
`family_id`	字符串	必填

const result = await host.mcp("rna", "id_to_accession", {"family_id": "tRNA"})

`search_sequence`

通过 Rfam 官方批量端点搜索 RNA 序列。等待期间保留返回的作业身份，尚未完成的响应不代表零匹配。完成后检查命中结果和来源信息；响应失败时先诊断或恢复已有作业，不要反复提交。

字段	类型	要求与约束
`sequence`	字符串	必填
`max_wait_s`	数值	可选; 默认值： 300
`poll_interval_s`	数值	可选; 默认值： 5

const result = await host.mcp("rna", "search_sequence", {"sequence": "GGUUCCGGGAAGGCAGCAGGUGGAAACCUGCCA"})

`get_rnacentral_record`

按 URS accession 读取 RNAcentral API v1 序列记录，保留序列、MD5、活动状态、物种及 RNA 类型元数据。

字段	类型	要求与限制
`urs`	string	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_rnacentral_record", {"urs": "URS0000000001"})

`get_rnacentral_xrefs`

将 RNAcentral URS accession 映射到一页专家数据库标识符。保留数据库来源、分类、accession 版本、活动状态和首次／最后出现日期；不会自动遍历下一页。

字段	类型	要求与限制
`urs`	string	必填
`page`	integer	可选; 默认值: 1; 最小值: 1; 最大值: 100000
`page_size`	integer	可选; 默认值: 10; 最小值: 1; 最大值: 100

const result = await host.mcp("rna", "get_rnacentral_xrefs", {"urs": "URS0000000001", "page": 1, "page_size": 10})

组学档案

展开操作与参数

`ena_query_runs`

按 tax_id、library_strategy 或 keyword 发现公开 ENA 运行；至少提供一个条件，组合条件按 AND 匹配。返回查询表达式、元数据、实际返回数与 truncated。物种条件包含分类后代；关键词查询标题和描述，不接受任意 ENA 查询语法。最多返回 1000 条，无分页游标；截断时缩小条件。n_runs_returned 不是全部匹配数。

至少提供一个列出的检索条件；完整组合约束见下载的 schema。

字段	类型	必填与约束
`tax_id`	integer	可选; minimum: `1`; maximum: `2147483647`
`library_strategy`	string	可选; enum: ["AMPLICON", "ATAC-seq", "Bisulfite-Seq", "CLONE", "CLONEEND", "CTS", "ChIA-PET", "ChIP-Seq", "ChM-Seq", "DNase-Hypersensitivity", "EST", "FAIRE-seq", "FINISHING", "FL-cDNA", "GBS", "Hi-C", "MBD-Seq", "MNase-Seq", "MRE-Seq", "MeDIP-Seq", "NOMe-Seq", "OTHER", "POOLCLONE", "RAD-Seq", "RIP-Seq", "RNA-Seq", "Ribo-Seq", "SELEX", "Synthetic-Long-Read", "Targeted-Capture", "Tethered Chromatin Conformation Capture", "Tn-Seq", "VALIDATION", "WCS", "WGA", "WGS", "WXS", "miRNA-Seq", "ncRNA-Seq", "snRNA-seq", "ssRNA-seq"]
`keyword`	string	可选; minLength: `1`; maxLength: `200`; pattern: `"^(?=[\\s\\S]\\S)[^\"\\\\?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"`
`limit`	integer	可选; default: `100`; minimum: `1`; maximum: `1000`

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_query_runs", {"tax_id": 6239, "library_strategy": "RNA-Seq", "keyword": "transcriptome", "limit": 20})

`ena_get_submitted_files`

查询某个 ERR/SRR/DRR 运行的原始提交文件清单，包括上游路径、格式、大小和 MD5；与 ena_get_run_files 的归档生成 FASTQ 分开。found=true 但 submitted_available=false 表示没有列出提交文件，不表示运行不存在。ftp_location 保留上游路径，可能没有协议前缀，文件名可能含字面 #，不能当作已经编码的 URL 直接解析。此操作不下载或校验文件。

字段	类型	必填与约束
`run_accession`	string	必填; minLength: `1`; maxLength: `64`

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_get_submitted_files", {"run_accession": "ERR10015065"})

`ena_search_runs`

按 ENA/INSDC 的项目、实验、样本或运行登录号查找公开测序运行，返回物种、平台与文库元数据，不下载文件。GEO GSE/GSM、E-MTAB 和 MGYS 需先找到关联的 INSDC 登录号。本工具不是关键词检索；最多返回 1000 条，无分页游标，重复调用不能补齐截断队列。

字段	类型	要求与约束
`accession`	字符串	必填; 最短长度: 1; 最长长度: 64
`limit`	整数	可选; 默认值: 100; 最小值: 1; 最大值: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_search_runs", {"accession": "PRJNA123835", "limit": 100})

`ena_get_run_files`

查询一个 ERR/SRR/DRR 运行的归档生成 FASTQ 清单，包括 URL、字节数及上游 MD5，不下载或校验文件。PAIRED 不保证恰有两个文件；file_index 仅代表报告顺序，不代表 R1/R2。已找到运行但未列出 FASTQ，与未找到运行不同；提交的 BAM/CRAM/SRA 不在本工具范围。

字段	类型	要求与约束
`run_accession`	字符串	必填; 最短长度: 1; 最长长度: 64

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_get_run_files", {"run_accession": "SRR037073"})

`arrayexpress_search_experiments`

检索 ArrayExpress/BioStudies 功能基因组实验。关键词、物种、研究类型、技术、发布日期和额外分面组合为 AND；完整获取并按 totalHits 核对。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	可选
`organism`	字符串	可选
`study_type`	字符串	可选
`technology`	字符串	可选
`released_after`	字符串	可选
`released_before`	字符串	可选
`extra_facets`	对象	可选
`max_records`	整数	可选; 默认值： 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_search_experiments", {"organism": "Homo sapiens", "study_type": "ChIP-seq", "max_records": 50})

`arrayexpress_get_experiment`

获取一个 ArrayExpress 实验的整理元数据，包括类型、物种、样本/测定数量、设计、因子、作者、文献、方案、阵列和文件摘要。

字段	类型	要求与约束
`accession`	字符串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment", {"accession": "E-MTAB-5061"})

`arrayexpress_get_experiment_files`

列出一个 ArrayExpress 实验的全部文件、名称、大小、类型、格式、说明与下载 URL，并附带 /info 报告的文件数供对照。

字段	类型	要求与约束
`accession`	字符串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_files", {"accession": "E-MTAB-5061"})

`arrayexpress_get_experiment_samples`

读取 ArrayExpress 实验中按路径排序的第一个 SDRF 文件，保留样本、实验与文件之间的关系行。n_rows_total／n_rows_returned 为行数；n_samples／n_samples_returned 为去重后的样本标识数，优先 Sample Name，再用 Source Name，不表示独立生物学重复。缺失标识可返回 null；无 SDRF 返回 no_sdrf，不能据此断定实验没有样本。

字段	类型	要求与约束
`accession`	字符串	必填
`max_rows_returned`	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_samples", {"accession": "E-MTAB-5061", "max_rows_returned": 200})

`geo_search_series`

搜索 GEO DataSets 并返回系列级元数据。term 使用 E-utilities 语法，可加入 gse[ETYP] 限制为 Series。

字段	类型	要求与约束
`term`	字符串	必填
`retmax`	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_search_series", {"term": "asthma AND gse[ETYP]", "retmax": 20})

`geo_get_series`

按 GEO Series 编号获取研究元数据和样本摘要。需要表达矩阵清单与预检时，继续使用 geo_get_matrix_files 和 geo_preflight_matrix；不要把元数据响应当作已下载的表达矩阵。

字段	类型	必填与约束
`accessions`	array of string	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_get_series", {"accessions": ["GSE131907"]})

`metabolights_list_studies`

列出全部公开 MetaboLights 登录号并按数字排序，附服务报告总数。上游没有研究搜索接口，应在候选元数据中筛选标题或描述。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_list_studies", {})

`metabolights_get_studies`

读取 MetaboLights（MTBLSxxx）的结构化研究元数据，可选返回样本表。样本表按 ISA 列索引排序，重名列用不覆盖原名称的后缀区分，保留各列与值的对应关系；短行补空字符串。未知或私有编号进入 not_found。

字段	类型	要求与约束
`accessions`	字符串数组	必填
`include_samples`	布尔值	可选; 默认值： false
`max_sample_rows_returned`	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_studies", {"accessions": ["MTBLS1"], "include_samples": false})

`metabolights_get_study_files`

获取公开 MetaboLights 研究的完整文件清单，包括顶层 ISA-Tab、MAF、目录项，默认递归获取 FILES 数据目录。

字段	类型	要求与约束
`accession`	字符串	必填
`include_data_files`	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_study_files", {"accession": "MTBLS1"})

`metabolights_search_data_files`

在 MetaboLights 研究的 FILES 目录中按 glob 匹配原始数据文件，如 *.mzML；省略 pattern 时列出全部数据文件。

字段	类型	要求与约束
`accession`	字符串	必填
`pattern`	字符串	可选

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_search_data_files", {"accession": "MTBLS1", "pattern": "*.zip"})

`mgnify_search_studies`

按自由文本或 biome 谱系查找 MGnify 宏基因组研究，两种输入必须二选一。完整分页并核对服务数量。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	可选
`biome_lineage`	字符串	可选

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_search_studies", {"query": "coral"})

`mgnify_get_studies`

按 MGYS 登录号获取 MGnify 研究记录；include_analyses 可附完整分析列表及按流程/实验类型的汇总。未知 ID 列入 missing。

字段	类型	要求与约束
`accessions`	字符串数组	必填
`include_analyses`	布尔值	可选; 默认值： false

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_studies", {"accessions": ["MGYS00000410"], "include_analyses": false})

`mgnify_get_study_analyses`

完整列出一个 MGnify 研究的全部 MGYA 分析，包含流程版本、实验类型、状态和 run/assembly/sample ID，并核对分页数量。

字段	类型	要求与约束
`accession`	字符串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_study_analyses", {"accession": "MGYS00000410"})

`pride_get_project_files`

按 PXD／PRD 项目登录号分页列出 PRIDE 文件，page 从 0 开始。保留文件类别、大小、校验文本与传输位置，并根据 next_page 继续查询。api_total 为空时不能推断总量；缺失值保留 null。不要猜测校验算法或把 Aspera 地址当作 HTTP 下载地址；返回文件清单不等于完成下载。

字段	类型	必填与约束
`project_accession`	string	必填; maxLength: `32`; pattern: `"^(?:PXD\|PRD)[0-9]{6,}$"`
`page`	integer	可选; default: `0`; minimum: `0`; maximum: `1000000`
`page_size`	integer	可选; default: `100`; minimum: `1`; maximum: `100`

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_get_project_files", {"project_accession": "PXD000001", "page": 0, "page_size": 100})

`pride_search_projects`

检索 PRIDE 蛋白质组项目。关键词、物种、仪器、疾病与额外条件组合为 AND；完整获取并核对 api_total，按登录号升序返回。

字段	类型	要求与约束
`keyword`	字符串	可选
`organism`	字符串	可选
`instrument`	字符串	可选
`disease`	字符串	可选
`extra_filters`	对象	可选
`max_records_returned`	整数	可选; 默认值： 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_projects", {"keyword": "phosphoproteome", "organism": "Homo sapiens (human)", "max_records_returned": 50})

`pride_get_projects`

按 PXD 等登录号获取 PRIDE 项目完整元数据，与搜索结果使用相同记录结构。未知 ID 列入 not_found。

字段	类型	要求与约束
`accessions`	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_get_projects", {"accessions": ["PXD010154"]})

`pride_search_project_proteins`

完整获取一个 PRIDE 亲和蛋白质组项目的蛋白证据行。此接口仅服务亲和蛋白质组；传统质谱 PXD 项目应使用 pride_find_projects_for_protein。

字段	类型	要求与约束
`project_accession`	字符串	必填
`keyword`	字符串	可选

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_project_proteins", {"project_accession": "PXD010154"})

`pride_find_projects_for_protein`

按 UniProt 登录号查找包含该蛋白的 PRIDE 质谱项目，再将返回的项目 ID 交给 pride_get_projects 获取详情。

字段	类型	要求与约束
`protein_accession`	字符串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_find_projects_for_protein", {"protein_accession": "P04637"})

`mgnify_get_analysis_files`

通过 MGnify API v2 列出一个分析的结果文件元数据，包括文件类型、类别、已报告的字节数和上游下载 URL。不下载文件内容；缺少的大小和 URL 保留 null。

字段	类型	必填与约束
`accession`	string	必填; maxLength: 32; pattern: "^MGYA[0-9]{8,}$"

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_analysis_files", {"accession": "MGYA00639970"})

`workbench_search_compounds`

按登记号、分子式、InChIKey 或 PubChem、HMDB、KEGG、ChEBI、LIPID MAPS、MetaCyc 交叉引用查询 Metabolomics Workbench 化合物。返回可用结构、分子式、精确质量及交叉引用；不支持名称输入，先用 PubChem 解析名称。limit 在取得有界响应后本地截断，接口不分页。

字段	类型	必填与约束
`field`	string	必填; enum: ["regno", "formula", "inchi_key", "lm_id", "pubchem_cid", "hmdb_id", "kegg_id", "chebi_id", "metacyc_id"]
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可选; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_search_compounds", {"field": "pubchem_cid", "query": "5793"})

`workbench_search_studies`

按标题子串或研究机构搜索公开 Metabolomics Workbench 研究，返回 ST 编号及可用物种、样本数量、分析类型和许可信息。limit 在本地截断，接口不分页。

字段	类型	必填与约束
`field`	string	可选; default: "study_title"; enum: ["study_title", "institute"]
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可选; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_search_studies", {"query": "Diabetes", "limit": 20})

`workbench_get_study`

按 ST 加六位数字的编号读取研究摘要、样本及实验因素、分析仪器信息或代谢物注释。section 选择对应部分；保留上游字段与因素文本。不会下载原始文件或测量矩阵，limit 在本地截断。

字段	类型	必填与约束
`study_id`	string	必填; pattern: "^ST[0-9]{6}$"
`section`	string	可选; default: "summary"; enum: ["summary", "factors", "analysis", "metabolites"]
`limit`	integer	可选; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_get_study", {"study_id": "ST000001", "section": "factors"})

`geo_get_matrix_files`

发现 GEO Series Matrix 及 NCBI 生成的 RNA-seq 原始计数、FPKM/TPM 和基因注释文件，返回官方 URL 供手动下载。保留 GSE/GPL、文件名和来源；文件发现不等于下载或表达量分析。

字段	类型	必填与约束
`accession`	string	必填; pattern: "^GSE[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_get_matrix_files", {"accession":"GSE164073"})

`geo_preflight_matrix`

对已经读取并解压的密集 TSV 或 Series Matrix 文本做预检，最多 8 MiB；此操作不访问网络或文件系统。用 geo_get_series 返回的 GSM 标识符映射样本列，不按列位置推测。预览设置 complete=false，并保留完整表头和预览行；Series Matrix 还必须保留 !Sample_geo_accession、平台元数据及表格起始标记。仅完整文件可设 complete=true，预览不能确定总行列数，不支持稀疏矩阵、HDF5 或压缩包。

字段	类型	必填与约束
`text`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 8388608
`complete`	boolean	可选; default: false
`matrix_kind`	string	可选; default: "unknown"; enum: ["series_matrix", "raw_counts", "normalized_counts", "unknown"]
`samples`	array of object	可选; maxItems: 10000

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_preflight_matrix", {"text":"GeneID\tGSM5000001\n1\t12\n","complete":false,"matrix_kind":"raw_counts","samples":[{"accession":"GSM5000001"}]})

CellGuide

展开操作与参数

`get_cell_type_info`

按 Cell Ontology ID 或名称获取 CellGuide 细胞类型详情，包含同义词、本体定义及人工/GPT 描述。解读描述时注意来源类型。

字段	类型	要求与约束
`cell_type`	字符串	必填

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_type_info", {"cell_type": "acinar cell"})

`search_cell_types`

按名称和同义词自由文本搜索 CellGuide 细胞类型；工具在下载的元数据目录中筛选。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`limit`	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("cellguide", "search_cell_types", {"query": "T cell", "limit": 25})

`get_marker_genes`

获取 CellGuide 细胞类型的标记基因，可选择计算得到并带分数的标记，或文献整理的经典标记。

字段	类型	要求与约束
`cell_type`	字符串	必填
`marker_type`	字符串	可选; 默认值： "computational"; 枚举： ["computational", "canonical"]
`limit`	整数	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("cellguide", "get_marker_genes", {"cell_type": "CL:0000084", "marker_type": "computational", "limit": 25})

`get_source_data`

获取 CellGuide 某细胞类型的来源数据集与文献，包括集合 URL 及其覆盖组织、疾病和物种。

字段	类型	要求与约束
`cell_type`	字符串	必填

const result = await host.mcp("cellguide", "get_source_data", {"cell_type": "CL:0000622"})

`get_cell_tissues`

汇总 CellGuide 来源集合中观察到某细胞类型的组织，并对组织去重。

字段	类型	要求与约束
`cell_type`	字符串	必填

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_tissues", {"cell_type": "T cell"})

调控

展开操作与参数

`encode_search_experiments`

检索 ENCODE 功能基因组实验，可按 assay_title、靶标、物种、状态、发布日期及额外门户字段筛选。完整分页核对；accessions 保留全部匹配 ID，摘要行受 max_rows 限制。

字段	类型	要求与约束
`assay_title`	字符串	可选
`target`	字符串	可选
`organism`	字符串	可选
`status`	字符串	可选; 默认值： "released"
`date_released_before`	字符串	可选
`extra_filters`	对象	可选
`max_rows`	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_experiments", {"target": "CTCF", "assay_title": "TF ChIP-seq", "max_rows": 50})

`encode_search_biosamples`

检索 ENCODE 细胞系、组织或原代细胞样本，可按本体名称、分类、物种、状态和创建日期筛选。完整核对匹配数；accessions 为完整列表，摘要行有上限。

字段	类型	要求与约束
`term_name`	字符串	可选
`classification`	字符串	可选
`organism`	字符串	可选
`status`	字符串	可选; 默认值： "released"
`date_created_before`	字符串	可选
`extra_filters`	对象	可选
`max_rows`	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_biosamples", {"term_name": "K562", "classification": "cell line", "max_rows": 25})

`encode_list_files`

按格式、测定和样本检索 ENCODE 文件。assay_term_name 使用本体名称（如 ChIP-seq），显示名称 TF ChIP-seq 应通过 extra_filters 的 assay_title 传递。无筛选结果极大，应组合多个条件；摘要行受 max_rows 限制。

字段	类型	要求与约束
`file_format`	字符串	可选
`assay_term_name`	字符串	可选
`biosample_term_name`	字符串	可选
`status`	字符串	可选; 默认值： "released"
`date_created_before`	字符串	可选
`extra_filters`	对象	可选
`max_rows`	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_list_files", {"file_format": "bed", "assay_term_name": "ChIP-seq", "biosample_term_name": "K562", "extra_filters": {"output_type": "peaks", "assembly": "GRCh38"}, "max_rows": 50})

`encode_get_experiment`

按 ENCSR 登录号获取 ENCODE 实验的稳定字段，包括测定、靶标、样本、实验室、项目、日期、组装、重复数和 DOI。易变门户审核/内部状态不在记录中。

字段	类型	要求与约束
`accession`	字符串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_experiment", {"accession": "ENCSR000AKP"})

`encode_get_file`

按 ENCFF 登录号获取 ENCODE 文件的格式、输出类型、测定、组装、数据集、重复、大小、MD5、读长和下载地址。

字段	类型	要求与约束
`accession`	字符串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_file", {"accession": "ENCFF002JUR"})

`encode_get_biosample`

按 ENCBS 登录号获取 ENCODE 生物样本的本体、分类、物种、供体、处理、遗传修饰、年龄、性别、实验室及状态等信息。

字段	类型	要求与约束
`accession`	字符串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_biosample", {"accession": "ENCBS013JZP"})

`jaspar_get_matrix`

按带版本的 JASPAR matrix ID 获取 TF 结合谱、PFM、分类、物种、文献和 logo URL。必须使用 MA0002.2 这样的完整版本 ID；先用 jaspar_matrix_versions 确认版本。

字段	类型	要求与约束
`matrix_id`	字符串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_get_matrix", {"matrix_id": "MA0002.2"})

`jaspar_matrix_versions`

列出 JASPAR 基础矩阵 ID 的全部版本，返回 matrix_id、名称、集合和 URL 并核对数量。带版本输入会归并到基础 ID，可据此固定后续查询版本。

字段	类型	要求与约束
`base_id`	字符串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_matrix_versions", {"base_id": "MA0002"})

`jaspar_list_matrices`

检索 JASPAR 结合谱，可按集合、分类群、NCBI tax_id、TF 名称或自由文本筛选，version=latest 可仅取最新版本。完整分页核对；摘要行受 max_rows 限制。

字段	类型	要求与约束
`collection`	字符串	可选
`tax_group`	字符串	可选
`tax_id`	整数	可选
`name`	字符串	可选
`search`	字符串	可选
`version`	字符串	可选
`max_rows`	整数	可选; 默认值： 1000

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_matrices", {"tax_id": 9606, "collection": "CORE", "version": "latest", "max_rows": 200})

`jaspar_list_species`

列出有 JASPAR 结合谱的全部物种与 NCBI tax_id，核对数量；tax_id 可供矩阵查询使用。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_species", {})

`jaspar_list_taxa`

列出 JASPAR 分类群，如 vertebrates、plants、fungi；名称可用于 tax_group 筛选。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_taxa", {})

`jaspar_list_collections`

列出 JASPAR 集合及名称，供 collection 筛选。CORE 表示整理后的非冗余结合谱。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_collections", {})

`jaspar_list_releases`

列出 JASPAR 数据发布的年份、编号和 active 标志。选择 motif 时记录所用发布，以便后续比较。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_releases", {})

`unibind_search_tfbs`

检索 UniBind ChIP-seq 高置信 TFBS 数据集，每项对应实验、细胞类型与 TF。条件组合为 AND，除 search 外主要为精确匹配；collection 区分 Robust 与 Permissive。total 是实际总数，max_rows 限制返回摘要。

字段	类型	要求与约束
`tf_name`	字符串	可选
`cell_line`	字符串	可选
`species`	字符串	可选
`collection`	字符串	可选; 枚举： ["Robust", "Permissive"]
`jaspar_id`	字符串	可选
`search`	字符串	可选
`max_rows`	整数	可选; 默认值： 200

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_search_tfbs", {"tf_name": "CTCF", "collection": "Robust", "max_rows": 50})

`unibind_get_dataset`

按搜索返回的 tf_id 获取 UniBind 数据集详情，包括来源、TF、条件、JASPAR ID、峰数及逐模型 TFBS 数量/阈值。完整结合位点通过返回的 BED/FASTA URL 下载，而非另一次 MCP 调用。

字段	类型	要求与约束
`tf_id`	字符串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_get_dataset", {"tf_id": "ENCSR000AUE.A549_lung_carcinoma.CTCF"})

`unibind_tfbs_in_region`

通过 UCSC hubApi 获取与区域重叠的 UniBind TFBS。使用支持的 UCSC 组装、chr 前缀及从 0 开始的半开区间；窗口不超过 1000000 bp。每次最多扫描 20000 项，region_scan_complete 为 false 时应缩小窗口，尤其不能将筛选后未命中解释为没有位点。

字段	类型	要求与约束
`genome`	字符串	必填
`chrom`	字符串	必填
`start`	整数	必填
`end`	整数	必填
`tf_name`	字符串	可选
`collection`	字符串	可选; 默认值： "Robust"; 枚举： ["Robust", "Permissive"]
`max_sites`	整数	可选; 默认值： 2000

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_tfbs_in_region", {"genome": "hg38", "chrom": "chr1", "start": 1000000, "end": 1010000, "collection": "Robust"})

科研资源

展开操作与参数

`search_grants`

检索 Grants.gov 资助机会，至少提供一个条件。默认状态为 forecasted 和 posted；历史机会需加入 closed/archived。count_only 只取数量与分面，max_records 限制输出行，完整获取与截断状态分别报告。

字段	类型	要求与约束
`keyword`	字符串	可选
`opportunity_number`	字符串	可选
`aln`	字符串	可选
`agencies`	字符串数组	可选
`opportunity_statuses`	字符串数组	可选
`eligibilities`	字符串数组	可选
`funding_categories`	字符串数组	可选
`funding_instruments`	字符串数组	可选
`count_only`	布尔值	可选; 默认值： false
`max_records`	整数	可选; 默认值： 100
`include_facets`	布尔值	可选; 默认值： true

const result = await host.mcp("research-resources", "search_grants", {"keyword": "cancer", "agencies": ["HHS-NIH11"], "max_records": 25})

`search_antibodies`

全文检索 Antibody Registry，按抗体名称、靶标和目录文本进行词项匹配，TP53 与 p53 是不同查询。匿名访问深度受限，超出 offset 500 会标记 anonymous_limit_hit；指定页时从 1 开始并遵守该上限。

字段	类型	要求与约束
`query`	字符串	必填
`page`	整数	可选
`page_size`	整数	可选; 默认值： 100
`max_records`	整数	可选; 默认值： 500

const result = await host.mcp("research-resources", "search_antibodies", {"query": "CD4", "max_records": 100})

`get_antibody`

按数字、AB_ 或 RRID:AB_ 标识获取抗体详情。一个登录号可能对应多个整理记录；不存在时 record_count 为 0，不作为异常。

字段	类型	要求与约束
`antibody_id`	字符串	必填

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody", {"antibody_id": "RRID:AB_3643095"})

`find_antibodies_by_catalog`

按供应商目录号精确匹配抗体，不区分大小写；可加供应商名称缩小结果。工具使用全文候选加本地精确筛选，以处理上游列筛选接口错误。

字段	类型	要求与约束
`catalog_number`	字符串	必填
`vendor`	字符串	可选
`page_size`	整数	可选; 默认值： 100

const result = await host.mcp("research-resources", "find_antibodies_by_catalog", {"catalog_number": "ab32572"})

`get_antibody_registry_stats`

获取 Antibody Registry 抗体总数及最近更新日期，返回上游统计内容。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody_registry_stats", {})

BioMart

展开操作与参数

`list_marts`

列出 Ensembl BioMart 数据库。查询层级为 mart → dataset → attributes/filters，返回的 mart 名用于 list_datasets。

字段	类型	要求与约束
—	对象	No fields; pass an empty 对象.

const result = await host.mcp("biomart", "list_marts", {})

`list_datasets`

列出指定 mart 的数据集，返回名称可用于字段、筛选与数据查询。

字段	类型	要求与约束
`mart`	字符串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_datasets", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL"})

`list_common_attributes`

列出数据集常用字段的精选子集，建议在请求完整字段表前使用。mart 参数仅为签名兼容而保留，实际查询由 dataset 决定。

字段	类型	要求与约束
`mart`	字符串	必填
`dataset`	字符串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_common_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

`list_all_attributes`

列出数据集可用字段，排除体量较大的同源与芯片探针字段。结果可能很大，优先使用 list_common_attributes；mart 不参与实际查询。

字段	类型	要求与约束
`mart`	字符串	必填
`dataset`	字符串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_all_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

`list_filters`

列出数据集可用筛选字段，如染色体和 biotype，可作为 get_data 的 filters 字典。实际查询由 dataset 决定，mart 不参与。

字段	类型	要求与约束
`mart`	字符串	必填
`dataset`	字符串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_filters", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

`get_data`

执行 BioMart 数据查询，返回指定 attributes，可由 filters 限定范围。实际使用 dataset 定位数据，mart 参数不参与查询。

字段	类型	要求与约束
`mart`	字符串	必填
`dataset`	字符串	必填
`attributes`	字符串数组	必填
`filters`	对象	可选

const result = await host.mcp("biomart", "get_data", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "attributes": ["ensembl_gene_id", "external_gene_name", "chromosome_name"], "filters": {"chromosome_name": "Y", "biotype": "protein_coding"}})

`get_translation`

在一个 BioMart 数据集中，将单个标识从一种属性类型映射为另一种；实际查询由 dataset 决定，mart 不参与。

字段	类型	要求与约束
`mart`	字符串	必填
`dataset`	字符串	必填
`from_attr`	字符串	必填
`to_attr`	字符串	必填
`target`	字符串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "get_translation", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "target": "TP53"})

`batch_translate`

在同一次 BioMart 查询中批量映射多个标识，比逐次 get_translation 更高效。实际查询由 dataset 决定，mart 不参与。

字段	类型	要求与约束
`mart`	字符串	必填
`dataset`	字符串	必填
`from_attr`	字符串	必填
`to_attr`	字符串	必填
`targets`	字符串数组	必填

const result = await host.mcp("biomart", "batch_translate", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "targets": ["TP53", "BRCA1", "BRCA2"]})

ZINC

展开操作与参数

`zinc_search_by_id`

批量按最多 100 个 ZINC ID 查询可购买化合物及供应来源。上游采用提交加轮询，耗时受 timeout_s 限制。

字段	类型	要求与约束
`zinc_ids`	['字符串', '数组']	必填
`max_results`	整数	可选; 默认值： 50
`timeout_s`	数值	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_id", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

`zinc_search_by_smiles`

按 SMILES 检索 ZINC22 可购买化学空间，dist 控制从精确到相似结构的范围；无需单独相似性工具。此查询较慢，建议逐步增大 dist。

字段	类型	要求与约束
`smiles`	字符串	必填
`dist`	整数	可选; 默认值： 0
`adist`	整数	可选
`max_results`	整数	可选; 默认值： 50
`timeout_s`	数值	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_smiles", {"smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O", "dist": 2})

`zinc_search_by_supplier`

批量将最多 100 个供应商目录号解析为 ZINC 化合物及结构。上游使用提交加轮询。

字段	类型	要求与约束
`supplier_codes`	['字符串', '数组']	必填
`max_results`	整数	可选; 默认值： 50
`timeout_s`	数值	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_supplier", {"supplier_codes": ["MCULE-2311834287"]})

`zinc_random_sample`

从 ZINC22 随机抽取可购买化合物，用于筛选集合、属性基线或诱饵集。count 同时为结果上限；再次调用会重新抽样。上游使用提交加轮询。

字段	类型	要求与约束
`count`	整数	可选; 默认值： 50
`subset`	字符串	可选
`timeout_s`	数值	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_random_sample", {"count": 25, "subset": "lead-like"})

`zinc_get_3d`

为 ZINC 化合物定位适合对接的预生成三维构象文件，如 db2.gz、mol2.gz、sdf.gz。按 tranche 返回下载位置，每次最多 50 个 ID；此操作解析地址，后续仍需下载并准备对接输入。

字段	类型	要求与约束
`zinc_ids`	['字符串', '数组']	必填
`timeout_s`	数值	可选; 默认值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_get_3d", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

示例响应记录

示例响应记录提供准确输入、截短的响应片段和逐项状态。请区分返回记录、空匹配和请求失败。结果可能是元数据、结构说明或标识符；用于研究前，先核对来源字段与完整性标记。

GDC

展开操作与参数

`gdc_list_projects`

分页列出 GDC 癌症项目及病例、文件汇总。筛选条件和结果数量有明确边界，此操作只发现元数据，不下载文件。页码从 1 开始，最多 10000 页；next_page 为空也可能因为总量未知或达到页数上限，不能单独证明已获取全部结果。

字段	类型	必填与约束
`project_ids`	string / array	可选
`disease_type`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 200
`primary_site`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 200
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000
`page_size`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_list_projects", {"project_ids": "TCGA-BRCA", "page_size": 5})

`gdc_list_cases`

分页列出 GDC 病例（样本供体），包含项目、疾病、样本和 aliquot 元数据。case_ids 指定病例 UUID；它们不是样本标识符。结果不授予受控数据访问权限，也不下载文件。

字段	类型	要求与限制
`project_ids`	string / array	可选
`submitter_ids`	string / array	可选
`case_ids`	string / array	可选
`page`	integer	可选; 默认值: 1; 最小值: 1; 最大值: 10000
`page_size`	integer	可选; 默认值: 20; 最小值: 1; 最大值: 100

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_list_cases", {"project_ids": ["TCGA-BRCA"], "page_size": 5})

`gdc_search_files`

按项目、病例 UUID、样本类型和分析流程检索 GDC 文件。每个筛选项内部按 OR 合并，不同筛选项之间按 AND 合并。保留文件关联的样本、aliquot、分析流程及肿瘤／正常信息；同一病例的不同标本不可直接混合。每个文件标明 open 或 controlled；元数据可查询不等于具备下载权限。

字段	类型	要求与限制
`project_ids`	string / array	可选
`case_ids`	string / array	可选
`sample_types`	string / array	可选
`workflow_types`	string / array	可选
`access`	string	可选; 默认值: "all"; 允许值: ["all", "open", "controlled"]
`data_category`	string	可选; 最短长度: 1; 最长长度: 200
`data_type`	string	可选; 最短长度: 1; 最长长度: 200
`data_format`	string	可选; 最短长度: 1; 最长长度: 50
`file_name`	string	可选; 最短长度: 1; 最长长度: 500
`page`	integer	可选; 默认值: 1; 最小值: 1; 最大值: 10000
`page_size`	integer	可选; 默认值: 20; 最小值: 1; 最大值: 100

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_search_files", {"project_ids": ["TCGA-BRCA"], "sample_types": "Primary Tumor", "workflow_types": "STAR - Counts", "access": "open", "page_size": 10})

`gdc_get_file`

按一个 GDC 文件 UUID 获取元数据和 open／controlled 访问类别，不下载文件，也不保证当前用户可下载。只有公开文件返回 download_url；受控文件需在此元数据查询之外取得 GDC 授权及相应令牌。

字段	类型	必填与约束
`file_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[1-5][0-9a-fA-F]{3}-[89abAB][0-9a-fA-F]{3}-[0-9a-fA-F]{12}$"

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_get_file", {"file_id": "cb92f61d-041c-4424-a3e9-891b7545f351"})

`gdc_get_manifest`

为最多 100 个文件 UUID 生成 GDC Data Transfer Tool 清单文本。清单不下载文件，也不绕过受控访问授权。按 UUID 对应返回行，不依赖请求顺序。任一 UUID 不存在时请求以 HTTP 404 失败，而非返回部分成功清单。

字段	类型	必填与约束
`file_ids`	array of string	必填; minItems: 1; maxItems: 100; uniqueItems: true

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_get_manifest", {"file_ids": ["cb92f61d-041c-4424-a3e9-891b7545f351"]})

Zenodo

展开操作与参数

`search_records`

使用 Zenodo 查询语法检索公开记录，单次最多 25 条，无需认证。默认仅列出最新版本，all_versions 可包含旧版本。翻页时保持 query、page_size、sort 和 all_versions 不变。检索窗口最多 10000 条，pagination_limited 为 true 时需缩小查询。公开元数据不代表文件开放下载；total_relation 区分精确总量 eq 与下界 gte。

字段	类型	必填与约束
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 1000; pattern: "\S"
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000
`page_size`	integer	可选; default: 10; minimum: 1; maximum: 25
`sort`	string	可选; default: "bestmatch"; enum: ["bestmatch", "mostrecent"]
`all_versions`	boolean	可选; default: false

const result = await host.mcp("zenodo", "search_records", {"query": "title:climate", "page_size": 5})

`get_record`

按十进制记录 ID 获取 Zenodo 公开元数据及可见文件清单，不接受 DOI 或 URL。概念 ID 可能解析到最新版本，应保存返回的版本级 record_id，区分 requested_record_id 与 concept_record_id。description_html 为未经净化的上游 HTML。文件链接和校验值仅为元数据，不代表已下载、校验或探测访问。文件清单为 null 表示缺失，空数组表示明确返回空清单；受限记录的公开元数据不保证文件可访问。

字段	类型	必填与约束
`record_id`	string	必填; maxLength: 20; pattern: "^[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("zenodo", "get_record", {"record_id": "8435696"})

HMMER

展开操作与参数

`search`

提交一次异步 EMBL-EBI HMMER3 搜索。program 可选 phmmer（蛋白序列对序列库）、hmmscan（蛋白序列对 Pfam 模型）、hmmsearch（profile HMM／比对对序列库）或 jackhmmer（迭代远缘同源检索）。input 使用该程序支持的 FASTA、profile HMM 或比对文本，database 为提供方数据库名。阈值使用 HMMER 参数 incE/incdomE、E/domE、incT/incdomT、T/domT；iterations 控制 jackhmmer 轮数。保存返回的 job_id，再查询 status。提交不等于完成；响应丢失可能已有远端任务，不要自动重提。

字段	类型	必填与约束
`program`	string	必填; enum: ["phmmer", "hmmscan", "hmmsearch", "jackhmmer"]
`database`	string	必填; enum: ["refprot", "uniprot", "swissprot", "pdb", "rp15", "rp35", "rp55", "rp75", "pfam"]
`input`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200000
`incE`	number	可选; exclusiveMinimum: 0; maximum: 10
`incdomE`	number	可选; exclusiveMinimum: 0; maximum: 10
`incT`	number	可选; exclusiveMinimum: 0
`incdomT`	number	可选; exclusiveMinimum: 0
`E`	number	可选; exclusiveMinimum: 0; maximum: 10
`domE`	number	可选; exclusiveMinimum: 0; maximum: 10
`T`	number	可选; exclusiveMinimum: 0
`domT`	number	可选; exclusiveMinimum: 0
`popen`	number	可选; minimum: 0
`pextend`	number	可选; minimum: 0
`mx`	string	可选; enum: ["BLOSUM45", "BLOSUM62", "BLOSUM90", "PAM30", "PAM70"]
`iterations`	integer	可选; minimum: 1; maximum: 9

const result = await host.mcp("hmmer", "search", {"program":"hmmscan","database":"pfam","input":">query\nMKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDK"})

`status`

查询一次已有 HMMER 任务，不自动轮询或重提。SUCCESS 表示可获取结果，PENDING／RUNNING 表示等待后再查；ERROR／FAILURE／NOT_FOUND 是终止状态，不等于零命中。保留准确 job_id。

字段	类型	必填与约束
`job_id`	string	必填; maxLength: 36; pattern: "^[A-Fa-f0-9]{8}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{12}$"

const result = await host.mcp("hmmer", "status", {"job_id":"8ebb1d5f-4457-4da8-808c-f811105c3654"})

`results`

先查询一次状态，仅 SUCCESS 时读取包含结构域注释的全部结果页。等待或失败时不返回结果载荷；jackhmmer 迭代记录保留提供方数组结构。结果保留期有限，应保存到 Notebook 产物。成功后的空匹配列表是零命中，不能与等待或失败混淆。

字段	类型	必填与约束
`job_id`	string	必填; maxLength: 36; pattern: "^[A-Fa-f0-9]{8}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{12}$"

const result = await host.mcp("hmmer", "results", {"job_id":"8ebb1d5f-4457-4da8-808c-f811105c3654"})

InterProScan

展开操作与参数

`status`

通过已有 job_id 查询一次 InterProScan 注释任务，至少间隔 10 秒再查。FINISHED 后可获取结果；ERROR／FAILURE 表示失败，NOT_FOUND 表示未知或过期，不是零命中。此 status 操作不提交或重提任务。

字段	类型	必填与约束
`job_id`	string	必填; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9_-]{0,199}$"

const result = await host.mcp("interproscan", "status", {"job_id":"iprscan5-R20260922-123456-0123-12345678-p1m"})

`results`

先查询一次状态，仅 FINISHED 时获取完整 TSV 报告，上限 2 MiB，超限报错而不截断。不自动重试、轮询或重提。及时保存报告，避免提供方结果过期。每行对应一个 signature 匹配；坐标从 1 开始且包含两端，分数含义由各分析程序决定，可选列含 InterPro、GO 与通路注释。FINISHED 后的空报告表示没有返回匹配，不证明蛋白没有功能。

字段	类型	必填与约束
`job_id`	string	必填; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9_-]{0,199}$"

const result = await host.mcp("interproscan", "results", {"job_id":"iprscan5-R20260922-123456-0123-12345678-p1m"})

`submit`

向 EMBL-EBI InterProScan 提交蛋白质序列或 FASTA，最多 1,000 条记录，每条最多 10,000 个残基，编码请求体不超过 4 MiB。在 Settings → Credentials → Literature access 配置有效联系邮箱；序列和邮箱会发送给 EMBL-EBI。返回 job_id 和 SUBMITTED 不代表完成。保存任务 ID，至少间隔 10 秒调用 status，FINISHED 后调用 results。没有后台轮询、任务注册表或结果缓存。响应丢失时任务可能已经受理，不要自动重复提交。退出应用或取消本地请求不能取消、删除远端任务。单批最多 30 个任务，完成处理后再提交下一批；应用不强制跨调用限流。TSV 报告上限为 2 MiB，超出时失败而非截断，结果过期前应保存。

字段	类型	必填与约束
`sequence`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 4194304
`title`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 200

const result = await host.mcp("interproscan", "submit", {"sequence":">query\nMKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDK"})

Pathway Commons

展开操作与参数

`pathway_commons_search`

按基因、蛋白、通路关键词或 Lucene 查询搜索 Pathway Commons BioPAX 模型。结果包含 BioPAX 类型、URI、来源数据库、物种和通路元数据；后续图查询或导出使用实际返回的 URI。

字段	类型	必填与约束
`q`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 512
`type`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 64
`organism`	array of string	可选; maxItems: 20
`datasource`	array of string	可选; maxItems: 20
`page`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 10000

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_search", {"q": "TP53", "type": "ProteinReference", "organism": ["9606"]})

`pathway_commons_top_pathways`

按关键词或 Lucene 查询查找顶层通路，可限定物种及 Reactome 等来源。

字段	类型	必填与约束
`q`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 512
`organism`	array of string	可选; maxItems: 20
`datasource`	array of string	可选; maxItems: 20

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_top_pathways", {"q": "insulin", "datasource": ["reactome"], "organism": ["9606"]})

`pathway_commons_graph`

查询基因邻域、基因集合间路径、来源到目标的有向路径，或共同上游／下游。SIF 返回标准化互作记录；TXT 包含边和节点；GSEA、BioPAX、SBGN 等保留文本导出。PATHSFROMTO 还需要 target；选择与问题相符的方向和步数限制。

字段	类型	必填与约束
`source`	array of string	必填; minItems: 1; maxItems: 100
`target`	array of string	可选; minItems: 1; maxItems: 100
`kind`	string	可选; default: "NEIGHBORHOOD"; enum: ["NEIGHBORHOOD", "PATHSBETWEEN", "PATHSFROMTO", "COMMONSTREAM"]
`format`	string	可选; default: "SIF"; enum: ["BIOPAX", "SIF", "TXT", "GSEA", "SBGN", "JSONLD"]
`limit`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 10
`direction`	string	可选; enum: ["UPSTREAM", "DOWNSTREAM", "BOTHSTREAM", "UNDIRECTED"]
`limit_type`	string	可选; default: "NORMAL"; enum: ["NORMAL", "SHORTEST_PLUS_K"]
`pattern`	array of string	可选; maxItems: 14
`organism`	array of string	可选; maxItems: 20
`datasource`	array of string	可选; maxItems: 20
`subpathways`	boolean	可选; default: false

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_graph", {"kind": "NEIGHBORHOOD", "source": ["TP53"], "format": "SIF", "pattern": ["INTERACTS_WITH"]})

`pathway_commons_export`

用一个或多个实际返回的 Pathway Commons ID／URI 导出 BioPAX 子模型。支持 BioPAX、GSEA GMT、JSON-LD、SIF、TXT 和 SBGN；精确通路导出应使用 search／top_pathways 返回的 URI。

字段	类型	必填与约束
`uri`	array of string	必填; minItems: 1; maxItems: 100
`format`	string	可选; default: "BIOPAX"; enum: ["BIOPAX", "SIF", "TXT", "GSEA", "SBGN", "JSONLD"]
`pattern`	array of string	可选; maxItems: 14
`subpathways`	boolean	可选; default: false

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_export", {"uri": ["R-HSA-201451"], "format": "GSEA"})

Alliance Genome Resources

展开操作与参数

`alliance_get_gene`

按 Alliance 基因 ID 查询人类或模式生物基因摘要，包括符号、物种、基因组位置、简介和交叉引用。

字段	类型	必填与约束
`gene_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene", {"gene_id": "MGI:97490"})

`alliance_search_genes`

按符号、名称或标识符搜索 Alliance 的人类及模式生物基因。检查返回的物种和数据库命名空间，再使用基因 ID。

字段	类型	必填与约束
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_search_genes", {"query": "pax6", "limit": 10})

`alliance_get_gene_orthologs`

查询 Alliance 基因的跨物种直系同源关系，保留严格程度和预测方法；同源关系不等于功能或疾病表型完全相同。

字段	类型	必填与约束
`gene_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`stringency`	string	可选; default: "stringent"; enum: ["stringent", "moderate", "all"]
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_orthologs", {"gene_id": "HGNC:8620", "stringency": "stringent"})

`alliance_get_gene_disease_models`

查询一个 Alliance 基因的疾病关联和模式生物疾病模型，保留证据来源与物种。

字段	类型	必填与约束
`gene_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_disease_models", {"gene_id": "MGI:97490"})

`alliance_get_gene_phenotypes`

查询 Alliance 基因的表型注释。

字段	类型	必填与约束
`gene_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_phenotypes", {"gene_id": "HGNC:6081", "limit": 20})

`alliance_get_gene_alleles`

查询 Alliance 基因关联的等位基因及变异，包括疾病和表型标记。

字段	类型	必填与约束
`gene_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_alleles", {"gene_id": "MGI:97490"})

`alliance_get_gene_expression`

查询 Alliance 基因的表达注释，保留发育阶段、解剖部位、数据提供方和证据。

字段	类型	必填与约束
`gene_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_expression", {"gene_id": "ZFIN:ZDB-GENE-990415-8"})

`alliance_get_disease_genes`

按 Disease Ontology 标识符查询 Alliance 中相关的人类及模式生物基因。

字段	类型	必填与约束
`disease_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_disease_genes", {"disease_id": "DOID:162", "limit": 20})

CELLxGENE Discover

展开操作与参数

`list_collections`

列出公开 CELLxGENE Discover 集合，可按名称、描述或 DOI 子串筛选（不区分大小写）。每次请求获取完整上游目录后在本地筛选分页，跨请求结果可能变化；保存版本 ID 以固定数据快照。

字段	类型	必填与约束
`query`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 1000000
`page_size`	integer	可选; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_collections", {"query":"liver","page_size":10})

`get_collection`

按 collection_id 读取最新公开集合元数据及一页数据集摘要。本地分页，每次重新读取上游；保存版本 ID。

字段	类型	必填与约束
`collection_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 1000000
`page_size`	integer	可选; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_collection", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6"})

`list_datasets`

列出公开数据集。query 匹配标题、集合名称或 DOI 子串；organism、tissue、disease、assay、cell_type 精确匹配本体 ID 或标签（不区分大小写），多个过滤条件同时满足。schema_version 可返回匹配模式版本的历史数据集；继续读取时使用返回的 dataset_version_id。每次请求重新读取上游后本地筛选分页。

字段	类型	必填与约束
`query`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`collection_id`	string	可选; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`organism`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`tissue`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`disease`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`assay`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`cell_type`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`schema_version`	string	可选; pattern: "^\d+(\.\d+){0,2}$"
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 1000000
`page_size`	integer	可选; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_datasets", {"organism":"NCBITaxon:9606","tissue":"liver","page_size":10})

`get_dataset`

用 collection_id 和 dataset_id 读取当前公开数据集的元数据、本体注释、引用、文件及版本 ID。

字段	类型	必填与约束
`collection_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`dataset_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_dataset", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6","dataset_id":"0bbf93aa-2d3a-420f-95a1-26fe384024cb"})

`list_collection_versions`

按集合 ID 列出已发布版本，最新在前，保留版本 ID 和数据集数量。本地分页，每次重新读取上游。

字段	类型	必填与约束
`collection_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 1000000
`page_size`	integer	可选; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_collection_versions", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6"})

`get_collection_version`

读取指定 collection_version_id 的已发布快照及一页数据集版本，不会自动改为最新集合。本地分页。

字段	类型	必填与约束
`collection_version_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 1000000
`page_size`	integer	可选; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_collection_version", {"collection_version_id":"46ac9732-ff1c-4f87-86d7-0488d15aecd3"})

`list_dataset_versions`

按 dataset_id 列出已发布版本，最新在前，保留模式版本与发布日期。本地分页。

字段	类型	必填与约束
`dataset_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 1000000
`page_size`	integer	可选; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_dataset_versions", {"dataset_id":"0bbf93aa-2d3a-420f-95a1-26fe384024cb"})

`get_dataset_version`

读取指定 dataset_version_id 的完整元数据和文件信息。此 ID 与 dataset_id 不同。

字段	类型	必填与约束
`dataset_version_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_dataset_version", {"dataset_version_id":"8e0fcb64-735c-4fcb-a74b-12a3518683d1"})

`list_dataset_files`

提供 dataset_version_id 固定发布版本，或同时提供 collection_id 与 dataset_id 读取当前版本，两种方式恰好选择一种。使用 schema_version 筛选后应传入结果的 dataset_version_id。返回可用 H5AD、RDS 或 ATAC 文件清单，不下载二进制文件，也不查询 Census 表达矩阵。

恰好选择一组输入：dataset_version_id / collection_id + dataset_id。

字段	类型	必填与约束
`collection_id`	string	按上方条件提供; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`dataset_id`	string	按上方条件提供; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`dataset_version_id`	string	按上方条件提供; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_dataset_files", {"dataset_version_id":"8e0fcb64-735c-4fcb-a74b-12a3518683d1"})

IEDB

展开操作与参数

`search_epitopes`

查询 IEDB 表位证据，至少提供一个生物学或证据过滤条件。antigen_iri 与 uniprot_accession 不能同时提供。保留负结果、测量单位、不等号、方法和来源；记录是数据库观测，不是预测。聚合字段可来自不同实验，需要同一实验共同满足条件时查询 assay。MHC 配体洗脱不等于结合亲和力。

至少提供一组：epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence.

字段	类型	必填与约束
`epitope_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方条件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方条件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方条件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`sequence`	string	按上方条件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_epitopes", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

`search_antigens`

查询 IEDB 抗原证据，至少提供一个生物学或证据过滤条件。antigen_iri 与 uniprot_accession 不能同时提供。保留负结果、测量单位、不等号、方法和来源；记录是数据库观测，不是预测。聚合字段可来自不同实验，需要同一实验共同满足条件时查询 assay。MHC 配体洗脱不等于结合亲和力。

字段	类型	必填与约束
`epitope_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方条件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方条件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方条件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`antigen_name`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_antigens", {"uniprot_accession": "P01012", "limit": 20})

`search_tcell_assays`

查询 IEDB T 细胞实验证据，至少提供一个生物学或证据过滤条件。antigen_iri 与 uniprot_accession 不能同时提供。保留负结果、测量单位、不等号、方法和来源；记录是数据库观测，不是预测。聚合字段可来自不同实验，需要同一实验共同满足条件时查询 assay。MHC 配体洗脱不等于结合亲和力。

字段	类型	必填与约束
`epitope_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方条件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方条件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方条件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`sequence`	string	按上方条件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`assay_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_tcell_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

`search_bcell_assays`

查询 IEDB B 细胞实验证据，至少提供一个生物学或证据过滤条件。antigen_iri 与 uniprot_accession 不能同时提供。保留负结果、测量单位、不等号、方法和来源；记录是数据库观测，不是预测。聚合字段可来自不同实验，需要同一实验共同满足条件时查询 assay。MHC 配体洗脱不等于结合亲和力。

字段	类型	必填与约束
`epitope_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方条件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方条件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方条件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`sequence`	string	按上方条件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`assay_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_bcell_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

`search_mhc_assays`

查询 IEDB MHC 结合与配体洗脱实验证据，至少提供一个生物学或证据过滤条件。antigen_iri 与 uniprot_accession 不能同时提供。保留负结果、测量单位、不等号、方法和来源；记录是数据库观测，不是预测。聚合字段可来自不同实验，需要同一实验共同满足条件时查询 assay。MHC 配体洗脱不等于结合亲和力。

字段	类型	必填与约束
`epitope_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方条件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方条件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方条件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`sequence`	string	按上方条件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`assay_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_mhc_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

`search_references`

查询 IEDB 来源文献证据，至少提供一个生物学或证据过滤条件。antigen_iri 与 uniprot_accession 不能同时提供。保留负结果、测量单位、不等号、方法和来源；记录是数据库观测，不是预测。聚合字段可来自不同实验，需要同一实验共同满足条件时查询 assay。MHC 配体洗脱不等于结合亲和力。

字段	类型	必填与约束
`epitope_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方条件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方条件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方条件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`pubmed_id`	string	按上方条件提供; maxLength: 12; pattern: "^[1-9][0-9]*(?![\s\S])"
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_references", {"reference_id": 1023094, "limit": 20})

`search_tcrs`

检索 IEDB TCR 受体组及链、人工整理／计算的基因注释、关联实验和文献。sequence 是表位序列，chain1_cdr3／chain2_cdr3 才是受体链 CDR3。至少提供一个生物学或证据筛选条件，limit／offset 不算。筛选作用于受体组，不逐项过滤嵌入的导出记录；宿主和实验结果可来自组内不同实验。要确认同一实验同时满足条件，沿 assay__iedb_ids 查询对应 assay 操作及实验条件。分页只描述受体组，has_more=false 不证明嵌入证据导出完整。保留阴性与缺失值的区别，不能把数据库观测解释为结合预测；交叉引用是来源提供的映射，不是序列推导的身份。

字段	类型	必填与约束
`epitope_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方条件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方条件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方条件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`sequence`	string	按上方条件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`receptor_group_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`chain1_cdr3`	string	按上方条件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`chain2_cdr3`	string	按上方条件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_tcrs", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

`search_bcrs`

检索 IEDB BCR 受体组及链、人工整理／计算的基因注释、关联实验和文献。sequence 是表位序列，chain1_cdr3／chain2_cdr3 才是受体链 CDR3。至少提供一个生物学或证据筛选条件，limit／offset 不算。筛选作用于受体组，不逐项过滤嵌入的导出记录；宿主和实验结果可来自组内不同实验。要确认同一实验同时满足条件，沿 assay__iedb_ids 查询对应 assay 操作及实验条件。分页只描述受体组，has_more=false 不证明嵌入证据导出完整。保留阴性与缺失值的区别，不能把数据库观测解释为结合预测；交叉引用是来源提供的映射，不是序列推导的身份。

字段	类型	必填与约束
`epitope_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方条件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方条件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方条件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方条件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方条件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`sequence`	string	按上方条件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`receptor_group_id`	integer	按上方条件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`chain1_cdr3`	string	按上方条件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`chain2_cdr3`	string	按上方条件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_bcrs", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

Monarch Initiative

展开操作与参数

`monarch_get_disease_phenotypes`

用 Monarch 索引中的规范疾病 CURIE 查询疾病—表型关联，保留来源、文献、证据、否定标记及频率等限定。来源别名不会自动转换；零条匹配不表示不存在证据。direct 指标识符匹配，不等于实验已证实。

字段	类型	必填与约束
`disease_id`	string	必填; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-](?![\s\S])"
`phenotype_id`	string	可选; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-](?![\s\S])"
`primary_knowledge_source`	string	可选; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-](?![\s\S])"
`direct`	boolean	可选; default: true
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("monarch", "monarch_get_disease_phenotypes", {"disease_id": "MONDO:0007947", "limit": 20})

`monarch_get_gene_phenotypes`

用 Monarch 索引中的规范基因 CURIE 查询基因—表型关联，保留来源、文献、证据及上下文。direct=false 扩展本体后代；检查返回实体和 knowledge_level、agent_type，区分推断关联。

字段	类型	必填与约束
`gene_id`	string	必填; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-](?![\s\S])"
`phenotype_id`	string	可选; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-](?![\s\S])"
`primary_knowledge_source`	string	可选; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-](?![\s\S])"
`direct`	boolean	可选; default: true
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("monarch", "monarch_get_gene_phenotypes", {"gene_id": "HGNC:3603", "limit": 20})

Cellosaurus

展开操作与参数

`search_cell_lines`

按推荐名称或同义词中的字面短语查找细胞系，不接受原始 Solr 查询语法。保存 CVCL accession，再读取身份和质量注释；名称相似不证明是同一细胞系。

字段	类型	必填与约束
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("cellosaurus", "search_cell_lines", {"query": "HeLa", "limit": 20})

`get_cell_line`

按 CVCL accession 读取细胞系身份、物种、来源、疾病和质量警告。交叉污染或误鉴定注释需结合来源核查；数据库条目不替代本地培养物的鉴定。

字段	类型	必填与约束
`accession`	string	必填; minLength: 9; maxLength: 40; pattern: "^\s(?:[Rr][Rr][Ii][Dd]:)?[Cc][Vv][Cc][Ll]_[A-Za-z0-9]{4}\s$"

const result = await host.mcp("cellosaurus", "get_cell_line", {"accession": "RRID:CVCL_1906"})

`get_cell_line_rdf`

通过 Cellosaurus 官方解析服务获取一个 accession 的 RDF。RDF 文本保留在本次返回结果中，不建立 Connector 文件仓库或下载本体库。

字段	类型	必填性与限制
`accession`	string	必填; pattern: "^CVCL_[A-Z0-9]{4}$"
`format`	string	可选; default: "ttl"; enum: ["ttl", "rdf", "jsonld"]

const result = await host.mcp("cellosaurus", "get_cell_line_rdf", {"accession": "CVCL_0030", "format": "ttl"})

`query_knowledge_graph`

对 Cellosaurus 官方图执行有边界的 SPARQL SELECT 查询。仅支持无 SERVICE、FROM 或更新操作的 PREFIX/SELECT 查询；输入查询会被嵌套并限制行数，不会因零结果而扩大范围。

字段	类型	必填性与限制
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 12000
`max_rows`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellosaurus", "query_knowledge_graph", {"query": "SELECT ?s WHERE { ?s a <http://www.w3.org/2002/07/owl#Class> }", "max_rows": 2})

`search_str_similarity`

将明确输入的细胞系 STR 图谱交给官方 CLASTR 服务比较，标记等位基因会发送上游。相似度取决于位点与评分选项，不能据此认证样本身份或无污染。

字段	类型	必填性与限制
`markers`	object	必填
`species`	string	可选; default: "human"; enum: ["human", "mouse", "dog"]
`algorithm`	integer	可选; default: 1; enum: [1, 2, 3]
`scoring_mode`	integer	可选; default: 1; enum: [1, 2, 3]
`score_filter`	integer	可选; default: 70; minimum: 0; maximum: 100
`min_markers`	integer	可选; default: 8; minimum: 1; maximum: 50
`max_results`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellosaurus", "search_str_similarity", {"markers": {"D5S818": "12,13"}, "min_markers": 1, "max_results": 2})

`list_cellosaurus_files`

发现 Cellosaurus 官方数据文件链接，不会自动下载或持久保存本体、文件或数据集。

无需输入字段；传入空对象。

const result = await host.mcp("cellosaurus", "list_cellosaurus_files", {})

PDC

展开操作与参数

`pdc_search_studies`

检索 NCI PDC 研究目录的标识符和版本名称。query 为本地、不区分大小写的子串匹配，不是疾病或临床条件筛选；省略时浏览目录。保留全部版本，total 统计研究而非版本。目录在 8 MiB 响应限制内读取后排序和分页，每次最多返回 100 项。只发现元数据，不下载文件、不请求签名 URL，也不代替用户接受使用协议。

字段	类型	必填与约束
`query`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_search_studies", {"query":"CCRCC", "limit":5})

`pdc_get_study`

查询 PDC 研究的实验类型、病例／aliquot 计数、文件类别和版本。pdc_study_id 与 study_id 必须且只能提供一个；前者选择最新版本，后者是特定版本 UUID，后续查询应固定使用实际返回的 study_id。无匹配时返回空数组。计数属于所选版本，catalog 同时列出其他版本；PDC 与 GDC 标识符不可互换。

必须且只能提供一个：pdc_study_id / study_id。

字段	类型	必填与约束
`pdc_study_id`	string	按上方条件提供; maxLength: 9; pattern: "^PDC[0-9]{6}$"
`study_id`	string	按上方条件提供; maxLength: 36; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_get_study", {"pdc_study_id":"PDC000127"})

`pdc_list_biospecimens`

查询 PDC 的 aliquot—sample—case 关联及外部引用；每行是关联，不是独立患者。pdc_study_id 与 study_id 恰好提供一个。默认 local 模式在收到的关联行上分页，上游最多给出 1000 行；达到上限时 total 为 null，upstream_limit_reached 与 truncated 为 true，即使 next_offset 为 null 也不能认定完整。upstream 模式按病例分页，offset／limit／next_offset 的单位为 case，展开后的 returned 关联数可能超过 limit；此模式不提供 case_status、project_name、taxon，保留 null。固定 study_id 只固定版本，不能保证跨页快照一致或无重复；保留外部引用的资源名称，不把 GDC 外部引用当作 PDC case_id。接口不返回治疗或结局数据。

必须且只能提供一个：pdc_study_id / study_id。

字段	类型	必填与约束
`pdc_study_id`	string	按上方条件提供; maxLength: 9; pattern: "^PDC[0-9]{6}$"
`study_id`	string	按上方条件提供; maxLength: 36; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`pagination_mode`	string	可选; default: "local"; enum: ["local", "upstream"]

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_biospecimens", {"pdc_study_id":"PDC000127", "pagination_mode":"upstream", "limit":5})

`pdc_list_files`

发现 PDC 研究的文件元数据，包括 Protein Assembly 定量报告及出版补充资料。pdc_study_id 与 study_id 恰好提供一个，过滤条件传给官方 API。返回文件名、大小、MD5 和存储路径，不返回文件内容或授权下载 URL；file_size 保留上游字节数字符串。total 为 null，通过额外读取一条判断 has_more；沿 next_offset 分页，不保证跨页快照或去重。列出文件不代表取得下载权限。

必须且只能提供一个：pdc_study_id / study_id。

字段	类型	必填与约束
`pdc_study_id`	string	按上方条件提供; maxLength: 9; pattern: "^PDC[0-9]{6}$"
`study_id`	string	按上方条件提供; maxLength: 36; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`data_category`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`file_type`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`file_format`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`file_name`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_files", {"pdc_study_id":"PDC000127", "data_category":"Protein Assembly", "limit":10})

`pdc_list_clinical`

获取 PDC 公开病例的人口学和诊断信息，以及可用样本标识符、用于关联 GDC 的具名外部引用。保留上游类型、空值和遮蔽标记。pdc_study_id 解析最新版本，study_id 为具体版本的 UUID；二者只能提供一个。使用返回的 study_id 固定后续查询版本。外部 ID 属于其标注的来源，不能将 PDC 和 GDC 的 UUID 互换。

字段	类型	要求与限制
`pdc_study_id`	string	二选一，不能同时提供; 最长长度: 9
`study_id`	string	二选一，不能同时提供; 最长长度: 36
`offset`	integer	可选; 默认值: 0; 最小值: 0; 最大值: 1000000
`limit`	integer	可选; 默认值: 20; 最小值: 1; 最大值: 100

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_clinical", {"pdc_study_id": "PDC000127", "limit": 10})

ENCORI

展开操作与参数

`query_mirna_targets`

查询 ENCORI 的 miRNA 靶标证据。明确指定物种对应的 assembly、gene_type、miRNA、靶基因、细胞类型、CLIP／降解组／癌种阈值及预测程序；program 只接受列出的具体程序名，可用逗号组合，不使用 all。max_records 限制预览行数，完整原始响应会保存到文件。保留过滤条件与完整性字段，预测加 CLIP 支持不等于因果调控或表达抑制已被证实。

字段	类型	必填与约束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38", "mm10"]
`gene_type`	string	必填; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene", "circRNA", "sncRNA"]
`mirna`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`clip_exp_num`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 999
`degra_exp_num`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 999
`pancancer_num`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 32
`program_num`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 7
`program`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`target`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`cell_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`max_records`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 200
`output_dir`	['string', 'null']	可选; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_mirna_targets", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","mirna":"all","clip_exp_num":1,"degra_exp_num":0,"pancancer_num":0,"program_num":1,"program":"TargetScan","target":"PDCD4","cell_type":"HeLa","max_records":2})

`query_rna_rna_interactions`

按参考基因组、RNA 类型、RNA 名称、细胞类型及互作／实验阈值查询 RNA–RNA 互作。保留精确条件、上游证据与完整原始响应；预览行数不是全部结果数量。

字段	类型	必填与约束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38", "mm10"]
`gene_type`	string	必填; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene", "sncRNA", "miRNA"]
`rna`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`inter_num`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 999
`exp_num`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 999
`cell_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`max_records`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 200
`output_dir`	['string', 'null']	可选; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rna_rna_interactions", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","rna":"TP53","inter_num":1,"exp_num":1,"cell_type":"all","max_records":2})

`query_rbp_targets`

查询指定 RBP 的结合靶标，保留参考基因组、基因类型、细胞类型、CLIP 阈值与癌种过滤条件。返回的是数据库收录的结合证据，不自动建立调控因果关系。

字段	类型	必填与约束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
`gene_type`	string	必填; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene", "circRNA", "sncRNA"]
`rbp`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`clip_exp_num`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 999
`pancancer_num`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 32
`target`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`cell_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`max_records`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 200
`output_dir`	['string', 'null']	可选; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rbp_targets", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","rbp":"all","clip_exp_num":1,"pancancer_num":0,"target":"TP53","cell_type":"HeLa","max_records":2})

`query_cerna_network`

查询 ceRNA 网络，明确指定参考基因组、ceRNA、基因类型、miRNA 数量、family、p 值、FDR 与癌种阈值。保留返回的 p 值和 FDR，不从数量推断 family；关联网络不等于已验证的竞争调控机制。

字段	类型	必填与约束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38", "mm10"]
`gene_type`	string	必填; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene"]
`cerna`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`mirna_num`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 999
`family`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`pval`	number	必填; minimum: 0; maximum: 0.01
`fdr`	number	必填; minimum: 0; maximum: 0.01
`pancancer_num`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 32
`max_records`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 200
`output_dir`	['string', 'null']	可选; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_cerna_network", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","cerna":"MYC","mirna_num":1,"family":"all","pval":0.01,"fdr":0.01,"pancancer_num":0,"max_records":2})

`query_rbp_disease`

查询人类 RBP、组织、疾病及靶标之间的证据。assembly 为 hg38；零结果时不自动放宽条件。保留上游记录和精确过滤条件，不能将查询关联直接作为疾病因果结论。

字段	类型	必填与约束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38"]
`rbp`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`tissue`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`disease`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`target`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`max_records`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 200
`output_dir`	['string', 'null']	可选; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rbp_disease", {"assembly":"hg38","rbp":"all","tissue":"breast","disease":"carcinoma","target":"MYC","max_records":2})

`scan_rbp_motifs`

使用 IUPAC RNA／DNA motif 扫描 RBP 模式。指定参考基因组、short／long 与排名上限，保留上游顺序和分数；QueryMotif 与 IdentifiedMotif 独立记录，不自行推断反向互补序列。

字段	类型	必填与约束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
`length`	string	必填; enum: ["short", "long"]
`motif`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 64; pattern: "^[ACGTUNRYKMSWBDHVacgtunrykmswbdhv]+$"
`rank_limit`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 100
`max_records`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 200
`output_dir`	['string', 'null']	可选; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "scan_rbp_motifs", {"assembly":"hg38","length":"short","motif":"UGCAUG","rank_limit":10,"max_records":2})

`get_binding_sites`

按 ENCORI dataset_id 获取结合位点 BED 记录，保留原始坐标、参考基因组与文件字节。max_records 限制显示行数，默认 100、最多 1000；完整原始响应另存。不要将 BED 坐标无说明地改写为其他坐标体系。

字段	类型	必填与约束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
`dataset_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 64; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`max_records`	integer	可选; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000
`output_dir`	['string', 'null']	可选; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "get_binding_sites", {"assembly":"hg38","dataset_id":"SBDH2131","max_records":2})

`get_reference_tables`

读取官方参考数据 ZIP。省略 table_name 时仅列出表路径；指定精确路径时读取该表。每次请求重新获取 ZIP，完整表可直接返回全部行；截断时保存完整原始文件。列出表名不生成下载文件。

字段	类型	必填与约束
`table_name`	['string', 'null']	可选; minLength: 1; maxLength: 512; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`max_records`	integer	可选; default: 50; minimum: 1; maximum: 500
`output_dir`	['string', 'null']	可选; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "get_reference_tables", {"table_name":"reference_data/degradome_ref.txt","max_records":2})

`list_bulk_datasets`

列出官方文档中的 24 个批量文件名（两种参考基因组各 12 类），可按 assembly 与 data_type 过滤。默认通过 HEAD 检查可用性，不下载数据；未知的大小或可用状态保留 null。

字段	类型	必填与约束
`assembly`	['string', 'null']	可选; enum: ["hg38", "mm10", null]
`data_type`	['string', 'null']	可选; enum: ["miRNA_mRNA", "miRNA_lncRNA", "miRNA_pseudogene", "miRNA_sncRNA", "miRNA_circRNA", "RNA_RNA", "RBP_mRNA", "RBP_lncRNA", "RBP_pseudogene", "RBP_sncRNA", "RBP_circRNA", "RBP_caRNA", null]
`check_availability`	boolean	可选; default: true

const result = await host.mcp("encori", "list_bulk_datasets", {"assembly":"hg38","data_type":"miRNA_mRNA"})

`download_bulk_dataset`

仅在明确需要完整数据时下载枚举中的指定 gzip 文件。保留目标目录、实际文件路径、大小和 verified_gzip；完成完整性检查后才发布结果，不覆盖已有文件。相同文件名和目录可在身份及 HTTP Range 检查通过后续传 .part 与 .meta.json，不能用预览查询代替下载授权。

字段	类型	必填与约束
`filename`	string	必填; enum: ["hg38.miRNA_mRNA.tar.gz", "hg38.miRNA_lncRNA.tar.gz", "hg38.miRNA_pseudogene.tar.gz", "hg38.miRNA_sncRNA.tar.gz", "hg38.miRNA_circRNA.tar.gz", "hg38.RNA_RNA.tar.gz", "hg38.RBP_mRNA.tar.gz", "hg38.RBP_lncRNA.tar.gz", "hg38.RBP_pseudogene.tar.gz", "hg38.RBP_sncRNA.tar.gz", "hg38.RBP_circRNA.tar.gz", "hg38.RBP_caRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_mRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_lncRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_pseudogene.tar.gz", "mm10.miRNA_sncRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_circRNA.tar.gz", "mm10.RNA_RNA.tar.gz", "mm10.RBP_mRNA.tar.gz", "mm10.RBP_lncRNA.tar.gz", "mm10.RBP_pseudogene.tar.gz", "mm10.RBP_sncRNA.tar.gz", "mm10.RBP_circRNA.tar.gz", "mm10.RBP_caRNA.tar.gz"]
`destination_dir`	['string', 'null']	可选; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "download_bulk_dataset", {"filename":"hg38.miRNA_sncRNA.tar.gz","destination_dir":"/absolute/path/to/output"})

Orphadata

`get_disease_genes`

按 ORPHAcode 获取 Orphadata 罕见病—基因关联，保留关联类型／状态、验证来源和基因数据库映射。

字段	类型	要求与限制
`orphacode`	integer	必填; 最小值: 1; 最大值: 2147483647

const result = await host.mcp("orphadata", "get_disease_genes", {"orphacode": 166024})

`get_disease_phenotypes`

按 ORPHAcode 获取 Orphadata 的 HPO 表型及频率类别，保留诊断标准与验证元数据。频率类别不是某个患者的患病概率。

字段	类型	要求与限制
`orphacode`	integer	必填; 最小值: 1; 最大值: 2147483647

const result = await host.mcp("orphadata", "get_disease_phenotypes", {"orphacode": 58})

TCIA

显示操作与参数

`search_collections`

按关键词分页搜索 TCIA 公开影像集合，保留下载条件、许可和 DOI。返回的可能是下载清单，不会下载影像或访问受限数据。

字段	类型	必填性与限制
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`page`	integer	可选; minimum: 1; maximum: 1000
`page_size`	integer	可选; minimum: 1; maximum: 20

const result = await host.mcp("tcia", "search_collections", {"query": "LIDC-IDRI", "page_size": 5})

`get_collection`

按精确集合短标题查询 TCIA 集合的说明、许可、访问条件和下载入口；不同接口覆盖范围不同，下载链接不等于影像文件。

字段	类型	必填性与限制
`short_title`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("tcia", "get_collection", {"short_title": "4D-Lung"})

`get_series`

按已有 DICOM SeriesInstanceUID 查询公开 NBIA 序列元数据，保留集合、样本与研究身份、模态、影像数量、大小和许可；不会下载影像。

字段	类型	必填性与限制
`series_uid`	string	必填; maxLength: 64; pattern: "^[0-9]+(?:\.[0-9]+)+$"

const result = await host.mcp("tcia", "get_series", {"series_uid": "1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6834.5010.189721824525842725510380467695"})

KEGG

显示操作与参数

`search_entries`

搜索 KEGG 通路、KO、化合物或反应名称。结果有上限且无服务端分页；截断时缩小查询范围。公开 API 仅限符合资格的学术用途，其他用途须取得相应许可。

字段	类型	必填性与限制
`database`	string	必填; enum: ["pathway", "ko", "compound", "reaction"]
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`limit`	integer	可选; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("kegg", "search_entries", {"database": "pathway", "query": "glycolysis"})

`get_entry`

读取单个 KEGG 条目摘要并保留截断标记；不获取完整基因列表、序列或通路图。404 不是空记录，启用入口不代表取得数据许可。

字段	类型	必填性与限制
`id`	string	必填; pattern: "^(?:[KCR][0-9]{5}\|(?:map\|[a-z]{3,4})[0-9]{5})$"

const result = await host.mcp("kegg", "get_entry", {"id": "hsa00010"})

`map_gene`

将一个带物种前缀的 KEGG 基因映射到通路或 UniProt，保留一对多结果；不自动选定标准蛋白，也不执行富集分析。须遵守 KEGG 许可。

字段	类型	必填性与限制
`gene`	string	必填; maxLength: 80; pattern: "^[a-z][a-z0-9]{1,4}:[A-Za-z0-9_.-]+$"
`target`	string	必填; enum: ["pathway", "uniprot"]
`limit`	integer	可选; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("kegg", "map_gene", {"gene": "hsa:7157", "target": "uniprot"})

RxNorm / RxNav

显示操作与参数

`resolve_name`

将药名解析为有效 RxCUI；默认精确匹配。归一化匹配可能忽略盐形式与词序，应保留全部歧义结果，不能据此认定临床等效。

字段	类型	必填性与限制
`name`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`search`	integer	可选; enum: [0, 1, 2]

const result = await host.mcp("rxnorm", "resolve_name", {"name": "aspirin"})

`get_concept`

按 RxCUI 查询有效 RxNorm 条目的名称、同义词、类型与语言等属性；没有有效记录不代表该标识从未存在。

字段	类型	必填性与限制
`rxcui`	string	必填; pattern: "^[0-9]{1,12}$"

const result = await host.mcp("rxnorm", "get_concept", {"rxcui": "1191"})

DailyMed

显示操作与参数

`search_labels`

按药名分页查找 DailyMed SPL 标签的身份、标题、版本和发布日期，可限定 RxCUI；被收录不代表已获 FDA 批准。

字段	类型	必填性与限制
`drug_name`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`rxcui`	string	可选; pattern: "^[0-9]{1,12}$"
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 100000
`page_size`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("dailymed", "search_labels", {"drug_name": "aspirin", "page_size": 5})

`get_label_history`

按精确 SET ID 分页查询 DailyMed SPL 版本历史，保留标签身份和日期；不会下载历史标签内容。

字段	类型	必填性与限制
`setid`	string	必填; pattern: "^[a-fA-F0-9]{8}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{12}$"
`page`	integer	可选; default: 1; minimum: 1; maximum: 100000
`page_size`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("dailymed", "get_label_history", {"setid": "9aa7140c-012c-4ea6-866d-4732e915dab6"})

BioSamples

显示操作与参数

`search_samples`

分页搜索公开 BioSamples 元数据，保留特征、术语、外部引用及日期；使用返回的 next_cursor 继续时保持查询及 page_size 不变。

字段	类型	必填性与限制
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`page_size`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`cursor`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 2048; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("biosamples", "search_samples", {"query": "leukaemia", "page_size": 5})

`get_sample`

按 accession 查询公开 BioSamples 样本记录，包括默认应用的修订、特征、关系和来源日期；不获取链接所指的资源或文件。

字段	类型	必填性与限制
`accession`	string	必填; pattern: "^SAM[END][A-Z]?[0-9]{1,15}$"

const result = await host.mcp("biosamples", "get_sample", {"accession": "SAMD00023550"})

WikiPathways

显示操作与参数

`search_pathways`

按名称或 WP 标识的子串查找 WikiPathways，可限定精确物种学名；这是对当前快照的筛选，不是全文或基因搜索。

字段	类型	必填性与限制
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`species`	string	可选; minLength: 1; maxLength: 100; pattern: "\S"
`offset`	integer	可选; default: 0; minimum: 0; maximum: 100000
`limit`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("wikipathways", "search_pathways", {"query": "glycolysis", "species": "Homo sapiens"})

`get_pathway`

按 WP 标识查询当前通路元数据，保留物种、修订号、作者、说明与引用；不获取通路图、基因映射或历史版本。

字段	类型	必填性与限制
`id`	string	必填; pattern: "^WP[0-9]{1,10}$"

const result = await host.mcp("wikipathways", "get_pathway", {"id": "WP534"})

Europe PMC

显示操作与参数

`search_europepmc`

直接使用布尔、字段和日期语法检索 Europe PMC，返回核心记录、实际可用摘要和明确的分页游标；不要求 NCBI Key 或联系邮箱。全文链接不等于已取得全文，可用已有全文工具继续查询 PMC 标识。

字段	类型	必填性与限制
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 12000
`page_size`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`cursor`	string	可选; default: "*"; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("europepmc", "search_europepmc", {"query": "TP53 AND liver fibrosis", "page_size": 5})

Research Datasets

显示操作与参数

`get_dataset_access`

读取 NHANES、CHARLS、CHNS、SEER、MIMIC、eICU、FAERS、GBD 的官方访问要求与入口。这是访问说明，不是账号权限检查、批准或数据查询；获取数据前应重查官方条款。

字段	类型	必填性与限制
`dataset`	string	必填; enum: ["nhanes", "charls", "chns", "seer", "mimic", "eicu", "faers", "gbd"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "get_dataset_access", {"dataset": "seer"})

`list_nhanes_files`

按调查周期和类别查找 NHANES 官方公开 XPT 文件，返回文件与说明链接，不下载文件。来源页面变化或出现验证页时会报错，不会当作空数据集。

字段	类型	必填性与限制
`cycle_begin_year`	integer	必填; minimum: 1999; maximum: 2100
`component`	string	可选; default: "Demographics"; enum: ["Demographics", "Dietary", "Examination", "Laboratory", "Questionnaire"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "list_nhanes_files", {"cycle_begin_year": 2017, "component": "Demographics"})

`list_physionet_demo_files`

列出官方 MIMIC-IV 2.2 或 eICU 2.0 公开演示数据的文件。仅支持固定的演示位置，不访问需凭据的项目，不接受任意 URL，也不发送账号凭据。

字段	类型	必填性与限制
`dataset`	string	必填; enum: ["mimic", "eicu"]
`directory`	string	可选; default: "root"; enum: ["root", "hosp", "icu"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "list_physionet_demo_files", {"dataset": "mimic", "directory": "hosp"})

ChEA3

显示操作与参数

`rank_transcription_factors`

向官方 ChEA3 富集接口提交公开基因符号列表，分别返回各来源库的排名。排名和分数用于提出假设，不是因果验证；请求仅提交一次，不会列明全部被识别的输入基因。

字段	类型	必填性与限制
`genes`	array	必填; minItems: 1; maxItems: 2000
`query_name`	string	可选; default: "query"; minLength: 1; maxLength: 100
`top_n`	integer	可选; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("chea3", "rank_transcription_factors", {"genes": ["FOXM1", "SMAD9", "MYC", "SMAD3", "STAT1", "STAT3"], "top_n": 5})

`list_gmt_libraries`

从 ChEA3 官方下载页发现 GMT 文件链接。主要、附加和基准测试库可能不同；可下载的库未必是在线结果使用的库。此操作不会下载文件。

无需输入字段；传入空对象。

const result = await host.mcp("chea3", "list_gmt_libraries", {})

bioDBnet

显示操作与参数

`list_input_types`

调用 bioDBnet 官方 getinputs 操作，查询支持的输入类型；转换前先确认类型名称。保留未映射和多结果，不把缺失解释为不存在生物学对应关系。

无需输入字段；传入空对象。

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_input_types", {})

`list_output_types`

调用 bioDBnet 官方 getoutputsforinput 操作，查询某输入类型支持的输出类型。保留未映射和多结果，不把缺失解释为不存在生物学对应关系。

字段	类型	必填性与限制
`input_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_output_types", {"input_type": "genesymbol"})

`convert_ids`

调用 bioDBnet 官方 db2db 操作转换标识。先确认类型名称，保留未映射和一对多结果；没有映射不代表不存在生物学对应关系。

字段	类型	必填性与限制
`input_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
`values`	array	必填; minItems: 1; maxItems: 200
`outputs`	array	必填; minItems: 1; maxItems: 20
`taxon_id`	integer	可选; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "convert_ids", {"input_type": "genesymbol", "values": ["TP53"], "outputs": ["geneid"], "taxon_id": 9606})

`recognize_ids`

调用 bioDBnet 官方 dbfind 操作识别标识并取得指定类型的结果。先确认支持的类型，保留未映射和多结果。

字段	类型	必填性与限制
`values`	array	必填; minItems: 1; maxItems: 200
`output_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
`taxon_id`	integer	可选; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "recognize_ids", {"values": ["TP53"], "output_type": "geneid"})

`map_orthologs`

调用 bioDBnet 官方 dbortho 操作映射同源基因。先确认类型和物种，保留一对多及未映射结果；不要自动选定一个同源基因。

字段	类型	必填性与限制
`input_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
`values`	array	必填; minItems: 1; maxItems: 200
`input_taxon`	integer	可选; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000
`output_taxon`	integer	可选; default: 10090; minimum: 1; maximum: 100000000
`output_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"

const result = await host.mcp("biodbnet", "map_orthologs", {"input_type": "genesymbol", "values": ["TP53"], "output_type": "genesymbol", "input_taxon": 9606, "output_taxon": 10090})

`list_pathways`

调用 bioDBnet 官方 getpathways 操作取得通路列表，可指定物种。缺失结果不能证明不存在对应通路。

字段	类型	必填性与限制
`taxon_id`	integer	可选; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_pathways", {"taxon_id": 9606})

CTD

显示操作与参数

`list_ctd_reports`

返回维护的 CTD 官方公开报告入口子集与来源条款。静态目录不确认实时可用性，也不提供 CTD 网页查询。请到官方页面获取文件；遇到人工验证时停止自动访问。

无需输入字段；传入空对象。

const result = await host.mcp("ctd", "list_ctd_reports", {})

示例调用在哪里运行​

先读返回结果，再串联调用​

操作输入​

化学​

pubchem_search_compounds​

pubchem_get_compounds​

pubchem_similarity_search​

pubchem_get_bioassay_summary​

pubchem_get_safety​

chebi_search​

chebi_get_entity​

chebi_get_ontology​

rhea_search_reactions​

rhea_get_reaction​

bindingdb_ligands_by_target​

bindingdb_targets_by_compound​

lipidmaps_get_compound​

unichem_map_compound​

文献关系​

openalex_search_works​

openalex_get_work​

openalex_citations​

openalex_references​

openalex_search_authors​

openalex_get_author​

openalex_venue_info​

arxiv_search​

arxiv_get_papers​

crossref_get_work​

crossref_get_updates​

datacite_search_records​

datacite_get_record​

PubMed​

search_articles​

get_article_metadata​

find_related_articles​

lookup_article_by_citation​

convert_article_ids​

get_full_text_article​

get_copyright_status​

get_pubtator_annotations​

search_pubtator​

基因与本体​

query_genes​

list_ontologies​

search_ontology_terms​

get_ontology_term​

get_go_annotations​

search_uniprot_entries​

get_uniprot_entries​

submit_uniprot_id_mapping​

get_uniprot_id_mapping_status​

get_uniprot_id_mapping_results​

map_reactome_pathways​

list_enrichment_sources​

enrich_gene_set​

list_enrichr_libraries​

enrich_gene_set_enrichr​

get_hgnc_gene​

resolve_hgnc_alias​

get_hgnc_service_info​

query_hgnc_field​

list_hgnc_files​

基因组​

blast_submit​

blast_status​

blast_results​

ensembl_lookup​

ensembl_xrefs​

ensembl_vep_variant​

ensembl_homology​

ensembl_sequence​

ensembl_overlap_region​

ncbi_resolve_taxon​

ncbi_get_assembly_info​

ncbi_get_sequence_aliases​

ucsc_list_tracks​

ucsc_track_data​

ucsc_conservation​

ucsc_tfbs_clusters​

示例调用在哪里运行

先读返回结果，再串联调用

操作输入

化学

`pubchem_search_compounds`

`pubchem_get_compounds`

`pubchem_similarity_search`

`pubchem_get_bioassay_summary`

`pubchem_get_safety`

`chebi_search`

`chebi_get_entity`

`chebi_get_ontology`

`rhea_search_reactions`

`rhea_get_reaction`

`bindingdb_ligands_by_target`

`bindingdb_targets_by_compound`

`lipidmaps_get_compound`

`unichem_map_compound`

文献关系

`openalex_search_works`

`openalex_get_work`

`openalex_citations`

`openalex_references`

`openalex_search_authors`

`openalex_get_author`

`openalex_venue_info`

`arxiv_search`

`arxiv_get_papers`

`crossref_get_work`

`crossref_get_updates`

`datacite_search_records`

`datacite_get_record`

PubMed

`search_articles`

`get_article_metadata`

`find_related_articles`

`lookup_article_by_citation`

`convert_article_ids`

`get_full_text_article`

`get_copyright_status`

`get_pubtator_annotations`

`search_pubtator`

基因与本体

`query_genes`

`list_ontologies`

`search_ontology_terms`

`get_ontology_term`

`get_go_annotations`

`search_uniprot_entries`

`get_uniprot_entries`

`submit_uniprot_id_mapping`

`get_uniprot_id_mapping_status`

`get_uniprot_id_mapping_results`

`map_reactome_pathways`

`list_enrichment_sources`

`enrich_gene_set`

`list_enrichr_libraries`

`enrich_gene_set_enrichr`

`get_hgnc_gene`

`resolve_hgnc_alias`

`get_hgnc_service_info`

`query_hgnc_field`

`list_hgnc_files`

基因组

`blast_submit`

`blast_status`

`blast_results`

`ensembl_lookup`

`ensembl_xrefs`

`ensembl_vep_variant`

`ensembl_homology`

`ensembl_sequence`

`ensembl_overlap_region`

`ncbi_resolve_taxon`

`ncbi_get_assembly_info`

`ncbi_get_sequence_aliases`

`ucsc_list_tracks`

`ucsc_track_data`

`ucsc_conservation`

`ucsc_tfbs_clusters`