Connector 操作引數參考

查詢具體操作名、必填欄位、預設值與呼叫示例。選擇資料來源請先看科學資料庫目錄，再展開需要呼叫的 Connector。引數正確不代表服務已連線或憑據已配置。

示例呼叫在哪裡執行

host 由 Open-Science 的 Agent 執行環境提供。下方 JavaScript 是 Agent 側呼叫片段，不是獨立 Node.js 程式，也不是公共 Task SDK 客戶端的方法。讓 Agent 載入對應 Connector 說明並使用相應操作；某些框架會使用 Python 橋接，而不是這裡的 JavaScript 形式。

先在 Settings → Connectors 啟用連線，配置所需憑據；使用 Specialist 時還需分配該能力。呼叫仍遵循會話權限策略。公共 Node.js 整合可用 Task SDK 管理 Connector 配置，但匯入該客戶端不會得到這裡的 host。

先讀返回結果，再串聯呼叫

示例使用 PubMed 返回的 PMID 查詢後設資料

例如請求：用 PubMed 搜尋 PRISMA 報告規範，返回匹配總數及五個 PMID。 search_articles 返回總數和一頁標識，再將其中的 PMID 傳給 get_article_metadata 獲取標題、作者和 DOI 連結。空結果、截斷結果與認證失敗需要分別處理。

返回資訊	用途
匹配總數與返回行數	區分一頁資料與完整結果集
`truncated`、`records_truncated` 或各資料來源的完整性標誌	判斷是否翻頁、縮小條件或繼續獲取
`not_found`、`missing`、`not_processed`	找出未解決輸入，只重試適當條目
DOI、登入號、來源 URL、資料釋出或組裝	保留下次查詢需要的身份與來源
全文狀態或許可說明	判斷是否取得文字、是否允許複用

各操作返回欄位不同，下方描述與可下載 schema 定義對應契約；此表不是統一 JSON 格式。可從右側資料來源目錄跳轉，再展開該類引數。搜尋具體操作名也會展開其所在分組。

**區分查詢失敗與空結果。**v0.30.2 中，CellGuide 的標記、來源和組織查詢會報告獲取失敗，不再把它當作空證據；可選資料檔案確實不存在時仍可能為空。OLS 關係查詢會拒絕分頁不完整或無效響應。服務錯誤不能證明某細胞型別沒有標記，或某本體術語沒有關聯項。

操作輸入

每次展開一個 Connector。必填項標爲必填，本頁與下載目錄依據 Open-Science v1.0.5 的結構定義。以嵌套的 input.required 爲準；舊式頂層 required 可能不存在。完整註冊表下載提供嵌套 JSON、完整返回說明和準確 Agent 側調用示例。工具要求 accessions、cids、rs_id 等專用字段時，不要統一改爲 id。

化學

展開操作與引數

`pubchem_search_compounds`

將化合物名稱、SMILES、InChIKey 或 CID 解析為 PubChem CID，可同時返回前幾項結果的核心計算屬性。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`namespace`	字串	可選; 預設值： "name"; 列舉： ["name", "smiles", "inchikey", "cid"]
`max_cids`	整數	可選; 預設值： 25; 最小值： 1; 最大值： 100
`with_properties`	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_search_compounds", {"query": "aspirin", "max_cids": 25})

`pubchem_get_compounds`

批次獲取 PubChem CID 對應的完整計算屬性，可附帶有數量上限的同義詞列表。

欄位	型別	要求與約束
`cids`	整數陣列	必填; 最少項數： 1; 最多項數： 50
`include_synonyms`	布林值	可選; 預設值： false
`max_synonyms`	整數	可選; 預設值： 30

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_compounds", {"cids": [2244, 2519], "include_synonyms": false})

`pubchem_similarity_search`

根據 SMILES 在 PubChem 中進行二維 Tanimoto 相似性檢索。使用同步 fastsimilarity_2d 介面，無需輪詢任務。

欄位	型別	要求與約束
`smiles`	字串	必填
`threshold`	整數	可選; 預設值： 90; 最小值： 1; 最大值： 100
`max_records`	整數	可選; 預設值： 50; 最小值： 1; 最大值： 200
`with_properties`	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_similarity_search", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "threshold": 90})

`pubchem_get_bioassay_summary`

獲取一個 PubChem 化合物的生物測定活動彙總，包括測定專案、靶標、結果與效力。

欄位	型別	要求與約束
`cid`	整數	必填
`active_only`	布林值	可選; 預設值： false
`max_rows`	整數	可選; 預設值： 100; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_bioassay_summary", {"cid": 2244, "active_only": true})

`pubchem_get_safety`

獲取一個 PubChem 化合物的 GHS 安全分類，彙總 PUG-View 中各報告來源的資訊。

欄位	型別	要求與約束
`cid`	整數	必填

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_safety", {"cid": 702})

`chebi_search`

按名稱、同義詞、分子式或 InChIKey 全文檢索 ChEBI 實體。

欄位	型別	要求與約束
`term`	字串	必填
`max_results`	整數	可選; 預設值： 20; 最小值： 1; 最大值： 100
`page`	整數	可選; 預設值： 1; 最小值： 1

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_search", {"term": "caffeine", "max_results": 20})

`chebi_get_entity`

獲取 ChEBI 實體的名稱、結構、化學資料、角色和交叉引用。

欄位	型別	要求與約束
`chebi_id`	字串	必填
`max_synonyms`	整數	可選; 預設值： 30
`max_xrefs`	整數	可選; 預設值： 50

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_entity", {"chebi_id": "CHEBI:27732"})

`chebi_get_ontology`

獲取 ChEBI 實體的本體關係，包括指向父類、角色或共軛酸等關係，以及指向該實體的子類與衍生物關係。

欄位	型別	要求與約束
`chebi_id`	字串	必填
`relation_type`	字串	可選
`max_relations`	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_ontology", {"chebi_id": "CHEBI:27732", "relation_type": "has role"})

`rhea_search_reactions`

按反應方程文字、參與物 ChEBI ID 或 EC 編號檢索 Rhea 主反應，自動識別查詢型別。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`limit`	整數	可選; 預設值： 50; 最小值： 1; 最大值： 500

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_search_reactions", {"query": "caffeine", "limit": 50})

`rhea_get_reaction`

獲取一個 Rhea 反應的方程、帶化學計量的參與物、EC 關聯、方向家族及文獻。

欄位	型別	要求與約束
`rhea_id`	字串	必填

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_get_reaction", {"rhea_id": "10280"})

`bindingdb_ligands_by_target`

按 UniProt 登入號獲取 BindingDB 中針對該蛋白靶標測得的配體親和力，包括 Ki、Kd、IC50 和 EC50。

欄位	型別	要求與約束
`uniprot`	字串	必填
`affinity_cutoff_nm`	數值	可選; 預設值： 10000
`max_rows`	整數	可選; 預設值： 100; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_ligands_by_target", {"uniprot": "P00533", "affinity_cutoff_nm": 100})

`bindingdb_targets_by_compound`

查詢與輸入 SMILES 在二維結構上相似的化合物，以及這些化合物具有實測親和力的蛋白靶標。

欄位	型別	要求與約束
`smiles`	字串	必填
`similarity`	數值	可選; 預設值： 0.85; 最小值： 0.5; 最大值： 1
`max_rows`	整數	可選; 預設值： 100; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_targets_by_compound", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "similarity": 0.85})

`lipidmaps_get_compound`

按精確 LMID 或 PubChem CID 查詢 LIPID MAPS，名稱須先通過 PubChem 解析。保留多個匹配、缺失字段及來源歸屬；不支持名稱、質量或批量搜索。

字段	類型	必填性與限制
`id_type`	string	必填; enum: ["lm_id", "pubchem_cid"]
`identifier`	string	必填; maxLength: 15

const result = await host.mcp("chemistry", "lipidmaps_get_compound", {"id_type": "lm_id", "identifier": "LMFA01010001"})

`unichem_map_compound`

使用完整 InChIKey 或 ChEMBL ID，通過 UniChem 映射到 PubChem、ChEMBL 和 ChEBI。保留不同結構及截斷信息；索引映射不代表當前來源記錄已驗證或生物學等效。

字段	類型	必填性與限制
`id_type`	string	必填; enum: ["inchikey", "chembl"]
`identifier`	string	必填; maxLength: 27

const result = await host.mcp("chemistry", "unichem_map_compound", {"id_type": "chembl", "identifier": "CHEMBL1089"})

文獻關係

展開操作與引數

`openalex_search_works`

檢索 OpenAlex 學術成果，可按年份、型別、開放獲取狀態和發表來源篩選。query 可在已有其他篩選條件時省略；venue 接受來源 ID、URL、ISSN 或名稱，名稱解析結果見 venue_resolved。返回 api_total、n_records_returned、records_truncated 和 records。摘要僅在明確開放許可（cc-by、cc-by-sa、cc0、public-domain）下重建；其他記錄的 abstract 為 null，並說明許可策略。記錄包含標識、作者、來源、引用數、開放全文地址與主題。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	可選
`year_from`	整數	可選
`year_to`	整數	可選
`work_type`	字串	可選
`open_access_only`	布林值	可選
`venue`	字串	可選
`sort`	字串	可選; 預設值： "relevance"; 列舉： ["relevance", "cited_by_count", "publication_date"]
`max_records`	整數	可選; 預設值： 50
`include_abstracts`	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_works", {"query": "CRISPR base editing", "year_from": 2020, "open_access_only": true, "sort": "cited_by_count", "max_records": 25})

`openalex_get_work`

獲取一個 OpenAlex 成果的完整後設資料、按許可提供的摘要、開放獲取位置、參考文獻 ID 和逐年統計。work_id 支援 W-ID、URL 或 DOI。多個記錄宣告同一 DOI 時選擇被引最多者，並返回 doi_claimants 和 doi_resolution_note；未知標識報未找到。

欄位	型別	要求與約束
`work_id`	字串	必填

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_work", {"work_id": "W2741809807"})

`openalex_citations`

獲取引用某篇成果的入向文獻。work_id 支援 W-ID、URL 或 DOI；DOI 需要額外解析。返回實際引用總數 api_total、返回數量、截斷標誌和精簡成果記錄。

欄位	型別	要求與約束
`work_id`	字串	必填
`sort`	字串	可選; 預設值： "cited_by_count"; 列舉： ["cited_by_count", "publication_date", "relevance"]
`max_records`	整數	可選; 預設值： 50
`include_abstracts`	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("literature", "openalex_citations", {"work_id": "W2741809807", "sort": "cited_by_count", "max_records": 50})

`openalex_references`

獲取某篇成果引用的出向文獻，並按原參考文獻順序補齊後設資料。返回完整 reference_ids、已補齊 records 和 references_not_hydrated；無法補齊的 ID 不會被靜默丟棄。

欄位	型別	要求與約束
`work_id`	字串	必填
`max_records`	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("literature", "openalex_references", {"work_id": "W2741809807", "max_records": 100})

`openalex_search_authors`

按姓名檢索 OpenAlex 作者，返回作者 ID、ORCID、所屬機構、主題和被引指標。同名結果需要結合機構、主題和 ORCID 區分，再用 author_id 獲取詳情。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`max_records`	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_authors", {"query": "Jennifer Doudna", "max_records": 25})

`openalex_get_author`

獲取 OpenAlex 作者詳情、逐年統計和高被引成果。author_id 支援 A-ID、URL 或 ORCID；ORCID 可能指向稀疏重複檔案，優先使用作者搜尋返回的 A-ID。works_sample 為 0 時不額外檢索成果。

欄位	型別	要求與約束
`author_id`	字串	必填
`works_sample`	整數	可選; 預設值： 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_author", {"author_id": "A5023888391", "works_sample": 10})

`openalex_venue_info`

查詢 OpenAlex 期刊或資料庫的開放獲取、DOAJ、APC 與引用指標。精確 S-ID、URL 或 ISSN 返回一個來源及逐年統計；名稱查詢返回帶總數和截斷標誌的來源列表。

欄位	型別	要求與約束
`venue`	字串	必填
`max_records`	整數	可選; 預設值： 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_venue_info", {"venue": "Nature", "max_records": 10})

`arxiv_search`

透過 arXiv Atom API 檢索預印本。query 支援 ti:、au:、abs:、布林操作；分類和提交日期範圍與查詢組合。start 從 0 開始，日期包含邊界。返回實際查詢、總數、頁偏移、截斷標誌及帶版本、作者、摘要和連結的記錄。分頁請求需遵守服務節奏；錯誤訂閱源會作為錯誤報告。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	可選
`category`	字串	可選
`date_from`	字串	可選
`date_to`	字串	可選
`start`	整數	可選; 預設值： 0
`max_results`	整數	可選; 預設值： 25
`sort_by`	字串	可選; 預設值： "relevance"; 列舉： ["relevance", "submittedDate", "lastUpdatedDate"]
`sort_order`	字串	可選; 預設值： "descending"; 列舉： ["descending", "ascending"]

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_search", {"query": "ti:transformer", "category": "cs.LG", "max_results": 10})

`arxiv_get_papers`

批次獲取最多 100 篇 arXiv 預印本後設資料。接受新舊 ID、帶版本 ID、arXiv 字首及 abs/pdf URL；無版本 ID 解析到最新版。結果按請求順序排列，並列出 duplicates、not_found。撤稿仍可能返回後設資料，應檢視 comment。

欄位	型別	要求與約束
`arxiv_ids`	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_get_papers", {"arxiv_ids": ["2103.14030", "1706.03762v5"]})

`crossref_get_work`

查詢 Crossref DOI 的出版方登記後設資料，可輸入裸 DOI、doi: 字首或 doi.org 地址，無需 API key。DOI 屬於其他序號產生器構時應改用相應服務；Crossref 返回 404 不代表 DOI 無效。核對返回的 DOI、標題和 source_url。

欄位	型別	要求與限制
`doi`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_work", {"doi": "10.1038/nature12968"})

`crossref_get_updates`

讀取登記的更正、撤稿及其他更新關係。updated_by 指向更新本文的通知，update_to 指向當前 DOI 所更新的作品。保留關係方向和來源標籤；空列表不能證明論文可靠，也不能證明從未撤稿。

欄位	型別	要求與限制
`doi`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_updates", {"doi": "10.1038/nature12968"})

`datacite_search_records`

搜尋公開的 DataCite 資料集/軟體 DOI 後設資料。query、related_doi 至少提供一項，可同時提供；query 使用 DataCite 查詢語法。按 next_page 翻頁時保持篩選和 page_size 一致。頁碼檢索最多覆蓋前 10,000 條，需要時縮小查詢。核對 related_identifiers、rights 和落地頁，後設資料不保證檔案可下載或允許複用。

欄位	型別	要求與限制
`query`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 2000
`related_doi`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 2048
`resource_type`	string	可選; default: "dataset"; enum: ["dataset", "software"]
`page_size`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("literature", "datacite_search_records", {"query": "climate", "resource_type": "dataset", "page_size": 5})

`datacite_get_record`

查詢一條公開 DataCite DOI 記錄，包括標題、作者、資源型別、權利資訊、關聯識別符號及可用版本。接受裸 DOI、doi: 字首或 doi.org 地址。使用關聯資料集或軟體前，核對識別符號和關係方向。

欄位	型別	要求與限制
`doi`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "datacite_get_record", {"doi": "10.14454/qdd3-ps68"})

PubMed

展開操作與引數

`search_articles`

透過 NCBI esearch 檢索 PubMed 生物醫學與生命科學文獻，返回匹配總數和一頁 PMID。支援欄位標籤、布林操作、日期和排序；不應將其當作覆蓋所有學科的通用文獻庫。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`max_results`	整數	可選; 預設值： 20
`retstart`	整數	可選; 預設值： 0
`sort`	字串	可選; 列舉： ["relevance", "pub_date", "author", "journal_name", "title"]
`date_from`	字串	可選
`date_to`	字串	可選
`datetype`	字串	可選; 預設值： "pdat"; 列舉： ["pdat", "edat", "mdat"]

const result = await host.mcp("pubmed", "search_articles", {"query": "CRISPR gene editing", "max_results": 10})

`get_article_metadata`

按 PMID 批次獲取 PubMed 詳細後設資料，包括 DOI/PMCID、標題、摘要、期刊、作者與機構、日期、MeSH、型別、語言和引文。使用結果時註明 PubMed 來源，並連結返回的 DOI。

欄位	型別	要求與約束
`pmids`	['字串', '陣列']	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "get_article_metadata", {"pmids": ["35486828", "33264437"]})

`find_related_articles`

透過 NCBI elink 獲取 PMID 的相關內容。預設 pubmed_pubmed 是按標題、摘要和 MeSH 相似度排序的相似文獻，並非引用關係；其他模式可取得 PMC 全文或基因、蛋白、核酸記錄連結。

欄位	型別	要求與約束
`pmids`	['字串', '陣列']	必填
`link_type`	字串	可選; 預設值： "pubmed_pubmed"; 列舉： ["pubmed_pubmed", "pubmed_pmc", "pubmed_nucleotide", "pubmed_protein", "pubmed_gene"]
`max_results`	整數	可選

const result = await host.mcp("pubmed", "find_related_articles", {"pmids": ["35486828"], "link_type": "pubmed_pubmed"})

`lookup_article_by_citation`

透過 NCBI ecitmatch 將書目引文解析為 PMID。每條提供期刊、年份、卷、首頁、作者或 key 等欄位，至少兩到三個有效欄位有助於可靠匹配。

欄位	型別	要求與約束
`citations`	物件陣列	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "lookup_article_by_citation", {"citations": [{"journal": "Science", "year": 1987, "volume": "235", "first_page": "182", "author": "Palmenberg AC"}]})

`convert_article_ids`

透過 NCBI/PMC ID Converter 在 PMID、PMCID 與 DOI 之間轉換。同次呼叫中的 ID 型別應一致，並與 id_type 匹配；可先確認是否存在 PMCID，再請求全文。

欄位	型別	要求與約束
`ids`	['字串', '陣列']	必填
`id_type`	字串	可選; 預設值： "pmid"; 列舉： ["pmid", "pmcid", "doi"]

const result = await host.mcp("pubmed", "convert_article_ids", {"ids": ["PMC9046468"], "id_type": "pmcid"})

`get_full_text_article`

透過 Europe PMC 獲取 PMC 開放獲取子集文章的結構化全文和許可。接受帶或不帶 PMC 字首的 ID；不可獲取時檢視 fulltext_status。使用結果時註明來源並連結 DOI。

欄位	型別	要求與約束
`pmc_ids`	['字串', '陣列']	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "get_full_text_article", {"pmc_ids": ["PMC9046468"]})

`get_copyright_status`

結合 PubMed 版權欄位、PMC ID 轉換和權限後設資料，查詢每個 PMID 的版權宣告、許可型別、許可 URL 與年份，供內容複用前核對。

欄位	型別	要求與約束
`pmids`	['字串', '陣列']	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "get_copyright_status", {"pmids": ["35891187", "34375400"]})

`get_pubtator_annotations`

獲取已發表 PubMed 論文標題／摘要的 PubTator 3 BioC JSON 實體與關係標註。保留原文片段、偏移、規範化 ID 和關係；不接受原始文本提交。

字段	類型	要求與限制
`pmids`	array	必填; 最少項數: 1; 最多項數: 10

const result = await host.mcp("pubmed", "get_pubtator_annotations", {"pmids": ["29355051"]})

`search_pubtator`

按文本、實體 ID 或關係查詢一頁 PubTator 3 文獻。自動提取關係用於研究線索，不是臨牀結論；需要回到原文覈對。

字段	類型	要求與限制
`query`	string	必填; 最短長度: 1; 最長長度: 1000
`page`	integer	可選; 默認值: 1; 最小值: 1; 最大值: 10000

const result = await host.mcp("pubmed", "search_pubtator", {"query": "relations:ANY|@CHEMICAL_Doxorubicin|@DISEASE_Neoplasms", "page": 1})

基因與本體

展開操作與引數

`query_genes`

透過 mygene.info 批次對映基因符號或標識，每次最多 1000 項。scopes 指定輸入名稱空間，fields 指定返回欄位，species 指定物種；單個 term 不支援逗號。返回 not_found 與 records；多重匹配保留 query，並按輸入順序及 _id 排序。

欄位	型別	要求與約束
`terms`	字串陣列	必填
`scopes`	字串	可選
`fields`	字串	可選; 預設值： "symbol,name,taxid,entrezgene,ensembl.gene"
`species`	字串	可選

const result = await host.mcp("genes", "query_genes", {"terms": ["TP53", "BRCA1"], "scopes": "symbol,alias", "fields": "symbol,name,entrezgene,ensembl.gene", "species": "human"})

`list_ontologies`

列出 OLS4 本體。給出 ontology_ids 時獲取對應後設資料並列出 not_found；省略時完整分頁獲取目錄，並核對總數。返回版本、狀態、詞條數等資訊。

欄位	型別	要求與約束
`ontology_ids`	字串陣列	可選

const result = await host.mcp("genes", "list_ontologies", {"ontology_ids": ["efo", "go", "mondo"]})

`search_ontology_terms`

按標籤、同義詞或標識搜尋 OLS4 詞條，可限制本體、精確匹配或是否包含廢棄詞條。返回總數、返回數、截斷狀態以及 CURIE、IRI、標籤和說明。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`ontologies`	字串陣列	可選
`exact`	布林值	可選; 預設值： false
`include_obsolete`	布林值	可選; 預設值： false
`max_results`	整數	可選; 預設值： 20

const result = await host.mcp("genes", "search_ontology_terms", {"query": "asthma", "ontologies": ["efo"], "max_results": 20})

`get_ontology_term`

獲取本體詞條詳情或完整關聯詞條集合。relation 為空時返回標籤、同義詞、廢棄狀態和直接父類；指定 parents、children、ancestors、descendants 等關係時完整分頁，並核對服務總數。ontology 使用小寫 ID，term_id 支援 CURIE 或 IRI。

欄位	型別	要求與約束
`ontology`	字串	必填
`term_id`	字串	必填
`relation`	字串	可選; 列舉： ["parents", "children", "ancestors", "descendants", "hierarchicalParents", "hierarchicalChildren", "hierarchicalAncestors", "hierarchicalDescendants"]
`include_parents`	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("genes", "get_ontology_term", {"ontology": "go", "term_id": "GO:0006281", "relation": "children"})

`get_go_annotations`

從 QuickGO 獲取 UniProt 基因產物的 GO 註釋，並核對完整集合。可按功能類別、物種和證據篩選。證據須用預設或 ECO 編碼，不能把 IDA/IEA 等三字母程式碼當作 ECO 引數。max_records 僅限制返回行；complete、truncated 和 total_annotations 說明覆蓋範圍。

欄位	型別	要求與約束
`uniprot_accession`	字串	必填
`aspect`	字串	可選; 列舉： ["biological_process", "molecular_function", "cellular_component"]
`evidence`	字串	可選
`taxon_id`	整數	可選
`include_term_names`	布林值	可選; 預設值： false
`max_records`	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("genes", "get_go_annotations", {"uniprot_accession": "P04637", "aspect": "molecular_function", "evidence": "experimental_manual"})

`search_uniprot_entries`

按精確基因名（含同義名）、蛋白名稱短語和／或精確 NCBI 物種 ID 檢索活躍 UniProtKB 條目，組合條件按 AND 匹配。至少提供一個檢索條件。reviewed 為 true 時只查 Swiss-Prot；不指定則包含已審閱與未審閱條目。返回一個按登入號排序的頁面，不返回序列。繼續分頁時，傳回 next_cursor，並保持篩選條件與 page_size 不變；遊標不代表持久快照。按返回的 accession 呼叫 get_uniprot_entries 獲取序列。

至少提供一個列出的檢索條件；完整組合約束見下載的 schema。

欄位	型別	必填與約束
`gene`	string	可選; minLength: `1`; maxLength: `200`; pattern: `"^(?=[\\s\\S]\\S)[^\"\\\\?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"`
`protein_name`	string	可選; minLength: `1`; maxLength: `200`; pattern: `"^(?=[\\s\\S]\\S)[^\"\\\\?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"`
`organism_id`	integer	可選; minimum: `1`; maximum: `2147483647`
`reviewed`	boolean	可選
`page_size`	integer	可選; default: `25`; minimum: `1`; maximum: `500`
`cursor`	string	可選; minLength: `1`; maxLength: `4096`; pattern: `"^[^\\s\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"`

const result = await host.mcp("genes", "search_uniprot_entries", {"gene": "TP53", "organism_id": 9606, "reviewed": true, "page_size": 25})

`get_uniprot_entries`

按 UniProt 登入號批次獲取條目或序列，支援 JSON、FASTA 和 TXT。次級登入號會對映到當前主條目；檢查輸入對映及未找到項，不要將當前主登入號誤當作另一個輸入。

欄位	型別	要求與約束
`accessions`	字串陣列	必填
`format`	字串	可選; 列舉: ["fasta", "txt"]
`fields`	字串陣列	可選

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {"accessions": ["P04637", "P38398"], "fields": ["accession", "id", "protein_name", "gene_names", "organism_name", "length"]})

`submit_uniprot_id_mapping`

向 UniProt 提交最多 100000 個識別符號的批次對映。from_db 與 to_db 必須是 UniProt API 支援的準確資料庫名稱，支援組合見其 configure/idmapping/fields。僅 from_db=Gene_Name 可指定 taxon_id，用於限定物種。每個 ID 獨立成項，不含空白或分隔符；保留大小寫和版本，精確重複項只提交一次。儲存返回的 job_id，再查詢狀態和分頁結果。此操作不自動重試或輪詢；若提交響應丟失，遠端任務可能已存在，不要盲目重提。結果最長保留約 7 天；關閉應用或取消本地請求不會取消遠端任務。

欄位	型別	必填與約束
`from_db`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 100; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_-]*$"
`to_db`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 100; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_-]*$"
`ids`	array of string	必填; minItems: 1; maxItems: 100000
`taxon_id`	integer	可選; minimum: 1; maximum: 2147483647

const result = await host.mcp("genes", "submit_uniprot_id_mapping", {"from_db":"Gene_Name","to_db":"UniProtKB","ids":["TP53","BRCA1"],"taxon_id":9606})

`get_uniprot_id_mapping_status`

查詢一次已有 UniProt 對映任務。NEW／RUNNING 時至少間隔 3 秒再查詢；FINISHED 後分頁獲取全部結果。上游 ERROR 規範化為 FAILED，表示任務失敗，不等於識別符號未匹配。保留 messages 中的錯誤，未知或過期任務的 HTTP 錯誤會向上傳遞。此操作不建立任務，也不自動輪詢。

欄位	型別	必填與約束
`job_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 100; pattern: "^[A-Za-z0-9_-]+$"

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_id_mapping_status", {"job_id":"ecuuh9h0Md"})

`get_uniprot_id_mapping_results`

獲取已完成 UniProt 對映任務的一頁 from/to 對。保持 job_id 和 page_size 不變，使用 next_cursor 繼續，直到 has_more=false。一對多對映必須保留；同一輸入的結果可能跨頁，彙總全部頁面後再判斷。收集各頁明確返回的 failed_ids，不要因某頁沒有輸入項就推斷其未匹配。total_results 是對映行數，不是成功輸入 ID 數；one_to_many_in_page 僅反映當前頁。

欄位	型別	必填與約束
`job_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 100; pattern: "^[A-Za-z0-9_-]+$"
`page_size`	integer	可選; default: 100; minimum: 1; maximum: 500
`cursor`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 4096; pattern: "^[^\s\u0000-\u001f\u007f]+$"

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_id_mapping_results", {"job_id":"ecuuh9h0Md","page_size":100})

`map_reactome_pathways`

將基因符號或 UniProt 登入號對映到 Reactome 通路。id_type 與輸入型別匹配，標識不得重複。compact 返回每項低層通路及 Reactome 釋出資訊；完整模式增加實體、反應統計和 identifiers_not_found。物種及分子資源檢視應與研究輸入一致。按請求的物種對映通路，不會把標識投影到人類。使用受支援的學名，例如 Homo sapiens 或 Mus musculus；完整名單見下載的結構定義。空值、不支援的物種或返回物種不匹配均會報錯。found 和 n_found 表示標識被識別，不保證該物種中存在通路；識別成功也可能返回零條通路。compact 模式只返回低層通路。

欄位	型別	要求與約束
`identifiers`	字串陣列	必填
`id_type`	字串	必填; 列舉： ["symbol", "uniprot"]
`species`	字串	可選; 預設值： "Homo sapiens"
`resource`	字串	可選; 預設值： "TOTAL"
`include_disease`	布林值	可選; 預設值： true
`compact`	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("genes", "map_reactome_pathways", {"identifiers": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "id_type": "symbol"})

`list_enrichment_sources`

查詢指定物種可用的 g:Profiler 富集資料來源及當前版本。物種使用明確程式碼，如 hsapiens；此操作不提交基因列表。g:Profiler 為服務執行保留有限查詢後設資料。

欄位	型別	要求與約束
`organism`	string	必填; minLength: `1`; maxLength: `64`; pattern: `"^[a-z][a-z0-9_]*$"`

const result = await host.mcp("genes", "list_enrichment_sources", {"organism": "hsapiens"})

`enrich_gene_set`

對指定物種的基因集執行 g:Profiler 富集，支援 GO、Reactome 等可用來源、統計背景、欠代表檢驗和多重檢驗校正。結果保留未對映、歧義及重複標識，不能將它們靜默丟棄。

欄位	型別	要求與約束
`genes`	字串陣列	必填; 最少項數: 1; 最多項數: 5000
`organism`	string	必填; minLength: `1`; maxLength: `64`; pattern: `"^[a-z][a-z0-9_]*$"`
`sources`	字串陣列	可選; 最多項數: 100
`background_genes`	字串陣列	可選; 最少項數: 1; 最多項數: 20000
`domain_scope`	字串	可選; 列舉: ["annotated", "known", "custom", "custom_annotated"]
`correction_method`	字串	可選; 預設值: "g_SCS"; 列舉: ["g_SCS", "bonferroni", "fdr"]
`user_threshold`	數值	可選; 最大值: 1; 排除最小值: 0
`all_results`	布林值	可選; 預設值: false
`ordered`	布林值	可選; 預設值: false
`measure_underrepresentation`	布林值	可選; 預設值: false
`no_iea`	布林值	可選; 預設值: false
`no_evidences`	布林值	可選; 預設值: false
`numeric_ns`	字串	可選; 最短長度: 1; 最長長度: 64

const result = await host.mcp("genes", "enrich_gene_set", {"genes": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "organism": "hsapiens", "sources": ["GO:BP", "REAC"], "correction_method": "fdr"})

`list_enrichr_libraries`

列出指定生物體對應的 Enrichr 庫及覆蓋統計。human 部署同時提供人和小鼠相關庫；其他支援的生物體使用各自部署。先列庫再選擇實際存在且適合物種的名稱。

欄位	型別	必填與約束
`organism`	string	可選; default: "human"; enum: ["human", "fly", "yeast", "worm", "fish"]

const result = await host.mcp("genes", "list_enrichr_libraries", {"organism": "human"})

`enrich_gene_set_enrichr`

使用選定的 Enrichr 庫對基因符號或識別符號做富集分析。自定義背景透過 Speedrichr，僅適用於 human 部署。Enrichr 不報告未對映識別符號，mapping_status 為 not_reported_by_enrichr。基因列表會提交給外部服務；後續請求失敗不會自動撤銷此前上傳。檢查每個庫的 n_total_results、n_results 與 truncated；max_results 預設 100、最高 500。

欄位	型別	必填與約束
`genes`	array of string	必填; minItems: 1; maxItems: 5000
`libraries`	array of string	必填; minItems: 1; maxItems: 10
`background_genes`	array of string	可選; minItems: 1; maxItems: 20000
`organism`	string	可選; default: "human"; enum: ["human", "fly", "yeast", "worm", "fish"]
`description`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 200
`max_results`	integer	可選; default: 100; minimum: 1; maximum: 500

const result = await host.mcp("genes", "enrich_gene_set_enrichr", {"genes": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "libraries": ["ChEA_2022", "LINCS_L1000_Chem_Pert_up"]})

`get_hgnc_gene`

按精確的人類基因符號查詢 HGNC 命名記錄，保留批准／撤回狀態、名稱、別名、交叉引用和修改日期。

字段	類型	要求與限制
`symbol`	string	必填; 最短長度: 1; 最長長度: 100

const result = await host.mcp("genes", "get_hgnc_gene", {"symbol": "BRCA1"})

`resolve_hgnc_alias`

按精確的人類基因別名查詢 HGNC，返回所有匹配項，不自動挑選歧義名稱。已批准的符號使用 get_hgnc_gene 查詢。

字段	類型	要求與限制
`symbol`	string	必填; 最短長度: 1; 最長長度: 100

const result = await host.mcp("genes", "resolve_hgnc_alias", {"symbol": "P53"})

`get_hgnc_service_info`

讀取 HGNC 官方 REST 服務元數據、可檢索字段和存儲字段；與已有 HGNC 查詢共用請求限制，不要求密鑰。

無需輸入字段；傳入空對象。

const result = await host.mcp("genes", "get_hgnc_service_info", {})

`query_hgnc_field`

按已記錄的 HGNC 字段取記錄或檢索，包括歷史符號和外部標識。search 返回索引標識，fetch 返回存儲記錄；保留歧義和有效或撤回狀態，不靜默選定一個基因。

字段	類型	必填性與限制
`mode`	string	可選; default: "fetch"; enum: ["fetch", "search"]
`field`	string	必填; enum: ["symbol", "alias_symbol", "prev_symbol", "name", "hgnc_id", "entrez_id", "ensembl_gene_id"]
`value`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 300
`max_rows`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("genes", "query_hgnc_field", {"field": "entrez_id", "value": "7157", "mode": "fetch"})

`list_hgnc_files`

列出 HGNC 官方公開存儲桶中的對象、大小、身份或校驗信息及分頁令牌。僅發現下載鏈接，不下載文件或創建本地狀態；ETag 不是 SHA256 校驗和。

字段	類型	必填性與限制
`prefix`	string	可選; default: "hgnc/tsv/tsv/"; maxLength: 200; pattern: "^hgnc/[A-Za-z0-9_./-]*$"
`cursor`	string	可選; default: ""; maxLength: 4096
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("genes", "list_hgnc_files", {"prefix": "hgnc/tsv/tsv/", "limit": 5})

基因組

展開操作與引數

`blast_submit`

向公共 NCBI BLAST 服務提交一條核酸或蛋白序列。必須明確 molecule_type；序列會傳送給 NCBI。儲存返回的 RID，至少等候 60 秒再查詢狀態；同一 RID 的請求至少間隔 60 秒，所有 BLAST 請求至少間隔 10 秒。提交回執丟失時會報告 blast_submission_unknown，不要自動重複提交。

欄位	型別	必填與約束
`sequence`	string	必填; minLength: `1`; maxLength: `100000`
`molecule_type`	string	必填; enum: `["nucleotide", "protein"]`
`database`	string	可選; enum: `["nt", "core_nt", "refseq_rna", "nr", "refseq_protein", "swissprot"]`
`evalue`	number	可選; exclusiveMinimum: `0`; maximum: `1000`
`hitlist_size`	integer	可選; minimum: `1`; maximum: `100`
`megablast`	boolean	可選

const result = await host.mcp("genomes", "blast_submit", {"sequence": "ATGCGTACGTAGCTAG", "molecule_type": "nucleotide", "database": "nt"})

`blast_status`

查詢 NCBI BLAST RID 的狀態，保留 READY、WAITING、FAILED 或 UNKNOWN 狀態及服務返回的重試間隔。READY 後再取結果；同一 RID 的請求至少間隔 60 秒，不要把 WAITING 當作提交失敗後重新提交。

欄位	型別	必填與約束
`rid`	string	必填; minLength: `1`; maxLength: `128`

const result = await host.mcp("genomes", "blast_status", {"rid": "AYEFB4DT014"})

`blast_results`

獲取 BLAST RID 的有界報告，支援 json2、xml2、text 或 tabular，最多 2 MiB。等待 blast_status 返回 READY，並距同一 RID 上次請求至少 60 秒後再呼叫。仍在計算時返回 ready=false。tabular 是 NCBI 的文字表格報告，可能含 HTML 註釋、PRE 標籤及報告頭，不是純 TSV／CSV；保留原始響應後再解析。

欄位	型別	必填與約束
`rid`	string	必填; minLength: `1`; maxLength: `128`
`format`	string	可選; enum: `["json2", "xml2", "text", "tabular"]`

const result = await host.mcp("genomes", "blast_results", {"rid": "AYEFB4DT014", "format": "json2"})

`ensembl_lookup`

按穩定標識或基因符號查詢 Ensembl。query_type 可為 auto、id 或 symbol；auto 先查標識，僅在明確未找到且不是規範 ENS/LRG 標識時回退到符號。支援帶版本 ENS、FlyBase、WormBase 和酵母標識。species 僅用於符號查詢，預設 homo_sapiens，不會從符號推斷；expand 可展開轉錄本、外顯子和翻譯。無效請求與服務失敗會報錯。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`query_type`	字串	可選; 預設值: "auto"; 列舉: ["auto", "id", "symbol"]
`species`	字串	可選; 預設值: "homo_sapiens"
`expand`	布林值	可選; 預設值: false

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_lookup", {"query": "BRAF", "query_type": "symbol"})

`ensembl_xrefs`

獲取 Ensembl 穩定 ID 到 HGNC、EntrezGene、UniProt、OMIM、RefSeq 等資料庫的完整交叉引用。external_db 是精確資料庫名篩選；結果按 dbname、primary_id 排序，未知 ID 返回 n_xrefs 為 0。

欄位	型別	要求與約束
`stable_id`	字串	必填
`external_db`	字串	可選

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_xrefs", {"stable_id": "ENSG00000157764", "external_db": "HGNC"})

`ensembl_vep_variant`

使用 Ensembl VEP 查詢變異後果。提供 hgvs_notation 時，不能同時傳入 variant_id、region、allele 或 allele_orientation；支持基因組、編碼和蛋白 HGVS，原樣傳遞參考序列版本。否則 variant_id 優先於 region/allele，allele 不篩選 ID 查詢結果。區域模式使用當前物種組裝，人類爲 GRCh38；座標爲 1-based 閉區間，插入爲 start=end+1。allele_orientation 默認 forward，即使區域帶 :-1，等位基因仍按參考正鏈解釋；region 模式會反向互補負鏈序列等位基因，負鏈符號等位基因應使用 forward。HGVS 查詢不提供組裝選擇或 liftover，也不驗證輸入參考版本：version_validation 爲 unchecked。matched 僅比較去掉版本後綴的參考身份，不表示版本驗證通過。保留 assembly_name、版本化 transcript_id、hgvsc/hgvsp 和 input_reference_annotations。max_consequences 限制逐轉錄本結果，檢查完整計數與截斷標誌；預測後果不是臨牀致病性結論。

字段	類型	要求與限制
`variant_id`	string	按查詢模式選擇；見上文互斥與鏈方向規則
`hgvs_notation`	string	按查詢模式選擇；見上文互斥與鏈方向規則; 最短長度: 1
`region`	string	按查詢模式選擇；見上文互斥與鏈方向規則
`allele`	string	按查詢模式選擇；見上文互斥與鏈方向規則
`allele_orientation`	string	按查詢模式選擇；見上文互斥與鏈方向規則; 默認值: "forward"; 允許值: ["forward", "region"]
`species`	string	可選; 默認值: "homo_sapiens"
`max_consequences`	integer	可選; 默認值: 25

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_vep_variant", {"variant_id": "rs7412", "max_consequences": 25})

`ensembl_homology`

從 Ensembl Compara 查詢直系同源、旁系同源或投影關係。gene_symbol 與 gene_id 二選一；符號先解析到穩定 ID。target_species 與 target_taxon 同時給出時為 OR 關係。返回精簡記錄、完整 n_total 和截斷標誌，不返回比對或序列。

欄位	型別	要求與約束
`gene_symbol`	字串	可選
`gene_id`	字串	可選
`homology_type`	字串	可選; 預設值： "orthologues"; 列舉： ["orthologues", "paralogues", "projections"]
`target_species`	字串	可選
`target_taxon`	整數	可選
`species`	字串	可選; 預設值： "homo_sapiens"
`max_homologies`	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_homology", {"gene_symbol": "BRAF", "target_species": "mus_musculus"})

`ensembl_sequence`

獲取 Ensembl 標識對應的序列，保留請求型別和身份。CDS 或蛋白序列不支援的標識、無效請求和服務失敗會報告錯誤，不能一概當作空序列或未找到。

欄位	型別	要求與約束
`stable_id`	字串	可選
`region`	字串	可選
`species`	字串	可選; 預設值: "homo_sapiens"
`seq_type`	字串	可選; 預設值: "genomic"; 列舉: ["genomic", "cdna", "cds", "protein"]
`max_bytes`	整數	可選; 預設值: 400000

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_sequence", {"stable_id": "ENSP00000288602", "seq_type": "protein"})

`ensembl_overlap_region`

列出與 Ensembl 區域重疊的基因、轉錄本、調控元件、重複或變異等特徵。區域是從 1 開始的閉區間，超過 5 Mb 需拆分。返回完整 n_total、按起點和 ID 排序的特徵及 features_truncated；空區域返回 0 項。

欄位	型別	要求與約束
`region`	字串	必填
`feature`	字串	可選; 預設值： "gene"; 列舉： ["gene", "transcript", "exon", "cds", "regulatory", "motif", "repeat", "variation", "structural_variation", "band", "simple", "misc"]
`species`	字串	可選; 預設值： "homo_sapiens"
`max_features`	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_overlap_region", {"region": "7:140719327-140925199", "feature": "gene"})

`ncbi_resolve_taxon`

將物種名稱、常用名或數字 TaxID 解析為 NCBI Taxonomy 標識；保留多個匹配及截斷狀態，不能自動將第一項當作唯一物種。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填; 最短長度: 1; 最長長度: 200
`max_matches`	整數	可選; 預設值: 20; 最小值: 1; 最大值: 100

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_resolve_taxon", {"query": "human"})

`ncbi_get_assembly_info`

核對帶版本號的 GCF/GCA 組裝身份，包括物種、組裝名、UCSC 別名、狀態與配對的 RefSeq/GenBank 登入號。拒絕無版本登入號；歷史版本不會被默默替換成最新版。

欄位	型別	要求與約束
`assembly_accession`	string	必填; pattern: `"^GC[AF]_[0-9]{9}\\.[0-9]+$"`

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_get_assembly_info", {"assembly_accession": "GCF_000001405.40"})

`ncbi_get_sequence_aliases`

查詢指定版本組裝的 UCSC、RefSeq 和 GenBank 序列別名，可限定一個序列名。共享染色體標籤可能對應多條序列，應保留歧義；max_sequences 限制返回字首，需檢查 matches_truncated。

欄位	型別	要求與約束
`assembly_accession`	string	必填; pattern: `"^GC[AF]_[0-9]{9}\\.[0-9]+$"`
`sequence`	字串	可選; 最短長度: 1; 最長長度: 200
`max_sequences`	整數	可選; 預設值: 200; 最小值: 1; 最大值: 5000

const result = await host.mcp("genomes", "ncbi_get_sequence_aliases", {"assembly_accession": "GCF_000001405.40", "sequence": "chr1"})

`ucsc_list_tracks`

列出 UCSC 指定組裝的可查詢葉級軌道，可按名稱或標籤進行不區分大小寫的篩選。返回軌道名稱、型別、所屬組、完整匹配數及截斷狀態。首次訪問某組裝會載入並快取完整目錄，建議先用 filter_text 縮小結果。

欄位	型別	要求與約束
`genome`	字串	可選; 預設值： "hg38"
`filter_text`	字串	可選
`max_tracks`	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_list_tracks", {"genome": "hg38", "filter_text": "phyloP", "max_tracks": 50})

`ucsc_track_data`

獲取 UCSC 指定軌道在區域中的原始記錄。chrom 須含 chr 字首，start/end 使用從 0 開始的半開區間；Ensembl 起點需減 1。返回行結構取決於軌道，truncated 反映上游限制；若提供 dataDownloadUrl，可用它獲取大規模資料。座標須為非負安全整數，並滿足 end > start；無效值會報錯，不會被取整或截到另一個位置。

欄位	型別	要求與約束
`track`	字串	必填
`chrom`	字串	必填
`start`	整數	必填; 最小值： 0; 最大值： 9007199254740991
`end`	整數	必填; 最小值： 0; 最大值： 9007199254740991
`genome`	字串	可選; 預設值： "hg38"
`max_rows`	整數	可選; 預設值： 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_track_data", {"track": "cpgIslandExt", "chrom": "chr7", "start": 140700000, "end": 140800000, "genome": "hg38"})

`ucsc_conservation`

讀取 UCSC phyloP／phastCons 保守性軌道的區域統計。chrom 使用 chr 字首，start/end 為從 0 開始的半開區間，跨度最多 100000 bp。預設 genome=hg38；預設軌道分別為 hg19: phyloP100wayAll、hg38: phyloP100way、mm10: phyloP60wayAll、mm39: phyloP35way。其他基因組保留 phyloP100way 回退，但軌道可能不存在，應先用 ucsc_list_tracks 核對。include_values 可返回受 max_values 限制的逐鹼基資料。統計按覆蓋的鹼基跨度加權並裁剪到視窗；未覆蓋位置降低 coverage_fraction，不作為零分處理。上游結果截斷或非數值軌道會報錯。

欄位	型別	必填與約束
`chrom`	string	必填
`start`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 9007199254740991
`end`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 9007199254740991
`genome`	string	可選; default: "hg38"
`track`	string	可選
`include_values`	boolean	可選; default: false
`max_values`	integer	可選; default: 2000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_conservation", {"chrom": "chr7", "start": 140753330, "end": 140753380, "track": "phyloP100way"})

`ucsc_tfbs_clusters`

獲取指定區域重疊的 ENCODE 轉錄因子結合位點聚類。支援 hg38 或 hg19 對應軌道；座標從 0 開始、右端不含。返回因子集合、聚類位置、分數、支援實驗數和截斷狀態，便於進一步檢查支援證據。座標須為非負安全整數，並滿足 end > start；無效值會報錯，不會被取整或截到另一個位置。

欄位	型別	要求與約束
`chrom`	字串	必填
`start`	整數	必填; 最小值： 0; 最大值： 9007199254740991
`end`	整數	必填; 最小值： 0; 最大值： 9007199254740991
`genome`	字串	可選; 預設值： "hg38"
`max_rows`	整數	可選; 預設值： 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_tfbs_clusters", {"chrom": "chr7", "start": 140699000, "end": 140760000, "genome": "hg38"})

`ucsc_chrom_sizes`

獲取 UCSC 組裝的染色體與 contig 名稱、長度，可按名稱篩選。返回組裝總數、篩選後數量和截斷標誌；長度用於校驗座標，不能把備用或未定位序列誤作主染色體。

欄位	型別	要求與約束
`genome`	字串	可選; 預設值： "hg38"
`filter_text`	字串	可選
`max_chroms`	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_chrom_sizes", {"genome": "hg38", "filter_text": "chr1", "max_chroms": 25})

`clustalo_submit`

向 EMBL-EBI Clustal Omega 提交至少三條蛋白質、DNA 或 RNA FASTA 序列，記錄名稱必須唯一；最多 4000 條或 4 MiB。返回 job_id 後儲存並查詢狀態，再獲取結果。預設 outfmt=clustal_num，包含位置編號。需在 Settings → Privacy → Share contact email with research data services 配置有效聯絡郵箱。序列會傳送到 EMBL-EBI，輸入和結果可能儲存在會話或 Notebook 中。響應丟失不等於未提交，不要自動重提。結果保留期由提供方控制，文件說明最長約一週；應用退出僅停止本地請求，不取消遠端任務。每批最多 30 個任務，等處理或獲取結果後再提交下一批；聯結器不跨呼叫限流。

欄位	型別	必填與約束
`sequence`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 4194304
`stype`	string	必填; enum: ["protein", "dna", "rna"]
`outfmt`	string	可選; enum: ["clustal_num"]
`title`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 200
`dealign`	boolean	可選
`order`	string	可選; enum: ["aligned", "input"]

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_submit", {"sequence": ">human\nMKT\n>mouse\nMRT\n>rat\nMRT\n", "stype": "protein"})

`clustalo_status`

查詢一次已有 Clustal Omega 任務，不自動輪詢或等待。至少間隔 10 秒再查，直到 FINISHED、ERROR、FAILURE 或 NOT_FOUND。重啟後保留原 job_id 繼續查詢。

欄位	型別	必填與約束
`job_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 128

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_status", {"job_id":"clustalo-I20240923-000000-0000-0000000-p1m"})

`clustalo_results`

獲取已完成任務的 clustal_num 原始比對檔案，使用提交返回的相同 outfmt。返回比對內容與建議檔名，需由呼叫者儲存。結果上限 8 MiB；QUEUED／RUNNING 時返回 ready:false 與重試提示，失敗保留 job_id 供診斷，不自動重試或重提。結果可能在約一週內過期，應及時儲存；應用退出不取消遠端任務。

欄位	型別	必填與約束
`job_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 128
`outfmt`	string	必填; enum: ["clustal_num"]

const result = await host.mcp("genomes", "clustalo_results", {"job_id":"clustalo-I20240923-000000-0000-0000000-p1m", "outfmt":"clustal_num"})

`ensembl_ld_pairwise`

在明確指定的人群中查詢兩個變異的連鎖不平衡 r² 與 D′。必須提供完整 population_name，不會自動識別人群或祖源；species 預設 homo_sapiens。保留返回的變異識別符號、人群、參考面板、查詢 URL 和時間。該介面不報告參考基因組或 Ensembl 版本，對應欄位為 null。空結果表示未返回資料，不能解釋為零 LD；高 LD 不等於因果關係。

欄位	型別	必填與約束
`variant_id1`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`variant_id2`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`population_name`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`species`	string	可選; default: "homo_sapiens"; minLength: 1; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_ld_pairwise", {"variant_id1": "rs6792369", "variant_id2": "rs1042779", "population_name": "1000GENOMES:phase_3:KHV"})

`ensembl_ld_proxies`

查詢指定變異在人群中的鄰近 LD 代理變異。population_name 必填；min_r2 預設 0.8，min_d_prime 預設 0，閾值均包含邊界。window_size 是以變異為中心的視窗總寬度，單位 kb，預設 500，即兩側各約 250 kb。先按 r²、D′ 降序和變異 ID 排序，再按 max_records 限制輸出；它不限制上游計算或下載量。n_proxies 為截斷前滿足條件的非自身記錄數，座標為 1-based inclusive。空結果不代表零 LD，高 LD 也不代表功能等價或因果。參考基因組及 Ensembl 版本未由介面提供，保留 null。

欄位	型別	必填與約束
`variant_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`population_name`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`species`	string	可選; default: "homo_sapiens"; minLength: 1; pattern: "\S"
`min_r2`	number	可選; default: 0.8; minimum: 0; maximum: 1
`min_d_prime`	number	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1
`window_size`	integer	可選; default: 500; minimum: 1; maximum: 500
`max_records`	integer	可選; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_ld_proxies", {"variant_id": "rs1042779", "population_name": "1000GENOMES:phase_3:KHV", "min_r2": 0.8, "window_size": 500, "max_records": 100})

變異

展開操作與引數

gnomAD 座標規則：同時記錄資料集固定標識與參考組裝。短變異的基因/區域查詢中，r2.1/ExAC 使用 GRCh37，r3/r4 使用 GRCh38；結構變異的基因查詢使用 gnomad_sv_r2_1（GRCh37）或 gnomad_sv_r4（GRCh38）；修改資料集不會轉換輸入座標。gene_constraint 和 gnomAD 的 ClinVar 映象固定使用 GRCh38 查詢基因，不接收 dataset 引數。線粒體查詢的父級定位也固定為 GRCh38；必須選擇基因或成對且有序的區域邊界，不能混用。區域邊界須為 1—999,999,999 的整數。百萬鹼基差值上限屬於 region_variants，不是另一個線粒體限制。結構變異 ID 必須與其所屬的 SV 資料集配套。

`get_variant`

按 chrom-pos-ref-alt 查詢 gnomAD 短變異。座標必須對應資料集組裝：r3/r4 為 GRCh38，r2.1/ExAC 為 GRCh37；rsID 先經 search_variants 解析。include_populations 為 true 時附加可用人群計數與頻率。保留資料集、等位基因計數和質量過濾；罕見本身不能確定致病性。

欄位	型別	要求與約束
`variant_id`	字串	必填
`dataset`	字串	可選; 預設值: "gnomad_r4"; 列舉: ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]
`include_populations`	布林值	可選; 預設值: false

const result = await host.mcp("variants", "get_variant", {"variant_id": "19-44908822-C-T", "dataset": "gnomad_r4"})

`search_variants`

在 gnomAD 中按 rsID、變異 ID 或字首搜尋，返回可供 get_variant 使用的 chrom-pos-ref-alt 標識。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`dataset`	字串	可選; 預設值： "gnomad_r4"; 列舉： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "search_variants", {"query": "rs7412", "dataset": "gnomad_r4"})

`gene_variants`

列出一個基因內的全部 gnomAD 短變異。基因邊界與變異座標使用所選資料集的參考組裝：r2.1/ExAC 為 GRCh37，r3/r4 為 GRCh38。大基因可能返回數千行。gene_symbol（HGNC 符號，如 APOE）和 gene_id（Ensembl ID，如 ENSG00000130203）必須二選一。

欄位	型別	要求與約束
`gene_symbol`	字串	可選
`gene_id`	字串	可選
`dataset`	字串	可選; 預設值： "gnomad_r4"; 列舉： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "gene_variants", {"gene_symbol": "APOE", "dataset": "gnomad_r4"})

`gene_constraint`

獲取 gnomAD 基因約束指標，包括 pLI、功能缺失/錯義/同義變異的觀測期望比、90% 置信區間和 z 分數。gene_symbol 與 gene_id 二選一；結合指標定義與資料集解釋基因對變異的耐受性。

欄位	型別	要求與約束
`gene_symbol`	字串	可選
`gene_id`	字串	可選

const result = await host.mcp("variants", "gene_constraint", {"gene_symbol": "TP53"})

`region_variants`

列出指定區域內的全部 gnomAD 短變異。chrom 接受 1—22、X、Y，也接受可選的 chr 字首和小寫 x/y。start/stop 為從 1 開始的閉區間整數，範圍 1—999,999,999；必須滿足 start ≤ stop 且 stop − start ≤ 1,000,000。r2.1/ExAC 使用 GRCh37，r3/r4 使用 GRCh38。輸入座標必須已採用相應組裝；選擇資料集不會自動進行 liftover。

欄位	型別	要求與約束
`chrom`	字串	必填
`start`	整數	必填; 最小值： 1; 最大值： 999999999
`stop`	整數	必填; 最小值： 1; 最大值： 999999999
`dataset`	字串	可選; 預設值： "gnomad_r4"; 列舉： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "region_variants", {"chrom": "1", "start": 55039475, "stop": 55064852, "dataset": "gnomad_r4"})

`liftover_variant`

透過 gnomAD 對映表在 GRCh37 與 GRCh38 間轉換變異 ID。source_build 必須匹配輸入座標；方向錯誤可能得到零結果，而非報錯。

欄位	型別	要求與約束
`variant_id`	字串	必填
`source_build`	字串	可選; 預設值： "GRCh37"; 列舉： ["GRCh37", "GRCh38"]

const result = await host.mcp("variants", "liftover_variant", {"variant_id": "1-55516888-G-GA", "source_build": "GRCh37"})

`clinvar_variants`

獲取 gnomAD 映象中的基因 ClinVar 變異，包含臨床意義、稽核狀態和星級。clinvar_release_date 標識所用快照；gene_symbol 與 gene_id 二選一。

欄位	型別	要求與約束
`gene_symbol`	字串	可選
`gene_id`	字串	可選

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variants", {"gene_symbol": "BRCA1"})

`structural_variants`

列出 gnomAD 中與基因重疊的結構變異。gene_symbol 與 gene_id 二選一；dataset 需選擇對應的 SV 資料釋出，且組裝與變異 ID 均隨釋出變化。

欄位	型別	要求與約束
`gene_symbol`	字串	可選
`gene_id`	字串	可選
`dataset`	字串	可選; 預設值： "gnomad_sv_r4"; 列舉： ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "structural_variants", {"gene_symbol": "TP53", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

`get_structural_variant`

按釋出專屬 SV ID 查詢 gnomAD 結構變異。dataset 必須與該 ID 的來源釋出一致，不能跨釋出直接複用 ID。

欄位	型別	要求與約束
`sv_id`	字串	必填
`dataset`	字串	可選; 預設值： "gnomad_sv_r4"; 列舉： ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "get_structural_variant", {"sv_id": "DEL_CHR17_A5250EA9", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

`mitochondrial_variants`

按線粒體基因或 chrM 座標區間查詢 gnomAD 線粒體變異，保留異質性相關計數。只支援 GRCh38 的 gnomad_r3 和 gnomad_r4，不能使用 r2.1 或 ExAC。基因與區間二選一；未知基因返回 gene_id=null、原查詢和空列表。

欄位	型別	必填與約束
`gene_symbol`	string	可選
`gene_id`	string	可選
`region_start`	integer	可選; minimum: `1`; maximum: `999999999`
`region_stop`	integer	可選; minimum: `1`; maximum: `999999999`
`dataset`	string	可選; default: `"gnomad_r4"`; enum: `["gnomad_r4", "gnomad_r3"]`

const result = await host.mcp("variants", "mitochondrial_variants", {"gene_symbol": "MT-TL1", "dataset": "gnomad_r4"})

NCBI 聯絡郵箱在 Settings → Credentials → Literature access → Contact email 中儲存，下方 ClinVar/dbSNP 查詢使用此配置。

`clinvar_search`

直接檢索 NCBI ClinVar，返回變異、臨床意義、稽核狀態和星級。須配置供科研資料服務使用的聯絡郵箱。query 支援 Entrez 欄位與布林語法；返回總數及截斷標誌。上游繁忙出現 HTTP 500 時，可稍後重試一次。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`max_records`	整數	可選; 預設值： 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_search", {"query": "BRCA1 pathogenic[CLIN_SIG]", "max_records": 50})

`clinvar_get_records`

批次獲取 ClinVar VCV、RCV 或裸 variation ID 的完整記錄，最多 50 項，支援帶版本 VCV。需要聯絡郵箱；RCV 會解析到父 VCV。rsID 應使用 clinvar_variant_by_rsid；未找到輸入會明確列出。

欄位	型別	要求與約束
`accessions`	['字串', '陣列']	必填

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_get_records", {"accessions": ["VCV000045122", "RCV000019428", "45123"]})

`clinvar_variant_by_rsid`

按 dbSNP rsID 獲取所有關聯的 ClinVar variation 記錄。需要聯絡郵箱；一個 rsID 可能對應多個替代等位基因的 VCV。total 是實際匹配總數，truncated 標記截斷；零結果表示未找到關聯記錄。

欄位	型別	要求與約束
`rsid`	字串	必填
`max_records`	整數	可選; 預設值： 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variant_by_rsid", {"rsid": "rs121913529", "max_records": 50})

`dbsnp_get_rsids`

批次獲取 dbSNP RefSNP 記錄，最多 20 個 rsID。需要聯絡郵箱，否則返回 contact_email_required。包含組裝定位、等位基因、群體頻率和 ClinVar 關聯；not_found 與超時未處理的 not_processed 分開列出。merged 狀態應繼續查詢 merged_into。定位為從 1 開始的座標，SPDI 使用從 0 開始的鹼基間座標。

欄位	型別	要求與約束
`rsids`	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_get_rsids", {"rsids": ["rs7412", "rs429358"]})

`dbsnp_search_by_region`

按區域查詢 dbSNP rsID。需要聯絡郵箱；座標從 1 開始且包含終點，最長 1 Mb，必須匹配 assembly。返回總數、返回數、截斷狀態及實際 Entrez 查詢；取得 ID 後可每批最多 20 項呼叫 dbsnp_get_rsids。

欄位	型別	要求與約束
`chrom`	字串	必填
`start`	整數	必填
`stop`	整數	必填
`assembly`	字串	可選; 預設值： "GRCh38"; 列舉： ["GRCh38", "GRCh37"]
`max_rsids`	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_search_by_region", {"chrom": "19", "start": 44905000, "stop": 44910000, "assembly": "GRCh38"})

`mavedb_search_score_sets`

按基因、蛋白或實驗關鍵詞搜尋公開 MaveDB 變異效應實驗分數集。無需 API key 或聯絡郵箱。返回一頁及可用的上游總數；功能分數依賴實驗，不是臨床分類或群體頻率。

欄位	型別	必填與約束
`text`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 1000; pattern: "\S"
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000000
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_search_score_sets", {"text":"BRCA1","limit":20})

`mavedb_get_score_set`

按 URN 獲取公開分數集的靶標、實驗、許可、論文和關聯實驗資訊，並提供完整 CSV 及變異對映的官方手動下載 URL。解釋分數前閱讀實驗方法和校準資訊。

欄位	型別	必填與約束
`urn`	string	必填; pattern: "^urn:mavedb:[0-9]{8}-(?:[a-z]+\|0)-[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_score_set", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1"})

`mavedb_download_scores`

獲取一頁原始 CSV 分數文字（預設 1000 行，最多 10000 行），使用 start/limit，不使用 offset。保留全部分數列和 NA；需要另外儲存成檔案。按 numVariants 規劃分頁，一頁不等於完整資料；也可使用返回的官方 URL 手動下載完整檔案。

欄位	型別	必填與約束
`urn`	string	必填; pattern: "^urn:mavedb:[0-9]{8}-(?:[a-z]+\|0)-[1-9][0-9]*$"
`start`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000000
`limit`	integer	可選; default: 1000; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_download_scores", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1","start":0,"limit":1000})

`mavedb_get_mapped_variants`

讀取 MaveDB 已有的 GA4GH VRS 變異對映，包括參考序列、VRS 版本和失敗記錄；不會提交變異或執行 liftover。介面不分頁，受共享的 64 MiB 響應限制；大型資料可從分數集詳情取得官方 URL 手動下載。404 也可能表示沒有對映記錄。

欄位	型別	必填與約束
`urn`	string	必填; pattern: "^urn:mavedb:[0-9]{8}-(?:[a-z]+\|0)-[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_mapped_variants", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a-1"})

`mavedb_get_experiment`

按不帶分數集字尾的實驗 URN 獲取公開實驗方法、論文、實驗集合及 scoreSetUrns，支援 -0 元分析實驗，無需認證。

欄位	型別	必填與約束
`urn`	string	必填; pattern: "^urn:mavedb:[0-9]{8}-(?:[a-z]+\|0)$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_experiment", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a"})

`mavedb_get_experiment_score_sets`

列出公開實驗中可見的分數集。上游會按可見性和替代關係篩選，這不是完整版本歷史；結果不分頁。404 也可能表示沒有可用的關聯分數集。

欄位	型別	必填與約束
`urn`	string	必填; pattern: "^urn:mavedb:[0-9]{8}-(?:[a-z]+\|0)$"

const result = await host.mcp("variants", "mavedb_get_experiment_score_sets", {"urn":"urn:mavedb:00000003-a"})

`clinvar_get_submissions`

讀取 ClinVar VCV 記錄中的逐條 SCV 提交證據，需要已有 NCBI 聯絡郵箱，API key 可選。accession 接受可帶版本號的 VCV 或正整數 Variation ID，不接受 RCV、SCV 或 rsID。首頁未指定版本時解析最新版本；後續分頁沿返回的 next_page 引數固定版本。保留提交者、條件、評估日期、斷言方法、觀測和引用，分別比較胚系、體細胞臨床影響及致癌性分類，不能將不同型別或疾病的標籤直接視為衝突。缺失欄位保留 null 或空列表；間接 Included 記錄不是該 VCV 的直接 SCV 證據，查詢異常不代表不存在提交。

欄位	型別	必填與約束
`accession`	string	必填
`max_submissions`	integer	可選; default: 200; minimum: 1; maximum: 200
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_get_submissions", {"accession":"VCV000045122"})

臨床試驗

展開操作與引數

`search_trials`

檢索 ClinicalTrials.gov，可按疾病、干預、申辦方、地點、狀態、階段和研究型別篩選。文字欄位支援 Essie 查詢語法；page_token 用於翻頁，count_total 請求總數，advanced_query 可補充高階表示式。

欄位	型別	要求與約束
`condition`	字串	可選
`intervention`	字串	可選
`sponsor`	字串	可選
`location`	字串	可選
`status`	字串陣列	可選
`phase`	字串陣列	可選
`study_type`	字串	可選; 列舉： ["INTERVENTIONAL", "OBSERVATIONAL", "EXPANDED_ACCESS"]
`advanced_query`	字串	可選
`page_size`	整數	可選; 預設值： 10; 最小值： 1; 最大值： 1000
`page_token`	字串	可選
`count_total`	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_trials", {"condition": "lung cancer", "status": ["RECRUITING"], "phase": ["PHASE3"], "count_total": true, "page_size": 10})

`get_trial_details`

按 NCT ID 獲取臨床試驗的資格條件、研究設計、終點、地點、申辦方、日期、入組人數和結果連結。ID 為 NCT 加八位數字，裸數字會補字首。

欄位	型別	要求與約束
`nct_id`	字串	必填

const result = await host.mcp("clinical-trials", "get_trial_details", {"nct_id": "NCT03661411"})

`search_by_sponsor`

按申辦公司或機構名稱部分匹配試驗，可進一步限制疾病、階段和狀態。用 page_token 翻頁，count_total 獲取匹配總數。

欄位	型別	要求與約束
`sponsor_name`	字串	必填
`condition`	字串	可選
`phase`	字串陣列	可選
`status`	字串陣列	可選
`page_size`	整數	可選; 預設值： 10; 最小值： 1; 最大值： 1000
`page_token`	字串	可選
`count_total`	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_sponsor", {"sponsor_name": "Pfizer", "phase": ["PHASE3"], "count_total": true})

`search_investigators`

按疾病、機構、地點或姓名查詢研究者和研究中心。institution 優先於 location；返回聯絡人、角色、機構、地點及 NCT ID。page_size 限制掃描的試驗數量。

欄位	型別	要求與約束
`condition`	字串	可選
`institution`	字串	可選
`location`	字串	可選
`investigator_name`	字串	可選
`status`	字串陣列	可選
`page_size`	整數	可選; 預設值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_investigators", {"condition": "Alzheimer", "institution": "Mayo Clinic", "page_size": 20})

`analyze_endpoints`

分析主要、次要及其他終點。nct_id 對應單試驗路線，condition 對應跨試驗彙總；同時給出時優先 nct_id。彙總可限制階段和起始日期，結果範圍受 page_size 限制。

欄位	型別	要求與約束
`nct_id`	字串	可選
`condition`	字串	可選
`phase`	字串陣列	可選
`start_date_after`	字串	可選
`page_size`	整數	可選; 預設值： 50; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "analyze_endpoints", {"nct_id": "NCT03661411"})

`search_by_eligibility`

按 ClinicalTrials.gov 納入條件搜尋臨床試驗，核對年齡邊界與生物學性別篩選。返回記錄需繼續閱讀原始納入與排除條件，搜尋匹配不能代替實際入組判斷。

欄位	型別	要求與約束
`condition`	字串	可選
`eligibility_keywords`	字串	可選
`min_age`	字串	可選
`max_age`	字串	可選
`sex`	字串	可選; 列舉: ["ALL", "MALE", "FEMALE"]
`status`	字串陣列	可選
`page_size`	整數	可選; 預設值: 10; 最小值: 1; 最大值: 1000
`page_token`	字串	可選

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_eligibility", {"condition": "diabetes", "min_age": "65 Years", "sex": "FEMALE"})

`get_trial_results`

按 NCT 標識符讀取已經公佈的試驗結果。接受大小寫不同的 NCT 或八位數字；保留結局測量、分組人數和分母、單位、統計分析、受試者流程、基線特徵、不良事件及報告限制。嵌套字段保留官方 API 命名和層級。groupId/groupIds 只能與同一模塊或結局中的分組關聯，不能直接與方案組或其他模塊拼接。缺失結果不等於零事件或無治療效果。

字段	類型	要求與限制
`nct_id`	string	必填

const result = await host.mcp("clinical-trials", "get_trial_results", {"nct_id": "NCT04280705"})

臨床基因組學

展開操作與引數

`clingen_gene_validity`

查詢 ClinGen 基因與疾病關係有效性評估，涵蓋 Definitive、Strong、Moderate、Limited、Disputed 等等級。省略 gene 時列出全部評估。

欄位	型別	要求與約束
`gene`	字串	可選

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_gene_validity", {"gene": "BRCA2"})

`clingen_dosage_sensitivity`

查詢 ClinGen 劑量敏感性評估，包括單倍劑量不足和三倍劑量敏感性，可包含 ISCA 區域。基因符號或 ISCA ID 精確篩選；省略則返回全表。

欄位	型別	要求與約束
`gene`	字串	可選
`include_regions`	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_dosage_sensitivity", {"gene": "TP53"})

`clingen_actionability`

查詢 ClinGen 臨床可干預性評估，包括疾病、干預與結局，以及嚴重性、可能性、有效性和干預性質評分。基因篩選可匹配多基因主題中的任一成員。

欄位	型別	要求與約束
`gene`	字串	可選
`context`	字串	可選; 預設值： "both"; 列舉： ["adult", "pediatric", "both"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_actionability", {"gene": "BRCA1", "context": "adult"})

`clingen_variant_classifications`

獲取 ClinGen ERepo 專家組依據 ACMG 標準給出的變異分類。gene、caid、hgvs 必須且只能提供一項；完整獲取匹配記錄。

欄位	型別	要求與約束
`gene`	字串	可選
`caid`	字串	可選
`hgvs`	字串	可選

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_variant_classifications", {"gene": "BRCA1"})

`civic_search_genes`

按精確 Entrez 符號查詢 CIViC 基因，完整分頁並核對數量。返回的 CIViC gene ID 可用於 civic_gene_variants。

欄位	型別	要求與約束
`entrez_symbol`	字串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_genes", {"entrez_symbol": "BRAF"})

`civic_gene_variants`

按 CIViC gene ID 獲取該基因全部變異，完整分頁並按變異 ID 排序。

欄位	型別	要求與約束
`gene_id`	整數	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_gene_variants", {"gene_id": 5})

`civic_get_variant`

按 CIViC variant ID 獲取別名、型別、基因關聯及適用的座標；不存在時 found 為 false。

欄位	型別	要求與約束
`variant_id`	整數	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_variant", {"variant_id": 12})

`civic_search_variants`

按名稱子串檢索 CIViC 變異，可限定 CIViC gene ID；完整分頁並按變異 ID 排序。

欄位	型別	要求與約束
`name`	字串	必填
`gene_id`	整數	可選

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_variants", {"name": "V600", "gene_id": 5})

`civic_get_evidence_item`

獲取一個 CIViC 證據條目，包含疾病/治療背景、證據等級 A–E、型別、方向、臨床意義、評分和來源；不存在時 found 為 false。

欄位	型別	要求與約束
`evidence_id`	整數	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_evidence_item", {"evidence_id": 1409})

`civic_search_evidence`

按篩選條件檢索 CIViC 證據，完整分頁並核對數量。列舉值必須原樣使用 GraphQL 定義，如 SUPPORTS、DOES_NOT_SUPPORT、ACCEPTED。至少給出一個條件，避免無條件遍歷整個證據庫。

欄位	型別	要求與約束
`disease_name`	字串	可選
`therapy_name`	字串	可選
`evidence_level`	字串	可選
`evidence_type`	字串	可選
`evidence_direction`	字串	可選
`significance`	字串	可選
`variant_origin`	字串	可選
`evidence_rating`	整數	可選
`status`	字串	可選
`molecular_profile_name`	字串	可選
`molecular_profile_id`	整數	可選
`variant_id`	整數	可選
`disease_id`	整數	可選
`therapy_id`	整數	可選
`phenotype_id`	整數	可選
`source_id`	整數	可選
`assertion_id`	整數	可選

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_evidence", {"disease_name": "melanoma", "evidence_level": "A"})

`civic_get_assertion`

獲取一個 CIViC 專家斷言，包含分子譜在疾病/治療背景下的證據彙總、AMP/ASCO/CAP 分級、ACMG/ClinGen 程式碼及適用的伴隨診斷標誌；不存在時 found 為 false。

欄位	型別	要求與約束
`assertion_id`	整數	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_assertion", {"assertion_id": 7})

`civic_search_assertions`

檢索 CIViC 專家斷言，支援型別、方向、等級和狀態組合篩選；完整分頁、核對數量並按 ID 排序。無篩選條件會遍歷整個集合。

欄位	型別	要求與約束
`disease_name`	字串	可選
`therapy_name`	字串	可選
`assertion_type`	字串	可選
`assertion_direction`	字串	可選
`significance`	字串	可選
`amp_level`	字串	可選
`status`	字串	可選
`molecular_profile_name`	字串	可選
`molecular_profile_id`	整數	可選
`variant_id`	整數	可選
`variant_name`	字串	可選
`disease_id`	整數	可選
`therapy_id`	整數	可選
`phenotype_id`	整數	可選
`evidence_id`	整數	可選
`summary`	字串	可選

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_assertions", {"disease_name": "melanoma"})

`civic_get_molecular_profile`

按 ID 獲取 CIViC 分子譜，包括名稱、評分和組成變異；證據與斷言關聯到該變異組合。不存在時 found 為 false。

欄位	型別	要求與約束
`mp_id`	整數	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_molecular_profile", {"mp_id": 12})

`civic_search_molecular_profiles`

按名稱子串檢索 CIViC 分子譜，完整分頁並按 ID 排序。

欄位	型別	要求與約束
`name`	字串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_molecular_profiles", {"name": "BRAF V600E"})

`civic_search_diseases`

按名稱子串檢索 CIViC 疾病，返回 DOID 與名稱，完整分頁並按 ID 排序。

欄位	型別	要求與約束
`name`	字串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_diseases", {"name": "melanoma"})

`civic_search_therapies`

按名稱子串檢索 CIViC 治療，返回 NCIt ID 與名稱，完整分頁並按 ID 排序。

欄位	型別	要求與約束
`name`	字串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_therapies", {"name": "vemurafenib"})

`open_targets_graphql`

向 Open Targets Platform 提交 GraphQL 查詢，可查詢靶標、疾病、藥物、關聯、證據、可成藥性與安全性。支援內省查詢；上游 knownDrugs 欄位已改名為 drugAndClinicalCandidates。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`variables`	物件	可選

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_graphql", {"query": "query($id: String!){ target(ensemblId: $id){ approvedSymbol associatedDiseases{ count } } }", "variables": {"id": "ENSG00000157764"}})

`open_targets_disease_drugs`

按疾病本體 ID 獲取 Open Targets 的已知或在研藥物，封裝 Disease.drugAndClinicalCandidates。efo_id 可為 EFO、MONDO 等 ID。

欄位	型別	要求與約束
`efo_id`	字串	必填
`size`	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_drugs", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

`open_targets_disease_targets`

按 Open Targets 綜合關聯分數，獲取疾病關聯排名靠前的靶標。efo_id 使用疾病本體 ID。

欄位	型別	要求與約束
`efo_id`	字串	必填
`size`	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_targets", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

`open_targets_drug`

按 ChEMBL ID 獲取 Open Targets 藥物詳情，包括名稱、型別、最高臨床階段及靶標/作用機制。

欄位	型別	要求與約束
`chembl_id`	字串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_drug", {"chembl_id": "CHEMBL1201583"})

`clinpgx_search_chemicals`

按 ClinPGx accession ID 或名稱解析藥物／化學物質，再查詢關聯註釋。

至少提供一組：accessionId / name.

欄位	型別	必填與約束
`accessionId`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`name`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可選; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_chemicals", {"name": "warfarin", "view": "max"})

`clinpgx_search_genes`

按 ClinPGx accession ID 或 HGNC 符號解析基因記錄。

至少提供一組：accessionId / symbol.

欄位	型別	必填與約束
`accessionId`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`symbol`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可選; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_genes", {"symbol": "VKORC1", "view": "max"})

`clinpgx_search_summary_annotations`

查詢藥物、基因和變異關聯的臨床註釋，可按返回的證據等級篩選。保留來源記錄與等級，不能將資料庫匹配直接當作個體用藥建議。

至少提供一組：relatedChemicals.accessionId / relatedChemicals.name / location.genes.symbol / location.fingerprint / id.

欄位	型別	必填與約束
`id`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`relatedChemicals.accessionId`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`relatedChemicals.name`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`location.genes.symbol`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`location.fingerprint`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可選; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]
`levelOfEvidence.term`	string	可選; enum: ["1A", "1B", "2A", "2B", "3", "4"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_summary_annotations", {"relatedChemicals.name": "warfarin", "location.genes.symbol": "VKORC1", "levelOfEvidence.term": "1A", "view": "max"})

`clinpgx_get_summary_annotation`

用數字記錄 ID 獲取一條 ClinPGx 臨床註釋，包含關聯物件、表型與證據等級。

欄位	型別	必填與約束
`id`	number	必填; minimum: 1
`view`	string	可選; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_summary_annotation", {"id": 655385012, "view": "max"})

`clinpgx_search_variant_annotations`

按基因符號或變異 fingerprint（常見為 rsID）查詢變異註釋。

至少提供一組：location.genes.symbol / location.fingerprint.

欄位	型別	必填與約束
`location.genes.symbol`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`location.fingerprint`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可選; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_variant_annotations", {"location.fingerprint": "rs1799853", "view": "max"})

`clinpgx_search_guideline_annotations`

檢索 ClinPGx 收錄的 CPIC、DPWG 或 PharmGKB/PRO 藥物基因組學指南註釋。閱讀原始指南的適用條件。

至少提供一組：source / relatedChemicals.accessionId / relatedGenes.accessionId.

欄位	型別	必填與約束
`source`	string	按上方條件提供; enum: ["cpic", "dpwg", "pro"]
`relatedChemicals.accessionId`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`relatedGenes.accessionId`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可選; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_guideline_annotations", {"source": "cpic", "relatedGenes.accessionId": "PA267", "view": "max"})

`clinpgx_search_drug_labels`

檢索 FDA、EMA、PMDA 或 Health Canada 的藥物基因組學藥品標籤記錄。

至少提供一組：source / relatedChemicals.accessionId / relatedChemicals.name / relatedGenes.accessionId / relatedGenes.symbol.

欄位	型別	必填與約束
`source`	string	按上方條件提供; enum: ["fda", "ema", "pmda", "hcsc"]
`relatedChemicals.accessionId`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`relatedChemicals.name`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`relatedGenes.accessionId`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`relatedGenes.symbol`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可選; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_drug_labels", {"source": "fda", "relatedChemicals.name": "clopidogrel", "view": "max"})

`clinpgx_search_variants`

按 dbSNP rsID 或其他變異符號解析 ClinPGx 變異。

欄位	型別	必填與約束
`symbol`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可選; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_search_variants", {"symbol": "rs1799853", "view": "max"})

`clinpgx_get_variant_frequency`

查詢指定變異 fingerprint（例如 rsID）的族群頻率；解釋時保留族群與來源範圍。

欄位	型別	必填與約束
`fp`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_variant_frequency", {"fp": "rs1799853"})

`clinpgx_get_drug_gene_variant`

查詢兩個物件之間的 ClinPGx connection report，例如藥物與基因；兩側分別提供一個標識資訊。藥物—基因—變異的臨床註釋應使用 summary annotation 操作。

本組至少提供一個：object1Id / object1Name / object1Type.

本組至少提供一個：object2Id / object2Name / object2Type.

欄位	型別	必填與約束
`object1Id`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`object1Name`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`object1Type`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`object2Id`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`object2Name`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`object2Type`	string	按上方條件提供; minLength: 1; pattern: "\S"
`view`	string	可選; default: "base"; enum: ["min", "base", "max"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clinpgx_get_drug_gene_variant", {"object1Name": "warfarin", "object1Type": "chemical", "object2Name": "VKORC1", "object2Type": "gene", "view": "max"})

`get_dgidb_gene_drugs`

按基因名稱查詢 DGIdb 藥物—基因相互作用。每頁返回一個匹配記錄，保留來源、版本、許可、相互作用類型、屬性和文獻證據。名稱可能匹配多條記錄；使用 next_cursor 繼續，不能把相互作用記錄當成用藥建議。

字段	類型	要求與限制
`name`	string	必填; 最短長度: 1; 最長長度: 200
`after`	string	可選; 最短長度: 1; 最長長度: 500

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "get_dgidb_gene_drugs", {"name": "BRAF"})

`get_dgidb_drug_genes`

按藥物名稱查詢 DGIdb 藥物—基因相互作用。每頁返回一個匹配記錄，保留來源、版本、許可、類型、屬性和文獻證據。名稱可能匹配多條記錄；使用 next_cursor 繼續。

字段	類型	要求與限制
`name`	string	必填; 最短長度: 1; 最長長度: 200
`after`	string	可選; 最短長度: 1; 最長長度: 500

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "get_dgidb_drug_genes", {"name": "IMATINIB"})

結構與相互作用

展開操作與引數

`emdb_get_entries`

獲取 EMDB 冷凍電鏡條目後設資料，接受 EMD-1234 或數字形式。包含方法、解析度、日期、樣本、擬合 PDB、引文及體素資訊；未報告值為 null。廢棄記錄含 is_obsolete 和 superseded_by，未知 ID 明確報 not_found。僅取後設資料，不下載密度圖體資料。

欄位	型別	要求與約束
`emdb_ids`	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entries", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "emd-3061", "1234"]})

`emdb_search_entries`

用 Solr 語法檢索 EMDB，分頁獲取精簡記錄。num_found_released 為服務報告的已釋出數量；搜尋也可能包含 OBS 廢棄記錄。released_complete 說明是否取得全部發布匹配，受 max_rows 和數量一致性影響。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`max_rows`	整數	可選; 預設值： 1000

const result = await host.mcp("structures", "emdb_search_entries", {"query": "title:\"apoferritin\" AND resolution:[0 TO 1.5]", "max_rows": 500})

`emdb_get_entry_section`

獲取 EMDB 指定後設資料章節：publications、map、sample 或 imaging。包括完整作者、密度圖引數、分子組成或顯微鏡實驗條件。未知條目明確返回 not_found；只需摘要時先用 emdb_get_entries。

欄位	型別	要求與約束
`emdb_ids`	字串陣列	必填
`section`	字串	必填; 列舉： ["publications", "map", "sample", "imaging"]

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entry_section", {"emdb_ids": ["EMD-11638"], "section": "imaging"})

`emdb_get_validation`

獲取 EMDB 驗證分析的數值指標，如 Q-score、原子包含率、等值面和模型/密度圖比例。僅返回上游實際計算的專案；缺失值為 null，無分析時 has_validation_analysis 為 false。

欄位	型別	要求與約束
`emdb_ids`	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_validation", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "EMD-3061"]})

`complexportal_get_complexes`

按 CPX 登入號獲取 Complex Portal 人工整理的複合物，包含名稱、物種、參與物、化學計量、角色、ECO/GO 和交叉引用。按輸入順序返回，未知 ID 列入 not_found。二元相互作用實驗依據應查 IntAct。

欄位	型別	要求與約束
`complex_acs`	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_get_complexes", {"complex_acs": ["CPX-2158", "CPX-2419"]})

`complexportal_search_by_participant`

按 UniProt、ChEBI 或 RNAcentral 參與物 ID 檢索 Complex Portal。participants_only 為 true 時僅匹配已整理的實際參與物；false 也匹配自由文字。完整分頁並核對數量，取得 ID 後用 complexportal_get_complexes 查詳情。

欄位	型別	要求與約束
`accession`	字串	必填
`participants_only`	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_search_by_participant", {"accession": "P69905", "participants_only": true})

`intact_fetch_interactions`

獲取匹配查詢的 IntAct 二元相互作用，支援 UniProt、符號、自由文字或 Solr 語法，並可按 MI 分數與物種篩選。完整獲取並核對總數後，max_records_returned 僅限制輸出行；records_truncated 標明輸出截斷。記錄包含互作雙方、檢測方法、實驗角色、分數和文獻。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`min_mi_score`	數值	可選; 預設值： 0
`max_mi_score`	數值	可選; 預設值： 1
`interactor_species`	字串陣列	可選
`max_records_returned`	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("structures", "intact_fetch_interactions", {"query": "P04637", "min_mi_score": 0.45, "interactor_species": ["Homo sapiens"], "max_records_returned": 200})

`intact_get_interactor`

將分子解析為全部匹配的 IntAct interactor 記錄。一個 UniProt 登入號可能對應標準蛋白、鏈或亞型，返回 n_matches，不自動只選一個。記錄含標識、物種、型別和相互作用數量。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interactor", {"query": "P04637"})

`intact_get_interaction_details`

按 IntAct interaction AC 獲取一條互作的完整整理資訊，包括方法、文獻、動力學/親和力、可信度和參與物角色。可關閉參與物詳情；未知 AC 返回 not_found。

欄位	型別	要求與約束
`interaction_ac`	字串	必填
`include_participants`	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interaction_details", {"interaction_ac": "EBI-15635490", "include_participants": true})

`intact_build_network`

圍繞 UniProt 種子蛋白構建一層 IntAct 網路。先完整獲取每個種子的互作，再在節點集合內擴充套件有限數量的夥伴；expansion.complete 為 false 時仍可能遺漏夥伴之間的邊。返回節點、邊和每個種子的獲取統計。種子較多會增加完整分頁請求量。

欄位	型別	要求與約束
`seed_accessions`	字串陣列	必填
`min_mi_score`	數值	可選; 預設值： 0.45
`max_interactors_expanded`	整數	可選; 預設值： 25
`interactor_species`	字串陣列	可選

const result = await host.mcp("structures", "intact_build_network", {"seed_accessions": ["P04637", "Q00987"], "min_mi_score": 0.45, "max_interactors_expanded": 25})

`pdb_search_structures`

按屬性組合檢索 RCSB PDB，至少提供一個條件，各條件為 AND。預設只檢索實驗結構，可用 include_computed_models 納入預測結構。返回 ID、相關性分數、總數和截斷狀態；需用 pdb_get_structures 獲取後設資料。

欄位	型別	要求與約束
`text`	字串	可選
`organism`	字串	可選
`taxonomy_id`	整數	可選
`uniprot_accession`	字串	可選
`experimental_method`	字串	可選
`max_resolution_angstrom`	數值	可選
`ligand_comp_id`	字串	可選
`include_computed_models`	布林值	可選; 預設值： false
`max_rows`	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_structures", {"uniprot_accession": "P04637", "experimental_method": "X-RAY DIFFRACTION", "max_rows": 50})

`pdb_get_structures`

批次獲取最多 25 個 PDB 條目的標題、方法、解析度、日期、狀態、實體/組裝數量、配體與引文。ID 不區分大小寫並去重；未知 ID 返回 not_found。僅返回後設資料，不下載座標檔案。

欄位	型別	要求與約束
`pdb_ids`	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {"pdb_ids": ["1TUP", "1tup", "6XYZ"]})

`pdb_get_entities`

獲取 PDB 聚合物實體、鏈、序列長度、物種和 UniProt 對映。每次最多 25 個實體，大組裝應從完整 ID 列表分批指定；明確子集時條目總數為 null。可加入序列，超出 max_bytes 時省略序列並說明原因，保留後設資料。

欄位	型別	要求與約束
`pdb_id`	字串	必填
`entity_ids`	字串陣列	可選
`include_sequences`	布林值	可選; 預設值： false
`max_bytes`	整數	可選; 預設值： 400000

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_entities", {"pdb_id": "1TUP", "include_sequences": true})

`pdb_get_ligands`

獲取 PDB 條目的非聚合物配體及化學屬性，不包括水。返回實際實體總數及截斷標誌，每次上限 25 個配體；部分缺失實體/組分單獨標為 not_found，無配體時返回空列表。

欄位	型別	要求與約束
`pdb_id`	字串	必填
`max_ligands`	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_ligands", {"pdb_id": "1TUP"})

`alphafold_get_prediction`

按 UniProt 登入號獲取 AlphaFold DB 預測結構後設資料。一個登入號可有多個模型或提供方；檢查 provider_id、tool_used、序列範圍、模型版本、pLDDT 與置信區間比例。返回座標、PAE、MSA 等可用下載 URL，不直接下載內容。無預測時 has_model 為 false。

欄位	型別	要求與約束
`uniprot_accession`	字串	必填
`include_sequence`	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_get_prediction", {"uniprot_accession": "P04637"})

`alphafold_check_coverage`

批次檢查最多 40 個不同 UniProt 登入號的 AlphaFold DB 覆蓋。空值和重複項單獨計數，結果按輸入順序返回，每項包含是否有模型及首個模型摘要；無模型和標識錯誤分別報告。

欄位	型別	要求與約束
`uniprot_accessions`	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_check_coverage", {"uniprot_accessions": ["P04637", "P38398", "Q9Y6K9"]})

`pdb_search_sequence`

用蛋白質氨基酸序列檢索 PDB 實驗結構。identity_cutoff 與 min_query_coverage 均為 0–1 的比例，按 E-value 和查詢序列覆蓋率篩選；覆蓋率不是結構中實際解析殘基的覆蓋率，保留聚合物實體及比對資訊；相似序列命中不證明結構或功能相同。

欄位	型別	必填與約束
`sequence`	string	必填; minLength: 25; maxLength: 50000
`identity_cutoff`	number	可選; default: 0.3; minimum: 0; maximum: 1
`evalue_cutoff`	number	可選; default: 0.1; exclusiveMinimum: 0
`min_query_coverage`	number	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1
`max_candidates`	integer	可選; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000
`max_rows`	integer	可選; default: 10; minimum: 1; maximum: 25

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_sequence", {"sequence": "MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQV", "identity_cutoff": 0.9, "min_query_coverage": 0.8, "max_rows": 10})

`omnipath_query_regulation`

按人類標準 UniProt accession 查詢 OmniPath 上游或下游調控。保留方向、激活與抑制衝突及複合物身份；不把複合物推斷成成對邊。結果有上限，不代表完整網絡或組織特異因果證據。

字段	類型	必填性與限制
`accession`	string	必填; pattern: "^(?:[OPQ][0-9][A-Z0-9]{3}[0-9]\|[A-NR-Z][0-9](?:[A-Z][A-Z0-9]{2}[0-9]){1,2})$"
`direction`	string	必填; enum: ["upstream", "downstream"]
`limit`	integer	可選; default: 10; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("structures", "omnipath_query_regulation", {"accession": "P00533", "direction": "upstream", "limit": 10})

`pdb_search_structure_similarity`

以已存檔 PDB 蛋白鏈查找三維相似的實驗結構鏈。使用 label_asym_id 而非作者鏈編號；返回上游分數，不進行座標上傳、結構比對或 RMSD 計算，結果可能包括查詢鏈自身。

字段	類型	必填性與限制
`pdb_id`	string	必填; pattern: "^[1-9][A-Za-z0-9]{3}$"
`label_asym_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 16; pattern: "^[A-Za-z0-9]+$"
`max_rows`	integer	可選; default: 10; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_structure_similarity", {"pdb_id": "1CLL", "label_asym_id": "A", "max_rows": 10})

`pdbe_get_validation`

查詢單個實驗 PDB 條目的 PDBe 質量分數和驗證統計，保留實驗方法及空值；缺失不是零分，也不能跨實驗方法直接排名。

字段	類型	必填性與限制
`pdb_id`	string	必填; maxLength: 4; pattern: "^[1-9][A-Za-z0-9]{3}$"

const result = await host.mcp("structures", "pdbe_get_validation", {"pdb_id": "1cbs"})

ChEMBL

展開操作與引數

`compound_search`

按名稱、ChEMBL ID 或 SMILES 檢索化合物，至少提供一種輸入。SMILES 配合 similarity_threshold 為相似性檢索，否則為子結構檢索；結構遍歷受上限約束並標註截斷。按適應證找藥物應使用 drug_search。

欄位	型別	要求與約束
`name`	字串	可選
`chembl_id`	字串	可選
`smiles`	字串	可選
`similarity_threshold`	整數	可選; 最小值： 70; 最大值： 100
`max_phase`	整數	可選; 列舉： [0, 1, 2, 3, 4]
`limit`	整數	可選; 預設值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "compound_search", {"name": "aspirin", "limit": 5})

`drug_search`

按 EFO 適應證檢索已批准藥物或臨床候選物，將適應證關聯到母體分子及撤市/黑框警告。only_approved 限制為 phase 4；可再按分子 ID、藥名和臨床階段篩選。

欄位	型別	要求與約束
`indication`	字串	必填
`drug_name`	字串	可選
`molecule_chembl_id`	字串	可選
`max_phase`	整數	可選; 列舉： [0, 1, 2, 3, 4]
`only_approved`	布林值	可選; 預設值： false
`limit`	整數	可選; 預設值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "drug_search", {"indication": "hypertension", "only_approved": true, "limit": 10})

`get_admet`

獲取 ChEMBL 結構計算屬性用於類藥性/ADMET 初篩，包括 ALogP、分子量、PSA、氫鍵供受體、旋轉鍵、規則違反數和 QED。這些是計算屬性，不是實驗 ADMET 測量。

欄位	型別	要求與約束
`molecule_chembl_id`	字串	必填

const result = await host.mcp("chembl", "get_admet", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

`get_bioactivity`

查詢 ChEMBL 活性測量值，可按化合物、靶標、assay_chembl_id、活性型別、pChEMBL 下限、測量範圍和單位過濾。每頁按 activity_id 排序；保持過濾條件不變，用 next_offset 作為下一頁 offset，直至 has_more 為 false，可讀取超過 1000 條記錄。summary 僅總結當前頁，truncated 不是停止翻頁依據；缺少上游總數時 total 的回退頁數不是已驗證總量。比較數值前用 get_assay 核對實驗條件。

欄位	型別	必填與約束
`molecule_chembl_id`	string	可選
`target_chembl_id`	string	可選
`assay_chembl_id`	string	可選; minLength: 1; pattern: "^CHEMBL[0-9]+$"
`activity_type`	string	可選; enum: ["IC50", "EC50", "Ki", "Kd", "AC50", "GI50", "ED50", "Potency"]
`min_pchembl`	number	可選; minimum: 0; maximum: 14
`min_value`	number	可選
`max_value`	number	可選
`unit`	string	可選; enum: ["nM", "uM", "mM", "pM", "M"]
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 1000
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 9007199254740991

const result = await host.mcp("chembl", "get_bioactivity", {"molecule_chembl_id":"CHEMBL25","activity_type":"IC50","limit":10})

`get_mechanism`

獲取 ChEMBL 藥物或臨床候選物的作用機制。可按分子、靶標和 action_type 篩選；鹽形式無結果時嘗試母體分子。返回按 mec_id 排序的一頁及作用型別彙總。

欄位	型別	要求與約束
`molecule_chembl_id`	字串	可選
`target_chembl_id`	字串	可選
`action_type`	字串	可選; 列舉： ["INHIBITOR", "AGONIST", "ANTAGONIST", "BLOCKER", "MODULATOR", "OPENER", "ACTIVATOR", "POSITIVE ALLOSTERIC MODULATOR", "NEGATIVE ALLOSTERIC MODULATOR", "PARTIAL AGONIST", "INVERSE AGONIST"]
`limit`	整數	可選; 預設值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "get_mechanism", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

`target_search`

檢索 ChEMBL 生物靶標，包括蛋白、複合物、家族和物種。支援 ID、精確基因符號、名稱、物種或型別篩選；結果包含組成部分的 UniProt ID 和有上限的交叉引用。

欄位	型別	要求與約束
`target_name`	字串	可選
`gene_symbol`	字串	可選
`target_chembl_id`	字串	可選
`organism`	字串	可選
`target_type`	字串	可選; 列舉： ["SINGLE PROTEIN", "PROTEIN COMPLEX", "PROTEIN FAMILY", "ORGANISM", "TISSUE", "CELL-LINE", "NUCLEIC-ACID", "SUBCELLULAR"]
`limit`	整數	可選; 預設值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "target_search", {"gene_symbol": "EGFR", "organism": "Homo sapiens", "limit": 5})

`get_assay`

按 assay_chembl_id 查詢 ChEMBL 實驗描述、型別與格式、物種、細胞／組織、實驗引數、靶標與靶標歸屬置信度。confidence 描述靶標歸屬，不是測量質量；合併 IC50／Ki 前比較實驗條件。用相同 assay_chembl_id 呼叫 get_bioactivity 獲取測量值。只有有效空響應才表示 found:false，請求或響應異常不等於記錄不存在。

欄位	型別	必填與約束
`assay_chembl_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "^CHEMBL[0-9]+$"

const result = await host.mcp("chembl", "get_assay", {"assay_chembl_id":"CHEMBL1217643"})

bioRxiv

展開操作與引數

`get_categories`

列出 bioRxiv 學科類別及 API 使用的 slug，例如 cancer biology 對應 cancer_biology。檢索前用此操作確認合法類別。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_categories", {})

`search_preprints`

按日期和可選類別檢索 bioRxiv/medRxiv 預印本。日期範圍、recent_days、recent_count 三選一；都不提供時取最近 60 天。沒有關鍵詞檢索；用 cursor 翻頁。返回 DOI、標題、作者、日期、類別、版本和短摘要。

欄位	型別	要求與約束
`server`	字串	可選; 預設值： "biorxiv"; 列舉： ["biorxiv", "medrxiv"]
`category`	字串	可選; 列舉： ["animal behavior and cognition", "biochemistry", "bioengineering", "bioinformatics", "biophysics", "cancer biology", "cell biology", "clinical trials", "developmental biology", "ecology", "epidemiology", "evolutionary biology", "genetics", "genomics", "immunology", "microbiology", "molecular biology", "neuroscience", "paleontology", "pathology", "pharmacology and toxicology", "physiology", "plant biology", "scientific communication and education", "synthetic biology", "systems biology", "zoology"]
`date_from`	字串	可選
`date_to`	字串	可選
`recent_days`	整數	可選; 最小值： 1
`recent_count`	整數	可選; 最小值： 1
`limit`	整數	可選; 預設值： 10; 最小值： 1; 最大值： 100
`cursor`	整數	可選; 預設值： 0; 最小值： 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_preprints", {"recent_days": 30, "category": "neuroscience", "limit": 20})

`get_preprint`

按 DOI 獲取最新預印本的完整後設資料，包括作者、機構、摘要、許可、版本、資助、JATS XML 及 PDF/網頁連結；有期刊發表記錄時提供期刊 DOI。預印本本身未經同行評審。

欄位	型別	要求與約束
`doi`	字串	必填
`server`	字串	可選; 預設值： "biorxiv"; 列舉： ["biorxiv", "medrxiv"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_preprint", {"doi": "10.1101/339747"})

`search_published_preprints`

查詢後續發表於同行評審期刊的預印本及關聯 DOI。日期選擇規則同 search_preprints；include_details 可控制詳細程度。publisher 使用期刊 DOI 字首篩選，僅用於 bioRxiv 的該路線。

欄位	型別	要求與約束
`server`	字串	可選; 預設值： "biorxiv"; 列舉： ["biorxiv", "medrxiv"]
`publisher`	字串	可選
`include_details`	布林值	可選; 預設值： true
`date_from`	字串	可選
`date_to`	字串	可選
`recent_days`	整數	可選; 最小值： 1
`recent_count`	整數	可選; 最小值： 1
`limit`	整數	可選; 預設值： 10; 最小值： 1; 最大值： 100
`cursor`	整數	可選; 預設值： 0; 最小值： 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_published_preprints", {"publisher": "10.1038", "date_from": "2024-01-01", "date_to": "2024-01-05", "limit": 10})

`search_by_funder`

按資助方 ROR ID 或 URL 查詢預印本。必須給出明確日期範圍；資助後設資料自 2025-04-10 起提供。可限制類別並用 cursor 翻頁。

欄位	型別	要求與約束
`funder_ror_id`	字串	必填
`date_from`	字串	必填
`date_to`	字串	必填
`server`	字串	可選; 預設值： "biorxiv"; 列舉： ["biorxiv", "medrxiv"]
`category`	字串	可選; 列舉： ["animal behavior and cognition", "biochemistry", "bioengineering", "bioinformatics", "biophysics", "cancer biology", "cell biology", "clinical trials", "developmental biology", "ecology", "epidemiology", "evolutionary biology", "genetics", "genomics", "immunology", "microbiology", "molecular biology", "neuroscience", "paleontology", "pathology", "pharmacology and toxicology", "physiology", "plant biology", "scientific communication and education", "synthetic biology", "systems biology", "zoology"]
`limit`	整數	可選; 預設值： 10; 最小值： 1; 最大值： 100
`cursor`	整數	可選; 預設值： 0; 最小值： 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_by_funder", {"funder_ror_id": "021nxhr62", "date_from": "2025-04-10", "date_to": "2025-05-10", "limit": 10})

`get_content_statistics`

按月或年獲取 bioRxiv 歷史投稿統計，包括新增、修訂和累計數量。

欄位	型別	要求與約束
`interval`	字串	可選; 預設值： "monthly"; 列舉： ["monthly", "yearly"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_content_statistics", {"interval": "yearly"})

`get_usage_statistics`

按月或年獲取 bioRxiv 摘要瀏覽、全文瀏覽、PDF 下載及累計使用統計。

欄位	型別	要求與約束
`interval`	字串	可選; 預設值： "monthly"; 列舉： ["monthly", "yearly"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_usage_statistics", {"interval": "yearly"})

藥品監管

展開操作與引數

`search_drug_applications`

按品牌、通用名、成分、申辦方、上市狀態、劑型、途徑或藥理類別檢索 Drugs@FDA 申請。generic 和 pharm_class 依賴舊記錄可能缺少的 openfda 欄位。返回實際總數和截斷標誌；大範圍檢索應按提交日期縮小視窗。

欄位	型別	要求與約束
`brand`	字串	可選
`generic`	字串	可選
`active_ingredient`	字串	可選
`sponsor`	字串	可選
`marketing_status`	字串	可選; 列舉： ["Prescription", "Over-the-counter", "Discontinued", "None (Tentative Approval)"]
`dosage_form`	字串	可選
`route`	字串	可選
`pharm_class`	字串	可選
`pharm_class_type`	字串	可選; 列舉： ["epc", "moa", "cs", "pe"]
`search_type`	字串	可選; 預設值： "and"; 列舉： ["and", "or"]
`submission_date_from`	字串	可選
`submission_date_to`	字串	可選
`raw_search`	字串	可選
`max_records`	整數	可選; 預設值： 50

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_applications", {"generic": "ATORVASTATIN CALCIUM", "marketing_status": "Prescription", "max_records": 25})

`get_drug_application`

按 NDA、ANDA 或 BLA 申請號獲取 Drugs@FDA 完整記錄，包括申辦方、產品、成分/強度、劑型、給藥途徑、上市狀態、TE code 和提交歷史。

欄位	型別	要求與約束
`application_number`	字串	必填

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_application", {"application_number": "NDA020702"})

`count_drug_applications`

按一個欄位彙總 Drugs@FDA 申請數量，可使用與檢索相同的篩選條件。count_field 支援便捷名稱或原始 openFDA 欄位路徑；分析型欄位需要時自行新增 .exact。

欄位	型別	要求與約束
`count_field`	字串	必填
`brand`	字串	可選
`generic`	字串	可選
`active_ingredient`	字串	可選
`sponsor`	字串	可選
`marketing_status`	字串	可選
`dosage_form`	字串	可選
`route`	字串	可選
`pharm_class`	字串	可選
`pharm_class_type`	字串	可選; 列舉： ["epc", "moa", "cs", "pe"]
`search_type`	字串	可選; 預設值： "and"; 列舉： ["and", "or"]
`submission_date_from`	字串	可選
`submission_date_to`	字串	可選
`raw_search`	字串	可選
`max_buckets`	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "count_drug_applications", {"count_field": "marketing_status"})

`get_drug_statistics`

獲取 Drugs@FDA 全庫統計，包括申請總數、上市狀態、主要劑型/途徑和申辦方數量。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_statistics", {})

`list_pharmacologic_classes`

列出藥理類別及申請數量。統計僅覆蓋含對應 openfda.pharm_class 欄位的記錄。

欄位	型別	要求與約束
`class_type`	字串	可選; 預設值： "epc"; 列舉： ["epc", "moa", "cs", "pe"]
`max_buckets`	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "list_pharmacologic_classes", {"class_type": "epc", "max_buckets": 50})

`get_generic_equivalents`

根據品牌藥的參考申請解析準確活性成分集合，再查詢成分集合匹配的 Drugs@FDA 產品，返回 TE code 和上市狀態供核對。

欄位	型別	要求與約束
`brand`	字串	必填

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_generic_equivalents", {"brand": "Lipitor"})

`search_drug_labels`

按成分、名稱或給藥途徑獲取 FDA SPL 藥品標籤，可選擇標籤章節。exact 使用精確欄位；raw_search 與對映篩選條件互斥。返回內容用於核對來源標籤。

欄位	型別	要求與約束
`active_ingredient`	字串	可選
`generic_name`	字串	可選
`brand_name`	字串	可選
`route`	字串	可選
`product_type`	字串	可選; 列舉： ["HUMAN PRESCRIPTION DRUG", "HUMAN OTC DRUG"]
`exact`	布林值	可選; 預設值： false
`raw_search`	字串	可選
`sections`	字串陣列	可選
`max_records`	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_labels", {"brand_name": "Tylenol", "max_records": 5})

`search_drug_adverse_events`

按報告藥品、品牌／通用名／成分、反應、嚴重程度（1 為嚴重、2 為非嚴重）、國家或收件日期查詢 FAERS 報告。raw_search 替換對映過濾條件，但仍保留日期限制。每條報告可包含多種藥品和反應，不能據此計算發生率或推斷因果；最多返回 26000 條，較大查詢應縮小範圍。

欄位	型別	必填與約束
`drug_name`	string	可選
`brand_name`	string	可選
`generic_name`	string	可選
`ingredient`	string	可選
`reaction`	string	可選
`country`	string	可選
`serious`	string	可選
`received_date_from`	string	可選
`received_date_to`	string	可選
`receipt_date_from`	string	可選
`receipt_date_to`	string	可選
`search_type`	string	可選; default: "and"; enum: ["and", "or"]
`raw_search`	string	可選
`sort`	string	可選
`max_records`	integer	可選; default: 25; minimum: 1; maximum: 26000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_adverse_events", {"drug_name": "LIPITOR", "reaction": "headache", "max_records": 10})

`count_drug_adverse_events`

按反應、藥品、結局、國家或收件日期彙總 FAERS 報告。計數是報告數，不是發生率或因果證據；多值分組可能重疊，不能相加作為去重報告總數。日期欄位返回 time/count，其餘通常為 term/count；raw_search 保留日期限制。

欄位	型別	必填與約束
`count_field`	string	必填
`drug_name`	string	可選
`brand_name`	string	可選
`generic_name`	string	可選
`ingredient`	string	可選
`reaction`	string	可選
`country`	string	可選
`serious`	string	可選
`received_date_from`	string	可選
`received_date_to`	string	可選
`receipt_date_from`	string	可選
`receipt_date_to`	string	可選
`search_type`	string	可選; default: "and"; enum: ["and", "or"]
`raw_search`	string	可選
`max_buckets`	integer	可選; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "count_drug_adverse_events", {"count_field": "reaction", "drug_name": "LIPITOR"})

`search_drug_recalls`

按召回企業、產品、原因、分類、狀態、位置或報告日期查詢 openFDA 藥品執法／召回記錄。

欄位	型別	必填與約束
`recalling_firm`	string	可選
`product_description`	string	可選
`reason_for_recall`	string	可選
`status`	string	可選
`classification`	string	可選
`city`	string	可選
`state`	string	可選
`country`	string	可選
`report_date_from`	string	可選
`report_date_to`	string	可選
`search_type`	string	可選; default: "and"; enum: ["and", "or"]
`raw_search`	string	可選
`sort`	string	可選
`max_records`	integer	可選; default: 25; minimum: 1; maximum: 26000

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_recalls", {"reason_for_recall": "contamination", "max_records": 10})

`list_faers_bulk_files`

讀取 openFDA 官方 drug/event 批量 JSON 分區清單。文件保留在官方 URL，不下載、不創建本地任務或分析數據庫；報告不是發生率估計。

字段	類型	必填性與限制
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 100000
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 200

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "list_faers_bulk_files", {"offset": 0, "limit": 5})

人類遺傳學

展開操作與引數

`gwas_associations_for_variant`

獲取 GWAS Catalog 中一個 rsID 的關聯，按 p 值從小到大返回。須使用當前 rsID，合併或退役 ID 可能零結果。api_total 為總數，truncated 標記上限；OR 與 beta 按結局型別分別提供。p_value 為 0 可能是浮點下溢，應讀取尾數和指數。

欄位	型別	要求與約束
`rs_id`	字串	必填
`max_records`	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_variant", {"rs_id": "rs7412", "max_records": 100})

`gwas_associations_for_gene`

按基因符號獲取 GWAS Catalog 對映到該基因的變異關聯。對映來自目錄的 Ensembl 流程，並非作者報告；基因間變異可能對映到側翼基因。使用規範大寫符號，結果按 p 值排序並標記截斷。

欄位	型別	要求與約束
`gene_symbol`	字串	必填
`max_records`	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_records": 100})

`gwas_associations_for_trait`

按當前性狀 ID 或精確標籤獲取 GWAS 關聯，兩者二選一。歷史 EFO ID 可能已遷移到 MONDO/HP，先用 gwas_search_traits 解析。未知 ID/標籤返回零結果。

欄位	型別	要求與約束
`efo_id`	字串	可選
`efo_trait`	字串	可選
`max_records`	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_trait", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 100})

`gwas_search_traits`

按標籤子串檢索 GWAS 性狀，返回名稱、ID、URI、總數和截斷狀態。目錄混合 EFO、MONDO、HP、OBA 等名稱空間，不能假設所有 ID 都以 EFO 開頭。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`max_records`	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_traits", {"query": "coronary", "max_records": 50})

`gwas_search_studies`

按性狀註釋或 PubMed ID 檢索 GWAS 研究，至少提供一個篩選條件，多個條件為 AND。返回研究 ID、樣本規模、祖源、分型平臺、佇列及彙總統計可用性，並核對總數。

欄位	型別	要求與約束
`efo_id`	字串	可選
`efo_trait`	字串	可選
`pubmed_id`	字串	可選
`max_records`	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_studies", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 50})

`gwas_get_study`

按 GCST 登入號獲取一個 GWAS 研究詳情；未知 ID 時 found 為 false、study 為 null。

欄位	型別	要求與約束
`accession_id`	字串	必填

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_study", {"accession_id": "GCST90841394"})

`gwas_get_variant`

按 rsID 獲取 GWAS Catalog 變異的位置、對映基因與後果，位置使用 GRCh38。merged 為 1 表示上游合併記錄；未收錄時 variant 為 null。

欄位	型別	要求與約束
`rs_id`	字串	必填

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_variant", {"rs_id": "rs7412"})

`eqtl_list_datasets`

列出 eQTL Catalogue 資料集，每項對應研究、組織/細胞型別及定量方法。可按精確研究名、組織標籤或 quant_method 篩選。返回 QTD ID 及後設資料；上游不提供總數，truncated 為 false 表示已遍歷完畢。

欄位	型別	要求與約束
`study_label`	字串	可選
`tissue_label`	字串	可選
`quant_method`	字串	可選
`max_records`	整數	可選; 預設值： 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_list_datasets", {"study_label": "Alasoo_2018", "quant_method": "ge"})

`eqtl_associations`

查詢一個 QTD 資料集的分子 QTL，至少指定 gene_id、rsid、variant 或 pos。使用 GRCh38；variant 含 chr 字首和下劃線，pos 區域不帶 chr 字首。僅覆蓋資料集實際檢驗的 cis 視窗；空結果可表示未檢驗或未收錄。檢查 truncated 後再判斷完整性。

欄位	型別	要求與約束
`dataset_id`	字串	必填
`gene_id`	字串	可選
`rsid`	字串	可選
`variant`	字串	可選
`pos`	字串	可選
`nlog10p_min`	數值	可選
`max_records`	整數	可選; 預設值： 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_associations", {"dataset_id": "QTD000266", "gene_id": "ENSG00000130203", "nlog10p_min": 2})

`phewas_instances`

列出可查詢的 PheWeb 門戶、參考組裝和各自支援的介面。FinnGen 使用 GRCh38，BioBank Japan 使用 GRCh37/hg19；跨門戶比較前先轉換座標。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_instances", {})

`phewas_variant`

獲取一個變異在 PheWeb 生物庫中的表型關聯，按顯著性排序。變異座標必須匹配所選門戶組裝；返回總數、截斷狀態、變異後設資料與效應/頻率/樣本數。上游未公佈的欄位為 null，未知變異報未找到。

欄位	型別	要求與約束
`instance`	字串	必填; 列舉： ["finngen", "bbj"]
`variant`	字串	必填
`max_phenos`	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_variant", {"instance": "finngen", "variant": "19-44908822-C-T", "max_phenos": 50})

`phewas_finngen_gene`

獲取 FinnGen 基因區域的 PheWAS：每個疾病終點選出區域內關聯最強變異。該區域可超出基因邊界；每個終點都有最優變異並不代表其顯著，應按 p 值篩選。結果按顯著性排序並標記截斷。

欄位	型別	要求與約束
`gene_symbol`	字串	必填
`max_phenos`	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_finngen_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_phenos": 50})

`phewas_list_phenotypes`

獲取 PheWeb 門戶的表型目錄及病例/對照數量。此介面目前支援 FinnGen；BBJ 應使用 phewas_search_phenotypes。檢查返回數量與 truncated。

欄位	型別	要求與約束
`instance`	字串	可選; 預設值： "finngen"; 列舉： ["finngen"]
`max_records`	整數	可選; 預設值： 3000

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_list_phenotypes", {"instance": "finngen", "max_records": 3000})

`phewas_search_phenotypes`

按名稱或程式碼檢索 PheWeb 表型，也可能匹配基因或 rsID。支援 FinnGen 和 BBJ，返回 phenocode、顯示名稱及 URL；可用程式碼繼續檢視門戶資料。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`instance`	字串	可選; 預設值： "finngen"; 列舉： ["finngen", "bbj"]
`max_records`	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_search_phenotypes", {"query": "diabetes", "instance": "finngen"})

`gwas_get_summary_statistics`

按 GCST 編號查詢 GWAS Catalog 完整彙總統計包的位置，不下載可能很大的資料檔案。返回 original／harmonised 檔案清單、解析後的 -meta.yaml、其中宣告的參考基因組和協調化參考，以及 GWAS-SSF 標準列定義。標準定義不是壓縮檔案的實際表頭。metadata_file 只限制解析哪份 YAML 及其參考資訊，檔案清單仍完整。found=false 僅表示沒有對應 FTP 目錄；既有目錄不可讀或 YAML 損壞屬於錯誤。下載前核對檔案版本、基因組與座標，不能用顯著關聯列表替代完整彙總統計。

欄位	型別	必填與約束
`accession_id`	string	必填
`metadata_file`	string	可選; minLength: 1

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_summary_statistics", {"accession_id": "GCST90000123"})

表達

展開操作與引數

`gtex_tissue_sites`

獲取指定 GTEx 資料釋出的全部組織型別及樣本數、eGene/sGene 數量、顏色和 UBERON ID。

欄位	型別	要求與約束
`dataset_id`	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_tissue_sites", {"dataset_id": "gtex_v8"})

`gtex_dataset_info`

列出 GTEx 資料釋出，包含 datasetId、GENCODE/組裝/dbSNP 資訊，以及樣本、受試者和組織數量。

欄位	型別	要求與約束
`dataset_id`	字串	可選
`organization_name`	字串	可選

const result = await host.mcp("expression", "gtex_dataset_info", {})

`gtex_sample_info`

獲取固定 GTEx 資料釋出的樣本與供體後設資料，可按組織、資料型別或受試者篩選。分頁並核對總數；無篩選結果較大，建議限定條件或 max_samples。

欄位	型別	要求與約束
`tissue_site_detail_id`	字串	可選
`data_type`	字串	可選
`subject_id`	字串	可選
`max_samples`	整數	可選
`dataset_id`	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_sample_info", {"tissue_site_detail_id": "Liver", "data_type": "RNASEQ", "max_samples": 100})

`gtex_resolve_genes`

將基因符號或無版本 Ensembl ID 解析為該 GTEx 資料釋出使用的帶版本 GENCODE ID，供表達和 eQTL 操作使用。

欄位	型別	要求與約束
`genes`	字串陣列	必填
`dataset_id`	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_resolve_genes", {"genes": ["GAPDH", "BRCA2"]})

`gtex_median_expression`

獲取一個或多個帶版本 GENCODE ID 在各組織的表達中位數 TPM；省略組織表示全部組織。按基因/組織行分頁並核對數量。

欄位	型別	要求與約束
`gencode_ids`	字串陣列	必填
`tissue_site_detail_ids`	字串陣列	可選
`dataset_id`	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_median_expression", {"gencode_ids": ["ENSG00000111640.14"]})

`gtex_expression_summary`

彙總一個基因在全部組織中的表達，按中位 TPM 降序排列。接受符號或 Ensembl ID，並先解析為帶版本 GENCODE ID。

欄位	型別	要求與約束
`gene`	字串	必填
`dataset_id`	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_expression_summary", {"gene": "GAPDH"})

`gtex_gene_expression`

按帶版本 GENCODE ID 獲取各組織逐樣本 TPM 陣列及樣本數，不是聚合表達值；省略組織表示全部組織。

欄位	型別	要求與約束
`gencode_id`	字串	必填
`tissue_site_detail_ids`	字串陣列	可選
`dataset_id`	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_gene_expression", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "tissue_site_detail_ids": ["Whole_Blood"]})

`gtex_top_expressed_genes`

獲取一個組織按中位 TPM 排名前 n 的基因，排序由上游 API 完成；filter_mt_gene 預設排除線粒體基因。

欄位	型別	要求與約束
`tissue_site_detail_id`	字串	必填
`n`	整數	可選; 預設值： 100
`filter_mt_gene`	布林值	可選; 預設值： true
`dataset_id`	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_top_expressed_genes", {"tissue_site_detail_id": "Whole_Blood", "n": 20})

`gtex_eqtl_genes`

獲取一個組織全部 eGene，即至少有一個顯著 cis-eQTL 的基因。完整分頁並核對數量，max_genes 限制輸出行數。

欄位	型別	要求與約束
`tissue_site_detail_id`	字串	必填
`max_genes`	整數	可選
`dataset_id`	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_eqtl_genes", {"tissue_site_detail_id": "Pancreas", "max_genes": 100})

`gtex_single_tissue_eqtls`

獲取基因和/或變異的預計算顯著單組織 cis-eQTL，可進一步限定組織；分頁並核對數量。

欄位	型別	要求與約束
`gencode_id`	字串	可選
`variant_id`	字串	可選
`tissue_site_detail_id`	字串	可選
`max_results`	整數	可選
`dataset_id`	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_single_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

`gtex_multi_tissue_eqtls`

按帶版本 GENCODE ID 獲取 METASOFT 多組織 cis-eQTL 元分析，可限制變異。返回各變異的逐組織 m-value、NES、p 值和標準誤。

欄位	型別	要求與約束
`gencode_id`	字串	必填
`variant_id`	字串	可選
`dataset_id`	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_multi_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

`gtex_calculate_eqtl`

為某個組織中的基因/變異組合即時計算 eQTL，包括非顯著組合。返回 p 值、NES、t 統計量、MAF 及逐樣本基因型和表達陣列。

欄位	型別	要求與約束
`gencode_id`	字串	必填
`variant_id`	字串	必填
`tissue_site_detail_id`	字串	必填
`dataset_id`	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_calculate_eqtl", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "variant_id": "chr12_6452899_G_A_b38", "tissue_site_detail_id": "Whole_Blood"})

`bgee_species`

列出 Bgee 健康野生型表達圖譜中的物種，或用 NCBI taxonomy ID 查詢一個物種。返回的 taxon_id 標識該物種，即使其參考基因組來自另一物種。列表查詢不載入資料來源後設資料，因此返回 has_expression_data: null。需要判斷可用性時，用具體 species_id 查詢；後設資料缺失時仍保留 null，不能視為 false。

欄位	型別	必填與約束
`species_id`	integer	可選; minimum: 1; maximum: 2147483647

const result = await host.mcp("expression", "bgee_species", {})

`bgee_expression_calls`

讀取一個物種中某基因的 Bgee 表達狀態和標準化評分，同時保留解剖結構與細胞型別背景。結果為健康野生型基線表達，可用 max_calls 限制數量；缺失或未指定的 cell_type_id、cell_type_name 返回 null，不代表陰性表達。

欄位	型別	必填與約束
`gene_id`	string	必填
`species_id`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 2147483647
`max_calls`	integer	可選; default: 100; minimum: 1; maximum: 500
`expression_type`	string	可選; default: "EXPRESSED"; enum: ["EXPRESSED", "NOT_EXPRESSED"]

const result = await host.mcp("expression", "bgee_expression_calls", {"gene_id": "ENSG00000130208", "species_id": 9606, "max_calls": 50})

`bgee_sparql_expression`

針對一個基因、一個 NCBI 物種和一個組織／解剖實體執行有界 SPARQL 查詢。三個過濾欄位均必填，查詢包含硬性 LIMIT，並有獨立超時。

欄位	型別	必填與約束
`gene`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 128
`species_id`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 2147483647
`tissue`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 128
`limit`	integer	可選; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("expression", "bgee_sparql_expression", {"gene": "APOC1", "species_id": 9606, "tissue": "liver", "limit": 25})

`bgee_download_links`

生成指定物種的官方表達判斷或處理後表達值下載連結。僅返回 URL，不下載大型檔案。

欄位	型別	必填與約束
`species`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 128
`file_kind`	string	可選; default: "calls_simple"; enum: ["calls_simple", "calls_advanced", "processed_rna_seq", "processed_affymetrix", "processed_sc_full_length", "processed_sc_droplet_based"]
`all_conditions`	boolean	可選; default: false

const result = await host.mcp("expression", "bgee_download_links", {"species": "Homo_sapiens", "file_kind": "calls_simple"})

蛋白註釋

展開操作與引數

`get_domain_architecture`

獲取 UniProt 蛋白的完整 InterPro 結構域架構，包括成員資料庫簽名和片段座標；分頁結果與服務數量核對。

欄位	型別	要求與約束
`accessions`	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_domain_architecture", {"accessions": ["P04637"]})

`search_interpro_entries`

按關鍵詞檢索 InterPro 或 Pfam、SMART、PROSITE、PANTHER、CDD 等成員資料庫條目，完整遍歷遊標並核對數量。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	可選
`entry_type`	字串	可選
`source_db`	字串	可選; 預設值： "interpro"
`go_term`	字串	可選

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_interpro_entries", {"query": "kinase", "source_db": "pfam"})

`get_interpro_entry`

獲取 InterPro IPR 或 Pfam PF 條目的詳情，依據登入號字首選擇介面。

欄位	型別	要求與約束
`accession`	字串	必填

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_interpro_entry", {"accession": "IPR000719"})

`search_pfam_clans`

按關鍵詞檢索 Pfam clan，即登入號以 CL 開頭的家族集合。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	可選

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_pfam_clans", {"query": "kinase"})

`get_pfam_clan`

獲取 Pfam clan 詳情及完整、已排序的成員家族列表。

欄位	型別	要求與約束
`clan_accession`	字串	必填

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_clan", {"clan_accession": "CL0016"})

`get_pfam_family_proteins`

獲取 Pfam 家族的成員蛋白，支援完整分頁核對或僅返回數量。大型家族優先使用 count_only。

欄位	型別	要求與約束
`pfam_accession`	字串	必填
`reviewed_only`	布林值	可選; 預設值： false
`tax_id`	整數	可選
`count_only`	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteins", {"pfam_accession": "PF00069", "count_only": true})

`get_pfam_family_proteomes`

獲取包含 Pfam 家族成員的蛋白質組。由於上游深層遊標分頁存在缺陷，count_only 預設開啟。

欄位	型別	要求與約束
`pfam_accession`	字串	必填
`count_only`	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteomes", {"pfam_accession": "PF00069"})

`get_protein_atlas_gene`

按 Ensembl gene ID 或符號獲取 Human Protein Atlas 基因記錄，包括組織、亞細胞、病理、血液、腦表達和抗體資訊。

欄位	型別	要求與約束
`gene`	字串	必填
`full`	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_protein_atlas_gene", {"gene": "TP53"})

`search_protein_atlas`

透過 Human Protein Atlas search_download 批次檢索，並選擇所需返回列。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`columns`	字串	可選; 預設值： "g,gs,eg,gd,up,chr,chrp,scl"

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_protein_atlas", {"query": "kinase"})

`map_string_ids`

將基因符號/別名對映為 STRING 蛋白 ID。每項輸入均進入對映結果或 unmapped 列表，便於核對遺漏。

欄位	型別	要求與約束
`symbols`	字串陣列	必填
`species`	整數	可選; 預設值： 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "map_string_ids", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"]})

`get_string_network`

按物種和置信閾值獲取 STRING 蛋白相互作用網路。先對映輸入符號並報告未對映項；單個對映輸入請求 10 個鄰居，多個對映輸入不擴充套件。nodes 包含完整返回網路；只需輸入節點時篩選 is_query，全部輸入別名在 queries 中。n_nodes 不是輸入數量。

欄位	型別	要求與約束
`symbols`	字串陣列	必填
`species`	整數	可選; 預設值: 9606
`required_score`	整數	可選; 預設值: 700

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_network", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"], "required_score": 700})

`get_string_similarity_scores`

獲取基因集合中的 STRING Smith-Waterman 蛋白相似性 bitscore。結果是稀疏的；缺少一對記錄表示未記錄相似性，不等於分數為零。

欄位	型別	要求與約束
`symbols`	字串陣列	必填
`species`	整數	可選; 預設值： 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_similarity_scores", {"symbols": ["TP53", "MDM2", "MDM4"]})

`get_string_best_similarity_hits`

為每個輸入蛋白獲取目標物種中的最佳同源命中；target_species 為 null 時在所有物種中查詢最佳命中。

欄位	型別	要求與約束
`symbols`	字串陣列	必填
`species`	整數	可選; 預設值： 9606
`target_species`	整數	可選

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_best_similarity_hits", {"symbols": ["TP53"], "target_species": 10090})

`get_string_ppi_enrichment`

使用 STRING 12.0 檢查對映後的蛋白是否比背景預期具有更多互作。可指定物種、0–1000 的最低互作分數及 STRING ID 背景。result 中的 p_value 是網路互作富集結果，不是 GO／通路富集的校正 P 值；沒有輸入成功對映時 result 為 null。

欄位	型別	必填與約束
`symbols`	array of string	必填
`species`	integer	可選; default: 9606
`required_score`	integer	可選; default: 400
`background_string_ids`	array of string	可選

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_ppi_enrichment", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"], "required_score": 700})

腫瘤模型

展開操作與引數

`cbioportal_list_studies`

列出 cBioPortal 腫瘤研究，可按關鍵詞和/或精確癌種 ID 篩選。返回研究 ID、名稱、癌種、參考組裝、文獻和各資料型別樣本數。

欄位	型別	要求與約束
`keyword`	字串	可選
`cancer_type_id`	字串	可選
`max_records`	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_list_studies", {"keyword": "glioma"})

`cbioportal_get_study`

按 ID 獲取 cBioPortal 研究詳情，包括各資料型別樣本數、從集合讀取的樣本/患者數，以及分子譜。

欄位	型別	要求與約束
`study_id`	字串	必填

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_study", {"study_id": "msk_impact_2017"})

`cbioportal_mutations_in_gene`

按 HUGO 符號獲取 cBioPortal 研究中某基因的全部突變及復發彙總，包括突變數量、突變樣本數、型別與蛋白變化分佈。

欄位	型別	要求與約束
`gene_symbol`	字串	必填
`study_id`	字串	必填
`max_records`	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutations_in_gene", {"gene_symbol": "IDH1", "study_id": "difg_msk_2023"})

`cbioportal_mutation_frequency`

查詢 cBioPortal 基因突變頻率。分母使用該基因確實完成相應分子檢測的樣本數，而不是研究中的所有樣本；保留研究、分子資料集、樣本與缺失資訊後再比較頻率。

欄位	型別	要求與約束
`gene_symbol`	字串	必填
`study_ids`	字串陣列	必填; 最少項數: 1; 最多項數: 12

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutation_frequency", {"gene_symbol": "KRAS", "study_ids": ["msk_impact_2017", "difg_msk_2023"]})

`cbioportal_cna_in_gene`

獲取 cBioPortal 研究中一個基因的離散複製數變化，預設篩選深度缺失與擴增，並返回完整逐樣本變化分佈。

欄位	型別	要求與約束
`gene_symbol`	字串	必填
`study_id`	字串	必填
`event_type`	字串	可選; 預設值： "HOMDEL_AND_AMP"; 列舉： ["HOMDEL_AND_AMP", "HOMDEL", "AMP", "GAIN", "HETLOSS", "DIPLOID", "ALL"]
`max_records`	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_cna_in_gene", {"gene_symbol": "CDKN2A", "study_id": "msk_impact_2017"})

`cbioportal_clinical_attributes`

列出 cBioPortal 研究的患者級和樣本級臨床屬性，突出顯示生存終點及總生存資料是否存在。

欄位	型別	要求與約束
`study_id`	字串	必填
`max_records`	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_clinical_attributes", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018"})

`cbioportal_get_samples`

列出研究中的樣本及患者識別符號。sample_ids 可限定樣本；max_records 截斷返回行，同時保留真實研究計數。

欄位	型別	必填與約束
`study_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`sample_ids`	array of string	可選; minItems: 1; maxItems: 1000
`max_records`	integer	可選; default: 500; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_samples", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "max_records": 100})

`cbioportal_get_patients`

列出研究中的患者識別符號。patient_ids 可限定患者；max_records 截斷返回行，同時保留真實研究計數。

欄位	型別	必填與約束
`study_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`patient_ids`	array of string	可選; minItems: 1; maxItems: 1000
`max_records`	integer	可選; default: 500; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_patients", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "max_records": 100})

`cbioportal_get_clinical_data`

查詢明確指定的樣本或患者臨床值：level 為 SAMPLE 時提供 sample_ids，為 PATIENT 時提供 patient_ids。attribute_ids 可限定屬性；值保留字串形式，包括缺失標記。

欄位	型別	必填與約束
`study_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`level`	string	可選; default: "SAMPLE"; enum: ["SAMPLE", "PATIENT"]
`attribute_ids`	array of string	可選; maxItems: 1000
`sample_ids`	array of string	可選; minItems: 1; maxItems: 1000
`patient_ids`	array of string	可選; minItems: 1; maxItems: 1000
`max_records`	integer	可選; default: 1000; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_clinical_data", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "level": "PATIENT", "attribute_ids": ["AGE"], "patient_ids": ["TCGA-A1-A0SB"]})

`cbioportal_get_molecular_data`

從明確的 molecular profile 查詢 mRNA 或蛋白表達數值。先用 cbioportal_get_study 查詢 profile 並確認測量方式與歸一化。提供 gene_symbol 或 entrez_gene_ids，並在 sample_ids 與 sample_list_id 中恰好選一個；缺失行不代表零表達。

欄位	型別	必填與約束
`study_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`molecular_profile_id`	string	必填; minLength: 1; pattern: "\S"
`gene_symbol`	string	可選
`entrez_gene_ids`	array of integer	可選; maxItems: 1000
`sample_ids`	array of string	可選; minItems: 1; maxItems: 1000
`sample_list_id`	string	可選; minLength: 1; pattern: "\S"
`max_records`	integer	可選; default: 1000; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_molecular_data", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018", "molecular_profile_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018_rna_seq_v2_mrna", "gene_symbol": "ESR1", "sample_list_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018_all"})

`depmap_search_models`

按名稱子串或精確 ACH ModelID 查找 DepMap/CCLE 模型，保留不同 ModelID、譜系、疾病與 RRID；不下載完整目錄。

字段	類型	必填性與限制
`query`	string	必填; minLength: 2; maxLength: 100; pattern: "\S"
`limit`	integer	可選; default: 10; minimum: 1; maximum: 20

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_search_models", {"query": "A549"})

`depmap_gene_dependency`

查詢一個精確基因符號的 DepMap Chronos gene-effect，可限定 ModelID，最多返回 50 個模型。負值不是依賴概率，缺失不是零；保留數據發佈版本。

字段	類型	必填性與限制
`gene`	string	必填; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
`model_ids`	array	可選; minItems: 1; maxItems: 20
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_gene_dependency", {"gene": "KRAS", "model_ids": ["ACH-000681"]})

`depmap_drug_response`

按精確 DPC 編號或完整化合物名稱查詢 PRISM 次級篩選 AUC，可限定 ModelID。最多 50 個模型；AUC 不是 IC50 或存活率，保留 PRISM 與模型元數據各自的版本。

字段	類型	必填性與限制
`compound`	string	必填; minLength: 2; maxLength: 100; pattern: "\S"
`model_ids`	array	可選; minItems: 1; maxItems: 20
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_drug_response", {"compound": "trametinib", "model_ids": ["ACH-000681"]})

`depmap_gene_expression`

按精確基因符號查詢當前 DepMap/CCLE RNA 表達，量綱爲 log2(TPM+1)，不是原始 TPM 或 z 分數。可限定 ModelID，最多 50 個模型，保留髮布版本。

字段	類型	必填性與限制
`gene`	string	必填; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
`model_ids`	array	可選; minItems: 1; maxItems: 20
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_gene_expression", {"gene": "KRAS", "model_ids": ["ACH-000681"]})

`depmap_copy_number`

查詢相對於模型倍性的 DepMap/CCLE WGS 基因拷貝數，最多 50 個模型。數值不是絕對拷貝數、log2 值或離散擴增/缺失判定；保留 ModelID 和發佈版本。

字段	類型	必填性與限制
`gene`	string	必填; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._-]{0,59}$"
`model_ids`	array	可選; minItems: 1; maxItems: 20
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 50

const result = await host.mcp("cancer-models", "depmap_copy_number", {"gene": "MYC", "model_ids": ["ACH-000681"]})

RNA

展開操作與引數

`get_family`

按 RF 登入號或家族名稱獲取 Rfam 後設資料，返回扁平記錄及 raw 中的完整上游 JSON。

欄位	型別	要求與約束
`family`	字串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_family", {"family": "RF00005"})

`get_seed_alignment`

獲取 Rfam 種子比對，預設 Stockholm（含共識二級結構行），也可返回含 gap 的比對 FASTA。

欄位	型別	要求與約束
`family`	字串	必填
`fmt`	字串	可選; 預設值： "stockholm"; 列舉： ["stockholm", "fasta"]
`max_bytes`	整數	可選; 預設值： 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_seed_alignment", {"family": "RF00162", "fmt": "stockholm"})

`get_covariance_model`

獲取 Rfam 家族 Infernal 協方差模型 CM 檔案及解析的頭欄位，可供 cmsearch/cmscan 使用。

欄位	型別	要求與約束
`family`	字串	必填
`max_bytes`	整數	可選; 預設值： 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_covariance_model", {"family": "RF00162"})

`get_tree`

獲取 Rfam 家族種子系統發育樹，格式為 NHX/Newick 文字。

欄位	型別	要求與約束
`family`	字串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_tree", {"family": "RF00162"})

`get_sequence_regions`

獲取 Rfam 家族在序列資料庫中的全部區域命中並解析 TSV。先檢查 get_family 的 num_full；極大家族的該上游介面可能返回 403。

欄位	型別	要求與約束
`family`	字串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_sequence_regions", {"family": "RF00162"})

`get_structure_mapping`

獲取 Rfam 家族到 PDB 的殘基層級結構對映，並按確定順序排序。

欄位	型別	要求與約束
`family`	字串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_structure_mapping", {"family": "RF00162"})

`accession_to_id`

將 Rfam 登入號轉換為家族名稱，例如 RF00005 轉為 tRNA。

欄位	型別	要求與約束
`accession`	字串	必填

const result = await host.mcp("rna", "accession_to_id", {"accession": "RF00005"})

`id_to_accession`

將 Rfam 家族名稱轉換為登入號，例如 tRNA 轉為 RF00005。

欄位	型別	要求與約束
`family_id`	字串	必填

const result = await host.mcp("rna", "id_to_accession", {"family_id": "tRNA"})

`search_sequence`

透過 Rfam 官方批次端點搜尋 RNA 序列。等待期間保留返回的作業身份，尚未完成的響應不代表零匹配。完成後檢查命中結果和來源資訊；響應失敗時先診斷或恢復已有作業，不要反覆提交。

欄位	型別	要求與約束
`sequence`	字串	必填
`max_wait_s`	數值	可選; 預設值： 300
`poll_interval_s`	數值	可選; 預設值： 5

const result = await host.mcp("rna", "search_sequence", {"sequence": "GGUUCCGGGAAGGCAGCAGGUGGAAACCUGCCA"})

`get_rnacentral_record`

按 URS accession 讀取 RNAcentral API v1 序列記錄，保留序列、MD5、活動狀態、物種及 RNA 類型元數據。

字段	類型	要求與限制
`urs`	string	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_rnacentral_record", {"urs": "URS0000000001"})

`get_rnacentral_xrefs`

將 RNAcentral URS accession 映射到一頁專家數據庫標識符。保留數據庫來源、分類、accession 版本、活動狀態和首次／最後出現日期；不會自動遍歷下一頁。

字段	類型	要求與限制
`urs`	string	必填
`page`	integer	可選; 默認值: 1; 最小值: 1; 最大值: 100000
`page_size`	integer	可選; 默認值: 10; 最小值: 1; 最大值: 100

const result = await host.mcp("rna", "get_rnacentral_xrefs", {"urs": "URS0000000001", "page": 1, "page_size": 10})

組學檔案

展開操作與引數

`ena_query_runs`

按 tax_id、library_strategy 或 keyword 發現公開 ENA 執行；至少提供一個條件，組合條件按 AND 匹配。返回查詢表示式、後設資料、實際返回數與 truncated。物種條件包含分類後代；關鍵詞查詢標題和描述，不接受任意 ENA 查詢語法。最多返回 1000 條，無分頁遊標；截斷時縮小條件。n_runs_returned 不是全部匹配數。

至少提供一個列出的檢索條件；完整組合約束見下載的 schema。

欄位	型別	必填與約束
`tax_id`	integer	可選; minimum: `1`; maximum: `2147483647`
`library_strategy`	string	可選; enum: ["AMPLICON", "ATAC-seq", "Bisulfite-Seq", "CLONE", "CLONEEND", "CTS", "ChIA-PET", "ChIP-Seq", "ChM-Seq", "DNase-Hypersensitivity", "EST", "FAIRE-seq", "FINISHING", "FL-cDNA", "GBS", "Hi-C", "MBD-Seq", "MNase-Seq", "MRE-Seq", "MeDIP-Seq", "NOMe-Seq", "OTHER", "POOLCLONE", "RAD-Seq", "RIP-Seq", "RNA-Seq", "Ribo-Seq", "SELEX", "Synthetic-Long-Read", "Targeted-Capture", "Tethered Chromatin Conformation Capture", "Tn-Seq", "VALIDATION", "WCS", "WGA", "WGS", "WXS", "miRNA-Seq", "ncRNA-Seq", "snRNA-seq", "ssRNA-seq"]
`keyword`	string	可選; minLength: `1`; maxLength: `200`; pattern: `"^(?=[\\s\\S]\\S)[^\"\\\\?\\u0000-\\u001f\\u007f]+$"`
`limit`	integer	可選; default: `100`; minimum: `1`; maximum: `1000`

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_query_runs", {"tax_id": 6239, "library_strategy": "RNA-Seq", "keyword": "transcriptome", "limit": 20})

`ena_get_submitted_files`

查詢某個 ERR/SRR/DRR 執行的原始提交檔案清單，包括上游路徑、格式、大小和 MD5；與 ena_get_run_files 的歸檔生成 FASTQ 分開。found=true 但 submitted_available=false 表示沒有列出提交檔案，不表示執行不存在。ftp_location 保留上游路徑，可能沒有協議字首，檔名可能含字面 #，不能當作已經編碼的 URL 直接解析。此操作不下載或校驗檔案。

欄位	型別	必填與約束
`run_accession`	string	必填; minLength: `1`; maxLength: `64`

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_get_submitted_files", {"run_accession": "ERR10015065"})

`ena_search_runs`

按 ENA/INSDC 的專案、實驗、樣本或執行登入號查詢公開測序執行，返回物種、平臺與文庫後設資料，不下載檔案。GEO GSE/GSM、E-MTAB 和 MGYS 需先找到關聯的 INSDC 登入號。本工具不是關鍵詞檢索；最多返回 1000 條，無分頁遊標，重複呼叫不能補齊截斷佇列。

欄位	型別	要求與約束
`accession`	字串	必填; 最短長度: 1; 最長長度: 64
`limit`	整數	可選; 預設值: 100; 最小值: 1; 最大值: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_search_runs", {"accession": "PRJNA123835", "limit": 100})

`ena_get_run_files`

查詢一個 ERR/SRR/DRR 執行的歸檔生成 FASTQ 清單，包括 URL、位元組數及上游 MD5，不下載或校驗檔案。PAIRED 不保證恰有兩個檔案；file_index 僅代表報告順序，不代表 R1/R2。已找到執行但未列出 FASTQ，與未找到執行不同；提交的 BAM/CRAM/SRA 不在本工具範圍。

欄位	型別	要求與約束
`run_accession`	字串	必填; 最短長度: 1; 最長長度: 64

const result = await host.mcp("omics-archives", "ena_get_run_files", {"run_accession": "SRR037073"})

`arrayexpress_search_experiments`

檢索 ArrayExpress/BioStudies 功能基因組實驗。關鍵詞、物種、研究型別、技術、釋出日期和額外分面組合為 AND；完整獲取並按 totalHits 核對。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	可選
`organism`	字串	可選
`study_type`	字串	可選
`technology`	字串	可選
`released_after`	字串	可選
`released_before`	字串	可選
`extra_facets`	物件	可選
`max_records`	整數	可選; 預設值： 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_search_experiments", {"organism": "Homo sapiens", "study_type": "ChIP-seq", "max_records": 50})

`arrayexpress_get_experiment`

獲取一個 ArrayExpress 實驗的整理後設資料，包括型別、物種、樣本/測定數量、設計、因子、作者、文獻、方案、陣列和檔案摘要。

欄位	型別	要求與約束
`accession`	字串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment", {"accession": "E-MTAB-5061"})

`arrayexpress_get_experiment_files`

列出一個 ArrayExpress 實驗的全部檔案、名稱、大小、型別、格式、說明與下載 URL，並附帶 /info 報告的檔案數供對照。

欄位	型別	要求與約束
`accession`	字串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_files", {"accession": "E-MTAB-5061"})

`arrayexpress_get_experiment_samples`

讀取 ArrayExpress 實驗中按路徑排序的第一個 SDRF 檔案，保留樣本、實驗與檔案之間的關係行。n_rows_total／n_rows_returned 為行數；n_samples／n_samples_returned 為去重後的樣本標識數，優先 Sample Name，再用 Source Name，不表示獨立生物學重複。缺失標識可返回 null；無 SDRF 返回 no_sdrf，不能據此斷定實驗沒有樣本。

欄位	型別	要求與約束
`accession`	字串	必填
`max_rows_returned`	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_samples", {"accession": "E-MTAB-5061", "max_rows_returned": 200})

`geo_search_series`

搜尋 GEO DataSets 並返回系列級後設資料。term 使用 E-utilities 語法，可加入 gse[ETYP] 限制為 Series。

欄位	型別	要求與約束
`term`	字串	必填
`retmax`	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_search_series", {"term": "asthma AND gse[ETYP]", "retmax": 20})

`geo_get_series`

按 GEO Series 編號獲取研究後設資料和樣本摘要。需要表達矩陣清單與預檢時，繼續使用 geo_get_matrix_files 和 geo_preflight_matrix；不要把後設資料響應當作已下載的表達矩陣。

欄位	型別	必填與約束
`accessions`	array of string	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_get_series", {"accessions": ["GSE131907"]})

`metabolights_list_studies`

列出全部公開 MetaboLights 登入號並按數字排序，附服務報告總數。上游沒有研究搜尋介面，應在候選後設資料中篩選標題或描述。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_list_studies", {})

`metabolights_get_studies`

讀取 MetaboLights（MTBLSxxx）的結構化研究後設資料，可選返回樣本表。樣本表按 ISA 列索引排序，重名列用不覆蓋原名稱的字尾區分，保留各列與值的對應關係；短行補空字串。未知或私有編號進入 not_found。

欄位	型別	要求與約束
`accessions`	字串陣列	必填
`include_samples`	布林值	可選; 預設值： false
`max_sample_rows_returned`	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_studies", {"accessions": ["MTBLS1"], "include_samples": false})

`metabolights_get_study_files`

獲取公開 MetaboLights 研究的完整檔案清單，包括頂層 ISA-Tab、MAF、目錄項，預設遞迴獲取 FILES 資料目錄。

欄位	型別	要求與約束
`accession`	字串	必填
`include_data_files`	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_study_files", {"accession": "MTBLS1"})

`metabolights_search_data_files`

在 MetaboLights 研究的 FILES 目錄中按 glob 匹配原始資料檔案，如 *.mzML；省略 pattern 時列出全部資料檔案。

欄位	型別	要求與約束
`accession`	字串	必填
`pattern`	字串	可選

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_search_data_files", {"accession": "MTBLS1", "pattern": "*.zip"})

`mgnify_search_studies`

按自由文字或 biome 譜系查詢 MGnify 宏基因組研究，兩種輸入必須二選一。完整分頁並核對服務數量。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	可選
`biome_lineage`	字串	可選

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_search_studies", {"query": "coral"})

`mgnify_get_studies`

按 MGYS 登入號獲取 MGnify 研究記錄；include_analyses 可附完整分析列表及按流程/實驗型別的彙總。未知 ID 列入 missing。

欄位	型別	要求與約束
`accessions`	字串陣列	必填
`include_analyses`	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_studies", {"accessions": ["MGYS00000410"], "include_analyses": false})

`mgnify_get_study_analyses`

完整列出一個 MGnify 研究的全部 MGYA 分析，包含流程版本、實驗型別、狀態和 run/assembly/sample ID，並核對分頁數量。

欄位	型別	要求與約束
`accession`	字串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_study_analyses", {"accession": "MGYS00000410"})

`pride_get_project_files`

按 PXD／PRD 專案登入號分頁列出 PRIDE 檔案，page 從 0 開始。保留檔案類別、大小、校驗文字與傳輸位置，並根據 next_page 繼續查詢。api_total 為空時不能推斷總量；缺失值保留 null。不要猜測校驗演算法或把 Aspera 地址當作 HTTP 下載地址；返回檔案清單不等於完成下載。

欄位	型別	必填與約束
`project_accession`	string	必填; maxLength: `32`; pattern: `"^(?:PXD\|PRD)[0-9]{6,}$"`
`page`	integer	可選; default: `0`; minimum: `0`; maximum: `1000000`
`page_size`	integer	可選; default: `100`; minimum: `1`; maximum: `100`

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_get_project_files", {"project_accession": "PXD000001", "page": 0, "page_size": 100})

`pride_search_projects`

檢索 PRIDE 蛋白質組專案。關鍵詞、物種、儀器、疾病與額外條件組合為 AND；完整獲取並核對 api_total，按登入號升序返回。

欄位	型別	要求與約束
`keyword`	字串	可選
`organism`	字串	可選
`instrument`	字串	可選
`disease`	字串	可選
`extra_filters`	物件	可選
`max_records_returned`	整數	可選; 預設值： 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_projects", {"keyword": "phosphoproteome", "organism": "Homo sapiens (human)", "max_records_returned": 50})

`pride_get_projects`

按 PXD 等登入號獲取 PRIDE 專案完整後設資料，與搜尋結果使用相同記錄結構。未知 ID 列入 not_found。

欄位	型別	要求與約束
`accessions`	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_get_projects", {"accessions": ["PXD010154"]})

`pride_search_project_proteins`

完整獲取一個 PRIDE 親和蛋白質組專案的蛋白證據行。此介面僅服務親和蛋白質組；傳統質譜 PXD 專案應使用 pride_find_projects_for_protein。

欄位	型別	要求與約束
`project_accession`	字串	必填
`keyword`	字串	可選

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_project_proteins", {"project_accession": "PXD010154"})

`pride_find_projects_for_protein`

按 UniProt 登入號查詢包含該蛋白的 PRIDE 質譜專案，再將返回的專案 ID 交給 pride_get_projects 獲取詳情。

欄位	型別	要求與約束
`protein_accession`	字串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_find_projects_for_protein", {"protein_accession": "P04637"})

`mgnify_get_analysis_files`

透過 MGnify API v2 列出一個分析的結果檔案後設資料，包括檔案型別、類別、已報告的位元組數和上游下載 URL。不下載檔案內容；缺少的大小和 URL 保留 null。

欄位	型別	必填與約束
`accession`	string	必填; maxLength: 32; pattern: "^MGYA[0-9]{8,}$"

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_analysis_files", {"accession": "MGYA00639970"})

`workbench_search_compounds`

按登記號、分子式、InChIKey 或 PubChem、HMDB、KEGG、ChEBI、LIPID MAPS、MetaCyc 交叉引用查詢 Metabolomics Workbench 化合物。返回可用結構、分子式、精確質量及交叉引用；不支援名稱輸入，先用 PubChem 解析名稱。limit 在取得有界響應後本地截斷，介面不分頁。

欄位	型別	必填與約束
`field`	string	必填; enum: ["regno", "formula", "inchi_key", "lm_id", "pubchem_cid", "hmdb_id", "kegg_id", "chebi_id", "metacyc_id"]
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可選; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_search_compounds", {"field": "pubchem_cid", "query": "5793"})

`workbench_search_studies`

按標題子串或研究機構搜尋公開 Metabolomics Workbench 研究，返回 ST 編號及可用物種、樣本數量、分析型別和許可資訊。limit 在本地截斷，介面不分頁。

欄位	型別	必填與約束
`field`	string	可選; default: "study_title"; enum: ["study_title", "institute"]
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可選; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_search_studies", {"query": "Diabetes", "limit": 20})

`workbench_get_study`

按 ST 加六位數字的編號讀取研究摘要、樣本及實驗因素、分析儀器資訊或代謝物註釋。section 選擇對應部分；保留上游欄位與因素文字。不會下載原始檔案或測量矩陣，limit 在本地截斷。

欄位	型別	必填與約束
`study_id`	string	必填; pattern: "^ST[0-9]{6}$"
`section`	string	可選; default: "summary"; enum: ["summary", "factors", "analysis", "metabolites"]
`limit`	integer	可選; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000

const result = await host.mcp("omics-archives", "workbench_get_study", {"study_id": "ST000001", "section": "factors"})

`geo_get_matrix_files`

發現 GEO Series Matrix 及 NCBI 生成的 RNA-seq 原始計數、FPKM/TPM 和基因註釋檔案，返回官方 URL 供手動下載。保留 GSE/GPL、檔名和來源；檔案發現不等於下載或表達量分析。

欄位	型別	必填與約束
`accession`	string	必填; pattern: "^GSE[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_get_matrix_files", {"accession":"GSE164073"})

`geo_preflight_matrix`

對已經讀取並解壓的密集 TSV 或 Series Matrix 文字做預檢，最多 8 MiB；此操作不訪問網路或檔案系統。用 geo_get_series 返回的 GSM 識別符號對映樣本列，不按列位置推測。預覽設定 complete=false，並保留完整表頭和預覽行；Series Matrix 還必須保留 !Sample_geo_accession、平臺後設資料及表格起始標記。僅完整檔案可設 complete=true，預覽不能確定總行列數，不支援稀疏矩陣、HDF5 或壓縮包。

欄位	型別	必填與約束
`text`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 8388608
`complete`	boolean	可選; default: false
`matrix_kind`	string	可選; default: "unknown"; enum: ["series_matrix", "raw_counts", "normalized_counts", "unknown"]
`samples`	array of object	可選; maxItems: 10000

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_preflight_matrix", {"text":"GeneID\tGSM5000001\n1\t12\n","complete":false,"matrix_kind":"raw_counts","samples":[{"accession":"GSM5000001"}]})

CellGuide

展開操作與引數

`get_cell_type_info`

按 Cell Ontology ID 或名稱獲取 CellGuide 細胞型別詳情，包含同義詞、本體定義及人工/GPT 描述。解讀描述時注意來源型別。

欄位	型別	要求與約束
`cell_type`	字串	必填

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_type_info", {"cell_type": "acinar cell"})

`search_cell_types`

按名稱和同義詞自由文字搜尋 CellGuide 細胞型別；工具在下載的後設資料目錄中篩選。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`limit`	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("cellguide", "search_cell_types", {"query": "T cell", "limit": 25})

`get_marker_genes`

獲取 CellGuide 細胞型別的標記基因，可選擇計算得到並帶分數的標記，或文獻整理的經典標記。

欄位	型別	要求與約束
`cell_type`	字串	必填
`marker_type`	字串	可選; 預設值： "computational"; 列舉： ["computational", "canonical"]
`limit`	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("cellguide", "get_marker_genes", {"cell_type": "CL:0000084", "marker_type": "computational", "limit": 25})

`get_source_data`

獲取 CellGuide 某細胞型別的來源資料集與文獻，包括集合 URL 及其覆蓋組織、疾病和物種。

欄位	型別	要求與約束
`cell_type`	字串	必填

const result = await host.mcp("cellguide", "get_source_data", {"cell_type": "CL:0000622"})

`get_cell_tissues`

彙總 CellGuide 來源集合中觀察到某細胞型別的組織，並對組織去重。

欄位	型別	要求與約束
`cell_type`	字串	必填

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_tissues", {"cell_type": "T cell"})

調控

展開操作與引數

`encode_search_experiments`

檢索 ENCODE 功能基因組實驗，可按 assay_title、靶標、物種、狀態、釋出日期及額外門戶欄位篩選。完整分頁核對；accessions 保留全部匹配 ID，摘要行受 max_rows 限制。

欄位	型別	要求與約束
`assay_title`	字串	可選
`target`	字串	可選
`organism`	字串	可選
`status`	字串	可選; 預設值： "released"
`date_released_before`	字串	可選
`extra_filters`	物件	可選
`max_rows`	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_experiments", {"target": "CTCF", "assay_title": "TF ChIP-seq", "max_rows": 50})

`encode_search_biosamples`

檢索 ENCODE 細胞系、組織或原代細胞樣本，可按本體名稱、分類、物種、狀態和建立日期篩選。完整核對匹配數；accessions 為完整列表，摘要行有上限。

欄位	型別	要求與約束
`term_name`	字串	可選
`classification`	字串	可選
`organism`	字串	可選
`status`	字串	可選; 預設值： "released"
`date_created_before`	字串	可選
`extra_filters`	物件	可選
`max_rows`	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_biosamples", {"term_name": "K562", "classification": "cell line", "max_rows": 25})

`encode_list_files`

按格式、測定和樣本檢索 ENCODE 檔案。assay_term_name 使用本體名稱（如 ChIP-seq），顯示名稱 TF ChIP-seq 應透過 extra_filters 的 assay_title 傳遞。無篩選結果極大，應組合多個條件；摘要行受 max_rows 限制。

欄位	型別	要求與約束
`file_format`	字串	可選
`assay_term_name`	字串	可選
`biosample_term_name`	字串	可選
`status`	字串	可選; 預設值： "released"
`date_created_before`	字串	可選
`extra_filters`	物件	可選
`max_rows`	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_list_files", {"file_format": "bed", "assay_term_name": "ChIP-seq", "biosample_term_name": "K562", "extra_filters": {"output_type": "peaks", "assembly": "GRCh38"}, "max_rows": 50})

`encode_get_experiment`

按 ENCSR 登入號獲取 ENCODE 實驗的穩定欄位，包括測定、靶標、樣本、實驗室、專案、日期、組裝、重複數和 DOI。易變門戶稽核/內部狀態不在記錄中。

欄位	型別	要求與約束
`accession`	字串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_experiment", {"accession": "ENCSR000AKP"})

`encode_get_file`

按 ENCFF 登入號獲取 ENCODE 檔案的格式、輸出型別、測定、組裝、資料集、重複、大小、MD5、讀長和下載地址。

欄位	型別	要求與約束
`accession`	字串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_file", {"accession": "ENCFF002JUR"})

`encode_get_biosample`

按 ENCBS 登入號獲取 ENCODE 生物樣本的本體、分類、物種、供體、處理、遺傳修飾、年齡、性別、實驗室及狀態等資訊。

欄位	型別	要求與約束
`accession`	字串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_biosample", {"accession": "ENCBS013JZP"})

`jaspar_get_matrix`

按帶版本的 JASPAR matrix ID 獲取 TF 結合譜、PFM、分類、物種、文獻和 logo URL。必須使用 MA0002.2 這樣的完整版本 ID；先用 jaspar_matrix_versions 確認版本。

欄位	型別	要求與約束
`matrix_id`	字串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_get_matrix", {"matrix_id": "MA0002.2"})

`jaspar_matrix_versions`

列出 JASPAR 基礎矩陣 ID 的全部版本，返回 matrix_id、名稱、集合和 URL 並核對數量。帶版本輸入會歸併到基礎 ID，可據此固定後續查詢版本。

欄位	型別	要求與約束
`base_id`	字串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_matrix_versions", {"base_id": "MA0002"})

`jaspar_list_matrices`

檢索 JASPAR 結合譜，可按集合、分類群、NCBI tax_id、TF 名稱或自由文字篩選，version=latest 可僅取最新版本。完整分頁核對；摘要行受 max_rows 限制。

欄位	型別	要求與約束
`collection`	字串	可選
`tax_group`	字串	可選
`tax_id`	整數	可選
`name`	字串	可選
`search`	字串	可選
`version`	字串	可選
`max_rows`	整數	可選; 預設值： 1000

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_matrices", {"tax_id": 9606, "collection": "CORE", "version": "latest", "max_rows": 200})

`jaspar_list_species`

列出有 JASPAR 結合譜的全部物種與 NCBI tax_id，核對數量；tax_id 可供矩陣查詢使用。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_species", {})

`jaspar_list_taxa`

列出 JASPAR 分類群，如 vertebrates、plants、fungi；名稱可用於 tax_group 篩選。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_taxa", {})

`jaspar_list_collections`

列出 JASPAR 集合及名稱，供 collection 篩選。CORE 表示整理後的非冗餘結合譜。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_collections", {})

`jaspar_list_releases`

列出 JASPAR 資料釋出的年份、編號和 active 標誌。選擇 motif 時記錄所用釋出，以便後續比較。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_releases", {})

`unibind_search_tfbs`

檢索 UniBind ChIP-seq 高置信 TFBS 資料集，每項對應實驗、細胞型別與 TF。條件組合為 AND，除 search 外主要為精確匹配；collection 區分 Robust 與 Permissive。total 是實際總數，max_rows 限制返回摘要。

欄位	型別	要求與約束
`tf_name`	字串	可選
`cell_line`	字串	可選
`species`	字串	可選
`collection`	字串	可選; 列舉： ["Robust", "Permissive"]
`jaspar_id`	字串	可選
`search`	字串	可選
`max_rows`	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_search_tfbs", {"tf_name": "CTCF", "collection": "Robust", "max_rows": 50})

`unibind_get_dataset`

按搜尋返回的 tf_id 獲取 UniBind 資料集詳情，包括來源、TF、條件、JASPAR ID、峰數及逐模型 TFBS 數量/閾值。完整結合位點透過返回的 BED/FASTA URL 下載，而非另一次 MCP 呼叫。

欄位	型別	要求與約束
`tf_id`	字串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_get_dataset", {"tf_id": "ENCSR000AUE.A549_lung_carcinoma.CTCF"})

`unibind_tfbs_in_region`

透過 UCSC hubApi 獲取與區域重疊的 UniBind TFBS。使用支援的 UCSC 組裝、chr 字首及從 0 開始的半開區間；視窗不超過 1000000 bp。每次最多掃描 20000 項，region_scan_complete 為 false 時應縮小視窗，尤其不能將篩選後未命中解釋為沒有位點。

欄位	型別	要求與約束
`genome`	字串	必填
`chrom`	字串	必填
`start`	整數	必填
`end`	整數	必填
`tf_name`	字串	可選
`collection`	字串	可選; 預設值： "Robust"; 列舉： ["Robust", "Permissive"]
`max_sites`	整數	可選; 預設值： 2000

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_tfbs_in_region", {"genome": "hg38", "chrom": "chr1", "start": 1000000, "end": 1010000, "collection": "Robust"})

科研資源

展開操作與引數

`search_grants`

檢索 Grants.gov 資助機會，至少提供一個條件。預設狀態為 forecasted 和 posted；歷史機會需加入 closed/archived。count_only 只取數量與分面，max_records 限制輸出行，完整獲取與截斷狀態分別報告。

欄位	型別	要求與約束
`keyword`	字串	可選
`opportunity_number`	字串	可選
`aln`	字串	可選
`agencies`	字串陣列	可選
`opportunity_statuses`	字串陣列	可選
`eligibilities`	字串陣列	可選
`funding_categories`	字串陣列	可選
`funding_instruments`	字串陣列	可選
`count_only`	布林值	可選; 預設值： false
`max_records`	整數	可選; 預設值： 100
`include_facets`	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("research-resources", "search_grants", {"keyword": "cancer", "agencies": ["HHS-NIH11"], "max_records": 25})

`search_antibodies`

全文檢索 Antibody Registry，按抗體名稱、靶標和目錄文字進行詞項匹配，TP53 與 p53 是不同查詢。匿名訪問深度受限，超出 offset 500 會標記 anonymous_limit_hit；指定頁時從 1 開始並遵守該上限。

欄位	型別	要求與約束
`query`	字串	必填
`page`	整數	可選
`page_size`	整數	可選; 預設值： 100
`max_records`	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("research-resources", "search_antibodies", {"query": "CD4", "max_records": 100})

`get_antibody`

按數字、AB_ 或 RRID:AB_ 標識獲取抗體詳情。一個登入號可能對應多個整理記錄；不存在時 record_count 為 0，不作為異常。

欄位	型別	要求與約束
`antibody_id`	字串	必填

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody", {"antibody_id": "RRID:AB_3643095"})

`find_antibodies_by_catalog`

按供應商目錄號精確匹配抗體，不區分大小寫；可加供應商名稱縮小結果。工具使用全文候選加本地精確篩選，以處理上游列篩選介面錯誤。

欄位	型別	要求與約束
`catalog_number`	字串	必填
`vendor`	字串	可選
`page_size`	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("research-resources", "find_antibodies_by_catalog", {"catalog_number": "ab32572"})

`get_antibody_registry_stats`

獲取 Antibody Registry 抗體總數及最近更新日期，返回上游統計內容。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody_registry_stats", {})

BioMart

展開操作與引數

`list_marts`

列出 Ensembl BioMart 資料庫。查詢層級為 mart → dataset → attributes/filters，返回的 mart 名用於 list_datasets。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("biomart", "list_marts", {})

`list_datasets`

列出指定 mart 的資料集，返回名稱可用於欄位、篩選與資料查詢。

欄位	型別	要求與約束
`mart`	字串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_datasets", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL"})

`list_common_attributes`

列出資料集常用欄位的精選子集，建議在請求完整欄位表前使用。mart 引數僅為簽名相容而保留，實際查詢由 dataset 決定。

欄位	型別	要求與約束
`mart`	字串	必填
`dataset`	字串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_common_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

`list_all_attributes`

列出資料集可用欄位，排除體量較大的同源與晶片探針欄位。結果可能很大，優先使用 list_common_attributes；mart 不參與實際查詢。

欄位	型別	要求與約束
`mart`	字串	必填
`dataset`	字串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_all_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

`list_filters`

列出資料集可用篩選欄位，如染色體和 biotype，可作為 get_data 的 filters 字典。實際查詢由 dataset 決定，mart 不參與。

欄位	型別	要求與約束
`mart`	字串	必填
`dataset`	字串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_filters", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

`get_data`

執行 BioMart 資料查詢，返回指定 attributes，可由 filters 限定範圍。實際使用 dataset 定位資料，mart 引數不參與查詢。

欄位	型別	要求與約束
`mart`	字串	必填
`dataset`	字串	必填
`attributes`	字串陣列	必填
`filters`	物件	可選

const result = await host.mcp("biomart", "get_data", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "attributes": ["ensembl_gene_id", "external_gene_name", "chromosome_name"], "filters": {"chromosome_name": "Y", "biotype": "protein_coding"}})

`get_translation`

在一個 BioMart 資料集中，將單個標識從一種屬性型別對映為另一種；實際查詢由 dataset 決定，mart 不參與。

欄位	型別	要求與約束
`mart`	字串	必填
`dataset`	字串	必填
`from_attr`	字串	必填
`to_attr`	字串	必填
`target`	字串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "get_translation", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "target": "TP53"})

`batch_translate`

在同一次 BioMart 查詢中批次對映多個標識，比逐次 get_translation 更高效。實際查詢由 dataset 決定，mart 不參與。

欄位	型別	要求與約束
`mart`	字串	必填
`dataset`	字串	必填
`from_attr`	字串	必填
`to_attr`	字串	必填
`targets`	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("biomart", "batch_translate", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "targets": ["TP53", "BRCA1", "BRCA2"]})

ZINC

展開操作與引數

`zinc_search_by_id`

批次按最多 100 個 ZINC ID 查詢可購買化合物及供應來源。上游採用提交加輪詢，耗時受 timeout_s 限制。

欄位	型別	要求與約束
`zinc_ids`	['字串', '陣列']	必填
`max_results`	整數	可選; 預設值： 50
`timeout_s`	數值	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_id", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

`zinc_search_by_smiles`

按 SMILES 檢索 ZINC22 可購買化學空間，dist 控制從精確到相似結構的範圍；無需單獨相似性工具。此查詢較慢，建議逐步增大 dist。

欄位	型別	要求與約束
`smiles`	字串	必填
`dist`	整數	可選; 預設值： 0
`adist`	整數	可選
`max_results`	整數	可選; 預設值： 50
`timeout_s`	數值	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_smiles", {"smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O", "dist": 2})

`zinc_search_by_supplier`

批次將最多 100 個供應商目錄號解析為 ZINC 化合物及結構。上游使用提交加輪詢。

欄位	型別	要求與約束
`supplier_codes`	['字串', '陣列']	必填
`max_results`	整數	可選; 預設值： 50
`timeout_s`	數值	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_supplier", {"supplier_codes": ["MCULE-2311834287"]})

`zinc_random_sample`

從 ZINC22 隨機抽取可購買化合物，用於篩選集合、屬性基線或誘餌集。count 同時為結果上限；再次呼叫會重新抽樣。上游使用提交加輪詢。

欄位	型別	要求與約束
`count`	整數	可選; 預設值： 50
`subset`	字串	可選
`timeout_s`	數值	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_random_sample", {"count": 25, "subset": "lead-like"})

`zinc_get_3d`

為 ZINC 化合物定位適合對接的預生成三維構象檔案，如 db2.gz、mol2.gz、sdf.gz。按 tranche 返回下載位置，每次最多 50 個 ID；此操作解析地址，後續仍需下載並準備對接輸入。

欄位	型別	要求與約束
`zinc_ids`	['字串', '陣列']	必填
`timeout_s`	數值	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_get_3d", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

示例響應記錄

示例響應記錄提供準確輸入、截短的響應片段和逐項狀態。請區分返回記錄、空匹配和請求失敗。結果可能是後設資料、結構說明或識別符號；用於研究前，先核對來源欄位與完整性標記。

GDC

展開操作與引數

`gdc_list_projects`

分頁列出 GDC 癌症專案及病例、檔案彙總。篩選條件和結果數量有明確邊界，此操作只發現後設資料，不下載檔案。頁碼從 1 開始，最多 10000 頁；next_page 為空也可能因為總量未知或達到頁數上限，不能單獨證明已獲取全部結果。

欄位	型別	必填與約束
`project_ids`	string / array	可選
`disease_type`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 200
`primary_site`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 200
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000
`page_size`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_list_projects", {"project_ids": "TCGA-BRCA", "page_size": 5})

`gdc_list_cases`

分頁列出 GDC 病例（樣本供體），包含項目、疾病、樣本和 aliquot 元數據。case_ids 指定病例 UUID；它們不是樣本標識符。結果不授予受控數據訪問權限，也不下載文件。

字段	類型	要求與限制
`project_ids`	string / array	可選
`submitter_ids`	string / array	可選
`case_ids`	string / array	可選
`page`	integer	可選; 默認值: 1; 最小值: 1; 最大值: 10000
`page_size`	integer	可選; 默認值: 20; 最小值: 1; 最大值: 100

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_list_cases", {"project_ids": ["TCGA-BRCA"], "page_size": 5})

`gdc_search_files`

按項目、病例 UUID、樣本類型和分析流程檢索 GDC 文件。每個篩選項內部按 OR 合併，不同篩選項之間按 AND 合併。保留文件關聯的樣本、aliquot、分析流程及腫瘤／正常信息；同一病例的不同標本不可直接混合。每個文件標明 open 或 controlled；元數據可查詢不等於具備下載權限。

字段	類型	要求與限制
`project_ids`	string / array	可選
`case_ids`	string / array	可選
`sample_types`	string / array	可選
`workflow_types`	string / array	可選
`access`	string	可選; 默認值: "all"; 允許值: ["all", "open", "controlled"]
`data_category`	string	可選; 最短長度: 1; 最長長度: 200
`data_type`	string	可選; 最短長度: 1; 最長長度: 200
`data_format`	string	可選; 最短長度: 1; 最長長度: 50
`file_name`	string	可選; 最短長度: 1; 最長長度: 500
`page`	integer	可選; 默認值: 1; 最小值: 1; 最大值: 10000
`page_size`	integer	可選; 默認值: 20; 最小值: 1; 最大值: 100

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_search_files", {"project_ids": ["TCGA-BRCA"], "sample_types": "Primary Tumor", "workflow_types": "STAR - Counts", "access": "open", "page_size": 10})

`gdc_get_file`

按一個 GDC 檔案 UUID 獲取後設資料和 open／controlled 訪問類別，不下載檔案，也不保證當前使用者可下載。只有公開檔案返回 download_url；受控檔案需在此後設資料查詢之外取得 GDC 授權及相應令牌。

欄位	型別	必填與約束
`file_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[1-5][0-9a-fA-F]{3}-[89abAB][0-9a-fA-F]{3}-[0-9a-fA-F]{12}$"

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_get_file", {"file_id": "cb92f61d-041c-4424-a3e9-891b7545f351"})

`gdc_get_manifest`

為最多 100 個檔案 UUID 生成 GDC Data Transfer Tool 清單文字。清單不下載檔案，也不繞過受控訪問授權。按 UUID 對應返回行，不依賴請求順序。任一 UUID 不存在時請求以 HTTP 404 失敗，而非返回部分成功清單。

欄位	型別	必填與約束
`file_ids`	array of string	必填; minItems: 1; maxItems: 100; uniqueItems: true

const result = await host.mcp("gdc", "gdc_get_manifest", {"file_ids": ["cb92f61d-041c-4424-a3e9-891b7545f351"]})

Zenodo

展開操作與引數

`search_records`

使用 Zenodo 查詢語法檢索公開記錄，單次最多 25 條，無需認證。預設僅列出最新版本，all_versions 可包含舊版本。翻頁時保持 query、page_size、sort 和 all_versions 不變。檢索視窗最多 10000 條，pagination_limited 為 true 時需縮小查詢。公開後設資料不代表檔案開放下載；total_relation 區分精確總量 eq 與下界 gte。

欄位	型別	必填與約束
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 1000; pattern: "\S"
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000
`page_size`	integer	可選; default: 10; minimum: 1; maximum: 25
`sort`	string	可選; default: "bestmatch"; enum: ["bestmatch", "mostrecent"]
`all_versions`	boolean	可選; default: false

const result = await host.mcp("zenodo", "search_records", {"query": "title:climate", "page_size": 5})

`get_record`

按十進位制記錄 ID 獲取 Zenodo 公開後設資料及可見檔案清單，不接受 DOI 或 URL。概念 ID 可能解析到最新版本，應儲存返回的版本級 record_id，區分 requested_record_id 與 concept_record_id。description_html 為未經淨化的上游 HTML。檔案連結和校驗值僅為後設資料，不代表已下載、校驗或探測訪問。檔案清單為 null 表示缺失，空陣列表示明確返回空清單；受限記錄的公開後設資料不保證檔案可訪問。

欄位	型別	必填與約束
`record_id`	string	必填; maxLength: 20; pattern: "^[1-9][0-9]*$"

const result = await host.mcp("zenodo", "get_record", {"record_id": "8435696"})

HMMER

展開操作與引數

`search`

提交一次非同步 EMBL-EBI HMMER3 搜尋。program 可選 phmmer（蛋白序列對序列庫）、hmmscan（蛋白序列對 Pfam 模型）、hmmsearch（profile HMM／比對對序列庫）或 jackhmmer（迭代遠緣同源檢索）。input 使用該程式支援的 FASTA、profile HMM 或比對文字，database 為提供方資料庫名。閾值使用 HMMER 引數 incE/incdomE、E/domE、incT/incdomT、T/domT；iterations 控制 jackhmmer 輪數。儲存返回的 job_id，再查詢 status。提交不等於完成；響應丟失可能已有遠端任務，不要自動重提。

欄位	型別	必填與約束
`program`	string	必填; enum: ["phmmer", "hmmscan", "hmmsearch", "jackhmmer"]
`database`	string	必填; enum: ["refprot", "uniprot", "swissprot", "pdb", "rp15", "rp35", "rp55", "rp75", "pfam"]
`input`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200000
`incE`	number	可選; exclusiveMinimum: 0; maximum: 10
`incdomE`	number	可選; exclusiveMinimum: 0; maximum: 10
`incT`	number	可選; exclusiveMinimum: 0
`incdomT`	number	可選; exclusiveMinimum: 0
`E`	number	可選; exclusiveMinimum: 0; maximum: 10
`domE`	number	可選; exclusiveMinimum: 0; maximum: 10
`T`	number	可選; exclusiveMinimum: 0
`domT`	number	可選; exclusiveMinimum: 0
`popen`	number	可選; minimum: 0
`pextend`	number	可選; minimum: 0
`mx`	string	可選; enum: ["BLOSUM45", "BLOSUM62", "BLOSUM90", "PAM30", "PAM70"]
`iterations`	integer	可選; minimum: 1; maximum: 9

const result = await host.mcp("hmmer", "search", {"program":"hmmscan","database":"pfam","input":">query\nMKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDK"})

`status`

查詢一次已有 HMMER 任務，不自動輪詢或重提。SUCCESS 表示可獲取結果，PENDING／RUNNING 表示等待後再查；ERROR／FAILURE／NOT_FOUND 是終止狀態，不等於零命中。保留準確 job_id。

欄位	型別	必填與約束
`job_id`	string	必填; maxLength: 36; pattern: "^[A-Fa-f0-9]{8}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{12}$"

const result = await host.mcp("hmmer", "status", {"job_id":"8ebb1d5f-4457-4da8-808c-f811105c3654"})

`results`

先查詢一次狀態，僅 SUCCESS 時讀取包含結構域註釋的全部結果頁。等待或失敗時不返回結果載荷；jackhmmer 迭代記錄保留提供方陣列結構。結果保留期有限，應儲存到 Notebook 產物。成功後的空匹配列表是零命中，不能與等待或失敗混淆。

欄位	型別	必填與約束
`job_id`	string	必填; maxLength: 36; pattern: "^[A-Fa-f0-9]{8}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{4}-[A-Fa-f0-9]{12}$"

const result = await host.mcp("hmmer", "results", {"job_id":"8ebb1d5f-4457-4da8-808c-f811105c3654"})

InterProScan

展開操作與引數

`status`

透過已有 job_id 查詢一次 InterProScan 註釋任務，至少間隔 10 秒再查。FINISHED 後可獲取結果；ERROR／FAILURE 表示失敗，NOT_FOUND 表示未知或過期，不是零命中。此 status 操作不提交或重提任務。

欄位	型別	必填與約束
`job_id`	string	必填; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9_-]{0,199}$"

const result = await host.mcp("interproscan", "status", {"job_id":"iprscan5-R20260922-123456-0123-12345678-p1m"})

`results`

先查詢一次狀態，僅 FINISHED 時獲取完整 TSV 報告，上限 2 MiB，超限報錯而不截斷。不自動重試、輪詢或重提。及時儲存報告，避擴音供方結果過期。每行對應一個 signature 匹配；座標從 1 開始且包含兩端，分數含義由各分析程式決定，可選列含 InterPro、GO 與通路註釋。FINISHED 後的空報告表示沒有返回匹配，不證明蛋白沒有功能。

欄位	型別	必填與約束
`job_id`	string	必填; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9_-]{0,199}$"

const result = await host.mcp("interproscan", "results", {"job_id":"iprscan5-R20260922-123456-0123-12345678-p1m"})

`submit`

向 EMBL-EBI InterProScan 提交蛋白質序列或 FASTA，最多 1,000 條記錄，每條最多 10,000 個殘基，編碼請求體不超過 4 MiB。在 Settings → Credentials → Literature access 配置有效聯絡郵箱；序列和郵箱會傳送給 EMBL-EBI。返回 job_id 和 SUBMITTED 不代表完成。儲存任務 ID，至少間隔 10 秒呼叫 status，FINISHED 後呼叫 results。沒有後臺輪詢、任務登錄檔或結果快取。響應丟失時任務可能已經受理，不要自動重複提交。退出應用或取消本地請求不能取消、刪除遠端任務。單批最多 30 個任務，完成處理後再提交下一批；應用不強制跨呼叫限流。TSV 報告上限為 2 MiB，超出時失敗而非截斷，結果過期前應儲存。

欄位	型別	必填與約束
`sequence`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 4194304
`title`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 200

const result = await host.mcp("interproscan", "submit", {"sequence":">query\nMKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDK"})

Pathway Commons

展開操作與引數

`pathway_commons_search`

按基因、蛋白、通路關鍵詞或 Lucene 查詢搜尋 Pathway Commons BioPAX 模型。結果包含 BioPAX 型別、URI、來源資料庫、物種和通路後設資料；後續圖查詢或匯出使用實際返回的 URI。

欄位	型別	必填與約束
`q`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 512
`type`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 64
`organism`	array of string	可選; maxItems: 20
`datasource`	array of string	可選; maxItems: 20
`page`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 10000

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_search", {"q": "TP53", "type": "ProteinReference", "organism": ["9606"]})

`pathway_commons_top_pathways`

按關鍵詞或 Lucene 查詢查詢頂層通路，可限定物種及 Reactome 等來源。

欄位	型別	必填與約束
`q`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 512
`organism`	array of string	可選; maxItems: 20
`datasource`	array of string	可選; maxItems: 20

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_top_pathways", {"q": "insulin", "datasource": ["reactome"], "organism": ["9606"]})

`pathway_commons_graph`

查詢基因鄰域、基因集合間路徑、來源到目標的有向路徑，或共同上游／下游。SIF 返回標準化互作記錄；TXT 包含邊和節點；GSEA、BioPAX、SBGN 等保留文字匯出。PATHSFROMTO 還需要 target；選擇與問題相符的方向和步數限制。

欄位	型別	必填與約束
`source`	array of string	必填; minItems: 1; maxItems: 100
`target`	array of string	可選; minItems: 1; maxItems: 100
`kind`	string	可選; default: "NEIGHBORHOOD"; enum: ["NEIGHBORHOOD", "PATHSBETWEEN", "PATHSFROMTO", "COMMONSTREAM"]
`format`	string	可選; default: "SIF"; enum: ["BIOPAX", "SIF", "TXT", "GSEA", "SBGN", "JSONLD"]
`limit`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 10
`direction`	string	可選; enum: ["UPSTREAM", "DOWNSTREAM", "BOTHSTREAM", "UNDIRECTED"]
`limit_type`	string	可選; default: "NORMAL"; enum: ["NORMAL", "SHORTEST_PLUS_K"]
`pattern`	array of string	可選; maxItems: 14
`organism`	array of string	可選; maxItems: 20
`datasource`	array of string	可選; maxItems: 20
`subpathways`	boolean	可選; default: false

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_graph", {"kind": "NEIGHBORHOOD", "source": ["TP53"], "format": "SIF", "pattern": ["INTERACTS_WITH"]})

`pathway_commons_export`

用一個或多個實際返回的 Pathway Commons ID／URI 匯出 BioPAX 子模型。支援 BioPAX、GSEA GMT、JSON-LD、SIF、TXT 和 SBGN；精確通路匯出應使用 search／top_pathways 返回的 URI。

欄位	型別	必填與約束
`uri`	array of string	必填; minItems: 1; maxItems: 100
`format`	string	可選; default: "BIOPAX"; enum: ["BIOPAX", "SIF", "TXT", "GSEA", "SBGN", "JSONLD"]
`pattern`	array of string	可選; maxItems: 14
`subpathways`	boolean	可選; default: false

const result = await host.mcp("pathway-commons", "pathway_commons_export", {"uri": ["R-HSA-201451"], "format": "GSEA"})

Alliance Genome Resources

展開操作與引數

`alliance_get_gene`

按 Alliance 基因 ID 查詢人類或模式生物基因摘要，包括符號、物種、基因組位置、簡介和交叉引用。

欄位	型別	必填與約束
`gene_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene", {"gene_id": "MGI:97490"})

`alliance_search_genes`

按符號、名稱或識別符號搜尋 Alliance 的人類及模式生物基因。檢查返回的物種和資料庫名稱空間，再使用基因 ID。

欄位	型別	必填與約束
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_search_genes", {"query": "pax6", "limit": 10})

`alliance_get_gene_orthologs`

查詢 Alliance 基因的跨物種直系同源關係，保留嚴格程度和預測方法；同源關係不等於功能或疾病表型完全相同。

欄位	型別	必填與約束
`gene_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`stringency`	string	可選; default: "stringent"; enum: ["stringent", "moderate", "all"]
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_orthologs", {"gene_id": "HGNC:8620", "stringency": "stringent"})

`alliance_get_gene_disease_models`

查詢一個 Alliance 基因的疾病關聯和模式生物疾病模型，保留證據來源與物種。

欄位	型別	必填與約束
`gene_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_disease_models", {"gene_id": "MGI:97490"})

`alliance_get_gene_phenotypes`

查詢 Alliance 基因的表型註釋。

欄位	型別	必填與約束
`gene_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_phenotypes", {"gene_id": "HGNC:6081", "limit": 20})

`alliance_get_gene_alleles`

查詢 Alliance 基因關聯的等位基因及變異，包括疾病和表型標記。

欄位	型別	必填與約束
`gene_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_alleles", {"gene_id": "MGI:97490"})

`alliance_get_gene_expression`

查詢 Alliance 基因的表達註釋，保留髮育階段、解剖部位、資料提供方和證據。

欄位	型別	必填與約束
`gene_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_gene_expression", {"gene_id": "ZFIN:ZDB-GENE-990415-8"})

`alliance_get_disease_genes`

按 Disease Ontology 識別符號查詢 Alliance 中相關的人類及模式生物基因。

欄位	型別	必填與約束
`disease_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("alliance", "alliance_get_disease_genes", {"disease_id": "DOID:162", "limit": 20})

CELLxGENE Discover

展開操作與引數

`list_collections`

列出公開 CELLxGENE Discover 集合，可按名稱、描述或 DOI 子串篩選（不區分大小寫）。每次請求獲取完整上游目錄後在本地篩選分頁，跨請求結果可能變化；儲存版本 ID 以固定資料快照。

欄位	型別	必填與約束
`query`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 1000000
`page_size`	integer	可選; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_collections", {"query":"liver","page_size":10})

`get_collection`

按 collection_id 讀取最新公開集合後設資料及一頁資料集摘要。本地分頁，每次重新讀取上游；儲存版本 ID。

欄位	型別	必填與約束
`collection_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 1000000
`page_size`	integer	可選; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_collection", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6"})

`list_datasets`

列出公開資料集。query 匹配標題、集合名稱或 DOI 子串；organism、tissue、disease、assay、cell_type 精確匹配本體 ID 或標籤（不區分大小寫），多個過濾條件同時滿足。schema_version 可返回匹配模式版本的歷史資料集；繼續讀取時使用返回的 dataset_version_id。每次請求重新讀取上游後本地篩選分頁。

欄位	型別	必填與約束
`query`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`collection_id`	string	可選; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`organism`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`tissue`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`disease`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`assay`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`cell_type`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`schema_version`	string	可選; pattern: "^\d+(\.\d+){0,2}$"
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 1000000
`page_size`	integer	可選; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_datasets", {"organism":"NCBITaxon:9606","tissue":"liver","page_size":10})

`get_dataset`

用 collection_id 和 dataset_id 讀取當前公開資料集的後設資料、本體註釋、引用、檔案及版本 ID。

欄位	型別	必填與約束
`collection_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`dataset_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_dataset", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6","dataset_id":"0bbf93aa-2d3a-420f-95a1-26fe384024cb"})

`list_collection_versions`

按集合 ID 列出已釋出版本，最新在前，保留版本 ID 和資料集數量。本地分頁，每次重新讀取上游。

欄位	型別	必填與約束
`collection_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 1000000
`page_size`	integer	可選; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_collection_versions", {"collection_id":"9a71db9e-687f-41f0-b88e-544eb1314ef6"})

`get_collection_version`

讀取指定 collection_version_id 的已釋出快照及一頁資料集版本，不會自動改為最新集合。本地分頁。

欄位	型別	必填與約束
`collection_version_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 1000000
`page_size`	integer	可選; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_collection_version", {"collection_version_id":"46ac9732-ff1c-4f87-86d7-0488d15aecd3"})

`list_dataset_versions`

按 dataset_id 列出已釋出版本，最新在前，保留模式版本與釋出日期。本地分頁。

欄位	型別	必填與約束
`dataset_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 1000000
`page_size`	integer	可選; default: 25; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_dataset_versions", {"dataset_id":"0bbf93aa-2d3a-420f-95a1-26fe384024cb"})

`get_dataset_version`

讀取指定 dataset_version_id 的完整後設資料和檔案資訊。此 ID 與 dataset_id 不同。

欄位	型別	必填與約束
`dataset_version_id`	string	必填; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "get_dataset_version", {"dataset_version_id":"8e0fcb64-735c-4fcb-a74b-12a3518683d1"})

`list_dataset_files`

提供 dataset_version_id 固定釋出版本，或同時提供 collection_id 與 dataset_id 讀取當前版本，兩種方式恰好選擇一種。使用 schema_version 篩選後應傳入結果的 dataset_version_id。返回可用 H5AD、RDS 或 ATAC 檔案清單，不下載二進位制檔案，也不查詢 Census 表達矩陣。

恰好選擇一組輸入：dataset_version_id / collection_id + dataset_id。

欄位	型別	必填與約束
`collection_id`	string	按上方條件提供; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`dataset_id`	string	按上方條件提供; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`dataset_version_id`	string	按上方條件提供; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"

const result = await host.mcp("cellxgene-discover", "list_dataset_files", {"dataset_version_id":"8e0fcb64-735c-4fcb-a74b-12a3518683d1"})

IEDB

展開操作與引數

`search_epitopes`

查詢 IEDB 表位證據，至少提供一個生物學或證據過濾條件。antigen_iri 與 uniprot_accession 不能同時提供。保留負結果、測量單位、不等號、方法和來源；記錄是資料庫觀測，不是預測。聚合欄位可來自不同實驗，需要同一實驗共同滿足條件時查詢 assay。MHC 配體洗脫不等於結合親和力。

至少提供一組：epitope_id / reference_id / host_taxonomy_id / source_taxonomy_id / antigen_iri / uniprot_accession / mhc_allele / mhc_class / qualitative_measure / assay_iri / pdb_id / sequence.

欄位	型別	必填與約束
`epitope_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方條件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方條件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方條件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`sequence`	string	按上方條件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_epitopes", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

`search_antigens`

查詢 IEDB 抗原證據，至少提供一個生物學或證據過濾條件。antigen_iri 與 uniprot_accession 不能同時提供。保留負結果、測量單位、不等號、方法和來源；記錄是資料庫觀測，不是預測。聚合欄位可來自不同實驗，需要同一實驗共同滿足條件時查詢 assay。MHC 配體洗脫不等於結合親和力。

欄位	型別	必填與約束
`epitope_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方條件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方條件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方條件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`antigen_name`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_antigens", {"uniprot_accession": "P01012", "limit": 20})

`search_tcell_assays`

查詢 IEDB T 細胞實驗證據，至少提供一個生物學或證據過濾條件。antigen_iri 與 uniprot_accession 不能同時提供。保留負結果、測量單位、不等號、方法和來源；記錄是資料庫觀測，不是預測。聚合欄位可來自不同實驗，需要同一實驗共同滿足條件時查詢 assay。MHC 配體洗脫不等於結合親和力。

欄位	型別	必填與約束
`epitope_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方條件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方條件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方條件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`sequence`	string	按上方條件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`assay_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_tcell_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

`search_bcell_assays`

查詢 IEDB B 細胞實驗證據，至少提供一個生物學或證據過濾條件。antigen_iri 與 uniprot_accession 不能同時提供。保留負結果、測量單位、不等號、方法和來源；記錄是資料庫觀測，不是預測。聚合欄位可來自不同實驗，需要同一實驗共同滿足條件時查詢 assay。MHC 配體洗脫不等於結合親和力。

欄位	型別	必填與約束
`epitope_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方條件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方條件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方條件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`sequence`	string	按上方條件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`assay_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_bcell_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

`search_mhc_assays`

查詢 IEDB MHC 結合與配體洗脫實驗證據，至少提供一個生物學或證據過濾條件。antigen_iri 與 uniprot_accession 不能同時提供。保留負結果、測量單位、不等號、方法和來源；記錄是資料庫觀測，不是預測。聚合欄位可來自不同實驗，需要同一實驗共同滿足條件時查詢 assay。MHC 配體洗脫不等於結合親和力。

欄位	型別	必填與約束
`epitope_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方條件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方條件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方條件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`sequence`	string	按上方條件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`assay_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_mhc_assays", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

`search_references`

查詢 IEDB 來源文獻證據，至少提供一個生物學或證據過濾條件。antigen_iri 與 uniprot_accession 不能同時提供。保留負結果、測量單位、不等號、方法和來源；記錄是資料庫觀測，不是預測。聚合欄位可來自不同實驗，需要同一實驗共同滿足條件時查詢 assay。MHC 配體洗脫不等於結合親和力。

欄位	型別	必填與約束
`epitope_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方條件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方條件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方條件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`pubmed_id`	string	按上方條件提供; maxLength: 12; pattern: "^[1-9][0-9]*(?![\s\S])"
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_references", {"reference_id": 1023094, "limit": 20})

`search_tcrs`

檢索 IEDB TCR 受體組及鏈、人工整理／計算的基因註釋、關聯實驗和文獻。sequence 是表位序列，chain1_cdr3／chain2_cdr3 才是受體鏈 CDR3。至少提供一個生物學或證據篩選條件，limit／offset 不算。篩選作用於受體組，不逐項過濾嵌入的匯出記錄；宿主和實驗結果可來自組內不同實驗。要確認同一實驗同時滿足條件，沿 assay__iedb_ids 查詢對應 assay 操作及實驗條件。分頁只描述受體組，has_more=false 不證明嵌入證據匯出完整。保留陰性與缺失值的區別，不能把資料庫觀測解釋為結合預測；交叉引用是來源提供的對映，不是序列推導的身份。

欄位	型別	必填與約束
`epitope_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方條件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方條件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方條件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`sequence`	string	按上方條件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`receptor_group_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`chain1_cdr3`	string	按上方條件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`chain2_cdr3`	string	按上方條件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_tcrs", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

`search_bcrs`

檢索 IEDB BCR 受體組及鏈、人工整理／計算的基因註釋、關聯實驗和文獻。sequence 是表位序列，chain1_cdr3／chain2_cdr3 才是受體鏈 CDR3。至少提供一個生物學或證據篩選條件，limit／offset 不算。篩選作用於受體組，不逐項過濾嵌入的匯出記錄；宿主和實驗結果可來自組內不同實驗。要確認同一實驗同時滿足條件，沿 assay__iedb_ids 查詢對應 assay 操作及實驗條件。分頁只描述受體組，has_more=false 不證明嵌入證據匯出完整。保留陰性與缺失值的區別，不能把資料庫觀測解釋為結合預測；交叉引用是來源提供的對映，不是序列推導的身份。

欄位	型別	必填與約束
`epitope_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`reference_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`host_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`source_taxonomy_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`antigen_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`uniprot_accession`	string	按上方條件提供; pattern: "^[A-Z0-9]{6}(?:[A-Z0-9]{4})?(?:-[1-9][0-9]*)?(?![\s\S])"
`mhc_allele`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`mhc_class`	string	按上方條件提供; enum: ["I", "II"]
`qualitative_measure`	string	按上方條件提供; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`assay_iri`	string	按上方條件提供; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9_]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9._:-](?![\s\S])"
`pdb_id`	string	按上方條件提供; pattern: "^[0-9][A-Za-z0-9]{3}(?![\s\S])"
`sequence`	string	按上方條件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`receptor_group_id`	integer	按上方條件提供; minimum: 1; maximum: 9007199254740991
`chain1_cdr3`	string	按上方條件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`chain2_cdr3`	string	按上方條件提供; maxLength: 1000; pattern: "^[A-Za-z]+(?![\s\S])"
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("iedb", "search_bcrs", {"epitope_id": 25750, "limit": 20})

Monarch Initiative

展開操作與引數

`monarch_get_disease_phenotypes`

用 Monarch 索引中的規範疾病 CURIE 查詢疾病—表型關聯，保留來源、文獻、證據、否定標記及頻率等限定。來源別名不會自動轉換；零條匹配不表示不存在證據。direct 指識別符號匹配，不等於實驗已證實。

欄位	型別	必填與約束
`disease_id`	string	必填; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-](?![\s\S])"
`phenotype_id`	string	可選; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-](?![\s\S])"
`primary_knowledge_source`	string	可選; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-](?![\s\S])"
`direct`	boolean	可選; default: true
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("monarch", "monarch_get_disease_phenotypes", {"disease_id": "MONDO:0007947", "limit": 20})

`monarch_get_gene_phenotypes`

用 Monarch 索引中的規範基因 CURIE 查詢基因—表型關聯，保留來源、文獻、證據及上下文。direct=false 擴充套件本體後代；檢查返回實體和 knowledge_level、agent_type，區分推斷關聯。

欄位	型別	必填與約束
`gene_id`	string	必填; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-](?![\s\S])"
`phenotype_id`	string	可選; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-](?![\s\S])"
`primary_knowledge_source`	string	可選; maxLength: 200; pattern: "^[A-Za-z][A-Za-z0-9.-]:[A-Za-z0-9][A-Za-z0-9.:-](?![\s\S])"
`direct`	boolean	可選; default: true
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("monarch", "monarch_get_gene_phenotypes", {"gene_id": "HGNC:3603", "limit": 20})

Cellosaurus

展開操作與引數

`search_cell_lines`

按推薦名稱或同義詞中的字面短語查詢細胞系，不接受原始 Solr 查詢語法。儲存 CVCL accession，再讀取身份和質量註釋；名稱相似不證明是同一細胞系。

欄位	型別	必填與約束
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000

const result = await host.mcp("cellosaurus", "search_cell_lines", {"query": "HeLa", "limit": 20})

`get_cell_line`

按 CVCL accession 讀取細胞系身份、物種、來源、疾病和質量警告。交叉汙染或誤鑑定註釋需結合來源核查；資料庫條目不替代本地培養物的鑑定。

欄位	型別	必填與約束
`accession`	string	必填; minLength: 9; maxLength: 40; pattern: "^\s(?:[Rr][Rr][Ii][Dd]:)?[Cc][Vv][Cc][Ll]_[A-Za-z0-9]{4}\s$"

const result = await host.mcp("cellosaurus", "get_cell_line", {"accession": "RRID:CVCL_1906"})

`get_cell_line_rdf`

通過 Cellosaurus 官方解析服務獲取一個 accession 的 RDF。RDF 文本保留在本次返回結果中，不建立 Connector 文件倉庫或下載本體庫。

字段	類型	必填性與限制
`accession`	string	必填; pattern: "^CVCL_[A-Z0-9]{4}$"
`format`	string	可選; default: "ttl"; enum: ["ttl", "rdf", "jsonld"]

const result = await host.mcp("cellosaurus", "get_cell_line_rdf", {"accession": "CVCL_0030", "format": "ttl"})

`query_knowledge_graph`

對 Cellosaurus 官方圖執行有邊界的 SPARQL SELECT 查詢。僅支持無 SERVICE、FROM 或更新操作的 PREFIX/SELECT 查詢；輸入查詢會被嵌套並限制行數，不會因零結果而擴大範圍。

字段	類型	必填性與限制
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 12000
`max_rows`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellosaurus", "query_knowledge_graph", {"query": "SELECT ?s WHERE { ?s a <http://www.w3.org/2002/07/owl#Class> }", "max_rows": 2})

`search_str_similarity`

將明確輸入的細胞系 STR 圖譜交給官方 CLASTR 服務比較，標記等位基因會發送上游。相似度取決於位點與評分選項，不能據此認證樣本身份或無污染。

字段	類型	必填性與限制
`markers`	object	必填
`species`	string	可選; default: "human"; enum: ["human", "mouse", "dog"]
`algorithm`	integer	可選; default: 1; enum: [1, 2, 3]
`scoring_mode`	integer	可選; default: 1; enum: [1, 2, 3]
`score_filter`	integer	可選; default: 70; minimum: 0; maximum: 100
`min_markers`	integer	可選; default: 8; minimum: 1; maximum: 50
`max_results`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("cellosaurus", "search_str_similarity", {"markers": {"D5S818": "12,13"}, "min_markers": 1, "max_results": 2})

`list_cellosaurus_files`

發現 Cellosaurus 官方數據文件鏈接，不會自動下載或持久保存本體、文件或數據集。

無需輸入字段；傳入空對象。

const result = await host.mcp("cellosaurus", "list_cellosaurus_files", {})

PDC

展開操作與引數

`pdc_search_studies`

檢索 NCI PDC 研究目錄的識別符號和版本名稱。query 為本地、不區分大小寫的子串匹配，不是疾病或臨床條件篩選；省略時瀏覽目錄。保留全部版本，total 統計研究而非版本。目錄在 8 MiB 響應限制內讀取後排序和分頁，每次最多返回 100 項。只發現後設資料，不下載檔案、不請求籤名 URL，也不代替使用者接受使用協議。

欄位	型別	必填與約束
`query`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_search_studies", {"query":"CCRCC", "limit":5})

`pdc_get_study`

查詢 PDC 研究的實驗型別、病例／aliquot 計數、檔案類別和版本。pdc_study_id 與 study_id 必須且只能提供一個；前者選擇最新版本，後者是特定版本 UUID，後續查詢應固定使用實際返回的 study_id。無匹配時返回空陣列。計數屬於所選版本，catalog 同時列出其他版本；PDC 與 GDC 識別符號不可互換。

必須且只能提供一個：pdc_study_id / study_id。

欄位	型別	必填與約束
`pdc_study_id`	string	按上方條件提供; maxLength: 9; pattern: "^PDC[0-9]{6}$"
`study_id`	string	按上方條件提供; maxLength: 36; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_get_study", {"pdc_study_id":"PDC000127"})

`pdc_list_biospecimens`

查詢 PDC 的 aliquot—sample—case 關聯及外部引用；每行是關聯，不是獨立患者。pdc_study_id 與 study_id 恰好提供一個。預設 local 模式在收到的關聯行上分頁，上游最多給出 1000 行；達到上限時 total 為 null，upstream_limit_reached 與 truncated 為 true，即使 next_offset 為 null 也不能認定完整。upstream 模式按病例分頁，offset／limit／next_offset 的單位為 case，展開後的 returned 關聯數可能超過 limit；此模式不提供 case_status、project_name、taxon，保留 null。固定 study_id 只固定版本，不能保證跨頁快照一致或無重複；保留外部引用的資源名稱，不把 GDC 外部引用當作 PDC case_id。介面不返回治療或結局資料。

必須且只能提供一個：pdc_study_id / study_id。

欄位	型別	必填與約束
`pdc_study_id`	string	按上方條件提供; maxLength: 9; pattern: "^PDC[0-9]{6}$"
`study_id`	string	按上方條件提供; maxLength: 36; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`pagination_mode`	string	可選; default: "local"; enum: ["local", "upstream"]

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_biospecimens", {"pdc_study_id":"PDC000127", "pagination_mode":"upstream", "limit":5})

`pdc_list_files`

發現 PDC 研究的檔案後設資料，包括 Protein Assembly 定量報告及出版補充資料。pdc_study_id 與 study_id 恰好提供一個，過濾條件傳給官方 API。返回檔名、大小、MD5 和儲存路徑，不返回檔案內容或授權下載 URL；file_size 保留上游位元組數字串。total 為 null，透過額外讀取一條判斷 has_more；沿 next_offset 分頁，不保證跨頁快照或去重。列出檔案不代表取得下載權限。

必須且只能提供一個：pdc_study_id / study_id。

欄位	型別	必填與約束
`pdc_study_id`	string	按上方條件提供; maxLength: 9; pattern: "^PDC[0-9]{6}$"
`study_id`	string	按上方條件提供; maxLength: 36; pattern: "^[0-9a-fA-F]{8}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{4}-[0-9a-fA-F]{12}$"
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 1000000
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`data_category`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`file_type`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`file_format`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`file_name`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_files", {"pdc_study_id":"PDC000127", "data_category":"Protein Assembly", "limit":10})

`pdc_list_clinical`

獲取 PDC 公開病例的人口學和診斷信息，以及可用樣本標識符、用於關聯 GDC 的具名外部引用。保留上游類型、空值和遮蔽標記。pdc_study_id 解析最新版本，study_id 爲具體版本的 UUID；二者只能提供一個。使用返回的 study_id 固定後續查詢版本。外部 ID 屬於其標註的來源，不能將 PDC 和 GDC 的 UUID 互換。

字段	類型	要求與限制
`pdc_study_id`	string	二選一，不能同時提供; 最長長度: 9
`study_id`	string	二選一，不能同時提供; 最長長度: 36
`offset`	integer	可選; 默認值: 0; 最小值: 0; 最大值: 1000000
`limit`	integer	可選; 默認值: 20; 最小值: 1; 最大值: 100

const result = await host.mcp("pdc", "pdc_list_clinical", {"pdc_study_id": "PDC000127", "limit": 10})

ENCORI

展開操作與引數

`query_mirna_targets`

查詢 ENCORI 的 miRNA 靶標證據。明確指定物種對應的 assembly、gene_type、miRNA、靶基因、細胞型別、CLIP／降解組／癌種閾值及預測程式；program 只接受列出的具體程式名，可用逗號組合，不使用 all。max_records 限制預覽行數，完整原始響應會儲存到檔案。保留過濾條件與完整性欄位，預測加 CLIP 支援不等於因果調控或表達抑制已被證實。

欄位	型別	必填與約束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38", "mm10"]
`gene_type`	string	必填; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene", "circRNA", "sncRNA"]
`mirna`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`clip_exp_num`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 999
`degra_exp_num`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 999
`pancancer_num`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 32
`program_num`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 7
`program`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`target`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`cell_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`max_records`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 200
`output_dir`	['string', 'null']	可選; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_mirna_targets", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","mirna":"all","clip_exp_num":1,"degra_exp_num":0,"pancancer_num":0,"program_num":1,"program":"TargetScan","target":"PDCD4","cell_type":"HeLa","max_records":2})

`query_rna_rna_interactions`

按參考基因組、RNA 型別、RNA 名稱、細胞型別及互作／實驗閾值查詢 RNA–RNA 互作。保留精確條件、上游證據與完整原始響應；預覽行數不是全部結果數量。

欄位	型別	必填與約束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38", "mm10"]
`gene_type`	string	必填; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene", "sncRNA", "miRNA"]
`rna`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`inter_num`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 999
`exp_num`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 999
`cell_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`max_records`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 200
`output_dir`	['string', 'null']	可選; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rna_rna_interactions", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","rna":"TP53","inter_num":1,"exp_num":1,"cell_type":"all","max_records":2})

`query_rbp_targets`

查詢指定 RBP 的結合靶標，保留參考基因組、基因型別、細胞型別、CLIP 閾值與癌種過濾條件。返回的是資料庫收錄的結合證據，不自動建立調控因果關係。

欄位	型別	必填與約束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
`gene_type`	string	必填; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene", "circRNA", "sncRNA"]
`rbp`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`clip_exp_num`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 999
`pancancer_num`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 32
`target`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`cell_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`max_records`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 200
`output_dir`	['string', 'null']	可選; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rbp_targets", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","rbp":"all","clip_exp_num":1,"pancancer_num":0,"target":"TP53","cell_type":"HeLa","max_records":2})

`query_cerna_network`

查詢 ceRNA 網路，明確指定參考基因組、ceRNA、基因型別、miRNA 數量、family、p 值、FDR 與癌種閾值。保留返回的 p 值和 FDR，不從數量推斷 family；關聯網路不等於已驗證的競爭調控機制。

欄位	型別	必填與約束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38", "mm10"]
`gene_type`	string	必填; enum: ["mRNA", "lncRNA", "pseudogene"]
`cerna`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`mirna_num`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 999
`family`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`pval`	number	必填; minimum: 0; maximum: 0.01
`fdr`	number	必填; minimum: 0; maximum: 0.01
`pancancer_num`	integer	必填; minimum: 0; maximum: 32
`max_records`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 200
`output_dir`	['string', 'null']	可選; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_cerna_network", {"assembly":"hg38","gene_type":"mRNA","cerna":"MYC","mirna_num":1,"family":"all","pval":0.01,"fdr":0.01,"pancancer_num":0,"max_records":2})

`query_rbp_disease`

查詢人類 RBP、組織、疾病及靶標之間的證據。assembly 為 hg38；零結果時不自動放寬條件。保留上游記錄和精確過濾條件，不能將查詢關聯直接作為疾病因果結論。

欄位	型別	必填與約束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38"]
`rbp`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`tissue`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`disease`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`target`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 256; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`max_records`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 200
`output_dir`	['string', 'null']	可選; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "query_rbp_disease", {"assembly":"hg38","rbp":"all","tissue":"breast","disease":"carcinoma","target":"MYC","max_records":2})

`scan_rbp_motifs`

使用 IUPAC RNA／DNA motif 掃描 RBP 模式。指定參考基因組、short／long 與排名上限，保留上游順序和分數；QueryMotif 與 IdentifiedMotif 獨立記錄，不自行推斷反向互補序列。

欄位	型別	必填與約束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
`length`	string	必填; enum: ["short", "long"]
`motif`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 64; pattern: "^[ACGTUNRYKMSWBDHVacgtunrykmswbdhv]+$"
`rank_limit`	integer	必填; minimum: 1; maximum: 100
`max_records`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 200
`output_dir`	['string', 'null']	可選; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "scan_rbp_motifs", {"assembly":"hg38","length":"short","motif":"UGCAUG","rank_limit":10,"max_records":2})

`get_binding_sites`

按 ENCORI dataset_id 獲取結合位點 BED 記錄，保留原始座標、參考基因組與檔案位元組。max_records 限制顯示行數，預設 100、最多 1000；完整原始響應另存。不要將 BED 座標無說明地改寫為其他座標體系。

欄位	型別	必填與約束
`assembly`	string	必填; enum: ["hg38", "mm10", "dm6", "ce10", "sacCer3"]
`dataset_id`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 64; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`max_records`	integer	可選; default: 100; minimum: 1; maximum: 1000
`output_dir`	['string', 'null']	可選; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "get_binding_sites", {"assembly":"hg38","dataset_id":"SBDH2131","max_records":2})

`get_reference_tables`

讀取官方參考資料 ZIP。省略 table_name 時僅列出表路徑；指定精確路徑時讀取該表。每次請求重新獲取 ZIP，完整表可直接返回全部行；截斷時儲存完整原始檔案。列出表名不生成下載檔案。

欄位	型別	必填與約束
`table_name`	['string', 'null']	可選; minLength: 1; maxLength: 512; pattern: "^[^\r\n\u0000][^\s\u0000][^\r\n\u0000]$"
`max_records`	integer	可選; default: 50; minimum: 1; maximum: 500
`output_dir`	['string', 'null']	可選; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "get_reference_tables", {"table_name":"reference_data/degradome_ref.txt","max_records":2})

`list_bulk_datasets`

列出官方文件中的 24 個批次檔名（兩種參考基因組各 12 類），可按 assembly 與 data_type 過濾。預設透過 HEAD 檢查可用性，不下載資料；未知的大小或可用狀態保留 null。

欄位	型別	必填與約束
`assembly`	['string', 'null']	可選; enum: ["hg38", "mm10", null]
`data_type`	['string', 'null']	可選; enum: ["miRNA_mRNA", "miRNA_lncRNA", "miRNA_pseudogene", "miRNA_sncRNA", "miRNA_circRNA", "RNA_RNA", "RBP_mRNA", "RBP_lncRNA", "RBP_pseudogene", "RBP_sncRNA", "RBP_circRNA", "RBP_caRNA", null]
`check_availability`	boolean	可選; default: true

const result = await host.mcp("encori", "list_bulk_datasets", {"assembly":"hg38","data_type":"miRNA_mRNA"})

`download_bulk_dataset`

僅在明確需要完整資料時下載列舉中的指定 gzip 檔案。保留目標目錄、實際檔案路徑、大小和 verified_gzip；完成完整性檢查後才釋出結果，不覆蓋已有檔案。相同檔名和目錄可在身份及 HTTP Range 檢查透過後續傳 .part 與 .meta.json，不能用預覽查詢代替下載授權。

欄位	型別	必填與約束
`filename`	string	必填; enum: ["hg38.miRNA_mRNA.tar.gz", "hg38.miRNA_lncRNA.tar.gz", "hg38.miRNA_pseudogene.tar.gz", "hg38.miRNA_sncRNA.tar.gz", "hg38.miRNA_circRNA.tar.gz", "hg38.RNA_RNA.tar.gz", "hg38.RBP_mRNA.tar.gz", "hg38.RBP_lncRNA.tar.gz", "hg38.RBP_pseudogene.tar.gz", "hg38.RBP_sncRNA.tar.gz", "hg38.RBP_circRNA.tar.gz", "hg38.RBP_caRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_mRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_lncRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_pseudogene.tar.gz", "mm10.miRNA_sncRNA.tar.gz", "mm10.miRNA_circRNA.tar.gz", "mm10.RNA_RNA.tar.gz", "mm10.RBP_mRNA.tar.gz", "mm10.RBP_lncRNA.tar.gz", "mm10.RBP_pseudogene.tar.gz", "mm10.RBP_sncRNA.tar.gz", "mm10.RBP_circRNA.tar.gz", "mm10.RBP_caRNA.tar.gz"]
`destination_dir`	['string', 'null']	可選; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("encori", "download_bulk_dataset", {"filename":"hg38.miRNA_sncRNA.tar.gz","destination_dir":"/absolute/path/to/output"})

Orphadata

`get_disease_genes`

按 ORPHAcode 獲取 Orphadata 罕見病—基因關聯，保留關聯類型／狀態、驗證來源和基因數據庫映射。

字段	類型	要求與限制
`orphacode`	integer	必填; 最小值: 1; 最大值: 2147483647

const result = await host.mcp("orphadata", "get_disease_genes", {"orphacode": 166024})

`get_disease_phenotypes`

按 ORPHAcode 獲取 Orphadata 的 HPO 表型及頻率類別，保留診斷標準與驗證元數據。頻率類別不是某個患者的患病概率。

字段	類型	要求與限制
`orphacode`	integer	必填; 最小值: 1; 最大值: 2147483647

const result = await host.mcp("orphadata", "get_disease_phenotypes", {"orphacode": 58})

TCIA

顯示操作與參數

`search_collections`

按關鍵詞分頁搜索 TCIA 公開影像集合，保留下載條件、許可和 DOI。返回的可能是下載清單，不會下載影像或訪問受限數據。

字段	類型	必填性與限制
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`page`	integer	可選; minimum: 1; maximum: 1000
`page_size`	integer	可選; minimum: 1; maximum: 20

const result = await host.mcp("tcia", "search_collections", {"query": "LIDC-IDRI", "page_size": 5})

`get_collection`

按精確集合短標題查詢 TCIA 集合的說明、許可、訪問條件和下載入口；不同接口覆蓋範圍不同，下載鏈接不等於影像文件。

字段	類型	必填性與限制
`short_title`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("tcia", "get_collection", {"short_title": "4D-Lung"})

`get_series`

按已有 DICOM SeriesInstanceUID 查詢公開 NBIA 序列元數據，保留集合、樣本與研究身份、模態、影像數量、大小和許可；不會下載影像。

字段	類型	必填性與限制
`series_uid`	string	必填; maxLength: 64; pattern: "^[0-9]+(?:\.[0-9]+)+$"

const result = await host.mcp("tcia", "get_series", {"series_uid": "1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.6834.5010.189721824525842725510380467695"})

KEGG

顯示操作與參數

`search_entries`

搜索 KEGG 通路、KO、化合物或反應名稱。結果有上限且無服務端分頁；截斷時縮小查詢範圍。公開 API 僅限符合資格的學術用途，其他用途須取得相應許可。

字段	類型	必填性與限制
`database`	string	必填; enum: ["pathway", "ko", "compound", "reaction"]
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 200; pattern: "\S"
`limit`	integer	可選; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("kegg", "search_entries", {"database": "pathway", "query": "glycolysis"})

`get_entry`

讀取單個 KEGG 條目摘要並保留截斷標記；不獲取完整基因列表、序列或通路圖。404 不是空記錄，啓用入口不代表取得數據許可。

字段	類型	必填性與限制
`id`	string	必填; pattern: "^(?:[KCR][0-9]{5}\|(?:map\|[a-z]{3,4})[0-9]{5})$"

const result = await host.mcp("kegg", "get_entry", {"id": "hsa00010"})

`map_gene`

將一個帶物種前綴的 KEGG 基因映射到通路或 UniProt，保留一對多結果；不自動選定標準蛋白，也不執行富集分析。須遵守 KEGG 許可。

字段	類型	必填性與限制
`gene`	string	必填; maxLength: 80; pattern: "^[a-z][a-z0-9]{1,4}:[A-Za-z0-9_.-]+$"
`target`	string	必填; enum: ["pathway", "uniprot"]
`limit`	integer	可選; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("kegg", "map_gene", {"gene": "hsa:7157", "target": "uniprot"})

RxNorm / RxNav

顯示操作與參數

`resolve_name`

將藥名解析爲有效 RxCUI；默認精確匹配。歸一化匹配可能忽略鹽形式與詞序，應保留全部歧義結果，不能據此認定臨牀等效。

字段	類型	必填性與限制
`name`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`search`	integer	可選; enum: [0, 1, 2]

const result = await host.mcp("rxnorm", "resolve_name", {"name": "aspirin"})

`get_concept`

按 RxCUI 查詢有效 RxNorm 條目的名稱、同義詞、類型與語言等屬性；沒有有效記錄不代表該標識從未存在。

字段	類型	必填性與限制
`rxcui`	string	必填; pattern: "^[0-9]{1,12}$"

const result = await host.mcp("rxnorm", "get_concept", {"rxcui": "1191"})

DailyMed

顯示操作與參數

`search_labels`

按藥名分頁查找 DailyMed SPL 標籤的身份、標題、版本和發佈日期，可限定 RxCUI；被收錄不代表已獲 FDA 批准。

字段	類型	必填性與限制
`drug_name`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`rxcui`	string	可選; pattern: "^[0-9]{1,12}$"
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 100000
`page_size`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("dailymed", "search_labels", {"drug_name": "aspirin", "page_size": 5})

`get_label_history`

按精確 SET ID 分頁查詢 DailyMed SPL 版本歷史，保留標籤身份和日期；不會下載歷史標籤內容。

字段	類型	必填性與限制
`setid`	string	必填; pattern: "^[a-fA-F0-9]{8}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{4}-[a-fA-F0-9]{12}$"
`page`	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 100000
`page_size`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("dailymed", "get_label_history", {"setid": "9aa7140c-012c-4ea6-866d-4732e915dab6"})

BioSamples

顯示操作與參數

`search_samples`

分頁搜索公開 BioSamples 元數據，保留特徵、術語、外部引用及日期；使用返回的 next_cursor 繼續時保持查詢及 page_size 不變。

字段	類型	必填性與限制
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 500; pattern: "\S"
`page_size`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`cursor`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 2048; pattern: "\S"

const result = await host.mcp("biosamples", "search_samples", {"query": "leukaemia", "page_size": 5})

`get_sample`

按 accession 查詢公開 BioSamples 樣本記錄，包括默認應用的修訂、特徵、關係和來源日期；不獲取鏈接所指的資源或文件。

字段	類型	必填性與限制
`accession`	string	必填; pattern: "^SAM[END][A-Z]?[0-9]{1,15}$"

const result = await host.mcp("biosamples", "get_sample", {"accession": "SAMD00023550"})

WikiPathways

顯示操作與參數

`search_pathways`

按名稱或 WP 標識的子串查找 WikiPathways，可限定精確物種學名；這是對當前快照的篩選，不是全文或基因搜索。

字段	類型	必填性與限制
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 300; pattern: "\S"
`species`	string	可選; minLength: 1; maxLength: 100; pattern: "\S"
`offset`	integer	可選; default: 0; minimum: 0; maximum: 100000
`limit`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("wikipathways", "search_pathways", {"query": "glycolysis", "species": "Homo sapiens"})

`get_pathway`

按 WP 標識查詢當前通路元數據，保留物種、修訂號、作者、說明與引用；不獲取通路圖、基因映射或歷史版本。

字段	類型	必填性與限制
`id`	string	必填; pattern: "^WP[0-9]{1,10}$"

const result = await host.mcp("wikipathways", "get_pathway", {"id": "WP534"})

Europe PMC

顯示操作與參數

`search_europepmc`

直接使用布爾、字段和日期語法檢索 Europe PMC，返回核心記錄、實際可用摘要和明確的分頁遊標；不要求 NCBI Key 或聯繫郵箱。全文鏈接不等於已取得全文，可用已有全文工具繼續查詢 PMC 標識。

字段	類型	必填性與限制
`query`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 12000
`page_size`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
`cursor`	string	可選; default: "*"; minLength: 1; maxLength: 4096

const result = await host.mcp("europepmc", "search_europepmc", {"query": "TP53 AND liver fibrosis", "page_size": 5})

Research Datasets

顯示操作與參數

`get_dataset_access`

讀取 NHANES、CHARLS、CHNS、SEER、MIMIC、eICU、FAERS、GBD 的官方訪問要求與入口。這是訪問說明，不是賬號權限檢查、批准或數據查詢；獲取數據前應重查官方條款。

字段	類型	必填性與限制
`dataset`	string	必填; enum: ["nhanes", "charls", "chns", "seer", "mimic", "eicu", "faers", "gbd"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "get_dataset_access", {"dataset": "seer"})

`list_nhanes_files`

按調查週期和類別查找 NHANES 官方公開 XPT 文件，返回文件與說明鏈接，不下載文件。來源頁面變化或出現驗證頁時會報錯，不會當作空數據集。

字段	類型	必填性與限制
`cycle_begin_year`	integer	必填; minimum: 1999; maximum: 2100
`component`	string	可選; default: "Demographics"; enum: ["Demographics", "Dietary", "Examination", "Laboratory", "Questionnaire"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "list_nhanes_files", {"cycle_begin_year": 2017, "component": "Demographics"})

`list_physionet_demo_files`

列出官方 MIMIC-IV 2.2 或 eICU 2.0 公開演示數據的文件。僅支持固定的演示位置，不訪問需憑據的項目，不接受任意 URL，也不發送賬號憑據。

字段	類型	必填性與限制
`dataset`	string	必填; enum: ["mimic", "eicu"]
`directory`	string	可選; default: "root"; enum: ["root", "hosp", "icu"]

const result = await host.mcp("research-datasets", "list_physionet_demo_files", {"dataset": "mimic", "directory": "hosp"})

ChEA3

顯示操作與參數

`rank_transcription_factors`

向官方 ChEA3 富集接口提交公開基因符號列表，分別返回各來源庫的排名。排名和分數用於提出假設，不是因果驗證；請求僅提交一次，不會列明全部被識別的輸入基因。

字段	類型	必填性與限制
`genes`	array	必填; minItems: 1; maxItems: 2000
`query_name`	string	可選; default: "query"; minLength: 1; maxLength: 100
`top_n`	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100

const result = await host.mcp("chea3", "rank_transcription_factors", {"genes": ["FOXM1", "SMAD9", "MYC", "SMAD3", "STAT1", "STAT3"], "top_n": 5})

`list_gmt_libraries`

從 ChEA3 官方下載頁發現 GMT 文件鏈接。主要、附加和基準測試庫可能不同；可下載的庫未必是在線結果使用的庫。此操作不會下載文件。

無需輸入字段；傳入空對象。

const result = await host.mcp("chea3", "list_gmt_libraries", {})

bioDBnet

顯示操作與參數

`list_input_types`

調用 bioDBnet 官方 getinputs 操作，查詢支持的輸入類型；轉換前先確認類型名稱。保留未映射和多結果，不把缺失解釋爲不存在生物學對應關係。

無需輸入字段；傳入空對象。

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_input_types", {})

`list_output_types`

調用 bioDBnet 官方 getoutputsforinput 操作，查詢某輸入類型支持的輸出類型。保留未映射和多結果，不把缺失解釋爲不存在生物學對應關係。

字段	類型	必填性與限制
`input_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_output_types", {"input_type": "genesymbol"})

`convert_ids`

調用 bioDBnet 官方 db2db 操作轉換標識。先確認類型名稱，保留未映射和一對多結果；沒有映射不代表不存在生物學對應關係。

字段	類型	必填性與限制
`input_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
`values`	array	必填; minItems: 1; maxItems: 200
`outputs`	array	必填; minItems: 1; maxItems: 20
`taxon_id`	integer	可選; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "convert_ids", {"input_type": "genesymbol", "values": ["TP53"], "outputs": ["geneid"], "taxon_id": 9606})

`recognize_ids`

調用 bioDBnet 官方 dbfind 操作識別標識並取得指定類型的結果。先確認支持的類型，保留未映射和多結果。

字段	類型	必填性與限制
`values`	array	必填; minItems: 1; maxItems: 200
`output_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
`taxon_id`	integer	可選; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "recognize_ids", {"values": ["TP53"], "output_type": "geneid"})

`map_orthologs`

調用 bioDBnet 官方 dbortho 操作映射同源基因。先確認類型和物種，保留一對多及未映射結果；不要自動選定一個同源基因。

字段	類型	必填性與限制
`input_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"
`values`	array	必填; minItems: 1; maxItems: 200
`input_taxon`	integer	可選; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000
`output_taxon`	integer	可選; default: 10090; minimum: 1; maximum: 100000000
`output_type`	string	必填; minLength: 1; maxLength: 80; pattern: "^[A-Za-z0-9 _-]+$"

const result = await host.mcp("biodbnet", "map_orthologs", {"input_type": "genesymbol", "values": ["TP53"], "output_type": "genesymbol", "input_taxon": 9606, "output_taxon": 10090})

`list_pathways`

調用 bioDBnet 官方 getpathways 操作取得通路列表，可指定物種。缺失結果不能證明不存在對應通路。

字段	類型	必填性與限制
`taxon_id`	integer	可選; default: 9606; minimum: 1; maximum: 100000000

const result = await host.mcp("biodbnet", "list_pathways", {"taxon_id": 9606})

CTD

顯示操作與參數

`list_ctd_reports`

返回維護的 CTD 官方公開報告入口子集與來源條款。靜態目錄不確認實時可用性，也不提供 CTD 網頁查詢。請到官方頁面獲取文件；遇到人工驗證時停止自動訪問。

無需輸入字段；傳入空對象。

const result = await host.mcp("ctd", "list_ctd_reports", {})

示例呼叫在哪裡執行​

先讀返回結果，再串聯呼叫​

操作輸入​

化學​

pubchem_search_compounds​

pubchem_get_compounds​

pubchem_similarity_search​

pubchem_get_bioassay_summary​

pubchem_get_safety​

chebi_search​

chebi_get_entity​

chebi_get_ontology​

rhea_search_reactions​

rhea_get_reaction​

bindingdb_ligands_by_target​

bindingdb_targets_by_compound​

lipidmaps_get_compound​

unichem_map_compound​

文獻關係​

openalex_search_works​

openalex_get_work​

openalex_citations​

openalex_references​

openalex_search_authors​

openalex_get_author​

openalex_venue_info​

arxiv_search​

arxiv_get_papers​

crossref_get_work​

crossref_get_updates​

datacite_search_records​

datacite_get_record​

PubMed​

search_articles​

get_article_metadata​

find_related_articles​

lookup_article_by_citation​

convert_article_ids​

get_full_text_article​

get_copyright_status​

get_pubtator_annotations​

search_pubtator​

基因與本體​

query_genes​

list_ontologies​

search_ontology_terms​

get_ontology_term​

get_go_annotations​

search_uniprot_entries​

get_uniprot_entries​

submit_uniprot_id_mapping​

get_uniprot_id_mapping_status​

get_uniprot_id_mapping_results​

map_reactome_pathways​

list_enrichment_sources​

enrich_gene_set​

list_enrichr_libraries​

enrich_gene_set_enrichr​

get_hgnc_gene​

resolve_hgnc_alias​

get_hgnc_service_info​

query_hgnc_field​

list_hgnc_files​

基因組​

blast_submit​

blast_status​

blast_results​

ensembl_lookup​

ensembl_xrefs​

ensembl_vep_variant​

ensembl_homology​

ensembl_sequence​

ensembl_overlap_region​

ncbi_resolve_taxon​

ncbi_get_assembly_info​

ncbi_get_sequence_aliases​

ucsc_list_tracks​

ucsc_track_data​

ucsc_conservation​

ucsc_tfbs_clusters​

示例呼叫在哪裡執行

先讀返回結果，再串聯呼叫

操作輸入

化學

`pubchem_search_compounds`

`pubchem_get_compounds`

`pubchem_similarity_search`

`pubchem_get_bioassay_summary`

`pubchem_get_safety`

`chebi_search`

`chebi_get_entity`

`chebi_get_ontology`

`rhea_search_reactions`

`rhea_get_reaction`

`bindingdb_ligands_by_target`

`bindingdb_targets_by_compound`

`lipidmaps_get_compound`

`unichem_map_compound`

文獻關係

`openalex_search_works`

`openalex_get_work`

`openalex_citations`

`openalex_references`

`openalex_search_authors`

`openalex_get_author`

`openalex_venue_info`

`arxiv_search`

`arxiv_get_papers`

`crossref_get_work`

`crossref_get_updates`

`datacite_search_records`

`datacite_get_record`

PubMed

`search_articles`

`get_article_metadata`

`find_related_articles`

`lookup_article_by_citation`

`convert_article_ids`

`get_full_text_article`

`get_copyright_status`

`get_pubtator_annotations`

`search_pubtator`

基因與本體

`query_genes`

`list_ontologies`

`search_ontology_terms`

`get_ontology_term`

`get_go_annotations`

`search_uniprot_entries`

`get_uniprot_entries`

`submit_uniprot_id_mapping`

`get_uniprot_id_mapping_status`

`get_uniprot_id_mapping_results`

`map_reactome_pathways`

`list_enrichment_sources`

`enrich_gene_set`

`list_enrichr_libraries`

`enrich_gene_set_enrichr`

`get_hgnc_gene`

`resolve_hgnc_alias`

`get_hgnc_service_info`

`query_hgnc_field`

`list_hgnc_files`

基因組

`blast_submit`

`blast_status`

`blast_results`

`ensembl_lookup`

`ensembl_xrefs`

`ensembl_vep_variant`

`ensembl_homology`

`ensembl_sequence`

`ensembl_overlap_region`

`ncbi_resolve_taxon`

`ncbi_get_assembly_info`

`ncbi_get_sequence_aliases`

`ucsc_list_tracks`

`ucsc_track_data`

`ucsc_conservation`

`ucsc_tfbs_clusters`