Connector 操作引數參考

查詢具體操作名、必填欄位、預設值與呼叫示例。選擇資料來源請先看科學資料庫目錄，再展開需要呼叫的 Connector。引數正確不代表服務已連線或憑據已配置。

示例呼叫在哪裡執行

host 由 Open-Science 的 Agent 執行環境提供。下方 JavaScript 是 Agent 側呼叫片段，不是獨立 Node.js 程式，也不是公共 Task SDK 客戶端的方法。讓 Agent 載入對應 Connector 說明並使用相應操作；某些框架會使用 Python 橋接，而不是這裡的 JavaScript 形式。

先在 Settings → Connectors 啟用連線，配置所需憑據；使用 Specialist 時還需分配該能力。呼叫仍遵循會話權限策略。公共 Node.js 整合可用 Task SDK 管理 Connector 配置，但匯入該客戶端不會得到這裡的 host。

先讀返回結果，再串聯呼叫

示例 使用 PubMed 返回的 PMID 查詢後設資料

例如請求：用 PubMed 搜尋 PRISMA 報告規範，返回匹配總數及五個 PMID。 search_articles 返回總數和一頁標識，再將其中的 PMID 傳給 get_article_metadata 獲取標題、作者和 DOI 連結。空結果、截斷結果與認證失敗需要分別處理。

返回資訊	用途
匹配總數與返回行數	區分一頁資料與完整結果集
truncated、records_truncated 或各資料來源的完整性標誌	判斷是否翻頁、縮小條件或繼續獲取
not_found、missing、not_processed	找出未解決輸入，只重試適當條目
DOI、登入號、來源 URL、資料釋出或組裝	保留下次查詢需要的身份與來源
全文狀態或許可說明	判斷是否取得文字、是否允許複用

各操作返回欄位不同，下方描述與可下載 schema 定義對應契約；此表不是統一 JSON 格式。可從右側資料來源目錄跳轉，再展開該類引數。搜尋具體操作名也會展開其所在分組。

操作輸入

每次展開一個 Connector。必填項標為 必填，限制和預設值來自應用結構定義。完整登錄檔下載提供巢狀 JSON、完整返回說明和準確 Agent 側呼叫示例。工具要求 accessions、cids、rs_id 等專用欄位時，不要統一改為 id。

化學

展開操作與引數

pubchem_search_compounds

將化合物名稱、SMILES、InChIKey 或 CID 解析為 PubChem CID，可同時返回前幾項結果的核心計算屬性。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
namespace	字串	可選; 預設值： "name"; 列舉： ["name", "smiles", "inchikey", "cid"]
max_cids	整數	可選; 預設值： 25; 最小值： 1; 最大值： 100
with_properties	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_search_compounds", {"query": "aspirin", "max_cids": 25})

pubchem_get_compounds

批次獲取 PubChem CID 對應的完整計算屬性，可附帶有數量上限的同義詞列表。

欄位	型別	要求與約束
cids	整數陣列	必填; 最少項數： 1; 最多項數： 50
include_synonyms	布林值	可選; 預設值： false
max_synonyms	整數	可選; 預設值： 30

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_compounds", {"cids": [2244, 2519], "include_synonyms": false})

pubchem_similarity_search

根據 SMILES 在 PubChem 中進行二維 Tanimoto 相似性檢索。使用同步 fastsimilarity_2d 介面，無需輪詢任務。

欄位	型別	要求與約束
smiles	字串	必填
threshold	整數	可選; 預設值： 90; 最小值： 1; 最大值： 100
max_records	整數	可選; 預設值： 50; 最小值： 1; 最大值： 200
with_properties	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_similarity_search", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "threshold": 90})

pubchem_get_bioassay_summary

獲取一個 PubChem 化合物的生物測定活動彙總，包括測定專案、靶標、結果與效力。

欄位	型別	要求與約束
cid	整數	必填
active_only	布林值	可選; 預設值： false
max_rows	整數	可選; 預設值： 100; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_bioassay_summary", {"cid": 2244, "active_only": true})

pubchem_get_safety

獲取一個 PubChem 化合物的 GHS 安全分類，彙總 PUG-View 中各報告來源的資訊。

欄位	型別	要求與約束
cid	整數	必填

const result = await host.mcp("chemistry", "pubchem_get_safety", {"cid": 702})

chebi_search

按名稱、同義詞、分子式或 InChIKey 全文檢索 ChEBI 實體。

欄位	型別	要求與約束
term	字串	必填
max_results	整數	可選; 預設值： 20; 最小值： 1; 最大值： 100
page	整數	可選; 預設值： 1; 最小值： 1

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_search", {"term": "caffeine", "max_results": 20})

chebi_get_entity

獲取 ChEBI 實體的名稱、結構、化學資料、角色和交叉引用。

欄位	型別	要求與約束
chebi_id	字串	必填
max_synonyms	整數	可選; 預設值： 30
max_xrefs	整數	可選; 預設值： 50

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_entity", {"chebi_id": "CHEBI:27732"})

chebi_get_ontology

獲取 ChEBI 實體的本體關係，包括指向父類、角色或共軛酸等關係，以及指向該實體的子類與衍生物關係。

欄位	型別	要求與約束
chebi_id	字串	必填
relation_type	字串	可選
max_relations	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("chemistry", "chebi_get_ontology", {"chebi_id": "CHEBI:27732", "relation_type": "has role"})

rhea_search_reactions

按反應方程文字、參與物 ChEBI ID 或 EC 編號檢索 Rhea 主反應，自動識別查詢型別。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
limit	整數	可選; 預設值： 50; 最小值： 1; 最大值： 500

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_search_reactions", {"query": "caffeine", "limit": 50})

rhea_get_reaction

獲取一個 Rhea 反應的方程、帶化學計量的參與物、EC 關聯、方向家族及文獻。

欄位	型別	要求與約束
rhea_id	字串	必填

const result = await host.mcp("chemistry", "rhea_get_reaction", {"rhea_id": "10280"})

bindingdb_ligands_by_target

按 UniProt 登入號獲取 BindingDB 中針對該蛋白靶標測得的配體親和力，包括 Ki、Kd、IC50 和 EC50。

欄位	型別	要求與約束
uniprot	字串	必填
affinity_cutoff_nm	數值	可選; 預設值： 10000
max_rows	整數	可選; 預設值： 100; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_ligands_by_target", {"uniprot": "P00533", "affinity_cutoff_nm": 100})

bindingdb_targets_by_compound

查詢與輸入 SMILES 在二維結構上相似的化合物，以及這些化合物具有實測親和力的蛋白靶標。

欄位	型別	要求與約束
smiles	字串	必填
similarity	數值	可選; 預設值： 0.85; 最小值： 0.5; 最大值： 1
max_rows	整數	可選; 預設值： 100; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chemistry", "bindingdb_targets_by_compound", {"smiles": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O", "similarity": 0.85})

文獻關係

展開操作與引數

openalex_search_works

檢索 OpenAlex 學術成果，可按年份、型別、開放獲取狀態和發表來源篩選。query 可在已有其他篩選條件時省略；venue 接受來源 ID、URL、ISSN 或名稱，名稱解析結果見 venue_resolved。返回 api_total、n_records_returned、records_truncated 和 records。摘要僅在明確開放許可（cc-by、cc-by-sa、cc0、public-domain）下重建；其他記錄的 abstract 為 null，並說明許可策略。記錄包含標識、作者、來源、引用數、開放全文地址與主題。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	可選
year_from	整數	可選
year_to	整數	可選
work_type	字串	可選
open_access_only	布林值	可選
venue	字串	可選
sort	字串	可選; 預設值： "relevance"; 列舉： ["relevance", "cited_by_count", "publication_date"]
max_records	整數	可選; 預設值： 50
include_abstracts	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_works", {"query": "CRISPR base editing", "year_from": 2020, "open_access_only": true, "sort": "cited_by_count", "max_records": 25})

openalex_get_work

獲取一個 OpenAlex 成果的完整後設資料、按許可提供的摘要、開放獲取位置、參考文獻 ID 和逐年統計。work_id 支援 W-ID、URL 或 DOI。多個記錄宣告同一 DOI 時選擇被引最多者，並返回 doi_claimants 和 doi_resolution_note；未知標識報未找到。

欄位	型別	要求與約束
work_id	字串	必填

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_work", {"work_id": "W2741809807"})

openalex_citations

獲取引用某篇成果的入向文獻。work_id 支援 W-ID、URL 或 DOI；DOI 需要額外解析。返回實際引用總數 api_total、返回數量、截斷標誌和精簡成果記錄。

欄位	型別	要求與約束
work_id	字串	必填
sort	字串	可選; 預設值： "cited_by_count"; 列舉： ["cited_by_count", "publication_date", "relevance"]
max_records	整數	可選; 預設值： 50
include_abstracts	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("literature", "openalex_citations", {"work_id": "W2741809807", "sort": "cited_by_count", "max_records": 50})

openalex_references

獲取某篇成果引用的出向文獻，並按原參考文獻順序補齊後設資料。返回完整 reference_ids、已補齊 records 和 references_not_hydrated；無法補齊的 ID 不會被靜默丟棄。

欄位	型別	要求與約束
work_id	字串	必填
max_records	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("literature", "openalex_references", {"work_id": "W2741809807", "max_records": 100})

openalex_search_authors

按姓名檢索 OpenAlex 作者，返回作者 ID、ORCID、所屬機構、主題和被引指標。同名結果需要結合機構、主題和 ORCID 區分，再用 author_id 獲取詳情。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
max_records	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("literature", "openalex_search_authors", {"query": "Jennifer Doudna", "max_records": 25})

openalex_get_author

獲取 OpenAlex 作者詳情、逐年統計和高被引成果。author_id 支援 A-ID、URL 或 ORCID；ORCID 可能指向稀疏重複檔案，優先使用作者搜尋返回的 A-ID。works_sample 為 0 時不額外檢索成果。

欄位	型別	要求與約束
author_id	字串	必填
works_sample	整數	可選; 預設值： 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_get_author", {"author_id": "A5023888391", "works_sample": 10})

openalex_venue_info

查詢 OpenAlex 期刊或資料庫的開放獲取、DOAJ、APC 與引用指標。精確 S-ID、URL 或 ISSN 返回一個來源及逐年統計；名稱查詢返回帶總數和截斷標誌的來源列表。

欄位	型別	要求與約束
venue	字串	必填
max_records	整數	可選; 預設值： 10

const result = await host.mcp("literature", "openalex_venue_info", {"venue": "Nature", "max_records": 10})

arxiv_search

透過 arXiv Atom API 檢索預印本。query 支援 ti:、au:、abs:、布林操作；分類和提交日期範圍與查詢組合。start 從 0 開始，日期包含邊界。返回實際查詢、總數、頁偏移、截斷標誌及帶版本、作者、摘要和連結的記錄。分頁請求需遵守服務節奏；錯誤訂閱源會作為錯誤報告。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	可選
category	字串	可選
date_from	字串	可選
date_to	字串	可選
start	整數	可選; 預設值： 0
max_results	整數	可選; 預設值： 25
sort_by	字串	可選; 預設值： "relevance"; 列舉： ["relevance", "submittedDate", "lastUpdatedDate"]
sort_order	字串	可選; 預設值： "descending"; 列舉： ["descending", "ascending"]

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_search", {"query": "ti:transformer", "category": "cs.LG", "max_results": 10})

arxiv_get_papers

批次獲取最多 100 篇 arXiv 預印本後設資料。接受新舊 ID、帶版本 ID、arXiv 字首及 abs/pdf URL；無版本 ID 解析到最新版。結果按請求順序排列，並列出 duplicates、not_found。撤稿仍可能返回後設資料，應檢視 comment。

欄位	型別	要求與約束
arxiv_ids	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("literature", "arxiv_get_papers", {"arxiv_ids": ["2103.14030", "1706.03762v5"]})

crossref_get_work

查詢 Crossref DOI 的出版方登記後設資料，可輸入裸 DOI、doi: 字首或 doi.org 地址，無需 API key。DOI 屬於其他序號產生器構時應改用相應服務；Crossref 返回 404 不代表 DOI 無效。核對返回的 DOI、標題和 source_url。

欄位	型別	要求與限制
doi	string	必填; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_work", {"doi": "10.1038/nature12968"})

crossref_get_updates

讀取登記的更正、撤稿及其他更新關係。updated_by 指向更新本文的通知，update_to 指向當前 DOI 所更新的作品。保留關係方向和來源標籤；空列表不能證明論文可靠，也不能證明從未撤稿。

欄位	型別	要求與限制
doi	string	必填; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "crossref_get_updates", {"doi": "10.1038/nature12968"})

datacite_search_records

搜尋公開的 DataCite 資料集/軟體 DOI 後設資料。query、related_doi 至少提供一項，可同時提供；query 使用 DataCite 查詢語法。按 next_page 翻頁時保持篩選和 page_size 一致。頁碼檢索最多覆蓋前 10,000 條，需要時縮小查詢。核對 related_identifiers、rights 和落地頁，後設資料不保證檔案可下載或允許複用。

欄位	型別	要求與限制
query	string	可選; minLength: 1; maxLength: 2000
related_doi	string	可選; minLength: 1; maxLength: 2048
resource_type	string	可選; default: "dataset"; enum: ["dataset", "software"]
page_size	integer	可選; default: 20; minimum: 1; maximum: 100
page	integer	可選; default: 1; minimum: 1; maximum: 10000

const result = await host.mcp("literature", "datacite_search_records", {"query": "climate", "resource_type": "dataset", "page_size": 5})

datacite_get_record

查詢一條公開 DataCite DOI 記錄，包括標題、作者、資源型別、權利資訊、關聯識別符號及可用版本。接受裸 DOI、doi: 字首或 doi.org 地址。使用關聯資料集或軟體前，核對識別符號和關係方向。

欄位	型別	要求與限制
doi	string	必填; minLength: 1; maxLength: 2048

const result = await host.mcp("literature", "datacite_get_record", {"doi": "10.14454/qdd3-ps68"})

PubMed

展開操作與引數

search_articles

透過 NCBI esearch 檢索 PubMed 生物醫學與生命科學文獻，返回匹配總數和一頁 PMID。支援欄位標籤、布林操作、日期和排序；不應將其當作覆蓋所有學科的通用文獻庫。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
max_results	整數	可選; 預設值： 20
retstart	整數	可選; 預設值： 0
sort	字串	可選; 列舉： ["relevance", "pub_date", "author", "journal_name", "title"]
date_from	字串	可選
date_to	字串	可選
datetype	字串	可選; 預設值： "pdat"; 列舉： ["pdat", "edat", "mdat"]

const result = await host.mcp("pubmed", "search_articles", {"query": "CRISPR gene editing", "max_results": 10})

get_article_metadata

按 PMID 批次獲取 PubMed 詳細後設資料，包括 DOI/PMCID、標題、摘要、期刊、作者與機構、日期、MeSH、型別、語言和引文。使用結果時註明 PubMed 來源，並連結返回的 DOI。

欄位	型別	要求與約束
pmids	['字串', '陣列']	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "get_article_metadata", {"pmids": ["35486828", "33264437"]})

find_related_articles

透過 NCBI elink 獲取 PMID 的相關內容。預設 pubmed_pubmed 是按標題、摘要和 MeSH 相似度排序的相似文獻，並非引用關係；其他模式可取得 PMC 全文或基因、蛋白、核酸記錄連結。

欄位	型別	要求與約束
pmids	['字串', '陣列']	必填
link_type	字串	可選; 預設值： "pubmed_pubmed"; 列舉： ["pubmed_pubmed", "pubmed_pmc", "pubmed_nucleotide", "pubmed_protein", "pubmed_gene"]
max_results	整數	可選

const result = await host.mcp("pubmed", "find_related_articles", {"pmids": ["35486828"], "link_type": "pubmed_pubmed"})

lookup_article_by_citation

透過 NCBI ecitmatch 將書目引文解析為 PMID。每條提供期刊、年份、卷、首頁、作者或 key 等欄位，至少兩到三個有效欄位有助於可靠匹配。

欄位	型別	要求與約束
citations	物件陣列	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "lookup_article_by_citation", {"citations": [{"journal": "Science", "year": 1987, "volume": "235", "first_page": "182", "author": "Palmenberg AC"}]})

convert_article_ids

透過 NCBI/PMC ID Converter 在 PMID、PMCID 與 DOI 之間轉換。同次呼叫中的 ID 型別應一致，並與 id_type 匹配；可先確認是否存在 PMCID，再請求全文。

欄位	型別	要求與約束
ids	['字串', '陣列']	必填
id_type	字串	可選; 預設值： "pmid"; 列舉： ["pmid", "pmcid", "doi"]

const result = await host.mcp("pubmed", "convert_article_ids", {"ids": ["PMC9046468"], "id_type": "pmcid"})

get_full_text_article

透過 Europe PMC 獲取 PMC 開放獲取子集文章的結構化全文和許可。接受帶或不帶 PMC 字首的 ID；不可獲取時檢視 fulltext_status。使用結果時註明來源並連結 DOI。

欄位	型別	要求與約束
pmc_ids	['字串', '陣列']	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "get_full_text_article", {"pmc_ids": ["PMC9046468"]})

get_copyright_status

結合 PubMed 版權欄位、PMC ID 轉換和權限後設資料，查詢每個 PMID 的版權宣告、許可型別、許可 URL 與年份，供內容複用前核對。

欄位	型別	要求與約束
pmids	['字串', '陣列']	必填

const result = await host.mcp("pubmed", "get_copyright_status", {"pmids": ["35891187", "34375400"]})

基因與本體

展開操作與引數

query_genes

透過 mygene.info 批次對映基因符號或標識，每次最多 1000 項。scopes 指定輸入名稱空間，fields 指定返回欄位，species 指定物種；單個 term 不支援逗號。返回 not_found 與 records；多重匹配保留 query，並按輸入順序及 _id 排序。

欄位	型別	要求與約束
terms	字串陣列	必填
scopes	字串	可選
fields	字串	可選; 預設值： "symbol,name,taxid,entrezgene,ensembl.gene"
species	字串	可選

const result = await host.mcp("genes", "query_genes", {"terms": ["TP53", "BRCA1"], "scopes": "symbol,alias", "fields": "symbol,name,entrezgene,ensembl.gene", "species": "human"})

list_ontologies

列出 OLS4 本體。給出 ontology_ids 時獲取對應後設資料並列出 not_found；省略時完整分頁獲取目錄，並核對總數。返回版本、狀態、詞條數等資訊。

欄位	型別	要求與約束
ontology_ids	字串陣列	可選

const result = await host.mcp("genes", "list_ontologies", {"ontology_ids": ["efo", "go", "mondo"]})

search_ontology_terms

按標籤、同義詞或標識搜尋 OLS4 詞條，可限制本體、精確匹配或是否包含廢棄詞條。返回總數、返回數、截斷狀態以及 CURIE、IRI、標籤和說明。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
ontologies	字串陣列	可選
exact	布林值	可選; 預設值： false
include_obsolete	布林值	可選; 預設值： false
max_results	整數	可選; 預設值： 20

const result = await host.mcp("genes", "search_ontology_terms", {"query": "asthma", "ontologies": ["efo"], "max_results": 20})

get_ontology_term

獲取本體詞條詳情或完整關聯詞條集合。relation 為空時返回標籤、同義詞、廢棄狀態和直接父類；指定 parents、children、ancestors、descendants 等關係時完整分頁，並核對服務總數。ontology 使用小寫 ID，term_id 支援 CURIE 或 IRI。

欄位	型別	要求與約束
ontology	字串	必填
term_id	字串	必填
relation	字串	可選; 列舉： ["parents", "children", "ancestors", "descendants", "hierarchicalParents", "hierarchicalChildren", "hierarchicalAncestors", "hierarchicalDescendants"]
include_parents	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("genes", "get_ontology_term", {"ontology": "go", "term_id": "GO:0006281", "relation": "children"})

get_go_annotations

從 QuickGO 獲取 UniProt 基因產物的 GO 註釋，並核對完整集合。可按功能類別、物種和證據篩選。證據須用預設或 ECO 編碼，不能把 IDA/IEA 等三字母程式碼當作 ECO 引數。max_records 僅限制返回行；complete、truncated 和 total_annotations 說明覆蓋範圍。

欄位	型別	要求與約束
uniprot_accession	字串	必填
aspect	字串	可選; 列舉： ["biological_process", "molecular_function", "cellular_component"]
evidence	字串	可選
taxon_id	整數	可選
include_term_names	布林值	可選; 預設值： false
max_records	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("genes", "get_go_annotations", {"uniprot_accession": "P04637", "aspect": "molecular_function", "evidence": "experimental_manual"})

get_uniprot_entries

批次獲取 UniProtKB 記錄。指定 fields 時返回選定欄位的表格並忽略 format；否則 fasta 返回序列，txt 返回完整平面文字。missing 列出未找到的登入號。完整註釋可能很大，通常先選擇所需欄位。

欄位	型別	要求與約束
accessions	字串陣列	必填
format	字串	可選; 列舉： ["fasta", "txt"]
fields	字串陣列	可選

const result = await host.mcp("genes", "get_uniprot_entries", {"accessions": ["P04637", "P38398"], "fields": ["accession", "id", "protein_name", "gene_names", "organism_name", "length"]})

map_reactome_pathways

將基因符號或 UniProt 登入號對映到 Reactome 通路。id_type 與輸入型別匹配，標識不得重複。compact 返回每項低層通路及 Reactome 釋出資訊；完整模式增加實體、反應統計和 identifiers_not_found。物種及分子資源檢視應與研究輸入一致。

欄位	型別	要求與約束
identifiers	字串陣列	必填
id_type	字串	必填; 列舉： ["symbol", "uniprot"]
species	字串	可選; 預設值： "Homo sapiens"
resource	字串	可選; 預設值： "TOTAL"
include_disease	布林值	可選; 預設值： true
compact	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("genes", "map_reactome_pathways", {"identifiers": ["TP53", "EGFR", "BRCA1"], "id_type": "symbol"})

基因組

展開操作與引數

ensembl_lookup

按 Ensembl 穩定 ID 或基因符號獲取位置、生物型別、典型轉錄本等註釋。符號查詢使用 species，穩定 ID 查詢忽略它；expand 可加入轉錄本、外顯子和翻譯樹。未找到時 found 為 false、record 為 null。座標為從 1 開始的閉區間。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
species	字串	可選; 預設值： "homo_sapiens"
expand	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_lookup", {"query": "BRAF"})

ensembl_xrefs

獲取 Ensembl 穩定 ID 到 HGNC、EntrezGene、UniProt、OMIM、RefSeq 等資料庫的完整交叉引用。external_db 是精確資料庫名篩選；結果按 dbname、primary_id 排序，未知 ID 返回 n_xrefs 為 0。

欄位	型別	要求與約束
stable_id	字串	必填
external_db	字串	可選

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_xrefs", {"stable_id": "ENSG00000157764", "external_db": "HGNC"})

ensembl_vep_variant

用 Ensembl VEP 預測變異後果，variant_id 與 region 加 allele 兩條輸入路線二選一。區域使用對應組裝、從 1 開始的閉區間；插入時 start 等於 end 加 1。按 HIGH、MODERATE、LOW、MODIFIER 排序後限制轉錄本結果，完整數量和截斷標誌單獨返回。未知 rsID 返回上游錯誤。

欄位	型別	要求與約束
variant_id	字串	可選
region	字串	可選
allele	字串	可選
species	字串	可選; 預設值： "homo_sapiens"
max_consequences	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_vep_variant", {"variant_id": "rs7412", "max_consequences": 25})

ensembl_homology

從 Ensembl Compara 查詢直系同源、旁系同源或投影關係。gene_symbol 與 gene_id 二選一；符號先解析到穩定 ID。target_species 與 target_taxon 同時給出時為 OR 關係。返回精簡記錄、完整 n_total 和截斷標誌，不返回比對或序列。

欄位	型別	要求與約束
gene_symbol	字串	可選
gene_id	字串	可選
homology_type	字串	可選; 預設值： "orthologues"; 列舉： ["orthologues", "paralogues", "projections"]
target_species	字串	可選
target_taxon	整數	可選
species	字串	可選; 預設值： "homo_sapiens"
max_homologies	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_homology", {"gene_symbol": "BRAF", "target_species": "mus_musculus"})

ensembl_sequence

從 Ensembl 按穩定 ID 或基因組區域獲取序列，兩者二選一。區域是從 1 開始的閉區間，最長 10 Mb；ID 路線可選 genomic、cdna、cds 或適用的 protein。超過 max_bytes 時保留長度、雜湊和後設資料，省略 seq 並說明原因；需要全文時調整上限。

欄位	型別	要求與約束
stable_id	字串	可選
region	字串	可選
species	字串	可選; 預設值： "homo_sapiens"
seq_type	字串	可選; 預設值： "genomic"; 列舉： ["genomic", "cdna", "cds", "protein"]
max_bytes	整數	可選; 預設值： 400000

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_sequence", {"stable_id": "ENSP00000288602", "seq_type": "protein"})

ensembl_overlap_region

列出與 Ensembl 區域重疊的基因、轉錄本、調控元件、重複或變異等特徵。區域是從 1 開始的閉區間，超過 5 Mb 需拆分。返回完整 n_total、按起點和 ID 排序的特徵及 features_truncated；空區域返回 0 項。

欄位	型別	要求與約束
region	字串	必填
feature	字串	可選; 預設值： "gene"; 列舉： ["gene", "transcript", "exon", "cds", "regulatory", "motif", "repeat", "variation", "structural_variation", "band", "simple", "misc"]
species	字串	可選; 預設值： "homo_sapiens"
max_features	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("genomes", "ensembl_overlap_region", {"region": "7:140719327-140925199", "feature": "gene"})

ucsc_list_tracks

列出 UCSC 指定組裝的可查詢葉級軌道，可按名稱或標籤進行不區分大小寫的篩選。返回軌道名稱、型別、所屬組、完整匹配數及截斷狀態。首次訪問某組裝會載入並快取完整目錄，建議先用 filter_text 縮小結果。

欄位	型別	要求與約束
genome	字串	可選; 預設值： "hg38"
filter_text	字串	可選
max_tracks	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_list_tracks", {"genome": "hg38", "filter_text": "phyloP", "max_tracks": 50})

ucsc_track_data

獲取 UCSC 指定軌道在區域中的原始記錄。chrom 須含 chr 字首，start/end 使用從 0 開始的半開區間；Ensembl 起點需減 1。返回行結構取決於軌道，truncated 反映上游限制；若提供 dataDownloadUrl，可用它獲取大規模資料。

欄位	型別	要求與約束
track	字串	必填
chrom	字串	必填
start	整數	必填
end	整數	必填
genome	字串	可選; 預設值： "hg38"
max_rows	整數	可選; 預設值： 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_track_data", {"track": "cpgIslandExt", "chrom": "chr7", "start": 140700000, "end": 140800000, "genome": "hg38"})

ucsc_conservation

彙總 UCSC phyloP 或 phastCons 區域保守性。座標從 0 開始、右端不含，視窗最長 100000 bp；統計按覆蓋鹼基加權，未覆蓋鹼基不會當作零分。可附帶受 max_values 限制的逐鹼基值；上游截斷會報錯。

欄位	型別	要求與約束
chrom	字串	必填
start	整數	必填
end	整數	必填
genome	字串	可選; 預設值： "hg38"
track	字串	可選; 預設值： "phyloP100way"
include_values	布林值	可選; 預設值： false
max_values	整數	可選; 預設值： 2000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_conservation", {"chrom": "chr7", "start": 140753330, "end": 140753380, "track": "phyloP100way"})

ucsc_tfbs_clusters

獲取指定區域重疊的 ENCODE 轉錄因子結合位點聚類。支援 hg38 或 hg19 對應軌道；座標從 0 開始、右端不含。返回因子集合、聚類位置、分數、支援實驗數和截斷狀態，便於進一步檢查支援證據。

欄位	型別	要求與約束
chrom	字串	必填
start	整數	必填
end	整數	必填
genome	字串	可選; 預設值： "hg38"
max_rows	整數	可選; 預設值： 1000

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_tfbs_clusters", {"chrom": "chr7", "start": 140699000, "end": 140760000, "genome": "hg38"})

ucsc_chrom_sizes

獲取 UCSC 組裝的染色體與 contig 名稱、長度，可按名稱篩選。返回組裝總數、篩選後數量和截斷標誌；長度用於校驗座標，不能把備用或未定位序列誤作主染色體。

欄位	型別	要求與約束
genome	字串	可選; 預設值： "hg38"
filter_text	字串	可選
max_chroms	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("genomes", "ucsc_chrom_sizes", {"genome": "hg38", "filter_text": "chr1", "max_chroms": 25})

變異

展開操作與引數

get_variant

按 gnomAD 短變異 ID 查詢群體頻率。variant_id 使用 chrom-pos-ref-alt，座標必須匹配 dataset 的參考組裝。rsID 先透過 search_variants 解析。

欄位	型別	要求與約束
variant_id	字串	必填
dataset	字串	可選; 預設值： "gnomad_r4"; 列舉： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "get_variant", {"variant_id": "19-44908822-C-T", "dataset": "gnomad_r4"})

search_variants

在 gnomAD 中按 rsID、變異 ID 或字首搜尋，返回可供 get_variant 使用的 chrom-pos-ref-alt 標識。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
dataset	字串	可選; 預設值： "gnomad_r4"; 列舉： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "search_variants", {"query": "rs7412", "dataset": "gnomad_r4"})

gene_variants

列出一個基因在 gnomAD 中的全部短變異。gene_symbol 與 gene_id 必須二選一；大基因可能返回數千行。

欄位	型別	要求與約束
gene_symbol	字串	可選
gene_id	字串	可選
dataset	字串	可選; 預設值： "gnomad_r4"; 列舉： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "gene_variants", {"gene_symbol": "APOE", "dataset": "gnomad_r4"})

gene_constraint

獲取 gnomAD 基因約束指標，包括 pLI、功能缺失/錯義/同義變異的觀測期望比、90% 置信區間和 z 分數。gene_symbol 與 gene_id 二選一；結合指標定義與資料集解釋基因對變異的耐受性。

欄位	型別	要求與約束
gene_symbol	字串	可選
gene_id	字串	可選

const result = await host.mcp("variants", "gene_constraint", {"gene_symbol": "TP53"})

region_variants

列出 gnomAD 區域內全部短變異。染色體不帶 chr 字首，start/stop 為從 1 開始的閉區間，stop-start 不超過 1000000；更大區域分窗查詢。座標組裝由 dataset 決定。

欄位	型別	要求與約束
chrom	字串	必填
start	整數	必填
stop	整數	必填
dataset	字串	可選; 預設值： "gnomad_r4"; 列舉： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "region_variants", {"chrom": "1", "start": 55039475, "stop": 55064852, "dataset": "gnomad_r4"})

liftover_variant

透過 gnomAD 對映表在 GRCh37 與 GRCh38 間轉換變異 ID。source_build 必須匹配輸入座標；方向錯誤可能得到零結果，而非報錯。

欄位	型別	要求與約束
variant_id	字串	必填
source_build	字串	可選; 預設值： "GRCh37"; 列舉： ["GRCh37", "GRCh38"]

const result = await host.mcp("variants", "liftover_variant", {"variant_id": "1-55516888-G-GA", "source_build": "GRCh37"})

clinvar_variants

獲取 gnomAD 映象中的基因 ClinVar 變異，包含臨床意義、稽核狀態和星級。clinvar_release_date 標識所用快照；gene_symbol 與 gene_id 二選一。

欄位	型別	要求與約束
gene_symbol	字串	可選
gene_id	字串	可選

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variants", {"gene_symbol": "BRCA1"})

structural_variants

列出 gnomAD 中與基因重疊的結構變異。gene_symbol 與 gene_id 二選一；dataset 需選擇對應的 SV 資料釋出，且組裝與變異 ID 均隨釋出變化。

欄位	型別	要求與約束
gene_symbol	字串	可選
gene_id	字串	可選
dataset	字串	可選; 預設值： "gnomad_sv_r4"; 列舉： ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "structural_variants", {"gene_symbol": "TP53", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

get_structural_variant

按釋出專屬 SV ID 查詢 gnomAD 結構變異。dataset 必須與該 ID 的來源釋出一致，不能跨釋出直接複用 ID。

欄位	型別	要求與約束
sv_id	字串	必填
dataset	字串	可選; 預設值： "gnomad_sv_r4"; 列舉： ["gnomad_sv_r4", "gnomad_sv_r2_1"]

const result = await host.mcp("variants", "get_structural_variant", {"sv_id": "DEL_CHR17_A5250EA9", "dataset": "gnomad_sv_r4"})

mitochondrial_variants

查詢 gnomAD 線粒體變異及異質性計數 ac_het、ac_hom、max_heteroplasmy。基因路線與 region_start 加 region_stop 路線二選一。

欄位	型別	要求與約束
gene_symbol	字串	可選
gene_id	字串	可選
region_start	整數	可選
region_stop	整數	可選
dataset	字串	可選; 預設值： "gnomad_r4"; 列舉： ["gnomad_r4", "gnomad_r4_non_ukb", "gnomad_r3", "gnomad_r3_controls_and_biobanks", "gnomad_r3_non_cancer", "gnomad_r3_non_neuro", "gnomad_r3_non_topmed", "gnomad_r3_non_v2", "gnomad_r2_1", "gnomad_r2_1_controls", "gnomad_r2_1_non_cancer", "gnomad_r2_1_non_neuro", "gnomad_r2_1_non_topmed", "exac"]

const result = await host.mcp("variants", "mitochondrial_variants", {"gene_symbol": "MT-TL1", "dataset": "gnomad_r4"})

NCBI 聯絡郵箱在 Settings → Credentials → Literature access → Contact email 中儲存，下方 ClinVar/dbSNP 查詢使用此配置。

clinvar_search

直接檢索 NCBI ClinVar，返回變異、臨床意義、稽核狀態和星級。須配置供科研資料服務使用的聯絡郵箱。query 支援 Entrez 欄位與布林語法；返回總數及截斷標誌。上游繁忙出現 HTTP 500 時，可稍後重試一次。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
max_records	整數	可選; 預設值： 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_search", {"query": "BRCA1 pathogenic[CLIN_SIG]", "max_records": 50})

clinvar_get_records

批次獲取 ClinVar VCV、RCV 或裸 variation ID 的完整記錄，最多 50 項，支援帶版本 VCV。需要聯絡郵箱；RCV 會解析到父 VCV。rsID 應使用 clinvar_variant_by_rsid；未找到輸入會明確列出。

欄位	型別	要求與約束
accessions	['字串', '陣列']	必填

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_get_records", {"accessions": ["VCV000045122", "RCV000019428", "45123"]})

clinvar_variant_by_rsid

按 dbSNP rsID 獲取所有關聯的 ClinVar variation 記錄。需要聯絡郵箱；一個 rsID 可能對應多個替代等位基因的 VCV。total 是實際匹配總數，truncated 標記截斷；零結果表示未找到關聯記錄。

欄位	型別	要求與約束
rsid	字串	必填
max_records	整數	可選; 預設值： 50

const result = await host.mcp("variants", "clinvar_variant_by_rsid", {"rsid": "rs121913529", "max_records": 50})

dbsnp_get_rsids

批次獲取 dbSNP RefSNP 記錄，最多 20 個 rsID。需要聯絡郵箱，否則返回 contact_email_required。包含組裝定位、等位基因、群體頻率和 ClinVar 關聯；not_found 與超時未處理的 not_processed 分開列出。merged 狀態應繼續查詢 merged_into。定位為從 1 開始的座標，SPDI 使用從 0 開始的鹼基間座標。

欄位	型別	要求與約束
rsids	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_get_rsids", {"rsids": ["rs7412", "rs429358"]})

dbsnp_search_by_region

按區域查詢 dbSNP rsID。需要聯絡郵箱；座標從 1 開始且包含終點，最長 1 Mb，必須匹配 assembly。返回總數、返回數、截斷狀態及實際 Entrez 查詢；取得 ID 後可每批最多 20 項呼叫 dbsnp_get_rsids。

欄位	型別	要求與約束
chrom	字串	必填
start	整數	必填
stop	整數	必填
assembly	字串	可選; 預設值： "GRCh38"; 列舉： ["GRCh38", "GRCh37"]
max_rsids	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("variants", "dbsnp_search_by_region", {"chrom": "19", "start": 44905000, "stop": 44910000, "assembly": "GRCh38"})

臨床試驗

展開操作與引數

search_trials

檢索 ClinicalTrials.gov，可按疾病、干預、申辦方、地點、狀態、階段和研究型別篩選。文字欄位支援 Essie 查詢語法；page_token 用於翻頁，count_total 請求總數，advanced_query 可補充高階表示式。

欄位	型別	要求與約束
condition	字串	可選
intervention	字串	可選
sponsor	字串	可選
location	字串	可選
status	字串陣列	可選
phase	字串陣列	可選
study_type	字串	可選; 列舉： ["INTERVENTIONAL", "OBSERVATIONAL", "EXPANDED_ACCESS"]
advanced_query	字串	可選
page_size	整數	可選; 預設值： 10; 最小值： 1; 最大值： 1000
page_token	字串	可選
count_total	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_trials", {"condition": "lung cancer", "status": ["RECRUITING"], "phase": ["PHASE3"], "count_total": true, "page_size": 10})

get_trial_details

按 NCT ID 獲取臨床試驗的資格條件、研究設計、終點、地點、申辦方、日期、入組人數和結果連結。ID 為 NCT 加八位數字，裸數字會補字首。

欄位	型別	要求與約束
nct_id	字串	必填

const result = await host.mcp("clinical-trials", "get_trial_details", {"nct_id": "NCT03661411"})

search_by_sponsor

按申辦公司或機構名稱部分匹配試驗，可進一步限制疾病、階段和狀態。用 page_token 翻頁，count_total 獲取匹配總數。

欄位	型別	要求與約束
sponsor_name	字串	必填
condition	字串	可選
phase	字串陣列	可選
status	字串陣列	可選
page_size	整數	可選; 預設值： 10; 最小值： 1; 最大值： 1000
page_token	字串	可選
count_total	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_sponsor", {"sponsor_name": "Pfizer", "phase": ["PHASE3"], "count_total": true})

search_investigators

按疾病、機構、地點或姓名查詢研究者和研究中心。institution 優先於 location；返回聯絡人、角色、機構、地點及 NCT ID。page_size 限制掃描的試驗數量。

欄位	型別	要求與約束
condition	字串	可選
institution	字串	可選
location	字串	可選
investigator_name	字串	可選
status	字串陣列	可選
page_size	整數	可選; 預設值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_investigators", {"condition": "Alzheimer", "institution": "Mayo Clinic", "page_size": 20})

analyze_endpoints

分析主要、次要及其他終點。nct_id 對應單試驗路線，condition 對應跨試驗彙總；同時給出時優先 nct_id。彙總可限制階段和起始日期，結果範圍受 page_size 限制。

欄位	型別	要求與約束
nct_id	字串	可選
condition	字串	可選
phase	字串陣列	可選
start_date_after	字串	可選
page_size	整數	可選; 預設值： 50; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("clinical-trials", "analyze_endpoints", {"nct_id": "NCT03661411"})

search_by_eligibility

根據資格條件篩選試驗，預設僅招募中。min_age/max_age 表示患者年齡，與試驗允許範圍匹配；sex 匹配接受相應性別的試驗。至少提供一項疾病、資格關鍵詞、年齡或性別條件，並用 page_token 翻頁。匹配結果仍需研究團隊核實資格。

欄位	型別	要求與約束
condition	字串	可選
eligibility_keywords	字串	可選
min_age	字串	可選
max_age	字串	可選
sex	字串	可選; 列舉： ["ALL", "MALE", "FEMALE"]
status	字串陣列	可選
page_size	整數	可選; 預設值： 10; 最小值： 1; 最大值： 1000
page_token	字串	可選

const result = await host.mcp("clinical-trials", "search_by_eligibility", {"condition": "diabetes", "min_age": "65 Years", "sex": "FEMALE"})

臨床基因組學

展開操作與引數

clingen_gene_validity

查詢 ClinGen 基因與疾病關係有效性評估，涵蓋 Definitive、Strong、Moderate、Limited、Disputed 等等級。省略 gene 時列出全部評估。

欄位	型別	要求與約束
gene	字串	可選

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_gene_validity", {"gene": "BRCA2"})

clingen_dosage_sensitivity

查詢 ClinGen 劑量敏感性評估，包括單倍劑量不足和三倍劑量敏感性，可包含 ISCA 區域。基因符號或 ISCA ID 精確篩選；省略則返回全表。

欄位	型別	要求與約束
gene	字串	可選
include_regions	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_dosage_sensitivity", {"gene": "TP53"})

clingen_actionability

查詢 ClinGen 臨床可干預性評估，包括疾病、干預與結局，以及嚴重性、可能性、有效性和干預性質評分。基因篩選可匹配多基因主題中的任一成員。

欄位	型別	要求與約束
gene	字串	可選
context	字串	可選; 預設值： "both"; 列舉： ["adult", "pediatric", "both"]

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_actionability", {"gene": "BRCA1", "context": "adult"})

clingen_variant_classifications

獲取 ClinGen ERepo 專家組依據 ACMG 標準給出的變異分類。gene、caid、hgvs 必須且只能提供一項；完整獲取匹配記錄。

欄位	型別	要求與約束
gene	字串	可選
caid	字串	可選
hgvs	字串	可選

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "clingen_variant_classifications", {"gene": "BRCA1"})

civic_search_genes

按精確 Entrez 符號查詢 CIViC 基因，完整分頁並核對數量。返回的 CIViC gene ID 可用於 civic_gene_variants。

欄位	型別	要求與約束
entrez_symbol	字串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_genes", {"entrez_symbol": "BRAF"})

civic_gene_variants

按 CIViC gene ID 獲取該基因全部變異，完整分頁並按變異 ID 排序。

欄位	型別	要求與約束
gene_id	整數	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_gene_variants", {"gene_id": 5})

civic_get_variant

按 CIViC variant ID 獲取別名、型別、基因關聯及適用的座標；不存在時 found 為 false。

欄位	型別	要求與約束
variant_id	整數	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_variant", {"variant_id": 12})

civic_search_variants

按名稱子串檢索 CIViC 變異，可限定 CIViC gene ID；完整分頁並按變異 ID 排序。

欄位	型別	要求與約束
name	字串	必填
gene_id	整數	可選

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_variants", {"name": "V600", "gene_id": 5})

civic_get_evidence_item

獲取一個 CIViC 證據條目，包含疾病/治療背景、證據等級 A–E、型別、方向、臨床意義、評分和來源；不存在時 found 為 false。

欄位	型別	要求與約束
evidence_id	整數	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_evidence_item", {"evidence_id": 1409})

civic_search_evidence

按篩選條件檢索 CIViC 證據，完整分頁並核對數量。列舉值必須原樣使用 GraphQL 定義，如 SUPPORTS、DOES_NOT_SUPPORT、ACCEPTED。至少給出一個條件，避免無條件遍歷整個證據庫。

欄位	型別	要求與約束
disease_name	字串	可選
therapy_name	字串	可選
evidence_level	字串	可選
evidence_type	字串	可選
evidence_direction	字串	可選
significance	字串	可選
variant_origin	字串	可選
evidence_rating	整數	可選
status	字串	可選
molecular_profile_name	字串	可選
molecular_profile_id	整數	可選
variant_id	整數	可選
disease_id	整數	可選
therapy_id	整數	可選
phenotype_id	整數	可選
source_id	整數	可選
assertion_id	整數	可選

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_evidence", {"disease_name": "melanoma", "evidence_level": "A"})

civic_get_assertion

獲取一個 CIViC 專家斷言，包含分子譜在疾病/治療背景下的證據彙總、AMP/ASCO/CAP 分級、ACMG/ClinGen 程式碼及適用的伴隨診斷標誌；不存在時 found 為 false。

欄位	型別	要求與約束
assertion_id	整數	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_assertion", {"assertion_id": 7})

civic_search_assertions

檢索 CIViC 專家斷言，支援型別、方向、等級和狀態組合篩選；完整分頁、核對數量並按 ID 排序。無篩選條件會遍歷整個集合。

欄位	型別	要求與約束
disease_name	字串	可選
therapy_name	字串	可選
assertion_type	字串	可選
assertion_direction	字串	可選
significance	字串	可選
amp_level	字串	可選
status	字串	可選
molecular_profile_name	字串	可選
molecular_profile_id	整數	可選
variant_id	整數	可選
variant_name	字串	可選
disease_id	整數	可選
therapy_id	整數	可選
phenotype_id	整數	可選
evidence_id	整數	可選
summary	字串	可選

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_assertions", {"disease_name": "melanoma"})

civic_get_molecular_profile

按 ID 獲取 CIViC 分子譜，包括名稱、評分和組成變異；證據與斷言關聯到該變異組合。不存在時 found 為 false。

欄位	型別	要求與約束
mp_id	整數	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_get_molecular_profile", {"mp_id": 12})

civic_search_molecular_profiles

按名稱子串檢索 CIViC 分子譜，完整分頁並按 ID 排序。

欄位	型別	要求與約束
name	字串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_molecular_profiles", {"name": "BRAF V600E"})

civic_search_diseases

按名稱子串檢索 CIViC 疾病，返回 DOID 與名稱，完整分頁並按 ID 排序。

欄位	型別	要求與約束
name	字串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_diseases", {"name": "melanoma"})

civic_search_therapies

按名稱子串檢索 CIViC 治療，返回 NCIt ID 與名稱，完整分頁並按 ID 排序。

欄位	型別	要求與約束
name	字串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "civic_search_therapies", {"name": "vemurafenib"})

open_targets_graphql

向 Open Targets Platform 提交 GraphQL 查詢，可查詢靶標、疾病、藥物、關聯、證據、可成藥性與安全性。支援內省查詢；上游 knownDrugs 欄位已改名為 drugAndClinicalCandidates。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
variables	物件	可選

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_graphql", {"query": "query($id: String!){ target(ensemblId: $id){ approvedSymbol associatedDiseases{ count } } }", "variables": {"id": "ENSG00000157764"}})

open_targets_disease_drugs

按疾病本體 ID 獲取 Open Targets 的已知或在研藥物，封裝 Disease.drugAndClinicalCandidates。efo_id 可為 EFO、MONDO 等 ID。

欄位	型別	要求與約束
efo_id	字串	必填
size	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_drugs", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

open_targets_disease_targets

按 Open Targets 綜合關聯分數，獲取疾病關聯排名靠前的靶標。efo_id 使用疾病本體 ID。

欄位	型別	要求與約束
efo_id	字串	必填
size	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_disease_targets", {"efo_id": "MONDO_0004992", "size": 25})

open_targets_drug

按 ChEMBL ID 獲取 Open Targets 藥物詳情，包括名稱、型別、最高臨床階段及靶標/作用機制。

欄位	型別	要求與約束
chembl_id	字串	必填

const result = await host.mcp("clinical-genomics", "open_targets_drug", {"chembl_id": "CHEMBL1201583"})

結構與相互作用

展開操作與引數

emdb_get_entries

獲取 EMDB 冷凍電鏡條目後設資料，接受 EMD-1234 或數字形式。包含方法、解析度、日期、樣本、擬合 PDB、引文及體素資訊；未報告值為 null。廢棄記錄含 is_obsolete 和 superseded_by，未知 ID 明確報 not_found。僅取後設資料，不下載密度圖體資料。

欄位	型別	要求與約束
emdb_ids	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entries", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "emd-3061", "1234"]})

emdb_search_entries

用 Solr 語法檢索 EMDB，分頁獲取精簡記錄。num_found_released 為服務報告的已釋出數量；搜尋也可能包含 OBS 廢棄記錄。released_complete 說明是否取得全部發布匹配，受 max_rows 和數量一致性影響。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
max_rows	整數	可選; 預設值： 1000

const result = await host.mcp("structures", "emdb_search_entries", {"query": "title:\"apoferritin\" AND resolution:[0 TO 1.5]", "max_rows": 500})

emdb_get_entry_section

獲取 EMDB 指定後設資料章節：publications、map、sample 或 imaging。包括完整作者、密度圖引數、分子組成或顯微鏡實驗條件。未知條目明確返回 not_found；只需摘要時先用 emdb_get_entries。

欄位	型別	要求與約束
emdb_ids	字串陣列	必填
section	字串	必填; 列舉： ["publications", "map", "sample", "imaging"]

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_entry_section", {"emdb_ids": ["EMD-11638"], "section": "imaging"})

emdb_get_validation

獲取 EMDB 驗證分析的數值指標，如 Q-score、原子包含率、等值面和模型/密度圖比例。僅返回上游實際計算的專案；缺失值為 null，無分析時 has_validation_analysis 為 false。

欄位	型別	要求與約束
emdb_ids	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("structures", "emdb_get_validation", {"emdb_ids": ["EMD-11638", "EMD-3061"]})

complexportal_get_complexes

按 CPX 登入號獲取 Complex Portal 人工整理的複合物，包含名稱、物種、參與物、化學計量、角色、ECO/GO 和交叉引用。按輸入順序返回，未知 ID 列入 not_found。二元相互作用實驗依據應查 IntAct。

欄位	型別	要求與約束
complex_acs	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_get_complexes", {"complex_acs": ["CPX-2158", "CPX-2419"]})

complexportal_search_by_participant

按 UniProt、ChEBI 或 RNAcentral 參與物 ID 檢索 Complex Portal。participants_only 為 true 時僅匹配已整理的實際參與物；false 也匹配自由文字。完整分頁並核對數量，取得 ID 後用 complexportal_get_complexes 查詳情。

欄位	型別	要求與約束
accession	字串	必填
participants_only	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("structures", "complexportal_search_by_participant", {"accession": "P69905", "participants_only": true})

intact_fetch_interactions

獲取匹配查詢的 IntAct 二元相互作用，支援 UniProt、符號、自由文字或 Solr 語法，並可按 MI 分數與物種篩選。完整獲取並核對總數後，max_records_returned 僅限制輸出行；records_truncated 標明輸出截斷。記錄包含互作雙方、檢測方法、實驗角色、分數和文獻。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
min_mi_score	數值	可選; 預設值： 0
max_mi_score	數值	可選; 預設值： 1
interactor_species	字串陣列	可選
max_records_returned	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("structures", "intact_fetch_interactions", {"query": "P04637", "min_mi_score": 0.45, "interactor_species": ["Homo sapiens"], "max_records_returned": 200})

intact_get_interactor

將分子解析為全部匹配的 IntAct interactor 記錄。一個 UniProt 登入號可能對應標準蛋白、鏈或亞型，返回 n_matches，不自動只選一個。記錄含標識、物種、型別和相互作用數量。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interactor", {"query": "P04637"})

intact_get_interaction_details

按 IntAct interaction AC 獲取一條互作的完整整理資訊，包括方法、文獻、動力學/親和力、可信度和參與物角色。可關閉參與物詳情；未知 AC 返回 not_found。

欄位	型別	要求與約束
interaction_ac	字串	必填
include_participants	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("structures", "intact_get_interaction_details", {"interaction_ac": "EBI-15635490", "include_participants": true})

intact_build_network

圍繞 UniProt 種子蛋白構建一層 IntAct 網路。先完整獲取每個種子的互作，再在節點集合內擴充套件有限數量的夥伴；expansion.complete 為 false 時仍可能遺漏夥伴之間的邊。返回節點、邊和每個種子的獲取統計。種子較多會增加完整分頁請求量。

欄位	型別	要求與約束
seed_accessions	字串陣列	必填
min_mi_score	數值	可選; 預設值： 0.45
max_interactors_expanded	整數	可選; 預設值： 25
interactor_species	字串陣列	可選

const result = await host.mcp("structures", "intact_build_network", {"seed_accessions": ["P04637", "Q00987"], "min_mi_score": 0.45, "max_interactors_expanded": 25})

pdb_search_structures

按屬性組合檢索 RCSB PDB，至少提供一個條件，各條件為 AND。預設只檢索實驗結構，可用 include_computed_models 納入預測結構。返回 ID、相關性分數、總數和截斷狀態；需用 pdb_get_structures 獲取後設資料。

欄位	型別	要求與約束
text	字串	可選
organism	字串	可選
taxonomy_id	整數	可選
uniprot_accession	字串	可選
experimental_method	字串	可選
max_resolution_angstrom	數值	可選
ligand_comp_id	字串	可選
include_computed_models	布林值	可選; 預設值： false
max_rows	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("structures", "pdb_search_structures", {"uniprot_accession": "P04637", "experimental_method": "X-RAY DIFFRACTION", "max_rows": 50})

pdb_get_structures

批次獲取最多 25 個 PDB 條目的標題、方法、解析度、日期、狀態、實體/組裝數量、配體與引文。ID 不區分大小寫並去重；未知 ID 返回 not_found。僅返回後設資料，不下載座標檔案。

欄位	型別	要求與約束
pdb_ids	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_structures", {"pdb_ids": ["1TUP", "1tup", "6XYZ"]})

pdb_get_entities

獲取 PDB 聚合物實體、鏈、序列長度、物種和 UniProt 對映。每次最多 25 個實體，大組裝應從完整 ID 列表分批指定；明確子集時條目總數為 null。可加入序列，超出 max_bytes 時省略序列並說明原因，保留後設資料。

欄位	型別	要求與約束
pdb_id	字串	必填
entity_ids	字串陣列	可選
include_sequences	布林值	可選; 預設值： false
max_bytes	整數	可選; 預設值： 400000

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_entities", {"pdb_id": "1TUP", "include_sequences": true})

pdb_get_ligands

獲取 PDB 條目的非聚合物配體及化學屬性，不包括水。返回實際實體總數及截斷標誌，每次上限 25 個配體；部分缺失實體/組分單獨標為 not_found，無配體時返回空列表。

欄位	型別	要求與約束
pdb_id	字串	必填
max_ligands	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("structures", "pdb_get_ligands", {"pdb_id": "1TUP"})

alphafold_get_prediction

按 UniProt 登入號獲取 AlphaFold DB 預測結構後設資料。一個登入號可有多個模型或提供方；檢查 provider_id、tool_used、序列範圍、模型版本、pLDDT 與置信區間比例。返回座標、PAE、MSA 等可用下載 URL，不直接下載內容。無預測時 has_model 為 false。

欄位	型別	要求與約束
uniprot_accession	字串	必填
include_sequence	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_get_prediction", {"uniprot_accession": "P04637"})

alphafold_check_coverage

批次檢查最多 40 個不同 UniProt 登入號的 AlphaFold DB 覆蓋。空值和重複項單獨計數，結果按輸入順序返回，每項包含是否有模型及首個模型摘要；無模型和標識錯誤分別報告。

欄位	型別	要求與約束
uniprot_accessions	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("structures", "alphafold_check_coverage", {"uniprot_accessions": ["P04637", "P38398", "Q9Y6K9"]})

ChEMBL

展開操作與引數

compound_search

按名稱、ChEMBL ID 或 SMILES 檢索化合物，至少提供一種輸入。SMILES 配合 similarity_threshold 為相似性檢索，否則為子結構檢索；結構遍歷受上限約束並標註截斷。按適應證找藥物應使用 drug_search。

欄位	型別	要求與約束
name	字串	可選
chembl_id	字串	可選
smiles	字串	可選
similarity_threshold	整數	可選; 最小值： 70; 最大值： 100
max_phase	整數	可選; 列舉： [0, 1, 2, 3, 4]
limit	整數	可選; 預設值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "compound_search", {"name": "aspirin", "limit": 5})

drug_search

按 EFO 適應證檢索已批准藥物或臨床候選物，將適應證關聯到母體分子及撤市/黑框警告。only_approved 限制為 phase 4；可再按分子 ID、藥名和臨床階段篩選。

欄位	型別	要求與約束
indication	字串	必填
drug_name	字串	可選
molecule_chembl_id	字串	可選
max_phase	整數	可選; 列舉： [0, 1, 2, 3, 4]
only_approved	布林值	可選; 預設值： false
limit	整數	可選; 預設值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "drug_search", {"indication": "hypertension", "only_approved": true, "limit": 10})

get_admet

獲取 ChEMBL 結構計算屬性用於類藥性/ADMET 初篩，包括 ALogP、分子量、PSA、氫鍵供受體、旋轉鍵、規則違反數和 QED。這些是計算屬性，不是實驗 ADMET 測量。

欄位	型別	要求與約束
molecule_chembl_id	字串	必填

const result = await host.mcp("chembl", "get_admet", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

get_bioactivity

檢索 ChEMBL 化合物與靶標的生物活性測量，如 IC50、Ki、Kd、EC50。可按分子、靶標、型別、pChEMBL、數值範圍和單位篩選；返回按 activity_id 排序的一頁及效力摘要。

欄位	型別	要求與約束
molecule_chembl_id	字串	可選
target_chembl_id	字串	可選
activity_type	字串	可選; 列舉： ["IC50", "EC50", "Ki", "Kd", "AC50", "GI50", "ED50", "Potency"]
min_pchembl	數值	可選; 最小值： 0; 最大值： 14
min_value	數值	可選
max_value	數值	可選
unit	字串	可選; 列舉： ["nM", "uM", "mM", "pM", "M"]
limit	整數	可選; 預設值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "get_bioactivity", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25", "activity_type": "IC50", "limit": 10})

get_mechanism

獲取 ChEMBL 藥物或臨床候選物的作用機制。可按分子、靶標和 action_type 篩選；鹽形式無結果時嘗試母體分子。返回按 mec_id 排序的一頁及作用型別彙總。

欄位	型別	要求與約束
molecule_chembl_id	字串	可選
target_chembl_id	字串	可選
action_type	字串	可選; 列舉： ["INHIBITOR", "AGONIST", "ANTAGONIST", "BLOCKER", "MODULATOR", "OPENER", "ACTIVATOR", "POSITIVE ALLOSTERIC MODULATOR", "NEGATIVE ALLOSTERIC MODULATOR", "PARTIAL AGONIST", "INVERSE AGONIST"]
limit	整數	可選; 預設值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "get_mechanism", {"molecule_chembl_id": "CHEMBL25"})

target_search

檢索 ChEMBL 生物靶標，包括蛋白、複合物、家族和物種。支援 ID、精確基因符號、名稱、物種或型別篩選；結果包含組成部分的 UniProt ID 和有上限的交叉引用。

欄位	型別	要求與約束
target_name	字串	可選
gene_symbol	字串	可選
target_chembl_id	字串	可選
organism	字串	可選
target_type	字串	可選; 列舉： ["SINGLE PROTEIN", "PROTEIN COMPLEX", "PROTEIN FAMILY", "ORGANISM", "TISSUE", "CELL-LINE", "NUCLEIC-ACID", "SUBCELLULAR"]
limit	整數	可選; 預設值： 20; 最小值： 1; 最大值： 1000

const result = await host.mcp("chembl", "target_search", {"gene_symbol": "EGFR", "organism": "Homo sapiens", "limit": 5})

bioRxiv

展開操作與引數

get_categories

列出 bioRxiv 學科類別及 API 使用的 slug，例如 cancer biology 對應 cancer_biology。檢索前用此操作確認合法類別。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_categories", {})

search_preprints

按日期和可選類別檢索 bioRxiv/medRxiv 預印本。日期範圍、recent_days、recent_count 三選一；都不提供時取最近 60 天。沒有關鍵詞檢索；用 cursor 翻頁。返回 DOI、標題、作者、日期、類別、版本和短摘要。

欄位	型別	要求與約束
server	字串	可選; 預設值： "biorxiv"; 列舉： ["biorxiv", "medrxiv"]
category	字串	可選; 列舉： ["animal behavior and cognition", "biochemistry", "bioengineering", "bioinformatics", "biophysics", "cancer biology", "cell biology", "clinical trials", "developmental biology", "ecology", "epidemiology", "evolutionary biology", "genetics", "genomics", "immunology", "microbiology", "molecular biology", "neuroscience", "paleontology", "pathology", "pharmacology and toxicology", "physiology", "plant biology", "scientific communication and education", "synthetic biology", "systems biology", "zoology"]
date_from	字串	可選
date_to	字串	可選
recent_days	整數	可選; 最小值： 1
recent_count	整數	可選; 最小值： 1
limit	整數	可選; 預設值： 10; 最小值： 1; 最大值： 100
cursor	整數	可選; 預設值： 0; 最小值： 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_preprints", {"recent_days": 30, "category": "neuroscience", "limit": 20})

get_preprint

按 DOI 獲取最新預印本的完整後設資料，包括作者、機構、摘要、許可、版本、資助、JATS XML 及 PDF/網頁連結；有期刊發表記錄時提供期刊 DOI。預印本本身未經同行評審。

欄位	型別	要求與約束
doi	字串	可選
server	字串	可選; 預設值： "biorxiv"; 列舉： ["biorxiv", "medrxiv"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_preprint", {"doi": "10.1101/339747"})

search_published_preprints

查詢後續發表於同行評審期刊的預印本及關聯 DOI。日期選擇規則同 search_preprints；include_details 可控制詳細程度。publisher 使用期刊 DOI 字首篩選，僅用於 bioRxiv 的該路線。

欄位	型別	要求與約束
server	字串	可選; 預設值： "biorxiv"; 列舉： ["biorxiv", "medrxiv"]
publisher	字串	可選
include_details	布林值	可選; 預設值： true
date_from	字串	可選
date_to	字串	可選
recent_days	整數	可選; 最小值： 1
recent_count	整數	可選; 最小值： 1
limit	整數	可選; 預設值： 10; 最小值： 1; 最大值： 100
cursor	整數	可選; 預設值： 0; 最小值： 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_published_preprints", {"publisher": "10.1038", "date_from": "2024-01-01", "date_to": "2024-01-05", "limit": 10})

search_by_funder

按資助方 ROR ID 或 URL 查詢預印本。必須給出明確日期範圍；資助後設資料自 2025-04-10 起提供。可限制類別並用 cursor 翻頁。

欄位	型別	要求與約束
funder_ror_id	字串	可選
date_from	字串	可選
date_to	字串	可選
server	字串	可選; 預設值： "biorxiv"; 列舉： ["biorxiv", "medrxiv"]
category	字串	可選; 列舉： ["animal behavior and cognition", "biochemistry", "bioengineering", "bioinformatics", "biophysics", "cancer biology", "cell biology", "clinical trials", "developmental biology", "ecology", "epidemiology", "evolutionary biology", "genetics", "genomics", "immunology", "microbiology", "molecular biology", "neuroscience", "paleontology", "pathology", "pharmacology and toxicology", "physiology", "plant biology", "scientific communication and education", "synthetic biology", "systems biology", "zoology"]
limit	整數	可選; 預設值： 10; 最小值： 1; 最大值： 100
cursor	整數	可選; 預設值： 0; 最小值： 0

const result = await host.mcp("biorxiv", "search_by_funder", {"funder_ror_id": "021nxhr62", "date_from": "2025-04-10", "date_to": "2025-05-10", "limit": 10})

get_content_statistics

按月或年獲取 bioRxiv 歷史投稿統計，包括新增、修訂和累計數量。

欄位	型別	要求與約束
interval	字串	可選; 預設值： "monthly"; 列舉： ["monthly", "yearly"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_content_statistics", {"interval": "yearly"})

get_usage_statistics

按月或年獲取 bioRxiv 摘要瀏覽、全文瀏覽、PDF 下載及累計使用統計。

欄位	型別	要求與約束
interval	字串	可選; 預設值： "monthly"; 列舉： ["monthly", "yearly"]

const result = await host.mcp("biorxiv", "get_usage_statistics", {"interval": "yearly"})

藥品監管

展開操作與引數

search_drug_applications

按品牌、通用名、成分、申辦方、上市狀態、劑型、途徑或藥理類別檢索 Drugs@FDA 申請。generic 和 pharm_class 依賴舊記錄可能缺少的 openfda 欄位。返回實際總數和截斷標誌；大範圍檢索應按提交日期縮小視窗。

欄位	型別	要求與約束
brand	字串	可選
generic	字串	可選
active_ingredient	字串	可選
sponsor	字串	可選
marketing_status	字串	可選; 列舉： ["Prescription", "Over-the-counter", "Discontinued", "None (Tentative Approval)"]
dosage_form	字串	可選
route	字串	可選
pharm_class	字串	可選
pharm_class_type	字串	可選; 列舉： ["epc", "moa", "cs", "pe"]
search_type	字串	可選; 預設值： "and"; 列舉： ["and", "or"]
submission_date_from	字串	可選
submission_date_to	字串	可選
raw_search	字串	可選
max_records	整數	可選; 預設值： 50

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_applications", {"generic": "ATORVASTATIN CALCIUM", "marketing_status": "Prescription", "max_records": 25})

get_drug_application

按 NDA、ANDA 或 BLA 申請號獲取 Drugs@FDA 完整記錄，包括申辦方、產品、成分/強度、劑型、給藥途徑、上市狀態、TE code 和提交歷史。

欄位	型別	要求與約束
application_number	字串	必填

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_application", {"application_number": "NDA020702"})

count_drug_applications

按一個欄位彙總 Drugs@FDA 申請數量，可使用與檢索相同的篩選條件。count_field 支援便捷名稱或原始 openFDA 欄位路徑；分析型欄位需要時自行新增 .exact。

欄位	型別	要求與約束
count_field	字串	必填
brand	字串	可選
generic	字串	可選
active_ingredient	字串	可選
sponsor	字串	可選
marketing_status	字串	可選
dosage_form	字串	可選
route	字串	可選
pharm_class	字串	可選
pharm_class_type	字串	可選; 列舉： ["epc", "moa", "cs", "pe"]
search_type	字串	可選; 預設值： "and"; 列舉： ["and", "or"]
submission_date_from	字串	可選
submission_date_to	字串	可選
raw_search	字串	可選
max_buckets	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "count_drug_applications", {"count_field": "marketing_status"})

get_drug_statistics

獲取 Drugs@FDA 全庫統計，包括申請總數、上市狀態、主要劑型/途徑和申辦方數量。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_drug_statistics", {})

list_pharmacologic_classes

列出藥理類別及申請數量。統計僅覆蓋含對應 openfda.pharm_class 欄位的記錄。

欄位	型別	要求與約束
class_type	字串	可選; 預設值： "epc"; 列舉： ["epc", "moa", "cs", "pe"]
max_buckets	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "list_pharmacologic_classes", {"class_type": "epc", "max_buckets": 50})

get_generic_equivalents

根據品牌藥的參考申請解析準確活性成分集合，再查詢成分集合匹配的 Drugs@FDA 產品，返回 TE code 和上市狀態供核對。

欄位	型別	要求與約束
brand	字串	必填

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "get_generic_equivalents", {"brand": "Lipitor"})

search_drug_labels

按成分、名稱或給藥途徑獲取 FDA SPL 藥品標籤，可選擇標籤章節。exact 使用精確欄位；raw_search 與對映篩選條件互斥。返回內容用於核對來源標籤。

欄位	型別	要求與約束
active_ingredient	字串	可選
generic_name	字串	可選
brand_name	字串	可選
route	字串	可選
product_type	字串	可選; 列舉： ["HUMAN PRESCRIPTION DRUG", "HUMAN OTC DRUG"]
exact	布林值	可選; 預設值： false
raw_search	字串	可選
sections	字串陣列	可選
max_records	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("drug-regulatory", "search_drug_labels", {"brand_name": "Tylenol", "max_records": 5})

人類遺傳學

展開操作與引數

gwas_associations_for_variant

獲取 GWAS Catalog 中一個 rsID 的關聯，按 p 值從小到大返回。須使用當前 rsID，合併或退役 ID 可能零結果。api_total 為總數，truncated 標記上限；OR 與 beta 按結局型別分別提供。p_value 為 0 可能是浮點下溢，應讀取尾數和指數。

欄位	型別	要求與約束
rs_id	字串	必填
max_records	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_variant", {"rs_id": "rs7412", "max_records": 100})

gwas_associations_for_gene

按基因符號獲取 GWAS Catalog 對映到該基因的變異關聯。對映來自目錄的 Ensembl 流程，並非作者報告；基因間變異可能對映到側翼基因。使用規範大寫符號，結果按 p 值排序並標記截斷。

欄位	型別	要求與約束
gene_symbol	字串	必填
max_records	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_records": 100})

gwas_associations_for_trait

按當前性狀 ID 或精確標籤獲取 GWAS 關聯，兩者二選一。歷史 EFO ID 可能已遷移到 MONDO/HP，先用 gwas_search_traits 解析。未知 ID/標籤返回零結果。

欄位	型別	要求與約束
efo_id	字串	可選
efo_trait	字串	可選
max_records	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_associations_for_trait", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 100})

gwas_search_traits

按標籤子串檢索 GWAS 性狀，返回名稱、ID、URI、總數和截斷狀態。目錄混合 EFO、MONDO、HP、OBA 等名稱空間，不能假設所有 ID 都以 EFO 開頭。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
max_records	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_traits", {"query": "coronary", "max_records": 50})

gwas_search_studies

按性狀註釋或 PubMed ID 檢索 GWAS 研究，至少提供一個篩選條件，多個條件為 AND。返回研究 ID、樣本規模、祖源、分型平臺、佇列及彙總統計可用性，並核對總數。

欄位	型別	要求與約束
efo_id	字串	可選
efo_trait	字串	可選
pubmed_id	字串	可選
max_records	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_search_studies", {"efo_id": "MONDO_0005010", "max_records": 50})

gwas_get_study

按 GCST 登入號獲取一個 GWAS 研究詳情；未知 ID 時 found 為 false、study 為 null。

欄位	型別	要求與約束
accession_id	字串	必填

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_study", {"accession_id": "GCST90841394"})

gwas_get_variant

按 rsID 獲取 GWAS Catalog 變異的位置、對映基因與後果，位置使用 GRCh38。merged 為 1 表示上游合併記錄；未收錄時 variant 為 null。

欄位	型別	要求與約束
rs_id	字串	必填

const result = await host.mcp("human-genetics", "gwas_get_variant", {"rs_id": "rs7412"})

eqtl_list_datasets

列出 eQTL Catalogue 資料集，每項對應研究、組織/細胞型別及定量方法。可按精確研究名、組織標籤或 quant_method 篩選。返回 QTD ID 及後設資料；上游不提供總數，truncated 為 false 表示已遍歷完畢。

欄位	型別	要求與約束
study_label	字串	可選
tissue_label	字串	可選
quant_method	字串	可選
max_records	整數	可選; 預設值： 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_list_datasets", {"study_label": "Alasoo_2018", "quant_method": "ge"})

eqtl_associations

查詢一個 QTD 資料集的分子 QTL，至少指定 gene_id、rsid、variant 或 pos。使用 GRCh38；variant 含 chr 字首和下劃線，pos 區域不帶 chr 字首。僅覆蓋資料集實際檢驗的 cis 視窗；空結果可表示未檢驗或未收錄。檢查 truncated 後再判斷完整性。

欄位	型別	要求與約束
dataset_id	字串	必填
gene_id	字串	可選
rsid	字串	可選
variant	字串	可選
pos	字串	可選
nlog10p_min	數值	可選
max_records	整數	可選; 預設值： 1000

const result = await host.mcp("human-genetics", "eqtl_associations", {"dataset_id": "QTD000266", "gene_id": "ENSG00000130203", "nlog10p_min": 2})

phewas_instances

列出可查詢的 PheWeb 門戶、參考組裝和各自支援的介面。FinnGen 使用 GRCh38，BioBank Japan 使用 GRCh37/hg19；跨門戶比較前先轉換座標。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_instances", {})

phewas_variant

獲取一個變異在 PheWeb 生物庫中的表型關聯，按顯著性排序。變異座標必須匹配所選門戶組裝；返回總數、截斷狀態、變異後設資料與效應/頻率/樣本數。上游未公佈的欄位為 null，未知變異報未找到。

欄位	型別	要求與約束
instance	字串	必填; 列舉： ["finngen", "bbj"]
variant	字串	必填
max_phenos	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_variant", {"instance": "finngen", "variant": "19-44908822-C-T", "max_phenos": 50})

phewas_finngen_gene

獲取 FinnGen 基因區域的 PheWAS：每個疾病終點選出區域內關聯最強變異。該區域可超出基因邊界；每個終點都有最優變異並不代表其顯著，應按 p 值篩選。結果按顯著性排序並標記截斷。

欄位	型別	要求與約束
gene_symbol	字串	必填
max_phenos	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_finngen_gene", {"gene_symbol": "PCSK9", "max_phenos": 50})

phewas_list_phenotypes

獲取 PheWeb 門戶的表型目錄及病例/對照數量。此介面目前支援 FinnGen；BBJ 應使用 phewas_search_phenotypes。檢查返回數量與 truncated。

欄位	型別	要求與約束
instance	字串	可選; 預設值： "finngen"; 列舉： ["finngen"]
max_records	整數	可選; 預設值： 3000

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_list_phenotypes", {"instance": "finngen", "max_records": 3000})

phewas_search_phenotypes

按名稱或程式碼檢索 PheWeb 表型，也可能匹配基因或 rsID。支援 FinnGen 和 BBJ，返回 phenocode、顯示名稱及 URL；可用程式碼繼續檢視門戶資料。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
instance	字串	可選; 預設值： "finngen"; 列舉： ["finngen", "bbj"]
max_records	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("human-genetics", "phewas_search_phenotypes", {"query": "diabetes", "instance": "finngen"})

表達

展開操作與引數

gtex_tissue_sites

獲取指定 GTEx 資料釋出的全部組織型別及樣本數、eGene/sGene 數量、顏色和 UBERON ID。

欄位	型別	要求與約束
dataset_id	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_tissue_sites", {"dataset_id": "gtex_v8"})

gtex_dataset_info

列出 GTEx 資料釋出，包含 datasetId、GENCODE/組裝/dbSNP 資訊，以及樣本、受試者和組織數量。

欄位	型別	要求與約束
dataset_id	字串	可選
organization_name	字串	可選

const result = await host.mcp("expression", "gtex_dataset_info", {})

gtex_sample_info

獲取固定 GTEx 資料釋出的樣本與供體後設資料，可按組織、資料型別或受試者篩選。分頁並核對總數；無篩選結果較大，建議限定條件或 max_samples。

欄位	型別	要求與約束
tissue_site_detail_id	字串	可選
data_type	字串	可選
subject_id	字串	可選
max_samples	整數	可選
dataset_id	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_sample_info", {"tissue_site_detail_id": "Liver", "data_type": "RNASEQ", "max_samples": 100})

gtex_resolve_genes

將基因符號或無版本 Ensembl ID 解析為該 GTEx 資料釋出使用的帶版本 GENCODE ID，供表達和 eQTL 操作使用。

欄位	型別	要求與約束
genes	字串陣列	必填
dataset_id	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_resolve_genes", {"genes": ["GAPDH", "BRCA2"]})

gtex_median_expression

獲取一個或多個帶版本 GENCODE ID 在各組織的表達中位數 TPM；省略組織表示全部組織。按基因/組織行分頁並核對數量。

欄位	型別	要求與約束
gencode_ids	字串陣列	必填
tissue_site_detail_ids	字串陣列	可選
dataset_id	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_median_expression", {"gencode_ids": ["ENSG00000111640.14"]})

gtex_expression_summary

彙總一個基因在全部組織中的表達，按中位 TPM 降序排列。接受符號或 Ensembl ID，並先解析為帶版本 GENCODE ID。

欄位	型別	要求與約束
gene	字串	必填
dataset_id	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_expression_summary", {"gene": "GAPDH"})

gtex_gene_expression

按帶版本 GENCODE ID 獲取各組織逐樣本 TPM 陣列及樣本數，不是聚合表達值；省略組織表示全部組織。

欄位	型別	要求與約束
gencode_id	字串	必填
tissue_site_detail_ids	字串陣列	可選
dataset_id	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_gene_expression", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "tissue_site_detail_ids": ["Whole_Blood"]})

gtex_top_expressed_genes

獲取一個組織按中位 TPM 排名前 n 的基因，排序由上游 API 完成；filter_mt_gene 預設排除線粒體基因。

欄位	型別	要求與約束
tissue_site_detail_id	字串	必填
n	整數	可選; 預設值： 100
filter_mt_gene	布林值	可選; 預設值： true
dataset_id	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_top_expressed_genes", {"tissue_site_detail_id": "Whole_Blood", "n": 20})

gtex_eqtl_genes

獲取一個組織全部 eGene，即至少有一個顯著 cis-eQTL 的基因。完整分頁並核對數量，max_genes 限制輸出行數。

欄位	型別	要求與約束
tissue_site_detail_id	字串	必填
max_genes	整數	可選
dataset_id	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_eqtl_genes", {"tissue_site_detail_id": "Pancreas", "max_genes": 100})

gtex_single_tissue_eqtls

獲取基因和/或變異的預計算顯著單組織 cis-eQTL，可進一步限定組織；分頁並核對數量。

欄位	型別	要求與約束
gencode_id	字串	可選
variant_id	字串	可選
tissue_site_detail_id	字串	可選
max_results	整數	可選
dataset_id	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_single_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

gtex_multi_tissue_eqtls

按帶版本 GENCODE ID 獲取 METASOFT 多組織 cis-eQTL 元分析，可限制變異。返回各變異的逐組織 m-value、NES、p 值和標準誤。

欄位	型別	要求與約束
gencode_id	字串	必填
variant_id	字串	可選
dataset_id	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_multi_tissue_eqtls", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14"})

gtex_calculate_eqtl

為某個組織中的基因/變異組合即時計算 eQTL，包括非顯著組合。返回 p 值、NES、t 統計量、MAF 及逐樣本基因型和表達陣列。

欄位	型別	要求與約束
gencode_id	字串	必填
variant_id	字串	必填
tissue_site_detail_id	字串	必填
dataset_id	字串	可選; 預設值： "gtex_v8"

const result = await host.mcp("expression", "gtex_calculate_eqtl", {"gencode_id": "ENSG00000111640.14", "variant_id": "chr12_6452899_G_A_b38", "tissue_site_detail_id": "Whole_Blood"})

蛋白註釋

展開操作與引數

get_domain_architecture

獲取 UniProt 蛋白的完整 InterPro 結構域架構，包括成員資料庫簽名和片段座標；分頁結果與服務數量核對。

欄位	型別	要求與約束
accessions	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_domain_architecture", {"accessions": ["P04637"]})

search_interpro_entries

按關鍵詞檢索 InterPro 或 Pfam、SMART、PROSITE、PANTHER、CDD 等成員資料庫條目，完整遍歷遊標並核對數量。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	可選
entry_type	字串	可選
source_db	字串	可選; 預設值： "interpro"
go_term	字串	可選

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_interpro_entries", {"query": "kinase", "source_db": "pfam"})

get_interpro_entry

獲取 InterPro IPR 或 Pfam PF 條目的詳情，依據登入號字首選擇介面。

欄位	型別	要求與約束
accession	字串	必填

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_interpro_entry", {"accession": "IPR000719"})

search_pfam_clans

按關鍵詞檢索 Pfam clan，即登入號以 CL 開頭的家族集合。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	可選

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_pfam_clans", {"query": "kinase"})

get_pfam_clan

獲取 Pfam clan 詳情及完整、已排序的成員家族列表。

欄位	型別	要求與約束
clan_accession	字串	必填

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_clan", {"clan_accession": "CL0016"})

get_pfam_family_proteins

獲取 Pfam 家族的成員蛋白，支援完整分頁核對或僅返回數量。大型家族優先使用 count_only。

欄位	型別	要求與約束
pfam_accession	字串	必填
reviewed_only	布林值	可選; 預設值： false
tax_id	整數	可選
count_only	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteins", {"pfam_accession": "PF00069", "count_only": true})

get_pfam_family_proteomes

獲取包含 Pfam 家族成員的蛋白質組。由於上游深層遊標分頁存在缺陷，count_only 預設開啟。

欄位	型別	要求與約束
pfam_accession	字串	必填
count_only	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_pfam_family_proteomes", {"pfam_accession": "PF00069"})

get_protein_atlas_gene

按 Ensembl gene ID 或符號獲取 Human Protein Atlas 基因記錄，包括組織、亞細胞、病理、血液、腦表達和抗體資訊。

欄位	型別	要求與約束
gene	字串	必填
full	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_protein_atlas_gene", {"gene": "TP53"})

search_protein_atlas

透過 Human Protein Atlas search_download 批次檢索，並選擇所需返回列。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
columns	字串	可選; 預設值： "g,gs,eg,gd,up,chr,chrp,scl"

const result = await host.mcp("protein-annotation", "search_protein_atlas", {"query": "kinase"})

map_string_ids

將基因符號/別名對映為 STRING 蛋白 ID。每項輸入均進入對映結果或 unmapped 列表，便於核對遺漏。

欄位	型別	要求與約束
symbols	字串陣列	必填
species	整數	可選; 預設值： 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "map_string_ids", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"]})

get_string_network

按置信閾值獲取基因集合的 STRING 蛋白互作網路。先對映符號並報告未匹配項，再返回節點、邊、摘要和來源。

欄位	型別	要求與約束
symbols	字串陣列	必填
species	整數	可選; 預設值： 9606
required_score	整數	可選; 預設值： 700

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_network", {"symbols": ["TP53", "BRCA1", "EGFR"], "required_score": 700})

get_string_similarity_scores

獲取基因集合中的 STRING Smith-Waterman 蛋白相似性 bitscore。結果是稀疏的；缺少一對記錄表示未記錄相似性，不等於分數為零。

欄位	型別	要求與約束
symbols	字串陣列	必填
species	整數	可選; 預設值： 9606

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_similarity_scores", {"symbols": ["TP53", "MDM2", "MDM4"]})

get_string_best_similarity_hits

為每個輸入蛋白獲取目標物種中的最佳同源命中；target_species 為 null 時在所有物種中查詢最佳命中。

欄位	型別	要求與約束
symbols	字串陣列	必填
species	整數	可選; 預設值： 9606
target_species	整數	可選

const result = await host.mcp("protein-annotation", "get_string_best_similarity_hits", {"symbols": ["TP53"], "target_species": 10090})

腫瘤模型

展開操作與引數

cbioportal_list_studies

列出 cBioPortal 腫瘤研究，可按關鍵詞和/或精確癌種 ID 篩選。返回研究 ID、名稱、癌種、參考組裝、文獻和各資料型別樣本數。

欄位	型別	要求與約束
keyword	字串	可選
cancer_type_id	字串	可選
max_records	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_list_studies", {"keyword": "glioma"})

cbioportal_get_study

按 ID 獲取 cBioPortal 研究詳情，包括各資料型別樣本數、從集合讀取的樣本/患者數，以及分子譜。

欄位	型別	要求與約束
study_id	字串	必填

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_get_study", {"study_id": "msk_impact_2017"})

cbioportal_mutations_in_gene

按 HUGO 符號獲取 cBioPortal 研究中某基因的全部突變及復發彙總，包括突變數量、突變樣本數、型別與蛋白變化分佈。

欄位	型別	要求與約束
gene_symbol	字串	必填
study_id	字串	必填
max_records	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutations_in_gene", {"gene_symbol": "IDH1", "study_id": "difg_msk_2023"})

cbioportal_mutation_frequency

比較一個基因在 1–12 項 cBioPortal 研究中的突變頻率。分母為各研究測序佇列，按突變樣本比例降序排列。

欄位	型別	要求與約束
gene_symbol	字串	必填
study_ids	字串陣列	必填; 最少項數： 1; 最多項數： 12

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_mutation_frequency", {"gene_symbol": "KRAS", "study_ids": ["msk_impact_2017", "difg_msk_2023"]})

cbioportal_cna_in_gene

獲取 cBioPortal 研究中一個基因的離散複製數變化，預設篩選深度缺失與擴增，並返回完整逐樣本變化分佈。

欄位	型別	要求與約束
gene_symbol	字串	必填
study_id	字串	必填
event_type	字串	可選; 預設值： "HOMDEL_AND_AMP"; 列舉： ["HOMDEL_AND_AMP", "HOMDEL", "AMP", "GAIN", "HETLOSS", "DIPLOID", "ALL"]
max_records	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_cna_in_gene", {"gene_symbol": "CDKN2A", "study_id": "msk_impact_2017"})

cbioportal_clinical_attributes

列出 cBioPortal 研究的患者級和樣本級臨床屬性，突出顯示生存終點及總生存資料是否存在。

欄位	型別	要求與約束
study_id	字串	必填
max_records	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("cancer-models", "cbioportal_clinical_attributes", {"study_id": "brca_tcga_pan_can_atlas_2018"})

RNA

展開操作與引數

get_family

按 RF 登入號或家族名稱獲取 Rfam 後設資料，返回扁平記錄及 raw 中的完整上游 JSON。

欄位	型別	要求與約束
family	字串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_family", {"family": "RF00005"})

get_seed_alignment

獲取 Rfam 種子比對，預設 Stockholm（含共識二級結構行），也可返回含 gap 的比對 FASTA。

欄位	型別	要求與約束
family	字串	必填
fmt	字串	可選; 預設值： "stockholm"; 列舉： ["stockholm", "fasta"]
max_bytes	整數	可選; 預設值： 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_seed_alignment", {"family": "RF00162", "fmt": "stockholm"})

get_covariance_model

獲取 Rfam 家族 Infernal 協方差模型 CM 檔案及解析的頭欄位，可供 cmsearch/cmscan 使用。

欄位	型別	要求與約束
family	字串	必填
max_bytes	整數	可選; 預設值： 400000

const result = await host.mcp("rna", "get_covariance_model", {"family": "RF00162"})

get_tree

獲取 Rfam 家族種子系統發育樹，格式為 NHX/Newick 文字。

欄位	型別	要求與約束
family	字串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_tree", {"family": "RF00162"})

get_sequence_regions

獲取 Rfam 家族在序列資料庫中的全部區域命中並解析 TSV。先檢查 get_family 的 num_full；極大家族的該上游介面可能返回 403。

欄位	型別	要求與約束
family	字串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_sequence_regions", {"family": "RF00162"})

get_structure_mapping

獲取 Rfam 家族到 PDB 的殘基層級結構對映，並按確定順序排序。

欄位	型別	要求與約束
family	字串	必填

const result = await host.mcp("rna", "get_structure_mapping", {"family": "RF00162"})

accession_to_id

將 Rfam 登入號轉換為家族名稱，例如 RF00005 轉為 tRNA。

欄位	型別	要求與約束
accession	字串	必填

const result = await host.mcp("rna", "accession_to_id", {"accession": "RF00005"})

id_to_accession

將 Rfam 家族名稱轉換為登入號，例如 tRNA 轉為 RF00005。

欄位	型別	要求與約束
family_id	字串	必填

const result = await host.mcp("rna", "id_to_accession", {"family_id": "tRNA"})

search_sequence

透過 Rfam 官方批次端點搜尋 RNA 序列。等待期間保留返回的作業身份，尚未完成的響應不代表零匹配。完成後檢查命中結果和來源資訊；響應失敗時先診斷或恢復已有作業，不要反覆提交。

欄位	型別	要求與約束
sequence	字串	必填
max_wait_s	數值	可選; 預設值： 300
poll_interval_s	數值	可選; 預設值： 5

const result = await host.mcp("rna", "search_sequence", {"sequence": "GGUUCCGGGAAGGCAGCAGGUGGAAACCUGCCA"})

組學檔案

展開操作與引數

arrayexpress_search_experiments

檢索 ArrayExpress/BioStudies 功能基因組實驗。關鍵詞、物種、研究型別、技術、釋出日期和額外分面組合為 AND；完整獲取並按 totalHits 核對。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	可選
organism	字串	可選
study_type	字串	可選
technology	字串	可選
released_after	字串	可選
released_before	字串	可選
extra_facets	物件	可選
max_records	整數	可選; 預設值： 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_search_experiments", {"organism": "Homo sapiens", "study_type": "ChIP-seq", "max_records": 50})

arrayexpress_get_experiment

獲取一個 ArrayExpress 實驗的整理後設資料，包括型別、物種、樣本/測定數量、設計、因子、作者、文獻、方案、陣列和檔案摘要。

欄位	型別	要求與約束
accession	字串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment", {"accession": "E-MTAB-5061"})

arrayexpress_get_experiment_files

列出一個 ArrayExpress 實驗的全部檔案、名稱、大小、型別、格式、說明與下載 URL，並附帶 /info 報告的檔案數供對照。

欄位	型別	要求與約束
accession	字串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_files", {"accession": "E-MTAB-5061"})

arrayexpress_get_experiment_samples

獲取 ArrayExpress 實驗逐樣本 SDRF 註釋，保留 MAGE-TAB 原始表頭，重複列新增序號。無 SDRF 時返回 error 為 no_sdrf。

欄位	型別	要求與約束
accession	字串	必填
max_rows_returned	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "arrayexpress_get_experiment_samples", {"accession": "E-MTAB-5061", "max_rows_returned": 200})

geo_search_series

搜尋 GEO DataSets 並返回系列級後設資料。term 使用 E-utilities 語法，可加入 gse[ETYP] 限制為 Series。

欄位	型別	要求與約束
term	字串	必填
retmax	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_search_series", {"term": "asthma AND gse[ETYP]", "retmax": 20})

geo_get_series

按 GSE 登入號獲取 GEO 系列結構化後設資料，包括設計、平臺、樣本特徵、建庫資訊和補充檔案 URL。此操作不會下載資料表。

欄位	型別	要求與約束
accessions	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "geo_get_series", {"accessions": ["GSE131907"]})

metabolights_list_studies

列出全部公開 MetaboLights 登入號並按數字排序，附服務報告總數。上游沒有研究搜尋介面，應在候選後設資料中篩選標題或描述。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_list_studies", {})

metabolights_get_studies

按 MTBLS 登入號獲取 MetaboLights 的 ISA 後設資料，包括標題、狀態、年份、物種、測定、因子、樣本數和方案；可附逐樣本表。未知或私有專案列入 not_found。

欄位	型別	要求與約束
accessions	字串陣列	必填
include_samples	布林值	可選; 預設值： false
max_sample_rows_returned	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_studies", {"accessions": ["MTBLS1"], "include_samples": false})

metabolights_get_study_files

獲取公開 MetaboLights 研究的完整檔案清單，包括頂層 ISA-Tab、MAF、目錄項，預設遞迴獲取 FILES 資料目錄。

欄位	型別	要求與約束
accession	字串	必填
include_data_files	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_get_study_files", {"accession": "MTBLS1"})

metabolights_search_data_files

在 MetaboLights 研究的 FILES 目錄中按 glob 匹配原始資料檔案，如 *.mzML；省略 pattern 時列出全部資料檔案。

欄位	型別	要求與約束
accession	字串	必填
pattern	字串	可選

const result = await host.mcp("omics-archives", "metabolights_search_data_files", {"accession": "MTBLS1", "pattern": "*.zip"})

mgnify_search_studies

按自由文字或 biome 譜系查詢 MGnify 宏基因組研究，兩種輸入必須二選一。完整分頁並核對服務數量。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	可選
biome_lineage	字串	可選

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_search_studies", {"query": "coral"})

mgnify_get_studies

按 MGYS 登入號獲取 MGnify 研究記錄；include_analyses 可附完整分析列表及按流程/實驗型別的彙總。未知 ID 列入 missing。

欄位	型別	要求與約束
accessions	字串陣列	必填
include_analyses	布林值	可選; 預設值： false

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_studies", {"accessions": ["MGYS00000410"], "include_analyses": false})

mgnify_get_study_analyses

完整列出一個 MGnify 研究的全部 MGYA 分析，包含流程版本、實驗型別、狀態和 run/assembly/sample ID，並核對分頁數量。

欄位	型別	要求與約束
accession	字串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "mgnify_get_study_analyses", {"accession": "MGYS00000410"})

pride_search_projects

檢索 PRIDE 蛋白質組專案。關鍵詞、物種、儀器、疾病與額外條件組合為 AND；完整獲取並核對 api_total，按登入號升序返回。

欄位	型別	要求與約束
keyword	字串	可選
organism	字串	可選
instrument	字串	可選
disease	字串	可選
extra_filters	物件	可選
max_records_returned	整數	可選; 預設值： 50

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_projects", {"keyword": "phosphoproteome", "organism": "Homo sapiens (human)", "max_records_returned": 50})

pride_get_projects

按 PXD 等登入號獲取 PRIDE 專案完整後設資料，與搜尋結果使用相同記錄結構。未知 ID 列入 not_found。

欄位	型別	要求與約束
accessions	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_get_projects", {"accessions": ["PXD010154"]})

pride_search_project_proteins

完整獲取一個 PRIDE 親和蛋白質組專案的蛋白證據行。此介面僅服務親和蛋白質組；傳統質譜 PXD 專案應使用 pride_find_projects_for_protein。

欄位	型別	要求與約束
project_accession	字串	必填
keyword	字串	可選

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_search_project_proteins", {"project_accession": "PXD010154"})

pride_find_projects_for_protein

按 UniProt 登入號查詢包含該蛋白的 PRIDE 質譜專案，再將返回的專案 ID 交給 pride_get_projects 獲取詳情。

欄位	型別	要求與約束
protein_accession	字串	必填

const result = await host.mcp("omics-archives", "pride_find_projects_for_protein", {"protein_accession": "P04637"})

CellGuide

展開操作與引數

get_cell_type_info

按 Cell Ontology ID 或名稱獲取 CellGuide 細胞型別詳情，包含同義詞、本體定義及人工/GPT 描述。解讀描述時注意來源型別。

欄位	型別	要求與約束
cell_type	字串	必填

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_type_info", {"cell_type": "acinar cell"})

search_cell_types

按名稱和同義詞自由文字搜尋 CellGuide 細胞型別；工具在下載的後設資料目錄中篩選。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
limit	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("cellguide", "search_cell_types", {"query": "T cell", "limit": 25})

get_marker_genes

獲取 CellGuide 細胞型別的標記基因，可選擇計算得到並帶分數的標記，或文獻整理的經典標記。

欄位	型別	要求與約束
cell_type	字串	必填
marker_type	字串	可選; 預設值： "computational"; 列舉： ["computational", "canonical"]
limit	整數	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("cellguide", "get_marker_genes", {"cell_type": "CL:0000084", "marker_type": "computational", "limit": 25})

get_source_data

獲取 CellGuide 某細胞型別的來源資料集與文獻，包括集合 URL 及其覆蓋組織、疾病和物種。

欄位	型別	要求與約束
cell_type	字串	必填

const result = await host.mcp("cellguide", "get_source_data", {"cell_type": "CL:0000622"})

get_cell_tissues

彙總 CellGuide 來源集合中觀察到某細胞型別的組織，並對組織去重。

欄位	型別	要求與約束
cell_type	字串	必填

const result = await host.mcp("cellguide", "get_cell_tissues", {"cell_type": "T cell"})

調控

展開操作與引數

encode_search_experiments

檢索 ENCODE 功能基因組實驗，可按 assay_title、靶標、物種、狀態、釋出日期及額外門戶欄位篩選。完整分頁核對；accessions 保留全部匹配 ID，摘要行受 max_rows 限制。

欄位	型別	要求與約束
assay_title	字串	可選
target	字串	可選
organism	字串	可選
status	字串	可選; 預設值： "released"
date_released_before	字串	可選
extra_filters	物件	可選
max_rows	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_experiments", {"target": "CTCF", "assay_title": "TF ChIP-seq", "max_rows": 50})

encode_search_biosamples

檢索 ENCODE 細胞系、組織或原代細胞樣本，可按本體名稱、分類、物種、狀態和建立日期篩選。完整核對匹配數；accessions 為完整列表，摘要行有上限。

欄位	型別	要求與約束
term_name	字串	可選
classification	字串	可選
organism	字串	可選
status	字串	可選; 預設值： "released"
date_created_before	字串	可選
extra_filters	物件	可選
max_rows	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_search_biosamples", {"term_name": "K562", "classification": "cell line", "max_rows": 25})

encode_list_files

按格式、測定和樣本檢索 ENCODE 檔案。assay_term_name 使用本體名稱（如 ChIP-seq），顯示名稱 TF ChIP-seq 應透過 extra_filters 的 assay_title 傳遞。無篩選結果極大，應組合多個條件；摘要行受 max_rows 限制。

欄位	型別	要求與約束
file_format	字串	可選
assay_term_name	字串	可選
biosample_term_name	字串	可選
status	字串	可選; 預設值： "released"
date_created_before	字串	可選
extra_filters	物件	可選
max_rows	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("regulation", "encode_list_files", {"file_format": "bed", "assay_term_name": "ChIP-seq", "biosample_term_name": "K562", "extra_filters": {"output_type": "peaks", "assembly": "GRCh38"}, "max_rows": 50})

encode_get_experiment

按 ENCSR 登入號獲取 ENCODE 實驗的穩定欄位，包括測定、靶標、樣本、實驗室、專案、日期、組裝、重複數和 DOI。易變門戶稽核/內部狀態不在記錄中。

欄位	型別	要求與約束
accession	字串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_experiment", {"accession": "ENCSR000AKP"})

encode_get_file

按 ENCFF 登入號獲取 ENCODE 檔案的格式、輸出型別、測定、組裝、資料集、重複、大小、MD5、讀長和下載地址。

欄位	型別	要求與約束
accession	字串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_file", {"accession": "ENCFF002JUR"})

encode_get_biosample

按 ENCBS 登入號獲取 ENCODE 生物樣本的本體、分類、物種、供體、處理、遺傳修飾、年齡、性別、實驗室及狀態等資訊。

欄位	型別	要求與約束
accession	字串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "encode_get_biosample", {"accession": "ENCBS013JZP"})

jaspar_get_matrix

按帶版本的 JASPAR matrix ID 獲取 TF 結合譜、PFM、分類、物種、文獻和 logo URL。必須使用 MA0002.2 這樣的完整版本 ID；先用 jaspar_matrix_versions 確認版本。

欄位	型別	要求與約束
matrix_id	字串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_get_matrix", {"matrix_id": "MA0002.2"})

jaspar_matrix_versions

列出 JASPAR 基礎矩陣 ID 的全部版本，返回 matrix_id、名稱、集合和 URL 並核對數量。帶版本輸入會歸併到基礎 ID，可據此固定後續查詢版本。

欄位	型別	要求與約束
base_id	字串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_matrix_versions", {"base_id": "MA0002"})

jaspar_list_matrices

檢索 JASPAR 結合譜，可按集合、分類群、NCBI tax_id、TF 名稱或自由文字篩選，version=latest 可僅取最新版本。完整分頁核對；摘要行受 max_rows 限制。

欄位	型別	要求與約束
collection	字串	可選
tax_group	字串	可選
tax_id	整數	可選
name	字串	可選
search	字串	可選
version	字串	可選
max_rows	整數	可選; 預設值： 1000

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_matrices", {"tax_id": 9606, "collection": "CORE", "version": "latest", "max_rows": 200})

jaspar_list_species

列出有 JASPAR 結合譜的全部物種與 NCBI tax_id，核對數量；tax_id 可供矩陣查詢使用。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_species", {})

jaspar_list_taxa

列出 JASPAR 分類群，如 vertebrates、plants、fungi；名稱可用於 tax_group 篩選。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_taxa", {})

jaspar_list_collections

列出 JASPAR 集合及名稱，供 collection 篩選。CORE 表示整理後的非冗餘結合譜。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_collections", {})

jaspar_list_releases

列出 JASPAR 資料釋出的年份、編號和 active 標誌。選擇 motif 時記錄所用釋出，以便後續比較。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("regulation", "jaspar_list_releases", {})

unibind_search_tfbs

檢索 UniBind ChIP-seq 高置信 TFBS 資料集，每項對應實驗、細胞型別與 TF。條件組合為 AND，除 search 外主要為精確匹配；collection 區分 Robust 與 Permissive。total 是實際總數，max_rows 限制返回摘要。

欄位	型別	要求與約束
tf_name	字串	可選
cell_line	字串	可選
species	字串	可選
collection	字串	可選; 列舉： ["Robust", "Permissive"]
jaspar_id	字串	可選
search	字串	可選
max_rows	整數	可選; 預設值： 200

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_search_tfbs", {"tf_name": "CTCF", "collection": "Robust", "max_rows": 50})

unibind_get_dataset

按搜尋返回的 tf_id 獲取 UniBind 資料集詳情，包括來源、TF、條件、JASPAR ID、峰數及逐模型 TFBS 數量/閾值。完整結合位點透過返回的 BED/FASTA URL 下載，而非另一次 MCP 呼叫。

欄位	型別	要求與約束
tf_id	字串	必填

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_get_dataset", {"tf_id": "ENCSR000AUE.A549_lung_carcinoma.CTCF"})

unibind_tfbs_in_region

透過 UCSC hubApi 獲取與區域重疊的 UniBind TFBS。使用支援的 UCSC 組裝、chr 字首及從 0 開始的半開區間；視窗不超過 1000000 bp。每次最多掃描 20000 項，region_scan_complete 為 false 時應縮小視窗，尤其不能將篩選後未命中解釋為沒有位點。

欄位	型別	要求與約束
genome	字串	必填
chrom	字串	必填
start	整數	必填
end	整數	必填
tf_name	字串	可選
collection	字串	可選; 預設值： "Robust"; 列舉： ["Robust", "Permissive"]
max_sites	整數	可選; 預設值： 2000

const result = await host.mcp("regulation", "unibind_tfbs_in_region", {"genome": "hg38", "chrom": "chr1", "start": 1000000, "end": 1010000, "collection": "Robust"})

科研資源

展開操作與引數

search_grants

檢索 Grants.gov 資助機會，至少提供一個條件。預設狀態為 forecasted 和 posted；歷史機會需加入 closed/archived。count_only 只取數量與分面，max_records 限制輸出行，完整獲取與截斷狀態分別報告。

欄位	型別	要求與約束
keyword	字串	可選
opportunity_number	字串	可選
aln	字串	可選
agencies	字串陣列	可選
opportunity_statuses	字串陣列	可選
eligibilities	字串陣列	可選
funding_categories	字串陣列	可選
funding_instruments	字串陣列	可選
count_only	布林值	可選; 預設值： false
max_records	整數	可選; 預設值： 100
include_facets	布林值	可選; 預設值： true

const result = await host.mcp("research-resources", "search_grants", {"keyword": "cancer", "agencies": ["HHS-NIH11"], "max_records": 25})

search_antibodies

全文檢索 Antibody Registry，按抗體名稱、靶標和目錄文字進行詞項匹配，TP53 與 p53 是不同查詢。匿名訪問深度受限，超出 offset 500 會標記 anonymous_limit_hit；指定頁時從 1 開始並遵守該上限。

欄位	型別	要求與約束
query	字串	必填
page	整數	可選
page_size	整數	可選; 預設值： 100
max_records	整數	可選; 預設值： 500

const result = await host.mcp("research-resources", "search_antibodies", {"query": "CD4", "max_records": 100})

get_antibody

按數字、AB_ 或 RRID:AB_ 標識獲取抗體詳情。一個登入號可能對應多個整理記錄；不存在時 record_count 為 0，不作為異常。

欄位	型別	要求與約束
antibody_id	字串	必填

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody", {"antibody_id": "RRID:AB_3643095"})

find_antibodies_by_catalog

按供應商目錄號精確匹配抗體，不區分大小寫；可加供應商名稱縮小結果。工具使用全文候選加本地精確篩選，以處理上游列篩選介面錯誤。

欄位	型別	要求與約束
catalog_number	字串	必填
vendor	字串	可選
page_size	整數	可選; 預設值： 100

const result = await host.mcp("research-resources", "find_antibodies_by_catalog", {"catalog_number": "ab32572"})

get_antibody_registry_stats

獲取 Antibody Registry 抗體總數及最近更新日期，返回上游統計內容。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("research-resources", "get_antibody_registry_stats", {})

BioMart

展開操作與引數

list_marts

列出 Ensembl BioMart 資料庫。查詢層級為 mart → dataset → attributes/filters，返回的 mart 名用於 list_datasets。

欄位	型別	要求與約束
—	物件	No fields; pass an empty 物件.

const result = await host.mcp("biomart", "list_marts", {})

list_datasets

列出指定 mart 的資料集，返回名稱可用於欄位、篩選與資料查詢。

欄位	型別	要求與約束
mart	字串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_datasets", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL"})

list_common_attributes

列出資料集常用欄位的精選子集，建議在請求完整欄位表前使用。mart 引數僅為簽名相容而保留，實際查詢由 dataset 決定。

欄位	型別	要求與約束
mart	字串	必填
dataset	字串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_common_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

list_all_attributes

列出資料集可用欄位，排除體量較大的同源與晶片探針欄位。結果可能很大，優先使用 list_common_attributes；mart 不參與實際查詢。

欄位	型別	要求與約束
mart	字串	必填
dataset	字串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_all_attributes", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

list_filters

列出資料集可用篩選欄位，如染色體和 biotype，可作為 get_data 的 filters 字典。實際查詢由 dataset 決定，mart 不參與。

欄位	型別	要求與約束
mart	字串	必填
dataset	字串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "list_filters", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl"})

get_data

執行 BioMart 資料查詢，返回指定 attributes，可由 filters 限定範圍。實際使用 dataset 定位資料，mart 引數不參與查詢。

欄位	型別	要求與約束
mart	字串	必填
dataset	字串	必填
attributes	字串陣列	必填
filters	物件	可選

const result = await host.mcp("biomart", "get_data", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "attributes": ["ensembl_gene_id", "external_gene_name", "chromosome_name"], "filters": {"chromosome_name": "Y", "biotype": "protein_coding"}})

get_translation

在一個 BioMart 資料集中，將單個標識從一種屬性型別對映為另一種；實際查詢由 dataset 決定，mart 不參與。

欄位	型別	要求與約束
mart	字串	必填
dataset	字串	必填
from_attr	字串	必填
to_attr	字串	必填
target	字串	必填

const result = await host.mcp("biomart", "get_translation", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "target": "TP53"})

batch_translate

在同一次 BioMart 查詢中批次對映多個標識，比逐次 get_translation 更高效。實際查詢由 dataset 決定，mart 不參與。

欄位	型別	要求與約束
mart	字串	必填
dataset	字串	必填
from_attr	字串	必填
to_attr	字串	必填
targets	字串陣列	必填

const result = await host.mcp("biomart", "batch_translate", {"mart": "ENSEMBL_MART_ENSEMBL", "dataset": "hsapiens_gene_ensembl", "from_attr": "hgnc_symbol", "to_attr": "ensembl_gene_id", "targets": ["TP53", "BRCA1", "BRCA2"]})

ZINC

展開操作與引數

zinc_search_by_id

批次按最多 100 個 ZINC ID 查詢可購買化合物及供應來源。上游採用提交加輪詢，耗時受 timeout_s 限制。

欄位	型別	要求與約束
zinc_ids	['字串', '陣列']	必填
max_results	整數	可選; 預設值： 50
timeout_s	數值	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_id", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

zinc_search_by_smiles

按 SMILES 檢索 ZINC22 可購買化學空間，dist 控制從精確到相似結構的範圍；無需單獨相似性工具。此查詢較慢，建議逐步增大 dist。

欄位	型別	要求與約束
smiles	字串	必填
dist	整數	可選; 預設值： 0
adist	整數	可選
max_results	整數	可選; 預設值： 50
timeout_s	數值	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_smiles", {"smiles": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O", "dist": 2})

zinc_search_by_supplier

批次將最多 100 個供應商目錄號解析為 ZINC 化合物及結構。上游使用提交加輪詢。

欄位	型別	要求與約束
supplier_codes	['字串', '陣列']	必填
max_results	整數	可選; 預設值： 50
timeout_s	數值	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_search_by_supplier", {"supplier_codes": ["MCULE-2311834287"]})

zinc_random_sample

從 ZINC22 隨機抽取可購買化合物，用於篩選集合、屬性基線或誘餌集。count 同時為結果上限；再次呼叫會重新抽樣。上游使用提交加輪詢。

欄位	型別	要求與約束
count	整數	可選; 預設值： 50
subset	字串	可選
timeout_s	數值	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_random_sample", {"count": 25, "subset": "lead-like"})

zinc_get_3d

為 ZINC 化合物定位適合對接的預生成三維構象檔案，如 db2.gz、mol2.gz、sdf.gz。按 tranche 返回下載位置，每次最多 50 個 ID；此操作解析地址，後續仍需下載並準備對接輸入。

欄位	型別	要求與約束
zinc_ids	['字串', '陣列']	必填
timeout_s	數值	可選; 預設值： 25

const result = await host.mcp("zinc", "zinc_get_3d", {"zinc_ids": ["ZINC000000000012"]})

示例響應記錄

示例響應記錄提供準確輸入、截短的響應片段和逐項狀態。請區分返回記錄、空匹配和請求失敗。結果可能是後設資料、結構說明或識別符號；用於研究前，先核對來源欄位與完整性標記。