Verbinden Sie ein benutzerdefiniertes MCP Tool

Praxisbeispiel Abfrage einer öffentlichen QC-Tabelle über einen lokalen MCP-Server

Dieses Beispiel zeigt eine bestehende öffentliche RNA-seq QC-Tabelle über einen kleinen lokalen MCP-Server. Es liest eine feste CSV und bietet zwei Operationen; Es wird das Netzwerk nicht abgefragt, Pakete installiert oder der Datensatz nicht geändert.

Plattform

macOSWindowsLinux

Ihre Wahl wird über Kapitel hinweg gehalten.

Laden Sie das eigentliche Beispiel herunter

• qc-mcp-server.py
• rnaseq-sample-qc.csv

Speichern Sie beide Dateien lokal und notieren Sie sich ihre vollständigen Pfade. Der Server verwendet die Standardbibliothek von Python. Es liest das ausgewählte CSV beim Start, also starten Sie es absichtlich neu / verbinden Sie es wieder, wenn Sie diesen Eingang ersetzen.

Füge es in Open-Science hinzu

1. Öffnen Sie Settings → Connectors → Add connector → Local command.
2. Setzen Sie Display name auf GSE60450 QC.
3. Wählen Sie python3 — script file als Command oder Other… mit dem tatsächlichen Python ausführbaren Pfad auf Windows.
4. Öffnen Sie Advanced settings. Setzen Sie den Connectorname/ID auf gse60450-qc und beschreiben Sie ihn als schreibgeschützten Zugriff auf die gespeicherte QC-Tabelle.
5. Setzen Sie in Arguments den absoluten Pfad des Skripts auf die erste Zeile und den absoluten Pfad des CSV auf die zweite. Jede Zeile ist ein einzelnes Argument. Fügen Sie keine Shell-Zitate um einen Pfad herum hinzu, nur weil er Leerzeichen enthält.
6. Lassen Sie die Umgebung für dieses Beispiel leer. Überprüfen Sie das Serverskript, überprüfen Sie I trust this connector, dann Add.
7. Durchsuchen Sie GSE60450 und bestätigen Sie Connected und die Verfügbarkeit für Main Agent.

/absolute/path/qc-mcp-server.py
/absolute/path/rnaseq-sample-qc.csv

Diese beiden Zeilen sind eine Pfadvorlage, keine buchstäblichen Pfade, um unverändert einzufügen. Wenn python3 für die App nicht verfügbar ist, wählen Sie Andere und den tatsächlichen ausführbaren Pfad. Der ausgewählte Launcher muss auf diesem Computer vorhanden sein.

Tool-Inputs und verifizierte Outputs

Tool	Eingabe	Tatsächlich erwarteter Inhalt
get_dataset_summary	Leeres Objekt	GSE60450, Quell-URL, Eingabe-Dateiname, 12-Zeilen und vollständige Beispiel-Identifikatoren
get_sample_qc	sample_id Schnurschnur	Die vier numerischen QC-Metriken der ausgewählten Stichprobe

Fragen Sie den Agenten:

Verwenden Sie das angeschlossene gse60450-qc Connector. Rufen Sie get_dataset_summary an, dann get_sample_qc für MCL1-DG_BC2CTUACXX_ACTTGA_L002_R1. Melden Sie nur die tatsächlichen Antworten und bewahren Sie den CSV auf.

In diesem Beispiel hat die native Anwendung 23,227,641 Gesamtzählungen, 8,664 Nullzählgene, 18,515 nachgewiesene Gene und Median 237 für dieses Sample zurückgegeben. Der Datensatz-Zusammenfassungsaufruf gab 12-Zeilen zurück. Diese entsprechen der ursprünglichen gespeicherten QC-Tabelle.

Überprüfen Sie den Server und das Fehlerverhalten

Der Server implementiert MCP Initialisieren, Ping, Tool Discovery und Aufrufe über stdio. Seine beiden Werkzeugschemata sind im herunterladbaren Skript definiert. Standard-Ausgang ist der Protokollkanal; Das Hinzufügen gewöhnlicher Debug-Drucke kann die Verbindung unterbrechen. Lokale Diagnosen gehören zum Standardfehler.

Bekanntes Fehler-Mapping: kann ein ungültiger Beispielname als connector_unavailable in der App erscheinen, auch wenn der benutzerdefinierte Server einen domänenspezifischen Fehler zurückgibt. Überprüfen Sie das Serverprotokoll und validieren Sie die Beispielkennung, bevor Sie die Verbindung wieder herstellen. Anhaltende Inkongruenzen unter Verwendung von Fehlerbehebung melden.

Rufen Sie das Protokoll tools/list nicht als Business-Tool über host.mcp auf; Die Anwendung entdeckt bereits während der Verbindung die Tools des Servers. Der versuchte gse60450-qc/tools/list-Aufruf wurde als unbekanntes Werkzeug abgelehnt. Verwenden Sie die gefundenen Betriebsnamen oder prüfen Sie das eigene Schema des Servers.

Exportieren und Wechseln zu einem anderen Computer

Wählen Sie das Actions → Export der Zeile, wählen Sie das gewünschte Format aus und prüfen Sie die Konfigurationsvorschau. Der reale Export warnte, dass beide Argumentationspfade lokal seien. Save configuration exportiert die Einstellungen, nicht den Python-Interpreter, das Skript oder CSV. Kopieren Sie diese Dateien separat, aktualisieren Sie Pfade, bestätigen Sie das lokale Vertrauen und wiederholen Sie beide erfolgreichen Anrufe.

Fehlschlag	Überprüfung
Kommando kann nicht starten	Ausführbarer Pfad, Skriptpfad und Dateiberechtigungen
CSV kann nicht gelesen werden	Zweites Argument und tatsächlicher Dateiort
Connected, aber kein Tool verfügbar	Agentenzuordnung, aktueller Katalog und exakter Werkzeugname
Schlechter Input	Erforderlich sample_id und die ursprüngliche vollständige Kennung, nicht das Compact Plot Label
Connector Fehler nach einem fehlgeschlagenen Anruf	Inspizieren Sie die Details zu Server-/Anwendungsfehlern und verbinden Sie sie gegebenenfalls erneut
Funktioniert in einem Terminal, aber nicht in der App	App-visible Executable/Environment und Protocol-only stdout

Um das Beispiel zu erweitern, definieren Sie ein kleines Eingabeschema, geben Sie Quellenkennungen zurück und testen Sie normale, leere und ungültige Eingaben, bevor Sie das Werkzeug freigeben. Halten sie diese operationen so eng, dass ein benutzer überprüfen kann, was der anruf lesen oder ändern wird.

Bezugsnummer der Durchführung: ConnectorAddForm.tsx, service.ts.

Für die Verwaltung der gleichen benutzerdefinierten MCP-Konfiguration aus Skripten verwenden Sie Connector CLI Befehle oder SDK-Verfahren. Ein erfolgreicher Verbindungstest entdeckt Werkzeuge; Überprüfen Sie einen separaten begrenzten Geschäftsaufruf, bevor Sie die Integration betriebsbereit aufrufen.