Wissenschaftliche Datenbanken

Die App bündelt 23 Datenquelle Konnektoren sowie ein separates Offline-Molekül Connector. Das vollständige Register verfügt über 239 Werkzeugoperationen, einschließlich der beiden Operationen von Molecule; Der Datenquellenkatalog unten deckt 237 ab. Aktivieren Sie die entsprechende Connector in den Einstellungen und stellen Sie dann eine begrenzte Frage mit dem richtigen Bezeichnertyp.

Datenquellenkatalog

Wählen Sie nach Identifikator und Forschungsfrage. Die Quellenabdeckung unterscheidet sich; die Bezugsnummer des Vorhabens für genaue Felder konsultieren.

Konnektor	Quellen	Vorgänge	Verwenden Sie es für
Chemie · chemistry	PubChem, ChEBI, Rhea, BindingDB	12	Kleinmolekülchemie über PubChem, ChEBI, Rhea und BindingDB.
Literaturgraph · literature	OpenAlex, arXiv, Crossref, DataCite	13	Papiere, Autoren, Zitate, DOI-Updates und Datensatz / Software-Datensätze.
PubMed · pubmed	PubMed, PMC, Europe PMC	7	Biomedizinische Literatur über NCBI E-utilities, den PMC ID Converter und Europe PMC — Suche, Metadaten, verwandte Artikel, Zitat-Lookup, ID-Konvertierung, Volltext und Copyright.
Gene & Ontologien · genes	MyGene, UniProt, OLS, QuickGO, Reactome	7	Gen/Protein-Identität und Ontologie-Begriffe — mygene.info, UniProt, OLS4-Ontologien, GO-Annotationen, Reactome Pathways.
Genome · genomes	Ensembl, UCSC	11	Genom-Annotation, Varianten, Homologie, Sequenz und Browser-Tracks — Ensembl REST und der UCSC Genome Browser.
Varianten · variants	gnomAD, ClinVar, dbSNP	15	Humangenetische Varianten — gnomAD-Populationshäufigkeit/-einschränkung, ClinVar-Datensätze/Suche (direkt NCBI), dbSNP, strukturelle und mitochondriale Varianten.
Klinische Studien · clinical-trials	ClinicalTrials.gov	6	Klinische Studien von ClinicalTrials.gov - Suche, Details, Sponsoren, Ermittler, Endpunkte und Förderfähigkeit.
Klinische Genomik clinical-genomics	ClinGen, CIViC, Offene Ziele	20	Klinische Genomik-Wissensdatenbanken: ClinGen-Kurationen, klinische CIViC-Evidenz und die Open Targets Platform.
Strukturen und Interaktionen · structures	PDB, AlphaFold, EMDB, Complex Portal, IntAct	16	Strukturen und molekulare Wechselwirkungen — PDB-Strukturen, AlphaFold-Vorhersagen, EMDB-Kryo-EM-Einträge, komplexe Portalkomplexe, IntAct-Interaktionsnetzwerke.
ChEMBL chembl	ChEMBL	6	Bioaktive Verbindungen, Medikamente, Targets, Bioaktivität und Mechanismen über das ChEMBL REST API.
bioRxiv · biorxiv	bioRxiv, medRxiv, ROR	7	bioRxiv/medRxiv Preprints — Suche nach Datum/Kategorie, Metadaten nach DOI, Links zu Zeitschriftenveröffentlichungen, Funder-Listen und Plattformstatistiken.
Drug Regulatory · drug-regulatory	openFDA	7	Drugs@FDA-Anwendungen, Etiketten und Corpus-Statistiken über openFDA.
Humangenetik · human-genetics	GWAS Katalog, eQTL Katalog, PheWeb	14	Humangenetische Assoziationsnachweise — GWAS-Katalog, eQTL-Katalog und PheWeb-PheWAS-Portale (FinnGen, BioBank Japan).
Ausdruck · expression	GTEX	12	Menschliche Gewebeexpression und eQTLs über das GTEx Portal.
Proteinannotation · protein-annotation	InterPro, Pfam, Human Protein Atlas, STRING	13	Proteindomänenarchitektur, Familien-/Clan-Mitgliedschaft, Expressionsatlas und Interaktionsnetzwerke über InterPro/Pfam, den Human Protein Atlas und STRING.
Krebsmodelle · cancer-models	cBioPortal	6	Krebsgenomik-Studie Aufzeichnungen über die cBioPortal REST API.
RNA · rna	Rfam	9	Nicht-kodierende RNA-Familiendaten (Metadaten, Ausrichtungen, Modelle, Strukturen) über Rfam.
Omics-Archive omics-archives	ArrayExpress, GEO, MetaboLights, MGnify, PRIDE	17	Omics-Datenarchive — Ausdruck (ArrayExpress, GEO), Metabolomik (MetaboLights), Metagenomik (MGnify) und Proteomik (PRIDE).
CellGuide · cellguide	CELLxGEN	5	Zelltypidentität, Markergene, Quelldatensätze und Gewebe über CELLxGENE CellGuide.
Verordnung · regulation	ENCODE, JASPAR, UniBind	16	Funktionale Genomik der Genregulation — ENCODE-Experimente/Bioproben/Dateien, JASPAR-TF-Bindungsprofile und UniBind-ChIP-seq-TFBS.
Forschungsressourcen · research-resources	Grants.gov, Antikörper-Register	5	Funding-Opportunity-Suche (Grants.gov) und Antikörperkatalog-Lookups (Antibody Registry).
BioMart · biomart	Ensembl BioMart	8	Ensembl BioMart Attributabfragen und Identifier-Übersetzung.
ZINK · zinc	ZINK	5	ZINC22-Käuflicher chemischer Raum (CartBlanche22) — Stoffsuche nach ZINC-ID, SMILES-Suche mit exakter Ähnlichkeit, Lieferantencode-Auflösung, Stichprobennahme, 3D-Strukturstellen für das Andocken.

Einen Datensatz abrufen und seine Identität überprüfen

1. Öffnen Sie Settings → Connectors, suchen Sie die gewünschte Quelle und bestätigen Sie die Verfügbarkeit für den beabsichtigten Agenten.
2. Öffne seine Details. Lesen Sie Tools, Eingaben, Beispiel und Anforderungen von Drittanbietern.
3. Geben Sie ein explizites Abfrage-/Zugriffs- und Ergebnislimit an. Behalten Sie die genaue Abfrage bei der Erstellung einer Literatursammlung oder einer Beweistabelle bei.
4. Überprüfen Sie zurückgegebene IDs und Quellfelder. Ein leeres Ergebnis, ein verkürzter Batch und ein Fehler sind unterschiedliche Ergebnisse.
5. Speichern Sie die benötigten Datensätze bewusst in der Projekt-/Bibliothek. Eine Suchantwort bedeutet nicht automatisch, dass alle Papiere in die Literaturbibliothek aufgenommen oder Volltexte heruntergeladen wurden.

Beginnen Sie mit einem bekannten Identifier

Praxisbeispiel Lösen Sie den menschlichen TP53-Gen-Identifikator

Gene & Ontologien aktivieren und fragen: Verwenden Sie query_genes, um TP53 mit scopes="symbol", species="human" und fields="symbol,name,entrezgene" aufzulösen. Geben Sie die Eingabeabfrage und alle nicht übereinstimmenden Datensätze zurück. In diesem Beispiel identifiziert der menschliche TP53-Datensatz Entrez Gene 7157 und den Namen Tumorprotein p53. Überprüfen Sie die query und symbol des Datensatzes, bevor Sie die abgebildete ID verwenden. Ein Symbol kann mehrere Übereinstimmungen zurückgeben, also behalten Sie alle Ergebnisse, bis Sie den beabsichtigten Organismus bestätigt und aufgezeichnet haben. Genaue Felder.

Wählen Sie eine Abfrage und prüfen Sie das Ergebnis

Beispiel Gebundene Datenbankanfragen und Antworten

In der Tabelle sind diese Beispielantworten aufgeführt; Live-Abfrage-Ergebnisse können abweichen.

Connector / Werkzeug	Eingabe	Beobachtetes Ergebnis
Omics Archives / geo_get_series	accessions: ["GSE60450"]	Metadaten für Serien/Stichproben mit 12-Stichproben; Metadaten-Retrieval hat die hochgeladenen Zählungen nicht neu berechnet.
Gene / query_genes	TP53; Symbolumfang; Mensch	Entrez Gene ID 7157, Symbol TP53, Name Tumorprotein p53.
PubMed / search_articles	GSE60450, maximal 2	PMIDs 38059347 und 37306301. Dies sind Abfrageübereinstimmungen, nicht automatisch die ursprüngliche Veröffentlichung des Datensatzes.
Chemie / pubchem_search_compounds	Aspirin, höchstens 1 CID	CID 2244, Formel C9H8O4 und Molekulargewicht 180.16.
Literatur / openalex_search_works	CRISPR base editing; aus 2020; Open Access; maximal 2	Zwei Arbeitsaufzeichnungen mit OpenAlex IDs, Quellfeldern und Vollständigkeitsflags.

Verbinden Sie OpenAlex und folgen Sie den Zitierlinks

1. Öffnen Sie Settings → Connectors → Literature Graph → Manage credentials → OpenAlex.
2. Geben Sie Ihren API-Schlüssel ein, wählen Sie Validate, dann Save, nachdem die Validierung erfolgreich ist.
3. Suchen Sie nach einem Thema mit einem kleinen max_records Limit. Überprüfen Sie n_records_returned und records_truncated, bevor Sie das Ergebnis als vollständig beschreiben.
4. Verwenden Sie eine zurückgegebene Arbeits-ID mit openalex_get_work. Verwenden Sie openalex_citations für Papiere, die diese Arbeit zitieren, und openalex_references für Werke, die sie zitiert. Das sind entgegengesetzte Richtungen.
5. Für Autorensuchen bestätigen Sie die Institution und ORCID, bevor Sie ein Autorenprofil abrufen. Verwenden Sie eine Quell-ID oder ISSN, um einen Journalnamen zu disambiguieren.

Siehe Betriebsparameter von OpenAlex für Filter und zurückgegebene Felder.

Schauen Sie sich ein DOI und die damit verbundenen Forschungsaufzeichnungen

Literaturgraphik aktivieren. Verwenden Sie crossref_get_work für Publisher-Metadaten und crossref_get_updates für hinterlegte Korrektur-/Retraktionsbeziehungen. Verwenden Sie datacite_search_records, um Datensatz- / Software-DOIs zu finden, und dann datacite_get_record, um einen ausgewählten Datensatz zu inspizieren. Diese vier öffentlichen Methoden erfordern keinen OpenAlex-Schlüssel. Überprüfen Sie die DOI-Identität, die Beziehungsrichtung und die Wiederverwendung von Begriffen, bevor Sie eine Ressource herunterladen oder zitieren. Genaue Felder befinden sich im Betriebsnummer.

Die Rfam-Sequenzsuche verwendet nun den offiziellen Batch-Endpunkt. Wenn eine ältere Installation den ausgedienten Endpunktfehler zurückgibt, aktualisieren Sie die App und wiederholen Sie den beabsichtigten Vorgang. Ein ausstehender Job ist keine abgeschlossene Suche ohne Treffer.

Behandeln Sie einen zurückgegebenen Datensatz, ein leeres Match oder einen Fehler

Überprüfen Sie den zurückgegebenen Status, bevor Sie ein Ergebnis verwenden. Verwenden Sie Betriebsnummer, um Felder und Vollständigkeitsflags zu interpretieren.

Beobachtetes Ergebnis	Was als nächstes zu tun ist
found: false, Nulldatensätze, leere Ermittler oder Lieferantenübereinstimmungen	Prüfen Sie Identifikator, Organismus, Abfrageumfang und Filter. Bewahren Sie das leere Ergebnis; Legen Sie ihn nicht als abgerufenen Datensatz vor.
credential_required für OpenAlex	Öffnen Sie das angeforderte Anmeldeformular und binden Sie Ihren eigenen Schlüssel, bevor Sie es erneut versuchen.
contact_email_required für direkte NCBI-Variantenabfragen	Öffnen Settings → Connectors → Manage credentials → Literature access, geben Sie Contact email und wählen Save. Wiederholen Sie die fehlgeschlagene Abfrage. Ein NCBI API-Schlüssel ist optional. Überprüfen Sie zurückgegebene Identifikatoren, Übereinstimmungszahlen und Verkürzungskennzeichen; ein leeres Ergebnis unterscheidet sich von einem Verbindungsfehler.
HTTP 410 von eQTL	Bewahren Sie die Quell-URL, den Betrieb und die Antwort auf und überprüfen Sie die Verfügbarkeit des Dienstes, bevor Sie wissenschaftliche Eingaben ändern.
Connector-Anfrage nach Ablauf der Zeit 30000ms	Wiederholen Sie eine kleinere Anfrage. Eine Erhöhung nur des äußeren Notebook-Timeouts ändert nicht die eigene Frist des Connector.
Notebook-Ausführung nach Ablauf der Zeit 60000ms	Die Ausführung endete ohne Ergebnis. Einzelne Wiederholvorgänge; folgern nicht, dass jeder vorgelagerte Dienst fehlgeschlagen ist.
BioMart HTML Wartungsseite; PRINZ Unexpected end of JSON input	Die erwartete strukturierte Antwort war nicht verfügbar. Versuchen Sie es später und behalten Sie den Antworttyp / Fehler für ein Problem bei.
ZINC-Aufgabe nicht rechtzeitig abgeschlossen	Bewahren Sie die zurückgegebene Task / Ergebnis-URL und überprüfen Sie diesen Job; Wiederholtes Starten neuer Jobs gewinnt sein Ergebnis nicht zurück.

Fügen Sie für einen Bericht die Operation, die begrenzte Eingabe, den Fehlertext und den Zeitstempel über Fehlerbehebung hinzu. Entfernen Sie Anmeldeinformationen und private Daten vor dem Teilen.

Suche nach Betriebsparametern

Verwenden Sie den Connector Betriebsnummer für erforderliche Felder, akzeptierte Werte und genaue Aufrufe. Wählen Sie hier zuerst eine Quelle; die Referenz bei der Vorbereitung eines bestimmten Vorgangs verwenden.

Halten Sie Genomaufbau, Organismus, Gewebe, Einheiten und Beitrittsversionen mit zurückgegebenen Daten. Für allgemeine HTTP-Bedeutungen und Wiederherstellung verwenden Sie Fehlerbehebung. Datenbankeinträge, Vorhersagen und generierte Zusammenfassungen sind unterschiedliche Arten von Beweisen; Überprüfen Sie die zitierte Quelle, bevor Sie einen Forschungsanspruch verwenden.

Bezugsnummer der Durchführung: SteckverbinderPanel.tsx.

Katalogquelle: catalog.ts, registry.ts.