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Finden Sie eine Proteinsequenz und vervollständigen Sie eine BLAST-Suche

Praxisbeispiel Finden Sie den überprüften menschlichen Hämoglobin-Alpha-Eintrag und rufen Sie seine Sequenz ab

Beginnen Sie mit dem menschlichen HBA1-Gennamen, holen Sie ein überprüftes UniProt-Protein und seine kanonische FASTA ab, senden Sie dann eine BLAST-Suche und inspizieren Sie den abgeschlossenen Bericht. Dieses Beispiel lehrt Sequenz-Lookup und Vergleich mit einem bekannten Protein.

Folgen Sie vor dem Start Wissenschaftliche Datenbanken, um die erforderlichen Connectors zu aktivieren. Verwenden Sie ein verbundenes Modell und ein verfügbares Notebook-Laufzeit.

Gene & Ontologien kann UniProt-Einträge entdecken, bevor Sie einen Beitritt kennen. Verwenden Sie search_uniprot_entries mit einem Gennamen, einer Proteinnamensphrase oder einem Organismus. organism_id entspricht dem angegebenen Taxon, während reviewed: true Swiss-Prot und false nicht überprüfte TrEMBL-Einträge auswählt. Lassen Sie reviewed aus, um beides einzuschließen. Folgen Sie next_cursor, ohne die Filter oder die Seitengröße zu ändern, wenn Sie eine Abfrage fortsetzen.

Aktivieren Sie Gene & Ontologien, öffnen Sie eine Sitzung mit einem verbundenen Modell und verfügbarer Notebook-Laufzeit und senden Sie dann:

Use Genes & Ontologies through Session Notebook. Call search_uniprot_entries
with gene HBA1, organism_id 9606, reviewed true and page_size 5.
Save the query and complete response as hba1-uniprot.json. Check the
returned organism and protein identity, then retrieve the canonical FASTA
for the matching accession with get_uniprot_entries. Add that response to
the JSON and save hba1-query.fasta. Keep everything in English. Preserve
missing or empty results; do not invent sequences.

Öffnen Sie den JSON, bevor Sie die FASTA verwenden. Diese Abfrage gab P69905/HBA_HUMAN, Homo sapiens CAS-Nr., 142 Aminosäuren mit Gennamen HBA1 und HBA2 zurück. Die Antwort identifiziert UniProt Release 2026_03, total_results: 1 und has_more: false. Der FASTA-Header bewahrt den Beitritt und den Organismus; die Sequenz 142-Reste enthält. Eine Gen-Namen-Abfrage kann einen Proteineintrag zurückgeben, der mit mehr als einem Gen assoziiert ist, also folgern Sie nicht auf eine Eins-zu-Eins-Zuordnung.

UniProt-Abfragefilter und der zurückgegebene überprüfte menschliche Proteineintrag

UniProt Abfrage und FASTA Antwort · Kanonische FASTA

2. Senden und folgen Sie dem BLAST Job​

Aktivieren Sie für eine Ähnlichkeitssuche Genome und verwenden Sie die drei BLAST-Operationen. Die Sequenz wird an den öffentlichen NCBI-Dienst gesendet; öffentliche oder anderweitig autorisierte Eingaben zu verwenden.

  1. Rufen Sie blast_submit einmal mit der Sequenz, ihrem molecule_type und einer kompatiblen Datenbank auf. Halten Sie die zurückgegebene rid und Polling-Anleitung. Für das obige Protein wählen molecule_type: protein und database: swissprot eine Proteinsuche aus.
  2. Rufen Sie blast_status für diese RID an. Anfragen für die gleiche RID müssen mindestens 60 Sekunden auseinander und alle BLAST-Anfragen mindestens 10 Sekunden auseinander sein. Folgen Sie einer längeren Verzögerung, die vom Dienst zurückgegeben wird. WAITING bedeutet, dass der Job noch in der Warteschlange steht oder läuft; Behalten Sie seine RID, anstatt erneut einzureichen.
  3. Respektieren Sie nach READY das gleiche Intervall vor blast_results. Verfügbare Formate sind json2, xml2, text und tabular. Berichte sind an 2 MiB gebunden; Wenn nötig, weniger Treffer anfordern. Die tabellarische Ausgabe kann Kommentare enthalten und ist nicht automatisch eine CSV-Tabelle.
  4. Prüfen Sie Abfragelänge, effektive Datenbank, übereinstimmende Zugriffe, Alignment-Spanne, Identität und E-Wert im eigentlichen Bericht. Sequenzähnlichkeit allein stellt keine Funktion her. Eine bekannte Hämoglobin-Sequenz ist nützlich, um die Kontrollen zu lernen, und zeigt nicht die Entdeckung eines unbekannten Proteins.

Wenn die Einreichung blast_submission_unknown zurückgibt, ist ihre Annahme unsicher: Nicht automatisch erneut senden. Bewahren Sie die Antwort und jede RID. Behandeln Sie niemals einen Einreichungsbeleg oder den WAITING-Status als abgeschlossene Anpassung. Genaue Ein- und Rückgabebedingungen sind im BLASSEN-Referenz.

3. Öffnen und Interpretieren des abgeschlossenen Berichts​

Setzen Sie das gleiche Proteinbeispiel in der obigen Sitzung fort. Bewahren Sie den Einreichungsbeleg auf, damit eine spätere Anfrage den gleichen Job wieder aufnehmen kann. Senden:

Continue with the public P69905 FASTA retrieved above. Use Genomes through
Session Notebook. If this session already has a BLAST RID, resume that RID;
otherwise call blast_submit once with molecule_type protein, database
swissprot and hitlist_size 5, then save the receipt. Space requests for the
same RID by at least 60 seconds and follow any longer server delay. Check
blast_status; if it is still WAITING, keep the RID for a later check rather
than submitting again. After READY, wait the required interval and retrieve
blast_results in json2 format. Save hba1-blast-raw.json, hba1-blast-hits.csv
and hba1-blast-results.md. Include the actual database, query length,
accessions, alignment coordinates, identity counts and E-values. Explain
the coverage and identity calculations. Keep everything in English and
preserve actual errors or empty results. Never invent alignments.

BLAST-Einreichungsbestätigung mit der RID und dem Mindestabfrageintervall

Nachdem der Bericht fertig ist, öffnen Sie hba1-blast-results.md und vergleichen Sie die Tabelle mit hba1-blast-raw.json. In diesem Beispiel wurde BILD 2.17.0+ verwendet, wobei Swissprot durch den Bericht bestätigt wurde, eine 142-Aminosäure-Abfrage und 5 Treffer:

BeitrittIdentische Rückstände/AusrichtungslängeAbfrageabdeckungE-Wert
P69905142/142 (100%)100%1.99033e-100
P01923140/141 (99.29%)99.30%1.06845e-98
Q9TS35140/142 (98.59%)100%2.38346e-98
P06635139/142 (97.89%)100%3,57742e-98
P01924138/141 (97.87%)99.30%3.00466e-97

Abgeschlossener BLAST-Bericht mit fünf tatsächlichen Treffern, Abfrageabdeckung und Identitätsberechnungen

Für jeden ersten HSP ist Identität die Restzahl mit identischer Restzahl geteilt durch die Ausrichtungslänge. Die Abfrageabdeckung ist die inklusive Abfrage-Koordinatenspanne geteilt durch 142. Für P01923 ist die Abfragespanne 2–142: Abdeckung ist 141/142 = 99.30%, während Identität 140/141 = 99.29% ist. Die beiden Prozentsätze beantworten unterschiedliche Fragen; auch nicht die Wahrscheinlichkeit, dass eine Funktionszuordnung korrekt ist.

Abgeschlossener Bericht · Fünf-Hit-Tabelle · Bericht NCBI JSON2

Der Top-Hit P69905 ist die Eingabesequenz selbst, so dass seine 100% Identität und Abdeckung eine bekannte Sequenzprüfung bieten. Die anderen Treffer zeigen ähnliche Sequenzen, keine neue funktionelle Entdeckung. Bewahren Sie den Rohbericht und die Abfrage mit der Ergebnistabelle auf; Eine spätere Datenbankfreigabe kann die Trefferliste ändern.

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