Conectores y credenciales

Un Connector pone a disposición de un agente las herramientas de un servicio. Un Credential suministra autenticación cuando ese servicio lo requiere. Instalar un Skill o asignar una etiqueta no conecta el servicio.

En la gestión de lotes, revise el recuento seleccionado en el área de acción inferior antes de aplicar una operación. Lea la finalización o la retroalimentación del fallo allí, a continuación, verifique los elementos resultantes. La selección de una entrada por sí sola no permite, instala o elimina.

Utilice un Connector incorporado

Buscar herramientas para un proyecto de expresión génica

Abrir Settings → Connectors, buscar Archivos de Omics, y abrir su detalle. Esta familia incorporada incluye herramientas GEO, ArrayExpress, MetaboLights, MGnify y PRIDE. Ampliar una fila de herramientas antes de elegirla.

geo_get_series devuelve metadatos de la serie GEO, muestras, plataformas y URLs de archivo complementario. Descargue la tabla de datos requerida de la fuente devuelta y adjuntela a su proyecto antes de solicitar un cálculo.

Asignar una etiqueta como Transcripciónomics a un Connector, y luego encontrarla bajo Settings → Tags. Etiquetas organizan recursos sin cambiar el acceso o la aprobación de herramientas.

Estado	Lo que establece	Siguiente verificación
Listado en Directorio	La aplicación conoce una definición Connector	Lea sus descripciones de herramientas reales
Main sólo / En uso	Disponibilidad de agentes	Confirme el agente y la unión de la capacidad previstos
Credencial seleccionado	Existe una unión de nombre	Prueba de autenticación contra el servicio previsto
Política de herramientas	Si las llamadas se permiten, se solicita o bloquea	Inspección de permiso recordado precedencia
Resultado exitoso de la herramienta	Esa llamada en particular terminada	Validar sus identificadores/datos devueltos y fuente

Controles Connector incorporados

Use Search connectors para encontrar PubMed bajo Directory; la lista también contiene grupos Featured y Custom. Filtrar se aplica por grupo, por lo que otro grupo puede decir No hay conectores que coincidan con su búsqueda mientras que un resultado coincidente sigue siendo visible a continuación.

Utilice Filter connectors by group, Filter Connectors by agent, y Filter by Tag junto con la búsqueda. Manage credentials abre la configuración de contacto/credencial compartida. Used by muestra disponibilidad; Manage Tags organiza un Connector. El interruptor de disponibilidad permite el acceso para Main Agent; El acceso se configura por separado para cada especialista.

Activar o deshabilitar varios conectores

Abrir Settings → Connectors → Manage, filtrar la lista y seleccionar los conectores previstos. Revise el recuento seleccionado antes de habilitarlos o desactivarlos, a continuación, verifique cada estado devuelto. Mantenga sólo los servicios necesarios para su trabajo habilitado. Los cambios de disponibilidad a granel no suministran credenciales, cambian las políticas de aprobación por taburete o conceden un acceso a Specialist; Configure los por separado.

PubMed: disponibilidad, herramientas y política de aprobación

1. Busque PubMed y abra su detalle.
2. Ampliar search_articles para leer su descripción. Devuelve un conteo y página de PMIDs y soporta las etiquetas de consulta PubMed, operadores booleanos, fechas y clasificación.
3. Elija Require approval, Block o Always allow para el acceso que desee permitir. Exhibición de la aprobación Ask when no Session, Project, or Global permission applies.
4. Activar PubMed e inspeccionar Used by. Disponibilidad para Main se muestra como Main only; disponibilidad de discapacitados muestra Not in use.

Los detalles enumeran search_articles, get_article_metadata, find_related_articles, lookup_article_by_citation, convert_article_ids, get_full_text_article y get_copyright_status. Elija Always allow, Require approval o Block por herramienta. Revise el interruptor Connector de toda Skip approvals separado antes de habilitarlo. Abrir una descripción solo muestra las instrucciones de la herramienta.

El directorio colocó PubMed bajo Directory, mientras que su detalle muestra una placa Featured. La ubicación del directorio y las insignias no indican el estado de conexión de la cuenta.

Ejecutar una pequeña búsqueda de metadatos GEO

Ejecutar una pequeña búsqueda de metadatos GEO

Ejemplo práctico Busque metadatos de muestras GSE60450 en GEO

1. Volver a la sesión de investigación y confirmar un modelo de trabajo y disponibilidad de Archivos Omics.
2. Pregunta: Use Omics Archives geo_get_series to retrieve GSE60450 metadata. Report the title, organism, sample count and source-identified sample characteristics. Do not download count tables or run a new expression analysis.
3. Inspeccione el Connector/método solicitado y los argumentos antes de permitirlo. La herramienta espera un array accessions; un campo singular adivinado es incorrecto.
4. Revise el resultado real. Para esta adhesión, compruebe el GSE60450 devuelto, Mus musculus, Muestras 12, y el título “Análisis de transcriptomo de las subpoblaciones de células luminales y basales en la glándula mamaria lactante versus embarazada”.
5. Mantenga los identificadores GSM devueltos con sus características. No inferir un mapeo a los nombres de columnas MCL1 de la matriz sólo de parecido.

El rango de muestra devuelto fue GSM1480291–GSM1480302, cubriendo las poblaciones luminal/basal y virgen, el embarazo 18.5-día y las etapas de lactancia 2. Estos son metadatos devueltos, no etiquetas inferidas de los totales del recuento. La tabla completa de respuesta de doce brazos fue descargada como geo-sample-metadata.csv. Esta es una exportación de mesa de conversación, separada de los artefactos QC gestionados.

Si el archivo de instrucción Connector no se puede leer, mantenga su error EPERM y compruebe el Connector habilitado y la sesión actual. Confirme los campos de operación en Parámetros Connector antes de reintentar. Una consulta válida de metadatos devuelve registros estructurados; no descarga la tabla fuente subyacente o realiza un análisis.

Agregue el conector: campos de identidad compartidos

Add connector ofrece Local command, Remote server, y Import configuration. Los dos primeros abren un editor con un selector de tipo, y Advanced settings expone campos adicionales. Las capturas de pantalla utilizan un punto final ilustrativo; conectar un servidor que realmente desea utilizar.

Campo	Propósito
Tipo de conector	Cambiar entre un proceso local y un punto final remoto.
Nombre para mostrar	Nombre mostrado en la UI.
Avanzado → Connector nombre	Nombre de llamada utilizado por host.mcp, Specialist bindings, y el MCP Skill generado; generada a partir del nombre de la pantalla cuando sea posible.
ID del conector	Identificación estable opcional, generada cuando sea posible. Editable antes de la creación, inmutable después.
Descripción	Explicación opcional de los datos/acciones facilitados.
Confío en este conector	Requiere el reconocimiento de confianza antes de añadir un Connector personalizado. No valida el servicio o hace que su código sea seguro.
Cancelar / Volver a los conectores	Deja el formulario. No guarda el borrador.
Añadir conector / Añadir y firmar en	Guardar la configuración válida y, para OAuth, iniciar sesión. El botón sigue desactivado mientras faltan campos, acoplamientos o confianza necesarios.

Comando local

Command ofrece npx — Node package, uvx — Python (uv), node — script file, python3 — script file, docker — container, y Other…. Otros exponen Custom command para un camino ejecutable absoluto.

Entrada avanzada	Operación
Argumentos	Un argumento por línea; espacios y líneas en blanco se conservan. Borrar el campo para eliminar todos los argumentos. No asuma que un comando de shell separado del espacio es analizado en múltiples argumentos.
Nombre de variable	Nombra una variable de entorno, luego selecciona/crea su Credential.
Agregar variable / Quitar variable	Agregue o retire un enlace llamado.
Campos / Texto	Introduzca nombres como filas estructuradas o uno KEY= por línea; los valores secretos viven en Credenciales.
Previsualización del comando	Inspeccione el lanzador mostrado después de los enlaces.

Una entrada de lanzadores por sí sola no prueba que su ejecutable o servicio está operativo. Utilice la invocación a continuación para comprobar el comando local importado.

Servidor remoto

Introduzca el Server URL real suministrado por el operador del servidor. https://example.org/mcp en estas capturas de pantalla es una dirección de dominio reservado ilustrativa, no un punto final MCP en funcionamiento.

Advanced → Transport predeterminado a Streamable HTTP. Authentication ofrece None, OAuth (browser sign-in), y Static headers.

Encabezados estáticos

El editor actual se une a las credenciales nombradas; no es un área de texto de valor secreto.

1. Elige Static headers.
2. Introduzca un Header name, como Authorization.
3. Seleccione o cree el Credential correspondiente. El selector está deshabilitado hasta que el encabezado tenga un nombre.
4. Utilice Add header para otra fila o Remove header para descartar una fila.
5. Campos / Texto cambia cómo se introducen los nombres. El modo de texto espera un nombre de encabezado por línea como Name:; Los valores credenciales se gestionan por separado.

OAuth binding

Elija un OAuth credential que coincida con la URL del recurso, el transporte y el registro. New credential abre el credencial editor. En este perfil vacío, el formulario reportó No OAuth credential matches this Connector's resource URL, transport, and registration. La acción final cambia a Add and sign in.

Pruebas de importación, exportación y conexión

Elija Add connector → Import configuration y seleccione un archivo JSON hasta 256 KB. El importador acepta una configuración Open-Science Connector o un archivo cliente MCP que contiene mcpServers.

1. Para un archivo multi-servidor, elija una entrada en MCP server. Revisa y agrega un servidor a la vez. Revise su nombre, ID, transporte y argumentos de comando después de cambiar entradas.
2. Lee los diagnósticos. Los caminos absolutos pueden necesitar cambiar en otro ordenador; Los valores credenciales están excluidos de la importación.
3. Elija Use configuration para abrir el editor prellenado. Revise todos los campos, ata las credenciales locales requeridas y seleccione I trust this connector.
4. Elija Add connector, inspeccionar el estado de conexión en la lista, y luego invocar una pequeña herramienta de sólo lectura.

Cuando un servidor importado hace referencia a una variable de entorno como QC_EXAMPLE_TOKEN, une ese nombre a una credencial almacenada en este dispositivo. Add permanece indisponible hasta que se completen los enlaces necesarios. Después de añadir, compruebe Connected y ejecute la herramienta prevista; una unión guardada por sí sola no valida la autenticación remota.

Llame a get_dataset_summary, luego pasar una devolvió el ID de muestra completa a get_sample_qc. Compare la respuesta con el Base de referencia de QC. Este servidor devuelve valores sumarios guardados; no recomputa la matriz original. La implementación del servidor está cubierta en Crear una herramienta personalizada.

Exportación y reimportación

Elija el Actions → Export de la fila, seleccione Open Science Connector o MCP client config, inspeccione la vista previa, y elija Save configuration.

El archivo exportado real retuvo el nombre variable en required_secrets.environment. No contenía ningún valor credencial de demostración, confianza local o permisos. Reimport requiere una selección y confianza de nuevo.

Cuando la misma identificación ya existe, la vista previa informa Un Connector personalizado con ID ... ya está instalado, y Use configuration no está disponible. Utilice Edit para cambiar una conexión existente; la importación no es una operación de sobreescritura.

Al restaurar una conexión exportada, inspeccione los campos prellenados y adhiera las credenciales requeridas. Completa confianza y prueba una llamada atada antes de utilizarla en investigación. La importación no sobreescribirá un Connector existente con el mismo ID.

Credenciales: servicios y secretos reutilizables

Cree y administre secretos en Cátedras de servicio, luego seleccione sus nombres en entorno, encabezado o encuadernaciones OAuth. En un nuevo dispositivo, restaurar estos enlaces y completar el registro de ese servicio antes de probar la conexión. Las exportaciones contienen referencias de configuración, secretos no utilizables o confianza local.

Búsqueda de error HTTP

Para 400, 401, 403, 404, 429 o 5xx, use el Mesa de solución de problemas HTTP. Mantenga el servicio de respuesta y su mensaje detallado con el código de estado.