Bases de datos científicos

Los paquetes de la aplicación 23 data-source Connectors, además de un Molecule Connector. El registro completo tiene Operaciones de herramienta 239 incluyendo las dos operaciones de Molecule; el catálogo fuente de datos a continuación cubre 237. Habilitar el Connector relevante en Ajustes, luego hacer una pregunta atada con el tipo de identificador correcto.

Catálogo de fuente de datos

Elija por identificador y pregunta de investigación. La cobertura de la fuente difiere; consultar la referencia de operación para campos exactos.

Conector	Fuentes	Operaciones	Úsalo para
Química · chemistry	PubChem, ChEBI, Rhea, BindingDB	12	Química de moléculas pequeñas a través de PubChem, ChEBI, Rhea y BindingDB.
Gráfico de literatura · literature	OpenAlex, arXiv, Crossref, DataCite	13	Documentos, autores, citas, actualizaciones de DOI y registros de dataset/software.
PubMed · pubmed	PubMed, PMC, Europa PMC	7	Bibliografía biomédica a través de NCBI E-utilities, el convertidor de identificación PMC y Europa PMC — búsqueda, metadatos, artículos relacionados, búsqueda de citas, conversión de ID, texto completo y copyright.
Genes & Ontologies · genes	MyGene, UniProt, OLS, QuickGO, Reactome	7	Gene/proteína de identidad y términos de ontología — mygene.info, UniProt, OLS4 ontologies, GO annotations, Reactome pathways.
Genomes · genomes	Ensembl, UCSC	11	Anotación genómica, variantes, homología, secuencia y rutas del navegador — Ensembl REST y el navegador UCSC Genome.
Variantes · variants	gnomAD, ClinVar, dbSNP	15	Variaciones genéticas humanas — frecuencias de población de gnomAD/constricción, registros de ClinVar/búsqueda (NCBI directa), dbSNP, variantes estructurales y mitocondriales.
Pruebas clínicas · clinical-trials	ClinicalTrials.gov	6	Ensayos clínicos de ClinicalTrials.gov — búsqueda, detalles, patrocinadores, investigadores, puntos finales y elegibilidad.
Genómica clínica · clinical-genomics	ClinGen, CIViC, Open Targets	20	Bases de conocimiento de la genómica clínica: curaciones de ClinGen, evidencia clínica CIViC y Plataforma de objetivos abiertos.
Estructuras & Interacciones · structures	PDB, AlphaFold, EMDB, Portal Complejo, IntAct	16	Estructuras e interacciones moleculares — estructuras PDB, predicciones AlphaFold, entradas EMDB cryo-EM, complejos complejos Portales Complejos, redes de interacción IntAct.
ChEMBL · chembl	ChEMBL	6	Compuestos bioactivos, fármacos, objetivos, bioactividad y mecanismos a través del ChEMBL REST API.
biorxiv · biorxiv	bioRxiv, medRxiv, ROR	7	preimpresión bioRxiv/medRxiv — búsqueda por fecha/categoría, metadatos por DOI, enlaces de publicación de revistas, listados de fondos y estadísticas de plataforma.
Regulación de drogas · drug-regulatory	openFDA	7	Aplicaciones, etiquetas y estadísticas de corpus a través de openFDA.
Genética humana · human-genetics	GWAS Catalog, eQTL Catalogue, PheWeb	14	Pruebas de asociación genética humana — GWAS Catalog, eQTL Catalogue, y portales PheWeb PheWAS (FinnGen, BioBank Japan).
Expresión · expression	GTEx	12	Expresión de tejido humano y eQTLs a través del Portal GTEx.
Anotación de proteínas · protein-annotation	InterPro, Pfam, Human Protein Atlas, STRING	13	Arquitectura de dominio Protein, membresía familiar/clan, atlas de expresión y redes de interacción a través de InterPro/Pfam, el Atlas de Proteína Humana y STRING.
Modelos de cáncer · cancer-models	cBioPortal	6	Registros de estudio de genómica del cáncer a través del cBioPortal REST API.
ARN · rna	Rfam	9	Datos familiares de ARN no codificación (metadatos, alineamientos, modelos, estructuras) a través de Rfam.
Archivos de Omics · omics-archives	ArrayExpress, GEO, MetaboLights, MGnify, PRIDE	17	Archivos de datos Omics — expresión (ArrayExpress, GEO), metabolomics (MetaboLights), metagenomics (MGnify) y proteomics (PRIDE).
CellGuide · cellguide	CELLxGENE	5	Identidad de tipo celular, genes marcadores, conjuntos de datos fuente y tejidos a través de CELLxGENE CellGuide.
Regulación · regulation	ENCODE, JASPAR, UniBind	16	Genética-regulación de la genómica funcional — experimentos ENCODE/biosamples/files, perfiles de unión JASPAR TF y TFBS UniBind ChIP-seq.
Recursos de investigación · research-resources	Grants.gov, Antibody Registry	5	Búsqueda de financiación-oportunidad (Grants.gov) y búsquedas de catálogo de anticuerpos (Registro Anticuerpo).
BioMart · biomart	Ensembl BioMart	8	Ensembl BioMart atributo consultas y traducción de identificador.
ZINC · zinc	ZINC	5	ZINC22 espacio químico depurable (CartBlanche22) — búsqueda compuesta por ZINC id, búsqueda exacta/similaridad de SMILES, resolución de código de proveedor, muestreo aleatorio, ubicaciones de estructura 3D para acoplamiento.

Recuperar un registro y verificar su identidad

1. Abra Settings → Connectors, busque la fuente requerida y confirme la disponibilidad al agente indicado.
2. Abre su detalle. Lea Tools, entradas, ejemplo y requisitos de terceros.
3. Proporcione una consulta/accesión explícita y un límite de resultados. Retener la consulta exacta cuando se crea una colección de literatura o una tabla de pruebas.
4. Inspeccione los IDs devueltos y los campos de origen. Un resultado vacío, un lote truncado y un error son resultados diferentes.
5. Guardar los registros necesarios en el proyecto / biblioteca deliberadamente. Una respuesta de búsqueda no significa automáticamente que todos los documentos fueron agregados a la biblioteca de literatura o los textos completos descargados.

Empieza con un identificador conocido

Ejemplo práctico Resolver el identificador humano del gen TP53

Habilitar Genes & Ontologies y preguntar: Utilice query_genes para resolver TP53 con alcances="symbol", especie="human" y campos="symbol,name,entrezgene". Devuelve la consulta de entrada y cualquier registro sin igual. En este ejemplo, el registro humano TP53 identifica Entrez Gene 7157 y el nombre proteína tumoral p53. Verifique el query y symbol del registro antes de usar el ID de mapeado. Un símbolo puede devolver varios partidos, así que reten todos los resultados hasta que haya confirmado el organismo y registro previstos. Campos de acción.

Elige una consulta e inspecciona el resultado

Ejemplo Consultas y respuestas de la base de datos

En el cuadro se registran estas respuestas de ejemplo; los resultados de las consultas en vivo pueden diferir.

Connector / herramienta	Entrada	Resultado observado
Archivos de Omics / geo_get_series	accessions: ["GSE60450"]	Metadatos de serie/sample con muestras 12; la recuperación de metadatos no recompute los conteos cargados.
Genes / query_genes	TP53; alcance del símbolo; humanos	Entrez Gene ID 7157, símbolo TP53, nombre proteína tumoral p53.
PubMed / search_articles	GSE60450, máximo 2	PMIDs 38059347 y 37306301. Estos son coincidencias de consulta, no automáticamente la publicación original del conjunto de datos.
Química / pubchem_search_compounds	aspirina, máximo 1 CID	CID 2244, fórmula C9H8O4 y peso molecular 180.16.
Literatura / openalex_search_works	CRISPR base editing; de 2020; acceso abierto; máximo 2	Dos registros de trabajo con OpenAlex IDs, campos fuente y banderas de integridad.

Conecta OpenAlex y sigue enlaces de citación

1. Abre Settings → Connectors → Literature Graph → Manage credentials → OpenAlex.
2. Introduzca su tecla API, seleccione Validate, luego Save después de que la validación tenga éxito.
3. Busque un tema con un pequeño límite max_records. Compruebe n_records_returned y records_truncated antes de describir el resultado como completo.
4. Utilice un ID de trabajo devuelto con openalex_get_work. Utilice openalex_citations para papeles citando ese trabajo y openalex_references para trabajos que cita. Estas son direcciones opuestas.
5. Para los registros del autor, confirme la institución y el ORCID antes de recuperar un perfil del autor. Use un ID de origen o ISSN para desambiguar un nombre de revista.

Vea el Parámetros de operación OpenAlex para filtros y campos devueltos.

Busque un DOI y sus registros de investigación relacionados

Activar Gráfico de literatura. Utilice crossref_get_work para metadatos de editor y crossref_get_updates para las relaciones de corrección/retracción depositadas. Utilice datacite_search_records para encontrar DOIs de dataset/software, luego datacite_get_record para inspeccionar un registro seleccionado. Estos cuatro métodos públicos no requieren la clave OpenAlex. Verificar la identidad DOI, dirección de relación y reutilizar los términos antes de descargar o citar un recurso. Los campos exactos están en el referencia a la operación.

Rfam secuencia de búsqueda ahora utiliza el punto final oficial de lote. Si una instalación anterior devuelve el error de punto de retiro, actualice la aplicación y reingrese la operación prevista. Un trabajo pendiente no es una búsqueda completa sin éxitos.

Maneja un registro devuelto, coincidencia o error vacío

Inspeccione el estado devuelto antes de usar un resultado. Utilice el referencia a la operación para interpretar campos y banderas de integridad.

Resultado observado	Qué hacer después
found: false, cero registros, investigadores vacíos o cerillas de proveedores	Chequee identificador, organismo, alcance de consulta y filtros. Preserve el resultado vacío; no lo presente como un registro recuperado.
credential_required para OpenAlex	Abra la forma credencial solicitada y ate su propia llave antes de reintentar.
contact_email_required para consultas directas de la variante NCBI	Abrir Settings → Connectors → Manage credentials → Literature access, entrar Contact email y seleccionar Save. Retratar la consulta fallida. Una llave NCBI API es opcional. Comprobación de identificadores devueltos, cuentas de partido y banderas de truncación; un resultado vacío es distinto de un error de conexión.
HTTP 410 de eQTL	Retener la URL fuente, operación y respuesta, y comprobar la disponibilidad del servicio antes de cambiar los insumos científicos.
solicitud Connector programado después 30000ms	Retrocede una petición más pequeña. Aumentar sólo el tiempo exterior Notebook no cambia la fecha límite del Connector.
La ejecución de Notebook terminó después 60000ms	La ejecución terminó sin un resultado. - Operaciones de reingreso individual; no infiere que todo servicio de corriente no haya fracasado.
Página de mantenimiento de BioMart HTML; PRIDE Unexpected end of JSON input	La respuesta estructurada prevista no estaba disponible. Regrese más tarde y mantenga el tipo de respuesta/error para un problema.
La tarea de ZINC no terminó a tiempo	Preserve la URL de la tarea/resultada devuelta y verifique ese trabajo; El comienzo repetidamente de nuevos empleos no recupera su resultado.

Para un informe, adjunte la operación, entrada atada, texto de error y timetamp a través de Solución de problemas. Retire las credenciales y los datos privados antes de compartir.

Encontrar parámetros de operación

Utilice el Referencia de operación Connector para campos requeridos, valores aceptados y llamadas exactas. Elige una fuente aquí primero; utilizar la referencia al preparar una operación específica.

Mantenga las versiones de genoma, organismo, tejido, unidades y adhesión con datos devueltos. Para significados HTTP generales y recuperación, utilice Solución de problemas. Los registros de bases de datos, las predicciones y los resúmenes generados son diferentes tipos de pruebas; comprueba la fuente citada antes de usar una reclamación de investigación.

Referencia de implementación: ConectoresPanel.tsx.

Fuente de catálogo: catálogo.ts, registro.ts.