과학 도구 카탈로그

이 카탈로그를 사용하여 Open-Science 엔트리 포인트 및 런타임 요구 사항을 과학 방법. 문서 인덱스는 각 목록의 프로그램을 설치하는 응용 프로그램 페이지가 아닙니다.

소프트웨어 가족과 그들이 달리는 곳

소프트웨어 가족	Open-Science 항목	확인하기	자주 묻는 질문
Python 표준 라이브러리 및 플로팅	세션 Notebook	선택된 Python 해석기; 관련 상품	실제 QC CSV을 읽고 작은 플롯을 생성
R / 기본 R	세션 Notebook; 설정 → 실행 → R	앱 관리 또는 감지 된 해석기	인쇄 R 버전과 reproduce 표본 summaries
구조 예측 프레임	관련 번들 Skill, 보통 컴퓨터	양립한 GPU, 포장, 무게, 입력 체재 및 외부 MSA 접근을 사용하는 경우에	1개의 작은 유효한 순서/complex 및 그것의 산출 신뢰
MPNN 시퀀스 디자인 프로그램	단백질MPNN/LigandMPNN/SolubleMPNN Skills	저장소/체크 포인트 및 Python 의존성; 작은 CPU 작업은 이러한 지침에 의해 지원됩니다.	명시된 고정/디자인 포지션을 가진 1개의 백본
단일 셀 프레임 워크	scGPT / scvi-tools Skills	AnnData, cell/gene labels, 패키지 및 적당한 compute	유효한 입력 차원 및 훈련의 앞에 필요한 층
분자 구조 렌더링	Molecule Connector/분자 구경꾼	내장 오프라인 OpenChemLib 노선	저장 및 다시 오픈 aspirin.mol
파일 렌더링기	파일 미리보기	지원 확장 및 미리보기 크기 제한	실제 다운로드 된 파일을 엽니 다
원격 배치 소프트웨어	Compute 호스트 및 원격 통신 Skills	호스트 액세스, 스케줄러 및 이름 환경	호스트 프로브는 경계 작업에 따라

23-Skill 방법 테이블을 완료하려면 Skill 디렉토리을 참조하십시오. 이 페이지는 소프트웨어 readiness를 설명합니다; Skill의 절차마다 중복되지 않습니다.

선택된 환경 검사

유효한 Python/R 해석기를 검열하기 위하여 Settings → Runtimes를 사용하십시오. 런타임을 선택하면 실제로 세션에 바인딩된 다음 패키지를 검사합니다. 컴퓨터에서 다른 곳에서 실행 가능한 설치는 자동으로 활성 Notebook 해석기입니다.

런타임을 사용하여 해석기와 Notebook을 준비하여 계산을 확인합니다. 추가 패키지가 필요한 경우, 설치 및 그 환경에서 가져 오기. 다운로드 실패의 경우, 영향을받는 호스트 이름과 오류를 사용하여 네트워크을 따르십시오.

모델의 설치 명령을 따르기 전에

설치 Skill의 정확한 요구 사항 및 선택한 환경의 지원 설정 경로를 읽으십시오. 패키지 이름 충돌 확인 : 회사 소개 및 Biohub ₢ 킹 구현은 esm 네임스페이스를 공유하면서도 구별됩니다. 다운로드한 모형의 부호 및 무게는 또한 다른 버전 및 접근 조건이 있을 수 있습니다.

로컬 Notebook은 과학 도구의 지원 패키지 관리 흐름을 사용합니다. 원격 호스트의 경우 먼 compute. PDB를 표시하는 렌더링자는 구조를 볼 수 있다는 것을 증명합니다. AlphaFold 또는 다른 예측 프로그램이 설치되지 않습니다.

구현 참조 : 나.json, SKILL.md의 특징, 노트북-런타임.ts.

지원되는 장시간 일을 추적하기 위하여 백그라운드 작업를 이용하고 배달한 결과를 검사하십시오. 과학 패키지는 여전히 선택한 런타임에서 사용할 수 있습니다.