科學工具目錄

本目錄幫助你找到科學方法在 Open-Science 中的入口及執行條件。它是文件索引，不是安裝所有列出程式的應用頁面。

軟體類別與執行位置

軟體類別	應用入口	準備檢查	首次驗證
Python 標準庫與繪圖	Session Notebook	當前 Python 和繪圖依賴	讀取真實 QC CSV 並生成小圖
R / base R	Notebook；Settings → Runtimes → R	已啟用託管或檢測到的直譯器	列印版本並復現樣本彙總
結構預測框架	對應 Skill，通常使用 Compute	GPU、包、權重、輸入與適用的 MSA 服務	小範圍真實序列/複合物及置信度
MPNN 序列設計	ProteinMPNN / LigandMPNN / SolubleMPNN	倉庫、權重、Python 依賴；支援小型 CPU 任務	明確固定/設計位點的單骨架
單細胞框架	scGPT / scvi-tools	AnnData、細胞/基因標識、包及計算資源	訓練前檢查維度與所需層
分子結構繪製	Molecule Connector / 檢視器	內建離線 OpenChemLib	儲存並重開 aspirin.mol
檔案渲染器	檔案預覽	副檔名與預覽大小限制	開啟實際下載的檔案
遠端批處理軟體	Compute Host 與遠端 Skill	主機、排程器、命名環境	主機探測後執行小任務

完整 23 個 Skill 的方法表見 Skill 目錄，此處集中說明軟體就緒條件。

核對當前環境

在 Settings → Runtimes 檢視 Python/R，確認會話實際繫結的環境，並在該環境檢查包。電腦其他位置安裝瞭直譯器，不代表 Notebook 正在使用它。

直譯器準備見執行環境，計算核對見 Notebook。需要新增軟體包時，在該環境中檢查安裝和匯入。下載失敗則根據受影響域名與報錯，按網路說明處理。

執行安裝指令前

閱讀已安裝 Skill 的具體要求與環境支援的安裝路徑。注意命名衝突：fair-esm 與 Biohub esm 共享 esm 名稱空間，但不是同一個實現。模型程式碼和權重也可能有不同版本與訪問條件。

本地 Notebook 使用科學工具的受支援包管理，遠端主機參見遠端計算。能開啟 PDB 只證明結構檢視器可用，不證明 AlphaFold 等預測程式已經安裝。

實現依據: manifest.json, SKILL.md, notebook-runtime.ts。

透過後臺任務跟蹤適用的長任務並檢查送達結果。所需科學軟體仍須在選定執行時中可用。