Catalogue des outils scientifiques
Utilisez ce catalogue pour trouver les exigences de point d'entrée et d'exécution Open-Science pour une méthode scientifique. C'est un index de documentation, pas une page d'application qui installe chaque programme listé.
Familles de logiciels et où elles fonctionnent
| Famille de logiciels | Entrée Open-Science | Configuration pour vérifier | Première vérification utile |
|---|---|---|---|
| Bibliothèque et tracé standard Python | Séance Notebook | interpréteur Python sélectionné; les dépendances de tracé | Lire le vrai QC CSV et produire une petite parcelle |
| R / base R | Séance Notebook; Paramètres → Durées d'exécution → R | Interprète activé géré par l'application ou détecté | Imprimer la version R et reproduire les résumés d'échantillons |
| Cadres de prévision des structures | Skill fourni, habituellement Calculer | Compatible GPU, paquets, poids, format d'entrée et accès MSA externe si utilisé | Une petite séquence/complexe valide et sa confiance de sortie |
| Programmes de conception de séquences MPNN | ProtéinesMPNN / LigandMPNN / SolubleMPNN Skills | Dépôt/points de contrôle et dépendances Python; les petits emplois CPU sont soutenus par ces instructions | Une colonne vertébrale avec des positions fixes/design explicites |
| Cadres à cellules uniques | scGPT / scvi-tools Skills | AnnData, étiquettes de cellules/genre, paquets et calcul approprié | Valider les dimensions d'entrée et les couches requises avant la formation |
| Traitement de la structure moléculaire | Molécule Connector / visionneur de molécules | Route OpenChemLib intégrée hors ligne | Enregistrer et rouvrir aspirine.mol |
| Types de fichiers | Aperçu du fichier | Extension supportée et limites de taille de prévisualisation | Ouvrir le fichier téléchargé |
| Logiciel à distance par lots | Calculer l'hôte et le calcul à distance Skills | Accès à l'hôte, planificateur et environnement nommé | Sonde d'hôte suivie d'un travail limité |
Voir Répertoire Skill pour la table de méthode complète de 23-Skill. Cette page explique l'état de préparation du logiciel; il ne fait pas double emploi avec la procédure de chaque Skill.
Inspecter l'environnement sélectionné
Utilisez Settings → Runtimes pour inspecter les interprètes Python/R. Sélectionnez l'exécution effectivement liée à la session, puis inspectez les paquets là-bas. Un exécutable installé ailleurs sur l'ordinateur n'est pas automatiquement l'interpréteur actif Notebook.
Utilisez Environnements d'exécution pour préparer un interprète et Notebook pour vérifier un calcul. Si des paquets supplémentaires sont nécessaires, vérifiez l'installation et l'importation dans cet environnement. Pour un échec de téléchargement, suivez Réseau en utilisant le nom d'hôte et l'erreur concernés.
Avant de suivre la commande d'installation d'un modèle
Lisez les exigences exactes du Skill installé et la route de configuration prise en charge de l'environnement sélectionné. Vérifier les collisions de nom de paquet : Fair-esm et l'implémentation de Biohub l'emploi sont distinctes même s'ils partagent l'espace de noms esm. Le code et les poids d'un modèle téléchargé peuvent également avoir différentes versions et conditions d'accès.
Pour un Notebook local, utilisez le flux de gestion des paquets pris en charge dans Outils scientifiques. Pour un hôte distant, utilisez Calcul à distance. Un rendu affichant un PDB prouve qu'il peut voir une structure; il ne prouve pas qu'AlphaFold ou un autre programme de prédiction est installé.
Référence de mise en œuvre: manifeste.json, COUVERTURE, portable-runtime.ts.
Utilisez Tâches en arrière-plan pour suivre les travaux de longue durée supportés et inspecter les résultats obtenus. Les paquets scientifiques doivent encore être disponibles dans l'exécution sélectionnée.