Научный каталог инструментов
Используйте этот каталог, чтобы найти точку входа Open-Science и требования к времени выполнения для научного метода. Это индекс документации, а не страница приложения, которая устанавливает каждую перечисленную программу.
Семьи программного обеспечения и где они работают
| Семейство программного обеспечения | Запись Open-Science | Настройка для проверки | Полезная первая проверка |
|---|---|---|---|
| Стандартная библиотека Python и графика | Сессия Notebook | Выбранный интерпретатор Python; построение зависимостей | Читайте настоящий QC CSV и создайте небольшой сюжет |
| R/база R | Сессия Notebook; Настройки → Runtimes → R | Включенный управляемый или обнаруженный интерпретатор приложений | Печать версии R и воспроизведение резюме образцов |
| Структурно-предсказательные рамки | Релевантный пакет Skill, обычно вычисляемый | Совместимые GPU, пакеты, весы, формат ввода и внешний доступ MSA при использовании | Одна небольшая действительная последовательность/комплекс и ее выходная уверенность |
| Программы последовательного проектирования MPNN | ProteinMPNN / LigandMPNN / SolubleMPNN Skills | Репозиторий / контрольные точки и зависимости Python; Маленькие рабочие места ЦП поддерживаются этими инструкциями. | Один костяк с явными фиксированными / конструктивными положениями |
| Одноклеточные рамки | scGPT / scvi-tools Skills | AnnData, ячейки/гены, пакеты и подходящие вычисления | Проверять входные размеры и требуемые слои перед тренировкой |
| Молекулярная структура рендеринга | Молекула Connector / молекулярный зритель | Встроенный автономный маршрут OpenChemLib | Сохраните и откройте aспирин.mol |
| Файловые рендереры | Предпросмотр файла | Поддерживаемые ограничения на расширение и предварительный просмотр | Откройте фактически загруженный файл |
| Удаленное пакетное программное обеспечение | Вычислительный хост и удаленный компьютер Skills | Доступ к хосту, планировщик и названная среда | Проверка хозяина с последующей ограниченной работой |
См. Директория Skill для полной таблицы методов 23-Skill. На этой странице объясняется готовность программного обеспечения; Он не дублирует все процедуры Skill.
Проверить выбранную среду
Используйте Settings → Runtimes для проверки доступных переводчиков Python/R. Выберите время выполнения, фактически связанное с сеансом, а затем проверьте пакеты там. Исполняемый файл, установленный в другом месте на компьютере, не является автоматически активным интерпретатором Notebook.
Используйте Среды выполнения для подготовки интерпретатора и Notebook для проверки вычисления. Если необходимы дополнительные пакеты, проверьте установку и импорт в этой среде. Для сбоя загрузки следуйте Сеть, используя затронутое имя хоста и ошибку.
Прежде чем следовать команде установки модели
Прочитайте точные требования Skill и поддерживаемый маршрут настройки выбранной среды. Проверяйте совпадения названий пакетов: честность и реализация Biohub эсм отличаются друг от друга, хотя они разделяют пространство имен esm. Код и вес загруженной модели также могут иметь различные версии и условия доступа.
Для локального Notebook используйте поддерживаемый поток управления пакетами в Научные инструменты. Для удаленного хоста используйте Дистанционные вычисления. Рендер, отображающий PDB, доказывает, что он может просматривать структуру. Это не доказывает, что AlphaFold или другая программа предсказания установлена.
Ссылка на осуществление: manifest.json, SKILL.md, Блокнот-runtime.ts.
Используйте Фоновые задачи для отслеживания поддерживаемых длительных работ и проверки полученных результатов. Научные пакеты по-прежнему должны быть доступны в выбранное время выполнения.