科学工具目录

本目录帮助你找到科学方法在 Open-Science 中的入口及运行条件。它是文档索引，不是安装所有列出程序的应用页面。

软件类别与执行位置

软件类别	应用入口	准备检查	首次验证
Python 标准库与绘图	Session Notebook	当前 Python 和绘图依赖	读取真实 QC CSV 并生成小图
R / base R	Notebook；Settings → Runtimes → R	已启用托管或检测到的解释器	打印版本并复现样本汇总
结构预测框架	对应 Skill，通常使用 Compute	GPU、包、权重、输入与适用的 MSA 服务	小范围真实序列/复合物及置信度
MPNN 序列设计	ProteinMPNN / LigandMPNN / SolubleMPNN	仓库、权重、Python 依赖；支持小型 CPU 任务	明确固定/设计位点的单骨架
单细胞框架	scGPT / scvi-tools	AnnData、细胞/基因标识、包及计算资源	训练前检查维度与所需层
分子结构绘制	Molecule Connector / 查看器	内置离线 OpenChemLib	保存并重开 aspirin.mol
文件渲染器	文件预览	扩展名与预览大小限制	打开实际下载的文件
远程批处理软件	Compute Host 与远程 Skill	主机、调度器、命名环境	主机探测后执行小任务

完整 23 个 Skill 的方法表见 Skill 目录，此处集中说明软件就绪条件。

核对当前环境

在 Settings → Runtimes 查看 Python/R，确认会话实际绑定的环境，并在该环境检查包。电脑其他位置安装了解释器，不代表 Notebook 正在使用它。

解释器准备见运行环境，计算核对见 Notebook。需要新增软件包时，在该环境中检查安装和导入。下载失败则根据受影响域名与报错，按网络说明处理。

执行安装指令前

阅读已安装 Skill 的具体要求与环境支持的安装路径。注意命名冲突：fair-esm 与 Biohub esm 共享 esm 命名空间，但不是同一个实现。模型代码和权重也可能有不同版本与访问条件。

本地 Notebook 使用科学工具的受支持包管理，远程主机参见远程计算。能打开 PDB 只证明结构查看器可用，不证明 AlphaFold 等预测程序已经安装。

实现依据: manifest.json, SKILL.md, notebook-runtime.ts。

通过后台任务跟踪适用的长任务并检查送达结果。所需科学软件仍须在选定运行时中可用。