Коннекторы и учетные данные

Connector делает инструменты службы доступными для агента. Сертификат предоставляет аутентификацию, когда эта услуга требует этого. Установка Skill или назначение тега не подключает сервис.

В управлении партиями просмотрите выбранный счетчик в нижней области действия перед применением операции. Прочитайте отзывы о завершении или отказе там, а затем проверьте полученные элементы. Выбор одной только записи не позволяет, не устанавливает и не удаляет ее.

Используйте встроенный Connector

Найти инструменты для проекта экспрессии генов

Откройте Settings → Connectors, найдите Архивы Omics и откройте его детали. Это встроенное семейство включает в себя инструменты GEO, ArrayExpress, MetaboLights, MGnify и PRIDE. Расширьте ряд инструментов, прежде чем выбрать его.

geo_get_series возвращает метаданные серии GEO, образцы, платформы и URL-адреса дополнительных файлов. Загрузите необходимую таблицу данных из возвращенного источника и прикрепите ее к вашему проекту, прежде чем запрашивать расчет.

Назначьте тег, такой как Транскриптомика, на Connector, а затем найдите его под Settings → Tags. Теги организуют ресурсы без изменения доступа или одобрения инструмента.

Состояние	Что он устанавливает	Следующая проверка
Перечислен в Directory	Приложение знает определение Connector	Прочитайте его реальные описания инструментов
Main / Только в использовании	Доступность агента	Подтвердить предполагаемый агент и способность связывания
Полномочия, выбранные	Названное связывание существует	Проверка подлинности на предполагаемую услугу
Политика в отношении инструментов	Допускаются ли звонки, запрашиваются или блокируются	Проверка запомнила приоритет разрешения
Успешный результат инструмента	Конкретный звонок завершен	Проверка возвращенных идентификаторов/данных и источника

Встроенные элементы управления Connector

Используйте Search connectors для поиска PubMed в разделе Directory; В список также входят группы Featured и Custom. Фильтрация применяется для каждой группы, поэтому другая группа может сказать Никакие разъемы не соответствуют вашему поиску, в то время как соответствующий результат остается видимым ниже.

Используйте Filter connectors by group, Filter Connectors by agent и Filter by Tag вместе с поиском. Manage credentials открывает общие настройки контактной почты / учетных данных. Used by показывает доступность; Manage Tags организует Connector. Переключатель доступности позволяет получить доступ к Main Агенту. Доступ настраивается отдельно для каждого специалиста.

Включить или отключить несколько разъемов

Откройте Settings → Connectors → Manage, отфильтруйте список и выберите нужные Коннекторы. Просмотрите выбранный счет, прежде чем включить или отключить их, а затем проверьте каждое возвращенное состояние. Поддерживайте только те услуги, которые необходимы для вашей работы. Изменения в доступности пакетов не предоставляют учетные данные, не меняют политику одобрения каждого инструмента или не предоставляют доступ к Specialist; Настройте их отдельно.

PubMed: доступность, инструменты и политика одобрения

1. Найдите PubMed и откройте его детали.
2. Расширьте search_articles, чтобы прочитать его описание. Он возвращает счет и страницу PMIDs и поддерживает теги запросов PubMed, булевы операторы, даты и сортировку.
3. Выберите Require approval, Block или Always allow для доступа, который вы хотите разрешить. Требуется разрешение дисплеев Ask when no Session, Project, or Global permission applies.
4. Включите PubMed и проверьте Used by Доступность для Main показана как Main only; Доступность для инвалидов показывает Not in use.

В подробностях перечислены search_articles, get_article_metadata, find_related_articles, lookup_article_by_citation, convert_article_ids, get_full_text_article и get_copyright_status. Выберите Always allow, Require approval или Block для каждого инструмента. Просмотрите отдельный коммутатор Connector-wide Skip approvals, прежде чем включить его. Открытие описания отображает только инструкции инструмента.

Каталог разместил PubMed под Directory, а его деталь отображала значок Featured. Размещение каталога и значки не указывают статус подключения к учетной записи.

Запустите небольшой поиск метаданных GEO

Запустите небольшой поиск метаданных GEO

Практический пример Поиск метаданных выборки GSE60450 в GEO

1. Вернитесь на исследовательскую сессию и подтвердите наличие рабочей модели и архивов Omics.
2. Задать вопрос: Use Omics Archives geo_get_series to retrieve GSE60450 metadata. Report the title, organism, sample count and source-identified sample characteristics. Do not download count tables or run a new expression analysis.
3. Проверить запрашиваемый Connector/метод и аргументы, прежде чем разрешить его. Инструмент ожидает массив accessions; Угадываемое единственное поле неверно.
4. Проанализируйте реальный результат. Для этого присоединения проверьте возвращенные GSE60450, Муса мускулы, Образцы 12 и заголовок «Транскриптомный анализ люминальных и базальных клеточных субпопуляций в лактирующей по сравнению с беременной молочной железой».
5. Сохраняйте возвращенные GSM-идентификаторы с их характеристиками. Не делайте вывод о отображении на MCL1 колонки матрицы только из сходства.

Возвращенный диапазон выборки был GSM1480291-GSM1480302, охватывающий люминальные / базальные популяции и девственные, 18.5-дневную беременность и 2-дневную стадию лактации. Это возвращаемые метаданные, а не ярлыки, полученные из итогов подсчета. Полная двенадцатирядная таблица ответов была загружена как geo-sample-metadata.csv. Это экспорт разговорного стола, отдельно от управляемых артефактов QC.

Если файл команд Connector не может быть прочитан, сохраните ошибку EPERM и проверьте включенный Connector и текущий сеанс. Подтвердите рабочие поля в Параметры Connector перед повторным использованием. Действительный запрос метаданных возвращает структурированные записи; Он не загружает таблицу исходных текстов или не выполняет анализ.

Добавить разъем: общие поля идентификации

Add connector предлагает Local command, Remote server и Import configuration. Первые два открывают редактор с селектором типов, а Advanced settings выставляет дополнительные поля. Скриншоты используют иллюстративную конечную точку; Подключите сервер, который вы собираетесь использовать.

Полное поле	Цель
Тип коннектора	Переключение между локальным процессом и удаленной конечной точкой.
Имя отображения	Имя указано в UI.
Продвинутое имя Connector	Имя, используемое в host.mcp, связывания Specialist и сгенерированный MCP Skill; По возможности генерируется из имени дисплея.
ID коннектора	Факультативный стабильный идентификатор, генерируемый там, где это возможно. Изменяемый до создания, неизменный после.
Описание	Опциональное объяснение предоставленных данных/действий.
Я доверяю этому коннектору	Требуется подтверждение доверия перед добавлением пользовательского Connector. Он не проверяет работу сервиса и не делает его код безопасным.
Отмена / Обратно в разъемы	Оставьте форму. Это не спасает проект.
Добавить разъем / Добавить и войти	Сохраните действительную конфигурацию и, для OAuth, начните вход. Кнопка остается отключенной, в то время как требуемые поля, привязки или доверие отсутствуют.

Локальная команда

Command предлагает npx — Node package, uvx — Python (uv), node — script file, python3 — script file, docker — container и Other…. Другие выставляют Custom command для абсолютного исполняемого пути.

Продвинутый вход	Операция
Аргументы	Один аргумент за строку; Сохраняются пробелы и пустые линии. Очистите поле, чтобы удалить все аргументы. Не думайте, что команда с разделенной оболочкой разбита на несколько аргументов.
Имя переменной	Назовите переменную окружения, затем выберите / создайте его учетные данные.
Добавить переменную / Удалить переменную	Добавить или удалить поименованное связывание.
Поля / Текст	Введите имена как структурированные строки или один KEY= на линию; Тайные ценности живут в верительных грамотах.
Командный предварительный просмотр	Осмотрите пусковую установку, показанную после привязки.

Одна только пусковая установка не доказывает, что ее исполняемый файл или услуга работают. Используйте вызов ниже, чтобы проверить импортную команду.

Удалённый сервер

Введите реальный Server URL, предоставленный оператором сервера. https://example.org/mcp на этих скриншотах является иллюстративным адресом зарезервированного домена, а не рабочей конечной точкой MCP.

Advanced → Transport по умолчанию Streamable HTTP. Authentication предлагает None, OAuth (browser sign-in) и Static headers.

Статические заголовки

Текущий редактор связывает названные учетные данные; Это не просто текстовая область секретной ценности.

1. Выберите Static headers.
2. Введите Header name, например Authorization.
3. Выберите или создайте соответствующий Credential. Селектор отключается до тех пор, пока заголовок не получит имя.
4. Используйте Add header для другой строки или Remove header, чтобы отбросить строку.
5. Поля / Текст меняет способ ввода имен. Текстовый режим ожидает одно имя заголовка на строку как Name:; Ценности учетных данных управляются отдельно.

OAuth-связывающий

Выберите OAuth credential, соответствующий URL-адресу ресурса, транспорту и регистрации. New credential открывает Редактор учетных данных. В этом пустом профиле форма сообщала No OAuth credential matches this Connector's resource URL, transport, and registration. Окончательное действие изменяется на Add and sign in.

Испытания на импорт, экспорт и подключение

Выберите Add connector → Import configuration и выберите один файл JSON до 256 KB. Импортер принимает конфигурацию Open-Science Connector или клиентский файл MCP, содержащий mcpServers.

1. Для многосерверного файла выберите запись в MCP server. Вы просматриваете и добавляете один сервер за раз. Проверьте его имя, идентификатор, транспорт и команду аргументов после переключения записей.
2. Прочитайте диагностику. Абсолютные пути могут быть изменены на другом компьютере. Величины учетных данных исключаются из импорта.
3. Выберите Use configuration, чтобы открыть предварительно заполненный редактор. Просмотрите каждое поле, свяжите необходимые локальные учетные данные и выберите I trust this connector.
4. Выберите Add connector, проверьте состояние соединения в списке, а затем выберите небольшой инструмент для чтения.

Когда импортированный сервер ссылается на переменную среды, такую как QC_EXAMPLE_TOKEN, привяжите это имя к учетным данным, хранящимся на этом устройстве. Add остается недоступен до тех пор, пока не будут выполнены обязательные привязки. После добавления проверьте Connected и выполните предназначенный инструмент. Сохраненное привязывание само по себе не подтверждает удаленную аутентификацию.

Позвоните в get_dataset_summary, а затем передайте один возвращенный полный идентификатор образца get_sample_qc. Сравните ответ с Базовый уровень QC. Этот сервер возвращает сохраненные суммарные значения; Он не пересчитывает исходную матрицу. Реализация сервера описана в Создать пользовательский инструмент.

Экспорт и реимпорт

Выберите строку Actions → Export, выберите Open Science Connector или MCP client config, проверьте предварительный просмотр и выберите Save configuration.

Фактический экспортируемый файл сохранил имя переменной в required_secrets.environment. В нем не было демонстрационной ценности, местного доверия или разрешений. Реимпорт требует локального отбора учетных данных и доверия.

Когда тот же идентификатор уже существует, предварительный просмотр сообщает Пользовательский Connector с ID... уже установлен, а Use configuration недоступен. использовать Edit для изменения существующего соединения; Импорт не является операцией перезаписи.

При восстановлении экспортируемого соединения проверьте предварительно заполненные поля и снова свяжите необходимые именованные учетные данные. Полное доверие и тестирование ограниченного вызова перед использованием его в исследованиях. Импорт не перезаписывает существующий Connector с тем же идентификатором.

Полномочия: услуги и секреты многоразового использования

Создавайте и управляйте секретами в Сертификаты службы, затем выберите их имена в окружении, заголовке или OAuth-связях. На новом устройстве восстановите эти привязки и заполните вход службы перед тестированием соединения. Экспорт содержит ссылки на конфигурацию, а не полезные секреты или местное доверие.

Поиск ошибки HTTP

Для ответов 400, 401, 403, 404, 429 или 5xx используйте Таблица устранения неполадок HTTP. Сохраняйте службу реагирования и ее подробное сообщение с кодом состояния.