Научные базы данных

Используйте эту страницу, чтобы выбрать источник данных, понять, что он может вернуть, и сделать свои инструменты доступными в Open-Science. Примеры пошаговых исследований со скриншотами и выходными файлами см. в Исследовательские процессы.

Поддерживаемые базы данных

Open-Science v1.0.5 включает 48 встроенных коннекторов и 418 операций: 47 коннекторов источников данных предоставляют 416 операций, а один автономный коннектор Molecule — ещё две. Названия ниже соответствуют пунктам Settings → Connectors. Один коннектор может охватывать несколько баз данных. Наличие источника в списке не означает поддержку всех функций его сайта.

В общее число входят все встроенные коннекторы, включая отключённые. Коннекторы MCP, добавленные пользователем, учитываются отдельно. Число коннекторов, охваченных баз данных и доступных операций — разные показатели.

Коннектор	Источники	Операции	Используйте его для
Chemistry · chemistry	PubChem, ChEBI, Rhea, BindingDB, LIPID MAPS, UniChem	14	Химия малых молекул через PubChem, ChEBI, Rhea и BindingDB.
Literature Graph · literature	OpenAlex, arXiv, Crossref, DataCite	13	Документы, авторы, цитаты, обновления DOI и записи набора данных / программного обеспечения.
PubMed · pubmed	PubMed, PMC, Europe PMC, PubTator 3	9	Биомедицинская литература через NCBI E-utilities, PMC ID Converter и Europe PMC — поиск, метаданные, связанные статьи, поиск цитирования, преобразование идентификаторов, полный текст и авторское право.
Genes & Ontologies · genes	HGNC, MyGene, UniProt, OLS, QuickGO, Reactome, g:Profiler, Enrichr	20	Идентификаторы генов/белков, открытие последовательности UniProt, аннотации GO и Reactome и g:Profiler и обогащение набора генов Enrichr.
Геномы · genomes	NCBI Datasets, NCBI BLAST, EMBL-EBI Job Dispatcher, Ensembl, UCSC	22	аннотация генома, гомология и последовательность; NCBI taxon/assembly/sequence identity; Поиск BLAST и выравнивание множественных последовательностей Clustal Omega; Популяционно-специфические варианты LD и прокси.
Варианты · variants	gnomAD, ClinVar, dbSNP, MaveDB	22	Частоты населения, клинические записи и специфические для анализа функциональные оценки, картографирование и эксперименты.
Clinical Trials · clinical-trials	ClinicalTrials.gov	7	Открытие проб, протоколы и опубликованные измерения результатов, знаменатели групп, статистика и неблагоприятные события.
Clinical Genomics · clinical-genomics	ClinGen, CIViC, Open Targets, ClinPGx, DGIdb	32	Базы знаний клинической геномики: курации ClinGen, клинические данные CIViC и платформа Open Targets, а также фармакогеномные записи ClinPGx.
Структуры и взаимодействия · structures	PDB, PDBe, AlphaFold, EMDB, Complex Portal, IntAct, OmniPath	20	Структуры и молекулярные взаимодействия — структуры PDB, предсказания AlphaFold, записи крио-EM EMDB, комплексы Complex Portal, сети взаимодействия IntAct.
ХЕМБЛ chembl	ChEMBL	7	Биоактивные соединения, лекарства, мишени, биоактивность и механизмы с помощью ChEMBL REST API.
bioRxiv · biorxiv	bioRxiv, medRxiv, ROR	7	BioRxiv/medRxiv препринты — поиск по дате/категории, метаданные по DOI, ссылки на публикации в журналах, списки спонсоров и статистика платформы.
Регулирование лекарственных средств · drug-regulatory	openFDA	11	Drugs@FDA, ярлыки, отчеты о неблагоприятных событиях FAERS и отзыв лекарств.
Генетика человека · human-genetics	GWAS Catalog, eQTL Catalogue, PheWeb	15	Доказательства генетической ассоциации человека — каталог GWAS, каталог eQTL и порталы PheWeb PheWAS (FinnGen, BioBank Japan).
Выражение · expression	GTEx, Bgee	16	экспрессия тканей человека GTEx и eQTL; Bgee кросс-видовая базовая экспрессия.
Белковая аннотация · protein-annotation	InterPro, Pfam, Human Protein Atlas, STRING	14	Архитектура белковых доменов, членство в семье / клане, экспрессионный атлас и сети взаимодействия через InterPro / Pfam, Атлас белков человека и STRING, включая обогащение сетевого взаимодействия.
Раковые модели · cancer-models	cBioPortal, DepMap / CCLE	15	Исследования, мутации, количество копий, образцы, пациенты, клинические атрибуты и молекулярно-профильная экспрессия.
RNA · rna	Rfam, RNAcentral	11	Некодирующие данные семейства РНК (метаданные, выравнивания, модели, структуры) через Rfam.
Omics Archives · omics-archives	ArrayExpress, GEO, ENA, MetaboLights, Metabolomics Workbench, MGnify, PRIDE	28	Omics изучает/запускает метаданные и кадастры файлов; образцы метаболомики, факторы, анализы и сложные записи.
CellGuide · cellguide	CELLxGENE	5	Идентификация клеточного типа, маркерные гены, наборы исходных данных и ткани с помощью CELLxGENE CellGuide.
Regulation · regulation	ENCODE, JASPAR, UniBind	16	Функциональная геномика генной регуляции — эксперименты ENCODE / биосамплы / файлы, профили связывания JASPAR TF и UniBind ChIP-seq TFBS.
Research Resources · research-resources	Grants.gov, Antibody Registry	5	Поиск возможностей финансирования (Grants.gov) и поиск каталога антител (Реестр антител).
BioMart · biomart	Ensembl BioMart	8	Запросы атрибутов Ensembl BioMart и перевод идентификаторов.
ZINC · zinc	ZINC	5	ZINC22 - покупаемое химическое пространство (CartBlanche22) - комплексный поиск по идентификатору ZINC, поиск точного / сходного SMILES, разрешение кода поставщика, случайная выборка, 3D-структура местоположения для стыковки.
GDC · gdc	Genomic Data Commons (GDC)	5	Раковые проекты, случаи, метаданные файлов, открытые/контролируемые ярлыки и трансферные манифесты; Без гранта на загрузку или доступ.
Zenodo · zenodo	Zenodo	2	Публичный набор данных, обнаружение программного обеспечения и публикаций, метаданные и кадастры файлов для конкретных версий; Не загружать и не загружать.
HMMER; hmmer	HMMER3, EMBL-EBI	3	Программно-специфический поиск белка/профиля/выравнивания, статус работы и результаты.
InterProScan · interproscan	InterProScan, EMBL-EBI	3	Отправьте последовательности белков, проверьте статус аннотации-работы и получите отчеты TSV.
Pathway Commons · pathway-commons	Pathway Commons, Reactome	4	Поиск по дорожке, верхние пути, запросы графов и экспорт субмодели BioPAX.
Alliance Genome Resources · alliance	Alliance of Genome Resources	8	Гены человека и модельного организма, ортологи, модели болезней, фенотипы, аллели и экспрессия.
CELLxGENE Discover · cellxgene-discover	CELLxGENE Discover	9	Одноклеточные коллекции и наборы данных, опубликованные версии, форматы файлов, размеры и URL-адреса загрузки.
Cellosaurus · cellosaurus	Cellosaurus	6	Найдите имена и синонимы сотовых линий, а затем проверьте идентичность присоединения и аннотации качества.
Monarch Initiative · monarch	Monarch Initiative	2	Заболевания/ген-фенотип ассоциации с организмом и подтверждающие доказательства.
IEDB · iedb	IEDB	8	Эпитопы, антигены, анализы Т-клеток, В-клеток и МНС, доказательства TCR/BCR и публикации источников.
PDC · pdc	PDC	5	Рак-протеомика изучает версии, образцы ссылок, публичные клинические метаданные и кадастры файлов; без загрузки.
ENCORI · encori	ENCORI	10	Мишени miRNA/RBP, РНК-взаимодействия, ceRNA, мотивы, сайты связывания, справочные таблицы и объемные файлы.
Orphadata · orphadata	Orphadata, Orphanet	2	Генные ассоциации редких заболеваний и частоты фенотипа HPO; отключены по умолчанию.
TCIA · tcia	TCIA, NBIA	3	Коллекции изображений, условия доступа и метаданные серий.
KEGG · kegg	KEGG	3	Пути, соединения и сопоставления генов; действуют условия лицензии.
RxNorm / RxNav · rxnorm	RxNorm, RxNav	2	Разрешение названий лекарств и свойства активных понятий.
DailyMed · dailymed	DailyMed	2	Идентификаторы инструкций к лекарствам и история версий.
BioSamples · biosamples	EMBL-EBI BioSamples	2	Открытые метаданные образцов и перекрёстные ссылки.
WikiPathways · wikipathways	WikiPathways	2	Метаданные путей, виды и версии.
Europe PMC · europepmc	Europe PMC	1	Прямой поиск литературы, аннотации и постраничная выдача.
Research Datasets · research-datasets	NHANES, CHARLS, CHNS, SEER, MIMIC, eICU, GBD	3	Условия доступа к данным и поиск открытых файлов.
ChEA3 · chea3	ChEA3	2	Ранжирование транскрипционных факторов и ссылки GMT.
bioDBnet · biodbnet	bioDBnet	6	Преобразование идентификаторов, ортологи и пути.
CTD · ctd	CTD	1	Официальные открытые отчёты и условия доступа.

Офлайн-инструменты Molecule представлены в Научные зрители. Для точных операций, выполняемых каждым источником данных, используйте Операционный справочник Connector.

Что вы можете сделать

Исследовательская задача	Начнем с	Типичный выход
Найти документы, отследить цитаты и проверить отношения DOI	Литературный график, PubMed, bioRxiv	Литературные записи, идентификаторы, ссылки на цитирование и полнотекстовая доступность
Найти гены или белки и сравнить последовательности	Гены и онтологии, геномы	Картографирование идентификаторов, белковые записи, отчеты FASTA и BLAST
Откройте для себя общедоступные данные омики и проверьте доступные файлы	факультативный; По умолчанию: 5	Изучение/запуск метаданных и кадастров файлов с указанием мест, размеров и имеющихся контрольных сумм источников
Интерпретировать список генов или проверить сеть взаимодействия.	Гены и онтологии, белковая аннотация	Таблицы обогащения, онтологические аннотации и сетевые записи
Проверить варианты, выражения и нормативные доказательства	Варианты, клиническая геномика, генетика человека, экспрессия, регуляция	Записи источников с организмом, тканью, справочной сборкой и соответствующими полями доказательств
Ретривное соединение, структура или записи клинических исследований	Химия, ChEMBL, структуры и взаимодействия, клинические испытания	Химические идентификаторы/свойства, структурные записи и метаданные испытаний

Для преобразования пакетных идентификаторов Гены и онтологии добавляет submit_uniprot_id_mapping, get_uniprot_id_mapping_status и get_uniprot_id_mapping_results. Сохраните идентификатор вакансии, проведите опрос с интервалом не менее трех секунд, а затем извлеките каждую страницу результатов. Сохраняйте отображения один-ко-многим и явный failed_ids; Отсутствовать на одной странице не значит быть непревзойденным. Сервис принимает до идентификаторов 100,000 и истекает через семь дней. Смотрите Точные картографические поля.

Зенодо раскрывает метаданные публичных записей без аутентификации. Сохраняйте идентификатор записи для конкретной версии и поля доступа / лицензии с инвентарем файлов. ГДК раскрывает общедоступные метаданные; Манифест не является авторизацией загрузки, а контролируемые файлы требуют разрешения GDC. Операции GDC · Операции Zenodo.

Реакция базы данных может поддерживать этап исследования; Он не загружает данные автоматически, не добавляет каждую статью в библиотеку литературы и не проводит полный анализ. Укажите, какие записи и файлы вы хотите сохранить.

Регуляторные данные РНК с ENCORI

Найдите ENCORI в Settings → Connectors, включите его и сделайте его доступным для Главный агент. Этот встроенный источник не требует пользовательского URL-адреса MCP или ключа API. С помощью выбранной рабочей модели Main укажите в разговоре пороги организма/сборки, РНК или гена-мишени, типа клеток и доказательств.

Задача	Результат и граница
miRNA, RNA-RNA, RBP-целевой и ceRNA запросы	Сохранить применимые доказательства CLIP, деградомы, программы прогнозирования, p-значения и FDR; Привязка или ассоциация не устанавливает причинно-следственную регуляцию.
Доказательства болезни RBP, мотивы и сайты связывания	Сохранить сборку, тканевый/клеточный контекст, порядок вверх по течению и исходные координаты; Не смешивайте виды и не координируйте системы.
Справочные таблицы и объемные данные	Сначала перечислите точные пути таблицы или имена файлов. Загрузка пакета отдельная: укажите файл, пункт назначения и необходимое хранилище перед его запросом.

Практический пример Запрос микроРНК для PDCD4 в HeLa

Use ENCORI to find human miRNA interactions targeting PDCD4 in HeLa cells,
using hg38, mRNA targets, at least one CLIP experiment and TargetScan support.
Show at most two rows. Preserve the exact filters, total count and full raw
response in the session data folder. Explain the evidence limits in English.
Do not download bulk datasets.

Этот запрос возвращал записи 19; Первые два были hsa-miR-23a-3p и hsa-miR-181a-5p. Скриншот показывает сохраненный полный необработанный ответ и пределы доказательств. Это конкретные результаты и могут меняться по мере обновления базы данных.

Отличить total_records от returned_records и проверить is_complete, result_scope и completeness_note. Предварительный просмотр не является полным целевым распределением. Полный ответ raw_response_path - это локальный путь файла, а не автоматически загружаемый артефакт сеанса. Чтобы поделиться им, попросите агента сохранить его в доступном каталоге данных сеанса и прикрепите файл; Откройте приложение, чтобы проверить его содержимое.

Запрос может вернуть подлинный пустой результат или ok:false. Не расширяйте фильтры, чтобы получить удар. После массовой загрузки проверьте фактический путь, размер и verified_gzip. Чтение справочных таблиц или перечисление наборов данных не загружает файлы. Операции ENCORI для точных параметров.

Анализ контекста и индивидуальных представлений

Вступление	Процедура	Граница толкования
Требования и ограничения	Включить Connector; Ключ API не требуется. Бери. assay_chembl_id из отчета о биоактивности, осмотреть метод, организм, клетку/тканю и цель с помощью get_assayзатем извлекать get_bioactivity Идентификатор того же теста.	Уверенность в назначении цели не является качеством измерения. Сравните условия, единицы и операторы связи перед объединением значений IC50/Ki.
Variants → ClinVar	Настройка реального контактного письма NCBI в Connector; Ключ API является необязательным. Звони. clinvar_get_submissions с VCV присоединением или положительным идентификатором вариации, затем следуйте версии next_page аргументы.	Сохраните SCV, отправителя, состояние, дату оценки, метод и цитаты. Сравните зародышевую линию, соматическое клиническое воздействие и онкогенность отдельно.

Страницы ChEMBL заказываются activity_id. Сохраняйте фильтры неизменными и передайте next_offset в качестве следующего offset до has_more:false. Это может принести больше, чем 1,000. summary охватывает только текущую страницу, поэтому его самая сильная активность не обязательно самая сильная в полном запросе. После того, как ClinVar решит последнюю версию первой страницы, сохраните возвращенную версию VCV для продолжения. Не заменяйте ввод RCV, SCV или rsID.

Поля анализа ChEMBL · Начало биоактивности · Положения ClinVar для подачи заявок.

Одноклеточные, модельно-органические и вариационно-эффектные данные

Поиск записей ниже в Settings → Connectors, обеспечение доступности для Главный агент, а затем описание организма, вопросы исследования и записи, чтобы сохранить в разговоре. Эти новые операции считывают общедоступные данные без пользовательского сервера MCP, ключа API или контактной электронной почты NCBI. Другие сервисы в той же Connector могут иметь разные требования.

Вступление	Что он может сделать	Как использовать результаты
CELLxGENE Discover	Найти одноклеточные наборы данных по организму, ткани, болезни, анализу или типу клеток; Проверять версии и составлять кадастры	Фильтры онтологии используют точные метки или идентификаторы и объединяются с И. Сохранить dataset_version_id для фиксированной публикации; dataset_id соответствует текущей версии. Возвращает доступные URL-адреса загрузки, без загрузки файлов или запроса матриц экспрессии переписи. Используйте отдельный CellGuide для описаний и маркеров клеточного типа.
Alliance Genome Resources	Запросить гены человека, мыши, крысы, мухи, червя, рыбок данио, дрожжей и лягушек, ортологи, модели заболеваний, фенотипы и экспрессию	Ищите и подтвердите организм, прежде чем следовать за возвращенными идентификаторами генов. Сохранить доказательства и строгость орфологии; Фенотип модели-организма не является результатом заболевания человека.
Варианты MaveDB	Найдите наборы баллов с вариантным эффектом, методы анализа, страницы с оценками CSV и существующие отображения VRS	Храните URN, лицензию, методы анализа и калибровку баллов. Функциональные оценки не являются клиническими классификациями патогенности. CSV использует начальную/ограниченную пагинацию и возвращаемый текст все еще нуждается в сохранении в файле. Картографический поиск не выполняет подъем.
Архивы Omics → Metabolomics Workbench	Поисковые исследования; проверять образцы, факторы, анализы и метаболиты путем присоединения к ST; Поиск сложных структур и перекрестных ссылок	Выберите резюме, факторы, анализ или метаболиты с разделом. Сначала разрешите сложные имена через PubChem в поддерживаемые идентификаторы. Эти операции не загружают необработанные матрицы измерений.

Фильтрация и пагинация CELLxGENE выполняются локально по каталогу вверх по течению, выбранному для каждого запроса; Каталог может меняться между запросами. Используйте идентификаторы версий для сохранения публикации. Незарегистрированный размер файла -1, а не нулевые байты. Сохранить недостающие значения и определения анализа в результатах MaveDB и Workbench.

См. точные входы для CELLxGENE Discover, Альянс, MaveDB и Metabolomics Workbench.

Клетки, фенотипы и иммунные доказательства

Включите Cellosaurus, Monarch Initiative или IEDB в Settings → Connectors и сделайте его доступным для Главный агент. Эти операции запрашивают публичные записи без пользовательского сервера или ключа API.

Вступление	Что запрашивать	Что сохранить
Cellosaurus	Поиск по имени/синониму сотовой линии, затем извлечение возвращенного присоединения CVCL или RRID	Виды, идентификация, синонимы и аннотации к загрязнению/неправильной идентификации. Поиск занимает буквальную фразу, а не сырой запрос Solr. Недостающие аннотации качества не сертифицируют линию сотовой связи.
Monarch Initiative	Болезни или ассоциации фенотипа генов с использованием канонических CURIE, таких как MONDO: 0007254 или HGNC: 11998	Организм, фенотип, источник и доказательства. Алиасы не конвертируются автоматически; Сначала определите идентификаторы. Прямое совпадение касается сопоставления идентификаторов, а не экспериментального подтверждения.
IEDB	Эпитопы или антигены, или специфический анализ Т-клеток, В-клеток или МНС	Требуется, по меньшей мере, один биологический/доказательный фильтр. Одной только пагинации недостаточно. Используйте antigen_iri или uniprot_accession, а не оба. Сохранить метод анализа, результат, единицы и публикацию; Наблюдение элюации MHC не является измерением аффинности.

Агрегированная запись эпитопа/антигена может объединять наблюдения из различных экспериментов. Когда фильтры должны быть удовлетворены тем же экспериментом, запросите соответствующую операцию анализа. Нулевые совпадения не устанавливают отрицательный биологический результат. Параметры Cellosaurus · Параметры Монарха · Параметры IEDB.

Найти матрицы GEO и структуры, соответствующие последовательностям

Omics Archives → geo_get_matrix_files обнаруживает официальные файлы GEO Series Matrix и NCBI-генерированные графы / FPKM / TPM / аннотации. возвращает расположение файлов; Он не загружает байты. geo_get_series остается поиском метаданных.

После получения матрицы geo_preflight_matrix проверяет уже прочитанный, декомпрессированный текст вплоть до 8 MiB. Не имеет доступа к сети или файловой системе. Сохраняйте идентификаторы GSM и метаданные платформы, чтобы образцы можно было сопоставить по ID, а не по столбцу. Установите Полное: ложное для предварительного просмотра; Пройдите Полное: истинное для всего файла. Предварительный просмотр не может установить целые размеры файла. Не подавайте сжатый архив, разреженную матрицу или файл HDF5 в текстовую проверку. Открытие матрицы и текстовый предполет.

Structures & Interactions → pdb_search_sequence принимает одну белковую последовательность остатков 25-10,000 в качестве сырой последовательности или одной записи FASTA. Пороги идентификации и покрытия запросов представляют собой фракции от 0 до 1. Возвращенное покрытие запроса описывает выравнивание с запросом; Это не экспериментальная структура покрытия. Общий поток предшествует локальной фильтрации покрытия, а ограниченное сканирование может опустить более поздние совпадения. Операция находит записи структуры без скачивания координат. Смотрите Точные входы и пределы сканирования.

Подключитесь и начните использовать базу данных

1. Включите встроенный Connector

1. Откройте Settings → Connectors и найдите семейство, указанное выше, например факультативный; По умолчанию: 5.
2. Откройте его детали и расширьте Tools. Ознакомьтесь с входами выбранной операции, лимитами результатов и требованиями третьих сторон.
3. Включите доступность для Главный агент и проверьте Used by. Используйте Manage access на ресурсе для настройки ассоциаций Main Agent и Specialist. Политика в отношении наличия и утверждения каждого инструмента представляет собой отдельный контроль.

Эти коннекторы встроены в Вам не нужно добавлять пользовательский сервер для них. Для внешнего сервиса, которым вы управляете самостоятельно, см. Настройка Connector. Перечисленный или включенный Connector не является доказательством успеха аутентификации или запроса.

2. Добавляйте учетные данные, когда операция требует их

Обслуживание или состояние	Где его настроить
OpenAlex	Опциональный ключ. Чтобы настроить один, откройте Settings → Connectors → Literature Graph → Manage credentials → OpenAlexОправдайте его, а затем спасите.
Прямые варианты запросов NCBI, требующие контактной информации	Settings → Connectors → Manage credentials → Literature access. Заполнить Contact email и выберите Save. Ключ NCBI API является необязательным.
Еще одна операция с требованием к учетным данным	Следуйте требованиям этого инструмента и Руководство по учетным данным. Привяжите учетные данные к предполагаемой услуге.

Введите ключи в форме учетных данных, а не в запросе на исследование или общем выходном файле. Настройка требований к выбранной операции; Вышеприведенное требование к контактной электронной почте не означает, что каждый инструмент NCBI имеет одно и то же требование.

Литературный Граф также предлагает crossref_get_work, crossref_get_updates, datacite_search_records и datacite_get_record. Эти четыре метода не требуют ключа OpenAlex. Для направления цитирования OpenAlex openalex_citations находит работы, ссылающиеся на работу, а openalex_references находит работы, которые он цитирует. График литературы Параметры.

3. Подтвердите доступ с помощью небольшого запроса

Включите Гены и онтологии, откройте разговор с подключенной моделью и отправьте:

Пример Проверьте известный идентификатор гена человека

Use Genes & Ontologies query_genes to resolve TP53 with scopes="symbol",
species="human" and fields="symbol,name,entrezgene". Return the input query,
matched records and any unmatched identifiers. Keep the response in English.

Проверьте фактический результат инструмента. Для человека TP53 проверьте query, symbol, Entrez Gene 7157 и имя опухолевый белок p53. Сохраняйте несколько совпадений, пока не подтвердите организм и не запишите. Успешный запрос подтверждает эту конкретную операцию; Он не обеспечивает доступ ко всем источникам. Точные поля.

Следите за исследовательским рабочим процессом

Каждая статья ниже включает в себя входные данные, шаги, фактические скриншоты английского интерфейса и загружаемые примеры выходов.

Найти публичные омические данные

Найдите общедоступные данные омики и создайте инвентарь файлов: начните с известного запуска или темы, проверьте записи ENA и PRIDE и сохраните местоположение источника и контрольные суммы. Загрузка данных остается отдельным шагом.

Сравнить белковую последовательность

Найдите последовательность белка и заполните поиск BLAST: получить UniProt FASTA, сохранить BLAST ID работы, а затем проверить завершенные выравнивания, идентификатор и покрытие запроса.

Анализ генного набора кандидата

Функциональное обогащение для набора генов-кандидатов: выберите организм, идентификаторы и фон, запустите g:Profiler и интерпретируйте исправленные вероятности с исходными версиями.

Подтвердить референсный геном

Проверить виды, ссылочный геном и хромосомные идентификаторы: устраняйте таксоны, ассемблеры и псевдонимы хромосом перед присоединением к записям.

Проверить сеть Pathway

Проверить путь и его сеть взаимодействия: найдите путь Reactome человека через Pathway Commons, сохраните его возвращенный URI, экспортируйте взаимодействия и отличайте выбранную сеть от доказательств активности пути.

Для других задач следуйте Структурированные записи PubChem, перекрестная проверка научных записей или Открытие литературы для группового собрания.

Правильно используйте возвращенные данные

• Сохраняйте запрос, источник, организм, ткань, единицы и версии присоединения. Записи баз данных, прогнозы и полученные резюме являются различными видами доказательств.
• Проверьте обратные подсчеты, флаги пагинации и усечения, прежде чем рассматривать ответ как полный. Нулевые совпадения, частичный ответ и ошибка запроса требуют различных последующих действий.
• Инвентарь файлов предоставляет местоположения и метаданные. Загрузка байтов, проверка контрольных сумм и анализ данных являются отдельными операциями.
• Если запросу нужны учетные данные, заполните соответствующую форму перед повторным использованием. Для ограничения тарифов следуйте за задержкой услуги; Для тайм-аутов уменьшите размер запроса. Смотрите устранение неполадок.

Частоты населения и сети взаимодействия

Для get_variant установите include_populations: true только тогда, когда нужны данные о населении. Сохраняйте набор данных и сборку ссылок. Наблюдения экзома и генома остаются отдельными. Недоступное значение - null, а не ноль. Перекрывающиеся популяционные или половые слои не должны суммироваться. Это наблюдаемые частоты, а не фильтрующие частоты аллелей. Параметры Гномада

Из v0.31.0 get_string_network.nodes включает в себя возвращенные соседи и изолированные отображенные входы. - единый отображаемый входной запрос соседей; Несколько отображенных входов не расширяются. Фильтр is_query для восстановления входных узлов и использование queries для всех отображенных псевдонимов. n_nodes подсчитывает график; n_mapped подсчитывает входные отображения. Обновляйте сценарии, которые приравнивали два, прежде чем повторно использовать их. Параметры стринга

Найти параметры работы

Операционный справочник Connector перечисляет необходимые входы, допустимые значения и точные вызовы. Используйте эту страницу, чтобы выбрать источник и подключить его; Используйте ссылку для полей конкретного инструмента.

Источник каталога: catalog.ts, registry.ts.

Поиск последовательности и выравнивание

ГММЕР обеспечивает программно-специфическую белковую последовательность, профиль-HMM и поиск выравнивания. Выберите программу и базу данных вместе, сохраните идентификатор задания и получите результаты только после Успех. Операции МММЕР.

InterProScan поддерживает представление белковой последовательности, статус работы и извлечение аннотации TSV из v0.35.1. Следуйте Представление InterProScan для настройки и шагов.

Genomes → Clustal Omega выравнивает, по меньшей мере, три уникальные записи белка, ДНК или РНК FASTA. Настройте контактное электронное письмо, запрошенное службой, отправьте один раз, сохраните идентификатор вакансии, затем проверьте статус и сохраните возвращенное выравнивание. Многопоследовательность выравнивания рабочего процесса.

Enrichr, STRING и ClinPGx

• Genes & Ontologies → Enrichr: перечислите текущие библиотеки, затем запросите обогащение набора генов для функций, факторов транскрипции, возмущений, лекарств, заболеваний, тканей или типов клеток. Выберите библиотеку, соответствующую организму и задайте вопрос, и сохраните ее название, фон и скорректированные значения P.
• Protein Annotation → STRING: проверьте, имеет ли белковая сеть больше взаимодействий, чем ожидалось. Это задает другой вопрос, чем чрезмерное представление; Значение сети P не является тестом пути. Следуйте за процесс обогащения генома.
• Clinical Genomics → ClinPGx: получить аннотации к лекарственным средствам, генам или вариантам, руководящие принципы, нормативные этикетки и частоты популяции. Сначала разрешите идентификаторы, поставьте поля, необходимые для операции, и сохраните исходные источники и уровни доказательств. Это извлекает исследовательские записи; Он автоматически не составляет индивидуальный план лечения.

Включить соответствующий Connector для активного агента в Settings → Connectors. Эти встроенные записи не требуют пользовательского сервера MCP. См. Справочная информация об операции для точных полей и условных требований.

Пути, экспрессия и клинические данные

Включите соответствующее семейство в Settings → Connectors, затем сообщите агенту организм, источник, идентификаторы и предполагаемый объем. В этих дополнениях используются встроенные коннекторы; Не требуется пользовательский сервер MCP.

Вступление	Что он может сделать	Связь и интерпретация
Pathway Commons	Поисковые пути, список главных путей, пути запросов между генами или экспорт подмодели	государственная служба; Сохраняют возвращенный УРИ, организм и источник. Графические запросы отличаются от тестов на обогащение. Следуй за мной. Путь взаимодействия Workflow.
Экспрессия Bgee	Межвидовые существующие/отсутствующие вызовы, нормализованные баллы, ограниченные запросы SPARQL и ссылки для загрузки	Сначала откройте виды и сохраните идентификатор таксономии NCBI. SPARQL требует гена, вида и ткани. Здоровые базовые вызовы дикого типа не являются дифференциальным выражением. Ссылки для загрузки не являются загруженными файлами.
Раковые модели cBioPortal	Перечислите образцы/пациентов и запросите клинические атрибуты или экспрессию мРНК/белка	Выберите исследование, откройте его профили и выберите измерение / нормализацию. Идентификаторы поставки, соответствующие клиническому образцу / уровню пациента; Для молекулярных данных нужны явные гены и точно один из sample_ids или sample_list_id. Пропущенные ряды не являются нулями.
Регулирование наркотиков openFDA	Отчеты о поиске / счет FAERS и отзыв поисковых наркотиков	Связанные даты и продукты и сохраняют информацию об усечении. Подсчет отчетов не является частотой или причинными доказательствами. Многозначные ведра могут перекрываться; Их сумма не является уникальной суммой отчета.
Архивы Omics → MGnify	Файлы результатов анализа MGYA присоединение	Возвращает тип, категорию, верхний URL и размер при сообщении. байты файлов не загружаются; Недостающие размеры или URL остаются недействительными.

См. Операционный справочник Connector для точных полей, условий и примеров.

Интерпретировать наличие видов Bgee

Начните с bgee_species, чтобы определить вид. Его taxon_id является идентификатором таксономии NCBI организма, а не видом, обеспечивающим его эталонный геном. В ответе на список has_expression_data: null означает, что доступность не была определена. Запрос снова использует возвращенный taxon_id в качестве species_id для загрузки метаданных источника данных этого вида. Храните null как неизвестный, когда метаданные отсутствуют; false является отрицательным результатом доступности. Эти поля описывают покрытие атласа, а не экспрессию определенного гена в ткани.

Найти GWAS сводные статистические файлы

Включите необязательный для Main в Settings → Connectors. Попросите об открытии сводной статистики с помощью GCST присоединение исследования и сохраните возвращенные оригинальные / гармонизированные URL-адреса файлов, метаданные и заявленный справочный геном. Для публичного поиска не требуется ключ API.

gwas_get_summary_statistics перечисляет файлы исследования и читает доступные метаданные YAML; Он не загружает большие таблицы ассоциаций. Его GWAS-SSF определения колонки описывают стандарт, а не проверенный заголовок файла. Загрузите файл отдельно и проверьте его фактические столбцы, сборку генома, эффект аллеля и единицы перед анализом. Значительные ассоциативные удары не заменяют полную сводную статистику. Параметры и выход.

Подать белковую последовательность в InterProScan

1. Включите InterProScan для Main в Settings → Connectors. В Settings → Credentials → Literature access сохраните действительную контактную электронную почту, используемую для работы в EMBL-EBI; Ключ API не требуется.
2. Поставка белковой последовательности или уникально названного белка FASTA записи и запрос представления один раз. Последовательность и контактное письмо отправляются в EMBL-EBI. Один запрос принимает до записей 1,000, остатков 10,000 на последовательность и закодированного тела запроса 4 MiB.
3. Сохранить возвращенный job_id. SUBMITTED с ready: false является квитанцией, а не результатом аннотации. Проверьте статус с разницей не менее десяти секунд; Голосование не является автоматическим.
4. После FINISHED, запросите результаты и сохраните полный TSV до истечения удаленного результата. Ответ по пределу извлечения 2 MiB не дает результата, вместо того, чтобы молча возвращать усеченный отчет.
5. Проверяйте идентификаторы белка, исходные приложения и инклюзивные координаты на основе 1. Оценки по различным заявкам не являются взаимозаменяемыми; Ни один удар не доказывает, что белку не хватает функции.

Избегайте повторного представления после тайм-аута: сначала восстановите известный идентификатор работы. Отмена местного запроса не отменяет удаленную работу. Смотрите параметры представления, статуса и результатов.

Найти доказательства TCR и BCR в IEDB

Включить IEDB для Main и запросить search_tcrs или search_bcrs с помощью по меньшей мере одного биологического или доказательного фильтра. Одного только начала недостаточно. Использовать sequence для последовательности эпитоп; chain1_cdr3 и chain2_cdr3 фильтруют рецепторы CDR3 последовательностей. Для таких поисков не нужен ключ API.

Держите идентификатор группы рецепторов, цепи, зарегистрированные идентификаторы анализа и исходные публикации. Фильтры хоста и результатов применяются к агрегированным группам и могут быть удовлетворены различными экспериментами. Чтобы установить, что условия происходят в том же анализе, следуйте за зарегистрированными идентификаторами анализа в соответствующую операцию анализа и применяйте необходимые фильтры там. Пагинация охватывает группы рецепторов, а не полноту каждого встроенного экспорта. Эти записи являются доказательством извлечения, а не предсказанием связывания рецепторов. Параметры IEDB.

Откройте для себя протеомику рака с PDC

Включить PDC в Settings → Connectors. Публичные метаданные API не нуждаются в ключе API. Используйте его, чтобы найти исследования и версии, проверить анализ и количество образцов, сопоставить случай-образец-аликвоту и перечислить количественные файлы, такие как отчеты Белковая ассамблея. Он не возвращает данные об обработке/результате или не загружает файлы.

Начните с присоединения к исследованию, такого как PDC000127, или идентификаторов поискового исследования и имен версий. Сопоставление ключевых слов PDC не является фильтром клинических заболеваний. Проведите повторное исследование, а затем используйте его возвращенный study_id UUID, чтобы закрепить последующие вызовы; pdc_study_id выбирает последнюю версию. Предоставьте точно один из этих селекторов.

Для списков образцов, вверх по течению пагинация подсчитывает случаи; Расширяющиеся образцы и аликоты могут производить больше рядов, чем предел корпуса. Страницы режима местный по умолчанию получили ассоциации и имеют верхнюю крышку 1,000-ассоциации. Окончательная локальная страница не доказывает полноту, когда эта кепка достигнута. Держите идентификаторы PDC и внешние ссылки GDC отдельно. Список файлов включает имена, размеры байтов, значения MD5 и пути хранения. Перечисленный путь не является авторизованным URL-адресом загрузки.

Смотрите Операции PDC и шифрование. Перед объединением источников проверьте версию исследования, анализ, идентичность образца и требования к доступу и цитированию каждого источника.

Проверить популяцию LD

Включить геномы в Settings → Connectors. Его инструменты Ensembl LD используют общедоступный API без ключа. Предоставьте два варианта идентификаторов для ensembl_ld_pairwise или один для ensembl_ld_proxies вместе с полным названием популяции, например 1000GENOMES:phase_3:KHV. Инструменты не обнаруживают население или не выводят родословную; Выберите подходящую для исследования популяцию.

Парные результаты сообщают о r2 и D'. Прокси-запросы по умолчанию до r2 ≥ 0.8 и 500 kb полное окно, примерно 250 kb с обеих сторон. max_records ограничивает возвращенный список после сортировки, а не работы вверх по течению. Сохранение популяции и извлечение метаданных с результатом; Эта конечная точка не сообщает о референсной сборке или выпуске Ensembl. Пустые результаты означают отсутствие возвращаемых квалификационных данных, а не нулевой LD. Высокий LD не устанавливает ни причинности, ни функциональной эквивалентности. парные поля и Прокси-поля.

Сохранение выборки, выражения и контекста сборки

Запрос	Толкование в v1.0.2
arrayexpress_get_experiment_samples	samples Содержит строки отношений из первого файла SDRF, отсортированного по пути. n_rows_total / n_rows_returned считать ряды; n_samples / n_samples_returned вычислять различные идентификаторы, предпочитая Имя в образцеТогда Имя источника. Они не являются независимыми биологическими репликами. Отсутствующие идентификаторы могут сделать выборку null. пустой файл или no_sdrf Реакция не устанавливает, что в эксперименте нет образцов.
metabolights_get_studies с include_samples	Используйте возвращенный headers Порядок при экспорте sample_table. Повторные названия колонок имеют уникальные #2, #3Суффиксы без перезаписи оригинальных имен. Сохранить все колонны; Пустая строка в коротком ряду не содержит метаданных. Проверить rows_truncated.
bgee_expression_calls	Держите anatomical_entity_id/name Вместе с тем, cell_type_id/name. Отсутствующий тип клеток nullЭто не вызов негативного выражения. Сохраняйте состояние, качество и состояние выражения вместе.
dbSNP Вариант поиска	Сохраняйте каждое место размещения assembly, assembly_full, seq_idПоложение и аллели. Одна последовательность может быть связана с более чем одной сборкой; Не разрушайте эти ассоциации и не используйте первое размещение в качестве автоматического подъема.

Эти исправления меняют то, как должны быть прочитаны возвращенные доказательства. Проверьте Справочная информация об операции, прежде чем сравнивать старый сохраненный ответ с новым поиском.

OpenAlex credential подсказки

v1.0.2 запоминает отклонённую учетную запись OpenAlex для текущей сессии, избегая повторных подсказок. Если позже вам понадобится этот источник, настройте его явно в Settings → Connectors → Literature Graph → Manage credentials → OpenAlex и повторите намеченный запрос. Снижение скорости не дает ключа и не гарантирует доступ или квоту.

Соедините новые источники и сохраните их значение.

в Settings → ConnectorsНайдите вход ниже и позвольте ему Main или предполагаемого специалиста. HGNC, PubTator 3, DGIdb и RNAcentral являются инструментами в существующих записях. Orphadata является отдельной записью и выключен по умолчанию. Эти новые инструменты используют общедоступные конечные точки без собственного ключа API; другие инструменты в той же записи могут иметь разные требования к учетным данным.

Источник	Настройка входа	Запрос и проверка
HGNC	Genes & Ontologies	Запросить одобренный человеческий символ или решить точный псевдоним. Сохраняйте каждое неоднозначное совпадение и одобренный/отозванный статус перед выбором гена.
PubTator 3	PubMed	Повторите аннотации PMID или поисковых объектов / отношений. Поиск аннотации охватывает заголовки/абстракции; он не предоставляет ваш сырой текст или не доказывает полнотекстовую поддержку претензии.
DGIdb	Clinical Genomics	Запросите название гена или лекарства, сохраните источники и публикации и следуйте возвращенному курсору. Взаимодействие лекарственного гена не является рекомендацией лечения.
RNAcentral	RNA	Посмотрите на присоединение к URS, а затем пройдите по перекрестным ссылкам базы данных экспертов. Сохранить таксономию, последовательность MD5 и версии присоединения.
Orphadata	Orphadata	Сначала включите доступ, а затем поставьте код ORPHA для генов или фенотипов HPO. Сохраняйте типы ассоциаций и категории частот; они не являются специфичными для пациента вероятностями.

Точные звонки: HGNC, PubTator, DGIdb, RNAcentral, Orphadata.

Связать метаданные рака и интерпретировать вариант

• PDC: запросить демографические данные и области диагностики с pdc_list_clinical. Используйте либо pdc_study_id для последней версии или study_id для фиксированной версии. Сохранение отсутствующих/запутанных значений и названных внешних ссылок; UUID PDC и GDC не являются взаимозаменяемыми.
• GDC: Файлы фильтров case_ids, sample_types и workflow_types. Держите образцы каждого файла, аликвоты и ассоциации опухолевых/нормальных рабочих процессов вместо того, чтобы объединять все файлы в одном случае. Фильтры ИЛИ внутри поля и И через поля. Доступ к метаданным не разрешает загрузку контролируемых файлов.
• Ensembl VEP: проход hgvs_notation самостоятельно, без variant_id, region, allele или allele_orientation. Сохраняйте зарегистрированную сборку, версии транскриптов и флаги усечения. Версии входных ссылок проходят, не проверяются; matched не устанавливает соответствие версии. Это аннотация последствий, а не клиническая интерпретация или лифтовер.
• Clinical Trials: использовать get_trial_results для опубликованных результатов измерений, знаменателей, статистического анализа и неблагоприятных событий. Идентификаторы групп совпадений только в пределах одного и того же модуля результата. Пропущенные результаты не являются нулевыми событиями или доказательством отсутствия эффекта.

Видишь? поля PDC, Фильтры GDC, Режимы VEP и опубликованные результаты испытаний.

Изображение, пути, липиды и модели рака

В Settings → Connectors включите предполагаемый источник и сделать его доступным для Main. TCIA, KEGG, RxNorm / RxNav, DailyMed, BioSamples и WikiPathways являются отдельными записями, отключенными по умолчанию. Приведенные ниже операции используют общедоступные службы без пользовательского MCP-сервера или API-ключа. Включение Коннектора не предоставляет лицензию на передачу данных или доступ к ограниченным данным.

Вступление	Просьба	Следите за результатом
TCIA	Поиск коллекций; проверка коллекции или существующей серии DICOM	Лицензия, условия доступа и требования к загрузке. Возвращенные ссылки могут быть манифестами Data Retriever, а не файлами изображений.
KEGG	Поисковый путь / KO / соединение / реакция записи; карта организм-квалифицированный ген	Условия приемлемости и лицензии для академического использования; отображение и усечение от одного до многих. Это не обогащение генами.
Химия: LIPID MAPS / UniChem	Посмотрите точный LMID или PubChem CID; нанесите на карту идентификатор InChIKey или ChEMBL	Сначала определите имена с помощью PubChem. Сохраняйте различные совпадения и атрибуцию источника; это не поиски сходства.
Структуры и взаимодействия OmniPath	Запрос регуляции upstream/downstream для канонического идентификатора человеческого белка UniProt	Направление, противоречивые доказательства стимуляции / ингибирования и идентификаторы комплексов. Агрегированные отношения не являются тканеспецифическим причинным доказательством.
Структуры и взаимодействия PDBe / PDB	Проверить валидацию экспериментальной структуры или найти аналогичные белковые цепи в опубликованных структурах	Метод и недостающие метрики; используйте label_asym_id, а не идентификатор авторской цепочки. Оценки сходства не являются вычисленным структурным выравниванием или RMSD.
Модели рака → DepMap / CCLE	Разрешите клеточную линию для ModelID, затем запросите ген или составной профиль	Версия набора данных и шкала измерения: Chronos не является вероятностью; PRISM AUC не является IC50; РНК является log2(TPM+1); число копий относительно плоидности.
RxNorm / RxNav - DailyMed	Решите названия лекарств для RxCUI; проверьте идентификаторы этикеток SPL и историю версий	Сохраняйте двусмысленные идентичности. Совпадающие названия не устанавливают клиническую эквивалентность; список DailyMed не устанавливает одобрения FDA.
BioSamples · WikiPathways	Найти образцы метаданных или пути метаданных и пересмотров	Идентификатор, вид, даты источника и связанные доказательства. Эти поиски не загружают связанные файлы выборки или графики путей.

Используйте Ссылка на операцию Для точных входов и пагинации. Сохраняйте значения null и маркеры усеченного результата; ограниченный результат — это не вся база данных.

Откройте для себя официальные данные исследований и списки файлов

в Settings → ConnectorsВключите только те записи, которые необходимы для вашего вопроса. Новые записи Europe PMC, Research Datasets, ChEA3, bioDBnet и CTD используют государственные услуги без требуемого ключа API. Запросы по-прежнему отправляют предоставленные поисковые термины, идентификаторы или списки генов в эти службы. Контроль подключения.

нужда	Вступление и результат	Следующий шаг
Поиск биомедицинских документов напрямую	Europe PMC возвращает основные записи, доступные рефераты и курсор следующей страницы	Сохранить идентификаторы и продолжить пагинацию; URL-адрес с полным текстом не восстановлен
Найти опрос или клинические демо-файлы	Research Datasets Список файлов NHANES со ссылками на цикл/документацию и демоверсиями MIMIC/eICU	Проверьте цикл, версию, лицензию и документацию перед загрузкой из официального источника
Понимание доступа к набору данных	Research Datasets объясняет точки входа для NHANES, CHARLS, CHNS, SEER, MIMIC, eICU, FAERS и GBD	Завершить процесс регистрации, обучения или экспорта источника, когда это необходимо.
Обнаружение публичных сообщений	Drug Regulatory, CTD и Cellosaurus Список официальных файлов	Проверьте текущую исходную страницу, выпуск и условия; обнаружение не загружает и не импортирует файлы
Нормализовать генные идентификаторы	Genes & Ontologies добавление полей обслуживания HGNC, полевых запросов и списков файлов; bioDBnet Добавляет конверсию и ортологическое отображение	Сначала откройте поддерживаемые поля/типы; сохраните неоднозначные, несопоставленные и уникальные результаты
Рейтинг кандидатов в регуляторы	ChEA3 возвращает рейтинги факторов транскрипции в библиотеке и ссылки на библиотеки GMT	Относитесь к рейтингам как к гипотезам; загруженная библиотека GMT может отличаться от библиотеки, стоящей за онлайн-результатом.
Проверить доказательства клеточной линии	Cellosaurus RDF, ограниченное сходство SPARQL и STR	Сохранение настроек присоединения и маркера; одно только сходство не удостоверяет идентичность образца

Списки файлов возвращают официальные URL-адреса и метаданные источника, а не загруженные файлы или готовую базу данных анализа. Анализ NHANES по-прежнему требует правильной конструкции обследования и весов. Демо-доступ MIMIC/eICU не предоставляет доступ к их полным наборам данных. Отчеты FAERS нельзя интерпретировать как показатели заболеваемости. Для точных полей и примеров используйте Ссылка на операцию.