Научные базы данных

Приложение включает Источник данных 23 Connectors, а также отдельную оффлайн-молекулу Connector. Полный реестр имеет Инструментальные операции 239, включая две операции Molecule. Каталог данных ниже охватывает 237. Включите соответствующий Connector в настройках, затем задайте ограниченный вопрос с правильным типом идентификатора.

Каталог источников данных

Выберите по идентификатору и исследовательскому вопросу. Покрытие источников отличается; Проконсультируйтесь со справочником по операциям для точных полей.

Коннектор	Источники	Операции	Используйте его для
Химия · chemistry	PubChem, ChEBI, Rhea, BindingDB	12	Химия малых молекул через PubChem, ChEBI, Rhea и BindingDB.
Литературный график · literature	OpenAlex, arXiv, Crossref, DataCite	13	Документы, авторы, цитаты, обновления DOI и записи набора данных / программного обеспечения.
PubMed · pubmed	PubMed, PMC, Europe PMC	7	Биомедицинская литература через NCBI E-utilities, PMC ID Converter и Europe PMC — поиск, метаданные, связанные статьи, поиск цитирования, преобразование идентификаторов, полный текст и авторское право.
Гены и онтологии · genes	MyGene, UniProt, OLS, QuickGO, Reactome	7	Идентификация генов/белков и онтологические термины — mygene.info, UniProt, онтологии OLS4, аннотации GO, пути Reactome.
Геномы · genomes	Собрание, UCSC	11	Аннотация генома, варианты, гомология, последовательность и треки браузера — Ensembl REST и UCSC Genome Browser.
Варианты · variants	gnomAD, ClinVar, dbSNP	15	Генетические варианты человека — частоты/ограничения популяции гномадов, записи/поиск ClinVar (прямой NCBI), dbSNP, структурные и митохондриальные варианты.
Клинические испытания · clinical-trials	Клинические исследования.gov	6	Клинические испытания от ClinicalTrials.gov - поиск, детали, спонсоры, следователи, конечные точки и право.
Клиническая геномика · clinical-genomics	ClinGen, CIViC, Open Targets	20	Базы знаний по клинической геномике: курации ClinGen, клинические данные CIViC и платформа Open Targets.
Структуры и взаимодействия · structures	PDB, AlphaFold, EMDB, Complex Portal, IntAct	16	Структуры и молекулярные взаимодействия — структуры PDB, предсказания AlphaFold, записи крио-EM EMDB, комплексы Complex Portal, сети взаимодействия IntAct.
ХЕМБЛ chembl	ЧЕМБЛ	6	Биоактивные соединения, лекарства, мишени, биоактивность и механизмы с помощью ChEMBL REST API.
BioRxiv; biorxiv	BioRxiv, medRxiv, ROR	7	BioRxiv/medRxiv препринты — поиск по дате/категории, метаданные по DOI, ссылки на публикации в журналах, списки спонсоров и статистика платформы.
Регулирование лекарственных средств · drug-regulatory	OpenFDA	7	Приложения Drugs@FDA, этикетки и статистика корпуса через openFDA.
Генетика человека · human-genetics	GWAS Catalog, eQTL Catalogue, PheWeb	14	Доказательства генетической ассоциации человека — каталог GWAS, каталог eQTL и порталы PheWeb PheWAS (FinnGen, BioBank Japan).
Выражение · expression	GTEx	12	Экспрессия тканей человека и eQTL через портал GTEx.
Белковая аннотация · protein-annotation	InterPro, Pfam, Атлас белков человека	13	Архитектура белковых доменов, членство в семье / клане, экспрессионный атлас и сети взаимодействия через InterPro / Pfam, Атлас белков человека и STRING.
Раковые модели · cancer-models	Биопортал	6	Записи исследования геномики рака с помощью cBioPortal REST API.
РНК · rna	Рфам	9	Некодирующие данные семейства РНК (метаданные, выравнивания, модели, структуры) через Rfam.
Omics Archives · omics-archives	ArrayExpress, GEO, MetaboLights, MGnify, PRIDE	17	Архивы омических данных — экспрессия (ArrayExpress, GEO), метаболомика (MetaboLights), метагеномика (MGnify) и протеомика (PRIDE).
CellGuide · cellguide	Келлксген	5	Идентификация клеточного типа, маркерные гены, наборы исходных данных и ткани с помощью CELLxGENE CellGuide.
Регулирование ? regulation	ENCODE, JASPAR, UniBind	16	Функциональная геномика генной регуляции — эксперименты ENCODE / биосамплы / файлы, профили связывания JASPAR TF и UniBind ChIP-seq TFBS.
исследовательские ресурсы; research-resources	Grants.gov, Реестр антител	5	Поиск возможностей финансирования (Grants.gov) и поиск каталога антител (Реестр антител).
BioMart; biomart	Производитель BioMart	8	Запросы атрибутов Ensembl BioMart и перевод идентификаторов.
ZINC; zinc	Цинк	5	ZINC22 - покупаемое химическое пространство (CartBlanche22) - комплексный поиск по идентификатору ZINC, поиск точного / сходного SMILES, разрешение кода поставщика, случайная выборка, 3D-структура местоположения для стыковки.

Восстановить запись и проверить ее личность

1. Откройте Settings → Connectors, найдите необходимый источник и подтвердите наличие предполагаемого агента.
2. Откройте его детали. Прочитайте Tools, входные данные, пример и сторонние требования.
3. Предоставьте явный запрос/присоединение и ограничение результата. Сохраняйте точный запрос при создании коллекции литературы или таблицы доказательств.
4. Проверка возвращала идентификаторы и исходные поля. Пустой результат, усеченная партия и ошибка - это разные результаты.
5. Сохраняйте необходимые записи в проекте / библиотеке намеренно. Поисковый ответ не означает, что все документы были добавлены в библиотеку литературы или загружены полные тексты.

Начните с одного известного идентификатора

Практический пример Разрешить идентификатор гена TP53 человека

Включите Гены и онтологии и спросите: Используйте query_genes для разрешения TP53 с прицелами = «символ», виды = «человек» и поля = «символ, имя, entrezgene». Возврат входного запроса и любых непревзойденных записей. В этом примере запись TP53 человека идентифицирует Entrez Gene 7157 и имя опухолевый белок p53. Проверьте записи query и symbol, прежде чем использовать отображаемый идентификатор. Символ может возвращать несколько совпадений, поэтому сохраняйте все результаты до тех пор, пока не подтвердите предполагаемый организм и запись. Точные поля.

Выберите запрос и проверьте результат

Пример Связанные запросы и ответы к базам данных

В таблице приводятся эти примеры ответов; Результаты живого запроса могут отличаться.

Connector / Инструмент	Ввод	Наблюдаемый результат
Архив Omics / geo_get_series	accessions: ["GSE60450"]	Метаданные серии/образца с образцами 12; Поиск метаданных не пересчитывал загруженные счета.
Гены / query_genes	TP53; объем символа; человек	Entrez Gene ID 7157, символ TP53, название опухолевого белка p53.
PubMed / search_articles	GSE60450, максимум 2	PMIDs 38059347 и 37306301. Это совпадения запросов, а не автоматически оригинальная публикация набора данных.
Химия / pubchem_search_compounds	аспирин, максимальный 1 CID	CID 2244, формула C9H8O4 и молекулярная масса 180.16.
Литература / openalex_search_works	CRISPR base editing; от 2020; открытый доступ; Максимум 2	Две рабочие записи с идентификаторами OpenAlex, исходными полями и флагами полноты.

Подключите OpenAlex и следуйте ссылкам цитирования

1. Открыть Settings → Connectors → Literature Graph → Manage credentials → OpenAlex.
2. Введите ключ API, выберите Validate, затем Save после проверки успешно.
3. Поиск темы с небольшим ограничением max_records. Проверьте n_records_returned и records_truncated, прежде чем описывать результат как полный.
4. Используйте возвращаемый идентификатор работы с openalex_get_work. Используйте openalex_citations для статей, ссылающихся на эту работу, и openalex_references для работ, которые она цитирует. Это противоположные направления.
5. Для авторского поиска подтвердите учреждение и ORCID, прежде чем получить профиль автора. Используйте идентификатор источника или ISSN, чтобы разъяснить название журнала.

Параметры работы OpenAlex для фильтров и возвращаемых полей.

Ищите DOI и связанные с ним исследовательские записи

Включите График литературы. Используйте crossref_get_work для метаданных издателя и crossref_get_updates для внесения исправлений/опровержений. Используйте datacite_search_records для поиска набора данных/программных DOI, затем datacite_get_record для проверки выбранной записи. Эти четыре метода не требуют ключа OpenAlex. Проверяйте личность DOI, направление отношений и условия повторного использования перед загрузкой или цитированием ресурса. Точные поля находятся в Справочная информация об операции.

Поиск последовательности Rfam теперь использует официальную конечную точку пакета. Если старая установка возвращает ошибку удаленной конечной точки, обновите приложение и повторите предполагаемую операцию. Отложенная работа не является завершенным поиском без хитов.

Обработка возвращенной записи, пустого совпадения или ошибки

Проверьте возвращенный статус, прежде чем использовать результат. Используйте Справочная информация об операции для интерпретации полей и флагов полноты.

Наблюдаемый результат	Что делать дальше
found: falseнулевые записи, пустые следователи или совпадения поставщиков	Проверьте идентификатор, организм, область запросов и фильтры. Сохранить пустой результат; Не представляйте его как восстановленную запись.
credential_required Для OpenAlex	Откройте запрашиваемую форму учетных данных и свяжите свой собственный ключ перед повторным использованием.
contact_email_required Для прямых вариантов запросов NCBI	Открыть Settings → Connectors → Manage credentials → Literature accessВойти Contact email и выбрать Save. Повторите неудавшийся запрос. Ключ NCBI API является необязательным. Проверьте возвращенные идентификаторы, количество совпадений и флаги усечения; Пустой результат отличается от ошибки соединения.
HTTP 410 от eQTL	Сохраняйте исходный URL, работу и ответ, а также проверяйте доступность услуг перед изменением научных данных.
Запрос Connector откладывается после 30000ms	Повторите меньший запрос. Увеличение только внешнего тайм-аута Notebook не меняет собственный крайний срок Connector.
Выполнение Notebook приостановили после 60000ms	Казнь закончилась безрезультатно. операции по восстановлению по отдельности; Не думайте, что все вышеперечисленные сервисы потерпели неудачу.
Страница обслуживания BioMart HTML; ПРИДЕЖАТЬ Unexpected end of JSON input	Ожидаемый структурированный ответ был недоступен. Повторите позже и сохраните тип ответа / ошибку для проблемы.
Задание ZINC не было выполнено вовремя	Сохраните возвращенный URL-адрес задачи/результата и проверьте эту работу; Многократное начало новых рабочих мест не восстанавливает его результат.

Для отчета прикрепите операцию, ограниченный ввод, текст ошибки и временную метку через устранение неполадок. Удалите учетные данные и личные данные перед обменом.

Найти параметры работы

Используйте Операционный справочник Connector для требуемых полей, принятых значений и точных вызовов. Сначала выберите источник. Использовать ссылку при подготовке конкретной операции.

Сохраняйте геном, организм, ткань, единицы и версии присоединения с возвращенными данными. Для общих значений HTTP и восстановления используйте устранение неполадок. Записи баз данных, прогнозы и составленные резюме представляют собой различные типы доказательств; Проверьте цитируемый источник перед использованием исследовательской претензии.

Ссылка на осуществление: КоннекторыPanel.tsx.

Источник: Каталог.ts, Реестр.ts.