Extraer una tabla de evidencia de literatura

Ejemplo práctico Diez ensayos en máscaras e infecciones respiratorias

Este flujo de trabajo comienza con un conjunto definido de diez documentos y termina con una tabla de evidencia conectada con fuente y una nota de incertidumbre. Muestra la extracción para una revisión de la literatura de salud pública. El conjunto suministrado es una selección de enseñanza, no una búsqueda completa o una revisión sistemática completa.

Preparar un conjunto de fuentes encuadernadas

Descargar el lista de fuentes de diez documentos. Incluye DOI, PMCID y enlaces originales de texto completo para ensayos comunitarios, domésticos y sanitarios. Obtenga y lea las fuentes bajo sus términos de acceso declarados.

Para la misma entrada de texto utilizada en este ejemplo, descargar el script de preparación de la fuente y ejecutarlo con Python 3 en una carpeta de trabajo local:

python3 prepare-mask-sources.py

El script descarga los diez registros XML de PMC de Europa, conserva la identidad fuente, los encabezados y tablas de sección, y crea mask-trials-fulltext.md. Reporta un fracaso en lugar de omitir silenciosamente un estudio. Los textos completos originales no se redistribuyen con el Wiki. Si una descarga falla, obtener ese papel a través de su enlace fuente antes de tratar el conjunto como completo.

En un proyecto Open-Science, seleccione un modelo de trabajo y adjunte el archivo Markdown resultante con + → Attach files. Compruebe que la lista de fuentes contiene diez estudios distintos. La versión de texto ayuda a la extracción; volver al artículo original para el diseño, figuras o estructura de mesa ambigua.

Haga clic en el accesorio para abrir su vista previa. Cada estudio comienza con un título, DOI y un enlace original de origen, seguido de texto de sección y tablas. Coincide con esas diez identidades con la lista de fuentes; no cuentan los títulos repetidos de sección como estudios adicionales.

Solicitar una fila por juicio

Build an English evidence-extraction table for the ten randomized
trials on masks and respiratory infections in the attached source pack.
Read each study's methods, results and relevant tables.
Save mask-trials-evidence.csv with one row per trial: DOI, year,
setting, randomization unit, sample size, intervention, comparator,
primary outcome, reported main estimate with uncertainty, analysis
population, important limitation, and source section/table locator.
Preserve cluster design, adherence and intention-to-treat distinctions.
Do not substitute a subgroup or per-protocol result for the main result.
Save mask-trials-reading-notes.md explaining differences and missing evidence.
Do not pool these heterogeneous trials or give clinical recommendations.
Use only the supplied sources, write in English and do not delegate.

Permitir las solicitudes de lectura de fuentes previstas. Comprueba que el agente llega a las diez secciones de estudio, en lugar de utilizar sólo el primer resumen o asumiendo documentos similares título son duplicados.

Revisar la evidencia extraída

Abra el CSV después de que la respuesta termine. Compare sus diez valores de DOI con la lista de fuentes, y luego compruebe la población de estimación y análisis reportados en la sección de resultados de cada papel o tabla.

Preste especial atención a estas distinciones:

• Unidad de aleatorización: una aldea, hogar, tienda de campaña o sala hospitalaria no es un participante aleatorizado individualmente.
• La seroprevalencia sintomática Resultado:, infección confirmada por laboratorio y enfermedad similar a la gripe son puntos finales diferentes.
• Análisis: un resultado subgrupo de intervención temprana o basado en la adhesión debe permanecer separado de la comparación aleatorizada principal.
• Incertidumbre: conserve los intervalos de confianza y los resultados no concluyentes. Una estimación estadísticamente no significativa no demuestra la ausencia de efecto.

Utilice el ejemplo de la tabla de pruebas y Nota de síntesis para inspeccionar el formato. Estos son materiales de inicio para su revisión; la interpretación científica todavía depende de las fuentes originales, la calidad del estudio y la pregunta que pretende responder.

Open mask-trials-reading-notes.md, así como el CSV. La mesa final de esta carrera tiene filas 10 · columnas 12. Ampliar una vista previa o descargar el archivo para leer células largas; Las células truncadas no faltan texto fuente. Las notas conservan las diez identidades de estudio y explican por qué sus resultados y poblaciones no deben ser agrupadas automáticamente.

Cuando una fila es incorrecta o incompleta, nombre el estudio y la sección/tabla exacta de la fuente, solicite una revisión a los archivos ambos, y luego vuelva a abrirlos. Por ejemplo, mantenga el flujo de hogar aleatorizado de Cowling 2008 separado de su subconjunto analizado. Actualizar una respuesta de prosa no actualiza por sí misma la tabla salvada.

Continúe hacia una revisión

Guardar el cuadro examinado con sus fuentes y decisiones de extracción. Un examen oficial también necesita una búsqueda documentada, criterios de elegibilidad, selección, extracción duplicada y una evaluación adecuada del sesgo. Véase el flujo de trabajo de la lista de lectura para la verificación de fuentes y comprobación de reclamaciones cuando una conclusión necesita una inspección más cercana.