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提取文獻證據表

案例演示 口罩與呼吸道感染的十項試驗

本流程從明確的十篇論文出發,產出能追溯來源的證據表和不確定性說明,用於演示公共衛生文獻綜述中的證據提取。這裡的論文集是教學選題,不代表完整檢索或已經完成的系統綜述。

準備範圍明確的來源集

下載十篇論文來源清單,其中包含社群、家庭和醫療場景試驗的 DOI、PMCID 與原文連結。按來源說明的訪問條件獲取並閱讀原文。

如需使用與本例相同的文字輸入,下載來源準備指令碼,在本地工作資料夾中用 Python 3 執行:

python3 prepare-mask-sources.py

指令碼下載指定的十份 Europe PMC XML,保留來源身份、章節標題和表格,生成 mask-trials-fulltext.md。某篇失敗時會報告錯誤,不會悄悄跳過。Wiki 不重新分發這些論文全文;下載失敗時,先透過來源連結取得該論文,再把來源集視為完整。

在 Open-Science 專案中選擇可用模型,透過 + → Attach files 新增生成的 Markdown 檔案。核對來源清單確實包含十項不同研究。文字版便於提取;涉及排版、圖片或含義不清的表格時,仍需回到原文。

點選附件開啟預覽。每篇研究以標題、DOI 和原始來源連結開頭,後面保留正文分節和表格。將十篇身份與來源清單逐一對照;重複的章節標題不代表多了一項研究。

實際附加的全文包保留論文身份和正文分節

要求每項試驗佔一行

Build an English evidence-extraction table for the ten randomized
trials on masks and respiratory infections in the attached source pack.
Read each study's methods, results and relevant tables.
Save mask-trials-evidence.csv with one row per trial: DOI, year,
setting, randomization unit, sample size, intervention, comparator,
primary outcome, reported main estimate with uncertainty, analysis
population, important limitation, and source section/table locator.
Preserve cluster design, adherence and intention-to-treat distinctions.
Do not substitute a subgroup or per-protocol result for the main result.
Save mask-trials-reading-notes.md explaining differences and missing evidence.
Do not pool these heterogeneous trials or give clinical recommendations.
Use only the supplied sources, write in English and do not delegate.

允許預期的來源讀取請求。確認代理讀到了十項研究的相應章節,而不是隻讀第一篇摘要,也不要僅憑標題相似就認定兩篇論文重複。

審閱提取結果

回答完成後開啟 CSV,將十個 DOI 與來源清單對照,再逐篇核對結果章節或表格中的效應估計和分析人群。

Open-Science 中的十項試驗證據表

重點保留以下區別:

  • 隨機分配單位: 村莊、家庭、帳篷或病區不等於單個參與者隨機分組。
  • 結局指標: 有症狀血清陽性、實驗室確診感染和流感樣疾病是不同結局。
  • 分析方式: 按依從性或早期干預篩選的亞組結果,不能替代主要隨機比較。
  • 不確定性: 保留置信區間和不確定的結果;統計不顯著不能改寫成已經證明無效。

可下載示例證據表綜合說明檢視格式。它們是供審閱的起點,科學解釋仍取決於原始來源、研究質量和你要回答的問題。

除 CSV 外,也開啟 mask-trials-reading-notes.md。本次最終表為 10 rows · 12 columns。可展開預覽或下載檔案閱讀長單元格;單元格被截斷不等於原文缺失。說明檔案保留十篇研究身份,並解釋為何不能自動合併不同結局與人群。

儲存後的閱讀說明及已完成的十行結果

某行錯誤或不完整時,指出論文及具體章節/表格,要求同時修訂兩份檔案,然後重新開啟。例如 Cowling 2008 的隨機分配家庭流程與實際分析子集應分別保留。回答文字更新不代表儲存的表格也已更新。

繼續形成綜述

將審閱後的表格、來源和提取決策一起儲存。正式綜述還需要記錄檢索方法、納入標準、篩選過程、獨立重複提取以及適當的偏倚評估。來源核實可參考核心閱讀清單工作流;需要深入檢查某個結論時,參考論斷核查