科学数据库
应用内置 23 个数据源 Connector，另有离线 Molecule Connector。完整注册表包含 239 个工具操作，其中 Molecule 有 2 个，本页数据源覆盖其余 237 个。先启用相关 Connector，再使用正确编号类型进行小范围查询。
数据源目录
根据标识类型与研究问题选择数据源。各来源覆盖范围不同，具体字段见操作参数参考。
| Connector | 来源 | 操作数 | 用途 |
|---|---|---|---|
Chemistry · chemistry | PubChem, ChEBI, Rhea, BindingDB | 12 | 小分子、化学标识符、反应及结合数据 |
Literature Graph · literature | OpenAlex, arXiv, Crossref, DataCite | 13 | 文献、作者、引用、DOI 更新及数据集/软件记录 |
PubMed · pubmed | PubMed, PMC, Europe PMC | 7 | PubMed 文献检索与记录 |
Genes & Ontologies · genes | MyGene, UniProt, OLS, QuickGO, Reactome | 7 | 基因符号与标识符映射 |
Genomes · genomes | Ensembl, UCSC | 11 | 基因组注释与序列 |
Variants · variants | gnomAD, ClinVar, dbSNP | 15 | 变异频率与变异记录 |
Clinical Trials · clinical-trials | ClinicalTrials.gov | 6 | 临床试验登记记录 |
Clinical Genomics · clinical-genomics | ClinGen, CIViC, Open Targets | 20 | 临床基因组证据资源 |
Structures & Interactions · structures | PDB, AlphaFold, EMDB, Complex Portal, IntAct | 16 | 结构档案与相关记录 |
ChEMBL · chembl | ChEMBL | 6 | 化合物、靶标和活性记录 |
bioRxiv · biorxiv | bioRxiv, medRxiv, ROR | 7 | 预印本元数据 |
Drug Regulatory · drug-regulatory | openFDA | 7 | 药品监管及药品记录 |
Human Genetics · human-genetics | GWAS Catalog, eQTL Catalogue, PheWeb | 14 | 人类遗传关联资源 |
Expression · expression | GTEx | 12 | 组织和基因表达资源 |
Protein Annotation · protein-annotation | InterPro, Pfam, Human Protein Atlas, STRING | 13 | 蛋白结构域与功能注释 |
Cancer Models · cancer-models | cBioPortal | 6 | 癌症研究模型和队列资源 |
RNA · rna | Rfam | 9 | RNA 家族与相关资源 |
Omics Archives · omics-archives | ArrayExpress, GEO, MetaboLights, MGnify, PRIDE | 17 | GEO 等组学归档和研究记录 |
CellGuide · cellguide | CELLxGENE | 5 | 细胞类型参考信息 |
Regulation · regulation | ENCODE, JASPAR, UniBind | 16 | 调控与功能组学记录 |
Research Resources · research-resources | Grants.gov, Antibody Registry | 5 | 研究项目、资助等资源 |
BioMart · biomart | Ensembl BioMart | 8 | BioMart 数据集与字段查询 |
ZINC · zinc | ZINC | 5 | ZINC 化合物记录 |
获取记录并核对身份
- 打开 Settings → Connectors，搜索来源并确认目标 Agent 可使用。
- 打开详情，阅读 Tools、输入、示例与第三方要求。
- 明确查询词/编号和条数上限，整理文献或证据时保留准确查询。
- 核对返回 ID 和来源字段。空结果、截断结果和错误不是同一种状态。
- 按需要明确保存到项目/文献库。查询返回不表示所有论文已入库或全文已下载。
从一个已知标识开始
案例演示 解析人 TP53 基因标识
启用 Genes & Ontologies，请求：使用 query_genes 解析 TP53，scopes="symbol"、species="human"、fields="symbol,name,entrezgene"。返回输入 query 及未匹配记录。 本例返回的人 TP53 记录对应 Entrez Gene 7157，名称为 tumor protein p53。使用映射 ID 前，核对返回记录的 query 与 symbol。符号可能多重匹配，应保留全部结果，直到确认物种与目标记录。准确字段。
选择查询并检查结果
示例 小范围数据库查询与返回值
下表记录这些示例查询的返回，实时检索结果可能不同。
| Connector / 工具 | 输入 | 实际结果 |
|---|---|---|
| Omics Archives / geo_get_series | accessions: ["GSE60450"] | 返回系列及 12 个样本元数据，不代表重算上传矩阵 |
| Genes / query_genes | TP53、symbol、human | Entrez Gene ID 7157，TP53，tumor protein p53 |
| PubMed / search_articles | GSE60450，上限 2 | PMID 38059347、37306301；是查询匹配，不自动等于数据集原始论文 |
| Chemistry / pubchem_search_compounds | aspirin，上限 1 CID | CID 2244、C9H8O4、分子量 180.16 |
| Literature / openalex_search_works | CRISPR base editing；2020 年起；开放获取；上限 2 | 两条成果记录，包含 OpenAlex ID、来源字段及完整性标记 |
连接 OpenAlex 并追踪引用关系
- 打开 Settings → Connectors → Literature Graph → Manage credentials → OpenAlex。
- 输入自己的 API key，点击 Validate，验证成功后点击 Save。
- 按主题检索，并设置较小的
max_records。检查n_records_returned和records_truncated，再判断结果是否完整。 - 将返回的成果 ID 交给
openalex_get_work获取详情。openalex_citations查询引用该成果的文献；openalex_references查询该成果引用的文献，两者方向不同。 - 按作者检索时，先核对机构和 ORCID，再获取作者档案。查询期刊时可用来源 ID 或 ISSN 区分同名结果。
筛选条件和返回字段见 OpenAlex 操作参数。
查询 DOI 及关联研究记录
启用 Literature Graph。出版方元数据使用 crossref_get_work，登记的更正/撤稿关系使用 crossref_get_updates。通过 datacite_search_records 查找数据集或软件 DOI，再用 datacite_get_record 检查选定条目。这四个公开方法不需要 OpenAlex key。下载或引用前核对 DOI 身份、关系方向和复用条件，准确字段见操作参数参考。
Rfam 序列搜索现在使用官方批量端点。旧安装返回已停用端点错误时，先更新应用，再重试目标操作。尚在等待的作业不等于搜索完成且无命中。
查询结果与报错怎么处理
检查数量、分页游标、truncated/may_be_truncated、未找到的 ID 和逐项错误。返回条数上限不能证明没有更多记录。按资源保留基因组版本、物种、组织、单位及编号版本。
400/422 检查字段、类型和编号体系；401/403 检查服务凭据与范围；429 按服务响应等待并缩小批次。
使用结果前检查返回状态。示例及其有限范围的响应记录保留在操作参数参考。
| 实际遇到的结果 | 下一步 |
|---|---|
found: false、零条记录、研究者或供应商匹配为空 | 检查标识符、物种、范围和筛选条件，保留空结果，不能写成已取得记录 |
OpenAlex 的 credential_required | 打开请求的凭据表单，绑定自己的密钥后重试 |
直接访问 NCBI 的变异查询返回 contact_email_required | 前往 Settings → Connectors → Manage credentials → Literature access，填写 Contact email 并点击 Save，再重试失败的查询。NCBI API key 为可选项。核对返回的标识符、匹配数量和截断标记；空结果与连接错误不同 |
eQTL 返回 HTTP 410 | 保留来源 URL、操作和响应，先检查服务状态，不要为了消除报错修改科学输入 |
Connector request timed out after 30000ms | 缩小请求后重试。仅提高外层 Notebook 超时不会改变 Connector 自身的截止时间 |
Notebook execution timed out after 60000ms | 本次执行未取得结果。逐项重试，不能据此认定批次内所有上游服务均失效 |
BioMart 返回 HTML 维护页面；PRIDE 返回 Unexpected end of JSON input | 未获得预期结构化响应。稍后重试，并保留响应类型或错误以便反馈 |
| ZINC task did not complete in time | 保留返回的任务与结果 URL，检查原任务；反复新建任务不能恢复它的结果 |
通过故障排查反馈时，提供操作名、限定输入、错误原文和时间；分享前移除凭据与私有数据。
查找操作参数
需要必填字段、可接受的值与调用示例时，查阅 Connector 操作参数参考。先在本页选择来源，再按具体操作查参数。
实现依据: ConnectorsPanel.tsx。
目录来源: catalog.ts, registry.ts.