科學資料庫
應用內建 23 個資料來源 Connector，另有離線 Molecule Connector。完整登錄檔包含 239 個工具操作，其中 Molecule 有 2 個，本頁資料來源覆蓋其餘 237 個。先啟用相關 Connector，再使用正確編號型別進行小範圍查詢。
資料來源目錄
根據標識型別與研究問題選擇資料來源。各來源覆蓋範圍不同，具體欄位見操作引數參考。
| Connector | 來源 | 運算元 | 用途 |
|---|---|---|---|
Chemistry · chemistry | PubChem, ChEBI, Rhea, BindingDB | 12 | 小分子、化學識別符號、反應及結合資料 |
Literature Graph · literature | OpenAlex, arXiv, Crossref, DataCite | 13 | 文獻、作者、引用、DOI 更新及資料集/軟體記錄 |
PubMed · pubmed | PubMed, PMC, Europe PMC | 7 | PubMed 文獻檢索與記錄 |
Genes & Ontologies · genes | MyGene, UniProt, OLS, QuickGO, Reactome | 7 | 基因符號與識別符號對映 |
Genomes · genomes | Ensembl, UCSC | 11 | 基因組註釋與序列 |
Variants · variants | gnomAD, ClinVar, dbSNP | 15 | 變異頻率與變異記錄 |
Clinical Trials · clinical-trials | ClinicalTrials.gov | 6 | 臨床試驗登記記錄 |
Clinical Genomics · clinical-genomics | ClinGen, CIViC, Open Targets | 20 | 臨床基因組證據資源 |
Structures & Interactions · structures | PDB, AlphaFold, EMDB, Complex Portal, IntAct | 16 | 結構檔案與相關記錄 |
ChEMBL · chembl | ChEMBL | 6 | 化合物、靶標和活性記錄 |
bioRxiv · biorxiv | bioRxiv, medRxiv, ROR | 7 | 預印本後設資料 |
Drug Regulatory · drug-regulatory | openFDA | 7 | 藥品監管及藥品記錄 |
Human Genetics · human-genetics | GWAS Catalog, eQTL Catalogue, PheWeb | 14 | 人類遺傳關聯資源 |
Expression · expression | GTEx | 12 | 組織和基因表達資源 |
Protein Annotation · protein-annotation | InterPro, Pfam, Human Protein Atlas, STRING | 13 | 蛋白結構域與功能註釋 |
Cancer Models · cancer-models | cBioPortal | 6 | 癌症研究模型和佇列資源 |
RNA · rna | Rfam | 9 | RNA 家族與相關資源 |
Omics Archives · omics-archives | ArrayExpress, GEO, MetaboLights, MGnify, PRIDE | 17 | GEO 等組學歸檔和研究記錄 |
CellGuide · cellguide | CELLxGENE | 5 | 細胞型別參考資訊 |
Regulation · regulation | ENCODE, JASPAR, UniBind | 16 | 調控與功能組學記錄 |
Research Resources · research-resources | Grants.gov, Antibody Registry | 5 | 研究專案、資助等資源 |
BioMart · biomart | Ensembl BioMart | 8 | BioMart 資料集與欄位查詢 |
ZINC · zinc | ZINC | 5 | ZINC 化合物記錄 |
獲取記錄並核對身份
- 開啟 Settings → Connectors，搜尋來源並確認目標 Agent 可使用。
- 開啟詳情，閱讀 Tools、輸入、示例與第三方要求。
- 明確查詢詞/編號和條數上限，整理文獻或證據時保留準確查詢。
- 核對返回 ID 和來源欄位。空結果、截斷結果和錯誤不是同一種狀態。
- 按需要明確儲存到專案/文獻庫。查詢返回不表示所有論文已入庫或全文已下載。
從一個已知標識開始
案例演示 解析人 TP53 基因標識
啟用 Genes & Ontologies，請求：使用 query_genes 解析 TP53，scopes="symbol"、species="human"、fields="symbol,name,entrezgene"。返回輸入 query 及未匹配記錄。 本例返回的人 TP53 記錄對應 Entrez Gene 7157，名稱為 tumor protein p53。使用對映 ID 前，核對返回記錄的 query 與 symbol。符號可能多重匹配，應保留全部結果，直到確認物種與目標記錄。準確欄位。
選擇查詢並檢查結果
示例 小範圍資料庫查詢與返回值
下表記錄這些示例查詢的返回，實時檢索結果可能不同。
| Connector / 工具 | 輸入 | 實際結果 |
|---|---|---|
| Omics Archives / geo_get_series | accessions: ["GSE60450"] | 返回系列及 12 個樣本後設資料，不代表重算上傳矩陣 |
| Genes / query_genes | TP53、symbol、human | Entrez Gene ID 7157，TP53，tumor protein p53 |
| PubMed / search_articles | GSE60450，上限 2 | PMID 38059347、37306301；是查詢匹配，不自動等於資料集原始論文 |
| Chemistry / pubchem_search_compounds | aspirin，上限 1 CID | CID 2244、C9H8O4、分子量 180.16 |
| Literature / openalex_search_works | CRISPR base editing；2020 年起；開放獲取；上限 2 | 兩條成果記錄，包含 OpenAlex ID、來源欄位及完整性標記 |
連線 OpenAlex 並追蹤引用關係
- 開啟 Settings → Connectors → Literature Graph → Manage credentials → OpenAlex。
- 輸入自己的 API key，點選 Validate，驗證成功後點選 Save。
- 按主題檢索，並設定較小的
max_records。檢查n_records_returned和records_truncated，再判斷結果是否完整。 - 將返回的成果 ID 交給
openalex_get_work獲取詳情。openalex_citations查詢引用該成果的文獻；openalex_references查詢該成果引用的文獻，兩者方向不同。 - 按作者檢索時，先核對機構和 ORCID，再獲取作者檔案。查詢期刊時可用來源 ID 或 ISSN 區分同名結果。
篩選條件和返回欄位見 OpenAlex 操作引數。
查詢 DOI 及關聯研究記錄
啟用 Literature Graph。出版方後設資料使用 crossref_get_work，登記的更正/撤稿關係使用 crossref_get_updates。透過 datacite_search_records 查詢資料集或軟體 DOI，再用 datacite_get_record 檢查選定條目。這四個公開方法不需要 OpenAlex key。下載或引用前核對 DOI 身份、關係方向和複用條件，準確欄位見操作引數參考。
Rfam 序列搜尋現在使用官方批次端點。舊安裝返回已停用端點錯誤時，先更新應用，再重試目標操作。尚在等待的作業不等於搜尋完成且無命中。
查詢結果與報錯怎麼處理
檢查數量、分頁遊標、truncated/may_be_truncated、未找到的 ID 和逐項錯誤。返回條數上限不能證明沒有更多記錄。按資源保留基因組版本、物種、組織、單位及編號版本。
400/422 檢查欄位、型別和編號體系；401/403 檢查服務憑據與範圍；429 按服務響應等待並縮小批次。
使用結果前檢查返回狀態。示例及其有限範圍的響應記錄保留在操作引數參考。
| 實際遇到的結果 | 下一步 |
|---|---|
found: false、零條記錄、研究者或供應商匹配為空 | 檢查識別符號、物種、範圍和篩選條件，保留空結果，不能寫成已取得記錄 |
OpenAlex 的 credential_required | 開啟請求的憑據表單，繫結自己的金鑰後重試 |
直接訪問 NCBI 的變異查詢返回 contact_email_required | 前往 Settings → Connectors → Manage credentials → Literature access，填寫 Contact email 並點選 Save，再重試失敗的查詢。NCBI API key 為可選項。核對返回的識別符號、匹配數量和截斷標記；空結果與連線錯誤不同 |
eQTL 返回 HTTP 410 | 保留來源 URL、操作和響應，先檢查服務狀態，不要為了消除報錯修改科學輸入 |
Connector request timed out after 30000ms | 縮小請求後重試。僅提高外層 Notebook 超時不會改變 Connector 自身的截止時間 |
Notebook execution timed out after 60000ms | 本次執行未取得結果。逐項重試，不能據此認定批次內所有上游服務均失效 |
BioMart 返回 HTML 維護頁面；PRIDE 返回 Unexpected end of JSON input | 未獲得預期結構化響應。稍後重試，並保留響應型別或錯誤以便反饋 |
| ZINC task did not complete in time | 保留返回的任務與結果 URL，檢查原任務；反覆新建任務不能恢復它的結果 |
透過故障排查反饋時，提供操作名、限定輸入、錯誤原文和時間；分享前移除憑據與私有資料。
查詢操作引數
需要必填欄位、可接受的值與呼叫示例時，查閱 Connector 操作引數參考。先在本頁選擇來源，再按具體操作查引數。
實現依據: ConnectorsPanel.tsx。
目錄來源: catalog.ts, registry.ts.