分析前核對物種、參考基因組與染色體編號
案例演示 核對人類 GRCh38.p14 的 1 號染色體
合併不同資料庫的記錄前，先確認物種、帶版本的參考組裝和染色體別名。最終保留一個染色體的身份核對表及原始響應。
開始前，按科學資料庫啟用所需 Connector，選擇已連線的模型，並確保 Notebook 執行環境可用。
1. 查詢物種、組裝與染色體
- 在 Settings → Connectors 中啟用 Genomes，開啟已連線模型、Notebook 執行環境可用的會話。本例在 v0.31.1 使用 Codex subscription。
- 按物種、帶版本號的組裝、序列的順序查詢，傳送：
Use Genomes through Session Notebook. Load its connector instructions.
Call ncbi_resolve_taxon with query human and max_matches 10.
Call ncbi_get_assembly_info with assembly_accession GCF_000001405.40.
Call ncbi_get_sequence_aliases with assembly_accession GCF_000001405.40,
sequence chr1 and max_sequences 200. Save the complete responses as
ncbi-human-taxon.json, ncbi-grch38-assembly.json and ncbi-chr1-aliases.json.
Save ncbi-reference-identity.csv and ncbi-reference-notes.md with the
query, identity, ambiguity and truncation flags, and source URLs.
Preserve accession versions and RefSeq/GenBank differences. Do not perform
coordinate liftover or invent results. Keep everything in English.
2. 對照返回的識別符號
開啟說明，對照三個 JSON 中返回的標識。本例三次呼叫均成功。
| 核對項 | 本例結果 |
|---|---|
| 物種 | Homo sapiens，TaxID 9606；一個匹配，ambiguous: false |
| 請求與當前組裝 | GCF_000001405.40，GRCh38.p14，UCSC 名稱 hg38 |
| 配對的 GenBank 組裝 | GCA_000001405.29；返回記錄說明其與 RefSeq 存在差異 |
| 1 號染色體別名 | 1、chr1、RefSeq NC_000001.11、GenBank CM000663.2 |
| 選定序列 | 248956422 bp，Primary Assembly；一個匹配，matches_truncated: false |
3. 儲存身份核對表和來源記錄
查詢說明 · 身份對照表 · 物種響應 · 組裝響應 · 序列響應
這裡完成的是一條選定染色體的查詢，不是全部組裝序列的匯出。更換查詢時，仍需保留歧義匹配和截斷標記。組裝名稱不能替代帶版本號的登入號；響應中出現當前登入號，也不能據此默默替換歷史版本。序列別名描述同一組裝內的命名關係，不會執行跨組裝座標轉換。準確輸入