종, 참조 genome 및 크롬 식별자 확인
실습 예제 인간적인 GRCh38.p14 크롬 1를 확인하십시오
유기체, 버전 조립 및 염색체 별칭을 확인하여 다른 데이터베이스에서 레코드를 결합하기 전에. 산출은 본래 근원 응답과 더불어 1개의 chromosome를 위한 ID 테이블입니다.
시작하기 전에 필요한 커넥터를 활성화하려면 과학 데이터베이스을 따르십시오. 연결된 모델과 사용 가능한 Notebook 런타임을 사용합니다.
1. 생물, 집합 및 염색체를 조회하십시오
- **한국어 (Korean)**에서 Settings → Connectors을 활성화하십시오. 연결된 모델과 사용 가능한 Notebook 런타임으로 세션을 엽니다. 이 v0.31.1 예제는 Codex subscription을 사용했습니다.
- 생물, 이름 * 집합 및 순서에 조회하십시오. 지불 조건:
Use Genomes through Session Notebook. Load its connector instructions.
Call ncbi_resolve_taxon with query human and max_matches 10.
Call ncbi_get_assembly_info with assembly_accession GCF_000001405.40.
Call ncbi_get_sequence_aliases with assembly_accession GCF_000001405.40,
sequence chr1 and max_sequences 200. Save the complete responses as
ncbi-human-taxon.json, ncbi-grch38-assembly.json and ncbi-chr1-aliases.json.
Save ncbi-reference-identity.csv and ncbi-reference-notes.md with the
query, identity, ambiguity and truncation flags, and source URLs.
Preserve accession versions and RefSeq/GenBank differences. Do not perform
coordinate liftover or invent results. Keep everything in English.
2. 반환된 식별자를 비교
노트를 열고 3 JSON 파일에서 반환된 ID를 비교합니다. 이 예에서 성공한 모든 3개의 통화.
| 【특전】 | 이 예제의 결과 |
|---|---|
| 학회소개 | Homo sapiens, 세금 9606; 1개의 경기, ambiguous: false |
| 요청/현재 집합 | GCF_000001405.40, 모델: GRCh38.p14, UCSC 이름 hg38의 |
| 쌍 GenBank 집합 | GCA_000001405.29; 반환된 기록 보고서는 RefSeq의 차이를 보여줍니다. |
| Chromosome 1 별칭 | 1, 한국어 (ko), RefSeq의 NC_000001.11, 젠뱅크 모델 번호: CM0006632 |
| 선택된 순서 | 248956422의 bp, 1 차적인 회의; 1개의 경기, matches_truncated: false |
3. 정체 테이블과 소스 레코드를 유지
Query 노트 · Identity 테이블 · 세금 응답 · 회의 응답 · Sequence 응답
이 예에서는 선택된 크로노섬의 조회를 완료했습니다. 어셈블리의 모든 서열을 내보낸 것은 아닙니다. 쿼리를 바꿀 때도 모호한 일치와 잘림 표시를 유지하세요. 어셈블리 이름은 버전이 포함된 접근번호를 대신할 수 없습니다. 현재 접근번호가 반환되어도 요청한 과거 버전을 알리지 않고 바꾸면 안 됩니다. 서열 별칭은 같은 어셈블리 안의 이름 대응이며, 어셈블리 간 좌표 변환을 수행하지 않습니다. Exact 입력