Перейти к основному содержимому

Проверить виды, ссылочный геном и хромосомные идентификаторы

Практический пример Идентифицировать хромосому человека GRCh38.p14 1

Подтвердить организм, версионные сборочные и хромосомные псевдонимы перед объединением записей из разных баз данных. Вывод представляет собой таблицу идентификации для одной хромосомы с исходными ответами.

Перед запуском следуйте Научные базы данных, чтобы включить необходимые разъемы. Используйте подключенную модель и доступный Среда выполнения Notebook.

1. Запросить организм, сборку и хромосому​

  1. Включить геномы в Settings → Connectors. Откройте сеанс с подключенной моделью и доступным временем выполнения Notebook. В этом примере v0.31.1 используется Codex subscription.
  2. Запросите организм, сборку и последовательность переизданный в этом порядке. Отправить:
Use Genomes through Session Notebook. Load its connector instructions.
Call ncbi_resolve_taxon with query human and max_matches 10.
Call ncbi_get_assembly_info with assembly_accession GCF_000001405.40.
Call ncbi_get_sequence_aliases with assembly_accession GCF_000001405.40,
sequence chr1 and max_sequences 200. Save the complete responses as
ncbi-human-taxon.json, ncbi-grch38-assembly.json and ncbi-chr1-aliases.json.
Save ncbi-reference-identity.csv and ncbi-reference-notes.md with the
query, identity, ambiguity and truncation flags, and source URLs.
Preserve accession versions and RefSeq/GenBank differences. Do not perform
coordinate liftover or invent results. Keep everything in English.

2. Сравнение возвращенных идентификаторов​

Откройте заметки и сравните возвращенные идентификаторы в трех файлах JSON. Все три вызова увенчались успехом в этом примере.

Три реальных звонка NCBI и возвращенный таксон и идентификатор сборки

ПроверитьРезультат этого примера
ОрганизмHomo sapiens, TaxID 9606; один матч, ambiguous: false
Запрашиваемая/текущая сборкаGCF_000001405.40, GRCh38.p14Название UCSC hg38
Парное собрание GenBankGCA_000001405.29; Возвращенные записи сообщают об отличиях от RefSeq
Хромосома 1 псевдонимы1, хр1Рефсек NC_000001.11GenBank CM000663.2
Выбранная последовательность248956422 bpпервичной ассамблеи; один матч, matches_truncated: false

Оригинальный ответ хромосомы-1 с версионными псевдонимами и количеством совпадений

3. Сохранить таблицу идентификационных данных и исходные записи​

Запросить заметки · Таблица идентификационных данных · Ответ таксона · Ответ Ассамблеи · Последовательность ответов

Завершён поиск для выбранная хромосома, а не экспорт всех последовательностей сборки. При изменении запроса сохраняйте неоднозначные совпадения и признаки усечения. Название сборки не заменяет идентификатор с номером версии. Возвращённый актуальный идентификатор не даёт оснований незаметно заменять запрошенную историческую версию. Псевдонимы описывают названия внутри сборки; они не преобразуют координаты между сборками. Точные входные данные

Последнее обновление