種、参照のゲノムおよび染色体識別子をチェックして下さい

実践例 人間のGRCh38.p14染色体1を識別します

異なるデータベースからレコードを組み合わせる前に、生物、バージョンアセンブリ、染色体エイリアスを確認します。 出力は、元のソース応答で1つの染色体のためのアイデンティティテーブルです。

開始する前に、科学データベース に従って、必要なコネクタを有効にします。 接続されたモデルと利用可能なNotebook ランタイムを使用します。

1. 生物、アセンブリおよび染色体を照会して下さい

1. ゲノムでSettings → Connectorsを有効にします。 接続されたモデルと利用可能なNotebookランタイムでセッションを開きます。 このv0.31.1の例では、Codex subscriptionが使われています。
2. その順序で生物、バージョンアップアセンブリおよび順序を照会して下さい。 送信:

Use Genomes through Session Notebook. Load its connector instructions.
Call ncbi_resolve_taxon with query human and max_matches 10.
Call ncbi_get_assembly_info with assembly_accession GCF_000001405.40.
Call ncbi_get_sequence_aliases with assembly_accession GCF_000001405.40,
sequence chr1 and max_sequences 200. Save the complete responses as
ncbi-human-taxon.json, ncbi-grch38-assembly.json and ncbi-chr1-aliases.json.
Save ncbi-reference-identity.csv and ncbi-reference-notes.md with the
query, identity, ambiguity and truncation flags, and source URLs.
Preserve accession versions and RefSeq/GenBank differences. Do not perform
coordinate liftover or invent results. Keep everything in English.

2. 返された識別子を比較する

メモを開き、返されたIDを3つのJSONファイル全体で比較します。 この例では3つの呼び出しが成功しました。

使い方	この例の結果
組織図	ホモ・サピアン、税理士事務所 9606; 1つのマッチ、 ambiguous: false
要求される/currentアセンブリ	GCF_000001405.40の特長, GRCh38.p14の特長、UCSCの名前 hg38の特長
組まれたGenBankアセンブリ	GCA_000001405.29; RefSeqの返されたレコードレポートの違い
Chromosome 1 エイリアス	1, chr1の特長, RefSeqの NC_000001.11, GenBank , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , CM000663.2
選択されたシーケンス	248956422のbp、第一次アセンブリ; 1つのマッチ、 matches_truncated: false

3. アイデンティティテーブルとソースレコードを保持する

クエリノート · アイデンティティテーブル · 税制上の対応 · アセンブリ応答 · シーケンス応答

本例では 1つの選択された染色体の照会が完了しました。アセンブリの全配列をエクスポートしたわけではありません。クエリを変更する際も、曖昧な一致と打ち切りフラグを保持してください。アセンブリ名はバージョン付きアクセッションの代わりにはなりません。現在のアクセッションが返されても、要求した旧版を無断で置き換えてはいけません。配列の別名は同じアセンブリ内の名前の対応であり、アセンブリ間の座標変換ではありません。正確な入力