分析前核对物种、参考基因组与染色体编号
案例演示 核对人类 GRCh38.p14 的 1 号染色体
合并不同数据库的记录前，先确认物种、带版本的参考组装和染色体别名。最终保留一个染色体的身份核对表及原始响应。
开始前，按科学数据库启用所需 Connector，选择已连接的模型，并确保 Notebook 运行环境可用。
1. 查询物种、组装与染色体
- 在 Settings → Connectors 中启用 Genomes，打开已连接模型、Notebook 运行环境可用的会话。本例在 v0.31.1 使用 Codex subscription。
- 按物种、带版本号的组装、序列的顺序查询，发送：
Use Genomes through Session Notebook. Load its connector instructions.
Call ncbi_resolve_taxon with query human and max_matches 10.
Call ncbi_get_assembly_info with assembly_accession GCF_000001405.40.
Call ncbi_get_sequence_aliases with assembly_accession GCF_000001405.40,
sequence chr1 and max_sequences 200. Save the complete responses as
ncbi-human-taxon.json, ncbi-grch38-assembly.json and ncbi-chr1-aliases.json.
Save ncbi-reference-identity.csv and ncbi-reference-notes.md with the
query, identity, ambiguity and truncation flags, and source URLs.
Preserve accession versions and RefSeq/GenBank differences. Do not perform
coordinate liftover or invent results. Keep everything in English.
2. 对照返回的标识符
打开说明，对照三个 JSON 中返回的标识。本例三次调用均成功。
| 核对项 | 本例结果 |
|---|---|
| 物种 | Homo sapiens，TaxID 9606；一个匹配，ambiguous: false |
| 请求与当前组装 | GCF_000001405.40，GRCh38.p14，UCSC 名称 hg38 |
| 配对的 GenBank 组装 | GCA_000001405.29；返回记录说明其与 RefSeq 存在差异 |
| 1 号染色体别名 | 1、chr1、RefSeq NC_000001.11、GenBank CM000663.2 |
| 选定序列 | 248956422 bp，Primary Assembly；一个匹配，matches_truncated: false |
3. 保存身份核对表和来源记录
查询说明 · 身份对照表 · 物种响应 · 组装响应 · 序列响应
这里完成的是一条选定染色体的查询，不是全部组装序列的导出。更换查询时，仍需保留歧义匹配和截断标记。组装名称不能替代带版本号的登录号；响应中出现当前登录号，也不能据此默默替换历史版本。序列别名描述同一组装内的命名关系，不会执行跨组装坐标转换。准确输入