Таблицы и наборы данных
Используйте предварительный просмотр, чтобы понять структуру таблицы, а затем используйте Python или R для проверки и преобразования полного файла. Общие элементы управления просмотром и загрузкой принадлежат Открытие и предварительный просмотр файлов; Границы и расширения рендерера перечислены в Форматы файлов.
Для таблицы, встроенной в литературу PDF, используйте Экстракция PDF, затем повторно открывайте экспортированную таблицу и проверяйте ее заголовки, значения и примечания против источника.
Определите, что представляет собой один ряд
Практический пример Прочитайте идентификаторы образцов и метрики в таблице QC
- Откройте Пример таблицы QC из сохраненного результата, файлов или вложения.
- Прочитайте названия колонок и решите, представляют ли строки образцы, гены или другую единицу. На этом выходе каждая строка является образцом; В своей исходной матрице каждая строка является геном.
- Найдите полную колонку идентификатора. Держите короткие ярлыки, нанесенные на эти идентификаторы.
- Прочитайте отображаемый диапазон перед оценкой размера набора данных. Используйте вычисление полного файла, когда предварительный просмотр ограничен.
- Сравните значения выборки с Общий базовый QC.
Таблица QC: значения столбцов
| Столбец | Толкование | Проверьте перед использованием |
|---|---|---|
| compact_sample | Короткая фигура этикетки | Сохраняйте отображение на исходном идентификаторе |
| original_column_name | Оригинальный идентификатор образца | Проверка отсутствующих и дублирующих имен |
| total_raw_counts | Сумма выборочных подсчетов | Сохраняйте необработанные единицы; Не называйте это нормальным выражением. |
| zero_count_genes | Количество генов с нулевым счетом | Вместе с обнаруженными генами, должны охватывать все входные строки генов. |
| detected_genes_count_gt_0 | Количество генов с положительными показателями | Это количество генов, а не величина экспрессии. |
| median_count_among_detected_genes | Медиана над положительными показателями | Заявить, что гены нулевого счета исключены |
Проверьте полный набор данных
Отдельные идентификаторы и метаданные из колонок измерений перед выбором числовых операций. Сохраняйте идентификаторы генов в качестве идентификаторов и сохраняйте длину гена вне расчетов выборки. Проверьте недостающие значения, дублирующие идентификаторы и разрешенные диапазоны значений в полном входе.
Видимый счетчик строк может описать только предварительный просмотр. Прочитайте полный файл в Notebook, чтобы установить размеры. CSV рендерер только для чтения; Нажатие заголовка не является заменой операции сортировки или фильтрации.
Сохранить преобразования как новые результаты
Укажите ключ соединения, правило фильтра, политику недостающей стоимости и ожидаемые выходные столбцы в вашем запросе. Запросите отдельный производный файл, чтобы исходный ввод оставался доступным. Откройте вывод, сравните его количество строк и идентификаторы с входом и проверьте выполненный код перед интерпретацией изменений.
Переменные Notebook являются временным состоянием ядра до тех пор, пока не будут сохранены. Видимая переменная и управляемая версия файла имеют разные жизненные циклы. использовать Файлы и версии для сохранения и сравнения сохраненных результатов.
Выберите читатель для других форматов
Для .xls/.xlsx используйте элементы предварительного просмотра Office и управления рабочими листами, описанные в Превью. Бинарные контейнеры, такие как .h5ad или .h5, требуют совместимой библиотеки анализа. Разделенная на вкладке матрица .txt может открываться в виде текста. Переименование расширения не конвертирует данные и не делает неподдерживаемый формат читаемым.