Durées d'exécution Python et R

Ouvrez Settings → Runtimes pour sélectionner les environnements Python et R disponibles pour les ordinateurs portables et l'Agent. Le statut Ready d'un environnement indique une détection/mise en place réussie; son commutateur Enable contrôle séparément la disponibilité de l'Agent.

Choisissez un environnement géré par l'application ou un interprète existant. Inspectez son chemin, sa version, son état Ready et Activez le commutateur avant utilisation. Le système R et l'application R peuvent coexister.

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Votre choix est gardé à travers les chapitres.

Choisissez un environnement pour votre projet

Enregistrez le nom, le chemin et la version de l'interprète. Pour une première analyse Python, préférez l'environnement isolé géré par l'application afin que les changements de paquets ne modifient pas un environnement de recherche non lié. Inspectez Packages pour les bibliothèques requises avant de demander l'installation. Une liste de paquets réussie est une vérification en lecture seule; il n'accorde pas à l'agent la permission de modifier un interprète externe.

Après un échec d'exécution, distinguer un interprète non disponible, un paquet manquant, une requête refusée et une erreur de code. La réinstallation est appropriée pour un temps d'exécution géré cassé, pas pour chaque analyse échouée. Si vous avez besoin de reproduire un résultat, conservez la version d'entrée et le code avec les détails d'exécution.

Comprendre les principaux contrôles

Contrôle	Objet et limites
Recheck	Rafraîchir les interprètes découverts et leur statut. Le panneau montre la dernière fois. Indisponible pendant les travaux de configuration en conflit.
Network settings	Ouvrez la configuration pour la protection réseau Notebook. La bannière explique si les sessions et les téléchargements de paquets sont limités aux domaines approuvés.
Let the Agent create environments	Contrôlez si l'Agent peut créer des environnements et configurer des runtimes manquants. Ce désactivation ne supprime pas les contrôles explicites de configuration ou de réparation de l'utilisateur.
Add interpreter…	Ouvrez le sélecteur exécutable système pour un interprète existant. Sélectionnez l'exécutable réel, puis confirmez son chemin détecté et son état Ready.
Download and set up	Préparer un environnement géré par l'application lorsqu'il manque.
Cancel pendant l'installation	Demander l'annulation de la configuration en cours d'exécution. Attendez que l'opération s'installe avant de commencer une autre.
Retry setup	Réempter une configuration infructueuse après avoir résolu sa cause.
Activer [l'environnement]	Rendre l'environnement disponible pour la sélection des agents. La désactivation d'un environnement en service peut nécessiter une confirmation de l'impact.
Allow package install	Consentement séparé pour un environnement externe Python ou R activé. Le consentement de R est limité à une bibliothèque personnelle sélectionnée. L'inscription des paquets n'exige pas le consentement d'installation.
Paquets [compte]	Ouvrez l'inventaire du paquet installé pour cet interprète.
Reinstall	Ouvrir la confirmation avant de reconstruire un environnement géré par l'application.

Installer un environnement géré par l'application

Installer Python géré par l'application

1. Trouvez Python → App-managed environment.
2. Sélectionnez Download and set up.
3. Lisez le message de progression et attendez. Cancel devient disponible pendant que la configuration est en cours.
4. En cas de succès, confirmez conda: par défaut-python, App-managed et Ready.
5. Vérifiez le chemin de l'interprète et le commutateur Activer conda: par défaut-python.

Confirmez Ready, le chemin d'interprétation sélectionné et l'état activé. Le nombre de paquets et les versions peuvent varier selon la source d'installation; n'utilisez pas le chemin temporaire screenshots comme emplacement d'environnement permanent.

Installer R géré par l'application

1. Ouvrez Settings → Runtimes et faites défiler vers R.
2. Sous App-managed environment, sélectionnez Download and set up. Un système existant R ne vous empêche pas d'installer cet environnement séparé.
3. Attendez le téléchargement et la création d'environnement pour terminer. Gardez l'application ouverte et lisez toute erreur avant de réessayer.
4. Confirmez conda: par défaut-r, App-managed, Ready, et un commutateur activé.
5. Ouvrez Packages. Entrez r-base dans Filter packages pour vérifier la version et le canal R installés; effacer le filtre pour voir tous les paquets.

Confirmer que le filtrage r-base retourne le paquet R installé, avec sa version et son canal. Les totaux des paquets reflètent votre environnement et peuvent différer de la capture d'écran.

Connecter un interprète existant

Utiliser R déjà installé sur votre ordinateur

Sélectionnez Recheck et inspectez le chemin et la version R détectés. Si votre interprète est absent, utilisez Add interpreter… pour sélectionner son exécutable. Ready et Enable ont des significations différentes: la détection confirme que l'interprète est disponible; permet de le sélectionner par l'Agent.

Dans un R Notebook, vérifiez R.home() pour confirmer l'environnement utilisé. Pour installer des dépendances, autorisez une bibliothèque personnelle à l'aide du étapes d'installation externes R.

Un chemin détecté tel que /opt/homebrew/bin/R identifie une installation système.

Enregistrer et utiliser Python externe

1. Préparez l'environnement Python que vous comptez utiliser.
2. Sélectionnez Add interpreter…, choisissez son exécutable Python et vérifiez Ready, le chemin et la version.
3. Utilisez Recheck pour vérifier la détection, puis activez cet environnement spécifique.
4. Demandez à l'Agent de le sélectionner explicitement pour le Notebook.
5. Imprimer sys.executable et la version Python avant de compter sur ses bibliothèques installées.

Si un interpréteur symlink ne peut pas être sélectionné dans le sélectionneur de fichiers macOS, sélectionnez l'exécutable réel de l'environnement prévu. Confirmez sys.executable après l'avoir lié. Utilisez un chemin d'installation stable plutôt que le chemin d'exemple temporaire screenshot.

Autorisation du paquet et résultat de l'installation

Pour un nouveau paquet dans un environnement externe Python, vérifiez d'abord Allow package install. Après avoir accordé la permission, attendez que l'installation termine et vérifie l'importation dans le même environnement avant de continuer.

Si l'installation signale 403 Forbidden ou destination resolves to a non-public network address, inspecter le nom d'hôte touché et suivre Réseau avant de réessayer. Ces erreurs concernent l'accès au réseau et ne prouvent pas que le paquet n'est pas disponible. Gardez la protection du réseau activée.

Désactiver un environnement utilisé par un Notebook

Sélectionnez son commutateur Enable et lisez le compte de noyau actif/durci avant de confirmer. Désactivation peut fermer le noyau; Après avoir réactivé, sélectionnez à nouveau un temps d'exécution disponible pour la session. Ce panneau fournit des commandes activées/désactivables plutôt qu'une action Supprimer l'interprète séparée.

Installer les paquets dans R externe

Utilisez ceci lorsque votre interprète R existant fonctionne mais a besoin d'un paquet supplémentaire. L'application accorde l'accès à une bibliothèque personnelle existante, et non aux bibliothèques de système ou de site.

1. Dans Settings → Runtimes, activez l'environnement externe prévu R et confirmez son chemin/version.
2. Sous Personal R package library, inspectez l'emplacement détecté ou sélectionnez une bibliothèque admissible. Si aucun n'est détecté, utilisez Advanced options → Choose library folder… pour sélectionner une bibliothèque personnelle enregistrable existante visible par cet interprète R. Cette action ne crée pas de dossier.
3. Activez Allow package install. Lire le chemin sélectionné avant d'autoriser : d'autres projets utilisant cette bibliothèque peuvent voir les modifications du paquet installé.
4. Demander le paquet requis via l'opération de gestion du paquet apps, nommant cet environnement R. Suivez le résultat d'installation et n'importe quelle instruction de démarrage du noyau.
5. Exécutez R.home(), .libPaths(), library(PACKAGE_NAME) et packageVersion("PACKAGE_NAME") dans cet environnement, en remplaçant le porte-place du paquet. Confirmer que la bibliothèque prévue est utilisée avant de poursuivre l'analyse.

Éteignez Allow package install pour révoquer le consentement à l'installation future. Il ne désinstalle pas les paquets déjà écrits. Revoquez le consentement avant de choisir une autre bibliothèque. Si aucun dossier admissible n'existe, préparez une bibliothèque personnelle R en dehors de l'application ou utilisez un environnement géré par l'application; ne pas choisir la bibliothèque système pour contourner une vérification échouée.

Restaurer les paquets des verrous capturés

Pour un résultat enregistré, ouvrez Provenance → Environment et inspectez le verrou capturé. Utilisez Download bundle lorsque vous l'offrez. Lisez les instructions et les prérequis avant de restaurer quoi que ce soit.

R externe nécessite une installation renv disponible et un renv.lock pris en charge; Python externe a besoin d'un verrouillage des exigences supportées avec des hachages épinglés. Un chemin d'interprétation et une liste de noms de paquets à eux seuls ne suffisent pas. Les exigences de l'interprète, de la plate-forme, de l'architecture et de la gestion des paquets doivent correspondre à l'environnement de restauration.

Extraire le paquet, choisir une nouvelle destination enregistrable que vous possédez, et exécuter son restore-packages.py inclus avec l'interprète et les chemins de destination réels, en suivant les instructions groupées. Le script vérifie les prérequis et les somme de contrôle avant de restaurer les paquets, puis vérifie leurs versions et chemins efficaces. Si une vérification échoue, résolvez cette condition au lieu d'éditer le verrou pour forcer le succès. Open-Science n'adopte pas ou ne supprime pas cette destination externe.

Il s'agit de la restauration conditionnelle d'un paquet, pas d'un clone d'environnement complet. Réouvrir le résultat et utiliser Reproductibilité quand une recette capturée prise en charge est disponible pour comparer les sorties.

Inspecter les paquets installés

Sélectionnez Packages sur la carte Python prévue. La boîte de dialogue montre que l'environnement représente le chemin, la source du paquet et l'état.

Saisissez un nom de paquet comme numpy dans Filter packages, inspectez sa version et son canal, puis effacez le filtre pour restaurer la liste. Utilisez Close pour retourner.

Les colonnes de tableau sont Name, Version, Build et Channel. Un tiret dans Construction signifie qu'aucune valeur de construction n'est affichée. Cette boîte de dialogue est un inventaire : elle n'a pas de boutons d'installation ou de désinstallation. N'essayez pas de trouver un champ paquet "Installer" dans cette boîte de dialogue.

Vérifier l'environnement avec une analyse réelle

Exécutez un petit calcul dans l'environnement choisi, rouvrez sa sortie et comparez-la avec le niveau de référence partagé. Suivez R Notebook pour l'exécution et l'exportation.

Le flux de travail de qualité des données fournit une route Python en utilisant les dépendances existantes. Un calcul réussi ne démontre pas que de nouveaux paquets peuvent être installés ou un noyau redémarré.

Si une importation échoue, inspectez l'exécution sélectionnée et ses paquets installés. Pour un téléchargement rejeté parce qu'un nom d'hôte se résout à une adresse réservée, suivez Réseau. Le code d'exécution avec les paquets existants n'établit pas que des paquets supplémentaires peuvent être installés.

Avant une autre analyse, inspecter les paquets requis dans l'environnement sélectionné. Utilisez l'opération de gestion du paquet prise en charge si nécessaire, lisez le résultat réel, suivez toute exigence de redémarrage, et vérifiez l'importation. Une autorisation, une carte de progression ou un interprète prêt n'est pas un test d'importation.

Pour un résultat enregistré avec un environnement incomplet ou des preuves d'exécution, ouvrez Provenance et inspectez les informations manquantes. Pour préparer une nouvelle version pour une vérification de reproductibilité, suivez Préparation de l'environnement. La correspondance d'un résultat numérique ne remplit pas la provenance manquante.

Confirmer l'interprète actif

Après avoir préparé Python ou R, exécutez les commandes suivantes dans la langue correspondante Notebook pour vérifier sa version et son chemin réels. Les paramètres peuvent énumérer plusieurs environnements; utiliser la sortie de l'exécution courante pour identifier celle utilisée.

Python:

import sys
print(sys.version)
print(sys.executable)

R:

R.version.string
R.home()

Ensuite, lisez un petit tableau de projet, vérifiez son nombre de lignes et enregistrez le résultat. Après la réouverture de l'application, effectuez à nouveau la vérification avant de poursuivre une analyse. Un rapport historique lisible ne signifie pas que les variables in-memory précédentes existent encore. Voir Notebook et preuves d'exécution pour les commandes Notebook.

Entretien et réparation des environnements

Annuler l'installation et réessayer

Pendant Download and set up, choisissez Cancel et attendez Configuration d'exécution annulée. Choisissez Retry setup, attendez Ready, et ouvrez Packages pour inspecter l'environnement. Ne démarrez pas une seconde configuration pendant que la première opération est toujours en train de se régler.

Réinstaller un environnement géré

1. Enregistrer les rapports nécessaires et enregistrer tous les paquets que vous avez ajoutés.
2. Sélectionnez Reinstall sur l'environnement géré prévu.
3. Lisez l'avis d'impact, puis choisissez Reinstall runtime.
4. Attendez Ready et inspectez Packages.
5. Démarrez une nouvelle cellule Notebook et rouvrez vos entrées et sorties sauvegardées.

La réinstallation supprime et recrée l'environnement. Dans la récupération exercée, une cellule active a été annulée avec Exécuter annulé : l'exécution a été arrêtée pendant l'exécution de cette cellule. L'ancienne histoire de Notebook est restée visible, mais son espace de noms n'existait plus. Une cellule fraîche a confirmé l'absence d'une variable antérieure; le CSV inchangé renvoyait toujours les lignes 12 et les nombres 269,027,617, et le rapport enregistré a rouvert.

Les fichiers conservés et la mémoire du noyau conservée sont différents. Recréer les variables en réinitialisant le code requis. D'autres paquets peuvent nécessiter une réinstallation; La récupération réussie de l'environnement de base n'établit pas la récupération de toute dépendance supplémentaire.

Construction de développement: micromamba introuvable

La première tentative dans la construction de la source a échoué avant de fournir parce que le processus de développement n'a pas pu localiser micromamba.

L'application emballée inclut ce binaire. Pour une compilation source, pointez OPEN_SCIENCE_MICROMAMBA_BIN à un exécutable micromamba valide dans l'environnement de lancement de ce processus et redémarrez l'instance de développement. Utilisez le chemin binaire d'une installation compatible et confirmez qu'il est exécutable avant de relancer.

Cette variable d'environnement est un détail de configuration de développement, pas un champ dans la page Runtimes. Ne supprimez pas un répertoire d'environnement pour contourner cette erreur de découverte.