Notebook et preuves d'exécution
Utilisez Notebook pour inspecter le code exécuté, exécuter une commande dans le noyau courant et suivre le travail de fond. Pour un fichier sauvegardé, ouvrez Provenance pour inspecter l'exécution et les preuves associées à cette version de fichier.
Avant d'exécuter Python ou R, activer un temps d'exécution compatible. Pour un exemple complet d'analyse de données, utilisez le flux de travail des données publiques.
Ouvrir une session Notebook
- Ouvrez le projet et la conversation contenant le calcul que vous voulez inspecter. Si vous démarrez à nouveau, demandez à l'agent d'exécuter un petit calcul dans le Séance Notebook d'abord.
- Sélectionnez Open notebook ou utilisez le menu conversation View notebook.
- Sélectionnez l'onglet Notebook lorsqu'un prévisualisation de fichier est actif.
- Utilisez Agent pour choisir le propriétaire de l'exécution, puis Python / R / Bash pour choisir la langue.
- Ouvrez une exécution numérotée et lisez son état de sortie et d'achèvement. Une activité copiée portant l'étiquette code shown contient un code affiché; inspecter la séance de production originale pour son dossier d'exécution.
| Contrôle | Décision | Résultat |
|---|---|---|
| Agent | Sélectionner Main ou un agent pour enfants | Affiche les dossiers de ce propriétaire; agents peuvent avoir des noyaux séparés |
| Langue | Sélectionnez une langue disponible | change les enregistrements et la console; installer les langues manquantes dans Runtimes |
| Exécution numérotée | Sélectionner une exécution enregistrée | Ouvre son code, sa sortie et son statut |
| Copier dans le presse-papier | Copier le code sélectionné | Conserve les chemins et les dépendances externes comme écrit |
| Masquer la sortie / Afficher la sortie | Réduire ou étendre la sortie | Modifie la vue sans rediffusion du code |
| exécutez le code dans ce noyau... | Entrez et soumettez le code | Exécute dans le noyau live sélectionné |
| Fermer / effondrement de l'aperçu | Retour à la conversation | Conserve l'historique des exécutions enregistrées |
Vérifiez Données/Inputs quand vous êtes présent. Correspondez au fichier et à la version affichés à votre demande. Si une référence n'est pas disponible, rouvrez ou joignez l'entrée prévue à travers l'application avant de réessayer.
Travailler dans le noyau en direct
Exécutez une vérification dans le noyau en direct
Sélectionnez Python, cliquez sur exécutez le code dans ce noyau..., puis entrez la commande autonome suivante. Il ne nécessite aucun ensemble de données, paquet tiers ou variables d'une conversation antérieure:
import sys
print("Python:", sys.version.split()[0])
print("Executable:", sys.executable)
Appuyez sur Entrez pour exécuter; Utilisez Maj + Entrée pour une nouvelle ligne. Rejeter un menu ouvert avec Échappement avant de soumettre. Confirmez une entrée python · vous numérotée et l'information de l'interprète dans sa sortie. L'exécutable doit appartenir à l'exécution que vous avez sélectionnée.
Pour R, sélectionnez R et soumettez :
cat(R.version.string, "\n")
cat("R home:", R.home(), "\n")
Inspectez l'entrée R enregistrée et sa sortie. Python et R ont des variables séparées. Un NameError ou object not found signifie généralement que l'objet nommé n'a pas été créé dans ce noyau; Inspectez votre code avant de réutiliser une commande d'une autre session.
Pour une vérification de l'interpréteur et des résultats enregistrés, ouvrez Durées d'exécution Python et R et choisissez Windows en haut de la page.
Inspecter les variables en direct
- Sélectionnez Inspect variables après un essai qui crée des variables.
- Lire Name, Type, Size / Shape et Preview.
- Saisissez un nom de votre propre code dans Filter variables. Pour l'exemple de capture d'écran,
shafiltre les variables de hachage listées; choisissez un nom qui existe dans votre propre noyau. - Utilisez Refresh variables pour lire l'espace de noms actuel, et Show private variables si le nom dont vous avez besoin est caché.
- Sélectionnez Close pour revenir à la Notebook.
Un aperçu peut abréger une valeur; imprimer le champ nécessaire dans la console pour l'inspecter complètement. Variable tracking is limited signifie que le graphique de dépendance est incomplet. Pour un résultat suivi, Stalle indique une dépendance changée; unknown signifie que la relation n'a pas pu être établie. Relancer le code affecté avant d'utiliser un résultat obsolète.
Continuer après un changement de noyau
Changer ou reconstruire un runtime peut arrêter son noyau. Les fichiers sauvegardés et les enregistrements d'exécution restent séparés des variables in-memory. Après le changement, exécutez la vérification de l'interpréteur ci-dessus, recréez les variables requises en réexécutant leur code de production et réouvrez les fichiers sauvegardés dont vous avez besoin.
Utilisez Environnements d'exécution pour l'annulation et la réinstallation de configuration. Une reconstruction de l'exécution, un redémarrage normal du noyau et la récupération d'un travail de fond sont des opérations différentes; vérifier l'état de l'opération concernée plutôt que de supposer qu'elle rétablit l'état identique.
Exécuter la même vérification du nombre de gènes dans R
Exemple pratique Vérifiez le nombre de gènes GSE60450 dans R
- Installer et activer R.
- Joindre le matrice originale. Si vous comparez un résultat Python, joignez ce CSV à la même conversation.
- Demandez l'exécution de Session Notebook → R et les exigences d'entrée/sortie dans le flux de travail de qualité des données. Spécifiez la conservation d'identificateurs complets et d'un fichier de sortie séparé.
- Si Change notebook runtime? apparaît, confirmez Langue: R et l'interprète prévu. Vérifiez l'environnement sur la requête Run R code? suivante.
- Ouvrez Notebook → R, lisez l'enregistrement d'exécution, puis ouvrez la figure et le rapport CSV enregistrés.
Comparer les mesures par l'identificateur de l'échantillon complet à l'aide du niveau de référence partagé. Conservez la source d'origine et enregistrez les mesures qui incluent ou excluent les nombres nuls. Le CQ du compte brut prépare les données pour une analyse statistique conçue séparément.
Conservez le résultat R et ses preuves ensemble
Ouvrez le Provenance → Execution Log → Download notebook enregistré de CSV. Conservez l'exportation à côté de ses intrants et de ses résultats. Une exportation pour une version de fichier peut omettre des commandes de console manuelles ultérieures.
L'inventaire des paquets Runtimes décrit l'environnement installé; Provenance décrit les preuves environnementales saisies pour un fichier particulier. Lisez les avis d'inventaire partial ou cached-inventory plutôt que de comparer le nombre de paquets comme s'ils étaient la même liste.
Tâches de base et réalisation des résultats
Demandez l'exécution de l'arrière-plan lorsqu'une tâche Python, R, REPL persistante ou shell prise en charge doit continuer pendant que vous travaillez ailleurs. Inclure l'entrée, les sorties et l'état d'arrêt dans la demande.
- Après l'admission, ouvrez l'entrée Background tasks de la conversation. Il regroupe les emplois de gestion locale et de calcul à distance; une conversation sans tâches peut ne pas la montrer.
- Lisez l'identité de la tâche, l'environnement, le statut et le temps écoulé.
- Sélectionnez Open pour inspecter la tâche Notebook correspondante.
- Pour arrêter une tâche, sélectionnez son contrôle Cancel et attendez que le statut soit réglé. Vérifiez les fichiers déjà enregistrés avant de les utiliser ou de les jeter.
- Après l'achèvement, inspecter le message de résultat livré et ouvrir les sorties sauvegardées.
- Après interruption ou redémarrage d'une application, inspecter la tâche existante et tout message de récupération avant de soumettre une autre copie.
| État | Quoi vérifier |
|---|---|
| En attente / Courir | Environnement et progrès choisis; shell jobs peut attendre une fente d'exécution |
| Annulation / Annulé | Que l'annulation soit toujours en cours de traitement ou qu'elle soit réglée |
| Terminé | Résultat de sortie et fichiers de sortie enregistrés |
| Échec / Arrêt dans les délais / Interruption | Première erreur, sortie conservée et action de récupération offerte |
| Résultat indisponible | Dossier d'emploi existant et détails de récupération |
La fermeture de la liste des tâches laisse la tâche en cours. L'achèvement d'un calcul et la livraison de son message de résultat sont des étapes distinctes. Les emplois distants ont également besoin des conditions d'hôte et de programmeur en Calcul à distance.
Inspecter les preuves d'une version sauvegardée
Ouvrez un fichier enregistré et sélectionnez File actions → Provenance ou Ouvrir Provenance dans son aperçu élargi. Confirmez d'abord la version de fichier sélectionnée.
| Tab ou contrôle | Utilisez-le pour inspecter |
|---|---|
| Coder | Code du producteur capturé, références d'entrée, copie/téléchargement et générer le script |
| Journal d'exécution | Enregistrements d'exécution gelés pour la version sélectionnée |
| Messages | Demandes et décisions saisies associées au résultat |
| Environnement | Interprète, information sur les paquets et état de capture; voir Conditions de restauration. |
| Reproductibilité | Entrées captées, vérifications de rediffusion, comparaisons de sortie et enregistrements de vérification. |
| Article de synthèse | Revue associée à cette version de fichier exacte |
| Précédent / Suivant Version Artifact | Preuve d'une autre version sauvegardée; non disponible quand il n'y en a pas |
| Fermer le panneau de provenance | Retour à l'aperçu |
| Étiquette | Signification et action suivante |
|---|---|
| limité | Les éléments de preuve conservés couvrent une portée limitée. Gardez cette portée avec le code et les résultats exportés. |
| partiel | Certaines informations sur l'environnement sont manquantes ou non confirmées. Consigner les dépendances requises avant réutilisation externe. |
| Aucun avis pour cette version | Cette version de fichier n'a pas d'examen associé. Utilisation Réviseur comprendre la conversation et l'examen des artefacts. |
| Environnement de calage | L'inventaire a été réutilisé. Vérifiez l'interprète/paquet réel lorsque l'environnement change de matière. |
Modifier un rapport crée une autre version de fichier; il ne réexécute pas le calcul qui a produit un CSV séparé. Voir Fichiers et versions.
Pour inspecter un examen, sélectionnez Review pour la version requise, élargissez ses vérifications et utilisez Go to transcript pour inspecter l'activité citée. No issues found s'applique à ces vérifications et à cette version; il ne remplit pas les preuves manquantes d'exécution ou d'environnement. Si un avis a été interrompu, ouvrez son entrée Review error et choisissez Re-run review. Après avoir terminé, retournez à l'onglet Review du fichier et confirmez le nouveau résultat. L'échec précédent peut rester visible dans la conversation.
Reproductibilité
Pour réexécuter un résultat capturé, comparez les sorties et enregistrez l'enregistrement de vérification, suivez le Guide de reproductibilité. Ce chapitre couvre l'exécution de Notebook, l'inspection de provenance et l'exportation de code.
Code d'exportation et de réutilisation
Choisissez l'exportation qui correspond à votre objectif :
| Objectif | Entrée | Table des matières |
|---|---|---|
| Lire le code du producteur enregistré | Code → Captured producer block → Download | Source captée avec ses chemins et dépendances d'origine |
| Conserver les cellules Notebook enregistrées | Execution Log → Download notebook | Une exportation de Notebook pour le résultat/version sélectionné |
| Préparer un script portable | Code → Generate script | Une reconstruction générée par le modèle pour inspecter et tester |
Télécharger le code Python capturé sur Windows
- Ouvrez la version prévue du rapport sauvegardé, puis Provenance → Code.
- Sous Captured producer block, choisissez Download. Vérifiez le nom de fichier et la destination
.pydans la boîte de dialogue de sauvegarde, puis choisissez Save. - Ouvrez le fichier enregistré et comparez-le avec le code affiché. Dans PowerShell, exécutez-le avec le même interpréteur Python; utilisez l'opérateur d'appel
&avant un chemin exécutable cité. - Comparer la sortie avec le rapport Notebook et enregistré. Conservez tous les fichiers d'entrée requis à côté du code.
Ceci télécharge le code enregistré. Generate script est une opération de reconstruction séparée. Si la génération échoue, gardez sa pleine erreur; télécharger le code capturé ne signifie pas que la reconstruction a réussi.
Générer un script autonome
- Ouvrez le Provenance → Code de la version prévue. Vérifiez Inputs et Execution Log.
- Sélectionnez un modèle par défaut compatible dans Settings → Model → Main model. Cette fonction auxiliaire utilise cette politique, qui peut différer de la sélection du modèle de la conversation.
- Sélectionnez Generate script et attendez que Generating… finisse.
- Lire l'étiquette Reconstruction générée par la LLM. Vérifiez les chemins, les dépendances et les emplacements de sortie avant de sélectionner Download script.
- Dans la boîte de dialogue de sauvegarde du système, choisissez un répertoire séparé, vérifiez le nom de fichier
.pyet validez Save. Ouvrez le fichier enregistré pour confirmer qu'il contient le code affiché. - Fournissez les entrées en utilisant les noms exacts de fichiers attendus par le script, préparez ses dépendances, puis exécutez-le en dehors de l'application. Comparer les champs de sortie et le total de vérifications d'entrée avec le résultat enregistré. Un téléchargement terminé à lui seul ne vérifie pas le calcul.
Exemple pratique Relancez la vérification RNA-seq exportée en dehors de l'application
Pour un exemple téléchargé, enregistrez les fichiers script, entrée CSV et JSON attendu dans un seul dossier. Dans ce dossier, exécutez python3 GSE60450-portable-check.py. Le script utilise la bibliothèque standard de Python. Renommer le JSON attendu téléchargé en expected.json avant d'exécuter : le script écrit GSE60450-portable-check.json. Comparez ce fichier généré avec expected.json avant d'adapter le script aux nouvelles données.
Télécharger le code lorsque la génération de script n'est pas disponible
Si l'application retourne La reconstruction du code Artifact n'est pas disponible avec l'authentification par abonnement Codex., utilisez un fournisseur compatible pour cette opération auxiliaire ou téléchargez le code de producteur capturé. Cette erreur concerne la reconstruction de script, pas l'exécution ordinaire Codex Notebook.
Pour RECONSTRUCTION_INDISPONIBLE, inspecter les entrées manquantes ou les preuves d'exécution. Un téléchargement de code capturé conserve le code disponible; il ne peut pas récupérer des étapes qui n'ont jamais été capturées.
Exportation et réutilisation du Notebook enregistré
Sélectionnez Provenance → Execution Log → Download notebook, choisissez un emplacement et enregistrez. Ouvrez l'export et vérifiez sa langue, ses cellules et ses sorties.
Avant un rediffusion externe, préparez les fichiers d'entrée, les dépendances enregistrées et un répertoire de sortie en écriture. Remplacer les chemins gérés par l'application seulement dans une copie de travail, en maintenant l'exportation originale intacte. L'exportation ne regroupe pas les références ni l'environnement d'application complet. Des exemples d'exportations sont disponibles depuis Exemple de données.
Si une exportation Windows Notebook n'a pas d'extension, ouvrez d'abord une copie en texte et confirmez qu'elle contient Notebook JSON avec nbformat, cells et le code/sortie attendu. Préservez l'original, puis donnez à la copie de travail une extension .ipynb. Le renaming modifie la façon dont d'autres programmes ouvrent le fichier; il ne convertit pas son contenu et ne réexécute pas ses cellules.
Interpréter les erreurs et les avertissements
| Symptôme | Action suivante |
|---|---|
| Variable manquante | Relancer le code qui le définit dans la langue/le noyau sélectionné |
| colis manquant | Inspectez les paquets d'exécution et suivez Environnements d'exécution |
| Version indisponible | Ouvrir ou fixer l'entrée actuelle prévue; résoudre son identité par la demande |
| PermissionErreur / accès refusé | Examiner le dossier demandé et la portée de l'autorisation; signaler les défaillances persistantes d'accès en utilisant Dépannage |
| Erreur réseau/installateur | Suivre Réseau en utilisant le nom d'hôte affecté et l'erreur complète |
| Avertissement avec une exécution terminée | Lisez ce que l'avertissement affecte, puis inspectez la sortie sauvegardée avant de décider s'il faut réexécuter |
Lorsque vous signalez un problème, gardez la première ligne défaillante, l'exécution sélectionnée, l'identité du fichier et l'état des tâches. Lien de sortie sauvegardée à son exécution réelle de production.