Notebook und Ausführungsnachweise

Verwenden Sie Notebook, um den ausgeführten Code zu inspizieren, einen Befehl im aktuellen Kernel auszuführen und die Hintergrundarbeit zu verfolgen. Öffnen Sie für eine gespeicherte Datei Provenance, um die Ausführung und die Beweise zu überprüfen, die mit dieser Dateiversion verbunden sind.

Vor dem Ausführen von Python oder R, eine kompatible Laufzeit ermöglichen. Verwenden Sie für ein vollständiges Beispiel zur Datenanalyse das Workflow für öffentliche Daten.

Plattform

macOSWindowsLinux

Ihre Wahl wird über Kapitel hinweg gehalten.

Öffnen Sie eine Sitzung Notebook

1. Öffnen Sie das Projekt und die Konversation mit der Berechnung, die Sie inspizieren möchten. Wenn Sie neu beginnen, bitten Sie den Agenten, zuerst eine kleine Berechnung im Sitzung Notebook auszuführen.
2. Wählen Sie Open notebook oder verwenden Sie das Gesprächsmenü View notebook.
3. Wählen Sie die Registerkarte Notebook, wenn eine Dateivorschau aktiv ist.
4. Verwenden Sie Agent, um den Ausführungsbesitzer auszuwählen, dann Python / R / Bash, um die Sprache auszuwählen.
5. Öffnen Sie einen nummerierten Durchlauf und lesen Sie dessen Ausgabe- und Abschlusszustand. Eine kopierte Aktivität mit der Bezeichnung code shown enthält angezeigten Code; Inspizieren Sie die ursprüngliche Produktionssitzung auf ihre Ausführungsaufzeichnung.

Kontrolle	Aktion	Ergebnis
Agent	Wählen Sie Main oder einen Child Agent	Zeigt die Aufzeichnungen dieses Besitzers an; Agenten können separate Kernel haben
Sprache	Wählen Sie eine verfügbare Sprache aus	Ändert die Datensätze und die Konsole; fehlende Sprachen in Runtimes installieren
Nummerierter Lauf	Wählen Sie eine aufgezeichnete Ausführung aus	Öffnet seinen Code, Output und Status
In die Zwischenablage kopieren	Ausgewählter Code kopieren	Haltet externe Pfade und Abhängigkeiten wie geschrieben
Hide Output / Show Output	Kollaps- oder Erweiterungsleistung	Ändert die Ansicht, ohne den Code erneut auszuführen
Ausführen von Code in diesem Kernel...	Geben Sie den Code ein und übermitteln Sie ihn	Führt im ausgewählten Live-Kernel aus
Schließen / Zusammenbruch Preview	Zurück zum Gespräch	Hält aufgezeichnete Ausführung Geschichte

Überprüfen Sie Inputdaten/Inputs, wenn vorhanden. Passen Sie die angezeigte Datei und Version Ihrer Anfrage an. Wenn eine Referenz nicht verfügbar ist, öffnen oder fügen Sie die beabsichtigte Eingabe über die Anwendung erneut an, bevor Sie erneut versuchen.

Arbeiten im Live-Kernel

Führen Sie einen Check selbst im Live-Kernel aus

Wählen Sie Python, klicken Sie auf Ausführen von Code in diesem Kernel... und geben Sie den folgenden in sich geschlossenen Befehl ein. Es erfordert keinen datensatz, drittanbieterpaket oder variablen aus einer früheren konversation.

import sys
print("Python:", sys.version.split()[0])
print("Executable:", sys.executable)

Drücken Sie Enter zum Ausführen; Verwenden Sie Umschaltung + Enter für eine Newline. Verwerfen Sie ein offenes Autovervollständigungsmenü mit Flucht, bevor Sie es einreichen. Bestätigen Sie einen nummerierten Python · Sie-Eintrag und die Interpreterinformationen in seiner Ausgabe. Die ausführbare Datei sollte zu der von Ihnen ausgewählten Laufzeit gehören.

Wählen Sie für R R und senden Sie:

cat(R.version.string, "\n")
cat("R home:", R.home(), "\n")

Überprüfen Sie den aufgezeichneten R-Eintrag und seine Ausgabe. Python und R haben separate Variablen. Ein NameError oder object not found bedeutet normalerweise, dass das benannte Objekt nicht in diesem Kernel erstellt wurde; Überprüfen Sie Ihren Code, bevor Sie einen Befehl aus einer anderen Sitzung wiederverwenden.

Um den Interpreter und die gespeicherten Ergebnisse zu überprüfen, öffnen Sie Python und R Laufzeiten und wählen Sie Windows oben auf der Seite.

Live-Variablen untersuchen

1. Wählen Sie Inspect variables nach einem Lauf aus, der Variablen erzeugt.
2. Lesen Sie Name, Type, Size / Shape und Preview.
3. Geben Sie einen Namen aus Ihrem eigenen Code in Filter variables ein. Für das Screenshot-Beispiel filtert sha die aufgelisteten Hash-Variablen; Wählen Sie einen Namen, der in Ihrem eigenen Kernel existiert.
4. Verwenden Sie Refresh variables, um den aktuellen Namespace zu lesen, und Show private variables, wenn der Name, den Sie benötigen, ausgeblendet ist.
5. Wählen Sie Close, um zum Notebook zurückzukehren.

Eine Vorschau kann einen Wert abkürzen; Drucken Sie das erforderliche Feld in der Konsole, um es vollständig zu inspizieren. Variable tracking is limited bedeutet, dass der Abhängigkeitsgraph unvollständig ist. Für ein verfolgtes Ergebnis zeigt abgestanden eine geänderte Abhängigkeit an; unknown bedeutet, dass die Beziehung nicht hergestellt werden konnte. Führen Sie den betroffenen Code erneut aus, bevor Sie ein veraltetes Ergebnis verwenden.

Weiter nach einem Kernelwechsel

Das Ändern oder Umbauen einer Laufzeit kann den Kernel stoppen. Gespeicherte Dateien und Ausführungsaufzeichnungen bleiben von In-Memory-Variablen getrennt. Führen Sie nach der Änderung den obigen Interpreter-Check aus, erstellen Sie die erforderlichen Variablen neu, indem Sie den produzierenden Code erneut ausführen, und öffnen Sie die gespeicherten Dateien, die Sie benötigen.

Verwenden Sie Laufzeiten für die Einstellung Stornierung und Neuinstallation. Ein Runtime-Wiederaufbau, ein normaler Kernel-Neustart und die Wiederherstellung eines Hintergrundauftrags sind unterschiedliche Vorgänge; den Status des betreffenden Vorgangs zu überprüfen, anstatt davon auszugehen, dass der Zustand wiederhergestellt wird.

Führen Sie den gleichen Gen-Count-Check in R aus

Praxisbeispiel GSE60450-Genzahl in R überprüfen

1. Installieren und Aktivieren von R.
2. Befestigen Sie den Originalmatrix. Wenn Sie ein Python-Ergebnis vergleichen, fügen Sie dieses CSV auch der gleichen Konversation hinzu.
3. Fragen Sie nach Session Notebook → R-Ausführung und den Eingabe-/Ausgabeanforderungen im Workflow in Datenqualität. Geben Sie die Aufbewahrung vollständiger Kennungen und eine separate Ausgabedatei an.
4. Wenn Change notebook runtime? erscheint, bestätigen Sie Sprache: R und den beabsichtigten Interpreter. Überprüfen Sie die Umgebung auf der nachfolgenden Run R code?-Anforderung.
5. Öffnen Sie Notebook → R, lesen Sie den Ausführungsdatensatz und öffnen Sie dann die gespeicherte CSV-Figur und den Bericht.

Vergleichen Sie Metriken mit dem vollständigen Sample-Identifier mit dem Gemeinsame Baseline. Behalten Sie die ursprüngliche Quelle und notieren Sie, welche Metriken Nullzählungen enthalten oder ausschließen. Raw-count QC bereitet die Daten für eine separat gestaltete statistische Analyse vor.

Halten Sie das R-Ergebnis und seine Beweise zusammen

Öffnen Sie das gespeicherte CSV Provenance → Execution Log → Download notebook. Behalten Sie den Export neben seinem Input und seinen Ergebnissen. Ein Export für eine Dateiversion kann spätere manuelle Konsolenbefehle weglassen.

Das Runtimes-Paketinventar beschreibt die installierte Umgebung; Provenance beschreibt die Umweltbeweise, die für eine bestimmte Datei erfasst wurden. Lesen Sie partial oder Cache-Inventar-Hinweise, anstatt ihre Paketzahlen zu vergleichen, als wären sie die gleiche Liste.

Hintergrundaufgaben und Ergebnislieferung

Bitten Sie um Hintergrundausführung, wenn eine unterstützte Python-, R-, persistente REPL- oder Shell-Aufgabe fortgesetzt werden soll, während Sie an anderer Stelle arbeiten. Fügen Sie die Eingabe, die Ausgänge und die Stoppbedingung in die Anforderung ein.

1. Öffnen Sie nach der Aufnahme den Background tasks-Eintrag der Konversation. Es gruppiert lokale Runs und Remote-Compute-Jobs; Ein gespräch ohne aufgaben kann es nicht zeigen.
2. Lesen Sie die Aufgabenidentität, die Umgebung, den Status und die verstrichene Zeit.
3. Wählen Sie Open aus, um den entsprechenden Notebook-Lauf oder Compute-Job zu überprüfen.
4. Um eine Aufgabe zu stoppen, wählen Sie das Cancel-Steuerelement aus und warten Sie, bis der Status abgeschlossen ist. Überprüfen Sie alle bereits gespeicherten Dateien, bevor Sie sie verwenden oder verwerfen.
5. Überprüfen Sie nach Abschluss die gelieferte Ergebnisnachricht und öffnen Sie die gespeicherten Ausgänge.
6. Überprüfen Sie nach einer Unterbrechung oder einem Neustart der App die bestehende Aufgabe und eine Wiederherstellungsnachricht, bevor Sie eine weitere Kopie einreichen.

Zustand	Was zu überprüfen ist
Queued / Running	Ausgewählte Umgebung und Fortschritt; Shell-Jobs können auf einen Ausführungsschlitz warten
Annullierung/Annullierung	Ob die Stornierung noch verarbeitet oder abgeschlossen ist
Abgeschlossen	Exit-Ergebnis und gespeicherte Ausgabedateien
Fehlgeschlagen / Timed out / Unterbrochen	Erster Fehler, beibehaltene Ausgabe und angebotene Wiederherstellungsaktion
Ergebnis nicht verfügbar	Bestehende Jobaufzeichnungen und Wiederherstellungsdetails

Das Schließen der Aufgabenliste lässt die Aufgabe laufen. Der Abschluss einer Berechnung und die Zustellung der Ergebnisnachricht sind getrennte Phasen. Remote-Jobs benötigen auch die Host- und Scheduler-Bedingungen in Remote Compute.

Überprüfen Sie die Beweise einer gespeicherten Version

Öffnen Sie eine gespeicherte Datei und wählen Sie File actions → Provenance oder Offenes Provenance in der vergrößerten Vorschau aus. Bestätigen Sie zuerst die ausgewählte Dateiversion.

Tab oder Steuerung	Verwenden Sie es zu inspizieren
Code	Erfasster Produzentcode, Eingabereferenzen, Kopier-/Download- und Generierungsskript
Ausführungsprotokoll	Ausführungsaufzeichnungen für die ausgewählte Version eingefroren
Nachrichten	Gefangene Anfragen und Entscheidungen im Zusammenhang mit dem Ergebnis
Umgebung	Dolmetscher, Paketinformationen und Erfassungsstatus; siehe Wiederherstellungsbedingungen.
Reproduzierbarkeit	Erfasste Inputs, Wiederholungsprüfungen, Outputvergleiche und Prüfprotokolle.
Review	Überprüfung im Zusammenhang mit dieser genauen Dateiversion
Vorherige / Nächste Artefaktversion	Nachweis für eine andere gespeicherte Version; nicht verfügbar, wenn keine vorhanden ist
Provenienz schließen	Zurück zur Preview

Etikettierung	Bedeutung und nächste Handlung
eingegrenzt	Die vorgehaltenen Beweise decken einen begrenzten Umfang ab. Behalten Sie diesen Umfang mit exportiertem Code und Ergebnissen.
teilweise	Einige Umgebungsinformationen fehlen oder sind nicht bestätigt. Erforderliche Abhängigkeiten vor externer Wiederverwendung aufzeichnen.
Kein Review für diese Version	Diese Dateiversion hat keine zugehörige Überprüfung. Verwendung Reviewer um Konversation und Artefakt-Review zu verstehen.
Cache-Umgebung	Das Inventar wurde wiederverwendet. Überprüfen Sie den tatsächlichen Dolmetscher / die tatsächlichen Pakete, wenn sich die Umgebung ändert.

Durch Bearbeiten eines Berichts wird eine andere Dateiversion erstellt; es führt die Berechnung, die ein separates CSV erzeugt hat, nicht erneut aus. Siehe Dateien und Versionen.

Um eine Überprüfung zu überprüfen, wählen Sie Review für die gewünschte Version, erweitern Sie die Überprüfungen und verwenden Sie Go to transcript, um die genannte Aktivität zu überprüfen. No issues found gilt für diese Prüfungen und diese Version; es füllt keine fehlende Ausführung oder Umweltbeweise aus. Wenn eine Überprüfung unterbrochen wurde, öffnen Sie den Review error-Eintrag und wählen Sie Re-run review. Kehren Sie nach Abschluss zur Registerkarte Review der Datei zurück und bestätigen Sie das neue Ergebnis. Der frühere fehlgeschlagene Versuch kann im Gespräch sichtbar bleiben.

Reproduzierbarkeit

Um ein erfasstes Ergebnis erneut auszuführen, vergleichen Sie die Ausgänge und speichern Sie den Verifizierungsaufzeichnung, folgen Sie dem Reproduzierbarkeitsleitfaden. Dieses Kapitel behandelt die Ausführung von Notebook, die Provenienzinspektion und den Codeexport.

Ausfuhr- und Wiederverwendungscode

Wählen Sie den Export, der Ihrem Ziel entspricht:

Ziel	Eingang	Inhalt
Lesen Sie den registrierten Erzeugercode	Code → Captured producer block → Download	Gefangene Quelle mit ihren ursprünglichen Pfaden und Abhängigkeiten
Aufzeichnende Notebook-Zellen	Execution Log → Download notebook	Ein Notebook-Export für das ausgewählte Ergebnis/die ausgewählte Version
Bereiten Sie ein tragbares Skript vor	Code → Generate script	Eine modellgenerierte Rekonstruktion zur Inspektion und Prüfung

Generieren Sie ein Standalone-Script

1. Öffnen Sie die Provenance → Code der beabsichtigten Version. Überprüfen Sie Inputs und Execution Log.
2. Wählen Sie ein kompatibles Standardmodell in Settings → Model → Main model. Diese zusätzliche funktion verwendet diese richtlinie, die sich von der modellauswahl der konversation unterscheiden kann.
3. Wählen Sie Generate script und warten Sie, bis Generating… fertig ist.
4. Lesen Sie das LLM-generierte Rekonstruktion Label. Überprüfen Sie Eingabepfade, Abhängigkeiten und Ausgabeorte, bevor Sie Download script auswählen.
5. Wählen Sie im Systemspeicherdialog ein separates Verzeichnis aus, überprüfen Sie den .py-Dateinamen und bestätigen Sie Save. Öffnen Sie die gespeicherte Datei, um zu bestätigen, dass sie den angezeigten Code enthält.
6. Geben Sie die Eingaben mit den genauen Dateinamen an, die das Skript erwartet, bereiten Sie seine Abhängigkeiten vor und führen Sie sie dann außerhalb der App aus. Vergleichen Sie die Ausgabefelder und die Eingabeprüfsumme mit dem gespeicherten Ergebnis. Ein abgeschlossener Download allein überprüft die Berechnung nicht.

Praxisbeispiel Führen Sie den exportierten RNA-seq-Check außerhalb der App aus

Speichern Sie für ein herunterladbares Beispiel Skript, Eingang CSV und erwartete JSON in einem Ordner. Führen Sie in diesem Ordner python3 GSE60450-portable-check.py aus. Das Skript verwendet die Standardbibliothek von Python. Benennen Sie das heruntergeladene erwartete JSON in expected.json um, bevor Sie es ausführen: Das Skript schreibt GSE60450-portable-check.json. Vergleichen Sie diese generierte Datei mit expected.json, bevor Sie das Skript an neue Daten anpassen.

Download-Code, wenn die Skripterstellung nicht verfügbar ist

Wenn die App Artefakt-Code-Rekonstruktion ist nicht verfügbar mit Codex Abonnement-Authentifizierung. zurückgibt, verwenden Sie einen kompatiblen Anbieter für diese Hilfsoperation oder laden Sie den erfassten Produzentencode herunter. Dieser Fehler betrifft die Skriptrekonstruktion, nicht die gewöhnliche Codex Notebook-Ausführung.

Überprüfen Sie für KONSTRUKTION_UNVERFÜGBAR fehlende Eingaben oder Ausführungsnachweise. Ein Capture-Code-Download bewahrt den verfügbaren Code; Es kann keine Schritte wiederherstellen, die nie erfasst wurden.

Export und Wiederverwendung des aufgezeichneten Notebook

Wählen Sie Provenance → Execution Log → Download notebook, wählen Sie einen Standort und speichern Sie. Öffnen Sie den Export und überprüfen Sie seine Sprache, Zellen und Ausgaben.

Bereiten Sie vor einer externen Wiederholung die Eingabedateien, die aufgezeichneten Abhängigkeiten und ein beschreibbares Ausgabeverzeichnis vor. Ersetzen Sie anwendungsverwaltete Pfade nur in einer Arbeitskopie, wobei der ursprüngliche Export intakt bleibt. Der Export bündelt keine Anmeldeinformationen oder die gesamte Anwendungsumgebung. Beispielexporte sind bei Beispieldaten erhältlich.

Interpretieren von Fehlern und Warnungen

Symptom	Nächste Maßnahme
Fehlende Variable	Führen Sie den Code, der ihn definiert, in der ausgewählten Sprache/Kernel aus
Fehlende Packung	Überprüfen Sie die Runtime-Pakete und folgen Sie Laufzeiten
Input-Version nicht verfügbar	Öffnen oder Anbringen des vorgesehenen Stromeingangs; seine Identität durch die Anwendung aufzulösen
PermissionError / Zugang verweigert	Überprüfen Sie die angeforderte Datei und den Berechtigungsumfang; Melden Sie anhaltende Zugriffsfehler mithilfe von Fehlerbehebung
Netzwerk-/Installationsfehler	Folgen Netzwerk Verwendung des betroffenen Hostnamens und des vollständigen Fehlers
Warnung mit einem abgeschlossenen Lauf	Lesen Sie, was die Warnung betrifft, und überprüfen Sie dann die gespeicherte Ausgabe, bevor Sie entscheiden, ob Sie erneut ausführen möchten

Wenn Sie ein Problem melden, behalten Sie die erste fehlerhafte Zeile, die ausgewählte Laufzeit, die Dateiidentität und den Aufgabenzustand bei. Link speicherte die Ausgabe zu seinem tatsächlichen Produktionslauf.