Steckverbinder und Anmeldeinformationen

Ein Connector stellt die Tools eines Dienstes einem Agenten zur Verfügung. Ein Credential liefert Authentifizierung, wenn dieser Dienst dies erfordert. Die Installation eines Skill oder die Zuweisung eines Tags verbindet den Dienst nicht.

Überprüfen Sie im Batch-Management die ausgewählte Anzahl im unteren Aktionsbereich, bevor Sie eine Operation durchführen. Lesen Sie dort das Abschluss- oder Fehler-Feedback und überprüfen Sie dann die resultierenden Elemente. Die Auswahl eines Eintrags allein aktiviert, installiert oder löscht ihn nicht.

Verwenden Sie ein integriertes Connector

Finden Sie Werkzeuge für ein Genexpressionsprojekt

Öffnen Sie Settings → Connectors, suchen Sie Omics-Archive und öffnen Sie seine Details. Diese integrierte Familie umfasst GEO, ArrayExpress, MetaboLights, MGnify und PRIDE Tools. Erweitern Sie eine Werkzeugzeile, bevor Sie sie auswählen.

geo_get_series gibt Metadaten, Samples, Plattformen und URLs für ergänzende Dateien der GEO-Serie zurück. Laden Sie die erforderliche Datentabelle aus der zurückgegebenen Quelle herunter und fügen Sie sie Ihrem Projekt bei, bevor Sie eine Berechnung anfordern.

Weisen Sie ein Tag wie Transkriptomik einem Connector zu und finden Sie es dann unter Settings → Tags. Tags organisieren Ressourcen, ohne den Zugriff oder die Tool-Genehmigung zu ändern.

Zustand	Was sie festlegt	Nächste Prüfung
Im Verzeichnis aufgeführt	Die App kennt eine Connector Definition	Lesen Sie die tatsächlichen Werkzeugbeschreibungen
Nur Main / In Gebrauch	Verfügbarkeit des Agenten	Bestätigen Sie den beabsichtigten Agenten und die Bindung der Fähigkeit
Ausgewählte Kennung	Eine benannte Bindung existiert	Test-Authentifizierung für den beabsichtigten Dienst
Instrumentenpolitik	Ob Anrufe erlaubt, angefordert oder blockiert sind	Inspect erinnerte Erlaubnis Vorrang
Erfolgreiches Toolergebnis	Dieser spezielle Anruf wurde abgeschlossen	Validierung der zurückgegebenen Identifikatoren/Daten und Quelle

Integrierte Connector-Steuerungen

Verwenden Sie Search connectors, um PubMed unter Directory zu finden; Die Liste enthält auch Featured und Custom Gruppen. Die Filterung gilt pro Gruppe, so dass eine andere Gruppe Keine Connectors passen zu Ihrer Suche sagen kann, während ein übereinstimmendes Ergebnis unten sichtbar bleibt.

Verwenden Sie Filter connectors by group, Filter Connectors by agent und Filter by Tag zusammen mit der Suche. Manage credentials öffnet die gemeinsam genutzten Einstellungen für Kontakt-E-Mail/Credential. Used by zeigt Verfügbarkeit; Manage Tags organisiert ein Connector. Der Verfügbarkeits-Switch ermöglicht den Zugriff auf Main Agent; Der Spezialistenzugriff wird für jeden Spezialisten konfiguriert.

Mehrere Steckverbinder aktivieren oder deaktivieren

Öffnen Sie Settings → Connectors → Manage, filtern Sie die Liste und wählen Sie die vorgesehenen Connectors aus. Überprüfen Sie die ausgewählte Zählung, bevor Sie sie aktivieren oder deaktivieren, und überprüfen Sie dann jeden zurückgegebenen Zustand. Halten Sie nur die für Ihre Arbeit benötigten Dienste aktiviert. Änderungen der Massenverfügbarkeit enthalten keine Anmeldeinformationen, ändern die Genehmigungsrichtlinien für die einzelnen Werkzeuge oder gewähren einen Specialist-Zugang; Konfigurieren Sie diese separat.

PubMed: Verfügbarkeit, Tools und Genehmigungsrichtlinien

1. Durchsuchen Sie PubMed und öffnen Sie seine Details.
2. Erweitern Sie search_articles, um seine Beschreibung zu lesen. Es gibt eine Anzahl und eine Seite von PMIDs zurück und unterstützt PubMed-Abfrage-Tags, boolesche Operatoren, Daten und Sortierung.
3. Wählen Sie Require approval, Block oder Always allow für den Zugriff, den Sie zulassen möchten. Genehmigungsanzeigen benötigen Ask when no Session, Project, or Global permission applies.
4. PubMed aktivieren und Used by inspizieren. Die Verfügbarkeit für Main wird als Main only angezeigt; Die deaktivierte Verfügbarkeit zeigt Not in use an.

Die Detaillisten search_articles, get_article_metadata, find_related_articles, lookup_article_by_citation, convert_article_ids, get_full_text_article und get_copyright_status. Wählen Sie Always allow, Require approval oder Block pro Werkzeug. Überprüfen Sie den separaten Connector-weiten Skip approvals-Switch, bevor Sie ihn aktivieren. Das Öffnen einer Beschreibung zeigt nur die Anweisungen des Tools an.

Das Verzeichnis platziert PubMed unter Directory, während das Detail ein Featured-Badge angezeigt. Verzeichnisplatzierung und Badges geben keinen Status der Kontoverbindung an.

Führen Sie einen kleinen GEO Metadaten Lookup aus

Führen Sie einen kleinen GEO Metadaten Lookup aus

Praxisbeispiel GSE60450 Sample Metadaten in GEO nachschlagen

1. Kehren Sie zur Forschungssitzung zurück und bestätigen Sie die Verfügbarkeit eines Arbeitsmodells und der Omics Archives.
2. Fragen Sie: Use Omics Archives geo_get_series to retrieve GSE60450 metadata. Report the title, organism, sample count and source-identified sample characteristics. Do not download count tables or run a new expression analysis.
3. Überprüfen Sie die angeforderte Connector/Methode und Argumente, bevor Sie sie zulassen. Das Tool erwartet ein accessions-Array; ein vermutetes Singularfeld ist falsch.
4. Überprüfen Sie das tatsächliche Ergebnis. Überprüfen Sie für diesen Beitritt die zurückgegebenen GSE60450, Musculus musculus, 12 Proben und den Titel "Transkriptomanalyse von luminalen und basalen Zellsubpopulationen in der Laktation im Vergleich zur schwangeren Brustdrüse".
5. Bewahren Sie die zurückgegebenen GSM-Identifikatoren mit ihren Eigenschaften auf. Schließen Sie eine Zuordnung zu den MCL1-Spaltennamen der Matrix nicht allein aus der Ähnlichkeit.

Der zurückgegebene Probenbereich war GSM1480291–GSM1480302, der luminale/basale Populationen und jungfräuliche, 18.5-Tage-Schwangerschaft und 2-Tage-Laktationsstadien abdeckte. Dies sind zurückgegebene Metadaten, nicht Etiketten, die aus den Zählsummen abgeleitet werden. Die vollständige zwölfreihige Antworttabelle wurde als geo-sample-metadata.csv heruntergeladen. Dies ist ein Gesprächstabellenexport, getrennt von den verwalteten QC-Artefakten.

Wenn die Connector-Anweisungsdatei nicht gelesen werden kann, behalten Sie den EPERM-Fehler bei und überprüfen Sie die aktivierte Connector und die aktuelle Sitzung. Bestätigen Sie Operationsfelder in Connector-Parameter, bevor Sie erneut versuchen. Eine gültige Metadatenabfrage gibt strukturierte Datensätze zurück; es lädt die zugrunde liegende Quelltabelle nicht herunter oder führt keine Analyse durch.

Connector hinzufügen: Shared Identity Fields

Add connector bietet Local command, Remote server und Import configuration. Die ersten beiden öffnen einen Editor mit einem Typ-Selektor, und Advanced settings stellt zusätzliche Felder frei. Die Screenshots verwenden einen illustrativen Endpunkt; Verbinden Sie einen Server, den Sie tatsächlich verwenden möchten.

Feld	Zweck
Konnektortyp	Wechsel zwischen einem lokalen Prozess und einem entfernten Endpunkt.
Anzeigename	Name im UI angegeben.
Erweiterter Connector Name	Angerufener Name verwendet von host.mcpSpecialist-Bindungen und das erzeugte MCP Skill; nach Möglichkeit aus dem Anzeigenamen generiert.
Konnektor-ID	Optionale stabile ID, soweit möglich generiert. Vor der Schöpfung ist sie zu erkennen, danach ist sie unveränderlich.
Beschreibung	Fakultative Erläuterung der übermittelten Daten/Maßnahmen.
Ich vertraue diesem Konnektor	Erforderliche Vertrauensbestätigung vor dem Hinzufügen eines benutzerdefinierten Connector. Es validiert den Dienst nicht oder macht seinen Code sicher.
Cancel / Zurück zu Connectors	Hinterlasse das Formular. Sie rettet den Entwurf nicht.
Connector hinzufügen / Hinzufügen und Anmelden	Speichern Sie die gültige Konfiguration und starten Sie für OAuth die Anmeldung. Der Button bleibt deaktiviert, während erforderliche Felder, Bindungen oder Vertrauen fehlen.

Lokaler Befehl

Command bietet npx — Node package, uvx — Python (uv), node — script file, python3 — script file, docker — container und Other…. Andere stellt Custom command für einen absolut ausführbaren Pfad aus.

Fortgeschrittener Input	Vorgang
Argumente	Ein Argument pro Zeile; Leerzeichen und Leerzeichen bleiben erhalten. Löschen Sie das Feld, um alle Argumente zu entfernen. Gehen Sie nicht davon aus, dass ein raumgetrennter Shell-Befehl in mehrere Argumente unterteilt ist.
Variablenname	Benennen Sie eine Umgebungsvariable und wählen / erstellen Sie dann deren Credential.
Variable hinzufügen / Variable entfernen	Hinzufügen oder Entfernen einer benannten Bindung.
Felder/Text	Geben Sie Namen als strukturierte Zeilen oder eine ein KEY= pro Linie; Geheimwerte leben in Credentials.
Befehlsvorschau	Inspizieren Sie den Launcher, der nach den Bindungen gezeigt wird.

Ein Launcher-Eintrag allein beweist nicht, dass seine ausführbare Datei oder sein Dienst betriebsbereit ist. Verwenden Sie den Aufruf unten, um den importierten lokalen Befehl zu überprüfen.

Remote-Server

Geben Sie das echte Server URL ein, das vom Serverbetreiber bereitgestellt wird. https://example.org/mcp in diesen Screenshots ist eine illustrative Reserved-Domain-Adresse, kein funktionierender MCP-Endpunkt.

Advanced → Transport ist standardmäßig Streamable HTTP. Authentication bietet None, OAuth (browser sign-in) und Static headers.

Statische Header

Der aktuelle Editor bindet benannte Anmeldeinformationen; Es handelt sich nicht um einen einfachen Textbereich mit geheimem Wert.

1. Wählen Sie Static headers.
2. Geben Sie ein Header name ein, z. B. Authorization.
3. Wählen oder erstellen Sie das entsprechende Credential. Der Selektor wird deaktiviert, bis der Header einen Namen hat.
4. Verwenden Sie Add header für eine andere Zeile oder Remove header, um eine Zeile zu verwerfen.
5. Felder/Text ändert, wie Namen eingegeben werden. Textmodus erwartet einen Headernamen pro Zeile als Name:; Anmeldewerte werden separat verwaltet.

OAuth bindend

Wählen Sie ein OAuth credential, das der Ressourcen-URL, dem Transport und der Registrierung entspricht. New credential öffnet den Credential Editor. In diesem leeren Profil meldete das Formular No OAuth credential matches this Connector's resource URL, transport, and registration. Die letzte Aktion ändert sich in Add and sign in.

Import-, Export- und Anschlusstests

Wählen Sie Add connector → Import configuration und wählen Sie eine JSON-Datei bis 256 KB aus. Der Importeur akzeptiert eine Open-Science Connector-Konfiguration oder eine MCP-Clientdatei, die mcpServers enthält.

1. Wählen Sie für eine Multi-Server-Datei einen Eintrag in MCP server aus. Sie überprüfen und fügen jeweils einen Server hinzu. Überprüfen Sie den Namen, die ID, den Transport und die Befehlsargumente nach dem Wechsel der Einträge.
2. Lesen Sie die Diagnose. Absolute Pfade müssen möglicherweise auf einem anderen Computer geändert werden; Anmeldewerte sind vom Import ausgeschlossen.
3. Wählen Sie Use configuration, um den vorgefüllten Editor zu öffnen. Überprüfen Sie jedes Feld, binden Sie die erforderlichen lokalen Anmeldeinformationen und wählen Sie I trust this connector aus.
4. Wählen Sie Add connector, prüfen Sie den Verbindungszustand in der Liste und rufen Sie dann ein kleines Nur-Lese-Tool auf.

Wenn ein importierter Server auf eine Umgebungsvariable wie QC_EXAMPLE_TOKEN verweist, binden Sie diesen Namen an ein auf diesem Gerät gespeichertes Berechtigungsnachweis. Add bleibt solange nicht verfügbar, bis die erforderlichen Bindungen abgeschlossen sind. Überprüfen Sie nach dem Hinzufügen Connected und führen Sie das beabsichtigte Werkzeug aus; Eine gespeicherte Bindung allein validiert keine Fernauthentifizierung.

Rufen Sie get_dataset_summary an und übergeben Sie dann eine zurückgegebene vollständige Beispiel-ID an get_sample_qc. Vergleichen Sie die Antwort mit dem QC Baseline. Dieser Server gibt gespeicherte Zusammenfassungswerte zurück; Sie berechnet die ursprüngliche Matrix nicht neu. Die Server-Implementierung ist in Erstellen eines benutzerdefinierten Tools abgedeckt.

Export und Reimport

Wählen Sie Actions → Export der Zeile, wählen Sie Open Science Connector oder MCP client config, prüfen Sie die Vorschau und wählen Sie Save configuration.

Die tatsächlich exportierte Datei behielt den Variablennamen in required_secrets.environment bei. Es enthielt keinen Nachweisnachweis, kein lokales Vertrauen oder Berechtigungen. Reimport erfordert wieder lokale Auswahl und Vertrauen.

Wenn die gleiche ID bereits vorhanden ist, meldet die Vorschau Ein benutzerdefiniertes Connector mit ID ... ist bereits installiert und Use configuration ist nicht verfügbar. Verwenden Sie Edit, um eine bestehende Verbindung zu ändern; Import ist keine Überschreiboperation.

Überprüfen Sie beim Wiederherstellen einer exportierten Verbindung die vorab ausgefüllten Felder und binden Sie die erforderlichen benannten Anmeldeinformationen erneut. Komplettes Vertrauen und testen Sie einen begrenzten Anruf, bevor Sie ihn in der Forschung verwenden. Import überschreibt kein bestehendes Connector mit der gleichen ID.

Berechtigungen: Dienste und wiederverwendbare Geheimnisse

Erstellen und Verwalten von Geheimnissen in Dienstanmeldeinformationen und wählen Sie dann deren Namen in Umgebung, Header oder OAuth-Bindungen aus. Stellen Sie auf einem neuen Gerät diese Bindungen wieder her und vervollständigen Sie die Anmeldung dieses Dienstes, bevor Sie die Verbindung testen. Exporte enthalten Konfigurationsreferenzen, keine verwendbaren Geheimnisse oder lokales Vertrauen.

HTTP Fehlersuche

Verwenden Sie für 400, 401, 403, 404, 429 oder 5xx Antworten den HTTP Fehlerbehebungstabelle. Behalten Sie den antwortenden Dienst und seine detaillierte Nachricht mit dem Statuscode.