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候補遺伝子セットのための機能強化を実行

実践例 意図的に選択されたヒトDNA損傷遺伝子リスト

定義された遺伝子リストを、豊富な生物学的プロセスと経路の表に変え、識別子マッピング、統計的背景、およびソースバージョンを保持します。

開始する前に、科学データベース に従って、必要なコネクタを有効にします。 接続されたモデルと利用可能なNotebook ランタイムを使用します。

最初の例では g:Profiler を使用します。 EnrichrとSTRINGの比較 は v0.33.3 で同じ 11 パブリック ジェネラル シンボルを使用します。 既知の生物学的役割で選ばれたので、豊かさが期待されています。 GSE60450プロジェクトや偏見のない発見の証拠から差圧結果は異なります。

1. 遺伝子リストと解析の設定を定義する​

  1. Settings → Connectors では、ジャンルとオノトロジー を代理店に利用できるようにします。 接続されたモデルと利用可能なNotebookランタイムでセッションを開きます。
  2. 生物、遺伝子識別子、データソース、統計的な背景を指定します。 実際の実験データでは、実験で選択した遺伝子を使用して背景を正当化します。 このチュートリアルでは、カスタム測定遺伝子の宇宙ではなく、すべてのアノテーション遺伝子を明示的に使用しています。
  3. 下記のプロンプトを送信してください。 ソースバージョンのクエリとエンリッチメントコールを同じセッションで保持し、実際の結果を保存します。
Use Genes & Ontologies through Session Notebook for an English g:Profiler
tutorial. The deliberately selected gene list is TP53, ATM, ATR, CHEK1,
CHEK2, BRCA1, BRCA2, RAD51, CDKN1A, GADD45A, MDM2.
First call list_enrichment_sources with organism hsapiens.
Then call enrich_gene_set with these genes, organism hsapiens,
sources GO:BP and REAC, domain_scope annotated,
correction_method fdr, and user_threshold 0.05.
Save the full response as dna-damage-enrichment.json, all returned terms
as dna-damage-enrichment.csv, and query, source versions, mappings,
background and limitations as dna-damage-enrichment-notes.md.
Retain unmapped, ambiguous and duplicate identifiers. Treat mapped_genes
as the returned mapping object. Report errors instead of inventing results.
This is not differential-expression evidence or evidence of regulation direction.

2. 識別子とソースバージョンをチェックする​

生成されたメモを開き、クエリとマッピングのカウントを確認します。 これは、マップされた11/11識別子を実行します。, 0非マップ, あいまいなまたは重複識別子. GRCh38.p14の特長、g:Profiler e114_eg62_p19_27110d83、GOクラス2026-01-23およびReactomeクラス2026-03-20を記録しました。 後続のサービスバージョンは異なる条件を返す場合があります。

保存された英語のクエリ、背景、ソースバージョン、識別子チェック

3. 濃縮テーブルを調べる​

CSV を開き、JSON をフルで比較します。 FDR 0.05 で返された 891 用語 を実行します。 プレビューは最初の100行のみを示しています。 表示限界は合計の結果の計算ではないです。 source、native、修正されたp_value、intersection_size、query_sizeおよびeffective_domain_sizeを条件を解釈するとき保持して下さい。

正しい確率とドメインサイズの実際のエンリッチメントテーブル

解析ノート · すべての891結果の列 · 完全な応答

background_size: nullはカスタム背景リストが提出されていないことを意味します。 遺伝子ゼロの統計的な宇宙とは意味しません。 永久有効ドメインサイズを使用してください。 エンゲージメントは、原因の関与、差異的な表現、またはアップ/ダウン規制を確立しません。 操作パラメータ を参照してください。

4. EnrichrとSTRINGネットワークの充実度を比較​

Enrichr は、指定した遺伝子にアノテーションセットが表れているかを尋ねます。 STRING PPI の強化は、タンパク質が予想以上にネットワークの相互作用を持っているかどうかを尋ねます。 これらは異なるテストです。 合意は、生物学的結果の独立的複製ではありません。

  1. Settings → Connectorsでは、ジャンルとオノトロジーと蛋白質のアノテーションをエージェントに有効化します。
  2. DNAダメージ遺伝子セットというプロジェクトを作成し、新しいセッションを開きます。 この例では、Codex とセッション Notebook を使用します。
  3. 選択する前に利用可能なEnrichrライブラリをリストします。 この比較では、固定されたGO_Biological_Process_2025ライブラリを使用して保存された結果には、識別可能なアノテーションバージョンがあります。 新しいライブラリは異なる結果をもたらすことができます。
  4. このプロンプトを送信して、実行完了後に生成されたメモを開きます。
Compare Enrichr functional enrichment with STRING PPI enrichment for
TP53, ATM, ATR, CHEK1, CHEK2, BRCA1, BRCA2, RAD51, CDKN1A, GADD45A, MDM2.
Use the built-in Genes & Ontologies and Protein Annotation connectors
through Session Notebook. List the current human Enrichr libraries;
use GO_Biological_Process_2025 with max_results 500 if available.
Run STRING PPI enrichment with species 9606 and required_score 700.
Save raw_connector_responses.json, enrichment_comparison_results.csv
and analysis_notes.md in English. Retain the query, source versions,
identifier mappings, reported background, n_total_results, n_results
and truncated flag, plus raw and adjusted P values where provided.
These genes were deliberately selected for known DNA-damage roles.
Do not infer unbiased discovery, causal regulation or expression direction.
Distinguish annotation enrichment from excess network interactions.
If STRING returns a P value of 0, preserve it as returned without claiming
an exact zero probability or inventing a numerical precision threshold.

入力を確認し、応答を完了します​

analysis_notes.md を開き、raw_connector_responses.json で比較します。 9月9日 28 リストラン 228 ライブラリと返却 305/305 選択したライブラリの用語, と truncated: false. . . . デフォルト max_results は 100 です; 100-row 応答は不完全です。 応答フラグを確認し、必要に応じて、500まで、より大きな制限を要求します。

STRINGは、マップされていない識別子なしで、すべての11遺伝子をマッピングし、録画バージョン12.0、生物9606およびスコアのしきい値700をマッピングしました。 Enrichrはmapping_status: not_reported_by_enrichrを報告します; STRINGのマッピング結果をEnrichrレコードにコピーしないでください。 カスタムの背景は供給されません。 14,674のEnrichrのライブラリの遺伝子のカバレッジは、正確な統計的背景サイズではなくメタデータです。

実際の入力、ライブラリバージョン、完全な結果カウントと識別子チェック

2つの結果を別に読んで下さい​

ノートの結果をセクションを開き、CSV または完全なリストの JSON を使用します。 Enrichrの第1用語は、イオン化放射線に対する細胞反応(GO:0071479)で、調整されたPは3.60 × 10⁻¹¹です。 STRING は 11 ノード 間で 44はエッジを観察しました を、 対 6予想エッジ 戻しました。 その報告されたP値が0であった。 これはサービスの数値出力で、ゼロ確率の証明ではありません。

Enrichr 用語と別々の STRING ネットワーク強化結果

CSVは305 Enrichr行と6 STRINGサマリー行を持っています。 後者はネットワーク統計であり、追加の強化された条件ではありません。 Enrichrは言葉の重複を行きます、STRINGは複数の証拠チャネルを結合します; STRINGエッジは、必ずしも直接物理的結合を意味しません。 意図的に選択した入力は、主にツールとそのレコードを実証します。

比較ノート · 完全な比較表 · 元のコネクターの応答

変数参照: Enrichrライブラリ、Enrichr 強化、STRING PPI の強化。 セッションと証拠を一緒に保持するために、.scienceパッケージをエクスポートする。

に最終更新