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候補遺伝子セットのための機能強化を実行

実践例 意図的に選択されたヒトDNA損傷遺伝子リスト

定義された遺伝子リストを、豊富な生物学的プロセスと経路の表に変え、識別子マッピング、統計的背景、およびソースバージョンを保持します。

開始する前に、科学データベース に従って、必要なコネクタを有効にします。 接続されたモデルと利用可能なNotebook ランタイムを使用します。

このv0.31.1の例では、11パブリック遺伝子のシンボルを使用して、g:Profilerを実証します。 既知の生物学的役割で選ばれたので、豊かさが期待されています。 GSE60450プロジェクトや偏見のない発見の証拠から差圧結果は異なります。

1. 遺伝子リストと解析の設定を定義する​

  1. Settings → Connectors では、ジャンルとオノトロジー を代理店に利用できるようにします。 接続されたモデルと利用可能なNotebookランタイムでセッションを開きます。
  2. 生物、遺伝子識別子、データソース、統計的な背景を指定します。 実際の実験データでは、実験で選択した遺伝子を使用して背景を正当化します。 このチュートリアルでは、カスタム測定遺伝子の宇宙ではなく、すべてのアノテーション遺伝子を明示的に使用しています。
  3. 下記のプロンプトを送信してください。 ソースバージョンのクエリとエンリッチメントコールを同じセッションで保持し、実際の結果を保存します。
Use Genes & Ontologies through Session Notebook for an English g:Profiler
tutorial. The deliberately selected gene list is TP53, ATM, ATR, CHEK1,
CHEK2, BRCA1, BRCA2, RAD51, CDKN1A, GADD45A, MDM2.
First call list_enrichment_sources with organism hsapiens.
Then call enrich_gene_set with these genes, organism hsapiens,
sources GO:BP and REAC, domain_scope annotated,
correction_method fdr, and user_threshold 0.05.
Save the full response as dna-damage-enrichment.json, all returned terms
as dna-damage-enrichment.csv, and query, source versions, mappings,
background and limitations as dna-damage-enrichment-notes.md.
Retain unmapped, ambiguous and duplicate identifiers. Treat mapped_genes
as the returned mapping object. Report errors instead of inventing results.
This is not differential-expression evidence or evidence of regulation direction.

2. 識別子とソースバージョンをチェックする​

生成されたメモを開き、クエリとマッピングのカウントを確認します。 これは、マップされた11/11識別子を実行します。, 0非マップ, あいまいなまたは重複識別子. GRCh38.p14の特長、g:Profiler e114_eg62_p19_27110d83、GOクラス2026-01-23およびReactomeクラス2026-03-20を記録しました。 後続のサービスバージョンは異なる条件を返す場合があります。

保存された英語のクエリ、背景、ソースバージョン、識別子チェック

3. 濃縮テーブルを調べる​

CSV を開き、JSON をフルで比較します。 FDR 0.05 で返された 891 用語 を実行します。 プレビューは最初の100行のみを示しています。 表示限界は合計の結果の計算ではないです。 source、native、修正されたp_value、intersection_size、query_sizeおよびeffective_domain_sizeを条件を解釈するとき保持して下さい。

正しい確率とドメインサイズの実際のエンリッチメントテーブル

解析ノート · すべての891結果の列 · 完全な応答

background_size: nullはカスタム背景リストが提出されていないことを意味します。 遺伝子ゼロの統計的な宇宙とは意味しません。 永久有効ドメインサイズを使用してください。 エンゲージメントは、原因の関与、差異的な表現、またはアップ/ダウン規制を確立しません。 操作パラメータ を参照してください。

に最終更新